アミラーゼ、それをコードする核酸並びにその製造および使用方法
本発明はアミラーゼ活性を有するポリペプチド、前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに前記ポリヌクレオチド及びポリペプチドを製造及び使用する方法を目的とする。ある特徴では、本発明のポリペプチドは、アミラーゼ(例えばアルファアミラーゼ)としてデンプンから糖への加水分解を触媒するために用いることができる。ある特徴では、本発明は、ラテックスポリマーコーティングによって被覆された所望の成分を含む徐放性組成物を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも約50%の配列同一性を有する核酸配列を含む単離または組換え核酸であって、アミラーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードし、さらに前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される前記単離又は組換え核酸。
【請求項2】
少なくとも約51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%、又は100%の配列同一性を有する、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項3】
配列同一性が、少なくとも約50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、1200、1250、1300、1350、1400、1450、1500、1550若しくはそれより長い残基の領域、又は遺伝子若しくは転写物の完全長にわたる、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項4】
配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621に記載の配列を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項5】
配列番号:2;配列番号:4;配列番号:6;配列番号:10;配列番号:12;配列番号:14;配列番号:16;配列番号:18;配列番号:20;配列番号:22;配列番号:24;配列番号:26;配列番号:28;配列番号:30;配列番号:32;配列番号:34;配列番号:36;配列番号:38;配列番号:40;配列番号:42;配列番号:44;配列番号:46;配列番号:48;配列番号:50;配列番号:52;配列番号:54;配列番号:56;配列番号:58;配列番号:60;配列番号:62;配列番号:64;配列番号:66;配列番号:68;配列番号:70;配列番号:72;配列番号:74;配列番号:76;配列番号:78;配列番号:80;配列番号:82;配列番号:84;配列番号:86;配列番号:88;配列番号:90;配列番号:92;配列番号:94;配列番号:96;配列番号:98;配列番号:100;配列番号:102;配列番号:104;配列番号:106;配列番号:108;配列番号:110;配列番号:112;配列番号:114;配列番号:116;配列番号:118;配列番号:120;配列番号:122;配列番号:124;配列番号:126;配列番号:128;配列番号:130;配列番号:132;配列番号:134;配列番号:136;配列番号:138;配列番号:140;配列番号:142;配列番号:144;配列番号:146;配列番号:148;配列番号:150;配列番号:152;配列番号:154;配列番号:156;配列番号:158;配列番号:160;配列番号:162;配列番号:164;配列番号:166;配列番号:168;配列番号:190;配列番号:192;配列番号:194;配列番号:204;配列番号:206;配列番号:208;配列番号:210;配列番号:212;配列番号:323;配列番号:325;配列番号:327;配列番号:329;配列番号:331;配列番号:333;配列番号:335;配列番号:337;配列番号:339;配列番号:341;配列番号:343;配列番号:345;配列番号:347;配列番号:349;配列番号:351;配列番号:353;配列番号:355;配列番号:357;配列番号:359;配列番号:361;配列番号:363;配列番号:365;配列番号:367;配列番号:369;配列番号:371;配列番号:373;配列番号:375;配列番号:377;配列番号:379;配列番号:381;配列番号:383;配列番号:385;配列番号:387;配列番号:389;配列番号:391;配列番号:393;配列番号:395;配列番号:397;配列番号:399;配列番号:401;配列番号:403;配列番号:405;配列番号:407;配列番号:409;配列番号:411;配列番号:413;配列番号:415;配列番号:417;配列番号:419;配列番号:421;配列番号:423;配列番号:425;配列番号:427;配列番号:429;配列番号:431;配列番号:433;配列番号:435;配列番号:437;配列番号:439;配列番号:441;配列番号:443;配列番号:445;配列番号:447;配列番号:449;配列番号:451;配列番号:453;配列番号:455;配列番号:457;配列番号:459;配列番号:461;配列番号:463;配列番号:464;配列番号:466;配列番号:468;配列番号:469;配列番号:470;配列番号:471;配列番号:472;配列番号:474;配列番号:476;配列番号:477;配列番号:479;配列番号:481;配列番号:482;配列番号:483;配列番号:485;配列番号:487;配列番号:488;配列番号:489;配列番号:490;配列番号:491;配列番号:493;配列番号:495;配列番号:496;配列番号:497;配列番号:499;配列番号:501;配列番号:502;配列番号:503;配列番号:504;配列番号:505;配列番号:506;配列番号:507;配列番号:508;配列番号:510;配列番号:512;配列番号:513;配列番号:514;配列番号:516;配列番号:518;配列番号:520;配列番号:521;配列番号:523;配列番号:525;配列番号:526;配列番号:528;配列番号:530;配列番号:531;配列番号:533;配列番号:535;配列番号:536;配列番号:537;配列番号:538;配列番号:540;配列番号:542;配列番号:543;配列番号:545;配列番号:547;配列番号:548;配列番号:549;配列番号:550;配列番号:551;配列番号:553;配列番号:555;配列番号:556;配列番号:557;配列番号:559;配列番号:561;配列番号:562;配列番号:563;配列番号:564;配列番号:566;配列番号:568;配列番号:570;配列番号:572;配列番号:574;配列番号:576;配列番号:578;配列番号:580;配列番号:582;配列番号:584;配列番号:586;配列番号:588;配列番号:589;配列番号:590;配列番号:591;配列番号:592;配列番号:594;配列番号:604;配列番号:606;配列番号:608;配列番号:610;配列番号:612;配列番号:614;配列番号:616;配列番号:618;配列番号:620又は配列番号:622に記載の配列を有するポリペプチドをコードする、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項6】
配列比較アルゴリズムが、BLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、フィルタリング設定がblastall p blastp d “nr pataa” F Fに設定され、他の全てのオプションは規定値に設定される、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項7】
アミラーゼ活性がグルコシド結合の加水分解活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項8】
アミラーゼ活性がグルコアミラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項9】
アミラーゼ活性が1,4-α-D-グルカングルコヒドララーゼ活性を含む、請求項8に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項10】
アミラーゼ活性がα-アミラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項11】
アミラーゼ活性がエキソアミラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項12】
アミラーゼ活性がβ-アミラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項13】
グルコシド結合がα-1,4-グルコシド結合を含む、請求項7に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項14】
グルコシド結合がα-1,6-グルコシド結合を含む、請求項7に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項15】
アミラーゼ活性がデンプンのグルコシド結合を加水分解する活性を含む、請求項21に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項16】
アミラーゼ活性がさらに、デンプンのグルコシド結合を加水分解してマルトデキストリンを生成する活性を含む、請求項29に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項17】
アミラーゼ活性が、デンプンの非還元末端からマルトース又はD-グルコース単位を切断することを含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項18】
アミラーゼ活性が熱安定性である、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項19】
ポリペプチドが、約37℃から約95℃、又は約55℃から約85℃、又は約70℃から約95℃、又は約90℃から約95℃の温度範囲を含む条件下でアミラーゼ活性を維持する、請求項18に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項20】
アミラーゼ活性が耐熱性である、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項21】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃まで、55℃より高く約85℃まで、又は90℃より高く約95℃までの範囲の温度に暴露した後アミラーゼ活性を維持する、請求項20に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項22】
単離又は組換え核酸であって、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、前記単離又は組換え核酸。
【請求項23】
少なくとも約50、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000若しくはそれより多い残基、又は完全長の遺伝子若しくは転写物である、請求項23に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項24】
ストリンジェントな条件が、0.2XのSSC中で約65℃の温度で約15分の洗浄を含む洗浄工程を含む、請求項22に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項25】
アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621を含む配列の連続する少なくとも10塩基を含み、結合又はハイブリダイゼーションにより前記核酸を同定する、前記核酸プローブ。
【請求項26】
少なくとも約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、約60から100、又は約50から150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項25に記載の核酸プローブ。
【請求項27】
アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621の連続する少なくとも約10塩基を含む核酸を含み、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される、前記核酸プローブ。
【請求項28】
少なくとも約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、約60から100、又は約50から150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項27に記載の核酸プローブ。
【請求項29】
アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配列対であって、請求項1若しくは22に記載の配列又は前記の部分配列を含む核酸を増幅させることができる前記増幅プライマー配列対。
【請求項30】
増幅プライマー配列対の各メンバーが、配列の少なくとも約10から50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項29に記載の増幅プライマー対。
【請求項31】
請求項1若しくは22に記載の核酸配列又は前記配列の部分配列を増幅させることができる増幅プライマー配列対を用いて鋳型核酸を増幅させることを含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項32】
請求項1又は 22に記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項33】
請求項1又は 22に記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項34】
ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、請求項1又は 22に記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクル。
【請求項35】
ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ付随ウイルスベクターを含む、請求項34に記載のクローニングビヒクル。
【請求項36】
細菌の人工染色体(BAC)、プラスミド、バクテリオファージP1-由来ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)または哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、請求項34に記載のクローニングビヒクル。
【請求項37】
請求項1又は 22に記載の配列を含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項38】
請求項32に示された発現カセットを含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項39】
細胞が、細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は植物細胞である、請求項37又は38に記載の形質転換細胞。
【請求項40】
請求項1又は 22に記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項41】
動物がマウスである、請求項40に記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項42】
請求項1又は 22に記載の配列を含むトランスジェニック植物。
【請求項43】
植物がトウモロコシ、ソルガム、ジャガイモ、トマト、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、イネ、オオムギ、牧草又はタバコである、請求項42に記載のトランスジェニック植物。
【請求項44】
請求項1又は 22に記載の配列を含むトランスジェニック種子。
【請求項45】
トウモロコシ、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、ヤシ、ヒマワリ、ゴマ、イネ、オオムギ、落花生又はタバコの種子である、請求項44に記載のトランスジェニック種子。
【請求項46】
請求項1若しくは22に記載の配列又は前記の部分配列に相補的であるか、又はそれらとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項47】
約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、又は約60から100塩基の長さである、請求項46に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項48】
請求項1又は 22に記載の配列に相補的であるか、又はそれらとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に投与するか又は細胞で発現させることを含む、細胞内のアミラーゼメッセージの翻訳を阻害する方法。
【請求項49】
請求項1又は 22に記載の配列の部分配列を含む二本鎖の阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項50】
約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25又はそれより大きい長さを有する二重鎖ヌクレオチドである、請求項49に記載の二本鎖の阻害性RNA分子。
【請求項51】
二本鎖の阻害性RNA(RNAi)を細胞に投与するか又は細胞で発現させることを含む、細胞内でアミラーゼの発現を阻害する方法であって、前記RNAが請求項1又は 22に記載の配列の部分配列を含む、前記細胞内アミラーゼ発現の阻害方法。
【請求項52】
(i)配列番号:2;配列番号:4;配列番号:6;配列番号:10;配列番号:12;配列番号:14;配列番号:16;配列番号:18;配列番号:20;配列番号:22;配列番号:24;配列番号:26;配列番号:28;配列番号:30;配列番号:32;配列番号:34;配列番号:36;配列番号:38;配列番号:40;配列番号:42;配列番号:44;配列番号:46;配列番号:48;配列番号:50;配列番号:52;配列番号:54;配列番号:56;配列番号:58;配列番号:60;配列番号:62;配列番号:64;配列番号:66;配列番号:68;配列番号:70;配列番号:72;配列番号:74;配列番号:76;配列番号:78;配列番号:80;配列番号:82;配列番号:84;配列番号:86;配列番号:88;配列番号:90;配列番号:92;配列番号:94;配列番号:96;配列番号:98;配列番号:100;配列番号:102;配列番号:104;配列番号:106;配列番号:108;配列番号:110;配列番号:112;配列番号:114;配列番号:116;配列番号:118;配列番号:120;配列番号:122;配列番号:124;配列番号:126;配列番号:128;配列番号:130;配列番号:132;配列番号:134;配列番号:136;配列番号:138;配列番号:140;配列番号:142;配列番号:144;配列番号:146;配列番号:148;配列番号:150;配列番号:152;配列番号:154;配列番号:156;配列番号:158;配列番号:160;配列番号:162;配列番号:164;配列番号:166;配列番号:168;配列番号:190;配列番号:192;配列番号:194;配列番号:204;配列番号:206;配列番号:208;配列番号:210;配列番号:212;配列番号:323;配列番号:325;配列番号:327;配列番号:329;配列番号:331;配列番号:333;配列番号:335;配列番号:337;配列番号:339;配列番号:341;配列番号:343;配列番号:345;配列番号:347;配列番号:349;配列番号:351;配列番号:353;配列番号:355;配列番号:357;配列番号:359;配列番号:361;配列番号:363;配列番号:365;配列番号:367;配列番号:369;配列番号:371;配列番号:373;配列番号:375;配列番号:377;配列番号:379;配列番号:381;配列番号:383;配列番号:385;配列番号:387;配列番号:389;配列番号:391;配列番号:393;配列番号:395;配列番号:397;配列番号:399;配列番号:401;配列番号:403;配列番号:405;配列番号:407;配列番号:409;配列番号:411;配列番号:413;配列番号:415;配列番号:417;配列番号:419;配列番号:421;配列番号:423;配列番号:425;配列番号:427;配列番号:429;配列番号:431;配列番号:433;配列番号:435;配列番号:437;配列番号:439;配列番号:441;配列番号:443;配列番号:445;配列番号:447;配列番号:449;配列番号:451;配列番号:453;配列番号:455;配列番号:457;配列番号:459;配列番号:461;配列番号:463;配列番号:464;配列番号:466;配列番号:468;配列番号:469;配列番号:470;配列番号:471;配列番号:472;配列番号:474;配列番号:476;配列番号:477;配列番号:479;配列番号:481;配列番号:482;配列番号:483;配列番号:485;配列番号:487;配列番号:488;配列番号:489;配列番号:490;配列番号:491;配列番号:493;配列番号:495;配列番号:496;配列番号:497;配列番号:499;配列番号:501;配列番号:502;配列番号:503;配列番号:504;配列番号:505;配列番号:506;配列番号:507;配列番号:508;配列番号:510;配列番号:512;配列番号:513;配列番号:514;配列番号:516;配列番号:518;配列番号:520;配列番号:521;配列番号:523;配列番号:525;配列番号:526;配列番号:528;配列番号:530;配列番号:531;配列番号:533;配列番号:535;配列番号:536;配列番号:537;配列番号:538;配列番号:540;配列番号:542;配列番号:543;配列番号:545;配列番号:547;配列番号:548;配列番号:549;配列番号:550;配列番号:551;配列番号:553;配列番号:555;配列番号:556;配列番号:557;配列番号:559;配列番号:561;配列番号:562;配列番号:563;配列番号:564;配列番号:566;配列番号:568;配列番号:570;配列番号:572;配列番号:574;配列番号:576;配列番号:578;配列番号:580;配列番号:582;配列番号:584;配列番号:586;配列番号:588;配列番号:589;配列番号:590;配列番号:591;配列番号:592;配列番号:594;配列番号:604;配列番号:606;配列番号:608;配列番号:610;配列番号:612;配列番号:614;配列番号:616;配列番号:618;配列番号:620又は配列番号:622と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50%の配列同一性を有する単離又は組換えポリペプチドであって、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される前記ポリペプチド、又は(ii)配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621に記載の配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50%の配列同一性を有する核酸によってコードされる単離又は組換えポリペプチドであって、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される前記ポリペプチド、又は配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621に記載の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされる単離又は組換えポリペプチド。
【請求項53】
配列同一性が、少なくとも約51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%である、請求項52に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項54】
配列同一性が、少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050若しくはそれより多くの残基の領域にわたるか、又は酵素の完全長に及ぶ、請求項52に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項55】
配列番号:2;配列番号:4;配列番号:6;配列番号:10;配列番号:12;配列番号:14;配列番号:16;配列番号:18;配列番号:20;配列番号:22;配列番号:24;配列番号:26;配列番号:28;配列番号:30;配列番号:32;配列番号:34;配列番号:36;配列番号:38;配列番号:40;配列番号:42;配列番号:44;配列番号:46;配列番号:48;配列番号:50;配列番号:52;配列番号:54;配列番号:56;配列番号:58;配列番号:60;配列番号:62;配列番号:64;配列番号:66;配列番号:68;配列番号:70;配列番号:72;配列番号:74;配列番号:76;配列番号:78;配列番号:80;配列番号:82;配列番号:84;配列番号:86;配列番号:88;配列番号:90;配列番号:92;配列番号:94;配列番号:96;配列番号:98;配列番号:100;配列番号:102;配列番号:104;配列番号:106;配列番号:108;配列番号:110;配列番号:112;配列番号:114;配列番号:116;配列番号:118;配列番号:120;配列番号:122;配列番号:124;配列番号:126;配列番号:128;配列番号:130;配列番号:132;配列番号:134;配列番号:136;配列番号:138;配列番号:140;配列番号:142;配列番号:144;配列番号:146;配列番号:148;配列番号:150;配列番号:152;配列番号:154;配列番号:156;配列番号:158;配列番号:160;配列番号:162;配列番号:164;配列番号:166;配列番号:168;配列番号:190;配列番号:192;配列番号:194;配列番号:204;配列番号:206;配列番号:208;配列番号:210;配列番号:212;配列番号:323;配列番号:325;配列番号:327;配列番号:329;配列番号:331;配列番号:333;配列番号:335;配列番号:337;配列番号:339;配列番号:341;配列番号:343;配列番号:345;配列番号:347;配列番号:349;配列番号:351;配列番号:353;配列番号:355;配列番号:357;配列番号:359;配列番号:361;配列番号:363;配列番号:365;配列番号:367;配列番号:369;配列番号:371;配列番号:373;配列番号:375;配列番号:377;配列番号:379;配列番号:381;配列番号:383;配列番号:385;配列番号:387;配列番号:389;配列番号:391;配列番号:393;配列番号:395;配列番号:397;配列番号:399;配列番号:401;配列番号:403;配列番号:405;配列番号:407;配列番号:409;配列番号:411;配列番号:413;配列番号:415;配列番号:417;配列番号:419;配列番号:421;配列番号:423;配列番号:425;配列番号:427;配列番号:429;配列番号:431;配列番号:433;配列番号:435;配列番号:437;配列番号:439;配列番号:441;配列番号:443;配列番号:445;配列番号:447;配列番号:449;配列番号:451;配列番号:453;配列番号:455;配列番号:457;配列番号:459;配列番号:461;配列番号:463;配列番号:464;配列番号:466;配列番号:468;配列番号:469;配列番号:470;配列番号:471;配列番号:472;配列番号:474;配列番号:476;配列番号:477;配列番号:479;配列番号:481;配列番号:482;配列番号:483;配列番号:485;配列番号:487;配列番号:488;配列番号:489;配列番号:490;配列番号:491;配列番号:493;配列番号:495;配列番号:496;配列番号:497;配列番号:499;配列番号:501;配列番号:502;配列番号:503;配列番号:504;配列番号:505;配列番号:506;配列番号:507;配列番号:508;配列番号:510;配列番号:512;配列番号:513;配列番号:514;配列番号:516;配列番号:518;配列番号:520;配列番号:521;配列番号:523;配列番号:525;配列番号:526;配列番号:528;配列番号:530;配列番号:531;配列番号:533;配列番号:535;配列番号:536;配列番号:537;配列番号:538;配列番号:540;配列番号:542;配列番号:543;配列番号:545;配列番号:547;配列番号:548;配列番号:549;配列番号:550;配列番号:551;配列番号:553;配列番号:555;配列番号:556;配列番号:557;配列番号:559;配列番号:561;配列番号:562;配列番号:563;配列番号:564;配列番号:566;配列番号:568;配列番号:570;配列番号:572;配列番号:574;配列番号:576;配列番号:578;配列番号:580;配列番号:582;配列番号:584;配列番号:586;配列番号:588;配列番号:589;配列番号:590;配列番号:591;配列番号:592;配列番号:594;配列番号:604;配列番号:606;配列番号:608;配列番号:610;配列番号:612;配列番号:614;配列番号:616;配列番号:618;配列番号:620又は配列番号:622に記載の配列を有する、請求項52に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項56】
ポリペプチドがアミラーゼ活性を有する、請求項52に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項57】
アミラーゼ活性がグルコシド結合の加水分解活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項58】
アミラーゼ活性がグルコアミラーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項59】
アミラーゼ活性が1,4-α-D-グルカングルコヒドララーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項60】
アミラーゼ活性がα-アミラーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項61】
アミラーゼ活性がエキソアミラーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項62】
アミラーゼ活性がβ-アミラーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項63】
グルコシド結合がα-1,4-グルコシド結合を含む、請求項57に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項64】
グルコシド結合がα-1,6-グルコシド結合を含む、請求項57に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項65】
アミラーゼ活性がデンプンのグルコシド結合を加水分解する活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項66】
アミラーゼ活性がさらに、デンプンのグルコシド結合を加水分解してマルトデキストリンを生成する活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項67】
アミラーゼ活性が、デンプンの非還元末端からマルトース又はD-グルコース単位を切断する活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項68】
アミラーゼ活性が熱安定性である、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項69】
ポリペプチドが、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約95℃、又は約90℃から約95℃の温度範囲を含む条件下でアミラーゼ活性を維持する、請求項68に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項70】
アミラーゼ活性が耐熱性である、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項71】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃まで、55℃より高く約85℃まで、又は90℃より高く約95℃までの範囲の温度に暴露した後でアミラーゼ活性を維持する、請求項70に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項72】
請求項52に示されたポリペプチドを含み、さらにシグナル配列を欠く単離又は組換えポリペプチド。
【請求項73】
請求項52に示されたポリペプチドを含み、さらに異種シグナル配列を有する単離又は組換えポリペプチド。
【請求項74】
アミラーゼ活性が、約37℃において、タンパク質1ミリグラムにつき約100から1000ユニット、タンパク質1ミリグラムにつき約500から約750ユニット、タンパク質1ミリグラムにつき約500から約1200ユニット、又はタンパク質1ミリグラムにつき約750から約1000ユニットの範囲の比活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項75】
耐熱性が、上昇させた温度で加熱した後で前記アミラーゼの37℃における比活性の少なくとも半分が維持されることを含む、請求項70に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項76】
耐熱性が、上昇させた温度で加熱した後で、37℃において、タンパク質1ミリグラムにつき約500から約1200ユニットの範囲の比活性が維持されることを含む、請求項70に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項77】
ポリペプチドが少なくとも1つのグリコシル化部位を含む、請求項52に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項78】
グリコシル化がN-結合グリコシル化である、請求項52に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項79】
ポリペプチドが、P. パストリス(pastoris)またはS. ポンベ(pombe)で発現された場合にグリコシル化される、請求項78に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項80】
ポリペプチドが、約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5又はpH4.0を含む条件下でアミラーゼ活性を維持する、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項81】
ポリペプチドが、約pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10、又はpH10.5を含む条件下でアミラーゼ活性を維持する、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項82】
請求項52に記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物であって、液体、固体又はゲルを含む前記タンパク質調製物。
【請求項83】
請求項52に記載のポリペプチド及び第二のドメインを含むヘテロダイマー。
【請求項84】
第二のドメインがポリペプチドであり、へテロダイマーが融合タンパク質である、請求項83に記載のヘテロダイマー。
【請求項85】
第二のドメインがエピトープ又はタグである、請求項84に記載のヘテロダイマー。
【請求項86】
請求項52に記載のポリペプチドを含むホモダイマー。
【請求項87】
固定化ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが請求項52に記載の配列又はその部分配列を含む、前記固定化ポリペプチド。
【請求項88】
細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイまたはキャピラリー管に固定化されている、請求項87に記載の固定化ポリペプチド。
【請求項89】
固定化された請求項52に記載のポリペプチドを含むアレイ。
【請求項90】
固定化された請求項1又は請求項22に記載の核酸を含むアレイ。
【請求項91】
請求項52に記載のポリペプチドと特異的に結合する単離または組換え抗体。
【請求項92】
モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体である、請求項91に記載の単離又は組換え抗体。
【請求項93】
請求項52に記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項94】
請求項52に記載のポリペプチド又はその部分配列を含む動物用栄養補助食品。
【請求項95】
ポリペプチドがグリコシル化されている、請求項94に記載の栄養補助食品。
【請求項96】
請求項52に記載のポリペプチドを含む食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項97】
デリバリーマトリックスがペレットを構成している、請求項96に記載の食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項98】
ポリペプチドがグリコシル化されている、請求項97に記載の食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項99】
ポリペプチドが耐熱性又は熱安定性アミラーゼ活性を有する、請求項97に記載の食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項100】
以下の工程を含むアミラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法:(a)請求項91に記載の抗体を提供する工程;
(b)ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程;および、
(c)工程(a)の抗体と工程(b)のサンプルを前記抗体が前記ポリペプチドと特異的に結合する条件下で接触させ、それによってアミラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程。
【請求項101】
非ヒト動物に液性免疫応答を生じさせるために十分な量で請求項1又は22に記載の核酸又は前記の部分配列を投与し、それによって抗アミラーゼ抗体を製造することを含む抗アミラーゼ抗体の製造方法。
【請求項102】
非ヒト動物に液性免疫応答を生じさせるために十分な量で請求項52に記載のポリペプチド又は前記の部分配列を投与し、それによって抗アミラーゼ抗体を製造することを含む抗アミラーゼ抗体の製造方法。
【請求項103】
以下の工程を含む組換えポリペプチドを製造する方法:(a)プロモーターに機能可能に連結された核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項1又は22に記載の配列を含む核酸である前記工程;および、(b)工程(a)の核酸をポリペプチドの発現を可能にする条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを製造する工程。
【請求項104】
さらに、宿主細胞を工程(a)の核酸で形質転換し、続いて工程(a)の核酸を発現させ、それによって形質転換細胞で組換えポリペプチドを製造することを含む、請求項103に記載の方法。
【請求項105】
アミラーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法であって、
(a)請求項56に記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)アミラーゼ基質を提供する工程;および、
(c)前記ポリペプチドを工程(b)の基質と接触させ、前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程を含み、
前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加によってアミラーゼ活性を有するポリペプチドを検出する、前記方法。
【請求項106】
基質がデンプンである、請求項1052に記載の方法。
【請求項107】
アミラーゼ基質を同定する方法であって、
(a)請求項56に記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験基質を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験基質と接触させ、前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程を含み、
前記基質の量が減少または反応生成物量が増加すれば前記試験基質をアミラーゼ基質として同定する、前記方法。
【請求項108】
以下の工程を含む、試験化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法:
(a)核酸又は前記核酸を含むベクターを前記核酸のポリペプチドへの翻訳を許容する条件下で発現させる工程であって、前記核酸が請求項1又は22に記載の配列を有する核酸である前記工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程;および、
(d)工程(b)の試験化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項109】
以下の工程を含む、試験化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法:
(a)請求項52に記載の配列を有するポリペプチドを提供する工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程;および、
(d)工程(b)の試験化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項110】
アミラーゼ活性の調節物質を同定する方法であって、
(a)請求項56に記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験化合物と接触させてアミラーゼの活性を測定する工程を含み、
前記試験化合物の非存在下で測定されたアミラーゼ活性と比較して前記試験化合物の存在下でのアミラーゼ活性が変化すれば、前記試験化合物をアミラーゼ活性を調節する物質として同定する、前記方法。
【請求項111】
アミラーゼ活性が、アミラーゼ基質を提供すること、および、前記基質の量の減少若しくは反応生成物量の増加、又は前記基質の量の増加若しくは反応生成物量の減少を検出することによって測定される、請求項110に記載の方法。
【請求項112】
試験化合物存在下において、前記試験化合物非存在下における基質の量または反応生成物の量と比較して基質の量が減少または反応生成物量が増加したならば、前記試験化合物をアミラーゼの活性化物質として同定する、請求項111に記載の方法。
【請求項113】
試験化合物存在下において、前記試験化合物非存在下における基質の量または反応生成物の量と比較して基質の量が増加または反応生成物の量が減少したならば、前記試験化合物をアミラーゼの阻害物質として同定する、請求項111に記載の方法。
【請求項114】
プロセッサおよびデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置にはポリペプチド配列又は核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列が請求項52に記載の配列、または、請求項1若しくは22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む配列である、前記コンピュータシステム。
【請求項115】
配列比較アルゴリズム、及び少なくとも1つの参照配列が保存された保存装置をさらに含む、請求項114に記載のコンピュータシステム。
【請求項116】
配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、請求項115に記載のコンピュータシステム。
【請求項117】
配列中の1つまたは2つ以上の特徴を同定するアイデンティファイアーをさらに含む、請求項114に記載のコンピュータシステム。
【請求項118】
ポリペプチド配列又は核酸配列が保存されているコンピュータ読み出し可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が、請求項52に記載のポリペプチドまたは、請求項1若しくは22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む配列である、前記コンピュータ読み出し可能媒体。
【請求項119】
以下の工程を含む配列の特徴を同定する方法:(a)配列内の1つ又は2つ以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読み取る工程であって、前記配列はポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が、請求項52に記載のポリペプチド、または、請求項1若しくは22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含むポリペプチドである、前記工程;および(b)前記コンピュータプログラムにより前記配列中の1つ又は2つ以上の特徴を同定する工程。
【請求項120】
以下の工程を含む第一の配列を第二の配列と比較する方法:(a)配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第一の配列及び第二の配列を読み取る工程であって、前記第一の配列はポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が、請求項52に記載のポリペプチド、または請求項1若しくは22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む配列である、前記工程;および、(b)前記第一の配列と第二の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程。
【請求項121】
第一の配列と第二の配列間の相違を決定する工程がさらに多型性を同定する工程を含む、請求項120に記載の方法。
【請求項122】
配列内の1つ又は2つ以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーをさらに含む、請求項120に記載の方法。
【請求項123】
コンピュータプログラムを用いて第一の配列を読み取り、さらに配列内の1つ又は2つ以上の特徴を同定することを含む、請求項122に記載の方法。
【請求項124】
以下の工程を含む、環境サンプルからアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法:
(a)請求項29に記載の増幅プライマー配列を提供する工程;
(b)環境サンプルから核酸を単離するか、または前記サンプル内の核酸がハイブリダイゼーションのために前記増幅プライマー対に接近できるように前記環境サンプルを処理する工程;および、
(c)工程(b)の核酸を工程(a)の増幅プライマー対と一緒にして前記環境サンプルの核酸を増幅し、それによって前記環境サンプルからアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項125】
増幅プライマー配列対の各メンバーが、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619若しくは配列番号621に記載の配列、又はその部分配列の少なくとも約10から50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項124に記載の方法。
【請求項126】
以下の工程を含む、環境サンプルからアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法:
(a)請求項1又は22に記載の配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程;
(b)環境サンプルから核酸を単離するか、又は前記サンプル中の核酸がハイブリダイゼーションのために工程(a)のポリヌクレオチドに接近できるように前記環境サンプルを処理する工程;
(c)工程(b)の単離された核酸または処理された環境サンプルを工程(a)のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程;および、
(d)工程(a)のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって前記環境サンプルからアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項127】
環境サンプルが水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプルまたは生物学的サンプルを含む、請求項124又は126に記載の方法。
【請求項128】
生物学的サンプルが、細菌細胞、原虫細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞または哺乳動物細胞に由来する請求項127に記載の方法。
【請求項129】
以下の工程を含むアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法:
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程;および、
(b)前記鋳型配列中の1つ又は2つ以上のヌクレオチドの改変、欠失若しくは付加、又は前記の組合せを実施して前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項130】
さらに変種核酸を発現させて変種アミラーゼポリペプチドを生成することを含む請求項129に記載の方法。
【請求項131】
改変、付加または欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)又はそれらの組合せを含む方法によって導入される、請求項129に記載の方法。
【請求項132】
改変、付加または欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、又はそれらの組合せによって導入される、請求項129に記載の方法。
【請求項133】
鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性または安定性とは変異した若しくは異なる活性または変異した若しくは異なる安定性を有するアミラーゼが得られるまで反復される、請求項129に記載の方法。
【請求項134】
変種アミラーゼポリペプチドが耐熱性であり、上昇させた温度に暴露された後である程度の活性を維持する、請求項133に記載の方法。
【請求項135】
変種アミラーゼポリペプチドが、鋳型核酸によってコードされるアミラーゼと比較してグリコシル化が増加している、請求項133に記載の方法。
【請求項136】
変種アミラーゼポリペプチドが高温下でアミラーゼ活性を有するが、鋳型核酸によってコードされるアミラーゼは高温下で活性をもたない、請求項133に記載の方法。
【請求項137】
鋳型核酸のコドン使用頻度とは異なるコドン使用頻度を示すアミラーゼコード配列が得られるまで反復される、請求項129に記載の方法。
【請求項138】
鋳型核酸のメッセージ発現レベルまたは安定性レベルより高いまたは低いメッセージ発現レベル若しくは安定性レベルを有するアミラーゼ遺伝子が得られるまで反復される、請求項129に記載の方法。
【請求項139】
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程;および、
(b)工程(a)の核酸内の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンに置換し、それによって前記核酸を改変し宿主細胞における前記核酸の発現を高める工程、
を含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を高める方法であって、前記優先コドンとは宿主細胞の遺伝子内のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先コドンまたは前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記方法。
【請求項140】
以下の工程を含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法:
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程;および、
(b)工程(a)の核酸のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置換し、それによってアミラーゼをコードする核酸のコドンを改変する工程。
【請求項141】
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む、アミラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程;および、
(b)工程(a)の核酸内の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞における前記核酸の発現を高める工程を含む、
アミラーゼポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を高める方法であって、前記優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記方法。
【請求項142】
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む、アミラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程;および、
(b)工程(a)の核酸内の少なくとも1つの優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞における前記核酸の発現を低下させることを含む、
アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を低下させる方法であって、前記優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記方法。
【請求項143】
宿主細胞が、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、請求項141又は142に記載の方法。
【請求項144】
以下の工程を含む、複数の改変されたアミラーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変された活性部位または基質結合部位が、第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする配列を含む第一の核酸に由来する前記核酸ライブラリーの作製方法:
(a)第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする第一の核酸を提供する工程であって、前記第一の核酸配列は、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619若しくは配列番号621に記載の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列又はその部分配列を含み、前記核酸がアミラーゼ活性部位またはアミラーゼ基質結合部位をコードする核酸である、前記工程;
(b)前記第一の核酸内の複数の標的コドンで天然に存在するアミノ酸変種をコードする変異導入オリゴヌクレオチドの組を提供する工程;
(c)前記変異導入オリゴヌクレオチドの組を用いて、変異導入アミノ酸コドンの各々において一連のアミノ酸変種をコードする活性部位コード変種または基質結合部位コード変種核酸の組を生成し、それによって複数の改変されたアミラーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する工程。
【請求項145】
最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、または合成連結再アッセンブリ(SLR) を含む方法によって、工程(a)の第一の核酸に変異導入することを含む請求項144に記載の方法。
【請求項146】
変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)及びそれらの組合せを含む方法によって、工程(a)の第一の核酸又は変種に変異導入することを含む請求項144に記載の方法。
【請求項147】
組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成およびそれらの組合せを含む方法によって、工程(a)の第一の核酸または変種に変異導入することを含む請求項144に記載の方法。
【請求項148】
以下の工程を含む小分子の製造方法:
(a)小分子を合成または改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の1つが請求項1または22に記載の配列を含む核酸によってコードされるアミラーゼ酵素を含む前記工程;
(b)工程(a)の酵素の少なくとも1つに対する基質を提供する工程;および、
(c)複数の生物触媒反応を促進する条件下で工程(b)の基質を前記酵素と反応させて一連の生物触媒反応により小分子を生成する工程。
【請求項149】
以下の工程を含む小分子の改変方法:
(a)アミラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項56に記載のポリペプチド、又は請求項1または22に記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;
(b)小分子を提供する工程;および、
(c)前記アミラーゼ酵素によって触媒される酵素反応が促進される条件下で工程(a)の酵素を工程(b)の小分子と反応させ、それによってアミラーゼ酵素反応により小分子を改変する工程。
【請求項150】
工程(a)の酵素に対する複数の小分子基質を提供し、それによってアミラーゼ酵素により触媒される少なくとも1つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製する、請求項149に記載の方法。
【請求項151】
さらに、前記酵素による複数の生物触媒反応を促進する条件下で複数の酵素を追加して、複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製する、請求項149に記載の方法。
【請求項152】
さらに、所望の活性を示す特定の小分子がライブラリー内に存在するか否かを決定するために前記ライブラリーを試験する工程を含む、請求項151に記載の方法。
【請求項153】
ライブラリーの試験工程がさらに、所望の活性をもつ特定の改変小分子の有無について改変小分子の一部分を試験することによって、ライブラリー内の複数の改変小分子の前記一部分を生成するために用いられた生物触媒反応の1つ以外の全てを系統的に排除し、所望の活性をもつ特定の改変小分子を生成する少なくとも1つの特異的な生物触媒反応を同定する工程を含む、請求項152に記載の方法。
【請求項154】
以下の工程を含むアミラーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する方法:
(a)アミラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1又は22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;および、
(b)工程(a)の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、アミラーゼ活性について残余の部分配列を試験し、それによってアミラーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する工程。
【請求項155】
アミラーゼ活性が、アミラーゼ基質を提供し、さらに前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出することによって測定される、請求項154に記載の方法。
【請求項156】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス解析によって新規または改変表現型の全細胞操作のための方法:
(a)細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が請求項1又は22に記載の配列を含む核酸を細胞に添加することによって改変される前記工程;
(b)前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成する工程;
(c)工程(b)の細胞培養物をリアルタイムでモニターすることによって前記細胞の少なくとも1つの代謝パラメーターを測定する工程;および、
(d)工程(c)のデータを解析して、前記測定されたパラメーターが類似の条件下で未改変細胞での対応する測定値と異なるか否かを決定し、それによって細胞の操作された表現型をリアルタイム代謝フラックス解析により同定する工程。
【請求項157】
細胞の遺伝的構成が、細胞内の配列の欠失若しくは改変又は遺伝子発現のノックアウトを含む方法によって改変される、請求項156に記載の方法。
【請求項158】
さらに新たに操作された表現型を含む細胞の選別を含む、請求項157に記載の方法。
【請求項159】
さらに選別された細胞を培養し、それによって新たに操作された表現型を含む新規な細胞株を作製することを含む、請求項158に記載の方法。
【請求項160】
以下の工程を含むデンプンを加水分解する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1又は22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)デンプンを含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と前記ポリペプチドがデンプンを加水分解する条件下で接触させる工程。
【請求項161】
組成物がα-1,4グルコシド結合又はα-1,6-グルコシド結合を含む、請求項160に記載の方法。
【請求項162】
以下の工程を含む、組成物からデンプンを液化又はデンプンを除去する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1又は22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)デンプンを含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と前記ポリペプチドがデンプンを除去又は液化する条件下で接触させる工程。
【請求項163】
アミラーゼポリペプチドの耐熱性または熱安定性を高める方法であって、請求項52に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドの少なくとも30の連続するアミノ酸を含むアミラーゼポリペプチドをグリコシル化することを含む、前記アミラーゼポリペプチドの耐熱性又は熱安定性を高める方法。
【請求項164】
アミラーゼの比活性が、約37℃より高く約95℃までの範囲の温度で熱安定性または耐熱性である、請求項163に記載の方法。
【請求項165】
細胞で組換えアミラーゼポリペプチドを過剰発現させる方法であって、請求項1又は22に記載の核酸と少なくとも約50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有する核酸を含むベクターを発現させることを含み、前記過剰発現が高活性プロモーターの使用又は二シストロンベクターの使用によって、又は前記ベクターの遺伝子増幅によって達成される、前記組換えアミラーゼポリペプチドを過剰発現させる方法。
【請求項166】
請求項52に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む洗剤組成物であって、前記ポリペプチドがアミラーゼ活性を含む、前記洗剤組成物。
【請求項167】
アミラーゼが非表面活性アミラーゼ又は表面活性アミラーゼである、請求項166に記載の洗剤組成物。
【請求項168】
アミラーゼが非水性液体組成物、注型成形固体、顆粒形態、球状形態、圧縮錠剤、ゲル形態、ペースト又はスラリー形態として処方される、請求項166に記載の洗剤組成物。
【請求項169】
アミラーゼがアルカリ性条件下で活性を有する、請求項166に記載の洗剤組成物。
【請求項170】
アミラーゼが配列番号:210;配列番号:212;配列番号:441;配列番号:445;配列番号:439に記載の配列を含む、請求項166に記載の洗剤組成物。
【請求項171】
以下の工程を含む対象物を洗浄する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを含む組成物を提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされる本発明のポリペプチド又は本発明の核酸配列によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;
(b)対象物を提供する工程;及び、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の対象物と前記組成物が前記対象物を洗浄することができる条件下で接触させる工程。
【請求項172】
以下の工程を含む、動物による消費に先立って飼料又は食品中のデンプンを加水分解する方法:
(a)デンプンを含む飼料原料を提供する工程であって、前記デンプンはアミラーゼ活性を有するポリペプチドによって加水分解することができ、前記ポリペプチドが、請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;
(b)工程(a)のポリペプチドを前記飼料又は食品原料に、デンプンの加水分解及び処理食品又は飼料の生成に十分な時間、十分な量で添加し、それによって動物による消費の前に前記食品又は飼料中のデンプンを加水分解する工程。
【請求項173】
食品又は飼料がコメ、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、豆類又はジャガイモを含む、請求項172に記載の方法。
【請求項174】
請求項56に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む飼料又は食品。
【請求項175】
デンプン、及び請求項56に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む組成物。
【請求項176】
請求項56に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む繊維。
【請求項177】
以下の工程を含む織物を脱サイズする方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)織物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の織物と前記アミラーゼが前記織物を脱サイズすることができる条件下で接触させる工程。
【請求項178】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む紙若しくは紙製品又は紙パルプ。
【請求項179】
以下の工程を含む紙又は線維を脱インクする方法を提供する:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)紙又は線維を含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と前記ポリペプチドが前記紙又は線維を脱インクすることができる条件下で接触させる工程。
【請求項180】
以下の工程を含むリグノセルロース線維を処理する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)リグノセルロース線維を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の線維と前記ポリペプチドが前記線維を処理してそれによって前記線維の特性を改善することができる条件下で接触させる工程。
【請求項181】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む高マルトース又は高グルコース液若しくはシロップ。
【請求項182】
以下の工程を含む高マルトース又は高グルコースシロップを製造する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)デンプンを含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と、前記ポリペプチドが前記組成物を加水分解することができる条件下で接触させ、それによって高マルトース又は高グルコースシロップを生成する工程。
【請求項183】
デンプンが、コメ、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、豆類、ジャガイモ又はサツマイモに由来する請求項182に記載の方法。
【請求項184】
以下の工程を含むデンプン含有産出流体の流れを改善する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)デンプンを含む産出流体を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の産出流体と前記アミラーゼが前記産出流体中のデンプンを加水分解することができる条件下で接触させ、それによって前記産出流体の密度を低下させて前記産出流体の流れを改善する工程。
【請求項185】
産出流体が地下層に由来する、請求項184に記載の方法。
【請求項186】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むアンチステーリング組成物。
【請求項187】
以下の工程を含む焼成製品の老化を防ぐ方法:
(a)請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含むポリペプチドを提供する工程;
(b)デンプンを含み焼成に用いられる組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と、前記ポリペプチドが焼成に用いられる組成物中のデンプンを加水分解することができる条件下で一緒にし、それによって焼成製品の老化を防ぐ工程。
【請求項188】
焼成製品がパン又はパン製品である、請求項187に記載の方法。
【請求項189】
以下の工程を含む醸造又はアルコール製造においてアミラーゼを使用する方法:
(a)請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含むポリペプチドを提供する工程;
(b)デンプンを含み醸造又はアルコール製造に用いられる組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と、前記ポリペプチドが醸造又はアルコール製造で用いられる組成物中のデンプンを加水分解することができる条件下で一緒にする工程。
【請求項190】
デンプンを含む組成物がビールである、請求項189に記載の方法。
【請求項191】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むアルコール飲料。
【請求項192】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むビール。
【請求項193】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物。
【請求項194】
さらにラテックスポリマーコーティングを含む請求項193に記載の医薬組成物。
【請求項195】
核酸が植物プロモーターに機能的に連結されている、請求項32に記載の発現カセット。
【請求項196】
さらに植物発現ベクターを含む、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項197】
植物発現ベクターが植物ウイルスを含む、請求項196に記載の発現カセット。
【請求項198】
植物プロモーターがジャガイモのプロモーター、イネのプロモーター、トウモロコシのプロモーター、コムギ又はオオムギのプロモーターを含む、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項199】
プロモーターがアグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)のT-DNAに由来するプロモーターを含む、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項200】
プロモーターが構成的プロモーターである、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項201】
構成的プロモーターがCaMV35Sである、請求項200に記載の発現カセット。
【請求項202】
プロモーターが誘導性プロモーター又は組織特異的プロモーターである、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項203】
組織特異的プロモーターが、種子特異的、葉特異的、根特異的、茎特異的または器官離脱-誘導プロモーターである、請求項202に記載の発現カセット。
【請求項204】
植物細胞がジャガイモ、イネ、トウモロコシ、コムギ、タバコまたはオオムギ細胞である、請求項39に記載の形質転換細胞。
【請求項205】
以下の工程を含むトランスジェニック植物の製造方法:
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それによって形質転換植物細胞を作製する前記工程;および、
(b)前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を生成する工程。
【請求項206】
工程(a)がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーション又はマイクロインジェクションにより異種核酸配列を導入することを含む、請求項205に記載の方法。
【請求項207】
工程(a)が、DNA粒子ボンバードメントによって直接植物組織に異種核酸配列を導入することを含む、請求項205に記載の方法。
【請求項208】
工程(a)が、アグロバクテリウム・ツメファシエンス宿主を用いて植物細胞DNAに異種核酸配列を導入することを含む、請求項205に記載の方法。
【請求項209】
以下の工程を含む、植物細胞において異種核酸配列を発現させる方法:
(a)プロモーターに機能可能に連結された請求項1又は22に記載の配列を含む異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程;
(b)前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現される条件下で植物を生長させる工程。
【請求項210】
表3に示されたペプチドを含むシグナル配列。
【請求項211】
表3に示されたペプチドからなるシグナル配列。
【請求項212】
請求項210又は211に記載のシグナル配列を含む第一のドメイン及び少なくとも1つの第二のドメインを含むキメラタンパク質。
【請求項213】
タンパク質が融合タンパク質である、請求項212に記載のキメラタンパク質。
【請求項214】
第二のドメインが酵素を含む、請求項212に記載のキメラタンパク質。
【請求項215】
酵素がアミラーゼである、請求項214に記載のキメラタンパク質。
【請求項216】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む口腔手入れ製品。
【請求項217】
歯磨きペースト、歯磨きクリーム、ゲル又は粉、オドンティック、口内洗浄液、ブラッシング前又は後の洗浄剤、チューインガム、ロゼンジ又はキャンディーを含む、請求項216に記載の口腔手入れ製品。
【請求項218】
ラテックスポリマーコーティングによって被覆された所望の成分を含む徐放性又は制御放出組成物。
【請求項219】
所望の成分が酵素を含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項220】
所望の成分が小分子、薬剤、多糖類、脂質、核酸、ビタミン、抗生物質又は殺虫剤を含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項221】
所望の成分がペレット又はマトリックスを構成する、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項222】
ペレット又はマトリックスが食用物質を含む、請求項221に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項223】
ラテックスポリマーコーティングがラテックス塗料を含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項224】
ラテックスポリマーコーティングが、アクリレート、メタクリレート、酢酸ビニル、スチレン、エチレン、塩化ビニル、ブタジエン、塩化ビニリデン、ビニルベルサテート、プロピオン酸ビニル、t-ブチルアクリレート、アクリロニトリル、ネオプレン、マリエート、フマレート、前記の組合せ又は前記の誘導体を含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項225】
請求項56に記載のポリペプチドを含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物
【請求項226】
組成物をラテックスポリマーコーティングで被覆することを含む、組成物の徐放性又は制御放出のための方法。
【請求項227】
組成物が請求項56に記載のポリペプチドを含む、請求項226に記載の方法。
【請求項228】
請求項56に記載のポリペプチドを含む油田掘削液。
【請求項229】
請求項56に記載のポリペプチドで組成物を処理することを含む、組成物の粘度を変化させる方法。
【請求項230】
組成物が土壌を含む、請求項229に記載の方法。
【請求項231】
請求項56に記載のポリペプチドを含む組成物で掘削泥を処理することを含む、泥の掘削の実施を補助する方法。
【請求項232】
請求項56に記載のポリペプチドを含むバイオブリーチング溶液。
【請求項233】
請求項56に記載のポリペプチドで組成物を処理することを含む、組成物をバイオブリーチングする方法。
【請求項234】
組成物が紙又はパルプ製品である、請求項233に記載の方法。
【請求項235】
以下の工程を含むエタノール性燃料の製造方法:
(a)請求項56に記載のアミラーゼ酵素を提供する工程;
(b)デンプンを含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のアミラーゼを工程(b)の組成物と前記アミラーゼが前記デンプンを加水分解する条件下で接触させる工程。
【請求項236】
アミラーゼ酵素が熱安定性酵素である、請求項235に記載の方法。
【請求項237】
熱安定性酵素が配列番号:437に記載の配列を有する酵素である、請求項235に記載の方法。
【請求項1】
配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも約50%の配列同一性を有する核酸配列を含む単離または組換え核酸であって、アミラーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードし、さらに前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される前記単離又は組換え核酸。
【請求項2】
少なくとも約51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%、又は100%の配列同一性を有する、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項3】
配列同一性が、少なくとも約50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、1200、1250、1300、1350、1400、1450、1500、1550若しくはそれより長い残基の領域、又は遺伝子若しくは転写物の完全長にわたる、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項4】
配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621に記載の配列を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項5】
配列番号:2;配列番号:4;配列番号:6;配列番号:10;配列番号:12;配列番号:14;配列番号:16;配列番号:18;配列番号:20;配列番号:22;配列番号:24;配列番号:26;配列番号:28;配列番号:30;配列番号:32;配列番号:34;配列番号:36;配列番号:38;配列番号:40;配列番号:42;配列番号:44;配列番号:46;配列番号:48;配列番号:50;配列番号:52;配列番号:54;配列番号:56;配列番号:58;配列番号:60;配列番号:62;配列番号:64;配列番号:66;配列番号:68;配列番号:70;配列番号:72;配列番号:74;配列番号:76;配列番号:78;配列番号:80;配列番号:82;配列番号:84;配列番号:86;配列番号:88;配列番号:90;配列番号:92;配列番号:94;配列番号:96;配列番号:98;配列番号:100;配列番号:102;配列番号:104;配列番号:106;配列番号:108;配列番号:110;配列番号:112;配列番号:114;配列番号:116;配列番号:118;配列番号:120;配列番号:122;配列番号:124;配列番号:126;配列番号:128;配列番号:130;配列番号:132;配列番号:134;配列番号:136;配列番号:138;配列番号:140;配列番号:142;配列番号:144;配列番号:146;配列番号:148;配列番号:150;配列番号:152;配列番号:154;配列番号:156;配列番号:158;配列番号:160;配列番号:162;配列番号:164;配列番号:166;配列番号:168;配列番号:190;配列番号:192;配列番号:194;配列番号:204;配列番号:206;配列番号:208;配列番号:210;配列番号:212;配列番号:323;配列番号:325;配列番号:327;配列番号:329;配列番号:331;配列番号:333;配列番号:335;配列番号:337;配列番号:339;配列番号:341;配列番号:343;配列番号:345;配列番号:347;配列番号:349;配列番号:351;配列番号:353;配列番号:355;配列番号:357;配列番号:359;配列番号:361;配列番号:363;配列番号:365;配列番号:367;配列番号:369;配列番号:371;配列番号:373;配列番号:375;配列番号:377;配列番号:379;配列番号:381;配列番号:383;配列番号:385;配列番号:387;配列番号:389;配列番号:391;配列番号:393;配列番号:395;配列番号:397;配列番号:399;配列番号:401;配列番号:403;配列番号:405;配列番号:407;配列番号:409;配列番号:411;配列番号:413;配列番号:415;配列番号:417;配列番号:419;配列番号:421;配列番号:423;配列番号:425;配列番号:427;配列番号:429;配列番号:431;配列番号:433;配列番号:435;配列番号:437;配列番号:439;配列番号:441;配列番号:443;配列番号:445;配列番号:447;配列番号:449;配列番号:451;配列番号:453;配列番号:455;配列番号:457;配列番号:459;配列番号:461;配列番号:463;配列番号:464;配列番号:466;配列番号:468;配列番号:469;配列番号:470;配列番号:471;配列番号:472;配列番号:474;配列番号:476;配列番号:477;配列番号:479;配列番号:481;配列番号:482;配列番号:483;配列番号:485;配列番号:487;配列番号:488;配列番号:489;配列番号:490;配列番号:491;配列番号:493;配列番号:495;配列番号:496;配列番号:497;配列番号:499;配列番号:501;配列番号:502;配列番号:503;配列番号:504;配列番号:505;配列番号:506;配列番号:507;配列番号:508;配列番号:510;配列番号:512;配列番号:513;配列番号:514;配列番号:516;配列番号:518;配列番号:520;配列番号:521;配列番号:523;配列番号:525;配列番号:526;配列番号:528;配列番号:530;配列番号:531;配列番号:533;配列番号:535;配列番号:536;配列番号:537;配列番号:538;配列番号:540;配列番号:542;配列番号:543;配列番号:545;配列番号:547;配列番号:548;配列番号:549;配列番号:550;配列番号:551;配列番号:553;配列番号:555;配列番号:556;配列番号:557;配列番号:559;配列番号:561;配列番号:562;配列番号:563;配列番号:564;配列番号:566;配列番号:568;配列番号:570;配列番号:572;配列番号:574;配列番号:576;配列番号:578;配列番号:580;配列番号:582;配列番号:584;配列番号:586;配列番号:588;配列番号:589;配列番号:590;配列番号:591;配列番号:592;配列番号:594;配列番号:604;配列番号:606;配列番号:608;配列番号:610;配列番号:612;配列番号:614;配列番号:616;配列番号:618;配列番号:620又は配列番号:622に記載の配列を有するポリペプチドをコードする、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項6】
配列比較アルゴリズムが、BLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、フィルタリング設定がblastall p blastp d “nr pataa” F Fに設定され、他の全てのオプションは規定値に設定される、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項7】
アミラーゼ活性がグルコシド結合の加水分解活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項8】
アミラーゼ活性がグルコアミラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項9】
アミラーゼ活性が1,4-α-D-グルカングルコヒドララーゼ活性を含む、請求項8に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項10】
アミラーゼ活性がα-アミラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項11】
アミラーゼ活性がエキソアミラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項12】
アミラーゼ活性がβ-アミラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項13】
グルコシド結合がα-1,4-グルコシド結合を含む、請求項7に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項14】
グルコシド結合がα-1,6-グルコシド結合を含む、請求項7に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項15】
アミラーゼ活性がデンプンのグルコシド結合を加水分解する活性を含む、請求項21に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項16】
アミラーゼ活性がさらに、デンプンのグルコシド結合を加水分解してマルトデキストリンを生成する活性を含む、請求項29に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項17】
アミラーゼ活性が、デンプンの非還元末端からマルトース又はD-グルコース単位を切断することを含む、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項18】
アミラーゼ活性が熱安定性である、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項19】
ポリペプチドが、約37℃から約95℃、又は約55℃から約85℃、又は約70℃から約95℃、又は約90℃から約95℃の温度範囲を含む条件下でアミラーゼ活性を維持する、請求項18に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項20】
アミラーゼ活性が耐熱性である、請求項1に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項21】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃まで、55℃より高く約85℃まで、又は90℃より高く約95℃までの範囲の温度に暴露した後アミラーゼ活性を維持する、請求項20に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項22】
単離又は組換え核酸であって、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、前記単離又は組換え核酸。
【請求項23】
少なくとも約50、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000若しくはそれより多い残基、又は完全長の遺伝子若しくは転写物である、請求項23に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項24】
ストリンジェントな条件が、0.2XのSSC中で約65℃の温度で約15分の洗浄を含む洗浄工程を含む、請求項22に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項25】
アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621を含む配列の連続する少なくとも10塩基を含み、結合又はハイブリダイゼーションにより前記核酸を同定する、前記核酸プローブ。
【請求項26】
少なくとも約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、約60から100、又は約50から150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項25に記載の核酸プローブ。
【請求項27】
アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621の連続する少なくとも約10塩基を含む核酸を含み、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される、前記核酸プローブ。
【請求項28】
少なくとも約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、約60から100、又は約50から150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項27に記載の核酸プローブ。
【請求項29】
アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配列対であって、請求項1若しくは22に記載の配列又は前記の部分配列を含む核酸を増幅させることができる前記増幅プライマー配列対。
【請求項30】
増幅プライマー配列対の各メンバーが、配列の少なくとも約10から50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項29に記載の増幅プライマー対。
【請求項31】
請求項1若しくは22に記載の核酸配列又は前記配列の部分配列を増幅させることができる増幅プライマー配列対を用いて鋳型核酸を増幅させることを含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項32】
請求項1又は 22に記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項33】
請求項1又は 22に記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項34】
ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、請求項1又は 22に記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクル。
【請求項35】
ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ付随ウイルスベクターを含む、請求項34に記載のクローニングビヒクル。
【請求項36】
細菌の人工染色体(BAC)、プラスミド、バクテリオファージP1-由来ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)または哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、請求項34に記載のクローニングビヒクル。
【請求項37】
請求項1又は 22に記載の配列を含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項38】
請求項32に示された発現カセットを含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項39】
細胞が、細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は植物細胞である、請求項37又は38に記載の形質転換細胞。
【請求項40】
請求項1又は 22に記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項41】
動物がマウスである、請求項40に記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項42】
請求項1又は 22に記載の配列を含むトランスジェニック植物。
【請求項43】
植物がトウモロコシ、ソルガム、ジャガイモ、トマト、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、イネ、オオムギ、牧草又はタバコである、請求項42に記載のトランスジェニック植物。
【請求項44】
請求項1又は 22に記載の配列を含むトランスジェニック種子。
【請求項45】
トウモロコシ、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、ヤシ、ヒマワリ、ゴマ、イネ、オオムギ、落花生又はタバコの種子である、請求項44に記載のトランスジェニック種子。
【請求項46】
請求項1若しくは22に記載の配列又は前記の部分配列に相補的であるか、又はそれらとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項47】
約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、又は約60から100塩基の長さである、請求項46に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項48】
請求項1又は 22に記載の配列に相補的であるか、又はそれらとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に投与するか又は細胞で発現させることを含む、細胞内のアミラーゼメッセージの翻訳を阻害する方法。
【請求項49】
請求項1又は 22に記載の配列の部分配列を含む二本鎖の阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項50】
約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25又はそれより大きい長さを有する二重鎖ヌクレオチドである、請求項49に記載の二本鎖の阻害性RNA分子。
【請求項51】
二本鎖の阻害性RNA(RNAi)を細胞に投与するか又は細胞で発現させることを含む、細胞内でアミラーゼの発現を阻害する方法であって、前記RNAが請求項1又は 22に記載の配列の部分配列を含む、前記細胞内アミラーゼ発現の阻害方法。
【請求項52】
(i)配列番号:2;配列番号:4;配列番号:6;配列番号:10;配列番号:12;配列番号:14;配列番号:16;配列番号:18;配列番号:20;配列番号:22;配列番号:24;配列番号:26;配列番号:28;配列番号:30;配列番号:32;配列番号:34;配列番号:36;配列番号:38;配列番号:40;配列番号:42;配列番号:44;配列番号:46;配列番号:48;配列番号:50;配列番号:52;配列番号:54;配列番号:56;配列番号:58;配列番号:60;配列番号:62;配列番号:64;配列番号:66;配列番号:68;配列番号:70;配列番号:72;配列番号:74;配列番号:76;配列番号:78;配列番号:80;配列番号:82;配列番号:84;配列番号:86;配列番号:88;配列番号:90;配列番号:92;配列番号:94;配列番号:96;配列番号:98;配列番号:100;配列番号:102;配列番号:104;配列番号:106;配列番号:108;配列番号:110;配列番号:112;配列番号:114;配列番号:116;配列番号:118;配列番号:120;配列番号:122;配列番号:124;配列番号:126;配列番号:128;配列番号:130;配列番号:132;配列番号:134;配列番号:136;配列番号:138;配列番号:140;配列番号:142;配列番号:144;配列番号:146;配列番号:148;配列番号:150;配列番号:152;配列番号:154;配列番号:156;配列番号:158;配列番号:160;配列番号:162;配列番号:164;配列番号:166;配列番号:168;配列番号:190;配列番号:192;配列番号:194;配列番号:204;配列番号:206;配列番号:208;配列番号:210;配列番号:212;配列番号:323;配列番号:325;配列番号:327;配列番号:329;配列番号:331;配列番号:333;配列番号:335;配列番号:337;配列番号:339;配列番号:341;配列番号:343;配列番号:345;配列番号:347;配列番号:349;配列番号:351;配列番号:353;配列番号:355;配列番号:357;配列番号:359;配列番号:361;配列番号:363;配列番号:365;配列番号:367;配列番号:369;配列番号:371;配列番号:373;配列番号:375;配列番号:377;配列番号:379;配列番号:381;配列番号:383;配列番号:385;配列番号:387;配列番号:389;配列番号:391;配列番号:393;配列番号:395;配列番号:397;配列番号:399;配列番号:401;配列番号:403;配列番号:405;配列番号:407;配列番号:409;配列番号:411;配列番号:413;配列番号:415;配列番号:417;配列番号:419;配列番号:421;配列番号:423;配列番号:425;配列番号:427;配列番号:429;配列番号:431;配列番号:433;配列番号:435;配列番号:437;配列番号:439;配列番号:441;配列番号:443;配列番号:445;配列番号:447;配列番号:449;配列番号:451;配列番号:453;配列番号:455;配列番号:457;配列番号:459;配列番号:461;配列番号:463;配列番号:464;配列番号:466;配列番号:468;配列番号:469;配列番号:470;配列番号:471;配列番号:472;配列番号:474;配列番号:476;配列番号:477;配列番号:479;配列番号:481;配列番号:482;配列番号:483;配列番号:485;配列番号:487;配列番号:488;配列番号:489;配列番号:490;配列番号:491;配列番号:493;配列番号:495;配列番号:496;配列番号:497;配列番号:499;配列番号:501;配列番号:502;配列番号:503;配列番号:504;配列番号:505;配列番号:506;配列番号:507;配列番号:508;配列番号:510;配列番号:512;配列番号:513;配列番号:514;配列番号:516;配列番号:518;配列番号:520;配列番号:521;配列番号:523;配列番号:525;配列番号:526;配列番号:528;配列番号:530;配列番号:531;配列番号:533;配列番号:535;配列番号:536;配列番号:537;配列番号:538;配列番号:540;配列番号:542;配列番号:543;配列番号:545;配列番号:547;配列番号:548;配列番号:549;配列番号:550;配列番号:551;配列番号:553;配列番号:555;配列番号:556;配列番号:557;配列番号:559;配列番号:561;配列番号:562;配列番号:563;配列番号:564;配列番号:566;配列番号:568;配列番号:570;配列番号:572;配列番号:574;配列番号:576;配列番号:578;配列番号:580;配列番号:582;配列番号:584;配列番号:586;配列番号:588;配列番号:589;配列番号:590;配列番号:591;配列番号:592;配列番号:594;配列番号:604;配列番号:606;配列番号:608;配列番号:610;配列番号:612;配列番号:614;配列番号:616;配列番号:618;配列番号:620又は配列番号:622と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50%の配列同一性を有する単離又は組換えポリペプチドであって、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される前記ポリペプチド、又は(ii)配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621に記載の配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50%の配列同一性を有する核酸によってコードされる単離又は組換えポリペプチドであって、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される前記ポリペプチド、又は配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619又は配列番号621に記載の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされる単離又は組換えポリペプチド。
【請求項53】
配列同一性が、少なくとも約51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%である、請求項52に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項54】
配列同一性が、少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050若しくはそれより多くの残基の領域にわたるか、又は酵素の完全長に及ぶ、請求項52に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項55】
配列番号:2;配列番号:4;配列番号:6;配列番号:10;配列番号:12;配列番号:14;配列番号:16;配列番号:18;配列番号:20;配列番号:22;配列番号:24;配列番号:26;配列番号:28;配列番号:30;配列番号:32;配列番号:34;配列番号:36;配列番号:38;配列番号:40;配列番号:42;配列番号:44;配列番号:46;配列番号:48;配列番号:50;配列番号:52;配列番号:54;配列番号:56;配列番号:58;配列番号:60;配列番号:62;配列番号:64;配列番号:66;配列番号:68;配列番号:70;配列番号:72;配列番号:74;配列番号:76;配列番号:78;配列番号:80;配列番号:82;配列番号:84;配列番号:86;配列番号:88;配列番号:90;配列番号:92;配列番号:94;配列番号:96;配列番号:98;配列番号:100;配列番号:102;配列番号:104;配列番号:106;配列番号:108;配列番号:110;配列番号:112;配列番号:114;配列番号:116;配列番号:118;配列番号:120;配列番号:122;配列番号:124;配列番号:126;配列番号:128;配列番号:130;配列番号:132;配列番号:134;配列番号:136;配列番号:138;配列番号:140;配列番号:142;配列番号:144;配列番号:146;配列番号:148;配列番号:150;配列番号:152;配列番号:154;配列番号:156;配列番号:158;配列番号:160;配列番号:162;配列番号:164;配列番号:166;配列番号:168;配列番号:190;配列番号:192;配列番号:194;配列番号:204;配列番号:206;配列番号:208;配列番号:210;配列番号:212;配列番号:323;配列番号:325;配列番号:327;配列番号:329;配列番号:331;配列番号:333;配列番号:335;配列番号:337;配列番号:339;配列番号:341;配列番号:343;配列番号:345;配列番号:347;配列番号:349;配列番号:351;配列番号:353;配列番号:355;配列番号:357;配列番号:359;配列番号:361;配列番号:363;配列番号:365;配列番号:367;配列番号:369;配列番号:371;配列番号:373;配列番号:375;配列番号:377;配列番号:379;配列番号:381;配列番号:383;配列番号:385;配列番号:387;配列番号:389;配列番号:391;配列番号:393;配列番号:395;配列番号:397;配列番号:399;配列番号:401;配列番号:403;配列番号:405;配列番号:407;配列番号:409;配列番号:411;配列番号:413;配列番号:415;配列番号:417;配列番号:419;配列番号:421;配列番号:423;配列番号:425;配列番号:427;配列番号:429;配列番号:431;配列番号:433;配列番号:435;配列番号:437;配列番号:439;配列番号:441;配列番号:443;配列番号:445;配列番号:447;配列番号:449;配列番号:451;配列番号:453;配列番号:455;配列番号:457;配列番号:459;配列番号:461;配列番号:463;配列番号:464;配列番号:466;配列番号:468;配列番号:469;配列番号:470;配列番号:471;配列番号:472;配列番号:474;配列番号:476;配列番号:477;配列番号:479;配列番号:481;配列番号:482;配列番号:483;配列番号:485;配列番号:487;配列番号:488;配列番号:489;配列番号:490;配列番号:491;配列番号:493;配列番号:495;配列番号:496;配列番号:497;配列番号:499;配列番号:501;配列番号:502;配列番号:503;配列番号:504;配列番号:505;配列番号:506;配列番号:507;配列番号:508;配列番号:510;配列番号:512;配列番号:513;配列番号:514;配列番号:516;配列番号:518;配列番号:520;配列番号:521;配列番号:523;配列番号:525;配列番号:526;配列番号:528;配列番号:530;配列番号:531;配列番号:533;配列番号:535;配列番号:536;配列番号:537;配列番号:538;配列番号:540;配列番号:542;配列番号:543;配列番号:545;配列番号:547;配列番号:548;配列番号:549;配列番号:550;配列番号:551;配列番号:553;配列番号:555;配列番号:556;配列番号:557;配列番号:559;配列番号:561;配列番号:562;配列番号:563;配列番号:564;配列番号:566;配列番号:568;配列番号:570;配列番号:572;配列番号:574;配列番号:576;配列番号:578;配列番号:580;配列番号:582;配列番号:584;配列番号:586;配列番号:588;配列番号:589;配列番号:590;配列番号:591;配列番号:592;配列番号:594;配列番号:604;配列番号:606;配列番号:608;配列番号:610;配列番号:612;配列番号:614;配列番号:616;配列番号:618;配列番号:620又は配列番号:622に記載の配列を有する、請求項52に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項56】
ポリペプチドがアミラーゼ活性を有する、請求項52に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項57】
アミラーゼ活性がグルコシド結合の加水分解活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項58】
アミラーゼ活性がグルコアミラーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項59】
アミラーゼ活性が1,4-α-D-グルカングルコヒドララーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項60】
アミラーゼ活性がα-アミラーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項61】
アミラーゼ活性がエキソアミラーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項62】
アミラーゼ活性がβ-アミラーゼ活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項63】
グルコシド結合がα-1,4-グルコシド結合を含む、請求項57に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項64】
グルコシド結合がα-1,6-グルコシド結合を含む、請求項57に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項65】
アミラーゼ活性がデンプンのグルコシド結合を加水分解する活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項66】
アミラーゼ活性がさらに、デンプンのグルコシド結合を加水分解してマルトデキストリンを生成する活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項67】
アミラーゼ活性が、デンプンの非還元末端からマルトース又はD-グルコース単位を切断する活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項68】
アミラーゼ活性が熱安定性である、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項69】
ポリペプチドが、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約95℃、又は約90℃から約95℃の温度範囲を含む条件下でアミラーゼ活性を維持する、請求項68に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項70】
アミラーゼ活性が耐熱性である、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項71】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃まで、55℃より高く約85℃まで、又は90℃より高く約95℃までの範囲の温度に暴露した後でアミラーゼ活性を維持する、請求項70に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項72】
請求項52に示されたポリペプチドを含み、さらにシグナル配列を欠く単離又は組換えポリペプチド。
【請求項73】
請求項52に示されたポリペプチドを含み、さらに異種シグナル配列を有する単離又は組換えポリペプチド。
【請求項74】
アミラーゼ活性が、約37℃において、タンパク質1ミリグラムにつき約100から1000ユニット、タンパク質1ミリグラムにつき約500から約750ユニット、タンパク質1ミリグラムにつき約500から約1200ユニット、又はタンパク質1ミリグラムにつき約750から約1000ユニットの範囲の比活性を含む、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項75】
耐熱性が、上昇させた温度で加熱した後で前記アミラーゼの37℃における比活性の少なくとも半分が維持されることを含む、請求項70に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項76】
耐熱性が、上昇させた温度で加熱した後で、37℃において、タンパク質1ミリグラムにつき約500から約1200ユニットの範囲の比活性が維持されることを含む、請求項70に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項77】
ポリペプチドが少なくとも1つのグリコシル化部位を含む、請求項52に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項78】
グリコシル化がN-結合グリコシル化である、請求項52に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項79】
ポリペプチドが、P. パストリス(pastoris)またはS. ポンベ(pombe)で発現された場合にグリコシル化される、請求項78に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項80】
ポリペプチドが、約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5又はpH4.0を含む条件下でアミラーゼ活性を維持する、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項81】
ポリペプチドが、約pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10、又はpH10.5を含む条件下でアミラーゼ活性を維持する、請求項56に記載の単離又は組換え核酸。
【請求項82】
請求項52に記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物であって、液体、固体又はゲルを含む前記タンパク質調製物。
【請求項83】
請求項52に記載のポリペプチド及び第二のドメインを含むヘテロダイマー。
【請求項84】
第二のドメインがポリペプチドであり、へテロダイマーが融合タンパク質である、請求項83に記載のヘテロダイマー。
【請求項85】
第二のドメインがエピトープ又はタグである、請求項84に記載のヘテロダイマー。
【請求項86】
請求項52に記載のポリペプチドを含むホモダイマー。
【請求項87】
固定化ポリペプチドであって、前記ポリペプチドが請求項52に記載の配列又はその部分配列を含む、前記固定化ポリペプチド。
【請求項88】
細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイまたはキャピラリー管に固定化されている、請求項87に記載の固定化ポリペプチド。
【請求項89】
固定化された請求項52に記載のポリペプチドを含むアレイ。
【請求項90】
固定化された請求項1又は請求項22に記載の核酸を含むアレイ。
【請求項91】
請求項52に記載のポリペプチドと特異的に結合する単離または組換え抗体。
【請求項92】
モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体である、請求項91に記載の単離又は組換え抗体。
【請求項93】
請求項52に記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項94】
請求項52に記載のポリペプチド又はその部分配列を含む動物用栄養補助食品。
【請求項95】
ポリペプチドがグリコシル化されている、請求項94に記載の栄養補助食品。
【請求項96】
請求項52に記載のポリペプチドを含む食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項97】
デリバリーマトリックスがペレットを構成している、請求項96に記載の食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項98】
ポリペプチドがグリコシル化されている、請求項97に記載の食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項99】
ポリペプチドが耐熱性又は熱安定性アミラーゼ活性を有する、請求項97に記載の食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項100】
以下の工程を含むアミラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法:(a)請求項91に記載の抗体を提供する工程;
(b)ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程;および、
(c)工程(a)の抗体と工程(b)のサンプルを前記抗体が前記ポリペプチドと特異的に結合する条件下で接触させ、それによってアミラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程。
【請求項101】
非ヒト動物に液性免疫応答を生じさせるために十分な量で請求項1又は22に記載の核酸又は前記の部分配列を投与し、それによって抗アミラーゼ抗体を製造することを含む抗アミラーゼ抗体の製造方法。
【請求項102】
非ヒト動物に液性免疫応答を生じさせるために十分な量で請求項52に記載のポリペプチド又は前記の部分配列を投与し、それによって抗アミラーゼ抗体を製造することを含む抗アミラーゼ抗体の製造方法。
【請求項103】
以下の工程を含む組換えポリペプチドを製造する方法:(a)プロモーターに機能可能に連結された核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項1又は22に記載の配列を含む核酸である前記工程;および、(b)工程(a)の核酸をポリペプチドの発現を可能にする条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを製造する工程。
【請求項104】
さらに、宿主細胞を工程(a)の核酸で形質転換し、続いて工程(a)の核酸を発現させ、それによって形質転換細胞で組換えポリペプチドを製造することを含む、請求項103に記載の方法。
【請求項105】
アミラーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法であって、
(a)請求項56に記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)アミラーゼ基質を提供する工程;および、
(c)前記ポリペプチドを工程(b)の基質と接触させ、前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程を含み、
前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加によってアミラーゼ活性を有するポリペプチドを検出する、前記方法。
【請求項106】
基質がデンプンである、請求項1052に記載の方法。
【請求項107】
アミラーゼ基質を同定する方法であって、
(a)請求項56に記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験基質を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験基質と接触させ、前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程を含み、
前記基質の量が減少または反応生成物量が増加すれば前記試験基質をアミラーゼ基質として同定する、前記方法。
【請求項108】
以下の工程を含む、試験化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法:
(a)核酸又は前記核酸を含むベクターを前記核酸のポリペプチドへの翻訳を許容する条件下で発現させる工程であって、前記核酸が請求項1又は22に記載の配列を有する核酸である前記工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程;および、
(d)工程(b)の試験化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項109】
以下の工程を含む、試験化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法:
(a)請求項52に記載の配列を有するポリペプチドを提供する工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程;および、
(d)工程(b)の試験化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項110】
アミラーゼ活性の調節物質を同定する方法であって、
(a)請求項56に記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験化合物と接触させてアミラーゼの活性を測定する工程を含み、
前記試験化合物の非存在下で測定されたアミラーゼ活性と比較して前記試験化合物の存在下でのアミラーゼ活性が変化すれば、前記試験化合物をアミラーゼ活性を調節する物質として同定する、前記方法。
【請求項111】
アミラーゼ活性が、アミラーゼ基質を提供すること、および、前記基質の量の減少若しくは反応生成物量の増加、又は前記基質の量の増加若しくは反応生成物量の減少を検出することによって測定される、請求項110に記載の方法。
【請求項112】
試験化合物存在下において、前記試験化合物非存在下における基質の量または反応生成物の量と比較して基質の量が減少または反応生成物量が増加したならば、前記試験化合物をアミラーゼの活性化物質として同定する、請求項111に記載の方法。
【請求項113】
試験化合物存在下において、前記試験化合物非存在下における基質の量または反応生成物の量と比較して基質の量が増加または反応生成物の量が減少したならば、前記試験化合物をアミラーゼの阻害物質として同定する、請求項111に記載の方法。
【請求項114】
プロセッサおよびデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置にはポリペプチド配列又は核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列が請求項52に記載の配列、または、請求項1若しくは22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む配列である、前記コンピュータシステム。
【請求項115】
配列比較アルゴリズム、及び少なくとも1つの参照配列が保存された保存装置をさらに含む、請求項114に記載のコンピュータシステム。
【請求項116】
配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、請求項115に記載のコンピュータシステム。
【請求項117】
配列中の1つまたは2つ以上の特徴を同定するアイデンティファイアーをさらに含む、請求項114に記載のコンピュータシステム。
【請求項118】
ポリペプチド配列又は核酸配列が保存されているコンピュータ読み出し可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が、請求項52に記載のポリペプチドまたは、請求項1若しくは22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む配列である、前記コンピュータ読み出し可能媒体。
【請求項119】
以下の工程を含む配列の特徴を同定する方法:(a)配列内の1つ又は2つ以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読み取る工程であって、前記配列はポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が、請求項52に記載のポリペプチド、または、請求項1若しくは22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含むポリペプチドである、前記工程;および(b)前記コンピュータプログラムにより前記配列中の1つ又は2つ以上の特徴を同定する工程。
【請求項120】
以下の工程を含む第一の配列を第二の配列と比較する方法:(a)配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第一の配列及び第二の配列を読み取る工程であって、前記第一の配列はポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が、請求項52に記載のポリペプチド、または請求項1若しくは22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む配列である、前記工程;および、(b)前記第一の配列と第二の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程。
【請求項121】
第一の配列と第二の配列間の相違を決定する工程がさらに多型性を同定する工程を含む、請求項120に記載の方法。
【請求項122】
配列内の1つ又は2つ以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーをさらに含む、請求項120に記載の方法。
【請求項123】
コンピュータプログラムを用いて第一の配列を読み取り、さらに配列内の1つ又は2つ以上の特徴を同定することを含む、請求項122に記載の方法。
【請求項124】
以下の工程を含む、環境サンプルからアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法:
(a)請求項29に記載の増幅プライマー配列を提供する工程;
(b)環境サンプルから核酸を単離するか、または前記サンプル内の核酸がハイブリダイゼーションのために前記増幅プライマー対に接近できるように前記環境サンプルを処理する工程;および、
(c)工程(b)の核酸を工程(a)の増幅プライマー対と一緒にして前記環境サンプルの核酸を増幅し、それによって前記環境サンプルからアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項125】
増幅プライマー配列対の各メンバーが、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619若しくは配列番号621に記載の配列、又はその部分配列の少なくとも約10から50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項124に記載の方法。
【請求項126】
以下の工程を含む、環境サンプルからアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法:
(a)請求項1又は22に記載の配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程;
(b)環境サンプルから核酸を単離するか、又は前記サンプル中の核酸がハイブリダイゼーションのために工程(a)のポリヌクレオチドに接近できるように前記環境サンプルを処理する工程;
(c)工程(b)の単離された核酸または処理された環境サンプルを工程(a)のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程;および、
(d)工程(a)のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって前記環境サンプルからアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項127】
環境サンプルが水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプルまたは生物学的サンプルを含む、請求項124又は126に記載の方法。
【請求項128】
生物学的サンプルが、細菌細胞、原虫細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞または哺乳動物細胞に由来する請求項127に記載の方法。
【請求項129】
以下の工程を含むアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法:
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程;および、
(b)前記鋳型配列中の1つ又は2つ以上のヌクレオチドの改変、欠失若しくは付加、又は前記の組合せを実施して前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項130】
さらに変種核酸を発現させて変種アミラーゼポリペプチドを生成することを含む請求項129に記載の方法。
【請求項131】
改変、付加または欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)又はそれらの組合せを含む方法によって導入される、請求項129に記載の方法。
【請求項132】
改変、付加または欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、又はそれらの組合せによって導入される、請求項129に記載の方法。
【請求項133】
鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性または安定性とは変異した若しくは異なる活性または変異した若しくは異なる安定性を有するアミラーゼが得られるまで反復される、請求項129に記載の方法。
【請求項134】
変種アミラーゼポリペプチドが耐熱性であり、上昇させた温度に暴露された後である程度の活性を維持する、請求項133に記載の方法。
【請求項135】
変種アミラーゼポリペプチドが、鋳型核酸によってコードされるアミラーゼと比較してグリコシル化が増加している、請求項133に記載の方法。
【請求項136】
変種アミラーゼポリペプチドが高温下でアミラーゼ活性を有するが、鋳型核酸によってコードされるアミラーゼは高温下で活性をもたない、請求項133に記載の方法。
【請求項137】
鋳型核酸のコドン使用頻度とは異なるコドン使用頻度を示すアミラーゼコード配列が得られるまで反復される、請求項129に記載の方法。
【請求項138】
鋳型核酸のメッセージ発現レベルまたは安定性レベルより高いまたは低いメッセージ発現レベル若しくは安定性レベルを有するアミラーゼ遺伝子が得られるまで反復される、請求項129に記載の方法。
【請求項139】
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程;および、
(b)工程(a)の核酸内の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンに置換し、それによって前記核酸を改変し宿主細胞における前記核酸の発現を高める工程、
を含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を高める方法であって、前記優先コドンとは宿主細胞の遺伝子内のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先コドンまたは前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記方法。
【請求項140】
以下の工程を含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法:
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む、アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程;および、
(b)工程(a)の核酸のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置換し、それによってアミラーゼをコードする核酸のコドンを改変する工程。
【請求項141】
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む、アミラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程;および、
(b)工程(a)の核酸内の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞における前記核酸の発現を高める工程を含む、
アミラーゼポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を高める方法であって、前記優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記方法。
【請求項142】
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む、アミラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程;および、
(b)工程(a)の核酸内の少なくとも1つの優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞における前記核酸の発現を低下させることを含む、
アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を低下させる方法であって、前記優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記方法。
【請求項143】
宿主細胞が、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、請求項141又は142に記載の方法。
【請求項144】
以下の工程を含む、複数の改変されたアミラーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変された活性部位または基質結合部位が、第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする配列を含む第一の核酸に由来する前記核酸ライブラリーの作製方法:
(a)第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする第一の核酸を提供する工程であって、前記第一の核酸配列は、配列番号:1;配列番号:3;配列番号:5;配列番号:9;配列番号:11;配列番号:13;配列番号:15;配列番号:17;配列番号:19;配列番号:21;配列番号:23;配列番号:25;配列番号:27;配列番号:29;配列番号:31;配列番号:33;配列番号:35;配列番号:37;配列番号:39;配列番号:41;配列番号:43;配列番号:45;配列番号:47;配列番号:49;配列番号:51;配列番号:53;配列番号:55;配列番号:57;配列番号:59;配列番号:61;配列番号:63;配列番号:65;配列番号:67;配列番号:69;配列番号:71;配列番号:73;配列番号:75;配列番号:77;配列番号:79;配列番号:81;配列番号:83;配列番号:85;配列番号:87;配列番号:89;配列番号:91;配列番号:93;配列番号:95;配列番号:97;配列番号:99;配列番号:101;配列番号:103;配列番号:105;配列番号:107;配列番号:109;配列番号:111;配列番号:113;配列番号:115;配列番号:117;配列番号:119;配列番号:121;配列番号:123;配列番号:125;配列番号:127;配列番号:129;配列番号:131;配列番号:133;配列番号:135;配列番号:137;配列番号:139;配列番号:141;配列番号:143;配列番号:145;配列番号:147;配列番号:149;配列番号:151;配列番号:153;配列番号:155;配列番号:157;配列番号:159;配列番号:161;配列番号:163;配列番号:165;配列番号:167;配列番号:189;配列番号:191;配列番号:193;配列番号:203;配列番号:205;配列番号:207;配列番号:209;配列番号:211;配列番号:322;配列番号:324;配列番号:326;配列番号:328;配列番号:330;配列番号:332;配列番号:334;配列番号:336;配列番号:338;配列番号:340;配列番号:342;配列番号:344;配列番号:346;配列番号:348;配列番号:350;配列番号:352;配列番号:354;配列番号:356;配列番号:358;配列番号:360;配列番号:362;配列番号:364;配列番号:366;配列番号:368;配列番号:370;配列番号:372;配列番号:374;配列番号:376;配列番号:378;配列番号:380;配列番号:382;配列番号:384;配列番号:386;配列番号:388;配列番号:390;配列番号:392;配列番号:394;配列番号:396;配列番号:398;配列番号:400;配列番号:402;配列番号:404;配列番号:406;配列番号:408;配列番号:410;配列番号:412;配列番号:414;配列番号:416;配列番号:418;配列番号:420;配列番号:422;配列番号:424;配列番号:426;配列番号:428;配列番号:430;配列番号:432;配列番号:434;配列番号:436;配列番号:438;配列番号:440;配列番号:442;配列番号:444;配列番号:446;配列番号:448;配列番号:450;配列番号:452;配列番号:454;配列番号:456;配列番号:458;配列番号:460;配列番号:462;配列番号:465;配列番号:467;配列番号:473;配列番号:475;配列番号:478;配列番号:480;配列番号:484;配列番号:486;配列番号:492;配列番号:494;配列番号:498;配列番号:500;配列番号:509;配列番号:511;配列番号:515;配列番号:517;配列番号:519;配列番号:522;配列番号:524;配列番号:527;配列番号:529;配列番号:532;配列番号:534;配列番号:539;配列番号:541;配列番号:544;配列番号:546;配列番号:552;配列番号:554;配列番号:558;配列番号:560;配列番号:565;配列番号:567;配列番号:569;配列番号:571;配列番号:573;配列番号:575;配列番号:577;配列番号:579;配列番号:581;配列番号:583;配列番号:585;配列番号:587;配列番号:593;配列番号:603;配列番号:605;配列番号:607;配列番号:609;配列番号:611;配列番号:613;配列番号:615;配列番号:617;配列番号:619若しくは配列番号621に記載の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列又はその部分配列を含み、前記核酸がアミラーゼ活性部位またはアミラーゼ基質結合部位をコードする核酸である、前記工程;
(b)前記第一の核酸内の複数の標的コドンで天然に存在するアミノ酸変種をコードする変異導入オリゴヌクレオチドの組を提供する工程;
(c)前記変異導入オリゴヌクレオチドの組を用いて、変異導入アミノ酸コドンの各々において一連のアミノ酸変種をコードする活性部位コード変種または基質結合部位コード変種核酸の組を生成し、それによって複数の改変されたアミラーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する工程。
【請求項145】
最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、または合成連結再アッセンブリ(SLR) を含む方法によって、工程(a)の第一の核酸に変異導入することを含む請求項144に記載の方法。
【請求項146】
変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)及びそれらの組合せを含む方法によって、工程(a)の第一の核酸又は変種に変異導入することを含む請求項144に記載の方法。
【請求項147】
組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成およびそれらの組合せを含む方法によって、工程(a)の第一の核酸または変種に変異導入することを含む請求項144に記載の方法。
【請求項148】
以下の工程を含む小分子の製造方法:
(a)小分子を合成または改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の1つが請求項1または22に記載の配列を含む核酸によってコードされるアミラーゼ酵素を含む前記工程;
(b)工程(a)の酵素の少なくとも1つに対する基質を提供する工程;および、
(c)複数の生物触媒反応を促進する条件下で工程(b)の基質を前記酵素と反応させて一連の生物触媒反応により小分子を生成する工程。
【請求項149】
以下の工程を含む小分子の改変方法:
(a)アミラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項56に記載のポリペプチド、又は請求項1または22に記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;
(b)小分子を提供する工程;および、
(c)前記アミラーゼ酵素によって触媒される酵素反応が促進される条件下で工程(a)の酵素を工程(b)の小分子と反応させ、それによってアミラーゼ酵素反応により小分子を改変する工程。
【請求項150】
工程(a)の酵素に対する複数の小分子基質を提供し、それによってアミラーゼ酵素により触媒される少なくとも1つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製する、請求項149に記載の方法。
【請求項151】
さらに、前記酵素による複数の生物触媒反応を促進する条件下で複数の酵素を追加して、複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製する、請求項149に記載の方法。
【請求項152】
さらに、所望の活性を示す特定の小分子がライブラリー内に存在するか否かを決定するために前記ライブラリーを試験する工程を含む、請求項151に記載の方法。
【請求項153】
ライブラリーの試験工程がさらに、所望の活性をもつ特定の改変小分子の有無について改変小分子の一部分を試験することによって、ライブラリー内の複数の改変小分子の前記一部分を生成するために用いられた生物触媒反応の1つ以外の全てを系統的に排除し、所望の活性をもつ特定の改変小分子を生成する少なくとも1つの特異的な生物触媒反応を同定する工程を含む、請求項152に記載の方法。
【請求項154】
以下の工程を含むアミラーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する方法:
(a)アミラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1又は22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;および、
(b)工程(a)の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、アミラーゼ活性について残余の部分配列を試験し、それによってアミラーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する工程。
【請求項155】
アミラーゼ活性が、アミラーゼ基質を提供し、さらに前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出することによって測定される、請求項154に記載の方法。
【請求項156】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス解析によって新規または改変表現型の全細胞操作のための方法:
(a)細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が請求項1又は22に記載の配列を含む核酸を細胞に添加することによって改変される前記工程;
(b)前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成する工程;
(c)工程(b)の細胞培養物をリアルタイムでモニターすることによって前記細胞の少なくとも1つの代謝パラメーターを測定する工程;および、
(d)工程(c)のデータを解析して、前記測定されたパラメーターが類似の条件下で未改変細胞での対応する測定値と異なるか否かを決定し、それによって細胞の操作された表現型をリアルタイム代謝フラックス解析により同定する工程。
【請求項157】
細胞の遺伝的構成が、細胞内の配列の欠失若しくは改変又は遺伝子発現のノックアウトを含む方法によって改変される、請求項156に記載の方法。
【請求項158】
さらに新たに操作された表現型を含む細胞の選別を含む、請求項157に記載の方法。
【請求項159】
さらに選別された細胞を培養し、それによって新たに操作された表現型を含む新規な細胞株を作製することを含む、請求項158に記載の方法。
【請求項160】
以下の工程を含むデンプンを加水分解する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1又は22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)デンプンを含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と前記ポリペプチドがデンプンを加水分解する条件下で接触させる工程。
【請求項161】
組成物がα-1,4グルコシド結合又はα-1,6-グルコシド結合を含む、請求項160に記載の方法。
【請求項162】
以下の工程を含む、組成物からデンプンを液化又はデンプンを除去する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1又は22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)デンプンを含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と前記ポリペプチドがデンプンを除去又は液化する条件下で接触させる工程。
【請求項163】
アミラーゼポリペプチドの耐熱性または熱安定性を高める方法であって、請求項52に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドの少なくとも30の連続するアミノ酸を含むアミラーゼポリペプチドをグリコシル化することを含む、前記アミラーゼポリペプチドの耐熱性又は熱安定性を高める方法。
【請求項164】
アミラーゼの比活性が、約37℃より高く約95℃までの範囲の温度で熱安定性または耐熱性である、請求項163に記載の方法。
【請求項165】
細胞で組換えアミラーゼポリペプチドを過剰発現させる方法であって、請求項1又は22に記載の核酸と少なくとも約50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有する核酸を含むベクターを発現させることを含み、前記過剰発現が高活性プロモーターの使用又は二シストロンベクターの使用によって、又は前記ベクターの遺伝子増幅によって達成される、前記組換えアミラーゼポリペプチドを過剰発現させる方法。
【請求項166】
請求項52に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む洗剤組成物であって、前記ポリペプチドがアミラーゼ活性を含む、前記洗剤組成物。
【請求項167】
アミラーゼが非表面活性アミラーゼ又は表面活性アミラーゼである、請求項166に記載の洗剤組成物。
【請求項168】
アミラーゼが非水性液体組成物、注型成形固体、顆粒形態、球状形態、圧縮錠剤、ゲル形態、ペースト又はスラリー形態として処方される、請求項166に記載の洗剤組成物。
【請求項169】
アミラーゼがアルカリ性条件下で活性を有する、請求項166に記載の洗剤組成物。
【請求項170】
アミラーゼが配列番号:210;配列番号:212;配列番号:441;配列番号:445;配列番号:439に記載の配列を含む、請求項166に記載の洗剤組成物。
【請求項171】
以下の工程を含む対象物を洗浄する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを含む組成物を提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされる本発明のポリペプチド又は本発明の核酸配列によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;
(b)対象物を提供する工程;及び、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の対象物と前記組成物が前記対象物を洗浄することができる条件下で接触させる工程。
【請求項172】
以下の工程を含む、動物による消費に先立って飼料又は食品中のデンプンを加水分解する方法:
(a)デンプンを含む飼料原料を提供する工程であって、前記デンプンはアミラーゼ活性を有するポリペプチドによって加水分解することができ、前記ポリペプチドが、請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;
(b)工程(a)のポリペプチドを前記飼料又は食品原料に、デンプンの加水分解及び処理食品又は飼料の生成に十分な時間、十分な量で添加し、それによって動物による消費の前に前記食品又は飼料中のデンプンを加水分解する工程。
【請求項173】
食品又は飼料がコメ、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、豆類又はジャガイモを含む、請求項172に記載の方法。
【請求項174】
請求項56に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む飼料又は食品。
【請求項175】
デンプン、及び請求項56に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む組成物。
【請求項176】
請求項56に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む繊維。
【請求項177】
以下の工程を含む織物を脱サイズする方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)織物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の織物と前記アミラーゼが前記織物を脱サイズすることができる条件下で接触させる工程。
【請求項178】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む紙若しくは紙製品又は紙パルプ。
【請求項179】
以下の工程を含む紙又は線維を脱インクする方法を提供する:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)紙又は線維を含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と前記ポリペプチドが前記紙又は線維を脱インクすることができる条件下で接触させる工程。
【請求項180】
以下の工程を含むリグノセルロース線維を処理する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)リグノセルロース線維を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の線維と前記ポリペプチドが前記線維を処理してそれによって前記線維の特性を改善することができる条件下で接触させる工程。
【請求項181】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む高マルトース又は高グルコース液若しくはシロップ。
【請求項182】
以下の工程を含む高マルトース又は高グルコースシロップを製造する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)デンプンを含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と、前記ポリペプチドが前記組成物を加水分解することができる条件下で接触させ、それによって高マルトース又は高グルコースシロップを生成する工程。
【請求項183】
デンプンが、コメ、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、豆類、ジャガイモ又はサツマイモに由来する請求項182に記載の方法。
【請求項184】
以下の工程を含むデンプン含有産出流体の流れを改善する方法:
(a)アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程;
(b)デンプンを含む産出流体を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の産出流体と前記アミラーゼが前記産出流体中のデンプンを加水分解することができる条件下で接触させ、それによって前記産出流体の密度を低下させて前記産出流体の流れを改善する工程。
【請求項185】
産出流体が地下層に由来する、請求項184に記載の方法。
【請求項186】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むアンチステーリング組成物。
【請求項187】
以下の工程を含む焼成製品の老化を防ぐ方法:
(a)請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含むポリペプチドを提供する工程;
(b)デンプンを含み焼成に用いられる組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と、前記ポリペプチドが焼成に用いられる組成物中のデンプンを加水分解することができる条件下で一緒にし、それによって焼成製品の老化を防ぐ工程。
【請求項188】
焼成製品がパン又はパン製品である、請求項187に記載の方法。
【請求項189】
以下の工程を含む醸造又はアルコール製造においてアミラーゼを使用する方法:
(a)請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含むポリペプチドを提供する工程;
(b)デンプンを含み醸造又はアルコール製造に用いられる組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と、前記ポリペプチドが醸造又はアルコール製造で用いられる組成物中のデンプンを加水分解することができる条件下で一緒にする工程。
【請求項190】
デンプンを含む組成物がビールである、請求項189に記載の方法。
【請求項191】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むアルコール飲料。
【請求項192】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むビール。
【請求項193】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物。
【請求項194】
さらにラテックスポリマーコーティングを含む請求項193に記載の医薬組成物。
【請求項195】
核酸が植物プロモーターに機能的に連結されている、請求項32に記載の発現カセット。
【請求項196】
さらに植物発現ベクターを含む、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項197】
植物発現ベクターが植物ウイルスを含む、請求項196に記載の発現カセット。
【請求項198】
植物プロモーターがジャガイモのプロモーター、イネのプロモーター、トウモロコシのプロモーター、コムギ又はオオムギのプロモーターを含む、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項199】
プロモーターがアグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)のT-DNAに由来するプロモーターを含む、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項200】
プロモーターが構成的プロモーターである、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項201】
構成的プロモーターがCaMV35Sである、請求項200に記載の発現カセット。
【請求項202】
プロモーターが誘導性プロモーター又は組織特異的プロモーターである、請求項195に記載の発現カセット。
【請求項203】
組織特異的プロモーターが、種子特異的、葉特異的、根特異的、茎特異的または器官離脱-誘導プロモーターである、請求項202に記載の発現カセット。
【請求項204】
植物細胞がジャガイモ、イネ、トウモロコシ、コムギ、タバコまたはオオムギ細胞である、請求項39に記載の形質転換細胞。
【請求項205】
以下の工程を含むトランスジェニック植物の製造方法:
(a)請求項1又は22に記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それによって形質転換植物細胞を作製する前記工程;および、
(b)前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を生成する工程。
【請求項206】
工程(a)がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーション又はマイクロインジェクションにより異種核酸配列を導入することを含む、請求項205に記載の方法。
【請求項207】
工程(a)が、DNA粒子ボンバードメントによって直接植物組織に異種核酸配列を導入することを含む、請求項205に記載の方法。
【請求項208】
工程(a)が、アグロバクテリウム・ツメファシエンス宿主を用いて植物細胞DNAに異種核酸配列を導入することを含む、請求項205に記載の方法。
【請求項209】
以下の工程を含む、植物細胞において異種核酸配列を発現させる方法:
(a)プロモーターに機能可能に連結された請求項1又は22に記載の配列を含む異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程;
(b)前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現される条件下で植物を生長させる工程。
【請求項210】
表3に示されたペプチドを含むシグナル配列。
【請求項211】
表3に示されたペプチドからなるシグナル配列。
【請求項212】
請求項210又は211に記載のシグナル配列を含む第一のドメイン及び少なくとも1つの第二のドメインを含むキメラタンパク質。
【請求項213】
タンパク質が融合タンパク質である、請求項212に記載のキメラタンパク質。
【請求項214】
第二のドメインが酵素を含む、請求項212に記載のキメラタンパク質。
【請求項215】
酵素がアミラーゼである、請求項214に記載のキメラタンパク質。
【請求項216】
請求項56に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは 22に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む口腔手入れ製品。
【請求項217】
歯磨きペースト、歯磨きクリーム、ゲル又は粉、オドンティック、口内洗浄液、ブラッシング前又は後の洗浄剤、チューインガム、ロゼンジ又はキャンディーを含む、請求項216に記載の口腔手入れ製品。
【請求項218】
ラテックスポリマーコーティングによって被覆された所望の成分を含む徐放性又は制御放出組成物。
【請求項219】
所望の成分が酵素を含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項220】
所望の成分が小分子、薬剤、多糖類、脂質、核酸、ビタミン、抗生物質又は殺虫剤を含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項221】
所望の成分がペレット又はマトリックスを構成する、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項222】
ペレット又はマトリックスが食用物質を含む、請求項221に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項223】
ラテックスポリマーコーティングがラテックス塗料を含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項224】
ラテックスポリマーコーティングが、アクリレート、メタクリレート、酢酸ビニル、スチレン、エチレン、塩化ビニル、ブタジエン、塩化ビニリデン、ビニルベルサテート、プロピオン酸ビニル、t-ブチルアクリレート、アクリロニトリル、ネオプレン、マリエート、フマレート、前記の組合せ又は前記の誘導体を含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物。
【請求項225】
請求項56に記載のポリペプチドを含む、請求項218に記載の徐放性又は制御放出組成物
【請求項226】
組成物をラテックスポリマーコーティングで被覆することを含む、組成物の徐放性又は制御放出のための方法。
【請求項227】
組成物が請求項56に記載のポリペプチドを含む、請求項226に記載の方法。
【請求項228】
請求項56に記載のポリペプチドを含む油田掘削液。
【請求項229】
請求項56に記載のポリペプチドで組成物を処理することを含む、組成物の粘度を変化させる方法。
【請求項230】
組成物が土壌を含む、請求項229に記載の方法。
【請求項231】
請求項56に記載のポリペプチドを含む組成物で掘削泥を処理することを含む、泥の掘削の実施を補助する方法。
【請求項232】
請求項56に記載のポリペプチドを含むバイオブリーチング溶液。
【請求項233】
請求項56に記載のポリペプチドで組成物を処理することを含む、組成物をバイオブリーチングする方法。
【請求項234】
組成物が紙又はパルプ製品である、請求項233に記載の方法。
【請求項235】
以下の工程を含むエタノール性燃料の製造方法:
(a)請求項56に記載のアミラーゼ酵素を提供する工程;
(b)デンプンを含む組成物を提供する工程;および、
(c)工程(a)のアミラーゼを工程(b)の組成物と前記アミラーゼが前記デンプンを加水分解する条件下で接触させる工程。
【請求項236】
アミラーゼ酵素が熱安定性酵素である、請求項235に記載の方法。
【請求項237】
熱安定性酵素が配列番号:437に記載の配列を有する酵素である、請求項235に記載の方法。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図15】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
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【図26】
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【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
【公表番号】特表2007−525158(P2007−525158A)
【公表日】平成19年9月6日(2007.9.6)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2006−506966(P2006−506966)
【出願日】平成16年3月8日(2004.3.8)
【国際出願番号】PCT/US2004/007096
【国際公開番号】WO2004/091544
【国際公開日】平成16年10月28日(2004.10.28)
【出願人】(503089489)ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成19年9月6日(2007.9.6)
【国際特許分類】
【出願日】平成16年3月8日(2004.3.8)
【国際出願番号】PCT/US2004/007096
【国際公開番号】WO2004/091544
【国際公開日】平成16年10月28日(2004.10.28)
【出願人】(503089489)ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Fターム(参考)】
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