シグナリングプローブを使用する方法および材料
本発明は、標的配列へのハイブリダイゼーションの際にシグナルを生じるシグナリングプローブを用いて細胞を単離し、または細胞株を作製する方法に関する。シグナリングプローブを利用する他の方法としては、ＲＮＡ発現のレベルを定量化する方法、生きた細胞において遺伝的組換え事象を同定する方法、および単離された細胞を用いてトランスジェニック動物を作製する方法が挙げられる。本発明はプロテアーゼプローブも提供する。ステム−ループ構造、３アーム接合構造、およびダンベル構造を形成するシグナリングプローブおよびプロテアーゼプローブを提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
ＲＮＡを潜在的に発現する細胞を提供する工程；
該細胞を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項２】
ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
該ＲＮＡをコードするＤＮＡを細胞に導入する工程；
該細胞を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項３】
内因性ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
内因性ＲＮＡの発現を生じるＤＮＡを細胞に導入する工程；
該細胞を、該内因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項４】
ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
該ＲＮＡをコードし、さらにタグ配列をコードするＤＮＡを細胞に導入する工程；
該細胞を、該タグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項５】
外因性ＲＮＡおよび内因性ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
該外因性ＲＮＡをコードするＤＮＡを細胞に導入する工程であって、該細胞が内因性ＲＮＡを潜在的に発現する、工程；
該細胞を、該外因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該内因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項６】
２つ以上の外因性ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
第一の内因性ＲＮＡの発現を生じるＤＮＡを細胞に導入する工程であって、該細胞がさらなる内因性ＲＮＡを潜在的に発現する、工程；
該細胞を、該第一の内因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該さらなる内因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項７】
２つ以上の異なるＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
２つ以上の異なるＲＮＡを潜在的に発現する細胞を提供する工程；
該細胞を、第一のＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、さらなるＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項８】
２つ以上の異なるＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
第一のＲＮＡをコードする第一のＤＮＡを細胞に導入する工程；
さらなるＲＮＡをコードするさらなるＤＮＡを該細胞に導入する工程；
該細胞を、該第一のＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該さらなるＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項９】
２つ以上の異なる内因性ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
第一の内因性ＲＮＡの発現を生じる第一のＤＮＡを細胞に導入する工程；
さらなる内因性ＲＮＡの発現を生じるさらなるＤＮＡを該細胞に導入する工程；
該細胞を、該第一の内因性ＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該さらなる内因性ＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１０】
２つ以上の異なるＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
第一のＲＮＡをコードし、さらに第一のタグ配列をコードする第一のＤＮＡを細胞に導入する工程；
さらなるＲＮＡをコードし、さらにさらなるタグ配列をコードするさらなるＤＮＡを該細胞に導入する工程；
該細胞を、該第一のタグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該さらなるタグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１１】
１つより多い外因性ＤＮＡのコピーを含む細胞を単離する方法であって、以下：
ＲＮＡをコードし、さらに第一のタグ配列をコードする第一のＤＮＡを細胞に導入する工程；
該ＲＮＡをコードし、およびさらなるタグ配列をさらにコードするさらなるＤＮＡを該細胞に導入する工程；
該細胞を、該第一のタグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該第二のタグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１２】
前記暴露工程を同時に行う、請求項５〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記暴露工程を連続して行う、請求項５〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
２つ以上のＲＮＡまたは該２つ以上のＲＮＡによってコードされるタンパク質が、同一または関連する生物学的経路におけるＲＮＡまたはタンパク質、互いの上流または下流に作用するＲＮＡまたはタンパク質、互いに対して調節機能、活性化機能または抑制機能を有するＲＮＡまたはタンパク質、機能または活性に関して互いに依存するＲＮＡまたはタンパク質、同一複合体の成分であるＲＮＡまたはタンパク質、および同一タンパク質ファミリー由来のタンパク質からなる群より選択される、請求項５〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記第一のシグナリングプローブが、前記第二のシグナリングプローブによって生じるシグナルとは異なるシグナルを生じる、請求項５〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
条件プロモーターの制御下にあるＲＮＡをコードするＤＮＡ構築物を含む細胞を単離する方法であって、以下：
構成的プロモーターの制御下にある第一のＲＮＡをコードするＤＮＡ構築物を細胞に導入する工程であって、該ＤＮＡ構築物は、第二のＲＮＡが発現しない条件下で、条件プロモーターの制御下にある第二のＲＮＡをさらにコードする工程；
該細胞を、該第一のＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１７】
前記ＤＮＡ構築物が、さらに、試験ＲＮＡをコードする、請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
複数の細胞を単離する方法であって、該細胞の部分集合が、該細胞の別の部分集合によって発現されないＲＮＡを発現する方法であって、以下：
複数のＲＮＡをコードする複数のＤＮＡを細胞に導入する工程であって、該複数のＲＮＡの少なくとも１つの部分集合が互いに異なる、工程；
該細胞を、複数の異なるシグナリングプローブに暴露する工程であって、該シグナリングプローブが、該複数のＤＮＡによってコードされる１つ以上のＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる、工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１９】
複数の細胞を単離する方法であって、該細胞の部分集合が、該細胞の別の部分集合によって発現されないＲＮＡを発現する方法であって、以下：
複数の内因性ＲＮＡの発現を生じる複数のＤＮＡを細胞に導入する工程であって、該複数の内因性ＲＮＡの少なくとも１つの部分集合が互いに異なる、工程
該細胞を、複数の異なるシグナリングプローブに暴露する工程であって、該シグナリングプローブが、該複数の内因性ＲＮＡの１つ以上のＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる、工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項２０】
複数の細胞を単離する方法であって、該細胞の少なくとも１つの部分集合が、該細胞の別の部分集合によって発現されないＲＮＡを発現する方法であって、以下：
複数のＲＮＡをコードする複数のＤＮＡを細胞に導入する工程であって、各ＤＮＡはさらにタグ配列をコードする、工程；
該細胞を、該タグ配列へのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項２１】
前記複数のＲＮＡが発現ライブラリーを形成する、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記複数のＲＮＡまたは該複数のＲＮＡによってコードされるタンパク質が、同一または関連する生物学的経路におけるＲＮＡまたはタンパク質、互いの上流または下流に作用するＲＮＡまたはタンパク質、互いに対して調節機能、活性化機能または抑制機能を有するＲＮＡまたはタンパク質、機能または活性に関して互いに依存するＲＮＡまたはタンパク質、同一複合体の成分であるＲＮＡまたはタンパク質、および同一タンパク質ファミリー由来のタンパク質からなる群より選択される、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記複数のＤＮＡの少なくとも１つの部分集合が同一のタグ配列をコードする、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
細胞の２つ以上のＲＮＡ発現ライブラリーを単離する方法であって、以下：
第一のＲＮＡ発現ライブラリーをコードする複数のＤＮＡを細胞に導入する工程であって、各ＤＮＡが、さらに、第一のタグ配列をコードする、工程；
第二のＲＮＡ発現ライブラリーをコードする複数のＤＮＡを該細胞に導入する工程であって、各ＤＮＡが、さらに、第二のタグ配列をコードする、工程；
該細胞を、該第一のタグ配列へのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該第二のタグ配列へのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項２５】
さらに、前記単離された細胞を培養する工程を包含する、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
さらに、前記単離された細胞を培養する工程によって、細胞株または複数の細胞株を作製する工程を包含する、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記タグ配列が複数の標的配列を含み、１つのシグナリングプローブが各標的配列にハイブリダイズする、請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
前記タグ配列が二次構造を有するＲＮＡである、請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
前記タグ配列が、ステム領域、第一のステム−ループ領域および第二のステム−ループ領域を含む３アーム接合構造を形成する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記ＤＮＡが複数のタグ配列をコードする、請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記タグ配列をコードするＤＮＡが前記ＲＮＡをコードするＤＮＡに対してフレーム内にある請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
前記タグ配列をコードするＤＮＡが該ＲＮＡをコードするＤＮＡに対してフレーム外にある請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
さらに、前記提供する工程または導入する工程の前に、前記ＲＮＡ、さらなるＲＮＡまたは複数のＲＮＡの発現を調節する化合物を細胞に添加する工程を包含する、請求項１〜１６、１８〜２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
タンパク質の低下した発現を有する細胞を単離する方法であって以下：
アンチセンスＲＮＡ、または該タンパク質の発現を低下させるｓｈＲＮＡをコードするＤＮＡを細胞に導入する工程；
該細胞を、該アンチセンスＲＮＡまたはｓｈＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および、
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項３５】
前記ＤＮＡが条件プロモーターに作動可能に連結される、請求項２、４、５、８、１０、１１、１８、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＲＮＡが細胞に対して致死的であるか、または損傷的である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＤＮＡが選択マーカーをさらにコードし、ここで、該方法が、該ＤＮＡを細胞に導入する工程の後であるが、該細胞を前記シグナリングプローブに暴露する前に、該選択マーカーを用いて該細胞を選択する工程をさらに包含する、請求項２〜６、８〜１１、１６〜２０、２４または３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
条件プロモーターを活性化する化合物を同定する方法であって、以下：
請求項１６に記載の方法によって単離された細胞に試験化合物を添加する工程；
該条件プロモーターの制御下で第二のＲＮＡの存在に関してアッセイする工程；および
該細胞が該第二のＲＮＡを発現する場合、組織特異的プロモーターを活性化する化合物として試験化合物を同定する工程；
を包含する、方法。
【請求項３９】
条件プロモーターを活性化するＲＮＡを得る方法であって、以下：
請求項１７に記載の方法によって単離された細胞を得る工程；
条件プロモーターの制御下で第二のＲＮＡの存在に関してアッセイする工程；および
該第二のＲＮＡを発現する細胞を得る工程；
を包含する、方法。
【請求項４０】
生物学的試料中のＲＮＡの発現レベルを定量化するための方法であって、以下：
該生物学的試料を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該生物学的試料中のシグナルのレベルを定量する工程；および
該シグナルのレベルを該ＲＮＡの発現レベルと相関させる工程；
を包含する、方法。
【請求項４１】
ＲＮＡの発現を調節する化合物を同定する方法であって、以下：
該ＲＮＡを発現する細胞に試験化合物を添加する工程；
該細胞を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；
該試験化合物に暴露した細胞によって生じるシグナルを、該試験化合物に暴露しなかった細胞によって生じるシグナルと比較する工程；
を包含し、
ここで、該試験化合物に暴露しなかった細胞によって生じたシグナルと比較して該試験化合物に暴露された細胞によって生じたシグナルの増加または減少が、該化合物が該ＲＮＡの発現を調節する化合物であることを示す、方法。
【請求項４２】
前記ＲＮＡが、細胞に導入されるＤＮＡによってコードされる、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
ＲＮＡの発現を調節するＲＮＡを同定する方法であって、以下：
試験ＲＮＡを細胞に導入する工程であって、該細胞がＲＮＡを含む、工程；
該細胞を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
該試験ＲＮＡに暴露された細胞によって生じたシグナルを、該試験ＲＮＡに暴露されなかった細胞によって生じたシグナルと比較する工程；
を包含し、
ここで、該試験ＲＮＡに暴露しなかった細胞によって生じたシグナルと比較して該試験ＲＮＡに暴露された細胞によって生じたシグナルの増加または減少は、該試験ＲＮＡが該ＲＮＡの発現を調節することを示す、方法。
【請求項４４】
生きた細胞における遺伝的組換え事象を同定するための方法であって、以下
細胞を、組換え配列から転写されたＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程を包含し、
ここで、該シグナルを生じる細胞の検出は、該細胞が遺伝的組換え事象を含むことを示唆する、方法。
【請求項４５】
さらに、シグナルを生じる細胞を単離する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
請求項１〜２４、３４または４５のいずれか１項に記載の方法によって得られた、細胞。
【請求項４７】
前記細胞が細胞ベースのアッセイで用いられる、請求項４６に記載の細胞。
【請求項４８】
前記細胞が動物に移植される、請求項４６に記載の細胞。
【請求項４９】
前記細胞が胚性幹細胞である、請求項４６に記載の細胞。
【請求項５０】
請求項４９に記載の胚性幹細胞を用いて、トランスジェニック動物またはキメラ動物を作製する工程を包含する、トランスジェニック動物をまたはキメラ動物を作製する、方法。
【請求項５１】
前記シグナリングプローブが、少なくとも１つの互いに相補的な領域を形成する核酸または修飾された核酸の２つの別個の鎖を含む、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
前記２つの別個の鎖が５’末端〜３’末端の連続する互いに相補的な領域を形成し、ここで、該２つの鎖は同じ数のヌクレオチドを有する、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
互いに相補的な領域が前記２つの鎖の間で形成された後、１つの鎖の５’末端が他の鎖からずれているか、またはその鎖の３’末端が他の鎖からずれているか、またはその両方であり、ここで、該ずれは１０までのヌクレオチドまたは修飾されたヌクレオチドである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
前記核酸がＤＮＡ、ＲＮＡまたはその両方である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５５】
前記修飾された核酸が、ペプチド核酸、化学的に修飾されたＤＮＡ、化学的に修飾されたＲＮＡ、またはこれらの組合せを含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５６】
前記修飾された核酸が糖基、ホスホジエステル結合および塩基性基の１つ以上において化学的に修飾されている、請求項５１に記載の方法。
【請求項５７】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＯＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＮＨＰ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ３）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−および−ＯＣ（Ｏ）２ＮＨ−からなる群より選択される化学基で置換されている、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−または−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−で置換されている、請求項５６に記載の方法。
【請求項５９】
化学的に修飾されたＲＮＡの２’位が、Ｃ１−Ｃ４アルコキシ、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ｎ＝０，１．．．３０）、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキルおよびＯＣＨ３からなる群より選択される化学基を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項６０】
前記化学的に修飾されたＲＮＡが２’−Ｏ−メチル置換を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項６１】
前記シグナリングプローブが２つの化学基を含む相互作用する対を含み、ここで、１つの化学基が１つの鎖の１つの末端に存在し、ここで、該他の化学基が他の鎖の隣接末端に存在する、請求項５１に記載の方法。
【請求項６２】
前記シグナリングプローブが２つの相互作用する対を有し、ここで、該プローブの各末端が両方の鎖の隣接末端において１つの相互作用する対を有する、請求項５１に記載の方法。
【請求項６３】
前記相互作用する対が、フルオロフォアおよびクエンチャー、化学発光標識およびクエンチャーまたはアダクト、色素ダイマー、ＦＲＥＴドナーおよびアクセプター、ハーベスターおよびエミッターフルオロフォア、ならびに酵素および該酵素のインヒビターまたは該酵素を可逆的に不活化し得る別の分子からなる群より選択される、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
前記シグナリングプローブがステム−ループ構造を含む、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
前記シグナリングプローブが、２つのステム領域を含むダンベル構造を含む、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６６】
前記シグナリングプローブが、ステム領域、第一のステム−ループ領域および第二のステム−ループ領域を含む３アーム接合構造を形成する一本鎖を含む、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６７】
前記構造の領域が前記ステム領域のそれぞれのアームを介してホスホジエステル結合または修飾されたホスホジエステル結合によって連結されている、請求項６５または６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記構造がＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド核酸、化学的に修飾されたＤＮＡ、ＲＮＡ、またはこれらの組合せである、請求項６４〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６９】
前記構造が糖基、ホスホジエステル結合および塩基の１つ以上において化学的に修飾されている、請求項６４〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７０】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＯＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＮＨＰ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ３）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−および−ＯＣ（Ｏ）２ＮＨ−からなる群より選択される化学基で置換されている、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記ホスホジエステル結合が−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−または−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−で置換されている、請求項６９に記載の方法。
【請求項７２】
前記化学的に修飾されたＲＮＡの２’位が、Ｃ１−Ｃ４アルコキシ、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ｎ＝０，１．．．３０）、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキルおよびＯＣＨ３からなる群より選択される化学基を含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７３】
前記化学的に修飾されたＲＮＡが２’−Ｏ−メチル置換を有する、請求項６９に記載の方法。
【請求項７４】
前記相互作用する対が、フルオロフォアとクエンチャー、化学発光標識とクエンチャーまたはアダクト、色素ダイマーとＦＲＥＴドナーおよびアクセプター、ハーベスターとエミッターフルオロフォア、タンパク質分解酵素と該タンパク質分解酵素のインヒビターまたは該酵素を可逆的に不活化し得る別の分子からなる群より選択される、請求項６４〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７５】
前記シグナリングプローブが、前記鎖の１つの末端に少なくとも２つのフルオロフォア、および該鎖の他の末端にクエンチャーを含み、ここで、該２つのフルオロフォアはＦＲＥＴドナーおよびアクセプター対である請求項６４〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７６】
標的配列に相補的な配列および互いに相補的な配列、酵素および該酵素のインヒビターを含む核酸または修飾された核酸を含むプローブであって、ここで、該プローブは、該標的配列へのハイブリダイゼーションの際に酵素活性の検出可能な増加を生じる、プローブ。
【請求項７７】
前記酵素がタンパク質分解酵素である、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項７８】
前記プローブが、少なくとも１つの互いに相補的な領域を形成する核酸または修飾された核酸の２つの別個の鎖を含む、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項７９】
酵素が１つの鎖の１つの末端に存在し、該酵素のインヒビターが他の鎖の隣接する末端に存在する、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項８０】
前記２つの別個の鎖が５’末端〜３’末端の連続する互いに相補的な領域を形成し、該２つの鎖は同じ数のヌクレオチドを有する、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８１】
互いに相補的な領域が２つの鎖の間で形成された後、１つの鎖の５’末端が他の鎖からずれているか、またはその鎖の３’末端が他の鎖からずれているか、またはその両方であり、ここで、該ずれは１０までのヌクレオチドまたは修飾されたヌクレオチドである、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８２】
前記核酸がＤＮＡ、ＲＮＡ、またはその両方である、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８３】
前記修飾された核酸が、ペプチド核酸、化学的に修飾されたＤＮＡもしくはＲＮＡ、またはこれらの組合せを含む、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８４】
前記修飾された核酸が、糖基、ホスホジエステル結合および塩基性基の１つ以上において化学的に修飾されている、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８５】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＯＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＮＨＰ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ２）ＮＨ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ３）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−および−ＯＣ（Ｏ）２ＮＨ−からなる群より選択される化学基で置換されている、請求項８４に記載のプローブ。
【請求項８６】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−または−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−で置換されている、請求項８４に記載のプローブ。
【請求項８７】
化学的に修飾されたＲＮＡの２’位が、Ｃ１−Ｃ４アルコキシ、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ｎ＝０，１．．．３０）、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキルおよびＯＣＨ３からなる群より選択される化学基を含む、請求項８４に記載のプローブ。
【請求項８８】
前記化学的に修飾されたＲＮＡが２’−Ｏ−メチル置換を含む、請求項８４に記載のプローブ。
【請求項８９】
ステム−ループ構造を含む、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項９０】
２つのステム領域を含むダンベル構造を含む、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項９１】
ステム領域、第一のステム−ループ領域および第二のステム−ループ領域を含む３アーム接合構造を含む、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項９２】
前記構造の領域が前記ステム領域のそれぞれのアームを介してホスホジエステル結合または修飾されたホスホジエステル結合によって連結されている、請求項９０または９１に記載のプローブ。
【請求項９３】
前記構造がＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド核酸、化学的に修飾されたＤＮＡ、ＲＮＡ、またはこれらの組合せである請求項９０〜９２のいずれか１項に記載のプローブ。
【請求項９４】
前記構造が、糖基、ホスホジエステル結合および塩基の１つ以上において化学的に修飾されている、請求項９０〜９２のいずれか１項に記載のプローブ。
【請求項９５】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＯＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＮＨＰ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ２）ＮＨ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ３）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−および−ＯＣ（Ｏ）２ＮＨ−からなる群より選択される化学基で置換されている、請求項９４に記載のプローブ。
【請求項９６】
前記ホスホジエステル結合が−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−または−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−で置換されている、請求項９４に記載のプローブ。
【請求項９７】
前記化学的に修飾されたＲＮＡの２’位がＣ１−Ｃ４アルコキシ、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ｎ＝０，１．．．３０）、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキルおよびＯＣＨ３からなる群より選択される化学基を含む、請求項９４に記載のプローブ。
【請求項９８】
前記化学的に修飾されたＲＮＡが２’−Ｏ−メチル置換を有する、請求項９４に記載のプローブ。
【請求項９９】
目的のＲＮＡおよびタグ配列をコードするＤＮＡ配列を含む、ＤＮＡ構築物。
【請求項１００】
請求項９９に記載のＤＮＡ構築物を含む、ベクター。
【請求項１０１】
請求項９９に記載のＤＮＡ構築物を含む、細胞。
【請求項１０２】
前記細胞が不死化された、初代幹細胞または生殖細胞である、請求項１０１に記載の細胞。
【請求項１０３】
それぞれが安定に組み込まれた発現された配列を含む少なくとも１，０００個の細胞株を含む、哺乳動物細胞株のライブラリー。
【請求項１０４】
それぞれが少なくとも２つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも５００個の細胞株を含む、哺乳動物細胞株のライブラリー。
【請求項１０５】
それぞれが少なくとも３つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも５０個の細胞株を含む、哺乳動物細胞株のライブラリー。
【請求項１０６】
それぞれが少なくとも４つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも２０個の細胞株を含む、哺乳動物細胞株のライブラリー。
【請求項１０７】
それぞれが少なくとも１つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも５０個の細胞株を含む哺乳動物細胞株のライブラリーであって、該細胞株が、薬物耐性遺伝子を欠く、ライブラリー。
【請求項１０８】
それぞれが少なくとも２つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも２０個の細胞株を含む哺乳動物細胞株のライブラリーであって、該細胞株が、薬物耐性遺伝子を欠く、ライブラリー。
【請求項１０９】
各細胞株が可変ライブラリー配列を含む、請求項１０３〜１０８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１１０】
前記発現ライブラリーの可変配列が、ゲノム配列、ゲノム非翻訳配列、ゲノム翻訳配列、遺伝子配列、ｃＤＮＡ配列、ＥＳＴ配列、オリゴ配列、ランダム配列、ＲＮＡ配列、タンパク質配列、タンパク質ドメイン配列、ペプチド配列、イントロン配列、エクソン配列、タグ配列、もしくはリンカー配列、またはこれらの組合せ、またはこれらの組換え物、あるいは未修飾配列、突然変異誘発配列、ランダム化配列、シャッフルされた配列または組換え配列の１つ以上からなる群より選択される、請求項１０９に記載のライブラリー。
【請求項１１１】
前記ライブラリーが未知の配列同一性を有する複数の異なる配列を用いて作製される、請求項１０３〜１０８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１１２】
前記ライブラリーが複数の構築物を含み、各構築物が既知の配列同一性を有する配列を含む、請求項１０３〜１０８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１１３】
前記配列が共有された配列相同性、機能的重要性、または関連起源を有する、請求項１１１または１１２に記載のライブラリー。
【請求項１１４】
前記ライブラリーが細胞ベースのスクリーニングアッセイで用いられる、請求項１０３〜１０８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１１５】
シグナリングプローブを用いる、細胞における標的の検出を増強する化合物を同定する方法であって、以下：
標的配列を含む細胞にシグナリングプローブを導入する工程であって、ここで、該シグナリングプローブは標的配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる、工程；
該細胞を試験化合物に暴露する工程；および
該細胞によって生じるシグナルを検出する工程；
を包含し、
ここで、該試験化合物に暴露されなかった細胞によって生じたシグナルと比較して該試験化合物に暴露された細胞によって生じたシグナルの増加は、該試験化合物が、シグナリングプローブを用いる細胞における標的の検出を増強させる化合物であることを示す、方法。
【請求項１１６】
シグナリングプローブの細胞への導入を媒介し、または改良する化合物を同定する方法であって、以下：
試験化合物の存在下でシグナリングプローブに細胞を暴露する工程であって、ここで、該細胞は標的配列を含み、該シグナリングプローブは該標的配列とのハイブリダイゼーションの際にシグナルを生じる、工程；および
該細胞によって生じたシグナルを検出する工程；
を包含し、
ここで、該試験化合物に暴露されなかった細胞と比較して該試験化合物に暴露された細胞によって生じたシグナルの増加は、該試験化合物が、シグナリングプローブの細胞への導入を媒介し、または改良する化合物であることを示す、方法。
【請求項１】
ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
ＲＮＡを潜在的に発現する細胞を提供する工程；
該細胞を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項２】
ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
該ＲＮＡをコードするＤＮＡを細胞に導入する工程；
該細胞を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項３】
内因性ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
内因性ＲＮＡの発現を生じるＤＮＡを細胞に導入する工程；
該細胞を、該内因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項４】
ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
該ＲＮＡをコードし、さらにタグ配列をコードするＤＮＡを細胞に導入する工程；
該細胞を、該タグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項５】
外因性ＲＮＡおよび内因性ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
該外因性ＲＮＡをコードするＤＮＡを細胞に導入する工程であって、該細胞が内因性ＲＮＡを潜在的に発現する、工程；
該細胞を、該外因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該内因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項６】
２つ以上の外因性ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
第一の内因性ＲＮＡの発現を生じるＤＮＡを細胞に導入する工程であって、該細胞がさらなる内因性ＲＮＡを潜在的に発現する、工程；
該細胞を、該第一の内因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該さらなる内因性ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項７】
２つ以上の異なるＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
２つ以上の異なるＲＮＡを潜在的に発現する細胞を提供する工程；
該細胞を、第一のＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、さらなるＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項８】
２つ以上の異なるＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
第一のＲＮＡをコードする第一のＤＮＡを細胞に導入する工程；
さらなるＲＮＡをコードするさらなるＤＮＡを該細胞に導入する工程；
該細胞を、該第一のＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該さらなるＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項９】
２つ以上の異なる内因性ＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
第一の内因性ＲＮＡの発現を生じる第一のＤＮＡを細胞に導入する工程；
さらなる内因性ＲＮＡの発現を生じるさらなるＤＮＡを該細胞に導入する工程；
該細胞を、該第一の内因性ＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該さらなる内因性ＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１０】
２つ以上の異なるＲＮＡを発現する細胞を単離する方法であって、以下：
第一のＲＮＡをコードし、さらに第一のタグ配列をコードする第一のＤＮＡを細胞に導入する工程；
さらなるＲＮＡをコードし、さらにさらなるタグ配列をコードするさらなるＤＮＡを該細胞に導入する工程；
該細胞を、該第一のタグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該さらなるタグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１１】
１つより多い外因性ＤＮＡのコピーを含む細胞を単離する方法であって、以下：
ＲＮＡをコードし、さらに第一のタグ配列をコードする第一のＤＮＡを細胞に導入する工程；
該ＲＮＡをコードし、およびさらなるタグ配列をさらにコードするさらなるＤＮＡを該細胞に導入する工程；
該細胞を、該第一のタグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該第二のタグ配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１２】
前記暴露工程を同時に行う、請求項５〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記暴露工程を連続して行う、請求項５〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
２つ以上のＲＮＡまたは該２つ以上のＲＮＡによってコードされるタンパク質が、同一または関連する生物学的経路におけるＲＮＡまたはタンパク質、互いの上流または下流に作用するＲＮＡまたはタンパク質、互いに対して調節機能、活性化機能または抑制機能を有するＲＮＡまたはタンパク質、機能または活性に関して互いに依存するＲＮＡまたはタンパク質、同一複合体の成分であるＲＮＡまたはタンパク質、および同一タンパク質ファミリー由来のタンパク質からなる群より選択される、請求項５〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記第一のシグナリングプローブが、前記第二のシグナリングプローブによって生じるシグナルとは異なるシグナルを生じる、請求項５〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
条件プロモーターの制御下にあるＲＮＡをコードするＤＮＡ構築物を含む細胞を単離する方法であって、以下：
構成的プロモーターの制御下にある第一のＲＮＡをコードするＤＮＡ構築物を細胞に導入する工程であって、該ＤＮＡ構築物は、第二のＲＮＡが発現しない条件下で、条件プロモーターの制御下にある第二のＲＮＡをさらにコードする工程；
該細胞を、該第一のＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１７】
前記ＤＮＡ構築物が、さらに、試験ＲＮＡをコードする、請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
複数の細胞を単離する方法であって、該細胞の部分集合が、該細胞の別の部分集合によって発現されないＲＮＡを発現する方法であって、以下：
複数のＲＮＡをコードする複数のＤＮＡを細胞に導入する工程であって、該複数のＲＮＡの少なくとも１つの部分集合が互いに異なる、工程；
該細胞を、複数の異なるシグナリングプローブに暴露する工程であって、該シグナリングプローブが、該複数のＤＮＡによってコードされる１つ以上のＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる、工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項１９】
複数の細胞を単離する方法であって、該細胞の部分集合が、該細胞の別の部分集合によって発現されないＲＮＡを発現する方法であって、以下：
複数の内因性ＲＮＡの発現を生じる複数のＤＮＡを細胞に導入する工程であって、該複数の内因性ＲＮＡの少なくとも１つの部分集合が互いに異なる、工程
該細胞を、複数の異なるシグナリングプローブに暴露する工程であって、該シグナリングプローブが、該複数の内因性ＲＮＡの１つ以上のＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる、工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項２０】
複数の細胞を単離する方法であって、該細胞の少なくとも１つの部分集合が、該細胞の別の部分集合によって発現されないＲＮＡを発現する方法であって、以下：
複数のＲＮＡをコードする複数のＤＮＡを細胞に導入する工程であって、各ＤＮＡはさらにタグ配列をコードする、工程；
該細胞を、該タグ配列へのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項２１】
前記複数のＲＮＡが発現ライブラリーを形成する、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記複数のＲＮＡまたは該複数のＲＮＡによってコードされるタンパク質が、同一または関連する生物学的経路におけるＲＮＡまたはタンパク質、互いの上流または下流に作用するＲＮＡまたはタンパク質、互いに対して調節機能、活性化機能または抑制機能を有するＲＮＡまたはタンパク質、機能または活性に関して互いに依存するＲＮＡまたはタンパク質、同一複合体の成分であるＲＮＡまたはタンパク質、および同一タンパク質ファミリー由来のタンパク質からなる群より選択される、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記複数のＤＮＡの少なくとも１つの部分集合が同一のタグ配列をコードする、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
細胞の２つ以上のＲＮＡ発現ライブラリーを単離する方法であって、以下：
第一のＲＮＡ発現ライブラリーをコードする複数のＤＮＡを細胞に導入する工程であって、各ＤＮＡが、さらに、第一のタグ配列をコードする、工程；
第二のＲＮＡ発現ライブラリーをコードする複数のＤＮＡを該細胞に導入する工程であって、各ＤＮＡが、さらに、第二のタグ配列をコードする、工程；
該細胞を、該第一のタグ配列へのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該細胞を、該第二のタグ配列へのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第二のシグナリングプローブに暴露する工程；および
両方のシグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項２５】
さらに、前記単離された細胞を培養する工程を包含する、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
さらに、前記単離された細胞を培養する工程によって、細胞株または複数の細胞株を作製する工程を包含する、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記タグ配列が複数の標的配列を含み、１つのシグナリングプローブが各標的配列にハイブリダイズする、請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
前記タグ配列が二次構造を有するＲＮＡである、請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
前記タグ配列が、ステム領域、第一のステム−ループ領域および第二のステム−ループ領域を含む３アーム接合構造を形成する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記ＤＮＡが複数のタグ配列をコードする、請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記タグ配列をコードするＤＮＡが前記ＲＮＡをコードするＤＮＡに対してフレーム内にある請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
前記タグ配列をコードするＤＮＡが該ＲＮＡをコードするＤＮＡに対してフレーム外にある請求項４、１０、１１、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
さらに、前記提供する工程または導入する工程の前に、前記ＲＮＡ、さらなるＲＮＡまたは複数のＲＮＡの発現を調節する化合物を細胞に添加する工程を包含する、請求項１〜１６、１８〜２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
タンパク質の低下した発現を有する細胞を単離する方法であって以下：
アンチセンスＲＮＡ、または該タンパク質の発現を低下させるｓｈＲＮＡをコードするＤＮＡを細胞に導入する工程；
該細胞を、該アンチセンスＲＮＡまたはｓｈＲＮＡへのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および、
シグナルを生じる細胞を単離する工程；
を包含する、方法。
【請求項３５】
前記ＤＮＡが条件プロモーターに作動可能に連結される、請求項２、４、５、８、１０、１１、１８、２０または２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＲＮＡが細胞に対して致死的であるか、または損傷的である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＤＮＡが選択マーカーをさらにコードし、ここで、該方法が、該ＤＮＡを細胞に導入する工程の後であるが、該細胞を前記シグナリングプローブに暴露する前に、該選択マーカーを用いて該細胞を選択する工程をさらに包含する、請求項２〜６、８〜１１、１６〜２０、２４または３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
条件プロモーターを活性化する化合物を同定する方法であって、以下：
請求項１６に記載の方法によって単離された細胞に試験化合物を添加する工程；
該条件プロモーターの制御下で第二のＲＮＡの存在に関してアッセイする工程；および
該細胞が該第二のＲＮＡを発現する場合、組織特異的プロモーターを活性化する化合物として試験化合物を同定する工程；
を包含する、方法。
【請求項３９】
条件プロモーターを活性化するＲＮＡを得る方法であって、以下：
請求項１７に記載の方法によって単離された細胞を得る工程；
条件プロモーターの制御下で第二のＲＮＡの存在に関してアッセイする工程；および
該第二のＲＮＡを発現する細胞を得る工程；
を包含する、方法。
【請求項４０】
生物学的試料中のＲＮＡの発現レベルを定量化するための方法であって、以下：
該生物学的試料を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる第一のシグナリングプローブに暴露する工程；
該生物学的試料中のシグナルのレベルを定量する工程；および
該シグナルのレベルを該ＲＮＡの発現レベルと相関させる工程；
を包含する、方法。
【請求項４１】
ＲＮＡの発現を調節する化合物を同定する方法であって、以下：
該ＲＮＡを発現する細胞に試験化合物を添加する工程；
該細胞を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；
該試験化合物に暴露した細胞によって生じるシグナルを、該試験化合物に暴露しなかった細胞によって生じるシグナルと比較する工程；
を包含し、
ここで、該試験化合物に暴露しなかった細胞によって生じたシグナルと比較して該試験化合物に暴露された細胞によって生じたシグナルの増加または減少が、該化合物が該ＲＮＡの発現を調節する化合物であることを示す、方法。
【請求項４２】
前記ＲＮＡが、細胞に導入されるＤＮＡによってコードされる、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
ＲＮＡの発現を調節するＲＮＡを同定する方法であって、以下：
試験ＲＮＡを細胞に導入する工程であって、該細胞がＲＮＡを含む、工程；
該細胞を、該ＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程；および
該試験ＲＮＡに暴露された細胞によって生じたシグナルを、該試験ＲＮＡに暴露されなかった細胞によって生じたシグナルと比較する工程；
を包含し、
ここで、該試験ＲＮＡに暴露しなかった細胞によって生じたシグナルと比較して該試験ＲＮＡに暴露された細胞によって生じたシグナルの増加または減少は、該試験ＲＮＡが該ＲＮＡの発現を調節することを示す、方法。
【請求項４４】
生きた細胞における遺伝的組換え事象を同定するための方法であって、以下
細胞を、組換え配列から転写されたＲＮＡとのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じるシグナリングプローブに暴露する工程を包含し、
ここで、該シグナルを生じる細胞の検出は、該細胞が遺伝的組換え事象を含むことを示唆する、方法。
【請求項４５】
さらに、シグナルを生じる細胞を単離する工程を包含する、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
請求項１〜２４、３４または４５のいずれか１項に記載の方法によって得られた、細胞。
【請求項４７】
前記細胞が細胞ベースのアッセイで用いられる、請求項４６に記載の細胞。
【請求項４８】
前記細胞が動物に移植される、請求項４６に記載の細胞。
【請求項４９】
前記細胞が胚性幹細胞である、請求項４６に記載の細胞。
【請求項５０】
請求項４９に記載の胚性幹細胞を用いて、トランスジェニック動物またはキメラ動物を作製する工程を包含する、トランスジェニック動物をまたはキメラ動物を作製する、方法。
【請求項５１】
前記シグナリングプローブが、少なくとも１つの互いに相補的な領域を形成する核酸または修飾された核酸の２つの別個の鎖を含む、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
前記２つの別個の鎖が５’末端〜３’末端の連続する互いに相補的な領域を形成し、ここで、該２つの鎖は同じ数のヌクレオチドを有する、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
互いに相補的な領域が前記２つの鎖の間で形成された後、１つの鎖の５’末端が他の鎖からずれているか、またはその鎖の３’末端が他の鎖からずれているか、またはその両方であり、ここで、該ずれは１０までのヌクレオチドまたは修飾されたヌクレオチドである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
前記核酸がＤＮＡ、ＲＮＡまたはその両方である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５５】
前記修飾された核酸が、ペプチド核酸、化学的に修飾されたＤＮＡ、化学的に修飾されたＲＮＡ、またはこれらの組合せを含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５６】
前記修飾された核酸が糖基、ホスホジエステル結合および塩基性基の１つ以上において化学的に修飾されている、請求項５１に記載の方法。
【請求項５７】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＯＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＮＨＰ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ３）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−および−ＯＣ（Ｏ）２ＮＨ−からなる群より選択される化学基で置換されている、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−または−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−で置換されている、請求項５６に記載の方法。
【請求項５９】
化学的に修飾されたＲＮＡの２’位が、Ｃ１−Ｃ４アルコキシ、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ｎ＝０，１．．．３０）、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキルおよびＯＣＨ３からなる群より選択される化学基を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項６０】
前記化学的に修飾されたＲＮＡが２’−Ｏ−メチル置換を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項６１】
前記シグナリングプローブが２つの化学基を含む相互作用する対を含み、ここで、１つの化学基が１つの鎖の１つの末端に存在し、ここで、該他の化学基が他の鎖の隣接末端に存在する、請求項５１に記載の方法。
【請求項６２】
前記シグナリングプローブが２つの相互作用する対を有し、ここで、該プローブの各末端が両方の鎖の隣接末端において１つの相互作用する対を有する、請求項５１に記載の方法。
【請求項６３】
前記相互作用する対が、フルオロフォアおよびクエンチャー、化学発光標識およびクエンチャーまたはアダクト、色素ダイマー、ＦＲＥＴドナーおよびアクセプター、ハーベスターおよびエミッターフルオロフォア、ならびに酵素および該酵素のインヒビターまたは該酵素を可逆的に不活化し得る別の分子からなる群より選択される、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
前記シグナリングプローブがステム−ループ構造を含む、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
前記シグナリングプローブが、２つのステム領域を含むダンベル構造を含む、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６６】
前記シグナリングプローブが、ステム領域、第一のステム−ループ領域および第二のステム−ループ領域を含む３アーム接合構造を形成する一本鎖を含む、請求項１〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６７】
前記構造の領域が前記ステム領域のそれぞれのアームを介してホスホジエステル結合または修飾されたホスホジエステル結合によって連結されている、請求項６５または６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記構造がＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド核酸、化学的に修飾されたＤＮＡ、ＲＮＡ、またはこれらの組合せである、請求項６４〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６９】
前記構造が糖基、ホスホジエステル結合および塩基の１つ以上において化学的に修飾されている、請求項６４〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７０】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＯＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＮＨＰ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２ＮＨ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ３）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−および−ＯＣ（Ｏ）２ＮＨ−からなる群より選択される化学基で置換されている、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記ホスホジエステル結合が−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−または−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−で置換されている、請求項６９に記載の方法。
【請求項７２】
前記化学的に修飾されたＲＮＡの２’位が、Ｃ１−Ｃ４アルコキシ、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ｎ＝０，１．．．３０）、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキルおよびＯＣＨ３からなる群より選択される化学基を含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７３】
前記化学的に修飾されたＲＮＡが２’−Ｏ−メチル置換を有する、請求項６９に記載の方法。
【請求項７４】
前記相互作用する対が、フルオロフォアとクエンチャー、化学発光標識とクエンチャーまたはアダクト、色素ダイマーとＦＲＥＴドナーおよびアクセプター、ハーベスターとエミッターフルオロフォア、タンパク質分解酵素と該タンパク質分解酵素のインヒビターまたは該酵素を可逆的に不活化し得る別の分子からなる群より選択される、請求項６４〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７５】
前記シグナリングプローブが、前記鎖の１つの末端に少なくとも２つのフルオロフォア、および該鎖の他の末端にクエンチャーを含み、ここで、該２つのフルオロフォアはＦＲＥＴドナーおよびアクセプター対である請求項６４〜６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７６】
標的配列に相補的な配列および互いに相補的な配列、酵素および該酵素のインヒビターを含む核酸または修飾された核酸を含むプローブであって、ここで、該プローブは、該標的配列へのハイブリダイゼーションの際に酵素活性の検出可能な増加を生じる、プローブ。
【請求項７７】
前記酵素がタンパク質分解酵素である、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項７８】
前記プローブが、少なくとも１つの互いに相補的な領域を形成する核酸または修飾された核酸の２つの別個の鎖を含む、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項７９】
酵素が１つの鎖の１つの末端に存在し、該酵素のインヒビターが他の鎖の隣接する末端に存在する、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項８０】
前記２つの別個の鎖が５’末端〜３’末端の連続する互いに相補的な領域を形成し、該２つの鎖は同じ数のヌクレオチドを有する、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８１】
互いに相補的な領域が２つの鎖の間で形成された後、１つの鎖の５’末端が他の鎖からずれているか、またはその鎖の３’末端が他の鎖からずれているか、またはその両方であり、ここで、該ずれは１０までのヌクレオチドまたは修飾されたヌクレオチドである、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８２】
前記核酸がＤＮＡ、ＲＮＡ、またはその両方である、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８３】
前記修飾された核酸が、ペプチド核酸、化学的に修飾されたＤＮＡもしくはＲＮＡ、またはこれらの組合せを含む、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８４】
前記修飾された核酸が、糖基、ホスホジエステル結合および塩基性基の１つ以上において化学的に修飾されている、請求項７８に記載のプローブ。
【請求項８５】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＯＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＮＨＰ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ２）ＮＨ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ３）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−および−ＯＣ（Ｏ）２ＮＨ−からなる群より選択される化学基で置換されている、請求項８４に記載のプローブ。
【請求項８６】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−または−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−で置換されている、請求項８４に記載のプローブ。
【請求項８７】
化学的に修飾されたＲＮＡの２’位が、Ｃ１−Ｃ４アルコキシ、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ｎ＝０，１．．．３０）、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキルおよびＯＣＨ３からなる群より選択される化学基を含む、請求項８４に記載のプローブ。
【請求項８８】
前記化学的に修飾されたＲＮＡが２’−Ｏ−メチル置換を含む、請求項８４に記載のプローブ。
【請求項８９】
ステム−ループ構造を含む、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項９０】
２つのステム領域を含むダンベル構造を含む、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項９１】
ステム領域、第一のステム−ループ領域および第二のステム−ループ領域を含む３アーム接合構造を含む、請求項７６に記載のプローブ。
【請求項９２】
前記構造の領域が前記ステム領域のそれぞれのアームを介してホスホジエステル結合または修飾されたホスホジエステル結合によって連結されている、請求項９０または９１に記載のプローブ。
【請求項９３】
前記構造がＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド核酸、化学的に修飾されたＤＮＡ、ＲＮＡ、またはこれらの組合せである請求項９０〜９２のいずれか１項に記載のプローブ。
【請求項９４】
前記構造が、糖基、ホスホジエステル結合および塩基の１つ以上において化学的に修飾されている、請求項９０〜９２のいずれか１項に記載のプローブ。
【請求項９５】
前記ホスホジエステル結合が、−ＯＰ（ＯＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−、−ＮＨＰ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ２）ＮＨ−、−ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ３）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（ＣＨ２Ｃ６Ｈ５）（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−および−ＯＣ（Ｏ）２ＮＨ−からなる群より選択される化学基で置換されている、請求項９４に記載のプローブ。
【請求項９６】
前記ホスホジエステル結合が−ＯＰ（ＳＨ）（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｓ−Ｍ＋）（Ｏ）Ｏ−または−Ｐ（Ｓ）（Ｏ）Ｏ−で置換されている、請求項９４に記載のプローブ。
【請求項９７】
前記化学的に修飾されたＲＮＡの２’位がＣ１−Ｃ４アルコキシ、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ３、ＯＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−（ＣＨ２）ｎＣＨ３（ｎ＝０，１．．．３０）、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキルおよびＯＣＨ３からなる群より選択される化学基を含む、請求項９４に記載のプローブ。
【請求項９８】
前記化学的に修飾されたＲＮＡが２’−Ｏ−メチル置換を有する、請求項９４に記載のプローブ。
【請求項９９】
目的のＲＮＡおよびタグ配列をコードするＤＮＡ配列を含む、ＤＮＡ構築物。
【請求項１００】
請求項９９に記載のＤＮＡ構築物を含む、ベクター。
【請求項１０１】
請求項９９に記載のＤＮＡ構築物を含む、細胞。
【請求項１０２】
前記細胞が不死化された、初代幹細胞または生殖細胞である、請求項１０１に記載の細胞。
【請求項１０３】
それぞれが安定に組み込まれた発現された配列を含む少なくとも１，０００個の細胞株を含む、哺乳動物細胞株のライブラリー。
【請求項１０４】
それぞれが少なくとも２つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも５００個の細胞株を含む、哺乳動物細胞株のライブラリー。
【請求項１０５】
それぞれが少なくとも３つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも５０個の細胞株を含む、哺乳動物細胞株のライブラリー。
【請求項１０６】
それぞれが少なくとも４つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも２０個の細胞株を含む、哺乳動物細胞株のライブラリー。
【請求項１０７】
それぞれが少なくとも１つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも５０個の細胞株を含む哺乳動物細胞株のライブラリーであって、該細胞株が、薬物耐性遺伝子を欠く、ライブラリー。
【請求項１０８】
それぞれが少なくとも２つの安定に組み込まれた配列を含む少なくとも２０個の細胞株を含む哺乳動物細胞株のライブラリーであって、該細胞株が、薬物耐性遺伝子を欠く、ライブラリー。
【請求項１０９】
各細胞株が可変ライブラリー配列を含む、請求項１０３〜１０８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１１０】
前記発現ライブラリーの可変配列が、ゲノム配列、ゲノム非翻訳配列、ゲノム翻訳配列、遺伝子配列、ｃＤＮＡ配列、ＥＳＴ配列、オリゴ配列、ランダム配列、ＲＮＡ配列、タンパク質配列、タンパク質ドメイン配列、ペプチド配列、イントロン配列、エクソン配列、タグ配列、もしくはリンカー配列、またはこれらの組合せ、またはこれらの組換え物、あるいは未修飾配列、突然変異誘発配列、ランダム化配列、シャッフルされた配列または組換え配列の１つ以上からなる群より選択される、請求項１０９に記載のライブラリー。
【請求項１１１】
前記ライブラリーが未知の配列同一性を有する複数の異なる配列を用いて作製される、請求項１０３〜１０８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１１２】
前記ライブラリーが複数の構築物を含み、各構築物が既知の配列同一性を有する配列を含む、請求項１０３〜１０８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１１３】
前記配列が共有された配列相同性、機能的重要性、または関連起源を有する、請求項１１１または１１２に記載のライブラリー。
【請求項１１４】
前記ライブラリーが細胞ベースのスクリーニングアッセイで用いられる、請求項１０３〜１０８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１１５】
シグナリングプローブを用いる、細胞における標的の検出を増強する化合物を同定する方法であって、以下：
標的配列を含む細胞にシグナリングプローブを導入する工程であって、ここで、該シグナリングプローブは標的配列とのハイブリダイゼーションの際に検出可能なシグナルを生じる、工程；
該細胞を試験化合物に暴露する工程；および
該細胞によって生じるシグナルを検出する工程；
を包含し、
ここで、該試験化合物に暴露されなかった細胞によって生じたシグナルと比較して該試験化合物に暴露された細胞によって生じたシグナルの増加は、該試験化合物が、シグナリングプローブを用いる細胞における標的の検出を増強させる化合物であることを示す、方法。
【請求項１１６】
シグナリングプローブの細胞への導入を媒介し、または改良する化合物を同定する方法であって、以下：
試験化合物の存在下でシグナリングプローブに細胞を暴露する工程であって、ここで、該細胞は標的配列を含み、該シグナリングプローブは該標的配列とのハイブリダイゼーションの際にシグナルを生じる、工程；および
該細胞によって生じたシグナルを検出する工程；
を包含し、
ここで、該試験化合物に暴露されなかった細胞と比較して該試験化合物に暴露された細胞によって生じたシグナルの増加は、該試験化合物が、シグナリングプローブの細胞への導入を媒介し、または改良する化合物であることを示す、方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９】
【図６０】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９】
【図６０】
【公表番号】特表２００７−５２２８１８（Ｐ２００７−５２２８１８Ａ）
【公表日】平成１９年８月１６日（２００７．８．１６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５５４２０９（Ｐ２００６−５５４２０９）
【出願日】平成１７年２月１７日（２００５．２．１７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／００５０８０
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０７９４６２
【国際公開日】平成１７年９月１日（２００５．９．１）
【出願人】（５０５０６９０８５）クロモセル コーポレイション (6)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年８月１６日（２００７．８．１６）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年２月１７日（２００５．２．１７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／００５０８０
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０７９４６２
【国際公開日】平成１７年９月１日（２００５．９．１）
【出願人】（５０５０６９０８５）クロモセル コーポレイション (6)
【Ｆターム（参考）】
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