アミラーゼ、それをコードする核酸並びにその製造および使用方法
【課題】アミラーゼ活性を有するポリペプチド、前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに前記ポリヌクレオチド及びポリペプチドを製造及び使用する方法を提供する。
【解決手段】特定のアミノ酸配列と少なくとも70％、又はそれより高い、または完全な（100％）配列同一性を有する配列を有し、α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドまたは前記ポリペプチドをコードする核酸、前記核酸を含む形質転換細胞および前記形質転換細胞を用いる組換えポリペプチドの製造方法。
【解決手段】特定のアミノ酸配列と少なくとも70％、又はそれより高い、または完全な（100％）配列同一性を有する配列を有し、α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドまたは前記ポリペプチドをコードする核酸、前記核酸を含む形質転換細胞および前記形質転換細胞を用いる組換えポリペプチドの製造方法。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:147；配列番号:149；配列番号:151；配列番号:153；配列番号:155；配列番号:157；配列番号:159；配列番号:161；配列番号:163；配列番号:165；配列番号:167；配列番号:189；配列番号:191；配列番号:193；配列番号:203；配列番号:205；配列番号:207；配列番号:209；配列番号:211；配列番号:322；配列番号:324；配列番号:326；配列番号:328；配列番号:330；配列番号:332；配列番号:334；配列番号:336；配列番号:338；配列番号:340；配列番号:342；配列番号:344；配列番号:346；配列番号:348；配列番号:350；配列番号:352；配列番号:354；配列番号:356；配列番号:358；配列番号:360；配列番号:362；配列番号:364；配列番号:366；配列番号:368；配列番号:370；配列番号:372；配列番号:374；配列番号:376；配列番号:378；配列番号:380；配列番号:382；配列番号:384；配列番号:386；配列番号:388；配列番号:390；配列番号:392；配列番号:394；配列番号:396；配列番号:398；配列番号:400；配列番号:402；配列番号:404；配列番号:406；配列番号:408；配列番号:410；配列番号:412；配列番号:414；配列番号:416；配列番号:420；配列番号:422；配列番号:424；配列番号:426；配列番号:428；配列番号:430；配列番号:432；配列番号:434；配列番号:436；配列番号:438；配列番号:440；配列番号:442；配列番号:444；配列番号:446；配列番号:448；配列番号:450；配列番号:452；配列番号:454；配列番号:456；配列番号:458；配列番号:460；配列番号:462；配列番号:465；配列番号:467；配列番号:473；配列番号:475；配列番号:478；配列番号:480；配列番号:484；配列番号:486；配列番号:492；配列番号:494；配列番号:498；配列番号:500；配列番号:509；配列番号:511；配列番号:515；配列番号:517；配列番号:519；配列番号:522；配列番号:524；配列番号:527；配列番号:529；配列番号:532；配列番号:534；配列番号:539；配列番号:541；配列番号:544；配列番号:546；配列番号:552；配列番号:554；配列番号:558；配列番号:560；配列番号:565；配列番号:567；配列番号:569；配列番号:571；配列番号:573；配列番号:575；配列番号:577；配列番号:579；配列番号:581；配列番号:583；配列番号:585；配列番号:587；配列番号:593；配列番号:603；配列番号:605；配列番号:607；配列番号:609；配列番号:611；配列番号:613；配列番号:615；配列番号:617；配列番号:619又は配列番号621に記載の配列と少なくとも70％、又はそれより高い、または完全な（100％）配列同一性を有する核酸配列を含む単離、合成または組換え核酸であって、α-アミラーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードする、前記単離、合成又は組換え核酸；
（ｂ）前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される、（ａ）記載の核酸；
（ｃ）前記配列比較アルゴリズムが、BLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、フィルタリング設定がblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他の全てのオプションは規定値に設定される、（ｂ）記載の核酸；
（ｄ）配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:146；配列番号:148；配列番号:150；配列番号:152；配列番号:154；配列番号:156；配列番号:158；配列番号:160；配列番号:162；配列番号:164；配列番号:166；配列番号:168；配列番号:190；配列番号:192；配列番号:194；配列番号:204；配列番号:206；配列番号:208；配列番号:210；配列番号:212；配列番号:323；配列番号:325；配列番号:327；配列番号:329；配列番号:331；配列番号:333；配列番号:335；配列番号:337；配列番号:339；配列番号:341；配列番号:343；配列番号:345；配列番号:347；配列番号:349；配列番号:351；配列番号:353；配列番号:355；配列番号:357；配列番号:359；配列番号:361；配列番号:363；配列番号:365；配列番号:367；配列番号:369；配列番号:371；配列番号:373；配列番号:375；配列番号:377；配列番号:379；配列番号:381；配列番号:383；配列番号:385；配列番号:387；配列番号:389；配列番号:391；配列番号:393；配列番号:395；配列番号:397；配列番号:399；配列番号:401；配列番号:403；配列番号:405；配列番号:407；配列番号:409；配列番号:411；配列番号:413；配列番号:415；配列番号:417；配列番号:421；配列番号:423；配列番号:425；配列番号:427；配列番号:429；配列番号:431；配列番号:433；配列番号:435；配列番号:437；配列番号:439；配列番号:441；配列番号:443；配列番号:445；配列番号:447；配列番号:449；配列番号:451；配列番号:453；配列番号:455；配列番号:457；配列番号:459；配列番号:461；配列番号:463；配列番号:464；配列番号:466；配列番号:468；配列番号:469；配列番号:470；配列番号:471；配列番号:472；配列番号:474；配列番号:476；配列番号:477；配列番号:479；配列番号:481；配列番号:482；配列番号:483；配列番号:485；配列番号:487；配列番号:488；配列番号:489；配列番号:490；配列番号:491；配列番号:493；配列番号:495；配列番号:496；配列番号:497；配列番号:499；配列番号:501；配列番号:502；配列番号:503；配列番号:504；配列番号:505；配列番号:506；配列番号:507；配列番号:508；配列番号:510；配列番号:512；配列番号:513；配列番号:514；配列番号:516；配列番号:518；配列番号:520；配列番号:521；配列番号:523；配列番号:525；配列番号:526；配列番号:528；配列番号:530；配列番号:531；配列番号:533；配列番号:535；配列番号:536；配列番号:537；配列番号:538；配列番号:540；配列番号:542；配列番号:543；配列番号:545；配列番号:547；配列番号:548；配列番号:549；配列番号:550；配列番号:551；配列番号:553；配列番号:555；配列番号:556；配列番号:557；配列番号:559；配列番号:561；配列番号:562；配列番号:563；配列番号:564；配列番号:566；配列番号:568；配列番号:570；配列番号:572；配列番号:574；配列番号:576；配列番号:578；配列番号:580；配列番号:582；配列番号:584；配列番号:586；配列番号:588；配列番号:589；配列番号:590；配列番号:591；配列番号:592；配列番号:594；配列番号:604；配列番号:606；配列番号:608；配列番号:610；配列番号:612；配列番号:614；配列番号:616；配列番号:618；配列番号:620又は配列番号:622に記載の配列と少なくとも70％、又はそれより高い、または完全な（100％）配列同一性を有する配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離、合成又は組換え核酸；
（ｅ）配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:147；配列番号:149；配列番号:151；配列番号:153；配列番号:155；配列番号:157；配列番号:159；配列番号:161；配列番号:163；配列番号:165；配列番号:167；配列番号:189；配列番号:191；配列番号:193；配列番号:203；配列番号:205；配列番号:207；配列番号:209；配列番号:211；配列番号:322；配列番号:324；配列番号:326；配列番号:328；配列番号:330；配列番号:332；配列番号:334；配列番号:336；配列番号:338；配列番号:340；配列番号:342；配列番号:344；配列番号:346；配列番号:348；配列番号:350；配列番号:352；配列番号:354；配列番号:356；配列番号:358；配列番号:360；配列番号:362；配列番号:364；配列番号:366；配列番号:368；配列番号:370；配列番号:372；配列番号:374；配列番号:376；配列番号:378；配列番号:380；配列番号:382；配列番号:384；配列番号:386；配列番号:388；配列番号:390；配列番号:392；配列番号:394；配列番号:396；配列番号:398；配列番号:400；配列番号:402；配列番号:404；配列番号:406；配列番号:408；配列番号:410；配列番号:412；配列番号:414；配列番号:416；配列番号:420；配列番号:422；配列番号:424；配列番号:426；配列番号:428；配列番号:430；配列番号:432；配列番号:434；配列番号:436；配列番号:438；配列番号:440；配列番号:442；配列番号:444；配列番号:446；配列番号:448；配列番号:450；配列番号:452；配列番号:454；配列番号:456；配列番号:458；配列番号:460；配列番号:462；配列番号:465；配列番号:467；配列番号:473；配列番号:475；配列番号:478；配列番号:480；配列番号:484；配列番号:486；配列番号:492；配列番号:494；配列番号:498；配列番号:500；配列番号:509；配列番号:511；配列番号:515；配列番号:517；配列番号:519；配列番号:522；配列番号:524；配列番号:527；配列番号:529；配列番号:532；配列番号:534；配列番号:539；配列番号:541；配列番号:544；配列番号:546；配列番号:552；配列番号:554；配列番号:558；配列番号:560；配列番号:565；配列番号:567；配列番号:569；配列番号:571；配列番号:573；配列番号:575；配列番号:577；配列番号:579；配列番号:581；配列番号:583；配列番号:585；配列番号:587；配列番号:593；配列番号:603；配列番号:605；配列番号:607；配列番号:609；配列番号:611；配列番号:613；配列番号:615；配列番号:617；配列番号:619又は配列番号621に記載の配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含む単離、合成または組換え核酸であって、前記核酸はα-アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードし、前記ストリンジェントな条件が0.2ＸのSSC中で65℃の温度で15分の洗浄を含む洗浄工程を含む、前記単離、合成または組換え核酸；
（ｆ）シグナル配列を欠くα-アミラーゼをコードする、（ａ）〜（ｅ）のいずれかに記載の核酸を含む単離、合成または組換え核酸；
（ｇ）異種配列またはシグナル配列を有するα-アミラーゼをコードする、（ａ）〜（ｆ）のいずれかに記載の核酸を含む、単離、合成または組換え核酸；
（ｈ）前記（ａ）〜（ｇ）のいずれかに記載の核酸の配列に完全に相補的な核酸配列を含む、単離、合成または組換え核酸。
【請求項２】
配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:147；配列番号:149；配列番号:151；配列番号:153；配列番号:155；配列番号:157；配列番号:159；配列番号:161；配列番号:163；配列番号:165；配列番号:167；配列番号:189；配列番号:191；配列番号:193；配列番号:203；配列番号:205；配列番号:207；配列番号:209；配列番号:211；配列番号:322；配列番号:324；配列番号:326；配列番号:328；配列番号:330；配列番号:332；配列番号:334；配列番号:336；配列番号:338；配列番号:340；配列番号:342；配列番号:344；配列番号:346；配列番号:348；配列番号:350；配列番号:352；配列番号:354；配列番号:356；配列番号:358；配列番号:360；配列番号:362；配列番号:364；配列番号:366；配列番号:368；配列番号:370；配列番号:372；配列番号:374；配列番号:376；配列番号:378；配列番号:380；配列番号:382；配列番号:384；配列番号:386；配列番号:388；配列番号:390；配列番号:392；配列番号:394；配列番号:396；配列番号:398；配列番号:400；配列番号:402；配列番号:404；配列番号:406；配列番号:408；配列番号:410；配列番号:412；配列番号:414；配列番号:416；配列番号:420；配列番号:422；配列番号:424；配列番号:426；配列番号:428；配列番号:430；配列番号:432；配列番号:434；配列番号:436；配列番号:438；配列番号:440；配列番号:442；配列番号:444；配列番号:446；配列番号:448；配列番号:450；配列番号:452；配列番号:454；配列番号:456；配列番号:458；配列番号:460；配列番号:462；配列番号:465；配列番号:467；配列番号:473；配列番号:475；配列番号:478；配列番号:480；配列番号:484；配列番号:486；配列番号:492；配列番号:494；配列番号:498；配列番号:500；配列番号:509；配列番号:511；配列番号:515；配列番号:517；配列番号:519；配列番号:522；配列番号:524；配列番号:527；配列番号:529；配列番号:532；配列番号:534；配列番号:539；配列番号:541；配列番号:544；配列番号:546；配列番号:552；配列番号:554；配列番号:558；配列番号:560；配列番号:565；配列番号:567；配列番号:569；配列番号:571；配列番号:573；配列番号:575；配列番号:577；配列番号:579；配列番号:581；配列番号:583；配列番号:585；配列番号:587；配列番号:593；配列番号:603；配列番号:605；配列番号:607；配列番号:609；配列番号:611；配列番号:613；配列番号:615；配列番号:617；配列番号:619又は配列番号621に記載の配列または請求項1記載の核酸の配列の20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、200またはそれより長い連続する塩基を含む核酸配列を含む、α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定、検出、または単離するための核酸プローブ。
【請求項３】
α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配対であって、請求項１記載の核酸の配列又はその部分配列を含む核酸を増幅させることができる、
前記増幅プライマー対。
【請求項４】
（ａ）請求項１記載の核酸の配列を含む発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル；
（ｂ）前記クローニングビヒクルがウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、（ａ）記載の発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル；または、
（ｃ）前記ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ付随ウイルスベクターを含み、
場合により前記前記発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクルが細菌の人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1-由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）または哺乳動物人工染色体（MAC）を含む、
（ａ）記載の発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル。
【請求項５】
（ａ）請求項１記載の核酸の配列を含む異種核酸を含む形質転換細胞または請求項４記載の発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル、を含む形質転換細胞；または、
（ｂ）細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は植物細胞である、
（ａ）記載の形質転換細胞。
【請求項６】
請求項１記載の核酸の配列または請求項４記載の発現カセットベクター若しくはクローニングビヒクル、または請求項５記載の形質転換細胞を含む非ヒトトランスジェニック動物、トランスジェニック植物またはトランスジェニック種子であって、
場合により、前記動物がマウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、ブタ、または、乳牛であり、
場合により、前記植物がトウモロコシ、ソルガム、ジャガイモ、トマト、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、イネ、オオムギ、牧草又はタバコであり、
場合により、前記種子がトウモロコシ、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、ヤシ、ヒマワリ、ゴマ、イネ、オオムギ、落花生又はタバコの種子である、
前記非ヒトトランスジェニック動物、トランスジェニック植物またはトランスジェニック種子。
【請求項７】
（ａ）（ｉ）配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:146；配列番号:148；配列番号:150；配列番号:152；配列番号:154；配列番号:156；配列番号:158；配列番号:160；配列番号:162；配列番号:164；配列番号:166；配列番号:168；配列番号:190；配列番号:192；配列番号:194；配列番号:204；配列番号:206；配列番号:208；配列番号:210；配列番号:212；配列番号:323；配列番号:325；配列番号:327；配列番号:329；配列番号:331；配列番号:333；配列番号:335；配列番号:337；配列番号:339；配列番号:341；配列番号:343；配列番号:345；配列番号:347；配列番号:349；配列番号:351；配列番号:353；配列番号:355；配列番号:357；配列番号:359；配列番号:361；配列番号:363；配列番号:365；配列番号:367；配列番号:369；配列番号:371；配列番号:373；配列番号:375；配列番号:377；配列番号:379；配列番号:381；配列番号:383；配列番号:385；配列番号:387；配列番号:389；配列番号:391；配列番号:393；配列番号:395；配列番号:397；配列番号:399；配列番号:401；配列番号:403；配列番号:405；配列番号:407；配列番号:409；配列番号:411；配列番号:413；配列番号:415；配列番号:417；配列番号:421；配列番号:423；配列番号:425；配列番号:427；配列番号:429；配列番号:431；配列番号:433；配列番号:435；配列番号:437；配列番号:439；配列番号:441；配列番号:443；配列番号:445；配列番号:447；配列番号:449；配列番号:451；配列番号:453；配列番号:455；配列番号:457；配列番号:459；配列番号:461；配列番号:463；配列番号:464；配列番号:466；配列番号:468；配列番号:469；配列番号:470；配列番号:471；配列番号:472；配列番号:474；配列番号:476；配列番号:477；配列番号:479；配列番号:481；配列番号:482；配列番号:483；配列番号:485；配列番号:487；配列番号:488；配列番号:489；配列番号:490；配列番号:491；配列番号:493；配列番号:495；配列番号:496；配列番号:497；配列番号:499；配列番号:501；配列番号:502；配列番号:503；配列番号:504；配列番号:505；配列番号:506；配列番号:507；配列番号:508；配列番号:510；配列番号:512；配列番号:513；配列番号:514；配列番号:516；配列番号:518；配列番号:520；配列番号:521；配列番号:523；配列番号:525；配列番号:526；配列番号:528；配列番号:530；配列番号:531；配列番号:533；配列番号:535；配列番号:536；配列番号:537；配列番号:538；配列番号:540；配列番号:542；配列番号:543；配列番号:545；配列番号:547；配列番号:548；配列番号:549；配列番号:550；配列番号:551；配列番号:553；配列番号:555；配列番号:556；配列番号:557；配列番号:559；配列番号:561；配列番号:562；配列番号:563；配列番号:564；配列番号:566；配列番号:568；配列番号:570；配列番号:572；配列番号:574；配列番号:576；配列番号:578；配列番号:580；配列番号:582；配列番号:584；配列番号:586；配列番号:588；配列番号:589；配列番号:590；配列番号:591；配列番号:592；配列番号:594；配列番号:604；配列番号:606；配列番号:608；配列番号:610；配列番号:612；配列番号:614；配列番号:616；配列番号:618；配列番号:620又は配列番号:622記載の配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそより高い、又は完全な（100％）配列同一性を有するアミノ酸配列又は(ii)請求項１記載の核酸によってコードされるアミノ酸配列、
を含む、単離、合成または組換えポリペプチド；
（ｂ）シグナル配列（シグナルペプチド）を欠く、（ａ）記載のポリペプチドを含む、単離、合成または組換えポリペプチド；
（ｃ）更に異種配列を含む、（ａ）または（ｂ） 記載のポリペプチドを含む、単離、合成または組換えポリペプチド；
（ｄ）更に多糖を含む、または、少なくとも1つのグリコシル化部位を含む（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のポリペプチドであって、
場合により前記グリコシル化がN-結合グリコシル化であり、
場合により、P. パストリス（pastoris）またはS. ポンベ（pombe）で発現された場合にグリコシル化される、
前記単離、合成または組換えポリペプチド。
【請求項８】
請求項７記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物であって、液体、固体又はゲルを含む前記タンパク質調製物。
【請求項９】
（ａ）請求項７記載のポリペプチド及び第二のドメインを含むヘテロダイマーまたは融合タンパク質；または、
（ｂ）第二のドメインがエピトープ又はタグである、（ａ）記載のヘテロダイマーまたは融合タンパク質。
【請求項１０】
請求項７記載のポリペプチドの配列を含む固定化ポリペプチドであって、
場合により、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイまたはキャピラリー管に固定化されている、
前記固定化ポリペプチド。
【請求項１１】
（ａ）請求項７記載のポリペププチドまたは請求項９記載のヘテロダイマーまたは融合タンパク質を含む食品、飼料、栄養補助食品または飼料添加物、食品原料または食用酵素デリバリーマトリックス；
（ｂ）ポリペプチドがグリコシル化されている、（ａ）記載の飼料、栄養補助食品または飼料添加物、食品原料または食用酵素デリバリーマトリックス；
（ｃ）デリバリーマトリックスがペレットを含む、（ａ）記載の飼料、栄養補助食品または飼料添加物、食品原料または食用酵素デリバリーマトリックス；または、
（ｄ）ポリペプチドが耐熱性又は熱安定性アミラーゼ活性を有する、（ａ）〜（ｄ）のいずれかに記載の食品、飼料、栄養補助食品または飼料添加物、食品原料または食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項１２】
（a）プロモーターに機能可能に連結された核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項１記載の核酸の配列を含む核酸である前記工程；および、（b）工程（a）で提供される核酸をポリペプチドの発現を可能にする条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを製造する工程、
を含む、組換えポリペプチドを製造する方法であって、
場合により、さらに、宿主細胞を工程（a）で提供される核酸で形質転換し、続いて工程（a）で提供される核酸を発現させ、それによって形質転換細胞で組換えポリペプチドを製造することを含む、
前記組換えポリペプチドを製造する方法。
【請求項１３】
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）デンプンを含む組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と前記ポリペプチドがデンプンを加水分解、液化または除去する条件下で接触させる工程、
を含み、
場合により、前記組成物がα-1,4グルコシド結合又はα-1,6-グルコシド結合を含む組成物である、
デンプンを加水分解、液化または組成物からデンプンを除去する方法。
【請求項１４】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む洗剤組成物であって、前記ポリペプチドがα-アミラーゼ活性を含み、
場合により、前記α-アミラーゼが非表面活性α-アミラーゼ又は表面活性α-アミラーゼであり、
場合により、前記α-アミラーゼが非水性液体組成物、注型成形固体、顆粒形態、球状形態、圧縮錠剤、ゲル形態、ペースト又はスラリー形態として処方され、
場合により、前記α-アミラーゼがアルカリ性条件下で活性を有する、
前記洗浄組成物。
【請求項１５】
以下の工程を含む対象物を洗浄する方法：
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを含む組成物を提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされる核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；
（b）対象物を提供する工程；及び、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の対象物と前記組成物が前記対象物を洗浄することができる条件下で接触させる工程。
【請求項１６】
（a）デンプンを含む飼料原料または食品原料または食品添加物または飼料添加物を提供する工程であって、前記デンプンはα-アミラーゼ活性を有するポリペプチドによって加水分解することができ、前記ポリペプチドが、請求項９記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；
（b）工程（a）のポリペプチドを前記飼料原料または食品原料または食品添加物または飼料添加物に、デンプンの加水分解及び処理に十分な時間、十分な量で添加し、それによって動物による消費の前に前記飼料原料または食品原料または食品添加物または飼料添加物中のデンプンを加水分解する工程、
を含む、動物による消費に先立って飼料または食品または食品添加物または飼料添加物中のデンプンを加水分解する方法であって、
場合により、前記飼料または食品または食品添加物または飼料添加物がコメ、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、豆類又はジャガイモを含む、
前記動物による消費に先立って飼料または食品または食品添加物または飼料添加物中のデンプンを加水分解する方法。
【請求項１７】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む飼料または食品または栄養補助食品または飼料添加物
【請求項１８】
請求項７記載のポリペプチド、又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む組成物。
【請求項１９】
請求項７記載のポリペプチド、又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む織物。
【請求項２０】
以下の工程を含む織物を処理または脱サイズする方法：
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）織物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の織物と前記α-アミラーゼが前記織物を処理または脱サイズすることができる条件下で接触させる工程。
【請求項２１】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む紙若しくは紙製品又は紙パルプ。
【請求項２２】
以下の工程を含む紙、紙製品、紙パルプ又は線維を処理する方法：
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）紙、紙製品、紙パルプ又は線維を含む組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と前記ポリペプチドが前記紙紙製品、紙パルプ又は線維を脱インクすることができる条件下で接触させる工程。
【請求項２３】
以下の工程を含むリグノセルロース原材料を処理する方法であって、
場合により前記原材料が繊維である前記方法：
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）リグノセルロース原材料を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の原材料と前記ポリペプチドが前記原材料を処理してそれによって前記原材料の特性を改善することができる条件下で接触させる工程。
【請求項２４】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む高マルトース又は高グルコース液若しくはシロップ。
【請求項２５】
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）デンプンを含む組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と、前記ポリペプチドが前記組成物を加水分解することができる条件下で接触させ、それによって高マルトース又は高グルコースシロップを生成する工程、
を含む高マルトース又は高グルコースシロップを製造する方法であって、
場合により、前記デンプンが、コメ、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、豆類、ジャガイモ又はサツマイモに由来する、
前記高マルトース又は高グルコースシロップを製造する方法。
【請求項２６】
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７に記載のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）デンプンを含む産出流体を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の産出流体と前記α-アミラーゼが工程(b)の産出流体中のデンプンを加水分解することができる条件下で接触させ、それによって前記産出流体の密度を低下させて前記産出流体の流れを改善する工程を含み、
場合により、産出流体が地下層に由来する、
デンプン含有産出流体の流れを改善する方法。
【請求項２７】
以下の工程を含む醸造又はアルコール製造においてアミラーゼを使用する方法：
（a）請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含むポリペプチドを提供する工程；
（b）デンプンを含み醸造又はアルコール製造に用いられる組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と、前記ポリペプチドが醸造又はアルコール製造で用いられる組成物中のデンプンを加水分解することができる条件下で一緒にする工程。
【請求項２８】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むアルコール飲料。
【請求項２９】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物または口腔手入れ製品であって、
場合により、前記口腔手入れ製品が歯磨きペースト、歯磨きクリーム、ゲル又は粉、オドンティック、口内洗浄液、ブラッシング前又は後の洗浄剤、チューインガム、ロゼンジ又はキャンディーを含む、
前記医薬組成物又は腔手入れ製品。
【請求項３０】
組成物をラテックスポリマーコーティングによって被覆することを含む、組成物の徐放性又は制御放出のための方法であって、前記組成物が請求項７に記載のポリペプチドを含む、前記方法。
【請求項３１】
請求項７記載のポリペプチドを含む油田掘削液。
【請求項３２】
請求項７記載のポリペプチドで組成物を処理することを含み、
場合により前記組成物が土壌を含む、
組成物の粘度を変化させる方法
【請求項３３】
請求項７記載のポリペプチドを含む組成物で掘削泥を処理することを含む、泥の掘削の実施を補助する方法。
【請求項３４】
請求項７記載のポリペプチドを含むバイオブリーチング溶液。
【請求項３５】
請求項７記載のポリペプチドで組成物を処理することを含む、組成物をバイオブリーチングする方法であって、
場合により、前記組成物が紙又はパルプ製品である、
前記方法。
【請求項３６】
（a）請求項７記載のα-アミラーゼを提供する工程；
（b）デンプンを含む組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のアミラーゼを工程（b）の組成物と前記アミラーゼが前記デンプンを加水分解する条件下で接触させる工程、
を含むエタノール性燃料の製造方法。
【請求項３７】
以下の工程を含む、食品または飼料を製造する方法：
（ａ）請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）食品または飼料を含む組成物を提供する工程；
（ｃ）前記核酸を発現させて組換えα-アミラーゼを発現させる工程；
（ｄ）前記組換えα-アミラーゼと前記組成物を混合し、それによって前記組換えα-アミラーゼを含む食品または飼料を製造する工程。
【請求項３８】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含む焼成方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記焼成方法。
【請求項３９】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含むトウモロコシの湿式製粉方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記トウモロコシの湿式製粉方法。
【請求項４０】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含む乾式製粉方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記乾式製粉方法。
【請求項４１】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含む掘削方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記掘削方法。
【請求項４２】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含むアルコール製造方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記アルコール製造方法。
【請求項１】
（ａ）配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:147；配列番号:149；配列番号:151；配列番号:153；配列番号:155；配列番号:157；配列番号:159；配列番号:161；配列番号:163；配列番号:165；配列番号:167；配列番号:189；配列番号:191；配列番号:193；配列番号:203；配列番号:205；配列番号:207；配列番号:209；配列番号:211；配列番号:322；配列番号:324；配列番号:326；配列番号:328；配列番号:330；配列番号:332；配列番号:334；配列番号:336；配列番号:338；配列番号:340；配列番号:342；配列番号:344；配列番号:346；配列番号:348；配列番号:350；配列番号:352；配列番号:354；配列番号:356；配列番号:358；配列番号:360；配列番号:362；配列番号:364；配列番号:366；配列番号:368；配列番号:370；配列番号:372；配列番号:374；配列番号:376；配列番号:378；配列番号:380；配列番号:382；配列番号:384；配列番号:386；配列番号:388；配列番号:390；配列番号:392；配列番号:394；配列番号:396；配列番号:398；配列番号:400；配列番号:402；配列番号:404；配列番号:406；配列番号:408；配列番号:410；配列番号:412；配列番号:414；配列番号:416；配列番号:420；配列番号:422；配列番号:424；配列番号:426；配列番号:428；配列番号:430；配列番号:432；配列番号:434；配列番号:436；配列番号:438；配列番号:440；配列番号:442；配列番号:444；配列番号:446；配列番号:448；配列番号:450；配列番号:452；配列番号:454；配列番号:456；配列番号:458；配列番号:460；配列番号:462；配列番号:465；配列番号:467；配列番号:473；配列番号:475；配列番号:478；配列番号:480；配列番号:484；配列番号:486；配列番号:492；配列番号:494；配列番号:498；配列番号:500；配列番号:509；配列番号:511；配列番号:515；配列番号:517；配列番号:519；配列番号:522；配列番号:524；配列番号:527；配列番号:529；配列番号:532；配列番号:534；配列番号:539；配列番号:541；配列番号:544；配列番号:546；配列番号:552；配列番号:554；配列番号:558；配列番号:560；配列番号:565；配列番号:567；配列番号:569；配列番号:571；配列番号:573；配列番号:575；配列番号:577；配列番号:579；配列番号:581；配列番号:583；配列番号:585；配列番号:587；配列番号:593；配列番号:603；配列番号:605；配列番号:607；配列番号:609；配列番号:611；配列番号:613；配列番号:615；配列番号:617；配列番号:619又は配列番号621に記載の配列と少なくとも70％、又はそれより高い、または完全な（100％）配列同一性を有する核酸配列を含む単離、合成または組換え核酸であって、α-アミラーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードする、前記単離、合成又は組換え核酸；
（ｂ）前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる解析によって、又は目視精査によって決定される、（ａ）記載の核酸；
（ｃ）前記配列比較アルゴリズムが、BLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、フィルタリング設定がblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他の全てのオプションは規定値に設定される、（ｂ）記載の核酸；
（ｄ）配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:146；配列番号:148；配列番号:150；配列番号:152；配列番号:154；配列番号:156；配列番号:158；配列番号:160；配列番号:162；配列番号:164；配列番号:166；配列番号:168；配列番号:190；配列番号:192；配列番号:194；配列番号:204；配列番号:206；配列番号:208；配列番号:210；配列番号:212；配列番号:323；配列番号:325；配列番号:327；配列番号:329；配列番号:331；配列番号:333；配列番号:335；配列番号:337；配列番号:339；配列番号:341；配列番号:343；配列番号:345；配列番号:347；配列番号:349；配列番号:351；配列番号:353；配列番号:355；配列番号:357；配列番号:359；配列番号:361；配列番号:363；配列番号:365；配列番号:367；配列番号:369；配列番号:371；配列番号:373；配列番号:375；配列番号:377；配列番号:379；配列番号:381；配列番号:383；配列番号:385；配列番号:387；配列番号:389；配列番号:391；配列番号:393；配列番号:395；配列番号:397；配列番号:399；配列番号:401；配列番号:403；配列番号:405；配列番号:407；配列番号:409；配列番号:411；配列番号:413；配列番号:415；配列番号:417；配列番号:421；配列番号:423；配列番号:425；配列番号:427；配列番号:429；配列番号:431；配列番号:433；配列番号:435；配列番号:437；配列番号:439；配列番号:441；配列番号:443；配列番号:445；配列番号:447；配列番号:449；配列番号:451；配列番号:453；配列番号:455；配列番号:457；配列番号:459；配列番号:461；配列番号:463；配列番号:464；配列番号:466；配列番号:468；配列番号:469；配列番号:470；配列番号:471；配列番号:472；配列番号:474；配列番号:476；配列番号:477；配列番号:479；配列番号:481；配列番号:482；配列番号:483；配列番号:485；配列番号:487；配列番号:488；配列番号:489；配列番号:490；配列番号:491；配列番号:493；配列番号:495；配列番号:496；配列番号:497；配列番号:499；配列番号:501；配列番号:502；配列番号:503；配列番号:504；配列番号:505；配列番号:506；配列番号:507；配列番号:508；配列番号:510；配列番号:512；配列番号:513；配列番号:514；配列番号:516；配列番号:518；配列番号:520；配列番号:521；配列番号:523；配列番号:525；配列番号:526；配列番号:528；配列番号:530；配列番号:531；配列番号:533；配列番号:535；配列番号:536；配列番号:537；配列番号:538；配列番号:540；配列番号:542；配列番号:543；配列番号:545；配列番号:547；配列番号:548；配列番号:549；配列番号:550；配列番号:551；配列番号:553；配列番号:555；配列番号:556；配列番号:557；配列番号:559；配列番号:561；配列番号:562；配列番号:563；配列番号:564；配列番号:566；配列番号:568；配列番号:570；配列番号:572；配列番号:574；配列番号:576；配列番号:578；配列番号:580；配列番号:582；配列番号:584；配列番号:586；配列番号:588；配列番号:589；配列番号:590；配列番号:591；配列番号:592；配列番号:594；配列番号:604；配列番号:606；配列番号:608；配列番号:610；配列番号:612；配列番号:614；配列番号:616；配列番号:618；配列番号:620又は配列番号:622に記載の配列と少なくとも70％、又はそれより高い、または完全な（100％）配列同一性を有する配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離、合成又は組換え核酸；
（ｅ）配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:147；配列番号:149；配列番号:151；配列番号:153；配列番号:155；配列番号:157；配列番号:159；配列番号:161；配列番号:163；配列番号:165；配列番号:167；配列番号:189；配列番号:191；配列番号:193；配列番号:203；配列番号:205；配列番号:207；配列番号:209；配列番号:211；配列番号:322；配列番号:324；配列番号:326；配列番号:328；配列番号:330；配列番号:332；配列番号:334；配列番号:336；配列番号:338；配列番号:340；配列番号:342；配列番号:344；配列番号:346；配列番号:348；配列番号:350；配列番号:352；配列番号:354；配列番号:356；配列番号:358；配列番号:360；配列番号:362；配列番号:364；配列番号:366；配列番号:368；配列番号:370；配列番号:372；配列番号:374；配列番号:376；配列番号:378；配列番号:380；配列番号:382；配列番号:384；配列番号:386；配列番号:388；配列番号:390；配列番号:392；配列番号:394；配列番号:396；配列番号:398；配列番号:400；配列番号:402；配列番号:404；配列番号:406；配列番号:408；配列番号:410；配列番号:412；配列番号:414；配列番号:416；配列番号:420；配列番号:422；配列番号:424；配列番号:426；配列番号:428；配列番号:430；配列番号:432；配列番号:434；配列番号:436；配列番号:438；配列番号:440；配列番号:442；配列番号:444；配列番号:446；配列番号:448；配列番号:450；配列番号:452；配列番号:454；配列番号:456；配列番号:458；配列番号:460；配列番号:462；配列番号:465；配列番号:467；配列番号:473；配列番号:475；配列番号:478；配列番号:480；配列番号:484；配列番号:486；配列番号:492；配列番号:494；配列番号:498；配列番号:500；配列番号:509；配列番号:511；配列番号:515；配列番号:517；配列番号:519；配列番号:522；配列番号:524；配列番号:527；配列番号:529；配列番号:532；配列番号:534；配列番号:539；配列番号:541；配列番号:544；配列番号:546；配列番号:552；配列番号:554；配列番号:558；配列番号:560；配列番号:565；配列番号:567；配列番号:569；配列番号:571；配列番号:573；配列番号:575；配列番号:577；配列番号:579；配列番号:581；配列番号:583；配列番号:585；配列番号:587；配列番号:593；配列番号:603；配列番号:605；配列番号:607；配列番号:609；配列番号:611；配列番号:613；配列番号:615；配列番号:617；配列番号:619又は配列番号621に記載の配列を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含む単離、合成または組換え核酸であって、前記核酸はα-アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードし、前記ストリンジェントな条件が0.2ＸのSSC中で65℃の温度で15分の洗浄を含む洗浄工程を含む、前記単離、合成または組換え核酸；
（ｆ）シグナル配列を欠くα-アミラーゼをコードする、（ａ）〜（ｅ）のいずれかに記載の核酸を含む単離、合成または組換え核酸；
（ｇ）異種配列またはシグナル配列を有するα-アミラーゼをコードする、（ａ）〜（ｆ）のいずれかに記載の核酸を含む、単離、合成または組換え核酸；
（ｈ）前記（ａ）〜（ｇ）のいずれかに記載の核酸の配列に完全に相補的な核酸配列を含む、単離、合成または組換え核酸。
【請求項２】
配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:147；配列番号:149；配列番号:151；配列番号:153；配列番号:155；配列番号:157；配列番号:159；配列番号:161；配列番号:163；配列番号:165；配列番号:167；配列番号:189；配列番号:191；配列番号:193；配列番号:203；配列番号:205；配列番号:207；配列番号:209；配列番号:211；配列番号:322；配列番号:324；配列番号:326；配列番号:328；配列番号:330；配列番号:332；配列番号:334；配列番号:336；配列番号:338；配列番号:340；配列番号:342；配列番号:344；配列番号:346；配列番号:348；配列番号:350；配列番号:352；配列番号:354；配列番号:356；配列番号:358；配列番号:360；配列番号:362；配列番号:364；配列番号:366；配列番号:368；配列番号:370；配列番号:372；配列番号:374；配列番号:376；配列番号:378；配列番号:380；配列番号:382；配列番号:384；配列番号:386；配列番号:388；配列番号:390；配列番号:392；配列番号:394；配列番号:396；配列番号:398；配列番号:400；配列番号:402；配列番号:404；配列番号:406；配列番号:408；配列番号:410；配列番号:412；配列番号:414；配列番号:416；配列番号:420；配列番号:422；配列番号:424；配列番号:426；配列番号:428；配列番号:430；配列番号:432；配列番号:434；配列番号:436；配列番号:438；配列番号:440；配列番号:442；配列番号:444；配列番号:446；配列番号:448；配列番号:450；配列番号:452；配列番号:454；配列番号:456；配列番号:458；配列番号:460；配列番号:462；配列番号:465；配列番号:467；配列番号:473；配列番号:475；配列番号:478；配列番号:480；配列番号:484；配列番号:486；配列番号:492；配列番号:494；配列番号:498；配列番号:500；配列番号:509；配列番号:511；配列番号:515；配列番号:517；配列番号:519；配列番号:522；配列番号:524；配列番号:527；配列番号:529；配列番号:532；配列番号:534；配列番号:539；配列番号:541；配列番号:544；配列番号:546；配列番号:552；配列番号:554；配列番号:558；配列番号:560；配列番号:565；配列番号:567；配列番号:569；配列番号:571；配列番号:573；配列番号:575；配列番号:577；配列番号:579；配列番号:581；配列番号:583；配列番号:585；配列番号:587；配列番号:593；配列番号:603；配列番号:605；配列番号:607；配列番号:609；配列番号:611；配列番号:613；配列番号:615；配列番号:617；配列番号:619又は配列番号621に記載の配列または請求項1記載の核酸の配列の20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、200またはそれより長い連続する塩基を含む核酸配列を含む、α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定、検出、または単離するための核酸プローブ。
【請求項３】
α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配対であって、請求項１記載の核酸の配列又はその部分配列を含む核酸を増幅させることができる、
前記増幅プライマー対。
【請求項４】
（ａ）請求項１記載の核酸の配列を含む発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル；
（ｂ）前記クローニングビヒクルがウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、（ａ）記載の発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル；または、
（ｃ）前記ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ付随ウイルスベクターを含み、
場合により前記前記発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクルが細菌の人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1-由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）または哺乳動物人工染色体（MAC）を含む、
（ａ）記載の発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル。
【請求項５】
（ａ）請求項１記載の核酸の配列を含む異種核酸を含む形質転換細胞または請求項４記載の発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル、を含む形質転換細胞；または、
（ｂ）細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は植物細胞である、
（ａ）記載の形質転換細胞。
【請求項６】
請求項１記載の核酸の配列または請求項４記載の発現カセットベクター若しくはクローニングビヒクル、または請求項５記載の形質転換細胞を含む非ヒトトランスジェニック動物、トランスジェニック植物またはトランスジェニック種子であって、
場合により、前記動物がマウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、ブタ、または、乳牛であり、
場合により、前記植物がトウモロコシ、ソルガム、ジャガイモ、トマト、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、イネ、オオムギ、牧草又はタバコであり、
場合により、前記種子がトウモロコシ、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、ヤシ、ヒマワリ、ゴマ、イネ、オオムギ、落花生又はタバコの種子である、
前記非ヒトトランスジェニック動物、トランスジェニック植物またはトランスジェニック種子。
【請求項７】
（ａ）（ｉ）配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:146；配列番号:148；配列番号:150；配列番号:152；配列番号:154；配列番号:156；配列番号:158；配列番号:160；配列番号:162；配列番号:164；配列番号:166；配列番号:168；配列番号:190；配列番号:192；配列番号:194；配列番号:204；配列番号:206；配列番号:208；配列番号:210；配列番号:212；配列番号:323；配列番号:325；配列番号:327；配列番号:329；配列番号:331；配列番号:333；配列番号:335；配列番号:337；配列番号:339；配列番号:341；配列番号:343；配列番号:345；配列番号:347；配列番号:349；配列番号:351；配列番号:353；配列番号:355；配列番号:357；配列番号:359；配列番号:361；配列番号:363；配列番号:365；配列番号:367；配列番号:369；配列番号:371；配列番号:373；配列番号:375；配列番号:377；配列番号:379；配列番号:381；配列番号:383；配列番号:385；配列番号:387；配列番号:389；配列番号:391；配列番号:393；配列番号:395；配列番号:397；配列番号:399；配列番号:401；配列番号:403；配列番号:405；配列番号:407；配列番号:409；配列番号:411；配列番号:413；配列番号:415；配列番号:417；配列番号:421；配列番号:423；配列番号:425；配列番号:427；配列番号:429；配列番号:431；配列番号:433；配列番号:435；配列番号:437；配列番号:439；配列番号:441；配列番号:443；配列番号:445；配列番号:447；配列番号:449；配列番号:451；配列番号:453；配列番号:455；配列番号:457；配列番号:459；配列番号:461；配列番号:463；配列番号:464；配列番号:466；配列番号:468；配列番号:469；配列番号:470；配列番号:471；配列番号:472；配列番号:474；配列番号:476；配列番号:477；配列番号:479；配列番号:481；配列番号:482；配列番号:483；配列番号:485；配列番号:487；配列番号:488；配列番号:489；配列番号:490；配列番号:491；配列番号:493；配列番号:495；配列番号:496；配列番号:497；配列番号:499；配列番号:501；配列番号:502；配列番号:503；配列番号:504；配列番号:505；配列番号:506；配列番号:507；配列番号:508；配列番号:510；配列番号:512；配列番号:513；配列番号:514；配列番号:516；配列番号:518；配列番号:520；配列番号:521；配列番号:523；配列番号:525；配列番号:526；配列番号:528；配列番号:530；配列番号:531；配列番号:533；配列番号:535；配列番号:536；配列番号:537；配列番号:538；配列番号:540；配列番号:542；配列番号:543；配列番号:545；配列番号:547；配列番号:548；配列番号:549；配列番号:550；配列番号:551；配列番号:553；配列番号:555；配列番号:556；配列番号:557；配列番号:559；配列番号:561；配列番号:562；配列番号:563；配列番号:564；配列番号:566；配列番号:568；配列番号:570；配列番号:572；配列番号:574；配列番号:576；配列番号:578；配列番号:580；配列番号:582；配列番号:584；配列番号:586；配列番号:588；配列番号:589；配列番号:590；配列番号:591；配列番号:592；配列番号:594；配列番号:604；配列番号:606；配列番号:608；配列番号:610；配列番号:612；配列番号:614；配列番号:616；配列番号:618；配列番号:620又は配列番号:622記載の配列と少なくとも90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそより高い、又は完全な（100％）配列同一性を有するアミノ酸配列又は(ii)請求項１記載の核酸によってコードされるアミノ酸配列、
を含む、単離、合成または組換えポリペプチド；
（ｂ）シグナル配列（シグナルペプチド）を欠く、（ａ）記載のポリペプチドを含む、単離、合成または組換えポリペプチド；
（ｃ）更に異種配列を含む、（ａ）または（ｂ） 記載のポリペプチドを含む、単離、合成または組換えポリペプチド；
（ｄ）更に多糖を含む、または、少なくとも1つのグリコシル化部位を含む（ａ）〜（ｃ）のいずれかに記載のポリペプチドであって、
場合により前記グリコシル化がN-結合グリコシル化であり、
場合により、P. パストリス（pastoris）またはS. ポンベ（pombe）で発現された場合にグリコシル化される、
前記単離、合成または組換えポリペプチド。
【請求項８】
請求項７記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物であって、液体、固体又はゲルを含む前記タンパク質調製物。
【請求項９】
（ａ）請求項７記載のポリペプチド及び第二のドメインを含むヘテロダイマーまたは融合タンパク質；または、
（ｂ）第二のドメインがエピトープ又はタグである、（ａ）記載のヘテロダイマーまたは融合タンパク質。
【請求項１０】
請求項７記載のポリペプチドの配列を含む固定化ポリペプチドであって、
場合により、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイまたはキャピラリー管に固定化されている、
前記固定化ポリペプチド。
【請求項１１】
（ａ）請求項７記載のポリペププチドまたは請求項９記載のヘテロダイマーまたは融合タンパク質を含む食品、飼料、栄養補助食品または飼料添加物、食品原料または食用酵素デリバリーマトリックス；
（ｂ）ポリペプチドがグリコシル化されている、（ａ）記載の飼料、栄養補助食品または飼料添加物、食品原料または食用酵素デリバリーマトリックス；
（ｃ）デリバリーマトリックスがペレットを含む、（ａ）記載の飼料、栄養補助食品または飼料添加物、食品原料または食用酵素デリバリーマトリックス；または、
（ｄ）ポリペプチドが耐熱性又は熱安定性アミラーゼ活性を有する、（ａ）〜（ｄ）のいずれかに記載の食品、飼料、栄養補助食品または飼料添加物、食品原料または食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項１２】
（a）プロモーターに機能可能に連結された核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項１記載の核酸の配列を含む核酸である前記工程；および、（b）工程（a）で提供される核酸をポリペプチドの発現を可能にする条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを製造する工程、
を含む、組換えポリペプチドを製造する方法であって、
場合により、さらに、宿主細胞を工程（a）で提供される核酸で形質転換し、続いて工程（a）で提供される核酸を発現させ、それによって形質転換細胞で組換えポリペプチドを製造することを含む、
前記組換えポリペプチドを製造する方法。
【請求項１３】
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）デンプンを含む組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と前記ポリペプチドがデンプンを加水分解、液化または除去する条件下で接触させる工程、
を含み、
場合により、前記組成物がα-1,4グルコシド結合又はα-1,6-グルコシド結合を含む組成物である、
デンプンを加水分解、液化または組成物からデンプンを除去する方法。
【請求項１４】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む洗剤組成物であって、前記ポリペプチドがα-アミラーゼ活性を含み、
場合により、前記α-アミラーゼが非表面活性α-アミラーゼ又は表面活性α-アミラーゼであり、
場合により、前記α-アミラーゼが非水性液体組成物、注型成形固体、顆粒形態、球状形態、圧縮錠剤、ゲル形態、ペースト又はスラリー形態として処方され、
場合により、前記α-アミラーゼがアルカリ性条件下で活性を有する、
前記洗浄組成物。
【請求項１５】
以下の工程を含む対象物を洗浄する方法：
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを含む組成物を提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされる核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；
（b）対象物を提供する工程；及び、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の対象物と前記組成物が前記対象物を洗浄することができる条件下で接触させる工程。
【請求項１６】
（a）デンプンを含む飼料原料または食品原料または食品添加物または飼料添加物を提供する工程であって、前記デンプンはα-アミラーゼ活性を有するポリペプチドによって加水分解することができ、前記ポリペプチドが、請求項９記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；
（b）工程（a）のポリペプチドを前記飼料原料または食品原料または食品添加物または飼料添加物に、デンプンの加水分解及び処理に十分な時間、十分な量で添加し、それによって動物による消費の前に前記飼料原料または食品原料または食品添加物または飼料添加物中のデンプンを加水分解する工程、
を含む、動物による消費に先立って飼料または食品または食品添加物または飼料添加物中のデンプンを加水分解する方法であって、
場合により、前記飼料または食品または食品添加物または飼料添加物がコメ、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、豆類又はジャガイモを含む、
前記動物による消費に先立って飼料または食品または食品添加物または飼料添加物中のデンプンを加水分解する方法。
【請求項１７】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む飼料または食品または栄養補助食品または飼料添加物
【請求項１８】
請求項７記載のポリペプチド、又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む組成物。
【請求項１９】
請求項７記載のポリペプチド、又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む織物。
【請求項２０】
以下の工程を含む織物を処理または脱サイズする方法：
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）織物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の織物と前記α-アミラーゼが前記織物を処理または脱サイズすることができる条件下で接触させる工程。
【請求項２１】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む紙若しくは紙製品又は紙パルプ。
【請求項２２】
以下の工程を含む紙、紙製品、紙パルプ又は線維を処理する方法：
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）紙、紙製品、紙パルプ又は線維を含む組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と前記ポリペプチドが前記紙紙製品、紙パルプ又は線維を脱インクすることができる条件下で接触させる工程。
【請求項２３】
以下の工程を含むリグノセルロース原材料を処理する方法であって、
場合により前記原材料が繊維である前記方法：
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）リグノセルロース原材料を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の原材料と前記ポリペプチドが前記原材料を処理してそれによって前記原材料の特性を改善することができる条件下で接触させる工程。
【請求項２４】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む高マルトース又は高グルコース液若しくはシロップ。
【請求項２５】
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）デンプンを含む組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と、前記ポリペプチドが前記組成物を加水分解することができる条件下で接触させ、それによって高マルトース又は高グルコースシロップを生成する工程、
を含む高マルトース又は高グルコースシロップを製造する方法であって、
場合により、前記デンプンが、コメ、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、豆類、ジャガイモ又はサツマイモに由来する、
前記高マルトース又は高グルコースシロップを製造する方法。
【請求項２６】
（a）α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項７に記載のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むポリペプチドである、前記工程；
（b）デンプンを含む産出流体を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の産出流体と前記α-アミラーゼが工程(b)の産出流体中のデンプンを加水分解することができる条件下で接触させ、それによって前記産出流体の密度を低下させて前記産出流体の流れを改善する工程を含み、
場合により、産出流体が地下層に由来する、
デンプン含有産出流体の流れを改善する方法。
【請求項２７】
以下の工程を含む醸造又はアルコール製造においてアミラーゼを使用する方法：
（a）請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含むポリペプチドを提供する工程；
（b）デンプンを含み醸造又はアルコール製造に用いられる組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と、前記ポリペプチドが醸造又はアルコール製造で用いられる組成物中のデンプンを加水分解することができる条件下で一緒にする工程。
【請求項２８】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むアルコール飲料。
【請求項２９】
請求項７記載のポリペプチド又は請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物または口腔手入れ製品であって、
場合により、前記口腔手入れ製品が歯磨きペースト、歯磨きクリーム、ゲル又は粉、オドンティック、口内洗浄液、ブラッシング前又は後の洗浄剤、チューインガム、ロゼンジ又はキャンディーを含む、
前記医薬組成物又は腔手入れ製品。
【請求項３０】
組成物をラテックスポリマーコーティングによって被覆することを含む、組成物の徐放性又は制御放出のための方法であって、前記組成物が請求項７に記載のポリペプチドを含む、前記方法。
【請求項３１】
請求項７記載のポリペプチドを含む油田掘削液。
【請求項３２】
請求項７記載のポリペプチドで組成物を処理することを含み、
場合により前記組成物が土壌を含む、
組成物の粘度を変化させる方法
【請求項３３】
請求項７記載のポリペプチドを含む組成物で掘削泥を処理することを含む、泥の掘削の実施を補助する方法。
【請求項３４】
請求項７記載のポリペプチドを含むバイオブリーチング溶液。
【請求項３５】
請求項７記載のポリペプチドで組成物を処理することを含む、組成物をバイオブリーチングする方法であって、
場合により、前記組成物が紙又はパルプ製品である、
前記方法。
【請求項３６】
（a）請求項７記載のα-アミラーゼを提供する工程；
（b）デンプンを含む組成物を提供する工程；および、
（c）工程（a）のアミラーゼを工程（b）の組成物と前記アミラーゼが前記デンプンを加水分解する条件下で接触させる工程、
を含むエタノール性燃料の製造方法。
【請求項３７】
以下の工程を含む、食品または飼料を製造する方法：
（ａ）請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、α-アミラーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）食品または飼料を含む組成物を提供する工程；
（ｃ）前記核酸を発現させて組換えα-アミラーゼを発現させる工程；
（ｄ）前記組換えα-アミラーゼと前記組成物を混合し、それによって前記組換えα-アミラーゼを含む食品または飼料を製造する工程。
【請求項３８】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含む焼成方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記焼成方法。
【請求項３９】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含むトウモロコシの湿式製粉方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記トウモロコシの湿式製粉方法。
【請求項４０】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含む乾式製粉方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記乾式製粉方法。
【請求項４１】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含む掘削方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記掘削方法。
【請求項４２】
請求項７記載のポリペプチドまたは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチドの使用を含むアルコール製造方法であって、場合により更にアミラーゼ活性、α-アミラーゼ活性またはβ-アミラーゼ活性を有する第２のポリペプチドまたは他の酵素の使用を含む、
前記アルコール製造方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図１０】
【図１２】
【図１３】
【図１４Ａ−１】
【図１４Ａ−２】
【図１４Ｂ−１】
【図１４Ｂ−２】
【図１４Ｂ−３】
【図１４Ｃ−１】
【図１４Ｃ−２】
【図１４Ｃ−３】
【図１４Ｃ−４】
【図１４Ｃ−５】
【図１４Ｃ−６】
【図１５】
【図１６Ａ】
【図１６Ｂ】
【図１６Ｃ】
【図１６Ｄ】
【図１６Ｅ】
【図１６Ｆ】
【図１６Ｇ】
【図１６Ｈ】
【図１６Ｉ】
【図１６Ｊ】
【図１６Ｋ】
【図１６Ｌ】
【図１６Ｍ】
【図１６Ｎ】
【図１６Ｏ】
【図１６Ｐ】
【図１６Ｑ】
【図１６Ｒ】
【図１６Ｓ】
【図１６Ｔ】
【図１６Ｕ】
【図１６Ｖ】
【図１６Ｗ】
【図１６Ｘ】
【図１６Ｙ】
【図１６Ｚ】
【図１６ＡＡ】
【図１６ＢＢ】
【図１６ＣＣ】
【図１６ＤＤ】
【図１６ＥＥ】
【図１６ＦＦ】
【図１６ＧＧ】
【図１６ＨＨ】
【図１６ＩＩ】
【図１６ＪＪ】
【図１６ＫＫ】
【図１６ＬＬ】
【図１６ＭＭ】
【図１６ＮＮ】
【図１６ＯＯ】
【図１６ＰＰ】
【図１６ＱＱ】
【図１６ＲＲ】
【図１６ＳＳ】
【図１６ＴＴ】
【図１６ＵＵ】
【図１６ＶＶ】
【図１６ＷＷ】
【図１６ＸＸ】
【図１６ＹＹ】
【図１６ＺＺ】
【図１６ＡＡＡ】
【図１６ＢＢＢ】
【図１６ＣＣＣ】
【図１６ＤＤＤ】
【図１６ＥＥＥ】
【図１６ＦＦＦ】
【図１６ＧＧＧ】
【図１６ＨＨＨ】
【図１６ＩＩＩ】
【図１６ＪＪＪ】
【図１６ＫＫＫ】
【図１６ＬＬＬ】
【図１６ＭＭＭ】
【図１６ＮＮＮ】
【図１６ＯＯＯ】
【図１６ＰＰＰ】
【図１６ＱＱＱ】
【図１６ＲＲＲ】
【図１６ＳＳＳ】
【図１６ＴＴＴ】
【図１６ＵＵＵ】
【図１６ＶＶＶ】
【図１６ＷＷＷ】
【図１６ＸＸＸ】
【図１６ＹＹＹ】
【図１６ＺＺＺ】
【図１６ＡＡＡＡ】
【図１６ＢＢＢＢ】
【図１６ＣＣＣＣ】
【図１６ＤＤＤＤ】
【図１６ＥＥＥＥ】
【図１６ＦＦＦＦ】
【図１６ＧＧＧＧ】
【図１６ＨＨＨＨ】
【図１６ＩＩＩＩ】
【図１６ＪＪＪＪ】
【図１６ＫＫＫＫ】
【図１６ＬＬＬＬ】
【図１６ＭＭＭＭ】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３４Ｃ】
【図３４Ｄ】
【図３４Ｅ】
【図３５Ａ】
【図３５Ｂ】
【図３５Ｃ】
【図３５Ｄ】
【図３５Ｅ】
【図３５Ｆ】
【図３５Ｇ】
【図３５Ｈ】
【図３５Ｉ】
【図３５Ｊ】
【図３５Ｋ】
【図３５Ｌ】
【図３５Ｍ】
【図３５Ｎ】
【図３５Ｏ】
【図３５Ｐ】
【図３５Ｑ】
【図３５Ｒ】
【図３５Ｓ】
【図３５Ｔ】
【図３５Ｕ】
【図３５Ｖ】
【図３５Ｗ】
【図３５Ｘ】
【図３５Ｙ】
【図９】
【図１１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図１０】
【図１２】
【図１３】
【図１４Ａ−１】
【図１４Ａ−２】
【図１４Ｂ−１】
【図１４Ｂ−２】
【図１４Ｂ−３】
【図１４Ｃ−１】
【図１４Ｃ−２】
【図１４Ｃ−３】
【図１４Ｃ−４】
【図１４Ｃ−５】
【図１４Ｃ−６】
【図１５】
【図１６Ａ】
【図１６Ｂ】
【図１６Ｃ】
【図１６Ｄ】
【図１６Ｅ】
【図１６Ｆ】
【図１６Ｇ】
【図１６Ｈ】
【図１６Ｉ】
【図１６Ｊ】
【図１６Ｋ】
【図１６Ｌ】
【図１６Ｍ】
【図１６Ｎ】
【図１６Ｏ】
【図１６Ｐ】
【図１６Ｑ】
【図１６Ｒ】
【図１６Ｓ】
【図１６Ｔ】
【図１６Ｕ】
【図１６Ｖ】
【図１６Ｗ】
【図１６Ｘ】
【図１６Ｙ】
【図１６Ｚ】
【図１６ＡＡ】
【図１６ＢＢ】
【図１６ＣＣ】
【図１６ＤＤ】
【図１６ＥＥ】
【図１６ＦＦ】
【図１６ＧＧ】
【図１６ＨＨ】
【図１６ＩＩ】
【図１６ＪＪ】
【図１６ＫＫ】
【図１６ＬＬ】
【図１６ＭＭ】
【図１６ＮＮ】
【図１６ＯＯ】
【図１６ＰＰ】
【図１６ＱＱ】
【図１６ＲＲ】
【図１６ＳＳ】
【図１６ＴＴ】
【図１６ＵＵ】
【図１６ＶＶ】
【図１６ＷＷ】
【図１６ＸＸ】
【図１６ＹＹ】
【図１６ＺＺ】
【図１６ＡＡＡ】
【図１６ＢＢＢ】
【図１６ＣＣＣ】
【図１６ＤＤＤ】
【図１６ＥＥＥ】
【図１６ＦＦＦ】
【図１６ＧＧＧ】
【図１６ＨＨＨ】
【図１６ＩＩＩ】
【図１６ＪＪＪ】
【図１６ＫＫＫ】
【図１６ＬＬＬ】
【図１６ＭＭＭ】
【図１６ＮＮＮ】
【図１６ＯＯＯ】
【図１６ＰＰＰ】
【図１６ＱＱＱ】
【図１６ＲＲＲ】
【図１６ＳＳＳ】
【図１６ＴＴＴ】
【図１６ＵＵＵ】
【図１６ＶＶＶ】
【図１６ＷＷＷ】
【図１６ＸＸＸ】
【図１６ＹＹＹ】
【図１６ＺＺＺ】
【図１６ＡＡＡＡ】
【図１６ＢＢＢＢ】
【図１６ＣＣＣＣ】
【図１６ＤＤＤＤ】
【図１６ＥＥＥＥ】
【図１６ＦＦＦＦ】
【図１６ＧＧＧＧ】
【図１６ＨＨＨＨ】
【図１６ＩＩＩＩ】
【図１６ＪＪＪＪ】
【図１６ＫＫＫＫ】
【図１６ＬＬＬＬ】
【図１６ＭＭＭＭ】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３４Ｃ】
【図３４Ｄ】
【図３４Ｅ】
【図３５Ａ】
【図３５Ｂ】
【図３５Ｃ】
【図３５Ｄ】
【図３５Ｅ】
【図３５Ｆ】
【図３５Ｇ】
【図３５Ｈ】
【図３５Ｉ】
【図３５Ｊ】
【図３５Ｋ】
【図３５Ｌ】
【図３５Ｍ】
【図３５Ｎ】
【図３５Ｏ】
【図３５Ｐ】
【図３５Ｑ】
【図３５Ｒ】
【図３５Ｓ】
【図３５Ｔ】
【図３５Ｕ】
【図３５Ｖ】
【図３５Ｗ】
【図３５Ｘ】
【図３５Ｙ】
【図９】
【図１１】
【公開番号】特開２０１１−４７４１（Ｐ２０１１−４７４１Ａ）
【公開日】平成２３年１月１３日（２０１１．１．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−１３５８４６（Ｐ２０１０−１３５８４６）
【出願日】平成２２年６月１５日（２０１０．６．１５）
【分割の表示】特願２００６−５０６９６６（Ｐ２００６−５０６９６６）の分割
【原出願日】平成１６年３月８日（２００４．３．８）
【出願人】（５０３０８９４８９）ヴェレニウム コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２３年１月１３日（２０１１．１．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年６月１５日（２０１０．６．１５）
【分割の表示】特願２００６−５０６９６６（Ｐ２００６−５０６９６６）の分割
【原出願日】平成１６年３月８日（２００４．３．８）
【出願人】（５０３０８９４８９）ヴェレニウム コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
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