イネ品種コシヒカリの染色体の一部が、オリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統群
【課題】イネ品種コシヒカリの染色体の一部が、オリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統群からなるゲノムライブラリーの提供。
【解決手段】３４種類の、イネ品種コシヒカリの染色体の一部がオリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統を有することを特徴とするゲノムライブラリー、及び、オリザ・グラベリマの染色体中、前記３４種のいずれかの染色体部分置換系統の染色体中に含有されている領域が、全染色体の９０％以上であることを特徴とする前記記載のゲノムライブラリー。
【解決手段】３４種類の、イネ品種コシヒカリの染色体の一部がオリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統を有することを特徴とするゲノムライブラリー、及び、オリザ・グラベリマの染色体中、前記３４種のいずれかの染色体部分置換系統の染色体中に含有されている領域が、全染色体の９０％以上であることを特徴とする前記記載のゲノムライブラリー。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、イネ品種コシヒカリの染色体の一部が、アフリカ栽培品種オリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統群からなるゲノムライブラリーに関する。
【背景技術】
【０００２】
オリザ・グラベリマ（Ｏｒｙｚａ ｇｌａｂｅｒｒｉｍａ Ｓｔｅｕｄ）は野生種のオリザ・バータイ（Ｏｒｙｚａ ｂａｒｔｈｉｉ）から栽培化された西アフリカに固有のイネの栽培品種である。より詳細には、オリザ・グラベリマは約３，５００年前に、西アフリカの中でも主にナイジェリアのリバーデルタの湿潤地帯で栽培化された後、紀元前１，０００年頃にギニアの海岸近くで第２の栽培化が起こったと考えられている。アジアのイネの栽培品種であるオリザ・サティバ（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）と比較すると、オリザ・グラベリマは、遺伝的に多様性が少なく（非特許文献７、３７、及び３１参照。）、栽培分布も狭く、地域起源を越えては広がっていない（非特許文献３０及び２１参照。）。これにもかかわらず、オリザ・グラベリマは、人の介入なしに過酷な西アフリカの環境で成長させる多くの新規遺伝子を潜在的に持っている（非特許文献２０参照。）。雑草競争、耐干性、低い成長投入量に対応する能力、不利な生態系への広い適合性はアフリカ型イネ固有の特徴である（非特許文献２９、６、２５、１３、１９、２０、及び８参照。）。このイネの品種はモザイク病（非特許文献２８、１、及び５参照。）、枯れ病（非特許文献３２、３０、及び１２参照。）、もん枯れ病（非特許文献１２及び３６参照。）、アフリカ小昆虫（非特許文献３６及び２０参照。）を含むいくつかの生物的ストレスにも耐性を持っている。
【０００３】
現在までに、アフリカ型イネでの重要な特徴に対するいくつかのＱＴＬ（量的形質座）が既に同定されている（非特許文献２４、２、及び２３参照。）。一般的にＦ１若しくはＦ２／Ｆ３系統、組換え近交系、倍加半数系、戻し交配が、これらの特徴の検出に使われている。しかしながら、Ｆ１系統の使用により成功する場合の多くは、主要な効果を持つＱＴＬを検出する場合のみである。表現型の効果が弱いＱＴＬと他の遺伝子との相互関係をもつエピスタシスは、これらの系統では容易に検出されない。興味深いＱＴＬの検出するのを成功させるためには、準同質系統をＱＴＬクローニングとマッピングのために開発する必要がある（非特許文献３３、１１、３９、及び４０参照。）。ＱＴＬ検出とマッピングは、多大労力と多くの時間を要するため、遺伝子クローニングのスタンダードなストラテジーとしてマップベースクローニングへの使用に限られている。
【０００４】
これらの課題に取り組むため、イネにおいても、染色体部分置換系統群の形で遺伝子資源が開発された（非特許文献３、１１、１７、及び１０参照。）。ＣＳＳＬｓは、ドナー系統を受容系統と交雑させ、Ｆ１及びＢＣｎＦ１を反復親に戻し交配することによって作出される。一般的には、野生イネ又は一般的な栽培品種がドナー系統となり、通常、優秀な系統が受容系統となる。これらの繰返し戻し交配及びその後の３〜４後代世代の育成によって得られた後代個体は、反復親の遺伝的背景中に、１又は２のホモ接合性のドナー系統の遺伝子型の染色体断片が含まれている。このように、ドナー系統の全ゲノムは、互いに連続的又はオーバーラップする（重なり部分がある）小さな染色体断片とし、これらが導入されている選択された系統群であらわされることができる（非特許文献１４及び３９参照。）。
【０００５】
遺伝的に多様なイネ品種と野生型イネ品種とからなる染色体部分置換系統（以下、ＣＳＳＬと略記することがある。）は、重要な農業形質を制御する新規な遺伝子の同定に有用な遺伝資源である。特に、ＣＳＳＬは、複合的、量的形質を解析のターゲットとする場合に有効である。ＣＳＳＬは、表現型と導入された染色体断片とが強い相関を有するため、個々の座の本当の表現型の影響をわかりにくくする表現型のノイズとして知られているＱＴＬ間の干渉の影響が、取り除かれるためである。ドナーゲノムの非常に短い、連続した又はオーバーラップする染色体断片を含む一連のＣＳＳＬからなる染色体置換系統群（以下、ＣＳＳＬｓと略記することがある。）セットは、均一の遺伝的背景を有するため、ＣＳＳＬｓセットを用いることにより、単純な統計分析を通じてＱＴＬを同定することができる（非特許文献２７及び１４参照。）。
【０００６】
一方で近年、ゲノム解析技術は格段の進歩を遂げ、作物の改良を、高精度かつ容易に行えるようになった。とりわけ、ＤＮＡマーカー技術の進捗は著しく、同技術によって、有用な形質を備える新品種を作製することができるようになった。また、ＤＮＡマーカーを利用して、これまでに同定された重要遺伝子の有用アレルを含む染色体領域を置換することにより、他の多くの形質に対してほとんど影響を及ぼさずに、目的形質を特異的に改良することが出来るようになった（例えば、特許文献１参照。）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】特許第４４０９６１０号公報
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】Abo, E. M., et al. (1998) J. Sustain. Agric. Vol.11: pp.85-111.
【非特許文献２】Aluko, G., C. et al. (2004) Theor. Appl. Genet. Vol.109: pp.630-639.
【非特許文献３】Ando, T., et al. (2008) Theor. Appl. Genet. Vol.116: pp.881-890.
【非特許文献４】Ashikari, M., et al. (2005) Science. Vol.309: pp.741-745.
【非特許文献５】Attere, C. and C. A. Fatokun (1983) Plant Divers. Vol.67: pp.420-421.
【非特許文献６】Baggie, I., et al. (2002) Int. Rice Res. Notes. Vol.27: pp.42.
【非特許文献７】Barry, M. B., et al. (2007) Euphytica Vol.154: pp.127-137.
【非特許文献８】Dingkuhn, M., et al. (1998) Field Crops Res. Vol.57: pp.57-69.
【非特許文献９】Doi, K., et al. (1998) Breed Science Vol.49: pp.395-399.
【非特許文献１０】Doi, K., et al. (1997) Rice Genet. Newsl. Vol.14: pp.39-41.
【非特許文献１１】Ebitani, T., et al. (2005). Breeding Science Vol.55: pp.65-73.
【非特許文献１２】Eizenga, G. C., et al. (2006) Crop Sci. Vol.46: pp.1870-1878.
【非特許文献１３】Fofana, B. and R. Rauber (2000) Weed Res. Vol.40: pp.271-280
【非特許文献１４】Gutierrez, A. G., et al. (2010) BMC Plant Biol. Vol.10: pp.6.
【非特許文献１５】Hu, F., et al. (2006) Euphytica Vol.151: pp.273-278.
【非特許文献１６】Ikeda, K., M. et al. (2007) Plant Journal Vol.51(6): pp.1030-1040.
【非特許文献１７】Kubo, T., et al. (2002) Breed. Sci. Vol.52: pp.319-325.
【非特許文献１８】Jiao, Y., et al. (2010) Nat. Genet. Vol.42: pp.541-544.
【非特許文献１９】Johnson, D. E., et al. (1998) Weed Res. Vol.38: pp.207-216.
【非特許文献２０】Jones, M. P., et al. (1997) Breeding Science Vol.47: pp.395-398.
【非特許文献２１】Khush, G.S. (1997) Plant Mol. Biol. Vol.35: pp.25-34.
【非特許文献２２】Li, J., et al. (2008) Euphytica Vol.164: pp.699-708.
【非特許文献２３】Li, J., et al. (2004) Genome Vol.47: pp.697-704.
【非特許文献２４】Lorieux, M., et al. (2000) Theor. Appl. Genet. Vol.100: pp.593-601.
【非特許文献２５】Maji, T., et al. (2001) Oryza Vol.38: pp.17-23.
【非特許文献２６】Miura, K., et al. (2010) Nat. Genet. Vol.42: pp.545-549.
【非特許文献２７】Nadeau, J. H., et al. (2000) Nat. Genet. Vol.24: pp.221-225.
【非特許文献２８】Ndjiondjop, M. N., et al. (2001) Mol. Plant. Pathol. Vol.59: pp.309-316.
【非特許文献２９】Sahrawat, K. L. and M. Sitka (2002) Res. Notes Vol.27: pp.30-31.
【非特許文献３０】Sarla, N. and B. P. M Swamy (2005) Curr. Sci. Vol.89(6): pp.955-963.
【非特許文献３１】Second, G. (1986) The International Rice Research Institute, Los Banos, Laguna, Philippines. pp.27-39.
【非特許文献３２】Silue, D. and J. Notteghem (1991) Int. Rice Res. Notes Vol.16: pp.13-14.
【非特許文献３３】Takai, T., et al. (2007) Breed. Sci. Vol.57: pp.257-261.
【非特許文献３４】Taguchi, K. K. D. and A. Yoshimura (1999) Rice Genet. News. Vol.16: pp.70-71
【非特許文献３５】Terao, T., et al. (2010) Theor. Appl. Genet. 120(5): pp.875-893.
【非特許文献３６】Ukwungwu, M. N., et al. (1999) Journ. Food. Tech. Afr. Vol.4(3): pp.108-110.
【非特許文献３７】Wang, Z., et al. (1992) Theor. Appl. Genet. Vol.83: pp.565-581.
【非特許文献３８】Wasano, K. and Y. Hirota (1986) Bull. Fac. Agr. Saga Univ. Vol.60: pp.49-59.
【非特許文献３９】Yano, M. (2001) Curr. Opin. Plant Biol. Vol.4: pp.130-135.
【非特許文献４０】Yano, M. and T. Sasaki (1997) Plant Mol. Biol. Vol.35: pp.145-153.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
オリザ・グラベリマをはじめとする外国稲は、遺伝資源としての潜在能力に期待はあるものの、劣悪形質が多いため、これまでの育種事業では病害抵抗性のような主導遺伝子の利用にとどまっている。
【００１０】
本発明は、オリザ・サティバ育種のための遺伝資源として、オリザ・サティバの優秀な栽培種であるジャポニカ栽培種コシヒカリ（以下、イネ品種コシヒカリ）の遺伝的背景に、多くの新規遺伝子を潜在的に持つ可能性のあるオリザ・グラベリマの染色体断片を置換したイネ品種コシヒカリの染色体部分置換系統群を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
本発明者は、上記課題を解決すべく鋭意研究した結果、イネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマとを識別するための新規なＳＮＰからなるＤＮＡマーカーを開発し、これらのＤＮＡマーカーを利用して、イネ品種コシヒカリの遺伝的背景に、オリザ・グラベリマの染色体断片が置換された３４系統の染色体部分置換系統群を作出し、本発明を完成させた。
【００１２】
すなわち、本発明は、下記（１）〜（３４）の、イネ品種コシヒカリの染色体の一部がオリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統を有することを特徴とするゲノムライブラリーを提供するものである。
（１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目の塩基から２０，３６６，９６１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１６番目の塩基から１１，０２６，０１１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目の塩基から２４，４１２，９８０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目の塩基から３１，３７１，１７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８２番目の塩基から１７，８０３，７４１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目の塩基から３５，５９８，４７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８２番目の塩基から２５，９７９，４７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から３９，６７７，０１３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７６番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の上流末端から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から７，０３０，８９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から１４，６５５，６３８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３５番目の塩基から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目の塩基から１８，７６５，９８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目の塩基から２２，０８６，３４８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８５番目の塩基から１１，１６５，９３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目の塩基から２５，２６３，２５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目の塩基から２５，２６３，２５３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３９番目の塩基から１８，７６５，９８４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目の塩基から２７，９１９，９０２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目の塩基から３３，１８９，２６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５８番目の塩基から３０，８６０，９８６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目の塩基から３５，２６７，２１８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の上流末端から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から１４，３１１，０６９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から３３，６４０，１１５番目の塩基までを 含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２９番目の塩基から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目の塩基から３５，９４５，０１０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の上流末端から２２，１２５，２９３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目の塩基から２５，８７７，１４０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６３番目の塩基から１９，６５０，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の上流末端から５，３４６，４７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目の塩基から７，３０５，９５５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３１番目の塩基から３，１７３，１３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から２４，５２０，２６８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１５番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の上流末端から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から５，９０４，２２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５９番目の塩基から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から２５，７１１，５１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２３番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の上流末端から６，８４３，６９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目の塩基から１０，１３０，０３１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目の塩基から１８，５７１，９５９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６５番目の塩基から１，７４５，４５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目の塩基から２１，９４２，０７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目の塩基から２４，５１６，００６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第１の染色体断片にホモ置換されており、
当該第７染色体の２８，８４７，２２６番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第２の染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記第１の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９６０番目の塩基から２１，９４２，０７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第１の染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目の塩基から２５，４９０，０５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、
前記第２の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５４番目の塩基から２８，８４７，２２６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の上流末端から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１０，５７２，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１９，９０３，９０５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５６番目の塩基から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目の塩基から２３，０４７，４６６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４１番目の塩基から１８，１１４，３２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の上流末端から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から１５，０６３，８２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５６番目の塩基から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の上流末端から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から１７，５５５，１５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３９番目の塩基から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の上流末端から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から２５，１４９，２４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０６番目の塩基から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の上流末端から１４，６８９，８８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にヘテロ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目の塩基から１７，４９９，９３４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３６番目の塩基から２１，２５７，９７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統。
【発明の効果】
【００１３】
本発明のゲノムライブラリー、及びこれを構成する各染色体部分置換系統は、イネ品種コシヒカリの遺伝的背景に、従来、イネ品種コシヒカリの形質改善には利用されてこなかったオリザ・グラベリマの染色体断片が組み込まれている。このため、本発明のゲノムライブラリー、及びこれを構成する各染色体部分置換系統を用いることにより、オリザ・グラベリマが有する様々な遺伝子や形質を、遺伝的背景を揃えた条件で精度よく解析することができる。さらに、本発明のゲノムライブラリーは、オリザ・グラベリマが有している好ましい農業形質を制御するＱＴＬの検出や、当該形質の原因となる新規遺伝子の同定、新品種育成等に好適に利用することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１４】
【図１】本発明のゲノムライブラリーを構成する３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）のゲノムを模式的に示した図である。
【図２】本発明のゲノムライブラリーを構成する３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）の作出工程を模式的に示した図である。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
本発明及び本願明細書において「イネ品種日本晴の染色体のＸ番目の塩基からＹ番目の塩基までの領域」は、米国ゲノム研究所（ＴＩＧＲ）によるＲｉｃｅ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎｏｏｔａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅにおいて公開されているイネ品種日本晴のゲノムＤＮＡの塩基配列（バージョン２）に基づいて決定される領域である。
【００１６】
また、本発明及び本願明細書において、「イネ品種日本晴の染色体のＸ番目の塩基からＹ番目の塩基までの領域に相当する領域」とは、イネ個体の染色体中のイネ品種日本晴の染色体中の当該領域と相同性の高い領域であり、イネ品種日本晴の公知のゲノムＤＮＡと当該イネ個体のゲノムＤＮＡの塩基配列を、最もホモロジーが高くなるようにアラインメントすることにより決定することができる。また、イネ品種日本晴以外のイネ個体中の「イネ品種日本晴のＳＮＰ（Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ、一遺伝子多型）に相当するＳＮＰ」は、当該ＳＮＰを含む領域において、イネ品種日本晴の公知のゲノムＤＮＡと当該イネ個体のゲノムＤＮＡの塩基配列を、最もホモロジーが高くなるようにアラインメントした場合に、当該ＳＮＰに対応する位置にある塩基を意味する。
【００１７】
本発明において品種とは、同一種の植物であって、遺伝的構成が異なるために、ある形質において同種内の他品種から明確に識別し得る集団を意味する。また、イネ品種日本晴及びイネ品種コシヒカリの遺伝子情報等は、例えば、国際的な塩基配列データベースであるＮＣＢＩ（Ｎａｔｉｏｎａｌ ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）やＤＤＢＪ（ＤＮＡ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ ｏｆ Ｊａｐａｎ）等において入手することができる。特にイネの各品種の遺伝子情報は、ＫＯＭＥ(Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ−ｂａｓｅｄ Ｏｒｙｚａ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ、ｈｔｔｐ：／／ｃｄｎａ０１．ｄｎａ．ａｆｆｒｃ．ｇｏ．ｊｐ／ｃＤＮＡ／）等において入手することができる。
【００１８】
本発明及び本願明細書において、ＤＮＡマーカーとは、種や品種が異なる生物由来の染色体断片同士を識別し得る染色体上のＤＮＡ配列の差異を検出し得るものである。具体的には、ＳＮＰである。
【００１９】
ＤＮＡマーカーによる、ある品種由来アレルとその他の種又は品種由来アレルとの識別は、常法により行うことができる。例えば、各個体から抽出したＤＮＡを鋳型とし、特定のＳＮＰやＳＳＲと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等を用いてＰＣＲを行い、電気泳動法等を用いてＰＣＲ産物の有無を検出し、各多型を識別することができる。また、各個体から抽出したＤＮＡを制限酵素処理した後、電気泳動法等を用いてＤＮＡ断片のパターンを検出し、各多型を識別することができる。なお、特定のＳＮＰと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等は、該ＳＮＰの塩基配列に応じて、汎用されているプライマー設計ツール等を用いて常法により設計することができる。また、設計されたプライマー等は、当該技術分野においてよく知られている方法のいずれを用いても合成することができる。
なお、これらのＤＮＡマーカーによる、ある品種由来アレルとその他の種又は品種由来アレルとの識別は、常法により行うことができる。例えば、各個体から抽出したＤＮＡを鋳型とし、特定のＳＮＰやＳＳＲと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等を用いてＰＣＲを行い、電気泳動法等を用いてＰＣＲ産物の有無を検出し、各多型を識別することができる。また、各個体から抽出したＤＮＡを制限酵素処理した後、電気泳動法等を用いてＤＮＡ断片のパターンを検出し、各多型を識別することができる。なお、特定のＳＮＰと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等は、該ＳＮＰの塩基配列に応じて、汎用されているプライマー設計ツール等を用いて常法により設計することができる。また、設計されたプライマー等は、当該技術分野においてよく知られている方法のいずれを用いても合成することができる。
【００２０】
＜ＤＮＡマーカー＞
本発明者らは、まず、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片とイネ品種コシヒカリ由来の染色体断片とを識別するために、イネ品種日本晴のゲノムの塩基配列に基づいて、第１〜第１２染色体の全染色体領域において、イネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマの間で多型を示すＳＮＰからなる１４２のＤＮＡマーカーを作製した。ＤＮＡマーカー間の距離は、平均２．７５Ｍｂであった。各ＤＮＡマーカーの位置を、表１〜４に示す。各表の染色体中の位置情報は、イネ品種日本晴のゲノム中の相当するＳＮＰの位置である。なお、オリザ・グラベリマの遺伝子解析はほとんど行われておらず、これらの１４２のＤＮＡマーカーは、本発明者らによって初めて見出されたものである。
【００２１】
【表１】
【００２２】
【表２】
【００２３】
【表３】
【００２４】
【表４】
【００２５】
表１〜４に記載のＤＮＡマーカーは、染色体中にイネ品種コシヒカリ由来の染色体断片とオリザ・グラベリマ由来の染色体断片の両方が含まれているイネ個体のジェノタイピング（遺伝子型の同定）に特に好適に用いられる。イネ個体のジェノタイピングにおいて、表１〜４に記載のＤＮＡマーカーの遺伝子型をタイピングすることによって、得られたタイピング結果から、当該イネ個体の染色体中に、イネ品種コシヒカリ由来の染色体断片又はオリザ・グラベリマ由来の染色体断片の有無や、当該断片が存在する染色体中の位置等を調べることができる。
【００２６】
＜染色体部分置換系統（ＣＳＳＬ）及びゲノムライブラリー＞
本発明のゲノムライブラリーは、イネ品種コシヒカリの染色体が、部分的にオリザ・グラベリマの染色体断片で置換された３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）のＣＳＳＬｓを有する。本発明のゲノムライブラリー中のＣＳＳＬがそれぞれ含有するオリザ・グラベリマ由来の染色体断片は、互いに連続的又はオーバーラップしており、３４系統全てを合わせるとオリザ・グラベリマの全ゲノムの９０％以上が保持されている。
【００２７】
本発明のゲノムライブラリーを構成するＣＳＳＬは、１セットとして使用することができ、それぞれ単独で使用してもよい。これらのＣＳＳＬは、イネの粒特性や他の有用な農業的特徴を調節するＱＴＬの検出に特に有用である。また、検出されたＱＴＬを利用することにより、育種の幅が広がることも期待できる。例えば、検出されたＱＴＬのピラミティングにより、新規な品種を容易に育種することが可能になる。さらに、本発明のゲノムライブラリーを構成する各ＣＳＳＬは、染色体中のオリザ・グラベリマ由来の染色体断片の位置が、前記の１４２のＤＮＡマーカーによって明らかであるため、育種の材料としても好適である。
【００２８】
図１に、本発明のゲノムライブラリーを構成する３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）のゲノムを模式的に示す。図１の各染色体中、白抜き部分はイネ品種コシヒカリのホモ接合型の染色体領域を、黒塗部分はオリザ・グラベリマのホモ接合型の染色体領域を、ハッチング部分はイネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマのヘテロ接合型の染色体領域を、それぞれ表す。
【００２９】
オリザ・グラベリマの第１染色体及び第２染色体の染色体断片は、それぞれ５のＣＳＳＬに置き換えられており、第３染色体〜第１２染色体の染色体断片は２又は３のＣＳＳＬに置き換えられていた。ドナーゲノム（オリザ・グラベリマのゲノム）のうちのおよそ６％は、３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）（以下、ＧＬＳＬセット、ということがある。）のいずれにおいても、イネ品種コシヒカリの相当する領域に置換されなかった。この置換されなかった領域は、図１各染色体において、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４のいずれにおいても黒塗部分が存在していない、小さなギャップとして示される。これらのギャップは、具体的には、以下の６部分領域である；第１染色体中のＳＰ−１８５を含み、かつＳＰ−２０７７及びＳＰ−１９２を含まない部分領域；第２染色体中のＳＰ−１４４４及びＳＰ−１４５０を含み、かつＳＰ−２９４１及びＳＰ−１４５９を含まない部分領域；第２染色体中のＳＰ−１４７１よりも下流の、ＳＰ−３５７１を含む末端部分領域；第３染色体中のＳＰ−３４８よりも下流の、ＳＰ−３６２を含む末端部分領域；第７染色体中のＳＰ−７４１を含み、かつＳＰ−２５４５及びＳＰ−４１５２を含まない部分領域；第１２染色体中のＳＰ−３７４７を含み、かつＳＰ−２６８７及びＳＰ−２６９７を含まない部分領域。
【００３０】
また、ＧＬＳＬセットのうちの３３系統は、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片がホモ置換されている（ホモ接合型で置換されている）が、第１２染色体に置換が生じているＧＬＳＬ−３３のみは、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片がヘテロ（ヘテロ接合型で）置換されている。ＧＬＳＬ−３３中のオリザ・グラベリマ由来の染色体断片の長さは約１７．５Ｍｂであり、当該染色体断片の両脇にはＤＮＡマーカーＳＰ−５１５１及びＳＰ−２６８７が存在する。
【００３１】
ＧＬＳＬ−１は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基（ＳＰ−２０７７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基（ＳＰ−１８５の−１塩基（１塩基上流の塩基））までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目の塩基（ＳＰ−１９２）から２０，３６６，９６１番目の塩基（ＳＰ−２０１６）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１６番目の塩基（ＳＰ−１８５の＋１塩基（１塩基下流の塩基））から１１，０２６，０１１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目の塩基から２４，４１２，９８０番目の塩基（ＳＰ−１２１７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目の塩基（ＳＰ−１２０８）から３１，３７１，１７５番目の塩基（ＳＰ−２６２）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８２番目の塩基（ＳＰ−２４３０の＋１塩基）から１７，８０３，７４１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目の塩基から３５，５９８，４７１番目の塩基（ＳＰ−１２４４の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−４は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目の塩基（ＳＰ−２４７８）から３５，５９８，４７２番目の塩基（ＳＰ−１２４４）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８２番目の塩基（ＳＰ−１２１７の＋１塩基）から２５，９７９，４７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から３９，６７７，０１３番目の塩基（ＳＰ−２０５６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−５は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基（ＳＰ−１２４４）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７６番目の塩基（ＳＰ−２６２の＋１塩基）から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３２】
ＧＬＳＬ−６は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の上流末端から３，９２２，５７１番目の塩基（ＳＰ−１３８７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から７，０３０，８９６番目の塩基（ＳＰ−１３９８の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−７は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基（ＳＰ−１３８７）から１４，６５５，６３８番目の塩基（ＳＰ−１４１３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３５番目の塩基（ＳＰ−６の＋１塩基）から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目の塩基から１８，７６５，９８３番目の塩基（ＳＰ−２４９５の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−８は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目の塩基（ＳＰ−１４０６）から２２，０８６，３４８番目の塩基（ＳＰ−９５４）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８５番目の塩基（ＳＰ−２９の＋１塩基）から１１，１６５，９３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目の塩基から２５，２６３，２５２番目の塩基（ＳＰ−２９４１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−９は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目の塩基（ＳＰ−２４９５）から２５，２６３，２５３番目の塩基（ＳＰ−２９４１）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３９番目の塩基（ＳＰ−１４１３の＋１塩基）から１８，７６５，９８４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目の塩基から２７，９１９，９０２番目の塩基（ＳＰ−１４４４の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１０は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目の塩基（ＳＰ−１４５９）から３３，１８９，２６４番目の塩基（ＳＰ−１４７１）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５８番目の塩基（ＳＰ−１４５０の＋１塩基）から３０，８６０，９８６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目の塩基から３５，２６７，２１８番目の塩基（ＳＰ−３５７１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３３】
ＧＬＳＬ−１１は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の上流末端から１１，０７３，６２３番目の塩基（ＳＰ−１３２３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から１４，３１１，０６９番目の塩基（ＳＰ−１３３４の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統ＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１２は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基（ＳＰ−１３２３）から３３，６４０，１１５番目の塩基（ＳＰ−３４８）までを 含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２９番目の塩基（ＳＰ−１３０８の＋１塩基）から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目の塩基から３５，９４５，０１０番目の塩基（ＳＰ−３６２の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１３は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の上流末端から２２，１２５，２９３番目の塩基（ＳＰ−３９２）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目の塩基から２５，８７７，１４０番目の塩基（ＳＰ−４０２の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１４は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目の塩基（ＳＰ−３８６）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６３番目の塩基（ＳＰ−３２５０の＋１塩基）から１９，６５０，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している
【００３４】
ＧＬＳＬ−１５は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の上流末端から５，３４６，４７６番目の塩基（ＳＰ−５１７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目の塩基から７，３０５，９５５番目の塩基（ＳＰ−１５２６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１６は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目の塩基（ＳＰ−５０５）から２１，０２３，５５１番目の塩基（ＳＰ−５４７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３１番目の塩基（ＳＰ−４９５の＋１塩基）から３，１７３，１３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から２４，５２０，２６８番目の塩基（ＳＰ−１５６１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１７は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基（ＳＰ−５４７）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１５番目の塩基（ＳＰ−１５４６の＋１塩基）から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１８は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の上流末端から２，１８６，４５６番目の塩基（ＳＰ−２５０３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から５，９０４，２２３番目の塩基（ＳＰ−１５９６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１９は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基（ＳＰ−２５０３）から２２，９０７，１５１番目の塩基（ＳＰ−１６１３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５９番目の塩基（ＳＰ−５９０の＋１塩基）から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から２５，７１１，５１４番目の塩基（ＳＰ−３０２６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２０は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基（ＳＰ−１６１３）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２３番目の塩基（ＳＰ−３０２２の＋１塩基）から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３５】
ＧＬＳＬ−２１は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の上流末端から６，８４３，６９６番目の塩基（ＳＰ−１６４８）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目の塩基から１０，１３０，０３１番目の塩基（ＳＰ−３０６６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２２は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目の塩基（ＳＰ−２３１５）から１８，５７１，９５９番目の塩基（ＳＰ−１６６２）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６５番目の塩基（ＳＰ−６７６の＋１塩基）から１，７４５，４５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目の塩基から２１，９４２，０７５番目の塩基（ＳＰ−３０９５の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２３は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目の塩基（ＳＰ−３０９５）から２４，５１６，００６番目の塩基（ＳＰ−２５４５）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第１の染色体断片にホモ置換されており、当該第７染色体の２８，８４７，２２６番目の塩基（ＳＰ−４１５２）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第２の染色体断片にホモ置換されており、かつ前記第１の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９６０番目の塩基（ＳＰ−１６６２の＋１塩基）から２１，９４２，０７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第１の染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目の塩基から２５，４９０，０５２番目の塩基（ＳＰ−７４１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第２の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５４番目の塩基（ＳＰ−７４１の＋１塩基）から２８，８４７，２２６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２４は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の上流末端から８，０９４，５８２番目の塩基（ＳＰ−７９５）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１０，５７２，００８番目の塩基（ＳＰ−１７０７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２５は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基（ＳＰ−７９５）から１９，９０３，９０５番目の塩基（ＳＰ−３１９９）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５６番目の塩基（ＳＰ−３５９８の＋１塩基）から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目の塩基から２３，０４７，４６６番目の塩基（ＳＰ−２４０７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２６は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目の塩基（ＳＰ−８０９）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４１番目の塩基（ＳＰ−８０６の＋１塩基）から１８，１１４，３２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３６】
ＧＬＳＬ−２７は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の上流末端から１３，２５４，００３番目の塩基（ＳＰ−２１８０）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から１５，０６３，８２４番目の塩基（ＳＰ−１７４７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２８は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基（ＳＰ−２１８０）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５６番目の塩基（ＳＰ−８７５の＋１塩基）から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２９は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の上流末端から１４，１４２，２９９番目の塩基（ＳＰ−９６６）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から１７，５５５，１５８番目の塩基（ＳＰ−９８１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３０は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基（ＳＰ−９６６）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３９番目の塩基（ＳＰ−３３５７の＋１塩基）から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３７】
ＧＬＳＬ−３１は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の上流末端から２１，８９６，７７３番目の塩基（ＳＰ−１０７３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から２５，１４９，２４３番目の塩基（ＳＰ−２６７８の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３２は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基（ＳＰ−１０７３）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０６番目の塩基（ＳＰ−１０６２の＋１塩基）から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３３は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の上流末端から１４，６８９，８８３番目の塩基（ＳＰ−２６８７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にヘテロ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目の塩基から１７，４９９，９３４番目の塩基（ＳＰ−３７４７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３４は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目の塩基（ＳＰ−２６９７）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３６番目の塩基（ＳＰ−３７４７の＋１塩基）から２１，２５７，９７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３８】
ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４は、後記実施例に記載の方法で作出することができるが、その他、公知のいずれの手法により作成したものであってもよい。例えば、イネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマを交配し、得られた後代個体に対して自家交配又は戻し交配を繰返し、得られた後代個体をジェノタイピングし、その結果に基づいて、染色体中の所望の領域のみがオリザ・グラベリマ由来の染色体領域であり、その他がイネ品種コシヒカリ由来の染色体で構成されているイネ個体を選抜することにより、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４を作出することができる。選抜に用いるＤＮＡマーカーは、表１〜４に記載されているものを用いてもよく、その他のＤＮＡマーカーを用いてもよい。
【００３９】
例えば、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基までを含む領域に相当する領域（当該領域の下流端は、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している。）のみがオリザ・グラベリマ由来の染色体断片にホモ置換されているイネ個体ＧＬＳＬ−１は、図１中のＧＬＳＬ−１の染色体中で黒塗部分に存在するＳＮＰ（ＳＰ−１１７７、ＳＰ−１５５、ＳＰ−２０７７）が両アレルともにオリザ・グラベリマタイプであり、白抜部分に存在するその他のＳＮＰが両アレルともイネ品種コシヒカリタイプであるイネ個体を選抜することにより得られる。
【００４０】
同様に、ＧＬＳＬ−２〜ＧＬＳＬ−３２及びＧＬＳＬ−３４も、図１中の各染色体中で黒塗部分に存在するＳＮＰが両アレルともにオリザ・グラベリマタイプであり、白抜部分に存在するその他のＳＮＰが両アレルともにイネ品種コシヒカリタイプであるイネ個体を選抜することにより得られる。また、ＧＬＳＬ−３３は、図１中の染色体中でハッチング部分に存在するＳＮＰが、一方のアレルがオリザ・グラベリマタイプ、他方のアレルがイネ品種コシヒカリタイプであり、白抜部分に存在するその他のＳＮＰが両アレルともにイネ品種コシヒカリタイプであるイネ個体を選抜することにより得られる。各染色体中の黒塗部分（又はハッチング部分）に存在するＳＮＰを、表５に示す。
【００４１】
【表５】
【００４２】
ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４は、イネ品種コシヒカリと同様の手法により、栽培し、自家交配や人工交配により米を収穫することができる。また、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４及びその後代個体は、イネ品種コシヒカリと同様に、新品種育成の親個体とすることができる。例えば、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４中の互いに異なるＣＳＳＬ同士を交配したり、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４の各個体と別の品種の個体とを交配することによって、後代個体を得ることができる。さらに、得られた後代個体を、自殖したり、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４の個体と戻し交配することにより、新品種の育種を試みることもできる。
【００４３】
また、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４は、公知の染色体部分置換系統と同様に、新品種育成のための材料として用いることができる。ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４を材料とした場合の新品種の育種方法としては、例えば、特許文献１等に記載の新品種の製造方法等が挙げられる。
【００４４】
鑑別対象であるイネ個体に対して、表１〜４に記載のＤＮＡマーカーの１又は２以上についてジェノタイピングし、得られたタイピング結果に基づき、当該イネ個体が、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４のいずれかであるかを鑑別することができる。表１〜４に記載の１４２種類全てのＤＮＡマーカーを用いることによって、確実に鑑別することができる。また、１４２種類全てのＤＮＡマーカーを用いずに鑑別してもよい。全てのＤＮＡマーカーを用いない場合には、鑑別に用いるＤＮＡマーカーは、表５に記載のＤＮＡマーカーを用いることが好ましく、図１の黒塗部分（又はハッチング部分）と白抜き部分との境界付近のものであることがより好ましい。
【００４５】
例えば、あるイネ個体がＧＬＳＬ−２であるか否かは、黒塗部分中の白抜き部分との境界に近いＳＰ−１９２及びＳＰ−２０１６、並びに白抜き部分中の黒塗部分との境界に近いＳＰ−１８５及びＳＰ−１２１７について遺伝子型をタイピングする。得られたタイピング結果が、ＳＰ−１９２及びＳＰ−２０１６が両アレルともにオリザ・グラベリマタイプであり、ＳＰ−１８５及びＳＰ−１２１７が両アレルともにイネ品種コシヒカリタイプであった場合には、当該イネ個体はＧＬＳＬ−２であり、それ以外のタイピング結果の場合には、当該イネ個体はＧＬＳＬ−２ではない、と鑑別できる。その他のＣＳＳＬについても同様にして鑑別することができる。
【実施例】
【００４６】
次に実施例を示して本発明をさらに詳細に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
【００４７】
［実施例１］
＜ゲノムライブラリーの製造＞
優秀なジャポニカイネ栽培種であるイネ品種コシヒカリを反復親（種子親）とし、アフリカ型品種オリザ・グラベリマをドナー親（花粉親）として、交配することによって、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４を作出した。また、以下の実施例において、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４を纏めて「ＧＬＳＬｓ」といい、個々のＣＳＳＬをＧＬＳＬということがある。
【００４８】
具体的には、まず、イネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマを交配し、得られたＦ１交雑種を反復親イネ品種コシヒカリと戻し交配してＢＣ１Ｆ１世代（５４個体）を得、続く反復親との連続戻し交配により、ＢＣ２Ｆ１世代（５４系統の個体）、ＢＣ３Ｆ１世代（１５５系統の個体）、ＢＣ４Ｆ１世代（１５５系統の個体）、ＢＣ５Ｆ１世代（１１２系統の個体）を得た。
次いで、１３系統のＢＣ３Ｆ１世代、１５５系統のＢＣ４Ｆ１世代、及び１１２系統のＢＣ５Ｆ１世代から、それぞれ１０個体ずつ育成し、表１〜４に記載の１４２種のＳＮＰを、ＡｃｙｃｌｏＰｒｉｍｅ−ＦＤ検出システムと蛍光ポラライゼーションアナライザー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ社製）によってジェノタイピングした。タイピング結果に基づいて、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片を２以上含むＧＬＳＬの候補個体として、ＢＣ３Ｆ１世代から２個体、ＢＣ４Ｆ１世代から１７個体、ＢＣ５Ｆ１世代から５個体を選抜した。さらにこれらの選抜した個体を戻し交配し、それぞれＢＣ４Ｆ１世代、ＢＣ５Ｆ１世代、又はＢＣ６Ｆ１世代を得た。
これらの集団のうち、未だオリザ・グラベリマ由来の染色体断片を２以上含んでいたＧＬＳＬの候補個体に対して、反復親との戻し交配を行い、それぞれＢＣ５Ｆ１世代、ＢＣ６Ｆ１世代、又はＢＣ７Ｆ１世代を得た。戻し交配により得られたＧＬＳＬの候補個体を自殖し、ドナーゲノム（オリザ・グラベリマ）由来の染色体部分置換を固定した。
以上の工程により、本発明のゲノムライブラリーを構成するＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４が作出された。
このＧＬＳＬの作出工程の概要を、図２に模式的に示した。図２中、括弧内の数値は、各戻し交配世代によって得られた系統数を示し、円で囲まれた数値は、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片を２以上含んでいるＧＬＳＬの候補個体の数を示す。四角で囲まれた数値は、１又は２のオリザ・グラベリマ由来の染色体断片を含んでいるＧＬＳＬの候補個体の数を示し、角括弧内の数値は、先行する戻し交配世代から得られたＧＬＳＬの総数を示す。
【００４９】
［実施例２］
実施例１で作出されたＧＬＳＬｓについて、収量性、草型、成熟性、籾外観に関する１０形質の有用農業形質の評価を行い、ＱＴＬを検出した。ＧＬＳＬｓは、コシヒカリの遺伝的背景をもち、染色体の一部のみがアフリカ型品種オリザ・グラベリマ由来の染色体断片に置換されているため、これらを用いることにより、遺伝的背景を揃えた条件でのＱＴＬの検出を試みた。
【００５０】
＜ＧＬＳＬｓの形質測定＞
まず、ＧＬＳＬｓの様々な農業形質の表現型の観察を、２００７年夏、千葉県木更津市研究ほ場にて行った。各ＧＬＳＬから２４の苗を、対照とするイネ品種コシヒカリの苗と共に、ほ場の栽培区画に２条植えし、成熟するまで育てた。苗は、最初温室で栽培し、播種から３０日後に、栽培区画に移植した。定植幅は株間２０cm、条間３０cmで行った。
成熟後、各ＧＬＳＬ及びイネ品種コシヒカリの、それぞれの栽培区画から予め定められた５個体（第１列の３〜７番目の株）を個別に収穫し、籾長（Ｇｒａｉｎ ｌｅｎｇｔｈ）、籾幅（Ｇｒａｉｎ ｗｉｄｔｈ）、籾厚（Ｇｒａｉｎ ｔｈｉｃｋｎｅｓｓ）、一穂当たりの籾数（Ｇｒａｉｎ ｎｕｍｂｅｒ／ｐａｎｉｃｌｅ）、籾の１００粒重（１００−ｇｒａｉｎ ｗｅｉｇｈｔ）を含む、籾外観形質を調べた。これらの個体について、さらに、稈長（Ｃｕｌｍ ｌｅｎｇｔｈ）、穂長（Ｐａｎｉｃｌｅ ｌｅｎｇｔｈ）、一穂当たりの枝こう数（Ｎｏ． ｏｆ ｐｒｉｍａｒｙ ｂｒａｎｃｈｅｓ／ｐａｎｉｃｌｅ）、及び種子稔性（Ｆｅｒｔｉｌｉｔｙ）といったその他の農業形質についても調べた。各ＧＬＳＬの出穂日数（Ｈｅａｄｉｎｇ ｄａｔｅ）は、種子の播種から各系統の５０％の個体が実際に出穂した日までの日数とした。籾の１００粒重は、少なくとも２ヶ月間温室内で風乾させた種子を用いて決定した。
ＧＬＳＬｓについての籾外観形質の測定結果を、その他の重要な農業形質の結果と共に表６及び７に示した。
【００５１】
【表６】
【００５２】
【表７】
【００５３】
＜ＧＬＳＬｓの形質評価及びＱＴＬ検出＞
一元配置分散分析、及び９５％信頼区画（Ｐ＜０．０５）によるダネットの多重比較テストを使う比較手法により、ＧＬＳＬｓにおける推定ＱＴＬの同定を行った。ある形質の
算出された平均値が、いずれかのＧＬＳＬにおいて、イネ品種コシヒカリよりも明らかに相違した場合には、当該ＧＬＳＬが含有しているオリザ・グラベリマ由来の染色体断片にＱＴＬが存在していると判断された。
【００５４】
（籾外観形質）
籾長に対する推定ＱＴＬは、オリザ・グラベリマの第１、３、４、及び８染色体由来の置換染色体断片を有する８つのＧＬＳＬに検出された。これらのＧＬＳＬのうち７系統（ＧＬＳＬ−３、１１、１２、１３、２４、２５、２６）は、籾長が４〜１４％ほど、イネ品種コシヒカリよりも有意に長くなっていたが、残る１系統（ＧＬＳＬ−２）は、当該形質に対して負の効果を示すＱＴＬを有していた。つまり、籾長に対し正の効果を示す推定ＱＴＬと、籾長に対し負の効果を示す推定ＱＴＬの両方が、第１染色体に存在していた。
【００５５】
２０のＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−１、４、５、１１、１２、１３、１４、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、３０、３１、３２、３３）が、イネ品種コシヒカリ（平均籾幅：３．２１ｍｍ）と比べてより幅の大きい籾を産生した。これらの系統は、オリザ・グラベリマの第１、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、及び１２染色体由来の断片で置換されており、イネ品種コシヒカリよりも４〜１０％も籾幅が有意に増大していた。これに対して、オリザ・グラベリマの第５及び６染色体由来の断片で置換された２系統（ＧＬＳＬ−１７、１８）では、イネ品種コシヒカリよりも７〜８％も籾幅が有意に減少していた。
【００５６】
籾厚は、オリザ・グラベリマの第１、７、及び８染色体由来の断片で置換された４つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−４、２２、２５、２６）では３〜４％も有意に増大していたが、オリザ・グラベリマの第１、５、６、及び７染色体由来の断片で置換された５つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−２、１６、１７、１８，２１）では３〜５％も有意に減少していた。
【００５７】
一穂当たりの籾粒数に対する推定ＱＴＬは、イネ品種コシヒカリに比べて平均値が有意に高い８のＧＬＳＬにおいて検出された。一穂当たりの籾粒数における２６〜８０％の増大が、これらのオリザ・グラベリマの第１、２、及び７染色体由来の断片で置換された系統（ＧＬＳＬ−１、２、３、６、７、８、２１、２２）において記録された。一方で、当該形質に対して負の効果を示す２つの推定ＱＴＬが、オリザ・グラベリマの第５及び８染色体由来の断片で置換された系統（ＧＬＳＬ−１６、２５）において観察された。
【００５８】
３つの系統（ＧＬＳＬ−４、２５、３１）が、イネ品種コシヒカリ（平均１００粒重：２．２３ｇ）と比べてより籾の１００粒重が有意に高い値を示した。これらの系統は、オリザ・グラベリマの第１、８、及び１１染色体由来の断片で置換されており、イネ品種コシヒカリよりも１１〜１５％も１００粒重が有意に増大していた。しかしながら、オリザ・グラベリマの第１、５及び１０染色体由来の断片で置換された４系統（ＧＬＳＬ−２、１６、１７、２９）では、当該形質に対して負の効果が観察され、イネ品種コシヒカリよりも７〜１２％程度も減少していた。
【００５９】
（その他の農業形質）
稈長が有意に低くなることに対する推定ＱＴＬは、オリザ・グラベリマの第１、２、４、５、６、８、９、１０、１１、及び１２染色体由来の断片で置換された２０のＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−１、６、７、８、９、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２４、２５、２７、２８、２９、３０、３１、３３）において同定された。これらのＧＬＳＬの稈長は、イネ品種コシヒカリ（平均稈長：９５．７２ｃｍ）に比べて１０〜２７％短かった。
【００６０】
イネ品種コシヒカリの平均出穂期は、播種から９３．２０日であったが、９つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−３、１１、１２、１３、２１、２３、２４、２５、３１）は、イネ品種コシヒカリに比べて有意に出穂期が遅かった。オリザ・グラベリマの第１、３、４、５、及び８染色体から挿入された断片中にある推定ＱＴＬが、イネ品種コシヒカリの出穂期を４．６〜１８．２日遅らせていた。
【００６１】
穂長に対する推定ＱＴＬが、イネ品種コシヒカリと比べて穂長の平均値が有意に長い８つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−２、３、４、６、７、８、１１、２２）において検出された。これらの系統は、オリザ・グラベリマの第１、２、３、及び７染色体由来の断片が挿入されており、穂長が１５〜２４％増加することが記録された。しかしながら、オリザ・グラベリマの第５染色体由来の断片が挿入された１系統（ＧＬＳＬ−１６）は、イネ品種コシヒカリよりも穂長が有意に減少（１３％）したことが記録された。
【００６２】
穂における枝こう数については、推定ＱＴＬが、オリザ・グラベリマの第１、２、３、及び７染色体由来の断片で置換された５つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−２、７、１１、１２、２２）において検出された。これらのＧＬＳＬは、イネ品種コシヒカリ（一穂当たりの平均枝こう数：１０．４０）に比べて、一穂当たりの枝こう数が２５〜３６％増大していた。
【００６３】
種子稔性については、２３〜８４％の範囲内の有意な減少が観察されたのは６系統（ＧＬＳＬ−１２、１７、１８、２１、２９、３１）であったが、２系統（ＧＬＳＬ−２、１９）を除く全てのＧＬＳＬが、イネ品種コシヒカリに比べてより低い種子稔性を示した。
【００６４】
（ＧＬＳＬｓにおいて観察されたその他の形質）
幾つかのＧＬＳＬにおいて明らかに現れていた他の形質についても、同定した。これらの形質は、表現型上測定してＱＴＬ解析に影響するものではないが、明らかに主要な遺伝子、又はＧＬＳＬｓに挿入されたオリザ・グラベリマ由来の染色体断片に存在するＱＴＬと関連している可能性がある。例えば、オリザ・グラベリマの第５染色体のおよそ３．１５Ｍｂを含むＧＬＳＬ−１５では、無毛の葉が観察された。無毛の葉を制御する遺伝子は、イネ品種コシヒカリの準同質遺伝子系統を用いることによって、当該染色体断片からより狭い領域にマッピングされ、続いてクローニングされる。その他の同定された形質としては、ＧＬＳＬ−１３及び１５において長い芒が観察された。ＧＬＳＬ−１３及び１５は、それぞれ、オリザ・グラベリマの第４及び８染色体由来の断片を含んでいた。
【００６５】
農業的特長に対する推定ＱＴＬの染色体上の位置を、表８に示す。表８中、「ＧＬ」は籾長を、「ＧＷ」は籾幅を、「ＧＴ」は籾厚を、「ＧＮ」は一穂当たりの籾数を、「ＧＷｅ」は籾の１００粒重を、「ＣＬ」は稈長を、「ＰＬ」は穂長を、「ＰＢ」は一穂当たりの枝こう数を、「Ｆ」は種子稔性を、「ＨＤ」は出穂日数を、それぞれ意味する。
【００６６】
【表８】
【００６７】
（総括）
ＧＬＳＬｓから、１２本の染色体中に分散している全１０５の推定ＱＴＬが同定された。調査された全ての形質は、これらのＱＴＬのうちの５又はそれ以上によって調節されていることがわかった。１の形質の調節に関わる複数のＱＴＬは、同一の染色体上の２〜３部位にある場合もあり、複数の染色体中に分散された位置にある場合もあった。これらのＱＴＬは、染色体の他の部位のみならず、環境とも影響しあう。イネの多くの重要な農業形質は、２〜３のＱＴＬによって調節されているという報告がある。
同定されたＱＴＬは、観察した農業形質に対して正又は負の影響を示した。オリザ・グラベリマの保持する１０５個のＱＴＬのうち、８４個のＱＴＬはイネ品種コシヒカリに対し正の効果を示し、２１個のＱＴＬはイネ品種コシヒカリに対し負の効果を示した。正の効果を示した８４個のＱＴＬのうち、５５個は籾収量に関係する形質に影響しており、２０個は植物高さに、９個は成熟期に、それぞれ影響していた。これらの結果から、オリザ・グラベリマ由来の染色体が、現存するイネ品種の収量や草型に関する形質を改良するために有用であることが示唆された。
【００６８】
籾長、籾幅、籾厚、出穂期、穂における枝こう数に対するＱＴＬは、オリザ・グラベリマの第３染色体をカバーする２ＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−１１、１２）において検出された。これらの２系統において導入された染色体断片は、およそ１１と２８Ｍｂであり、７Ｍｂオーバーラップしていた。
イネの育種に対する有用性の点からは、第１染色体に位置しており、２つのＧＬＳＬにおいて同定された２個のＱＴＬが、前途有望と考えられる。両ＱＴＬともに一穂当たりの籾粒数を強くコントロールすることが示され、穂長と籾幅に対して多面的な効果も示していた。これとは別に、この２つのＱＴＬは、２つのＧＬＳＬにおいて、イネ品種コシヒカリと比べて７０％以上も一穂当たりの籾粒数を増大させた。もしも、特に広い生態学的条件下でこれらの機能と発現が確認されたら、ＧＮ１Ａ（非特許文献４参照。）、ＡＰＯ１（非特許文献１６及び３５参照。）、及び最近報告されたＷＦＰ及びＩＰＡ１（非特許文献２６及び１８参照。）と同様に、これらのＱＴＬは、クローニングされ、より収量が改善されたイネ品種の育種に使用することができるだろう。
既に同定され報告されている幾つかのオリザ・グラベリマ由来のＱＴＬも、本実施例のＧＬＳＬｓにおいて同様に検出された。これは、新しく作出された本実施例のＧＬＳＬｓが、オリザ・グラベリマの全ゲノムを正確に含んでいることを示す。既に報告され、本実施例で確認されたＱＴＬには、不稔性に影響する４つの座（第３、６、７、及び１０染色体に位置する。）（非特許文献１０、３４、１５及び２２参照。）、及び第１染色体上にあり、出穂期に関係する１のＱＴＬ（非特許文献９参照。）が含まれていた。
【００６９】
本実施例で作出された３４のＧＬＳＬは、オリザ・グラベリマが有する大量の多様な遺伝子に対するアクセスを可能にし得る、価値のある遺伝資源であることについては疑いはない。これらＧＬＳＬｓからは、本実施例において同定された籾収量や草高、成熟性についてのＱＴＬの他にも、より多くの重要な農業形質を調節する遺伝子が発見されるであろう。アフリカ型イネは、最も厳しい環境下でも良好に成育することが知られており、生物的及び非生物的ストレスに対する有用な新規遺伝子を含んでいる可能性は高い。害虫及び病気に対する抵抗性についてのＧＬＳＬｓの評価については、問題のある土壌や極限環境条件が、これらの有用な遺伝子の同定を容易にするだろう。
【産業上の利用可能性】
【００７０】
本発明のゲノムライブラリー、及びこれを構成する各ＣＳＳＬは、有用農業形質を調節するＱＴＬの検出に特に好適に利用することができ、さらに検出されたＱＴＬのピラミティングが、シンクサイズ等の形質が改善された新品種育成にも利用することができるため、特に農業の分野において利用が可能である。
【技術分野】
【０００１】
本発明は、イネ品種コシヒカリの染色体の一部が、アフリカ栽培品種オリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統群からなるゲノムライブラリーに関する。
【背景技術】
【０００２】
オリザ・グラベリマ（Ｏｒｙｚａ ｇｌａｂｅｒｒｉｍａ Ｓｔｅｕｄ）は野生種のオリザ・バータイ（Ｏｒｙｚａ ｂａｒｔｈｉｉ）から栽培化された西アフリカに固有のイネの栽培品種である。より詳細には、オリザ・グラベリマは約３，５００年前に、西アフリカの中でも主にナイジェリアのリバーデルタの湿潤地帯で栽培化された後、紀元前１，０００年頃にギニアの海岸近くで第２の栽培化が起こったと考えられている。アジアのイネの栽培品種であるオリザ・サティバ（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）と比較すると、オリザ・グラベリマは、遺伝的に多様性が少なく（非特許文献７、３７、及び３１参照。）、栽培分布も狭く、地域起源を越えては広がっていない（非特許文献３０及び２１参照。）。これにもかかわらず、オリザ・グラベリマは、人の介入なしに過酷な西アフリカの環境で成長させる多くの新規遺伝子を潜在的に持っている（非特許文献２０参照。）。雑草競争、耐干性、低い成長投入量に対応する能力、不利な生態系への広い適合性はアフリカ型イネ固有の特徴である（非特許文献２９、６、２５、１３、１９、２０、及び８参照。）。このイネの品種はモザイク病（非特許文献２８、１、及び５参照。）、枯れ病（非特許文献３２、３０、及び１２参照。）、もん枯れ病（非特許文献１２及び３６参照。）、アフリカ小昆虫（非特許文献３６及び２０参照。）を含むいくつかの生物的ストレスにも耐性を持っている。
【０００３】
現在までに、アフリカ型イネでの重要な特徴に対するいくつかのＱＴＬ（量的形質座）が既に同定されている（非特許文献２４、２、及び２３参照。）。一般的にＦ１若しくはＦ２／Ｆ３系統、組換え近交系、倍加半数系、戻し交配が、これらの特徴の検出に使われている。しかしながら、Ｆ１系統の使用により成功する場合の多くは、主要な効果を持つＱＴＬを検出する場合のみである。表現型の効果が弱いＱＴＬと他の遺伝子との相互関係をもつエピスタシスは、これらの系統では容易に検出されない。興味深いＱＴＬの検出するのを成功させるためには、準同質系統をＱＴＬクローニングとマッピングのために開発する必要がある（非特許文献３３、１１、３９、及び４０参照。）。ＱＴＬ検出とマッピングは、多大労力と多くの時間を要するため、遺伝子クローニングのスタンダードなストラテジーとしてマップベースクローニングへの使用に限られている。
【０００４】
これらの課題に取り組むため、イネにおいても、染色体部分置換系統群の形で遺伝子資源が開発された（非特許文献３、１１、１７、及び１０参照。）。ＣＳＳＬｓは、ドナー系統を受容系統と交雑させ、Ｆ１及びＢＣｎＦ１を反復親に戻し交配することによって作出される。一般的には、野生イネ又は一般的な栽培品種がドナー系統となり、通常、優秀な系統が受容系統となる。これらの繰返し戻し交配及びその後の３〜４後代世代の育成によって得られた後代個体は、反復親の遺伝的背景中に、１又は２のホモ接合性のドナー系統の遺伝子型の染色体断片が含まれている。このように、ドナー系統の全ゲノムは、互いに連続的又はオーバーラップする（重なり部分がある）小さな染色体断片とし、これらが導入されている選択された系統群であらわされることができる（非特許文献１４及び３９参照。）。
【０００５】
遺伝的に多様なイネ品種と野生型イネ品種とからなる染色体部分置換系統（以下、ＣＳＳＬと略記することがある。）は、重要な農業形質を制御する新規な遺伝子の同定に有用な遺伝資源である。特に、ＣＳＳＬは、複合的、量的形質を解析のターゲットとする場合に有効である。ＣＳＳＬは、表現型と導入された染色体断片とが強い相関を有するため、個々の座の本当の表現型の影響をわかりにくくする表現型のノイズとして知られているＱＴＬ間の干渉の影響が、取り除かれるためである。ドナーゲノムの非常に短い、連続した又はオーバーラップする染色体断片を含む一連のＣＳＳＬからなる染色体置換系統群（以下、ＣＳＳＬｓと略記することがある。）セットは、均一の遺伝的背景を有するため、ＣＳＳＬｓセットを用いることにより、単純な統計分析を通じてＱＴＬを同定することができる（非特許文献２７及び１４参照。）。
【０００６】
一方で近年、ゲノム解析技術は格段の進歩を遂げ、作物の改良を、高精度かつ容易に行えるようになった。とりわけ、ＤＮＡマーカー技術の進捗は著しく、同技術によって、有用な形質を備える新品種を作製することができるようになった。また、ＤＮＡマーカーを利用して、これまでに同定された重要遺伝子の有用アレルを含む染色体領域を置換することにより、他の多くの形質に対してほとんど影響を及ぼさずに、目的形質を特異的に改良することが出来るようになった（例えば、特許文献１参照。）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】特許第４４０９６１０号公報
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】Abo, E. M., et al. (1998) J. Sustain. Agric. Vol.11: pp.85-111.
【非特許文献２】Aluko, G., C. et al. (2004) Theor. Appl. Genet. Vol.109: pp.630-639.
【非特許文献３】Ando, T., et al. (2008) Theor. Appl. Genet. Vol.116: pp.881-890.
【非特許文献４】Ashikari, M., et al. (2005) Science. Vol.309: pp.741-745.
【非特許文献５】Attere, C. and C. A. Fatokun (1983) Plant Divers. Vol.67: pp.420-421.
【非特許文献６】Baggie, I., et al. (2002) Int. Rice Res. Notes. Vol.27: pp.42.
【非特許文献７】Barry, M. B., et al. (2007) Euphytica Vol.154: pp.127-137.
【非特許文献８】Dingkuhn, M., et al. (1998) Field Crops Res. Vol.57: pp.57-69.
【非特許文献９】Doi, K., et al. (1998) Breed Science Vol.49: pp.395-399.
【非特許文献１０】Doi, K., et al. (1997) Rice Genet. Newsl. Vol.14: pp.39-41.
【非特許文献１１】Ebitani, T., et al. (2005). Breeding Science Vol.55: pp.65-73.
【非特許文献１２】Eizenga, G. C., et al. (2006) Crop Sci. Vol.46: pp.1870-1878.
【非特許文献１３】Fofana, B. and R. Rauber (2000) Weed Res. Vol.40: pp.271-280
【非特許文献１４】Gutierrez, A. G., et al. (2010) BMC Plant Biol. Vol.10: pp.6.
【非特許文献１５】Hu, F., et al. (2006) Euphytica Vol.151: pp.273-278.
【非特許文献１６】Ikeda, K., M. et al. (2007) Plant Journal Vol.51(6): pp.1030-1040.
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【非特許文献２０】Jones, M. P., et al. (1997) Breeding Science Vol.47: pp.395-398.
【非特許文献２１】Khush, G.S. (1997) Plant Mol. Biol. Vol.35: pp.25-34.
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【非特許文献２３】Li, J., et al. (2004) Genome Vol.47: pp.697-704.
【非特許文献２４】Lorieux, M., et al. (2000) Theor. Appl. Genet. Vol.100: pp.593-601.
【非特許文献２５】Maji, T., et al. (2001) Oryza Vol.38: pp.17-23.
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【非特許文献２７】Nadeau, J. H., et al. (2000) Nat. Genet. Vol.24: pp.221-225.
【非特許文献２８】Ndjiondjop, M. N., et al. (2001) Mol. Plant. Pathol. Vol.59: pp.309-316.
【非特許文献２９】Sahrawat, K. L. and M. Sitka (2002) Res. Notes Vol.27: pp.30-31.
【非特許文献３０】Sarla, N. and B. P. M Swamy (2005) Curr. Sci. Vol.89(6): pp.955-963.
【非特許文献３１】Second, G. (1986) The International Rice Research Institute, Los Banos, Laguna, Philippines. pp.27-39.
【非特許文献３２】Silue, D. and J. Notteghem (1991) Int. Rice Res. Notes Vol.16: pp.13-14.
【非特許文献３３】Takai, T., et al. (2007) Breed. Sci. Vol.57: pp.257-261.
【非特許文献３４】Taguchi, K. K. D. and A. Yoshimura (1999) Rice Genet. News. Vol.16: pp.70-71
【非特許文献３５】Terao, T., et al. (2010) Theor. Appl. Genet. 120(5): pp.875-893.
【非特許文献３６】Ukwungwu, M. N., et al. (1999) Journ. Food. Tech. Afr. Vol.4(3): pp.108-110.
【非特許文献３７】Wang, Z., et al. (1992) Theor. Appl. Genet. Vol.83: pp.565-581.
【非特許文献３８】Wasano, K. and Y. Hirota (1986) Bull. Fac. Agr. Saga Univ. Vol.60: pp.49-59.
【非特許文献３９】Yano, M. (2001) Curr. Opin. Plant Biol. Vol.4: pp.130-135.
【非特許文献４０】Yano, M. and T. Sasaki (1997) Plant Mol. Biol. Vol.35: pp.145-153.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
オリザ・グラベリマをはじめとする外国稲は、遺伝資源としての潜在能力に期待はあるものの、劣悪形質が多いため、これまでの育種事業では病害抵抗性のような主導遺伝子の利用にとどまっている。
【００１０】
本発明は、オリザ・サティバ育種のための遺伝資源として、オリザ・サティバの優秀な栽培種であるジャポニカ栽培種コシヒカリ（以下、イネ品種コシヒカリ）の遺伝的背景に、多くの新規遺伝子を潜在的に持つ可能性のあるオリザ・グラベリマの染色体断片を置換したイネ品種コシヒカリの染色体部分置換系統群を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
本発明者は、上記課題を解決すべく鋭意研究した結果、イネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマとを識別するための新規なＳＮＰからなるＤＮＡマーカーを開発し、これらのＤＮＡマーカーを利用して、イネ品種コシヒカリの遺伝的背景に、オリザ・グラベリマの染色体断片が置換された３４系統の染色体部分置換系統群を作出し、本発明を完成させた。
【００１２】
すなわち、本発明は、下記（１）〜（３４）の、イネ品種コシヒカリの染色体の一部がオリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統を有することを特徴とするゲノムライブラリーを提供するものである。
（１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目の塩基から２０，３６６，９６１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１６番目の塩基から１１，０２６，０１１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目の塩基から２４，４１２，９８０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目の塩基から３１，３７１，１７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８２番目の塩基から１７，８０３，７４１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目の塩基から３５，５９８，４７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８２番目の塩基から２５，９７９，４７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から３９，６７７，０１３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７６番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の上流末端から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から７，０３０，８９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から１４，６５５，６３８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３５番目の塩基から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目の塩基から１８，７６５，９８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目の塩基から２２，０８６，３４８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８５番目の塩基から１１，１６５，９３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目の塩基から２５，２６３，２５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目の塩基から２５，２６３，２５３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３９番目の塩基から１８，７６５，９８４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目の塩基から２７，９１９，９０２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目の塩基から３３，１８９，２６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５８番目の塩基から３０，８６０，９８６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目の塩基から３５，２６７，２１８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の上流末端から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から１４，３１１，０６９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から３３，６４０，１１５番目の塩基までを 含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２９番目の塩基から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目の塩基から３５，９４５，０１０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の上流末端から２２，１２５，２９３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目の塩基から２５，８７７，１４０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６３番目の塩基から１９，６５０，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の上流末端から５，３４６，４７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目の塩基から７，３０５，９５５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３１番目の塩基から３，１７３，１３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から２４，５２０，２６８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１５番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の上流末端から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から５，９０４，２２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５９番目の塩基から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から２５，７１１，５１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２３番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の上流末端から６，８４３，６９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目の塩基から１０，１３０，０３１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目の塩基から１８，５７１，９５９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６５番目の塩基から１，７４５，４５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目の塩基から２１，９４２，０７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目の塩基から２４，５１６，００６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第１の染色体断片にホモ置換されており、
当該第７染色体の２８，８４７，２２６番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第２の染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記第１の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９６０番目の塩基から２１，９４２，０７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第１の染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目の塩基から２５，４９０，０５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、
前記第２の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５４番目の塩基から２８，８４７，２２６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の上流末端から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１０，５７２，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１９，９０３，９０５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５６番目の塩基から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目の塩基から２３，０４７，４６６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４１番目の塩基から１８，１１４，３２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の上流末端から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から１５，０６３，８２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５６番目の塩基から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の上流末端から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から１７，５５５，１５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３９番目の塩基から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の上流末端から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から２５，１４９，２４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０６番目の塩基から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の上流末端から１４，６８９，８８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にヘテロ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目の塩基から１７，４９９，９３４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３６番目の塩基から２１，２５７，９７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統。
【発明の効果】
【００１３】
本発明のゲノムライブラリー、及びこれを構成する各染色体部分置換系統は、イネ品種コシヒカリの遺伝的背景に、従来、イネ品種コシヒカリの形質改善には利用されてこなかったオリザ・グラベリマの染色体断片が組み込まれている。このため、本発明のゲノムライブラリー、及びこれを構成する各染色体部分置換系統を用いることにより、オリザ・グラベリマが有する様々な遺伝子や形質を、遺伝的背景を揃えた条件で精度よく解析することができる。さらに、本発明のゲノムライブラリーは、オリザ・グラベリマが有している好ましい農業形質を制御するＱＴＬの検出や、当該形質の原因となる新規遺伝子の同定、新品種育成等に好適に利用することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１４】
【図１】本発明のゲノムライブラリーを構成する３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）のゲノムを模式的に示した図である。
【図２】本発明のゲノムライブラリーを構成する３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）の作出工程を模式的に示した図である。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
本発明及び本願明細書において「イネ品種日本晴の染色体のＸ番目の塩基からＹ番目の塩基までの領域」は、米国ゲノム研究所（ＴＩＧＲ）によるＲｉｃｅ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎｏｏｔａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅにおいて公開されているイネ品種日本晴のゲノムＤＮＡの塩基配列（バージョン２）に基づいて決定される領域である。
【００１６】
また、本発明及び本願明細書において、「イネ品種日本晴の染色体のＸ番目の塩基からＹ番目の塩基までの領域に相当する領域」とは、イネ個体の染色体中のイネ品種日本晴の染色体中の当該領域と相同性の高い領域であり、イネ品種日本晴の公知のゲノムＤＮＡと当該イネ個体のゲノムＤＮＡの塩基配列を、最もホモロジーが高くなるようにアラインメントすることにより決定することができる。また、イネ品種日本晴以外のイネ個体中の「イネ品種日本晴のＳＮＰ（Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ、一遺伝子多型）に相当するＳＮＰ」は、当該ＳＮＰを含む領域において、イネ品種日本晴の公知のゲノムＤＮＡと当該イネ個体のゲノムＤＮＡの塩基配列を、最もホモロジーが高くなるようにアラインメントした場合に、当該ＳＮＰに対応する位置にある塩基を意味する。
【００１７】
本発明において品種とは、同一種の植物であって、遺伝的構成が異なるために、ある形質において同種内の他品種から明確に識別し得る集団を意味する。また、イネ品種日本晴及びイネ品種コシヒカリの遺伝子情報等は、例えば、国際的な塩基配列データベースであるＮＣＢＩ（Ｎａｔｉｏｎａｌ ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）やＤＤＢＪ（ＤＮＡ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ ｏｆ Ｊａｐａｎ）等において入手することができる。特にイネの各品種の遺伝子情報は、ＫＯＭＥ(Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ−ｂａｓｅｄ Ｏｒｙｚａ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ、ｈｔｔｐ：／／ｃｄｎａ０１．ｄｎａ．ａｆｆｒｃ．ｇｏ．ｊｐ／ｃＤＮＡ／）等において入手することができる。
【００１８】
本発明及び本願明細書において、ＤＮＡマーカーとは、種や品種が異なる生物由来の染色体断片同士を識別し得る染色体上のＤＮＡ配列の差異を検出し得るものである。具体的には、ＳＮＰである。
【００１９】
ＤＮＡマーカーによる、ある品種由来アレルとその他の種又は品種由来アレルとの識別は、常法により行うことができる。例えば、各個体から抽出したＤＮＡを鋳型とし、特定のＳＮＰやＳＳＲと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等を用いてＰＣＲを行い、電気泳動法等を用いてＰＣＲ産物の有無を検出し、各多型を識別することができる。また、各個体から抽出したＤＮＡを制限酵素処理した後、電気泳動法等を用いてＤＮＡ断片のパターンを検出し、各多型を識別することができる。なお、特定のＳＮＰと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等は、該ＳＮＰの塩基配列に応じて、汎用されているプライマー設計ツール等を用いて常法により設計することができる。また、設計されたプライマー等は、当該技術分野においてよく知られている方法のいずれを用いても合成することができる。
なお、これらのＤＮＡマーカーによる、ある品種由来アレルとその他の種又は品種由来アレルとの識別は、常法により行うことができる。例えば、各個体から抽出したＤＮＡを鋳型とし、特定のＳＮＰやＳＳＲと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等を用いてＰＣＲを行い、電気泳動法等を用いてＰＣＲ産物の有無を検出し、各多型を識別することができる。また、各個体から抽出したＤＮＡを制限酵素処理した後、電気泳動法等を用いてＤＮＡ断片のパターンを検出し、各多型を識別することができる。なお、特定のＳＮＰと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等は、該ＳＮＰの塩基配列に応じて、汎用されているプライマー設計ツール等を用いて常法により設計することができる。また、設計されたプライマー等は、当該技術分野においてよく知られている方法のいずれを用いても合成することができる。
【００２０】
＜ＤＮＡマーカー＞
本発明者らは、まず、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片とイネ品種コシヒカリ由来の染色体断片とを識別するために、イネ品種日本晴のゲノムの塩基配列に基づいて、第１〜第１２染色体の全染色体領域において、イネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマの間で多型を示すＳＮＰからなる１４２のＤＮＡマーカーを作製した。ＤＮＡマーカー間の距離は、平均２．７５Ｍｂであった。各ＤＮＡマーカーの位置を、表１〜４に示す。各表の染色体中の位置情報は、イネ品種日本晴のゲノム中の相当するＳＮＰの位置である。なお、オリザ・グラベリマの遺伝子解析はほとんど行われておらず、これらの１４２のＤＮＡマーカーは、本発明者らによって初めて見出されたものである。
【００２１】
【表１】
【００２２】
【表２】
【００２３】
【表３】
【００２４】
【表４】
【００２５】
表１〜４に記載のＤＮＡマーカーは、染色体中にイネ品種コシヒカリ由来の染色体断片とオリザ・グラベリマ由来の染色体断片の両方が含まれているイネ個体のジェノタイピング（遺伝子型の同定）に特に好適に用いられる。イネ個体のジェノタイピングにおいて、表１〜４に記載のＤＮＡマーカーの遺伝子型をタイピングすることによって、得られたタイピング結果から、当該イネ個体の染色体中に、イネ品種コシヒカリ由来の染色体断片又はオリザ・グラベリマ由来の染色体断片の有無や、当該断片が存在する染色体中の位置等を調べることができる。
【００２６】
＜染色体部分置換系統（ＣＳＳＬ）及びゲノムライブラリー＞
本発明のゲノムライブラリーは、イネ品種コシヒカリの染色体が、部分的にオリザ・グラベリマの染色体断片で置換された３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）のＣＳＳＬｓを有する。本発明のゲノムライブラリー中のＣＳＳＬがそれぞれ含有するオリザ・グラベリマ由来の染色体断片は、互いに連続的又はオーバーラップしており、３４系統全てを合わせるとオリザ・グラベリマの全ゲノムの９０％以上が保持されている。
【００２７】
本発明のゲノムライブラリーを構成するＣＳＳＬは、１セットとして使用することができ、それぞれ単独で使用してもよい。これらのＣＳＳＬは、イネの粒特性や他の有用な農業的特徴を調節するＱＴＬの検出に特に有用である。また、検出されたＱＴＬを利用することにより、育種の幅が広がることも期待できる。例えば、検出されたＱＴＬのピラミティングにより、新規な品種を容易に育種することが可能になる。さらに、本発明のゲノムライブラリーを構成する各ＣＳＳＬは、染色体中のオリザ・グラベリマ由来の染色体断片の位置が、前記の１４２のＤＮＡマーカーによって明らかであるため、育種の材料としても好適である。
【００２８】
図１に、本発明のゲノムライブラリーを構成する３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）のゲノムを模式的に示す。図１の各染色体中、白抜き部分はイネ品種コシヒカリのホモ接合型の染色体領域を、黒塗部分はオリザ・グラベリマのホモ接合型の染色体領域を、ハッチング部分はイネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマのヘテロ接合型の染色体領域を、それぞれ表す。
【００２９】
オリザ・グラベリマの第１染色体及び第２染色体の染色体断片は、それぞれ５のＣＳＳＬに置き換えられており、第３染色体〜第１２染色体の染色体断片は２又は３のＣＳＳＬに置き換えられていた。ドナーゲノム（オリザ・グラベリマのゲノム）のうちのおよそ６％は、３４系統（ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４）（以下、ＧＬＳＬセット、ということがある。）のいずれにおいても、イネ品種コシヒカリの相当する領域に置換されなかった。この置換されなかった領域は、図１各染色体において、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４のいずれにおいても黒塗部分が存在していない、小さなギャップとして示される。これらのギャップは、具体的には、以下の６部分領域である；第１染色体中のＳＰ−１８５を含み、かつＳＰ−２０７７及びＳＰ−１９２を含まない部分領域；第２染色体中のＳＰ−１４４４及びＳＰ−１４５０を含み、かつＳＰ−２９４１及びＳＰ−１４５９を含まない部分領域；第２染色体中のＳＰ−１４７１よりも下流の、ＳＰ−３５７１を含む末端部分領域；第３染色体中のＳＰ−３４８よりも下流の、ＳＰ−３６２を含む末端部分領域；第７染色体中のＳＰ−７４１を含み、かつＳＰ−２５４５及びＳＰ−４１５２を含まない部分領域；第１２染色体中のＳＰ−３７４７を含み、かつＳＰ−２６８７及びＳＰ−２６９７を含まない部分領域。
【００３０】
また、ＧＬＳＬセットのうちの３３系統は、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片がホモ置換されている（ホモ接合型で置換されている）が、第１２染色体に置換が生じているＧＬＳＬ−３３のみは、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片がヘテロ（ヘテロ接合型で）置換されている。ＧＬＳＬ−３３中のオリザ・グラベリマ由来の染色体断片の長さは約１７．５Ｍｂであり、当該染色体断片の両脇にはＤＮＡマーカーＳＰ−５１５１及びＳＰ−２６８７が存在する。
【００３１】
ＧＬＳＬ−１は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基（ＳＰ−２０７７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基（ＳＰ−１８５の−１塩基（１塩基上流の塩基））までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目の塩基（ＳＰ−１９２）から２０，３６６，９６１番目の塩基（ＳＰ−２０１６）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１６番目の塩基（ＳＰ−１８５の＋１塩基（１塩基下流の塩基））から１１，０２６，０１１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目の塩基から２４，４１２，９８０番目の塩基（ＳＰ−１２１７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目の塩基（ＳＰ−１２０８）から３１，３７１，１７５番目の塩基（ＳＰ−２６２）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８２番目の塩基（ＳＰ−２４３０の＋１塩基）から１７，８０３，７４１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目の塩基から３５，５９８，４７１番目の塩基（ＳＰ−１２４４の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−４は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目の塩基（ＳＰ−２４７８）から３５，５９８，４７２番目の塩基（ＳＰ−１２４４）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８２番目の塩基（ＳＰ−１２１７の＋１塩基）から２５，９７９，４７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から３９，６７７，０１３番目の塩基（ＳＰ−２０５６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−５は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基（ＳＰ−１２４４）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７６番目の塩基（ＳＰ−２６２の＋１塩基）から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３２】
ＧＬＳＬ−６は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の上流末端から３，９２２，５７１番目の塩基（ＳＰ−１３８７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から７，０３０，８９６番目の塩基（ＳＰ−１３９８の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−７は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基（ＳＰ−１３８７）から１４，６５５，６３８番目の塩基（ＳＰ−１４１３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３５番目の塩基（ＳＰ−６の＋１塩基）から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目の塩基から１８，７６５，９８３番目の塩基（ＳＰ−２４９５の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−８は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目の塩基（ＳＰ−１４０６）から２２，０８６，３４８番目の塩基（ＳＰ−９５４）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８５番目の塩基（ＳＰ−２９の＋１塩基）から１１，１６５，９３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目の塩基から２５，２６３，２５２番目の塩基（ＳＰ−２９４１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−９は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目の塩基（ＳＰ−２４９５）から２５，２６３，２５３番目の塩基（ＳＰ−２９４１）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３９番目の塩基（ＳＰ−１４１３の＋１塩基）から１８，７６５，９８４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目の塩基から２７，９１９，９０２番目の塩基（ＳＰ−１４４４の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１０は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目の塩基（ＳＰ−１４５９）から３３，１８９，２６４番目の塩基（ＳＰ−１４７１）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５８番目の塩基（ＳＰ−１４５０の＋１塩基）から３０，８６０，９８６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目の塩基から３５，２６７，２１８番目の塩基（ＳＰ−３５７１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３３】
ＧＬＳＬ−１１は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の上流末端から１１，０７３，６２３番目の塩基（ＳＰ−１３２３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から１４，３１１，０６９番目の塩基（ＳＰ−１３３４の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統ＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１２は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基（ＳＰ−１３２３）から３３，６４０，１１５番目の塩基（ＳＰ−３４８）までを 含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２９番目の塩基（ＳＰ−１３０８の＋１塩基）から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目の塩基から３５，９４５，０１０番目の塩基（ＳＰ−３６２の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１３は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の上流末端から２２，１２５，２９３番目の塩基（ＳＰ−３９２）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目の塩基から２５，８７７，１４０番目の塩基（ＳＰ−４０２の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１４は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目の塩基（ＳＰ−３８６）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６３番目の塩基（ＳＰ−３２５０の＋１塩基）から１９，６５０，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している
【００３４】
ＧＬＳＬ−１５は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の上流末端から５，３４６，４７６番目の塩基（ＳＰ−５１７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目の塩基から７，３０５，９５５番目の塩基（ＳＰ−１５２６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１６は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目の塩基（ＳＰ−５０５）から２１，０２３，５５１番目の塩基（ＳＰ−５４７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３１番目の塩基（ＳＰ−４９５の＋１塩基）から３，１７３，１３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から２４，５２０，２６８番目の塩基（ＳＰ−１５６１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１７は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基（ＳＰ−５４７）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１５番目の塩基（ＳＰ−１５４６の＋１塩基）から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１８は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の上流末端から２，１８６，４５６番目の塩基（ＳＰ−２５０３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から５，９０４，２２３番目の塩基（ＳＰ−１５９６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−１９は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基（ＳＰ−２５０３）から２２，９０７，１５１番目の塩基（ＳＰ−１６１３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５９番目の塩基（ＳＰ−５９０の＋１塩基）から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から２５，７１１，５１４番目の塩基（ＳＰ−３０２６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２０は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基（ＳＰ−１６１３）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２３番目の塩基（ＳＰ−３０２２の＋１塩基）から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３５】
ＧＬＳＬ−２１は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の上流末端から６，８４３，６９６番目の塩基（ＳＰ−１６４８）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目の塩基から１０，１３０，０３１番目の塩基（ＳＰ−３０６６の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２２は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目の塩基（ＳＰ−２３１５）から１８，５７１，９５９番目の塩基（ＳＰ−１６６２）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６５番目の塩基（ＳＰ−６７６の＋１塩基）から１，７４５，４５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目の塩基から２１，９４２，０７５番目の塩基（ＳＰ−３０９５の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２３は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目の塩基（ＳＰ−３０９５）から２４，５１６，００６番目の塩基（ＳＰ−２５４５）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第１の染色体断片にホモ置換されており、当該第７染色体の２８，８４７，２２６番目の塩基（ＳＰ−４１５２）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第２の染色体断片にホモ置換されており、かつ前記第１の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９６０番目の塩基（ＳＰ−１６６２の＋１塩基）から２１，９４２，０７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第１の染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目の塩基から２５，４９０，０５２番目の塩基（ＳＰ−７４１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第２の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５４番目の塩基（ＳＰ−７４１の＋１塩基）から２８，８４７，２２６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２４は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の上流末端から８，０９４，５８２番目の塩基（ＳＰ−７９５）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１０，５７２，００８番目の塩基（ＳＰ−１７０７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２５は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基（ＳＰ−７９５）から１９，９０３，９０５番目の塩基（ＳＰ−３１９９）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５６番目の塩基（ＳＰ−３５９８の＋１塩基）から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目の塩基から２３，０４７，４６６番目の塩基（ＳＰ−２４０７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２６は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目の塩基（ＳＰ−８０９）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４１番目の塩基（ＳＰ−８０６の＋１塩基）から１８，１１４，３２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３６】
ＧＬＳＬ−２７は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の上流末端から１３，２５４，００３番目の塩基（ＳＰ−２１８０）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から１５，０６３，８２４番目の塩基（ＳＰ−１７４７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２８は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基（ＳＰ−２１８０）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５６番目の塩基（ＳＰ−８７５の＋１塩基）から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−２９は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の上流末端から１４，１４２，２９９番目の塩基（ＳＰ−９６６）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から１７，５５５，１５８番目の塩基（ＳＰ−９８１の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３０は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基（ＳＰ−９６６）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３９番目の塩基（ＳＰ−３３５７の＋１塩基）から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３７】
ＧＬＳＬ−３１は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の上流末端から２１，８９６，７７３番目の塩基（ＳＰ−１０７３）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から２５，１４９，２４３番目の塩基（ＳＰ−２６７８の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３２は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基（ＳＰ−１０７３）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０６番目の塩基（ＳＰ−１０６２の＋１塩基）から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３３は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の上流末端から１４，６８９，８８３番目の塩基（ＳＰ−２６８７）までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にヘテロ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目の塩基から１７，４９９，９３４番目の塩基（ＳＰ−３７４７の−１塩基）までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
ＧＬＳＬ−３４は、イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目の塩基（ＳＰ−２６９７）から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３６番目の塩基（ＳＰ−３７４７の＋１塩基）から２１，２５７，９７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在しているＣＳＳＬである。
【００３８】
ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４は、後記実施例に記載の方法で作出することができるが、その他、公知のいずれの手法により作成したものであってもよい。例えば、イネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマを交配し、得られた後代個体に対して自家交配又は戻し交配を繰返し、得られた後代個体をジェノタイピングし、その結果に基づいて、染色体中の所望の領域のみがオリザ・グラベリマ由来の染色体領域であり、その他がイネ品種コシヒカリ由来の染色体で構成されているイネ個体を選抜することにより、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４を作出することができる。選抜に用いるＤＮＡマーカーは、表１〜４に記載されているものを用いてもよく、その他のＤＮＡマーカーを用いてもよい。
【００３９】
例えば、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基までを含む領域に相当する領域（当該領域の下流端は、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している。）のみがオリザ・グラベリマ由来の染色体断片にホモ置換されているイネ個体ＧＬＳＬ−１は、図１中のＧＬＳＬ−１の染色体中で黒塗部分に存在するＳＮＰ（ＳＰ−１１７７、ＳＰ−１５５、ＳＰ−２０７７）が両アレルともにオリザ・グラベリマタイプであり、白抜部分に存在するその他のＳＮＰが両アレルともイネ品種コシヒカリタイプであるイネ個体を選抜することにより得られる。
【００４０】
同様に、ＧＬＳＬ−２〜ＧＬＳＬ−３２及びＧＬＳＬ−３４も、図１中の各染色体中で黒塗部分に存在するＳＮＰが両アレルともにオリザ・グラベリマタイプであり、白抜部分に存在するその他のＳＮＰが両アレルともにイネ品種コシヒカリタイプであるイネ個体を選抜することにより得られる。また、ＧＬＳＬ−３３は、図１中の染色体中でハッチング部分に存在するＳＮＰが、一方のアレルがオリザ・グラベリマタイプ、他方のアレルがイネ品種コシヒカリタイプであり、白抜部分に存在するその他のＳＮＰが両アレルともにイネ品種コシヒカリタイプであるイネ個体を選抜することにより得られる。各染色体中の黒塗部分（又はハッチング部分）に存在するＳＮＰを、表５に示す。
【００４１】
【表５】
【００４２】
ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４は、イネ品種コシヒカリと同様の手法により、栽培し、自家交配や人工交配により米を収穫することができる。また、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４及びその後代個体は、イネ品種コシヒカリと同様に、新品種育成の親個体とすることができる。例えば、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４中の互いに異なるＣＳＳＬ同士を交配したり、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４の各個体と別の品種の個体とを交配することによって、後代個体を得ることができる。さらに、得られた後代個体を、自殖したり、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４の個体と戻し交配することにより、新品種の育種を試みることもできる。
【００４３】
また、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４は、公知の染色体部分置換系統と同様に、新品種育成のための材料として用いることができる。ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４を材料とした場合の新品種の育種方法としては、例えば、特許文献１等に記載の新品種の製造方法等が挙げられる。
【００４４】
鑑別対象であるイネ個体に対して、表１〜４に記載のＤＮＡマーカーの１又は２以上についてジェノタイピングし、得られたタイピング結果に基づき、当該イネ個体が、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４のいずれかであるかを鑑別することができる。表１〜４に記載の１４２種類全てのＤＮＡマーカーを用いることによって、確実に鑑別することができる。また、１４２種類全てのＤＮＡマーカーを用いずに鑑別してもよい。全てのＤＮＡマーカーを用いない場合には、鑑別に用いるＤＮＡマーカーは、表５に記載のＤＮＡマーカーを用いることが好ましく、図１の黒塗部分（又はハッチング部分）と白抜き部分との境界付近のものであることがより好ましい。
【００４５】
例えば、あるイネ個体がＧＬＳＬ−２であるか否かは、黒塗部分中の白抜き部分との境界に近いＳＰ−１９２及びＳＰ−２０１６、並びに白抜き部分中の黒塗部分との境界に近いＳＰ−１８５及びＳＰ−１２１７について遺伝子型をタイピングする。得られたタイピング結果が、ＳＰ−１９２及びＳＰ−２０１６が両アレルともにオリザ・グラベリマタイプであり、ＳＰ−１８５及びＳＰ−１２１７が両アレルともにイネ品種コシヒカリタイプであった場合には、当該イネ個体はＧＬＳＬ−２であり、それ以外のタイピング結果の場合には、当該イネ個体はＧＬＳＬ−２ではない、と鑑別できる。その他のＣＳＳＬについても同様にして鑑別することができる。
【実施例】
【００４６】
次に実施例を示して本発明をさらに詳細に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
【００４７】
［実施例１］
＜ゲノムライブラリーの製造＞
優秀なジャポニカイネ栽培種であるイネ品種コシヒカリを反復親（種子親）とし、アフリカ型品種オリザ・グラベリマをドナー親（花粉親）として、交配することによって、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４を作出した。また、以下の実施例において、ＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４を纏めて「ＧＬＳＬｓ」といい、個々のＣＳＳＬをＧＬＳＬということがある。
【００４８】
具体的には、まず、イネ品種コシヒカリとオリザ・グラベリマを交配し、得られたＦ１交雑種を反復親イネ品種コシヒカリと戻し交配してＢＣ１Ｆ１世代（５４個体）を得、続く反復親との連続戻し交配により、ＢＣ２Ｆ１世代（５４系統の個体）、ＢＣ３Ｆ１世代（１５５系統の個体）、ＢＣ４Ｆ１世代（１５５系統の個体）、ＢＣ５Ｆ１世代（１１２系統の個体）を得た。
次いで、１３系統のＢＣ３Ｆ１世代、１５５系統のＢＣ４Ｆ１世代、及び１１２系統のＢＣ５Ｆ１世代から、それぞれ１０個体ずつ育成し、表１〜４に記載の１４２種のＳＮＰを、ＡｃｙｃｌｏＰｒｉｍｅ−ＦＤ検出システムと蛍光ポラライゼーションアナライザー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ社製）によってジェノタイピングした。タイピング結果に基づいて、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片を２以上含むＧＬＳＬの候補個体として、ＢＣ３Ｆ１世代から２個体、ＢＣ４Ｆ１世代から１７個体、ＢＣ５Ｆ１世代から５個体を選抜した。さらにこれらの選抜した個体を戻し交配し、それぞれＢＣ４Ｆ１世代、ＢＣ５Ｆ１世代、又はＢＣ６Ｆ１世代を得た。
これらの集団のうち、未だオリザ・グラベリマ由来の染色体断片を２以上含んでいたＧＬＳＬの候補個体に対して、反復親との戻し交配を行い、それぞれＢＣ５Ｆ１世代、ＢＣ６Ｆ１世代、又はＢＣ７Ｆ１世代を得た。戻し交配により得られたＧＬＳＬの候補個体を自殖し、ドナーゲノム（オリザ・グラベリマ）由来の染色体部分置換を固定した。
以上の工程により、本発明のゲノムライブラリーを構成するＧＬＳＬ−１〜ＧＬＳＬ−３４が作出された。
このＧＬＳＬの作出工程の概要を、図２に模式的に示した。図２中、括弧内の数値は、各戻し交配世代によって得られた系統数を示し、円で囲まれた数値は、オリザ・グラベリマ由来の染色体断片を２以上含んでいるＧＬＳＬの候補個体の数を示す。四角で囲まれた数値は、１又は２のオリザ・グラベリマ由来の染色体断片を含んでいるＧＬＳＬの候補個体の数を示し、角括弧内の数値は、先行する戻し交配世代から得られたＧＬＳＬの総数を示す。
【００４９】
［実施例２］
実施例１で作出されたＧＬＳＬｓについて、収量性、草型、成熟性、籾外観に関する１０形質の有用農業形質の評価を行い、ＱＴＬを検出した。ＧＬＳＬｓは、コシヒカリの遺伝的背景をもち、染色体の一部のみがアフリカ型品種オリザ・グラベリマ由来の染色体断片に置換されているため、これらを用いることにより、遺伝的背景を揃えた条件でのＱＴＬの検出を試みた。
【００５０】
＜ＧＬＳＬｓの形質測定＞
まず、ＧＬＳＬｓの様々な農業形質の表現型の観察を、２００７年夏、千葉県木更津市研究ほ場にて行った。各ＧＬＳＬから２４の苗を、対照とするイネ品種コシヒカリの苗と共に、ほ場の栽培区画に２条植えし、成熟するまで育てた。苗は、最初温室で栽培し、播種から３０日後に、栽培区画に移植した。定植幅は株間２０cm、条間３０cmで行った。
成熟後、各ＧＬＳＬ及びイネ品種コシヒカリの、それぞれの栽培区画から予め定められた５個体（第１列の３〜７番目の株）を個別に収穫し、籾長（Ｇｒａｉｎ ｌｅｎｇｔｈ）、籾幅（Ｇｒａｉｎ ｗｉｄｔｈ）、籾厚（Ｇｒａｉｎ ｔｈｉｃｋｎｅｓｓ）、一穂当たりの籾数（Ｇｒａｉｎ ｎｕｍｂｅｒ／ｐａｎｉｃｌｅ）、籾の１００粒重（１００−ｇｒａｉｎ ｗｅｉｇｈｔ）を含む、籾外観形質を調べた。これらの個体について、さらに、稈長（Ｃｕｌｍ ｌｅｎｇｔｈ）、穂長（Ｐａｎｉｃｌｅ ｌｅｎｇｔｈ）、一穂当たりの枝こう数（Ｎｏ． ｏｆ ｐｒｉｍａｒｙ ｂｒａｎｃｈｅｓ／ｐａｎｉｃｌｅ）、及び種子稔性（Ｆｅｒｔｉｌｉｔｙ）といったその他の農業形質についても調べた。各ＧＬＳＬの出穂日数（Ｈｅａｄｉｎｇ ｄａｔｅ）は、種子の播種から各系統の５０％の個体が実際に出穂した日までの日数とした。籾の１００粒重は、少なくとも２ヶ月間温室内で風乾させた種子を用いて決定した。
ＧＬＳＬｓについての籾外観形質の測定結果を、その他の重要な農業形質の結果と共に表６及び７に示した。
【００５１】
【表６】
【００５２】
【表７】
【００５３】
＜ＧＬＳＬｓの形質評価及びＱＴＬ検出＞
一元配置分散分析、及び９５％信頼区画（Ｐ＜０．０５）によるダネットの多重比較テストを使う比較手法により、ＧＬＳＬｓにおける推定ＱＴＬの同定を行った。ある形質の
算出された平均値が、いずれかのＧＬＳＬにおいて、イネ品種コシヒカリよりも明らかに相違した場合には、当該ＧＬＳＬが含有しているオリザ・グラベリマ由来の染色体断片にＱＴＬが存在していると判断された。
【００５４】
（籾外観形質）
籾長に対する推定ＱＴＬは、オリザ・グラベリマの第１、３、４、及び８染色体由来の置換染色体断片を有する８つのＧＬＳＬに検出された。これらのＧＬＳＬのうち７系統（ＧＬＳＬ−３、１１、１２、１３、２４、２５、２６）は、籾長が４〜１４％ほど、イネ品種コシヒカリよりも有意に長くなっていたが、残る１系統（ＧＬＳＬ−２）は、当該形質に対して負の効果を示すＱＴＬを有していた。つまり、籾長に対し正の効果を示す推定ＱＴＬと、籾長に対し負の効果を示す推定ＱＴＬの両方が、第１染色体に存在していた。
【００５５】
２０のＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−１、４、５、１１、１２、１３、１４、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、３０、３１、３２、３３）が、イネ品種コシヒカリ（平均籾幅：３．２１ｍｍ）と比べてより幅の大きい籾を産生した。これらの系統は、オリザ・グラベリマの第１、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、及び１２染色体由来の断片で置換されており、イネ品種コシヒカリよりも４〜１０％も籾幅が有意に増大していた。これに対して、オリザ・グラベリマの第５及び６染色体由来の断片で置換された２系統（ＧＬＳＬ−１７、１８）では、イネ品種コシヒカリよりも７〜８％も籾幅が有意に減少していた。
【００５６】
籾厚は、オリザ・グラベリマの第１、７、及び８染色体由来の断片で置換された４つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−４、２２、２５、２６）では３〜４％も有意に増大していたが、オリザ・グラベリマの第１、５、６、及び７染色体由来の断片で置換された５つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−２、１６、１７、１８，２１）では３〜５％も有意に減少していた。
【００５７】
一穂当たりの籾粒数に対する推定ＱＴＬは、イネ品種コシヒカリに比べて平均値が有意に高い８のＧＬＳＬにおいて検出された。一穂当たりの籾粒数における２６〜８０％の増大が、これらのオリザ・グラベリマの第１、２、及び７染色体由来の断片で置換された系統（ＧＬＳＬ−１、２、３、６、７、８、２１、２２）において記録された。一方で、当該形質に対して負の効果を示す２つの推定ＱＴＬが、オリザ・グラベリマの第５及び８染色体由来の断片で置換された系統（ＧＬＳＬ−１６、２５）において観察された。
【００５８】
３つの系統（ＧＬＳＬ−４、２５、３１）が、イネ品種コシヒカリ（平均１００粒重：２．２３ｇ）と比べてより籾の１００粒重が有意に高い値を示した。これらの系統は、オリザ・グラベリマの第１、８、及び１１染色体由来の断片で置換されており、イネ品種コシヒカリよりも１１〜１５％も１００粒重が有意に増大していた。しかしながら、オリザ・グラベリマの第１、５及び１０染色体由来の断片で置換された４系統（ＧＬＳＬ−２、１６、１７、２９）では、当該形質に対して負の効果が観察され、イネ品種コシヒカリよりも７〜１２％程度も減少していた。
【００５９】
（その他の農業形質）
稈長が有意に低くなることに対する推定ＱＴＬは、オリザ・グラベリマの第１、２、４、５、６、８、９、１０、１１、及び１２染色体由来の断片で置換された２０のＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−１、６、７、８、９、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２４、２５、２７、２８、２９、３０、３１、３３）において同定された。これらのＧＬＳＬの稈長は、イネ品種コシヒカリ（平均稈長：９５．７２ｃｍ）に比べて１０〜２７％短かった。
【００６０】
イネ品種コシヒカリの平均出穂期は、播種から９３．２０日であったが、９つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−３、１１、１２、１３、２１、２３、２４、２５、３１）は、イネ品種コシヒカリに比べて有意に出穂期が遅かった。オリザ・グラベリマの第１、３、４、５、及び８染色体から挿入された断片中にある推定ＱＴＬが、イネ品種コシヒカリの出穂期を４．６〜１８．２日遅らせていた。
【００６１】
穂長に対する推定ＱＴＬが、イネ品種コシヒカリと比べて穂長の平均値が有意に長い８つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−２、３、４、６、７、８、１１、２２）において検出された。これらの系統は、オリザ・グラベリマの第１、２、３、及び７染色体由来の断片が挿入されており、穂長が１５〜２４％増加することが記録された。しかしながら、オリザ・グラベリマの第５染色体由来の断片が挿入された１系統（ＧＬＳＬ−１６）は、イネ品種コシヒカリよりも穂長が有意に減少（１３％）したことが記録された。
【００６２】
穂における枝こう数については、推定ＱＴＬが、オリザ・グラベリマの第１、２、３、及び７染色体由来の断片で置換された５つのＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−２、７、１１、１２、２２）において検出された。これらのＧＬＳＬは、イネ品種コシヒカリ（一穂当たりの平均枝こう数：１０．４０）に比べて、一穂当たりの枝こう数が２５〜３６％増大していた。
【００６３】
種子稔性については、２３〜８４％の範囲内の有意な減少が観察されたのは６系統（ＧＬＳＬ−１２、１７、１８、２１、２９、３１）であったが、２系統（ＧＬＳＬ−２、１９）を除く全てのＧＬＳＬが、イネ品種コシヒカリに比べてより低い種子稔性を示した。
【００６４】
（ＧＬＳＬｓにおいて観察されたその他の形質）
幾つかのＧＬＳＬにおいて明らかに現れていた他の形質についても、同定した。これらの形質は、表現型上測定してＱＴＬ解析に影響するものではないが、明らかに主要な遺伝子、又はＧＬＳＬｓに挿入されたオリザ・グラベリマ由来の染色体断片に存在するＱＴＬと関連している可能性がある。例えば、オリザ・グラベリマの第５染色体のおよそ３．１５Ｍｂを含むＧＬＳＬ−１５では、無毛の葉が観察された。無毛の葉を制御する遺伝子は、イネ品種コシヒカリの準同質遺伝子系統を用いることによって、当該染色体断片からより狭い領域にマッピングされ、続いてクローニングされる。その他の同定された形質としては、ＧＬＳＬ−１３及び１５において長い芒が観察された。ＧＬＳＬ−１３及び１５は、それぞれ、オリザ・グラベリマの第４及び８染色体由来の断片を含んでいた。
【００６５】
農業的特長に対する推定ＱＴＬの染色体上の位置を、表８に示す。表８中、「ＧＬ」は籾長を、「ＧＷ」は籾幅を、「ＧＴ」は籾厚を、「ＧＮ」は一穂当たりの籾数を、「ＧＷｅ」は籾の１００粒重を、「ＣＬ」は稈長を、「ＰＬ」は穂長を、「ＰＢ」は一穂当たりの枝こう数を、「Ｆ」は種子稔性を、「ＨＤ」は出穂日数を、それぞれ意味する。
【００６６】
【表８】
【００６７】
（総括）
ＧＬＳＬｓから、１２本の染色体中に分散している全１０５の推定ＱＴＬが同定された。調査された全ての形質は、これらのＱＴＬのうちの５又はそれ以上によって調節されていることがわかった。１の形質の調節に関わる複数のＱＴＬは、同一の染色体上の２〜３部位にある場合もあり、複数の染色体中に分散された位置にある場合もあった。これらのＱＴＬは、染色体の他の部位のみならず、環境とも影響しあう。イネの多くの重要な農業形質は、２〜３のＱＴＬによって調節されているという報告がある。
同定されたＱＴＬは、観察した農業形質に対して正又は負の影響を示した。オリザ・グラベリマの保持する１０５個のＱＴＬのうち、８４個のＱＴＬはイネ品種コシヒカリに対し正の効果を示し、２１個のＱＴＬはイネ品種コシヒカリに対し負の効果を示した。正の効果を示した８４個のＱＴＬのうち、５５個は籾収量に関係する形質に影響しており、２０個は植物高さに、９個は成熟期に、それぞれ影響していた。これらの結果から、オリザ・グラベリマ由来の染色体が、現存するイネ品種の収量や草型に関する形質を改良するために有用であることが示唆された。
【００６８】
籾長、籾幅、籾厚、出穂期、穂における枝こう数に対するＱＴＬは、オリザ・グラベリマの第３染色体をカバーする２ＧＬＳＬ（ＧＬＳＬ−１１、１２）において検出された。これらの２系統において導入された染色体断片は、およそ１１と２８Ｍｂであり、７Ｍｂオーバーラップしていた。
イネの育種に対する有用性の点からは、第１染色体に位置しており、２つのＧＬＳＬにおいて同定された２個のＱＴＬが、前途有望と考えられる。両ＱＴＬともに一穂当たりの籾粒数を強くコントロールすることが示され、穂長と籾幅に対して多面的な効果も示していた。これとは別に、この２つのＱＴＬは、２つのＧＬＳＬにおいて、イネ品種コシヒカリと比べて７０％以上も一穂当たりの籾粒数を増大させた。もしも、特に広い生態学的条件下でこれらの機能と発現が確認されたら、ＧＮ１Ａ（非特許文献４参照。）、ＡＰＯ１（非特許文献１６及び３５参照。）、及び最近報告されたＷＦＰ及びＩＰＡ１（非特許文献２６及び１８参照。）と同様に、これらのＱＴＬは、クローニングされ、より収量が改善されたイネ品種の育種に使用することができるだろう。
既に同定され報告されている幾つかのオリザ・グラベリマ由来のＱＴＬも、本実施例のＧＬＳＬｓにおいて同様に検出された。これは、新しく作出された本実施例のＧＬＳＬｓが、オリザ・グラベリマの全ゲノムを正確に含んでいることを示す。既に報告され、本実施例で確認されたＱＴＬには、不稔性に影響する４つの座（第３、６、７、及び１０染色体に位置する。）（非特許文献１０、３４、１５及び２２参照。）、及び第１染色体上にあり、出穂期に関係する１のＱＴＬ（非特許文献９参照。）が含まれていた。
【００６９】
本実施例で作出された３４のＧＬＳＬは、オリザ・グラベリマが有する大量の多様な遺伝子に対するアクセスを可能にし得る、価値のある遺伝資源であることについては疑いはない。これらＧＬＳＬｓからは、本実施例において同定された籾収量や草高、成熟性についてのＱＴＬの他にも、より多くの重要な農業形質を調節する遺伝子が発見されるであろう。アフリカ型イネは、最も厳しい環境下でも良好に成育することが知られており、生物的及び非生物的ストレスに対する有用な新規遺伝子を含んでいる可能性は高い。害虫及び病気に対する抵抗性についてのＧＬＳＬｓの評価については、問題のある土壌や極限環境条件が、これらの有用な遺伝子の同定を容易にするだろう。
【産業上の利用可能性】
【００７０】
本発明のゲノムライブラリー、及びこれを構成する各ＣＳＳＬは、有用農業形質を調節するＱＴＬの検出に特に好適に利用することができ、さらに検出されたＱＴＬのピラミティングが、シンクサイズ等の形質が改善された新品種育成にも利用することができるため、特に農業の分野において利用が可能である。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記（１）〜（３４）の、イネ品種コシヒカリの染色体の一部がオリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統を有することを特徴とするゲノムライブラリー；
（１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目の塩基から２０，３６６，９６１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１６番目の塩基から１１，０２６，０１１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目の塩基から２４，４１２，９８０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目の塩基から３１，３７１，１７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８２番目の塩基から１７，８０３，７４１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目の塩基から３５，５９８，４７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８２番目の塩基から２５，９７９，４７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から３９，６７７，０１３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７６番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の上流末端から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から７，０３０，８９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から１４，６５５，６３８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３５番目の塩基から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目の塩基から１８，７６５，９８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目の塩基から２２，０８６，３４８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８５番目の塩基から１１，１６５，９３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目の塩基から２５，２６３，２５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目の塩基から２５，２６３，２５３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３９番目の塩基から１８，７６５，９８４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目の塩基から２７，９１９，９０２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目の塩基から３３，１８９，２６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５８番目の塩基から３０，８６０，９８６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目の塩基から３５，２６７，２１８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の上流末端から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から１４，３１１，０６９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から３３，６４０，１１５番目の塩基までを 含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２９番目の塩基から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目の塩基から３５，９４５，０１０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の上流末端から２２，１２５，２９３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目の塩基から２５，８７７，１４０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６３番目の塩基から１９，６５０，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の上流末端から５，３４６，４７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目の塩基から７，３０５，９５５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３１番目の塩基から３，１７３，１３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から２４，５２０，２６８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１５番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の上流末端から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から５，９０４，２２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５９番目の塩基から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から２５，７１１，５１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２３番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の上流末端から６，８４３，６９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目の塩基から１０，１３０，０３１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目の塩基から１８，５７１，９５９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６５番目の塩基から１，７４５，４５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目の塩基から２１，９４２，０７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目の塩基から２４，５１６，００６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第１の染色体断片にホモ置換されており、
当該第７染色体の２８，８４７，２２６番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第２の染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記第１の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９６０番目の塩基から２１，９４２，０７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第１の染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目の塩基から２５，４９０，０５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、
前記第２の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５４番目の塩基から２８，８４７，２２６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の上流末端から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１０，５７２，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１９，９０３，９０５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５６番目の塩基から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目の塩基から２３，０４７，４６６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４１番目の塩基から１８，１１４，３２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の上流末端から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から１５，０６３，８２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５６番目の塩基から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の上流末端から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から１７，５５５，１５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３９番目の塩基から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の上流末端から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から２５，１４９，２４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０６番目の塩基から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の上流末端から１４，６８９，８８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にヘテロ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目の塩基から１７，４９９，９３４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３６番目の塩基から２１，２５７，９７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統。
【請求項２】
オリザ・グラベリマの染色体中、前記（１）〜（３４）のいずれかの染色体部分置換系統の染色体中に含有されている領域が、全染色体の９０％以上であることを特徴とする請求項１に記載のゲノムライブラリー。
【請求項３】
（１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目の塩基から２０，３６６，９６１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１６番目の塩基から１１，０２６，０１１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目の塩基から２４，４１２，９８０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目の塩基から３１，３７１，１７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８２番目の塩基から１７，８０３，７４１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目の塩基から３５，５９８，４７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８２番目の塩基から２５，９７９，４７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から３９，６７７，０１３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７６番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の上流末端から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から７，０３０，８９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から１４，６５５，６３８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３５番目の塩基から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目の塩基から１８，７６５，９８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目の塩基から２２，０８６，３４８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８５番目の塩基から１１，１６５，９３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目の塩基から２５，２６３，２５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目の塩基から２５，２６３，２５３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３９番目の塩基から１８，７６５，９８４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目の塩基から２７，９１９，９０２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目の塩基から３３，１８９，２６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５８番目の塩基から３０，８６０，９８６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目の塩基から３５，２６７，２１８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の上流末端から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から１４，３１１，０６９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から３３，６４０，１１５番目の塩基までを 含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２９番目の塩基から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目の塩基から３５，９４５，０１０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の上流末端から２２，１２５，２９３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目の塩基から２５，８７７，１４０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６３番目の塩基から１９，６５０，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の上流末端から５，３４６，４７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目の塩基から７，３０５，９５５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３１番目の塩基から３，１７３，１３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から２４，５２０，２６８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１５番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の上流末端から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から５，９０４，２２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５９番目の塩基から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から２５，７１１，５１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２３番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の上流末端から６，８４３，６９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目の塩基から１０，１３０，０３１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目の塩基から１８，５７１，９５９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６５番目の塩基から１，７４５，４５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目の塩基から２１，９４２，０７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目の塩基から２４，５１６，００６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第１の染色体断片にホモ置換されており、
当該第７染色体の２８，８４７，２２６番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第２の染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記第１の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９６０番目の塩基から２１，９４２，０７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第１の染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目の塩基から２５，４９０，０５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、
前記第２の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５４番目の塩基から２８，８４７，２２６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の上流末端から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１０，５７２，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１９，９０３，９０５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５６番目の塩基から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目の塩基から２３，０４７，４６６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４１番目の塩基から１８，１１４，３２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の上流末端から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から１５，０６３，８２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５６番目の塩基から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の上流末端から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から１７，５５５，１５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３９番目の塩基から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の上流末端から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から２５，１４９，２４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０６番目の塩基から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の上流末端から１４，６８９，８８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にヘテロ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目の塩基から１７，４９９，９３４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、又は
（３４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３６番目の塩基から２１，２５７，９７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統
であることを特徴とするイネ。
【請求項４】
請求項３記載のイネの個体と、請求項３記載のイネの個体又は請求項３記載のイネ以外のイネの個体とを交配して得られる後代個体。
【請求項５】
下記（１−１）〜（１２−９）のＳＮＰからなる群より選択される１以上のＤＮＡマーカーをタイピングすることを特徴とする、イネのジェノタイピング方法；
（１−１）イネ品種日本晴の第１染色体の５９０，３３９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１−２）イネ品種日本晴の第１染色体の１，９４６，２７０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−３）イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１−４）イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１−５）イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−６）イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−７）イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−８）イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１−９）イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１−１０）イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−１１）イネ品種日本晴の第１染色体の２７，８４０，５６１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（１−１２）イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（１−１３）イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１−１４）イネ品種日本晴の第１染色体の３９，６７７，０１４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１−１５）イネ品種日本晴の第１染色体の４２，０００，５８５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（２−１）イネ品種日本晴の第２染色体の１５１，９７６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−２）イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（２−３）イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−４）イネ品種日本晴の第２染色体の７，０３０，８９７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−５）イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（２−６）イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（２−７）イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（２−８）イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−９）イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（２−１０）イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−１１）イネ品種日本晴の第２染色体の２７，９１９，９０３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（２−１２）イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（２−１３）イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（２−１４）イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（２−１５）イネ品種日本晴の第２染色体の３５，２６７，２１９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（３−１）イネ品種日本晴の第３染色体の５７７，７２６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−２）イネ品種日本晴の第３染色体の３，９７９，３４９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−３）イネ品種日本晴の第３染色体の６，２５２，９２５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（３−４）イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（３−５）イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（３−６）イネ品種日本晴の第３染色体の１４，３１１，０７０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（３−７）イネ品種日本晴の第３染色体の１９，８４６，３１８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−８）イネ品種日本晴の第３染色体の２２，２８７，１２９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−９）イネ品種日本晴の第３染色体の２４，６３９，７８７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（３−１０）イネ品種日本晴の第３染色体の２６，７８４，３４５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（３−１１）イネ品種日本晴の第３染色体の３０，０２１，４４２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−１２）イネ品種日本晴の第３染色体の３１，５８０，０７８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（３−１３）イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（３−１４）イネ品種日本晴の第３染色体の３５，９４５，０１１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（４−１）イネ品種日本晴の第４染色体の２１８，８０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（４−２）イネ品種日本晴の第４染色体の２，４７１，１５１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（４−３）イネ品種日本晴の第４染色体の７，１２０，３０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（４−４）イネ品種日本晴の第４染色体の１２，３５０，８６２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（４−５）イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（４−６）イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（４−７）イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（４−８）イネ品種日本晴の第４染色体の２５，８７７，１４１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（４−９）イネ品種日本晴の第４染色体の２８，５４２，３１３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（４−１０）イネ品種日本晴の第４染色体の３２，６３３，６４９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（４−１１）イネ品種日本晴の第４染色体の３４，４９８，７２９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（５−１）イネ品種日本晴の第５染色体の４０，０３１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（５−２）イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−３）イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（５−４）イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（５−５）イネ品種日本晴の第５染色体の７，３０５，９５６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（５−６）イネ品種日本晴の第５染色体の１２，９０８，８７２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−７）イネ品種日本晴の第５染色体の１５，４５９，７８５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−８）イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−９）イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−１０）イネ品種日本晴の第５染色体の２４，５２０，２６９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（５−１１）イネ品種日本晴の第５染色体の２６，４９９，１５４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（５−１２）イネ品種日本晴の第５染色体の２８，６９９，７７０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（６−１）イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（６−２）イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（６−３）イネ品種日本晴の第６染色体の５，９０４，２２４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（６−４）イネ品種日本晴の第６染色体の７，９７４，３６４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（６−５）イネ品種日本晴の第６染色体の１１，６５３，６９４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（６−６）イネ品種日本晴の第６染色体の１３，６８９，１０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（６−７）イネ品種日本晴の第６染色体の１６，５２５，９２３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（６−８）イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（６−９）イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（６−１０）イネ品種日本晴の第６染色体の２５，７１１，５１５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（６−１１）イネ品種日本晴の第６染色体の２８，３２９，７６８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（６−１２）イネ品種日本晴の第６染色体の２９，９０１，３０５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（７−１）イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−２）イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−３）イネ品種日本晴の第７染色体の３，８９８，１３２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−４）イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−５）イネ品種日本晴の第７染色体の１０，１３０，０３２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（７−６）イネ品種日本晴の第７染色体の１３，３０２，０１９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（７−７）イネ品種日本晴の第７染色体の１７，３２７，５２８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−８）イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（７−９）イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（７−１０）イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（７−１１）イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（７−１２）イネ品種日本晴の第７染色体の２８，８４７，２２６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（８−１）イネ品種日本晴の第８染色体の４５４，６６５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（８−２）イネ品種日本晴の第８染色体の１，６６９，６５３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（８−３）イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（８−４）イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（８−５）イネ品種日本晴の第８染色体の１０，５７２，００９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−６）イネ品種日本晴の第８染色体の１２，２４９，３１８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（８−７）イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（８−８）イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−９）イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−１０）イネ品種日本晴の第８染色体の２３，０４７，４６７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−１１）イネ品種日本晴の第８染色体の２５，９２１，７１２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−１２）イネ品種日本晴の第８染色体の２７，７５８，６５４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−１）イネ品種日本晴の第９染色体の２９，１７９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（９−２）イネ品種日本晴の第９染色体の６７６，４００番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（９−３）イネ品種日本晴の第９染色体の３，０６６，１９２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（９−４）イネ品種日本晴の第９染色体の５，１６７，９６６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−５）イネ品種日本晴の第９染色体の６，９９９，５７３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（９−６）イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−７）イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−８）イネ品種日本晴の第９染色体の１５，０６３，８２５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（９−９）イネ品種日本晴の第９染色体の１７，８８０，５９３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−１０）イネ品種日本晴の第９染色体の２０，６５２，１００番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−１）イネ品種日本晴の第１０染色体の９４，５０６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−２）イネ品種日本晴の第１０染色体の３，６４３，８９８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（１０−３）イネ品種日本晴の第１０染色体の７，０６９，２２７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１０−４）イネ品種日本晴の第１０染色体の９，７９１，５９５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−５）イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−６）イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−７）イネ品種日本晴の第１０染色体の１７，５５５，１５９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−８）イネ品種日本晴の第１０染色体の１９，４６８，３２６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−９）イネ品種日本晴の第１０染色体の２１，６１２，６９８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１０−１０）イネ品種日本晴の第１０染色体の２２，６８６，５５７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１１−１）イネ品種日本晴の第１１染色体の２６８，９３９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１１−２）イネ品種日本晴の第１１染色体の２，４８９，９６７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１１−３）イネ品種日本晴の第１１染色体の３，９７９，３０１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１１−４）イネ品種日本晴の第１１染色体の７，４８１，４６８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１１−５）イネ品種日本晴の第１１染色体の９，８９２，３０１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１１−６）イネ品種日本晴の第１１染色体の１６，１３２，３７０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（１１−７）イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１１−８）イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１１−９）イネ品種日本晴の第１１染色体の２５，１４９，２４４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１１−１０）イネ品種日本晴の第１１染色体の２７，５６０，９２８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１２−１）イネ品種日本晴の第１２染色体の２４０，７９０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１２−２）イネ品種日本晴の第１２染色体の２，９３０，９０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１２−３）イネ品種日本晴の第１２染色体の７，６３４，６６４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１２−４）イネ品種日本晴の第１２染色体の１０，４１７，９４０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１２−５）イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１２−６）イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１２−７）イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１２−８）イネ品種日本晴の第１２染色体の２３，８２８，９１８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１２−９）イネ品種日本晴の第１２染色体の２７，０１１，２０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）。
【請求項６】
あるイネ個体が、請求項３に記載のイネ品種コシヒカリの染色体部分置換系統であるか否かを鑑別する方法であって、
鑑別対象であるイネ個体に対して、請求項５に記載のイネ個体のジェノタイピング方法を行い、得られたタイピング結果に基づき、当該イネ個体が請求項３に記載のイネ品種コシヒカリの染色体部分置換系統であるか否かを鑑別することを特徴とする、イネの鑑別方法。
【請求項１】
下記（１）〜（３４）の、イネ品種コシヒカリの染色体の一部がオリザ・グラベリマの染色体断片で置換された染色体部分置換系統を有することを特徴とするゲノムライブラリー；
（１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目の塩基から２０，３６６，９６１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１６番目の塩基から１１，０２６，０１１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目の塩基から２４，４１２，９８０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目の塩基から３１，３７１，１７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８２番目の塩基から１７，８０３，７４１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目の塩基から３５，５９８，４７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８２番目の塩基から２５，９７９，４７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から３９，６７７，０１３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７６番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の上流末端から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から７，０３０，８９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から１４，６５５，６３８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３５番目の塩基から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目の塩基から１８，７６５，９８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目の塩基から２２，０８６，３４８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８５番目の塩基から１１，１６５，９３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目の塩基から２５，２６３，２５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目の塩基から２５，２６３，２５３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３９番目の塩基から１８，７６５，９８４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目の塩基から２７，９１９，９０２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目の塩基から３３，１８９，２６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５８番目の塩基から３０，８６０，９８６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目の塩基から３５，２６７，２１８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の上流末端から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から１４，３１１，０６９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から３３，６４０，１１５番目の塩基までを 含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２９番目の塩基から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目の塩基から３５，９４５，０１０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の上流末端から２２，１２５，２９３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目の塩基から２５，８７７，１４０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６３番目の塩基から１９，６５０，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の上流末端から５，３４６，４７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目の塩基から７，３０５，９５５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３１番目の塩基から３，１７３，１３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から２４，５２０，２６８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１５番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の上流末端から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から５，９０４，２２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５９番目の塩基から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から２５，７１１，５１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２３番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の上流末端から６，８４３，６９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目の塩基から１０，１３０，０３１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目の塩基から１８，５７１，９５９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６５番目の塩基から１，７４５，４５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目の塩基から２１，９４２，０７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目の塩基から２４，５１６，００６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第１の染色体断片にホモ置換されており、
当該第７染色体の２８，８４７，２２６番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第２の染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記第１の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９６０番目の塩基から２１，９４２，０７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第１の染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目の塩基から２５，４９０，０５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、
前記第２の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５４番目の塩基から２８，８４７，２２６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の上流末端から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１０，５７２，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１９，９０３，９０５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５６番目の塩基から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目の塩基から２３，０４７，４６６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４１番目の塩基から１８，１１４，３２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の上流末端から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から１５，０６３，８２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５６番目の塩基から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の上流末端から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から１７，５５５，１５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３９番目の塩基から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の上流末端から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から２５，１４９，２４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０６番目の塩基から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の上流末端から１４，６８９，８８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にヘテロ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目の塩基から１７，４９９，９３４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３６番目の塩基から２１，２５７，９７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統。
【請求項２】
オリザ・グラベリマの染色体中、前記（１）〜（３４）のいずれかの染色体部分置換系統の染色体中に含有されている領域が、全染色体の９０％以上であることを特徴とする請求項１に記載のゲノムライブラリー。
【請求項３】
（１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の上流末端から６，５２２，２４２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目の塩基から８，８９６，８１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目の塩基から２０，３６６，９６１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１６番目の塩基から１１，０２６，０１１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目の塩基から２４，４１２，９８０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目の塩基から３１，３７１，１７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８２番目の塩基から１７，８０３，７４１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目の塩基から３５，５９８，４７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８２番目の塩基から２５，９７９，４７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から３９，６７７，０１３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７６番目の塩基から３５，５９８，４７２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の上流末端から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から７，０３０，８９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目の塩基から１４，６５５，６３８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３５番目の塩基から３，９２２，５７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目の塩基から１８，７６５，９８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目の塩基から２２，０８６，３４８番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８５番目の塩基から１１，１６５，９３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目の塩基から２５，２６３，２５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目の塩基から２５，２６３，２５３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３９番目の塩基から１８，７６５，９８４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目の塩基から２７，９１９，９０２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目の塩基から３３，１８９，２６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５８番目の塩基から３０，８６０，９８６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目の塩基から３５，２６７，２１８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の上流末端から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から１４，３１１，０６９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目の塩基から３３，６４０，１１５番目の塩基までを 含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２９番目の塩基から１１，０７３，６２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目の塩基から３５，９４５，０１０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の上流末端から２２，１２５，２９３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目の塩基から２５，８７７，１４０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６３番目の塩基から１９，６５０，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の上流末端から５，３４６，４７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目の塩基から７，３０５，９５５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３１番目の塩基から３，１７３，１３３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から２４，５２０，２６８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１５番目の塩基から２１，０２３，５５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の上流末端から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から５，９０４，２２３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（１９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５９番目の塩基から２，１８６，４５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から２５，７１１，５１４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２３番目の塩基から２２，９０７，１５１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の上流末端から６，８４３，６９６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目の塩基から１０，１３０，０３１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目の塩基から１８，５７１，９５９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６５番目の塩基から１，７４５，４５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目の塩基から２１，９４２，０７５番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目の塩基から２４，５１６，００６番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第１の染色体断片にホモ置換されており、
当該第７染色体の２８，８４７，２２６番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる第２の染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記第１の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９６０番目の塩基から２１，９４２，０７６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記第１の染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目の塩基から２５，４９０，０５２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、
前記第２の染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５４番目の塩基から２８，８４７，２２６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の上流末端から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１０，５７２，００８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２５）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目の塩基から１９，９０３，９０５番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５６番目の塩基から８，０９４，５８２番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目の塩基から２３，０４７，４６６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２６）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４１番目の塩基から１８，１１４，３２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２７）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の上流末端から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から１５，０６３，８２４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２８）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５６番目の塩基から１３，２５４，００３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（２９）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の上流末端から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から１７，５５５，１５８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３０）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３９番目の塩基から１４，１４２，２９９番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３１）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の上流末端から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から２５，１４９，２４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３２）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０６番目の塩基から２１，８９６，７７３番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、
（３３）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の上流末端から１４，６８９，８８３番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にヘテロ置換されており、
かつ前記染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目の塩基から１７，４９９，９３４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統、又は
（３４）イネ品種コシヒカリの染色体中、イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目の塩基から下流末端までを含む領域に相当する領域が、オリザ・グラベリマの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、
かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３６番目の塩基から２１，２５７，９７１番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在している染色体部分置換系統
であることを特徴とするイネ。
【請求項４】
請求項３記載のイネの個体と、請求項３記載のイネの個体又は請求項３記載のイネ以外のイネの個体とを交配して得られる後代個体。
【請求項５】
下記（１−１）〜（１２−９）のＳＮＰからなる群より選択される１以上のＤＮＡマーカーをタイピングすることを特徴とする、イネのジェノタイピング方法；
（１−１）イネ品種日本晴の第１染色体の５９０，３３９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１−２）イネ品種日本晴の第１染色体の１，９４６，２７０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−３）イネ品種日本晴の第１染色体の６，５２２，２４２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１−４）イネ品種日本晴の第１染色体の８，８９６，８１５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１−５）イネ品種日本晴の第１染色体の１１，０２６，０１１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−６）イネ品種日本晴の第１染色体の１３，８１３，９８１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−７）イネ品種日本晴の第１染色体の１７，８０３，７４１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−８）イネ品種日本晴の第１染色体の２０，３６６，９６１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１−９）イネ品種日本晴の第１染色体の２４，４１２，９８１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１−１０）イネ品種日本晴の第１染色体の２５，９７９，４７７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１−１１）イネ品種日本晴の第１染色体の２７，８４０，５６１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（１−１２）イネ品種日本晴の第１染色体の３１，３７１，１７５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（１−１３）イネ品種日本晴の第１染色体の３５，５９８，４７２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１−１４）イネ品種日本晴の第１染色体の３９，６７７，０１４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１−１５）イネ品種日本晴の第１染色体の４２，０００，５８５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（２−１）イネ品種日本晴の第２染色体の１５１，９７６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−２）イネ品種日本晴の第２染色体の２，０１０，３３４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（２−３）イネ品種日本晴の第２染色体の３，９２２，５７１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−４）イネ品種日本晴の第２染色体の７，０３０，８９７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−５）イネ品種日本晴の第２染色体の９，２５６，５８４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（２−６）イネ品種日本晴の第２染色体の１１，１６５，９３３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（２−７）イネ品種日本晴の第２染色体の１４，６５５，６３８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（２−８）イネ品種日本晴の第２染色体の１８，７６５，９８４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−９）イネ品種日本晴の第２染色体の２２，０８６，３４８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（２−１０）イネ品種日本晴の第２染色体の２５，２６３，２５３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（２−１１）イネ品種日本晴の第２染色体の２７，９１９，９０３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（２−１２）イネ品種日本晴の第２染色体の２９，３４５，３５７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（２−１３）イネ品種日本晴の第２染色体の３０，８６０，９８６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（２−１４）イネ品種日本晴の第２染色体の３３，１８９，２６４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（２−１５）イネ品種日本晴の第２染色体の３５，２６７，２１９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（３−１）イネ品種日本晴の第３染色体の５７７，７２６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−２）イネ品種日本晴の第３染色体の３，９７９，３４９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−３）イネ品種日本晴の第３染色体の６，２５２，９２５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（３−４）イネ品種日本晴の第３染色体の８，１９７，２２８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（３−５）イネ品種日本晴の第３染色体の１１，０７３，６２３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（３−６）イネ品種日本晴の第３染色体の１４，３１１，０７０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（３−７）イネ品種日本晴の第３染色体の１９，８４６，３１８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−８）イネ品種日本晴の第３染色体の２２，２８７，１２９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−９）イネ品種日本晴の第３染色体の２４，６３９，７８７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（３−１０）イネ品種日本晴の第３染色体の２６，７８４，３４５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（３−１１）イネ品種日本晴の第３染色体の３０，０２１，４４２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（３−１２）イネ品種日本晴の第３染色体の３１，５８０，０７８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（３−１３）イネ品種日本晴の第３染色体の３３，６４０，１１５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（３−１４）イネ品種日本晴の第３染色体の３５，９４５，０１１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（４−１）イネ品種日本晴の第４染色体の２１８，８０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（４−２）イネ品種日本晴の第４染色体の２，４７１，１５１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（４−３）イネ品種日本晴の第４染色体の７，１２０，３０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（４−４）イネ品種日本晴の第４染色体の１２，３５０，８６２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（４−５）イネ品種日本晴の第４染色体の１４，９０３，２６２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（４−６）イネ品種日本晴の第４染色体の１９，６５０，００８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（４−７）イネ品種日本晴の第４染色体の２２，１２５，２９３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（４−８）イネ品種日本晴の第４染色体の２５，８７７，１４１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（４−９）イネ品種日本晴の第４染色体の２８，５４２，３１３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（４−１０）イネ品種日本晴の第４染色体の３２，６３３，６４９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（４−１１）イネ品種日本晴の第４染色体の３４，４９８，７２９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（５−１）イネ品種日本晴の第５染色体の４０，０３１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（５−２）イネ品種日本晴の第５染色体の１，０４７，９３０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−３）イネ品種日本晴の第５染色体の３，１７３，１３３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（５−４）イネ品種日本晴の第５染色体の５，３４６，４７６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（５−５）イネ品種日本晴の第５染色体の７，３０５，９５６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（５−６）イネ品種日本晴の第５染色体の１２，９０８，８７２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−７）イネ品種日本晴の第５染色体の１５，４５９，７８５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−８）イネ品種日本晴の第５染色体の１８，８７８，１１４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−９）イネ品種日本晴の第５染色体の２１，０２３，５５１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（５−１０）イネ品種日本晴の第５染色体の２４，５２０，２６９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（５−１１）イネ品種日本晴の第５染色体の２６，４９９，１５４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（５−１２）イネ品種日本晴の第５染色体の２８，６９９，７７０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（６−１）イネ品種日本晴の第６染色体の３７２，２５８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（６−２）イネ品種日本晴の第６染色体の２，１８６，４５６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（６−３）イネ品種日本晴の第６染色体の５，９０４，２２４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（６−４）イネ品種日本晴の第６染色体の７，９７４，３６４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（６−５）イネ品種日本晴の第６染色体の１１，６５３，６９４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（６−６）イネ品種日本晴の第６染色体の１３，６８９，１０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（６−７）イネ品種日本晴の第６染色体の１６，５２５，９２３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（６−８）イネ品種日本晴の第６染色体の２０，２３５，９２２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（６−９）イネ品種日本晴の第６染色体の２２，９０７，１５１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（６−１０）イネ品種日本晴の第６染色体の２５，７１１，５１５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（６−１１）イネ品種日本晴の第６染色体の２８，３２９，７６８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（６−１２）イネ品種日本晴の第６染色体の２９，９０１，３０５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（７−１）イネ品種日本晴の第７染色体の２６０，８６４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−２）イネ品種日本晴の第７染色体の１，７４５，４５８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−３）イネ品種日本晴の第７染色体の３，８９８，１３２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−４）イネ品種日本晴の第７染色体の６，８４３，６９６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−５）イネ品種日本晴の第７染色体の１０，１３０，０３２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（７−６）イネ品種日本晴の第７染色体の１３，３０２，０１９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（７−７）イネ品種日本晴の第７染色体の１７，３２７，５２８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（７−８）イネ品種日本晴の第７染色体の１８，５７１，９５９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（７−９）イネ品種日本晴の第７染色体の２１，９４２，０７６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（７−１０）イネ品種日本晴の第７染色体の２４，５１６，００６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（７−１１）イネ品種日本晴の第７染色体の２５，４９０，０５３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（７−１２）イネ品種日本晴の第７染色体の２８，８４７，２２６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（８−１）イネ品種日本晴の第８染色体の４５４，６６５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（８−２）イネ品種日本晴の第８染色体の１，６６９，６５３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（８−３）イネ品種日本晴の第８染色体の５，２７８，８５５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（８−４）イネ品種日本晴の第８染色体の８，０９４，５８２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（８−５）イネ品種日本晴の第８染色体の１０，５７２，００９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−６）イネ品種日本晴の第８染色体の１２，２４９，３１８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（８−７）イネ品種日本晴の第８染色体の１５，４８４，３４０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（８−８）イネ品種日本晴の第８染色体の１８，１１４，３２４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−９）イネ品種日本晴の第８染色体の１９，９０３，９０５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−１０）イネ品種日本晴の第８染色体の２３，０４７，４６７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−１１）イネ品種日本晴の第８染色体の２５，９２１，７１２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（８−１２）イネ品種日本晴の第８染色体の２７，７５８，６５４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−１）イネ品種日本晴の第９染色体の２９，１７９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（９−２）イネ品種日本晴の第９染色体の６７６，４００番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（９−３）イネ品種日本晴の第９染色体の３，０６６，１９２番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（９−４）イネ品種日本晴の第９染色体の５，１６７，９６６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−５）イネ品種日本晴の第９染色体の６，９９９，５７３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（９−６）イネ品種日本晴の第９染色体の１０，４８３，１５５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−７）イネ品種日本晴の第９染色体の１３，２５４，００３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−８）イネ品種日本晴の第９染色体の１５，０６３，８２５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（９−９）イネ品種日本晴の第９染色体の１７，８８０，５９３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（９−１０）イネ品種日本晴の第９染色体の２０，６５２，１００番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−１）イネ品種日本晴の第１０染色体の９４，５０６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−２）イネ品種日本晴の第１０染色体の３，６４３，８９８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（１０−３）イネ品種日本晴の第１０染色体の７，０６９，２２７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１０−４）イネ品種日本晴の第１０染色体の９，７９１，５９５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−５）イネ品種日本晴の第１０染色体の１１，７６１，１３８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−６）イネ品種日本晴の第１０染色体の１４，１４２，２９９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−７）イネ品種日本晴の第１０染色体の１７，５５５，１５９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−８）イネ品種日本晴の第１０染色体の１９，４６８，３２６番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１０−９）イネ品種日本晴の第１０染色体の２１，６１２，６９８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１０−１０）イネ品種日本晴の第１０染色体の２２，６８６，５５７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１１−１）イネ品種日本晴の第１１染色体の２６８，９３９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１１−２）イネ品種日本晴の第１１染色体の２，４８９，９６７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１１−３）イネ品種日本晴の第１１染色体の３，９７９，３０１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１１−４）イネ品種日本晴の第１１染色体の７，４８１，４６８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１１−５）イネ品種日本晴の第１１染色体の９，８９２，３０１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１１−６）イネ品種日本晴の第１１染色体の１６，１３２，３７０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＧ、オリザ・グラベリマではＡ）、
（１１−７）イネ品種日本晴の第１１染色体の１９，０５０，３０５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１１−８）イネ品種日本晴の第１１染色体の２１，８９６，７７３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１１−９）イネ品種日本晴の第１１染色体の２５，１４９，２４４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１１−１０）イネ品種日本晴の第１１染色体の２７，５６０，９２８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１２−１）イネ品種日本晴の第１２染色体の２４０，７９０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１２−２）イネ品種日本晴の第１２染色体の２，９３０，９０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１２−３）イネ品種日本晴の第１２染色体の７，６３４，６６４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１２−４）イネ品種日本晴の第１２染色体の１０，４１７，９４０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１２−５）イネ品種日本晴の第１２染色体の１４，６８９，８８３番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１２−６）イネ品種日本晴の第１２染色体の１７，４９９，９３５番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＧ）、
（１２−７）イネ品種日本晴の第１２染色体の２１，２５７，９７１番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、オリザ・グラベリマではＴ）、
（１２−８）イネ品種日本晴の第１２染色体の２３，８２８，９１８番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、オリザ・グラベリマではＣ）、
（１２−９）イネ品種日本晴の第１２染色体の２７，０１１，２０９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、オリザ・グラベリマではＧ）。
【請求項６】
あるイネ個体が、請求項３に記載のイネ品種コシヒカリの染色体部分置換系統であるか否かを鑑別する方法であって、
鑑別対象であるイネ個体に対して、請求項５に記載のイネ個体のジェノタイピング方法を行い、得られたタイピング結果に基づき、当該イネ個体が請求項３に記載のイネ品種コシヒカリの染色体部分置換系統であるか否かを鑑別することを特徴とする、イネの鑑別方法。
【図１】
【図２】
【図２】
【公開番号】特開２０１２−１０７０１２（Ｐ２０１２−１０７０１２Ａ）
【公開日】平成２４年６月７日（２０１２．６．７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−２５０７４５（Ｐ２０１１−２５０７４５）
【出願日】平成２３年１１月１６日（２０１１．１１．１６）
【出願人】（０００００５３２６）本田技研工業株式会社 (23,863)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２４年６月７日（２０１２．６．７）
【国際特許分類】
【出願日】平成２３年１１月１６日（２０１１．１１．１６）
【出願人】（０００００５３２６）本田技研工業株式会社 (23,863)
【Ｆターム（参考）】
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