本発明は、グルカナーゼ（例えばエンドグルカナーゼ）、マンナナーゼ、キシラナーゼ活性またはこれら活性の組合せを有するポリペプチド、およびそれらをコードするポリヌクレオチドに関する。ある特徴では、前記グルカナーゼ活性はエンドグルカナーゼ活性（例えばエンド-1,4-ベータ-D-グルカン4-グルカノヒドロラーゼ活性）であり、さらに前記活性は、セルロース、セルロース誘導体（例えばカルボキシメチルセルロース及びヒドロキシエチルセルロース）、リケニン中の1,4-及び／又はβ-1,3-ベータ-D-グリコシド結合の加水分解、混合ベータ-1,3-グルカン（例えば穀類のベータ-D-グルカン又はキシログルカン）およびセルロース部分を含有する他の植物材料中のベータ-1,4-結合の加水分解を含む。さらに、新規な酵素を設計する方法およびそれらを使用する方法もまた提供される。別の特徴では、前記新規なグルカナーゼ（例えばエンドグルカナーゼ）、マンナナーゼ、キシラナーゼはより高いpHおよび温度で増進された活性および安定性を有する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517と少なくとも約20、30、40、50、60、75または100の残基にわたって少なくとも約50％の配列同一性を有する核酸配列を含む単離または組換え核酸であって、前記核酸がグルカナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードし、さらに前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される、前記単離または組換え核酸。
【請求項２】
配列同一性が少なくとも約51%、52%、53％、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%または64%である、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項３】
配列同一性が少なくとも約65%、66%、67％、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれより高い配列同一性である、請求項2に記載の単離または組換え核酸。
【請求項４】
配列同一性が、少なくとも約50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150又はそれより多い残基の領域、または遺伝子若しくは転写物の完全長に及ぶ、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項５】
核酸配列が、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517に示される配列を含む、請求項３に記載の単離または組換え核酸。
【請求項６】
核酸配列が、配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192、配列番号:194、配列番号:196、配列番号:198、配列番号:200、配列番号:202、配列番号:204、配列番号:206、配列番号:208、配列番号:210、配列番号:212、配列番号:214、配列番号:216、配列番号:218、配列番号:220、配列番号:222、配列番号:224配列番号:226、配列番号:228、配列番号:230、配列番号:232、配列番号:234、配列番号:236、配列番号:238、配列番号:240、配列番号:242、配列番号:244、配列番号:246、配列番号:248、配列番号:250、配列番号:252、配列番号:254、配列番号:256、配列番号:258、配列番号:260、配列番号:262、配列番号:264、配列番号:266、配列番号:268、配列番号:270、配列番号:272、配列番号:274、配列番号:276、配列番号:278、配列番号:280、配列番号:282、配列番号:284、配列番号:286、配列番号:288、配列番号:290、配列番号:292、配列番号:294、配列番号:296、配列番号:298、配列番号:300、配列番号:302、配列番号:304、配列番号:306、配列番号:308、配列番号:310、配列番号:312、配列番号:314、配列番号:316、配列番号:318、配列番号:320、配列番号:322、配列番号:324、配列番号:326、配列番号:328、配列番号:330、配列番号:332、配列番号:334、配列番号:336、配列番号:338、配列番号:340、配列番号:342、配列番号:344、配列番号:346、配列番号:348、配列番号:350、配列番号352:、配列番号:354、配列番号:356、配列番号:358、配列番号:360、配列番号:362、配列番号:364、配列番号:366、配列番号:368、配列番号:370、配列番号:372、配列番号:374、配列番号:376、配列番号:378、配列番号:380、配列番号:382、配列番号:384、配列番号:386、配列番号:388、配列番号:390、配列番号:392、配列番号:394、配列番号:396、配列番号:398、配列番号:400、配列番号:402、配列番号:404、配列番号:406、配列番号:408、配列番号:410、配列番号:412、配列番号:414、配列番号:416、配列番号:418、配列番号:420、配列番号:422、配列番号:424、配列番号:426、配列番号:428、配列番号:430、配列番号:432、配列番号:434、配列番号:436、配列番号:438、配列番号:440、配列番号:442、配列番号:444、配列番号:446、配列番号:448、配列番号:450、配列番号:452、配列番号:454、配列番号:456、配列番号:458、配列番号:460、配列番号:462、配列番号:464、配列番号:466、配列番号:468、配列番号:470、配列番号:472、配列番号:474、配列番号:476、配列番号:478、配列番号:480、配列番号:482、配列番号:484、配列番号:486、配列番号:488、配列番号:490、配列番号:492、配列番号:494、配列番号:496、配列番号:498、配列番号:500、配列番号:502、配列番号:504、配列番号:506、配列番号:508、配列番号:510、配列番号:512、配列番号:514、配列番号:516に示される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項７】
配列比較アルゴリズムが、BLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、ここでフィルタリング設定はblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他の全てのオプションは規定値に設定される、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項８】
グルカナーゼ活性がエンドグルカナーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項９】
グルカナーゼ活性が、1,4-ベータ-D-グリコシド結合または内部β-1,3-グリコシド結合の加水分解を触媒する活性、またはグルカンを加水分解してより小さな分子量の多糖類またはオリゴマー生成する活性を含む、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１０】
エンドグルカナーゼ活性が、エンド-1,4-ベータ-エンドグルカナーゼ活性を含む、請求項8に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１１】
1,4-ベータ-D-グリコシド結合活性が、セルロース、セルロース誘導体、リケニンまたは穀類中の1,4-ベータ-D-グリコシド結合を加水分解することを含む、請求項10に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１２】
セルロース誘導体がカルボキシメチルセルロースまたはヒドロキシエチルセルロースを含む、請求項11に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１３】
穀類がベータ-D-グルカンまたはキシログルカンを含む、請求項11に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１４】
グルカナーゼ活性が、1,4-β-グリコシド結合D-グルコピラノースを含む多糖類を加水分解することを含む、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１５】
グルカナーゼ活性が、セルロース、セルロース誘導体またはヘミセルロースの加水分解活性を含む、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１６】
グルカナーゼ活性が、木材若しくは紙パルプまたは木材若しくは紙製品中のセルロースまたはヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項15に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１７】
グルカナーゼ活性が、飼料、食品または飲料中のグルカンの加水分解を触媒する活性を含む、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１８】
飼料、食品または飲料が穀物性動物飼料、麦汁若しくはビール、生地、果実または野菜を含む、請求項17に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１９】
グルカナーゼ活性が、微生物細胞、真菌細胞、哺乳動物細胞または植物細胞の加水分解を触媒する活性を含む、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項２０】
グルカナーゼ活性が熱安定性である、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項２１】
ポリペプチドが、約37℃から約95℃、または約55℃から約85℃、または約70℃から約75℃、または約70℃から約95℃、または約90℃から約95℃の間の温度範囲を含む条件下でグルカナーゼ活性を維持する、請求項２０に記載の単離または組換え核酸。
【請求項２２】
グルカナーゼ活性が耐熱性である、請求項1に記載の単離または組換え核酸。
【請求項２３】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃まで、または55℃より高く約85℃まで、または約70℃から約75℃の間、または約90℃より高く約95℃までの範囲の温度に暴露した後でグルカナーゼ活性を維持する、請求項22に記載の単離または組換え核酸。
【請求項２４】
単離または組換え核酸であって、前記核酸が、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、前記核酸がグルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、前記単離または組換え核酸。
【請求項２５】
長さが少なくとも約20、30、40、50、60、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000若しくはそれより多い残基であるか、又は完全長の遺伝子若しくは転写物である、請求項24に記載の単離または組換え核酸。
【請求項２６】
ストリンジェントな条件が、0.2ＸのSSC中で約65℃の温度で約15分の洗浄を含む洗浄工程を含む、請求項24に記載の単離または組換え核酸。
【請求項２７】
グルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含む配列の連続する少なくとも10塩基を含み、結合又はハイブリダイゼーションによって前記核酸を同定する、前記核酸プローブ。
【請求項２８】
連続する少なくとも約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、又は約60から100、または約50から150の塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項27に記載の核酸プローブ。
【請求項２９】
グルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517と少なくとも50％の配列同一性を有する核酸配列の連続する少なくとも約10残基を含む核酸を含み、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される、前記核酸プローブ。
【請求項３０】
連続する少なくとも約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、約60から100または約50から150の塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項29に記載の核酸プローブ。
【請求項３１】
グルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅させる増幅プライマー対であって、請求項１または請求項24に記載の配列を含む核酸を増幅させることができる、前記増幅プライマー対。
【請求項３２】
増幅プライマー配列対のメンバーが前記配列の連続する少なくとも約10から50の塩基、または前記配列の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれより多い連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項31に記載の増幅プライマー対。
【請求項３３】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれより多い残基によって示される配列を有する第一のメンバー、及び前記第一のメンバーの相補鎖の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれより多い残基によって示される配列を有する第二のメンバーを含む、増幅プライマー対。
【請求項３４】
請求項33に記載の増幅プライマー対を用いてポリヌクレオチドを増幅することによって生成されるグルカナーゼコード核酸。
【請求項３５】
増幅がポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によるものである、請求項34に記載のグルカナーゼコード核酸。
【請求項３６】
核酸が遺伝子ライブラリーの増幅によって生成される、請求項34に記載のグルカナーゼコード核酸。
【請求項３７】
遺伝子ライブラリーが環境性ライブラリーである、請求項34に記載のグルカナーゼコード核酸。
【請求項３８】
請求項34に記載のグルカナーゼコード核酸によってコードされる単離または組換えグルカナーゼ。
【請求項３９】
グルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法であって、請求項１または請求項24に記載の核酸配列またはその部分配列を増幅させることができる増幅プライマー配列対による鋳型核酸の増幅を含む、前記核酸の増幅方法。
【請求項４０】
請求項１または請求項24に記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項４１】
請求項１または請求項24に記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項４２】
請求項１または請求項24に記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクルであって、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、前記クローニングビヒクル。
【請求項４３】
ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルスベクターを含む、請求項42に記載のクローニングビヒクル。
【請求項４４】
細菌人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1-由来ベクター（PAC)、酵母人工染色体（YAC）または哺乳動物人工染色体（MAC）を含む、請求項42に記載のクローニングビヒクル。
【請求項４５】
請求項１または請求項24に記載の配列を含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項４６】
請求項40に記載の発現カセットを含む形質転換細胞。
【請求項４７】
細胞が、細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞である、請求項40に記載の形質転換細胞。
【請求項４８】
請求項１または請求項24に記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項４９】
マウスである、請求項48に記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項５０】
請求項１または請求項24に記載の配列を含むトランスジェニック植物。
【請求項５１】
植物がトウモロコシ、モロコシ、ジャガイモ、トマト、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、イネ、オオムギ、牧草またはタバコである、請求項50に記載のトランスジェニック植物。
【請求項５２】
請求項１または請求項24に記載の配列を含むトランスジェニック種子。
【請求項５３】
種子が、トウモロコシ、コムギ、ナタネ、アブラナ、ダイズ、ヤシ核、ヒマワリ、ゴマ、イネ、オオムギ、落花生またはタバコの種子である、請求項52に記載のトランスジェニック種子。
【請求項５４】
請求項１または請求項24に記載の配列、またはその部分配列と相補的であるか、またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５５】
長さが約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、または約60から100塩基である、請求項49に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
細胞内でグルカナーゼメッセージの翻訳を阻害する方法であって、請求項１または請求項24に記載の配列と相補的であるか、またはストリンジェントな条件下で前記配列とハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に投与するか、または細胞で発現させることを含む、前記グルカナーゼメッセージの翻訳を阻害する方法。
【請求項５７】
請求項１または請求項24に記載の配列の部分配列を含む二本鎖の阻害性RNA（RNAi）分子。
【請求項５８】
長さが約15、16、17、18、19、20、21、2、23、24、25またはそれより長い二重鎖ヌクレオチドである、請求項52に記載の二本鎖の阻害性RNA（RNAi）分子。
【請求項５９】
細胞内でグルカナーゼの発現を阻害する方法であって、二本鎖の阻害性RNA（RNAi）を細胞に投与するか、または細胞で発現させることを含み、前記RNAが請求項１または請求項24に記載の配列の部分配列を含む、前記グルカナーゼの発現を阻害する方法。
【請求項６０】
下記（i）または（ii）に示される単離または組換えポリペプチド：（i）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192、配列番号:194、配列番号:196、配列番号:198、配列番号:200、配列番号:202、配列番号:204、配列番号:206、配列番号:208、配列番号:210、配列番号:212、配列番号:214、配列番号:216、配列番号:218、配列番号:220、配列番号:222、配列番号:224配列番号:226、配列番号:228、配列番号:230、配列番号:232、配列番号:234、配列番号:236、配列番号:238、配列番号:240、配列番号:242、配列番号:244、配列番号:246、配列番号:248、配列番号:250、配列番号:252、配列番号:254、配列番号:256、配列番号:258、配列番号:260、配列番号:262、配列番号:264、配列番号:266、配列番号:268、配列番号:270、配列番号:272、配列番号:274、配列番号:276、配列番号:278、配列番号:280、配列番号:282、配列番号:284、配列番号:286、配列番号:288、配列番号:290、配列番号:292、配列番号:294、配列番号:296、配列番号:298、配列番号:300、配列番号:302、配列番号:304、配列番号:306、配列番号:308、配列番号:310、配列番号:312、配列番号:314、配列番号:316、配列番号:318、配列番号:320、配列番号:322、配列番号:324、配列番号:326、配列番号:328、配列番号:330、配列番号:332、配列番号:334、配列番号:336、配列番号:338、配列番号:340、配列番号:342、配列番号:344、配列番号:346、配列番号:348、配列番号:350、配列番号352:、配列番号:354、配列番号:356、配列番号:358、配列番号:360、配列番号:362、配列番号:364、配列番号:366、配列番号:368、配列番号:370、配列番号:372、配列番号:374、配列番号:376、配列番号:378、配列番号:380、配列番号:382、配列番号:384、配列番号:386、配列番号:388、配列番号:390、配列番号:392、配列番号:394、配列番号:396、配列番号:398、配列番号:400、配列番号:402、配列番号:404、配列番号:406、配列番号:408、配列番号:410、配列番号:412、配列番号:414、配列番号:416、配列番号:418、配列番号:420、配列番号:422、配列番号:424、配列番号:426、配列番号:428、配列番号:430、配列番号:432、配列番号:434、配列番号:436、配列番号:438、配列番号:440、配列番号:442、配列番号:444、配列番号:446、配列番号:448、配列番号:450、配列番号:452、配列番号:454、配列番号:456、配列番号:458、配列番号:460、配列番号:462、配列番号:464、配列番号:466、配列番号:468、配列番号:470、配列番号:472、配列番号:474、配列番号:476、配列番号:478、配列番号:480、配列番号:482、配列番号:484、配列番号:486、配列番号:488、配列番号:490、配列番号:492、配列番号:494、配列番号:496、配列番号:498、配列番号:500、配列番号:502、配列番号:504、配列番号:506、配列番号:508、配列番号:510、配列番号:512、配列番号:514、配列番号:516又は配列番号:518と少なくとも約20、25、30、35、40、45、50、55、60、75または100残基にわたって少なくとも約50％の配列同一性を有し、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定されるポリペプチド；または（ii）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517に示される配列と少なくとも約20、25、30、35、40、45、50、55、60、75または100残基の領域にわたって少なくとも50％の配列同一性を有する核酸によってコードされ、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定されるポリペプチド、または配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号
:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517に示される配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされるポリペプチド。
【請求項６１】
配列同一性が少なくとも約51%、52%、53％、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67％、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれより大きい領域にわたるか、または100%の配列同一性である、請求項60に記載の単離または組換え核酸。
【請求項６２】
配列同一性が、少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050またはそれより多い残基の領域、または酵素の完全長に及ぶ、請求項60に記載の単離または組換え核酸。
【請求項６３】
配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192、配列番号:194、配列番号:196、配列番号:198、配列番号:200、配列番号:202、配列番号:204、配列番号:206、配列番号:208、配列番号:210、配列番号:212、配列番号:214、配列番号:216、配列番号:218、配列番号:220、配列番号:222、配列番号:224配列番号:226、配列番号:228、配列番号:230、配列番号:232、配列番号:234、配列番号:236、配列番号:238、配列番号:240、配列番号:242、配列番号:244、配列番号:246、配列番号:248、配列番号:250、配列番号:252、配列番号:254、配列番号:256、配列番号:258、配列番号:260、配列番号:262、配列番号:264、配列番号:266、配列番号:268、配列番号:270、配列番号:272、配列番号:274、配列番号:276、配列番号:278、配列番号:280、配列番号:282、配列番号:284、配列番号:286、配列番号:288、配列番号:290、配列番号:292、配列番号:294、配列番号:296、配列番号:298、配列番号:300、配列番号:302、配列番号:304、配列番号:306、配列番号:308、配列番号:310、配列番号:312、配列番号:314、配列番号:316、配列番号:318、配列番号:320、配列番号:322、配列番号:324、配列番号:326、配列番号:328、配列番号:330、配列番号:332、配列番号:334、配列番号:336、配列番号:338、配列番号:340、配列番号:342、配列番号:344、配列番号:346、配列番号:348、配列番号:350、配列番号352:、配列番号:354、配列番号:356、配列番号:358、配列番号:360、配列番号:362、配列番号:364、配列番号:366、配列番号:368、配列番号:370、配列番号:372、配列番号:374、配列番号:376、配列番号:378、配列番号:380、配列番号:382、配列番号:384、配列番号:386、配列番号:388、配列番号:390、配列番号:392、配列番号:394、配列番号:396、配列番号:398、配列番号:400、配列番号:402、配列番号:404、配列番号:406、配列番号:408、配列番号:410、配列番号:412、配列番号:414、配列番号:416、配列番号:418、配列番号:420、配列番号:422、配列番号:424、配列番号:426、配列番号:428、配列番号:430、配列番号:432、配列番号:434、配列番号:436、配列番号:438、配列番号:440、配列番号:442、配列番号:444、配列番号:446、配列番号:448、配列番号:450、配列番号:452、配列番号:454、配列番号:456、配列番号:458、配列番号:460、配列番号:462、配列番号:464、配列番号:466、配列番号:468、配列番号:470、配列番号:472、配列番号:474、配列番号:476、配列番号:478、配列番号:480、配列番号:482、配列番号:484、配列番号:486、配列番号:488、配列番号:490、配列番号:492、配列番号:494、配列番号:496、配列番号:498、配列番号:500、配列番号:502、配列番号:504、配列番号:506、配列番号:508、配列番号:510、配列番号:512、配列番号:514、配列番号:516又は配列番号:518に示される配列を有する、請求項60に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６４】
グルカナーゼ活性を有する、請求項60に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６５】
グルカナーゼ活性がエンドグルカナーゼ活性を含む、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６６】
エンドグルカナーゼ活性が、エンド-1,4-ベータ-エンドグルカナーゼ活性を含むか、または1,4-ベータ-D-グリコシド結合若しくは内部β-1,3-ベータ-D-グリコシド結合の加水分解を触媒する活性を含む、請求項65に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６７】
1,4-ベータ-D-グリコシド結合活性が、セルロース、セルロース誘導体、リケニン、または穀類中の1,4-ベータ-D-グリコシド結合を加水分解することを含む、請求項66に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６８】
セルロース誘導体がカルボキシメチルセルロースまたはヒドロキシエチルセルロースを含む、請求項67に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６９】
穀類がベータ-D-グルカンまたはキシログルカンを含む、請求項67に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７０】
グルカナーゼ活性が、1,4-β-グリコシド結合D-グルコピラノースを含む多糖類を加水分解することを含む、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７１】
グルカナーゼ活性が、セルロース、セルロース誘導体またはヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７２】
グルカナーゼ活性が、木材若しくは紙パルプまたは紙製品中のセルロースまたはヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項71に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７３】
グルカナーゼ活性が、飼料、食品または飲料中のグルカンの加水分解を触媒する活性を含む、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７４】
飼料、食品または飲料が穀物性動物飼料、生地、麦汁若しくはビール、果実または野菜を含む、請求項73に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７５】
グルカナーゼ活性が、微生物細胞または植物細胞中のキシランの加水分解を触媒する活性を含む、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７６】
グルカナーゼ活性が発酵性の糖の加水分解を触媒して燃料生成物を生じさせること含む、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７７】
グルカナーゼ活性が熱安定性である、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７８】
約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約95℃、約70℃から約75℃、または約90℃から約95℃の間の温度範囲を含む条件下でグルカナーゼ活性を維持する、請求項77に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項７９】
グルカナーゼ活性が耐熱性である、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８０】
ポリペプチドが、約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約75℃、または約90℃から約95℃の範囲の温度、またはそれより高い温度に暴露した後でグルカナーゼ活性を維持する、請求項79に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８１】
請求項60に記載のポリペプチドを含み、シグナル配列またはプレプロ配列を欠く単離または組換えポリペプチド。
【請求項８２】
請求項60に記載のポリペプチドを含み、さらに異種シグナル配列または異種プレプロ配列を有する単離または組換えポリペプチド。
【請求項８３】
グルカナーゼ活性が、約37℃においてタンパク質1ミリグラムにつき約100から約1000ユニット、約500から約750ユニット、タンパク質1ミリグラムにつき約500から約1200ユニット、またはタンパク質1ミリグラムにつき約750から約1000ユニットの範囲の比活性を含む、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８４】
耐熱性が、上昇温度に加熱した後で37℃において前記グルカナーゼの比活性の少なくとも半分が維持されることを含む、請求項79に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８５】
耐熱性が、上昇温度に加熱した後で、37℃においてタンパク質1ミリグラムにつき約500から約1200ユニットの範囲の比活性が維持されることを含む、請求項79に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８６】
少なくとも1つのグリコシル化部位を含む、請求項60に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８７】
グリコシル化がN-結合グリコシル化である、請求項86に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８８】
P. パストリス（pastoris）またはS. ポンベ（pombe）で発現された場合にグリコシル化される、請求項87に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８９】
約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5またはpH4.0を含む条件下でグルカナーゼ活性を維持する、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９０】
約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10またはpH10.5を含む条件下でグルカナーゼ活性を維持する、請求項64に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９１】
請求項60に記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物であって、前記タンパク質調製物が液体、固体又はゲルを含む、前記タンパク質調製物。
【請求項９２】
請求項60に記載のポリペプチド及び第二のドメインを含むへテロダイマー。
【請求項９３】
第二のドメインがポリペプチドであり、前記へテロダイマーが融合タンパク質である、請求項92に記載のヘテロダイマー。
【請求項９４】
第二のドメインがエピトープまたはタグである、請求項92に記載のヘテロダイマー。
【請求項９５】
請求項60に記載のポリペプチドを含むホモダイマー。
【請求項９６】
請求項60に記載の配列またはその部分配列を含む、固定化ポリペプチド。
【請求項９７】
細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイまたはキャピラリー管に固定化された、請求項96に記載の固定化ポリペプチド。
【請求項９８】
固定化された請求項60のポリペプチドを含むアレイ。
【請求項９９】
固定化された請求項1または請求項24の核酸を含むアレイ。
【請求項１００】
請求項60に記載のポリペプチドと特異的に結合する単離または組換え抗体。
【請求項１０１】
モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体である、請求項100に記載の単離または組換え抗体。
【請求項１０２】
請求項60に記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項１０３】
以下の工程を含む、グルカナーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法：（a）請求項100に記載の抗体を提供する工程；（b）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；（c）工程（a）の抗体が前記ポリペプチドと特異的に結合する条件下で前記抗体と工程（b）のサンプルを接触させ、それによってグルカナーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程。
【請求項１０４】
非ヒト動物に液性免疫応答を生じさせるために十分な量で請求項１または請求項24に記載の核酸またはその部分配列を投与し、それによって抗グルカナーゼ抗体を作製することを含む、抗グルカナーゼ抗体の製造方法。
【請求項１０５】
非ヒト動物に液性免疫応答を生じさせるために十分な量で請求項60に記載のポリペプチドまたはその部分配列を投与し、それによって抗グルカナーゼ抗体を作製することを含む、抗グルカナーゼ抗体の製造方法。
【請求項１０６】
以下の工程を含む、組換えポリペプチドを製造する方法：（a）プロモーターに機能的に連結された請求項１まはた２４記載の配列を含む核酸を提供する工程；（b）前記ポリペプチドの発現を可能にする条件下で工程（a）の核酸を発現させ、それによって組換えポリペプチドを製造する工程。
【請求項１０７】
さらに、宿主細胞を工程（a）の核酸で形質転換し、続いて工程（a）の核酸を発現させ、それによって形質転換細胞で組換えポリペプチドを製造することを含む、請求項106に記載の方法。
【請求項１０８】
以下の工程を含む、グルカナーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法：
（a）請求項64に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）グルカナーゼ基質を提供する工程；および、（c）前記ポリペプチドを工程（b）の基質と接触させ、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出し、基質量の減少又は反応生成物量の増加によってグルカナーゼ活性を有するポリペプチドを検出する工程。
【請求項１０９】
以下の工程を含むグルカナーゼ基質を同定する方法：
（a）請求項64に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）試験基質を提供する工程；および、（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の試験基質と接触させ、基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出し、前記基質量の減少または前記反応生成物量の増加によって前記試験基質をグルカナーゼ基質として同定する工程。
【請求項１１０】
以下の工程を含む、試験化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法：（a）請求項１または請求項24に記載の配列を有する核酸または前記核酸を含むベクターを前記核酸のポリペプチドへの翻訳を許容する条件下で発現させる工程；（b）試験化合物を提供する工程；（c）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、（d）工程（b）の試験化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項１１１】
以下の工程を含む、試験化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法：（a）請求項60に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）試験化合物を提供する工程；（c）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、（d）工程（b）の試験化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項１１２】
以下の工程を含む、グルカナーゼ活性の調節物質を同定する方法：（a）請求項64に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）試験化合物を提供する工程；（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の試験化合物と接触させ、グルカナーゼ活性を測定し、前記試験化合物の非存在下の活性と比較して試験化合物の存在下で測定されたグルカナーゼ活性が変化したならば、前記試験化合物はグルカナーゼ活性を調節すると決定する工程。
【請求項１１３】
グルカナーゼ活性が、グルカナーゼ基質を提供し、基質量の減少若しくは反応生成物量の増加、又は基質量の増加若しくは反応生成物量の減少を検出することによって測定される、請求項112に記載の方法。
【請求項１１４】
試験化合物非存在下における基質量または反応生成物量と比較して、試験化合物存在下において基質量が減少または反応生成物量が増加すれば、前記試験化合物がグルカナーゼの活性化物質と同定される、請求項113に記載の方法。
【請求項１１５】
試験化合物非存在下における基質量または反応生成物量と比較して、試験化合物存在下において基質量が増加または反応生成物量が減少すれば前記試験化合物がグルカナーゼの阻害物質と同定される、請求項113に記載の方法。
【請求項１１６】
プロセッサおよびデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置にはポリペプチド配列または核酸配列が保存されてあり、前記ポリペプチド配列は請求項60に記載の配列、請求項1または請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータシステム。
【請求項１１７】
さらに配列比較アルゴリズム、及び少なくとも1つの参照配列が保存された保存装置を含む、請求項115に記載のコンピュータシステム。
【請求項１１８】
配列比較アルゴリズムが、多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、請求項117に記載のコンピュータシステム。
【請求項１１９】
さらに、配列の1つまたは2つ以上の特徴を同定するアイデンティファイアを含む、請求項117に記載のコンピュータシステム。
【請求項１２０】
ポリペプチド配列または核酸配列が保存されたコンピュータ読み出し可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が、請求項60に記載のポリペプチド、請求項1または請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータ読み出し可能媒体。
【請求項１２１】
以下の工程を含む、配列の特徴を同定する方法：（a）配列内の1つ又は2つ以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読み取る工程であって、前記配列がポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項60に記載の配列、請求項1または請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、（b）前記コンピュータプログラムにより前記配列の1つまたは2つ以上の特徴を同定する工程。
【請求項１２２】
以下の工程を含む、第一の配列と第二の配列を比較する方法：（a）配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第一の配列および第二の配列を読み取る工程であって、前記第一の配列がポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が請求項60に記載のポリペプチド、請求項1または請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、（b）第一の配列と第二の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程。
【請求項１２３】
第一の配列と第二の配列間の相違を決定する工程がさらに多型性を同定する工程を含む、請求項122に記載の方法。
【請求項１２４】
さらに、配列内の1つまたは2つ以上の特徴を同定するアイデンティファイアを含む、請求項123に記載の方法。
【請求項１２５】
コンピュータプログラムを用いて第一の配列を読み取り、さらに配列内の1つまたは2つ以上の特徴を同定することを含む、請求項124に記載の方法。
【請求項１２６】
以下の工程を含む、環境サンプルからグルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：（a）請求項31または請求項33に記載の増幅プライマー配列を提供する工程；（b）前記環境サンプルから核酸を単離するか、または前記サンプル内の核酸がハイブリダイゼーションのために前記増幅プライマー対に接近できるように前記環境サンプルを処理する工程；および、（c）工程（b）の核酸を工程（a）の増幅プライマー対と一緒にして前記環境サンプルの核酸を増幅し、それによって環境サンプルからグルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１２７】
増幅プライマー配列対の各メンバーが、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517に示される配列またその部分配列に示される配列の連続する少なくとも約10から50の塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項126に記載の方法。
【請求項１２８】
以下の工程を含む、環境サンプルからグルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：（a）請求項１または請求項24に記載の配列またはその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；（b）前記環境サンプルから核酸を単離するか、または前記サンプル内の核酸がハイブリダイゼーションのために工程（a）のポリヌクレオチドに接近できるように前記環境サンプルを処理する工程；（c）工程（b）の単離された核酸または処理された環境サンプルを工程（a）のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；および（d）工程（a）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって環境サンプルからグルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１２９】
環境サンプルが水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプルまたは生物学的サンプルを含む、請求項127に記載の方法。
【請求項１３０】
生物学的サンプルが、細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞または哺乳動物細胞に由来する、請求項129に記載の方法。
【請求項１３１】
以下の工程を含む、グルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法：（a）請求項1または請求項24に記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；および（b）前記鋳型の配列内の1つまたは2つ以上のヌクレオチドの改変、欠失若しくは付加、または前記の組合せを実施して前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項１３２】
さらに、変種核酸を発現させて変種グルカナーゼポリペプチドを生成することを含む、請求項131に記載の方法。
【請求項１３３】
改変、付加または欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結再アッセンブリ（SLR）またはそれらの組合せを含む方法によって導入される、請求項131に記載の方法。
【請求項１３４】
改変、付加または欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成およびそれらの組合せによって導入される、請求項131に記載の方法。
【請求項１３５】
鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性または安定性とは変異した若しくは異なる活性または変異した若しくは異なる安定性を有するグルカナーゼが得られるまで反復される、請求項131に記載の方法。
【請求項１３６】
変種グルカナーゼポリペプチドが耐熱性であり、上昇温度に暴露された後ある程度の活性を維持する、請求項135に記載の方法。
【請求項１３７】
変種グルカナーゼポリペプチドが、鋳型核酸によってコードされるグルカナーゼと比較してグリコシル化が増加している、請求項135に記載の方法。
【請求項１３８】
変種グルカナーゼポリペプチドは高温下でグルカナーゼ活性を有するが、鋳型核酸によってコードされるグルカナーゼは高温下で活性をもたない、請求項135に記載の方法。
【請求項１３９】
鋳型核酸のコドン使用頻度とは変異したコドン使用頻度を示すグルカナーゼコード配列が得られるまで反復される、請求項131に記載の方法。
【請求項１４０】
鋳型核酸のメッセージ発現レベルまたは安定性レベルより高いまたは低いメッセージ発現レベルまたは安定性レベルを有するグルカナーゼ遺伝子が得られるまで反復される、請求項131に記載の方法。
【請求項１４１】
以下の工程を含む、グルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変して宿主細胞でその発現を高める方法：（a）請求項1または請求項24に記載の配列を含むグルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、（b）工程（a）の核酸の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞における前記の発現を増加させる工程であって、優先コドンとは宿主細胞の遺伝子内のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、非優先コドンまたは前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子内のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４２】
以下の工程を含む、グルカナーゼポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変する方法：（a）請求項1または請求項24に記載の配列を含むグルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、（b）工程（a）の核酸内のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置換し、それによってグルカナーゼをコードする核酸内のコドンを改変する工程。
【請求項１４３】
以下の工程を含む、グルカナーゼポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変して宿主細胞でその発現を高める方法：（a）請求項1または請求項24に記載の配列を含むグルカナーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、（b）工程（a）の核酸内の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞におけるその発現を高める工程であって、優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４４】
以下の工程を含む、グルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変して宿主細胞でその発現を低下させる方法：（a）請求項1または請求項24に記載の配列を含むグルカナーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；さらに（b）工程（a）の核酸内の少なくとも1つの優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞におけるその発現を低下させる工程であって、優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度提示されるコドンであり、非優先または低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４５】
宿主細胞が細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、請求項144に記載の方法。
【請求項１４６】
（a）第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする第一の核酸を提供する工程であって、前記第一の核酸配列は、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:199、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号353:、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:371、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:377、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:383、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:389、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:395、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:401、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:407、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:413、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:419、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469、配列番号:471、配列番号:473、配列番号:475、配列番号:477、配列番号:479、配列番号:481、配列番号:483、配列番号:485、配列番号:487、配列番号:489、配列番号:491、配列番号:493、配列番号:495、配列番号:497、配列番号:499、配列番号:501、配列番号:503、配列番号:505、配列番号:507、配列番号:509、配列番号:511、配列番号:513、配列番号:515、配列番号:517またはその部分配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、さらに前記核酸がグルカナーゼ活性部位またはグルカナーゼ基質結合部位をコードする核酸である、前記工程；
（b）前記第一の核酸内の複数の標的コドンにおいて天然に存在するアミノ酸変種をコードする一組の変異導入オリゴヌクレオチドを提供する工程；および、
（c）前記一組の変異導入オリゴヌクレオチドを用いて、変異導入アミノ酸コドンの各々一連のアミノ酸変種をコードする一組の活性部位コード変種または基質結合部位コード変種核酸を生成し、それによって複数の改変グルカナーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する工程、
を含む、複数の改変グルカナーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変活性部位または基質結合部位が、第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする配列を含む第一の核酸に由来する、前記方法。
【請求項１４７】
最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、または合成連結再アッセンブリ(SLR) 含む方法によって、工程（a）の第一の核酸に変異導入することを含む、請求項145に記載の方法。
【請求項１４８】
変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)またはそれらの組合せを含む方法によって、工程（a）の第一の核酸または変種に変異導入することを含む、請求項145に記載の方法。
【請求項１４９】
組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成およびそれらの組合せを含む方法によって、工程（a）の第一の核酸または変種に変異導入することを含む、請求項145に記載の方法。
【請求項１５０】
以下の工程を含む小分子を製造する方法：（a）小分子を合成または改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の1つは請求項1または請求項24に記載の配列を含む核酸によってコードされるグルカナーゼ酵素を含む、前記工程；（b）工程（a）の酵素の少なくとも１つに対する基質を提供する工程；および（c）複数の生物触媒反応を促進する条件下で工程（b）の基質を前記酵素と反応させて一連の生物触媒反応により小分子を生成する工程。
【請求項１５１】
以下の工程を含む小分子を改変する方法：（a）グルカナーゼ、マンナナーゼ又はキシラナーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項64に記載のポリペプチドまたは請求項1若しくは請求項24に記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；（b）小分子を提供する工程；および、（c）前記グルカナーゼ酵素によって触媒される酵素反応が促進される条件下で工程（a）の酵素を工程（b）の小分子と反応させ、それによってグルカナーゼ酵素反応により小分子を改変する工程。
【請求項１５２】
工程（a）の酵素に対する複数の小分子基質を提供し、それによってグルカナーゼ酵素により触媒される少なくとも1つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製することを含む、請求項151に記載の方法。
【請求項１５３】
さらに、複数の酵素を、前記酵素による複数の生物触媒反応を促進する条件下で追加して、複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製することを含む、請求項151に記載の方法。
【請求項１５４】
さらに、所望の活性を示す特定の小分子がライブラリー内に存在するか否かを決定するために前記ライブラリーを試験する工程を含む、請求項153に記載の方法。
【請求項１５５】
ライブラリーの試験工程がさらに、所望の活性をもつ特定の改変小分子の有無について改変小分子の一部分を試験することによってライブラリー内の複数の改変小分子の前記一部分を生成するために用いられた生物触媒反応の1つ以外の全てを系統的に排除し、所望の活性をもつ特定の改変小分子を生成する少なくとも1つの特異的な生物触媒反応を同定する工程を含む、請求項154に記載の方法。
【請求項１５６】
以下の工程を含むグルカナーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する方法：（a）グルカナーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項64に記載のポリペプチドまたは請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および（b）工程（a）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、グルカナーゼ活性について残余の配列を試験し、それによってグルカナーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する工程。
【請求項１５７】
グルカナーゼ活性が、グルカナーゼ基質を提供すること、および、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出することによって測定される、請求項156に記載の方法。
【請求項１５８】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析によって新規または改変表現型のための全細胞操作方法：（a）細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が請求項1または請求項24に記載の配列を含む核酸を細胞に導入することによって改変される、前記工程；（b）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成する工程；（c）工程（b）の細胞培養物をリアルタイムでモニターすることによって前記細胞の少なくとも1つの代謝パラメーターを測定する工程；および、（d）工程（c）のデータを分析して、前記測定パラメーターが類似の条件下で未改変細胞における対応する測定値と異なるか否かを決定し、それによって細胞の操作された表現型をリアルタイム代謝フラックス分析により同定する工程。
【請求項１５９】
細胞の遺伝的構成が、細胞内の遺伝子の配列の欠失もしくは改変または遺伝子発現のノックアウトを含む方法によって改変される、請求項158に記載の方法。
【請求項１６０】
さらに、新規に操作された表現型を含む細胞を選別することを含む、請求項158に記載の方法。
【請求項１６１】
さらに、選別された細胞を培養し、それによって新規に操作された表現型を含む新規な細胞株を作製することを含む、請求項160に記載の方法。
【請求項１６２】
配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192、配列番号:194、配列番号:196、配列番号:198、配列番号:200、配列番号:202、配列番号:204、配列番号:206、配列番号:208、配列番号:210、配列番号:212、配列番号:214、配列番号:216、配列番号:218、配列番号:220、配列番号:222、配列番号:224配列番号:226、配列番号:228、配列番号:230、配列番号:232、配列番号:234、配列番号:236、配列番号:238、配列番号:240、配列番号:242、配列番号:244、配列番号:246、配列番号:248、配列番号:250、配列番号:252、配列番号:254、配列番号:256、配列番号:258、配列番号:260、配列番号:262、配列番号:264、配列番号:266、配列番号:268、配列番号:270、配列番号:272、配列番号:274、配列番号:276、配列番号:278、配列番号:280、配列番号:282、配列番号:284、配列番号:286、配列番号:288、配列番号:290、配列番号:292、配列番号:294、配列番号:296、配列番号:298、配列番号:300、配列番号:302、配列番号:304、配列番号:306、配列番号:308、配列番号:310、配列番号:312、配列番号:314、配列番号:316、配列番号:318、配列番号:320、配列番号:322、配列番号:324、配列番号:326、配列番号:328、配列番号:330、配列番号:332、配列番号:334、配列番号:336、配列番号:338、配列番号:340、配列番号:342、配列番号:344、配列番号:346、配列番号:348、配列番号:350、配列番号352:、配列番号:354、配列番号:356、配列番号:358、配列番号:360、配列番号:362、配列番号:364、配列番号:366、配列番号:368、配列番号:370、配列番号:372、配列番号:374、配列番号:376、配列番号:378、配列番号:380、配列番号:382、配列番号:384、配列番号:386、配列番号:388、配列番号:390、配列番号:392、配列番号:394、配列番号:396、配列番号:398、配列番号:400、配列番号:402、配列番号:404、配列番号:406、配列番号:408、配列番号:410、配列番号:412、配列番号:414、配列番号:416、配列番号:418、配列番号:420、配列番号:422、配列番号:424、配列番号:426、配列番号:428、配列番号:430、配列番号:432、配列番号:434、配列番号:436、配列番号:438、配列番号:440、配列番号:442、配列番号:444、配列番号:446、配列番号:448、配列番号:450、配列番号:452、配列番号:454、配列番号:456、配列番号:458、配列番号:460、配列番号:462、配列番号:464、配列番号:466、配列番号:468、配列番号:470、配列番号:472、配列番号:474、配列番号:476、配列番号:478、配列番号:480、配列番号:482、配列番号:484、配列番号:486、配列番号:488、配列番号:490、配列番号:492、配列番号:494、配列番号:496、配列番号:498、配列番号:500、配列番号:502、配列番号:504、配列番号:506、配列番号:508、配列番号:510、配列番号:512、配列番号:514、配列番号:516又は配列番号:518の残基1から14、1から15、1から16、1から17、1から18、1から19、1から20、1から21、1から22、1から23、1から24、1から25、1から26、1から27、1から28、1から29、1から30、1から31、1から32、1から33、1から34、1から35、1から36、1から37、1から38、1から40、1から41、1から42、1から43または1から44に示される配列から成る、または表3に示される配列から成る単離または組換えシグナル配列。
【請求項１６３】
請求項162に記載の配列を有するシグナルペプチド（SP）を含む少なくとも第一のドメイン、および異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第二のドメインを含むキメラポリペプチドであって、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド（SP）と天然には連結していない、前記キメラポリペプチド。
【請求項１６４】
異種ポリペプチドまたはペプチドが、グルカナーゼまたはエンドグルカナーゼではない、請求項163に記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６５】
異種ポリペプチドまたはペプチドが、前記シグナルペプチド（SP）またはグルカナーゼ若しくはエンドグルカナーゼ触媒ドメイン（CD）のアミノ末端、カルボキシ末端または両端に存在する、請求項163に記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６６】
キメラポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドが、請求項162に記載の配列を有するシグナルペプチド（SP）を含む少なくとも第一のドメインおよび異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第二のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド（SP）と天然には連結していない、前記キメラポリペプチド。
【請求項１６７】
グルカナーゼをグリコシル化し、それによって前記グルカナーゼの耐熱性または熱安定性を高めることを含む、グルカナーゼポリペプチドの耐熱性または熱安定性を高める方法であって、前記ポリペプチドが、請求項60に記載のポリペプチドまたは請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドの連続する少なくとも30のアミノ酸を含む、前記耐熱性または熱安定性を高める方法。
【請求項１６８】
請求項1または請求項24に記載の核酸配列を含むベクターを発現させることを含む、細胞内で組換えグルカナーゼを過剰発現させる方法であって、前記過剰発現が、高活性プロモーター、二シストロンベクターの使用によって、または前記ベクターの遺伝子増幅によって達成される、前記組換えグルカナーゼの過剰発現の方法。
【請求項１６９】
以下の工程を含む、トランスジェニック植物を製造する方法：（a）請求項1または請求項24に記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それによって形質転換植物細胞を作製する工程；および（b）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を作出する工程。
【請求項１７０】
工程（a）がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションにより前記異種核酸配列を導入することを含む、請求項169に記載の方法。
【請求項１７１】
工程（a）がさらに、DNA粒子ボンバードメントによって、またはアグロバクテリウム・ツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）宿主を用いることによって植物組織に前記異種核酸配列を直接導入することを含む、請求項169に記載の方法。
【請求項１７２】
以下の工程を含む、植物細胞において異種核酸配列を発現させる方法：（a）プロモーターに機能的に連結された、請求項1または請求項24に記載の配列を含む異種核酸配列で前記植物細胞を形質転換する工程；（b）前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現する条件下で前記植物を生長させる工程。
【請求項１７３】
以下の工程を含む、グルカン含有組成物を加水分解、分解又は破壊する方法：（a）請求項64に記載のグルカナーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）グルカンを含む組成物を提供する工程；および（c）前記グルカナーゼが前記グルカン含有組成物を加水分解、分解または破壊する条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１７４】
組成物が、植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または動物細胞を含む、請求項173に記載の方法。
【請求項１７５】
請求項64に記載のポリペプチドを含む生地またはパン製品。
【請求項１７６】
生地のコンディショニングに十分な条件下で生地またはパン製品を請求項64に記載の少なくとも1つのポリペプチドと接触させることを含む、生地をコンディショニングする方法。
【請求項１７７】
請求項64に記載のポリペプチドを含む飲料。
【請求項１７８】
請求項64に記載の少なくとも1つのポリペプチドを飲料または飲料前駆物質に、前記飲料の粘性を低下させるために十分な条件下で添加することを含む、飲料の製造方法。
【請求項１７９】
飲料または飲料前駆物質が麦汁またはビールである、請求項178に記載の方法。
【請求項１８０】
請求項64に記載のポリペプチドを含む食品、飼料または栄養性サプリメント。
【請求項１８１】
以下の工程を含む、動物の食物中で栄養性サプリメントとしてグルカナーゼを利用する方法：請求項64に記載のポリペプチドの連続する少なくとも30アミノ酸を含むグルカナーゼ酵素を含有する栄養性サプリメントを調製する工程；および、前記栄養性サプリメントを動物に与え、前記動物が摂取する飼料または食品中に含まれるキシランの利用を増進させる工程。
【請求項１８２】
動物が人間である、請求項181に記載の方法。
【請求項１８３】
動物が人間である、請求項181に記載の方法。
【請求項１８４】
動物が反芻動物または単胃動物である、請求項181に記載の方法。
【請求項１８５】
グルカナーゼ酵素が、例えば細菌、酵母、昆虫、真菌および動物からなる群から選択される生物においてグルカナーゼをコードするポリヌクレオチドを発現させることによって調製される、請求項181に記載の方法。
【請求項１８６】
生物が、S.ポンベ（pombe）、S.セレビシアエ（cerevisiae）、ピキア・パストリス（Pichia pastoris）、大腸菌（E. coli）、ストレプトミセス種、バチルス種及びラクトバチルス種から成る群から選択される、請求項185に記載の方法。
【請求項１８７】
熱安定性組換えグルカナーゼ酵素を含む食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項１８８】
請求項64に記載のポリペプチドを含む、請求項187に記載の食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項１８９】
以下の工程を含む、補助食品グルカナーゼを動物にデリバーする方法：顆粒状の食用担体および熱安定性の組換えグルカナーゼ酵素を含むペレットの形状の食用酵素デリバリーマトリックスを調製する工程であって、前記ペレットがその中に含まれるグルカナーゼ酵素を容易に水性媒体中に分散させる、前記工程；および前記食用酵素デリバリーマトリックスを前記動物に与える工程。
【請求項１９０】
組換えグルカナーゼ酵素が請求項64に記載のポリペプチドを含む、請求項189に記載の方法。
【請求項１９１】
顆粒状食用担体が、穀類の種、脱油した穀類の種、干し草、アルファルファ、チモシー、ダイズ外皮、ヒマワリのひき割り種子およびコムギのミッド（midd）から成る群から選択される担体を含む、請求項189に記載の方法。
【請求項１９２】
食用担体は脱油した穀類の種である、請求項189に記載の方法。
【請求項１９３】
グルカナーゼ酵素がグリコシル化されており、ペレット化条件で熱安定性を提供する、請求項189に記載の方法。
【請求項１９４】
デリバリーマトリックスが、穀類の種およびグルカナーゼを含む混合物をペレット化することによって形成される、請求項189に記載の方法。
【請求項１９５】
ペレット化条件が蒸気をあてることを含む、請求項189に記載の方法。
【請求項１９６】
ペレット化条件が約80℃を超える温度を約5分適用することを含み、さらに前記酵素が、酵素1ミリグラムにつき少なくとも350から約900ユニットの比活性を維持する、請求項189に記載の方法。
【請求項１９７】
グルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする配列およびシグナル配列を含む単離または組換え核酸であって、前記核酸が請求項1に記載の配列を含む、前記単離または組換え核酸。
【請求項１９８】
シグナル配列が別のグルカナーゼまたは非グルカナーゼ酵素に由来する、請求項197に記載の単離または組換え核酸。
【請求項１９９】
グルカナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、シグナル活性を含まない配列を含む単離または組換え核酸であって、前記核酸が請求項1に記載の配列を含む、前記単離または組換え核酸。
【請求項２００】
請求項64に記載のポリペプチドを含む、セルロース組成物またはセルロース誘導体組成物。
【請求項２０１】
請求項64に記載のポリペプチドを含む、木材、木材パルプまたは木材製品。
【請求項２０２】
請求項64に記載のポリペプチドを含む、紙、紙パルプまたは紙製品。
【請求項２０３】
紙、木材または木材製品を請求項64に記載のポリペプチドと接触させることを含む、紙、木材または木材製品においてリグニンを減少させる方法。
【請求項２０４】
請求項64に記載のポリペプチドを含む洗剤組成物。
【請求項２０５】
請求項64に記載のポリペプチドを含む医薬組成物。
【請求項２０６】
請求項64に記載のポリペプチドを投与することを含む、グルカンを含む微生物を排除するか、または前記微生物から動物を防御する方法。
【請求項２０７】
微生物が細菌である、請求項206に記載の方法。
【請求項２０８】
細菌がサルモネラである、請求項207に記載の方法。
【請求項２０９】
請求項64に記載のポリペプチドを含む燃料。
【請求項２１０】
醗酵性糖を請求項64に記載のポリペプチドと接触させることを含む、燃料の製造方法。
【請求項２１１】
請求項64に記載のポリペプチドを含む乳製品。
【請求項２１２】
ミルク、アイスクリーム、チーズまたはヨーグルトを含む、請求項211に記載の乳製品。
【請求項２１３】
以下の工程を含む、乳製品の触感および風味を改善する方法：（a）請求項64に記載の本発明のポリペプチドを提供する工程；（b）乳製品を提供する工程；（c）グルカナーゼが前記乳製品の触感または風味を改善することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の乳製品と接触させる工程。
【請求項２１４】
請求項60に記載の配列を有し、さらに少なくとも1つのアミノ酸残基の保存置換を含む単離または組換えポリペプチド。
【請求項２１５】
保存的置換が、別の脂肪族アミノ酸による脂肪族アミノ酸の置換；スレオニンによるセリンの置換またはその逆；別の酸性残基による酸性残基の置換；別のアミド基保有残基によるアミド基保有残基の置換；別の塩基性残基による塩基性残基の交換；または別の芳香族残基による芳香族残基の置換、またはそれらの組合せを含む、請求項214に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２１６】
脂肪族残基がアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンまたはその合成等価物を含む、請求項215に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２１７】
酸性残基がアスパラギン酸、グルタミン酸またはその合成等価物を含む、請求項215に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２１８】
アミド基を含む残基がアスパラギン酸、グルタミン酸またはその合成等価物を含む、請求項215に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２１９】
塩基性残基がリジン、アルギニンまたはその合成等価物を含む、請求項215に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項２２０】
芳香族残基がフェニルアラニン、チロシンまたはその合成等価物を含む、請求項215に記載の単離または組換えポリペプチド。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【公表番号】特表２００７−５２９９９３（Ｐ２００７−５２９９９３Ａ）
【公表日】平成１９年１１月１日（２００７．１１．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５１８８２２（Ｐ２００６−５１８８２２）
【出願日】平成１６年７月２日（２００４．７．２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０２１４９２
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００３３１９
【国際公開日】平成１７年１月１３日（２００５．１．１３）
【出願人】（３０００９１４４１）シンジェンタ　パーティシペーションズ　アーゲー (2)
【出願人】（５０３０８９４８９）ダイヴァーサ　コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】