ウイルス感染および細菌感染の診断および処置のための方法および組成物
本発明は、試料中のHIV-1、HIV-2、B型肝炎、C型肝炎、RSV、ロタウイルスAなどのウイルス、および結核菌の存在および量を決定するための方法および組成物を提供する。また、被験体がHIVに感染しているかどうか、ならびにそのタイプを決定するための方法も提供する。方法は、被験体からの試料をPDZポリペプチド(PDZ)もしくは他のPL結合因子、および/またはPDZリガンド(PL)と接触させる段階、ならびにPDZまたは他の結合因子とPLとの間に結合相互作用が起こるかどうかを決定する段階を含む。抗ウイルス作用物質および抗細菌用物質を同定するためのアッセイ、ならびにウイルスまたは細菌に感染した細胞におけるPLに対するPDZ結合を変化させる組成物を使用するための方法も提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
結核菌(M. tuberculosis) PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在しているかどうかを決定する段階を含む、患者が結核菌に感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者が結核菌に感染していることを示す、方法。
【請求項２】
前記決定する段階が、
患者試料を結核菌PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、結核菌の存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
結核菌PLタンパク質がESXN、ESXS、またはESAT-6である、請求項1記載の方法。
【請求項４】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項2記載の方法。
【請求項５】
PLモチーフが、結核菌ESXNタンパク質についてはSSWA (SEQ ID NO:269)であり、結核菌ESXSタンパク質についてはYTGF (SEQ ID NO:270)であり、結核菌ESAT-6タンパク質についてはGMFA (SEQ ID NO:271)である、請求項4記載の方法。
【請求項６】
結核菌ESXNタンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP2、KIAA1526、およびPSD95 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項5記載の方法。
【請求項７】
結核菌ESXSタンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、MAST2、MAST3、Shank3、APXL1、およびシンテニン(syntenin)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項5記載の方法。
【請求項８】
結核菌ESAT-6タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、INADL (p3)、RIM2、およびTIP2からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項5記載の方法。
【請求項９】
結核菌のPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項１０】
結核菌を検出するための、結核菌のPLタンパク質の使用。
【請求項１１】
結核菌を同定するための、結核菌のPLタンパク質に結合する抗体の使用。
【請求項１２】
結核菌を検出するための、結核菌のPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項１３】
結核を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、結核菌由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項１４】
HIV PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在しているかどうかを決定する段階を含む、患者がHIVに感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がHIVに感染していることを示す、方法。
【請求項１５】
前記決定する段階が、
患者試料をHIV PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、HIVの存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
HIVタンパク質がEnv、Nef、またはVifである、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項15記載の方法。
【請求項１８】
PLモチーフが、HIV-1 EnvについてはRALL (SEQ ID NO:242)またはRILL (SEQ ID NO:243)であり、HIV-1 Nefタンパク質についてはFKNC (SEQ ID NO:244)、FKDC (SEQ ID NO:245)、YKNC (SEQ ID NO:246)、またはYKDC (SEQ ID NO:247)であり、HIV2 Envタンパク質についてはIALL (SEQ ID NO:248)、LALL (SEQ ID NO:249)、またはLTALL (SEQ ID NO:250)であり、およびHIV-2 Vifタンパク質についてはEILA (SEQ ID NO:251)、GILA (SEQ ID NO:252)、またはDILA (SEQ ID NO:253)である、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
HIV-1のEnv PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、AIPC (p1)、GORASP1 (p1)、INADL (p3)、KIAA0316、KIAA1284、MAGI1 (p1)、MAST2、MINT1 (p1、2)、NSP、NOS1、PAR3 (p3)、PAR3L (p3)、PAR6β、RIM2、ロドフィリン(Rhodophilin)様、SITAC-18(p2)、SITAC-18 (p1)、KIAA1284、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
HIV-1のNef PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、MINT1、SITAC-18、TIP1、およびPICK1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項18記載の方法。
【請求項２１】
HIV-2のEnv PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、EBP50(p1)、KIAA1284、MAST2、NSP、PAR3、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3、およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項18記載の方法。
【請求項２２】
HIV-2のVif PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、INADL (p3)、RIM2、およびEBP50 (p1)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項18記載の方法。
【請求項２３】
HIVのPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項２４】
HIVを検出するための、HIVのPLタンパク質の使用。
【請求項２５】
HIVを検出するための、HIVのPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項２６】
HIVを検出するための、HIVのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項２７】
HIV感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、HIV由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項２８】
B型肝炎PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在するかどうかを決定する段階を含む、患者がB型肝炎に感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がB型肝炎に感染していることを示す、方法。
【請求項２９】
前記決定する段階が、
患者試料をB型肝炎PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、B型肝炎の存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
B型肝炎タンパク質が、タンパク質X、またはS抗原である、請求項28記載の方法。
【請求項３１】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
PLモチーフが、B型肝炎タンパク質XについてのFTSA (SEQ ID NO:254)であるか、またはB型肝炎S抗原についてのWVYI (SEQ ID NO:255)である、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
B型肝炎タンパク質XのPLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP2、KIAA1526、SITAC-18、MINT1 (p1、2)、DVL3、およびNOS1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項30記載の方法。
【請求項３４】
B型肝炎S抗原PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、PTPL1 (p4)、HEMBA 1003117、AF6、AIPC、SYNTENIN、MUPP1 (p3、7、9、11)、DVL2 (01)、ZO-3 (p1)、SIP1、AIPC (p1)、GORASP1 (p1)、INADL (p3)、KIAA0316、KIAA1284、MAGI1 (p1)、MAST2、MINT1 (p1、2)、NSP、NOS1、PAR3 (p3)、PAR3L (p3)、PAR6β、RIM2、ロドフィリン様、SITAC-18 (p2)、SITAC-18 (p1)、KIAA1284、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3、およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項30記載の方法。
【請求項３５】
B型肝炎のPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項３６】
B型肝炎ウイルスを検出するための、B型肝炎ウイルスのPLタンパク質の使用。
【請求項３７】
B型肝炎ウイルスを検出するための、B型肝炎ウイルスのPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項３８】
B型肝炎ウイルスを検出するための、B型肝炎ウイルスのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項３９】
B型肝炎感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、B型肝炎ウイルス由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項４０】
フラビウイルスPDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在するかどうかを決定する段階を含む、患者がフラビウイルスに感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がフラビウイルスに感染していることを示す、方法。
【請求項４１】
前記決定する段階が、
患者試料をフラビウイルスPLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、フラビウイルスの存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
フラビウイルスタンパク質がカプシドCまたはE1である、請求項40記載の方法。
【請求項４３】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項41記載の方法。
【請求項４４】
フラビウイルスがC型肝炎ウイルスであり、かつPLモチーフが、C型肝炎カプシドCタンパク質についてのPASA (SEQ ID NO:256)もしくはPVSA (SEQ ID NO:257)であるか、またはC型肝炎E1タンパク質についてのGVDA (SEQ ID NO:258)である、請求項41記載の方法。
【請求項４５】
C型肝炎カプシドC PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP-2およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項44記載の方法。
【請求項４６】
C型肝炎E1タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP2、RIM2、およびINADL (p3)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項44記載の方法。
【請求項４７】
フラビウイルスが、C型肝炎ウイルス、西ナイルウイルス、デング熱、日本脳炎ウイルス、黄熱病ウイルス、ダニ媒介性脳炎ウイルスからなる群より選択される、該フラビウイルスのPLタンパク質におけるカルボキシ末端モチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項４８】
任意でフラビウイルスがC型肝炎ウイルスである、フラビウイルスを検出するための、フラビウイルス由来のウイルス性PLタンパク質の使用。
【請求項４９】
任意でフラビウイルスがC型肝炎ウイルスである、フラビウイルスを検出するための、フラビウイルスのPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項５０】
任意でフラビウイルスがC型肝炎ウイルスである、フラビウイルスを検出するための、フラビウイルスのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項５１】
任意でフラビウイルスがC型肝炎である、フラビウイルス感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、フラビウイルス由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項５２】
RSV PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在するかどうかを決定する段階を含む、患者がRSVに感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がRSVに感染していることを示す、方法。
【請求項５３】
前記決定する段階が、
患者試料をRSV PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、RSVの存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項52記載の方法。
【請求項５４】
RSVタンパク質が核タンパク質である、請求項52記載の方法。
【請求項５５】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項53記載の方法。
【請求項５６】
PLモチーフが、RSV核タンパク質ついてのDVEL (SEQ ID NO:259)である、請求項55記載の方法。
【請求項５７】
RSV核タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、ZO-1 (p2)、RIM2、新規セリンプロテアーゼ、MINT1、EBP50 (p1)、AIPC (p1)、PAR3 (p3)、SIP1 (p1)、PTPL1 (p4)、HEMBA 1003117、AF6、AIPC、SYNTENIN、MUPP1 (p3、7、9、11)、DVL2(01)、ZO-3(p1)、SIPl、AIPC (p1)、GORASP1 (p1)、INADL (p3)、KIAA0316、KIAA1284、MAGI1 (p1)、MAST2、MINT1 (p1、2)、NSP、NOSl、PAR3 (p3)、PAR3L (p3)、PAR6β、RIM2、ロドフィリン様、SITAC-18 (p2)、SITAC-18 (p1)、KIAA1284、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3、およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項56記載の方法。
【請求項５８】
RSVのPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項５９】
RSVを検出するための、RSV PLタンパク質の使用。
【請求項６０】
RSVを検出するための、RSVタンパク質のPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項６１】
RSVを検出するための、RSVウイルスのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項６２】
RSV感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、RSV由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項６３】
ロタウイルスA PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在するかどうかを決定する段階を含む、患者がロタウイルスAに感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がロタウイルスAに感染していることを示す、方法。
【請求項６４】
前記決定する段階が、
患者試料をロタウイルスA PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、ロタウイルスAの存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項63記載の方法。
【請求項６５】
ロタウイルスAタンパク質が、VP4、VP7、NSP2、またはNSP5である、請求項63記載の方法。
【請求項６６】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項63記載の方法。
【請求項６７】
PLモチーフが、ロタウイルスA VP4タンパク質についてはQCKL (SEQ ID NO:260)またはQCRL (SEQ ID NO:261)、ロタウイルスA VP7タンパク質についてはYYRV (SEQ ID NO:262)またはYYRI(SEQ ID NO:263)、ロタウイルスA NSP2タンパク質についてはQVGI (SEQ ID NO:264)、HIGI (SEQ ID NO:265)、QIGI (SEQ ID NO:266)、またはRIGI (SEQ ID NO:267)、ロタウイルスA NSP5タンパク質についてはIKDL (SEQ ID NO:268)またはIEDL (SEQ ID NO:269)である、請求項63記載の方法。
【請求項６８】
ロタウイルスA VP4タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、MAGI3 (p5)、LIMミスティーク(mystique)、LIM-RIL、ENIGMA、MAGI1 (p3)、MAST2、MAGI2 (p5)、LIMタンパク質、およびZO-1(p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項67記載の方法。
【請求項６９】
ロタウイルスA VP7タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、GRIP1 (p6)、PTPL1 (p4)、MAST1、MUPP1 (p3、7、9)、KIAA1719 (p6)、MAST2、PICK1、およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項67記載の方法。
【請求項７０】
ロタウイルスA NSP2 PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、NOS1 (p1、2、3)、MINT1 (p2)、およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項67記載の方法。
【請求項７１】
ロタウイルスA NSP5 PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、NOS1、RIM2、およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項67記載の方法。
【請求項７２】
ロタウイルスA PLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項７３】
ロタウイルスAを検出するための、ロタウイルスa PLタンパク質の使用。
【請求項７４】
ロタウイルスAを同定するための、ロタウイルスA1タンパク質のPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項７５】
ロタウイルスAを検出するための、ロタウイルスAのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項７６】
ロタウイルスA感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、ロタウイルスA由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項１】
結核菌(M. tuberculosis) PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在しているかどうかを決定する段階を含む、患者が結核菌に感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者が結核菌に感染していることを示す、方法。
【請求項２】
前記決定する段階が、
患者試料を結核菌PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、結核菌の存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
結核菌PLタンパク質がESXN、ESXS、またはESAT-6である、請求項1記載の方法。
【請求項４】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項2記載の方法。
【請求項５】
PLモチーフが、結核菌ESXNタンパク質についてはSSWA (SEQ ID NO:269)であり、結核菌ESXSタンパク質についてはYTGF (SEQ ID NO:270)であり、結核菌ESAT-6タンパク質についてはGMFA (SEQ ID NO:271)である、請求項4記載の方法。
【請求項６】
結核菌ESXNタンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP2、KIAA1526、およびPSD95 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項5記載の方法。
【請求項７】
結核菌ESXSタンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、MAST2、MAST3、Shank3、APXL1、およびシンテニン(syntenin)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項5記載の方法。
【請求項８】
結核菌ESAT-6タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、INADL (p3)、RIM2、およびTIP2からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項5記載の方法。
【請求項９】
結核菌のPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項１０】
結核菌を検出するための、結核菌のPLタンパク質の使用。
【請求項１１】
結核菌を同定するための、結核菌のPLタンパク質に結合する抗体の使用。
【請求項１２】
結核菌を検出するための、結核菌のPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項１３】
結核を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、結核菌由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項１４】
HIV PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在しているかどうかを決定する段階を含む、患者がHIVに感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がHIVに感染していることを示す、方法。
【請求項１５】
前記決定する段階が、
患者試料をHIV PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、HIVの存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
HIVタンパク質がEnv、Nef、またはVifである、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項15記載の方法。
【請求項１８】
PLモチーフが、HIV-1 EnvについてはRALL (SEQ ID NO:242)またはRILL (SEQ ID NO:243)であり、HIV-1 Nefタンパク質についてはFKNC (SEQ ID NO:244)、FKDC (SEQ ID NO:245)、YKNC (SEQ ID NO:246)、またはYKDC (SEQ ID NO:247)であり、HIV2 Envタンパク質についてはIALL (SEQ ID NO:248)、LALL (SEQ ID NO:249)、またはLTALL (SEQ ID NO:250)であり、およびHIV-2 Vifタンパク質についてはEILA (SEQ ID NO:251)、GILA (SEQ ID NO:252)、またはDILA (SEQ ID NO:253)である、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
HIV-1のEnv PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、AIPC (p1)、GORASP1 (p1)、INADL (p3)、KIAA0316、KIAA1284、MAGI1 (p1)、MAST2、MINT1 (p1、2)、NSP、NOS1、PAR3 (p3)、PAR3L (p3)、PAR6β、RIM2、ロドフィリン(Rhodophilin)様、SITAC-18(p2)、SITAC-18 (p1)、KIAA1284、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
HIV-1のNef PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、MINT1、SITAC-18、TIP1、およびPICK1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項18記載の方法。
【請求項２１】
HIV-2のEnv PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、EBP50(p1)、KIAA1284、MAST2、NSP、PAR3、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3、およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項18記載の方法。
【請求項２２】
HIV-2のVif PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、INADL (p3)、RIM2、およびEBP50 (p1)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項18記載の方法。
【請求項２３】
HIVのPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項２４】
HIVを検出するための、HIVのPLタンパク質の使用。
【請求項２５】
HIVを検出するための、HIVのPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項２６】
HIVを検出するための、HIVのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項２７】
HIV感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、HIV由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項２８】
B型肝炎PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在するかどうかを決定する段階を含む、患者がB型肝炎に感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がB型肝炎に感染していることを示す、方法。
【請求項２９】
前記決定する段階が、
患者試料をB型肝炎PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、B型肝炎の存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
B型肝炎タンパク質が、タンパク質X、またはS抗原である、請求項28記載の方法。
【請求項３１】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
PLモチーフが、B型肝炎タンパク質XについてのFTSA (SEQ ID NO:254)であるか、またはB型肝炎S抗原についてのWVYI (SEQ ID NO:255)である、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
B型肝炎タンパク質XのPLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP2、KIAA1526、SITAC-18、MINT1 (p1、2)、DVL3、およびNOS1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項30記載の方法。
【請求項３４】
B型肝炎S抗原PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、PTPL1 (p4)、HEMBA 1003117、AF6、AIPC、SYNTENIN、MUPP1 (p3、7、9、11)、DVL2 (01)、ZO-3 (p1)、SIP1、AIPC (p1)、GORASP1 (p1)、INADL (p3)、KIAA0316、KIAA1284、MAGI1 (p1)、MAST2、MINT1 (p1、2)、NSP、NOS1、PAR3 (p3)、PAR3L (p3)、PAR6β、RIM2、ロドフィリン様、SITAC-18 (p2)、SITAC-18 (p1)、KIAA1284、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3、およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項30記載の方法。
【請求項３５】
B型肝炎のPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項３６】
B型肝炎ウイルスを検出するための、B型肝炎ウイルスのPLタンパク質の使用。
【請求項３７】
B型肝炎ウイルスを検出するための、B型肝炎ウイルスのPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項３８】
B型肝炎ウイルスを検出するための、B型肝炎ウイルスのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項３９】
B型肝炎感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、B型肝炎ウイルス由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項４０】
フラビウイルスPDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在するかどうかを決定する段階を含む、患者がフラビウイルスに感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がフラビウイルスに感染していることを示す、方法。
【請求項４１】
前記決定する段階が、
患者試料をフラビウイルスPLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、フラビウイルスの存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
フラビウイルスタンパク質がカプシドCまたはE1である、請求項40記載の方法。
【請求項４３】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項41記載の方法。
【請求項４４】
フラビウイルスがC型肝炎ウイルスであり、かつPLモチーフが、C型肝炎カプシドCタンパク質についてのPASA (SEQ ID NO:256)もしくはPVSA (SEQ ID NO:257)であるか、またはC型肝炎E1タンパク質についてのGVDA (SEQ ID NO:258)である、請求項41記載の方法。
【請求項４５】
C型肝炎カプシドC PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP-2およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項44記載の方法。
【請求項４６】
C型肝炎E1タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、TIP2、RIM2、およびINADL (p3)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項44記載の方法。
【請求項４７】
フラビウイルスが、C型肝炎ウイルス、西ナイルウイルス、デング熱、日本脳炎ウイルス、黄熱病ウイルス、ダニ媒介性脳炎ウイルスからなる群より選択される、該フラビウイルスのPLタンパク質におけるカルボキシ末端モチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項４８】
任意でフラビウイルスがC型肝炎ウイルスである、フラビウイルスを検出するための、フラビウイルス由来のウイルス性PLタンパク質の使用。
【請求項４９】
任意でフラビウイルスがC型肝炎ウイルスである、フラビウイルスを検出するための、フラビウイルスのPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項５０】
任意でフラビウイルスがC型肝炎ウイルスである、フラビウイルスを検出するための、フラビウイルスのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項５１】
任意でフラビウイルスがC型肝炎である、フラビウイルス感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、フラビウイルス由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項５２】
RSV PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在するかどうかを決定する段階を含む、患者がRSVに感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がRSVに感染していることを示す、方法。
【請求項５３】
前記決定する段階が、
患者試料をRSV PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、RSVの存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項52記載の方法。
【請求項５４】
RSVタンパク質が核タンパク質である、請求項52記載の方法。
【請求項５５】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項53記載の方法。
【請求項５６】
PLモチーフが、RSV核タンパク質ついてのDVEL (SEQ ID NO:259)である、請求項55記載の方法。
【請求項５７】
RSV核タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、ZO-1 (p2)、RIM2、新規セリンプロテアーゼ、MINT1、EBP50 (p1)、AIPC (p1)、PAR3 (p3)、SIP1 (p1)、PTPL1 (p4)、HEMBA 1003117、AF6、AIPC、SYNTENIN、MUPP1 (p3、7、9、11)、DVL2(01)、ZO-3(p1)、SIPl、AIPC (p1)、GORASP1 (p1)、INADL (p3)、KIAA0316、KIAA1284、MAGI1 (p1)、MAST2、MINT1 (p1、2)、NSP、NOSl、PAR3 (p3)、PAR3L (p3)、PAR6β、RIM2、ロドフィリン様、SITAC-18 (p2)、SITAC-18 (p1)、KIAA1284、PICK1、Shank 1、Shank 2、Shank 3、およびTIP1からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項56記載の方法。
【請求項５８】
RSVのPLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項５９】
RSVを検出するための、RSV PLタンパク質の使用。
【請求項６０】
RSVを検出するための、RSVタンパク質のPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項６１】
RSVを検出するための、RSVウイルスのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項６２】
RSV感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、RSV由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【請求項６３】
ロタウイルスA PDZリガンド(PL)タンパク質が患者試料中に存在するかどうかを決定する段階を含む、患者がロタウイルスAに感染しているかどうかを識別するための方法であって、該タンパク質の存在が患者がロタウイルスAに感染していることを示す、方法。
【請求項６４】
前記決定する段階が、
患者試料をロタウイルスA PLタンパク質に特異的に結合する作用物質に接触させる段階；および
作用物質とPLタンパク質との間の、ロタウイルスAの存在を示す特異的結合を検出する段階を含む、請求項63記載の方法。
【請求項６５】
ロタウイルスAタンパク質が、VP4、VP7、NSP2、またはNSP5である、請求項63記載の方法。
【請求項６６】
PLタンパク質に特異的に結合する作用物質がPLモチーフに結合する、請求項63記載の方法。
【請求項６７】
PLモチーフが、ロタウイルスA VP4タンパク質についてはQCKL (SEQ ID NO:260)またはQCRL (SEQ ID NO:261)、ロタウイルスA VP7タンパク質についてはYYRV (SEQ ID NO:262)またはYYRI(SEQ ID NO:263)、ロタウイルスA NSP2タンパク質についてはQVGI (SEQ ID NO:264)、HIGI (SEQ ID NO:265)、QIGI (SEQ ID NO:266)、またはRIGI (SEQ ID NO:267)、ロタウイルスA NSP5タンパク質についてはIKDL (SEQ ID NO:268)またはIEDL (SEQ ID NO:269)である、請求項63記載の方法。
【請求項６８】
ロタウイルスA VP4タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、MAGI3 (p5)、LIMミスティーク(mystique)、LIM-RIL、ENIGMA、MAGI1 (p3)、MAST2、MAGI2 (p5)、LIMタンパク質、およびZO-1(p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項67記載の方法。
【請求項６９】
ロタウイルスA VP7タンパク質PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、GRIP1 (p6)、PTPL1 (p4)、MAST1、MUPP1 (p3、7、9)、KIAA1719 (p6)、MAST2、PICK1、およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項67記載の方法。
【請求項７０】
ロタウイルスA NSP2 PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、NOS1 (p1、2、3)、MINT1 (p2)、およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項67記載の方法。
【請求項７１】
ロタウイルスA NSP5 PLモチーフに特異的に結合する作用物質が、NOS1、RIM2、およびZO-1 (p2)からなる群より選択されるPDZタンパク質である、請求項67記載の方法。
【請求項７２】
ロタウイルスA PLタンパク質におけるカルボキシ末端PLモチーフに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項７３】
ロタウイルスAを検出するための、ロタウイルスa PLタンパク質の使用。
【請求項７４】
ロタウイルスAを同定するための、ロタウイルスA1タンパク質のPLモチーフに結合する抗体の使用。
【請求項７５】
ロタウイルスAを検出するための、ロタウイルスAのPLタンパク質に結合するPDZポリペプチドの使用。
【請求項７６】
ロタウイルスA感染を処置するために有用な活性について化合物をスクリーニングするための、ロタウイルスA由来のPLタンパク質および該PLタンパク質に結合するPDZタンパク質の使用。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【公表番号】特表２００９−５０３４３９（Ｐ２００９−５０３４３９Ａ）
【公表日】平成２１年１月２９日（２００９．１．２９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５１９７２２（Ｐ２００８−５１９７２２）
【出願日】平成１８年７月３日（２００６．７．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０２６１６０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／００５９４８
【国際公開日】平成１９年１月１１日（２００７．１．１１）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
２．テフロン
【出願人】（５０５０８８０２０）アルボー ビータ コーポレーション (12)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年１月２９日（２００９．１．２９）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年７月３日（２００６．７．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０２６１６０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／００５９４８
【国際公開日】平成１９年１月１１日（２００７．１．１１）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
２．テフロン
【出願人】（５０５０８８０２０）アルボー ビータ コーポレーション (12)
【Ｆターム（参考）】
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