エピトープ配列
【課題】MHCクラスIに対して高親和性を有し、かつ標的特異的プロテアソームにより産生されるエピトープを提供する。
【解決手段】(i)腫瘍抗原PSA、MAGE、SCPの特定の配列からなる群から選ばれる配列からなるポリペプチドエピトープ、(ii)(i)のポリペプチドエピトープを含むエピトープクラスター、(iii)(i)または(ii)の配列改変ポリペプチドであって、該配列改変体は、少なくとも1つのアミノ酸の付加、欠失または置換を含み、(i)または(ii)に対して交差反応性CTL応答を誘導する、ポリペプチド、および(iv)(i)〜(iii)のいずれかのポリペプチドをコードする核酸からなる群から選択される構成成分を含む、単離されたポリペプチド。
【解決手段】(i)腫瘍抗原PSA、MAGE、SCPの特定の配列からなる群から選ばれる配列からなるポリペプチドエピトープ、(ii)(i)のポリペプチドエピトープを含むエピトープクラスター、(iii)(i)または(ii)の配列改変ポリペプチドであって、該配列改変体は、少なくとも1つのアミノ酸の付加、欠失または置換を含み、(i)または(ii)に対して交差反応性CTL応答を誘導する、ポリペプチド、および(iv)(i)〜(iii)のいずれかのポリペプチドをコードする核酸からなる群から選択される構成成分を含む、単離されたポリペプチド。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
(i)配列番号400〜410、配列番号325〜344および配列番号445〜571からなる群から選ばれる配列からなるポリペプチドエピトープ、
(ii)(i)のポリペプチドエピトープを含むエピトープクラスター、
(iii)(i)または(ii)の配列改変ポリペプチドであって、該配列改変体は、少なくとも1つのアミノ酸の付加、欠失または置換を含み、(i)または(ii)に対して交差反応性CTL応答を誘導する、ポリペプチド、および
(iv)(i)〜(iii)のいずれかのポリペプチドをコードする核酸
からなる群から選択される構成成分を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項2】
配列番号606を含み、当該配列は、抗原の長さより小さい、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項3】
前記ポリペプチドが免疫学的に活性である、請求項1または2に記載のポリペプチド。
【請求項4】
前記ポリペプチドが30未満のアミノ酸長である、請求項1〜3のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項5】
前記ポリペプチドが8〜10アミノ酸長である、請求項1〜3のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項6】
前記少なくとも1つの付加されたアミノ酸が、前記ポリペプチドエピトープのN末端にある、請求項1〜5のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項7】
前記ポリペプチドが、HLA−A2分子に対して親和性を有する、請求項1〜6のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項8】
前記親和性が、結合アッセイ、エピトープ認識の制限アッセイまたは予測アルゴリズムにより決定される、請求項7に記載のポリペプチド。
【請求項9】
前記ポリペプチドが、HLA−B7またはHLA−B51分子に対して親和性を有する、請求項1〜6のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項10】
前記ポリペプチドが、ハウスキーピングエピトープである、請求項1〜9のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項11】
前記ポリペプチドが、腫瘍細胞上に提示されるエピトープに相当する、請求項1〜10のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項12】
前記ポリペプチドが、新生血管系細胞上に提示されるエピトープに相当する、請求項1〜10のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項13】
前記ポリペプチドが免疫性エピトープである、請求項1〜12のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項14】
請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチド、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
【請求項15】
前記アジュバントがポリヌクレオチドである、請求項14に記載の組成物。
【請求項16】
前記ポリヌクレオチドがジヌレクオチドを含み、該ジヌクレオチドがCpGである、請求項15に記載の組成物。
【請求項17】
前記アジュバントが、ポリヌクレオチドによりコードされる、請求項14に記載の組成物。
【請求項18】
前記アジュバントがサイトカインである、請求項14に記載の組成物。
【請求項19】
前記サイトカインがGM−CSFである、請求項18に記載の組成物。
【請求項20】
プロフェッショナル抗原提示細胞(pAPC)をさらに含む、請求項14〜19のいずれか1項に記載の組成物。
【請求項21】
前記pAPCが樹状細胞である、請求項20に記載の組成物。
【請求項22】
第2のエピトープをさらに含む、請求項14〜21のいずれか1項に記載の組成物。
【請求項23】
前記第2のエピトープがポリペプチドである、請求項22に記載の組成物。
【請求項24】
前記第2のエピトープが核酸である、請求項22に記載の組成物。
【請求項25】
前記第2のエピトープがハウスキーピングエピトープである、請求項22に記載の組成物。
【請求項26】
前記第2のエピトープが免疫性エピトープである、請求項22に記載の組成物。
【請求項27】
請求項1に記載の核酸、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
【請求項28】
請求項1に記載の核酸を含む組換え構築物。
【請求項29】
プラスミド、ウイルスベクター、バクテリアベクター、または人工染色体をさらに含む、請求項28に記載の構築物。
【請求項30】
第2のエピトープ、IRES、ISS、NIS、およびユビキチンからなる群から選択される少なくとも1つの配列をコードする配列をさらに含む、請求項28または29に記載の構築物。
【請求項31】
請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチドを含むペプチド−MHCタンパク質複合体に特異的に結合する、精製された抗体。
【請求項32】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項31に記載の抗体。
【請求項33】
請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチドを含む多量体MHC−ペプチド複合体。
【請求項34】
MHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体を発現する単離されたT細胞であって、該複合体が請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチドを含む、単離されたT細胞。
【請求項35】
in vitro免疫により産生される、請求項34に記載のT細胞。
【請求項36】
免疫された動物から単離される、請求項34に記載のT細胞。
【請求項37】
請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む薬学的組成物。
【請求項38】
MHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体の結合ドメインを含む単離されたタンパク質分子であって、該複合体が請求項1に記載のエピトープを含む、単離されたタンパク質分子。
【請求項39】
前記タンパク質が多価である、請求項38に記載のタンパク質。
【請求項40】
請求項39に記載のタンパク質をコードする、単離された核酸。
【請求項41】
組換え構築物を発現する宿主細胞であって、該構築物が請求項1に記載の核酸を含むか、または該構築物がMHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体の結合ドメインを含むタンパク質分子をコードする、宿主細胞。
【請求項42】
前記宿主細胞が、樹状細胞、マクロファージ、腫瘍細胞、または腫瘍由来細胞である、請求項41に記載の宿主細胞。
【請求項43】
請求項41または42に記載の宿主細胞、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
【請求項44】
請求項1に記載のエピトープ、請求項14〜27、および37のいずれか1項に記載の組成物、請求項28〜30のいずれか1項に記載の構築物、請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、MHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体結合ドメインをコードする核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞およびそれらを含む組成物、ならびに請求項1の核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞およびそれらを含む組成物からなる群から選択される少なくとも1つの構成成分を含む組成物。
【請求項45】
新生細胞を標的とする医薬の製造における、請求項44に記載の組成物の使用。
【請求項46】
前記医薬は、経皮、結節内、結節周囲、経口、静脈内、皮内、筋内、腹腔内、粘膜送達、エーロゾル吸入、および滴注からなる群から選択される送達様式で処方される、請求項45に記載の使用。
【請求項47】
前記医薬は、放射線療法、化学療法、生化学療法、および手術からなる群から選択される癌治療を受けている患者に投与される医薬である、請求項45または46に記載の使用。
【請求項48】
ワクチンまたは免疫原性組成物の免疫原性を評価する方法であって、
請求項44に記載の組成物を動物に投与すること、および
該動物の特徴に基づいて免疫原性を評価すること
を含む方法。
【請求項49】
前記動物がMHCトランスジェニックである請求項48に記載の方法。
【請求項50】
受動/養子免疫治療薬を作製する方法であって、
請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、またはMHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体結合ドメインをコードする核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞、または請求項1に記載の核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞を、薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤と組み合わせることを含む方法。
【請求項51】
被検体組織試料中の標的細胞をアッセイする方法であって、
該被験体組織試料を、請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、請求項41または42に記載の宿主細胞、請求項31または32に記載の抗体、および請求項38または39に記載のタンパク質からなる群から選択される少なくとも1つの構成成分とin vitroで接触させること、および
標的細胞数の減少、標的細胞を含む腫瘍の質量またはサイズの低下、細胞内寄生生物感染標的細胞の数または濃度の低減を決定すること
を含む方法。
【請求項52】
ワクチンを作製する方法であって、
請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチド、請求項14〜27、37、および43のいずれか1項に記載の組成物、請求項28〜30のいずれか1項に記載の構築物、請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、および請求項41または42に記載の宿主細胞からなる群から選択される少なくとも1つの構成成分を、薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤と組み合わせること
を含む方法。
【請求項53】
配列番号400〜410、配列番号325〜344および配列番号445〜571のいずれか1つの配列を包含する分子の物理的、生化学的、免疫学的、または分子遺伝学的特性の解析のための、前記配列の使用。
【請求項1】
(i)配列番号400〜410、配列番号325〜344および配列番号445〜571からなる群から選ばれる配列からなるポリペプチドエピトープ、
(ii)(i)のポリペプチドエピトープを含むエピトープクラスター、
(iii)(i)または(ii)の配列改変ポリペプチドであって、該配列改変体は、少なくとも1つのアミノ酸の付加、欠失または置換を含み、(i)または(ii)に対して交差反応性CTL応答を誘導する、ポリペプチド、および
(iv)(i)〜(iii)のいずれかのポリペプチドをコードする核酸
からなる群から選択される構成成分を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項2】
配列番号606を含み、当該配列は、抗原の長さより小さい、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項3】
前記ポリペプチドが免疫学的に活性である、請求項1または2に記載のポリペプチド。
【請求項4】
前記ポリペプチドが30未満のアミノ酸長である、請求項1〜3のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項5】
前記ポリペプチドが8〜10アミノ酸長である、請求項1〜3のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項6】
前記少なくとも1つの付加されたアミノ酸が、前記ポリペプチドエピトープのN末端にある、請求項1〜5のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項7】
前記ポリペプチドが、HLA−A2分子に対して親和性を有する、請求項1〜6のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項8】
前記親和性が、結合アッセイ、エピトープ認識の制限アッセイまたは予測アルゴリズムにより決定される、請求項7に記載のポリペプチド。
【請求項9】
前記ポリペプチドが、HLA−B7またはHLA−B51分子に対して親和性を有する、請求項1〜6のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項10】
前記ポリペプチドが、ハウスキーピングエピトープである、請求項1〜9のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項11】
前記ポリペプチドが、腫瘍細胞上に提示されるエピトープに相当する、請求項1〜10のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項12】
前記ポリペプチドが、新生血管系細胞上に提示されるエピトープに相当する、請求項1〜10のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項13】
前記ポリペプチドが免疫性エピトープである、請求項1〜12のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項14】
請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチド、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
【請求項15】
前記アジュバントがポリヌクレオチドである、請求項14に記載の組成物。
【請求項16】
前記ポリヌクレオチドがジヌレクオチドを含み、該ジヌクレオチドがCpGである、請求項15に記載の組成物。
【請求項17】
前記アジュバントが、ポリヌクレオチドによりコードされる、請求項14に記載の組成物。
【請求項18】
前記アジュバントがサイトカインである、請求項14に記載の組成物。
【請求項19】
前記サイトカインがGM−CSFである、請求項18に記載の組成物。
【請求項20】
プロフェッショナル抗原提示細胞(pAPC)をさらに含む、請求項14〜19のいずれか1項に記載の組成物。
【請求項21】
前記pAPCが樹状細胞である、請求項20に記載の組成物。
【請求項22】
第2のエピトープをさらに含む、請求項14〜21のいずれか1項に記載の組成物。
【請求項23】
前記第2のエピトープがポリペプチドである、請求項22に記載の組成物。
【請求項24】
前記第2のエピトープが核酸である、請求項22に記載の組成物。
【請求項25】
前記第2のエピトープがハウスキーピングエピトープである、請求項22に記載の組成物。
【請求項26】
前記第2のエピトープが免疫性エピトープである、請求項22に記載の組成物。
【請求項27】
請求項1に記載の核酸、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
【請求項28】
請求項1に記載の核酸を含む組換え構築物。
【請求項29】
プラスミド、ウイルスベクター、バクテリアベクター、または人工染色体をさらに含む、請求項28に記載の構築物。
【請求項30】
第2のエピトープ、IRES、ISS、NIS、およびユビキチンからなる群から選択される少なくとも1つの配列をコードする配列をさらに含む、請求項28または29に記載の構築物。
【請求項31】
請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチドを含むペプチド−MHCタンパク質複合体に特異的に結合する、精製された抗体。
【請求項32】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項31に記載の抗体。
【請求項33】
請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチドを含む多量体MHC−ペプチド複合体。
【請求項34】
MHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体を発現する単離されたT細胞であって、該複合体が請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチドを含む、単離されたT細胞。
【請求項35】
in vitro免疫により産生される、請求項34に記載のT細胞。
【請求項36】
免疫された動物から単離される、請求項34に記載のT細胞。
【請求項37】
請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む薬学的組成物。
【請求項38】
MHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体の結合ドメインを含む単離されたタンパク質分子であって、該複合体が請求項1に記載のエピトープを含む、単離されたタンパク質分子。
【請求項39】
前記タンパク質が多価である、請求項38に記載のタンパク質。
【請求項40】
請求項39に記載のタンパク質をコードする、単離された核酸。
【請求項41】
組換え構築物を発現する宿主細胞であって、該構築物が請求項1に記載の核酸を含むか、または該構築物がMHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体の結合ドメインを含むタンパク質分子をコードする、宿主細胞。
【請求項42】
前記宿主細胞が、樹状細胞、マクロファージ、腫瘍細胞、または腫瘍由来細胞である、請求項41に記載の宿主細胞。
【請求項43】
請求項41または42に記載の宿主細胞、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
【請求項44】
請求項1に記載のエピトープ、請求項14〜27、および37のいずれか1項に記載の組成物、請求項28〜30のいずれか1項に記載の構築物、請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、MHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体結合ドメインをコードする核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞およびそれらを含む組成物、ならびに請求項1の核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞およびそれらを含む組成物からなる群から選択される少なくとも1つの構成成分を含む組成物。
【請求項45】
新生細胞を標的とする医薬の製造における、請求項44に記載の組成物の使用。
【請求項46】
前記医薬は、経皮、結節内、結節周囲、経口、静脈内、皮内、筋内、腹腔内、粘膜送達、エーロゾル吸入、および滴注からなる群から選択される送達様式で処方される、請求項45に記載の使用。
【請求項47】
前記医薬は、放射線療法、化学療法、生化学療法、および手術からなる群から選択される癌治療を受けている患者に投与される医薬である、請求項45または46に記載の使用。
【請求項48】
ワクチンまたは免疫原性組成物の免疫原性を評価する方法であって、
請求項44に記載の組成物を動物に投与すること、および
該動物の特徴に基づいて免疫原性を評価すること
を含む方法。
【請求項49】
前記動物がMHCトランスジェニックである請求項48に記載の方法。
【請求項50】
受動/養子免疫治療薬を作製する方法であって、
請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、またはMHC−ペプチド複合体に特異的なT細胞受容体結合ドメインをコードする核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞、または請求項1に記載の核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞を、薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤と組み合わせることを含む方法。
【請求項51】
被検体組織試料中の標的細胞をアッセイする方法であって、
該被験体組織試料を、請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、請求項41または42に記載の宿主細胞、請求項31または32に記載の抗体、および請求項38または39に記載のタンパク質からなる群から選択される少なくとも1つの構成成分とin vitroで接触させること、および
標的細胞数の減少、標的細胞を含む腫瘍の質量またはサイズの低下、細胞内寄生生物感染標的細胞の数または濃度の低減を決定すること
を含む方法。
【請求項52】
ワクチンを作製する方法であって、
請求項1〜13のいずれか1項に記載のポリペプチド、請求項14〜27、37、および43のいずれか1項に記載の組成物、請求項28〜30のいずれか1項に記載の構築物、請求項34〜36のいずれか1項に記載のT細胞、および請求項41または42に記載の宿主細胞からなる群から選択される少なくとも1つの構成成分を、薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤と組み合わせること
を含む方法。
【請求項53】
配列番号400〜410、配列番号325〜344および配列番号445〜571のいずれか1つの配列を包含する分子の物理的、生化学的、免疫学的、または分子遺伝学的特性の解析のための、前記配列の使用。
【図1A】
【図1B】
【図1C】
【図2】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7A】
【図7B】
【図7C】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
【図34】
【図35】
【図36】
【図37】
【図38】
【図39】
【図40】
【図41】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45】
【図46】
【図47】
【図48】
【図49】
【図50】
【図51】
【図52】
【図53】
【図54】
【図55】
【図56】
【図57】
【図58】
【図59】
【図60】
【図61】
【図62】
【図63】
【図64】
【図65】
【図66】
【図67】
【図68】
【図69】
【図70】
【図1B】
【図1C】
【図2】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7A】
【図7B】
【図7C】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
【図34】
【図35】
【図36】
【図37】
【図38】
【図39】
【図40】
【図41】
【図42】
【図43】
【図44】
【図45】
【図46】
【図47】
【図48】
【図49】
【図50】
【図51】
【図52】
【図53】
【図54】
【図55】
【図56】
【図57】
【図58】
【図59】
【図60】
【図61】
【図62】
【図63】
【図64】
【図65】
【図66】
【図67】
【図68】
【図69】
【図70】
【公開番号】特開2010−104370(P2010−104370A)
【公開日】平成22年5月13日(2010.5.13)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−279899(P2009−279899)
【出願日】平成21年12月9日(2009.12.9)
【分割の表示】特願2004−534565(P2004−534565)の分割
【原出願日】平成15年9月5日(2003.9.5)
【出願人】(503208552)マンカインド コーポレイション (50)
【Fターム(参考)】
【公開日】平成22年5月13日(2010.5.13)
【国際特許分類】
【出願日】平成21年12月9日(2009.12.9)
【分割の表示】特願2004−534565(P2004−534565)の分割
【原出願日】平成15年9月5日(2003.9.5)
【出願人】(503208552)マンカインド コーポレイション (50)
【Fターム(参考)】
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