遺伝子解析および化学解析用の単分子アレイ
大規模解析（特に、例えばゲノムDNA、cDNA、タンパク質などの生体分子の大規模解析）を行うための単分子のランダムアレイを提供する。一態様として、本発明のアレイは、不連続な相隔たる領域の規則的アレイ上に、実質上全てのそのような領域が一つを超えるコンカテマーを含有しないように、ランダムに配置されたDNAフラグメントのコンカテマーを含む。好ましくは、そのような領域は、実質的に1μm2未満の面積と、1cm2あたり単分子109個程度の光学的解像度を可能にするような最近接距離を持つ。例えばSBH（sequencing by hybridization）ケミストリー、SBS（sequencing by synthesis）ケミストリー、SNP検出ケミストリーなど、多くの解析ケミストリーを本発明のランダムアレイに適用することにより、そのような技法の規模および潜在的用途を著しく拡大することができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
表面を持つ支持体、および
その表面に取付けられた複数のポリマー分子
を含むポリマー分子のアレイであって、各ポリマー分子はランダムコイル状態を持ち、かつ一つ以上の線状ポリマーユニットの複数コピーの分岐構造または線状構造を含んでいて、ポリマー分子が、表面上のランダムコイルの投影像と実質的に等価な領域内で、表面に取付けられ、かつポリマー分子の少なくとも30パーセントを別々に検出することができるような密度で、ランダムに配置されるようなアレイ。
【請求項２】
前記一つ以上の線状ポリマーユニットがそれぞれ一本鎖ポリヌクレオチドであり、前記表面が、そこに取付けられた反応性官能基または捕捉オリゴヌクレオチドを持ち、前記ポリマー分子がそれぞれ、前記ポリマー分子の相補的官能基と反応する一つ以上の反応性官能基によって形成される一つ以上の結合によって、または捕捉オリゴヌクレオチドとポリマー分子の相補的配列との間に形成される一つ以上の複合体によって、前記表面に取付けられる、請求項1に記載のポリマー分子のアレイ。
【請求項３】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が、前記ポリマー分子の前記ランダムコイルの前記投影像と実質的に等価なサイズを持ち、かつ、そこに取付けられた前記反応性官能基または前記捕捉オリゴヌクレオチドを含有する、請求項2に記載のアレイ。
【請求項４】
前記不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持つ、請求項3に記載のアレイ。
【請求項５】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成し、前記不連続な相隔たる領域の過半数が、一つを超える前記ポリマー分子を含有しない、請求項4に記載のアレイ。
【請求項６】
前記ポリマー分子が前記不連続な相隔たる領域にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項5に記載のアレイ。
【請求項７】
前記ポリマー分子のそれぞれが、ターゲット配列およびアダプターオリゴヌクレオチドの複数コピーのコンカテマーを含むポリヌクレオチド分子である、請求項6に記載のアレイ。
【請求項８】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項4に記載のアレイ。
【請求項９】
表面を持つ支持体；および
その表面に取付けられた複数のポリヌクレオチド分子
を含むポリヌクレオチド分子のアレイであって、各ポリヌクレオチド分子はランダムコイル状態を持ち、かつターゲット配列の複数コピーのコンカテマーを含み、ポリヌクレオチド分子が、表面上のランダムコイルの投影像に実質的に等価な領域内で、表面に取付けられ、かつポリヌクレオチド分子の少なくとも30パーセントが少なくとも50nmという最近接距離を持つような密度で、ランダムに配置されるようなアレイ。
【請求項１０】
前記表面がそこに取付けられた反応性官能基を持ち、前記ポリヌクレオチド分子がそれぞれ、前記ポリヌクレオチド分子の相補的官能基と反応する一つ以上の反応性官能基によって形成される一つ以上の結合によって、前記表面に取付けられる、請求項9に記載のアレイ。
【請求項１１】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が、前記ポリヌクレオチド分子の前記ランダムコイルの前記投影像と実質的に等価なサイズを持ち、かつ、そこに取付けられた前記反応性官能基を含有し、そのような領域に前記ポリヌクレオチドが多くとも一つだけ取付けられている、請求項10に記載のアレイ。
【請求項１２】
前記反応性官能基が疎水性官能基である、請求項11に記載のアレイ。
【請求項１３】
前記不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持つ、請求項11に記載のアレイ。
【請求項１４】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項13に記載のアレイ。
【請求項１５】
前記ポリヌクレオチドが前記不連続な相隔たる領域にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項13に記載のアレイ。
【請求項１６】
実質上全ての前記不連続な相隔たる領域にポリヌクレオチドが取付けられている、請求項15に記載のアレイ。
【請求項１７】
前記コンカテマーが、前記ターゲット配列と前記アダプターオリゴヌクレオチドのコピーを交互に含む、請求項15に記載のアレイ。
【請求項１８】
前記コンカテマーのそれぞれが、各々のターゲット配列を少なくとも10コピーは含有する、請求項17に記載のアレイ。
【請求項１９】
前記ターゲット配列がそれぞれ50〜500ヌクレオチドの範囲の長さを持ち、前記アダプターオリゴヌクレオチドが6〜60ヌクレオチドの範囲の長さを持つ、請求項17に記載のアレイ。
【請求項２０】
前記反応性官能基が全て同じである、請求項15に記載のアレイ。
【請求項２１】
前記コンカテマーのそれぞれが、各々のターゲット配列を同定するためのデコーダーオリゴヌクレオチドを少なくとも一つは含む、請求項15に記載のアレイ。
【請求項２２】
前記不連続な相隔たる領域が、前記平面状の表面に、直線的パターンで配置され、各不連続な相隔たる領域が、0.1〜10μmの直径を持つ円によって囲まれる面積を持つ、請求項15に記載のアレイ。
【請求項２３】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項11に記載のアレイ。
【請求項２４】
前記不連続な相隔たる領域のそれぞれが、前記ポリヌクレオチドを実質的に含まない領域間間隙で取り囲まれる、請求項23に記載のアレイ。
【請求項２５】
前記ポリヌクレオチドが、前記ポリヌクレオチドの少なくとも過半数が光学的に解像可能であるように、前記平面状の表面にランダムに配置される、請求項10に記載のアレイ。
【請求項２６】
前記ポリヌクレオチドの少なくとも70パーセントが光学的に解像可能である、請求項25に記載のアレイ。
【請求項２７】
不連続な相隔たる領域（各不連続な相隔たる領域は、1μm2未満の面積を持ち、かつそこに取付けられた反応性官能基を含有する）の規則的アレイを有する表面を持つ支持体；および
その表面に取付けられた複数の単分子（各単分子は、高分子構造と、取付け部分を持つ少なくとも一つの分析物とを含み、各高分子構造が、ユニークな官能基と、不連続な相隔たる領域の反応性官能基との結合を形成する能力を持つ複数の取付け官能基とを含み、分析物が、ユニークな官能基と分析物の取付け部分との間の結合によって高分子構造に取付けられるようになっている）
を含む単分子のアレイであって、複数の単分子が、不連続な相隔たる領域上に、その不連続な相隔たる領域の少なくとも過半数が単分子を一つだけ含有するように、ランダムに配置されるアレイ。
【請求項２８】
前記高分子構造が分岐ポリマーまたは線状ポリマーである、請求項27に記載のアレイ。
【請求項２９】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項28に記載のアレイ。
【請求項３０】
前記不連続な相隔たる領域がそれぞれ0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持ち、前記高分子構造が分岐ポリヌクレオチドまたは線状ポリヌクレオチドである、請求項28に記載のアレイ。
【請求項３１】
前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項30に記載のアレイ。
【請求項３２】
実質上全ての前記不連続な相隔たる領域に単分子が取付けられている、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３３】
前記高分子構造が線状ポリヌクレオチドである、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３４】
前記不連続な相隔たる領域が、前記平面状の表面に、直線的パターンで配置され、各不連続な相隔たる領域が、0.1〜10mμmの直径を持つ円によって囲まれる面積を持つ、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３５】
前記分析物がポリヌクレオチドまたはタンパク質である、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３６】
前記不連続な相隔たる領域のそれぞれが、前記高分子構造を実質上含まない領域間間隙によって取り囲まれる、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３７】
前記ユニークな官能基が第1オリゴヌクレオチドであり、前記取付け部分が、第1オリゴヌクレオチドに相補的な配列を持つ第2オリゴヌクレオチドである、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３８】
前記分析物がポリヌクレオチドである、請求項37に記載のアレイ。
【請求項３９】
捕捉オリゴヌクレオチドが取付けられている表面を持つ支持体；および
その表面に取付けられた複数のポリヌクレオチド分子
を含むポリヌクレオチド分子のアレイであって、各ポリヌクレオチド分子は、ターゲット配列およびアダプターオリゴヌクレオチドの複数コピーのコンカテマーを含み、ポリヌクレオチド分子が、捕捉オリゴヌクレオチドとアダプターオリゴヌクレオチドとの間に形成される一つ以上の複合体によって、表面に取付けられるようになっており、ポリヌクレオチド分子の少なくとも過半数が少なくとも50nmという最近接距離を持つような密度で、ポリヌクレオチド分子が表面にランダムに配置されるアレイ。
【請求項４０】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持ち、かつそこに取付けられた前記捕捉オリゴヌクレオチドを含有し、実質上全てのそのような領域に前記ポリヌクレオチド分子が多くとも一つだけ取付けられている、請求項39に記載のアレイ。
【請求項４１】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項40に記載のアレイ。
【請求項４２】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項40に記載のアレイ。
【請求項４３】
前記不連続な相隔たる領域上の前記ポリヌクレオチド分子が、それらが光学的に解像可能であるような最近接距離を持つ、請求項42に記載のアレイ。
【請求項４４】
前記不連続な相隔たる領域のそれぞれが、前記ポリヌクレオチド分子を実質上含まない領域間間隙で取り囲まれる、請求項42に記載のアレイ。
【請求項４５】
前記ポリヌクレオチド分子が前記不連続な相隔たる領域上にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項42に記載のアレイ。
【請求項４６】
実質上全ての前記不連続な相隔たる領域にポリヌクレオチド分子が取付けられている、請求項45に記載のアレイ。
【請求項４７】
前記コンカテマーが、前記ターゲット配列および前記アダプターオリゴヌクレオチドのコピーを交互に含む、請求項45に記載のアレイ。
【請求項４８】
前記コンカテマーのそれぞれが、各々のターゲット配列を少なくとも10コピーは含有する、請求項47に記載のアレイ。
【請求項４９】
前記ターゲット配列がそれぞれ50〜500ヌクレオチドの範囲の長さを持ち、前記アダプターオリゴヌクレオチドが6〜60ヌクレオチドの範囲の長さを持つ、請求項47に記載のアレイ。
【請求項５０】
前記捕捉オリゴヌクレオチドの全てが同じヌクレオチド配列を持つ、請求項45に記載のアレイ。
【請求項５１】
前記コンカテマーのそれぞれが、各々のターゲット配列を同定するためのデコーダーオリゴヌクレオチドを少なくとも一つは含む、請求項45に記載のアレイ。
【請求項５２】
前記不連続な相隔たる領域が、前記平面状の表面に、直線的パターンで配置され、各不連続な相隔たる領域が、0.1〜10μmの直径を持つ円によって囲まれる面積を持つ、請求項45に記載のアレイ。
【請求項５３】
前記捕捉オリゴヌクレオチドと前記アダプターオリゴヌクレオチドとの間の前記一つ以上の複合体が二重鎖である、請求項45に記載のアレイ。
【請求項５４】
同じサブアレイ内の前記不連続な相隔たる領域が、同じヌクレオチド配列を持つ捕捉オリゴヌクレオチドを有し、異なるサブアレイ内の前記不連続な相隔たる領域が、異なるヌクレオチド配列を持つ捕捉オリゴヌクレオチドを有するような形で、前記不連続な相隔たる領域が複数の規則的サブアレイを形成し、複数あるどのサブアレイ内でも、前記不連続な相隔たる領域のそれぞれが1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ、請求項40に記載のアレイ。
【請求項５５】
前記規則的サブアレイがそれぞれ直線的アレイであり、前記不連続な相隔たる領域間の前記最近接距離がそれぞれについて同じである、請求項54に記載のアレイ。
【請求項５６】
前記ポリヌクレオチド分子が、前記ポリヌクレオチド分子の少なくとも過半数が光学的に解像可能であるように、前記平面状の表面にランダムに配置される、請求項39に記載のアレイ。
【請求項５７】
前記ポリヌクレオチド分子の少なくとも70パーセントが光学的に解像可能である、請求項56に記載のアレイ。
【請求項５８】
ポリヌクレオチド分子のアレイを作製する方法であって、
ソースDNAからのDNAフラグメントおよびアダプターオリゴヌクレオチドのコンカテマーをそれぞれが含む、複数のポリヌクレオチド分子を生成させるステップ；
捕捉オリゴヌクレオチドが取付けられている表面を持つ支持体上に、ポリヌクレオチド分子が、捕捉オリゴヌクレオチドとアダプターオリゴヌクレオチドとの間に形成される一つ以上の複合体によって表面に固定されるように、かつポリヌクレオチド分子が、ポリヌクレオチド分子の過半数が少なくとも50nmという最近接距離を持つような密度で、表面上にランダムに分布するように、複数のポリヌクレオチド分子を配置し、それによってポリヌクレオチド分子のアレイを形成させるステップ
を含む方法。
【請求項５９】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持ち、かつそこに取付けられた前記捕捉オリゴヌクレオチドを含有し、実質上全てのそのような領域に前記ポリヌクレオチド分子が多くとも一つだけ取付けられている、請求項58に記載の方法。
【請求項６０】
前記ポリヌクレオチド分子を、それらを前記支持体上に配置した後に、増幅するステップをさらに含む、請求項59に記載の方法。
【請求項６１】
前記増幅ステップが、前記コンカテマーのそれぞれの前記不連続な相隔たる領域内で、前記コンカテマーを切断して第2フラグメントを形成させ、第2フラグメントを環状化し、第2フラグメントをRCR反応によって増幅することを含む、請求項60に記載の方法。
【請求項６２】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項61に記載のアレイ。
【請求項６３】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項59に記載の方法。
【請求項６４】
前記ポリヌクレオチド分子が前記不連続な相隔たる領域にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項63に記載の方法。
【請求項６５】
前記生成ステップが、前記ソースDNAを断片化して前記DNAフラグメントを作成するステップ、前記DNAフラグメントを環状化するステップ、およびローリングサークル複製によって前記DNAフラグメントのコンカテマーを形成させるステップをさらに含む、請求項64に記載の方法。
【請求項６６】
前記不連続な相隔たる領域上の前記ポリヌクレオチド分子が、それらが光学的に解像可能であるような最近接距離を持つ、請求項65に記載の方法。
【請求項６７】
ポリヌクレオチド分子のアレイを作製する方法であって、
ソースDNAからのDNAフラグメントのコンカテマーをそれぞれが含む、複数のポリヌクレオチド分子を生成させるステップ；
反応性官能基が取付けられている表面を持つ支持体上に、ポリヌクレオチド分子が、反応性官能基とポリヌクレオチド分子上の相補的官能基との間に形成される一つ以上の結合によって表面に固定されるように、かつポリヌクレオチド分子が、ポリヌクレオチド分子の少なくとも過半数が少なくとも50nmという最近接距離を持つような密度で、表面上にランダムに分布するように、複数のポリヌクレオチド分子を配置し、それによってポリヌクレオチド分子のアレイを形成させるステップ
を含む方法。
【請求項６８】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持ち、かつそこに取付けられた前記反応性官能基を含有し、実質上全てのそのような領域に前記ポリヌクレオチド分子が多くとも一つだけ取付けられている、請求項67に記載の方法。
【請求項６９】
前記生成ステップが、前記ソースDNAを断片化して前記DNAフラグメントを作成するステップ、前記DNAフラグメントを環状化するステップ、およびローリングサークル複製によって前記DNAフラグメントのコンカテマーを形成させるステップをさらに含む、請求項68に記載の方法。
【請求項７０】
ターゲットポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
（a）ターゲットポリヌクレオチドから複数のターゲットコンカテマーを生成させるステップ（各ターゲットコンカテマーは、ターゲットポリヌクレオチドのフラグメントのコピーを複数含み、上記複数のターゲットコンカテマーには、ターゲットポリヌクレオチドを実質的にカバーする数のフラグメントが含まれる）；
（b）ターゲットコンカテマーの少なくとも過半数が光学的に解像可能であるような密度で表面に固定されたターゲットコンカテマーのランダムアレイを形成させるステップ；
（c）第1のプローブセットからの一つ以上のプローブを、その一つ以上のプローブとターゲットコンカテマー上の相補的配列との間の完全にマッチした二重鎖の形成を許す条件下で、ランダムアレイにハイブリダイズさせるステップ；
（d）第2のプローブセットからの一つ以上のプローブを、その一つ以上のプローブとターゲットコンカテマー上の相補的配列との間の完全にマッチした二重鎖の形成を許す条件下で、ランダムアレイにハイブリダイズさせるステップ；
（e）ターゲットコンカテマーに対して、隣接した部位でハイブリダイズした、第1セットおよび第2セットからのプローブを、連結するステップ；
（f）連結した第1プローブおよび第2プローブの配列を同定するステップ；ならびに
（g）ターゲットポリヌクレオチドの配列を、連結したプローブの配列のアイデンティティから決定することができるまで、ステップ（c）〜（f）を繰り返すステップ
を含む方法。
【請求項７１】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持ち、実質上全てのそのような領域に前記ターゲットコンカテマーが多くとも一つだけ取付けられている、請求項70に記載の方法。
【請求項７２】
ターゲットポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
（a）光学的に解像可能な不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面に固定されたターゲットコンカテマーのランダムアレイを用意するステップ（各不連続な相隔たる領域は1μm2未満の面積を持ち、実質上全てのそのような領域に前記ターゲットコンカテマーが多くとも一つだけ取付けられており、各ターゲットコンカテマーはターゲットポリヌクレオチドのフラグメントのコピーを複数含み、いくつかの異なるターゲットコンカテマーが存在して、各々のフラグメントがターゲットポリペプチドを実質的にカバーするようになっている）；
（b）第1プローブセットからの一つ以上のプローブを、その一つ以上のプローブとターゲットコンカテマー上の相補的配列との間の完全にマッチした二重鎖の形成を許す条件下で、ランダムアレイにハイブリダイズさせるステップ；
（c）第2のプローブセットからの一つ以上のプローブを、その一つ以上のプローブとターゲットコンカテマー上の相補的配列との間の完全にマッチした二重鎖の形成を許す条件下で、ランダムアレイにハイブリダイズさせるステップ；
（d）ターゲットコンカテマーに対して、隣接した部位でハイブリダイズした、第1セットおよび第2セットからのプローブを、連結するステップ；
（e）連結した第1プローブおよび第2プローブの配列を同定するステップ；ならびに
（f）ターゲットポリヌクレオチドの配列を、連結したプローブの配列のアイデンティティから決定することができるまで、ステップ（b）〜（e）を繰り返すステップ
を含む方法。
【請求項７３】
ターゲットポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
（a）ターゲットポリヌクレオチドから複数のターゲットコンカテマーを生成させるステップ（各ターゲットコンカテマーは、ターゲットポリヌクレオチドのフラグメントのコピーを複数含み、上記複数のターゲットコンカテマーには、ターゲットポリヌクレオチドを実質的にカバーする数のフラグメントが含まれる）；
（b）ターゲットコンカテマーの少なくとも過半数が光学的に解像可能であるような密度で表面に固定されたターゲットコンカテマーのランダムアレイを形成させるステップ；
（c）各ターゲットコンカテマー中の各フラグメントの少なくとも一部の配列を同定するステップ；および
（d）コンカテマーのフラグメントの各部分の配列のアイデンティティからターゲットポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を再構築するステップ
を含む方法。
【請求項７４】
ソース核酸からDNAフラグメントのコンカテマーのランダムアレイを作製するためのキットであって、
表面を持つ支持体；
各DNAフラグメントに連結して、それと共にDNAサークル（各DNAサークルは、ローリングサークル複製反応によって複製されて、表面上にランダムに配置することができるコンカテマーを形成する能力を持つ）を形成させるための少なくとも一つのアダプターオリゴヌクレオチド
を含むキット。
【請求項７５】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が前記コンカテマーのサイズと等価なサイズを持つ、請求項74に記載のキット。
【請求項７６】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項75に記載のキット。
【請求項７７】
前記不連続な相隔たる領域上の前記コンカテマーが、それらが光学的に解像可能であるような最近接距離を持つ、請求項76に記載のアレイ。
【請求項７８】
前記不連続な相隔たる領域に捕捉オリゴヌクレオチドが取付けられており、前記アダプターオリゴヌクレオチドがそれぞれに捕捉オリゴヌクレオチドに相補的な領域を持っていて、捕捉オリゴヌクレオチドと前記アダプターオリゴヌクレオチドの相補的領域との間の複合体の形成によって、前記コンカテマーを前記不連続な相隔たる領域に取付けることができるようになっている、請求項76に記載のキット。
【請求項７９】
前記コンカテマーが前記不連続な相隔たる領域上にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項78に記載のキット。
【請求項８０】
（a）前記DNAフラグメントにホモポリマーテールを取付けて、前記アダプターオリゴヌクレオチドの第1末端に結合部位を提供するためのターミナルトランスフェラーゼ、（b）前記アダプターオリゴヌクレオチドの鎖を前記DNAフラグメントの末端に連結して前記DNAサークルを形成させるためのリガーゼ、（c）前記アダプターオリゴヌクレオチドの鎖の一領域にアニールさせるためのプライマー、および（d）鎖にアニールさせたプライマーをローリングサークル複製反応で伸長するためのDNAポリメラーゼをさらに含む、請求項79に記載のキット。
【請求項８１】
前記アダプターオリゴヌクレオチドが、4〜12の範囲の縮重塩基数を持つ第2の末端を有する、請求項80に記載のキット。
【請求項８２】
ターゲットポリヌクレオチドを配列決定するためのキットであって、
光学的に解像可能な不連続な相隔たる領域のアレイを有する平面状の表面を持つ支持体（各不連続な相隔たる領域は1μm2未満の面積を持つ）；
不連続な相隔たる領域上にランダムに配置された複数のコンカテマーにハイブリダイズさせるための第1のプローブセット（コンカテマーはそれぞれにターゲットポリヌクレオチドのDNAフラグメントのコピーを複数含有する）；
複数のコンカテマーにハイブリダイズさせるための第2のプローブセット（第1セットからのプローブが第2セットからのプローブと隣接してハイブリダイズする場合はいつでも、それらのプローブが連結されるようになっている）
を含むキット。
【請求項８３】
リガーゼ、リガーゼバッファー、およびハイブリダイゼーションバッファーをさらに含む、請求項82に記載のキット。
【請求項８４】
前記不連続な相隔たる領域に捕捉オリゴヌクレオチドが取付けられており、前記コンカテマーがそれぞれに捕捉オリゴヌクレオチドに相補的な領域を持っていて、捕捉オリゴヌクレオチドと前記コンカテマーの相補的領域との間の複合体の形成によって、前記コンカテマーを前記不連続な相隔たる領域に取付けることができるようになっている、請求項83に記載のキット。
【請求項８５】
単分子アレイを構築するためのキットであって、
反応性官能基を持つ表面を有する支持体；および
それぞれがユニークな官能基と複数の相補的官能基とを持つ複数の高分子構造（高分子構造は、表面上にランダムに取付けることができ、その取付けは、一つ以上の反応性官能基と一つ以上の相補的官能基との反応によって形成される一つ以上の結合によって形成され、ユニークな官能基は、分析物分子上の官能基と選択的に反応して、単分子アレイを形成させる能力を持つ）
を含むキット。
【請求項８６】
前記表面が、前記反応性官能基を含有する不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持つ、請求項85に記載のキット。
【請求項８７】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項86に記載のキット。
【請求項８８】
前記不連続な相隔たる領域上の前記コンカテマーが、それらが光学的に解像可能であるような最近接距離を持つ、請求項87に記載のキット。
【請求項８９】
前記高分子構造が、一つ以上のDNAフラグメントのコンカテマーであり、前記ユニークな官能基がコンカテマーの3'末端または5'末端にある、請求項88に記載のキット。
【請求項１】
表面を持つ支持体、および
その表面に取付けられた複数のポリマー分子
を含むポリマー分子のアレイであって、各ポリマー分子はランダムコイル状態を持ち、かつ一つ以上の線状ポリマーユニットの複数コピーの分岐構造または線状構造を含んでいて、ポリマー分子が、表面上のランダムコイルの投影像と実質的に等価な領域内で、表面に取付けられ、かつポリマー分子の少なくとも30パーセントを別々に検出することができるような密度で、ランダムに配置されるようなアレイ。
【請求項２】
前記一つ以上の線状ポリマーユニットがそれぞれ一本鎖ポリヌクレオチドであり、前記表面が、そこに取付けられた反応性官能基または捕捉オリゴヌクレオチドを持ち、前記ポリマー分子がそれぞれ、前記ポリマー分子の相補的官能基と反応する一つ以上の反応性官能基によって形成される一つ以上の結合によって、または捕捉オリゴヌクレオチドとポリマー分子の相補的配列との間に形成される一つ以上の複合体によって、前記表面に取付けられる、請求項1に記載のポリマー分子のアレイ。
【請求項３】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が、前記ポリマー分子の前記ランダムコイルの前記投影像と実質的に等価なサイズを持ち、かつ、そこに取付けられた前記反応性官能基または前記捕捉オリゴヌクレオチドを含有する、請求項2に記載のアレイ。
【請求項４】
前記不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持つ、請求項3に記載のアレイ。
【請求項５】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成し、前記不連続な相隔たる領域の過半数が、一つを超える前記ポリマー分子を含有しない、請求項4に記載のアレイ。
【請求項６】
前記ポリマー分子が前記不連続な相隔たる領域にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項5に記載のアレイ。
【請求項７】
前記ポリマー分子のそれぞれが、ターゲット配列およびアダプターオリゴヌクレオチドの複数コピーのコンカテマーを含むポリヌクレオチド分子である、請求項6に記載のアレイ。
【請求項８】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項4に記載のアレイ。
【請求項９】
表面を持つ支持体；および
その表面に取付けられた複数のポリヌクレオチド分子
を含むポリヌクレオチド分子のアレイであって、各ポリヌクレオチド分子はランダムコイル状態を持ち、かつターゲット配列の複数コピーのコンカテマーを含み、ポリヌクレオチド分子が、表面上のランダムコイルの投影像に実質的に等価な領域内で、表面に取付けられ、かつポリヌクレオチド分子の少なくとも30パーセントが少なくとも50nmという最近接距離を持つような密度で、ランダムに配置されるようなアレイ。
【請求項１０】
前記表面がそこに取付けられた反応性官能基を持ち、前記ポリヌクレオチド分子がそれぞれ、前記ポリヌクレオチド分子の相補的官能基と反応する一つ以上の反応性官能基によって形成される一つ以上の結合によって、前記表面に取付けられる、請求項9に記載のアレイ。
【請求項１１】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が、前記ポリヌクレオチド分子の前記ランダムコイルの前記投影像と実質的に等価なサイズを持ち、かつ、そこに取付けられた前記反応性官能基を含有し、そのような領域に前記ポリヌクレオチドが多くとも一つだけ取付けられている、請求項10に記載のアレイ。
【請求項１２】
前記反応性官能基が疎水性官能基である、請求項11に記載のアレイ。
【請求項１３】
前記不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持つ、請求項11に記載のアレイ。
【請求項１４】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項13に記載のアレイ。
【請求項１５】
前記ポリヌクレオチドが前記不連続な相隔たる領域にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項13に記載のアレイ。
【請求項１６】
実質上全ての前記不連続な相隔たる領域にポリヌクレオチドが取付けられている、請求項15に記載のアレイ。
【請求項１７】
前記コンカテマーが、前記ターゲット配列と前記アダプターオリゴヌクレオチドのコピーを交互に含む、請求項15に記載のアレイ。
【請求項１８】
前記コンカテマーのそれぞれが、各々のターゲット配列を少なくとも10コピーは含有する、請求項17に記載のアレイ。
【請求項１９】
前記ターゲット配列がそれぞれ50〜500ヌクレオチドの範囲の長さを持ち、前記アダプターオリゴヌクレオチドが6〜60ヌクレオチドの範囲の長さを持つ、請求項17に記載のアレイ。
【請求項２０】
前記反応性官能基が全て同じである、請求項15に記載のアレイ。
【請求項２１】
前記コンカテマーのそれぞれが、各々のターゲット配列を同定するためのデコーダーオリゴヌクレオチドを少なくとも一つは含む、請求項15に記載のアレイ。
【請求項２２】
前記不連続な相隔たる領域が、前記平面状の表面に、直線的パターンで配置され、各不連続な相隔たる領域が、0.1〜10μmの直径を持つ円によって囲まれる面積を持つ、請求項15に記載のアレイ。
【請求項２３】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項11に記載のアレイ。
【請求項２４】
前記不連続な相隔たる領域のそれぞれが、前記ポリヌクレオチドを実質的に含まない領域間間隙で取り囲まれる、請求項23に記載のアレイ。
【請求項２５】
前記ポリヌクレオチドが、前記ポリヌクレオチドの少なくとも過半数が光学的に解像可能であるように、前記平面状の表面にランダムに配置される、請求項10に記載のアレイ。
【請求項２６】
前記ポリヌクレオチドの少なくとも70パーセントが光学的に解像可能である、請求項25に記載のアレイ。
【請求項２７】
不連続な相隔たる領域（各不連続な相隔たる領域は、1μm2未満の面積を持ち、かつそこに取付けられた反応性官能基を含有する）の規則的アレイを有する表面を持つ支持体；および
その表面に取付けられた複数の単分子（各単分子は、高分子構造と、取付け部分を持つ少なくとも一つの分析物とを含み、各高分子構造が、ユニークな官能基と、不連続な相隔たる領域の反応性官能基との結合を形成する能力を持つ複数の取付け官能基とを含み、分析物が、ユニークな官能基と分析物の取付け部分との間の結合によって高分子構造に取付けられるようになっている）
を含む単分子のアレイであって、複数の単分子が、不連続な相隔たる領域上に、その不連続な相隔たる領域の少なくとも過半数が単分子を一つだけ含有するように、ランダムに配置されるアレイ。
【請求項２８】
前記高分子構造が分岐ポリマーまたは線状ポリマーである、請求項27に記載のアレイ。
【請求項２９】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項28に記載のアレイ。
【請求項３０】
前記不連続な相隔たる領域がそれぞれ0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持ち、前記高分子構造が分岐ポリヌクレオチドまたは線状ポリヌクレオチドである、請求項28に記載のアレイ。
【請求項３１】
前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項30に記載のアレイ。
【請求項３２】
実質上全ての前記不連続な相隔たる領域に単分子が取付けられている、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３３】
前記高分子構造が線状ポリヌクレオチドである、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３４】
前記不連続な相隔たる領域が、前記平面状の表面に、直線的パターンで配置され、各不連続な相隔たる領域が、0.1〜10mμmの直径を持つ円によって囲まれる面積を持つ、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３５】
前記分析物がポリヌクレオチドまたはタンパク質である、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３６】
前記不連続な相隔たる領域のそれぞれが、前記高分子構造を実質上含まない領域間間隙によって取り囲まれる、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３７】
前記ユニークな官能基が第1オリゴヌクレオチドであり、前記取付け部分が、第1オリゴヌクレオチドに相補的な配列を持つ第2オリゴヌクレオチドである、請求項31に記載のアレイ。
【請求項３８】
前記分析物がポリヌクレオチドである、請求項37に記載のアレイ。
【請求項３９】
捕捉オリゴヌクレオチドが取付けられている表面を持つ支持体；および
その表面に取付けられた複数のポリヌクレオチド分子
を含むポリヌクレオチド分子のアレイであって、各ポリヌクレオチド分子は、ターゲット配列およびアダプターオリゴヌクレオチドの複数コピーのコンカテマーを含み、ポリヌクレオチド分子が、捕捉オリゴヌクレオチドとアダプターオリゴヌクレオチドとの間に形成される一つ以上の複合体によって、表面に取付けられるようになっており、ポリヌクレオチド分子の少なくとも過半数が少なくとも50nmという最近接距離を持つような密度で、ポリヌクレオチド分子が表面にランダムに配置されるアレイ。
【請求項４０】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持ち、かつそこに取付けられた前記捕捉オリゴヌクレオチドを含有し、実質上全てのそのような領域に前記ポリヌクレオチド分子が多くとも一つだけ取付けられている、請求項39に記載のアレイ。
【請求項４１】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項40に記載のアレイ。
【請求項４２】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項40に記載のアレイ。
【請求項４３】
前記不連続な相隔たる領域上の前記ポリヌクレオチド分子が、それらが光学的に解像可能であるような最近接距離を持つ、請求項42に記載のアレイ。
【請求項４４】
前記不連続な相隔たる領域のそれぞれが、前記ポリヌクレオチド分子を実質上含まない領域間間隙で取り囲まれる、請求項42に記載のアレイ。
【請求項４５】
前記ポリヌクレオチド分子が前記不連続な相隔たる領域上にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項42に記載のアレイ。
【請求項４６】
実質上全ての前記不連続な相隔たる領域にポリヌクレオチド分子が取付けられている、請求項45に記載のアレイ。
【請求項４７】
前記コンカテマーが、前記ターゲット配列および前記アダプターオリゴヌクレオチドのコピーを交互に含む、請求項45に記載のアレイ。
【請求項４８】
前記コンカテマーのそれぞれが、各々のターゲット配列を少なくとも10コピーは含有する、請求項47に記載のアレイ。
【請求項４９】
前記ターゲット配列がそれぞれ50〜500ヌクレオチドの範囲の長さを持ち、前記アダプターオリゴヌクレオチドが6〜60ヌクレオチドの範囲の長さを持つ、請求項47に記載のアレイ。
【請求項５０】
前記捕捉オリゴヌクレオチドの全てが同じヌクレオチド配列を持つ、請求項45に記載のアレイ。
【請求項５１】
前記コンカテマーのそれぞれが、各々のターゲット配列を同定するためのデコーダーオリゴヌクレオチドを少なくとも一つは含む、請求項45に記載のアレイ。
【請求項５２】
前記不連続な相隔たる領域が、前記平面状の表面に、直線的パターンで配置され、各不連続な相隔たる領域が、0.1〜10μmの直径を持つ円によって囲まれる面積を持つ、請求項45に記載のアレイ。
【請求項５３】
前記捕捉オリゴヌクレオチドと前記アダプターオリゴヌクレオチドとの間の前記一つ以上の複合体が二重鎖である、請求項45に記載のアレイ。
【請求項５４】
同じサブアレイ内の前記不連続な相隔たる領域が、同じヌクレオチド配列を持つ捕捉オリゴヌクレオチドを有し、異なるサブアレイ内の前記不連続な相隔たる領域が、異なるヌクレオチド配列を持つ捕捉オリゴヌクレオチドを有するような形で、前記不連続な相隔たる領域が複数の規則的サブアレイを形成し、複数あるどのサブアレイ内でも、前記不連続な相隔たる領域のそれぞれが1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ、請求項40に記載のアレイ。
【請求項５５】
前記規則的サブアレイがそれぞれ直線的アレイであり、前記不連続な相隔たる領域間の前記最近接距離がそれぞれについて同じである、請求項54に記載のアレイ。
【請求項５６】
前記ポリヌクレオチド分子が、前記ポリヌクレオチド分子の少なくとも過半数が光学的に解像可能であるように、前記平面状の表面にランダムに配置される、請求項39に記載のアレイ。
【請求項５７】
前記ポリヌクレオチド分子の少なくとも70パーセントが光学的に解像可能である、請求項56に記載のアレイ。
【請求項５８】
ポリヌクレオチド分子のアレイを作製する方法であって、
ソースDNAからのDNAフラグメントおよびアダプターオリゴヌクレオチドのコンカテマーをそれぞれが含む、複数のポリヌクレオチド分子を生成させるステップ；
捕捉オリゴヌクレオチドが取付けられている表面を持つ支持体上に、ポリヌクレオチド分子が、捕捉オリゴヌクレオチドとアダプターオリゴヌクレオチドとの間に形成される一つ以上の複合体によって表面に固定されるように、かつポリヌクレオチド分子が、ポリヌクレオチド分子の過半数が少なくとも50nmという最近接距離を持つような密度で、表面上にランダムに分布するように、複数のポリヌクレオチド分子を配置し、それによってポリヌクレオチド分子のアレイを形成させるステップ
を含む方法。
【請求項５９】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持ち、かつそこに取付けられた前記捕捉オリゴヌクレオチドを含有し、実質上全てのそのような領域に前記ポリヌクレオチド分子が多くとも一つだけ取付けられている、請求項58に記載の方法。
【請求項６０】
前記ポリヌクレオチド分子を、それらを前記支持体上に配置した後に、増幅するステップをさらに含む、請求項59に記載の方法。
【請求項６１】
前記増幅ステップが、前記コンカテマーのそれぞれの前記不連続な相隔たる領域内で、前記コンカテマーを切断して第2フラグメントを形成させ、第2フラグメントを環状化し、第2フラグメントをRCR反応によって増幅することを含む、請求項60に記載の方法。
【請求項６２】
前記不連続な相隔たる領域が前記支持体中のウェルであり、そのウェルがそれぞれ、前記不連続な相隔たる領域の面積に等しいかそれより小さい面積を持つ開口部を有する、請求項61に記載のアレイ。
【請求項６３】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項59に記載の方法。
【請求項６４】
前記ポリヌクレオチド分子が前記不連続な相隔たる領域にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項63に記載の方法。
【請求項６５】
前記生成ステップが、前記ソースDNAを断片化して前記DNAフラグメントを作成するステップ、前記DNAフラグメントを環状化するステップ、およびローリングサークル複製によって前記DNAフラグメントのコンカテマーを形成させるステップをさらに含む、請求項64に記載の方法。
【請求項６６】
前記不連続な相隔たる領域上の前記ポリヌクレオチド分子が、それらが光学的に解像可能であるような最近接距離を持つ、請求項65に記載の方法。
【請求項６７】
ポリヌクレオチド分子のアレイを作製する方法であって、
ソースDNAからのDNAフラグメントのコンカテマーをそれぞれが含む、複数のポリヌクレオチド分子を生成させるステップ；
反応性官能基が取付けられている表面を持つ支持体上に、ポリヌクレオチド分子が、反応性官能基とポリヌクレオチド分子上の相補的官能基との間に形成される一つ以上の結合によって表面に固定されるように、かつポリヌクレオチド分子が、ポリヌクレオチド分子の少なくとも過半数が少なくとも50nmという最近接距離を持つような密度で、表面上にランダムに分布するように、複数のポリヌクレオチド分子を配置し、それによってポリヌクレオチド分子のアレイを形成させるステップ
を含む方法。
【請求項６８】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持ち、かつそこに取付けられた前記反応性官能基を含有し、実質上全てのそのような領域に前記ポリヌクレオチド分子が多くとも一つだけ取付けられている、請求項67に記載の方法。
【請求項６９】
前記生成ステップが、前記ソースDNAを断片化して前記DNAフラグメントを作成するステップ、前記DNAフラグメントを環状化するステップ、およびローリングサークル複製によって前記DNAフラグメントのコンカテマーを形成させるステップをさらに含む、請求項68に記載の方法。
【請求項７０】
ターゲットポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
（a）ターゲットポリヌクレオチドから複数のターゲットコンカテマーを生成させるステップ（各ターゲットコンカテマーは、ターゲットポリヌクレオチドのフラグメントのコピーを複数含み、上記複数のターゲットコンカテマーには、ターゲットポリヌクレオチドを実質的にカバーする数のフラグメントが含まれる）；
（b）ターゲットコンカテマーの少なくとも過半数が光学的に解像可能であるような密度で表面に固定されたターゲットコンカテマーのランダムアレイを形成させるステップ；
（c）第1のプローブセットからの一つ以上のプローブを、その一つ以上のプローブとターゲットコンカテマー上の相補的配列との間の完全にマッチした二重鎖の形成を許す条件下で、ランダムアレイにハイブリダイズさせるステップ；
（d）第2のプローブセットからの一つ以上のプローブを、その一つ以上のプローブとターゲットコンカテマー上の相補的配列との間の完全にマッチした二重鎖の形成を許す条件下で、ランダムアレイにハイブリダイズさせるステップ；
（e）ターゲットコンカテマーに対して、隣接した部位でハイブリダイズした、第1セットおよび第2セットからのプローブを、連結するステップ；
（f）連結した第1プローブおよび第2プローブの配列を同定するステップ；ならびに
（g）ターゲットポリヌクレオチドの配列を、連結したプローブの配列のアイデンティティから決定することができるまで、ステップ（c）〜（f）を繰り返すステップ
を含む方法。
【請求項７１】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持ち、実質上全てのそのような領域に前記ターゲットコンカテマーが多くとも一つだけ取付けられている、請求項70に記載の方法。
【請求項７２】
ターゲットポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
（a）光学的に解像可能な不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面に固定されたターゲットコンカテマーのランダムアレイを用意するステップ（各不連続な相隔たる領域は1μm2未満の面積を持ち、実質上全てのそのような領域に前記ターゲットコンカテマーが多くとも一つだけ取付けられており、各ターゲットコンカテマーはターゲットポリヌクレオチドのフラグメントのコピーを複数含み、いくつかの異なるターゲットコンカテマーが存在して、各々のフラグメントがターゲットポリペプチドを実質的にカバーするようになっている）；
（b）第1プローブセットからの一つ以上のプローブを、その一つ以上のプローブとターゲットコンカテマー上の相補的配列との間の完全にマッチした二重鎖の形成を許す条件下で、ランダムアレイにハイブリダイズさせるステップ；
（c）第2のプローブセットからの一つ以上のプローブを、その一つ以上のプローブとターゲットコンカテマー上の相補的配列との間の完全にマッチした二重鎖の形成を許す条件下で、ランダムアレイにハイブリダイズさせるステップ；
（d）ターゲットコンカテマーに対して、隣接した部位でハイブリダイズした、第1セットおよび第2セットからのプローブを、連結するステップ；
（e）連結した第1プローブおよび第2プローブの配列を同定するステップ；ならびに
（f）ターゲットポリヌクレオチドの配列を、連結したプローブの配列のアイデンティティから決定することができるまで、ステップ（b）〜（e）を繰り返すステップ
を含む方法。
【請求項７３】
ターゲットポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
（a）ターゲットポリヌクレオチドから複数のターゲットコンカテマーを生成させるステップ（各ターゲットコンカテマーは、ターゲットポリヌクレオチドのフラグメントのコピーを複数含み、上記複数のターゲットコンカテマーには、ターゲットポリヌクレオチドを実質的にカバーする数のフラグメントが含まれる）；
（b）ターゲットコンカテマーの少なくとも過半数が光学的に解像可能であるような密度で表面に固定されたターゲットコンカテマーのランダムアレイを形成させるステップ；
（c）各ターゲットコンカテマー中の各フラグメントの少なくとも一部の配列を同定するステップ；および
（d）コンカテマーのフラグメントの各部分の配列のアイデンティティからターゲットポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を再構築するステップ
を含む方法。
【請求項７４】
ソース核酸からDNAフラグメントのコンカテマーのランダムアレイを作製するためのキットであって、
表面を持つ支持体；
各DNAフラグメントに連結して、それと共にDNAサークル（各DNAサークルは、ローリングサークル複製反応によって複製されて、表面上にランダムに配置することができるコンカテマーを形成する能力を持つ）を形成させるための少なくとも一つのアダプターオリゴヌクレオチド
を含むキット。
【請求項７５】
前記表面が、不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が前記コンカテマーのサイズと等価なサイズを持つ、請求項74に記載のキット。
【請求項７６】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項75に記載のキット。
【請求項７７】
前記不連続な相隔たる領域上の前記コンカテマーが、それらが光学的に解像可能であるような最近接距離を持つ、請求項76に記載のアレイ。
【請求項７８】
前記不連続な相隔たる領域に捕捉オリゴヌクレオチドが取付けられており、前記アダプターオリゴヌクレオチドがそれぞれに捕捉オリゴヌクレオチドに相補的な領域を持っていて、捕捉オリゴヌクレオチドと前記アダプターオリゴヌクレオチドの相補的領域との間の複合体の形成によって、前記コンカテマーを前記不連続な相隔たる領域に取付けることができるようになっている、請求項76に記載のキット。
【請求項７９】
前記コンカテマーが前記不連続な相隔たる領域上にランダムに分布し、前記最近接距離が0.3〜3μmの範囲にある、請求項78に記載のキット。
【請求項８０】
（a）前記DNAフラグメントにホモポリマーテールを取付けて、前記アダプターオリゴヌクレオチドの第1末端に結合部位を提供するためのターミナルトランスフェラーゼ、（b）前記アダプターオリゴヌクレオチドの鎖を前記DNAフラグメントの末端に連結して前記DNAサークルを形成させるためのリガーゼ、（c）前記アダプターオリゴヌクレオチドの鎖の一領域にアニールさせるためのプライマー、および（d）鎖にアニールさせたプライマーをローリングサークル複製反応で伸長するためのDNAポリメラーゼをさらに含む、請求項79に記載のキット。
【請求項８１】
前記アダプターオリゴヌクレオチドが、4〜12の範囲の縮重塩基数を持つ第2の末端を有する、請求項80に記載のキット。
【請求項８２】
ターゲットポリヌクレオチドを配列決定するためのキットであって、
光学的に解像可能な不連続な相隔たる領域のアレイを有する平面状の表面を持つ支持体（各不連続な相隔たる領域は1μm2未満の面積を持つ）；
不連続な相隔たる領域上にランダムに配置された複数のコンカテマーにハイブリダイズさせるための第1のプローブセット（コンカテマーはそれぞれにターゲットポリヌクレオチドのDNAフラグメントのコピーを複数含有する）；
複数のコンカテマーにハイブリダイズさせるための第2のプローブセット（第1セットからのプローブが第2セットからのプローブと隣接してハイブリダイズする場合はいつでも、それらのプローブが連結されるようになっている）
を含むキット。
【請求項８３】
リガーゼ、リガーゼバッファー、およびハイブリダイゼーションバッファーをさらに含む、請求項82に記載のキット。
【請求項８４】
前記不連続な相隔たる領域に捕捉オリゴヌクレオチドが取付けられており、前記コンカテマーがそれぞれに捕捉オリゴヌクレオチドに相補的な領域を持っていて、捕捉オリゴヌクレオチドと前記コンカテマーの相補的領域との間の複合体の形成によって、前記コンカテマーを前記不連続な相隔たる領域に取付けることができるようになっている、請求項83に記載のキット。
【請求項８５】
単分子アレイを構築するためのキットであって、
反応性官能基を持つ表面を有する支持体；および
それぞれがユニークな官能基と複数の相補的官能基とを持つ複数の高分子構造（高分子構造は、表面上にランダムに取付けることができ、その取付けは、一つ以上の反応性官能基と一つ以上の相補的官能基との反応によって形成される一つ以上の結合によって形成され、ユニークな官能基は、分析物分子上の官能基と選択的に反応して、単分子アレイを形成させる能力を持つ）
を含むキット。
【請求項８６】
前記表面が、前記反応性官能基を含有する不連続な相隔たる領域のアレイを持つ平面状の表面であり、各不連続な相隔たる領域が1μm2未満の面積を持つ、請求項85に記載のキット。
【請求項８７】
前記不連続な相隔たる領域が、0.1〜20μmの範囲の最近接距離を持つ規則的アレイを形成する、請求項86に記載のキット。
【請求項８８】
前記不連続な相隔たる領域上の前記コンカテマーが、それらが光学的に解像可能であるような最近接距離を持つ、請求項87に記載のキット。
【請求項８９】
前記高分子構造が、一つ以上のDNAフラグメントのコンカテマーであり、前記ユニークな官能基がコンカテマーの3'末端または5'末端にある、請求項88に記載のキット。
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【公表番号】特表２００９−５００００４（Ｐ２００９−５００００４Ａ）
【公表日】平成２１年１月８日（２００９．１．８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５１６９９４（Ｐ２００８−５１６９９４）
【出願日】平成１８年６月１３日（２００６．６．１３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０２２８９５
【国際公開番号】ＷＯ２００６／１３８２５７
【国際公開日】平成１８年１２月２８日（２００６．１２．２８）
【出願人】（５０７４１１４１９）カリダ・ジェノミックス・インコーポレイテッド (4)
【氏名又は名称原語表記】ＣＡＬＬＩＤＡ ＧＥＮＯＭＩＣＳ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年１月８日（２００９．１．８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年６月１３日（２００６．６．１３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０２２８９５
【国際公開番号】ＷＯ２００６／１３８２５７
【国際公開日】平成１８年１２月２８日（２００６．１２．２８）
【出願人】（５０７４１１４１９）カリダ・ジェノミックス・インコーポレイテッド (4)
【氏名又は名称原語表記】ＣＡＬＬＩＤＡ ＧＥＮＯＭＩＣＳ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
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