エピメタボリックシフター、多次元細胞内分子、または環境影響因子を使用する腫瘍性障害の診断のための方法
エピメタボリックシフター、多次元細胞内分子、または環境影響因子を使用して、ヒトにおいて腫瘍性障害を診断するための方法および製剤が記載される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記被験体が腫瘍性障害に罹患していることの指標となり、それにより、前記被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価する、前記方法。
【請求項２】
被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに、
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記被験体が腫瘍性障害に罹患していることの指標となり、それにより、前記被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価する、前記方法。
【請求項３】
被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および５〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があることの指標となり、それにより、前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断する、前記方法。
【請求項４】
被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があることの指標となり、それにより、前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断する、前記方法。
【請求項５】
被験体において腫瘍性障害の再発を予後診断する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、腫瘍性障害の再発の指標となり、それにより、前記被験体における腫瘍性障害の再発を予後診断する、前記方法。
【請求項６】
被験体において腫瘍性障害の再発を予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、腫瘍性障害の再発の指標となり、それにより、前記被験体における腫瘍性障害の再発を予後診断する、前記方法。
【請求項７】
腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、被験体の生存の指標となり、それにより、腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断する、前記方法。
【請求項８】
腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、被験体の生存の指標となり、それにより、腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断する、前記方法。
【請求項９】
被験体において腫瘍性障害の侵襲性を予後診断する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記腫瘍性障害が侵襲性であることの指標となり、それにより、前記被験体の腫瘍性障害の侵襲性を予後診断する、前記方法。
【請求項１０】
被験体において腫瘍性障害の侵襲性を予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記腫瘍性障害が侵襲性であることの指標となり、それにより、前記被験体の腫瘍性障害の侵襲性を予後診断する、前記方法。
【請求項１１】
被験体において腫瘍性障害の進行を監視する方法であって、被験体に処置レジメンの少なくとも一部を投与する前に前記被験体から得られた第１の試料中に存在するマーカーの発現レベルと、処置レジメンの少なくとも一部の投与後に前記被験体から得られた第２の試料中に存在するマーカーの発現レベルを比較することを含み、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択され、それにより、前記被験体における腫瘍性障害の進行を監視する、前記方法。
【請求項１２】
被験体において腫瘍性障害の進行を監視する方法であって：被験体に処置レジメンの少なくとも一部を投与する前に前記被験体から得られた第１の試料中に存在するマーカーの発現レベルと、処置レジメンの少なくとも一部の投与後に前記被験体から得られた第２の試料中に存在するマーカーの発現レベルを比較することを含み、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節され、それにより、前記被験体における腫瘍性障害の進行を監視する、前記方法。
【請求項１３】
被験体において腫瘍性障害の処置について治療の有効性を評価するための方法であって：被験体に処置レジメンの少なくとも一部を投与する前に前記被験体から得られた第１の試料中に存在するマーカーの発現レベルと、処置レジメンの少なくとも一部の投与後に前記被験体から得られた第２の試料中に存在するマーカーの発現レベルを比較することを含み、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択され、前記第１の試料と比較した前記第２の試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記治療が前記被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となる、前記方法。
【請求項１４】
被験体の腫瘍性障害の処置について治療の有効性を評価するための方法であって：被験体に処置レジメンの少なくとも一部を投与する前に前記被験体から得られた第１の試料中に存在するマーカーの発現レベルと、処置レジメンの少なくとも一部の投与後に前記被験体から得られた第２の試料中に存在するマーカーの発現レベルを比較することを含み、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節され、前記第１の試料と比較した前記第２の試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記治療が前記被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となる、前記方法。
【請求項１５】
それが必要な被験体の腫瘍性障害の処置について環境影響因子化合物の有効性を評価する方法であって：
（１）正の倍率変化および／または負の倍率変化を有している、被験体から得られた生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記生物試料は、環境影響因子化合物に曝されており、そして前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；
（２）被験体から得られた第２の生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記試料は、環境影響因子化合物に曝されていない；ならびに、
（３）環境影響因子化合物に曝された生物試料中での１つまたは複数のマーカーの発現レベルと、環境影響因子化合物に曝されていない生物試料中での１つまたは複数のマーカーの発現レベルを比較すること
を含み、
ここで、第２の試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルと比較した、環境影響因子化合物に曝された生物試料中に存在する負の倍率変化を有する１つまたは複数のマーカーの発現レベルの低下が、前記環境影響因子化合物が腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となり、第２の試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルと比較した、環境影響因子化合物に曝された生物試料中に存在する正の倍率変化を有する１つまたは複数のマーカーの発現レベルの増大が、前記環境影響因子化合物が腫瘍性障害を有している被験体において腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となり、
それにより、腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置についての前記環境影響因子化合物の有効性を評価する、前記方法。
【請求項１６】
それが必要な被験体の腫瘍性障害の処置について環境影響因子化合物の有効性を評価する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記生物試料は環境影響因子化合物に曝されており、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現は、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように上方調節または下方調節される；
（２）被験体から得られた第２の生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記試料は、環境影響因子化合物に曝されていない；ならびに、
（３）環境影響因子化合物に曝された生物試料中での１つまたは複数のマーカーの発現レベルと、環境影響因子化合物に曝されていない生物試料中での１つまたは複数のマーカーの発現レベルを比較すること
を含み、
ここで、前記環境影響因子化合物に曝された生物試料中での、第２の試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルと比較した１つまたは複数の下方調節されたマーカーの発現レベルの低下が、前記環境影響因子化合物が腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となり、そして
ここでは、前記環境影響因子化合物に曝された生物試料中での、第２の試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルと比較した１つまたは複数の上方調節されたマーカーの発現レベルにおける増大が、前記環境影響因子化合物が腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となり、
それにより、腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置についての前記環境影響因子化合物の有効性を評価する、前記方法。
【請求項１７】
被験体の腫瘍性障害を処置するための化合物を同定する方法であって：
（１）被験体から生物試料を得ること；
（２）前記生物試料を試験化合物と接触させること；
（３）前記被験体から得られた生物試料中に存在する、正の倍率変化および／または負の倍率変化を有している１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；
（４）生物試料中の１つまたは複数のマーカーの発現レベルを試験化合物と接触させなかった対照試料と比較すること；ならびに、
（５）生物試料中に存在する１つ以上のマーカーの発現のレベルをネガティブ倍数変化を伴って減少させる試験化合物、および／または生物試料中に存在する１つ以上のマーカーの発現のレベルをポジティブ倍数変化を伴って増加させる試験化合物を選択すること
を含み、
それにより、被験体の腫瘍性障害を処置するための化合物を同定する、前記方法。
【請求項１８】
被験体の腫瘍性障害を処置するための化合物を同定する方法であって：
（１）被験体から生物試料を得ること；
（２）前記生物試料を試験化合物と接触させること；
（３）前記被験体から得られた生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中で、前記マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように上方調節されているかまたは下方調節されている；
（４）生物試料中の１つまたは複数のマーカーの発現レベルを試験化合物と接触させなかった対照試料と比較すること；ならびに、
（５）前記生物試料中で１つまたは複数の下方調節されたマーカーの発現レベルを低下させる、および／あるいは前記生物試料中で１つまたは複数の上方調節されたマーカーの発現レベルを増大させる試験化合物を選択すること
を含み、
それにより、被験体の腫瘍性障害を処置するための化合物を同定する、前記方法。
【請求項１９】
腫瘍性障害が、白血病、リンパ腫、黒色腫、癌腫、および肉腫からなる群より選択される腫瘍性障害である、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
哺乳動物の癌性細胞中では、前記マーカーが、細胞代謝エネルギーの解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化へのシフトを、正常な生理学的条件下にある哺乳動物の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように選択的に誘発する、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
試料は被験体から得られる流体を含む、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記流体が、血液、嘔吐物、唾液、リンパ液、嚢胞液、尿、気管支洗浄により収集された流体、腹腔洗浄により収集された流体、および婦人科学的流体からなる群より選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
試料が血液試料またはその成分である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
試料が被験体から得られた組織またはその成分を含む、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
組織が、骨、結合組織、軟骨、肺、肝臓、腎臓、筋肉組織、心臓、膵臓、および皮膚からなる群より選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記被験体がヒトである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
生物試料中のマーカーの発現レベルは、試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部をアッセイすることによって決定される、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
転写されたポリヌクレオチドをアッセイすることは、転写されたポリヌクレオチドを増幅することを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
被験体試料におけるマーカーの発現レベルは、試料中でタンパク質またはその一部をアッセイすることによって決定される、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
タンパク質が、前記タンパク質に特異的に結合する試薬を使用してアッセイされる、請求項１〜２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記試薬が標識されている、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記試薬が、抗体および抗原結合性抗体フラグメントからなる群より選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
試料中のマーカーの発現レベルは、前記試料の、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅反応、逆転写酵素ＰＣＲ分析、一本鎖コンホメーション多型分析（ＳＳＣＰ）、ミスマッチ切断検出、ヘテロ二重鎖分析、サザンブロット分析、ノーザンブロット分析、ウェスタンブロット分析、インサイチュハイブリダイゼーション、アレイ分析、デオキシリボ核酸配列決定、制限フラグメント長多型分析、およびこれらの組み合わせまたは下位組み合わせからなる群より選択される技術を使用して決定される、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
試料中のマーカーの発現レベルが、免疫組織化学、免疫細胞化学、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ、および質量分析からなる群より選択される技術を使用して決定される、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
マーカーが、ＨＮＦ４アルファ、Ｂｃｌ−ｘｌ、Ｂｃｌ−ｘＳ、ＢＮＩＰ−２、Ｂｃｌ−２、Ｂｉｒｃ６、Ｂｃｌ−２−Ｌ１１（Ｂｉｍ）、ＸＩＡＰ、ＢＲＡＦ、Ｂａｘ、ｃ−Ｊｕｎ、Ｂｍｆ、ＰＵＭＡ、ｃＭｙｃ、トランスアルドラーゼ１、ＣＯＱ１、ＣＯＱ３、ＣＯＱ６、プレニルトランスフェラーゼ、４−ヒドロベンゾエート、好中球サイトゾル因子２、１酸化窒素シンターゼ２Ａ、スーパーオキシドディスムターゼ２、ＶＤＡＣ、Ｂａｘチャネル、ＡＮＴ、シトクロムｃ、複合体１、複合体ＩＩ、複合体ＩＩＩ、複合体ＩＶ、Ｆｏｘｏ３ａ、ＤＪ−１、ＩＤＨ−１、Ｃｐｔ１Ｃ、およびカムキナーゼＩＩからなる群より選択されるマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
マーカーが、アポトーシスと関連するマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
マーカーが、酸化ストレスと関連するマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
マーカーが、熱ショックと関連するマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
マーカーが、血管形成と関連するマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
複数のマーカーの発現レベルが決定される、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
前記被験体が、環境影響因子化合物、外科手術、放射線治療、ホルモン療法、抗体療法、成長因子を用いた治療、サイトカイン、および化学療法からなる群より選択される治療で処置されている、請求項５〜８、１１、および１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
前記治療に環境影響因子化合物が含まれる、請求項１３〜１４または４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４３】
前記治療に、外科手術、放射線治療、ホルモン療法、抗体療法、成長因子を用いた治療、サイトカイン、および化学療法からなる群より選択される処置レジメンがさらに含まれる、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
環境影響因子化合物が、多次元細胞内分子（ＭＩＭ）またはエピメタボリックシフター（エピシフター）である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４５】
環境影響因子化合物がＣｏＱ１０である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４６】
環境影響因子化合物がビタミンＤ３である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４７】
環境影響因子化合物が、アセチルＣｏＡ、パルミチル、Ｌ−カルニチン、チロシン、フェニルアラニン、システイン、および小分子からなる群より選択される化合物である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４８】
環境影響因子化合物が、フィブロネクチン、ＴＮＦアルファ、ＩＬ−５、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３、血管形成因子、およびアポトーシス因子からなる群より選択される化合物である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４９】
被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５０】
被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５１】
被験体において腫瘍性障害の再発を予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを評価するための試薬、ならびに腫瘍性障害の再発を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５２】
腫瘍性障害の再発を予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを評価するための試薬、ならびに腫瘍性障害の再発を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５３】
腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５４】
被験体の腫瘍性障害について侵襲性を予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記被験体の腫瘍性障害について侵襲性を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５５】
被験体において腫瘍性障害の進行を監視するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに被験体において腫瘍性障害の進行を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５６】
腫瘍性障害の処置についての治療の有効性を評価するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに腫瘍性障害の処置についての前記治療の有効性を評価するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５７】
腫瘍性障害を有している被験体において、腫瘍性障害の処置についての環境影響因子化合物の有効性を評価するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記腫瘍性障害を有している被験体において、腫瘍性障害の処置についての環境影響因子化合物の有効性を評価するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５８】
被験体から生物試料を入手するための手段をさらに含む、請求項４９〜５７のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５９】
対照試料をさらに含む、請求項４９〜５８のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６０】
少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための手段が、試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部をアッセイするための手段を含む、請求項４９〜５９のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６１】
少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための手段が、試料中のタンパク質またはその一部をアッセイするための手段を含む、請求項４９〜５９のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６２】
環境影響因子化合物をさらに含む、請求項４９〜６１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６３】
複数のマーカーの発現レベルを決定するための試薬を含む、請求項４９〜６２のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６４】
被験体がＣｏＱ１０反応性状態に罹患しているか否かを評価する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、対照試料中のマーカーの発現レベルと比較された、被験体から入手された生物試料中のマーカーの発現レベルの調節は、被験体がＣｏＱ１０反応性状態に罹患していることの指標となり、それにより、前記被験体がＣｏＱ１０反応性状態に罹患しているか否かを評価する、前記方法。
【請求項６５】
ＣｏＱ１０反応性状態が腫瘍性障害である、請求項６４に記載の方法。
【請求項１】
被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記被験体が腫瘍性障害に罹患していることの指標となり、それにより、前記被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価する、前記方法。
【請求項２】
被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに、
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記被験体が腫瘍性障害に罹患していることの指標となり、それにより、前記被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価する、前記方法。
【請求項３】
被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および５〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があることの指標となり、それにより、前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断する、前記方法。
【請求項４】
被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があることの指標となり、それにより、前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断する、前記方法。
【請求項５】
被験体において腫瘍性障害の再発を予後診断する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、腫瘍性障害の再発の指標となり、それにより、前記被験体における腫瘍性障害の再発を予後診断する、前記方法。
【請求項６】
被験体において腫瘍性障害の再発を予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、腫瘍性障害の再発の指標となり、それにより、前記被験体における腫瘍性障害の再発を予後診断する、前記方法。
【請求項７】
腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、被験体の生存の指標となり、それにより、腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断する、前記方法。
【請求項８】
腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、被験体の生存の指標となり、それにより、腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断する、前記方法。
【請求項９】
被験体において腫瘍性障害の侵襲性を予後診断する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記腫瘍性障害が侵襲性であることの指標となり、それにより、前記被験体の腫瘍性障害の侵襲性を予後診断する、前記方法。
【請求項１０】
被験体において腫瘍性障害の侵襲性を予後診断する方法であって：
（１）前記被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、前記対照試料中のマーカーの発現レベルと比較した前記被験体から得られた生物試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記腫瘍性障害が侵襲性であることの指標となり、それにより、前記被験体の腫瘍性障害の侵襲性を予後診断する、前記方法。
【請求項１１】
被験体において腫瘍性障害の進行を監視する方法であって、被験体に処置レジメンの少なくとも一部を投与する前に前記被験体から得られた第１の試料中に存在するマーカーの発現レベルと、処置レジメンの少なくとも一部の投与後に前記被験体から得られた第２の試料中に存在するマーカーの発現レベルを比較することを含み、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択され、それにより、前記被験体における腫瘍性障害の進行を監視する、前記方法。
【請求項１２】
被験体において腫瘍性障害の進行を監視する方法であって：被験体に処置レジメンの少なくとも一部を投与する前に前記被験体から得られた第１の試料中に存在するマーカーの発現レベルと、処置レジメンの少なくとも一部の投与後に前記被験体から得られた第２の試料中に存在するマーカーの発現レベルを比較することを含み、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節され、それにより、前記被験体における腫瘍性障害の進行を監視する、前記方法。
【請求項１３】
被験体において腫瘍性障害の処置について治療の有効性を評価するための方法であって：被験体に処置レジメンの少なくとも一部を投与する前に前記被験体から得られた第１の試料中に存在するマーカーの発現レベルと、処置レジメンの少なくとも一部の投与後に前記被験体から得られた第２の試料中に存在するマーカーの発現レベルを比較することを含み、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択され、前記第１の試料と比較した前記第２の試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記治療が前記被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となる、前記方法。
【請求項１４】
被験体の腫瘍性障害の処置について治療の有効性を評価するための方法であって：被験体に処置レジメンの少なくとも一部を投与する前に前記被験体から得られた第１の試料中に存在するマーカーの発現レベルと、処置レジメンの少なくとも一部の投与後に前記被験体から得られた第２の試料中に存在するマーカーの発現レベルを比較することを含み、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように調節され、前記第１の試料と比較した前記第２の試料中のマーカーの発現レベルにおける調節が、前記治療が前記被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となる、前記方法。
【請求項１５】
それが必要な被験体の腫瘍性障害の処置について環境影響因子化合物の有効性を評価する方法であって：
（１）正の倍率変化および／または負の倍率変化を有している、被験体から得られた生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記生物試料は、環境影響因子化合物に曝されており、そして前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；
（２）被験体から得られた第２の生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記試料は、環境影響因子化合物に曝されていない；ならびに、
（３）環境影響因子化合物に曝された生物試料中での１つまたは複数のマーカーの発現レベルと、環境影響因子化合物に曝されていない生物試料中での１つまたは複数のマーカーの発現レベルを比較すること
を含み、
ここで、第２の試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルと比較した、環境影響因子化合物に曝された生物試料中に存在する負の倍率変化を有する１つまたは複数のマーカーの発現レベルの低下が、前記環境影響因子化合物が腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となり、第２の試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルと比較した、環境影響因子化合物に曝された生物試料中に存在する正の倍率変化を有する１つまたは複数のマーカーの発現レベルの増大が、前記環境影響因子化合物が腫瘍性障害を有している被験体において腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となり、
それにより、腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置についての前記環境影響因子化合物の有効性を評価する、前記方法。
【請求項１６】
それが必要な被験体の腫瘍性障害の処置について環境影響因子化合物の有効性を評価する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記生物試料は環境影響因子化合物に曝されており、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中では、マーカーの発現は、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように上方調節または下方調節される；
（２）被験体から得られた第２の生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記試料は、環境影響因子化合物に曝されていない；ならびに、
（３）環境影響因子化合物に曝された生物試料中での１つまたは複数のマーカーの発現レベルと、環境影響因子化合物に曝されていない生物試料中での１つまたは複数のマーカーの発現レベルを比較すること
を含み、
ここで、前記環境影響因子化合物に曝された生物試料中での、第２の試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルと比較した１つまたは複数の下方調節されたマーカーの発現レベルの低下が、前記環境影響因子化合物が腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となり、そして
ここでは、前記環境影響因子化合物に曝された生物試料中での、第２の試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルと比較した１つまたは複数の上方調節されたマーカーの発現レベルにおける増大が、前記環境影響因子化合物が腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置に有効であることの指標となり、
それにより、腫瘍性障害を有している被験体の腫瘍性障害の処置についての前記環境影響因子化合物の有効性を評価する、前記方法。
【請求項１７】
被験体の腫瘍性障害を処置するための化合物を同定する方法であって：
（１）被験体から生物試料を得ること；
（２）前記生物試料を試験化合物と接触させること；
（３）前記被験体から得られた生物試料中に存在する、正の倍率変化および／または負の倍率変化を有している１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；
（４）生物試料中の１つまたは複数のマーカーの発現レベルを試験化合物と接触させなかった対照試料と比較すること；ならびに、
（５）生物試料中に存在する１つ以上のマーカーの発現のレベルをネガティブ倍数変化を伴って減少させる試験化合物、および／または生物試料中に存在する１つ以上のマーカーの発現のレベルをポジティブ倍数変化を伴って増加させる試験化合物を選択すること
を含み、
それにより、被験体の腫瘍性障害を処置するための化合物を同定する、前記方法。
【請求項１８】
被験体の腫瘍性障害を処置するための化合物を同定する方法であって：
（１）被験体から生物試料を得ること；
（２）前記生物試料を試験化合物と接触させること；
（３）前記被験体から得られた生物試料中に存在する１つまたは複数のマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、細胞代謝エネルギーが解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化にシフトするように誘導された腫瘍性障害の癌性細胞中で、前記マーカーの発現が、正常な生理学的条件下にある被験体の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように上方調節されているかまたは下方調節されている；
（４）生物試料中の１つまたは複数のマーカーの発現レベルを試験化合物と接触させなかった対照試料と比較すること；ならびに、
（５）前記生物試料中で１つまたは複数の下方調節されたマーカーの発現レベルを低下させる、および／あるいは前記生物試料中で１つまたは複数の上方調節されたマーカーの発現レベルを増大させる試験化合物を選択すること
を含み、
それにより、被験体の腫瘍性障害を処置するための化合物を同定する、前記方法。
【請求項１９】
腫瘍性障害が、白血病、リンパ腫、黒色腫、癌腫、および肉腫からなる群より選択される腫瘍性障害である、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
哺乳動物の癌性細胞中では、前記マーカーが、細胞代謝エネルギーの解糖からミトコンドリアの酸化的リン酸化へのシフトを、正常な生理学的条件下にある哺乳動物の正常な細胞中で観察されるレベルに向かうように選択的に誘発する、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
試料は被験体から得られる流体を含む、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記流体が、血液、嘔吐物、唾液、リンパ液、嚢胞液、尿、気管支洗浄により収集された流体、腹腔洗浄により収集された流体、および婦人科学的流体からなる群より選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
試料が血液試料またはその成分である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
試料が被験体から得られた組織またはその成分を含む、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
組織が、骨、結合組織、軟骨、肺、肝臓、腎臓、筋肉組織、心臓、膵臓、および皮膚からなる群より選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記被験体がヒトである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
生物試料中のマーカーの発現レベルは、試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部をアッセイすることによって決定される、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
転写されたポリヌクレオチドをアッセイすることは、転写されたポリヌクレオチドを増幅することを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
被験体試料におけるマーカーの発現レベルは、試料中でタンパク質またはその一部をアッセイすることによって決定される、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
タンパク質が、前記タンパク質に特異的に結合する試薬を使用してアッセイされる、請求項１〜２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記試薬が標識されている、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記試薬が、抗体および抗原結合性抗体フラグメントからなる群より選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
試料中のマーカーの発現レベルは、前記試料の、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅反応、逆転写酵素ＰＣＲ分析、一本鎖コンホメーション多型分析（ＳＳＣＰ）、ミスマッチ切断検出、ヘテロ二重鎖分析、サザンブロット分析、ノーザンブロット分析、ウェスタンブロット分析、インサイチュハイブリダイゼーション、アレイ分析、デオキシリボ核酸配列決定、制限フラグメント長多型分析、およびこれらの組み合わせまたは下位組み合わせからなる群より選択される技術を使用して決定される、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
試料中のマーカーの発現レベルが、免疫組織化学、免疫細胞化学、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ、および質量分析からなる群より選択される技術を使用して決定される、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
マーカーが、ＨＮＦ４アルファ、Ｂｃｌ−ｘｌ、Ｂｃｌ−ｘＳ、ＢＮＩＰ−２、Ｂｃｌ−２、Ｂｉｒｃ６、Ｂｃｌ−２−Ｌ１１（Ｂｉｍ）、ＸＩＡＰ、ＢＲＡＦ、Ｂａｘ、ｃ−Ｊｕｎ、Ｂｍｆ、ＰＵＭＡ、ｃＭｙｃ、トランスアルドラーゼ１、ＣＯＱ１、ＣＯＱ３、ＣＯＱ６、プレニルトランスフェラーゼ、４−ヒドロベンゾエート、好中球サイトゾル因子２、１酸化窒素シンターゼ２Ａ、スーパーオキシドディスムターゼ２、ＶＤＡＣ、Ｂａｘチャネル、ＡＮＴ、シトクロムｃ、複合体１、複合体ＩＩ、複合体ＩＩＩ、複合体ＩＶ、Ｆｏｘｏ３ａ、ＤＪ−１、ＩＤＨ−１、Ｃｐｔ１Ｃ、およびカムキナーゼＩＩからなる群より選択されるマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
マーカーが、アポトーシスと関連するマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
マーカーが、酸化ストレスと関連するマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
マーカーが、熱ショックと関連するマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
マーカーが、血管形成と関連するマーカーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
複数のマーカーの発現レベルが決定される、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
前記被験体が、環境影響因子化合物、外科手術、放射線治療、ホルモン療法、抗体療法、成長因子を用いた治療、サイトカイン、および化学療法からなる群より選択される治療で処置されている、請求項５〜８、１１、および１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
前記治療に環境影響因子化合物が含まれる、請求項１３〜１４または４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４３】
前記治療に、外科手術、放射線治療、ホルモン療法、抗体療法、成長因子を用いた治療、サイトカイン、および化学療法からなる群より選択される処置レジメンがさらに含まれる、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
環境影響因子化合物が、多次元細胞内分子（ＭＩＭ）またはエピメタボリックシフター（エピシフター）である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４５】
環境影響因子化合物がＣｏＱ１０である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４６】
環境影響因子化合物がビタミンＤ３である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４７】
環境影響因子化合物が、アセチルＣｏＡ、パルミチル、Ｌ−カルニチン、チロシン、フェニルアラニン、システイン、および小分子からなる群より選択される化合物である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４８】
環境影響因子化合物が、フィブロネクチン、ＴＮＦアルファ、ＩＬ−５、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３、血管形成因子、およびアポトーシス因子からなる群より選択される化合物である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４９】
被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記被験体が腫瘍性障害に罹患しているかどうかを評価するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５０】
被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記被験体に腫瘍性障害を発症する素因があるかどうかを予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５１】
被験体において腫瘍性障害の再発を予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを評価するための試薬、ならびに腫瘍性障害の再発を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５２】
腫瘍性障害の再発を予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを評価するための試薬、ならびに腫瘍性障害の再発を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５３】
腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記腫瘍性障害を持つ被験体の生存を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５４】
被験体の腫瘍性障害について侵襲性を予後診断するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記被験体の腫瘍性障害について侵襲性を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５５】
被験体において腫瘍性障害の進行を監視するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに被験体において腫瘍性障害の進行を予後診断するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５６】
腫瘍性障害の処置についての治療の有効性を評価するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに腫瘍性障害の処置についての前記治療の有効性を評価するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５７】
腫瘍性障害を有している被験体において、腫瘍性障害の処置についての環境影響因子化合物の有効性を評価するためのキットであって、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための試薬、ならびに前記腫瘍性障害を有している被験体において、腫瘍性障害の処置についての環境影響因子化合物の有効性を評価するためのキットの使用についての説明書を含む、前記キット。
【請求項５８】
被験体から生物試料を入手するための手段をさらに含む、請求項４９〜５７のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５９】
対照試料をさらに含む、請求項４９〜５８のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６０】
少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための手段が、試料中の転写されたポリヌクレオチドまたはその一部をアッセイするための手段を含む、請求項４９〜５９のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６１】
少なくとも１つのマーカーの発現レベルを決定するための手段が、試料中のタンパク質またはその一部をアッセイするための手段を含む、請求項４９〜５９のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６２】
環境影響因子化合物をさらに含む、請求項４９〜６１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６３】
複数のマーカーの発現レベルを決定するための試薬を含む、請求項４９〜６２のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６４】
被験体がＣｏＱ１０反応性状態に罹患しているか否かを評価する方法であって：
（１）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを決定すること、ここで、前記マーカーは、表２〜４および６〜２９に列挙するマーカーからなる群より選択される；ならびに
（２）被験体から得られた生物試料中に存在するマーカーの発現レベルを対照試料中に存在するマーカーの発現レベルと比較すること
を含み、
ここで、対照試料中のマーカーの発現レベルと比較された、被験体から入手された生物試料中のマーカーの発現レベルの調節は、被験体がＣｏＱ１０反応性状態に罹患していることの指標となり、それにより、前記被験体がＣｏＱ１０反応性状態に罹患しているか否かを評価する、前記方法。
【請求項６５】
ＣｏＱ１０反応性状態が腫瘍性障害である、請求項６４に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【公表番号】特表２０１２−５２６５５５（Ｐ２０１２−５２６５５５Ａ）
【公表日】平成２４年１１月１日（２０１２．１１．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５１０９５１（Ｐ２０１２−５１０９５１）
【出願日】平成２２年５月１１日（２０１０．５．１１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０３４４２７
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／１３２４８６
【国際公開日】平成２２年１１月１８日（２０１０．１１．１８）
【出願人】（５１１１８１２７８）バーグ バイオシステムズ，エルエルシー (7)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年１１月１日（２０１２．１１．１）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年５月１１日（２０１０．５．１１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０３４４２７
【国際公開番号】ＷＯ２０１０／１３２４８６
【国際公開日】平成２２年１１月１８日（２０１０．１１．１８）
【出願人】（５１１１８１２７８）バーグ バイオシステムズ，エルエルシー (7)
【Ｆターム（参考）】
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