インターフェロンα誘導性薬力学的マーカー
本発明は、I型IFNおよびIFNαにより誘導されるPDマーカー発現プロフィール、そのようなIFNαにより誘導されるPDマーカー発現プロフィールなどを同定するためのキット、ならびに方法を包含する。I型IFNおよびIFNαにより誘導されるPDマーカー発現プロフィールを、例えば、I型IFNまたはIFNαにより媒介される障害を有する患者を治療する方法、IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤を用いる治療を受けている患者の疾患進行をモニターする方法、INFαに結合し、その活性を中和する治療剤を受ける候補としての患者の同定、およびIFNαにより誘導される障害を有する患者に対する予後の診断もしくは提供において用いることもできる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
I型IFNまたはIFNαにより媒介される疾患または障害を有する患者を治療する方法であって、
I型IFNまたはIFNαに結合し、その活性を調節する薬剤を投与することを含み；
該患者はI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを含み；
ならびに該薬剤が該患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを中和する、前記方法。
【請求項２】
前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの中和を検出することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記薬剤が生物学的薬剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記薬剤が抗体である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記抗体がMEDI-545である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記抗体が1種以上のI型IFNまたはIFNαサブタイプに特異的であるが、MEDI-545ではない、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記薬剤の投与が、前記疾患または障害の1つ以上の症候を軽減する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記抗体を、約0.03〜30 mg/kgの用量で投与する、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
前記抗体を0.3〜3 mg/kgの用量で投与する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記抗体を0.03〜1 mg/kgの用量で投与する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも10％中和する、請求項９〜１１のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１３】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも20％中和する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも30％中和する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも40％中和する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも50％中和する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
I型IFNまたはIFNαにより媒介される疾患または障害が、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または特発性炎症性筋炎のうちの1つである、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
I型IFNまたはIFNαにより媒介される疾患または障害が狼瘡である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
I型IFNまたはIFNαにより媒介される疾患または障害が乾癬である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、少なくともIFNαサブタイプ1、2、8および14の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、PDマーカー遺伝子の転写物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、PDマーカー遺伝子から発現されたポリペプチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子SRGAP2の発現または活性の上方調節をさらに含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子OAS2の発現または活性の上方調節をさらに含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節をさらに含む、請求項３または２３〜３３のいずれか1項に記載の方法。
【請求項３６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
前記ポリペプチドが血清中に増加したレベルで検出される、請求項２２に記載の方法。
【請求項３８】
ポリペプチドが癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記ポリペプチドが血清中に減少したレベルで検出される、請求項２２に記載の方法。
【請求項４０】
前記ポリペプチドがEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
中程度または強いI型IFNまたはIFNα PDマーカープロフィールを含む自己免疫疾患患者を治療する方法であって、
I型IFNまたはIFNαに結合し、その活性を調節する薬剤を投与することを含み；
該薬剤が該患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを中和する、前記方法。
【請求項４２】
前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの中和を検出することをさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４７】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４８】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４９】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子MX1およびIFIT1の発現または活性の上方調節をさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、少なくともIFNαサブタイプ1、2、8、および14の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５６】
前記薬剤が生物学的薬剤である、請求項４１に記載の方法。
【請求項５７】
前記薬剤が抗体である、請求項４１に記載の方法。
【請求項５８】
前記抗体がMEDI-545である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記抗体が1種以上のI型IFNまたはIFNαサブタイプに特異的であるが、MEDI-545ではない、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記薬剤の投与が前記疾患または障害の1種以上の症候を軽減する、請求項４１に記載の方法。
【請求項６１】
前記抗体を約0.03〜30 mg/kgの用量で投与する、請求項５７に記載の方法。
【請求項６２】
前記抗体を0.3〜3 mg/kgの用量で投与する、請求項５７に記載の方法。
【請求項６３】
前記抗体を0.03〜1 mg/kgの用量で投与する、請求項５７に記載の方法。
【請求項６４】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも10％中和する、請求項４１に記載の方法。
【請求項６５】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも20％中和する、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも30％中和する、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも40％中和する、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも50％中和する、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記自己免疫疾患患者が、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または特発性炎症性筋炎患者である、請求項４１に記載の方法。
【請求項７０】
前記患者が狼瘡患者である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記患者が乾癬患者である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの中和を必要とする患者においてI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを中和する方法であって、
I型IFNまたはIFNαに結合し、その活性を調節する薬剤を該患者に投与することを含み；該薬剤が該患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを中和する、前記方法。
【請求項７３】
前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの中和を検出することをさらに含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７５】
前記薬剤が生物学的薬剤である、請求項７２に記載の方法。
【請求項７６】
前記薬剤が抗体である、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記抗体がMEDI-545である、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記抗体が1種以上のI型IFNまたはIFNαサブタイプに特異的であるが、MEDI-545ではない、請求項７６に記載の方法。
【請求項７９】
前記薬剤の投与が前記疾患または障害の1種以上の症候を軽減する、請求項７２に記載の方法。
【請求項８０】
前記抗体を約0.03〜30 mg/kgの用量で投与する、請求項７６に記載の方法。
【請求項８１】
前記抗体を0.3〜3 mg/kgの用量で投与する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記抗体を0.03〜1 mg/kgの用量で投与する、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも10％中和する、請求項８０〜８２のいずれか1項に記載の方法。
【請求項８４】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも20％中和する、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも30％中和する、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも40％中和する、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも50％中和する、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記患者が、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または特発性炎症性筋炎患者である、請求項７２に記載の方法。
【請求項８９】
前記患者が狼瘡患者である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記患者が乾癬患者である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、少なくともIFNαサブタイプ1、2、8、および14の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、PDマーカー遺伝子の転写物を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、PDマーカー遺伝子から発現されるポリペプチドを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９７】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９８】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９９】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１００】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子MX1およびIFIT1の発現または活性の上方調節をさらに含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節をさらに含む、請求項７４および９４〜１０４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１０６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０７】
前記ポリペプチドが、血清中で増加したレベルで検出される、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０８】
前記ポリペプチドが癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
前記ポリペプチドが血清中で減少したレベルで検出される、請求項９３に記載の方法。
【請求項１１０】
前記ポリペプチドがEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドを含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
患者の自己免疫疾患進行をモニターまたは該進行の予後を判定する方法であって、患者に由来する第1のサンプル中で第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することを含む、前記方法。
【請求項１１２】
第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが強いプロフィールであり、患者の予後が疾患進行である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記自己免疫疾患がSLEであり、その進行がSLE再燃である、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが弱いプロフィールであり、患者の予後が疾患退行である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１５】
患者に由来する第2のサンプル中で第2のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することを含み、第1の発現プロフィールと比較して、第2の発現プロフィール中のI型IFNもしくはIFNα誘導性PDマーカーの数もしくはレベルの増加が、疾患の進行を予測するか、または第1の発現プロフィールと比較して、第2の発現プロフィール中のI型IFNもしくはIFNα誘導性PDマーカーの数もしくはレベルの減少が、疾患の退行を予測することをさらに含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１６】
IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤を用いる治療を受けている患者の疾患進行をモニターする方法であって、
該患者に由来する第1のサンプル中の第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得すること；
IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤を投与すること；
該患者に由来する第2のサンプル中の第2のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得すること；ならびに
第1および第2のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを比較すること、
を含み、第1および第2のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールにおける変化が、IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤の効力レベルを示す、前記方法。
【請求項１１７】
第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１９】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２０】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２１】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２２】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２３】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２４】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２５】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２６】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２７】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２８】
前記変化が前記遺伝子の発現または活性レベルの上方調節の減少である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２９】
前記疾患が狼瘡、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、サルコイドーシス、および乾癬である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３０】
前記疾患が狼瘡である、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
前記治療剤が小分子または生物学的薬剤である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３２】
生物学的薬剤が抗体である、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
前記抗体がMEDI-545である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを、前記治療剤を投与する前に取得する、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３５】
第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを、前記治療剤を投与する時点で取得する、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３６】
第1および第2のサンプルが全血または血清である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３７】
前記患者に由来する第3のサンプル中の第3のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することをさらに含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３８】
前記患者に由来する第4のサンプル中の第4のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することをさらに含む、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
前記患者に由来する第5のサンプル中の第5のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することをさらに含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４０】
前記患者に由来する第6のサンプル中の第6のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することをさらに含む、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４１】
第2のサンプルを、前記治療剤の投与の少なくとも1週間後、少なくとも2週間後、少なくとも3週間後、少なくとも1ヶ月後または少なくとも2ヶ月後に取得する、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１４２】
第3のサンプルを、第2のサンプルを取得した少なくとも2日後、少なくとも5日後、少なくとも1週間後、少なくとも2週間後、少なくとも3週間後、少なくとも1ヶ月後または少なくとも2ヶ月後に取得する、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１４３】
第4のサンプルを、第3のサンプルを取得した少なくとも2日後、少なくとも5日後、少なくとも1週間後、少なくとも2週間後、少なくとも3週間後、少なくとも1ヶ月後または少なくとも2ヶ月後に取得する、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４４】
第5のサンプルを、第4のサンプルを取得した少なくとも2日後、少なくとも5日後、少なくとも1週間後、少なくとも2週間後、少なくとも3週間後、少なくとも1ヶ月後または少なくとも2ヶ月後に取得する、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４５】
変化が前記遺伝子の発現または活性の上方調節の減少である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１４６】
前記減少が、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、少なくとも99％、または100％である、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤の候補として患者を同定する方法であって、該患者に由来するサンプル中のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの存在または非存在を検出することを含み、IFNαに誘導されるPDマーカー発現プロフィールの存在の検出が、IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤の候補として該患者を同定する、前記方法。
【請求項１４８】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１４９】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５７】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５８】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５９】
前記患者が、狼瘡、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、サルコイドーシス、および乾癬からなる群より選択される障害を有すると診断された、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１６０】
前記障害が狼瘡である、請求項１５９に記載の方法。
【請求項１６１】
前記治療剤が小分子または生物学的薬剤である、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１６２】
前記生物学的薬剤が抗体である、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
前記抗体がMEDI-545である、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６４】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子の発現の少なくとも2倍の増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６５】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子の発現の少なくとも3倍の増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６６】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子のmRNAレベルの増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６７】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６８】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子から発現されたタンパク質の酵素活性の増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６９】
前記サンプルが全血である、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１７０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１７１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチド癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3の血清レベルの増加を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１７２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチドEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドの血清レベルの減少を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１７３】
IFNαレベルの増加に関連する障害を有すると患者を診断する方法であって、該患者に由来するサンプル中のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの存在または非存在を検出することを含み、IFNαにより誘導されるPDマーカー発現プロフィールの存在の検出が、IFNαレベルの増加と関連する障害を有すると該患者を同定する、前記方法。
【請求項１７４】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７５】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７６】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７７】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７８】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７９】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８０】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８１】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８２】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８３】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８４】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８５】
前記障害が狼瘡、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、サルコイドーシス、または乾癬である、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８６】
前記障害が狼瘡である、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８７】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子の発現または活性の少なくとも2倍の増加を含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１８８】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子の発現または活性の少なくとも3倍の増加を含む、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１８９】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子のmRNAレベルの増加を含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９０】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９１】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節をさらに含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチド癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3の血清レベルの増加をさらに含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチドEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドの血清レベルの減少をさらに含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９５】
IFNαにより媒介される障害を治療するための候補治療剤を同定する方法であって、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを含む細胞と、薬剤とを接触させること；および
該細胞のIFNαにより誘導されるPDマーカー発現プロフィールの変化の存在または非存在を検出することを含み、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節の減少を含む変化の存在が、該薬剤が候補治療剤であることを示す、前記方法。
【請求項１９６】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９７】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９８】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９９】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２００】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０１】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０２】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０３】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０４】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０５】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０６】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０７】
前記細胞をIFNαレベルの増加と関連する障害を有する患者から取得する、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０８】
前記細胞が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを誘導するようにIFNαで処理された細胞である、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０９】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、該プロフィールの1個以上の遺伝子の発現の少なくとも2倍の増加である、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１０】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの1個以上の遺伝子の発現の少なくとも3倍の増加である、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１１】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの1個以上の遺伝子のmRNAレベルの増加を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１２】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの1個以上の遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１３】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの1個以上の遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節をさらに含み；ならびに
下方調節された遺伝子の発現または活性の増加を含む変化の存在が、該薬剤が候補治療剤であることを示す、請求項１９６〜２０６のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２１５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチド癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3の血清レベルの増加をさらに含み；ならびに
該ポリペプチドの血清レベルの減少を含む変化の存在が、該薬剤が候補治療剤であることを示す、請求項１９６〜２０６のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２１６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチドEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドの血清レベルの減少をさらに含み；
該ポリペプチドの血清レベルの増加を含む変化の存在が、該薬剤が候補治療剤であることを示す、請求項１９６〜２０６のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２１７】
以下の遺伝子のセット：
(a) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2; または
(b) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2; または
(c) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2; または
(d) IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2; または
(e) IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2; または
(f) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1; または
(g) IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2; または
(h) IFI44、IFI6、およびSAMD9L; または
(i) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BP; または
(j) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2; または
(k) IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1
のいずれか1つの発現を特異的に検出するポリヌクレオチドを含むプローブのセット。
【請求項２１８】
請求項２１７に記載のプローブのセットのいずれかを含むキット。
【請求項１】
I型IFNまたはIFNαにより媒介される疾患または障害を有する患者を治療する方法であって、
I型IFNまたはIFNαに結合し、その活性を調節する薬剤を投与することを含み；
該患者はI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを含み；
ならびに該薬剤が該患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを中和する、前記方法。
【請求項２】
前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの中和を検出することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記薬剤が生物学的薬剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記薬剤が抗体である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記抗体がMEDI-545である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記抗体が1種以上のI型IFNまたはIFNαサブタイプに特異的であるが、MEDI-545ではない、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記薬剤の投与が、前記疾患または障害の1つ以上の症候を軽減する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記抗体を、約0.03〜30 mg/kgの用量で投与する、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
前記抗体を0.3〜3 mg/kgの用量で投与する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記抗体を0.03〜1 mg/kgの用量で投与する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも10％中和する、請求項９〜１１のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１３】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも20％中和する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも30％中和する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも40％中和する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも50％中和する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
I型IFNまたはIFNαにより媒介される疾患または障害が、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または特発性炎症性筋炎のうちの1つである、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
I型IFNまたはIFNαにより媒介される疾患または障害が狼瘡である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
I型IFNまたはIFNαにより媒介される疾患または障害が乾癬である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、少なくともIFNαサブタイプ1、2、8および14の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、PDマーカー遺伝子の転写物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、PDマーカー遺伝子から発現されたポリペプチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子SRGAP2の発現または活性の上方調節をさらに含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子OAS2の発現または活性の上方調節をさらに含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節をさらに含む、請求項３または２３〜３３のいずれか1項に記載の方法。
【請求項３６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
前記ポリペプチドが血清中に増加したレベルで検出される、請求項２２に記載の方法。
【請求項３８】
ポリペプチドが癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記ポリペプチドが血清中に減少したレベルで検出される、請求項２２に記載の方法。
【請求項４０】
前記ポリペプチドがEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
中程度または強いI型IFNまたはIFNα PDマーカープロフィールを含む自己免疫疾患患者を治療する方法であって、
I型IFNまたはIFNαに結合し、その活性を調節する薬剤を投与することを含み；
該薬剤が該患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを中和する、前記方法。
【請求項４２】
前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの中和を検出することをさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４７】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４８】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４９】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子MX1およびIFIT1の発現または活性の上方調節をさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、少なくともIFNαサブタイプ1、2、8、および14の発現または活性の上方調節を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項５６】
前記薬剤が生物学的薬剤である、請求項４１に記載の方法。
【請求項５７】
前記薬剤が抗体である、請求項４１に記載の方法。
【請求項５８】
前記抗体がMEDI-545である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記抗体が1種以上のI型IFNまたはIFNαサブタイプに特異的であるが、MEDI-545ではない、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記薬剤の投与が前記疾患または障害の1種以上の症候を軽減する、請求項４１に記載の方法。
【請求項６１】
前記抗体を約0.03〜30 mg/kgの用量で投与する、請求項５７に記載の方法。
【請求項６２】
前記抗体を0.3〜3 mg/kgの用量で投与する、請求項５７に記載の方法。
【請求項６３】
前記抗体を0.03〜1 mg/kgの用量で投与する、請求項５７に記載の方法。
【請求項６４】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも10％中和する、請求項４１に記載の方法。
【請求項６５】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも20％中和する、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも30％中和する、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも40％中和する、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記薬剤がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも50％中和する、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記自己免疫疾患患者が、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または特発性炎症性筋炎患者である、請求項４１に記載の方法。
【請求項７０】
前記患者が狼瘡患者である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記患者が乾癬患者である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの中和を必要とする患者においてI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを中和する方法であって、
I型IFNまたはIFNαに結合し、その活性を調節する薬剤を該患者に投与することを含み；該薬剤が該患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを中和する、前記方法。
【請求項７３】
前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの中和を検出することをさらに含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７５】
前記薬剤が生物学的薬剤である、請求項７２に記載の方法。
【請求項７６】
前記薬剤が抗体である、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記抗体がMEDI-545である、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記抗体が1種以上のI型IFNまたはIFNαサブタイプに特異的であるが、MEDI-545ではない、請求項７６に記載の方法。
【請求項７９】
前記薬剤の投与が前記疾患または障害の1種以上の症候を軽減する、請求項７２に記載の方法。
【請求項８０】
前記抗体を約0.03〜30 mg/kgの用量で投与する、請求項７６に記載の方法。
【請求項８１】
前記抗体を0.3〜3 mg/kgの用量で投与する、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記抗体を0.03〜1 mg/kgの用量で投与する、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも10％中和する、請求項８０〜８２のいずれか1項に記載の方法。
【請求項８４】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも20％中和する、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも30％中和する、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも40％中和する、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記薬剤が前記患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを少なくとも50％中和する、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記患者が、狼瘡、乾癬、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群、または特発性炎症性筋炎患者である、請求項７２に記載の方法。
【請求項８９】
前記患者が狼瘡患者である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記患者が乾癬患者である、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、少なくともIFNαサブタイプ1、2、8、および14の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、PDマーカー遺伝子の転写物を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、PDマーカー遺伝子から発現されるポリペプチドを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９７】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９８】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項９９】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１００】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子MX1およびIFIT1の発現または活性の上方調節をさらに含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節をさらに含む、請求項７４および９４〜１０４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１０６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項１０７】
前記ポリペプチドが、血清中で増加したレベルで検出される、請求項９３に記載の方法。
【請求項１０８】
前記ポリペプチドが癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3を含む、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
前記ポリペプチドが血清中で減少したレベルで検出される、請求項９３に記載の方法。
【請求項１１０】
前記ポリペプチドがEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドを含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
患者の自己免疫疾患進行をモニターまたは該進行の予後を判定する方法であって、患者に由来する第1のサンプル中で第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することを含む、前記方法。
【請求項１１２】
第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが強いプロフィールであり、患者の予後が疾患進行である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記自己免疫疾患がSLEであり、その進行がSLE再燃である、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが弱いプロフィールであり、患者の予後が疾患退行である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１５】
患者に由来する第2のサンプル中で第2のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することを含み、第1の発現プロフィールと比較して、第2の発現プロフィール中のI型IFNもしくはIFNα誘導性PDマーカーの数もしくはレベルの増加が、疾患の進行を予測するか、または第1の発現プロフィールと比較して、第2の発現プロフィール中のI型IFNもしくはIFNα誘導性PDマーカーの数もしくはレベルの減少が、疾患の退行を予測することをさらに含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１６】
IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤を用いる治療を受けている患者の疾患進行をモニターする方法であって、
該患者に由来する第1のサンプル中の第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得すること；
IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤を投与すること；
該患者に由来する第2のサンプル中の第2のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得すること；ならびに
第1および第2のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを比較すること、
を含み、第1および第2のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールにおける変化が、IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤の効力レベルを示す、前記方法。
【請求項１１７】
第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１９】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２０】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２１】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２２】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２３】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２４】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２５】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２６】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２７】
第1のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２８】
前記変化が前記遺伝子の発現または活性レベルの上方調節の減少である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２９】
前記疾患が狼瘡、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、サルコイドーシス、および乾癬である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３０】
前記疾患が狼瘡である、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
前記治療剤が小分子または生物学的薬剤である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３２】
生物学的薬剤が抗体である、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
前記抗体がMEDI-545である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを、前記治療剤を投与する前に取得する、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３５】
第1のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを、前記治療剤を投与する時点で取得する、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３６】
第1および第2のサンプルが全血または血清である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３７】
前記患者に由来する第3のサンプル中の第3のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することをさらに含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１３８】
前記患者に由来する第4のサンプル中の第4のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することをさらに含む、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
前記患者に由来する第5のサンプル中の第5のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することをさらに含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４０】
前記患者に由来する第6のサンプル中の第6のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを取得することをさらに含む、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４１】
第2のサンプルを、前記治療剤の投与の少なくとも1週間後、少なくとも2週間後、少なくとも3週間後、少なくとも1ヶ月後または少なくとも2ヶ月後に取得する、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１４２】
第3のサンプルを、第2のサンプルを取得した少なくとも2日後、少なくとも5日後、少なくとも1週間後、少なくとも2週間後、少なくとも3週間後、少なくとも1ヶ月後または少なくとも2ヶ月後に取得する、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１４３】
第4のサンプルを、第3のサンプルを取得した少なくとも2日後、少なくとも5日後、少なくとも1週間後、少なくとも2週間後、少なくとも3週間後、少なくとも1ヶ月後または少なくとも2ヶ月後に取得する、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４４】
第5のサンプルを、第4のサンプルを取得した少なくとも2日後、少なくとも5日後、少なくとも1週間後、少なくとも2週間後、少なくとも3週間後、少なくとも1ヶ月後または少なくとも2ヶ月後に取得する、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４５】
変化が前記遺伝子の発現または活性の上方調節の減少である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１４６】
前記減少が、少なくとも10％、少なくとも20％、少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、少なくとも99％、または100％である、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤の候補として患者を同定する方法であって、該患者に由来するサンプル中のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの存在または非存在を検出することを含み、IFNαに誘導されるPDマーカー発現プロフィールの存在の検出が、IFNαに結合し、その活性を調節する治療剤の候補として該患者を同定する、前記方法。
【請求項１４８】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１４９】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５７】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５８】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５９】
前記患者が、狼瘡、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、サルコイドーシス、および乾癬からなる群より選択される障害を有すると診断された、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１６０】
前記障害が狼瘡である、請求項１５９に記載の方法。
【請求項１６１】
前記治療剤が小分子または生物学的薬剤である、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１６２】
前記生物学的薬剤が抗体である、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
前記抗体がMEDI-545である、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６４】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子の発現の少なくとも2倍の増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６５】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子の発現の少なくとも3倍の増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６６】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子のmRNAレベルの増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６７】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６８】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子から発現されたタンパク質の酵素活性の増加を含む、請求項１４８〜１５８のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６９】
前記サンプルが全血である、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１７０】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１７１】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチド癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3の血清レベルの増加を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１７２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチドEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドの血清レベルの減少を含む、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１７３】
IFNαレベルの増加に関連する障害を有すると患者を診断する方法であって、該患者に由来するサンプル中のIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの存在または非存在を検出することを含み、IFNαにより誘導されるPDマーカー発現プロフィールの存在の検出が、IFNαレベルの増加と関連する障害を有すると該患者を同定する、前記方法。
【請求項１７４】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７５】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７６】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７７】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７８】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７９】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８０】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８１】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８２】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８３】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８４】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８５】
前記障害が狼瘡、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、サルコイドーシス、または乾癬である、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１８６】
前記障害が狼瘡である、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８７】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子の発現または活性の少なくとも2倍の増加を含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１８８】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子の発現または活性の少なくとも3倍の増加を含む、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１８９】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子のmRNAレベルの増加を含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９０】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９１】
発現または活性の上方調節が、1個以上の前記遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９２】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節をさらに含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９３】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチド癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3の血清レベルの増加をさらに含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチドEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドの血清レベルの減少をさらに含む、請求項１７４〜１８４のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１９５】
IFNαにより媒介される障害を治療するための候補治療剤を同定する方法であって、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを含む細胞と、薬剤とを接触させること；および
該細胞のIFNαにより誘導されるPDマーカー発現プロフィールの変化の存在または非存在を検出することを含み、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節の減少を含む変化の存在が、該薬剤が候補治療剤であることを示す、前記方法。
【請求項１９６】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９７】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９８】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９９】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２００】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０１】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０２】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０３】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、およびSAMD9Lの発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０４】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BPの発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０５】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０６】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1の発現または活性の上方調節を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０７】
前記細胞をIFNαレベルの増加と関連する障害を有する患者から取得する、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０８】
前記細胞が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールを誘導するようにIFNαで処理された細胞である、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２０９】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、該プロフィールの1個以上の遺伝子の発現の少なくとも2倍の増加である、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１０】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの1個以上の遺伝子の発現の少なくとも3倍の増加である、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１１】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの1個以上の遺伝子のmRNAレベルの増加を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１２】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの1個以上の遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１３】
IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの遺伝子の上方調節が、IFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールの1個以上の遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、請求項１９５に記載の方法。
【請求項２１４】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、遺伝子NOG、SLC4A1、PRSS33、およびFEZ1の発現または活性の下方調節をさらに含み；ならびに
下方調節された遺伝子の発現または活性の増加を含む変化の存在が、該薬剤が候補治療剤であることを示す、請求項１９６〜２０６のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２１５】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチド癌抗原125、フェリチン、組織因子、およびMMP-3の血清レベルの増加をさらに含み；ならびに
該ポリペプチドの血清レベルの減少を含む変化の存在が、該薬剤が候補治療剤であることを示す、請求項１９６〜２０６のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２１６】
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロフィールが、ポリペプチドEGF、トロンボポエチン、およびCD40リガンドの血清レベルの減少をさらに含み；
該ポリペプチドの血清レベルの増加を含む変化の存在が、該薬剤が候補治療剤であることを示す、請求項１９６〜２０６のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２１７】
以下の遺伝子のセット：
(a) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2; または
(b) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2; または
(c) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびRSAD2; または
(d) IFI44、IFI6、OAS1、BIRC4BP、SRGAP2、およびRSAD2; または
(e) IFI44、IFI6、SAMD9L、およびRSAD2; または
(f) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびOAS1; または
(g) IFI44、IFI6、SAMD9L、OAS1、BIRC4BP、およびRSAD2; または
(h) IFI44、IFI6、およびSAMD9L; または
(i) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、OAS1、およびBIRC4BP; または
(j) IFI44、IFI6、SAMD9L、GBP1、およびRSAD2; または
(k) IFI44、IFI6、GBP1、およびOAS1
のいずれか1つの発現を特異的に検出するポリヌクレオチドを含むプローブのセット。
【請求項２１８】
請求項２１７に記載のプローブのセットのいずれかを含むキット。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９ａ−ｂ】
【図２９ｃ】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４ａ】
【図３４ｂ】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７ａ】
【図４７ｂ】
【図４８】
【図４９ａ】
【図４９ｂ】
【図４９ｃ】
【図４９ｄ】
【図５０ａ】
【図５０ｂ】
【図５１ａ】
【図５１ｂ】
【図５１ｃ】
【図５１ｄ】
【図５１ｅ】
【図５１ｆ】
【図５１ｇ】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９】
【図６０】
【図６１】
【図６２】
【図６３】
【図６４】
【図６５】
【図６６】
【図６７】
【図６８】
【図６９】
【図７０】
【図７１ａ】
【図７１ｂ】
【図７２】
【図７３】
【図７４】
【図７５】
【図７６】
【図７７】
【図７８】
【図７９】
【図８０】
【図８１】
【図８２】
【図８３ａ】
【図８３ｂ】
【図８３ｃ】
【図８４】
【図８５ａ−ｂ】
【図８５ｃ】
【図８６】
【図８７】
【図８８】
【図８９】
【図９０】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９ａ−ｂ】
【図２９ｃ】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４ａ】
【図３４ｂ】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７ａ】
【図４７ｂ】
【図４８】
【図４９ａ】
【図４９ｂ】
【図４９ｃ】
【図４９ｄ】
【図５０ａ】
【図５０ｂ】
【図５１ａ】
【図５１ｂ】
【図５１ｃ】
【図５１ｄ】
【図５１ｅ】
【図５１ｆ】
【図５１ｇ】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９】
【図６０】
【図６１】
【図６２】
【図６３】
【図６４】
【図６５】
【図６６】
【図６７】
【図６８】
【図６９】
【図７０】
【図７１ａ】
【図７１ｂ】
【図７２】
【図７３】
【図７４】
【図７５】
【図７６】
【図７７】
【図７８】
【図７９】
【図８０】
【図８１】
【図８２】
【図８３ａ】
【図８３ｂ】
【図８３ｃ】
【図８４】
【図８５ａ−ｂ】
【図８５ｃ】
【図８６】
【図８７】
【図８８】
【図８９】
【図９０】
【公表番号】特表２０１０−５２７９１７（Ｐ２０１０−５２７９１７Ａ）
【公表日】平成２２年８月１９日（２０１０．８．１９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５０６７１５（Ｐ２０１０−５０６７１５）
【出願日】平成２０年５月５日（２００８．５．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６２６４６
【国際公開番号】ＷＯ２００８／１３７８３８
【国際公開日】平成２０年１１月１３日（２００８．１１．１３）
【出願人】（５０４３３３９７２）メディミューン，エルエルシー (108)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年８月１９日（２０１０．８．１９）
【国際特許分類】
【出願日】平成２０年５月５日（２００８．５．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６２６４６
【国際公開番号】ＷＯ２００８／１３７８３８
【国際公開日】平成２０年１１月１３日（２００８．１１．１３）
【出願人】（５０４３３３９７２）メディミューン，エルエルシー (108)
【Ｆターム（参考）】
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