オリゴヌクレオチドの合成および精製に使用する方法および反応試薬
【課題】オリゴヌクレオチドの合成および精製に用いる方法および反応試薬を提供する。
【解決手段】硫黄転移反応試薬に関する。好ましい実施態様においては、硫黄転移反応試薬は3−アミノ−1,2,4−ジチアゾリジン−5−オンである。別の側面から見ると、本発明に従う硫黄転移反応試薬を用いてホスファイトを処理することにより、ホスホロチオエートを調製する方法に関する。好ましい実施態様においては、硫黄転移反応試薬は3−アミノ−1,2,4−ジチアゾリジン−5−オンである。
【解決手段】硫黄転移反応試薬に関する。好ましい実施態様においては、硫黄転移反応試薬は3−アミノ−1,2,4−ジチアゾリジン−5−オンである。別の側面から見ると、本発明に従う硫黄転移反応試薬を用いてホスファイトを処理することにより、ホスホロチオエートを調製する方法に関する。好ましい実施態様においては、硫黄転移反応試薬は3−アミノ−1,2,4−ジチアゾリジン−5−オンである。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
構造式Dで表される化合物。
【化１】
（ここで、
Xは、それぞれ別異に、C(O)、C(S)、SO2、CO2、CS2またはSOを表し；
R1 およびR2は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し、あるいは、R1 およびR2は共に、必要に応じて置換された芳香環を形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
nは、2、3または4であり；さらに、
XがC(O)のとき、R1はベンジルではない。）
【請求項２】
nは2であることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項３】
R1 およびR2は、フェニル、ベンジル、シクロヘキシル、ピロール、ピリジンまたは−CH2−ピリジンであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項４】
XはC(O)であり、R1 はフェニルであり、さらにR2はフェニルであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項５】
XはSO2であり、R1 はフェニルであり、さらにR2はフェニルであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項６】
XはC(O)であり、R1 はピロールであり、さらにR2はピロールであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項７】
XはC(O)であり、R1 およびR2は、共にフェニル環を形成していることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項８】
構造式D1で表される化合物。
【化２】
（ここで、
Xは、CN、P(OR2)2、P(O)(OR2)2、C(O)R1、C(S)R1、SO2R1、CO2R1、CS2R1またはSOR1であり；
Yは、CN、P(OR2)2またはP(O)(OR2)2であり；
R1 は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し；
R2は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、アルカリ金属または遷移金属を表し、あるいは、R2が2個ある場合には、全体の電荷が+2であるようなアルカリ土類金属または遷移金属を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
nは、2、3または4である。）
【請求項９】
nは2であることを特徴とする請求項８記載の化合物。
【請求項１０】
YはCNであることを特徴とする請求項８記載の化合物。
【請求項１１】
YはP(OR2)2であることを特徴とする請求項８記載の化合物。
【請求項１２】
構造式Eで表される化合物。
【化３】
（ここで、
Xは、OまたはSであり；
R1 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、C(O)N(R3)R4、C(S)N(R3)R4、C(S)N(R3)2、C(S)OR4 、CO2R4、C(O)R4または−C(S)R4であり；
R3 は、Hまたはアルキルであり；さらに、
R4 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルである。）
【請求項１３】
XはOであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１４】
R2 は、H、アルキルまたはシクロアルキルであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１５】
R2 は、アリールまたはアラルキルであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１６】
R2 は、−C(O)N(R3)R4、−C(S)N(R3)R4、−C(S)N(R3)2、−C(S)OR4 、−CO2R4、−C(O)R4または−C(S)R4であることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１７】
R3はHであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１８】
R4は、アルキルまたはアリールであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１９】
XはOであり、さらに、R2 はHであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項２０】
アルゴン雰囲気下において約0℃の氷槽で冷却した容器内に、約１当量のクロロカルボニルスルフェニルクロリド、約1当量のチオ尿素および約1当量のトリエチルアミンを入れ、得られた混合物を約6時間撹拌し、ろ過後、該混合物を濃縮して残渣を得て、これをジクロロメタン−ヘキサンから再結晶させる工程を含む方法により調製された化合物。
【請求項２１】
ホスホロチオエート化合物の調製法であって、ホスファイトおよび硫黄転移反応試薬を混合してホスホロチオエートを得る工程を含み、該硫黄転移反応試薬は、以下の化合物群から選択されることを特徴とする調製法：
MoS4・Et3NCH2Ph；
【化４】
（ここで、
Xは、それぞれ別異に、C(O)、C(S)、SO2、CO2、CS2またはSOを表し；
R1 およびR2は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し、あるいは、R1 およびR2は、必要に応じて置換された芳香環を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
nは、2、3または4であり；さらに、
XがC(O)のとき、R1はベンジルではない）；
【化５】
（ここで、
Xは、CN、P(OR2)2、P(O)(OR2)2、C(O)R1、C(S)R1、SO2R1、CO2R1、CS2R1、またはSOR1であり；
Yは、CN、P(OR2)2またはP(O)(OR2)2であり；
R1 は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し；
R2は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、アルカリ金属または遷移金属を表し、あるいは、R2が2個ある場合には、全体の電荷が+2であるようなアルカリ土類金属または遷移金属を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
nは、2、3または4である）；および
【化６】
（ここで、
Xは、OまたはSであり；
R1 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、−C(O)N(R3)R4、−C(S)N(R3)R4、−C(S)N(R3)2、−C(S)OR4 、−CO2R4、−C(O)R4または−C(S)R4であり；
R3 は、Hまたはアルキルであり；さらに、
R4 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルである）。
【請求項２２】
前記ホスファイトは次の構造式Ｆで表されることを特徴とする請求項２１記載の調製法。
【化７】
（ここで、
R1は、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、ハロゲン、−O2CR5または−OSO2R4で必要に応じて置換されており；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R3は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR5 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；
R4は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルであり；
R5は、Hまたはアルキルであり；さらに、
pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項２３】
R1は−CH2CH2CNであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２４】
R2は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２５】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２６】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２７】
R2は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２８】
R2は下記の構造式で表されることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【化８】
（ここで、R'1は、それぞれ別異に、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3を表し；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、またはハロゲンで必要に応じて置換されており；さらに、n1は1〜50である。）
【請求項２９】
n1は1〜25であることを特徴とする請求項２８記載の調製法。
【請求項３０】
n1は1〜15であることを特徴とする請求項２８記載の調製法。
【請求項３１】
n1は1〜10であることを特徴とする請求項２８記載の調製法。
【請求項３２】
n1は1〜5であることを特徴とする請求項２８記載の調製法。
【請求項１】
構造式Dで表される化合物。
【化１】
（ここで、
Xは、それぞれ別異に、C(O)、C(S)、SO2、CO2、CS2またはSOを表し；
R1 およびR2は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し、あるいは、R1 およびR2は共に、必要に応じて置換された芳香環を形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
nは、2、3または4であり；さらに、
XがC(O)のとき、R1はベンジルではない。）
【請求項２】
nは2であることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項３】
R1 およびR2は、フェニル、ベンジル、シクロヘキシル、ピロール、ピリジンまたは−CH2−ピリジンであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項４】
XはC(O)であり、R1 はフェニルであり、さらにR2はフェニルであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項５】
XはSO2であり、R1 はフェニルであり、さらにR2はフェニルであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項６】
XはC(O)であり、R1 はピロールであり、さらにR2はピロールであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項７】
XはC(O)であり、R1 およびR2は、共にフェニル環を形成していることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項８】
構造式D1で表される化合物。
【化２】
（ここで、
Xは、CN、P(OR2)2、P(O)(OR2)2、C(O)R1、C(S)R1、SO2R1、CO2R1、CS2R1またはSOR1であり；
Yは、CN、P(OR2)2またはP(O)(OR2)2であり；
R1 は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し；
R2は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、アルカリ金属または遷移金属を表し、あるいは、R2が2個ある場合には、全体の電荷が+2であるようなアルカリ土類金属または遷移金属を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
nは、2、3または4である。）
【請求項９】
nは2であることを特徴とする請求項８記載の化合物。
【請求項１０】
YはCNであることを特徴とする請求項８記載の化合物。
【請求項１１】
YはP(OR2)2であることを特徴とする請求項８記載の化合物。
【請求項１２】
構造式Eで表される化合物。
【化３】
（ここで、
Xは、OまたはSであり；
R1 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、C(O)N(R3)R4、C(S)N(R3)R4、C(S)N(R3)2、C(S)OR4 、CO2R4、C(O)R4または−C(S)R4であり；
R3 は、Hまたはアルキルであり；さらに、
R4 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルである。）
【請求項１３】
XはOであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１４】
R2 は、H、アルキルまたはシクロアルキルであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１５】
R2 は、アリールまたはアラルキルであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１６】
R2 は、−C(O)N(R3)R4、−C(S)N(R3)R4、−C(S)N(R3)2、−C(S)OR4 、−CO2R4、−C(O)R4または−C(S)R4であることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１７】
R3はHであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１８】
R4は、アルキルまたはアリールであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項１９】
XはOであり、さらに、R2 はHであることを特徴とする請求項１２記載の化合物。
【請求項２０】
アルゴン雰囲気下において約0℃の氷槽で冷却した容器内に、約１当量のクロロカルボニルスルフェニルクロリド、約1当量のチオ尿素および約1当量のトリエチルアミンを入れ、得られた混合物を約6時間撹拌し、ろ過後、該混合物を濃縮して残渣を得て、これをジクロロメタン−ヘキサンから再結晶させる工程を含む方法により調製された化合物。
【請求項２１】
ホスホロチオエート化合物の調製法であって、ホスファイトおよび硫黄転移反応試薬を混合してホスホロチオエートを得る工程を含み、該硫黄転移反応試薬は、以下の化合物群から選択されることを特徴とする調製法：
MoS4・Et3NCH2Ph；
【化４】
（ここで、
Xは、それぞれ別異に、C(O)、C(S)、SO2、CO2、CS2またはSOを表し；
R1 およびR2は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し、あるいは、R1 およびR2は、必要に応じて置換された芳香環を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
nは、2、3または4であり；さらに、
XがC(O)のとき、R1はベンジルではない）；
【化５】
（ここで、
Xは、CN、P(OR2)2、P(O)(OR2)2、C(O)R1、C(S)R1、SO2R1、CO2R1、CS2R1、またはSOR1であり；
Yは、CN、P(OR2)2またはP(O)(OR2)2であり；
R1 は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し；
R2は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、アルカリ金属または遷移金属を表し、あるいは、R2が2個ある場合には、全体の電荷が+2であるようなアルカリ土類金属または遷移金属を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
nは、2、3または4である）；および
【化６】
（ここで、
Xは、OまたはSであり；
R1 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、−C(O)N(R3)R4、−C(S)N(R3)R4、−C(S)N(R3)2、−C(S)OR4 、−CO2R4、−C(O)R4または−C(S)R4であり；
R3 は、Hまたはアルキルであり；さらに、
R4 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルである）。
【請求項２２】
前記ホスファイトは次の構造式Ｆで表されることを特徴とする請求項２１記載の調製法。
【化７】
（ここで、
R1は、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、ハロゲン、−O2CR5または−OSO2R4で必要に応じて置換されており；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R3は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR5 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；
R4は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルであり；
R5は、Hまたはアルキルであり；さらに、
pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項２３】
R1は−CH2CH2CNであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２４】
R2は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２５】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２６】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２７】
R2は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【請求項２８】
R2は下記の構造式で表されることを特徴とする請求項２２記載の調製法。
【化８】
（ここで、R'1は、それぞれ別異に、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3を表し；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、またはハロゲンで必要に応じて置換されており；さらに、n1は1〜50である。）
【請求項２９】
n1は1〜25であることを特徴とする請求項２８記載の調製法。
【請求項３０】
n1は1〜15であることを特徴とする請求項２８記載の調製法。
【請求項３１】
n1は1〜10であることを特徴とする請求項２８記載の調製法。
【請求項３２】
n1は1〜5であることを特徴とする請求項２８記載の調製法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１１】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図１０】
【図１２】
【図４３】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１１】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図１０】
【図１２】
【図４３】
【公開番号】特開２００８−２６６３３１（Ｐ２００８−２６６３３１Ａ）
【公開日】平成２０年１１月６日（２００８．１１．６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−１０４３３７（Ｐ２００８−１０４３３７）
【出願日】平成２０年４月１４日（２００８．４．１４）
【分割の表示】特願２００７−５０７４３１（Ｐ２００７−５０７４３１）の分割
【原出願日】平成１７年４月５日（２００５．４．５）
【出願人】（５０６３３６７２８）アルニラム ファーマスーティカルズ インコーポレイテッド (13)
【氏名又は名称原語表記】ＡＬＮＹＬＡＭ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２０年１１月６日（２００８．１１．６）
【国際特許分類】
【出願日】平成２０年４月１４日（２００８．４．１４）
【分割の表示】特願２００７−５０７４３１（Ｐ２００７−５０７４３１）の分割
【原出願日】平成１７年４月５日（２００５．４．５）
【出願人】（５０６３３６７２８）アルニラム ファーマスーティカルズ インコーポレイテッド (13)
【氏名又は名称原語表記】ＡＬＮＹＬＡＭ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
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