オリゴヌクレオチド・マイクロアレイ解析による聴覚障害の遺伝子型決定
病的状態に関連した遺伝子または標的核酸配列に関して被検者を遺伝子型決定するための方法であって、固体支持体に固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドを、同定可能なシグナルを与えることができるリポーター分子で直接もしくは間接的にラベルされた試験される被検者からのRNAまたはDNAの一本鎖形態と、固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドに正確に相補的な一本鎖RNAまたはDNAのハイブリダイゼーションを可能にするが、非相補的な一本鎖RNAまたはDNA分子のハイブリダイゼーションが実質的により少ないか、またはない条件下で接触させる工程と、次いで一本鎖RNAまたはDNA分子の遺伝的同一性の指標を提供して、被検者の遺伝子型を提供するリポーター分子の存在または不存在またはレベルについてスクリーニングする工程とを含む方法が提供される。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
病的状態に関連した遺伝子または標的核酸配列に関して被検者を遺伝子型決定するための方法であって、固体支持体に固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドを、同定可能なシグナルを与えることができるリポーター分子で直接もしくは間接的にラベルされた試験される被検者からのRNAまたはDNAの一本鎖形態と、固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドに正確に相補的な一本鎖RNAまたはDNAのハイブリダイゼーションを可能にするが、非相補的な一本鎖RNAまたはDNA分子のハイブリダイゼーションが実質的により少ないか、またはない条件下で接触させる工程と、次いで一本鎖RNAまたはDNA分子の遺伝的同一性の指標を提供して、被検者の遺伝子型を提供するリポーター分子の存在または不存在またはレベルについてスクリーニングする工程とを含む方法。
【請求項２】
試験の被検者からのRNAまたはDNAが、ポリマー鎖反応（PCR）を経て組み込まれたラベルされたヌクレオチドで直接ラベルされる、請求項1記載の方法。
【請求項３】
試験の被検者からのRNAまたはDNAが、試験RNAまたはDNAに対するラベルされたオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを経てラベルされたヌクレオチドで間接的にラベルされる、請求項1記載の方法。
【請求項４】
被検者が、ヒト、非ヒト霊長類、家畜動物、臨床検査動物、伴侶動物、および捕獲された野生動物について選択される、請求項1記載の方法。
【請求項５】
被検者がヒトである、請求項1記載の方法。
【請求項６】
病的状態が、自己免疫疾患、炎症性の症状、癌、神経疾患、および神経変性の障害から選択される、請求項5記載の方法。
【請求項７】
病的状態が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害の発症の性向である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
病的状態が、遺伝的聴覚障害と関連している、請求項1記載の方法。
【請求項９】
ハイブリダイゼーション工程が、同一のヌクレオチド配列と、少なくとも1つのミスマッチを有する配列との間のディファレンシャル・ハイブリダイゼーションを可能にするディファレンシャル・ハイブリダイゼーション条件下であり、被検者の遺伝子型の同一性が、リポーター分子からのシグナルの存在、非存在、またはレベルによって決定される、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
RNAまたはDNAが、コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリア125rRNA、もしくはアッシャリンである、請求項1または7または8記載の方法。
【請求項１１】
ハイブリダイゼーション条件が、1〜4 X SSCの存在下における30〜50℃での15〜90分のハイブリダイゼーション、続く以下の順序での30〜50℃における洗浄を含む、請求項1記載の方法：
【請求項１２】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約5〜約100ヌクレオチドの長さである、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約10〜約30ヌクレオチドの長さである、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約15〜約30ヌクレオチドの長さである、請求項12記載の方法。
【請求項１５】
固定されたオリゴヌクレオチドが、配列番号：1〜64から選択される、請求項12記載の方法。
【請求項１６】
ヌクレオチドの配列が、固定されたオリゴヌクレオチドの上流または下流で妨害されてハイブリダイゼーション感受性を改善する、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
妨害がG残基の配列にある、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリア12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的からヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAに直接または間接的にラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、ストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：64から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて、ラベルからのシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによってハイブリダイゼーションについてスクリーニングする方法。
【請求項１９】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリアの12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的に由来するヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAにラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、30〜50℃で15〜90分の1〜4×SSC、続いて以下の順序での30〜50℃における洗浄のストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：32から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて：
ラベルからのシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによってハイブリダイゼーションについてスクリーニングする方法。
【請求項２０】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリアの12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的に由来するヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAにラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、30〜50℃で15〜90分間の1〜4×SSC、続いて以下の順序で30〜50℃における洗浄のストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：32から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて：
ラベルからシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによるハイブリダイゼーションについてのスクリーニングであって、式中GI値は、アルゴリズム：
式中：
SVNは、正常スポットの値であり；および
SVMは、変異体スポットの値であり；
その結果：
0.8＜GI＜1.0である場合、遺伝子型はN／Nであり；
0.65＜GI＜0.5である場合、遺伝子型はN／Mであり；および、
0.0＜GI＜0.2である場合、遺伝子型はM／Mであり；
式中：
Nは、正常対立遺伝子であり；および
Mは、変異誘発遺伝子である；
によって決定されるスクリーニングをする方法。
【請求項２１】
配列：
式中：
nは、1つまたは種々のヌクレオチドの範囲であり；
xは、ヌクレオチド配列[n]の長さであり；および、
Aは、配列番号：33〜64から選択されるヌクレオチド配列である：
を有する1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２２】
nがTである、請求項21記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２３】
xが約5〜約30である、請求項21または22記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２４】
[n]X-Aが配列番号：1〜32から選択される、請求項21記載の1つ複数またはのヌクレオチドのセット。
【請求項２５】
請求項21〜24のいずれか一項記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドを含むキット。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
病的状態に関連したコネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリア125rRNA、もしくはアッシャリンから選択される遺伝子または標的核酸配列に関して被検者を遺伝子型決定するための方法であって、固体支持体に固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドを、同定可能なシグナルを与えることができるリポーター分子で直接もしくは間接的にラベルされた試験される被検者からのRNAまたはDNAの一本鎖形態と、1〜4X SSCの存在下における30〜50℃での15〜90分のハイブリダイゼーションとそれに続く以下の順序での30〜50℃における洗浄を含み：
固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドに正確に相補的な一本鎖RNAまたはDNAのハイブリダイゼーションを可能にするが、非相補的な一本鎖RNAまたはDNA分子のハイブリダイゼーションが実質的により少ないか、またはない条件下で接触させる工程と、次いで一本鎖RNAまたはDNA分子の遺伝的同一性の指標を提供して、被検者の遺伝子型を提供するリポーター分子の存在または不存在またはレベルについてスクリーニングする工程とを含む方法。
【請求項２】
試験の被検者からのRNAまたはDNAが、ポリマー鎖反応（PCR）を経て組み込まれたラベルされたヌクレオチドで直接ラベルされる、請求項1記載の方法。
【請求項３】
試験の被検者からのRNAまたはDNAが、試験RNAまたはDNAに対するラベルされたオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを経てラベルされたヌクレオチドで間接的にラベルされる、請求項1記載の方法。
【請求項４】
被検者が、ヒト、非ヒト霊長類、家畜動物、臨床検査動物、伴侶動物、および捕獲された野生動物について選択される、請求項1記載の方法。
【請求項５】
被検者がヒトである、請求項1記載の方法。
【請求項６】
病的状態が、自己免疫疾患、炎症性の症状、癌、神経疾患、および神経変性の障害から選択される、請求項5記載の方法。
【請求項７】
病的状態が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害の発症の性向である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
病的状態が、遺伝的聴覚障害と関連している、請求項1記載の方法。
【請求項９】
ハイブリダイゼーション工程が、同一のヌクレオチド配列と、少なくとも1つのミスマッチを有する配列との間のディファレンシャル・ハイブリダイゼーションを可能にするディファレンシャル・ハイブリダイゼーション条件下であり、被検者の遺伝子型の同一性が、リポーター分子からのシグナルの存在、非存在、またはレベルによって決定される、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約5〜約100ヌクレオチドの長さである、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約10〜約30ヌクレオチドの長さである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約15〜約30ヌクレオチドの長さである、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
固定されたオリゴヌクレオチドが、配列番号：1〜64から選択される、請求項10記載の方法。
【請求項１４】
ヌクレオチドの配列が、固定されたオリゴヌクレオチドの上流または下流で妨害されてハイブリダイゼーション感受性を改善する、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
妨害がG残基の配列にある、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリア12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的からヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAに直接または間接的にラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、ストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：64から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて、ラベルからのシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによってハイブリダイゼーションについてスクリーニングする方法。
【請求項１７】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリアの12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的に由来するヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAにラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、30〜50℃で15〜90分の1〜4×SSC、続いて以下の順序での30〜50℃における洗浄のストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：32から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて：
ラベルからのシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによってハイブリダイゼーションについてスクリーニングする方法。
【請求項１８】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリアの12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的に由来するヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAにラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、30〜50℃で15〜90分間の1〜4×SSC、続いて以下の順序で30〜50℃における洗浄のストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：32から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて：
ラベルからシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによるハイブリダイゼーションについてのスクリーニングであって、式中GI値は、アルゴリズム：
式中：
SVNは、正常スポットの値であり；および
SVMは、変異体スポットの値であり；
その結果：
0.8＜GI＜1.0である場合、遺伝子型はN／Nであり；
0.65＜GI＜0.5である場合、遺伝子型はN／Mであり；および、
0.0＜GI＜0.2である場合、遺伝子型はM／Mであり；
式中：
Nは、正常対立遺伝子であり；および
Mは、変異誘発遺伝子である；
によって決定されるスクリーニングをする方法。
【請求項１９】
配列：
式中：
nは、1つまたは種々のヌクレオチドの範囲であり；
xは、ヌクレオチド配列[n]の長さであり；および、
Aは、配列番号：33〜64から選択されるヌクレオチド配列である：
を有する1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２０】
nがTである、請求項19記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２１】
xが約5〜約30である、請求項19または20記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２２】
[n]X-Aが配列番号：1〜32から選択される、請求項19記載の1つ複数またはのヌクレオチドのセット。
【請求項２３】
請求項19〜22のいずれか一項記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドを含むキット。
【請求項１】
病的状態に関連した遺伝子または標的核酸配列に関して被検者を遺伝子型決定するための方法であって、固体支持体に固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドを、同定可能なシグナルを与えることができるリポーター分子で直接もしくは間接的にラベルされた試験される被検者からのRNAまたはDNAの一本鎖形態と、固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドに正確に相補的な一本鎖RNAまたはDNAのハイブリダイゼーションを可能にするが、非相補的な一本鎖RNAまたはDNA分子のハイブリダイゼーションが実質的により少ないか、またはない条件下で接触させる工程と、次いで一本鎖RNAまたはDNA分子の遺伝的同一性の指標を提供して、被検者の遺伝子型を提供するリポーター分子の存在または不存在またはレベルについてスクリーニングする工程とを含む方法。
【請求項２】
試験の被検者からのRNAまたはDNAが、ポリマー鎖反応（PCR）を経て組み込まれたラベルされたヌクレオチドで直接ラベルされる、請求項1記載の方法。
【請求項３】
試験の被検者からのRNAまたはDNAが、試験RNAまたはDNAに対するラベルされたオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを経てラベルされたヌクレオチドで間接的にラベルされる、請求項1記載の方法。
【請求項４】
被検者が、ヒト、非ヒト霊長類、家畜動物、臨床検査動物、伴侶動物、および捕獲された野生動物について選択される、請求項1記載の方法。
【請求項５】
被検者がヒトである、請求項1記載の方法。
【請求項６】
病的状態が、自己免疫疾患、炎症性の症状、癌、神経疾患、および神経変性の障害から選択される、請求項5記載の方法。
【請求項７】
病的状態が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害の発症の性向である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
病的状態が、遺伝的聴覚障害と関連している、請求項1記載の方法。
【請求項９】
ハイブリダイゼーション工程が、同一のヌクレオチド配列と、少なくとも1つのミスマッチを有する配列との間のディファレンシャル・ハイブリダイゼーションを可能にするディファレンシャル・ハイブリダイゼーション条件下であり、被検者の遺伝子型の同一性が、リポーター分子からのシグナルの存在、非存在、またはレベルによって決定される、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
RNAまたはDNAが、コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリア125rRNA、もしくはアッシャリンである、請求項1または7または8記載の方法。
【請求項１１】
ハイブリダイゼーション条件が、1〜4 X SSCの存在下における30〜50℃での15〜90分のハイブリダイゼーション、続く以下の順序での30〜50℃における洗浄を含む、請求項1記載の方法：
【請求項１２】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約5〜約100ヌクレオチドの長さである、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約10〜約30ヌクレオチドの長さである、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約15〜約30ヌクレオチドの長さである、請求項12記載の方法。
【請求項１５】
固定されたオリゴヌクレオチドが、配列番号：1〜64から選択される、請求項12記載の方法。
【請求項１６】
ヌクレオチドの配列が、固定されたオリゴヌクレオチドの上流または下流で妨害されてハイブリダイゼーション感受性を改善する、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
妨害がG残基の配列にある、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリア12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的からヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAに直接または間接的にラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、ストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：64から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて、ラベルからのシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによってハイブリダイゼーションについてスクリーニングする方法。
【請求項１９】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリアの12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的に由来するヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAにラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、30〜50℃で15〜90分の1〜4×SSC、続いて以下の順序での30〜50℃における洗浄のストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：32から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて：
ラベルからのシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによってハイブリダイゼーションについてスクリーニングする方法。
【請求項２０】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリアの12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的に由来するヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAにラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、30〜50℃で15〜90分間の1〜4×SSC、続いて以下の順序で30〜50℃における洗浄のストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：32から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて：
ラベルからシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによるハイブリダイゼーションについてのスクリーニングであって、式中GI値は、アルゴリズム：
式中：
SVNは、正常スポットの値であり；および
SVMは、変異体スポットの値であり；
その結果：
0.8＜GI＜1.0である場合、遺伝子型はN／Nであり；
0.65＜GI＜0.5である場合、遺伝子型はN／Mであり；および、
0.0＜GI＜0.2である場合、遺伝子型はM／Mであり；
式中：
Nは、正常対立遺伝子であり；および
Mは、変異誘発遺伝子である；
によって決定されるスクリーニングをする方法。
【請求項２１】
配列：
式中：
nは、1つまたは種々のヌクレオチドの範囲であり；
xは、ヌクレオチド配列[n]の長さであり；および、
Aは、配列番号：33〜64から選択されるヌクレオチド配列である：
を有する1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２２】
nがTである、請求項21記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２３】
xが約5〜約30である、請求項21または22記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２４】
[n]X-Aが配列番号：1〜32から選択される、請求項21記載の1つ複数またはのヌクレオチドのセット。
【請求項２５】
請求項21〜24のいずれか一項記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドを含むキット。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
病的状態に関連したコネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリア125rRNA、もしくはアッシャリンから選択される遺伝子または標的核酸配列に関して被検者を遺伝子型決定するための方法であって、固体支持体に固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドを、同定可能なシグナルを与えることができるリポーター分子で直接もしくは間接的にラベルされた試験される被検者からのRNAまたはDNAの一本鎖形態と、1〜4X SSCの存在下における30〜50℃での15〜90分のハイブリダイゼーションとそれに続く以下の順序での30〜50℃における洗浄を含み：
固定された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドに正確に相補的な一本鎖RNAまたはDNAのハイブリダイゼーションを可能にするが、非相補的な一本鎖RNAまたはDNA分子のハイブリダイゼーションが実質的により少ないか、またはない条件下で接触させる工程と、次いで一本鎖RNAまたはDNA分子の遺伝的同一性の指標を提供して、被検者の遺伝子型を提供するリポーター分子の存在または不存在またはレベルについてスクリーニングする工程とを含む方法。
【請求項２】
試験の被検者からのRNAまたはDNAが、ポリマー鎖反応（PCR）を経て組み込まれたラベルされたヌクレオチドで直接ラベルされる、請求項1記載の方法。
【請求項３】
試験の被検者からのRNAまたはDNAが、試験RNAまたはDNAに対するラベルされたオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを経てラベルされたヌクレオチドで間接的にラベルされる、請求項1記載の方法。
【請求項４】
被検者が、ヒト、非ヒト霊長類、家畜動物、臨床検査動物、伴侶動物、および捕獲された野生動物について選択される、請求項1記載の方法。
【請求項５】
被検者がヒトである、請求項1記載の方法。
【請求項６】
病的状態が、自己免疫疾患、炎症性の症状、癌、神経疾患、および神経変性の障害から選択される、請求項5記載の方法。
【請求項７】
病的状態が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害の発症の性向である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
病的状態が、遺伝的聴覚障害と関連している、請求項1記載の方法。
【請求項９】
ハイブリダイゼーション工程が、同一のヌクレオチド配列と、少なくとも1つのミスマッチを有する配列との間のディファレンシャル・ハイブリダイゼーションを可能にするディファレンシャル・ハイブリダイゼーション条件下であり、被検者の遺伝子型の同一性が、リポーター分子からのシグナルの存在、非存在、またはレベルによって決定される、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約5〜約100ヌクレオチドの長さである、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約10〜約30ヌクレオチドの長さである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
固定されたオリゴヌクレオチドが、約15〜約30ヌクレオチドの長さである、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
固定されたオリゴヌクレオチドが、配列番号：1〜64から選択される、請求項10記載の方法。
【請求項１４】
ヌクレオチドの配列が、固定されたオリゴヌクレオチドの上流または下流で妨害されてハイブリダイゼーション感受性を改善する、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
妨害がG残基の配列にある、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリア12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的からヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAに直接または間接的にラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、ストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：64から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて、ラベルからのシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによってハイブリダイゼーションについてスクリーニングする方法。
【請求項１７】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリアの12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的に由来するヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAにラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、30〜50℃で15〜90分の1〜4×SSC、続いて以下の順序での30〜50℃における洗浄のストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：32から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて：
ラベルからのシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによってハイブリダイゼーションについてスクリーニングする方法。
【請求項１８】
コネキシオン26、ペンドリン、ミトコンドリアの12S rRNA、およびアッシャリンから選択される遺伝子または核酸標的に由来するヒト被験者を遺伝子型決定するための方法であって、これらの遺伝子または標的の1つもしくは複数における突然変異が、遺伝的聴覚障害または遺伝的聴覚障害を発症する性向の指標であり、該方法は、上に列記した遺伝子または核酸標的の潜在的突然変異に対応するDNA配列に隣接するプライマーを使用して試験されるヒト被験者から増幅されたゲノムDNAにラベルを組み込んで、被検者に由来する実質的に同様に相補的なDNAのみが、対応する固定されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができるように、30〜50℃で15〜90分間の1〜4×SSC、続いて以下の順序で30〜50℃における洗浄のストリンジェンシー条件下で、増幅されたDNAの一本鎖のラベルされた形態を、配列番号：1〜配列番号：32から選択される固定されたオリゴヌクレオチドと接触させて：
ラベルからシグナルまたはシグナルのレベルを測定することによるハイブリダイゼーションについてのスクリーニングであって、式中GI値は、アルゴリズム：
式中：
SVNは、正常スポットの値であり；および
SVMは、変異体スポットの値であり；
その結果：
0.8＜GI＜1.0である場合、遺伝子型はN／Nであり；
0.65＜GI＜0.5である場合、遺伝子型はN／Mであり；および、
0.0＜GI＜0.2である場合、遺伝子型はM／Mであり；
式中：
Nは、正常対立遺伝子であり；および
Mは、変異誘発遺伝子である；
によって決定されるスクリーニングをする方法。
【請求項１９】
配列：
式中：
nは、1つまたは種々のヌクレオチドの範囲であり；
xは、ヌクレオチド配列[n]の長さであり；および、
Aは、配列番号：33〜64から選択されるヌクレオチド配列である：
を有する1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２０】
nがTである、請求項19記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２１】
xが約5〜約30である、請求項19または20記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドのセット。
【請求項２２】
[n]X-Aが配列番号：1〜32から選択される、請求項19記載の1つ複数またはのヌクレオチドのセット。
【請求項２３】
請求項19〜22のいずれか一項記載の1つまたは複数のオリゴヌクレオチドを含むキット。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７−１】
【図７−２】
【図７−３】
【図８】
【図９】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７−１】
【図７−２】
【図７−３】
【図８】
【図９】
【公表番号】特表２００６−５０６０７８（Ｐ２００６−５０６０７８Ａ）
【公表日】平成１８年２月２３日（２００６．２．２３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５５２２７５（Ｐ２００４−５５２２７５）
【出願日】平成１５年１１月１８日（２００３．１１．１８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＡＵ２００３／００１５４４
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０４６３８８
【国際公開日】平成１６年６月３日（２００４．６．３）
【出願人】（５０５１８３４１７）マードック チルドレンズ リサーチ インスティテュート (3)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年２月２３日（２００６．２．２３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年１１月１８日（２００３．１１．１８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＡＵ２００３／００１５４４
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０４６３８８
【国際公開日】平成１６年６月３日（２００４．６．３）
【出願人】（５０５１８３４１７）マードック チルドレンズ リサーチ インスティテュート (3)
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]