オルタナティブスプライシングを調節するリボスイッチに関する方法および組成物
オルタナティブスプライシングを調節するリボスイッチに関連する方法および組成物を開示する。コード領域に作動可能に連結されたリボスイッチを含むRNAをコードする核酸分子を含み、リボスイッチがRNAのスプライシングを調節し、リボスイッチおよびコード領域が非相同である、調節可能な遺伝子発現構築物を本明細書中に開示する。リボスイッチはアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含むことができ、両者は非相同である。発現プラットフォームドメインはイントロン中にオルタナティブスプライスジャンクションを含む。発現プラットフォームドメインはイントロンの末端にスプライスジャンクションを含む。リボスイッチを、トリガー分子(TPP)によって活性化することができる。リボスイッチは、オルタナティブスプライシングを活性化、オルタナティブスプライシングを抑制、RNAのスプライシングを変化させることができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
調節可能な遺伝子発現構築物であって、
コード領域に作動可能に連結されたリボスイッチを含むRNAをコードする核酸分子を含み、該リボスイッチが該RNAのスプライシングを調節し、該リボスイッチおよび該コード領域が非相同である、調節可能な遺伝子発現構築物。
【請求項2】
オルタナティブスプライシング(alternative spicing)を調節する、請求項1に記載の構築物。
【請求項3】
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインおよび該発現プラットフォームドメインが非相同である、請求項1または請求項2に記載の構築物。
【請求項4】
前記RNAがイントロンをさらに含み、前記発現プラットフォームドメインが該イントロン中にオルタナティブスプライスジャンクションを含む、請求項1から3のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項5】
前記RNAがイントロンをさらに含み、前記発現プラットフォームドメインが該イントロンの末端にスプライスジャンクションを含む、請求項1から4のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項6】
前記オルタナティブスプライスジャンクションが、前記リボスイッチが活性化される場合に活性である、請求項4または請求項5に記載の構築物。
【請求項7】
前記オルタナティブスプライスジャンクションが、前記リボスイッチが活性化されない場合に活性である、請求項4または請求項5に記載の構築物。
【請求項8】
前記リボスイッチがトリガー分子によって活性化される、請求項1から7のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項9】
前記トリガー分子がTPPである、請求項8に記載の構築物。
【請求項10】
前記リボスイッチがTPP応答性リボスイッチである、請求項1から9のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項11】
前記リボスイッチがオルタナティブスプライシングを活性化する、請求項1から10のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項12】
前記リボスイッチがオルタナティブスプライシングを抑制する、請求項1から10のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項13】
RNAが分岐構造を有する、請求項1から12のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項14】
前記RNAがpre−mRNAである、請求項1から13のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項15】
スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がP4ステムおよびP5ステム中に存在する、請求項3から13のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項16】
前記スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がループ5中にも存在する、請求項15に記載の構築物。
【請求項17】
前記スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がステムP2中にも存在する、請求項15または請求項16に記載の構築物。
【請求項18】
前記スプライス部位が前記アプタマードメインの5’末端に対して−6と−24との間の位置に存在する、請求項3から17のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項19】
前記スプライス部位が配列GUAに続く、請求項3から17のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項20】
RNAのスプライシングを調節する方法であって、該RNAにリボスイッチを含む構築物を導入する工程を含み、該リボスイッチがRNAのスプライシングを調節することができる、方法。
【請求項21】
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインおよび該発現プラットフォームドメインが非相同である、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
前記リボスイッチが前期RNAのイントロンにある、請求項20または請求項21に記載の方法。
【請求項23】
前記リボスイッチがトリガー分子によって活性化される、請求項20から22のいずれか1項に記載の方法。
【請求項24】
前記トリガー分子がTPPである、請求項23に記載の方法。
【請求項25】
前記リボスイッチがTPP応答性リボスイッチである、請求項20から24のいずれか1項に記載の方法。
【請求項26】
前記リボスイッチがオルタナティブスプライシングを活性化する、請求項20から25のいずれか1項に記載の方法。
【請求項27】
前記リボスイッチがオルタナティブスプライシングを抑制する、請求項20から25のいずれか1項に記載の方法。
【請求項28】
前記スプライシングが天然に起こらない、請求項20から27のいずれか1項に記載の方法。
【請求項29】
前記スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がループ5中に存在する、請求項21から28のいずれか1項に記載の方法。
【請求項30】
前記スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がステムP2中に存在する、請求項21から28のいずれか1項に記載の方法。
【請求項31】
前記スプライス部位が前記アプタマードメインの5’末端に対して−6と−24との間の位置に存在する、請求項21から30のいずれか1項に記載の方法。
【請求項32】
前記スプライス部位が前記アプタマードメイン中の前記配列GUAに続く、請求項21から30のいずれか1項に記載の方法。
【請求項33】
真菌増殖を阻害する方法であって、
(a)真菌感染した被験体を同定する工程、
(b)TPP応答性リボスイッチを阻害する有効量の化合物を該被験体に投与し、それにより、真菌増殖を阻害する工程、
を含む、方法。
【請求項34】
前記真菌増殖の阻害が、真菌バイオマスを10%以上減少させる工程を含む、請求項33に記載の方法。
【請求項1】
調節可能な遺伝子発現構築物であって、
コード領域に作動可能に連結されたリボスイッチを含むRNAをコードする核酸分子を含み、該リボスイッチが該RNAのスプライシングを調節し、該リボスイッチおよび該コード領域が非相同である、調節可能な遺伝子発現構築物。
【請求項2】
オルタナティブスプライシング(alternative spicing)を調節する、請求項1に記載の構築物。
【請求項3】
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインおよび該発現プラットフォームドメインが非相同である、請求項1または請求項2に記載の構築物。
【請求項4】
前記RNAがイントロンをさらに含み、前記発現プラットフォームドメインが該イントロン中にオルタナティブスプライスジャンクションを含む、請求項1から3のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項5】
前記RNAがイントロンをさらに含み、前記発現プラットフォームドメインが該イントロンの末端にスプライスジャンクションを含む、請求項1から4のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項6】
前記オルタナティブスプライスジャンクションが、前記リボスイッチが活性化される場合に活性である、請求項4または請求項5に記載の構築物。
【請求項7】
前記オルタナティブスプライスジャンクションが、前記リボスイッチが活性化されない場合に活性である、請求項4または請求項5に記載の構築物。
【請求項8】
前記リボスイッチがトリガー分子によって活性化される、請求項1から7のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項9】
前記トリガー分子がTPPである、請求項8に記載の構築物。
【請求項10】
前記リボスイッチがTPP応答性リボスイッチである、請求項1から9のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項11】
前記リボスイッチがオルタナティブスプライシングを活性化する、請求項1から10のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項12】
前記リボスイッチがオルタナティブスプライシングを抑制する、請求項1から10のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項13】
RNAが分岐構造を有する、請求項1から12のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項14】
前記RNAがpre−mRNAである、請求項1から13のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項15】
スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がP4ステムおよびP5ステム中に存在する、請求項3から13のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項16】
前記スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がループ5中にも存在する、請求項15に記載の構築物。
【請求項17】
前記スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がステムP2中にも存在する、請求項15または請求項16に記載の構築物。
【請求項18】
前記スプライス部位が前記アプタマードメインの5’末端に対して−6と−24との間の位置に存在する、請求項3から17のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項19】
前記スプライス部位が配列GUAに続く、請求項3から17のいずれか1項に記載の構築物。
【請求項20】
RNAのスプライシングを調節する方法であって、該RNAにリボスイッチを含む構築物を導入する工程を含み、該リボスイッチがRNAのスプライシングを調節することができる、方法。
【請求項21】
前記リボスイッチがアプタマードメインおよび発現プラットフォームドメインを含み、該アプタマードメインおよび該発現プラットフォームドメインが非相同である、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
前記リボスイッチが前期RNAのイントロンにある、請求項20または請求項21に記載の方法。
【請求項23】
前記リボスイッチがトリガー分子によって活性化される、請求項20から22のいずれか1項に記載の方法。
【請求項24】
前記トリガー分子がTPPである、請求項23に記載の方法。
【請求項25】
前記リボスイッチがTPP応答性リボスイッチである、請求項20から24のいずれか1項に記載の方法。
【請求項26】
前記リボスイッチがオルタナティブスプライシングを活性化する、請求項20から25のいずれか1項に記載の方法。
【請求項27】
前記リボスイッチがオルタナティブスプライシングを抑制する、請求項20から25のいずれか1項に記載の方法。
【請求項28】
前記スプライシングが天然に起こらない、請求項20から27のいずれか1項に記載の方法。
【請求項29】
前記スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がループ5中に存在する、請求項21から28のいずれか1項に記載の方法。
【請求項30】
前記スプライシング調節を有する前記アプタマードメイン領域がステムP2中に存在する、請求項21から28のいずれか1項に記載の方法。
【請求項31】
前記スプライス部位が前記アプタマードメインの5’末端に対して−6と−24との間の位置に存在する、請求項21から30のいずれか1項に記載の方法。
【請求項32】
前記スプライス部位が前記アプタマードメイン中の前記配列GUAに続く、請求項21から30のいずれか1項に記載の方法。
【請求項33】
真菌増殖を阻害する方法であって、
(a)真菌感染した被験体を同定する工程、
(b)TPP応答性リボスイッチを阻害する有効量の化合物を該被験体に投与し、それにより、真菌増殖を阻害する工程、
を含む、方法。
【請求項34】
前記真菌増殖の阻害が、真菌バイオマスを10%以上減少させる工程を含む、請求項33に記載の方法。
【図1a】
【図1b】
【図1c】
【図1d】
【図2a】
【図2b】
【図2c】
【図3】
【図4a】
【図4b】
【図4c】
【図5a】
【図5b】
【図6】
【図7】
【図8a】
【図8b】
【図8c】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12a】
【図12b】
【図12c】
【図12d】
【図12e】
【図12f】
【図13a】
【図13b】
【図14a】
【図14b】
【図1b】
【図1c】
【図1d】
【図2a】
【図2b】
【図2c】
【図3】
【図4a】
【図4b】
【図4c】
【図5a】
【図5b】
【図6】
【図7】
【図8a】
【図8b】
【図8c】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12a】
【図12b】
【図12c】
【図12d】
【図12e】
【図12f】
【図13a】
【図13b】
【図14a】
【図14b】
【公表番号】特表2010−521977(P2010−521977A)
【公表日】平成22年7月1日(2010.7.1)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−554790(P2009−554790)
【出願日】平成20年3月22日(2008.3.22)
【国際出願番号】PCT/US2008/058045
【国際公開番号】WO2008/116220
【国際公開日】平成20年9月25日(2008.9.25)
【出願人】(392019352)イェール ユニバーシティー (38)
【氏名又は名称原語表記】YALE UNIVERSITY
【Fターム(参考)】
【公表日】平成22年7月1日(2010.7.1)
【国際特許分類】
【出願日】平成20年3月22日(2008.3.22)
【国際出願番号】PCT/US2008/058045
【国際公開番号】WO2008/116220
【国際公開日】平成20年9月25日(2008.9.25)
【出願人】(392019352)イェール ユニバーシティー (38)
【氏名又は名称原語表記】YALE UNIVERSITY
【Fターム(参考)】
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