ウイルスキャプシドスペーサーペプチド1タンパク質のプロセシングの破壊によるHIV−1複製の阻害
CAスペーサーペプチド1(SP1)タンパク質前駆体(p25)由来のウイルスGagキャプシド(CA)タンパク質(p24)のプロセシングを破壊することによるHIV-1複製の阻害が開示される。Gag p25タンパク質における変異を含むアミノ酸配列(ジメチルスクシニルベツリン酸またはジメチルスクシニルベツリンによるp25からp24へのプロセシングの阻害の減少をもたらす変異を伴う)、このような変異した配列をコードするポリヌクレオチド、およびこのような変異した配列に選択的に結合する抗体もまた含まれる。阻害の方法、阻害化合物、およびHIV Gagタンパク質のタンパク質分解性プロセシングを標的化する阻害化合物を発見する方法が含まれる。1つの態様において、このような化合物は、プロテアーゼ酵素ではなくGagへの結合によって、GagとのHIVプロテアーゼ酵素の相互作用を阻害する。別の態様において、Gagタンパク質分解部位の領域における変異を含むウイルスまたは組換えタンパク質が、タンパク質分解性プロセシングを標的化する化合物を同定するためのスクリーニングアッセイ法において使用され得る。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な影響を与えない化合物を投与する段階を含む、患者におけるHIV-1感染を処置する方法。
【請求項2】
患者における感染細胞から放出されるビリオンの量を有意に減少させない、請求項1記載の方法。
【請求項3】
患者の細胞から放出されるビリオンへのRNAの取り込みの量に対して有意な効果を有さない、請求項1記載の方法。
【請求項4】
化合物が患者の細胞から放出されたビリオンの成熟を阻害する、請求項1記載の方法。
【請求項5】
患者の細胞から放出されたビリオンの大部分が、野生型ビリオンと比較して変化した表現型を示し、該表現型が以下からなる群より選択される、請求項1記載の方法:
(a)ウイルス粒子に関して非中心性である球状の高電子密度コアを有するビリオン;
(b)ウイルス膜のすぐ内側に位置する半月状高電子密度層を有するビリオン;
(c)減少した感染性を有するかまたは感染性を有さないビリオン;および
(d)(a)から(c)までのいずれか1つの組み合わせ。
【請求項6】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物を投与する段階を含み、該化合物が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに結合する、患者におけるHIV-1感染を処置する方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項7】
ポリヌクレオチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項6記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項8】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物を投与する段階を含み、該化合物が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリペプチドに結合する、患者におけるHIV-1感染を処置する方法:
。
【請求項9】
ポリペプチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項8記載の方法:
。
【請求項10】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物を投与する段階を含み、該化合物が、SEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択される配列を有するポリペプチドに結合する、患者におけるHIV-1感染を処置する方法。
【請求項11】
患者におけるHIV-1感染が、他のHIV-1治療に応答しないHIV-1の感染を含む、請求項1〜10のいずれか1項記載の方法。
【請求項12】
HIV-1感染の患者が、そうでもなければ他のHIV-1治療に応答しない、請求項1〜10のいずれか1項記載の方法。
【請求項13】
患者が免疫調節剤、抗癌剤、抗菌剤、抗真菌剤、抗ウイルス剤、またはこれらの組み合わせである付加的な化合物を患者に投与する段階をさらに含む、請求項1〜10のいずれか1項記載の方法。
【請求項14】
患者が少なくとも1種の他の抗ウイルス剤と組み合わせて化合物を投与される、請求項1〜10のいずれか1項記載の方法。
【請求項15】
他の抗ウイルス剤が、ジドブジン;ラミブジン;ジダノシン;ザルシタビン;スタブジン;アバカビル;ネビラピン(nevirapine);デラビルジン(delavirdine);エムトリシタビン(emtricitabine);エファビレンツ;サキナビル;リトナビル;インジナビル;ネルフィナビル;アンプレナビル;テノホビル;アデフォビル;アタザナビル(atazanavir);フォサムプレナビル(fosamprenavir);ヒドロキシウレア;AL-721;アンプリゲン(ampligen);ブチル化ヒドロキシトルエン;ポリマンノアセテート(polymannoacetate);カスタノスペルミン(castanospermine);コントラカン(contracan);クリームファーマテックス(creme pharmatex);CS-87;ペンシクロビル(penciclovir);ファムシクロビル(famciclovir);アシクロビル;サイトフォビル(cytofovir);ガンシクロビル;硫酸デキストラン;D-ペニシラミン;トリナトリウムホスホノホルメート(trisodium phosphonoformate);フシジン酸;HPA-23;エフロルニチン(eflornithine);ノノキシノール;ペンタミジンイセチオネート;ペプチドT;フェニトイン;イソニアジド;リバビリン;リファブチン(rifabutin);アンサマイシン(ansamycin);トリメトレキサート;SK-818;スラミン;UA001;エンフュービルタイド(enfuvirtide);gp41由来ペプチド;CD4に対する抗体;可溶性CD4;CD4含有分子;CD4-IgG2;およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項14記載の方法。
【請求項16】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な影響を与えない化合物を投与する段階を含む、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する方法。
【請求項17】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに結合する化合物を投与する段階を含む、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項18】
ポリヌクレオチドが以下からなる群より選択される配列から選択される、請求項17に記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項19】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリペプチドに結合する化合物を投与する段階を含む、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する方法:
。
【請求項20】
ポリペプチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項19記載の方法:
。
【請求項21】
SEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択される配列を有するポリペプチドに結合する化合物を投与する段階を含む、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する方法。
【請求項22】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な影響を与えない化合物と、血液製剤を接触させる段階を含む、ヒト血液製剤を処理する方法。
【請求項23】
阻害が、化合物で処理された感染細胞から放出されるビリオンの量を有意に減少させない、請求項22記載の方法。
【請求項24】
阻害が、化合物で処理された感染細胞から放出されるビリオンへのRNAの取り込みの量に対して有意な効果を有さない、請求項22記載の方法。
【請求項25】
化合物が、化合物で処理された感染細胞から放出されたビリオンの成熟を阻害する、請求項22記載の方法。
【請求項26】
処理された感染細胞から放出されたビリオンの大部分が、野生型ビリオンと比較して変化した表現型を示し、該表現型が以下からなる群より選択される、請求項22記載の方法:
(a)ウイルス粒子に関して非中心性である球状の高電子密度コアを有するビリオン;
(b)ウイルス膜のすぐ内側に位置する半月状高電子密度層を有するビリオン;
(c)減少した感染性を有するかまたは感染性を有さないビリオン;および
(d)(a)から(c)までのいずれか1つの組み合わせ。
【請求項27】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物と血液製剤を接触させる段階を含み、該化合物が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに結合する、ヒト血液製剤を処理する方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項28】
ポリヌクレオチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項27記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項29】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物と血液製剤を接触させる段階を含み、該化合物が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリペプチドに結合する、ヒト血液製剤を処理する方法:
。
【請求項30】
ポリペプチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項29記載の方法:
。
【請求項31】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物と血液製剤を接触させる段階を含み、該化合物が、SEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択される配列を有するポリペプチドに結合する、ヒト血液製剤を処理する方法。
【請求項32】
化合物がHIVプロテアーゼのCA-SP1との相互作用を阻害する、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項33】
化合物がHIVプロテアーゼのCA-SP1との相互作用を直接的に阻害する、請求項32記載の方法。
【請求項34】
化合物がHIVプロテアーゼのCA-SP1との相互作用を間接的に阻害する、請求項32記載の方法。
【請求項35】
HIVプロテアーゼのCA-SP1との相互作用が阻害されるように、化合物がウイルスGagタンパク質に結合する、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項36】
化合物が、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)への切断の部位またはその近傍に結合する、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項37】
化合物がジメチルスクシニルベツリン酸の誘導体またはジメチルスクシニルベツリンの誘導体である、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項38】
化合物が、3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸;3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン;3-O-(3',3'-ジメチルグルタリル)ベツリン;3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ジヒドロベツリン酸;3-O-(3',3'-ジメチルグルタリル)ベツリン酸;(3',3'-ジメチルグルタリル)ジヒドロベツリン酸;3-O-ジグリコリル-ベツリン酸;3-O-ジグリコリル-ジヒドロベツリン酸;およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項37記載の方法。
【請求項39】
化合物が下記式I〜IIIのベツリンまたはジヒドロベツリンの誘導体、またはその薬学的に許容される塩ではない、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法:
式中、
RはC2-C20置換または非置換カルボキシアシルであり、
R'は水素、C2-C10置換もしくは非置換アルキル、またはアリール基であり、
R1はC2-C20置換または非置換カルボキシアシルであり、
R2は水素、C(C6H5)3、またはC2-C20置換もしくは非置換カルボキシアシルであり;および
R3は水素、ハロゲン、アミノ、任意に置換されたモノ-もしくはジ-アルキルアミノ、または-OR4であり、ここでR4は水素、C1-4アルカノイル、ベンゾイル、またはC2-C20置換もしくは非置換カルボキシアシルであり、
点線はC20とC29の間の任意の二重結合を表す。
【請求項40】
変異型レンチウイルスの複製を3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)に対してより感受性を低くする、Gagをコードする核酸配列中の変異を含む、変異型レンチウイルス。
【請求項41】
ウイルスのGagポリペプチドが3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸に結合しない、請求項40記載の変異型レンチウイルス。
【請求項42】
変異が、変異型レンチウイルスの複製をDSBによるp25(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングの阻害に対しての感受性をさらにより低くする、請求項40記載の該変異型レンチウイルス。
【請求項43】
Gag p25タンパク質(CA-SP1)をコードするヌクレオチド配列中の変異を含む、請求項40記載の変異型レンチウイルス。
【請求項44】
Gagポリペプチドをコードし、1つまたは複数のアミノ酸が、CA-SP1領域におけるアミノ酸配列から欠失しているか、またはその中で置換されている、請求項43記載の変異型レンチウイルス。
【請求項45】
変異が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
。
【請求項46】
変異が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
。
【請求項47】
変異が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるヌクレオチド配列中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項48】
変異が、以下からなる群より選択されるヌクレオチド配列中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項49】
CA-SP1における変異が、以下からなる群より選択されるアミノ酸をコードするコドン中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
(a)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸1(グリシン);
(b)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸2(ヒスチジン);
(c)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸6(バリンまたはイソロイシン);
(d)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸7(ロイシン);
(e)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸8(アラニン);
(f)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸10(アラニン);
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸11(メチオニン);
(h)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸12(セリン);
(i)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸13(グルタミン);
(j)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸14(バリン);
(k)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸15(スレオニン);
(l)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸16(アスパラギン);および
(m)
中のアミノ酸45(アラニン)。
【請求項50】
CA-SP1配列中の変異が以下からなる群より選択されるコードされたアミノ酸配列の変化を生じる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
(a)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のグリシン;
(b)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸2におけるヒスチジンからグルタミン;
(c)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸2におけるヒスチジンからチロシン;
(d)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸6におけるバリンまたはイソロイシンからロイシン;
(e)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸7におけるロイシンからメチオニン;
(f)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸8におけるアラニンからバリン;
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸10におけるアラニンからバリン;
(h)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸11におけるメチオニンからロイシン;
(i)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸12におけるセリンからロイシン;
(j)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸13におけるグルタミンからグルタミン酸;
(k)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸14におけるバリンからアラニン;
(l)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸15におけるスレオニンからロイシン;
(m)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸16におけるアスパラギンからアラニン;
(n)
中のアミノ酸45におけるアラニンからスレオニン。
【請求項51】
変異がSEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス。
【請求項52】
変異型HIV-1である、請求項40〜51のいずれか1項に記載の変異型レンチウイルス。
【請求項53】
その複製が3-O-(3'-3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)によって阻害される、組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項54】
DSBがウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが他のGagプロセシング段階を有意に阻害しない、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項55】
ウイルスのGagポリペプチドが3-O-(3',-3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸に結合する、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項56】
以下からなる群に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列を含むp25(CA-SP1)タンパク質を含む、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
。
【請求項57】
以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むp25(CA-SP1)タンパク質を含む、請求項56記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
。
【請求項58】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である、CA-SP1をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項59】
以下からなる群より選択される配列を有する、CA-SP1をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項60】
SEQ ID NO:121〜443のいずれかから選択されるアミノ酸配列を含むp25(CA-SP1)を含む、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項61】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるヌクレオチド配列を有する、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:90;
(b)SEQ ID NO:92;
(c)SEQ ID NO:94;
(d)SEQ ID NO:96;および
(e)SEQ ID NO:98。
【請求項62】
以下からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:90;
(b)SEQ ID NO:92;
(c)SEQ ID NO:94;
(d)SEQ ID NO:96;および
(e)SEQ ID NO:98。
【請求項63】
HIV-2、HTLV-I、HTLV-II、SIV、トリ白血病ウイルス(ALV)、内因性トリレトロウイルス(EAV)、マウス乳腺癌ウイルス(MMTV)、ネコ免疫不全ウイルス(FIV)、ウシ免疫不全ウイルス(BIV)、ヤギ関節炎脳炎ウイルス(CAEV)、ビスナ-マエディウイルス、およびネコ白血病ウイルス(FeLV)からなる群より選択されるウイルスから誘導される、請求項53記載の組換え非HIV-Iレトロウイルス。
【請求項64】
以下からなる群より選択されるウイルスから誘導される、請求項63記載の組換え非HIV-Iレトロウイルス:
(a)SIV;
(b)FIV;
(c)EAIV;
(d)BIV;
(e)CAEV;および
(f)ビスナ-マエディウイルス。
【請求項65】
請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルスに感染した適切な非ヒト動物宿主を含む、レンチウイルス感染の動物モデル。
【請求項66】
非ヒト動物宿主が以下からなる群より選択される、請求項65記載の動物モデル:
(a)ネコ;
(b)サル;
(c)類人猿;
(d)ウマ
(e)ヒツジ;
(f)ヤギ;
(g)ウシ;
(h)マウス;
(i)ラット;および
(j)鳥類。
【請求項67】
3-O-(3',-3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)に対して感受性ではない非HIV-レンチウイルスからのCA-SP1をコードするポリヌクレオチド配列を、DSB感受性HIV-1ウイルスのCA-SP1をコードする配列で置き換える段階を含む、DSBによる阻害に対して感受性である組換え非HIV-1レンチウイルスを作製する方法。
【請求項68】
組換え非HIV-1レンチウイルス中のCA-SP1をコードするポリヌクレオチド配列が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を含む、請求項67記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項69】
組換え非HIV-1レンチウイルス中のCA-SP1をコードするポリヌクレオチド配列が、以下からなる群より選択される配列を含む、請求項68記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項70】
組換えDSB感受性非HIV-1レンチウイルスのCA-SP1タンパク質が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項67記載の方法:
。
【請求項71】
DSB感受性組換え非HIV-1レンチウイルスのCA-SP1タンパク質が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項67記載の方法:
。
【請求項72】
組換えDSB感受性非HIV-1レンチウイルスのCA-SP1タンパク質が、SEQ ID NO:121〜443のいずれかから選択されるアミノ酸配列を有する、請求項67記載の方法。
【請求項73】
以下の段階を含む、請求項67記載の方法:
(a)レンチウイルスのゲノムから、SEQ ID NO:18のヌクレオチド1370〜1413に対応するヌクレオチドを除去する段階;および
(b)SEQ ID NO:18のヌクレオチド1370〜1413またはSEQ ID NO:19のヌクレオチド1857〜1899を、非HIV-1レンチウイルスの領域に挿入する段階。
【請求項74】
請求項67〜73のいずれか1項に記載の方法によって産生された組換え非HIV-1レンチウイルス。
【請求項75】
GagのCA-SP1切断部位またはその近傍において選択的に結合する抗体。
【請求項76】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列を結合する、請求項75記載の抗体:
。
【請求項77】
以下からなる群より選択されるアミノ酸に結合する、請求項75記載の抗体:
。
【請求項78】
SEQ ID NO:121〜443のいずれかから選択されるアミノ酸配列に結合する、請求項75記載の抗体。
【請求項79】
3-O-(3'3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングの阻害の減少を生じるHIV CA-SP1ポリペプチドにおける変異を含むポリペプチドを選択的に結合する、請求項75記載の抗体。
【請求項80】
変異が、CA-SP1切断部位もしくはその近傍、またはCA-SP1のSP1ドメインに位置する、請求項79記載の抗体。
【請求項81】
ポリペプチドが以下からなる群より選択される、請求項79記載の抗体:
。
【請求項82】
SEQ ID NO:2およびSEQ ID NO:3からなる群より選択されるアミノ酸配列を選択的に結合する、請求項79記載の抗体。
【請求項83】
以下からなる群より選択される請求項75記載の抗体:
(a)SP1を選択的に結合するがCA-SP1を結合しない抗体;
(b)CA-SP1を選択的に結合するがCAを結合しない抗体;および
(c)CAを選択的に結合するがCA-SP1を結合しない抗体。
【請求項84】
Gagへの3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸の結合を阻害する、請求項75記載の抗体。
【請求項85】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である、単離されたCA-SP1ポリペプチド:
。
【請求項86】
以下からなる群より選択される配列と同一である、請求項85記載の単離されたCA-SP1ポリペプチド:
。
【請求項87】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離されたCA-SP1ポリペプチド:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項88】
以下からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされる、請求項87記載の単離されたCA-SP1ポリペプチド:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項89】
SEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列からなる、HIV-1のCA-SP1領域から単離されたポリペプチド。
【請求項90】
3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25のプロセシングの阻害の減少を生じる変異を含む、HIV CA-SP1ポリペプチドから単離されたポリペプチド。
【請求項91】
変異がCA-SP1切断部位またはSP1ドメインに位置する、請求項90記載の単離されたポリペプチド。
【請求項92】
SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:9からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされる、請求項90記載の単離されたポリペプチド。
【請求項93】
3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25のプロセシングの阻害の減少を生じる変異を含み、該変異が以下からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列中で起こる、請求項90記載の単離されたポリペプチド:
。
【請求項94】
以下からなる群より選択される、請求項90記載の単離されたポリペプチド:
。
【請求項95】
SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、および10からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対してストリンジェントな条件下でハイブリダイズする単離されたポリヌクレオチドによってコードされる、請求項90記載の単離されたポリペプチド。
【請求項96】
キメラまたは融合タンパク質の一部である、請求項90記載の単離されたポリペプチド。
【請求項97】
HIV Gag p25タンパク質(CA SP1)の変異を含むアミノ酸配列をコードし、該変異が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングの阻害の減少を生じる、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項98】
p25のプロセシングの阻害の減少が、GagとのHIV-1プロテアーゼの相互作用の阻害の減少に起因する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項99】
p25のプロセシングの阻害の減少が、Gagへの3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸の結合の減少に起因する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項100】
p25のプロセシングの阻害の減少が、GagのCA-SP1切断部位またはその近傍におけるDSBの結合の減少に起因する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項101】
変異が、CA-SP1切断部位もしくはその近傍、またはCA-SP1のSP1ドメインに位置する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項102】
変異が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドまたはその近傍に位置する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド:
。
【請求項103】
SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:9からなる群より選択される、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項104】
SEQ ID NO:4およびSEQ ID NO:6からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対して少なくとも約95%の同一性を有する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項105】
SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:9からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対して少なくとも約80%の同一性を有する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項106】
SEQ ID NO:5およびSEQ ID NO:7からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対して少なくとも約95%の同一性を有する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項107】
SEQ ID NO:10のポリヌクレオチドに対して少なくとも約80%の同一性を有する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項108】
請求項97記載の単離されたポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項109】
請求項108記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項110】
培地中で請求項109記載の宿主細胞をインキュベートする段階、および該培地からポリペプチドを回収する段階を含む、ポリペプチドを産生する方法。
【請求項111】
以下の段階を含む、動物の細胞におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定する方法:
(a)CA-SP1切断部位を含むポリペプチドを試験化合物と接触させる段階;
(b)CA-SP1切断部位またはその近傍に選択的に結合する、標識された物質を加える段階;および
(c)該ポリペプチドへの該標識された物質の結合を測定する段階。
【請求項112】
化合物がCA-SP1切断部位またはその近傍に結合する、請求項111記載の方法。
【請求項113】
化合物が、HIV-1のCA-SP1切断部位との相互作用を阻害する、請求項111記載の方法。
【請求項114】
CA-SP1切断部位を含むポリペプチドがポリペプチドフラグメントまたは組換えペプチドである、請求項111記載の方法。
【請求項115】
標識された物質がCA-SP1に特異的な標識された抗体であり、対照と比較した、試験化合物の存在下でタンパク質に結合した標識された抗体の量の変化を測定する段階を含む、請求項111記載の方法。
【請求項116】
標識された物質が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸であり、方法が対照と比較して、試験化合物の存在下でタンパク質に結合した標識された3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸の量の変化を測定する段階を含む、請求項111記載の方法。
【請求項117】
標識された物質上の標識が、酵素、蛍光物質、化学発光物質、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ビオチン、アビジン、高電子密度物質、放射性同位元素、またはこれらの組み合わせである、請求項111記載の方法。
【請求項118】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定するための方法:
(a)CA-SP1切断部位を含むポリペプチドを、試験化合物の存在下でプロテアーゼと接触させる段階;および
(b)該ポリペプチドとのプロテアーゼの相互作用を検出する段階。
【請求項119】
プロテアーゼがHIV-1プロテアーゼから本質的になる、請求項118記載の方法。
【請求項120】
ポリペプチドが2つの蛍光部分で標識され、各々がCA-SP1切断部位の反対側に結合し、ここで、検出する段階が、試験化合物の存在下で1つの部分から他の部分への蛍光エネルギーの移動の測定を含む、請求項118記載の方法。
【請求項121】
ポリペプチドの切断に対する試験化合物の効果が、SP1、p24(CA)またはCA-SP1(p25)の少なくとも1つへの抗体の結合を測定することによって検出される、請求項118記載の方法。
【請求項122】
標識された抗体が、酵素、蛍光物質、化学発光物質、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ビオチン、アビジン、高電子密度物質、放射性同位元素、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される分子で標識される、請求項121記載の方法。
【請求項123】
以下の段階を含む、請求項118記載の方法:
(a)試験化合物の存在下で、HIV-1野生型CA-SP1切断部位を含む第1のポリペプチドを、HIV-1プロテアーゼと接触させる段階;
(b)該試験化合物の存在下で、変異型CA-SP1切断部位または代替のプロテアーゼ切断部位を含む第2のポリペプチドを、HIV-1プロテアーゼと接触させ、ここで該変異型切断部位または代替のプロテアーゼ切断部位の切断は、3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によって実質的に阻害されない段階;
(c)該第1のペプチドおよび第2のペプチドとのHIV-1の相互作用を検出する段階;ならびに
(d)該第1のポリペプチドの切断を、該第2のポリペプチドの切断と比較する段階。
【請求項124】
野生型CA-SP1、変異型CA-SP1、または代替のプロテアーゼ切断部位領域が、ポリペプチドフラグメントまたは組換えペプチド中に含まれる、請求項123記載の方法。
【請求項125】
ポリペプチドが蛍光部分および蛍光クエンチング部分で標識され、各々がCA-SP1切断部位の反対側に結合し、検出する段階が蛍光部分からのシグナルを測定することを含む、請求項123記載の方法。
【請求項126】
第1のポリペプチドまたは第2のポリペプチドの少なくとも1つがエピトープタグをさらに含む、請求項123記載の方法。
【請求項127】
(a)および(b)が細胞中で行われる、請求項123記載の方法。
【請求項128】
第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドとの化合物の相互作用を検出する段階がゲル電気泳動を含む、請求項123記載の方法。
【請求項129】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定するための方法:
(a)複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性である、第1のウイルスで感染した細胞と、試験化合物を接触させる段階;
(b)DSBに対して有意に減少した感受性を有する第2のウイルスで感染した細胞と、試験化合物を接触させる段階;
(c)第1のウイルスおよび第2のウイルスで感染した処理した細胞の表現型を決定する段階;ならびに
(d)第2のウイルスと比較して、第1のウイルスに対してより活性である試験化合物を選択する段階。
【請求項130】
表現型が以下からなる群より選択される、請求項129記載の方法:
(a)ウイルス複製;
(b)CA-SP1の切断;および
(c)変化したビリオン表現型の産生。
【請求項131】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定するための方法:
(a)複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性である、レンチウイルスで感染した細胞に試験化合物を適用する段階;および
(b)該感染した細胞に由来する溶解物を分析して、CA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階。
【請求項132】
溶解物が以下の少なくとも1つを溶解することによって得られる、請求項131記載の方法:
(a)感染した細胞;または
(b)放出されたウイルス粒子。
【請求項133】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、p25の存在または非存在を測定することを含む、請求項131記載の方法。
【請求項134】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、ウイルスタンパク質のウェスタンブロットを実行すること、およびp25に対する抗体を使用してp25を検出することを含む、請求項131記載の方法。
【請求項135】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、ウイルスタンパク質のゲル電気泳動を実行すること、および代謝的に標識されたタンパク質の画像処理を含む、請求項131記載の方法。
【請求項136】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、イムノアッセイを実行することを含む、請求項131記載の方法。
【請求項137】
イムノアッセイが以下の段階を含む、請求項133記載の方法:
(a)24を選択的に結合する抗体を使用して、基材上でp25およびp24を捕捉する段階;
(b)p25を選択的に結合する抗体を用いて、基材上のp25の存在または非存在を検出する段階。
【請求項138】
エピトープタグ配列がSP1に挿入され、分析する段階が、エピトープタグへの抗体を使用するp25の選択的検出を含む、請求項131記載の方法。
【請求項139】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定する方法:複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性である、レンチウイルスで感染した細胞に試験化合物を適用する段階;およびその後に、細胞によって放出されたウイルス粒子を、変化したビリオン表現型について分析する段階。
【請求項140】
分析する段階が、透過型電子顕微鏡法を含む、請求項139記載の方法。
【請求項141】
変化した表現型が以下からなる群より選択される、請求項139記載の方法:
(a)ウイルス粒子に関して非中心性の球状高電子密度コアを有するビリオン;
(b)ウイルス膜のすぐ内部に位置する半月状の高電子密度層を有するビリオン;
(c)感染性が減少しているか、または感染性を有さないビリオン;および
(d)(a)〜(c)のいずれか1つの組み合わせ。
【請求項142】
複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性であるレンチウイルスがHIV-1である、請求項129、131または139のいずれか1項記載の方法。
【請求項143】
複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性であるレンチウイルスが、HIV-1由来のCA-SP1をコードするヌクレオチドを含む組換え非HIV-1レンチウイルスであり、該レンチウイルスが以下からなる群より選択されるレンチウイルスから誘導される、請求項129、131または139のいずれか1項記載の方法:
(a)SIV;
(b)FIV;
(c)EAIV;
(d)BIV;
(e)CAEV;
(f)ビスナ-マエディウイルス;および
(g)HIV-2。
【請求項144】
DSBに対して有意に減少した感受性を有するウイルスが以下からなる群より選択される、請求項131記載の方法:
(a)SIV;
(b)FIV;
(c)EAIV;
(d)BIV;
(e)CAEV;
(f)ビスナ-マエディウイルス;
(g)HIV-2;および
(h)変異型HIV-1。
【請求項145】
以下の段階を含む、化合物を同定する方法:
(a)3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)に対して感受性であるレンチウイルスに感染した処置した動物における疾患の進行を測定する段階;
(b)該レンチウイルスに感染した未処理の動物における疾患の進行を測定する段階;
(c)該処置した動物および該未処理の動物の応答を比較する段階。
【請求項146】
以下の段階を含む、化合物を同定する方法:
(a)第1のレンチウイルスで感染した動物に化合物を投与し、該第1のレンチウイルスの複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)によって阻害される段階;
(b)第2のレンチウイルスで感染した動物に化合物を投与し、該第2のレンチウイルスの複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)によって実質的に阻害されない段階;
(c)該第2のレンチウイルスで感染した動物と比較して、該第1のレンチウイルスで感染した動物における疾患の進行を測定および比較する段階。
【請求項147】
以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する化合物の相互作用を測定する段階を含む、化合物を同定する方法:
。
【請求項148】
以下の段階を含む、患者がp25プロセシングを阻害する化合物による処置に対して感受性であるHIV-1に感染しているか否かを決定する方法:
(a)患者からの試料を入手する段階;
(b)該試料からCA-SP1をコードするウイルス核酸を入手する段階;
(c)該ウイルス核酸を遺伝子型決定する段階;
(d)該核酸が、そのプロセシングが3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性であるCA-SP1改変体をコードしているか否かを決定する段階。
【請求項149】
以下の段階を含む、その必要がある患者における疾患を治療する方法:
(a)ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な効果を有さない化合物を同定する段階;
(b)該化合物の販売および使用のための規制認可を得る段階;
販売およびその必要がある患者における疾患の治療のために該化合物をパッケージする段階。
【請求項1】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な影響を与えない化合物を投与する段階を含む、患者におけるHIV-1感染を処置する方法。
【請求項2】
患者における感染細胞から放出されるビリオンの量を有意に減少させない、請求項1記載の方法。
【請求項3】
患者の細胞から放出されるビリオンへのRNAの取り込みの量に対して有意な効果を有さない、請求項1記載の方法。
【請求項4】
化合物が患者の細胞から放出されたビリオンの成熟を阻害する、請求項1記載の方法。
【請求項5】
患者の細胞から放出されたビリオンの大部分が、野生型ビリオンと比較して変化した表現型を示し、該表現型が以下からなる群より選択される、請求項1記載の方法:
(a)ウイルス粒子に関して非中心性である球状の高電子密度コアを有するビリオン;
(b)ウイルス膜のすぐ内側に位置する半月状高電子密度層を有するビリオン;
(c)減少した感染性を有するかまたは感染性を有さないビリオン;および
(d)(a)から(c)までのいずれか1つの組み合わせ。
【請求項6】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物を投与する段階を含み、該化合物が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに結合する、患者におけるHIV-1感染を処置する方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項7】
ポリヌクレオチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項6記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項8】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物を投与する段階を含み、該化合物が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリペプチドに結合する、患者におけるHIV-1感染を処置する方法:
。
【請求項9】
ポリペプチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項8記載の方法:
。
【請求項10】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物を投与する段階を含み、該化合物が、SEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択される配列を有するポリペプチドに結合する、患者におけるHIV-1感染を処置する方法。
【請求項11】
患者におけるHIV-1感染が、他のHIV-1治療に応答しないHIV-1の感染を含む、請求項1〜10のいずれか1項記載の方法。
【請求項12】
HIV-1感染の患者が、そうでもなければ他のHIV-1治療に応答しない、請求項1〜10のいずれか1項記載の方法。
【請求項13】
患者が免疫調節剤、抗癌剤、抗菌剤、抗真菌剤、抗ウイルス剤、またはこれらの組み合わせである付加的な化合物を患者に投与する段階をさらに含む、請求項1〜10のいずれか1項記載の方法。
【請求項14】
患者が少なくとも1種の他の抗ウイルス剤と組み合わせて化合物を投与される、請求項1〜10のいずれか1項記載の方法。
【請求項15】
他の抗ウイルス剤が、ジドブジン;ラミブジン;ジダノシン;ザルシタビン;スタブジン;アバカビル;ネビラピン(nevirapine);デラビルジン(delavirdine);エムトリシタビン(emtricitabine);エファビレンツ;サキナビル;リトナビル;インジナビル;ネルフィナビル;アンプレナビル;テノホビル;アデフォビル;アタザナビル(atazanavir);フォサムプレナビル(fosamprenavir);ヒドロキシウレア;AL-721;アンプリゲン(ampligen);ブチル化ヒドロキシトルエン;ポリマンノアセテート(polymannoacetate);カスタノスペルミン(castanospermine);コントラカン(contracan);クリームファーマテックス(creme pharmatex);CS-87;ペンシクロビル(penciclovir);ファムシクロビル(famciclovir);アシクロビル;サイトフォビル(cytofovir);ガンシクロビル;硫酸デキストラン;D-ペニシラミン;トリナトリウムホスホノホルメート(trisodium phosphonoformate);フシジン酸;HPA-23;エフロルニチン(eflornithine);ノノキシノール;ペンタミジンイセチオネート;ペプチドT;フェニトイン;イソニアジド;リバビリン;リファブチン(rifabutin);アンサマイシン(ansamycin);トリメトレキサート;SK-818;スラミン;UA001;エンフュービルタイド(enfuvirtide);gp41由来ペプチド;CD4に対する抗体;可溶性CD4;CD4含有分子;CD4-IgG2;およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項14記載の方法。
【請求項16】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な影響を与えない化合物を投与する段階を含む、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する方法。
【請求項17】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに結合する化合物を投与する段階を含む、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項18】
ポリヌクレオチドが以下からなる群より選択される配列から選択される、請求項17に記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項19】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリペプチドに結合する化合物を投与する段階を含む、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する方法:
。
【請求項20】
ポリペプチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項19記載の方法:
。
【請求項21】
SEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択される配列を有するポリペプチドに結合する化合物を投与する段階を含む、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する方法。
【請求項22】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な影響を与えない化合物と、血液製剤を接触させる段階を含む、ヒト血液製剤を処理する方法。
【請求項23】
阻害が、化合物で処理された感染細胞から放出されるビリオンの量を有意に減少させない、請求項22記載の方法。
【請求項24】
阻害が、化合物で処理された感染細胞から放出されるビリオンへのRNAの取り込みの量に対して有意な効果を有さない、請求項22記載の方法。
【請求項25】
化合物が、化合物で処理された感染細胞から放出されたビリオンの成熟を阻害する、請求項22記載の方法。
【請求項26】
処理された感染細胞から放出されたビリオンの大部分が、野生型ビリオンと比較して変化した表現型を示し、該表現型が以下からなる群より選択される、請求項22記載の方法:
(a)ウイルス粒子に関して非中心性である球状の高電子密度コアを有するビリオン;
(b)ウイルス膜のすぐ内側に位置する半月状高電子密度層を有するビリオン;
(c)減少した感染性を有するかまたは感染性を有さないビリオン;および
(d)(a)から(c)までのいずれか1つの組み合わせ。
【請求項27】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物と血液製剤を接触させる段階を含み、該化合物が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに結合する、ヒト血液製剤を処理する方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項28】
ポリヌクレオチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項27記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項29】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物と血液製剤を接触させる段階を含み、該化合物が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を有するポリペプチドに結合する、ヒト血液製剤を処理する方法:
。
【請求項30】
ポリペプチドが以下からなる群より選択される配列を有する、請求項29記載の方法:
。
【請求項31】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害する化合物と血液製剤を接触させる段階を含み、該化合物が、SEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択される配列を有するポリペプチドに結合する、ヒト血液製剤を処理する方法。
【請求項32】
化合物がHIVプロテアーゼのCA-SP1との相互作用を阻害する、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項33】
化合物がHIVプロテアーゼのCA-SP1との相互作用を直接的に阻害する、請求項32記載の方法。
【請求項34】
化合物がHIVプロテアーゼのCA-SP1との相互作用を間接的に阻害する、請求項32記載の方法。
【請求項35】
HIVプロテアーゼのCA-SP1との相互作用が阻害されるように、化合物がウイルスGagタンパク質に結合する、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項36】
化合物が、ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)への切断の部位またはその近傍に結合する、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項37】
化合物がジメチルスクシニルベツリン酸の誘導体またはジメチルスクシニルベツリンの誘導体である、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項38】
化合物が、3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸;3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン;3-O-(3',3'-ジメチルグルタリル)ベツリン;3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ジヒドロベツリン酸;3-O-(3',3'-ジメチルグルタリル)ベツリン酸;(3',3'-ジメチルグルタリル)ジヒドロベツリン酸;3-O-ジグリコリル-ベツリン酸;3-O-ジグリコリル-ジヒドロベツリン酸;およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項37記載の方法。
【請求項39】
化合物が下記式I〜IIIのベツリンまたはジヒドロベツリンの誘導体、またはその薬学的に許容される塩ではない、請求項1〜10、16〜31のいずれか1項に記載の方法:
式中、
RはC2-C20置換または非置換カルボキシアシルであり、
R'は水素、C2-C10置換もしくは非置換アルキル、またはアリール基であり、
R1はC2-C20置換または非置換カルボキシアシルであり、
R2は水素、C(C6H5)3、またはC2-C20置換もしくは非置換カルボキシアシルであり;および
R3は水素、ハロゲン、アミノ、任意に置換されたモノ-もしくはジ-アルキルアミノ、または-OR4であり、ここでR4は水素、C1-4アルカノイル、ベンゾイル、またはC2-C20置換もしくは非置換カルボキシアシルであり、
点線はC20とC29の間の任意の二重結合を表す。
【請求項40】
変異型レンチウイルスの複製を3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)に対してより感受性を低くする、Gagをコードする核酸配列中の変異を含む、変異型レンチウイルス。
【請求項41】
ウイルスのGagポリペプチドが3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸に結合しない、請求項40記載の変異型レンチウイルス。
【請求項42】
変異が、変異型レンチウイルスの複製をDSBによるp25(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングの阻害に対しての感受性をさらにより低くする、請求項40記載の該変異型レンチウイルス。
【請求項43】
Gag p25タンパク質(CA-SP1)をコードするヌクレオチド配列中の変異を含む、請求項40記載の変異型レンチウイルス。
【請求項44】
Gagポリペプチドをコードし、1つまたは複数のアミノ酸が、CA-SP1領域におけるアミノ酸配列から欠失しているか、またはその中で置換されている、請求項43記載の変異型レンチウイルス。
【請求項45】
変異が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
。
【請求項46】
変異が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
。
【請求項47】
変異が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるヌクレオチド配列中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項48】
変異が、以下からなる群より選択されるヌクレオチド配列中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項49】
CA-SP1における変異が、以下からなる群より選択されるアミノ酸をコードするコドン中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
(a)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸1(グリシン);
(b)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸2(ヒスチジン);
(c)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸6(バリンまたはイソロイシン);
(d)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸7(ロイシン);
(e)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸8(アラニン);
(f)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸10(アラニン);
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸11(メチオニン);
(h)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸12(セリン);
(i)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸13(グルタミン);
(j)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸14(バリン);
(k)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸15(スレオニン);
(l)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸16(アスパラギン);および
(m)
中のアミノ酸45(アラニン)。
【請求項50】
CA-SP1配列中の変異が以下からなる群より選択されるコードされたアミノ酸配列の変化を生じる、請求項40記載の変異型レンチウイルス:
(a)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のグリシン;
(b)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸2におけるヒスチジンからグルタミン;
(c)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸2におけるヒスチジンからチロシン;
(d)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸6におけるバリンまたはイソロイシンからロイシン;
(e)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸7におけるロイシンからメチオニン;
(f)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸8におけるアラニンからバリン;
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸10におけるアラニンからバリン;
(h)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸11におけるメチオニンからロイシン;
(i)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸12におけるセリンからロイシン;
(j)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸13におけるグルタミンからグルタミン酸;
(k)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸14におけるバリンからアラニン;
(l)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸15におけるスレオニンからロイシン;
(m)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸16におけるアスパラギンからアラニン;
(n)
中のアミノ酸45におけるアラニンからスレオニン。
【請求項51】
変異がSEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド中で起こる、請求項40記載の変異型レンチウイルス。
【請求項52】
変異型HIV-1である、請求項40〜51のいずれか1項に記載の変異型レンチウイルス。
【請求項53】
その複製が3-O-(3'-3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)によって阻害される、組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項54】
DSBがウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが他のGagプロセシング段階を有意に阻害しない、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項55】
ウイルスのGagポリペプチドが3-O-(3',-3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸に結合する、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項56】
以下からなる群に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列を含むp25(CA-SP1)タンパク質を含む、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
。
【請求項57】
以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むp25(CA-SP1)タンパク質を含む、請求項56記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
。
【請求項58】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である、CA-SP1をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項59】
以下からなる群より選択される配列を有する、CA-SP1をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項60】
SEQ ID NO:121〜443のいずれかから選択されるアミノ酸配列を含むp25(CA-SP1)を含む、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項61】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるヌクレオチド配列を有する、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:90;
(b)SEQ ID NO:92;
(c)SEQ ID NO:94;
(d)SEQ ID NO:96;および
(e)SEQ ID NO:98。
【請求項62】
以下からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:90;
(b)SEQ ID NO:92;
(c)SEQ ID NO:94;
(d)SEQ ID NO:96;および
(e)SEQ ID NO:98。
【請求項63】
HIV-2、HTLV-I、HTLV-II、SIV、トリ白血病ウイルス(ALV)、内因性トリレトロウイルス(EAV)、マウス乳腺癌ウイルス(MMTV)、ネコ免疫不全ウイルス(FIV)、ウシ免疫不全ウイルス(BIV)、ヤギ関節炎脳炎ウイルス(CAEV)、ビスナ-マエディウイルス、およびネコ白血病ウイルス(FeLV)からなる群より選択されるウイルスから誘導される、請求項53記載の組換え非HIV-Iレトロウイルス。
【請求項64】
以下からなる群より選択されるウイルスから誘導される、請求項63記載の組換え非HIV-Iレトロウイルス:
(a)SIV;
(b)FIV;
(c)EAIV;
(d)BIV;
(e)CAEV;および
(f)ビスナ-マエディウイルス。
【請求項65】
請求項53記載の組換え非HIV-1レトロウイルスに感染した適切な非ヒト動物宿主を含む、レンチウイルス感染の動物モデル。
【請求項66】
非ヒト動物宿主が以下からなる群より選択される、請求項65記載の動物モデル:
(a)ネコ;
(b)サル;
(c)類人猿;
(d)ウマ
(e)ヒツジ;
(f)ヤギ;
(g)ウシ;
(h)マウス;
(i)ラット;および
(j)鳥類。
【請求項67】
3-O-(3',-3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)に対して感受性ではない非HIV-レンチウイルスからのCA-SP1をコードするポリヌクレオチド配列を、DSB感受性HIV-1ウイルスのCA-SP1をコードする配列で置き換える段階を含む、DSBによる阻害に対して感受性である組換え非HIV-1レンチウイルスを作製する方法。
【請求項68】
組換え非HIV-1レンチウイルス中のCA-SP1をコードするポリヌクレオチド配列が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を含む、請求項67記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項69】
組換え非HIV-1レンチウイルス中のCA-SP1をコードするポリヌクレオチド配列が、以下からなる群より選択される配列を含む、請求項68記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項70】
組換えDSB感受性非HIV-1レンチウイルスのCA-SP1タンパク質が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項67記載の方法:
。
【請求項71】
DSB感受性組換え非HIV-1レンチウイルスのCA-SP1タンパク質が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項67記載の方法:
。
【請求項72】
組換えDSB感受性非HIV-1レンチウイルスのCA-SP1タンパク質が、SEQ ID NO:121〜443のいずれかから選択されるアミノ酸配列を有する、請求項67記載の方法。
【請求項73】
以下の段階を含む、請求項67記載の方法:
(a)レンチウイルスのゲノムから、SEQ ID NO:18のヌクレオチド1370〜1413に対応するヌクレオチドを除去する段階;および
(b)SEQ ID NO:18のヌクレオチド1370〜1413またはSEQ ID NO:19のヌクレオチド1857〜1899を、非HIV-1レンチウイルスの領域に挿入する段階。
【請求項74】
請求項67〜73のいずれか1項に記載の方法によって産生された組換え非HIV-1レンチウイルス。
【請求項75】
GagのCA-SP1切断部位またはその近傍において選択的に結合する抗体。
【請求項76】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列を結合する、請求項75記載の抗体:
。
【請求項77】
以下からなる群より選択されるアミノ酸に結合する、請求項75記載の抗体:
。
【請求項78】
SEQ ID NO:121〜443のいずれかから選択されるアミノ酸配列に結合する、請求項75記載の抗体。
【請求項79】
3-O-(3'3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングの阻害の減少を生じるHIV CA-SP1ポリペプチドにおける変異を含むポリペプチドを選択的に結合する、請求項75記載の抗体。
【請求項80】
変異が、CA-SP1切断部位もしくはその近傍、またはCA-SP1のSP1ドメインに位置する、請求項79記載の抗体。
【請求項81】
ポリペプチドが以下からなる群より選択される、請求項79記載の抗体:
。
【請求項82】
SEQ ID NO:2およびSEQ ID NO:3からなる群より選択されるアミノ酸配列を選択的に結合する、請求項79記載の抗体。
【請求項83】
以下からなる群より選択される請求項75記載の抗体:
(a)SP1を選択的に結合するがCA-SP1を結合しない抗体;
(b)CA-SP1を選択的に結合するがCAを結合しない抗体;および
(c)CAを選択的に結合するがCA-SP1を結合しない抗体。
【請求項84】
Gagへの3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸の結合を阻害する、請求項75記載の抗体。
【請求項85】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である、単離されたCA-SP1ポリペプチド:
。
【請求項86】
以下からなる群より選択される配列と同一である、請求項85記載の単離されたCA-SP1ポリペプチド:
。
【請求項87】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離されたCA-SP1ポリペプチド:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項88】
以下からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされる、請求項87記載の単離されたCA-SP1ポリペプチド:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項89】
SEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列からなる、HIV-1のCA-SP1領域から単離されたポリペプチド。
【請求項90】
3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25のプロセシングの阻害の減少を生じる変異を含む、HIV CA-SP1ポリペプチドから単離されたポリペプチド。
【請求項91】
変異がCA-SP1切断部位またはSP1ドメインに位置する、請求項90記載の単離されたポリペプチド。
【請求項92】
SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:9からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされる、請求項90記載の単離されたポリペプチド。
【請求項93】
3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25のプロセシングの阻害の減少を生じる変異を含み、該変異が以下からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列中で起こる、請求項90記載の単離されたポリペプチド:
。
【請求項94】
以下からなる群より選択される、請求項90記載の単離されたポリペプチド:
。
【請求項95】
SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、および10からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対してストリンジェントな条件下でハイブリダイズする単離されたポリヌクレオチドによってコードされる、請求項90記載の単離されたポリペプチド。
【請求項96】
キメラまたは融合タンパク質の一部である、請求項90記載の単離されたポリペプチド。
【請求項97】
HIV Gag p25タンパク質(CA SP1)の変異を含むアミノ酸配列をコードし、該変異が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングの阻害の減少を生じる、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項98】
p25のプロセシングの阻害の減少が、GagとのHIV-1プロテアーゼの相互作用の阻害の減少に起因する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項99】
p25のプロセシングの阻害の減少が、Gagへの3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸の結合の減少に起因する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項100】
p25のプロセシングの阻害の減少が、GagのCA-SP1切断部位またはその近傍におけるDSBの結合の減少に起因する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項101】
変異が、CA-SP1切断部位もしくはその近傍、またはCA-SP1のSP1ドメインに位置する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項102】
変異が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドまたはその近傍に位置する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド:
。
【請求項103】
SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:9からなる群より選択される、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項104】
SEQ ID NO:4およびSEQ ID NO:6からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対して少なくとも約95%の同一性を有する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項105】
SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:9からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対して少なくとも約80%の同一性を有する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項106】
SEQ ID NO:5およびSEQ ID NO:7からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対して少なくとも約95%の同一性を有する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項107】
SEQ ID NO:10のポリヌクレオチドに対して少なくとも約80%の同一性を有する、請求項97記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項108】
請求項97記載の単離されたポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項109】
請求項108記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項110】
培地中で請求項109記載の宿主細胞をインキュベートする段階、および該培地からポリペプチドを回収する段階を含む、ポリペプチドを産生する方法。
【請求項111】
以下の段階を含む、動物の細胞におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定する方法:
(a)CA-SP1切断部位を含むポリペプチドを試験化合物と接触させる段階;
(b)CA-SP1切断部位またはその近傍に選択的に結合する、標識された物質を加える段階;および
(c)該ポリペプチドへの該標識された物質の結合を測定する段階。
【請求項112】
化合物がCA-SP1切断部位またはその近傍に結合する、請求項111記載の方法。
【請求項113】
化合物が、HIV-1のCA-SP1切断部位との相互作用を阻害する、請求項111記載の方法。
【請求項114】
CA-SP1切断部位を含むポリペプチドがポリペプチドフラグメントまたは組換えペプチドである、請求項111記載の方法。
【請求項115】
標識された物質がCA-SP1に特異的な標識された抗体であり、対照と比較した、試験化合物の存在下でタンパク質に結合した標識された抗体の量の変化を測定する段階を含む、請求項111記載の方法。
【請求項116】
標識された物質が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸であり、方法が対照と比較して、試験化合物の存在下でタンパク質に結合した標識された3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸の量の変化を測定する段階を含む、請求項111記載の方法。
【請求項117】
標識された物質上の標識が、酵素、蛍光物質、化学発光物質、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ビオチン、アビジン、高電子密度物質、放射性同位元素、またはこれらの組み合わせである、請求項111記載の方法。
【請求項118】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定するための方法:
(a)CA-SP1切断部位を含むポリペプチドを、試験化合物の存在下でプロテアーゼと接触させる段階;および
(b)該ポリペプチドとのプロテアーゼの相互作用を検出する段階。
【請求項119】
プロテアーゼがHIV-1プロテアーゼから本質的になる、請求項118記載の方法。
【請求項120】
ポリペプチドが2つの蛍光部分で標識され、各々がCA-SP1切断部位の反対側に結合し、ここで、検出する段階が、試験化合物の存在下で1つの部分から他の部分への蛍光エネルギーの移動の測定を含む、請求項118記載の方法。
【請求項121】
ポリペプチドの切断に対する試験化合物の効果が、SP1、p24(CA)またはCA-SP1(p25)の少なくとも1つへの抗体の結合を測定することによって検出される、請求項118記載の方法。
【請求項122】
標識された抗体が、酵素、蛍光物質、化学発光物質、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ビオチン、アビジン、高電子密度物質、放射性同位元素、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される分子で標識される、請求項121記載の方法。
【請求項123】
以下の段階を含む、請求項118記載の方法:
(a)試験化合物の存在下で、HIV-1野生型CA-SP1切断部位を含む第1のポリペプチドを、HIV-1プロテアーゼと接触させる段階;
(b)該試験化合物の存在下で、変異型CA-SP1切断部位または代替のプロテアーゼ切断部位を含む第2のポリペプチドを、HIV-1プロテアーゼと接触させ、ここで該変異型切断部位または代替のプロテアーゼ切断部位の切断は、3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によって実質的に阻害されない段階;
(c)該第1のペプチドおよび第2のペプチドとのHIV-1の相互作用を検出する段階;ならびに
(d)該第1のポリペプチドの切断を、該第2のポリペプチドの切断と比較する段階。
【請求項124】
野生型CA-SP1、変異型CA-SP1、または代替のプロテアーゼ切断部位領域が、ポリペプチドフラグメントまたは組換えペプチド中に含まれる、請求項123記載の方法。
【請求項125】
ポリペプチドが蛍光部分および蛍光クエンチング部分で標識され、各々がCA-SP1切断部位の反対側に結合し、検出する段階が蛍光部分からのシグナルを測定することを含む、請求項123記載の方法。
【請求項126】
第1のポリペプチドまたは第2のポリペプチドの少なくとも1つがエピトープタグをさらに含む、請求項123記載の方法。
【請求項127】
(a)および(b)が細胞中で行われる、請求項123記載の方法。
【請求項128】
第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドとの化合物の相互作用を検出する段階がゲル電気泳動を含む、請求項123記載の方法。
【請求項129】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定するための方法:
(a)複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性である、第1のウイルスで感染した細胞と、試験化合物を接触させる段階;
(b)DSBに対して有意に減少した感受性を有する第2のウイルスで感染した細胞と、試験化合物を接触させる段階;
(c)第1のウイルスおよび第2のウイルスで感染した処理した細胞の表現型を決定する段階;ならびに
(d)第2のウイルスと比較して、第1のウイルスに対してより活性である試験化合物を選択する段階。
【請求項130】
表現型が以下からなる群より選択される、請求項129記載の方法:
(a)ウイルス複製;
(b)CA-SP1の切断;および
(c)変化したビリオン表現型の産生。
【請求項131】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定するための方法:
(a)複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性である、レンチウイルスで感染した細胞に試験化合物を適用する段階;および
(b)該感染した細胞に由来する溶解物を分析して、CA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階。
【請求項132】
溶解物が以下の少なくとも1つを溶解することによって得られる、請求項131記載の方法:
(a)感染した細胞;または
(b)放出されたウイルス粒子。
【請求項133】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、p25の存在または非存在を測定することを含む、請求項131記載の方法。
【請求項134】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、ウイルスタンパク質のウェスタンブロットを実行すること、およびp25に対する抗体を使用してp25を検出することを含む、請求項131記載の方法。
【請求項135】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、ウイルスタンパク質のゲル電気泳動を実行すること、および代謝的に標識されたタンパク質の画像処理を含む、請求項131記載の方法。
【請求項136】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、イムノアッセイを実行することを含む、請求項131記載の方法。
【請求項137】
イムノアッセイが以下の段階を含む、請求項133記載の方法:
(a)24を選択的に結合する抗体を使用して、基材上でp25およびp24を捕捉する段階;
(b)p25を選択的に結合する抗体を用いて、基材上のp25の存在または非存在を検出する段階。
【請求項138】
エピトープタグ配列がSP1に挿入され、分析する段階が、エピトープタグへの抗体を使用するp25の選択的検出を含む、請求項131記載の方法。
【請求項139】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定する方法:複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性である、レンチウイルスで感染した細胞に試験化合物を適用する段階;およびその後に、細胞によって放出されたウイルス粒子を、変化したビリオン表現型について分析する段階。
【請求項140】
分析する段階が、透過型電子顕微鏡法を含む、請求項139記載の方法。
【請求項141】
変化した表現型が以下からなる群より選択される、請求項139記載の方法:
(a)ウイルス粒子に関して非中心性の球状高電子密度コアを有するビリオン;
(b)ウイルス膜のすぐ内部に位置する半月状の高電子密度層を有するビリオン;
(c)感染性が減少しているか、または感染性を有さないビリオン;および
(d)(a)〜(c)のいずれか1つの組み合わせ。
【請求項142】
複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性であるレンチウイルスがHIV-1である、請求項129、131または139のいずれか1項記載の方法。
【請求項143】
複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性であるレンチウイルスが、HIV-1由来のCA-SP1をコードするヌクレオチドを含む組換え非HIV-1レンチウイルスであり、該レンチウイルスが以下からなる群より選択されるレンチウイルスから誘導される、請求項129、131または139のいずれか1項記載の方法:
(a)SIV;
(b)FIV;
(c)EAIV;
(d)BIV;
(e)CAEV;
(f)ビスナ-マエディウイルス;および
(g)HIV-2。
【請求項144】
DSBに対して有意に減少した感受性を有するウイルスが以下からなる群より選択される、請求項131記載の方法:
(a)SIV;
(b)FIV;
(c)EAIV;
(d)BIV;
(e)CAEV;
(f)ビスナ-マエディウイルス;
(g)HIV-2;および
(h)変異型HIV-1。
【請求項145】
以下の段階を含む、化合物を同定する方法:
(a)3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)に対して感受性であるレンチウイルスに感染した処置した動物における疾患の進行を測定する段階;
(b)該レンチウイルスに感染した未処理の動物における疾患の進行を測定する段階;
(c)該処置した動物および該未処理の動物の応答を比較する段階。
【請求項146】
以下の段階を含む、化合物を同定する方法:
(a)第1のレンチウイルスで感染した動物に化合物を投与し、該第1のレンチウイルスの複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)によって阻害される段階;
(b)第2のレンチウイルスで感染した動物に化合物を投与し、該第2のレンチウイルスの複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)によって実質的に阻害されない段階;
(c)該第2のレンチウイルスで感染した動物と比較して、該第1のレンチウイルスで感染した動物における疾患の進行を測定および比較する段階。
【請求項147】
以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する化合物の相互作用を測定する段階を含む、化合物を同定する方法:
。
【請求項148】
以下の段階を含む、患者がp25プロセシングを阻害する化合物による処置に対して感受性であるHIV-1に感染しているか否かを決定する方法:
(a)患者からの試料を入手する段階;
(b)該試料からCA-SP1をコードするウイルス核酸を入手する段階;
(c)該ウイルス核酸を遺伝子型決定する段階;
(d)該核酸が、そのプロセシングが3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性であるCA-SP1改変体をコードしているか否かを決定する段階。
【請求項149】
以下の段階を含む、その必要がある患者における疾患を治療する方法:
(a)ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な効果を有さない化合物を同定する段階;
(b)該化合物の販売および使用のための規制認可を得る段階;
販売およびその必要がある患者における疾患の治療のために該化合物をパッケージする段階。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10A】
【図10B】
【図10C】
【図10D】
【図10E】
【図10F】
【図10G】
【図10H】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18A】
【図18B】
【図18C】
【図19A】
【図19B】
【図19C】
【図19D】
【図19E】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23A】
【図23B】
【図23C】
【図23D】
【図23E】
【図23F】
【図23G】
【図23H】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10A】
【図10B】
【図10C】
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【図10E】
【図10F】
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【図12】
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【図15】
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【図17】
【図18A】
【図18B】
【図18C】
【図19A】
【図19B】
【図19C】
【図19D】
【図19E】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23A】
【図23B】
【図23C】
【図23D】
【図23E】
【図23F】
【図23G】
【図23H】
【公表番号】特表2008−504808(P2008−504808A)
【公表日】平成20年2月21日(2008.2.21)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2007−515290(P2007−515290)
【出願日】平成17年5月24日(2005.5.24)
【国際出願番号】PCT/US2005/018331
【国際公開番号】WO2005/113059
【国際公開日】平成17年12月1日(2005.12.1)
【公序良俗違反の表示】
(特許庁注:以下のものは登録商標)
1.UNIX
【出願人】(501360924)パナコス ファーマシューティカルズ インコーポレーティッド (3)
【出願人】(500122156)アメリカ合衆国 (3)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成20年2月21日(2008.2.21)
【国際特許分類】
【出願日】平成17年5月24日(2005.5.24)
【国際出願番号】PCT/US2005/018331
【国際公開番号】WO2005/113059
【国際公開日】平成17年12月1日(2005.12.1)
【公序良俗違反の表示】
(特許庁注:以下のものは登録商標)
1.UNIX
【出願人】(501360924)パナコス ファーマシューティカルズ インコーポレーティッド (3)
【出願人】(500122156)アメリカ合衆国 (3)
【Fターム(参考)】
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