コード化されたマイクロ粒子
【課題】コード化されたマイクロ粒子、それをバイオアッセイに使用する方法、並びにその作成方法を提案するものである。
【解決手段】軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、マイクロ粒子のためのコードが設けられる、コード化されたマイクロ粒子である。
【解決手段】軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、マイクロ粒子のためのコードが設けられる、コード化されたマイクロ粒子である。
【発明の詳細な説明】
【関連出願】
【０００１】
（関連案件の相互参照）
本特許出願は、２００６年１月２５日出願の同時係属中の米国仮出願第６０／７６２，２３８号、、２００５年９月１３日出願の米国仮出願第６０／７１６，６９４号の優先権を主張し、これらそれぞれの主題は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【技術分野】
【０００２】
本発明は微細構造の分野に関し、より具体的にはコード化されたマイクロ粒子に関する。
【背景技術】
【０００３】
マイクロ粒子又はナノ粒子は、構造と称される場合が多く、その特徴的寸法は、１ｍｍ3以下の体積などマイクロメートル以下の単位である。その小さな特徴的寸法に起因する固有の特性により、マイクロ粒子は、実験室研究や多くの工業的分野において顕著な用途を見出している。コード化されたマイクロ粒子は、識別手段を有し、マイクロ粒子の一般的な分野の重要なサブクラスである。コード化された粒子は情報を伝達し、また、空間と時間に関して物理的に追跡することができるので、コード化されていない粒子の能力を大幅に拡張する。コード化されたマイクロ粒子の特に重要な用途は、ＤＮＡやタンパク質に関するものを含む多重バイオアッセイである。コード化されたマイクロ粒子の他の重要な分野としては、コンビナトリアル・ケミストリー、標識付けなどが挙げられる。多くの生化学用途及び生化学以外の用途を、本明細書において後述する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
多くの用途に関して、もう１つの望ましい属性としては、多数の識別可能なコード（すなわち、高いコードスペース）、コード化された粒子の正確かつ信頼性の高い識別、特定の用途に対する材料の適合性、マイクロ粒子の低コストでの製造（バッチ単位、粒子単位、コード・セット基礎単位）、検出システムの柔軟性が挙げられる。
【０００５】
断片化された有色積層体、有色ポリスチレン・ビーズ、量子ドットを担持させたポリマー・ビーズ、希土類元素でドープしたガラス・マイクロバーコード、電気めっきした金属ナノ・ロッド、回折格子に基づく繊維状粒子、パターン・バーとディスク、他のタイプのマイクロ粒子など、コード化されたマイクロ粒子を作成するためのいくつかの方策がこれまでに開発されている。しかし、これらの技術には、コードスペースが不十分である、コストが高い、精度が不適当である、使用時の性能が低い、凝集の問題によって大量生産ができない、前処理又はアッセイ手順が複雑であるなど、多くの制限のいずれかの欠点がある。
【０００６】
したがって、コード化された情報を有するコード化されたマイクロ粒子又は一組のコード化されたマイクロ粒子、それらを作成する方法、マイクロ粒子のためのコードを供給する方法、マイクロ粒子を製造する方法、マイクロ粒子を検出する方法とシステム、使用する方法とシステムが求められている。
【０００７】
添付の特許請求の範囲は、本発明の特徴を詳細に説明しているが、本発明並びにその目的及び利点は、以下の詳細な説明を添付図面と併せ読むことによって最も良く理解することができる。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１】図１Ａは、本発明のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図であり、図１Ｂは、図１Ａのマイクロ粒子の側面断面図である。
【図２】本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図である。
【図３】図３ａは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図であり、図３ｂは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図である。
【図４】図４ａ及び４ｂは、そのコード化構造が単一材料から得られる代表的なマイクロ粒子を概略的に示す図であり、図４ｃは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図であり、図４ｄは、本発明の代表的な製造の間の別の代表的なマイクロ粒子の断面図である。
【図５】本発明の代表的な製造方法において実行される工程を示すフローチャートである。
【図６ａ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｂ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｃ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｄ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｅ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｆ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｇ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｈ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｉ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｊ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｋ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｌ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｍ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図８】製造中の基板上のマイクロ粒子の配列の斜視図である。
【図９ａ】本発明の代表的な製造方法における製造中の複数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像である。
【図９ｂ】本発明の代表的な製造方法における製造中の複数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像である。
【図９ｃ】本発明の代表的な製造方法における製造中の複数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像である。
【図１０ａ】本発明の代表的な製造方法における製造中の複数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像である。
【図１１】本発明の製造方法に使用することができる代表的なエッチング方法を示す図である。
【図１２】本発明の複数のマイクロ粒子の画像である。
【図１３】本発明の代表的な製造方法による代表的なウェハ・レベルでの製造方法を概略的に示す図である。
【図１４】本発明の８個のコード化されたマイクロ粒子の反射モードにおける反転した顕微鏡画像を示す図である。
【図１５】本発明のコード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系の図である。
【図１６】図１４と同じ倍率で得た全視野の単一画像を示す図である。
【図１７】コード化されたマイクロ粒子の高倍率画像を示す図である。
【図１８】図１８ａは、コード化されたマイクロ粒子の１２個の稠密な反射画像を合成した図であり、図１８ｂは、本発明のマイクロ粒子の例の透過蛍光顕微鏡画像を示す図である。
【図１９】図１９ａは、全視野反射画像を示す図であり、図１９ｂは、離散的なセグメントを全マイクロ粒子に関連させる画像処理をした後の、図１９ａと同じ一連の画像を示す図である。
【図２０】図２０ａは、一連の反射画像を示す図であり、図２０ｂは、離散的なセグメントを全マイクロ粒子に関連させる画像処理をした後の、図２０ａと同じ一連の画像を示す図である。
【図２１】右側に処理済みの画像を示し、左側に４個のマイクロ粒子の例から得たピクセル強度プロファイルを示す図である。
【図２２】画像化のためにコード化されたマイクロ粒子を不動化し分離するように設計された特徴を有する、特別に準備された面の概略図である。
【図２３】連続的な画像化による検出のため、流体中を流れるマイクロ粒子を供給できるようにしたフロー・セルを示す図である。
【図２４】連続的な画像化による検出のため、流体中を流れるマイクロ粒子を供給できるようにしたフロー・セルを示す図である。
【図２５】本発明の別の代替マイクロ粒子を示す図である。
【図２６】蛍光性の外側層を備えた空間的かつ光学的にコード化されたマイクロ粒子の図である。
【図２７】ａ−ｃは空間コードを形成する面のへこみを備えた本発明のコード化されたマイクロ粒子の概略図であり、ｄは、へこみを含むコード化されたマイクロ粒子の一例を示す図である。
【図２８】図２７ａ〜２７ｃの対応する粒子に関する、粒子面に垂直に測定された不均一な空間密度を示す図である。
【図２９】本発明の別の代表的な製造の間の本発明の別の例によるマイクロ粒子の平面図である。
【図３０】本発明の別の代表的な製造の間の本発明の別の例によるマイクロ粒子の平面図である。
【図３１】ａ−ｃは、マイクロ粒子構造の好ましい実施形態における３個のマスク・フィールドを示す図であり、ｄは、レチクル・プレートの図である。
【図３２】スタンピングを利用する多数の印刷工程を使用してコードを生成する一般的な方法の代替例を示す。
【図３３ａ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｂ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｃ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｄ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｅ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｆ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｇ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｈ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｉ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｊ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｋ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｌ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｍ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３４ａ】図３３ａマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｂ】図３３ｂマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｃ】図３３ｃマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｄ】図３３ｄマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｅ】図３３ｅマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｆ】図３３ｆマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｇ】図３３ｇマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｈ】図３３ｈマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｉ】図３３ｉマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｊ】図３３ｊマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｋ】図３３ｋマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｌ】図３３ｌマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｍ】図３３ｍマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３５】本発明の方法を使用して作成することができる代表的なマイクロ粒子を示す図である。
【図３６】ダイからリリースする直前の、実際のコード化されたマイクロ粒子の４つの顕微鏡画像を示す図である。
【図３７】ウェハ上の全てのダイに対して異なるコードを生成するため、ステッパ・ソフトウェアに入力されるデータ例のチャートを示す図である。
【図３８】ダイ当たりの数を増加させたコードを生成するための代表的なスキームを示す図である。
【図３９】図３９ａは、本発明された非二進コード体系にしたがって形成されるコード化されたマイクロ粒子のグラフであり、図３９ｂ、３９ｃは、ギャップの数及び位置が異なるランダム・コードを示す図である。
【図４０】マイクロ粒子の大きなプロトタイプ・セットの様々な形態の写真４枚を合成した写真である。
【図４１】代表的なバイオアッセイ・プロセスのフローチャートである。
【図４２】全てのウェハを、バイオアッセイを行うために試料と反応できる状態の粒子・プローブ複合体の混合物とするための、プロセスの代表例を示す図である。
【図４３】反射画像及び蛍光画像を同時に取得するため２つのＣＣＤカメラを利用する、コード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系を示す図である。
【図４４】多数のコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す図である。
【図４５】多数のコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す図である。
【図４６】本発明の同じ一組のマイクロ粒子に対する一対の反射画像及び蛍光画像を示す図である。
【図４７】時間系列におけるコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す図である。
【図４８】２プレックスＤＮＡハイブリダイゼーション・アッセイから得た実際のアッセイ・データを示す図である。
【図４９】ａは、本発明のマイクロ粒子を使用することができる代表的なアッセイを示す図であり、ｂは、本発明のマイクロ粒子を使用することができる別の代表的なアッセイを示す図である。
【図５０】本発明のマイクロ粒子を使用することができる別の代表的なアッセイを示す図である。
【図５１】粒子の画像を含むが、本発明の実際の実験結果ではない概略図である。
【図５２】コード要素のパターニング工程及びエッチング工程の例のフローチャートである。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
コードを有するコード化されたマイクロ粒子が提供され、及び、区別可能なコードを備えた一組のコード化されたマイクロ粒子が提供される。その際、コードは予め定められたコード体系に適合している。好ましくは、以下の例におけるマイクロ粒子は１ｍｍ3以下の体積を有する。本発明のマイクロ粒子により、迅速かつ正確であり、複雑さが軽減されたコードの検出が可能になる。マイクロ粒子上にコードを設ける方法、マイクロ粒子を製造する方法、マイクロ粒子を検出する方法とシステム、マイクロ粒子を使用するための方法とシステムも開示される。
【００１０】
本発明は、以下に特定の例を参照して考察される。当業者であれば、以下の考察が例証を目的とするものであり、限定として解釈されるべきではないことを理解するであろう。むしろ、本発明の趣旨から逸脱することなく、他の変形例も適用可能である。
【００１１】
一例として、図１Ａは、本発明のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。マイクロ粒子１００は、図面に示されるように、デカルト座標のＹ方向に沿って延長された直方体構造である。マイクロ粒子の長さに垂直な断面は、この例では正方形である、ほぼ同じ位相幾何学的形状を有する。
【００１２】
この特定の例におけるマイクロ粒子は、一組のセグメント（例えば、セグメント１０２）とセグメントの間に挟まれたギャップ（例えば、ギャップ１０４）を有する。具体的には、長さ（マイクロ粒子の長さに沿った、例えばＹ方向に沿った寸法）が異なるセグメントは、異なるコード化要素を表すが、ギャップは、好ましくは、マイクロ粒子の検出中にセグメントを区別するため、同じ長さを有する。この例におけるマイクロ粒子のセグメントは、マイクロ粒子内に、例えば本体１０６内に完全に封入される。代替の特徴として、セグメントは、セグメントの幾何学的中心が、細長いマイクロ粒子の幾何学的中心軸と整列するように配列することができる。セグメントとギャップの特定の列はコードを表す。コードは予め定められたコード体系から得られる。
【００１３】
マイクロ粒子のセグメントは任意の適切な懈怠が可能である。本発明の一例では、マイクロ粒子の各セグメントは、マイクロ粒子の長さに垂直に（すなわち、図１Ａのデカルト座標のＹ方向に沿って）取った、ほぼ正方形の断面（すなわち、図１Ａに示されるようなデカルト座標のＸ−Ｚ面における断面）を有する。セグメントは、ほぼ正方形の断面を有するように製造されても、されなくてもよい。長方形、円形、楕円形、ソウ歯状、曲線状など、他の形状も適用可能である。特に、コード要素、すなわちセグメントとギャップは、他の任意の適切な所望の形状を取ることもできる。例えば、セグメント（及び／又はギャップ）はそれぞれ、長方形の断面（例えば、長方形のアスペクト比が２：１以上、例えば４：１以上、１０：１以上、２０：１以上、さらには１００：１以上などであるが、好ましくは５００：１未満である）を有してもよい。
【００１４】
図１Ａのマイクロ粒子の例は、６つの主面を、すなわち、面（Ｘ＝±ｘ0、Ｙ、Ｚ）、面（Ｘ、Ｙ、Ｚ＝±ｚ0）、面（Ｘ、Ｙ＝±ｙ0、Ｚ）を有し、ここで、ｘ0、ｙ0、ｚ0はそれぞれ、マイクロ粒子の幅、長さ、高さである。本発明によれば、上記の６つのうち少なくとも２つの面Ｘ＝±ｘ0（又は面Ｚ＝±ｚ0）、より好ましくは、上記６つのうち少なくとも４つの主面Ｘ＝±ｘ0、面Ｚ＝±ｚ0は、各面がへこみを有するか否かに関わらずほぼ連続している。この構成により、マイクロ粒子は、光学イメージング装置などの検出器に対してほぼ同じ幾何学的外観と特有性を示す。実際には、主面はほぼ平坦にすることができる。例えば、製造中に粗さ又は変化するプロファイルが生じたとしても、オーバー堆積やエッチング・バック技術、又は化学的機械的研磨（ＣＭＰ）技術などの標準的な面加工技術、さらには平滑な垂直側壁プロファイルを作成するため、パターニング工程を適切に制御するなどの標準的な面加工技術を使用して、依然としてほぼ平坦な主面を得ることができる。
【００１５】
コード要素、すなわちセグメントとギャップは、任意の所望の寸法を取ることができる。本発明の一例として、各コード化構造は、５μｍ（ミクロン）以下、例えば３ミクロン以下の、より好ましくは１ミクロン以下、例えば０．８又は０．５ミクロン以下の、特徴的な寸法を有する。特に、ギャップはほぼ同じ寸法に保たれるが、セグメントの寸法が変化する場合、各ギャップは、好ましくは、１．５ミクロン以下、例えば０．８又は０．５ミクロン以下の特徴的な寸法を有する。
【００１６】
一例として、線幅が０．１３の３０．５ｃｍ（１２インチ）のシリコン・ウェハ上にマイクロ粒子を形成する場合、ギャップ面積が０．１３μｍの最小幅を有し、透明度がより低いセグメントが（粒子の所望の長さ並びに、所望のコード化体系及びコードスペースに応じて）０．１３μｍからそれよりもはるかに大きな値までの幅を有するようにすることができる。使用されるウェハの製造に応じて、０．１３〜１．８５μｍ（例えば、０．２５〜０．８５μｍ）の最小ギャップ幅と最小セグメント幅が可能である。当然ながら、より大きな最小ギャップ長さとセグメント長さ（例えば、１．８５〜５．０μｍ以上）も可能である。当然ながら、他のサイズのウェハ（１０．２ｃｍ（４インチ）、１５．２ｃｍ（６インチ）、２０．３ｃｍ（８インチ）など）、シリコン以外（例えば、ガラス）のウェハ、さらにはシリコン以外の他の基板（例えば、大型のガラス・パネル）を使用することができる。
【００１７】
マイクロ粒子は、Ｘ方向、Ｙ方向、及び／又はＺ方向に同じ長さを有してもよいが、好ましくは、コード化されたマイクロ粒子は、２：１〜５０：１、例えば４：１〜２０：１の長さと幅の比を有する。本発明の一例では、マイクロ粒子の長さ（例えば、Ｙ方向に沿った寸法）は、７０ミクロン以下、５０ミクロン以下、３０ミクロン以下、例えば２０ミクロン以下、１６ミクロン以下、さらには１０ミクロン以下である。マイクロ粒子の幅（例えば、Ｘ方向に沿った寸法）と、高さ（Ｚ方向に沿った寸法）は、１５ミクロン以下、１０ミクロン以下、８ミクロン以下、４ミクロン以下、さらには１ミクロン以下、例えば０．１３ミクロンであってもよい。０．５〜２ミクロン程度の小さな幅も可能である。図１Ａに示し、かつ上述した形状以外に、マイクロ粒子は、ロッド、バー、ディスク、又は他の任意の所望の形状を取ってもよい。
【００１８】
マイクロ粒子のコード化構造とギャップは、コード化構造とギャップが共に検出可能なコードを表す限り、任意の適切な形態を取ることができる。上述したように、マイクロ粒子の断面は、粒子の長さに垂直に取ったとき、正方形、長方形、円形、楕円形、あるいは、ソウ歯状若しくは曲線状又は他のプロファイルなどの任意の所望の形状である。断面が長方形のとき、長方形は、好ましくは、２：１以上、例えば４：１以上、１０：１以上、２０：１以上、さらには１００：１以上であるが、好ましくは５００：１未満であるアスペクト比（長さと幅又は高さの比）を有する。幅と高さの比は、１：１程度（正方形の断面）であるか、あるいは、１：４〜１：１の比、好ましくは、粒子が細長い側面のどこに存在するかに関わらず、マイクロ粒子のコードを検出することができるように、粒子が、粒子の幅又は高さを規定するいずれかの側面の上に存在することができる比を有することができる。
【００１９】
コード化構造とギャップによって表されるコードの、迅速で、コスト効率が良く、信頼性が高く、かつ容易な検出を促進するため、各コード化構造は、検出手段に対して可能な限り全方向的であることが好ましい。すなわち、各コード化構造は、少なくとも二方向から、より好ましくはマイクロ粒子の長さに垂直な四方向（又は、断面が四辺形でない場合、全方向）から観察されたとき、ほぼ同じ幾何学的外観又は検出可能な特性を示す。したがって、コード化構造は、好ましくは、マイクロ粒子の長さに沿って、２回転対称性又は４回転対称性などの回転対称性を有する。
【００２０】
本発明のマイクロ粒子は、粒子の形状又は長さ、及び所望のコードスペースに応じて、任意の適切な数のコード化構造を有することができる。具体的には、マイクロ粒子のコード化構造の総数は、１〜２０個、より一般的には３〜１５個、より一般的には３〜８個である。
【００２１】
所望のコードは、多数のやり方でマイクロ粒子に組み込むか、又はマイクロ粒子によって表すことができる。一例として、予め定められたコード体系のコード化要素は、セグメント（１つ又は複数）によって表すことができ、例えば、長さが異なるセグメントはコード体系の異なるコード化要素を表す。異なる（又は同じ）長さを有し、ギャップが間に挟まれたセグメントの異なる空間的配列は、異なるコードを表す。このコードの組み込み方法では、間に挟まれるギャップは、好ましくは、特にセグメントが整列する方向の長さについて、ほぼ同じ寸法を有する。別の例として、コードは、長さが変化するギャップを配列することによってマイクロ粒子に組み込まれ、セグメントはほぼ同じ寸法を有し、隣接したギャップ間に配置される。別の例では、セグメントとギャップは両方とも、コードを表すため、その寸法が変化する。実際に、コードは、セグメント、ギャップ、及びそれらの組み合わせを使用して、他の多くの代替的方法で表すこともできる。
【００２２】
予め定められたコード体系から得られるコードを表すため、セグメントとギャップは、細長いマイクロ粒子の長さ（Ｙ方向）に沿って配列される（ただし、二次元、又はさらには三次元の配列も可能である）。具体的には、セグメントとギャップは長さに沿って交互に整列され、各セグメントは隣接したギャップによって分離され（恐らくは、完全に分離され隔離される）、各ギャップは隣接したセグメントによって分離される（恐らくは、完全に分離され隔離される）。このことは、以下に考察される図１Ｂの断面図により良好に示されている。
【００２３】
本発明の一例では、任意の適切な数のセグメントを使用することができ、例えば、透明度がより低い材料（セグメント間に挟まれたギャップに比べて）の、２〜２０個、より一般的には３〜１５個のセグメント（より一般的には３〜８個のセグメント）が、コード化されたマイクロ粒子内に設けられる。コードを形成するため、透明度がより低い材料のセグメントの長さを変えることが可能である。あるいは、透明度がより低い材料のセグメントはそれぞれ、ほぼ同じ長さを有するが、透明度がより高い材料の中間セグメントは変化する長さを有することができる。当然ながら、コードを表すため、透明度がより高い材料のセグメントと透明度がより低い材料の中間セグメントが両方ともその長さが変化しても良い。
【００２４】
図１Ｂを参照すると、断面は、図１Ａの粒子のＹ−Ｚ面で（又は同等にＸ−Ｙ面で）で取られている。セグメント（例えば、セグメント１０２）とギャップ（例えば、ギャップ１０４）は、マイクロ粒子の長さに沿って交互になっている。
【００２５】
マイクロ粒子に組み込まれたコードを検出できるようにするため、各マイクロ粒子内のセグメントとギャップは、光学特性、電気特性、磁性特性、流体力学特性、又は、所望の検出方法に適合した他の所望の特性が異なる材料から成ることができる。一例では、セグメントとギャップは、可視スペクトル内の透過光及び／又は反射光のもとで、直接空間的に区別することができる。例えば、コード検出が光学イメージングに依存するとき、区別可能な特性（セグメント対ギャップ）は、画像化に使用される特定の光（任意の所望の電磁放射、例えば、可視光と近可視光、ＩＲ、紫外光など）に対する透過率の差である。セグメントは、間に挟まれる間隔材料よりも光吸収性（又は光反射性）にする（あるいは、その逆にする）ことができる。コード検出が電気特性の測定に依存するとき、特性は、抵抗とコンダクタンスである。コード検出が磁気による方法を伴うとき、特性は、インダクタンスと電気インダクタンスである。コード検出が流動力学的方法を伴うとき、特性は、コード検出に使用される特定の流体に対する粘性である。どの特定の特性に依存するかに関わらず、セグメントとギャップは、対応するコード検出方法を使用して差異を検出することができるように、特定の特性において十分な差異を示すことが好ましい。特に、光学イメージングを用いてコードが検出されるとき、セグメントとギャップは、マイクロ粒子の画像化に使用される特定の光に対して、異なる透過率（光透過モードの場合）又は反射率（光反射モードの場合）を示す材料から成る。例えば、透明度がより低い材料のマイクロ粒子のセグメントは、その上に入射する可視光又は近可視光の３０％以上、好ましくは５０％以上、又は例えば８０％以上を阻止かつ／又は反射することができる。
【００２６】
物体による電磁放射の透過率は物体の厚さに応じて変わるという事実を鑑みて、検出光の３０％以上、好ましくは５０％以上、又は例えば８０％以上（あるいは、さらには９０％以上）を阻止かつ／又は反射することができるセグメントが好ましいが、コード化構造の間のギャップは、検出光の５０％以上、７０％以上、８０％以上、又はさらには９０％以上を透過することができる材料から、かつそのような寸法で得られる。あるいは、セグメントとギャップは、透過率の差異の比がコードγを検出するのに十分であるように、例えば、５％以上、１０％以上、２０％以上、５０％以上、７０％以上であるように、異なる材料から成る。透過率は、通過した光と入射光の光度の比として決められる。
【００２７】
微細構造は、有機材料及び／又は無機材料、あるいは有機・無機材料の混合物で作成することができる。具体的には、ギャップ（好ましくは、可視光又は近可視光に対する透過性がより高い）とセグメント（好ましくは、ギャップに比べて、可視光又は近可視光に対する透過性がより低い）はそれぞれ、有機材料又は無機材料、あるいは混合有機・無機材料から成ることができる。セグメントは、金属（例えば、アルミニウム）、前周期遷移金属（例えば、タングステン、クロム、チタン、タンタル、又はモリブデン）、又はメタロイド（例えば、シリコン又はゲルマニウム）、あるいはそれらの組み合わせ（又は、窒化物、酸化物、及び／若しくは炭化物）から成ることができる。特に、セグメントは、メタロイド若しくは前周期遷移金属の酸化物、メタロイド若しくは前周期遷移金属の窒化物、又はメタロイド若しくは前周期遷移金属の炭化物を含む化合物など、セラミック化合物から成ることができる。前周期遷移金属は、周期表の３ｂ族（Ｓｃ、Ｙ、Ｌｕ、Ｌｒ）、４ｂ族（Ｔｉ、Ｚｒ、Ｈｆ、Ｒｆ）、５ｂ族（Ｖ、Ｎｂ、Ｔａ、Ｄｂ）、６ｂ族（Ｃｒ、Ｍｏ、Ｗ、Ｓｇ）及び７ｂ族（Ｍｎ、Ｔｃ、Ｒｅ、Ｂｈ）に基づくものである。しかし、４ｂ〜６ｂ族の前周期遷移金属、特に、タングステン、チタン、ジルコニウム、ハフニウム、ニオブ、タンタル、バナジウム、クロムが好ましい。
【００２８】
この例では透明度がより高いギャップは、セグメントよりも透明度が高い任意の適切な材料を含むことができる。混合材料が選択される場合、間隔材料は、特に、シロキサン材料又はシルセスキオキサン材料などである。間隔材料は、無機材料の場合、ガラス材料などである。ボロン又はリンのドープ剤／合金化剤を有するか、又は有さない、薄膜状に堆積された二酸化シリコンが適切な材料である。例えば、窒化シリコン、窒化酸化シリコン、酸化ゲルマニウム、窒化酸化ゲルマニウム、シリコン・ゲルマニウム窒化酸化物、又は様々な遷移金属酸化物など、他の無機ガラス材料も適切である。塗布ガラス（ＳＯＧ）を使用することもできる。有機材料がギャップ材料に使用される場合、プラスチック（例えば、ポリスチレン又はラテックス）を使用することができる。
【００２９】
セグメントとギャップは両方とも、ＣＶＤ（化学堆積法）、ＰＶＤ（物理堆積法）、塗布、ゾル・ゲルなどの任意の適切な方法によって堆積させることができる。ＣＶＤ堆積法が使用される場合、ＣＶＤは、ＬＰＣＶＤ（低圧化学堆積法）、ＰＥＣＶＤ（プラズマ促進化学堆積法）、ＡＰＣＶＤ（大気圧化学堆積法）、ＳＡＣＶＤ（減圧化学堆積法）などである。ＰＶＤ法が使用される場合、所望の最終材料に応じて、スパッタリング又は反応スパッタリングが可能である。塗布材料（ＳＯＧ又は混合有機・無機シロキサン材料。
【００３０】
より具体的な例として、セグメントは、ＣＶＤ（化学堆積法）によって堆積させた非晶質シリコンなどの、任意の適切なシリコン材料から成ることができる。ポリシリコン又は単結晶シリコンも、上述したような広範囲の他の材料と同様に適切である。必須ではないが、セグメントのために選択される材料は、堆積厚さが高度に制御され、面粗さが低く、パターニングとリリースの両方におけるエッチングが高度に制御され（例えば、パターニングにはドライ・プラズマ・エッチングを、リリースには湿式又は乾式化学エッチングを使用する）、かつＣＭＯＳプロセスの適合性が高いことが好ましい。ギャップ材料は、ＣＶＤ堆積された二酸化シリコンでよい。二酸化シリコンは、リン又はボロンなどの、ドーピング／合金化材料を包含してもよい。セグメントとギャップに対して、透明度のより高い材料とより低い材料の組み合わせを選択する際、温度が考慮に入れられてもよい。
【００３１】
図２は、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。粒子１９は長方形の断面を有し、ほぼ平坦な形状である。例えば、マイクロ粒子の高さと幅の比は、任意の所望の比であり、例えば、１：１．２〜１：４以上などであることができる。
【００３２】
図３ａは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。図３ａを参照すると、マイクロ粒子１１６は第１の材料１１８と第２の材料１２０から成る。２つの材料は、化学的に異なるか、あるいは、同じ化学組成であり、ただしグレイン構造又は厚さなどの他の観点においては異なる。２つの材料は、所望の検出スキームを用いて区別することができる。この例では、材料はそれぞれ、好ましくは、粒子の断面を完全に横断する。この構造を作成する一例のプロセスは、本明細書で以下に開示するパターニングとエッチング方法の変形例、及び／又は高エネルギー・イオン注入法など、ＩＣ／ＭＥＭＳ（集積回路／微小電子機械システム）分野からのものを包含する、上述したような製造方法を伴う。
【００３３】
図３ｂは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。図３ｂを参照すると、マイクロ粒子は、第３の材料４４に取り囲まれた、２つの異なる材料４０、４２の交互になったセグメントから成り、それにより、交互になったセグメントのパターンが検出可能なコードを形成する。他の例のマイクロ粒子は、粒子の内部に２つを超える異なる材料を含有してもよい。粒子は、任意の適切な断面形状を有してもよく、図示される例では細長いものである。
【００３４】
上述の例では、マイクロ粒子は、区別可能な光学特性など、選択された区別可能な特性の材料から成る。上述の例では、一方の材料は他方の材料よりも大きな透明度又は光透過率を有し、その差異は拡大することによって検出可能である。上述の特定の例は、一方の材料が光吸収性材料であり、他方の材料が、可視スペクトルにおいてより大きな光透過性を有する半透明又は透明材料である（あるいは、例えば、ＵＶ、ＩＲなどの別のスペクトルでは、異なる検出システムが使用されるべきである）。別の例では、一方の材料は光反射性材料であり、他方の材料は、光吸収性又は光透過性のどちらかである。一方の材料の不透明度がより高く、他方の材料の不透明度がより低い場合の、あるいは一方の材料の反射性がより高く、他方の材料の反射性がより低い場合の検出可能な差異は、この例の範囲内である。上述したように、不透明材料と透明材料の交互になった部分は、他の材料の中でも特に、シリコンとガラスで作成することができる。ほぼ全ての材料の透過率（及び反射率）が材料の厚さに依存するという事実に鑑みて、マイクロ粒子は、コード化構造（すなわち、コードのコード化要素を表す構造）が単一の材料から得られるようにして形成されてもよい。図４ａ、図４ｂは、そのコード化構造がシリコンなどの単一の材料から得られる、代表的なマイクロ粒子を概略的に示す。
【００３５】
図４ａを参照すると、代表的なマイクロ粒子の断面図が示されている。マイクロ粒子２０６は、一組のコード化構造（例えば２１０、２１２、２０８、２１４）を含み、それらの組み合わせは、コード体系から得られるコードを表す。コードを組み込むため、コード化構造は幅などの異なるプロファイルを有し、異なる幅を備えた異なる構造が特定の位置に位置付けられる。コード化構造を決め、かつ後でコード検出を行うため、透過率しきい値厚さ（それ以下になると、材料が可視光と近可視光などの特定の光に対して可視であるようなしきい値）未満の厚さを備えた一組のギャップ（例えば、ギャップ２１２、２１４）。図１ａに示される例とは異なり、コード化構造は完全には分離又は隔離されていない。マイクロ粒子に組み込まれたコードは、例えば、コード化構造間の隣接したギャップ（例えば、２１２、２１４）よりも透過率が低い、コード化構造（例えば、２１０、２０８）の異なる透過率に基づいて、読み取ることができる。
【００３６】
生体分子試料がマイクロ粒子の面に付着されることになる、マイクロ粒子の利用、特に生物学／生化学／生物医学／生物工学における利用を促進するため、固定化層が微細構造の面を被覆するのが望ましいことがある。
【００３７】
図４ｂは、図４ａのマイクロ粒子の透過モード画像を概略的に示す。図４ｂを参照すると、暗い領域２１０、２０８はそれぞれ、図４ａのコード化構造２１０、２０８に対応する。白い領域２１２、２１４はそれぞれ、図４ａのコード化構造２１２、２１４に対応する。光透過率のより高い部分とより低い部分とに使用される材料が同じ場合であっても、依然として、透過率プロファイルによって検出可能なコードが可能になる。図４のようなマイクロ粒子は、別の材料（例えば、二酸化シリコン）の最下層を備え、所望に応じて別の材料（例えば、二酸化シリコン）の第２の層で被覆させる。そのようなマイクロ粒子は、図１ａの構造とほぼ同じ直方体形状を有するように、材料（例えば、二酸化シリコン）で完全に包むこともできる。図４ｃは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。図４ｃを参照すると、マイクロ粒子は、より狭い領域によって接続されたより大きな領域を含む。マイクロ粒子は、コードが検出可能であるように、材料によって取り囲まれる。
【００３８】
図４ａ、図４ｃのマイクロ粒子は、多くの方法で製造することができ、その１つが、図４ｄの代表的な製造中のマイクロ粒子の断面図に概略的に示される。図４ｄを参照すると、特定の光（例えば、可視光又は近可視光）に対して透過性の材料（例えば、ガラス、石英、又は他の適切な材料）から成る基板２１６が用いられる。分離層２１７が基板２１６上に堆積される。分離層は、エッチング又は他の適切な方法によって、後でマイクロ粒子をガラス基板から切離すために設けられる。エッチングは、湿式、乾式、又はプラズマ・エッチングで、したがって、分離層は、本明細書において上述したような、選択されたエッチング方法を用いてエッチング可能な材料から成ることが望ましい。粒子構造の上述の実施形態に関して記載したように、粒子が基板上に直接形成され、続いて基板にバルク・エッチングを施すことによってリリースされるように、分離層は省略されてもよい。
【００３９】
コード化構造層は、構造２１８、２２２、２２０などのコード化構造を形成するように、堆積されパターニングされる。コード化構造を形成した後、形成されたコード化構造上に包囲層２２４が堆積される。包囲層は、アッセイの際に標的試料に対して露出されるので、層２２４は、マイクロ粒子がその中に分配されるべきアッセイ溶液中の化学成分に対する耐性を持つ材料から成ることが望ましい。さらに、核酸（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡ）、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、配位子、又は層の面上の分子などのプローブ分子を保持するため、層２２４はプローブ分子を不動化できることが望ましい。
【００４０】
以下の代表的な製造プロセスは、セグメントとギャップを備えたマイクロ粒子を参照して考察されるが、以下の方法は、他の多くのタイプのコード要素に適用可能であることに留意されたい。
【００４１】
本発明の微細構造は、ＭＥＭＳ製造方法などの微細加工の広範な分野内にある方法を用いて製造することができる。ＭＥＭＳは、多種多様な用途向けのマイクロスケール構造を形成するため、半導体産業の技術を使用する。ＭＥＭＳ技術は、全ての状況においてではないものの、一般的には、薄膜の堆積、乾式及び／又は湿式方法を用いたエッチングと、パターン形成のためのリソグラフィを含む。ＭＥＭＳは半導体産業から派生したものなので、コスト効率が良く、大量の、かつ精密な生産のための、莫大な世界規模の製造基盤が整っている。一般的に言えば、ＭＥＭＳプロセス全体が既存の集積回路プロセスに類似しているほど、例えばＣＭＯＳに適合しているほど、この基盤がより使用しやすい。
【００４２】
本発明の微細構造は、集積回路（例えば、相互接続）又はＭＥＭＳに使用される製造方法など、多くの方法で製造することができる。以下では、マイクロ粒子を作成するためのＭＥＭＳ製造と適合性がある代表的な製造方法が、図５及び図６ａ〜図６ｍを参照して考察されるが、その際、マイクロ粒子は、非晶質シリコンから成る不透明なセグメントと、二酸化シリコンから成る可視光透過性のギャップとを含む。以下の製造の考察は、単に実証のためのものに過ぎず、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではないことが、当業者には理解されるであろう。実際に、本発明の趣旨から逸脱することなく、多くの製造方法を使用することができる。
【００４３】
図５を参照すると、工程１２２でシリコン基板が用意される。（本明細書においてさらに後述されるように）ガラス・ウェハ又はガラス・パネルなどの他の基板を使用することもできる。シリコン基板と仮定すると、工程１２４で基板上に二酸化シリコン層を堆積する。堆積は、上述したように、ＣＶＤ、ＰＶＤ、塗布など、多くの適切な薄膜堆積技術を用いて行うことができる。次に、工程１２６で非晶質シリコン層がＳｉＯ2層上に堆積され、続いて、工程１２８でハード・マスク酸化物層が堆積される。必須ではないが、ハード・マスクを使用することによって、特に非晶質シリコン層が比較的厚い（例えば、１μｍ以上の厚さ）とき、トポロジーによって引き起こされるフォトレジスト・コーティングの問題が軽減される。次に、工程１３０でハード・マスク酸化物層がパターニングされる。パターニングされたハード・マスク層を用いて、工程１３２で、所望のパターンを形成するように、プラズマ・エッチングによって非晶質シリコン層にエッチングが施される。次に、工程１３４でＳｉＯ2の最上層がパターニングされたシリコン層上に堆積され、続いて、工程１３６で二酸化シリコン層がパターニングされて、個別の（ただしまだリリースされていない）マイクロ粒子が形成される。次に、シリコン基板をエッチングし、マイクロ粒子を個々の粒子として分離させる無指向性シリコン・エッチングによって、工程１４０でマイクロ粒子がシリコン基板からリリースされる。上述したような図５のフローチャートは、異なる工程におけるマイクロ粒子の断面図と平面図においてより良好に示される。断面図及び平面図は図６ａ〜図６ｍに概略的に示される。
【００４４】
図６ａを参照すると、ＳｉＯ2層１４６、シリコン層１４８、ハード・マスク層１５０が、シリコン基板１４２上に順次堆積される。次に、ハード・マスク層１５０は、図６ｂに示されるように、セグメント片（例えば、１５２及び１５６）とギャップ片（例えば、１５４、１５８）を形成するようにパターニングされる。ハード・マスク層をパターニングすることによって形成されたセグメント片とギャップ片は、標的のマイクロ粒子のセグメントとギャップに対応する。セグメント片とギャップ片は、図６ｃのマイクロ粒子の平面図により良好に示される。図６ｃを参照すると、セグメント片（例えば、１５２、１５６）とギャップ片（例えば、１５４及び１５８）は、層１４８が上面から見えるように形成される。
【００４５】
層のパターニングは多くの方法で行うことができ、その１つは、半導体集積回路やＭＥＭＳデバイスの標準的な製造に広く使用されるフォトリソグラフィである。ＭＥＭＳ産業に使用されるフォトリソグラフィの最も一般的な形態は、接触フォトリソグラフィである。レチクル（マスクとして知られる）は、一般的に、ガラス・プレート上の二進クロム・パターンから成る。レチクルは、フォトレジストで覆われたウェハ（又は他の基板）に非常に近接して、又はそれと接触して置かれる。ＵＶ光がマスクを通して照射されて、フォトレジストを露光する。次に、ウェハが現像されて、露光領域内のフォトレジストが除去される（ポジティブ型のフォトレジストの場合）。結果として、レチクル上のパターンがフォトレジストに転写され、それが後に続くエッチング工程のマスクの役割を果たす。
【００４６】
投影フォトリソグラフィは、最新の集積回路製造にのみ使用される別のタイプのフォトリソグラフィである。マスクを物理的に接触させる代わりに、投影フォトリソグラフィは、ウェハ上にマスク・パターンの焦点を合わせるためのレンズ系を使用する。このシステムの主要な利点は、投影光学系によってマスク・パターンを収縮できることである。代表的なシステムは５倍の縮小係数を有する。一般に、投影を用いて、接触リソグラフィに比べてはるかに小さな形体サイズを印刷することができる。投影フォトリソグラフィ・システムは、ステップ・アンド・リピート・システム（又は、略してステッパ）としても知られている。マスク上の最大のパターン又はフィールドのサイズは、ウェハ直径よりも大幅に小さい。マスク・パターンは、ウェハ上で繰り返し露光（「順送り」）されて、「ダイ」のアレイを形成する。順送りの距離は、ウェハ・ステージが露光の間にＸ方向とＹ方向に移動する距離であり、通常はダイのサイズに等しい。この代表的なスキームにより、同一のダイの重なり合わないアレイが作成されて、その後に、ウェハ上のダイを並列処理することが可能になる。
【００４７】
ハード・マスク層（１５０）は、図６ｄ及び図６ｅに示されるような離散的な区域を形成するため、さらにパターニングされる。図６ｄに示されるように、ハード・マスク層１５０は、離散的なハード・マスク区域（例えば、図６ｅの区域１６０、１６２、１６４、１６６）を形成するように、Ｘ方向とＹ方向にパターニングされる。次に、これらの離散的なハード・マスク区域は、下の層に離散的なシリコン区域を形成するために使用される。
【００４８】
上述の例では、ハード・マスク層のパターニングは２つの個別のリソグラフィ工程で行われる。代替例では、レチクルはパターンを含んでもよいので、ハード・マスクのパターニングは単一のリソグラフィ工程を用いて実施することができる。さらなる代替例として、ハード・マスクは省略することができ、二工程又は単一工程どちらかのリソグラフィ・プロセスが使用される。
【００４９】
ハード・マスク最上層をパターニングした後、透明度がより高い材料の区域（例えば、図６ｆに示されるようなギャップ区域１７０、１７４）を間に有して、シリコン・セグメント１６８、１７２などの対応する離散的なシリコン区域を基板上に形成するように、シリコン層１４８にエッチングが施される。図６ｆに示されるマイクロ粒子の平面図が、図６ｇに概略的に示される。図６ｇに見られるように、ここで、上から見たときに透過層１４６が露出しており、セグメント１６０、１６２、１６４、１６６が透過層１４６上に形成されている。製造プロセスのこの時点における構造のＳＥＭ画像が図９ａ、図９ｂに示される。構造は、非常に高い精度、例えば垂直な側壁と明確な角を有する。当然ながら、より丸みを帯びた構造もこれらの方法の範囲内にある。
【００５０】
シリコン層１４８をパターニングした後、次に、図６ｈに示されるように透過層１６８が堆積される。光透過性がより高い層１６８は、光透過性がより高い層１４６と同じ材料から成っていてもいなくてもよい。図６ｈのマイクロ粒子の平面図が図６ｉに概略的に示される。基板上の粒子の斜視図が図８に示される。
【００５１】
次に、マイクロ粒子は互いから分離されるが、図６ｊに示されるように、下にある基板に付着されたままである。図６ｋは、図６ｊのマイクロ粒子の平面図を概略的に示し、図中、各マイクロ粒子は隣接したマイクロ粒子からは分離されているが、光透過層（すなわち、図６ｈの層１６８）によって取り囲まれている。最後に、図６ｌの断面図に示されるように、分離されたマイクロ粒子はシリコン基板１４２から切り離される。シリコン基板から切り離されたマイクロ粒子の平面図が図６ｍに示される。下にある基板からのマイクロ粒子の切り離し（「リリース」工程）は、任意の適切なエッチング剤を用いて、好ましくは、全方向でエッチングを施し、マイクロ粒子をアンダーカットするのに適合したガス又は液体を用いて行うことができる。基板自体をエッチングする代わりに、追加の犠牲層を基板上に設けることができる。エッチングは、湿式、乾式、又はプラズマ・エッチングなどであり、したがって、分離層は、選択されたエッチング方法を用いてエッチングを施すことが可能な材料から成ることが望ましい。特に、エッチング剤は、ハロゲン間化合物（例えば、ＢｒＦ3又はＢｒＣｌ3）、希ガスハロゲン化物（例えば、ＸｅＦ2）、又はＨＦなどの酸性蒸気など、自発性気相化学エッチング剤である。ＴＭＡＨ、ＫＯＨ（又は、ＮａＯＨ、ＣｅＯＨ、ＲｂＯＨ、ＮＨ4ＯＨなどの他の水酸化物）、ＥＤＰ（エチレン・ジアミン・ピロカテコール）、アミン没食子酸塩、ＨＮＡ（フッ化水素酸＋硝酸＋酢酸）が作用しないようにしてガラスをエッチングする−ＨＦ、又は他の任意の適切なシリコン・エッチング剤（リリースの際に除去すべき基板又は層がシリコン（非晶質シリコン若しくはポリシリコン若しくは単結晶シリコン）、又はタングステン、窒化タングステン、モリブデン、チタン、あるいはＸｅＦ2などのシリコン・エッチング剤中で除去できる他の材料のとき）などの液体を使用して、マイクロ粒子をリリースすることもできる。除去されるべき材料がシリコンではない場合、エッチング剤は、当然ながら、犠牲材料に適合される（例えば、フォトレジスト又はポリイミド犠牲層などのための酸素プラズマ分離）。
【００５２】
へこみは、特定の製造方法の結果として生じるものであり、最終製品内に残すことができ、あるいは、例えば、平面化、例えば化学的機械的研磨（ＣＭＰ）技術によって除去することができる。実際に、へこみは、状況によっては、コード検出及び／又は蛍光方法を使用した蛍光の定量化に有用な場合があり、これは、蛍光標識した材料のマイクロバーコードの面への結合（マイクロバーコードの単位長さ当たり）がへこみの区域ではより大きく（いわゆるへこみによる信号増強）、蛍光性がへこみの区域においてより大きくなると共に、コードを決定するのに使用できる（本明細書にて後述される他の透過技術又は反射技術を用いるか用いないかに関わらず）ためである。同じへこみによる信号増強を、蛍光以外のレポーター・システム、例えば放射性レポーターなどで適用できる。
【００５３】
上述の例では基板としてシリコン・ウェハに言及したが、ガラス・ウェハ又は大型の板ガラス若しくはガラス・パネル（例えば、フラット・パネル・ディスプレイ産業に使用されるもの）などのガラス基板を使用することができる。ガラス（又はシリコン）ウェハは、任意の適切なサイズ、例えば、１０．２ｃｍ（４インチ）、１５．２ｃｍ（６インチ）、２０．３ｃｍ（８インチ）、又は３０．５ｃｍ（１２インチ）のものなどである。ガラス・ウェハが使用されるとき、一般的には、追加の犠牲層が最初に堆積される（リリース工程の間に後で除去するため）。犠牲層は、本明細書において上述したように、シリコン、前周期遷移金属（チタン、クロム、タングステン、モリブデンなど）、又はフォトレジストなどのポリマーなどの、半導体材料などである。
【００５４】
（ＳＥＭ）
図１ａのセグメント（例えば、セグメント１０２）の走査型電子顕微鏡（ＳＥＭ）画像が図９ｃに示される。図面に見られるように、セグメントの断面はほぼ正方形である。セグメントの頂部は１．０ミクロンの幅を有し、セグメントの底部の幅は１．２ミクロンである。セグメントの高さは約１ミクロンである。当然ながら、より大きな寸法又はより小さな寸法が可能である。
【００５５】
上述したような代表的な製造方法を用いて製造された多数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像が図１０ａに示される。ＳＥＭ画像は、マイクロ粒子の透過性材料に取り囲まれた不透明なセグメント１７２を明確に示す。さらに、上述したへこみを明確に見ることができる。図１０ａのＳＥＭ画像における試料は、粒子の長軸に垂直にチップ分割し、次に、単に画像化のため、時間を設定してシリコンにエッチングを施して、内側のシリコンと外側の二酸化シリコンのコントラストを上げることによって、特性決定のために準備されたものである。
【００５６】
（リリース）
本発明のマイクロ粒子は、ウェハ・レベルで製造し、ウェハ・レベル又はダイ・レベルのどちらかでリリースすることができる。具体的には、一組のマイクロ粒子をそれぞれ含む複数のダイを、ウェハ上に形成することができる。各ダイ上のマイクロ粒子は同じであってもなくてもよく、すなわち、各ダイ上のマイクロ粒子は同じコードを有していてもいなくてもよい。マイクロ粒子を形成した後、ダイをウェハから分離することができ、その後、単一化されたダイ上のウェハ（１つ又は複数）を除去することができる。代表的なウェハ・レベルの製造方法が図１３ａ〜図１３ｃに示される。
【００５７】
図１３ａを参照すると、複数のダイがウェハ２３６上に形成される。この特定の例では、多数のマイクロ粒子が各ダイ上に形成される。各ダイ上の、３、２２１、又は９６７などの番号は、ダイのマイクロ粒子に組み込まれたコードを表す。マイクロ粒子は、図６ａ〜図６ｍを参照して上述したような方法を用いて形成することができる。マイクロ粒子を形成した後、ただしリリースする前に、ウェハを、好ましくはウェハ厚さの約半分の深さまで部分的に切断することができる。次に、ウェハは、例えば溶剤及び／又は強酸（硫黄、過酸化水素の組み合わせ）を用いて洗浄される。洗浄は、その後の機能化及び生体分子の付加のために新しいガラス面を準備するので、重要な工程である。洗浄は、ウェハが個々のダイに分離された後に、又は粒子がリリースされてから粒子に対して行うこともできる。
【００５８】
マイクロ粒子を形成した後、次に、ウェハは、図１３ｂに示されるようにダイに分割されるが、各ダイは、必須ではないが単一のコードを含むことが好ましい。次に、ダイは、図１３ｃに示されるように、リリースのため、試験管又はウェル・プレートのウェルなどの個別の容器に入れられる。ウェル・プレートは、一般的な９６ウェル・プレート（又は２４ウェル、３８４ウェルなど）、あるいは他の任意の適切な組の保持区域又はコンテナである。例えば、３、２２１、９６７などの数値で表されたコードを含むダイは、リリースのため、異なるチューブに入れられる。リリースによって、マイクロ粒子はウェハから切り離され、粒子は、湿式エッチングが使用されるとき、リリース液の状態の溶液に入れられる。マイクロ粒子は、重力により、時間が経つにしたがってチューブの底に沈む（又はチューブを遠心分離機にかけることができる）。いくつかの応用例では、１つ又は複数のコードを含む多数のダイを単一のコンテナ内へ放出することが望ましいことがある。
【００５９】
図１２ａはリリース前の粒子を示し、図１２ｂはリリース後の同じ粒子（すなわち、同じダイからの粒子）を示す。これらの画像は両方とも、非倒立型の検査顕微鏡上で１００倍の空気対物レンズ(air objective)を用いて得た光学顕微鏡画像である。図１２ｂでは、粒子はシリコンチップ上で乾燥されている。
【００６０】
リリース工程は、乾式エッチング、湿式エッチング、分離型プラズマ・エッチングなど、多くの方法で行うことができる。図１１ａに概略的に示される代表的な湿式バルク・エッチングでは、水酸化テトラメチル・アンモニウム（ＴＭＡＨ）がエッチング剤として使用される。ＴＭＡＨは、約７０〜８０℃の温度まで加熱することができる。ハロゲン間化合物（例えば、ＢｒＦ3及びＣｌＦ3）や希ガスハロゲン化物（例えば、ＸｅＦ2）、自発性蒸気相エッチングの場合のＨＦ、ガス相エッチングの場合の水酸化カリウム、ＫＯＨその他の適切なエッチング剤など、他の化学エッチング剤も使用することができ、等しく良好に作用する。コードを各コンテナ内に安全に保持し、マイクロ粒子が隣接したウェルに混入するのを避けるため、液体又はガスのどちらを使用してリリースが行われるかに関わらず、マイクロ粒子の最小寸法よりも小さな特徴的なアパーチャを有するスクリーン（又は孔を備えたフィルタ膜）を、各ウェル又はコンテナの上に置くことができる。エッチング、特にガス相エッチング又は乾式エッチングの間、メッシュを各チューブに取り付け、チューブ、ウェル、若しくはコンテナの一端の上に付けるか、又は多数のメッシュでチューブ、ウェル、若しくはコンテナの２つ以上の側面を覆うことができるので、ガス・エッチング剤やエッチング生成物がメッシュを通って自由に流れる一方、マイクロ粒子をメッシュによって遮断することができる。メッシュ又は他のフィルタは、マイクロ粒子を放出することなく、液体のリリースエッチング剤を同様に排出する助けとなる。リリースエッチング・プロセスの別の例が図１１ｂに示され、これは、上述したように、犠牲層の堆積又は形成を伴う。
【００６１】
遠心分離又は時間の経過によって粒子をペレッティングした後、液体（いわゆる上澄み）が除去され、粒子が水又は溶剤の中で数回洗浄される。「洗浄」は、上澄みを新しい液体と連続的に交換することを指し、通常は次の化学処理工程に関与する。マイクロ粒子を基板（又はウェハ）から切離した後、マイクロ粒子をチューブ内に残して、基板をエッチング剤から除去することができる。次に、リリースされたマイクロ粒子は使用のためにコンテナに移すことができる。
【００６２】
マイクロ粒子は、図１３ａ〜図１３ｃに示されるようにウェハ・レベルで製造することができる。図１３ａを参照すると、図２の工程１２２を参照して上述したような基板であるウェハ２３６は、ダイ１、３などの複数のダイを含む。本発明の一例では、ウェハは、１０以上、２４以上、３０以上、又は５０以上のダイを有する。各ダイは、本発明の多くのマイクロ粒子を含み、その数は、１００００個以上、２００００個以上、又は５００００個以上でもよい。同じダイの中のマイクロ粒子は好ましくは同じであり（ただし必須ではない）、異なるダイの中のマイクロ粒子は、異なるコードを表すように好ましくは異なる（やはり必須ではない）。異なるダイが異なるコードのマイクロ粒子を含む例では、図面に示されるように、ダイとダイの中のコードを区別するように、ダイには固有の識別番号が割り当てられることが好ましい。
【００６３】
図１４は、本発明の８個のコード化されたマイクロ粒子の反射モード倒立顕微鏡画像を示す。背景が黒いこのような白黒の顕微鏡画像は全て、倒立エピ蛍光顕微鏡において、ウェル・プレートのウェル内のリリースされた粒子を用いて得られる。粒子は、液体中のウェル内に分配され、重力によって底面に沈み、そこで下から画像化される。図１４の粒子はそれぞれ異なるコードを有する。透明度がより低い材料（例えば、可視スペクトル内において不透明な材料）のセグメント、この場合は非晶質シリコンは、光を反射し、画像ではより明るい領域である。周囲の透明材料、この場合は二酸化シリコンは、反射モード画像では見えない。粒子は、長さ１６μｍ、幅２μｍであり、断面がほぼ正方形である。画像は、８個の画像から選択したものの組み合わせであり、それぞれが各コードに対応する。照明光は４３６ｎｍであり、使用される対物レンズは倍率６０倍の油浸レンズである。
【００６４】
図１６は、図１４と同じ拡大率で得られた全視野の単一画像を示す。画像は多くの異なるコードの混合物である。全ての粒子は、高密度単分子層を形成し、すなわち、粒子の集合又は凝集はない。単分子層形成の特性は、本発明のマイクロ粒子の重要な利点の１つである。マイクロ粒子が重なり合うか、集合するか、又は凝集すると、マイクロ粒子は適切に識別されない。結果として、本明細書のように単分子層を容易に形成しないマイクロ粒子は、比較的低い密度（イメージング面上における単位面積当たりのマイクロ粒子の総数）で使用せざるを得ない。低密度イメージングは、単位時間当たりに測定される粒子の数に関して、それに相当する低いスループットと解釈される。この低いスループットは多くの応用例における制限となる。
【００６５】
マイクロ粒子が単分子層を形成する傾向は重要でないわけではない。単分子層の形成は、マイクロ粒子の面電荷状態（又はゼータ電位）、特定の溶液中でのマイクロ粒子の密度、マイクロ粒子が中に含有される流体、マイクロ粒子がその上に配置される面など、多くの要素を伴う。したがって、本発明のマイクロ粒子は、材料で構成され、静摩擦力をほぼ克服するのに十分な荷電状態を維持するのに有利な形態で構成され、したがって、マイクロ粒子はブラウン運動を行うことができ、それによって粒子の適度に稠密な単分子層を形成することが容易になる。
【００６６】
生物学用途では、マイクロ粒子は生化学プローブ分子を運ぶために使用されることが多い。そのようなプローブ分子を不動化するため、微細構造は、好ましくは、プローブ分子に付着するように化学的に修飾することができる、二酸化シリコン層などの面層を含む。本発明の一例によれば、マイクロ粒子は、例えば液体を含むウェルの底部に、マイクロ粒子が単分子層を形成することができるように構成され、単分子層は、１平方ミリメートル当たり５００個以上、好ましくは１，０００個以上、２，０００個以上、又は１平方ミリメートル当たり３，０００個以上の粒子を含む。代替例では、マイクロ粒子は、検出可能な粒子が画像面積（すなわち、画像視野）全体の３０％以上、５０％以上、又は７０％以上を占めるようにして、単分子層を形成することができる。自己構成単分子層形成のメカニズムの例に関して、本発明のマイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓを超えることが好ましい。マイクロ粒子の単分子層を収容するため、検出の際にマイクロ粒子を保持するコンテナは、好ましくはほぼ平坦な底部分を有する。
【００６７】
図１５は、本発明のコード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系の図を示す。光学系２５４は、バイオアッセイ用途のためを含む、マイクロ粒子コードを読み取るのに使用することができる。システムは、倒立エピ蛍光顕微鏡構成である。本発明のマイクロ粒子を検出するための他の代表的な光学顕微鏡システムとしては、共焦点顕微鏡システム、内部全反射蛍光（ＴＩＲＦ）などが挙げられるが、これらに限定されない。ウェル・プレート２５７は多くのウェルを含有し、その単一のウェル２５６が画像化される。ウェル・プレートは顕微鏡ステージ２５８上に置かれる。液体中のウェル２５６内に分配されているマイクロ粒子は、重力によって底面に沈む。光源２６８から来る光は、照明波長を選択する励起フィルタ２６６を通り抜ける。照明光はビーム・スプリッタ２６２で反射し、対物レンズ２６０を通って上に移動する。一般的には、ウェル２５６の底面積の一部分のみが画像化される。画像化された区域は「視野」又は「視野区域」と称される。反射光又は放射光（共に集合光として知られている）は、対物レンズの下に戻り、ビーム・スプリッタ２６２を通り抜ける。放射フィルタ２７０は収集波長を選択する。最後に、集合光は、ＣＣＤカメラなどの検出器２７２を用いて記録される。光学系のこの簡略化された形は完全なものであることを意味しない。実用上、実際の顕微鏡は、高スループット・イメージングのための自動ステージや自動焦点システムを含むのが好ましく、より多くの機構を有してもよい。励起フィルタと放射フィルタは、コンピュータ制御式のフィルタ・ホイールに取り付けることができ、反射画像と蛍光画像に対して自動的に変更される。コンピュータ制御式のシャッターは露光時間を制御する。
【００６８】
図４３は、２つのＣＣＤカメラを利用して反射画像と蛍光画像を同時に取得する、コード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系の図を示す。光学系はバイオアッセイにおける検出に使用される。システムは倒立エピ蛍光顕微鏡構成である。好ましい実施形態では、ウェル・プレート２０１は多くのウェルを含有し、その単一のウェル２０３が画像化される。ウェル・プレート２０１は顕微鏡ステージ２０９上に置かれる。流体中のウェル２０３内に分配されている粒子は、重力によって底面に沈む。光源２１５から来る光は、照明波長を選択する励起フィルタ２１９を通り抜ける。照明光はビーム・スプリッタ２１３で反射し、対物レンズ２１１を通って上方に移動する。一般的には、ウェル２０３の底面積の一部分のみが画像化される。画像化された区域は「視野」又は「視野区域」と称される。反射光又は放射光（共に集合光として知られている）は、対物レンズの下に戻り、第１のビーム・スプリッタ２１３を通り抜ける。次に、集合光は、第２のビーム・スプリッタ２１７を通り抜け、そこで反射パスと蛍光パスに分割される。放射フィルタ２２１は蛍光パス内に位置し、適切な蛍光発光波長を選択する。蛍光パス内の光は蛍光ＣＣＤカメラ２２３を用いて記録される。反射パス内の光は反射ＣＣＤカメラ２２５を用いて記録される。光学系のこの簡略化された形は完全なものであることを意味しない。実用上、実際の顕微鏡システムは、高スループット・イメージングのための自動ステージ及び自動焦点システムを含むのが望ましく、より多くの機構を有してもよい。励起フィルタ２１９と放射フィルタ２２１は、コンピュータ制御式のフィルタ・ホイールに取り付けられてもよく、多重蛍光体実験に対して自動的に変更される。コンピュータ制御式のシャッターが、露光時間を制御するために使用されてもよい。
【００６９】
図４３に示されるシステムは、フィルタ・ホイール（又はフィルタ・キューブ・ホイール）を利用して反射画像と蛍光画像を連続して取得する、１つの標準的なカメラ・システムを改善したものである。本発明は、出射光線のパスをビーム・スプリッタを用いて２つの成分に分割することによって実施される。一方の成分は反射パスであり、１つのＣＣＤカメラで捕捉される。他方の成分は蛍光パスであり、適切な波長を得るためにフィルタリングされ、第２の適合したＣＣＤカメラで捕捉される。ビーム・スプリッタは、より多くの光が蛍光パスに方向付けられて、２つのカメラにおける露光時間がほぼ等しくなるように設計することができる。２カメラ・システムの本発明により、スループットが増加するという利点が提供される。それに加えて、本発明により、１カメラ・システムの画像には存在し得る、反射画像と蛍光画像の対の間における位置のシフトが排除されるという利点が提供される。これによって、粒子が画像対の両方の画像において同じ物理的位置にあるので、コンピュータ・ソフトウェアに基づく画像対の処理が簡略化される。さらなる実施形態では、光学系はバイオアッセイにおける検出に使用される。
【００７０】
図１７は、コード化されたマイクロ粒子の高倍率画像を示す。画像化された粒子は、変化するサイズの離散的なセグメントから成る。最小サイズのセグメント２０は０．６μｍである。端部セグメント２２は単一粒子の端部を形成する。本発明の代表的な一例は、サイズが１．５μｍ未満の空間的コード化機構を備えたコード化されたマイクロ粒子から成る。
【００７１】
図１８ａは、コード化されたマイクロ粒子の１２個の稠密な反射画像を合成した図を示す。約６，０００個の粒子が画像内にある。粒子は、３８４ウェル・プレートの１つのウェル内にある合計約２００，０００個の粒子のごく一部分である。粒子の合計は、１０３５個のコード（バッチ）を含む組の約１０％である。この組は、１０３５個のバッチそれぞれから、約２，０００個の粒子を組み合わせることによって形成されたものであり、各バッチは単一コードの約２００万個の粒子を含有していた。これらの画像は、識別精度に関するデータが後述される、画像のより大きな集合の部分集合である。
【００７２】
図１８ｂは、本発明のマイクロ粒子の例の透過蛍光顕微鏡画像を示す。それに加えて、ここでは、全体がガラスである外面を有する小さな細長いコード化されたマイクロ粒子が示される。シリカ（例えば、ガラス又は二酸化シリコン）の外面と、７０μｍ未満（例えば、５０μｍ未満）の長さとを有する、多数の非球状のコード化された粒子が示される。この特定の例における粒子の例の長さは１５μｍである。
【００７３】
この画像では、粒子は、懸濁された蛍光分子を含む溶液中にある。蛍光分子は、顕微鏡の光源によって励起されると、上方から（すなわち、基本的な光学系の図である図１５を参照して、収集光学に対して後方から）粒子の照明を提供する。この画像は、透過モード・イメージング構成において生成されるものに類似しており、図１６〜図１８ａの反射モード画像とは異なり、粒子の外側ガラス面が明確に示される。
【００７４】
マイクロ粒子を成功裡に識別するため、例えば、その中に組み込まれたコードを読み取るため、マイクロ粒子の画像が処理される。そのような画像処理は、ソフトウェア・プログラムの助けを借りて行うことができる。ソフトウェア・プログラムとアルゴリズムの代表的な例にしたがって、未加工及び加工済みの画像の対が、図１９ａ、図１９ｂ、及び図２０ａ、２０ｂに示される。
【００７５】
図１９ａは全視野反射画像を示し、図１９ｂは、離散的なセグメントを関連させて完全なマイクロ粒子とするように画像処理された後の、図１９ａと同じ選択画像を示す。画像中に示される粒子は単一コードのものである。本発明のコード化されたマイクロ粒子の画像は、反射イメージングでは白く見える離散的なセグメントから成る。ガラスから成る個々のマイクロ粒子のセグメントの間にあるギャップは透明であり、したがって、反射画像では黒く見える。画像の背景も黒である。セグメントは、アルゴリズムによって互いに関連付けられて粒子となる。アルゴリズムは、長いセグメントの長軸を見出し、軸線に沿ってセグメントを探索する。セグメントは、予め定められたパラメータに基づいて受理され、又は拒否される。図１９ｂにおける黒い線は、セグメントが互いに関連付けられている粒子に対応する。上述のアルゴリズムの代表的な一例では、コンピュータ・プログラム製品が、画像中の離散的な領域を関連させて個々の粒子とすることにより、コード化された粒子のコードを識別する。
【００７６】
図２０ａは反射画像を選択したものを示し、図２０ｂは、離散的なセグメントを関連させて完全なマイクロ粒子とするように画像処理された後の、図２０ａと同じ選択画像を示す。画像中に示される粒子は多数のコードのものである。粒子のセグメントには番号が付けられている。図２０ｂにおける黒い線は、画像処理ソフトウェアによって粒子の形にグループ化されたセグメントを示すために描かれている。
【００７７】
図２１を参照すると、処理済みの画像が右側に示され、４個のマイクロ粒子の例から得たピクセル強度プロファイルが左側に示される。ピクセル強度プロファイルは、マイクロ粒子のコードを決定するため、コンピュータ・ソフトウェア・プログラムによってさらに処理される。左下のピクセル強度プロファイルの中の円によって示されるように、ギャップの中心位置を識別することによって、マイクロ粒子のコードを識別することができる。上述したように、中心ギャップ位置は、粒子製造プロセス又は画像処理の両方における変化、すなわち、図１Ａの代表的な構造の例を構成する実際のセグメントとギャップの寸法における変化に敏感ではない。この特徴は、コード化されたマイクロ粒子の着実かつ正確なコード識別をもたらすので、非常に有利である。
【００７８】
表３は、図１８ａに示される画像を包含する画像の組に対する識別データを示す。
【００７９】
【表１】
【００８０】
表３に含まれるマイクロ粒子は３０，０６９個のコードスペースを有し、ここで、コードスペースは、特定の粒子設計によって、すなわち選択されたコード体系とコード体系パラメータによって可能なコードの総数として決められる。予め定められた識別方法は、粒子セグメント情報の分析に基づいて、３０，０６９個の可能なコードの１つを割り当てる。１０３５個のコードが無作為に選択され、製造され、集合体を形成するように混合された。集合体の識別を分析するとき、ソフトウェアによって割り当てられたコードが１０３５個の１つであれば、それは正確であると仮定される。「正確に」識別された粒子の数を総数で割ったものが「ＩＤ％」と呼ばれる。この仮定により、統計誤差が１０３５個の存在するコード以内に収まる確率、すなわち１０３５÷３０，０６９＝約３％の分だけ、誤り率（１−ＩＤ％）が低く見積もられる。したがって、仮定はこの３％の偏差を無視し、真の識別精度に近い近似をもたらす。
【００８１】
図２２は、画像化のためにコード化されたマイクロ粒子を不動化し分離するように設計された形体を有する、特別に準備された面の概略図を示す。面は、形体、例えば、粒子を捕らえる溝及び／又はくぼみを含む。そのような面は、面上に被覆された分子の性質又はイメージング媒体の特性によって、粒子の凝集が増加するような応用例において有用である。図２２は、粒子を捕捉するように設計された溝３２２を備えた、そのような基板３２０の一例を示す。基板３２０はガラスであることが好ましいが、他の材料、例えば他の透明材料であってもよい。図２２に示される溝３２２はＶ字形を有するが、粒子を捕捉するというタスクを実施する正方形又はＵ字形の底部を有するなど、任意の形状を取ってもよい。粒子が面上に置かれると、粒子３２４は溝に入り込み、不動化される。代表的な一例では、細長くほぼ正方形の断面を有する本発明のコード化されたマイクロ粒子は、平面の底部を有する溝内で不動化されてもよい。
【００８２】
代替例では、図２３及び図２４に示されるように、マイクロ粒子が流体中を流れることを可能にするフロー・セルを、連続的な画像化による検出のために設けることができる。図２３を参照すると、反射画像と蛍光画像の対は、図６に示される光学系を用いて取得されるが、ウェル・プレートはフロー・セル３２０と置き換えられる。コード化されたマイクロ粒子３２２はキャリア流体中を流れる。フローは、圧力（流体力学）又は電気的手段（電気泳動若しくは電気浸透）によって駆動されてもよい。さらに、マイクロ粒子は電界又は磁界と整列されてもよい。フローは、矢印によって示されるように左から右に流れる。図２３の上側の図は所定の時間におけるフロー・セルを示し、図２３の下側の図はその後の時間における同じフロー・セルを示しているので、粒子は、視野の長さとほぼ同じ距離だけ変位されている。光学系の対物レンズ３３０がフロー・セルの下に示されるが、フロー・セルの上に置かれてもよい。それに加えて、フロー・セルは、例えばフローが垂直に向けられるようにして、他の構成で置くことができる。対物レンズ３３０は捕捉視野区域３２８を画像化する。第１の視野区域３２４と第２の視野区域３２６は斜線領域として示される。上側の図では、第１の視野区域３２４が捕捉視野区域３２８と重なり合っており、したがって第１の視野区域３２４が画像化される。下側の図では、第２の視野区域３２６が捕捉視野区域３２８と重なり合っており、したがって第２の視野区域３２６が画像化される。フロー速度、フロー・セルのサイズ、及び光学系を適切に適合させることによって、フロー・セルを通り抜ける全ての粒子を画像化し、それによって高スループット検出のためのシステムを供給することができる。本発明のコード化されたマイクロ粒子を高スループット・フローに基づいて検出するための別の代表的なシステムは、フロー・サイトメーターであり、その方法及び用途は当該技術において良く知られている。
【００８３】
本発明の別の代替のマイクロ粒子が図２５に概略的に示される。図２５を参照すると、マイクロ粒子２７４は、２７６などの不透明なセグメントと、可視光又は近可視光に対して透過性の２７８などのギャップとを含む。不透明材料は、全体的又は部分的に、ニッケル、コバルト、又は鉄などの（ただしそれらに限定されない）磁性材料から成る。磁性材料は、不透明材料の大部分を形成する別の材料の間に挟まれた、薄い層２８０として組み込むことができる。磁性材料は、粒子を磁界によって操作することができるように、それらに磁気特性を付与する。これにより、粒子の取扱いを助け、又は生体分子の分離が容易になる。
【００８４】
図２６は、蛍光性の外側層４０６を有する空間的かつ光学的にコード化されたマイクロ粒子の図を示す。本発明は、材料の物品の標識付けにおいて有用性を有し、それにより、蛍光層が、様々な背景に対して粒子を容易に見出し識別する能力が改善される。代表的な一例では、蛍光性の外側層４０６は、ストーバー・プロセスを修正したものを使用して成長される［Ｖａｎ
Ｂｌａａｄｅｒｎ，Ａ，；Ｖｒｉｊ，Ａ．；Ｌａｎｇｍｕｉｒ．１９９２．Ｖｏｌ．８，Ｎｏ．１２，２９２１］。蛍光性の外側層４０６によって粒子全体が蛍光性になり、検出中に粒子を見出すのが容易になる。粒子コードの読取りは、反射モード又は蛍光モードで粒子を画像化することによって実施することができる。用途によっては、粒子が内部に加えられた媒体又は粒子が塗布された面の応用に依存した他のものよりも好ましいことがある。単一コードの粒子を使用することができ、あるいは、異なるコードの粒子の混合物を使用することができる。粒子は、ラッカー、ワニス、又はインクなどの媒体に加えることができる。粒子は、紙又は繊維に標識付けするのに使用されてもよい。粒子は、金属、木、プラスチック、ガラス、又は任意の他の材料で作られた物体に標識付けするのに使用されてもよい。
【００８５】
別の例では、蛍光層は、蛍光体又は他の発光材料から成ってもよい。蛍光層は、アッセイの際に分子種と、例えば、蛍光共振エネルギー転移プロセスによって、蛍光標識された核酸又はタンパク質試料と相互作用してもよい。さらに別の例では、マイクロ粒子は非蛍光層を有してもよく、その際、その層の中又は上には、分子が、例えば発光エミッター分子（ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ
ｅｍｉｔｔｅｒ
ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ）と相互作用するクエンチャーが組み込まれる。
【００８６】
図２７ａ〜２７ｃは、空間コードを形成する面にへこみを有する、本発明のコード化されたマイクロ粒子の概略図を示す。マイクロ粒子は、上述の例などの多くの方法によって製造されてもよい。図２７ａは、構造の面上にのみ、ディボットとして知られる面のへこみ、例えば溝を有する。図２７ｂは２つの面上にディボットを有する。他の例では、ディボットと他の望ましい面形体は、空間コードを提供するように、マイクロ粒子構造の１つ又は複数の面上に置かれてもよい。図２７ｃは、そのような構造の別の例を示しており、それにより、マイクロ粒子の全体形状はほぼ円筒状である。図２７ｃのマイクロ粒子を作成する方法の例では、１ｍｍ未満の直径を有する光ファイバーにレーザ・スクライブ又はチップ・スクライブを施して、へこみが形成されている。図２７ａ〜２７ｃの構造の組成は、多種多様な材料から選択されてもよいが、ガラスが好ましい一例である。
【００８７】
へこみを含むコード化されたマイクロ粒子の代表的な例では、図２７ｄに示されるように、粒子の面には、その面に又はその中に付着された蛍光分子又は他の発光分子を備えている。発光分子は、面に共有結合されるか、面に吸着されるか、又は別の方法で面に結合されてもよい。代表的な一例では、発光分子は、マイクロ粒子上に堆積される層に組み込まれる。発光分子が均一に面を覆うことにより、例えば、単位面積当たりの蛍光体の数が一定であることにより、不均一な空気密度が得られる。空気密度は、単位長さ又は単位面積当たりの強度として定義され、光学画像面における視野の深さ通して積算される。この例では、空気密度は、検出器、例えばＣＣＤカメラ又は光電子増倍管によって測定される信号強度プロファイルとして測定される。図２８ａ〜２８ｃは、図２７ａ〜２７ｃの対応する粒子に関して、粒子面に対して直角（すなわち、垂直）に測定された不均一な空気密度を示す。信号強度プロファイルは、粒子の面のへこみの場所に対応するピークを有し、それらが結果として検出可能かつ有用なコードをもたらす。図２７ａ〜２７ｃのコード化されたマイクロ粒子の面形体は、光散乱の測定、例えば暗視野光学顕微鏡などを包含するがそれに限定されない、発光分子を使用する以外の方法によって検出されてもよい。
【００８８】
マイクロ粒子に対するコードを生成する本発明の一般的な方法は、粒子領域当たり単一のコード要素を多重リソグラフィ印刷する工程を使用することから成る。多重印刷工程により、粒子領域当たり多数のコード要素が作成される。コード要素は総合的にマイクロ粒子のためのコードを形成する。好ましい一例では、印刷工程は、マスター・パターンを使用して多くの粒子に対して並行して行われる。マスター・パターンは、粒子領域当たり単一のコード要素のアレイを含む。コード要素は、穴、ストライプ、又はギャップなどの２つ以上の物理的特徴を表す。マスター・パターンは、完全なコードを備えた多数のマイクロ粒子が形成されるように複数回印刷され、その際、多数のマイクロ粒子は同一の粒子を含む（例えば、全ての粒子が同じコードを有する）。この主題に対する変形例、例えば多数のマイクロ粒子が同一でない場合が予想され、以下に詳細に記載される。多重印刷工程間において、印刷システム全体の１つの構成要素が変わって、粒子領域内のコード要素を並進させる。最も好ましい一例では、この変更は粒子がその上に形成される基板の移動である。別の好ましい一例では、この変更はマスター・パターンの移動である。さらに他の例では、この変更はミラーなどの光学素子の移動である。
【００８９】
多重印刷工程を使用してコードを生成する一般的な方法の代表的な一例は、印刷機構としてのフォトリソグラフィ、例えば接触リソグラフィ又は投影リソグラフィを含む。投影リソグラフィの代表的な一例は、ステップ・アンド・リピート・システム（ステッパとして知られる）を利用する。レチクルは、粒子当たり単一のコード要素を有するコード・パターンを含む。このコード・パターンを異なる横方向のオフセットで多重露光することにより、多数のコード要素（粒子当たり）が作成される。これらのコード要素は組み合わされて完全なコードを形成する。横方向のオフセットはコードを決め、ステッパ・ソフトウェアにプログラムされる。オフセット、したがってコードは、ダイごとに、又はウェハごとに変更させることができる。したがって、ウェハ上の異なるダイ上に、かつ／又は異なるウェハ上にまとめて印刷されるコードは、ソフトウェアによって制御され、任意に変更することができる。これにより、大きな組のコードを製造する際の強力な柔軟性が可能になる。１個〜数個のマスクを有する単一のマスクの組を使用して、１０5個程度以上の任意の数のコードを生成することができる。
【００９０】
図２９ａ〜図２９ｃは、マイクロ粒子のためのコードを作成する本発明の方法の代表的な一例を示す。マイクロ粒子領域２９０は、製造プロセスを完了する際に離散的な粒子になる区域である。図２９ａは、各マイクロ粒子領域２９０に第１のコード要素２９２を印刷した後の状態を示し、この代表的な例では、コード要素は垂直のストライプである。図２９ｂは、各マイクロ粒子領域２９０に次のコード要素２９４を印刷した後の状態を示す。図２９ｃは、各マイクロ粒子領域２９０にさらに３つのコード要素２９６を印刷した状態を示す。このようにして、多重印刷工程はマイクロ粒子上にコードを設ける。
【００９１】
図３０ａ〜図３０ｃは、マイクロ粒子のためのコードを作成する本発明の方法の別の例を示す。マイクロ粒子領域３００は、製造プロセスを完了する際に離散的な粒子になる区域である。図３０ａは、各マイクロ粒子領域３００に第１のコード要素３０２を印刷した後の状態を示し、この代表的な例では、コード要素は円形である。図３０ｂは、各マイクロ粒子領域に次のコード要素３０４を印刷した後の状態を示す。図３０ｃは、各マイクロ粒子領域３００にさらに３つのコード要素３０６を印刷する状態を示す。このようにして、多重印刷工程はマイクロ粒子上にコードを設ける。
【００９２】
図３１ａ〜３１ｃは、マイクロ粒子構造の好ましい実施形態における３つのマスク・フィールドの図を示し、図３１ｄは、レチクル・プレートの図を示す。図３１ａ〜３１ｃは、はるかに大きなフィールド全体の小さな代表的区域である（約２００万個の粒子のうち４６個のみが示される）。これらの図面では、灰色の領域は実際のレチクル上にクロムを有し（レチクル用語においていわゆる「暗い」）、白い領域はクロムを有さない（いわゆる「明るい」）。物理的には、レチクルは、通常１２．７〜１５．９ｃｍ2（５〜６．２５平方インチ）及び厚さ約０．２３ｃｍ（０．０９インチ）のガラス・プレートである。それらは、クロムの薄い（数百ｎｍ）層で覆われる。クロムは、連続リソグラフィ・プロセスによって、通常はレーザ又は電子ビームシステムを使用して、レジストを用いてパターニングされる。次に、レチクルに湿式エッチングが施され、それによってクロムが選択的に除去される。その結果、最終的なレチクルは、一方の側面上に所望のパターンでクロムを有するガラス・プレートから成る。
【００９３】
図３１ａに示されるコード・パターンは、明るい垂直のストライプ１１０を有する。粒子当たり１つの垂直のストライプがある。図３１ｂは、暗い水平のストライプ（又は、同等に明るいより幅広の水平のストライプ）から成るバー・パターンを示す。図３１ｃに示される輪郭パターンは、暗い長方形１１４から成る。明るい列１１６は水平方向と垂直方向に延びて、長方形１１４を分離する。長方形１１４は粒子の外側の境界線を形成する。水平のストライプ１１２は不透明材料の内側セグメントの幅を規定する。垂直のストライプ１１０はセグメント内のギャップを形成する。ギャップ双方は、粒子内のコードを形成し、かつ２つの隣接した粒子を分離する。図３１ｄはレチクル・プレート全体を示す。レチクル・フィールド１１８は、露光されるパターンを含むレチクルの中央領域である。コード及びバーのパターンを組み合わせて、記載される多重印刷方法にしたがって使用することができる単一パターンとするなど、記載されるパターンの代替例も想起される。
【００９４】
コードを作成するための本発明の方法の代表的な一例は、フォトリソグラフィやポジティブ型フォトレジストを使用する。ポジティブ型は、感光される区域が現像によって取り除かれることを意味する。ネガティブ型レジストの場合、露光領域は現像後に残る領域である。光硬化性エポキシ樹脂ＳＵ−８はネガティブ型レジストの一例である。ＳＵ−８などのネガティブ型レジストを使用する代替例では、ギャップとなる領域の変わりにセグメントとなる領域が露光される。
【００９５】
図５２ａ〜５２ｃは、コード要素のパターニング及びエッチング工程の例のフローチャートを示す。図５２ａは、ハード・マスクが使用されない場合を示す。このプロセスはより単純であるが、フォトレジスト露光の近接効果のため、丸みを帯びた角を有するセグメントが作成されることがある。セグメントの角において、フォトレジストは、コード・パターンの垂直のストライプとバー・パターンの水平のストライプの両方から、ある程度の残留している露光を受ける。結果として得られる角の丸みは、本発明の範囲内であるものの、作成される最終的な粒子が側面からと上面及び下面からとでは異なって見えるため、あまり望ましくない。丸みが生じる程度は、レチクル上のパターン、光源の波長、フォトレジストなど、フォトリソグラフィ・プロセスの詳細によって変わる。図５２ｂは、多重印刷方法に基づくパターニング・プロセスの代表的な一例を示し、以下の図３３ａ〜３３ｍ及び図３４ａ〜３４ｍに詳細に記載される。図５２ｃは、粒子製造プロセスの別の例を示し、バー・パターンをハード・マスクに転写する代わりに、バー・パターンのフォトレジストが、ハード・マスク酸化物と併せてマスクとして使用される。この例の方法によっていくつかの工程が不要になるが、ポリ・エッチング化学作用の詳細によっては適切でないことがある。
【００９６】
多重印刷工程を使用してコードを生成する一般的な方法の代替例は、印刷機構としてスタンピング（インプリント・リソグラフィとして知られる）を利用するもので、図３２に概略的に示される。図３２は、本発明のコードを構築するための多重印刷工程方法、例えば、１）粒子を含む基板にスタンパ装置を型押しするか、又は押し付け、次に、２）スタンパ装置又は基板のどちらかを動かし、３）近くの位置で少なくとももう一度型押しすることで、マイクロ粒子上の完全なコードが形成される方法による、スタンプ印刷のためのマスター・パターンの例の小さな領域を概略的に示す。インプリント・リソグラフィを使用して、マイクロ粒子をその上に形成することができる基板は、１００ｍｍ、１５０ｍｍ、２００ｍｍ、若しくは３００ｍｍのシリコン・ウェハなどのウェハ、あるいは、１２．７ｃｍ（５インチ）以上のガラス若しくは石英のパネル、又は巻取りシート（ポリマー・シートが挙げられるがそれに限定されない）であってもよい。
【００９７】
図３３ａ〜３３ｍ及び図３４ａ〜３４ｍは、図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す。これらの工程は内部の不透明なセグメント（コードを含む）を形成する。工程は、図６ａ〜６ｍよりも詳細に示され、フォトレジスト露光と現像を包含する。図３３ａ〜図３３ｍは上面図を示し、図３４ａ〜図３４ｍはそれに対応する断面図を示す。横断線５０が図３３ａ〜図３３ｍに示される。図３３ａでは、上面はハード・マスク酸化物５８である。図３４ａでは、下地基板５２上のフィルム・スタックは、下側の酸化物５４、ポリ５６、ハード・マスク酸化物５８から成る。図３３ｂでは、ウェハは未露光のフォトレジスト１２０で覆われている。未露光のフォトレジスト１２０は、図３４ｂでは最上層として示される。図３３ｃ、３４ｃでは、未露光のフォトレジスト１２０は、コード・パターンを用いて１回露光されて、露光済みのフォトレジスト１２２領域を形成している。図３３ｄ、３４ｄでは、コード・パターンは、露光の間に横方向にずらして複数回露光されている。好ましい実施形態では、コード・パターンは直接隣接した領域で２回露光されて、二重幅のストライプ１２４を形成する。単一幅のストライプ１２６はコードを形成する「ギャップ」である。二重幅のストライプ１２４は粒子の中間に位置し、粒子を分離する。明確にするため、横方向のオフセットは、ウェハがその上に載せられるステージを動かすことによって得られる。横方向のオフセットはステッパ・ソフトウェアにプログラムされる。横方向のオフセットは、そのダイの上のマイクロ粒子のコードを形成する。横方向のオフセット（したがって、コード）は、ウェハ上の全てのダイにおいて異なることができる。多数のウェハにおける各ウェハは、異なる組のコードを有することができる。このようにして、非常に大きな組のコードを実現することができる。
【００９８】
図３３ｅ、３４ｅは、フォトレジストの現像後のウェハを示す。図３３ｄ、３４ｄからの露光済みのフォトレジスト１２２は除去されて、下にあるハード・マスク酸化物５８が現れる。図３３ｆ、３４ｆは酸化物エッチング後のウェハを示す。酸化物エッチングにより、露光済み領域内のハード・マスク酸化物５８が除去されて、下にあるポリ５６が現れる。図３３ｇ、３４ｇは、図３３ｆ、３４ｆの未露光のフォトレジスト１２０が除去された後のウェハを示す。ハード・マスク酸化物５８はセグメントとなる領域内に存在する。ポリ５６は、不透明材料のギャップとなる領域内において露光する。図３３ｈ、３４ｈは、未露光のフォトレジスト１２０で再び覆われた後のウェハを示す。
【００９９】
図３３ｉ、３４ｉは、バー・パターンを露光した後のウェハを示す。これは１回のみの露光であり、全てのダイに対して同じである。この露光は、好ましくはウェハ上に既にあるパターンと整列される。露光の後、未露光のフォトレジスト１２０パターンは、セグメント幅を定める水平のストライプから成る。露光済みのフォトレジスト１２２パターンは、セグメント間の水平方向の分離を定める水平のストライプから成る。図３３ｊ、３４ｊは、フォトレジストを現像した後のウェハを示す。図３３ｉ、３４ｉからの露光済みのフォトレジスト１２２は除去されて、下にあるハード・マスク酸化物５８とポリ５６が現れる。図３３ｋ、３４ｋはハード・マスク酸化物を酸化エッチングした後のウェハを示す。図３３ｉの露光済みのフォトレジスト領域内にはポリ５６のみが存在する。図３３ｌ、３４ｌは、未露光のフォトレジスト１２０が除去された後のウェハを示す。プロセス中のこの時点では、ウェハの上面はポリ５６であり、不透明材料のセグメントとなる領域内でハード・マスク酸化物５８がポリ５６を覆っている。最後に、図３３ｍ、３４ｍは、ポリ・エッチング後のウェハを示す。ポリ・エッチングにより、図３３ｌ、３４ｌのポリ５６が除去されて、下にある下側の酸化物５４が現れる。ハード・マスク酸化物５８は、セグメント・パターン内においてポリ５６の上面に依然として存在する。
【０１００】
図１Ａに示されるようなマイクロ粒子に加えて、上述の方法を使用して、現在知られている粒子設計や他の代替設計など、他のコード化されたマイクロ粒子設計のためのコードを作成することができる。上述の方法を使用して、例えば図３５ａ〜３５ｃのコード化されたマイクロ粒子のためのコードを作成することができる。
【０１０１】
図３５ａを参照すると、枠材１８２によって取り囲まれた、穴１７８、１８０などの穴から成るコード要素を備えた棒状のマイクロ粒子が示される。穴の数と配列は、予め定められたコード体系から得られるコードを形成する。
【０１０２】
図３５ｂは、切欠き１９６などの切欠きを含むコード要素を備えた別の棒状の粒子を示す。隣接した切欠きは、幅が異なる一組の突起構造を定める。突起構造の総数と幅が異なる突起構造の配列は、コード体系から得られるコードを表す。図３５ｃは、ギャップ２０２によって分離された穴２００、２０２などの穴から成る、コード要素を備えた正方形のプレート状の粒子を示す。プレート状粒子は、粒子の対称性を壊し、結果としてより多数のコードを可能にするため、１つの角にへこみ１９８も包含する。さらなる形状とコード要素アーキテクチャも、コードを作成する上述の方法を用いて作成することができる。
【０１０３】
図３６は、ダイからリリースする直前の、実際のコード化されたマイクロ粒子の４つの顕微鏡画像を示す。これらの粒子は、多重印刷工程を用いてコードを作成する本発明の技術にしたがって、また上述の設計にしたがって作成される。
【０１０４】
図３７は、ウェハ上の全てのダイ上に異なるコードを生成するために、ステッパ・ソフトウェアに入力されるデータの例のチャートを示す。チャートは、どのダイに９個の異なるパスが印刷されるか、またどのオフセットを用いて印刷されるかを示す。図３７に示されるデータは、ウェハ上の多数のダイの上に多数のコードを設けるため、ステッパを使用して多重印刷方法を体系化するための１つのシステムの一例である。この例では、各ダイは単一パスの間に最大でも１回しか露光されない。この例におけるステッパ露光パスの間にどのダイが露光されるかに関するウェハ・マップは、左側の列に示される。「１」は露光を表す。「０」は露光なしを表す。中央の列は、オフセット文字「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」、「Ｄ」で表される、露光オフセットのウェハ・ショット・マップを示す。右側の列は、１）粒子の端部に対する露光位置、２）オフセット文字、３）ステッパ基準点に対してプログラムされた露光位置のルックアップ・チャートを示す。行は、この例では９回である異なるパスに対応する。
【０１０５】
ステッパを使用して、多重印刷方法を体系化するためのシステムの別の例は、次のダイに移る前に、単一のダイ内にあるコード要素の全てを露光するものである。当然ながら、４つ以外の多数のオフセットを使用することができる。マイクロ粒子上にコードを作成する一般的な方法のこの例や他の例は、投影フォトリソグラフィ及びステッパを使用するものに関して記載してきたが、接触リソグラフィや他のパターニング方法も使用されてもよい。
【０１０６】
図３８は、ダイ当たりより多数のコードを作成するスキームの例の図を示す。このスキームでは、ダイ内に、固定コード要素と可変コード要素の位置がある。ダイは部分領域に分割され、部分領域はそれぞれ、固定コード要素の異なるパターンを有する。各ダイに対して、可変コード要素の異なるパターンが露光される。固定コード要素と可変コード要素は併せてコード全体を形成する。したがって、単一のウェハが含むコードの総数は、ウェハ当たりのダイの数とダイ当たりの部分領域の数の積に等しい。異なるコードの部分領域を含む個々のダイは、より小さなサブ・ダイに物理的に分離することができ、異なるコードが異なるチューブ内に放出される。代替例は、ダイをそのままに保ち、ダイ全体を単一のチューブ内に放出するものである。これにより、異なる部分領域からのコードの混合物が作られる。この方策は、組み合わせ合成用途に特に有用なことがある。
【０１０７】
コードを作成する本発明の方法、例えば、単一のレチクル・フィールドの複数回の露光工程によって完全なコードを形成するためのフォトリソグラフィによるステップ・アンド・リピート・システムの使用は、固有のコードを多くのタイプの構成要素、例えばＭＥＭＳ及びＩＣデバイスに適用するためにも利用できる。
【０１０８】
上述したようなマイクロ粒子の中は、二進又は非二進コード化などの、任意の所望のコード体系から得られるコードが組み込まれている。
【０１０９】
一例として、図３９ａは、本発明の非二進コード体系にしたがって形成された、コード化されたマイクロ粒子の図解を示す。図３９ａを参照すると、コード体系パラメータは、Ｌ（粒子の長さ）、ｗ（セグメント間のギャップの幅）、ｄ（ギャップのギャップ中心の位置のデルタ）である。図３９ａは、ギャップの１つのみの場所が変化するような異なるコードを備えた４個の粒子を示す。ギャップは、ｄに等しい量だけ変化しており、「隣接した」コード（例えば、類似しており、したがって互いに対して誤って識別される可能性が高いコード）を示す。図３９ｂ、３９ｃは、ギャップの数が異なりギャップの位置が変化しているランダム・コードを示す。表１は、様々な異なるパラメータの組み合わせのためのコードの総数（コードスペース）を示す。コードの数は、本発明の非二進コード体系を実施するコンピュータ・ソフトウェア・プログラムから計算される。コードの縮重は、アルゴリズムにおいて考慮される（例えば、一対のコード、１つが反転されたときのような、コードは等価であり、２つのコードは単一のコードと見なされる）。表１及び表２のパラメータは１００ｎｍ単位で指定される。３０，０６９となるＬ＝１５２、ｗ＝８、ｄ＝４のパラメータの組み合わせは、図３９ａ〜３９ｃに示される。表２は、異なるＬによるマイクロ粒子によって表すことができるコードの総数を示す。代表的な一例では、離散化距離ｗは特徴的なセグメント・サイズに等しいか、又はそれよりも小さい。表２に示されるように、非常に大きなコードスペースが利用可能であり、上述の方法を用いて実際に達成可能である。Ｌ＝１５２，ｗ＝５、ｄ＝４のパラメータの組み合わせは、約２００万のコードスペースを有する。
【０１１０】
【表２】
【０１１１】
【表３】
【０１１２】
代表的な一例では、コード体系は、コード要素のサイズ自体よりも小さな間隔長さだけ離れた場所に置かれたコード要素を利用する。これは、コードが、離散的な均等に間隔を空けた場所における機構が存在するかしないかで構成される、標準的な二進コード化から逸脱している。多重印刷技術を使用して製造された上述の構造に当然適用可能な、このコード体系の好ましい実施形態では、コード要素は、セグメント化された内部の不透明材料内のギャップである。ギャップのサイズは、ステッパやフォトリソグラフィ・プロセスによって信頼性高く定義され、かつ顕微鏡（所望の倍率で作動する）によって解像できるものであるように選択される。ギャップのサイズ、間隔長さ、粒子長さは、コードスペース（可能なコードの数）を決定する。コードスペースの決定は、ウェハ上の粒子密度、識別精度、光学検出システムの複雑さ、顕微鏡画像当たりの粒子数の間のトレードオフを伴う。実際のパラメータの組み合わせを使用して、１００万個を超えるコードスペースを作成し、正確に識別することができる。
【０１１３】
標準的な二進コード体系の例では、粒子は等しい長さの単位に分割される。結果として、各単位は、黒又は白、０又は１である。粒子が対称的なので、１つが反転されているとき、同じ２個のコードがある（いわゆる「縮重」コード）。コードを計数するとき、縮重コードの各対からの１つは好ましくは廃棄される。縮重がない場合、２N個の可能なコードが存在し、ここでＮはビット数（単位）である。縮重がある場合、その半分の数が存在する。正確には、標準的な二進フォーマットを有する可能なコードの数は、［２N＋２floor[(N+1)/2]］／２である。図１４、図１７などに上述した、本発明の高コントラストのコード化されたマイクロ粒子構造の例では、コードの完全な組の中に、黒又は白の領域が長く延びる個々のコードがある。粒子の黒は背景の黒と区別不能なので、粒子は非常に高いコントラストにされる。しかし、黒が長く延びるコードは、白の領域を関連させて個別の粒子とすることがより困難なので、あまり望ましくない（ただし、当然本発明の範囲内である）。例えば、より困難なコードは、１０００…０００１（単一の白のビットが両端にある）であろう。特に本明細書において上述した構造及び作成方法の場合、上述の例で考察されたものよりも他の多くのコード体系が可能なので、任意の適切なコード体系を使用できることに留意されたい。
【０１１４】
上述した非二進コード体系は、高いコードスペースとロバストなコード識別がもたらされるなど、マイクロ粒子の製造や検出において多くの利点を有する。コード体系の例では、マイクロ粒子の製造プロセスの信頼性は、単一のサイズの機構、例えば単一の幅を有するセグメント内のギャップのための、パターニング及びエッチング条件を最適化できるようにすることで改善される。
【０１１５】
コード化されたマイクロ粒子とその中のコードを決定する方法の代表的な例では、例えば図２１に示されるように、コードは、セグメントの長さではなくギャップの中心位置によって決定される。したがって、製造のばらつき、若しくは画像化条件のばらつき、又は使用される画像処理アルゴリズムのばらつきのいずれかによって寸法が変わる場合、ギャップの中心位置は変わらないので、コードＩＤがロバストになる。このスキームは、光学イメージング・システムにおいて、機構の、この場合はギャップの位置を、機構自体の解像可能な最小寸法よりもはるかに小さい解像度に定めることができる。例えば、ギャップ幅は、１．５μｍ以下であってもよく、１．０μｍよりも小さい、さらに好ましくは０．５μｍよりも小さい距離に定められてもよい。
【０１１６】
一般に、高いコードスペースが望ましい。ゲノミクスの分野では、数万個のコードスペースを有することが特に重要であるが、それは、ヒトゲノムなど複雑な生体のゲノム全体を単一組の粒子上に置くことが可能になるためである。表１の上部分は、デルタ・パラメータｄを変化させることがコードスペースに与える影響を示す。ｄを縮小することにより、より多くのコードが与えられるが、光学系に対する要求が増加する。より小さなｄを解像する必要があるということは、一般的により高価な対物レンズが使用されることを意味する。実際に、ギャップ間隔の距離の下限は、光学系による解像度（ＣＣＤカメラを使用して捕捉されたデジタル画像のピクセル・サイズとして表される）によって設定される。６０倍対物レンズ及び６．２ｍｍの１０２４×１０２４ＣＣＤチップを使用すると、ｄ＝０．４μｍの間隔距離は約４ピクセルに等しい。間隔距離が０．３μｍ（３ピクセル）に低減された場合、１０５，１５４個のコードとなる。より長い粒子長さＬ、及び／又はより小さなギャップ幅ｗに対して、コードスペースは数百万に拡張することができる。
【０１１７】
表１の下部分は、ｗとｄが固定で、粒子の長さを変化させた場合の影響を示す。長さＬは、ダイ上の粒子の密度（単位面積当たりの粒子の数）に反比例する。長さは、画像中の粒子の数、したがってスループット（毎秒ごとに検出される粒子）にも影響する。コードスペース、密度、識別、スループットの間にトレードオフが存在する。コード体系パラメータの最適化によって、特定の用途に対する選択されたコード体系が決定される。
【０１１８】
図４０は、マイクロ粒子のプロトタイプの大きな集合の様々な形態の、４枚の写真を合成したものを示す。この集合は、１，０００個以上のコードと、各コードの約２００万個の粒子とを含む。左上の写真は、製造プロセス中の４０個のウェハを示す。各ウェハは３２個のダイを有し、各ダイは、単一のコードの約２００万個の粒子を含む。さらなる例として、ウェハ上のダイは、ウェハ当たりより多くの粒子、例えば５００万個以上を含有してもよい。さらに、ウェハ（又はガラス・パネルなどの他の基板）は、１００個以上のダイ、あるいは２００個以上、又は１０００個以上のダイを含有してもよい。ウェハは、全体として、コード化されたマイクロ粒子の１００個以上のコード、あるいは２００個以上、１０００個以上のコード、又は５，０００個以上のコードを有してもよい。コード化されたマイクロ粒子の大きな集合の代表的な一例では、大きな集合、例えばダイからリリースされるマイクロ粒子を作成するのに使用されるほぼ全てのダイは異なるコードを含む。別の例では、ウェハ又は基板上の全てのダイは同じコードを有してもよい。ダイのサイズは、コード当たりの粒子の数と大きな集合内のコードの数との間のバランスを最適化するように選択される。ダイ当たりの粒子の数及びウェハ当たりのダイの数は、例えば、コードを作成する本発明の方法を利用して、ソフトウェア内で変更され、また、固定の成形型、例えばフォトマスクの大きく高価な集合の高い資本コストを必要とすることなく、異なる用途向けの製造ロット又は製品単位で最適化されてもよい。
【０１１９】
図４０の右上の写真では、ウェハ製造は完了しており、粒子はシリコン基板からリリースされて試験管に入れられている。試験管は、６４本の試験管をそれぞれ保持するコンテナに入れられた状態で写真に示されている。左下の写真は、大きな集合からの粒子の１０３５本の試験管それぞれの小さな一部分（約数千個の粒子）を含む、単一の試験管を示す。右下の画像は、単一の試験管の試料の顕微鏡画像である。この画像は、互いに混合された１０３５個のコードの構成要素を示す。
【０１２０】
本発明のコード化されたマイクロ粒子、システム、方法は、生物学、化学、医学の分野だけでなく、紙幣、身分証明証、パスポートなどの標識付けを伴うセキュリティや商用分野、及び市販製品などにおける広範囲の用途を有する。一例では、マイクロ粒子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質の分析など、分子検出に使用することができる。他の例では、当該分野において知られているように、コンビナトリアル・ケミストリー又は薬剤スクリーニング・アッセイが行われる。
【０１２１】
図４１に示されるフローチャートを参照すると、マイクロ粒子は、個別のチューブ（又はウェル・プレートのウェル）に収容される。各チューブは、工程４１０で、単一のコードの多数のマイクロ粒子（例えば、１００万個以上）を含む。ＤＮＡ又はＲＮＡなどの生体分子は、工程４１２で、粒子の面上で不動化され、「プローブ」と称される。プローブの種はそれぞれ異なるコード上で不動化され、後で参照するためのルックアップ・テーブルが生成される。プローブの種はそれぞれ、「標的」の１つ又は複数の対応する種も有し、それら２つの間の結合は特異性である。プローブ／標的の用語は、通常はＤＮＡとＲＮＡの補体に関して使用されるが、本書では抗体を含む全ての生体分子を指す。多くのプローブが、一般的に１０4／μｍ2程度以上の密度で、単一粒子上で不動化される。「プローブ（ａ
ｐｒｏｂｅ）」の単数での使用は、複数のプローブ分子を指す場合が多く、「コード（ａ
ｃｏｄｅ）」は、本明細書に使用される他の用語と同様に、特定のコードの複数の粒子を指す場合が多い。
【０１２２】
コード化された粒子と生体分子を組み合わせることで、工程４１４によって、「プールド・プローブ・セット」が作成される。プールド・プローブ・セットは、各コードが粒子面に付着された特定のプローブを有する、コード化された粒子の混合物である。次に、プールド・プローブ・セットは、標的の混合物中にある個々の標的の量を決定するのに使用することができる。標的の混合物は試料と称され、一般的に生物試験体から得られる。次に、工程４１６で、試料は、一般的には蛍光体を用いて標識付けされる。試料がプールド・プローブ・セットと混合されると、プローブと標的は溶液中で互いを見つけ出し、結合する。核酸では、工程４１８で、この反応はハイブリッド形成と呼ばれ、非常に選択的である。反応後、粒子は、工程４２０で、コードを読み取り、かつ蛍光を定量化するために画像化される。コードとプローブのルックアップ・テーブルを参照すると、混合試料中の異なる標的種の量は、ここで測定することができ、工程４２２でアッセイ結果として決定される。
【０１２３】
マイクロ粒子で反応させる試料は、精製された生物学的抽出物か、又は、全血、血清、細胞可溶化物、スワブ、又は組織抽出物などであるが、これらに限定されない精製されていない試料であってもよい。マイクロ粒子で反応させる試料は、培養、クローニング、解剖、又は顕微解剖によって作成されてもよい。細胞は、マイクロ粒子を利用するバイオアッセイ及び他の上述の発明における、試料又はプローブのどちらかとして役立つことがある。
【０１２４】
図４４、４５は、多数のコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す。画像中に示されるマイクロ粒子は、それらの面に付着されたオリゴ・プローブ分子を有し、ハイブリッド化されて、標的の塩基対配列がプローブの配列に対して相補的である、予め標識付けされた蛍光オリゴ標的となっている。
【０１２５】
図４２は、プロセスの代表的な一例の図を示しており、そのプロセスによって、ウェハ全体が、バイオアッセイを行うために試料と反応することができる、粒子プローブ共役体の混合物になる（いわゆる「ハイブリッド形成準備完了コードアレイ（Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ−Ｒｅａｄｙ
ＣｏｄｅＡｒｒａｙｓ）」）。ウェハ製造工程が完了した後、ウェハは多くのダイを有し、各ダイは単一のコードの多くの粒子を含有している。上述したように、ダイが同じコードを持って作成されるか、又はダイが細分され、多数のコードを含む、代替のスキームが使用されてもよい。ウェハは（通常はウェハ・ソウによって）個別のダイにダイシングされ、次に、各ダイはウェル・プレートの個別のウェルに入れられる。あるいは、ウェルの代わりに試験管を使用することができる。リリース工程は、例えば、ダイの面から粒子を除去するＴＭＡＨなどの化学エッチング剤を使用して行われる。次に、ダイは、遊離粒子を残してウェルから除去される。リリース後、生体分子プローブの共役が行われ、結果として、各ウェルは単一のタイプの粒子プローブ共役体を含む（粒子は単一のコードのものであり、それらの粒子は面上に生体分子の単一の種を有する）。共役後、粒子は全て互いに混合されて、「プールド・マスター・ミックス」を形成する。プールド・マスター・ミックスは、粒子・プローブ共役体の全ての種からの十分な発現が存在するようにして部分標本に分割される。結果として、これらの部分標本はバイオアッセイを行うため、試料と反応できるようになっている。
【０１２６】
多数の異なる試料が、上述したように、単一のバイオ・アッセイにおいて識別されてもよいことに留意されたい。検出の前かつハイブリッド形成の後、マイクロ粒子は、検出のため、ウェル・プレート又は他のコンテナのウェルに入れることができる。１つの検出例では、マイクロ粒子は、重力によってウェル・プレートの底面上に沈む。検出のために粒子を準備するのを助けるため、ウェル内のマイクロ粒子に対して、遠心分離、超音波処理、又は他の物理的若しくは化学的プロセス（多重洗浄工程など）を行うことができる。別の例では、検出のため、マイクロ粒子をスライド・ガラス又は他の特に準備された基板上に置くことができる。さらに他の例では、粒子は検出の間フロー・ストリーム中に存在し、又は懸濁液中に存在する。
【０１２７】
共役という用語は、それによって、事実上それぞれのマイクロ粒子が面に付着させる１つ又は複数のプローブ分子を有するようになるプロセスを指す。共役の方法は、当該技術分野において、例えば、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｆｉｒｓｔ
Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｇｒｅｇ Ｔ．Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９６：Ｐａｒｔ Ｉ（Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ｔｈｅ ｍａｊｏｒ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｇｒｏｕｐｓ ｔｈａｔ ｃａｎ ｂｅ ｕｓｅｄ ｉｎ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｒ ｃｒｏｓｓｌｉｎｋｉｎｇ ｒｅａｃｔｉｏｎｓ），Ｐａｒｔ ＩＩ（Ａ ｄｅｔａｉｌｅｄ ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｔｈｅ ｍａｊｏｒ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ｃｈｅｍｉｃａｌｓ ｉｎ ｃｏｍｍｏｎ
ｕｓｅ ｔｏｄａｙ），ａｎｄ Ｐａｒｔ ＩＩＩ（Ｄｉｓｃｕｓｓｉｏｎ ｏｎ ｈｏｗ ｔｏ ｐｒｅｐａｒｅ ｕｎｉｑｕｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｎｄ ｌａｂｅｌｅｄ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ｆｏｒ ｕｓｅ ｉｎ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ）において良く知られている。
【０１２８】
粒子の面に付着された分子プローブは、一般的に、既知の属性又は特性を有する。一例では、分子プローブは、生物試験体又は試料に由来し、大きな母集団の、遺伝シーケンシングを含むがこれに限定されないスクリーニングに使用することができ、その場合一般的に、母集団の一員からの派生物は単一のコードに、一般的には単一のコードの多数の粒子に当てはめられる。好ましくは、同じコードを有するマイクロ粒子にはほぼ同じプローブ分子が付着され、同様に、異なるコードを有するマイクロ粒子は異なるプローブ分子を有する。
【０１２９】
平坦なマイクロアレイの代わりに、コード化された粒子の溶液アレイをプラットフォームとして使用する、多重アッセイの最も強力な特徴の１つは、単に新しい粒子を付加することによって機能性がアッセイに加わるという柔軟性である。標準的なマイクロアレイでは、アレイが印刷されるか、又は合成されてしまうと、一般的にアレイは変更することができない。研究者がアレイ上の遺伝子に対するプローブを変更するか、又は新しい遺伝子に対するプローブを付加しようとする場合、一般的に全く新しいアレイが作成される。粒子のプールド・プローブ・セットを用いると、新しいプローブと粒子の共役体（略してプローブ）を既存のプールド・プローブ・セットに容易に付加することができる。実際上、新しいプローブは、既に発現している遺伝子のためのプローブ、遺伝子の代替のスプライシング変異株、又は遺伝子のためのタイリング・プローブとは異なることができる。
【０１３０】
図４６ａ及び図４６ｂは、本発明のマイクロ粒子の同じ組に対する反射画像と蛍光画像の対を示す。画像は約１秒間隔で連続して得られたものである。図４６ａの反射画像は、青色光で照明し集光して（励起フィルタ＝４３６／１０ｎｍ、放射フィルタ＝４５７／５０、すなわち重なり合ったフィルタ）得られたものである。この画像は各粒子のコードを決定するために使用される。図４６ｂの蛍光画像は、緑色光で照明し赤色光を集光して（励起フィルタ＝５５５／２８ｎｍ、放射フィルタ＝６１７／７３、すなわちＣｙ３用フィルタ）得られたものである。図４６ｃは、図４６ａと図４６ｂの画像対を互いに重ね合わせて単一画像としたものである。
【０１３１】
図４７ａ〜図４７ｆは、時間順に並べたコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す。画像はエッジ検出のために処理されている。画像は約１秒間隔で得られたものであり、時間系列のフレームである。画像を構成する個々の粒子は、分子衝突（ブラウン運動として知られる）によって、フレーム間で測定可能な量だけ移動する。このブラウン運動は、稠密な二次元単分子層への粒子のアセンブリを促進する。画像中に示される粒子は、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子の例である。粒子は、面に付着されたオリゴヌクレオチド・プローブを有し、また、相補的なオリゴヌクレオチド標的とハイブリッド化（すなわち、溶液中で反応）されている。
【０１３２】
本発明のマイクロ粒子は、溶液ベースのアレイ、バイオチップ、ＤＮＡマイクロアレイ、タンパク質マイクロアレイ、ラボオンチップ・システム、側方流動デバイス（免疫クロマトグラフィ・テスト・ストリップ）などであるが、これらに限定されない、生化学（又は化学）分析システムの主要な機能的構成要素として使用することができる。用途としては、ｇＤＮＡ及びタンパク質シーケンシング、形質発現プロファイリング、遺伝子型判定、多形分析、比較ゲノム・ハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）、クロマチン免疫沈降（ＣＨｉＰ）、メチル化検出、並びに、疾病メカニズムの発見、遺伝子機能の研究、生物学的経路の調査、また、タンパク質、ペプチド、ポリペプチドの検査及び分析など、様々な他の生化学及び生体分子関連の用途、並びに関連する生化学用途が挙げられるが、これらに限定されない。分析アーキテクチャは、直接ＤＮＡハイブリダイゼーション、ＤＮＡからＲＮＡ若しくはＲＮＡからＲＮＡへのハイブリダイゼーション、ポリメラーゼ伸長や連結反応などの酵素アッセイなどであるが、これらに限定されない、当該技術分野において良く知られているものを包含してもよい。マイクロ粒子は、試料調製、生化学反応、バイオ分析が統合されたシステムなどが挙げられるが、これらに限定されない、マイクロ流体システム若しくはラブオンチップ・システム、又は任意のフロー・ベースのシステムにも使用することができる。
【０１３３】
例えば、蛍光の存在に基づく光学イメージング方法を使用することができる場合、蛍光標識を使用することができる。関連する写真フィルムを露光又は現像するのにマイクロ粒子が利用される場合、放射性標識を使用することができる。あるいは、検出が、試料分子がマイクロ粒子上のプローブ分子に結合するか、又はそれと反応したときに放出される酵素標識の生成物を検出することを伴う場合、酵素標識を使用することができる。その主題が全体として参照により本明細書に組み込まれる、「Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｗｉｔｈ
ａ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ」（Ｓｃｈｅｎａ
ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９５，２７０−４６７）に記載されているような、他の標識付け方法も可能である。
【０１３４】
標識を有さない試料をマイクロ粒子と反応させることもできる。例えば、分子ビーコン・プローブをマイクロ粒子に適用することができる。分子ビーコン・プローブは、一般的にＵ字形の構造を含み、標識のない、若しくは場合によっては標識された試料分子を結合する際に伸ばされ、結果として結合イベントを示す信号を生成する。そのような分子ビーコン・プローブや他のプローブは、例えば、蛍光体又はクエンチャーがマイクロ粒子の面上又は中に置かれる、ＦＲＥＴ（蛍光共振エネルギー転移）を伴うアッセイに使用されてもよい。
【０１３５】
図４８は、２プレックスＤＮＡハイブリダイゼーション・アッセイからの実際のアッセイ・データを示す。この実験では、２つの異なるオリゴ・プローブ（２つの異なる配列が下側に示される）を、異なる粒子バッチ（異なるコードを有する）の面に付着させた。プローブの付着後、粒子を互いに混合し、混合物の部分標本をウェル・プレートの２つのウェルに入れた。次に、プローブ配列と蛍光体標識を相補する配列を有するオリゴから成る標的を２つのウェルに付加し、粒子・プローブ共役体の混合物と反応させた。プローブ１を相補する標的１を第１のウェルに付加し、プローブ２を相補する標的２を第２のウェルに付加した。両方のウェルの粒子の画像化を行い、その結果が図４８に示される。第１のウェル（標的１を有する）内では、対応するコードの粒子は、比較的高い蛍光信号を示し、第２のウェルに関してはその逆である。
【０１３６】
多数の試料分子に対する、迅速で信頼性が高く、かつ効率的なバイオアッセイを促進するため、マイクロ粒子は、マイクロ粒子をその中に含むウェルの底面などの面上に、ほぼ単分子層の形でそれら自身を配列させることができることが好ましい。マイクロ粒子は、光学検出が行われる特定の液体中で、ブラウン運動を行うことができることが好ましい。マイクロ粒子がハイブリッド化され検出される特定の液体を前提として、マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓ以上であるか、かつ／又は、１秒以下、好ましくは３秒以下、又は５秒以下の時間間隔内で、マイクロ粒子の１０％以上、例えば１５％以上、さらには２０％以上、及び５０％以上において、２０ｎｍ以上、例えば３０ｎｍ以上、さらには５０ｎｍ以上の横方向の変位が測定されることが好ましい。
【０１３７】
可視光を使用する光学イメージングなど、所望の検出手段によって正確に検出できるものと言われる、検出可能なマイクロ粒子は、マイクロ粒子が収容されるコンテナの底面の一部分など、マイクロ粒子がその上で収集される面積の３０％以上、４０％以上、一般的には５０％以上を占めることができる。全てのマイクロ粒子の少なくとも９０％（一般的には少なくとも９５％、より一般的には少なくとも９９％、多くの場合は１００％）が配置される面積を定めると、マイクロ粒子は、１０００粒子／ｍｍ2以上、例えば１５００粒子／ｍｍ2以上、２０００粒子／ｍｍ2以上、一般的には３０００粒子／ｍｍ2以上（例えば、５０００粒子／ｍｍ2以上）の密度を有することが理解できる。上述の面積内の検出率は、検出時のマイクロ粒子の集合体のうち検出されたマイクロ粒子（空間コードが検出されたマイクロ粒子）の総数とマイクロ粒子の集合体の総数との比として定められるものであり、８０％以上、一般的には９０％以上、より一般的には９９％以上であることが好ましい。
【０１３８】
本発明の別の好ましい例は、２００個以上、より好ましくは５００個以上、１０００個以上、さらには１０，０００個以上の異なるコード（本発明によって可能になる大きなコードスペースにより、さらに多数のコード）をキット内に収容した、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子を含むキットである。統計的試料を便利に液体ピペッティングするための要件や、キット内の特定のコードの所望の冗長度により、キット内に同じコードの１０個を超える粒子（同じコードの２０個以上の、さらには３０個以上のマイクロ粒子）が一般的に供給されるが、これは、いくつかの用途の例では、冗長度によってアッセイ全体の性能が改善されるためである。用語「生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子」は、生物学部分又は化学部分を面上に有し、したがってアッセイに使用することができるマイクロ粒子を指し、また、用語「部分」は、核酸、合成核酸、オリゴヌクレオチド、単鎖核酸、二重鎖核酸、タンパク質、ポリペプチド、抗体、抗原、酵素、受容体、配位子、及び薬剤分子、細胞、並びに複雑な生物由来の試料などであるが、これらに限定されない分子種と称される。
【０１３９】
汎用的アダプタ・スキームは、プローブ上に設けられる配列に対して相補的な一組の相互作用しない合成配列を供給するのに使用されてもよい。遺伝子型判定は、共通のプローブと対立遺伝子特異性のレポーターを使用して、又は対立遺伝子特異性のプローブと共通のレポーターを使用して行うことができる。ＰＣＲ、パドロック・プローブ、又は分子反転プローブを必要とするものなどの増幅アッセイは、本発明の粒子を使用して行うことができる。これらのアッセイのうち２つの例が、図４９ａ及び図４９ｂに示される。本発明の代替例では、粒子の面上に存在する生体分子は、予め合成し、次に粒子面に付着させることができる。あるいは、生体分子は粒子上でｉｎ
ｓｉｔｕ合成することができる。
【０１４０】
タンパク質ベースのアッセイも適用可能である。これらには、サンドイッチ・イムノアッセイ、抗体・タンパク質結合アッセイ、受容体・配位子結合アッセイ、又はタンパク質間相互作用アッセイが包含されるが、これらに限定されない。これらのアッセイの例が図５０に示される。本発明のコード化されたマイクロ粒子の組は、タンパク質間相互作用を調査するため、溶液ベースのアッセイに使用することができる。これは図５０の右下に示される。
【０１４１】
単一のタイプのタンパク質を、単一のコードのマイクロ粒子に適用することができる。粒子・タンパク質共役体を混合し、特定の生化学環境内で反応させる際、互いに相互作用し結合するタンパク質は、検出中に隣接した粒子が存在することによって決定される。本発明のマイクロ粒子構造の断面が正方形であることにより、平坦な長方形の形状における接触面積が増加されることで、従来技術よりも改善される。形状が球状又は円筒状の従来技術の粒子では、それぞれ、接触面積が単一点又は線に限定される。本発明はタンパク質に限定されず、任意の相互作用する分子が、このアッセイ・アーキテクチャと共に使用されてもよい。さらに、本発明の全方向性のコード化されたマイクロ粒子は、蛍光体、量子ドット、ラテックス若しくはガラス・ビーズ、コロイド金属粒子、分光学的に活性の粒子、ＳＥＲＳ粒子、又は半導体ナノロッドなどであるが、これらに限定されない、他の任意のコード化された粒子と共に使用されてもよい。
【０１４２】
コード化されたマイクロ粒子は、分子の二次元平面アレイと共に使用されてもよい。粒子の面上の分子と二次元平面アレイ上のスポットに含有される分子との相互作用は、粒子がそれらのスポットに結合することによって決定される。好ましくは洗浄工程後に、予め定められたスポットの場所に粒子が存在することは、粒子上の分子と二次元平面アレイ上の分子との間の結合相互作用を示す。アッセイ結果は、１）粒子コード、２）スポットの場所を識別することによって決定することができる。これは図５１に示される。図５１は、粒子の画像を包含する概略図であるが、ただし実際の実験結果ではなく、すなわち本発明を例示するためのものである。本発明では、本発明のマイクロ粒子の断面が正方形であることにより、結合接触面積が増加し、従来技術よりも大幅に改善される。
【０１４３】
本発明のマイクロ粒子は他の用途を有してもよい。例えば、タンパク質検出分子（例えば、特定のタンパク質分子と接触すると、色を変える、蛍光を発する、若しくは電気信号を発生する配位子、染料）をマイクロ粒子上に置くことによって、バイオアッセイ分析（すなわち、生物学的試料におけるタンパク質及び／又は遺伝子の発現レベルの評価）を行うことができる。別の例として、（細胞）受容体、核酸／プローブ、オリゴヌクレオチド、接着分子、メッセンジャーＲＮＡ（所与の疾病状態で「作動」する遺伝子に特異性）、ｃＤＮＡ（「作動」した各遺伝子によってコードされたｍＲＮＡに対して相補的）、オリゴ糖及び他の関連する炭水化物分子、又は細胞（どの細胞経路が「作動」したかを示すものなど）をマイクロ粒子上に置くことによって、マイクロ粒子は、疾病（すなわち、治療標的）に対して作用するタンパク質又は他の化学化合物をスクリーニングするのに使用することができ、これは、（生物学的試料からの関連成分）が、特定の（標的分子）が前もって配置／付着されているマイクロアレイ上の特定のスポット（場所）において接着又はハイブリッド形成することによって示される。実際に、本発明のマイクロ粒子は、それぞれの主題が参照により本明細書に組み込まれる、添付の付表に記載されるものなど、他の多くの生化学分野又は生体分子分野に適用することができる。
【０１４４】
当業者であれば、新しくかつ有用なマイクロ粒子とその作成方法を本明細書に記載してきたことを理解するであろう。本発明によって作成されるコード化されたマイクロ粒子の大きな集合は、特にバイオテクノロジーの分野において、より具体的にはゲノミクスの分野において広範な用途を有する基本的技術であり得る。それは、高度に多重化されたバイオアッセイのコストを大幅に低減する可能性を有する。さらに、研究者らが、内容物をカスタマイズした溶液アレイを容易に設計することを可能にする。研究者は、例えば、本発明のマイクロ粒子を有する新しく発見された対象の遺伝子など、新しい粒子タイプをプールド・セットに容易に付加することもできる。
【０１４５】
しかし、本発明の原理が適用されてもよい多くの可能な実施形態を考慮して、図面を参照して本明細書に記載された実施形態は単に例示のためのものであり、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではないことを認識されたい。当業者であれば、例示の実施形態は、本発明の趣旨から逸脱することなく、その配置及び詳細を修正できることを認識するであろう。
【０１４６】
例えば、マイクロ粒子は、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六辺形を有してもよい。コード化されたマイクロ粒子は、４つの細長い辺のどれの上にバーコードが配置されているかに関わらず、コード化されたマイクロ粒子のコードが検出可能であるように構成することができる。マイクロ粒子は、２：１〜５０：１、４：１〜２０：１の長さと幅の比を有してもよい。マイクロ粒子の長さは、好ましくは５〜１００μｍ、より好ましくは５０μｍ未満である。マイクロ粒子の幅は０．５〜１０μｍであってもよい。他の例では、マイクロ粒子の長さは、１０μｍ未満、２５μｍ未満、２５μｍ未満、５μｍ未満、２７μｍ未満であることができ、マイクロ粒子の幅は３μｍ未満である。マイクロ粒子の幅と高さの比は０．５〜２．０である。マイクロ粒子の長さと幅の比は２：１〜５０：１である。マイクロ粒子の長さに沿って取った断面はほぼ長方形であり、長さは幅の少なくとも２倍である。
【０１４７】
マイクロ粒子は、セグメントが中に埋め込まれたガラス体を有してもよい。ガラス体とセグメントの透過率の差は１０％以上である。ガラス体は、５０未満μｍの長さと１０μｍ未満の幅を有し、ガラス体の体積が５〜５００μｍ3であってもよい。コード化されたマイクロ粒子は、コード化されたマイクロ粒子内に、２〜１５個、３〜１０個、又は４〜８個の透明度がより低い材料の部分を有してもよい。マイクロ粒子に組み込まれたコードは、二進、非二進、又は他の任意の所望のコードである。マイクロ粒子は、ＤＮＡプローブやＲＮＡプローブなど、１０2〜１０6／μｍ2の密度でマイクロ粒子の１つ又は複数の面に付着された、生化学分子を有してもよい。ウェハ・レベルで製造されたとき、ウェハは８０．６ｃｍ2（１２．５平方インチ）〜７７４．２ｃｍ2（１２０平方インチ）の面積を有してもよく、ウェハの６．５ｃｍ2（１平方インチ）当たり少なくとも３００万個のマイクロ粒子が存在する。ウェハは、基板上に形成された少なくとも１００万個のコードを有してもよく、又は少なくとも２００個の異なるコードが１００万個のコードの中に存在し、あるいは少なくとも３０００個の異なるコードが１００万個のコードの中に存在する。例えばバイオアッセイの際に、液体バッファ中に置かれると、マイクロ粒子は、マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい、より好ましくは１×１０-11ｃｍ2／ｓよりも大きい単一の単分子層を形成することができる。
【０１４８】
したがって、本明細書に記載される本発明は、特許請求の範囲及びその等価物の範囲内にあるような全ての実施形態を考慮する。
【０１４９】
（別表）
以下の参照文献それぞれの主題は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
（プローブを不動化したアレイの調製）
Ｇ．Ｓｔｅｉｎｂｅｒｇ，Ｋ．Ｓｔｒｏｍｓｂｏｒｇ．，ｅｔ ａｌ．Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ Ｃｏｖａｌｅｎｔ Ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ ｔｏ Ｂｅａｄｓ．Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ．Ｖｏｌ．７３，５９７−６０５．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｏｎｌｉｎｅ １７ Ｆｅｂｒｕａｒｙ，２００４ ｉｎ Ｗｉｌｅｙ ＩｎｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅ（ｗｗｗ．ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ．ｗｉｌｅｙ．ｃｏｍ）．ＤＯＩ １０．１００２／ｂｉｐ．２０００６．
Ｋｕｍａｒ，Ｏ．Ｌａｒｓｓｏｎ，Ｄ．Ｐａｒｏｄｉ，＆ Ｚ．Ｌｉａｎｇ．２０００．Ｓｉｌａｎｉｚｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ：ａ ｇｅｎｅｒａｌ ｐｌａｔｆｏｒｍ ｆｏｒ ＤＮＡ ｉｍｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０００，Ｖｏｌ．２８．Ｎｏ．１４．
Ｆ．Ｖｉａｎｅｌｌｏ，Ｌ．Ｚｅｎｎａｒｏ，ｅｔ．ａｌ．Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ，Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ，ａｎｄ Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ Ｔｈｉｎ Ｆｉｌｍｓ ｏｆ Ｈｏｒｓｅｒａｄｉｓｈ Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｅｎｇｅｅｒｉｎｇ，Ｖｏｌ．６８，Ｎｏｌ ５．，Ｊｕｎｅ ５，２０００．
Ｕ．Ｍａｓｋｏｓ，＆ Ｅ．Ｍ．Ｓｏｕｔｈｅｒｎ．１９９２．Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｈｙｂｒｉｄｉｘａｔｉｏｎｓ ｏｎ ｇｌａｓｓ ｓｕｐｐｏｒｔｓ：ａ ｎｏｖｅｌ ｌｉｎｋｅｒ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ ｉｎ ｓｉｔｕ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｖｏｌ．２０，Ｎｏ．７ １６７９−１６８４．
Ｍ．Ｂｅｌｅ，Ｏ．Ｓｉｌｍａｎ，＆ Ｅ．Ｍａｔｉｊｅｖｉｃ．２００２．Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ ｏｆ Ｕｎｉｆｏｒｍ Ｓｉｌｉｃａ−Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ｄｙｅ ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅｓ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｏｌｌｏｉｄ ａｎｄ Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ．２５４，２７４−２８２．
Ｎ．Ｚａｍｍａｔｔｅｏ，Ｌ．Ｊｅａｎｍａｒｔ，ｅｔ ａｌ．Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｏｆ Ｃｏｖａｌｅｎｔ Ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ ｔｏ Ｇｌａｓｓ Ｓｕｒｆａｃｅｓ ｔｏ Ｂｕｉｌｄ ＤＮＡ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．２８０，１４３−１５０（２０００）
Ｎ．Ｐ．Ｍｅｌｌｏｔｔ，Ｓ．Ｌ．Ｂｒａｎｔｌｅｙ，ｅｔ ａｌ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｕｒｆａｃｅ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｇｌａｓｓ．Ｓｕｒｆａｃｅ ａｎｄ ｉｎｔｅｒｆａｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ．２００１；３１：３６２−３６８
Ｆ．Ｄｌｅｈｌ，Ｓ．Ｇｒａｈｌｍａｎｎ，ｅｔ ａｌ．Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ ＤＡＮ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｏｆ ｈｉｇｈ ｓｐｏｔ ｈｏｍｏｇｅｎｅｉｔｙ ａｎｄ ｒｅｄｕｃｅｄ ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ ｓｉｇｎａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００１，Ｖｏｌ．２９，Ｎｏ．７ ｅ３８．
（粒子アレイ）
Ｎｉｃｅｗａｒｎｅｒ−Ｐｅｎａ，Ｓ．Ｒ．，Ｒ．Ｇ．Ｆｒｅｅｍａｎ，Ｂ．Ｄ．Ｒｅｉｓｓ，Ｌ．Ｈｅ，Ｄ．Ｊ．Ｐｅｎａ，Ｉ．Ｄ．Ｗａｌｔｏｎ，Ｒ．Ｃｒｏｍｅｒ，Ｃ．Ｄ．Ｋｅａｔｉｎｇ，ａｎｄ Ｍ．Ｊ．Ｎａｔａｎ，“Ｓｕｂｍｉｃｒｏｍｅｔｅｒ Ｍｅｔａｌｌｉｃ Ｂａｒｃｏｄｅｓ，”Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９４（５５４０），１３７−１４１（２００１）．
Ｎａｔａｎ，Ｍ．Ｊ．，Ｊ．Ｌｉｓｓａｃｋ，“Ｂａｒｃｏｄｉｎｇ Ｔａｃｋｌｅｓ ｔｈｅ Ｎａｎｏｍｅｔｅｒ，”Ｔａｇｓ ａｎｄ Ｌａｂｌｅｓ ？？
Ｗａｌｔｏｎ，Ｉ．Ｄ．，Ｓ．Ｍ．Ｎｏｒｔｏｎ，Ａ．Ｂａｌａｓｉｎｇｈａｍ，Ｌ．Ｈｅ，Ｄ．Ｆ．Ｏｖｉｓｏ，Ｄ．Ｇｕｐｔａ，Ｐ．Ａ．Ｒａｊｕ，Ｍ．Ｊ．Ｎａｔａｎ，ａｎｄ Ｒ．Ｇ．Ｆｒｅｅｍａｎ，“Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｆｏｒ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ ｓｏｌｕｔｉｏｎ：ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｔｒｉｐｅｄ ｍｅｔａｌｌｉｃ ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｕｓｉｎｇ ｏｐｔｉｃａｌ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ，”Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．，７４，２２４０−２２４７（２００２）．
Ｔｒｕｅ，Ｒ．Ｊ．，Ｍ．Ｋ．Ｔａｙｌｏｒ，Ｇ．Ｓ．Ｃｈａｋａｒｏｖａ，Ｉ．Ｄ．Ｗａｌｔｏｎ，“Ｍｉｃｒｏｆａｂｒｉｃａｔｅｄ ｔｅｍｐｌａｔｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｅｌｅｃｔｒｏｄｅｐｏｓｉｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔａｌｌｉｃ ｂａｒｃｏｄｅｓ ｆｏｒ ｕｓｅ ｉｎ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ｂｉｏａｓｓａｙｓ，”ＩＥＥＥ − ＥＭＢ Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ，２６（ＩＶ），２６１９−２６２２（２００４）．
Ｘｕ，Ｈ．Ｘ．，Ｍ．Ｙ．Ｓｈａ，Ｅ．Ｙ．Ｗｏｎｇ，Ｊ．Ｕｐｈｏｆｆ，Ｙ．Ｈ．Ｘｕ，Ｊ．Ａ．Ｔｒｅａｄｗａｙ，Ａ．Ｔｒｕｏｎｇ，Ｅ．Ｏ’Ｂｒｉｅｎ，Ｓ．Ａｓｑｕｉｔｈ，Ｍ．Ｓｔｕｂｂｉｎｓ，ｅｔ．ａｌ．，“Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ＳＮＰ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ Ｑｂｅａｄ（ＴＭ）ｓｙｓｔｅｍ：ａ ｑｕａｎｔｕｍ ｄｏｔ−ｅｎｃｏｄｅｄ ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ−ｂａｓｅｄ ａｓｓａｙ，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，３１（８），Ｅ４３（２００３）．
Ｈａｎ，Ｍ．，Ｘ．Ｇａｏ，Ｊ．Ｚ．Ｓｕ，Ｓ．Ｎｉｅ，“Ｑｕａｎｔｕｍ−ｄｏｔ−ｔａｇｇｅｄ ｍｉｃｒｏｂｅａｄｓ ｆｏｒ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ｏｐｔｉｃａｌ ｃｏｄｉｎｇ ｏｆ ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ，”Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１９（７），６３１−６３５（２００１）．
（タンパク質アレイ）
Ｈａａｂ，Ｂ．Ｂ．，Ｍ．Ｊ．Ｄｕｎｈａｍ，＆ Ｐ．Ｏ．Ｂｒｏｗｎ．２００１．Ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈｌｙ ｐａｒａｌｌｅｌ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ．Ｇｅｎｅｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ．２（２）：０００４．１−０００４．１３．
ＭａｃＢｅａｔｈ，Ｇ．，＆ Ｓ．Ｌ．Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ．２０００．Ｐｒｉｎｔｉｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｓ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２８９；１７６０−１７６３．
Ｚｈｕ，Ｈ．，Ｊ．Ｆ．Ｋｌｅｍｉｃ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｙｅａｓｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅｓ ｕｓｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｈｉｐｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．２６：２８３−２８９．
Ｚｈｕ，Ｈ．，＆ Ｍ．Ｓｎｙｄｅｒ．２００１．Ｐｒｏｔｅｉｎ ａｒｒａｙｓ ａｎｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ．５：４０−４５．
Ｂ．Ｂ．Ｈａａｂ，Ｍ．Ｊ．Ｄｕｎｈａｍ ＆ Ｐ．Ｏ．Ｂｒｏｗｎ．Ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈｌｙ ｐａｒａｌｌｅｌ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２００１，２（２）ｒｅｓｅａｒｃｈ ０００４．１−０００４．１３
（グリカン・アレイ）
Ｂｌｉｘｔ，Ｏ；Ｈｅａｄ，Ｓ；Ｍｏｎｄａｌａ，Ｔ；Ｓｃａｎｌａｎ，Ｃ；Ｈｕｆｌｅｊｔ，ＭＥ；Ａｌｖａｒｅｚ，Ｒ；Ｂｒｙａｎ，ＭＣ；Ｆａｚｉｏ，Ｆ；Ｃａｌａｒｅｓｅ，Ｄ；Ｓｔｅｖｅｎｓ，Ｊ；Ｒａｚｉ，Ｎ；Ｓｔｅｖｅｎｓ，ＤＪ；Ｓｋｅｈｅｌ，ＪＪ；ｖａｎ Ｄｉｅ，Ｉ；Ｂｕｒｔｏｎ，ＤＲ；Ｗｉｌｓｏｎ，ＩＡ；Ｃｕｍｍｉｎｇｓ，Ｒ；Ｂｏｖｉｎ，Ｎ；Ｗｏｎｇ，ＣＨ；Ｐａｕｌｓｏｎ，ＪＣ．２００４ Ｐｒｉｎｔｅｄ ｃｏｖａｌｅｎｔ ｇｌｙｃａｎ ａｒｒａｙ ｆｏｒ ｌｉｇａｎｄ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｏｆ ｄｉｖｅｒｓｅ ｇｌｙｃａｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎｓ．ＰＲＯＣ ＮＡＴ ＡＣＡＤ ＳＣＩ ＵＳＡ １０１：４９ １７０３３−１７０３８
Ａ ｆｏｃｕｓｅｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｌｙｃｏｍｉｃｓ：ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｇｌｙｃｏｍｅ．Ｃｏｍｅｌｌｉ，Ｅ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ １６（２），１１７−３１，２００６
Ｇｌｙｃｏｍｉｃｓ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ ｉｎｔｏ ｉｎｓｕｌｉｎ ａｃｔｉｏｎ．Ｐａｒｒｙ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ Ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ−Ｇｅｎｅｒａｌ Ｓｕｂｊｅｃｔｓ １７６０（４），６５２−６８，２００６
（がんチップ）
Ａｌｉｚａｄｅｈ．Ａ．Ａ．，Ｍ．Ｂ．Ｅｉｓｅｎ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｔｙｐｅｓ ｏｆ ｄｉｆｆｕｓｅ ｌａｒｇｅ Ｂ−ｃｅｌｌ ｌｙｍｐｈｏｍａ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｂｙ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ．４０３：５０３−５１１．
Ｅｉｎ−Ｄｏｒ，Ｌ．，Ｉ．Ｋｅｌａ，ｅｔ ａｌ．２００５．Ｏｕｔｃｏｍｅ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ：ｉｓ ｔｈｅｒｅ ａ ｕｎｉｑｕｅ ｓｅｔ？ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２１（２）：１７１−１７８．
Ｒｏｓｓ，Ｄ．Ｔ．，Ｕ．Ｓｃｈｅｒｆ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｉｎ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ Ｉｉｎｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．２４：２２７−２３８．
Ｓｏｒｌｉｅ，Ｔ．，Ｒ．Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ，ｅｔ ａｌ．２００３．Ｒｅｐｅａｔｅｄ ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｂｒｅａｓｔ ｔｕｍｏｒ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ｉｎ ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ｓｅｔｓ．ＰＮＡＳ ＵＳＡ．２００：８４１８−８４２３．
（異数体チップ）
Ｂｅｈｒ，Ｍ．Ａ．，ＭＡ．Ｗｉｌｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．１９９９．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃｓ ｏｆ ＢＣＧ ｖａｃｃｉｎｅｓ ｂｙ ｗｈｏｌｅ−ｇｅｎｏｍｅ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２８４：１５２０−１５２３．
Ｆｏｒｏｚａｎ，Ｆ．，Ｅ．Ｈ．Ｍａｈｌａｍａｋｉ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎａｙｓｉｓ ｏｆ ３８ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ：Ａ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｉｎｔｅｒｐｒｅｔｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．６０：４５１９−４５２８．
Ｇｒｉｍｍ，Ｄ．２００４．Ｄｉｓｅａｓｅ ｂａｃｋ ｃａｎｃｅｒ ｏｒｉｇｉｎ ｔｈｅｏｒｙ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０６：３８９．
Ｈｕｇｈｅｓ，Ｔ．Ｒ．，Ｃ．Ｊ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ａｎｅｕｐｌｏｉｄｙ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．２５：３３３−３３７
（レプチン・チップ）
Ｂｅｌｋｉｎ，Ｌ．２０００，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２４．Ｔｈｅ ｍａｋｉｎｇ ｏｆ ａｎ ８−ｙｅａｒ−ｏｌｄ ｗｏｍａｎ．Ｈｏｗ ｄｏ ｗｅ ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄ ｐｕｂｅｒｔｙ？ Ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｐｒｉｓｍ ｏｆ ｏｕｒ ｔｉｍｅｓ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ Ｔｉｍｅｓ ｍａｇａｚｉｎｅ．３８−４３．
Ｎｏｈｔｕｒｆｆｔ，Ａ．，＆ Ｒ．Ｌｏｓｉｃｋ．２００２．Ｆａｔｓ，ｆｌｉｅｓ ａｎｄ ｐａｌｍｉｔａｔｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２９６：８５７−８５８．
Ｓｏｕｋａｓ，Ａ．，Ｐ．Ｃｏｈｅｎ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｌｅｐｔｉｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｗｈｉｔｅ ａｄｉｐｏｓｅ ｔｉｓｓｕｅ．Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．１４：９６３−９８０．
（マイクロアレイの製造方法）
Ｂｒｏｗｎ，Ｐ．Ｏ．，ｅｔ ａｌ．２００１．Ｔｈｅ Ｍｇｕｉｄｅ．ｈｔｔｐ：／／ｃｍｇｍ．ｓｔａｎｆｏｒｄ．ｅｄｕ／ｐｂｒｏｗｎ／ｍｇｕｉｄｅ／．Ａｃｃｅｓｓｅｄ ８ Ｆｅｂｒｕａｒｙ ２００２．
Ｋａｎｅ，Ｍ．Ｄ．，Ｔ．Ａ．Ｊａｔｋｏｅ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ａｎｄ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ（５０ｍｅｒ）ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．２８（２２）：４５５２−４５５７．
Ｋｕｍａｒ，Ａ．，＆ Ａ．Ｌｉａｎｇ．２００１．Ｃｈｅｍｉｃａｌ ｎａｎｏｐｒｉｎｔｉｎｇ：Ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｆａｂｒｉｃａｔｉｎｇ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏｃｈｉｐｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２９（２）：ｅ２．
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Ｈａｒｒｉｓ，Ｔ．Ｍ．，Ａ．Ｍａｓｓｉｍｉ，＆ Ｇ．Ｃｈｉｌｄｓ．２０００．Ｉｎｊｅｃｔｉｎｇ ｎｅｗ ｉｄｅａｓ ｉｎｔｏ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｐｒｉｎｔｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．１８：３８４−３８５．
（一般参照）
Ｃｕｍｍｉｎｇｓ，Ｃ．Ａ．，＆ Ｄ．Ｒｅｌｍａｎ．２０００．Ｕｓｉｎｇ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｔｏ ｓｔｕｄｙ ｈｏｓｔ−ｍｉｃｒｏｂｅ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．６（５）：５１３−５２５．
Ｓｃｈａｆｆｅｒ，Ｊ．Ｌ．，Ｍ．Ｐｅｒｅｚ−Ａｍａｄｏｒ，＆ Ｅ．Ｗｉｓｍａｎ，２０００．Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｐｌａｎｔｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．１１：１６２−１６７
Ｌｏｃｋｈａｒｔ，Ｄ．Ｊ．，＆ Ｃ．Ｂａｒｌｏｗ．２００１．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ ｗｈａｔ’ｓ ｏｎ ｙｏｕｒ ｍｉｎｄ：ＤＮＡ ａｒｒａｙｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｂｒａｉｎ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ．２：６３−６８．
Ｓｈｏｅｍａｋｅｒ，Ｄ．Ｄ．，Ｅ．Ｅ．Ｓｃｈａｄｔ，ｅｔ ａｌ．２００１．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｕｓｉｎｇ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．Ｎａｔｕｒｅ．４０９：９２２−９２７．
Ｄａｌｔｏｎ，Ｒ．２０００．ＤＩＹ（Ｄｏ ｉｔ ｙｏｕｒｓｅｌｆ）ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｐｒｏｍｉｓｅ ＤＮＡ ｃｈｉｐｓ ｗｉｔｈ ｅｖｅｒｙｔｈｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ．４０３：２３６
ＤｅＲｉｓｉ，Ｊ．Ｌ．Ｖ．Ｒ．Ｉｙｅｒ，＆ Ｐ．Ｏ．Ｂｒｏｗｎ １９９７．Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｔｈｅ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｎ ａ ｇｅｎｏｍｉｃ ｓｃａｌｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２７８：６８０−６８６．
Ｇａｓｃｈ，Ａ．Ｐ．，Ｐ．Ｔ．Ｓｐｅｌｌｍａｎ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｇｒａｍｓ ｉｎ ｔｈｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｏｆ ｙｅａｓｔ ｃｅｌｌｓ ｔｏ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ ｃｈａｎｇｅｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｅｌｌ．１１：４２４１−４２５７
Ｇｅｓｃｈｗｉｎｄ，Ｄ．Ｈ．２０００．Ｍｉｃｅ，ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ，ａｎｄ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ｂｒａｉｎ．ＰＮＡＳ．９７：１０６７６−１０６７８．
Ｒ．Ｄｒｍａｎａｃ，Ｓ．Ｄｒｍａｎａｃ，Ｇ．Ｃｈｕｉ，ｅｔ ａｌ．Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（ＳＢＨ）：Ａｄｖａｎｔａｇｅｓ，Ａｃｈｉｅｖｅｍｅｎｔｓ，ａｎｄ Ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ．Ａｄｖａｎｃｅｄ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ／Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．７７，７５−１００．
（メンブラン・チップ）
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｆｒｕｔｏｓ ＡＧ，Ｗｅｂｂ Ｂ，Ｈｏｎｇ Ｙ，Ｆｅｒｒｉｅ Ａ，Ｌａｉ Ｆ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ．Ｍｅｍｂｒａｎｅ ｂｉｏｃｈｉｐｓ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．２００２ Ｄｅｃ；Ｓｕｐｐｌ：６２−５．ＰＭＩＤ：１２５１４９３１
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｆｒｕｔｏｓ ＡＧ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ．Ｇ−ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｃｈｅｍｂｉｏｃｈｅｍ．２００２ Ｏｃｔ ４；３（１０）：９８７−９１．ＰＭＩＤ：１２３６２３６４
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｆｒｕｔｏｓ ＡＧ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ．Ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ．２００２ Ｍａｒ ２０；１２４（１１）：２３９４−５．ＰＭＩＤ：１１８９０７６１
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｗｅｂｂ Ｂ，Ｈｏｎｇ Ｙ，Ｆｅｒｒｉｅ Ａ，Ｌａｉ Ｆ，Ｆｒｕｔｏｓ ＡＧ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ．Ｆａｂｒｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｇ ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２００４；２６４：２３３−４３．ＰＭＩＤ：１５０２０７９４
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ，Ｐｉｃａｒｄ Ｌ．Ｇ ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｆｏｒ ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｔｏｄａｙ．２００３ Ａｕｇ １５；８（１６）：７５５−６１．Ｒｅｖｉｅｗ．ＰＭＩＤ：１２９４４０９８
Ｍｉｓｈｉｎａ ＹＭ，Ｗｉｌｓｏｎ ＣＪ，Ｂｒｕｅｔｔ Ｌ，Ｓｍｉｔｈ ＪＪ，Ｓｔｏｏｐ−Ｍｙｅｒ Ｃ，Ｊｏｎｇ Ｓ，Ａｍａｒａｌ ＬＰ，Ｐｅｄｅｒｓｅｎ Ｒ，Ｌｙｍａｎ ＳＫ，Ｍｙｅｒ ＶＥ，Ｋｒｅｉｄｅｒ ＢＬ，Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ＣＭ．Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ ＧＰＣＲ ａｓｓａｙ ｉｎ ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ ｃｅｌｌ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｊ Ｂｉｏｍｏｌ Ｓｃｒｅｅｎ．２００４ Ａｐｒ；９（３）：１９６−２０７．ＰＭＩＤ：１５１４０３８１
Ｍａｃｋ Ｊ．Ｆｕｌｗｙｌｅｒ ａｎｄ Ｔｈｏｍａｓ Ｍ．ＭｃＨｕｇｈ，“Ｆｌｏｗ Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ａｎｄ Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｏｌｕｂｌｅ Ａｎａｌｙｔｅｓ，”Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．３３，ｐｐ．６１３−６１９．
Ｆｕｌｗｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ，“Ｉｍｍｕｎｏｒｅａｌｔｉｖｅ Ｂｅａｄ（ＩＲＢ）Ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｑｕａｎｔａｔｉｖｅ ａｎｄ Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｉｃ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ａｎａｌｙｔｅｓ”，Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ ２，ｐ．１９，Ｓｅｐ．２，１９８８．
Ｆｕｌｗｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｆｌｏｗ Ｍｉｃｒｏｐｈｅｒｅｓ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ａｎｄ Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｏｌｕｂｌｅ Ａｎａｌｙｔｅｓ，”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，３３，６１３−６２９（１９９０）．
Ｖｅｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ａ Ｎｏｖｅｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ Ｎｏｎｒａｄｉｏａｃｔｉｖｅ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ａｓｓａｙ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｕｓｉｎｇ Ｓｔａｉｎｅｄ Ｌａｔｅｘ Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ，”Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１９８，３０８−３１１（１９９１）．
Ｗｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，“Ａ Ｎｅｗ Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ−Ｂａｓｅｄ Ｉｍｍｕｎｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ａｓｓａｙ Ｕｓｉｎｇ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，”Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ，１０７，２２５−２３０（１９８８）．
Ｂａｙｅｒｌ，Ｔ．Ｍ．＆ Ｂｌｏｏｍ，Ｍ．Ｐｈｙｓｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ ｓｉｎｇｌｅ ｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄ ｂｉｌａｙｅｒｓ ａｄｓｏｒｂｅｄ ｔｏ ｍｉｃｒｏ ｇｌａｓｓ ｂｅａｄｓ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｊ．５８，３５７−３６２（１９９０）．
Ｂｕｒａｎｄａ，Ｔ．ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｍｉｍｅｔｉｃ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｓｓｅｍｂｌｉｅｓ ｏｎ ｇｌａｓｓ ａｎｄ ｍｅｓｏｐｏｒｏｕｓ ｓｉｌｉｃａ ｍｉｃｒｏｂｅａｄｓ ｆｏｒ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．Ｌａｎｇｍｕｉｒ １９，１６５４−１６６３（２００３）．
（病原体検出）
Ｓｅｕｎｇ Ｍｉｎ Ｙｏｏ，Ｋｉ Ｃｈａｎｇ Ｋｅｕｍ，ｅｔ ａｌ．２００４．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ Ｍｉｏｒｏａｒｒａｙ ｆｏｒ Ｐａｔｈｏｇｅｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｐｒｏｃｅｓｓ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ．９：９３−９９
Ｃａｌｌ ＤＲ，Ｂｏｒｕｃｋｉ ＭＫ，Ｌｏｇｅ ＦＪ．Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ｉｎ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ ｓａｍｐｌｅｓ ｕｓｉｎｇ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｊ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ．２００３ Ｍａｙ；５３（２）：２３５−４３．Ｒｅｖｉｅｗ．ＰＭＩＤ：１２６５４４９４
Ｓｏｍｅｒ Ｌ，Ｋａｓｈｉ Ｙ．Ａ ＰＣＲ ｍｅｔｈｏｄ ｂａｓｅｄ ｏｎ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｆｏｒ ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｇｅｎｕｓ Ｌｉｓｔｅｒｉａ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｐｅｃｉｅｓ Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ ｉｎ ｆｏｏｄ ｐｒｏｄｕｃｔｓ．Ｊ Ｆｏｏｄ Ｐｒｏｔ．２００３ Ｓｅｐ；６６（９）：１６５８−６５．ＰＭＩＤ：１４５０３７２１
Ｗａｒｓｅｎ ＡＥ，Ｋｒｕｇ ＭＪ，ＬａＦｒｅｎｔｚ Ｓ，Ｓｔａｎｅｋ ＤＲ，Ｌｏｇｅ ＦＪ，Ｃａｌｌ ＤＲ．Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ １５ ｆｉｓｈ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ｂｙ ｕｓｉｎｇ １６Ｓ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＤＮＡ ＰＣＲ ａｎｄ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００４ Ｊｕｌ；７０（７）：４２１６−２１．ＰＭＩＤ：１５２４０３０４
Ｍａｙｎａｒｄ Ｃ，Ｂｅｒｔｈｉａｕｍｅ Ｆ，Ｌｅｍａｒｃｈａｎｄ Ｋ，Ｈａｒｅｌ Ｊ，Ｐａｙｍｅｎｔ Ｐ，Ｂａｙａｒｄｅｌｌｅ Ｐ，Ｍａｓｓｏｎ Ｌ，Ｂｒｏｕｓｓｅａｕ Ｒ．Ｗａｔｅｒｂｏｒｎｅ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｂｙ ｕｓｅ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｂａｓｅｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００５ Ｄｅｃ；７１（１２）：８５４８−５７．ＰＭＩＤ：１６３３２８４６
Ｇｏｎｚａｌｅｚ ＳＦ，Ｋｒｕｇ ＭＪ，Ｎｉｅｌｓｅｎ ＭＥ，Ｓａｎｔｏｓ Ｙ，Ｃａｌｌ ＤＲ．Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍａｒｉｎｅ ｆｉｓｈ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ ＰＣＲ ａｎｄ ａ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００４．Ａｐｒ；４２（４）：１４１４−９．ＰＭＩＤ：１５０７０９８２
Ｍ．Ｔ．ＭｃＢｒｉｄｅ，Ｓ．Ｍ．Ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ，Ｔ．Ｒ．Ｓｌｅｚａｋ，＆ Ｐ．Ｍ．Ｉｍｂｒｏ．Ｔａｉｌｏｒｅｄ ａｓｓａｙｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｄｉｓｅａｓｅ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ｉｎ ａｎｉｍａｌｓ．ＩＶＤ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｍａｙ ２００５
（小ＲＮＡ）
Ｒｅｍｏｄｅｌｌｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｂｙ ｔｗｏ ｓｍａｌｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ＲＮＡｓ．Ｇｕｉｌｌｉｅｒ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ５９（１），２３１−４７，２００６
Ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ ｓｍａｌｌ，ｎｏｎｃｏｄｉｎｇ ＲＮＡｓ ｕｎｄｅｒ ｓｐｏｒｕｌａｔｉｏｎ ｃｏｎｔｒｏｌ ｉｎ Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ．Ｓｉｌｖａｇｇｉ，Ｊ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ １８８（２），５３２−４１，２００６
Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｅｓ ｆｒｏｍ ｓｍａｌｌ−ｓｃａｌｅ，ｓｉｎｇｌｅ−ｄｏｎｏｒ ｐｌａｔｅｌｅｔ ｓａｍｐｌｅｓ．Ｈｉｌｌｍａｎｎ，Ａ．Ｇ．ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ ａｎｄ Ｈａｅｍｏｓｔａｓｉｓ ４（２），３４９−５６，２００６
Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｍａｌｌ ｑｕａｎｔｉｔｙ ＲＮＡ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｆｏｒ ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ＴＮＦ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｉｎ ｃｕｌｔｕｒｅｄ ｈｕｍａｎ ｖａｓｃｕｌａｒ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ ｃｅｌｌｓ．Ｓｈｏｕ，Ｈ．Ｙ．ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ５３（２），１５２−９，２００６
Ａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｂａｓｅｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｓｍａｌｌ ＲＮＡ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ．Ｈｕ，Ｚ．Ｌ．ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ３４（７），ＮＰＧ，２００６
Ｎｏｔｃｈ３ ｇｅｎｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ．Ｐａｒｋ，Ｊ．Ｔ．ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６６（１２），６３１２−８，２００６
Ｄｉｓｓｅｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｈｉｓｔｏｎｅ ｄｅａｃｅｔｙｌａｓｅｓ ｂｙ ＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ａｎｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ．Ｆｏｇｌｉｅｔｔｉ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２８１（２６），１７９６８−７６，２００６
ｃ−Ｍｙｂ ｉｓ ａｎ ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ｄｏｗｎｓｔｒｅａｍ ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｈｏｍｅｏｂｏｘ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｃｅｌｌｓ．Ｈｅｓｓ，Ｊ．Ｌ．ｅｔ ａｌ．ＢＩｏｏｄ １０８（１），２９７−３０４，２００６
Ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｒｅｇｉｏｎｓ ｆｏｒ ａ ｎｏｖｅｌ ｇｅｎｅ ｆｏｒ Ｋａｒｔａｇｅｎｅｒ ｓｙｎｄｒｏｍｅ．Ｇｕｔｉｅｒｒｅｚ−Ｒｏｅｌｅｎｓ，Ｉ．ｅｔ ａｌ．Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １４（７），８０９−１５，２００６
ＭｉｃｒｏＲＮＡ−ｔａｒｇｅｔｅｄ ａｎｄ ｓｍａｌｌ ｉｎｔｅｒｆｅｒｉｎｇ ＲＮＡ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｍＲＮＡ ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ ｉｓ ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｂｙ Ａｒｇｏｎａｕｔｅ，Ｄｉｃｅｒ，ａｎｄ ＲＮＡ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ＲＮＡ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｉｎ Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ．Ｒｏｎｅｍｕｓ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ １８（７），１５５９−７４，２００６
（メチル化）
Ｈｉｇｈ−Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ Ｕｓｉｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｂｅａｄ Ａｒｒａｙｓ，Ｍ．Ｂｉｂｉｋｏｖａ，Ｚ．Ｌｉｎ，Ｌ．Ｚｈｏｕ，Ｅ．Ｃｈｕｄｉｎ，Ｅ．Ｗｉｃｋｈａｍ Ｇａｒｃｉａ，Ｂ．Ｗｕ，Ｄ．Ｄｏｕｃｅｔ，Ｎ．Ｊ．Ｔｈｏｍａｓ，Ｙ．Ｗａｎｇ，Ｅ．Ｖｏｌｌｍｅｒ，Ｔ．Ｇｏｌｄｍａｎｎ，Ｃ．Ｓｅｉｆａｒｔ，Ｗ．Ｊｉａｎｇ，Ｄ．Ｌ．Ｂａｒｋｅｒ，Ｍ．Ｓ．Ｃｈｅｅ，Ｊ．Ａ．Ｆｌｏｒｏｓ ａｎｄ Ｊ．Ｂ．Ｆａｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１６（３），３８３ − ３９３，Ｍａｒｃｈ ２００６．
Ｈｕｍａｎ Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ Ｈａｖｅ ａ Ｕｎｉｑｕｅ Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ，Ｍ．Ｂｉｂｉｋｏｖａ，Ｅ．Ｃｈｕｄｉｎ，Ｂ．Ｗｕ，Ｌ．Ｚｈｏｕ，Ｅ．Ｗｉｃｋｈａｍ Ｇａｒｃｉａ，Ｙ．Ｌｉｕ，Ｓ．Ｓｈｉｎ，Ｔ．Ｗ．Ｐｌａｉａ，Ｊ．Ｍ．Ａｕｅｒｂａｃｈ，Ｄ．Ｅ．Ａｒｋｉｎｇ，Ｒ．Ｇｏｎｚａｌｅｚ，Ｊ．Ｃｒｏｏｋ，Ｂ．Ｄａｖｉｄｓｏｎ，Ｔ．Ｃ．Ｓｃｈｕｌｚ，Ａ．Ｒｏｂｉｎｓ，Ａ．Ｋｈａｎｎａ，Ｐ．Ｓａｒｔｉｐｙ，Ｊ．Ｈｙｌｌｎｅｒ，Ｐ．Ｖａｎｇｕｒｉ，Ｓ．Ｓａｖａｎｔ−Ｂｈｏｎｓａｌｅ，Ａ．Ｋ．Ｓｍｉｔｈ，Ａ．Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ，Ａ．Ｍａｉｔｒａ，Ｍ．Ｒａｏ，Ｄ．Ｌ．Ｂａｒｋｅｒ，Ｊ．Ｆ．Ｌｏｒｉｎｇ ａｎｄ Ｊ．Ｂ．Ｆａｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｏｎｌｉｎｅ Ａｕｇｕｓｔ ９，２００６，１０．１１０１／ｇｒ．５３１９９０６．
（標識付け）
Ｓｕｍｍａｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｓｅｎｓｉｎｇ ａｎｄ Ｐｏｓｉｔｉｏｎｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｗｏｒｋｓｈｏｐ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｎ ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｆｏｒ Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ：Ｉｎｔｅｒｉｍ Ｒｅｐｏｒｔ（２００４），Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｂｏａｒｄ，Ｔｏｐｉｃ １：Ｓｅｃｕｒｉｔｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｏｖｅｒｖｉｅｗ
Ｄｅｓｏｕｚａ，Ｋ．Ｃ．Ｖａｎａｐａｌｌｉ，Ｇ．Ｋ．Ｓｅｃｕｒｉｎｇ Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ Ａｓｓｅｔｓ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ：Ｌｅｓｓｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ Ｄｅｆｅｎｓｅ ａｎｄ Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅ Ｓｅｃｔｏｒｓ Ｓｙｓｔｅｍ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２００５．ＨＩＣＳＳ ’０５．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ３８ｔｈ Ａｎｎｕａｌ Ｈａｗａｉｉ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ ｏｎ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｄａｔｅ：０３−０６ Ｊａｎ．２００５
（書籍）
Ｄ．Ｂｏｗｔｅｌｌ ａｎｄ Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ．２００３，ＤＮＡ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ，Ａ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｍａｎｕａｌ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（特に第１〜４節）
Ｇ．Ｔ．Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１９９６，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ（パート１、２、、３は全て直接利用可能）
Ｈａｃｉａ Ｊ，Ｂｒｏｄｙ Ｌ，Ｃｈｅｅ Ｍ，ｅｔ ａｌ．“Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｕｓ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ＢＲＣＡ１ ｕｓｉｎｇ ｈｉｇｈ ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｒｒａｙｓ ａｎｄ ｔｗｏ−ｃｏｌｏｒ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ”Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ，１９９６，１４，４４１．
Ｈａｃｉａ Ｊ，Ｅｄｇｅｍｏｎ Ｋ，Ｓｕｎ Ｂ ｅｔ ａｌ．“Ｔｗｏ ｃｏｌｏｒ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｕｓｉｎｇ ｈｉｇｈ ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｒｒａｙｓ ａｎｄ ｅｎｅｒｇｙ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｙｅｓ”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ，１９９８，２６，４２４９．
Ｈａｃｉａ Ｊ．“Ｒｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ｍｕｔａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｕｓｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ”Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ），１９９９，２１，４２．
Ｗｏｄｉｃｋａ Ｌ ｅｔ ａｌ．“Ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｉｎ Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ”Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９７，１５，１３５９．
Ｌｏｃｋｈａｒｔ Ｄ ｅｔ ａｌ．“Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｂｙ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｔｏ ｈｉｇｈ−ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｒｒａｙｓ”Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９７，１４，１６７５．
ＤｅＲｉｓｉ Ｊ．ｅｔ ａｌ．“Ｕｓｅ ｏｆ ａ ｃＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｔｏ ａｎａｌｙｓｉｓ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ”Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ，１９９６，１４，４５７．
Ｂｒｏｗｎ Ｐ Ｏ，Ｂｏｔｓｔｅｉｎ Ｄ．“Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｔｈｅ ｎｅｗ ｗｏｒｌｄ ｏｆ ｇｅｎｏｍｅ ｗｉｔｈ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ”Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ），１９９９，２１，３３．
Ｊｅｌｉｎｓｋｙ Ｓ ａｎｄ Ｓａｍｓｏｎ Ｌ．“Ｇｌｏｂａｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｏｆ Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ ｔｏ ａ ａｌｋｙｌａｔｉｎｇ ａｇｅｎｔ”ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９９９，９６，４８６．
Ｇｏｌｕｂ Ｔ．ｅｔ ａｌ．，１９９９，“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ：Ｃｌａｓｓ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｂｙ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ”Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９，２８６，５３１．
Ｈｅｌｌｅｒ ＲＡ，Ｓｃｈｅｎａ Ｍ，Ｃｈａｉ Ａ，ｅｔ ａｌ．“Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｄｉｓｅａｓｅ−ｒｅｌａｔｅｄ ｇｅｎｅｓ ｕｓｉｎｇ ｃＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ”．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９９７，９４，２１５０．
Ｗａｎｇ Ｄ，Ｆａｎ Ｊ，Ｓｉａｏ Ｃ ｅｔ ａｌ．“Ｌａｒｇｅ−ｓｃａｌｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｍａｐｐｉｎｇ ａｎｄ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ｏｆ ｓｉｎｇｌｅ−ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ”Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９８，２８０，１０７７．
Ｌｉｐｓｈｕｔｚ ＲＪ，Ｍｏｒｒｉｓ Ｄ，Ｃｈｅｅ Ｍ，ｅｔ ａｌ．“Ｕｓｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｒｏｂｅ ａｒｒａｙｓ ｔｏ ａｃｃｅｓｓ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ”Ｂｉｏ Ｆｅａｔｕｒｅ，１９９５，１９（３），４４２．
Ｗａｌｌｒａｆｆ Ｇ．，Ｌａｂａｄｉｅ Ｊ．，Ｂｒｏｃｋ Ｐ．ｅｔ ａｌ．“ＤＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｎ ａ Ｃｈｉｐ”Ｃｈｅｍｔｅｃｈ，１９９７，２２，３２．
【関連出願】
【０００１】
（関連案件の相互参照）
本特許出願は、２００６年１月２５日出願の同時係属中の米国仮出願第６０／７６２，２３８号、、２００５年９月１３日出願の米国仮出願第６０／７１６，６９４号の優先権を主張し、これらそれぞれの主題は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【技術分野】
【０００２】
本発明は微細構造の分野に関し、より具体的にはコード化されたマイクロ粒子に関する。
【背景技術】
【０００３】
マイクロ粒子又はナノ粒子は、構造と称される場合が多く、その特徴的寸法は、１ｍｍ3以下の体積などマイクロメートル以下の単位である。その小さな特徴的寸法に起因する固有の特性により、マイクロ粒子は、実験室研究や多くの工業的分野において顕著な用途を見出している。コード化されたマイクロ粒子は、識別手段を有し、マイクロ粒子の一般的な分野の重要なサブクラスである。コード化された粒子は情報を伝達し、また、空間と時間に関して物理的に追跡することができるので、コード化されていない粒子の能力を大幅に拡張する。コード化されたマイクロ粒子の特に重要な用途は、ＤＮＡやタンパク質に関するものを含む多重バイオアッセイである。コード化されたマイクロ粒子の他の重要な分野としては、コンビナトリアル・ケミストリー、標識付けなどが挙げられる。多くの生化学用途及び生化学以外の用途を、本明細書において後述する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
多くの用途に関して、もう１つの望ましい属性としては、多数の識別可能なコード（すなわち、高いコードスペース）、コード化された粒子の正確かつ信頼性の高い識別、特定の用途に対する材料の適合性、マイクロ粒子の低コストでの製造（バッチ単位、粒子単位、コード・セット基礎単位）、検出システムの柔軟性が挙げられる。
【０００５】
断片化された有色積層体、有色ポリスチレン・ビーズ、量子ドットを担持させたポリマー・ビーズ、希土類元素でドープしたガラス・マイクロバーコード、電気めっきした金属ナノ・ロッド、回折格子に基づく繊維状粒子、パターン・バーとディスク、他のタイプのマイクロ粒子など、コード化されたマイクロ粒子を作成するためのいくつかの方策がこれまでに開発されている。しかし、これらの技術には、コードスペースが不十分である、コストが高い、精度が不適当である、使用時の性能が低い、凝集の問題によって大量生産ができない、前処理又はアッセイ手順が複雑であるなど、多くの制限のいずれかの欠点がある。
【０００６】
したがって、コード化された情報を有するコード化されたマイクロ粒子又は一組のコード化されたマイクロ粒子、それらを作成する方法、マイクロ粒子のためのコードを供給する方法、マイクロ粒子を製造する方法、マイクロ粒子を検出する方法とシステム、使用する方法とシステムが求められている。
【０００７】
添付の特許請求の範囲は、本発明の特徴を詳細に説明しているが、本発明並びにその目的及び利点は、以下の詳細な説明を添付図面と併せ読むことによって最も良く理解することができる。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１】図１Ａは、本発明のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図であり、図１Ｂは、図１Ａのマイクロ粒子の側面断面図である。
【図２】本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図である。
【図３】図３ａは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図であり、図３ｂは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図である。
【図４】図４ａ及び４ｂは、そのコード化構造が単一材料から得られる代表的なマイクロ粒子を概略的に示す図であり、図４ｃは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す図であり、図４ｄは、本発明の代表的な製造の間の別の代表的なマイクロ粒子の断面図である。
【図５】本発明の代表的な製造方法において実行される工程を示すフローチャートである。
【図６ａ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｂ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｃ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｄ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｅ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｆ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｇ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｈ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｉ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｊ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｋ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｌ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図６ｍ】本発明の代表的な製造プロセスにおけるマイクロ粒子の断面図及び平面図である。
【図８】製造中の基板上のマイクロ粒子の配列の斜視図である。
【図９ａ】本発明の代表的な製造方法における製造中の複数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像である。
【図９ｂ】本発明の代表的な製造方法における製造中の複数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像である。
【図９ｃ】本発明の代表的な製造方法における製造中の複数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像である。
【図１０ａ】本発明の代表的な製造方法における製造中の複数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像である。
【図１１】本発明の製造方法に使用することができる代表的なエッチング方法を示す図である。
【図１２】本発明の複数のマイクロ粒子の画像である。
【図１３】本発明の代表的な製造方法による代表的なウェハ・レベルでの製造方法を概略的に示す図である。
【図１４】本発明の８個のコード化されたマイクロ粒子の反射モードにおける反転した顕微鏡画像を示す図である。
【図１５】本発明のコード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系の図である。
【図１６】図１４と同じ倍率で得た全視野の単一画像を示す図である。
【図１７】コード化されたマイクロ粒子の高倍率画像を示す図である。
【図１８】図１８ａは、コード化されたマイクロ粒子の１２個の稠密な反射画像を合成した図であり、図１８ｂは、本発明のマイクロ粒子の例の透過蛍光顕微鏡画像を示す図である。
【図１９】図１９ａは、全視野反射画像を示す図であり、図１９ｂは、離散的なセグメントを全マイクロ粒子に関連させる画像処理をした後の、図１９ａと同じ一連の画像を示す図である。
【図２０】図２０ａは、一連の反射画像を示す図であり、図２０ｂは、離散的なセグメントを全マイクロ粒子に関連させる画像処理をした後の、図２０ａと同じ一連の画像を示す図である。
【図２１】右側に処理済みの画像を示し、左側に４個のマイクロ粒子の例から得たピクセル強度プロファイルを示す図である。
【図２２】画像化のためにコード化されたマイクロ粒子を不動化し分離するように設計された特徴を有する、特別に準備された面の概略図である。
【図２３】連続的な画像化による検出のため、流体中を流れるマイクロ粒子を供給できるようにしたフロー・セルを示す図である。
【図２４】連続的な画像化による検出のため、流体中を流れるマイクロ粒子を供給できるようにしたフロー・セルを示す図である。
【図２５】本発明の別の代替マイクロ粒子を示す図である。
【図２６】蛍光性の外側層を備えた空間的かつ光学的にコード化されたマイクロ粒子の図である。
【図２７】ａ−ｃは空間コードを形成する面のへこみを備えた本発明のコード化されたマイクロ粒子の概略図であり、ｄは、へこみを含むコード化されたマイクロ粒子の一例を示す図である。
【図２８】図２７ａ〜２７ｃの対応する粒子に関する、粒子面に垂直に測定された不均一な空間密度を示す図である。
【図２９】本発明の別の代表的な製造の間の本発明の別の例によるマイクロ粒子の平面図である。
【図３０】本発明の別の代表的な製造の間の本発明の別の例によるマイクロ粒子の平面図である。
【図３１】ａ−ｃは、マイクロ粒子構造の好ましい実施形態における３個のマスク・フィールドを示す図であり、ｄは、レチクル・プレートの図である。
【図３２】スタンピングを利用する多数の印刷工程を使用してコードを生成する一般的な方法の代替例を示す。
【図３３ａ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｂ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｃ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｄ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｅ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｆ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｇ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｈ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｉ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｊ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｋ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｌ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３３ｍ】図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す図である。
【図３４ａ】図３３ａマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｂ】図３３ｂマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｃ】図３３ｃマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｄ】図３３ｄマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｅ】図３３ｅマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｆ】図３３ｆマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｇ】図３３ｇマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｈ】図３３ｈマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｉ】図３３ｉマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｊ】図３３ｊマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｋ】図３３ｋマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｌ】図３３ｌマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３４ｍ】図３３ｍマイクロ粒子に対応する断面図である。
【図３５】本発明の方法を使用して作成することができる代表的なマイクロ粒子を示す図である。
【図３６】ダイからリリースする直前の、実際のコード化されたマイクロ粒子の４つの顕微鏡画像を示す図である。
【図３７】ウェハ上の全てのダイに対して異なるコードを生成するため、ステッパ・ソフトウェアに入力されるデータ例のチャートを示す図である。
【図３８】ダイ当たりの数を増加させたコードを生成するための代表的なスキームを示す図である。
【図３９】図３９ａは、本発明された非二進コード体系にしたがって形成されるコード化されたマイクロ粒子のグラフであり、図３９ｂ、３９ｃは、ギャップの数及び位置が異なるランダム・コードを示す図である。
【図４０】マイクロ粒子の大きなプロトタイプ・セットの様々な形態の写真４枚を合成した写真である。
【図４１】代表的なバイオアッセイ・プロセスのフローチャートである。
【図４２】全てのウェハを、バイオアッセイを行うために試料と反応できる状態の粒子・プローブ複合体の混合物とするための、プロセスの代表例を示す図である。
【図４３】反射画像及び蛍光画像を同時に取得するため２つのＣＣＤカメラを利用する、コード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系を示す図である。
【図４４】多数のコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す図である。
【図４５】多数のコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す図である。
【図４６】本発明の同じ一組のマイクロ粒子に対する一対の反射画像及び蛍光画像を示す図である。
【図４７】時間系列におけるコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す図である。
【図４８】２プレックスＤＮＡハイブリダイゼーション・アッセイから得た実際のアッセイ・データを示す図である。
【図４９】ａは、本発明のマイクロ粒子を使用することができる代表的なアッセイを示す図であり、ｂは、本発明のマイクロ粒子を使用することができる別の代表的なアッセイを示す図である。
【図５０】本発明のマイクロ粒子を使用することができる別の代表的なアッセイを示す図である。
【図５１】粒子の画像を含むが、本発明の実際の実験結果ではない概略図である。
【図５２】コード要素のパターニング工程及びエッチング工程の例のフローチャートである。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
コードを有するコード化されたマイクロ粒子が提供され、及び、区別可能なコードを備えた一組のコード化されたマイクロ粒子が提供される。その際、コードは予め定められたコード体系に適合している。好ましくは、以下の例におけるマイクロ粒子は１ｍｍ3以下の体積を有する。本発明のマイクロ粒子により、迅速かつ正確であり、複雑さが軽減されたコードの検出が可能になる。マイクロ粒子上にコードを設ける方法、マイクロ粒子を製造する方法、マイクロ粒子を検出する方法とシステム、マイクロ粒子を使用するための方法とシステムも開示される。
【００１０】
本発明は、以下に特定の例を参照して考察される。当業者であれば、以下の考察が例証を目的とするものであり、限定として解釈されるべきではないことを理解するであろう。むしろ、本発明の趣旨から逸脱することなく、他の変形例も適用可能である。
【００１１】
一例として、図１Ａは、本発明のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。マイクロ粒子１００は、図面に示されるように、デカルト座標のＹ方向に沿って延長された直方体構造である。マイクロ粒子の長さに垂直な断面は、この例では正方形である、ほぼ同じ位相幾何学的形状を有する。
【００１２】
この特定の例におけるマイクロ粒子は、一組のセグメント（例えば、セグメント１０２）とセグメントの間に挟まれたギャップ（例えば、ギャップ１０４）を有する。具体的には、長さ（マイクロ粒子の長さに沿った、例えばＹ方向に沿った寸法）が異なるセグメントは、異なるコード化要素を表すが、ギャップは、好ましくは、マイクロ粒子の検出中にセグメントを区別するため、同じ長さを有する。この例におけるマイクロ粒子のセグメントは、マイクロ粒子内に、例えば本体１０６内に完全に封入される。代替の特徴として、セグメントは、セグメントの幾何学的中心が、細長いマイクロ粒子の幾何学的中心軸と整列するように配列することができる。セグメントとギャップの特定の列はコードを表す。コードは予め定められたコード体系から得られる。
【００１３】
マイクロ粒子のセグメントは任意の適切な懈怠が可能である。本発明の一例では、マイクロ粒子の各セグメントは、マイクロ粒子の長さに垂直に（すなわち、図１Ａのデカルト座標のＹ方向に沿って）取った、ほぼ正方形の断面（すなわち、図１Ａに示されるようなデカルト座標のＸ−Ｚ面における断面）を有する。セグメントは、ほぼ正方形の断面を有するように製造されても、されなくてもよい。長方形、円形、楕円形、ソウ歯状、曲線状など、他の形状も適用可能である。特に、コード要素、すなわちセグメントとギャップは、他の任意の適切な所望の形状を取ることもできる。例えば、セグメント（及び／又はギャップ）はそれぞれ、長方形の断面（例えば、長方形のアスペクト比が２：１以上、例えば４：１以上、１０：１以上、２０：１以上、さらには１００：１以上などであるが、好ましくは５００：１未満である）を有してもよい。
【００１４】
図１Ａのマイクロ粒子の例は、６つの主面を、すなわち、面（Ｘ＝±ｘ0、Ｙ、Ｚ）、面（Ｘ、Ｙ、Ｚ＝±ｚ0）、面（Ｘ、Ｙ＝±ｙ0、Ｚ）を有し、ここで、ｘ0、ｙ0、ｚ0はそれぞれ、マイクロ粒子の幅、長さ、高さである。本発明によれば、上記の６つのうち少なくとも２つの面Ｘ＝±ｘ0（又は面Ｚ＝±ｚ0）、より好ましくは、上記６つのうち少なくとも４つの主面Ｘ＝±ｘ0、面Ｚ＝±ｚ0は、各面がへこみを有するか否かに関わらずほぼ連続している。この構成により、マイクロ粒子は、光学イメージング装置などの検出器に対してほぼ同じ幾何学的外観と特有性を示す。実際には、主面はほぼ平坦にすることができる。例えば、製造中に粗さ又は変化するプロファイルが生じたとしても、オーバー堆積やエッチング・バック技術、又は化学的機械的研磨（ＣＭＰ）技術などの標準的な面加工技術、さらには平滑な垂直側壁プロファイルを作成するため、パターニング工程を適切に制御するなどの標準的な面加工技術を使用して、依然としてほぼ平坦な主面を得ることができる。
【００１５】
コード要素、すなわちセグメントとギャップは、任意の所望の寸法を取ることができる。本発明の一例として、各コード化構造は、５μｍ（ミクロン）以下、例えば３ミクロン以下の、より好ましくは１ミクロン以下、例えば０．８又は０．５ミクロン以下の、特徴的な寸法を有する。特に、ギャップはほぼ同じ寸法に保たれるが、セグメントの寸法が変化する場合、各ギャップは、好ましくは、１．５ミクロン以下、例えば０．８又は０．５ミクロン以下の特徴的な寸法を有する。
【００１６】
一例として、線幅が０．１３の３０．５ｃｍ（１２インチ）のシリコン・ウェハ上にマイクロ粒子を形成する場合、ギャップ面積が０．１３μｍの最小幅を有し、透明度がより低いセグメントが（粒子の所望の長さ並びに、所望のコード化体系及びコードスペースに応じて）０．１３μｍからそれよりもはるかに大きな値までの幅を有するようにすることができる。使用されるウェハの製造に応じて、０．１３〜１．８５μｍ（例えば、０．２５〜０．８５μｍ）の最小ギャップ幅と最小セグメント幅が可能である。当然ながら、より大きな最小ギャップ長さとセグメント長さ（例えば、１．８５〜５．０μｍ以上）も可能である。当然ながら、他のサイズのウェハ（１０．２ｃｍ（４インチ）、１５．２ｃｍ（６インチ）、２０．３ｃｍ（８インチ）など）、シリコン以外（例えば、ガラス）のウェハ、さらにはシリコン以外の他の基板（例えば、大型のガラス・パネル）を使用することができる。
【００１７】
マイクロ粒子は、Ｘ方向、Ｙ方向、及び／又はＺ方向に同じ長さを有してもよいが、好ましくは、コード化されたマイクロ粒子は、２：１〜５０：１、例えば４：１〜２０：１の長さと幅の比を有する。本発明の一例では、マイクロ粒子の長さ（例えば、Ｙ方向に沿った寸法）は、７０ミクロン以下、５０ミクロン以下、３０ミクロン以下、例えば２０ミクロン以下、１６ミクロン以下、さらには１０ミクロン以下である。マイクロ粒子の幅（例えば、Ｘ方向に沿った寸法）と、高さ（Ｚ方向に沿った寸法）は、１５ミクロン以下、１０ミクロン以下、８ミクロン以下、４ミクロン以下、さらには１ミクロン以下、例えば０．１３ミクロンであってもよい。０．５〜２ミクロン程度の小さな幅も可能である。図１Ａに示し、かつ上述した形状以外に、マイクロ粒子は、ロッド、バー、ディスク、又は他の任意の所望の形状を取ってもよい。
【００１８】
マイクロ粒子のコード化構造とギャップは、コード化構造とギャップが共に検出可能なコードを表す限り、任意の適切な形態を取ることができる。上述したように、マイクロ粒子の断面は、粒子の長さに垂直に取ったとき、正方形、長方形、円形、楕円形、あるいは、ソウ歯状若しくは曲線状又は他のプロファイルなどの任意の所望の形状である。断面が長方形のとき、長方形は、好ましくは、２：１以上、例えば４：１以上、１０：１以上、２０：１以上、さらには１００：１以上であるが、好ましくは５００：１未満であるアスペクト比（長さと幅又は高さの比）を有する。幅と高さの比は、１：１程度（正方形の断面）であるか、あるいは、１：４〜１：１の比、好ましくは、粒子が細長い側面のどこに存在するかに関わらず、マイクロ粒子のコードを検出することができるように、粒子が、粒子の幅又は高さを規定するいずれかの側面の上に存在することができる比を有することができる。
【００１９】
コード化構造とギャップによって表されるコードの、迅速で、コスト効率が良く、信頼性が高く、かつ容易な検出を促進するため、各コード化構造は、検出手段に対して可能な限り全方向的であることが好ましい。すなわち、各コード化構造は、少なくとも二方向から、より好ましくはマイクロ粒子の長さに垂直な四方向（又は、断面が四辺形でない場合、全方向）から観察されたとき、ほぼ同じ幾何学的外観又は検出可能な特性を示す。したがって、コード化構造は、好ましくは、マイクロ粒子の長さに沿って、２回転対称性又は４回転対称性などの回転対称性を有する。
【００２０】
本発明のマイクロ粒子は、粒子の形状又は長さ、及び所望のコードスペースに応じて、任意の適切な数のコード化構造を有することができる。具体的には、マイクロ粒子のコード化構造の総数は、１〜２０個、より一般的には３〜１５個、より一般的には３〜８個である。
【００２１】
所望のコードは、多数のやり方でマイクロ粒子に組み込むか、又はマイクロ粒子によって表すことができる。一例として、予め定められたコード体系のコード化要素は、セグメント（１つ又は複数）によって表すことができ、例えば、長さが異なるセグメントはコード体系の異なるコード化要素を表す。異なる（又は同じ）長さを有し、ギャップが間に挟まれたセグメントの異なる空間的配列は、異なるコードを表す。このコードの組み込み方法では、間に挟まれるギャップは、好ましくは、特にセグメントが整列する方向の長さについて、ほぼ同じ寸法を有する。別の例として、コードは、長さが変化するギャップを配列することによってマイクロ粒子に組み込まれ、セグメントはほぼ同じ寸法を有し、隣接したギャップ間に配置される。別の例では、セグメントとギャップは両方とも、コードを表すため、その寸法が変化する。実際に、コードは、セグメント、ギャップ、及びそれらの組み合わせを使用して、他の多くの代替的方法で表すこともできる。
【００２２】
予め定められたコード体系から得られるコードを表すため、セグメントとギャップは、細長いマイクロ粒子の長さ（Ｙ方向）に沿って配列される（ただし、二次元、又はさらには三次元の配列も可能である）。具体的には、セグメントとギャップは長さに沿って交互に整列され、各セグメントは隣接したギャップによって分離され（恐らくは、完全に分離され隔離される）、各ギャップは隣接したセグメントによって分離される（恐らくは、完全に分離され隔離される）。このことは、以下に考察される図１Ｂの断面図により良好に示されている。
【００２３】
本発明の一例では、任意の適切な数のセグメントを使用することができ、例えば、透明度がより低い材料（セグメント間に挟まれたギャップに比べて）の、２〜２０個、より一般的には３〜１５個のセグメント（より一般的には３〜８個のセグメント）が、コード化されたマイクロ粒子内に設けられる。コードを形成するため、透明度がより低い材料のセグメントの長さを変えることが可能である。あるいは、透明度がより低い材料のセグメントはそれぞれ、ほぼ同じ長さを有するが、透明度がより高い材料の中間セグメントは変化する長さを有することができる。当然ながら、コードを表すため、透明度がより高い材料のセグメントと透明度がより低い材料の中間セグメントが両方ともその長さが変化しても良い。
【００２４】
図１Ｂを参照すると、断面は、図１Ａの粒子のＹ−Ｚ面で（又は同等にＸ−Ｙ面で）で取られている。セグメント（例えば、セグメント１０２）とギャップ（例えば、ギャップ１０４）は、マイクロ粒子の長さに沿って交互になっている。
【００２５】
マイクロ粒子に組み込まれたコードを検出できるようにするため、各マイクロ粒子内のセグメントとギャップは、光学特性、電気特性、磁性特性、流体力学特性、又は、所望の検出方法に適合した他の所望の特性が異なる材料から成ることができる。一例では、セグメントとギャップは、可視スペクトル内の透過光及び／又は反射光のもとで、直接空間的に区別することができる。例えば、コード検出が光学イメージングに依存するとき、区別可能な特性（セグメント対ギャップ）は、画像化に使用される特定の光（任意の所望の電磁放射、例えば、可視光と近可視光、ＩＲ、紫外光など）に対する透過率の差である。セグメントは、間に挟まれる間隔材料よりも光吸収性（又は光反射性）にする（あるいは、その逆にする）ことができる。コード検出が電気特性の測定に依存するとき、特性は、抵抗とコンダクタンスである。コード検出が磁気による方法を伴うとき、特性は、インダクタンスと電気インダクタンスである。コード検出が流動力学的方法を伴うとき、特性は、コード検出に使用される特定の流体に対する粘性である。どの特定の特性に依存するかに関わらず、セグメントとギャップは、対応するコード検出方法を使用して差異を検出することができるように、特定の特性において十分な差異を示すことが好ましい。特に、光学イメージングを用いてコードが検出されるとき、セグメントとギャップは、マイクロ粒子の画像化に使用される特定の光に対して、異なる透過率（光透過モードの場合）又は反射率（光反射モードの場合）を示す材料から成る。例えば、透明度がより低い材料のマイクロ粒子のセグメントは、その上に入射する可視光又は近可視光の３０％以上、好ましくは５０％以上、又は例えば８０％以上を阻止かつ／又は反射することができる。
【００２６】
物体による電磁放射の透過率は物体の厚さに応じて変わるという事実を鑑みて、検出光の３０％以上、好ましくは５０％以上、又は例えば８０％以上（あるいは、さらには９０％以上）を阻止かつ／又は反射することができるセグメントが好ましいが、コード化構造の間のギャップは、検出光の５０％以上、７０％以上、８０％以上、又はさらには９０％以上を透過することができる材料から、かつそのような寸法で得られる。あるいは、セグメントとギャップは、透過率の差異の比がコードγを検出するのに十分であるように、例えば、５％以上、１０％以上、２０％以上、５０％以上、７０％以上であるように、異なる材料から成る。透過率は、通過した光と入射光の光度の比として決められる。
【００２７】
微細構造は、有機材料及び／又は無機材料、あるいは有機・無機材料の混合物で作成することができる。具体的には、ギャップ（好ましくは、可視光又は近可視光に対する透過性がより高い）とセグメント（好ましくは、ギャップに比べて、可視光又は近可視光に対する透過性がより低い）はそれぞれ、有機材料又は無機材料、あるいは混合有機・無機材料から成ることができる。セグメントは、金属（例えば、アルミニウム）、前周期遷移金属（例えば、タングステン、クロム、チタン、タンタル、又はモリブデン）、又はメタロイド（例えば、シリコン又はゲルマニウム）、あるいはそれらの組み合わせ（又は、窒化物、酸化物、及び／若しくは炭化物）から成ることができる。特に、セグメントは、メタロイド若しくは前周期遷移金属の酸化物、メタロイド若しくは前周期遷移金属の窒化物、又はメタロイド若しくは前周期遷移金属の炭化物を含む化合物など、セラミック化合物から成ることができる。前周期遷移金属は、周期表の３ｂ族（Ｓｃ、Ｙ、Ｌｕ、Ｌｒ）、４ｂ族（Ｔｉ、Ｚｒ、Ｈｆ、Ｒｆ）、５ｂ族（Ｖ、Ｎｂ、Ｔａ、Ｄｂ）、６ｂ族（Ｃｒ、Ｍｏ、Ｗ、Ｓｇ）及び７ｂ族（Ｍｎ、Ｔｃ、Ｒｅ、Ｂｈ）に基づくものである。しかし、４ｂ〜６ｂ族の前周期遷移金属、特に、タングステン、チタン、ジルコニウム、ハフニウム、ニオブ、タンタル、バナジウム、クロムが好ましい。
【００２８】
この例では透明度がより高いギャップは、セグメントよりも透明度が高い任意の適切な材料を含むことができる。混合材料が選択される場合、間隔材料は、特に、シロキサン材料又はシルセスキオキサン材料などである。間隔材料は、無機材料の場合、ガラス材料などである。ボロン又はリンのドープ剤／合金化剤を有するか、又は有さない、薄膜状に堆積された二酸化シリコンが適切な材料である。例えば、窒化シリコン、窒化酸化シリコン、酸化ゲルマニウム、窒化酸化ゲルマニウム、シリコン・ゲルマニウム窒化酸化物、又は様々な遷移金属酸化物など、他の無機ガラス材料も適切である。塗布ガラス（ＳＯＧ）を使用することもできる。有機材料がギャップ材料に使用される場合、プラスチック（例えば、ポリスチレン又はラテックス）を使用することができる。
【００２９】
セグメントとギャップは両方とも、ＣＶＤ（化学堆積法）、ＰＶＤ（物理堆積法）、塗布、ゾル・ゲルなどの任意の適切な方法によって堆積させることができる。ＣＶＤ堆積法が使用される場合、ＣＶＤは、ＬＰＣＶＤ（低圧化学堆積法）、ＰＥＣＶＤ（プラズマ促進化学堆積法）、ＡＰＣＶＤ（大気圧化学堆積法）、ＳＡＣＶＤ（減圧化学堆積法）などである。ＰＶＤ法が使用される場合、所望の最終材料に応じて、スパッタリング又は反応スパッタリングが可能である。塗布材料（ＳＯＧ又は混合有機・無機シロキサン材料。
【００３０】
より具体的な例として、セグメントは、ＣＶＤ（化学堆積法）によって堆積させた非晶質シリコンなどの、任意の適切なシリコン材料から成ることができる。ポリシリコン又は単結晶シリコンも、上述したような広範囲の他の材料と同様に適切である。必須ではないが、セグメントのために選択される材料は、堆積厚さが高度に制御され、面粗さが低く、パターニングとリリースの両方におけるエッチングが高度に制御され（例えば、パターニングにはドライ・プラズマ・エッチングを、リリースには湿式又は乾式化学エッチングを使用する）、かつＣＭＯＳプロセスの適合性が高いことが好ましい。ギャップ材料は、ＣＶＤ堆積された二酸化シリコンでよい。二酸化シリコンは、リン又はボロンなどの、ドーピング／合金化材料を包含してもよい。セグメントとギャップに対して、透明度のより高い材料とより低い材料の組み合わせを選択する際、温度が考慮に入れられてもよい。
【００３１】
図２は、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。粒子１９は長方形の断面を有し、ほぼ平坦な形状である。例えば、マイクロ粒子の高さと幅の比は、任意の所望の比であり、例えば、１：１．２〜１：４以上などであることができる。
【００３２】
図３ａは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。図３ａを参照すると、マイクロ粒子１１６は第１の材料１１８と第２の材料１２０から成る。２つの材料は、化学的に異なるか、あるいは、同じ化学組成であり、ただしグレイン構造又は厚さなどの他の観点においては異なる。２つの材料は、所望の検出スキームを用いて区別することができる。この例では、材料はそれぞれ、好ましくは、粒子の断面を完全に横断する。この構造を作成する一例のプロセスは、本明細書で以下に開示するパターニングとエッチング方法の変形例、及び／又は高エネルギー・イオン注入法など、ＩＣ／ＭＥＭＳ（集積回路／微小電子機械システム）分野からのものを包含する、上述したような製造方法を伴う。
【００３３】
図３ｂは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。図３ｂを参照すると、マイクロ粒子は、第３の材料４４に取り囲まれた、２つの異なる材料４０、４２の交互になったセグメントから成り、それにより、交互になったセグメントのパターンが検出可能なコードを形成する。他の例のマイクロ粒子は、粒子の内部に２つを超える異なる材料を含有してもよい。粒子は、任意の適切な断面形状を有してもよく、図示される例では細長いものである。
【００３４】
上述の例では、マイクロ粒子は、区別可能な光学特性など、選択された区別可能な特性の材料から成る。上述の例では、一方の材料は他方の材料よりも大きな透明度又は光透過率を有し、その差異は拡大することによって検出可能である。上述の特定の例は、一方の材料が光吸収性材料であり、他方の材料が、可視スペクトルにおいてより大きな光透過性を有する半透明又は透明材料である（あるいは、例えば、ＵＶ、ＩＲなどの別のスペクトルでは、異なる検出システムが使用されるべきである）。別の例では、一方の材料は光反射性材料であり、他方の材料は、光吸収性又は光透過性のどちらかである。一方の材料の不透明度がより高く、他方の材料の不透明度がより低い場合の、あるいは一方の材料の反射性がより高く、他方の材料の反射性がより低い場合の検出可能な差異は、この例の範囲内である。上述したように、不透明材料と透明材料の交互になった部分は、他の材料の中でも特に、シリコンとガラスで作成することができる。ほぼ全ての材料の透過率（及び反射率）が材料の厚さに依存するという事実に鑑みて、マイクロ粒子は、コード化構造（すなわち、コードのコード化要素を表す構造）が単一の材料から得られるようにして形成されてもよい。図４ａ、図４ｂは、そのコード化構造がシリコンなどの単一の材料から得られる、代表的なマイクロ粒子を概略的に示す。
【００３５】
図４ａを参照すると、代表的なマイクロ粒子の断面図が示されている。マイクロ粒子２０６は、一組のコード化構造（例えば２１０、２１２、２０８、２１４）を含み、それらの組み合わせは、コード体系から得られるコードを表す。コードを組み込むため、コード化構造は幅などの異なるプロファイルを有し、異なる幅を備えた異なる構造が特定の位置に位置付けられる。コード化構造を決め、かつ後でコード検出を行うため、透過率しきい値厚さ（それ以下になると、材料が可視光と近可視光などの特定の光に対して可視であるようなしきい値）未満の厚さを備えた一組のギャップ（例えば、ギャップ２１２、２１４）。図１ａに示される例とは異なり、コード化構造は完全には分離又は隔離されていない。マイクロ粒子に組み込まれたコードは、例えば、コード化構造間の隣接したギャップ（例えば、２１２、２１４）よりも透過率が低い、コード化構造（例えば、２１０、２０８）の異なる透過率に基づいて、読み取ることができる。
【００３６】
生体分子試料がマイクロ粒子の面に付着されることになる、マイクロ粒子の利用、特に生物学／生化学／生物医学／生物工学における利用を促進するため、固定化層が微細構造の面を被覆するのが望ましいことがある。
【００３７】
図４ｂは、図４ａのマイクロ粒子の透過モード画像を概略的に示す。図４ｂを参照すると、暗い領域２１０、２０８はそれぞれ、図４ａのコード化構造２１０、２０８に対応する。白い領域２１２、２１４はそれぞれ、図４ａのコード化構造２１２、２１４に対応する。光透過率のより高い部分とより低い部分とに使用される材料が同じ場合であっても、依然として、透過率プロファイルによって検出可能なコードが可能になる。図４のようなマイクロ粒子は、別の材料（例えば、二酸化シリコン）の最下層を備え、所望に応じて別の材料（例えば、二酸化シリコン）の第２の層で被覆させる。そのようなマイクロ粒子は、図１ａの構造とほぼ同じ直方体形状を有するように、材料（例えば、二酸化シリコン）で完全に包むこともできる。図４ｃは、本発明の別の例のコード化されたマイクロ粒子を概略的に示す。図４ｃを参照すると、マイクロ粒子は、より狭い領域によって接続されたより大きな領域を含む。マイクロ粒子は、コードが検出可能であるように、材料によって取り囲まれる。
【００３８】
図４ａ、図４ｃのマイクロ粒子は、多くの方法で製造することができ、その１つが、図４ｄの代表的な製造中のマイクロ粒子の断面図に概略的に示される。図４ｄを参照すると、特定の光（例えば、可視光又は近可視光）に対して透過性の材料（例えば、ガラス、石英、又は他の適切な材料）から成る基板２１６が用いられる。分離層２１７が基板２１６上に堆積される。分離層は、エッチング又は他の適切な方法によって、後でマイクロ粒子をガラス基板から切離すために設けられる。エッチングは、湿式、乾式、又はプラズマ・エッチングで、したがって、分離層は、本明細書において上述したような、選択されたエッチング方法を用いてエッチング可能な材料から成ることが望ましい。粒子構造の上述の実施形態に関して記載したように、粒子が基板上に直接形成され、続いて基板にバルク・エッチングを施すことによってリリースされるように、分離層は省略されてもよい。
【００３９】
コード化構造層は、構造２１８、２２２、２２０などのコード化構造を形成するように、堆積されパターニングされる。コード化構造を形成した後、形成されたコード化構造上に包囲層２２４が堆積される。包囲層は、アッセイの際に標的試料に対して露出されるので、層２２４は、マイクロ粒子がその中に分配されるべきアッセイ溶液中の化学成分に対する耐性を持つ材料から成ることが望ましい。さらに、核酸（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡ）、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、配位子、又は層の面上の分子などのプローブ分子を保持するため、層２２４はプローブ分子を不動化できることが望ましい。
【００４０】
以下の代表的な製造プロセスは、セグメントとギャップを備えたマイクロ粒子を参照して考察されるが、以下の方法は、他の多くのタイプのコード要素に適用可能であることに留意されたい。
【００４１】
本発明の微細構造は、ＭＥＭＳ製造方法などの微細加工の広範な分野内にある方法を用いて製造することができる。ＭＥＭＳは、多種多様な用途向けのマイクロスケール構造を形成するため、半導体産業の技術を使用する。ＭＥＭＳ技術は、全ての状況においてではないものの、一般的には、薄膜の堆積、乾式及び／又は湿式方法を用いたエッチングと、パターン形成のためのリソグラフィを含む。ＭＥＭＳは半導体産業から派生したものなので、コスト効率が良く、大量の、かつ精密な生産のための、莫大な世界規模の製造基盤が整っている。一般的に言えば、ＭＥＭＳプロセス全体が既存の集積回路プロセスに類似しているほど、例えばＣＭＯＳに適合しているほど、この基盤がより使用しやすい。
【００４２】
本発明の微細構造は、集積回路（例えば、相互接続）又はＭＥＭＳに使用される製造方法など、多くの方法で製造することができる。以下では、マイクロ粒子を作成するためのＭＥＭＳ製造と適合性がある代表的な製造方法が、図５及び図６ａ〜図６ｍを参照して考察されるが、その際、マイクロ粒子は、非晶質シリコンから成る不透明なセグメントと、二酸化シリコンから成る可視光透過性のギャップとを含む。以下の製造の考察は、単に実証のためのものに過ぎず、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではないことが、当業者には理解されるであろう。実際に、本発明の趣旨から逸脱することなく、多くの製造方法を使用することができる。
【００４３】
図５を参照すると、工程１２２でシリコン基板が用意される。（本明細書においてさらに後述されるように）ガラス・ウェハ又はガラス・パネルなどの他の基板を使用することもできる。シリコン基板と仮定すると、工程１２４で基板上に二酸化シリコン層を堆積する。堆積は、上述したように、ＣＶＤ、ＰＶＤ、塗布など、多くの適切な薄膜堆積技術を用いて行うことができる。次に、工程１２６で非晶質シリコン層がＳｉＯ2層上に堆積され、続いて、工程１２８でハード・マスク酸化物層が堆積される。必須ではないが、ハード・マスクを使用することによって、特に非晶質シリコン層が比較的厚い（例えば、１μｍ以上の厚さ）とき、トポロジーによって引き起こされるフォトレジスト・コーティングの問題が軽減される。次に、工程１３０でハード・マスク酸化物層がパターニングされる。パターニングされたハード・マスク層を用いて、工程１３２で、所望のパターンを形成するように、プラズマ・エッチングによって非晶質シリコン層にエッチングが施される。次に、工程１３４でＳｉＯ2の最上層がパターニングされたシリコン層上に堆積され、続いて、工程１３６で二酸化シリコン層がパターニングされて、個別の（ただしまだリリースされていない）マイクロ粒子が形成される。次に、シリコン基板をエッチングし、マイクロ粒子を個々の粒子として分離させる無指向性シリコン・エッチングによって、工程１４０でマイクロ粒子がシリコン基板からリリースされる。上述したような図５のフローチャートは、異なる工程におけるマイクロ粒子の断面図と平面図においてより良好に示される。断面図及び平面図は図６ａ〜図６ｍに概略的に示される。
【００４４】
図６ａを参照すると、ＳｉＯ2層１４６、シリコン層１４８、ハード・マスク層１５０が、シリコン基板１４２上に順次堆積される。次に、ハード・マスク層１５０は、図６ｂに示されるように、セグメント片（例えば、１５２及び１５６）とギャップ片（例えば、１５４、１５８）を形成するようにパターニングされる。ハード・マスク層をパターニングすることによって形成されたセグメント片とギャップ片は、標的のマイクロ粒子のセグメントとギャップに対応する。セグメント片とギャップ片は、図６ｃのマイクロ粒子の平面図により良好に示される。図６ｃを参照すると、セグメント片（例えば、１５２、１５６）とギャップ片（例えば、１５４及び１５８）は、層１４８が上面から見えるように形成される。
【００４５】
層のパターニングは多くの方法で行うことができ、その１つは、半導体集積回路やＭＥＭＳデバイスの標準的な製造に広く使用されるフォトリソグラフィである。ＭＥＭＳ産業に使用されるフォトリソグラフィの最も一般的な形態は、接触フォトリソグラフィである。レチクル（マスクとして知られる）は、一般的に、ガラス・プレート上の二進クロム・パターンから成る。レチクルは、フォトレジストで覆われたウェハ（又は他の基板）に非常に近接して、又はそれと接触して置かれる。ＵＶ光がマスクを通して照射されて、フォトレジストを露光する。次に、ウェハが現像されて、露光領域内のフォトレジストが除去される（ポジティブ型のフォトレジストの場合）。結果として、レチクル上のパターンがフォトレジストに転写され、それが後に続くエッチング工程のマスクの役割を果たす。
【００４６】
投影フォトリソグラフィは、最新の集積回路製造にのみ使用される別のタイプのフォトリソグラフィである。マスクを物理的に接触させる代わりに、投影フォトリソグラフィは、ウェハ上にマスク・パターンの焦点を合わせるためのレンズ系を使用する。このシステムの主要な利点は、投影光学系によってマスク・パターンを収縮できることである。代表的なシステムは５倍の縮小係数を有する。一般に、投影を用いて、接触リソグラフィに比べてはるかに小さな形体サイズを印刷することができる。投影フォトリソグラフィ・システムは、ステップ・アンド・リピート・システム（又は、略してステッパ）としても知られている。マスク上の最大のパターン又はフィールドのサイズは、ウェハ直径よりも大幅に小さい。マスク・パターンは、ウェハ上で繰り返し露光（「順送り」）されて、「ダイ」のアレイを形成する。順送りの距離は、ウェハ・ステージが露光の間にＸ方向とＹ方向に移動する距離であり、通常はダイのサイズに等しい。この代表的なスキームにより、同一のダイの重なり合わないアレイが作成されて、その後に、ウェハ上のダイを並列処理することが可能になる。
【００４７】
ハード・マスク層（１５０）は、図６ｄ及び図６ｅに示されるような離散的な区域を形成するため、さらにパターニングされる。図６ｄに示されるように、ハード・マスク層１５０は、離散的なハード・マスク区域（例えば、図６ｅの区域１６０、１６２、１６４、１６６）を形成するように、Ｘ方向とＹ方向にパターニングされる。次に、これらの離散的なハード・マスク区域は、下の層に離散的なシリコン区域を形成するために使用される。
【００４８】
上述の例では、ハード・マスク層のパターニングは２つの個別のリソグラフィ工程で行われる。代替例では、レチクルはパターンを含んでもよいので、ハード・マスクのパターニングは単一のリソグラフィ工程を用いて実施することができる。さらなる代替例として、ハード・マスクは省略することができ、二工程又は単一工程どちらかのリソグラフィ・プロセスが使用される。
【００４９】
ハード・マスク最上層をパターニングした後、透明度がより高い材料の区域（例えば、図６ｆに示されるようなギャップ区域１７０、１７４）を間に有して、シリコン・セグメント１６８、１７２などの対応する離散的なシリコン区域を基板上に形成するように、シリコン層１４８にエッチングが施される。図６ｆに示されるマイクロ粒子の平面図が、図６ｇに概略的に示される。図６ｇに見られるように、ここで、上から見たときに透過層１４６が露出しており、セグメント１６０、１６２、１６４、１６６が透過層１４６上に形成されている。製造プロセスのこの時点における構造のＳＥＭ画像が図９ａ、図９ｂに示される。構造は、非常に高い精度、例えば垂直な側壁と明確な角を有する。当然ながら、より丸みを帯びた構造もこれらの方法の範囲内にある。
【００５０】
シリコン層１４８をパターニングした後、次に、図６ｈに示されるように透過層１６８が堆積される。光透過性がより高い層１６８は、光透過性がより高い層１４６と同じ材料から成っていてもいなくてもよい。図６ｈのマイクロ粒子の平面図が図６ｉに概略的に示される。基板上の粒子の斜視図が図８に示される。
【００５１】
次に、マイクロ粒子は互いから分離されるが、図６ｊに示されるように、下にある基板に付着されたままである。図６ｋは、図６ｊのマイクロ粒子の平面図を概略的に示し、図中、各マイクロ粒子は隣接したマイクロ粒子からは分離されているが、光透過層（すなわち、図６ｈの層１６８）によって取り囲まれている。最後に、図６ｌの断面図に示されるように、分離されたマイクロ粒子はシリコン基板１４２から切り離される。シリコン基板から切り離されたマイクロ粒子の平面図が図６ｍに示される。下にある基板からのマイクロ粒子の切り離し（「リリース」工程）は、任意の適切なエッチング剤を用いて、好ましくは、全方向でエッチングを施し、マイクロ粒子をアンダーカットするのに適合したガス又は液体を用いて行うことができる。基板自体をエッチングする代わりに、追加の犠牲層を基板上に設けることができる。エッチングは、湿式、乾式、又はプラズマ・エッチングなどであり、したがって、分離層は、選択されたエッチング方法を用いてエッチングを施すことが可能な材料から成ることが望ましい。特に、エッチング剤は、ハロゲン間化合物（例えば、ＢｒＦ3又はＢｒＣｌ3）、希ガスハロゲン化物（例えば、ＸｅＦ2）、又はＨＦなどの酸性蒸気など、自発性気相化学エッチング剤である。ＴＭＡＨ、ＫＯＨ（又は、ＮａＯＨ、ＣｅＯＨ、ＲｂＯＨ、ＮＨ4ＯＨなどの他の水酸化物）、ＥＤＰ（エチレン・ジアミン・ピロカテコール）、アミン没食子酸塩、ＨＮＡ（フッ化水素酸＋硝酸＋酢酸）が作用しないようにしてガラスをエッチングする−ＨＦ、又は他の任意の適切なシリコン・エッチング剤（リリースの際に除去すべき基板又は層がシリコン（非晶質シリコン若しくはポリシリコン若しくは単結晶シリコン）、又はタングステン、窒化タングステン、モリブデン、チタン、あるいはＸｅＦ2などのシリコン・エッチング剤中で除去できる他の材料のとき）などの液体を使用して、マイクロ粒子をリリースすることもできる。除去されるべき材料がシリコンではない場合、エッチング剤は、当然ながら、犠牲材料に適合される（例えば、フォトレジスト又はポリイミド犠牲層などのための酸素プラズマ分離）。
【００５２】
へこみは、特定の製造方法の結果として生じるものであり、最終製品内に残すことができ、あるいは、例えば、平面化、例えば化学的機械的研磨（ＣＭＰ）技術によって除去することができる。実際に、へこみは、状況によっては、コード検出及び／又は蛍光方法を使用した蛍光の定量化に有用な場合があり、これは、蛍光標識した材料のマイクロバーコードの面への結合（マイクロバーコードの単位長さ当たり）がへこみの区域ではより大きく（いわゆるへこみによる信号増強）、蛍光性がへこみの区域においてより大きくなると共に、コードを決定するのに使用できる（本明細書にて後述される他の透過技術又は反射技術を用いるか用いないかに関わらず）ためである。同じへこみによる信号増強を、蛍光以外のレポーター・システム、例えば放射性レポーターなどで適用できる。
【００５３】
上述の例では基板としてシリコン・ウェハに言及したが、ガラス・ウェハ又は大型の板ガラス若しくはガラス・パネル（例えば、フラット・パネル・ディスプレイ産業に使用されるもの）などのガラス基板を使用することができる。ガラス（又はシリコン）ウェハは、任意の適切なサイズ、例えば、１０．２ｃｍ（４インチ）、１５．２ｃｍ（６インチ）、２０．３ｃｍ（８インチ）、又は３０．５ｃｍ（１２インチ）のものなどである。ガラス・ウェハが使用されるとき、一般的には、追加の犠牲層が最初に堆積される（リリース工程の間に後で除去するため）。犠牲層は、本明細書において上述したように、シリコン、前周期遷移金属（チタン、クロム、タングステン、モリブデンなど）、又はフォトレジストなどのポリマーなどの、半導体材料などである。
【００５４】
（ＳＥＭ）
図１ａのセグメント（例えば、セグメント１０２）の走査型電子顕微鏡（ＳＥＭ）画像が図９ｃに示される。図面に見られるように、セグメントの断面はほぼ正方形である。セグメントの頂部は１．０ミクロンの幅を有し、セグメントの底部の幅は１．２ミクロンである。セグメントの高さは約１ミクロンである。当然ながら、より大きな寸法又はより小さな寸法が可能である。
【００５５】
上述したような代表的な製造方法を用いて製造された多数のマイクロ粒子のＳＥＭ画像が図１０ａに示される。ＳＥＭ画像は、マイクロ粒子の透過性材料に取り囲まれた不透明なセグメント１７２を明確に示す。さらに、上述したへこみを明確に見ることができる。図１０ａのＳＥＭ画像における試料は、粒子の長軸に垂直にチップ分割し、次に、単に画像化のため、時間を設定してシリコンにエッチングを施して、内側のシリコンと外側の二酸化シリコンのコントラストを上げることによって、特性決定のために準備されたものである。
【００５６】
（リリース）
本発明のマイクロ粒子は、ウェハ・レベルで製造し、ウェハ・レベル又はダイ・レベルのどちらかでリリースすることができる。具体的には、一組のマイクロ粒子をそれぞれ含む複数のダイを、ウェハ上に形成することができる。各ダイ上のマイクロ粒子は同じであってもなくてもよく、すなわち、各ダイ上のマイクロ粒子は同じコードを有していてもいなくてもよい。マイクロ粒子を形成した後、ダイをウェハから分離することができ、その後、単一化されたダイ上のウェハ（１つ又は複数）を除去することができる。代表的なウェハ・レベルの製造方法が図１３ａ〜図１３ｃに示される。
【００５７】
図１３ａを参照すると、複数のダイがウェハ２３６上に形成される。この特定の例では、多数のマイクロ粒子が各ダイ上に形成される。各ダイ上の、３、２２１、又は９６７などの番号は、ダイのマイクロ粒子に組み込まれたコードを表す。マイクロ粒子は、図６ａ〜図６ｍを参照して上述したような方法を用いて形成することができる。マイクロ粒子を形成した後、ただしリリースする前に、ウェハを、好ましくはウェハ厚さの約半分の深さまで部分的に切断することができる。次に、ウェハは、例えば溶剤及び／又は強酸（硫黄、過酸化水素の組み合わせ）を用いて洗浄される。洗浄は、その後の機能化及び生体分子の付加のために新しいガラス面を準備するので、重要な工程である。洗浄は、ウェハが個々のダイに分離された後に、又は粒子がリリースされてから粒子に対して行うこともできる。
【００５８】
マイクロ粒子を形成した後、次に、ウェハは、図１３ｂに示されるようにダイに分割されるが、各ダイは、必須ではないが単一のコードを含むことが好ましい。次に、ダイは、図１３ｃに示されるように、リリースのため、試験管又はウェル・プレートのウェルなどの個別の容器に入れられる。ウェル・プレートは、一般的な９６ウェル・プレート（又は２４ウェル、３８４ウェルなど）、あるいは他の任意の適切な組の保持区域又はコンテナである。例えば、３、２２１、９６７などの数値で表されたコードを含むダイは、リリースのため、異なるチューブに入れられる。リリースによって、マイクロ粒子はウェハから切り離され、粒子は、湿式エッチングが使用されるとき、リリース液の状態の溶液に入れられる。マイクロ粒子は、重力により、時間が経つにしたがってチューブの底に沈む（又はチューブを遠心分離機にかけることができる）。いくつかの応用例では、１つ又は複数のコードを含む多数のダイを単一のコンテナ内へ放出することが望ましいことがある。
【００５９】
図１２ａはリリース前の粒子を示し、図１２ｂはリリース後の同じ粒子（すなわち、同じダイからの粒子）を示す。これらの画像は両方とも、非倒立型の検査顕微鏡上で１００倍の空気対物レンズ(air objective)を用いて得た光学顕微鏡画像である。図１２ｂでは、粒子はシリコンチップ上で乾燥されている。
【００６０】
リリース工程は、乾式エッチング、湿式エッチング、分離型プラズマ・エッチングなど、多くの方法で行うことができる。図１１ａに概略的に示される代表的な湿式バルク・エッチングでは、水酸化テトラメチル・アンモニウム（ＴＭＡＨ）がエッチング剤として使用される。ＴＭＡＨは、約７０〜８０℃の温度まで加熱することができる。ハロゲン間化合物（例えば、ＢｒＦ3及びＣｌＦ3）や希ガスハロゲン化物（例えば、ＸｅＦ2）、自発性蒸気相エッチングの場合のＨＦ、ガス相エッチングの場合の水酸化カリウム、ＫＯＨその他の適切なエッチング剤など、他の化学エッチング剤も使用することができ、等しく良好に作用する。コードを各コンテナ内に安全に保持し、マイクロ粒子が隣接したウェルに混入するのを避けるため、液体又はガスのどちらを使用してリリースが行われるかに関わらず、マイクロ粒子の最小寸法よりも小さな特徴的なアパーチャを有するスクリーン（又は孔を備えたフィルタ膜）を、各ウェル又はコンテナの上に置くことができる。エッチング、特にガス相エッチング又は乾式エッチングの間、メッシュを各チューブに取り付け、チューブ、ウェル、若しくはコンテナの一端の上に付けるか、又は多数のメッシュでチューブ、ウェル、若しくはコンテナの２つ以上の側面を覆うことができるので、ガス・エッチング剤やエッチング生成物がメッシュを通って自由に流れる一方、マイクロ粒子をメッシュによって遮断することができる。メッシュ又は他のフィルタは、マイクロ粒子を放出することなく、液体のリリースエッチング剤を同様に排出する助けとなる。リリースエッチング・プロセスの別の例が図１１ｂに示され、これは、上述したように、犠牲層の堆積又は形成を伴う。
【００６１】
遠心分離又は時間の経過によって粒子をペレッティングした後、液体（いわゆる上澄み）が除去され、粒子が水又は溶剤の中で数回洗浄される。「洗浄」は、上澄みを新しい液体と連続的に交換することを指し、通常は次の化学処理工程に関与する。マイクロ粒子を基板（又はウェハ）から切離した後、マイクロ粒子をチューブ内に残して、基板をエッチング剤から除去することができる。次に、リリースされたマイクロ粒子は使用のためにコンテナに移すことができる。
【００６２】
マイクロ粒子は、図１３ａ〜図１３ｃに示されるようにウェハ・レベルで製造することができる。図１３ａを参照すると、図２の工程１２２を参照して上述したような基板であるウェハ２３６は、ダイ１、３などの複数のダイを含む。本発明の一例では、ウェハは、１０以上、２４以上、３０以上、又は５０以上のダイを有する。各ダイは、本発明の多くのマイクロ粒子を含み、その数は、１００００個以上、２００００個以上、又は５００００個以上でもよい。同じダイの中のマイクロ粒子は好ましくは同じであり（ただし必須ではない）、異なるダイの中のマイクロ粒子は、異なるコードを表すように好ましくは異なる（やはり必須ではない）。異なるダイが異なるコードのマイクロ粒子を含む例では、図面に示されるように、ダイとダイの中のコードを区別するように、ダイには固有の識別番号が割り当てられることが好ましい。
【００６３】
図１４は、本発明の８個のコード化されたマイクロ粒子の反射モード倒立顕微鏡画像を示す。背景が黒いこのような白黒の顕微鏡画像は全て、倒立エピ蛍光顕微鏡において、ウェル・プレートのウェル内のリリースされた粒子を用いて得られる。粒子は、液体中のウェル内に分配され、重力によって底面に沈み、そこで下から画像化される。図１４の粒子はそれぞれ異なるコードを有する。透明度がより低い材料（例えば、可視スペクトル内において不透明な材料）のセグメント、この場合は非晶質シリコンは、光を反射し、画像ではより明るい領域である。周囲の透明材料、この場合は二酸化シリコンは、反射モード画像では見えない。粒子は、長さ１６μｍ、幅２μｍであり、断面がほぼ正方形である。画像は、８個の画像から選択したものの組み合わせであり、それぞれが各コードに対応する。照明光は４３６ｎｍであり、使用される対物レンズは倍率６０倍の油浸レンズである。
【００６４】
図１６は、図１４と同じ拡大率で得られた全視野の単一画像を示す。画像は多くの異なるコードの混合物である。全ての粒子は、高密度単分子層を形成し、すなわち、粒子の集合又は凝集はない。単分子層形成の特性は、本発明のマイクロ粒子の重要な利点の１つである。マイクロ粒子が重なり合うか、集合するか、又は凝集すると、マイクロ粒子は適切に識別されない。結果として、本明細書のように単分子層を容易に形成しないマイクロ粒子は、比較的低い密度（イメージング面上における単位面積当たりのマイクロ粒子の総数）で使用せざるを得ない。低密度イメージングは、単位時間当たりに測定される粒子の数に関して、それに相当する低いスループットと解釈される。この低いスループットは多くの応用例における制限となる。
【００６５】
マイクロ粒子が単分子層を形成する傾向は重要でないわけではない。単分子層の形成は、マイクロ粒子の面電荷状態（又はゼータ電位）、特定の溶液中でのマイクロ粒子の密度、マイクロ粒子が中に含有される流体、マイクロ粒子がその上に配置される面など、多くの要素を伴う。したがって、本発明のマイクロ粒子は、材料で構成され、静摩擦力をほぼ克服するのに十分な荷電状態を維持するのに有利な形態で構成され、したがって、マイクロ粒子はブラウン運動を行うことができ、それによって粒子の適度に稠密な単分子層を形成することが容易になる。
【００６６】
生物学用途では、マイクロ粒子は生化学プローブ分子を運ぶために使用されることが多い。そのようなプローブ分子を不動化するため、微細構造は、好ましくは、プローブ分子に付着するように化学的に修飾することができる、二酸化シリコン層などの面層を含む。本発明の一例によれば、マイクロ粒子は、例えば液体を含むウェルの底部に、マイクロ粒子が単分子層を形成することができるように構成され、単分子層は、１平方ミリメートル当たり５００個以上、好ましくは１，０００個以上、２，０００個以上、又は１平方ミリメートル当たり３，０００個以上の粒子を含む。代替例では、マイクロ粒子は、検出可能な粒子が画像面積（すなわち、画像視野）全体の３０％以上、５０％以上、又は７０％以上を占めるようにして、単分子層を形成することができる。自己構成単分子層形成のメカニズムの例に関して、本発明のマイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓを超えることが好ましい。マイクロ粒子の単分子層を収容するため、検出の際にマイクロ粒子を保持するコンテナは、好ましくはほぼ平坦な底部分を有する。
【００６７】
図１５は、本発明のコード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系の図を示す。光学系２５４は、バイオアッセイ用途のためを含む、マイクロ粒子コードを読み取るのに使用することができる。システムは、倒立エピ蛍光顕微鏡構成である。本発明のマイクロ粒子を検出するための他の代表的な光学顕微鏡システムとしては、共焦点顕微鏡システム、内部全反射蛍光（ＴＩＲＦ）などが挙げられるが、これらに限定されない。ウェル・プレート２５７は多くのウェルを含有し、その単一のウェル２５６が画像化される。ウェル・プレートは顕微鏡ステージ２５８上に置かれる。液体中のウェル２５６内に分配されているマイクロ粒子は、重力によって底面に沈む。光源２６８から来る光は、照明波長を選択する励起フィルタ２６６を通り抜ける。照明光はビーム・スプリッタ２６２で反射し、対物レンズ２６０を通って上に移動する。一般的には、ウェル２５６の底面積の一部分のみが画像化される。画像化された区域は「視野」又は「視野区域」と称される。反射光又は放射光（共に集合光として知られている）は、対物レンズの下に戻り、ビーム・スプリッタ２６２を通り抜ける。放射フィルタ２７０は収集波長を選択する。最後に、集合光は、ＣＣＤカメラなどの検出器２７２を用いて記録される。光学系のこの簡略化された形は完全なものであることを意味しない。実用上、実際の顕微鏡は、高スループット・イメージングのための自動ステージや自動焦点システムを含むのが好ましく、より多くの機構を有してもよい。励起フィルタと放射フィルタは、コンピュータ制御式のフィルタ・ホイールに取り付けることができ、反射画像と蛍光画像に対して自動的に変更される。コンピュータ制御式のシャッターは露光時間を制御する。
【００６８】
図４３は、２つのＣＣＤカメラを利用して反射画像と蛍光画像を同時に取得する、コード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系の図を示す。光学系はバイオアッセイにおける検出に使用される。システムは倒立エピ蛍光顕微鏡構成である。好ましい実施形態では、ウェル・プレート２０１は多くのウェルを含有し、その単一のウェル２０３が画像化される。ウェル・プレート２０１は顕微鏡ステージ２０９上に置かれる。流体中のウェル２０３内に分配されている粒子は、重力によって底面に沈む。光源２１５から来る光は、照明波長を選択する励起フィルタ２１９を通り抜ける。照明光はビーム・スプリッタ２１３で反射し、対物レンズ２１１を通って上方に移動する。一般的には、ウェル２０３の底面積の一部分のみが画像化される。画像化された区域は「視野」又は「視野区域」と称される。反射光又は放射光（共に集合光として知られている）は、対物レンズの下に戻り、第１のビーム・スプリッタ２１３を通り抜ける。次に、集合光は、第２のビーム・スプリッタ２１７を通り抜け、そこで反射パスと蛍光パスに分割される。放射フィルタ２２１は蛍光パス内に位置し、適切な蛍光発光波長を選択する。蛍光パス内の光は蛍光ＣＣＤカメラ２２３を用いて記録される。反射パス内の光は反射ＣＣＤカメラ２２５を用いて記録される。光学系のこの簡略化された形は完全なものであることを意味しない。実用上、実際の顕微鏡システムは、高スループット・イメージングのための自動ステージ及び自動焦点システムを含むのが望ましく、より多くの機構を有してもよい。励起フィルタ２１９と放射フィルタ２２１は、コンピュータ制御式のフィルタ・ホイールに取り付けられてもよく、多重蛍光体実験に対して自動的に変更される。コンピュータ制御式のシャッターが、露光時間を制御するために使用されてもよい。
【００６９】
図４３に示されるシステムは、フィルタ・ホイール（又はフィルタ・キューブ・ホイール）を利用して反射画像と蛍光画像を連続して取得する、１つの標準的なカメラ・システムを改善したものである。本発明は、出射光線のパスをビーム・スプリッタを用いて２つの成分に分割することによって実施される。一方の成分は反射パスであり、１つのＣＣＤカメラで捕捉される。他方の成分は蛍光パスであり、適切な波長を得るためにフィルタリングされ、第２の適合したＣＣＤカメラで捕捉される。ビーム・スプリッタは、より多くの光が蛍光パスに方向付けられて、２つのカメラにおける露光時間がほぼ等しくなるように設計することができる。２カメラ・システムの本発明により、スループットが増加するという利点が提供される。それに加えて、本発明により、１カメラ・システムの画像には存在し得る、反射画像と蛍光画像の対の間における位置のシフトが排除されるという利点が提供される。これによって、粒子が画像対の両方の画像において同じ物理的位置にあるので、コンピュータ・ソフトウェアに基づく画像対の処理が簡略化される。さらなる実施形態では、光学系はバイオアッセイにおける検出に使用される。
【００７０】
図１７は、コード化されたマイクロ粒子の高倍率画像を示す。画像化された粒子は、変化するサイズの離散的なセグメントから成る。最小サイズのセグメント２０は０．６μｍである。端部セグメント２２は単一粒子の端部を形成する。本発明の代表的な一例は、サイズが１．５μｍ未満の空間的コード化機構を備えたコード化されたマイクロ粒子から成る。
【００７１】
図１８ａは、コード化されたマイクロ粒子の１２個の稠密な反射画像を合成した図を示す。約６，０００個の粒子が画像内にある。粒子は、３８４ウェル・プレートの１つのウェル内にある合計約２００，０００個の粒子のごく一部分である。粒子の合計は、１０３５個のコード（バッチ）を含む組の約１０％である。この組は、１０３５個のバッチそれぞれから、約２，０００個の粒子を組み合わせることによって形成されたものであり、各バッチは単一コードの約２００万個の粒子を含有していた。これらの画像は、識別精度に関するデータが後述される、画像のより大きな集合の部分集合である。
【００７２】
図１８ｂは、本発明のマイクロ粒子の例の透過蛍光顕微鏡画像を示す。それに加えて、ここでは、全体がガラスである外面を有する小さな細長いコード化されたマイクロ粒子が示される。シリカ（例えば、ガラス又は二酸化シリコン）の外面と、７０μｍ未満（例えば、５０μｍ未満）の長さとを有する、多数の非球状のコード化された粒子が示される。この特定の例における粒子の例の長さは１５μｍである。
【００７３】
この画像では、粒子は、懸濁された蛍光分子を含む溶液中にある。蛍光分子は、顕微鏡の光源によって励起されると、上方から（すなわち、基本的な光学系の図である図１５を参照して、収集光学に対して後方から）粒子の照明を提供する。この画像は、透過モード・イメージング構成において生成されるものに類似しており、図１６〜図１８ａの反射モード画像とは異なり、粒子の外側ガラス面が明確に示される。
【００７４】
マイクロ粒子を成功裡に識別するため、例えば、その中に組み込まれたコードを読み取るため、マイクロ粒子の画像が処理される。そのような画像処理は、ソフトウェア・プログラムの助けを借りて行うことができる。ソフトウェア・プログラムとアルゴリズムの代表的な例にしたがって、未加工及び加工済みの画像の対が、図１９ａ、図１９ｂ、及び図２０ａ、２０ｂに示される。
【００７５】
図１９ａは全視野反射画像を示し、図１９ｂは、離散的なセグメントを関連させて完全なマイクロ粒子とするように画像処理された後の、図１９ａと同じ選択画像を示す。画像中に示される粒子は単一コードのものである。本発明のコード化されたマイクロ粒子の画像は、反射イメージングでは白く見える離散的なセグメントから成る。ガラスから成る個々のマイクロ粒子のセグメントの間にあるギャップは透明であり、したがって、反射画像では黒く見える。画像の背景も黒である。セグメントは、アルゴリズムによって互いに関連付けられて粒子となる。アルゴリズムは、長いセグメントの長軸を見出し、軸線に沿ってセグメントを探索する。セグメントは、予め定められたパラメータに基づいて受理され、又は拒否される。図１９ｂにおける黒い線は、セグメントが互いに関連付けられている粒子に対応する。上述のアルゴリズムの代表的な一例では、コンピュータ・プログラム製品が、画像中の離散的な領域を関連させて個々の粒子とすることにより、コード化された粒子のコードを識別する。
【００７６】
図２０ａは反射画像を選択したものを示し、図２０ｂは、離散的なセグメントを関連させて完全なマイクロ粒子とするように画像処理された後の、図２０ａと同じ選択画像を示す。画像中に示される粒子は多数のコードのものである。粒子のセグメントには番号が付けられている。図２０ｂにおける黒い線は、画像処理ソフトウェアによって粒子の形にグループ化されたセグメントを示すために描かれている。
【００７７】
図２１を参照すると、処理済みの画像が右側に示され、４個のマイクロ粒子の例から得たピクセル強度プロファイルが左側に示される。ピクセル強度プロファイルは、マイクロ粒子のコードを決定するため、コンピュータ・ソフトウェア・プログラムによってさらに処理される。左下のピクセル強度プロファイルの中の円によって示されるように、ギャップの中心位置を識別することによって、マイクロ粒子のコードを識別することができる。上述したように、中心ギャップ位置は、粒子製造プロセス又は画像処理の両方における変化、すなわち、図１Ａの代表的な構造の例を構成する実際のセグメントとギャップの寸法における変化に敏感ではない。この特徴は、コード化されたマイクロ粒子の着実かつ正確なコード識別をもたらすので、非常に有利である。
【００７８】
表３は、図１８ａに示される画像を包含する画像の組に対する識別データを示す。
【００７９】
【表１】
【００８０】
表３に含まれるマイクロ粒子は３０，０６９個のコードスペースを有し、ここで、コードスペースは、特定の粒子設計によって、すなわち選択されたコード体系とコード体系パラメータによって可能なコードの総数として決められる。予め定められた識別方法は、粒子セグメント情報の分析に基づいて、３０，０６９個の可能なコードの１つを割り当てる。１０３５個のコードが無作為に選択され、製造され、集合体を形成するように混合された。集合体の識別を分析するとき、ソフトウェアによって割り当てられたコードが１０３５個の１つであれば、それは正確であると仮定される。「正確に」識別された粒子の数を総数で割ったものが「ＩＤ％」と呼ばれる。この仮定により、統計誤差が１０３５個の存在するコード以内に収まる確率、すなわち１０３５÷３０，０６９＝約３％の分だけ、誤り率（１−ＩＤ％）が低く見積もられる。したがって、仮定はこの３％の偏差を無視し、真の識別精度に近い近似をもたらす。
【００８１】
図２２は、画像化のためにコード化されたマイクロ粒子を不動化し分離するように設計された形体を有する、特別に準備された面の概略図を示す。面は、形体、例えば、粒子を捕らえる溝及び／又はくぼみを含む。そのような面は、面上に被覆された分子の性質又はイメージング媒体の特性によって、粒子の凝集が増加するような応用例において有用である。図２２は、粒子を捕捉するように設計された溝３２２を備えた、そのような基板３２０の一例を示す。基板３２０はガラスであることが好ましいが、他の材料、例えば他の透明材料であってもよい。図２２に示される溝３２２はＶ字形を有するが、粒子を捕捉するというタスクを実施する正方形又はＵ字形の底部を有するなど、任意の形状を取ってもよい。粒子が面上に置かれると、粒子３２４は溝に入り込み、不動化される。代表的な一例では、細長くほぼ正方形の断面を有する本発明のコード化されたマイクロ粒子は、平面の底部を有する溝内で不動化されてもよい。
【００８２】
代替例では、図２３及び図２４に示されるように、マイクロ粒子が流体中を流れることを可能にするフロー・セルを、連続的な画像化による検出のために設けることができる。図２３を参照すると、反射画像と蛍光画像の対は、図６に示される光学系を用いて取得されるが、ウェル・プレートはフロー・セル３２０と置き換えられる。コード化されたマイクロ粒子３２２はキャリア流体中を流れる。フローは、圧力（流体力学）又は電気的手段（電気泳動若しくは電気浸透）によって駆動されてもよい。さらに、マイクロ粒子は電界又は磁界と整列されてもよい。フローは、矢印によって示されるように左から右に流れる。図２３の上側の図は所定の時間におけるフロー・セルを示し、図２３の下側の図はその後の時間における同じフロー・セルを示しているので、粒子は、視野の長さとほぼ同じ距離だけ変位されている。光学系の対物レンズ３３０がフロー・セルの下に示されるが、フロー・セルの上に置かれてもよい。それに加えて、フロー・セルは、例えばフローが垂直に向けられるようにして、他の構成で置くことができる。対物レンズ３３０は捕捉視野区域３２８を画像化する。第１の視野区域３２４と第２の視野区域３２６は斜線領域として示される。上側の図では、第１の視野区域３２４が捕捉視野区域３２８と重なり合っており、したがって第１の視野区域３２４が画像化される。下側の図では、第２の視野区域３２６が捕捉視野区域３２８と重なり合っており、したがって第２の視野区域３２６が画像化される。フロー速度、フロー・セルのサイズ、及び光学系を適切に適合させることによって、フロー・セルを通り抜ける全ての粒子を画像化し、それによって高スループット検出のためのシステムを供給することができる。本発明のコード化されたマイクロ粒子を高スループット・フローに基づいて検出するための別の代表的なシステムは、フロー・サイトメーターであり、その方法及び用途は当該技術において良く知られている。
【００８３】
本発明の別の代替のマイクロ粒子が図２５に概略的に示される。図２５を参照すると、マイクロ粒子２７４は、２７６などの不透明なセグメントと、可視光又は近可視光に対して透過性の２７８などのギャップとを含む。不透明材料は、全体的又は部分的に、ニッケル、コバルト、又は鉄などの（ただしそれらに限定されない）磁性材料から成る。磁性材料は、不透明材料の大部分を形成する別の材料の間に挟まれた、薄い層２８０として組み込むことができる。磁性材料は、粒子を磁界によって操作することができるように、それらに磁気特性を付与する。これにより、粒子の取扱いを助け、又は生体分子の分離が容易になる。
【００８４】
図２６は、蛍光性の外側層４０６を有する空間的かつ光学的にコード化されたマイクロ粒子の図を示す。本発明は、材料の物品の標識付けにおいて有用性を有し、それにより、蛍光層が、様々な背景に対して粒子を容易に見出し識別する能力が改善される。代表的な一例では、蛍光性の外側層４０６は、ストーバー・プロセスを修正したものを使用して成長される［Ｖａｎ
Ｂｌａａｄｅｒｎ，Ａ，；Ｖｒｉｊ，Ａ．；Ｌａｎｇｍｕｉｒ．１９９２．Ｖｏｌ．８，Ｎｏ．１２，２９２１］。蛍光性の外側層４０６によって粒子全体が蛍光性になり、検出中に粒子を見出すのが容易になる。粒子コードの読取りは、反射モード又は蛍光モードで粒子を画像化することによって実施することができる。用途によっては、粒子が内部に加えられた媒体又は粒子が塗布された面の応用に依存した他のものよりも好ましいことがある。単一コードの粒子を使用することができ、あるいは、異なるコードの粒子の混合物を使用することができる。粒子は、ラッカー、ワニス、又はインクなどの媒体に加えることができる。粒子は、紙又は繊維に標識付けするのに使用されてもよい。粒子は、金属、木、プラスチック、ガラス、又は任意の他の材料で作られた物体に標識付けするのに使用されてもよい。
【００８５】
別の例では、蛍光層は、蛍光体又は他の発光材料から成ってもよい。蛍光層は、アッセイの際に分子種と、例えば、蛍光共振エネルギー転移プロセスによって、蛍光標識された核酸又はタンパク質試料と相互作用してもよい。さらに別の例では、マイクロ粒子は非蛍光層を有してもよく、その際、その層の中又は上には、分子が、例えば発光エミッター分子（ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ
ｅｍｉｔｔｅｒ
ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ）と相互作用するクエンチャーが組み込まれる。
【００８６】
図２７ａ〜２７ｃは、空間コードを形成する面にへこみを有する、本発明のコード化されたマイクロ粒子の概略図を示す。マイクロ粒子は、上述の例などの多くの方法によって製造されてもよい。図２７ａは、構造の面上にのみ、ディボットとして知られる面のへこみ、例えば溝を有する。図２７ｂは２つの面上にディボットを有する。他の例では、ディボットと他の望ましい面形体は、空間コードを提供するように、マイクロ粒子構造の１つ又は複数の面上に置かれてもよい。図２７ｃは、そのような構造の別の例を示しており、それにより、マイクロ粒子の全体形状はほぼ円筒状である。図２７ｃのマイクロ粒子を作成する方法の例では、１ｍｍ未満の直径を有する光ファイバーにレーザ・スクライブ又はチップ・スクライブを施して、へこみが形成されている。図２７ａ〜２７ｃの構造の組成は、多種多様な材料から選択されてもよいが、ガラスが好ましい一例である。
【００８７】
へこみを含むコード化されたマイクロ粒子の代表的な例では、図２７ｄに示されるように、粒子の面には、その面に又はその中に付着された蛍光分子又は他の発光分子を備えている。発光分子は、面に共有結合されるか、面に吸着されるか、又は別の方法で面に結合されてもよい。代表的な一例では、発光分子は、マイクロ粒子上に堆積される層に組み込まれる。発光分子が均一に面を覆うことにより、例えば、単位面積当たりの蛍光体の数が一定であることにより、不均一な空気密度が得られる。空気密度は、単位長さ又は単位面積当たりの強度として定義され、光学画像面における視野の深さ通して積算される。この例では、空気密度は、検出器、例えばＣＣＤカメラ又は光電子増倍管によって測定される信号強度プロファイルとして測定される。図２８ａ〜２８ｃは、図２７ａ〜２７ｃの対応する粒子に関して、粒子面に対して直角（すなわち、垂直）に測定された不均一な空気密度を示す。信号強度プロファイルは、粒子の面のへこみの場所に対応するピークを有し、それらが結果として検出可能かつ有用なコードをもたらす。図２７ａ〜２７ｃのコード化されたマイクロ粒子の面形体は、光散乱の測定、例えば暗視野光学顕微鏡などを包含するがそれに限定されない、発光分子を使用する以外の方法によって検出されてもよい。
【００８８】
マイクロ粒子に対するコードを生成する本発明の一般的な方法は、粒子領域当たり単一のコード要素を多重リソグラフィ印刷する工程を使用することから成る。多重印刷工程により、粒子領域当たり多数のコード要素が作成される。コード要素は総合的にマイクロ粒子のためのコードを形成する。好ましい一例では、印刷工程は、マスター・パターンを使用して多くの粒子に対して並行して行われる。マスター・パターンは、粒子領域当たり単一のコード要素のアレイを含む。コード要素は、穴、ストライプ、又はギャップなどの２つ以上の物理的特徴を表す。マスター・パターンは、完全なコードを備えた多数のマイクロ粒子が形成されるように複数回印刷され、その際、多数のマイクロ粒子は同一の粒子を含む（例えば、全ての粒子が同じコードを有する）。この主題に対する変形例、例えば多数のマイクロ粒子が同一でない場合が予想され、以下に詳細に記載される。多重印刷工程間において、印刷システム全体の１つの構成要素が変わって、粒子領域内のコード要素を並進させる。最も好ましい一例では、この変更は粒子がその上に形成される基板の移動である。別の好ましい一例では、この変更はマスター・パターンの移動である。さらに他の例では、この変更はミラーなどの光学素子の移動である。
【００８９】
多重印刷工程を使用してコードを生成する一般的な方法の代表的な一例は、印刷機構としてのフォトリソグラフィ、例えば接触リソグラフィ又は投影リソグラフィを含む。投影リソグラフィの代表的な一例は、ステップ・アンド・リピート・システム（ステッパとして知られる）を利用する。レチクルは、粒子当たり単一のコード要素を有するコード・パターンを含む。このコード・パターンを異なる横方向のオフセットで多重露光することにより、多数のコード要素（粒子当たり）が作成される。これらのコード要素は組み合わされて完全なコードを形成する。横方向のオフセットはコードを決め、ステッパ・ソフトウェアにプログラムされる。オフセット、したがってコードは、ダイごとに、又はウェハごとに変更させることができる。したがって、ウェハ上の異なるダイ上に、かつ／又は異なるウェハ上にまとめて印刷されるコードは、ソフトウェアによって制御され、任意に変更することができる。これにより、大きな組のコードを製造する際の強力な柔軟性が可能になる。１個〜数個のマスクを有する単一のマスクの組を使用して、１０5個程度以上の任意の数のコードを生成することができる。
【００９０】
図２９ａ〜図２９ｃは、マイクロ粒子のためのコードを作成する本発明の方法の代表的な一例を示す。マイクロ粒子領域２９０は、製造プロセスを完了する際に離散的な粒子になる区域である。図２９ａは、各マイクロ粒子領域２９０に第１のコード要素２９２を印刷した後の状態を示し、この代表的な例では、コード要素は垂直のストライプである。図２９ｂは、各マイクロ粒子領域２９０に次のコード要素２９４を印刷した後の状態を示す。図２９ｃは、各マイクロ粒子領域２９０にさらに３つのコード要素２９６を印刷した状態を示す。このようにして、多重印刷工程はマイクロ粒子上にコードを設ける。
【００９１】
図３０ａ〜図３０ｃは、マイクロ粒子のためのコードを作成する本発明の方法の別の例を示す。マイクロ粒子領域３００は、製造プロセスを完了する際に離散的な粒子になる区域である。図３０ａは、各マイクロ粒子領域３００に第１のコード要素３０２を印刷した後の状態を示し、この代表的な例では、コード要素は円形である。図３０ｂは、各マイクロ粒子領域に次のコード要素３０４を印刷した後の状態を示す。図３０ｃは、各マイクロ粒子領域３００にさらに３つのコード要素３０６を印刷する状態を示す。このようにして、多重印刷工程はマイクロ粒子上にコードを設ける。
【００９２】
図３１ａ〜３１ｃは、マイクロ粒子構造の好ましい実施形態における３つのマスク・フィールドの図を示し、図３１ｄは、レチクル・プレートの図を示す。図３１ａ〜３１ｃは、はるかに大きなフィールド全体の小さな代表的区域である（約２００万個の粒子のうち４６個のみが示される）。これらの図面では、灰色の領域は実際のレチクル上にクロムを有し（レチクル用語においていわゆる「暗い」）、白い領域はクロムを有さない（いわゆる「明るい」）。物理的には、レチクルは、通常１２．７〜１５．９ｃｍ2（５〜６．２５平方インチ）及び厚さ約０．２３ｃｍ（０．０９インチ）のガラス・プレートである。それらは、クロムの薄い（数百ｎｍ）層で覆われる。クロムは、連続リソグラフィ・プロセスによって、通常はレーザ又は電子ビームシステムを使用して、レジストを用いてパターニングされる。次に、レチクルに湿式エッチングが施され、それによってクロムが選択的に除去される。その結果、最終的なレチクルは、一方の側面上に所望のパターンでクロムを有するガラス・プレートから成る。
【００９３】
図３１ａに示されるコード・パターンは、明るい垂直のストライプ１１０を有する。粒子当たり１つの垂直のストライプがある。図３１ｂは、暗い水平のストライプ（又は、同等に明るいより幅広の水平のストライプ）から成るバー・パターンを示す。図３１ｃに示される輪郭パターンは、暗い長方形１１４から成る。明るい列１１６は水平方向と垂直方向に延びて、長方形１１４を分離する。長方形１１４は粒子の外側の境界線を形成する。水平のストライプ１１２は不透明材料の内側セグメントの幅を規定する。垂直のストライプ１１０はセグメント内のギャップを形成する。ギャップ双方は、粒子内のコードを形成し、かつ２つの隣接した粒子を分離する。図３１ｄはレチクル・プレート全体を示す。レチクル・フィールド１１８は、露光されるパターンを含むレチクルの中央領域である。コード及びバーのパターンを組み合わせて、記載される多重印刷方法にしたがって使用することができる単一パターンとするなど、記載されるパターンの代替例も想起される。
【００９４】
コードを作成するための本発明の方法の代表的な一例は、フォトリソグラフィやポジティブ型フォトレジストを使用する。ポジティブ型は、感光される区域が現像によって取り除かれることを意味する。ネガティブ型レジストの場合、露光領域は現像後に残る領域である。光硬化性エポキシ樹脂ＳＵ−８はネガティブ型レジストの一例である。ＳＵ−８などのネガティブ型レジストを使用する代替例では、ギャップとなる領域の変わりにセグメントとなる領域が露光される。
【００９５】
図５２ａ〜５２ｃは、コード要素のパターニング及びエッチング工程の例のフローチャートを示す。図５２ａは、ハード・マスクが使用されない場合を示す。このプロセスはより単純であるが、フォトレジスト露光の近接効果のため、丸みを帯びた角を有するセグメントが作成されることがある。セグメントの角において、フォトレジストは、コード・パターンの垂直のストライプとバー・パターンの水平のストライプの両方から、ある程度の残留している露光を受ける。結果として得られる角の丸みは、本発明の範囲内であるものの、作成される最終的な粒子が側面からと上面及び下面からとでは異なって見えるため、あまり望ましくない。丸みが生じる程度は、レチクル上のパターン、光源の波長、フォトレジストなど、フォトリソグラフィ・プロセスの詳細によって変わる。図５２ｂは、多重印刷方法に基づくパターニング・プロセスの代表的な一例を示し、以下の図３３ａ〜３３ｍ及び図３４ａ〜３４ｍに詳細に記載される。図５２ｃは、粒子製造プロセスの別の例を示し、バー・パターンをハード・マスクに転写する代わりに、バー・パターンのフォトレジストが、ハード・マスク酸化物と併せてマスクとして使用される。この例の方法によっていくつかの工程が不要になるが、ポリ・エッチング化学作用の詳細によっては適切でないことがある。
【００９６】
多重印刷工程を使用してコードを生成する一般的な方法の代替例は、印刷機構としてスタンピング（インプリント・リソグラフィとして知られる）を利用するもので、図３２に概略的に示される。図３２は、本発明のコードを構築するための多重印刷工程方法、例えば、１）粒子を含む基板にスタンパ装置を型押しするか、又は押し付け、次に、２）スタンパ装置又は基板のどちらかを動かし、３）近くの位置で少なくとももう一度型押しすることで、マイクロ粒子上の完全なコードが形成される方法による、スタンプ印刷のためのマスター・パターンの例の小さな領域を概略的に示す。インプリント・リソグラフィを使用して、マイクロ粒子をその上に形成することができる基板は、１００ｍｍ、１５０ｍｍ、２００ｍｍ、若しくは３００ｍｍのシリコン・ウェハなどのウェハ、あるいは、１２．７ｃｍ（５インチ）以上のガラス若しくは石英のパネル、又は巻取りシート（ポリマー・シートが挙げられるがそれに限定されない）であってもよい。
【００９７】
図３３ａ〜３３ｍ及び図３４ａ〜３４ｍは、図１Ａのコード化されたマイクロ粒子の例の微細加工プロセス工程を示す。これらの工程は内部の不透明なセグメント（コードを含む）を形成する。工程は、図６ａ〜６ｍよりも詳細に示され、フォトレジスト露光と現像を包含する。図３３ａ〜図３３ｍは上面図を示し、図３４ａ〜図３４ｍはそれに対応する断面図を示す。横断線５０が図３３ａ〜図３３ｍに示される。図３３ａでは、上面はハード・マスク酸化物５８である。図３４ａでは、下地基板５２上のフィルム・スタックは、下側の酸化物５４、ポリ５６、ハード・マスク酸化物５８から成る。図３３ｂでは、ウェハは未露光のフォトレジスト１２０で覆われている。未露光のフォトレジスト１２０は、図３４ｂでは最上層として示される。図３３ｃ、３４ｃでは、未露光のフォトレジスト１２０は、コード・パターンを用いて１回露光されて、露光済みのフォトレジスト１２２領域を形成している。図３３ｄ、３４ｄでは、コード・パターンは、露光の間に横方向にずらして複数回露光されている。好ましい実施形態では、コード・パターンは直接隣接した領域で２回露光されて、二重幅のストライプ１２４を形成する。単一幅のストライプ１２６はコードを形成する「ギャップ」である。二重幅のストライプ１２４は粒子の中間に位置し、粒子を分離する。明確にするため、横方向のオフセットは、ウェハがその上に載せられるステージを動かすことによって得られる。横方向のオフセットはステッパ・ソフトウェアにプログラムされる。横方向のオフセットは、そのダイの上のマイクロ粒子のコードを形成する。横方向のオフセット（したがって、コード）は、ウェハ上の全てのダイにおいて異なることができる。多数のウェハにおける各ウェハは、異なる組のコードを有することができる。このようにして、非常に大きな組のコードを実現することができる。
【００９８】
図３３ｅ、３４ｅは、フォトレジストの現像後のウェハを示す。図３３ｄ、３４ｄからの露光済みのフォトレジスト１２２は除去されて、下にあるハード・マスク酸化物５８が現れる。図３３ｆ、３４ｆは酸化物エッチング後のウェハを示す。酸化物エッチングにより、露光済み領域内のハード・マスク酸化物５８が除去されて、下にあるポリ５６が現れる。図３３ｇ、３４ｇは、図３３ｆ、３４ｆの未露光のフォトレジスト１２０が除去された後のウェハを示す。ハード・マスク酸化物５８はセグメントとなる領域内に存在する。ポリ５６は、不透明材料のギャップとなる領域内において露光する。図３３ｈ、３４ｈは、未露光のフォトレジスト１２０で再び覆われた後のウェハを示す。
【００９９】
図３３ｉ、３４ｉは、バー・パターンを露光した後のウェハを示す。これは１回のみの露光であり、全てのダイに対して同じである。この露光は、好ましくはウェハ上に既にあるパターンと整列される。露光の後、未露光のフォトレジスト１２０パターンは、セグメント幅を定める水平のストライプから成る。露光済みのフォトレジスト１２２パターンは、セグメント間の水平方向の分離を定める水平のストライプから成る。図３３ｊ、３４ｊは、フォトレジストを現像した後のウェハを示す。図３３ｉ、３４ｉからの露光済みのフォトレジスト１２２は除去されて、下にあるハード・マスク酸化物５８とポリ５６が現れる。図３３ｋ、３４ｋはハード・マスク酸化物を酸化エッチングした後のウェハを示す。図３３ｉの露光済みのフォトレジスト領域内にはポリ５６のみが存在する。図３３ｌ、３４ｌは、未露光のフォトレジスト１２０が除去された後のウェハを示す。プロセス中のこの時点では、ウェハの上面はポリ５６であり、不透明材料のセグメントとなる領域内でハード・マスク酸化物５８がポリ５６を覆っている。最後に、図３３ｍ、３４ｍは、ポリ・エッチング後のウェハを示す。ポリ・エッチングにより、図３３ｌ、３４ｌのポリ５６が除去されて、下にある下側の酸化物５４が現れる。ハード・マスク酸化物５８は、セグメント・パターン内においてポリ５６の上面に依然として存在する。
【０１００】
図１Ａに示されるようなマイクロ粒子に加えて、上述の方法を使用して、現在知られている粒子設計や他の代替設計など、他のコード化されたマイクロ粒子設計のためのコードを作成することができる。上述の方法を使用して、例えば図３５ａ〜３５ｃのコード化されたマイクロ粒子のためのコードを作成することができる。
【０１０１】
図３５ａを参照すると、枠材１８２によって取り囲まれた、穴１７８、１８０などの穴から成るコード要素を備えた棒状のマイクロ粒子が示される。穴の数と配列は、予め定められたコード体系から得られるコードを形成する。
【０１０２】
図３５ｂは、切欠き１９６などの切欠きを含むコード要素を備えた別の棒状の粒子を示す。隣接した切欠きは、幅が異なる一組の突起構造を定める。突起構造の総数と幅が異なる突起構造の配列は、コード体系から得られるコードを表す。図３５ｃは、ギャップ２０２によって分離された穴２００、２０２などの穴から成る、コード要素を備えた正方形のプレート状の粒子を示す。プレート状粒子は、粒子の対称性を壊し、結果としてより多数のコードを可能にするため、１つの角にへこみ１９８も包含する。さらなる形状とコード要素アーキテクチャも、コードを作成する上述の方法を用いて作成することができる。
【０１０３】
図３６は、ダイからリリースする直前の、実際のコード化されたマイクロ粒子の４つの顕微鏡画像を示す。これらの粒子は、多重印刷工程を用いてコードを作成する本発明の技術にしたがって、また上述の設計にしたがって作成される。
【０１０４】
図３７は、ウェハ上の全てのダイ上に異なるコードを生成するために、ステッパ・ソフトウェアに入力されるデータの例のチャートを示す。チャートは、どのダイに９個の異なるパスが印刷されるか、またどのオフセットを用いて印刷されるかを示す。図３７に示されるデータは、ウェハ上の多数のダイの上に多数のコードを設けるため、ステッパを使用して多重印刷方法を体系化するための１つのシステムの一例である。この例では、各ダイは単一パスの間に最大でも１回しか露光されない。この例におけるステッパ露光パスの間にどのダイが露光されるかに関するウェハ・マップは、左側の列に示される。「１」は露光を表す。「０」は露光なしを表す。中央の列は、オフセット文字「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」、「Ｄ」で表される、露光オフセットのウェハ・ショット・マップを示す。右側の列は、１）粒子の端部に対する露光位置、２）オフセット文字、３）ステッパ基準点に対してプログラムされた露光位置のルックアップ・チャートを示す。行は、この例では９回である異なるパスに対応する。
【０１０５】
ステッパを使用して、多重印刷方法を体系化するためのシステムの別の例は、次のダイに移る前に、単一のダイ内にあるコード要素の全てを露光するものである。当然ながら、４つ以外の多数のオフセットを使用することができる。マイクロ粒子上にコードを作成する一般的な方法のこの例や他の例は、投影フォトリソグラフィ及びステッパを使用するものに関して記載してきたが、接触リソグラフィや他のパターニング方法も使用されてもよい。
【０１０６】
図３８は、ダイ当たりより多数のコードを作成するスキームの例の図を示す。このスキームでは、ダイ内に、固定コード要素と可変コード要素の位置がある。ダイは部分領域に分割され、部分領域はそれぞれ、固定コード要素の異なるパターンを有する。各ダイに対して、可変コード要素の異なるパターンが露光される。固定コード要素と可変コード要素は併せてコード全体を形成する。したがって、単一のウェハが含むコードの総数は、ウェハ当たりのダイの数とダイ当たりの部分領域の数の積に等しい。異なるコードの部分領域を含む個々のダイは、より小さなサブ・ダイに物理的に分離することができ、異なるコードが異なるチューブ内に放出される。代替例は、ダイをそのままに保ち、ダイ全体を単一のチューブ内に放出するものである。これにより、異なる部分領域からのコードの混合物が作られる。この方策は、組み合わせ合成用途に特に有用なことがある。
【０１０７】
コードを作成する本発明の方法、例えば、単一のレチクル・フィールドの複数回の露光工程によって完全なコードを形成するためのフォトリソグラフィによるステップ・アンド・リピート・システムの使用は、固有のコードを多くのタイプの構成要素、例えばＭＥＭＳ及びＩＣデバイスに適用するためにも利用できる。
【０１０８】
上述したようなマイクロ粒子の中は、二進又は非二進コード化などの、任意の所望のコード体系から得られるコードが組み込まれている。
【０１０９】
一例として、図３９ａは、本発明の非二進コード体系にしたがって形成された、コード化されたマイクロ粒子の図解を示す。図３９ａを参照すると、コード体系パラメータは、Ｌ（粒子の長さ）、ｗ（セグメント間のギャップの幅）、ｄ（ギャップのギャップ中心の位置のデルタ）である。図３９ａは、ギャップの１つのみの場所が変化するような異なるコードを備えた４個の粒子を示す。ギャップは、ｄに等しい量だけ変化しており、「隣接した」コード（例えば、類似しており、したがって互いに対して誤って識別される可能性が高いコード）を示す。図３９ｂ、３９ｃは、ギャップの数が異なりギャップの位置が変化しているランダム・コードを示す。表１は、様々な異なるパラメータの組み合わせのためのコードの総数（コードスペース）を示す。コードの数は、本発明の非二進コード体系を実施するコンピュータ・ソフトウェア・プログラムから計算される。コードの縮重は、アルゴリズムにおいて考慮される（例えば、一対のコード、１つが反転されたときのような、コードは等価であり、２つのコードは単一のコードと見なされる）。表１及び表２のパラメータは１００ｎｍ単位で指定される。３０，０６９となるＬ＝１５２、ｗ＝８、ｄ＝４のパラメータの組み合わせは、図３９ａ〜３９ｃに示される。表２は、異なるＬによるマイクロ粒子によって表すことができるコードの総数を示す。代表的な一例では、離散化距離ｗは特徴的なセグメント・サイズに等しいか、又はそれよりも小さい。表２に示されるように、非常に大きなコードスペースが利用可能であり、上述の方法を用いて実際に達成可能である。Ｌ＝１５２，ｗ＝５、ｄ＝４のパラメータの組み合わせは、約２００万のコードスペースを有する。
【０１１０】
【表２】
【０１１１】
【表３】
【０１１２】
代表的な一例では、コード体系は、コード要素のサイズ自体よりも小さな間隔長さだけ離れた場所に置かれたコード要素を利用する。これは、コードが、離散的な均等に間隔を空けた場所における機構が存在するかしないかで構成される、標準的な二進コード化から逸脱している。多重印刷技術を使用して製造された上述の構造に当然適用可能な、このコード体系の好ましい実施形態では、コード要素は、セグメント化された内部の不透明材料内のギャップである。ギャップのサイズは、ステッパやフォトリソグラフィ・プロセスによって信頼性高く定義され、かつ顕微鏡（所望の倍率で作動する）によって解像できるものであるように選択される。ギャップのサイズ、間隔長さ、粒子長さは、コードスペース（可能なコードの数）を決定する。コードスペースの決定は、ウェハ上の粒子密度、識別精度、光学検出システムの複雑さ、顕微鏡画像当たりの粒子数の間のトレードオフを伴う。実際のパラメータの組み合わせを使用して、１００万個を超えるコードスペースを作成し、正確に識別することができる。
【０１１３】
標準的な二進コード体系の例では、粒子は等しい長さの単位に分割される。結果として、各単位は、黒又は白、０又は１である。粒子が対称的なので、１つが反転されているとき、同じ２個のコードがある（いわゆる「縮重」コード）。コードを計数するとき、縮重コードの各対からの１つは好ましくは廃棄される。縮重がない場合、２N個の可能なコードが存在し、ここでＮはビット数（単位）である。縮重がある場合、その半分の数が存在する。正確には、標準的な二進フォーマットを有する可能なコードの数は、［２N＋２floor[(N+1)/2]］／２である。図１４、図１７などに上述した、本発明の高コントラストのコード化されたマイクロ粒子構造の例では、コードの完全な組の中に、黒又は白の領域が長く延びる個々のコードがある。粒子の黒は背景の黒と区別不能なので、粒子は非常に高いコントラストにされる。しかし、黒が長く延びるコードは、白の領域を関連させて個別の粒子とすることがより困難なので、あまり望ましくない（ただし、当然本発明の範囲内である）。例えば、より困難なコードは、１０００…０００１（単一の白のビットが両端にある）であろう。特に本明細書において上述した構造及び作成方法の場合、上述の例で考察されたものよりも他の多くのコード体系が可能なので、任意の適切なコード体系を使用できることに留意されたい。
【０１１４】
上述した非二進コード体系は、高いコードスペースとロバストなコード識別がもたらされるなど、マイクロ粒子の製造や検出において多くの利点を有する。コード体系の例では、マイクロ粒子の製造プロセスの信頼性は、単一のサイズの機構、例えば単一の幅を有するセグメント内のギャップのための、パターニング及びエッチング条件を最適化できるようにすることで改善される。
【０１１５】
コード化されたマイクロ粒子とその中のコードを決定する方法の代表的な例では、例えば図２１に示されるように、コードは、セグメントの長さではなくギャップの中心位置によって決定される。したがって、製造のばらつき、若しくは画像化条件のばらつき、又は使用される画像処理アルゴリズムのばらつきのいずれかによって寸法が変わる場合、ギャップの中心位置は変わらないので、コードＩＤがロバストになる。このスキームは、光学イメージング・システムにおいて、機構の、この場合はギャップの位置を、機構自体の解像可能な最小寸法よりもはるかに小さい解像度に定めることができる。例えば、ギャップ幅は、１．５μｍ以下であってもよく、１．０μｍよりも小さい、さらに好ましくは０．５μｍよりも小さい距離に定められてもよい。
【０１１６】
一般に、高いコードスペースが望ましい。ゲノミクスの分野では、数万個のコードスペースを有することが特に重要であるが、それは、ヒトゲノムなど複雑な生体のゲノム全体を単一組の粒子上に置くことが可能になるためである。表１の上部分は、デルタ・パラメータｄを変化させることがコードスペースに与える影響を示す。ｄを縮小することにより、より多くのコードが与えられるが、光学系に対する要求が増加する。より小さなｄを解像する必要があるということは、一般的により高価な対物レンズが使用されることを意味する。実際に、ギャップ間隔の距離の下限は、光学系による解像度（ＣＣＤカメラを使用して捕捉されたデジタル画像のピクセル・サイズとして表される）によって設定される。６０倍対物レンズ及び６．２ｍｍの１０２４×１０２４ＣＣＤチップを使用すると、ｄ＝０．４μｍの間隔距離は約４ピクセルに等しい。間隔距離が０．３μｍ（３ピクセル）に低減された場合、１０５，１５４個のコードとなる。より長い粒子長さＬ、及び／又はより小さなギャップ幅ｗに対して、コードスペースは数百万に拡張することができる。
【０１１７】
表１の下部分は、ｗとｄが固定で、粒子の長さを変化させた場合の影響を示す。長さＬは、ダイ上の粒子の密度（単位面積当たりの粒子の数）に反比例する。長さは、画像中の粒子の数、したがってスループット（毎秒ごとに検出される粒子）にも影響する。コードスペース、密度、識別、スループットの間にトレードオフが存在する。コード体系パラメータの最適化によって、特定の用途に対する選択されたコード体系が決定される。
【０１１８】
図４０は、マイクロ粒子のプロトタイプの大きな集合の様々な形態の、４枚の写真を合成したものを示す。この集合は、１，０００個以上のコードと、各コードの約２００万個の粒子とを含む。左上の写真は、製造プロセス中の４０個のウェハを示す。各ウェハは３２個のダイを有し、各ダイは、単一のコードの約２００万個の粒子を含む。さらなる例として、ウェハ上のダイは、ウェハ当たりより多くの粒子、例えば５００万個以上を含有してもよい。さらに、ウェハ（又はガラス・パネルなどの他の基板）は、１００個以上のダイ、あるいは２００個以上、又は１０００個以上のダイを含有してもよい。ウェハは、全体として、コード化されたマイクロ粒子の１００個以上のコード、あるいは２００個以上、１０００個以上のコード、又は５，０００個以上のコードを有してもよい。コード化されたマイクロ粒子の大きな集合の代表的な一例では、大きな集合、例えばダイからリリースされるマイクロ粒子を作成するのに使用されるほぼ全てのダイは異なるコードを含む。別の例では、ウェハ又は基板上の全てのダイは同じコードを有してもよい。ダイのサイズは、コード当たりの粒子の数と大きな集合内のコードの数との間のバランスを最適化するように選択される。ダイ当たりの粒子の数及びウェハ当たりのダイの数は、例えば、コードを作成する本発明の方法を利用して、ソフトウェア内で変更され、また、固定の成形型、例えばフォトマスクの大きく高価な集合の高い資本コストを必要とすることなく、異なる用途向けの製造ロット又は製品単位で最適化されてもよい。
【０１１９】
図４０の右上の写真では、ウェハ製造は完了しており、粒子はシリコン基板からリリースされて試験管に入れられている。試験管は、６４本の試験管をそれぞれ保持するコンテナに入れられた状態で写真に示されている。左下の写真は、大きな集合からの粒子の１０３５本の試験管それぞれの小さな一部分（約数千個の粒子）を含む、単一の試験管を示す。右下の画像は、単一の試験管の試料の顕微鏡画像である。この画像は、互いに混合された１０３５個のコードの構成要素を示す。
【０１２０】
本発明のコード化されたマイクロ粒子、システム、方法は、生物学、化学、医学の分野だけでなく、紙幣、身分証明証、パスポートなどの標識付けを伴うセキュリティや商用分野、及び市販製品などにおける広範囲の用途を有する。一例では、マイクロ粒子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質の分析など、分子検出に使用することができる。他の例では、当該分野において知られているように、コンビナトリアル・ケミストリー又は薬剤スクリーニング・アッセイが行われる。
【０１２１】
図４１に示されるフローチャートを参照すると、マイクロ粒子は、個別のチューブ（又はウェル・プレートのウェル）に収容される。各チューブは、工程４１０で、単一のコードの多数のマイクロ粒子（例えば、１００万個以上）を含む。ＤＮＡ又はＲＮＡなどの生体分子は、工程４１２で、粒子の面上で不動化され、「プローブ」と称される。プローブの種はそれぞれ異なるコード上で不動化され、後で参照するためのルックアップ・テーブルが生成される。プローブの種はそれぞれ、「標的」の１つ又は複数の対応する種も有し、それら２つの間の結合は特異性である。プローブ／標的の用語は、通常はＤＮＡとＲＮＡの補体に関して使用されるが、本書では抗体を含む全ての生体分子を指す。多くのプローブが、一般的に１０4／μｍ2程度以上の密度で、単一粒子上で不動化される。「プローブ（ａ
ｐｒｏｂｅ）」の単数での使用は、複数のプローブ分子を指す場合が多く、「コード（ａ
ｃｏｄｅ）」は、本明細書に使用される他の用語と同様に、特定のコードの複数の粒子を指す場合が多い。
【０１２２】
コード化された粒子と生体分子を組み合わせることで、工程４１４によって、「プールド・プローブ・セット」が作成される。プールド・プローブ・セットは、各コードが粒子面に付着された特定のプローブを有する、コード化された粒子の混合物である。次に、プールド・プローブ・セットは、標的の混合物中にある個々の標的の量を決定するのに使用することができる。標的の混合物は試料と称され、一般的に生物試験体から得られる。次に、工程４１６で、試料は、一般的には蛍光体を用いて標識付けされる。試料がプールド・プローブ・セットと混合されると、プローブと標的は溶液中で互いを見つけ出し、結合する。核酸では、工程４１８で、この反応はハイブリッド形成と呼ばれ、非常に選択的である。反応後、粒子は、工程４２０で、コードを読み取り、かつ蛍光を定量化するために画像化される。コードとプローブのルックアップ・テーブルを参照すると、混合試料中の異なる標的種の量は、ここで測定することができ、工程４２２でアッセイ結果として決定される。
【０１２３】
マイクロ粒子で反応させる試料は、精製された生物学的抽出物か、又は、全血、血清、細胞可溶化物、スワブ、又は組織抽出物などであるが、これらに限定されない精製されていない試料であってもよい。マイクロ粒子で反応させる試料は、培養、クローニング、解剖、又は顕微解剖によって作成されてもよい。細胞は、マイクロ粒子を利用するバイオアッセイ及び他の上述の発明における、試料又はプローブのどちらかとして役立つことがある。
【０１２４】
図４４、４５は、多数のコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す。画像中に示されるマイクロ粒子は、それらの面に付着されたオリゴ・プローブ分子を有し、ハイブリッド化されて、標的の塩基対配列がプローブの配列に対して相補的である、予め標識付けされた蛍光オリゴ標的となっている。
【０１２５】
図４２は、プロセスの代表的な一例の図を示しており、そのプロセスによって、ウェハ全体が、バイオアッセイを行うために試料と反応することができる、粒子プローブ共役体の混合物になる（いわゆる「ハイブリッド形成準備完了コードアレイ（Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ−Ｒｅａｄｙ
ＣｏｄｅＡｒｒａｙｓ）」）。ウェハ製造工程が完了した後、ウェハは多くのダイを有し、各ダイは単一のコードの多くの粒子を含有している。上述したように、ダイが同じコードを持って作成されるか、又はダイが細分され、多数のコードを含む、代替のスキームが使用されてもよい。ウェハは（通常はウェハ・ソウによって）個別のダイにダイシングされ、次に、各ダイはウェル・プレートの個別のウェルに入れられる。あるいは、ウェルの代わりに試験管を使用することができる。リリース工程は、例えば、ダイの面から粒子を除去するＴＭＡＨなどの化学エッチング剤を使用して行われる。次に、ダイは、遊離粒子を残してウェルから除去される。リリース後、生体分子プローブの共役が行われ、結果として、各ウェルは単一のタイプの粒子プローブ共役体を含む（粒子は単一のコードのものであり、それらの粒子は面上に生体分子の単一の種を有する）。共役後、粒子は全て互いに混合されて、「プールド・マスター・ミックス」を形成する。プールド・マスター・ミックスは、粒子・プローブ共役体の全ての種からの十分な発現が存在するようにして部分標本に分割される。結果として、これらの部分標本はバイオアッセイを行うため、試料と反応できるようになっている。
【０１２６】
多数の異なる試料が、上述したように、単一のバイオ・アッセイにおいて識別されてもよいことに留意されたい。検出の前かつハイブリッド形成の後、マイクロ粒子は、検出のため、ウェル・プレート又は他のコンテナのウェルに入れることができる。１つの検出例では、マイクロ粒子は、重力によってウェル・プレートの底面上に沈む。検出のために粒子を準備するのを助けるため、ウェル内のマイクロ粒子に対して、遠心分離、超音波処理、又は他の物理的若しくは化学的プロセス（多重洗浄工程など）を行うことができる。別の例では、検出のため、マイクロ粒子をスライド・ガラス又は他の特に準備された基板上に置くことができる。さらに他の例では、粒子は検出の間フロー・ストリーム中に存在し、又は懸濁液中に存在する。
【０１２７】
共役という用語は、それによって、事実上それぞれのマイクロ粒子が面に付着させる１つ又は複数のプローブ分子を有するようになるプロセスを指す。共役の方法は、当該技術分野において、例えば、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｆｉｒｓｔ
Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｇｒｅｇ Ｔ．Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９６：Ｐａｒｔ Ｉ（Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ｔｈｅ ｍａｊｏｒ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｇｒｏｕｐｓ ｔｈａｔ ｃａｎ ｂｅ ｕｓｅｄ ｉｎ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｒ ｃｒｏｓｓｌｉｎｋｉｎｇ ｒｅａｃｔｉｏｎｓ），Ｐａｒｔ ＩＩ（Ａ ｄｅｔａｉｌｅｄ ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｔｈｅ ｍａｊｏｒ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｏｎｊｕｇａｔｉｏｎ ｃｈｅｍｉｃａｌｓ ｉｎ ｃｏｍｍｏｎ
ｕｓｅ ｔｏｄａｙ），ａｎｄ Ｐａｒｔ ＩＩＩ（Ｄｉｓｃｕｓｓｉｏｎ ｏｎ ｈｏｗ ｔｏ ｐｒｅｐａｒｅ ｕｎｉｑｕｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｎｄ ｌａｂｅｌｅｄ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ｆｏｒ ｕｓｅ ｉｎ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ）において良く知られている。
【０１２８】
粒子の面に付着された分子プローブは、一般的に、既知の属性又は特性を有する。一例では、分子プローブは、生物試験体又は試料に由来し、大きな母集団の、遺伝シーケンシングを含むがこれに限定されないスクリーニングに使用することができ、その場合一般的に、母集団の一員からの派生物は単一のコードに、一般的には単一のコードの多数の粒子に当てはめられる。好ましくは、同じコードを有するマイクロ粒子にはほぼ同じプローブ分子が付着され、同様に、異なるコードを有するマイクロ粒子は異なるプローブ分子を有する。
【０１２９】
平坦なマイクロアレイの代わりに、コード化された粒子の溶液アレイをプラットフォームとして使用する、多重アッセイの最も強力な特徴の１つは、単に新しい粒子を付加することによって機能性がアッセイに加わるという柔軟性である。標準的なマイクロアレイでは、アレイが印刷されるか、又は合成されてしまうと、一般的にアレイは変更することができない。研究者がアレイ上の遺伝子に対するプローブを変更するか、又は新しい遺伝子に対するプローブを付加しようとする場合、一般的に全く新しいアレイが作成される。粒子のプールド・プローブ・セットを用いると、新しいプローブと粒子の共役体（略してプローブ）を既存のプールド・プローブ・セットに容易に付加することができる。実際上、新しいプローブは、既に発現している遺伝子のためのプローブ、遺伝子の代替のスプライシング変異株、又は遺伝子のためのタイリング・プローブとは異なることができる。
【０１３０】
図４６ａ及び図４６ｂは、本発明のマイクロ粒子の同じ組に対する反射画像と蛍光画像の対を示す。画像は約１秒間隔で連続して得られたものである。図４６ａの反射画像は、青色光で照明し集光して（励起フィルタ＝４３６／１０ｎｍ、放射フィルタ＝４５７／５０、すなわち重なり合ったフィルタ）得られたものである。この画像は各粒子のコードを決定するために使用される。図４６ｂの蛍光画像は、緑色光で照明し赤色光を集光して（励起フィルタ＝５５５／２８ｎｍ、放射フィルタ＝６１７／７３、すなわちＣｙ３用フィルタ）得られたものである。図４６ｃは、図４６ａと図４６ｂの画像対を互いに重ね合わせて単一画像としたものである。
【０１３１】
図４７ａ〜図４７ｆは、時間順に並べたコード化されたマイクロ粒子の稠密な蛍光顕微鏡画像を示す。画像はエッジ検出のために処理されている。画像は約１秒間隔で得られたものであり、時間系列のフレームである。画像を構成する個々の粒子は、分子衝突（ブラウン運動として知られる）によって、フレーム間で測定可能な量だけ移動する。このブラウン運動は、稠密な二次元単分子層への粒子のアセンブリを促進する。画像中に示される粒子は、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子の例である。粒子は、面に付着されたオリゴヌクレオチド・プローブを有し、また、相補的なオリゴヌクレオチド標的とハイブリッド化（すなわち、溶液中で反応）されている。
【０１３２】
本発明のマイクロ粒子は、溶液ベースのアレイ、バイオチップ、ＤＮＡマイクロアレイ、タンパク質マイクロアレイ、ラボオンチップ・システム、側方流動デバイス（免疫クロマトグラフィ・テスト・ストリップ）などであるが、これらに限定されない、生化学（又は化学）分析システムの主要な機能的構成要素として使用することができる。用途としては、ｇＤＮＡ及びタンパク質シーケンシング、形質発現プロファイリング、遺伝子型判定、多形分析、比較ゲノム・ハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）、クロマチン免疫沈降（ＣＨｉＰ）、メチル化検出、並びに、疾病メカニズムの発見、遺伝子機能の研究、生物学的経路の調査、また、タンパク質、ペプチド、ポリペプチドの検査及び分析など、様々な他の生化学及び生体分子関連の用途、並びに関連する生化学用途が挙げられるが、これらに限定されない。分析アーキテクチャは、直接ＤＮＡハイブリダイゼーション、ＤＮＡからＲＮＡ若しくはＲＮＡからＲＮＡへのハイブリダイゼーション、ポリメラーゼ伸長や連結反応などの酵素アッセイなどであるが、これらに限定されない、当該技術分野において良く知られているものを包含してもよい。マイクロ粒子は、試料調製、生化学反応、バイオ分析が統合されたシステムなどが挙げられるが、これらに限定されない、マイクロ流体システム若しくはラブオンチップ・システム、又は任意のフロー・ベースのシステムにも使用することができる。
【０１３３】
例えば、蛍光の存在に基づく光学イメージング方法を使用することができる場合、蛍光標識を使用することができる。関連する写真フィルムを露光又は現像するのにマイクロ粒子が利用される場合、放射性標識を使用することができる。あるいは、検出が、試料分子がマイクロ粒子上のプローブ分子に結合するか、又はそれと反応したときに放出される酵素標識の生成物を検出することを伴う場合、酵素標識を使用することができる。その主題が全体として参照により本明細書に組み込まれる、「Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｗｉｔｈ
ａ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ」（Ｓｃｈｅｎａ
ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９５，２７０−４６７）に記載されているような、他の標識付け方法も可能である。
【０１３４】
標識を有さない試料をマイクロ粒子と反応させることもできる。例えば、分子ビーコン・プローブをマイクロ粒子に適用することができる。分子ビーコン・プローブは、一般的にＵ字形の構造を含み、標識のない、若しくは場合によっては標識された試料分子を結合する際に伸ばされ、結果として結合イベントを示す信号を生成する。そのような分子ビーコン・プローブや他のプローブは、例えば、蛍光体又はクエンチャーがマイクロ粒子の面上又は中に置かれる、ＦＲＥＴ（蛍光共振エネルギー転移）を伴うアッセイに使用されてもよい。
【０１３５】
図４８は、２プレックスＤＮＡハイブリダイゼーション・アッセイからの実際のアッセイ・データを示す。この実験では、２つの異なるオリゴ・プローブ（２つの異なる配列が下側に示される）を、異なる粒子バッチ（異なるコードを有する）の面に付着させた。プローブの付着後、粒子を互いに混合し、混合物の部分標本をウェル・プレートの２つのウェルに入れた。次に、プローブ配列と蛍光体標識を相補する配列を有するオリゴから成る標的を２つのウェルに付加し、粒子・プローブ共役体の混合物と反応させた。プローブ１を相補する標的１を第１のウェルに付加し、プローブ２を相補する標的２を第２のウェルに付加した。両方のウェルの粒子の画像化を行い、その結果が図４８に示される。第１のウェル（標的１を有する）内では、対応するコードの粒子は、比較的高い蛍光信号を示し、第２のウェルに関してはその逆である。
【０１３６】
多数の試料分子に対する、迅速で信頼性が高く、かつ効率的なバイオアッセイを促進するため、マイクロ粒子は、マイクロ粒子をその中に含むウェルの底面などの面上に、ほぼ単分子層の形でそれら自身を配列させることができることが好ましい。マイクロ粒子は、光学検出が行われる特定の液体中で、ブラウン運動を行うことができることが好ましい。マイクロ粒子がハイブリッド化され検出される特定の液体を前提として、マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓ以上であるか、かつ／又は、１秒以下、好ましくは３秒以下、又は５秒以下の時間間隔内で、マイクロ粒子の１０％以上、例えば１５％以上、さらには２０％以上、及び５０％以上において、２０ｎｍ以上、例えば３０ｎｍ以上、さらには５０ｎｍ以上の横方向の変位が測定されることが好ましい。
【０１３７】
可視光を使用する光学イメージングなど、所望の検出手段によって正確に検出できるものと言われる、検出可能なマイクロ粒子は、マイクロ粒子が収容されるコンテナの底面の一部分など、マイクロ粒子がその上で収集される面積の３０％以上、４０％以上、一般的には５０％以上を占めることができる。全てのマイクロ粒子の少なくとも９０％（一般的には少なくとも９５％、より一般的には少なくとも９９％、多くの場合は１００％）が配置される面積を定めると、マイクロ粒子は、１０００粒子／ｍｍ2以上、例えば１５００粒子／ｍｍ2以上、２０００粒子／ｍｍ2以上、一般的には３０００粒子／ｍｍ2以上（例えば、５０００粒子／ｍｍ2以上）の密度を有することが理解できる。上述の面積内の検出率は、検出時のマイクロ粒子の集合体のうち検出されたマイクロ粒子（空間コードが検出されたマイクロ粒子）の総数とマイクロ粒子の集合体の総数との比として定められるものであり、８０％以上、一般的には９０％以上、より一般的には９９％以上であることが好ましい。
【０１３８】
本発明の別の好ましい例は、２００個以上、より好ましくは５００個以上、１０００個以上、さらには１０，０００個以上の異なるコード（本発明によって可能になる大きなコードスペースにより、さらに多数のコード）をキット内に収容した、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子を含むキットである。統計的試料を便利に液体ピペッティングするための要件や、キット内の特定のコードの所望の冗長度により、キット内に同じコードの１０個を超える粒子（同じコードの２０個以上の、さらには３０個以上のマイクロ粒子）が一般的に供給されるが、これは、いくつかの用途の例では、冗長度によってアッセイ全体の性能が改善されるためである。用語「生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子」は、生物学部分又は化学部分を面上に有し、したがってアッセイに使用することができるマイクロ粒子を指し、また、用語「部分」は、核酸、合成核酸、オリゴヌクレオチド、単鎖核酸、二重鎖核酸、タンパク質、ポリペプチド、抗体、抗原、酵素、受容体、配位子、及び薬剤分子、細胞、並びに複雑な生物由来の試料などであるが、これらに限定されない分子種と称される。
【０１３９】
汎用的アダプタ・スキームは、プローブ上に設けられる配列に対して相補的な一組の相互作用しない合成配列を供給するのに使用されてもよい。遺伝子型判定は、共通のプローブと対立遺伝子特異性のレポーターを使用して、又は対立遺伝子特異性のプローブと共通のレポーターを使用して行うことができる。ＰＣＲ、パドロック・プローブ、又は分子反転プローブを必要とするものなどの増幅アッセイは、本発明の粒子を使用して行うことができる。これらのアッセイのうち２つの例が、図４９ａ及び図４９ｂに示される。本発明の代替例では、粒子の面上に存在する生体分子は、予め合成し、次に粒子面に付着させることができる。あるいは、生体分子は粒子上でｉｎ
ｓｉｔｕ合成することができる。
【０１４０】
タンパク質ベースのアッセイも適用可能である。これらには、サンドイッチ・イムノアッセイ、抗体・タンパク質結合アッセイ、受容体・配位子結合アッセイ、又はタンパク質間相互作用アッセイが包含されるが、これらに限定されない。これらのアッセイの例が図５０に示される。本発明のコード化されたマイクロ粒子の組は、タンパク質間相互作用を調査するため、溶液ベースのアッセイに使用することができる。これは図５０の右下に示される。
【０１４１】
単一のタイプのタンパク質を、単一のコードのマイクロ粒子に適用することができる。粒子・タンパク質共役体を混合し、特定の生化学環境内で反応させる際、互いに相互作用し結合するタンパク質は、検出中に隣接した粒子が存在することによって決定される。本発明のマイクロ粒子構造の断面が正方形であることにより、平坦な長方形の形状における接触面積が増加されることで、従来技術よりも改善される。形状が球状又は円筒状の従来技術の粒子では、それぞれ、接触面積が単一点又は線に限定される。本発明はタンパク質に限定されず、任意の相互作用する分子が、このアッセイ・アーキテクチャと共に使用されてもよい。さらに、本発明の全方向性のコード化されたマイクロ粒子は、蛍光体、量子ドット、ラテックス若しくはガラス・ビーズ、コロイド金属粒子、分光学的に活性の粒子、ＳＥＲＳ粒子、又は半導体ナノロッドなどであるが、これらに限定されない、他の任意のコード化された粒子と共に使用されてもよい。
【０１４２】
コード化されたマイクロ粒子は、分子の二次元平面アレイと共に使用されてもよい。粒子の面上の分子と二次元平面アレイ上のスポットに含有される分子との相互作用は、粒子がそれらのスポットに結合することによって決定される。好ましくは洗浄工程後に、予め定められたスポットの場所に粒子が存在することは、粒子上の分子と二次元平面アレイ上の分子との間の結合相互作用を示す。アッセイ結果は、１）粒子コード、２）スポットの場所を識別することによって決定することができる。これは図５１に示される。図５１は、粒子の画像を包含する概略図であるが、ただし実際の実験結果ではなく、すなわち本発明を例示するためのものである。本発明では、本発明のマイクロ粒子の断面が正方形であることにより、結合接触面積が増加し、従来技術よりも大幅に改善される。
【０１４３】
本発明のマイクロ粒子は他の用途を有してもよい。例えば、タンパク質検出分子（例えば、特定のタンパク質分子と接触すると、色を変える、蛍光を発する、若しくは電気信号を発生する配位子、染料）をマイクロ粒子上に置くことによって、バイオアッセイ分析（すなわち、生物学的試料におけるタンパク質及び／又は遺伝子の発現レベルの評価）を行うことができる。別の例として、（細胞）受容体、核酸／プローブ、オリゴヌクレオチド、接着分子、メッセンジャーＲＮＡ（所与の疾病状態で「作動」する遺伝子に特異性）、ｃＤＮＡ（「作動」した各遺伝子によってコードされたｍＲＮＡに対して相補的）、オリゴ糖及び他の関連する炭水化物分子、又は細胞（どの細胞経路が「作動」したかを示すものなど）をマイクロ粒子上に置くことによって、マイクロ粒子は、疾病（すなわち、治療標的）に対して作用するタンパク質又は他の化学化合物をスクリーニングするのに使用することができ、これは、（生物学的試料からの関連成分）が、特定の（標的分子）が前もって配置／付着されているマイクロアレイ上の特定のスポット（場所）において接着又はハイブリッド形成することによって示される。実際に、本発明のマイクロ粒子は、それぞれの主題が参照により本明細書に組み込まれる、添付の付表に記載されるものなど、他の多くの生化学分野又は生体分子分野に適用することができる。
【０１４４】
当業者であれば、新しくかつ有用なマイクロ粒子とその作成方法を本明細書に記載してきたことを理解するであろう。本発明によって作成されるコード化されたマイクロ粒子の大きな集合は、特にバイオテクノロジーの分野において、より具体的にはゲノミクスの分野において広範な用途を有する基本的技術であり得る。それは、高度に多重化されたバイオアッセイのコストを大幅に低減する可能性を有する。さらに、研究者らが、内容物をカスタマイズした溶液アレイを容易に設計することを可能にする。研究者は、例えば、本発明のマイクロ粒子を有する新しく発見された対象の遺伝子など、新しい粒子タイプをプールド・セットに容易に付加することもできる。
【０１４５】
しかし、本発明の原理が適用されてもよい多くの可能な実施形態を考慮して、図面を参照して本明細書に記載された実施形態は単に例示のためのものであり、本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではないことを認識されたい。当業者であれば、例示の実施形態は、本発明の趣旨から逸脱することなく、その配置及び詳細を修正できることを認識するであろう。
【０１４６】
例えば、マイクロ粒子は、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六辺形を有してもよい。コード化されたマイクロ粒子は、４つの細長い辺のどれの上にバーコードが配置されているかに関わらず、コード化されたマイクロ粒子のコードが検出可能であるように構成することができる。マイクロ粒子は、２：１〜５０：１、４：１〜２０：１の長さと幅の比を有してもよい。マイクロ粒子の長さは、好ましくは５〜１００μｍ、より好ましくは５０μｍ未満である。マイクロ粒子の幅は０．５〜１０μｍであってもよい。他の例では、マイクロ粒子の長さは、１０μｍ未満、２５μｍ未満、２５μｍ未満、５μｍ未満、２７μｍ未満であることができ、マイクロ粒子の幅は３μｍ未満である。マイクロ粒子の幅と高さの比は０．５〜２．０である。マイクロ粒子の長さと幅の比は２：１〜５０：１である。マイクロ粒子の長さに沿って取った断面はほぼ長方形であり、長さは幅の少なくとも２倍である。
【０１４７】
マイクロ粒子は、セグメントが中に埋め込まれたガラス体を有してもよい。ガラス体とセグメントの透過率の差は１０％以上である。ガラス体は、５０未満μｍの長さと１０μｍ未満の幅を有し、ガラス体の体積が５〜５００μｍ3であってもよい。コード化されたマイクロ粒子は、コード化されたマイクロ粒子内に、２〜１５個、３〜１０個、又は４〜８個の透明度がより低い材料の部分を有してもよい。マイクロ粒子に組み込まれたコードは、二進、非二進、又は他の任意の所望のコードである。マイクロ粒子は、ＤＮＡプローブやＲＮＡプローブなど、１０2〜１０6／μｍ2の密度でマイクロ粒子の１つ又は複数の面に付着された、生化学分子を有してもよい。ウェハ・レベルで製造されたとき、ウェハは８０．６ｃｍ2（１２．５平方インチ）〜７７４．２ｃｍ2（１２０平方インチ）の面積を有してもよく、ウェハの６．５ｃｍ2（１平方インチ）当たり少なくとも３００万個のマイクロ粒子が存在する。ウェハは、基板上に形成された少なくとも１００万個のコードを有してもよく、又は少なくとも２００個の異なるコードが１００万個のコードの中に存在し、あるいは少なくとも３０００個の異なるコードが１００万個のコードの中に存在する。例えばバイオアッセイの際に、液体バッファ中に置かれると、マイクロ粒子は、マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい、より好ましくは１×１０-11ｃｍ2／ｓよりも大きい単一の単分子層を形成することができる。
【０１４８】
したがって、本明細書に記載される本発明は、特許請求の範囲及びその等価物の範囲内にあるような全ての実施形態を考慮する。
【０１４９】
（別表）
以下の参照文献それぞれの主題は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
（プローブを不動化したアレイの調製）
Ｇ．Ｓｔｅｉｎｂｅｒｇ，Ｋ．Ｓｔｒｏｍｓｂｏｒｇ．，ｅｔ ａｌ．Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ Ｃｏｖａｌｅｎｔ Ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ ｔｏ Ｂｅａｄｓ．Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ．Ｖｏｌ．７３，５９７−６０５．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｏｎｌｉｎｅ １７ Ｆｅｂｒｕａｒｙ，２００４ ｉｎ Ｗｉｌｅｙ ＩｎｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅ（ｗｗｗ．ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ．ｗｉｌｅｙ．ｃｏｍ）．ＤＯＩ １０．１００２／ｂｉｐ．２０００６．
Ｋｕｍａｒ，Ｏ．Ｌａｒｓｓｏｎ，Ｄ．Ｐａｒｏｄｉ，＆ Ｚ．Ｌｉａｎｇ．２０００．Ｓｉｌａｎｉｚｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ：ａ ｇｅｎｅｒａｌ ｐｌａｔｆｏｒｍ ｆｏｒ ＤＮＡ ｉｍｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０００，Ｖｏｌ．２８．Ｎｏ．１４．
Ｆ．Ｖｉａｎｅｌｌｏ，Ｌ．Ｚｅｎｎａｒｏ，ｅｔ．ａｌ．Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ，Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ，ａｎｄ Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ Ｔｈｉｎ Ｆｉｌｍｓ ｏｆ Ｈｏｒｓｅｒａｄｉｓｈ Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｅｎｇｅｅｒｉｎｇ，Ｖｏｌ．６８，Ｎｏｌ ５．，Ｊｕｎｅ ５，２０００．
Ｕ．Ｍａｓｋｏｓ，＆ Ｅ．Ｍ．Ｓｏｕｔｈｅｒｎ．１９９２．Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｈｙｂｒｉｄｉｘａｔｉｏｎｓ ｏｎ ｇｌａｓｓ ｓｕｐｐｏｒｔｓ：ａ ｎｏｖｅｌ ｌｉｎｋｅｒ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ ｉｎ ｓｉｔｕ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｖｏｌ．２０，Ｎｏ．７ １６７９−１６８４．
Ｍ．Ｂｅｌｅ，Ｏ．Ｓｉｌｍａｎ，＆ Ｅ．Ｍａｔｉｊｅｖｉｃ．２００２．Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ ｏｆ Ｕｎｉｆｏｒｍ Ｓｉｌｉｃａ−Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ｄｙｅ ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅｓ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｏｌｌｏｉｄ ａｎｄ Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ．２５４，２７４−２８２．
Ｎ．Ｚａｍｍａｔｔｅｏ，Ｌ．Ｊｅａｎｍａｒｔ，ｅｔ ａｌ．Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｏｆ Ｃｏｖａｌｅｎｔ Ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ ｔｏ Ｇｌａｓｓ Ｓｕｒｆａｃｅｓ ｔｏ Ｂｕｉｌｄ ＤＮＡ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．２８０，１４３−１５０（２０００）
Ｎ．Ｐ．Ｍｅｌｌｏｔｔ，Ｓ．Ｌ．Ｂｒａｎｔｌｅｙ，ｅｔ ａｌ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｕｒｆａｃｅ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｇｌａｓｓ．Ｓｕｒｆａｃｅ ａｎｄ ｉｎｔｅｒｆａｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ．２００１；３１：３６２−３６８
Ｆ．Ｄｌｅｈｌ，Ｓ．Ｇｒａｈｌｍａｎｎ，ｅｔ ａｌ．Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ ＤＡＮ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｏｆ ｈｉｇｈ ｓｐｏｔ ｈｏｍｏｇｅｎｅｉｔｙ ａｎｄ ｒｅｄｕｃｅｄ ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ ｓｉｇｎａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００１，Ｖｏｌ．２９，Ｎｏ．７ ｅ３８．
（粒子アレイ）
Ｎｉｃｅｗａｒｎｅｒ−Ｐｅｎａ，Ｓ．Ｒ．，Ｒ．Ｇ．Ｆｒｅｅｍａｎ，Ｂ．Ｄ．Ｒｅｉｓｓ，Ｌ．Ｈｅ，Ｄ．Ｊ．Ｐｅｎａ，Ｉ．Ｄ．Ｗａｌｔｏｎ，Ｒ．Ｃｒｏｍｅｒ，Ｃ．Ｄ．Ｋｅａｔｉｎｇ，ａｎｄ Ｍ．Ｊ．Ｎａｔａｎ，“Ｓｕｂｍｉｃｒｏｍｅｔｅｒ Ｍｅｔａｌｌｉｃ Ｂａｒｃｏｄｅｓ，”Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９４（５５４０），１３７−１４１（２００１）．
Ｎａｔａｎ，Ｍ．Ｊ．，Ｊ．Ｌｉｓｓａｃｋ，“Ｂａｒｃｏｄｉｎｇ Ｔａｃｋｌｅｓ ｔｈｅ Ｎａｎｏｍｅｔｅｒ，”Ｔａｇｓ ａｎｄ Ｌａｂｌｅｓ ？？
Ｗａｌｔｏｎ，Ｉ．Ｄ．，Ｓ．Ｍ．Ｎｏｒｔｏｎ，Ａ．Ｂａｌａｓｉｎｇｈａｍ，Ｌ．Ｈｅ，Ｄ．Ｆ．Ｏｖｉｓｏ，Ｄ．Ｇｕｐｔａ，Ｐ．Ａ．Ｒａｊｕ，Ｍ．Ｊ．Ｎａｔａｎ，ａｎｄ Ｒ．Ｇ．Ｆｒｅｅｍａｎ，“Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｆｏｒ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ ｓｏｌｕｔｉｏｎ：ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｔｒｉｐｅｄ ｍｅｔａｌｌｉｃ ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｕｓｉｎｇ ｏｐｔｉｃａｌ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ，”Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．，７４，２２４０−２２４７（２００２）．
Ｔｒｕｅ，Ｒ．Ｊ．，Ｍ．Ｋ．Ｔａｙｌｏｒ，Ｇ．Ｓ．Ｃｈａｋａｒｏｖａ，Ｉ．Ｄ．Ｗａｌｔｏｎ，“Ｍｉｃｒｏｆａｂｒｉｃａｔｅｄ ｔｅｍｐｌａｔｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｅｌｅｃｔｒｏｄｅｐｏｓｉｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔａｌｌｉｃ ｂａｒｃｏｄｅｓ ｆｏｒ ｕｓｅ ｉｎ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ｂｉｏａｓｓａｙｓ，”ＩＥＥＥ − ＥＭＢ Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ，２６（ＩＶ），２６１９−２６２２（２００４）．
Ｘｕ，Ｈ．Ｘ．，Ｍ．Ｙ．Ｓｈａ，Ｅ．Ｙ．Ｗｏｎｇ，Ｊ．Ｕｐｈｏｆｆ，Ｙ．Ｈ．Ｘｕ，Ｊ．Ａ．Ｔｒｅａｄｗａｙ，Ａ．Ｔｒｕｏｎｇ，Ｅ．Ｏ’Ｂｒｉｅｎ，Ｓ．Ａｓｑｕｉｔｈ，Ｍ．Ｓｔｕｂｂｉｎｓ，ｅｔ．ａｌ．，“Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ＳＮＰ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ Ｑｂｅａｄ（ＴＭ）ｓｙｓｔｅｍ：ａ ｑｕａｎｔｕｍ ｄｏｔ−ｅｎｃｏｄｅｄ ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ−ｂａｓｅｄ ａｓｓａｙ，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，３１（８），Ｅ４３（２００３）．
Ｈａｎ，Ｍ．，Ｘ．Ｇａｏ，Ｊ．Ｚ．Ｓｕ，Ｓ．Ｎｉｅ，“Ｑｕａｎｔｕｍ−ｄｏｔ−ｔａｇｇｅｄ ｍｉｃｒｏｂｅａｄｓ ｆｏｒ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ｏｐｔｉｃａｌ ｃｏｄｉｎｇ ｏｆ ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ，”Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１９（７），６３１−６３５（２００１）．
（タンパク質アレイ）
Ｈａａｂ，Ｂ．Ｂ．，Ｍ．Ｊ．Ｄｕｎｈａｍ，＆ Ｐ．Ｏ．Ｂｒｏｗｎ．２００１．Ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈｌｙ ｐａｒａｌｌｅｌ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ．Ｇｅｎｅｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ．２（２）：０００４．１−０００４．１３．
ＭａｃＢｅａｔｈ，Ｇ．，＆ Ｓ．Ｌ．Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ．２０００．Ｐｒｉｎｔｉｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｓ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２８９；１７６０−１７６３．
Ｚｈｕ，Ｈ．，Ｊ．Ｆ．Ｋｌｅｍｉｃ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｙｅａｓｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅｓ ｕｓｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｈｉｐｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．２６：２８３−２８９．
Ｚｈｕ，Ｈ．，＆ Ｍ．Ｓｎｙｄｅｒ．２００１．Ｐｒｏｔｅｉｎ ａｒｒａｙｓ ａｎｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ．５：４０−４５．
Ｂ．Ｂ．Ｈａａｂ，Ｍ．Ｊ．Ｄｕｎｈａｍ ＆ Ｐ．Ｏ．Ｂｒｏｗｎ．Ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｆｏｒ ｈｉｇｈｌｙ ｐａｒａｌｌｅｌ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２００１，２（２）ｒｅｓｅａｒｃｈ ０００４．１−０００４．１３
（グリカン・アレイ）
Ｂｌｉｘｔ，Ｏ；Ｈｅａｄ，Ｓ；Ｍｏｎｄａｌａ，Ｔ；Ｓｃａｎｌａｎ，Ｃ；Ｈｕｆｌｅｊｔ，ＭＥ；Ａｌｖａｒｅｚ，Ｒ；Ｂｒｙａｎ，ＭＣ；Ｆａｚｉｏ，Ｆ；Ｃａｌａｒｅｓｅ，Ｄ；Ｓｔｅｖｅｎｓ，Ｊ；Ｒａｚｉ，Ｎ；Ｓｔｅｖｅｎｓ，ＤＪ；Ｓｋｅｈｅｌ，ＪＪ；ｖａｎ Ｄｉｅ，Ｉ；Ｂｕｒｔｏｎ，ＤＲ；Ｗｉｌｓｏｎ，ＩＡ；Ｃｕｍｍｉｎｇｓ，Ｒ；Ｂｏｖｉｎ，Ｎ；Ｗｏｎｇ，ＣＨ；Ｐａｕｌｓｏｎ，ＪＣ．２００４ Ｐｒｉｎｔｅｄ ｃｏｖａｌｅｎｔ ｇｌｙｃａｎ ａｒｒａｙ ｆｏｒ ｌｉｇａｎｄ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｏｆ ｄｉｖｅｒｓｅ ｇｌｙｃａｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎｓ．ＰＲＯＣ ＮＡＴ ＡＣＡＤ ＳＣＩ ＵＳＡ １０１：４９ １７０３３−１７０３８
Ａ ｆｏｃｕｓｅｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｌｙｃｏｍｉｃｓ：ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｇｌｙｃｏｍｅ．Ｃｏｍｅｌｌｉ，Ｅ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ １６（２），１１７−３１，２００６
Ｇｌｙｃｏｍｉｃｓ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ ｉｎｔｏ ｉｎｓｕｌｉｎ ａｃｔｉｏｎ．Ｐａｒｒｙ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ Ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ−Ｇｅｎｅｒａｌ Ｓｕｂｊｅｃｔｓ １７６０（４），６５２−６８，２００６
（がんチップ）
Ａｌｉｚａｄｅｈ．Ａ．Ａ．，Ｍ．Ｂ．Ｅｉｓｅｎ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｔｙｐｅｓ ｏｆ ｄｉｆｆｕｓｅ ｌａｒｇｅ Ｂ−ｃｅｌｌ ｌｙｍｐｈｏｍａ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｂｙ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ．４０３：５０３−５１１．
Ｅｉｎ−Ｄｏｒ，Ｌ．，Ｉ．Ｋｅｌａ，ｅｔ ａｌ．２００５．Ｏｕｔｃｏｍｅ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ：ｉｓ ｔｈｅｒｅ ａ ｕｎｉｑｕｅ ｓｅｔ？ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．２１（２）：１７１−１７８．
Ｒｏｓｓ，Ｄ．Ｔ．，Ｕ．Ｓｃｈｅｒｆ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｉｎ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ Ｉｉｎｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．２４：２２７−２３８．
Ｓｏｒｌｉｅ，Ｔ．，Ｒ．Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ，ｅｔ ａｌ．２００３．Ｒｅｐｅａｔｅｄ ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｂｒｅａｓｔ ｔｕｍｏｒ ｓｕｂｔｙｐｅｓ ｉｎ ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ｓｅｔｓ．ＰＮＡＳ ＵＳＡ．２００：８４１８−８４２３．
（異数体チップ）
Ｂｅｈｒ，Ｍ．Ａ．，ＭＡ．Ｗｉｌｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．１９９９．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃｓ ｏｆ ＢＣＧ ｖａｃｃｉｎｅｓ ｂｙ ｗｈｏｌｅ−ｇｅｎｏｍｅ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２８４：１５２０−１５２３．
Ｆｏｒｏｚａｎ，Ｆ．，Ｅ．Ｈ．Ｍａｈｌａｍａｋｉ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎａｙｓｉｓ ｏｆ ３８ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ：Ａ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｉｎｔｅｒｐｒｅｔｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．６０：４５１９−４５２８．
Ｇｒｉｍｍ，Ｄ．２００４．Ｄｉｓｅａｓｅ ｂａｃｋ ｃａｎｃｅｒ ｏｒｉｇｉｎ ｔｈｅｏｒｙ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０６：３８９．
Ｈｕｇｈｅｓ，Ｔ．Ｒ．，Ｃ．Ｊ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ａｎｅｕｐｌｏｉｄｙ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．２５：３３３−３３７
（レプチン・チップ）
Ｂｅｌｋｉｎ，Ｌ．２０００，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２４．Ｔｈｅ ｍａｋｉｎｇ ｏｆ ａｎ ８−ｙｅａｒ−ｏｌｄ ｗｏｍａｎ．Ｈｏｗ ｄｏ ｗｅ ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄ ｐｕｂｅｒｔｙ？ Ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｐｒｉｓｍ ｏｆ ｏｕｒ ｔｉｍｅｓ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ Ｔｉｍｅｓ ｍａｇａｚｉｎｅ．３８−４３．
Ｎｏｈｔｕｒｆｆｔ，Ａ．，＆ Ｒ．Ｌｏｓｉｃｋ．２００２．Ｆａｔｓ，ｆｌｉｅｓ ａｎｄ ｐａｌｍｉｔａｔｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２９６：８５７−８５８．
Ｓｏｕｋａｓ，Ａ．，Ｐ．Ｃｏｈｅｎ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｌｅｐｔｉｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｗｈｉｔｅ ａｄｉｐｏｓｅ ｔｉｓｓｕｅ．Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．１４：９６３−９８０．
（マイクロアレイの製造方法）
Ｂｒｏｗｎ，Ｐ．Ｏ．，ｅｔ ａｌ．２００１．Ｔｈｅ Ｍｇｕｉｄｅ．ｈｔｔｐ：／／ｃｍｇｍ．ｓｔａｎｆｏｒｄ．ｅｄｕ／ｐｂｒｏｗｎ／ｍｇｕｉｄｅ／．Ａｃｃｅｓｓｅｄ ８ Ｆｅｂｒｕａｒｙ ２００２．
Ｋａｎｅ，Ｍ．Ｄ．，Ｔ．Ａ．Ｊａｔｋｏｅ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ａｎｄ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ（５０ｍｅｒ）ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．２８（２２）：４５５２−４５５７．
Ｋｕｍａｒ，Ａ．，＆ Ａ．Ｌｉａｎｇ．２００１．Ｃｈｅｍｉｃａｌ ｎａｎｏｐｒｉｎｔｉｎｇ：Ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｆａｂｒｉｃａｔｉｎｇ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏｃｈｉｐｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２９（２）：ｅ２．
Ｏｋａｍｏｔｏ，Ｔ．，Ｔ．Ｓｕｚｕｋｉ，＆ Ｎ．Ｙａｍａｍｏｔｏ．２０００．Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｆａｂｒｉｃａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｃｏｖａｌｅｎｔ ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ ｕｓｉｎｇ ｂｕｂｂｌｅ ｊｅｔ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．１８：４３８−４４１．
Ｈａｒｒｉｓ，Ｔ．Ｍ．，Ａ．Ｍａｓｓｉｍｉ，＆ Ｇ．Ｃｈｉｌｄｓ．２０００．Ｉｎｊｅｃｔｉｎｇ ｎｅｗ ｉｄｅａｓ ｉｎｔｏ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｐｒｉｎｔｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．１８：３８４−３８５．
（一般参照）
Ｃｕｍｍｉｎｇｓ，Ｃ．Ａ．，＆ Ｄ．Ｒｅｌｍａｎ．２０００．Ｕｓｉｎｇ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｔｏ ｓｔｕｄｙ ｈｏｓｔ−ｍｉｃｒｏｂｅ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．６（５）：５１３−５２５．
Ｓｃｈａｆｆｅｒ，Ｊ．Ｌ．，Ｍ．Ｐｅｒｅｚ−Ａｍａｄｏｒ，＆ Ｅ．Ｗｉｓｍａｎ，２０００．Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｐｌａｎｔｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．１１：１６２−１６７
Ｌｏｃｋｈａｒｔ，Ｄ．Ｊ．，＆ Ｃ．Ｂａｒｌｏｗ．２００１．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ ｗｈａｔ’ｓ ｏｎ ｙｏｕｒ ｍｉｎｄ：ＤＮＡ ａｒｒａｙｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｂｒａｉｎ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ．２：６３−６８．
Ｓｈｏｅｍａｋｅｒ，Ｄ．Ｄ．，Ｅ．Ｅ．Ｓｃｈａｄｔ，ｅｔ ａｌ．２００１．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｕｓｉｎｇ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．Ｎａｔｕｒｅ．４０９：９２２−９２７．
Ｄａｌｔｏｎ，Ｒ．２０００．ＤＩＹ（Ｄｏ ｉｔ ｙｏｕｒｓｅｌｆ）ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｐｒｏｍｉｓｅ ＤＮＡ ｃｈｉｐｓ ｗｉｔｈ ｅｖｅｒｙｔｈｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ．４０３：２３６
ＤｅＲｉｓｉ，Ｊ．Ｌ．Ｖ．Ｒ．Ｉｙｅｒ，＆ Ｐ．Ｏ．Ｂｒｏｗｎ １９９７．Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｔｈｅ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｎ ａ ｇｅｎｏｍｉｃ ｓｃａｌｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２７８：６８０−６８６．
Ｇａｓｃｈ，Ａ．Ｐ．，Ｐ．Ｔ．Ｓｐｅｌｌｍａｎ，ｅｔ ａｌ．２０００．Ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｇｒａｍｓ ｉｎ ｔｈｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｏｆ ｙｅａｓｔ ｃｅｌｌｓ ｔｏ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ ｃｈａｎｇｅｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｅｌｌ．１１：４２４１−４２５７
Ｇｅｓｃｈｗｉｎｄ，Ｄ．Ｈ．２０００．Ｍｉｃｅ，ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ，ａｎｄ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ｂｒａｉｎ．ＰＮＡＳ．９７：１０６７６−１０６７８．
Ｒ．Ｄｒｍａｎａｃ，Ｓ．Ｄｒｍａｎａｃ，Ｇ．Ｃｈｕｉ，ｅｔ ａｌ．Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（ＳＢＨ）：Ａｄｖａｎｔａｇｅｓ，Ａｃｈｉｅｖｅｍｅｎｔｓ，ａｎｄ Ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ．Ａｄｖａｎｃｅｄ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ／Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．７７，７５−１００．
（メンブラン・チップ）
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｆｒｕｔｏｓ ＡＧ，Ｗｅｂｂ Ｂ，Ｈｏｎｇ Ｙ，Ｆｅｒｒｉｅ Ａ，Ｌａｉ Ｆ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ．Ｍｅｍｂｒａｎｅ ｂｉｏｃｈｉｐｓ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．２００２ Ｄｅｃ；Ｓｕｐｐｌ：６２−５．ＰＭＩＤ：１２５１４９３１
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｆｒｕｔｏｓ ＡＧ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ．Ｇ−ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｃｈｅｍｂｉｏｃｈｅｍ．２００２ Ｏｃｔ ４；３（１０）：９８７−９１．ＰＭＩＤ：１２３６２３６４
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｆｒｕｔｏｓ ＡＧ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ．Ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ．２００２ Ｍａｒ ２０；１２４（１１）：２３９４−５．ＰＭＩＤ：１１８９０７６１
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｗｅｂｂ Ｂ，Ｈｏｎｇ Ｙ，Ｆｅｒｒｉｅ Ａ，Ｌａｉ Ｆ，Ｆｒｕｔｏｓ ＡＧ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ．Ｆａｂｒｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｇ ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２００４；２６４：２３３−４３．ＰＭＩＤ：１５０２０７９４
Ｆａｎｇ Ｙ，Ｌａｈｉｒｉ Ｊ，Ｐｉｃａｒｄ Ｌ．Ｇ ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ｆｏｒ ｄｒｕｇ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ Ｔｏｄａｙ．２００３ Ａｕｇ １５；８（１６）：７５５−６１．Ｒｅｖｉｅｗ．ＰＭＩＤ：１２９４４０９８
Ｍｉｓｈｉｎａ ＹＭ，Ｗｉｌｓｏｎ ＣＪ，Ｂｒｕｅｔｔ Ｌ，Ｓｍｉｔｈ ＪＪ，Ｓｔｏｏｐ−Ｍｙｅｒ Ｃ，Ｊｏｎｇ Ｓ，Ａｍａｒａｌ ＬＰ，Ｐｅｄｅｒｓｅｎ Ｒ，Ｌｙｍａｎ ＳＫ，Ｍｙｅｒ ＶＥ，Ｋｒｅｉｄｅｒ ＢＬ，Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ＣＭ．Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ ＧＰＣＲ ａｓｓａｙ ｉｎ ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ ｃｅｌｌ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｊ Ｂｉｏｍｏｌ Ｓｃｒｅｅｎ．２００４ Ａｐｒ；９（３）：１９６−２０７．ＰＭＩＤ：１５１４０３８１
Ｍａｃｋ Ｊ．Ｆｕｌｗｙｌｅｒ ａｎｄ Ｔｈｏｍａｓ Ｍ．ＭｃＨｕｇｈ，“Ｆｌｏｗ Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ａｎｄ Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｏｌｕｂｌｅ Ａｎａｌｙｔｅｓ，”Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．３３，ｐｐ．６１３−６１９．
Ｆｕｌｗｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ，“Ｉｍｍｕｎｏｒｅａｌｔｉｖｅ Ｂｅａｄ（ＩＲＢ）Ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｑｕａｎｔａｔｉｖｅ ａｎｄ Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｉｃ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ａｎａｌｙｔｅｓ”，Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ ２，ｐ．１９，Ｓｅｐ．２，１９８８．
Ｆｕｌｗｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｆｌｏｗ Ｍｉｃｒｏｐｈｅｒｅｓ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ａｎｄ Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｏｌｕｂｌｅ Ａｎａｌｙｔｅｓ，”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，３３，６１３−６２９（１９９０）．
Ｖｅｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ａ Ｎｏｖｅｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ Ｎｏｎｒａｄｉｏａｃｔｉｖｅ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ａｓｓａｙ ｏｆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｕｓｉｎｇ Ｓｔａｉｎｅｄ Ｌａｔｅｘ Ｐａｒｔｉｃｌｅｓ，”Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１９８，３０８−３１１（１９９１）．
Ｗｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，“Ａ Ｎｅｗ Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ−Ｂａｓｅｄ Ｉｍｍｕｎｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ａｓｓａｙ Ｕｓｉｎｇ Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，”Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ，１０７，２２５−２３０（１９８８）．
Ｂａｙｅｒｌ，Ｔ．Ｍ．＆ Ｂｌｏｏｍ，Ｍ．Ｐｈｙｓｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ ｓｉｎｇｌｅ ｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄ ｂｉｌａｙｅｒｓ ａｄｓｏｒｂｅｄ ｔｏ ｍｉｃｒｏ ｇｌａｓｓ ｂｅａｄｓ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｊ．５８，３５７−３６２（１９９０）．
Ｂｕｒａｎｄａ，Ｔ．ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｍｉｍｅｔｉｃ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｓｓｅｍｂｌｉｅｓ ｏｎ ｇｌａｓｓ ａｎｄ ｍｅｓｏｐｏｒｏｕｓ ｓｉｌｉｃａ ｍｉｃｒｏｂｅａｄｓ ｆｏｒ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．Ｌａｎｇｍｕｉｒ １９，１６５４−１６６３（２００３）．
（病原体検出）
Ｓｅｕｎｇ Ｍｉｎ Ｙｏｏ，Ｋｉ Ｃｈａｎｇ Ｋｅｕｍ，ｅｔ ａｌ．２００４．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ Ｍｉｏｒｏａｒｒａｙ ｆｏｒ Ｐａｔｈｏｇｅｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｐｒｏｃｅｓｓ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ．９：９３−９９
Ｃａｌｌ ＤＲ，Ｂｏｒｕｃｋｉ ＭＫ，Ｌｏｇｅ ＦＪ．Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ｉｎ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ ｓａｍｐｌｅｓ ｕｓｉｎｇ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｊ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ．２００３ Ｍａｙ；５３（２）：２３５−４３．Ｒｅｖｉｅｗ．ＰＭＩＤ：１２６５４４９４
Ｓｏｍｅｒ Ｌ，Ｋａｓｈｉ Ｙ．Ａ ＰＣＲ ｍｅｔｈｏｄ ｂａｓｅｄ ｏｎ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｆｏｒ ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｇｅｎｕｓ Ｌｉｓｔｅｒｉａ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｐｅｃｉｅｓ Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ ｉｎ ｆｏｏｄ ｐｒｏｄｕｃｔｓ．Ｊ Ｆｏｏｄ Ｐｒｏｔ．２００３ Ｓｅｐ；６６（９）：１６５８−６５．ＰＭＩＤ：１４５０３７２１
Ｗａｒｓｅｎ ＡＥ，Ｋｒｕｇ ＭＪ，ＬａＦｒｅｎｔｚ Ｓ，Ｓｔａｎｅｋ ＤＲ，Ｌｏｇｅ ＦＪ，Ｃａｌｌ ＤＲ．Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ １５ ｆｉｓｈ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ｂｙ ｕｓｉｎｇ １６Ｓ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＤＮＡ ＰＣＲ ａｎｄ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００４ Ｊｕｌ；７０（７）：４２１６−２１．ＰＭＩＤ：１５２４０３０４
Ｍａｙｎａｒｄ Ｃ，Ｂｅｒｔｈｉａｕｍｅ Ｆ，Ｌｅｍａｒｃｈａｎｄ Ｋ，Ｈａｒｅｌ Ｊ，Ｐａｙｍｅｎｔ Ｐ，Ｂａｙａｒｄｅｌｌｅ Ｐ，Ｍａｓｓｏｎ Ｌ，Ｂｒｏｕｓｓｅａｕ Ｒ．Ｗａｔｅｒｂｏｒｎｅ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｂｙ ｕｓｅ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｂａｓｅｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００５ Ｄｅｃ；７１（１２）：８５４８−５７．ＰＭＩＤ：１６３３２８４６
Ｇｏｎｚａｌｅｚ ＳＦ，Ｋｒｕｇ ＭＪ，Ｎｉｅｌｓｅｎ ＭＥ，Ｓａｎｔｏｓ Ｙ，Ｃａｌｌ ＤＲ．Ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍａｒｉｎｅ ｆｉｓｈ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ ＰＣＲ ａｎｄ ａ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００４．Ａｐｒ；４２（４）：１４１４−９．ＰＭＩＤ：１５０７０９８２
Ｍ．Ｔ．ＭｃＢｒｉｄｅ，Ｓ．Ｍ．Ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ，Ｔ．Ｒ．Ｓｌｅｚａｋ，＆ Ｐ．Ｍ．Ｉｍｂｒｏ．Ｔａｉｌｏｒｅｄ ａｓｓａｙｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｄｉｓｅａｓｅ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ｉｎ ａｎｉｍａｌｓ．ＩＶＤ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｍａｙ ２００５
（小ＲＮＡ）
Ｒｅｍｏｄｅｌｌｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｂｙ ｔｗｏ ｓｍａｌｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ＲＮＡｓ．Ｇｕｉｌｌｉｅｒ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ５９（１），２３１−４７，２００６
Ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ ｓｍａｌｌ，ｎｏｎｃｏｄｉｎｇ ＲＮＡｓ ｕｎｄｅｒ ｓｐｏｒｕｌａｔｉｏｎ ｃｏｎｔｒｏｌ ｉｎ Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ．Ｓｉｌｖａｇｇｉ，Ｊ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ １８８（２），５３２−４１，２００６
Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｅｓ ｆｒｏｍ ｓｍａｌｌ−ｓｃａｌｅ，ｓｉｎｇｌｅ−ｄｏｎｏｒ ｐｌａｔｅｌｅｔ ｓａｍｐｌｅｓ．Ｈｉｌｌｍａｎｎ，Ａ．Ｇ．ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ ａｎｄ Ｈａｅｍｏｓｔａｓｉｓ ４（２），３４９−５６，２００６
Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｍａｌｌ ｑｕａｎｔｉｔｙ ＲＮＡ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｆｏｒ ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ＴＮＦ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｉｎ ｃｕｌｔｕｒｅｄ ｈｕｍａｎ ｖａｓｃｕｌａｒ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ ｃｅｌｌｓ．Ｓｈｏｕ，Ｈ．Ｙ．ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ５３（２），１５２−９，２００６
Ａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｂａｓｅｄ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｓｍａｌｌ ＲＮＡ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ．Ｈｕ，Ｚ．Ｌ．ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ３４（７），ＮＰＧ，２００６
Ｎｏｔｃｈ３ ｇｅｎｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ．Ｐａｒｋ，Ｊ．Ｔ．ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６６（１２），６３１２−８，２００６
Ｄｉｓｓｅｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｈｉｓｔｏｎｅ ｄｅａｃｅｔｙｌａｓｅｓ ｂｙ ＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ａｎｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ．Ｆｏｇｌｉｅｔｔｉ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２８１（２６），１７９６８−７６，２００６
ｃ−Ｍｙｂ ｉｓ ａｎ ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ｄｏｗｎｓｔｒｅａｍ ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｈｏｍｅｏｂｏｘ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｃｅｌｌｓ．Ｈｅｓｓ，Ｊ．Ｌ．ｅｔ ａｌ．ＢＩｏｏｄ １０８（１），２９７−３０４，２００６
Ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｒｅｇｉｏｎｓ ｆｏｒ ａ ｎｏｖｅｌ ｇｅｎｅ ｆｏｒ Ｋａｒｔａｇｅｎｅｒ ｓｙｎｄｒｏｍｅ．Ｇｕｔｉｅｒｒｅｚ−Ｒｏｅｌｅｎｓ，Ｉ．ｅｔ ａｌ．Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １４（７），８０９−１５，２００６
ＭｉｃｒｏＲＮＡ−ｔａｒｇｅｔｅｄ ａｎｄ ｓｍａｌｌ ｉｎｔｅｒｆｅｒｉｎｇ ＲＮＡ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｍＲＮＡ ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ ｉｓ ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｂｙ Ａｒｇｏｎａｕｔｅ，Ｄｉｃｅｒ，ａｎｄ ＲＮＡ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ＲＮＡ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｉｎ Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ．Ｒｏｎｅｍｕｓ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ １８（７），１５５９−７４，２００６
（メチル化）
Ｈｉｇｈ−Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ Ｕｓｉｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｂｅａｄ Ａｒｒａｙｓ，Ｍ．Ｂｉｂｉｋｏｖａ，Ｚ．Ｌｉｎ，Ｌ．Ｚｈｏｕ，Ｅ．Ｃｈｕｄｉｎ，Ｅ．Ｗｉｃｋｈａｍ Ｇａｒｃｉａ，Ｂ．Ｗｕ，Ｄ．Ｄｏｕｃｅｔ，Ｎ．Ｊ．Ｔｈｏｍａｓ，Ｙ．Ｗａｎｇ，Ｅ．Ｖｏｌｌｍｅｒ，Ｔ．Ｇｏｌｄｍａｎｎ，Ｃ．Ｓｅｉｆａｒｔ，Ｗ．Ｊｉａｎｇ，Ｄ．Ｌ．Ｂａｒｋｅｒ，Ｍ．Ｓ．Ｃｈｅｅ，Ｊ．Ａ．Ｆｌｏｒｏｓ ａｎｄ Ｊ．Ｂ．Ｆａｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１６（３），３８３ − ３９３，Ｍａｒｃｈ ２００６．
Ｈｕｍａｎ Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ Ｈａｖｅ ａ Ｕｎｉｑｕｅ Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ，Ｍ．Ｂｉｂｉｋｏｖａ，Ｅ．Ｃｈｕｄｉｎ，Ｂ．Ｗｕ，Ｌ．Ｚｈｏｕ，Ｅ．Ｗｉｃｋｈａｍ Ｇａｒｃｉａ，Ｙ．Ｌｉｕ，Ｓ．Ｓｈｉｎ，Ｔ．Ｗ．Ｐｌａｉａ，Ｊ．Ｍ．Ａｕｅｒｂａｃｈ，Ｄ．Ｅ．Ａｒｋｉｎｇ，Ｒ．Ｇｏｎｚａｌｅｚ，Ｊ．Ｃｒｏｏｋ，Ｂ．Ｄａｖｉｄｓｏｎ，Ｔ．Ｃ．Ｓｃｈｕｌｚ，Ａ．Ｒｏｂｉｎｓ，Ａ．Ｋｈａｎｎａ，Ｐ．Ｓａｒｔｉｐｙ，Ｊ．Ｈｙｌｌｎｅｒ，Ｐ．Ｖａｎｇｕｒｉ，Ｓ．Ｓａｖａｎｔ−Ｂｈｏｎｓａｌｅ，Ａ．Ｋ．Ｓｍｉｔｈ，Ａ．Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ，Ａ．Ｍａｉｔｒａ，Ｍ．Ｒａｏ，Ｄ．Ｌ．Ｂａｒｋｅｒ，Ｊ．Ｆ．Ｌｏｒｉｎｇ ａｎｄ Ｊ．Ｂ．Ｆａｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｏｎｌｉｎｅ Ａｕｇｕｓｔ ９，２００６，１０．１１０１／ｇｒ．５３１９９０６．
（標識付け）
Ｓｕｍｍａｒｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｓｅｎｓｉｎｇ ａｎｄ Ｐｏｓｉｔｉｏｎｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｗｏｒｋｓｈｏｐ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｎ ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｆｏｒ Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ：Ｉｎｔｅｒｉｍ Ｒｅｐｏｒｔ（２００４），Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｂｏａｒｄ，Ｔｏｐｉｃ １：Ｓｅｃｕｒｉｔｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｏｖｅｒｖｉｅｗ
Ｄｅｓｏｕｚａ，Ｋ．Ｃ．Ｖａｎａｐａｌｌｉ，Ｇ．Ｋ．Ｓｅｃｕｒｉｎｇ Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ Ａｓｓｅｔｓ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ：Ｌｅｓｓｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ Ｄｅｆｅｎｓｅ ａｎｄ Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅ Ｓｅｃｔｏｒｓ Ｓｙｓｔｅｍ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２００５．ＨＩＣＳＳ ’０５．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ３８ｔｈ Ａｎｎｕａｌ Ｈａｗａｉｉ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ ｏｎ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｄａｔｅ：０３−０６ Ｊａｎ．２００５
（書籍）
Ｄ．Ｂｏｗｔｅｌｌ ａｎｄ Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ．２００３，ＤＮＡ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ，Ａ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｍａｎｕａｌ．Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（特に第１〜４節）
Ｇ．Ｔ．Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１９９６，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ（パート１、２、、３は全て直接利用可能）
Ｈａｃｉａ Ｊ，Ｂｒｏｄｙ Ｌ，Ｃｈｅｅ Ｍ，ｅｔ ａｌ．“Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｕｓ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ＢＲＣＡ１ ｕｓｉｎｇ ｈｉｇｈ ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｒｒａｙｓ ａｎｄ ｔｗｏ−ｃｏｌｏｒ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ”Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ，１９９６，１４，４４１．
Ｈａｃｉａ Ｊ，Ｅｄｇｅｍｏｎ Ｋ，Ｓｕｎ Ｂ ｅｔ ａｌ．“Ｔｗｏ ｃｏｌｏｒ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｕｓｉｎｇ ｈｉｇｈ ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｒｒａｙｓ ａｎｄ ｅｎｅｒｇｙ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｄｙｅｓ”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ，１９９８，２６，４２４９．
Ｈａｃｉａ Ｊ．“Ｒｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ｍｕｔａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｕｓｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ”Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ），１９９９，２１，４２．
Ｗｏｄｉｃｋａ Ｌ ｅｔ ａｌ．“Ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｉｎ Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ”Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９７，１５，１３５９．
Ｌｏｃｋｈａｒｔ Ｄ ｅｔ ａｌ．“Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｂｙ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｔｏ ｈｉｇｈ−ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｒｒａｙｓ”Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９７，１４，１６７５．
ＤｅＲｉｓｉ Ｊ．ｅｔ ａｌ．“Ｕｓｅ ｏｆ ａ ｃＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｔｏ ａｎａｌｙｓｉｓ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ”Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ，１９９６，１４，４５７．
Ｂｒｏｗｎ Ｐ Ｏ，Ｂｏｔｓｔｅｉｎ Ｄ．“Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ ｔｈｅ ｎｅｗ ｗｏｒｌｄ ｏｆ ｇｅｎｏｍｅ ｗｉｔｈ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ”Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ），１９９９，２１，３３．
Ｊｅｌｉｎｓｋｙ Ｓ ａｎｄ Ｓａｍｓｏｎ Ｌ．“Ｇｌｏｂａｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｏｆ Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ ｔｏ ａ ａｌｋｙｌａｔｉｎｇ ａｇｅｎｔ”ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９９９，９６，４８６．
Ｇｏｌｕｂ Ｔ．ｅｔ ａｌ．，１９９９，“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ：Ｃｌａｓｓ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｂｙ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ”Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９，２８６，５３１．
Ｈｅｌｌｅｒ ＲＡ，Ｓｃｈｅｎａ Ｍ，Ｃｈａｉ Ａ，ｅｔ ａｌ．“Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｄｉｓｅａｓｅ−ｒｅｌａｔｅｄ ｇｅｎｅｓ ｕｓｉｎｇ ｃＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ”．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１９９７，９４，２１５０．
Ｗａｎｇ Ｄ，Ｆａｎ Ｊ，Ｓｉａｏ Ｃ ｅｔ ａｌ．“Ｌａｒｇｅ−ｓｃａｌｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｍａｐｐｉｎｇ ａｎｄ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ｏｆ ｓｉｎｇｌｅ−ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ”Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９８，２８０，１０７７．
Ｌｉｐｓｈｕｔｚ ＲＪ，Ｍｏｒｒｉｓ Ｄ，Ｃｈｅｅ Ｍ，ｅｔ ａｌ．“Ｕｓｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｒｏｂｅ ａｒｒａｙｓ ｔｏ ａｃｃｅｓｓ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ”Ｂｉｏ Ｆｅａｔｕｒｅ，１９９５，１９（３），４４２．
Ｗａｌｌｒａｆｆ Ｇ．，Ｌａｂａｄｉｅ Ｊ．，Ｂｒｏｃｋ Ｐ．ｅｔ ａｌ．“ＤＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｎ ａ Ｃｈｉｐ”Ｃｈｅｍｔｅｃｈ，１９９７，２２，３２．
【特許請求の範囲】
【請求項１】
軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
マイクロ粒子のためのコードが設けられる、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項２】
前記マイクロ粒子の前記コードが１，０００個を越えるコードスペースからのものである請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項３】
前記マイクロ粒子の前記コードが１０，０００個を越えるコードスペースからのものである請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項４】
前記第２の材料が透明である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５】
前記第１の材料が不透明である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項６】
前記透明材料がガラスを含む請求項４に記載のマイクロ粒子。
【請求項７】
前記第１の材料が不透明である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項８】
前記マイクロ粒子の外面全体がガラスである請求項７に記載のマイクロ粒子。
【請求項９】
前記第１の材料が半導体又は金属を含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１０】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ以下である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１６】
前記第２の材料がその中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１７】
前記第２の材料が、多数の生化学分子がその上に付着される面を含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１８】
前記マイクロ粒子が単分子層内にほぼ配置される請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１９】
前記マイクロ粒子が液体中に配置され、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行い、かつ前記面に付着された生化学分子を有する請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０】
前記第２の材料がその面に複数のへこみを含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１】
各マイクロ粒子が、
軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
マイクロ粒子のためのコードが設けられる、多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２２】
前記第２の材料が透明である請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２３】
前記第１の材料が不透明である請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２４】
前記第１の材料が半導体又は金属を含む請求項２３に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２５】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２６】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２７】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項２６に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２８】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項２６に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２９】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項２６に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項３０】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項２６に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項３１】
前記第２の材料がその中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項３２】
前記第２の材料が、多数の生化学分子がその上に付着される面を含む請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項３３】
軸線に沿って整列した複数の別個のセグメントをそれぞれ含み、かつコードをそれぞれ表す複数のマイクロ粒子を形成するように、基板上に層を堆積させパターニングする工程と、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離するため、前記マイクロ粒子をリリースする工程とを含む、コード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項３４】
前記層を堆積させパターニングする前記工程が、
第１の層を前記基板上に堆積させる工程と、
第２の層を前記基板上に堆積させる工程と、
各粒子領域が前記軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを有するようにして、前記第２の層を複数の粒子領域に形成する工程と、
第３の層を前記基板上に堆積させる工程とをさらに含む請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記層をパターニングする前記工程が、
１回目に第１のパターンを前記層上に形成する工程と、
２回目に第２のパターンを前記層上に形成する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンが前記マイクロ粒子を形成する請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記第１の材料が透明である請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記第２の材料が不透明である請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記第２の材料が半導体又は金属を含む請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項３４に記載の方法。
【請求項４０】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項３４に記載の方法。
【請求項４１】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項３４に記載の方法。
【請求項４２】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
磁性材料から成る層を形成する工程をさらに含む請求項３４に記載の方法。
【請求項４４】
複数の分子から成る蛍光層を形成する工程をさらに含む請求項３４に記載の方法。
【請求項４５】
多数の生化学分子を面のマイクロ粒子上又はその中に付着させる工程をさらに含む請求項３４に記載の方法。
【請求項４６】
基板を用意する工程と、
第１の層を前記基板上に堆積させる工程と、
第２の層を前記基板上に堆積させる工程と、
各粒子領域が軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを有するようにして、前記第２の層を複数の粒子領域に形成する工程と、
第３の層を前記基板上に堆積させる工程と、
個々の粒子を形成するため、前記粒子領域内の前記層を前記基板からリリースする工程とを含み、
個々の粒子の前記離散的なセグメントによってコードが形成される、コード化された粒子を作成する方法。
【請求項４７】
前記層をパターニングする前記工程が、
１回目に第１のパターンを前記層上に形成する工程と、
２回目に第２のパターンを前記層上に形成する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンが前記マイクロ粒子を形成する請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記第１の材料が透明である請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記第２の材料が不透明である請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
前記第２の材料が半導体又は金属を含む請求項４７に記載の方法。
【請求項５１】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項４７に記載の方法。
【請求項５２】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項４７に記載の方法。
【請求項５３】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項４７に記載の方法。
【請求項５４】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項４７に記載の方法。
【請求項５５】
磁性材料から成る層を形成する工程をさらに含む請求項４７に記載の方法。
【請求項５６】
複数の分子から成る蛍光層を形成する工程をさらに含む請求項４７に記載の方法。
【請求項５７】
多数の生化学分子を面のマイクロ粒子上又はその中に付着させる工程をさらに含む請求項４７に記載の方法。
【請求項５８】
基板にほぼ平行な軸線に沿って整列した複数の離散的なセグメントをそれぞれ含み、かつコードをそれぞれ表す複数のマイクロ粒子を形成するように、前記基板上に層を堆積させパターニングする工程と、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離するため、前記マイクロ粒子をリリースする工程とを含み、
各マイクロ粒子に対する前記コードが、前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能である、コード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項５９】
前記層をパターニングする工程が、
１回目に第１のパターンを前記層上に形成する工程と、
２回目に第２のパターンを前記層上に形成する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンが前記マイクロ粒子を形成する請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記第１の材料が透明である請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
前記第２の材料が不透明である請求項５８に記載の方法。
【請求項６２】
前記第２の材料が半導体又は金属を含む請求項５８に記載の方法。
【請求項６３】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項５８に記載の方法。
【請求項６４】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項５８に記載の方法。
【請求項６５】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項５８に記載の方法。
【請求項６６】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項５８に記載の方法。
【請求項６７】
磁性材料から成る層を形成する工程をさらに含む請求項５８に記載の方法。
【請求項６８】
複数の分子から成る蛍光層を形成する工程をさらに含む請求項５８に記載の方法。
【請求項６９】
多数の生化学分子を面のマイクロ粒子上又はその中に付着させる工程をさらに含む請求項５８に記載の方法。
【請求項７０】
軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、
透明であり、前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
前記マイクロ粒子のためのコードが設けられ、前記軸線に直交する全ての角度から検出可能である、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１】
前記層をパターニングする前記工程が、
１回目に第１のパターンを前記層上に形成する工程と、
２回目に第２のパターンを前記層上に形成する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンがマイクロ粒子を形成する請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記第１の材料が透明である請求項７０に記載の方法。
【請求項７３】
前記第２の材料が不透明である請求項７０に記載の方法。
【請求項７４】
前記第２の材料が半導体又は金属を含む請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項７１に記載の方法。
【請求項７６】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項７５に記載の方法。
【請求項７９】
磁性材料から成る層を形成する工程をさらに含む請求項７５に記載の方法。
【請求項８０】
複数の分子から成る蛍光層を形成する工程をさらに含む請求項７５に記載の方法。
【請求項８１】
多数の生化学分子を、面のマイクロ粒子上又はその中に付着させる工程をさらに含む請求項７５に記載の方法。
【請求項８２】
透明性がより高い材料と透明性がより低い材料との交互になった複数の部分を含み、前記透明性がより低い材料の部分が前記透明性がより高い材料の部分に隣接した、細長い本体を含み、
前記透明性がより高い材料の部分及び前記透明性がより低い材料の部分が検出可能なコードを表す、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８３】
前記透明性がより低い材料が不透明である請求項８２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８４】
前記透明性がより高い材料がガラスである請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５】
前記透明性がより低い材料が、可視スペクトル内において吸収率がより高い材料である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８６】
前記透明性がより低い材料が、光反射率がより高い材料である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８７】
前記不透明材料が半導体又は金属を含む請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８８】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９１】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項９０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９２】
前記マイクロ粒子のアスペクト比が３：１以上である請求項９０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９３】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項９０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９４】
前記細長い本体が、その中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９５】
前記細長い本体が、多数の生化学分子がその上に付着される面を含む請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９６】
軸線に沿って空間コードを有すると共に、複数の細長い辺を有するマイクロ粒子を用意する工程と、
前記マイクロ粒子上に入射光を用意する工程と、
前記マイクロ粒子によって反射された、又はそれを透過した光を検出する工程とを含み、
前記光が前記細長い辺のどれに入射したかとは無関係に前記マイクロ粒子の前記コードを検出することができる、コード化されたマイクロ粒子を検出する方法。
【請求項９７】
前記光が、可視光又は近可視光範囲内にスペクトルを有する請求項９６に記載の方法。
【請求項９８】
前記マイクロ粒子が、
軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
前記マイクロ粒子のためのコードが設けられる請求項９６に記載の方法。
【請求項９９】
前記マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子のコードスペースの構成要素であり、前記コードスペースが１０００個を超える請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子のコードスペースの構成要素であり、前記コードスペースが１００００個を超える請求項９８に記載の方法。
【請求項１０１】
前記第２の材料が透明である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０２】
前記第１の材料が不透明である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０３】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０４】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０５】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０６】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０８】
前記第２の材料が、その中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０９】
前記第２の材料が、多数の生化学分子がその上に付着される面を含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１０】
前記マイクロ粒子が単分子層内にほぼ配置される請求項９９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記マイクロ粒子が液体バッファ中に配置され、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行い、かつ前記面に付着された生化学分子を有する請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
前記第２の材料が、その面内に複数のへこみを含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１３】
５０μｍ未満の最長寸法と、
ほぼガラスである外面と、
光学的拡大によって読み取ることができる空間コードとを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項１１４】
前記空間コードが反射光によって検出可能である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１５】
前記空間コードが透過光によって検出可能である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１６】
前記空間コードが放射光によって検出可能である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１７】
前記空間コードが単一の画像取得イベントによって検出可能である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１８】
前記マイクロ粒子が２０，０００μｍ3以下の体積を有する請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１９】
前記マイクロ粒子が５０００μｍ3以下の体積を有する請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２０】
前記マイクロ粒子が１０００μｍ3以下の体積を有する請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２１】
前記マイクロ粒子の前記コードが、１，０００個を超えるコードスペースからのものである請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２２】
前記マイクロ粒子の前記コードが、１０，０００個を超えるコードスペースからのものである請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２３】
前記マイクロ粒子が不透明材料を含む請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２４】
前記不透明材料が半導体又は金属を含む請求項１２３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２５】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２６】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２７】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２８】
前記第２の材料が、その中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２９】
前記マイクロ粒子の面上に多数の生化学分子をさらに含む請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３０】
前記マイクロ粒子が、単分子層内にほぼ配置された複数のマイクロ粒子の構成要素である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３１】
前記マイクロ粒子が液体バッファ中に配置され、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行い、かつ前記面に付着された生化学分子を有する請求項１３０に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３２】
前記マイクロ粒子の面内に複数のへこみをさらに含む請求項１３０に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３３】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３４】
前記マイクロ粒子の長さが２０μｍ以下である請求項１３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３５】
５０μｍ未満の最長寸法と、
ほぼガラスの外面と、
１．５μｍ以下の最大サイズを有するコード要素を含む空間コードとを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項１３６】
前記最大サイズが１．０μｍ以下である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３７】
前記マイクロ粒子が２００００μｍ3以下の体積を有する請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３８】
前記マイクロ粒子が５０００μｍ3以下の体積を有する請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３９】
前記マイクロ粒子がさらに、
軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
前記マイクロ粒子のためのコードが設けられる請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４０】
前記空間コードが反射率イメージング・システムによって検出可能である請求項１３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４１】
前記空間コードが透過型イメージング・システムによって検出可能である請求項１３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４２】
前記空間コードが蛍光イメージングによって検出可能である請求項１３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４３】
前記空間コードが単一の画像取得イベントによって検出可能である請求項１３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４４】
前記マイクロ粒子が不透明材料を含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４５】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４６】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４７】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４８】
前記マイクロ粒子の面の全て又は一部分の上若しくは中に複数の蛍光分子をさらに含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４９】
前記マイクロ粒子の面上に多数の生化学分子をさらに含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５０】
前記マイクロ粒子が、単分子層内にほぼ配置された複数のマイクロ粒子の構成要素である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５１】
前記マイクロ粒子が液体中に配置され、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行い、かつ前記面に付着された生化学分子を有する請求項１５０に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５２】
前記マイクロ粒子の面内に複数のへこみをさらに含む請求項１５１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５３】
前記空間コードが反射光によって検出可能である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５４】
前記空間コードが透過光によって検出可能である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５５】
前記空間コードが放射光によって検出可能である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５６】
前記マイクロ粒子が透明材料を含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５７】
前記マイクロ粒子の面上に複数の蛍光分子をさらに含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５８】
ａ）マイクロ粒子領域ごとに単一のコード要素を定義するパターンを設ける工程と、
ｂ）第１のコード要素に前記パターンを印刷する工程と、
ｃ）前記第１のコード要素及び次のコード要素が同じマイクロ粒子領域内にあるようにして、次のコード要素に前記パターンを印刷する工程とを含み、
ｄ）前記マイクロ粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するためのコードを形成する印刷プロセスを用いて、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１５９】
前記印刷工程（ｂ）又は（ｃ）がフォトリソグラフィを用いて行われる請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６０】
前記印刷が、ステップ・アンド・リピート露光システムを使用することを含む請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６１】
前記印刷工程が、感光層を露光することによって行われる請求項１５９に記載の方法。
【請求項１６２】
前記印刷工程（ｂ）又は（ｃ）がインプリント・リソグラフィを用いて行われる請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６３】
前記パターンがレチクル上に形成される請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６４】
前記コードが、複数の個別の不透明なセグメントで形成される請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６５】
マイクロ粒子が形成される前記基板が、露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６６】
１回目にマイクロ粒子の前記コードの第１の部分を印刷する工程と、
前記第１の部分及び第２の部分が少なくとも部分的に各マイクロ粒子のための前記コードを形成するようにして、前記１回目の後の２回目に、前記マイクロ粒子の前記コードの第２の部分を印刷する工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１６７】
前記印刷工程のどちらか１つが、フォトリソグラフィを用いて行われる請求項１６６に記載の方法。
【請求項１６８】
前記印刷が、露光システムのステップ・アンド・リピートを行う工程を含む請求項１６７に記載の方法。
【請求項１６９】
前記印刷工程が、感光層を露光することによって行われる請求項１６７に記載の方法。
【請求項１７０】
前記印刷工程のどちらか１つがスタンピングを用いて行われる請求項１６６に記載の方法。
【請求項１７１】
前記パターンがレチクル上に形成される請求項１６６に記載の方法。
【請求項１７２】
前記コードが、複数の交互になった透過率がより高いセグメントと透過率がより低いセグメントで形成される請求項１６６に記載の方法。
【請求項１７３】
マイクロ粒子がその上に形成される前記基板が、露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７４】
ａ）複数のコード化されたマイクロ粒子を含む基板を用意する工程と、
ｂ）識別要素を含むパターンを設ける工程と、
ｃ）前記パターンを前記基板又は前記基板の一部分の上に印刷する工程と、
ｄ）前記基板を予め定められた距離だけ横方向にシフトさせる工程と、
ｅ）工程ｃを再び実行する工程とを含み、
ｆ）前記粒子上のコードが設けられる、マイクロ粒子を識別するマイクロ粒子のためのコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いて複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１７５】
前記印刷工程がフォトリソグラフィを用いて行われる請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７６】
前記印刷が、ステップ・アンド・リピート露光システムを使用することを含む請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７７】
前記印刷工程が、感光層を露出することによって行われる請求項１７６に記載の方法。
【請求項１７８】
前記コード化されたマイクロ粒子がガラスの外側層を含む請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７９】
前記パターンがレチクル上に形成される請求項１７６に記載の方法。
【請求項１８０】
前記コードが複数の個別の不透明なセグメントで形成される請求項１７６に記載の方法。
【請求項１８１】
マイクロ粒子がその上に形成される前記基板が露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１７７に記載の方法。
【請求項１８２】
１回目にマイクロ粒子のコードの第１の部分を印刷する工程と、
前記１回目の後の２回目に前記マイクロ粒子のコードの第２の部分を印刷する工程とを含む方法を行うことができるステップ・アンド・リピート露光システムと、
前記ステップ・アンド・リピート露光システムが前記方法を行うのを制御するための、一連のコンピュータ実行命令を有するコンピュータ可読媒体とを含む、システム。
【請求項１８３】
同じコードを全て有する複数のコード化されたマイクロ粒子をそれぞれ含む複数の領域を含む、一組のコード化されたマイクロ粒子を作成する印刷システムを方向付ける工程を含む方法を行うためのコンピュータ実行命令を有し、前記コンピュータ・プログラムが、前記異なる領域の前記コードを形成する座標位置及び横方向のオフセットのリストを含む、方法を行うためのコンピュータ実行命令を有するコンピュータ可読媒体。
【請求項１８４】
１回目にマイクロ粒子のコードの第１の部分を印刷する工程と、
前記１回目の後の２回目に前記マイクロ粒子のコードの第２の部分を印刷する工程とを含む方法を行うことができるステップ・アンド・リピート露光システムと、
前記ステップ・アンド・リピート露光システムが前記方法を行うのを制御するための、一連のコンピュータ実行命令を有するコンピュータ可読媒体とを含む、システム。
【請求項１８５】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）第１の層を堆積させる工程と、
ｃ）第２の層を堆積させる工程と、
ｄ）ステップ・アンド・リピート露光システムの命令にしたがって、マイクロ粒子のコードを形成する工程とを含み、
ｅ）前記粒子上のコードが設けられる、マイクロ粒子を識別するためのコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いて複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１８６】
前記粒子領域を形成する前記工程が、
基板を用意する工程と、
識別要素を含むパターンを設ける工程と、
前記パターンを前記基板又は前記基板の一部分の上に印刷する工程と、
前記基板を予め定められた距離だけ横方向にシフトさせる工程と、
工程ｃを再び実行する工程とをさらに含み、
前記粒子上のコードが設けられる請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８７】
前記印刷工程がフォトリソグラフィを用いて行われる請求項１８６に記載の方法。
【請求項１８８】
前記印刷が、ステップ・アンド・リピート露光システムを使用することを含む請求項１８６に記載の方法。
【請求項１８９】
前記印刷工程が感光層を露光することによって行われる請求項１８６に記載の方法。
【請求項１９０】
前記印刷工程がエンボシング・リソグラフィである請求項１８６に記載の方法。
【請求項１９１】
前記パターンがフォトマスク上に供給される請求項１８６に記載の方法。
【請求項１９２】
前記コードが複数の個別の不透明なセグメントで形成される請求項１８６に記載の方法。
【請求項１９３】
マイクロ粒子がその上に形成される前記基板が露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９４】
基板上にパターニングされるべき第１の層を堆積させる工程と、
パターニングされるべき前記層上にフォトレジスト層である第２の層を堆積させる工程と、
ステップ・アンド・リピート露光システムを用いて、前記フォトレジスト層全体にわたってコード要素パターンを順送りすることによって、露光パターンを前記フォトレジスト層内に形成する工程と、
前記フォトレジスト層を選択的に除去し、前記第１の層をパターニングする工程とを含み、
前記ステップ・アンド・リピート露光システムが、同じ基板上に異なるマイクロ粒子コードを形成するようにプログラムされ、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離する工程をさらに含む、コード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１９５】
前記第１の層を堆積させる前に別の層を堆積させる工程をさらに含む請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９６】
前記印刷が露光システムのステップ・アンド・リピートを行う工程を含む請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９７】
前記コード要素パターンがレチクル上に形成される請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９８】
前記コードが複数の個別の不透明なセグメントで形成される請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９９】
マイクロ粒子がその上に形成される前記基板が露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１９４に記載の方法。
【請求項２００】
前記コード要素パターンが前記露光パターンの部分集合を含む請求項１９７に記載の方法。
【請求項２０１】
前記コード要素パターンがレチクル上に形成される請求項１９７に記載の方法。
【請求項２０２】
前記基板が横方向にシフトされる距離が、粒子の最長寸法よりも少ない量である請求項１９７に記載の方法。
【請求項２０３】
軸線を有する細長い本体であって、前記軸線に垂直に取った断面がほぼ正方形である本体を含む、マイクロ粒子。
【請求項２０４】
検出可能な空間コードを含み、ほぼ正方形の断面を有する細長い構造を含み、
前記細長い構造が、可視光又は近可視光に対して不透明な材料及び前記可視光又は近可視光に対して透過性の材料をさらに含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項２０５】
前記不透明材料が前記透過性材料内に封入される請求項２０４に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０６】
前記不透明材料が前記透過性材料によって完全に取り囲まれた不透明なセグメントを形成する請求項２０４に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０７】
前記光透過性材料がガラスである請求項２０５に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０８】
前記光に対して不透明な材料がシリコンを含む請求項２０７に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０９】
前記ガラスが、前記セグメントを取り囲む前記ガラスの最小厚さが５ミクロンであるようにして、前記不透明なセグメントがその中に埋め込まれた固体の形態である請求項２０７に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１０】
前記最小厚さが１７ミクロンである請求項２０９に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１１】
マイクロ粒子の長さに直交する主面のアスペクト比が３：１よりも大きい直方体と、
前記マイクロ粒子の長さに直交して取ったほぼ正方形の断面と、
不透明な部分及び透明な部分とを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項２１２】
前記不透明な部分及び前記透明な部分が、コードを表すようにして前記マイクロ粒子の長さに沿って交互になっている請求項２１１に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１３】
前記不透明なセグメントが、前記セグメントのほぼ全ての面が前記マイクロ粒子の外面と接触せずにそれらによって封入されるようにして、前記マイクロ粒子内に埋め込まれる請求項２１２に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１４】
前記不透明な部分が非晶質シリコンから成る請求項２１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１５】
前記透明な部分がガラスから成る請求項２１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１６】
前記ガラスがシリコン酸化物を含む請求項２１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１７】
前記マイクロ粒子が５０ミクロンの最大寸法を有する請求項２１６に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１８】
５から１００ミクロンの長さと、０．５から１０ミクロンの幅及び高さとを有し、幅と高さの比が０．５から２．０である粒子本体を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項２１９】
前記幅と高さの比がほぼ１である請求項２１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項２２０】
予め定められたコード体系から得られるコードを表すための、前記マイクロ粒子の前記長さに沿って配置された一組のセグメント及び前記セグメントに挟まれたスペーサをさらに含む請求項２１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項２２１】
前記セグメントが、可視光又は近可視光に対して不透明な材料から成り、前記スペーサが、前記可視光又は近可視光に対して５０％以上の透過率を有する材料から成る請求項２１９に記載のマイクロ粒子。
【請求項２２２】
パターニングされているがウェハからリリースされていない複数のコード化されたマイクロ粒子をそれぞれ有する、複数の離散的なダイ面積を含み、
前記ウェハが８０．６ｃｍ2（１２．５平方インチ）から７７４．２ｃｍ2（１２０平方インチ）の面積を有し、前記ウェハの６．５ｃｍ2（１平方インチ）当たり少なくとも３００万個のマイクロ粒子が存在する、ウェハ。
【請求項２２３】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分とから成る請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２２４】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２２５】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２２６】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２２７】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２２８】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２２９】
前記検出可能なコードが、前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３０】
前記検出可能なコードが、前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３１】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３２】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３３】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六辺形である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３４】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項２３３に記載のウェハ。
【請求項２３５】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３６】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項２３５に記載のウェハ。
【請求項２３７】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３８】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項２３７に記載のウェハ。
【請求項２３９】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４０】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４１】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項２４０に記載のウェハ。
【請求項２４２】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項２４０に記載のウェハ。
【請求項２４３】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４４】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４５】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４６】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４７】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４８】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４９】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項２３６に記載のウェハ。
【請求項２５０】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項２４９に記載のウェハ。
【請求項２５１】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２５２】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２５３】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項２５２に記載のウェハ。
【請求項２５４】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２５５】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項２５４に記載のウェハ。
【請求項２５６】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２５７】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２５８】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２５９】
複数のリリースされていないマイクロ粒子をそれぞれ有する複数のダイ区域を含み、
各マイクロ粒子が、光学的に互いを区別することができる連続的に配列された材料から形成されたコードを含み、
ダイ区域の数に各ダイ区域内の粒子の数を掛けて、それをセンチメートル単位のウェハの直径で割ったものがＡＡからＢＢである、ウェハ。
【請求項２６０】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分とから成る請求項２５９に記載のウェハ。
【請求項２６１】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項２５９に記載のウェハ。
【請求項２６２】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６３】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６４】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６５】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６６】
前記検出可能なコードが、前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６７】
前記検出可能なコードが、前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６８】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６９】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２７０】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六辺形である請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２７１】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項２７０に記載のウェハ。
【請求項２７２】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２７３】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項２７２に記載のウェハ。
【請求項２７４】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２７５】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項２７４に記載のウェハ。
【請求項２７６】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２７７】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２７８】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項２７７に記載のウェハ。
【請求項２７９】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項２７７に記載のウェハ。
【請求項２８０】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８１】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８２】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８３】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８４】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８５】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８６】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項２７３に記載のウェハ。
【請求項２８７】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項２８６に記載のウェハ。
【請求項２８８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項２８９に記載のウェハ。
【請求項２９１】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９２】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項２９１に記載のウェハ。
【請求項２９３】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９４】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９５】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９６】
複数のリリースされていないガラス・マイクロ粒子をその上に含み、そのウェハ上にあるマイクロ粒子の数が１ｃｍ2当たりＹＹ個からＺＺ個である、シリコン・ウェハ。
【請求項２９７】
前記ウェハ上にあるマイクロ粒子の数が１ｃｍ2当たりＹＹ’個からＺＺ’個である請求項２９６に記載のウェハ。
【請求項２９８】
複数のマイクロ粒子がそのそれぞれの上に形成された、ＸＸＸＸ個以上のダイ区域をさらに含む請求項２９６に記載のウェハ。
【請求項２９９】
各ダイ区域がＸＸＸＸＸＸ個以上のマイクロ粒子を含む請求項２９８に記載のウェハ。
【請求項３００】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分から成る請求項２９６に記載のウェハ。
【請求項３０１】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項２９６に記載のウェハ。
【請求項３０２】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０３】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０４】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０５】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０６】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０７】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０８】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０９】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１０】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１１】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項３１０に記載のウェハ。
【請求項３１２】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１３】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項３１２に記載のウェハ。
【請求項３１４】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１５】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項３１４に記載のウェハ。
【請求項３１６】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１７】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１８】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３１７に記載のウェハ。
【請求項３１９】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２０】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２１】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２２】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２３】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２４】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２５】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２６】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項３１２に記載のウェハ。
【請求項３２７】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項３２６に記載のウェハ。
【請求項３２８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項３２９に記載のウェハ。
【請求項３３１】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３２】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項３３１に記載のウェハ。
【請求項３３３】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３４】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３５】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３６】
シリコンに結合された複数のコード化されたマイクロ粒子を含み、
前記マイクロ粒子の外面のほぼ全体が二酸化シリコンで構成され、前記外面の下側部分がシリコン・ウェハに直接結合された、複数のリリースされていないコード化されたマイクロ粒子がその上に形成されたシリコン・ウェハ。
【請求項３３７】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分から成る請求項３３６に記載のウェハ。
【請求項３３８】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項３３６に記載のウェハ。
【請求項３３９】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４０】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４１】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４２】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４３】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４４】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４５】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４６】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４７】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４８】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項３４７に記載のウェハ。
【請求項３４９】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５０】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項３４９に記載のウェハ。
【請求項３５１】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５２】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項３５１に記載のウェハ。
【請求項３５３】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５４】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５５】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３５３に記載のウェハ。
【請求項３５６】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５７】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５８】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５９】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６０】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６１】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６２】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６３】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項３６１に記載のウェハ。
【請求項３６４】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項３６３に記載のウェハ。
【請求項３６５】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項３６６に記載のウェハ。
【請求項３６８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項３６８に記載のウェハ。
【請求項３７０】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３７１】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３７２】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３７３】
介在する犠牲層が存在しない状態で基板に接続された、ガラスで構成される外面を有する複数のコード化されたマイクロ粒子を含む、リリースされていないコード化されたマイクロ粒子を含む基板。
【請求項３７４】
前記基板が単結晶シリコンである請求項３７３に記載の基板。
【請求項３７５】
前記マイクロ粒子が、幅と高さの比が５：１以下であるような、前記基板面に平行に測定した長さ及び幅と、前記基板面に垂直に測定した高さとを有する請求項３７３に記載の基板。
【請求項３７６】
前記マイクロ粒子が中実の直方体の形状を有する請求項３７３に記載の基板。
【請求項３７７】
複数のマイクロ粒子が前記シリコン・ウェハの上面上に形成され、前記マイクロ粒子が、前記シリコン・ウェハの前記上面に結合された二酸化シリコンの最下層と、二酸化シリコン材料の最上層と、前記二酸化シリコンの最上層及び最下層の間にある、検出可能な空間的二進コード又は非二進コードを形成する中間層とを含む請求項３７３に記載の基板。
【請求項３７８】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分から成る請求項３７７に記載の基板。
【請求項３７９】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項３７３に記載の基板。
【請求項３８０】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８１】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８２】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８３】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８４】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８５】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８６】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８７】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８８】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８９】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項３８６に記載の基板。
【請求項３９０】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９１】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項３８８に記載の基板。
【請求項３９２】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９３】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項３９０に記載の基板。
【請求項３９４】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９５】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９６】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３９３に記載の基板。
【請求項３９７】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９８】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９９】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４００】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０１】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０２】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０３】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０４】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項３８９に記載の基板。
【請求項４０５】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項４０２に記載の基板。
【請求項４０６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項４０５に記載の基板。
【請求項４０９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４１０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項４０７に記載の基板。
【請求項４１１】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項４１２】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項４１３】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項４１４】
前記中間層が、前記二酸化シリコン層とは異なる材料の、かつ前記二酸化シリコン層と光学的に区別することができる、パターニングされた光吸収層又は光反射層である請求項３７９に記載のウェハ。
【請求項４１５】
前記パターニングされた中間層が、単一のマイクロ粒子内の一連の離散的なセグメントとしてパターニングされる請求項３７９に記載のウェハ。
【請求項４１６】
前記中間層の前記離散的なセグメントが、隣接したセグメント間に二酸化シリコンを含む請求項４１３に記載のウェハ。
【請求項４１７】
前記複数のマイクロ粒子が前記半導体ウェハの上面上に形成され、前記マイクロ粒子が、可視スペクトル内の光に対してほぼ透過性であり、前記半導体ウェハの前記上面に結合された第１の材料の最下層と、前記第１の材料と同じ又は異なる材料であり、前記可視スペクトル内の光に対してほぼ透過性である第２の材料の最上層とを含み、前記ほぼ透過性の最上層及び最下層の間に中間層をさらに含み、前記中間層が、検出可能な二進コード又は非二進コードを形成する空間的パターンを含む請求項４１４に記載のウェハ。
【請求項４１８】
請求項３３６に記載の半導体ウェハを用意する工程と、
前記ウェハを、半導体ウェハ部分及びその上のマイクロ粒子をそれぞれ有する個々のダイに単一化する工程と、
前記個々のダイを個別の容器に入れる工程と、
前記付着されたマイクロ粒子をアンダーカットし、前記マイクロ粒子をそこから分離するように、各コンテナ内の前記半導体ウェハ部分をエッチングする工程とを含む、方法。
【請求項４１９】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４１８に記載の方法。
【請求項４２０】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４１８に記載の方法。
【請求項４２１】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４１８に記載の方法。
【請求項４２２】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４１８に記載の方法。
【請求項４２３】
検出可能な二進コード又は非二進コードを形成する空間パターンを含む複数のマイクロ粒子が上面上に形成されたウェハを用意する工程と、
前記ウェハを個々のダイに単一化する工程と、
前記個々のダイをエッチング剤と共に個別のコンテナ内に用意する工程と、
前記マイクロ粒子を前記ウェハからリリースするように、前記複数のマイクロ粒子の下の前記ウェハをエッチングする工程とを含む、方法。
【請求項４２４】
前記ウェハがシリコン・ウェハであり、前記エッチング剤が、前記粒子を完全にアンダーカットしリリースする量で前記シリコン・ウェハの前記面をエッチングする請求項４２３に記載の方法。
【請求項４２５】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４２４に記載の方法。
【請求項４２６】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４２４に記載の方法。
【請求項４２７】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４２４に記載の方法。
【請求項４２８】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４２３に記載の方法。
【請求項４２９】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む２０個以上のダイを含む請求項４２３に記載の方法。
【請求項４３０】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む５０個以上のダイを含む請求項４２３に記載の方法。
【請求項４３１】
各ダイが１００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４３０に記載の方法。
【請求項４３２】
各ダイが１００００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４３１に記載の方法。
【請求項４３３】
前記ウェハが５００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４３１に記載の方法。
【請求項４３４】
前記ウェハが１，０００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４３１に記載の方法。
【請求項４３５】
同じダイの中の前記マイクロ粒子が同じコードを有する請求項４２９に記載の方法。
【請求項４３６】
異なるダイの中の前記マイクロ粒子が異なるコードを有する請求項４２９に記載の方法。
【請求項４３７】
前記異なるコードが予め定められたコード体系から得られる請求項４２３に記載の方法。
【請求項４３８】
検出可能な二進コード又は非二進コードを形成する空間パターンを含む複数のマイクロ粒子がその上面上に形成された基板を用意する工程と、
前記基板をエッチング剤と共にコンテナ内に用意する工程と、
前記マイクロ粒子を前記ウェハからリリースするように、前記複数のマイクロ粒子の下の前記基板にバルク・エッチングを施す工程とを含む、方法。
【請求項４３９】
シリコン・ウェハ又はシリコン・ウェハ部分を用意する工程と、
空間コードをそれぞれ含む複数のガラス・マイクロ粒子を前記シリコン・ウェハの上面上に形成する工程と、
前記マイクロ粒子をリリースするため、前記シリコン・ウェハ又はシリコン・ウェハ部分にバルク・エッチングを施す工程とをさらに含む請求項４３８に記載の方法。
【請求項４４０】
前記ウェハがシリコン・ウェハであり、前記エッチング剤が、前記粒子を完全にアンダーカットしリリースする量で前記シリコン・ウェハの前記面をエッチングする請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４１】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４２】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４３】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４４１に記載の方法。
【請求項４４４】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４５】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む２０個以上のダイを含む請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４６】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む５０個以上のダイを含む請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４７】
各ダイが１００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４４６に記載の方法。
【請求項４４８】
各ダイが１００００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４４７に記載の方法。
【請求項４４９】
前記ウェハが５００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４４７に記載の方法。
【請求項４５０】
前記ウェハが１，０００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４４９に記載の方法。
【請求項４５１】
同じダイの中の前記マイクロ粒子が同じコードを有する請求項４３９に記載の方法。
【請求項４５２】
異なるダイの中の前記マイクロ粒子が異なるコードを有する請求項４３９に記載の方法。
【請求項４５３】
前記異なるコードが予め定められたコード体系から得られる請求項４５２に記載の方法。
【請求項４５４】
ａ）ほぼ平面の基板を用意する工程と、
ｂ）複数のコード化されたマイクロ粒子を前記基板の前記面上に形成する工程と、
ｃ）前記マイクロ粒子をアンダーカットし、前記マイクロ粒子を前記基板から切離すように、バルク・エッチングによって前記コード化されたマイクロ粒子をリリースする工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項４５５】
前記ウェハがシリコン・ウェハであり、前記エッチング剤が、前記粒子を完全にアンダーカットしリリースする量で前記シリコン・ウェハの前記面をエッチングする請求項４５４に記載の方法。
【請求項４５６】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４５５に記載の方法。
【請求項４５７】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４５６に記載の方法。
【請求項４５８】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４５６に記載の方法。
【請求項４５９】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６０】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む２０個以上のダイを含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６１】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む５０個以上のダイを含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６２】
各ダイが１００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６３】
各ダイが１００００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６４】
前記ウェハが５００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６５】
前記ウェハが１，０００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６６】
同じダイの中の前記マイクロ粒子が同じコードを有する請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６７】
異なるダイの中の前記マイクロ粒子が異なるコードを有する請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６８】
前記異なるコードが予め定められたコード体系から得られる請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６９】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）シリコンのシリコン犠牲層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｃ）複数のコード化されたマイクロ粒子を前記シリコン犠牲層の前記面上に形成する工程と、
ｄ）シリコンをエッチングするエッチング剤を用いて前記シリコン犠牲層をエッチングすることによって、前記コード化されたマイクロ粒子をリリースする工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項４７０】
前記ウェハがシリコン・ウェハであり、前記エッチング剤が、前記粒子を完全にアンダーカットしリリースする量で前記シリコン・ウェハの前記面にエッチングする請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７１】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７２】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７３】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７４】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７５】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む２０個以上のダイを含む請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７６】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む５０個以上のダイを含む請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７７】
各ダイが１００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４７６に記載の方法。
【請求項４７８】
各ダイが１００００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４７７に記載の方法。
【請求項４７９】
前記ウェハが５００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４７７に記載の方法。
【請求項４８０】
前記ウェハが１，０００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４７７に記載の方法。
【請求項４８１】
同じダイの中の前記マイクロ粒子が同じコードを有する請求項４７７に記載の方法。
【請求項４８２】
異なるダイの中の前記マイクロ粒子が異なるコードを有する請求項４７７に記載の方法。
【請求項４８３】
前記異なるコードが予め定められたコード体系から得られる請求項４８２に記載の方法。
【請求項４８４】
シリコン面であるウェハの上面に結合された、複数の二酸化シリコン・マイクロ粒子を含む、ウェハ。
【請求項４８５】
複数のマイクロ粒子をその上に有するシリコン・ウェハを用意する工程と、
前記マイクロ粒子をアンダーカットし、前記マイクロ粒子を前記シリコン・ウェハから切離すように、前記シリコン・ウェハにバルク・エッチングを施す工程とを含む、マイクロ粒子をリリースする方法。
【請求項４８６】
前記細長い本体の面に複数のへこみを有し、その前記面上又はその中に蛍光材料が供給された粒子本体を含み、
前記蛍光材料がより明るい部分及びより暗い部分の区域として現れ、
前記より明るい部分が前記細長い本体の前記面の前記へこみに相当し、
蛍光材料の前記より明るい部分及びより暗い部分に基づいて、空間コードを検出可能である、マイクロ粒子。
【請求項４８７】
前記粒子本体が、可視光又は近可視光に対して透過率がより高い材料の第１の部分と透過率がより低い材料の第２の部分とを含む請求項４８６に記載のマイクロ粒子。
【請求項４８８】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４８９】
前記二酸化シリコンが薄膜ＣＶＤ材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９０】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９１】
前記透明性がより高い材料がハイブリッド有機／無機材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９２】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９３】
前記透明性がより高い材料がセラミック化合物である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９４】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の酸化物を含む請求項４９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９５】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の窒化物を含む請求項４９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９６】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の炭化物を含む請求項４９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９７】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項４９６に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９８】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能であり、前記光が、可視及び／又は近可視スペクトル内の波長を有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９９】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能であり、前記光が、前記可視及び／又は近可視スペクトル内の波長を有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５００】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０１】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項５００に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０２】
前記透明性がより低い材料が可視光又は近可視光のもとでは不透明材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０３】
前記透明性がより低い材料が前周期遷移金属を含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０４】
前記透明性がより低い材料がメタロイドを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０５】
前記透明性がより低い材料がアルミニウムを含む請求項５０４に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０６】
前記透明性がより低い材料が、タングステン、クロム、チタン、タンタル、又はモリブデンを含む請求項５０５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０７】
前記透明性がより低い材料がシリコン又はアルミニウムを含み、前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０８】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０９】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項５０８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１０】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１１】
前記生物材料がＤＮＡのセグメントを含む請求項５１０に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１２】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１３】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項５１２に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１４】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項５０８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１５】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１６】
透明性がより低い材料の３から１０個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１７】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１８】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項５１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１９】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２０】
透明性がより高い材料の前記部分及び透明性がより低い材料の前記部分が全て変化する長さを有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２１】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２２】
前記透明性がより高い材料が塗布材料で形成される請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２３】
前記透明性がより高い材料がシロキサン又はシルセスキオキサン材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２４】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２５】
透明性がより低い材料の前記部分が前記透明性がより高い材料に完全に取り囲まれている請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２６】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２７】
多重ウェル・プレートのウェル内のバッファの中に配置される請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２８】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２９】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３０】
前記生物材料がＲＮＡのセグメントを含む請求項５１０に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３１】
前記生物材料が、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項５１０に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３２】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項５３１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３３】
前記透明性がより低い材料が磁性材料を含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３４】
前記磁性材料が、ニッケル、コバルト、又は鉄を含む請求項５３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３５】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項５３６に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項５３６に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４０】
長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４１】
長さと幅の比が４：１から２０：１である請求項５４０に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４２】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項５１７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４３】
２５μｍ未満の長さと５μｍ未満の幅を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４４】
２７μｍ未満の長さと３μｍ未満の幅を有する請求項５４３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４５】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４６】
１０から２００μｍ3の体積を有する請求項５４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４７】
面上又は中に発光材料を有する粒子本体と、
コードを形成する発光の変化する空気密度を形成する複数の面形体とを含む、マイクロ粒子。
【請求項５４８】
前記粒子本体が、可視光又は近可視光に対して透過率がより高い材料の第１の部分と透過率がより低い材料の第２の部分とを含む請求項５４７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４９】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５０】
前記二酸化シリコンが薄膜ＣＶＤ材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５１】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５２】
前記透明性がより高い材料がハイブリッド有機／無機材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５３】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５４】
前記透明性がより高い材料がセラミック化合物である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５５】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の酸化物を含む請求項５５３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５６】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の窒化物を含む請求項５５３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５７】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の炭化物を含む請求項５５３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５８】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項５５５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５９】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能であり、前記光が、可視及び／又は近可視スペクトル内の波長を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６０】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能であり、前記光が、前記可視及び／又は近可視スペクトル内の波長を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６１】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６２】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項５６１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６３】
前記透明性がより低い材料が可視光又は近可視光のもとでは不透明材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６４】
前記透明性がより低い材料が前周期遷移金属を含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６５】
前記透明性がより低い材料がメタロイドを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６６】
前記透明性がより低い材料がアルミニウムを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６７】
前記透明性がより低い材料が、タングステン、クロム、チタン、タンタル、又はモリブデンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６８】
前記透明性がより低い材料がシリコン又はアルミニウムを含み、前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６９】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７０】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項５６９に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７１】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７２】
前記生物材料がＤＮＡのセグメントを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７３】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７４】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項５７３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７５】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項５７３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７６】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７７】
透明性がより低い材料の３から１０個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７８】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７９】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項５４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８０】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８１】
透明性がより高い材料の前記部分及び透明性がより低い材料の前記部分が全て変化する長さを有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８２】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８３】
前記透明性がより高い材料が塗布材料で形成される請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８４】
前記透明性がより高い材料がシロキサン又はシルセスキオキサン材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８５】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８６】
透明性がより低い材料の前記部分が前記透明性がより高い材料に完全に取り囲まれている請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８７】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８８】
多重ウェル・プレートのウェル内のバッファの中に配置される請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８９】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９０】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９１】
前記生物材料がＲＮＡのセグメントを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９２】
前記生物材料が、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項５９１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９３】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項５９１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９４】
前記透明性がより低い材料が磁性材料を含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９５】
前記磁性材料が、ニッケル、コバルト、又は鉄を含む請求項５９４に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項５９７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項５９８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６００】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項５９７に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０１】
長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０２】
長さと幅の比が４：１から２０：１である請求項６０１に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０３】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０４】
２５μｍ未満の長さと５μｍ未満の幅を有する請求項６０３に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０５】
２７μｍ未満の長さと３μｍ未満の幅を有する請求項６０３に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０６】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０７】
１０から２００μｍ3の体積を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０８】
内側層及び外側層を有する細長い本体を含み、前記外側層が、前記外側層内に埋め込まれた発光材料を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項６０９】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項６０８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１０】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１１】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１２】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１３】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１４】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１５】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１６】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１７】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１８】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１９】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項６１８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２０】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２１】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項６２０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２２】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２３】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項６２２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２４】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２５】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２６】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６１５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２７】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６１５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２８】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２９】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３０】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３１】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３２】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３３】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３４】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項６２１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３５】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項６３７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項６３９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４１】
長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４２】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４３】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４４】
空間的に定められたコードと、
層内に蛍光分子を含む二酸化シリコンの外面層とを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４５】
前記外面層がストロバー（Ｓｔｒｏｂｅｒ）成長した蛍光層である請求項６４４に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４６】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項６４４に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４７】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４８】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４９】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５０】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５１】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５２】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５３】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５４】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５５】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５６】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項６５５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５７】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５８】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項６５７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５９】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６０】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項６５９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６１】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６２】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６３】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６６２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６４】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６６２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６５】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６６】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６７】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６８】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６９】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７０】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７１】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項６７０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７２】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項６７１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７３】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７４】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７５】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項６７４に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項６７６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７８】
前記長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７９】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８０】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８１】
内側層及び外側層を有する細長い本体を含み、前記外側層が、前記外側層の前記面に直接結合された発光材料を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８２】
前記外面層がストロバー成長した蛍光層である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８３】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８４】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８５】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８６】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８７】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８８】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８９】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９０】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９１】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９２】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９３】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項６９２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９４】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９５】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項６９４に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９６】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９７】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項６９６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９８】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９９】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７００】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６９９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０１】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６９９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０２】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０３】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０４】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０５】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０６】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０７】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０８】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項７０７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０９】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項７０８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１１】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１２】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項７１１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１３】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１４】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項６９３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１５】
長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１６】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１７】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１８】
複数の面のへこみを有する本体を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１９】
前記マイクロ粒子の面上に蛍光材料を含む請求項７１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７２０】
前記マイクロ粒子の面内に埋め込まれた蛍光材料を含む請求項７１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７２１】
前記蛍光材料が前記面上に連続的な膜を形成する請求項７１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７２２】
層内に複数のへこみを有する層を基板上に形成する工程と、
前記へこみの深さを制御するため、前記層を白金めっきする工程と、
個々のマイクロ粒子を特定するように前記層をパターニングする工程と、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離するため、前記マイクロ粒子をリリースする工程とを含む、マイクロ粒子を製造する方法。
【請求項７２３】
蛍光材料を中に含む外側シェルを有する本体を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７２４】
蛍光材料を中に有する層を基板上に形成する工程と、
個々のマイクロ粒子を特定するように前記層をパターニングする工程と、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離するため、前記マイクロ粒子をリリースする工程とを含む、マイクロ粒子を製造する方法。
【請求項７２５】
１回目にマイクロ粒子のための第１のパターンを印刷する工程と、
前記１回目の後の２回目に、前記第１のパターンにほぼ直交する前記マイクロ粒子のための第２のパターンを印刷する工程とを含む、マイクロ粒子を形成する方法。
【請求項７２６】
１回目に第１のパターンをフォトレジスト上に露光する工程と、
２回目に第２のパターンを前記フォトレジスト上に露光する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンがほぼ直交し、単一のマイクロ粒子を少なくとも部分的に特定する、マイクロ粒子を形成する方法。
【請求項７２７】
少なくとも１００個の異なるコードを表す一組のマイクロ粒子であって、前記マイクロ粒子が一列に並んだ離間したコード化要素を有する細長いマイクロ粒子であり、前記コード化要素が、可変長を有すると共に、ほぼ同じスペース長をそれぞれ有するスペースを間に有して離間している、一組のマイクロ粒子。
【請求項７２８】
前記異なるコードが、コード化要素間の前記スペースの前記長さとは無関係に検出可能である請求項７２７に記載の一組のマイクロ粒子。
【請求項７２９】
前記スペースの前記スペース長が１．５ミクロン以下である請求項７２８に記載の一組のマイクロ粒子。
【請求項７３０】
前記スペースの前記スペース長が１．０ミクロン以下である請求項７２９に記載の一組のマイクロ粒子。
【請求項７３１】
前記スペースの前記スペース長が０．５ミクロン以下である請求項７３０に記載の一組のマイクロ粒子。
【請求項７３２】
少なくとも１００個の異なるコードを表す複数のマイクロ粒子を含むキットであって、前記マイクロ粒子が一列に並んだ離間したコード化要素を有する細長いマイクロ粒子であり、前記コード化要素が、可変長を有すると共に、ほぼ同じスペース長をそれぞれ有するスペースを間に有して離間し、異なるコードがそれらに結合された異なるプローブを有する、キット。
【請求項７３３】
一列に並んだコード化要素を有する細長い本体を含むマイクロ粒子であって、前記コード化要素が、可変長を有すると共に、ほぼ同じであって１．５ミクロン以下のスペース長をそれぞれ有するスペースを間に有して離間している、マイクロ粒子。
【請求項７３４】
前記スペースの前記スペース長が１．０ミクロン以下である請求項７３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３５】
前記スペースの前記スペース長が０．５ミクロン以下である請求項７３４に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３６】
前記本体がガラスで構成される請求項７３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３７】
前記コード化要素が可視スペクトル内の光に対して不透明である請求項７３６に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３８】
前記コード化要素が、その上に入射する可視光の少なくとも５０％を反射する請求項７３７に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３９】
前記コード化要素が、入射する前記可視光の少なくとも７５％を反射する請求項７３８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４０】
その外面に付着されたプローブを含む請求項７３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４１】
前記マイクロ粒子の総体積が１０００μｍ3である請求項７４０に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４２】
前記マイクロ粒子の最大長さが５０μｍである請求項７４１に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４３】
前記マイクロ粒子の最大長さが２５μｍである請求項７４１に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４４】
前記マイクロ粒子の最大長さが１５μｍである請求項７４１に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４５】
前記コード化要素が、光透過性材料によって完全に分離された離散的な要素である請求項７３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４６】
前記光透過性材料がガラスである請求項７４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４７】
各コード化要素が全ての側面でガラスによって完全に取り囲まれている請求項７４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４８】
前記マイクロ粒子の前記コードが、コード化要素間の各スペースの予め定められた位置によって決定される請求項７３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４９】
前記予め定められた位置が中央位置である請求項７４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７５０】
少なくとも１００個の異なるコードを表す一組のマイクロ粒子であって、前記マイクロ粒子が一列に並んだ離間したコード化要素を有する細長いマイクロ粒子であり、前記コード化要素が、可変長を有すると共に、それらの間にスペースを有して離間した、マイクロ粒子を用意する工程と、
前記一列に並んだ前記コード化要素によって特定されるコードを決定するため、各マイクロ粒子における前記スペースの長さではなく位置を決定する工程と、
各マイクロ粒子に対する前記スペースの前記決定された位置に基づいて、異なるコードを有するマイクロ粒子を区別する工程とを含む、マイクロ粒子を区別する方法。
【請求項７５１】
各マイクロ粒子における前記スペースがほぼ同じ長さを有する請求項７５０に記載の方法。
【請求項７５２】
第１のコード化されたマイクロ粒子が前記スペースのある位置にある前記第２のマイクロ粒子とは異なり、前記差異が前記コード化要素の最小長さよりも小さい請求項７５０に記載の方法。
【請求項７５３】
前記スペースの前記長さがコード化要素の最小長さにほぼ等しいかそれよりも小さい請求項７５０に記載の方法。
【請求項７５４】
ａ）組み合わせて個々のマイクロ粒子に対するコードを形成するコード要素を用意する工程と、
ｂ）予め定められたスペースで互いから離間したコード要素とを含み、
ｃ）前記予め定められたスペースが前記コード要素の前記長さよりも小さい、コード化されたマイクロ粒子のためのコード体系。
【請求項７５５】
面上に配列されたマイクロ粒子の層であって、単分子層の外に配置されるか、又は外に延びるマイクロ粒子がほぼないようにして、ほぼ単分子層の形で配置されたマイクロ粒子の層を含み、
前記マイクロ粒子が空間コードを含み、
前記マイクロ粒子はその上にプローブを含み、
前記マイクロ粒子が前記面の第１の区域上に配置され、前記単分子層内の前記マイクロ粒子が前記面の前記第１の区域の６０％超過を覆う、複数のマイクロ粒子。
【請求項７５６】
前記単分子層内の前記マイクロ粒子が前記面の前記第１の区域の７０％超過を覆う請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７５７】
前記単分子層内の前記マイクロ粒子が前記面の前記第１の区域の８０％超過を覆う請求項７５６に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７５８】
前記マイクロ粒子の１０％未満が、前記単分子層の外に配置されるか、又は外に延びる請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７５９】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子全体の少なくとも７０％が検出可能なコードを有する請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６０】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子全体の少なくとも８０％が検出可能なコードを有する請求項７５９に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６１】
前記粒子が液体中の前記単分子層内に配置される請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６２】
前記粒子がイメージング・バッファ中に配置される請求項７６１に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６３】
前記マイクロ粒子の５％未満が前記単分子層の外に配置されるか、又は外に延びる請求項７５８に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６４】
前記単分子層内の前記粒子を少なくとも９５％の識別率で識別することができる請求項７６３に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６５】
前記マイクロ粒子が、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子２，０００個の密度で前記単分子層内に配置される請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６６】
前記マイクロ粒子が、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子５，０００個の密度で前記単分子層内に配置される請求項７６５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６７】
各マイクロ粒子がガラスで構成される請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６８】
各マイクロ粒子が５０μｍの最大寸法を有する請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６９】
透明材料によって完全に封じ込められた個別のセグメントをさらに含む請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７０】
それに結合された生化学部分をさらに含む請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７１】
それに結合されたＤＮＡをさらに含む請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７２】
前記マイクロ粒子がバッファ溶液中に配置され、ブラウン運動を行う請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７３】
面上に配列されたマイクロ粒子の層であって、単分子層の外に配置されるか、又は外に延びるマイクロ粒子がほぼないようにして、ほぼ単分子層の形で配置されたマイクロ粒子の層を含み、
前記マイクロ粒子が空間コードを含み、
前記マイクロ粒子がその上にプローブを含み、
前記マイクロ粒子が前記面の第１の区域上に配置され、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子２，０００個の密度で前記単分子層内に配置される、複数のマイクロ粒子。
【請求項７７４】
前記マイクロ粒子が、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子５，０００個の密度で単分子層内に配置される請求項７７３に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７５】
線又は面内を延びる空間コードをそれぞれ含む、一組のマイクロ粒子を用意する工程を含み、
前記マイクロ粒子の層が分析の間コンテナの内面上に配列され、前記マイクロ粒子が前記内面上にほぼ単分子層の形で配置され、
前記個々のマイクロ粒子の前記空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程をさらに含み、
前記マイクロ粒子が、前記コンテナの前記内面の第１の区域上に配置され、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子２，０００個の密度でほぼ単分子層の形で配置される、マイクロ粒子のコードを検出する方法。
【請求項７７６】
前記マイクロ粒子上のプローブと対応する被検体との結合を生じさせるため、前記一組のマイクロ粒子を第１の試験流体と混合する工程と、
前記マイクロ粒子を第２の洗浄流体で洗浄する工程と、
検出の間前記粒子がその中に配置される第３の分析流体を追加する工程とをさらに含む請求項７７５に記載の方法。
【請求項７７７】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子の少なくとも９０％が前記単分子層内に配置される請求項７７５に記載の方法。
【請求項７７８】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子の少なくとも９５％が前記単分子層内に配置される請求項７７７に記載の方法。
【請求項７７９】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子の少なくとも９９％が前記単分子層内に配置される請求項７７８に記載の方法。
【請求項７８０】
前記コンテナ内の前記マイクロ粒子を分析する間、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行う請求項７７５に記載の方法。
【請求項７８１】
前記第２及び第３の流体が同じである請求項７７６に記載の方法。
【請求項７８２】
前記第１及び第２の流体が同じである請求項７７６に記載の方法。
【請求項７８３】
前記第１、第２、及び第３の流体が同じである請求項７７６に記載の方法。
【請求項７８４】
線又は面内を延びる空間コードをそれぞれ含む、一組のマイクロ粒子を用意する工程を含み、
前記マイクロ粒子の層が分析の間コンテナの内面上に配列され、前記マイクロ粒子が前記内面上にほぼ単分子層の形で配置され、
前記個々のマイクロ粒子の前記空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程をさらに含み、
前記マイクロ粒子が、前記面の第１の区域上に配置され、前記単分子層内の前記マイクロ粒子が、前記面の前記第１の区域の６０％超過を覆う、マイクロ粒子のコードを検出する方法。
【請求項７８５】
前記粒子がイメージ・バッファ中にある請求項７５５に記載のマイクロ粒子。
【請求項７８６】
複数のマイクロ粒子及び液体をその中に含むウェルを含み、
前記マイクロ粒子が細長く、１平方ミリメートル当たり粒子２０００個の密度で二次元層の形で配列され、
電磁放射源と、
前記マイクロ粒子上に入射した後の電磁放射を検出するように配置された検出器とをさらに含む、イメージング・システム。
【請求項７８７】
複数のマイクロ粒子及び液体をその中に含むウェルを含み、
前記マイクロ粒子が前記ウェルの面の第１の区域上に配置され、単分子層の形の前記マイクロ粒子が前記面の前記第１の区域の６０％超過を覆い、
電磁放射源と、
前記マイクロ粒子上に入射した後の電磁放射を検出するように配置された検出器とをさらに含む、イメージング・システム。
【請求項７８８】
可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能なコードを含む細長い構成要素を含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、５から５００μｍ3の体積を有し、液体中に配置されると共に、前記液体中でブラウン運動を行う、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７８９】
光が前記マイクロ粒子上に方向付けられ、画像取得デバイスに反射されるとき、前記コードが検出可能である請求項７８８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９０】
光が前記マイクロ粒子上に方向付けられ、前記マイクロ粒子を通り抜けて画像取得デバイスに達するとき、前記コードが検出可能である請求項７８８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９１】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項７８８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９２】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-11ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項７９１に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９３】
可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能な空間コードを含む細長い構成要素を含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、液体中に配置されると共に、前記液体中でブラウン運動を行う、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９４】
光が前記マイクロ粒子上に方向付けられ、画像取得デバイスに反射されるとき、前記コードが検出可能である請求項７９３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９５】
光が前記マイクロ粒子上に方向付けられ、前記マイクロ粒子を通り抜けて画像取得デバイスに達するとき、前記コードが検出可能である請求項７９３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９６】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項７９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９７】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-11ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項７９６に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９８】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項７９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９９】
前記粒子が細長く、前記マイクロ粒子の幅の少なくとも２倍及び高さの少なくとも２倍の長さを有する請求項７９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項８００】
可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能なコードを含む細長い構成要素をそれぞれ含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子の単分子層であって、前記マイクロ粒子が、液体中にほぼ単分子層の形で配置され、前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい、単分子層。
【請求項８０１】
線又は面内を延びる空間コードをそれぞれ含む、一組の生化学的に活性のマイクロ粒子を用意する工程を含み、
前記マイクロ粒子の層が分析の間コンテナの内面上に配列され、前記マイクロ粒子が前記内面上にほぼ単分子層の形で配置され、
前記個々のマイクロ粒子の前記空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程をさらに含み、
前記マイクロ粒子が、前記空間コードを検出する間ブラウン運動を行う、試験流体中の被検体を検出する方法。
【請求項８０２】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項８０１に記載の方法。
【請求項８０３】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-11ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項８０２に記載の方法。
【請求項８０４】
線又は面内を延びる空間コードをそれぞれ含む一組のマイクロ粒子を用意する工程を含み、
前記マイクロ粒子の層が分析の間コンテナの内面上に配列され、前記マイクロ粒子が前記内面上にほぼ単分子層の形で配置され、
前記個々のマイクロ粒子の前記空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程をさらに含み、
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい、試験流体中の被検体を検出する方法。
【請求項８０５】
前記一組のマイクロ粒子を第１の試験流体と混合する工程と、
前記マイクロ粒子を第２の流体で洗浄する工程と、
検出の間前記粒子がその中に配置される第３の分析流体を追加する工程とをさらに含む請求項８０４に記載の方法。
【請求項８０６】
前記第１、第２、及び第３の流体の少なくとも２つが同じである請求項８０５に記載の方法。
【請求項８０７】
生物材料をその上に有する前記細長いマイクロバーコードを用意する工程と、
前記マイクロバーコードの少なくともいくつかの上の前記生物材料を試験試料内の対応する生物被検体に結合させる工程と、
前記細長いマイクロバーコードを試験流体中に供給する工程と、
前記個々のマイクロ粒子の空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程と、
前記試験試料内に特定の対応する被検体が存在することを決定するため、前記マイクロ粒子の少なくともいくつかにおける蛍光を検出する工程とを含み、
前記空間コードを検出する間、また前記蛍光を検出する間、前記マイクロ粒子が前記試験流体中でブラウン運動を行う、細長いマイクロバーコードの空間コードを検出する方法。
【請求項８０８】
液体と、
前記液体中の、生化学的に活性の材料を面上に有する複数のマイクロバーコードとを含み、
前記マイクロバーコードが可視光のもとで検出可能な空間コードを有し、
前記マイクロバーコードが前記液体中でブラウン運動を行う、コンテナ。
【請求項８０９】
前記生化学的に活性の材料が蛍光タグを付けられた補体に結合された生体材料である請求項８０８に記載のコンテナ。
【請求項８１０】
前記マイクロバーコードがガラスの外側層を含む請求項８０８に記載のコンテナ。
【請求項８１１】
前記マイクロバーコードが、前記ガラス内に反射性又は吸収性のコード・セグメントを含む請求項８１０に記載のコンテナ。
【請求項８１２】
単一のマイクロバーコードの体積が１０００μｍ3以下である請求項８０８に記載のコンテナ。
【請求項８１３】
前記コンテナが多重ウェル・プレートである請求項８０８に記載のコンテナ。
【請求項８１４】
前記多重ウェル・プレートが９６ウェル・プレートである請求項８１３に記載のコンテナ。
【請求項８１５】
前記可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能なコードを含む細長い構成要素を含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、５から５００μｍ3の体積を有し、液体中に配置されると共に、前記液体中でブラウン運動を行う、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８１６】
前記可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能な空間コードを含む細長い構成要素を含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、液体中に配置されると共に、前記液体中でブラウン運動を行う、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８１７】
同じコードを有するが、他のウェル内の粒子のコードとは異なるコードを有する粒子群をそれぞれ含む、少なくとも２００個のウェルを含み、
各ウェルが少なくとも１００，０００個の粒子を含む、一組の粒子。
【請求項８１８】
少なくとも５００個のウェルが設けられる請求項８１７に記載の一組の粒子。
【請求項８１９】
各ウェル内に少なくとも５００，０００個の粒子が供給される請求項８１８に記載の一組の粒子。
【請求項８２０】
少なくとも１０００個のウェルが設けられる請求項８１８に記載の一組の粒子。
【請求項８２１】
各ウェル内に少なくとも１００万個の粒子が供給される請求項８１９に記載の一組の粒子。
【請求項８２２】
複数の９６ウェル・プレート内に少なくとも２００個のウェルが設けられる請求項８１９に記載の一組の粒子。
【請求項８２３】
対応するウェハ区域内のウェハ上に形成された少なくとも２００個の異なる粒子コードを含み、各ウェハが、各区域内に形成された異なる粒子コードを有する複数のウェハ区域を有し、各ウェハ区域が少なくとも１００，０００個の粒子を含む、リリースされていない粒子をその上に有する一組のウェハ。
【請求項８２４】
他のウェハ区域に比べて固有のコードを有する粒子をそれぞれ有する、少なくとも５００個のウェハ区域が設けられる請求項８２３に記載の一組のウェハ。
【請求項８２５】
前記ウェハ上に少なくとも５００，０００個の粒子が供給される請求項８２４に記載の一組のウェハ。
【請求項８２６】
少なくとも１０００個のウェハ区域が設けられる請求項８２４に記載の一組のウェハ。
【請求項８２７】
各ウェハ区域内に少なくとも１００万個の粒子が供給される請求項８２５に記載の一組のウェハ。
【請求項８２８】
コンテナと、
前記コンテナ内のバッファと、
前記バッファ中の複数のマイクロ粒子とを含み、
異なる空間コードがマイクロ粒子の異なる群内に供給され、
同じ空間コードを共有するマイクロ粒子の各群が、同じオリゴヌクレオチドであるが、他の群のものとは異なるオリゴヌクレオチドをそれらの面上に有し、
群内で同じ空間コードを共有する群の数が少なくとも１，２００個であり、各群が他の群とは異なる空間コードを有する、キット。
【請求項８２９】
少なくとも１つの群の前記マイクロ粒子上の前記オリゴヌクレオチドに対する相補的な材料を検出するため、試料を試験するための指示をさらに含む請求項８２８に記載のキット。
【請求項８３０】
請求項８１７に記載の前記一組のマイクロ粒子を用意する工程と、
異なるプローブが同じコードを有するマイクロ粒子の各群に対して役立つ、前記マイクロ粒子上のプローブを不動化する工程と、
マイクロ粒子の組み合わされたプールを形成するため、前記マイクロ粒子を共に混合する工程と、
前記プールの部分標本を取り、個別のコンテナに入れる工程とを含む、方法。
【請求項８３１】
特定部分が存在するかしないか試料を試験するため、前記部分標本を使用する工程をさらに含む請求項８３０に記載の方法。
【請求項８３２】
前記試料を試験する前記工程が、９５％以上の識別率で前記マイクロ粒子を識別する工程をさらに含む請求項８３１に記載の方法。
【請求項８３３】
請求項８２３に記載の前記一組のウェハを用意する工程と、
前記ウェハを個々のウェハ区域に単一化する工程と、
各ウェハ区域をウェルに入れる工程と、
前記マイクロ粒子をリリースするように、各ウェル内でエッチング剤を用いて前記マイクロ粒子をエッチングする工程とを含む、方法。
【請求項８３４】
異なるプローブが同じコードを有するマイクロ粒子の各群に対して役立つ、前記マイクロ粒子上のプローブを不動化する工程をさらに含む請求項８３３に記載の方法。
【請求項８３５】
マイクロ粒子の組み合わされたプールを形成するため、前記リリースされたマイクロ粒子を共に混合する工程と、
前記プールの部分標本を取り、個別のコンテナに入れる工程とをさらに含む請求項８３３に記載の方法。
【請求項８３６】
ａ）軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、
ｂ）前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
ｃ）それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能である、全方向でコード化された粒子。
【請求項８３７】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）軸線が前記基板に平行であるようにして、前記軸線に沿って定められたコードを備えた粒子を形成する工程とを含み、
ｃ）それにより、前記セグメントによって前記コードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能である方法によって作成された、全方向でコード化された粒子。
【請求項８３８】
ａ）粒子領域ごとに単一のコード要素を特定するレチクル・フィールドを設ける工程と、
ｂ）第１のコード要素に前記レチクル・フィールドを印刷する工程と、
ｃ）前記第１のコード要素及び次のコード要素が同じ粒子領域内にあるようにして、次のコード要素に前記レチクル・フィールドを印刷する工程と、
ｄ）工程ｃを少なくとも一度実行する工程とを含み、
ｅ）それにより、前記粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いてコード化された粒子を形成する方法。
【請求項８３９】
第１の材料、第２の材料、セグメントによって形成されるコード、全方向から検出可能なコードを含む、全方向でコード化された粒子であって、
ａ）集合体内の少なくとも２つの粒子のためのコードが異なる、多数のマイクロ粒子の集合体を含み、
ｂ）粒子が、前記コードのフォトリソグラフィ印刷を含む方法によって作成され、
ｃ）フォトリソグラフィ印刷が、単一のコード要素の繰返し印刷によって前記コード全体を印刷することを含み、
ｄ）第１の材料が不透明又は反射性であり、
ｅ）第１の材料がシリコンであり、
ｆ）第１の材料が金属であり、
ｇ）第２の材料が透明であり、
ｈ）第２の材料が、二酸化シリコン、シリカ、又は不純物でドープされたガラスなどのガラス、あるいは窒化シリコンであり、
ｉ）粒子が、２：１以上のアスペクト比を有する棒形状を有し、かつ前記最長軸線に垂直なほぼ正方形の断面を有し、
ｊ）粒子が５０μｍ未満の長さを有し、
ｋ）粒子が５μｍ未満の幅を有し、
ｌ）粒子が第１及び第２の材料に加えて１つ又は複数の材料を含有し、
ｍ）粒子が磁性材料を含有し、
ｈ）コード体系が前記コード要素の寸法未満の離散化を使用し、
ｏ）コード体系が固定幅のコード要素を使用し、
ｐ）粒子が前記面に付着された生体分子を有し、
ｑ）バイオアッセイ・システムが請求項８１７による粒子を含む、全方向でコード化された粒子。
【請求項８４０】
基板に平行な軸線に沿ってコードが形成された、全方向でコード化された粒子。
【請求項８４１】
レチクル・フィールドを有する連続的なコード要素を印刷することを含む、コード化された粒子を形成する方法であって、
ａ）コード要素が前記コードを形成する離散的なセグメント間のギャップであり、
ｂ）コード要素が前記コードを形成する離散的なセグメントであり、
ｃ）コード要素が前記コードを設けるために光学的に区別できる領域であり、
ｄ）コード要素が、穴、切欠き、又はストライプであり、
ｅ）コード要素が１μｍ未満（０．８μｍ、０．５μｍ）の物理的サイズを有し、
ｆ）粒子が３０μｍ未満（５０μｍ、７０μｍ）の最大寸法を有し、
ｇ）粒子が２：１を超えるアスペクト比を有し、
ｈ）粒子が８μｍ未満（５μｍ、３μｍ）の幅を有し、
ｉ）粒子が、シリコン、二酸化シリコン、窒化シリコン、ガラス、フォトレジスト、アルミニウム、チタン、ニッケル、エポキシ樹脂、ＰＭＭＡ、ポリイミド、任意のポリマーの１つ又は複数の材料から成り、
ｊ）粒子が、化学気相成長によって堆積された１つ又は複数の材料からなり、
ｋ）粒子が、棒、ロッド、プレート、又はディスクの形状を有し、
ｌ）コードが一次元又は二次元のパターンとして存在し、
ｍ）コードが二進であって、二進数の桁に対して１対１の対応を有する物理敵領域を有し、
ｎ）コードがコード要素の離散的な位置から成り、前記離散的な位置が、コード要素自体よりも小さな距離に指定され、
ｏ）印刷が、ステップ・アンド・リピート・フォトリソグラフィ投影システム（ステッパとして知られる）を用いて遂行され、
ｐ）印刷が密着露光フォトリソグラフィ・システムを用いて遂行され、
ｑ）印刷が、ポジティブ・フォトレジスト、ネガティブ・フォトレジスト、又は光硬化性エポキシ樹脂の層の領域を露光する、方法。
【請求項８４２】
離散的な位置の間にコード要素の物理的寸法以下である間隔を有して、前記離散的な位置に置かれた前記コード要素を含むコード化されたマイクロ粒子のためのコード体系であって、
ａ）前記間隔が１μｍ以下であり、
ｂ）前記間隔が０．５μｍ以下であり、
ｃ）前記コード要素のサイズが１μｍ以下であり、
ｄ）粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｅ）コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成される、コード体系。
【請求項８４３】
面上にほぼ単分子層の形で配列された、多数の生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、検出可能な粒子の組み合わされた二次元区域が面積の３０％超過を占め、検出可能な粒子が正確に識別することができるものを指す、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８４４】
面上にほぼ単分子層の形で配列された、多数の生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子の画像であって、検出可能な粒子の組み合わされた二次元区域が画像面積全体の３０％超過を占め、前記画像がバイオアッセイの結果を決定するのに使用され、
ａ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｂ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｃ）前記粒子がブラウン運動を行い、
ｄ）前記コードが１μｍ未満の物理的サイズを有するコード要素で構成され、
ｅ）前記生化学的に活性の成分が、核酸、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、又は配位子であり、
ｆ）前記粒子が２：１以上のアスペクト比を有する細長い形状を有し、
ｇ）前記粒子が５０μｍの最大寸法を有し、
ｈ）検出可能な粒子の数密度が１ｍｍ2当たり２，０００粒子を超え、
ｉ）前記検出可能な粒子の前記組み合わされた二次元区域が前記画像面積全体の５０％超過を占める、画像。
【請求項８４５】
面上にほぼ単分子層の形で配列され、粒子の数密度が１ｍｍ2当たり２，０００粒子を超える、多数の生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８４６】
ｉ）マイクロ粒子がそれらの面上に生化学部分を有するようにして、複数の異なるコードを含む多数のコード化されたマイクロ粒子を含み、ｉｉ）前記多数のマイクロ粒子が、１ｍｍ2当たり２０００粒子を超える密度で二次元面上に単分子層の形で配列され、ｉｉｉ）前記粒子をキャリア流体中に含むための装置が用意され、ｉｖ）前記マイクロ粒子の前記コードを識別するためのイメージング・システムが用意され、ｖ）それによってバイオアッセイの結果が得られる、システム。
【請求項８４７】
バイオアッセイの画像に基づく定量化の間ブラウン運動を行う、多数の非球状のコード化されたマイクロ粒子であって、
ａ）前記粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きく、
ｂ）前記粒子の１０％超過が、１秒以下の時間間隔内に２０ｎｍ以上横方向に変位するものと測定され、
ｃ）前記粒子が分子結合が起こったことの指標として蛍光を示し、
ｄ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｅ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｆ）前記粒子がブラウン運動を行い、
ｇ）前記コードが１μｍ未満の物理的サイズを有するコード要素で構成され、
ｈ）前記生化学的に活性の成分が、核酸、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、又は配位子であり、
ｉ）前記粒子が、２：１を超えるアスペクト比と前記最長軸線に垂直な正方形の断面とを有する棒形状を有し、
ｊ）前記粒子が５０μｍの最大寸法を有する、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８４８】
２００個を超えるコードとコード当たり１００，０００個を超える粒子を含む、大きな一組の生化学的に活性のコード化された粒子であって、
ａ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｂ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｃ）前記粒子が、バイオアッセイの定量化の間ブラウン運動を行い、
ｄ）前記コードが１μｍ未満の物理的サイズを有するコード要素で構成され、
ｅ）前記生化学的に活性の成分が、核酸、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、又は配位子であり、
ｆ）前記粒子が２：１を超えるアスペクト比を有する細長い形状を有し、
ｇ）前記粒子が５０μｍの最大寸法を有し、
ｈ）前記大きな組の生化学的に活性のコード化された粒子が１，０００個を超えるコードを含有し、
ｉ）前記大きな組の生化学的に活性のコード化された粒子が１０，０００個を超えるコードを含む、コード化された粒子。
【請求項８４９】
ｉ）１，０００個を超えるコードを含有し、ｉｉ）コード当たり１００，０００個を超える粒子を含有し、ｉｉｉ）９９％を超える識別率で検出することができる、本発明の別の好ましい実施形態の大きな組の生化学的に活性のコード化された粒子。
【請求項８５０】
１μｍ未満のサイズの空間的コード化機構を有するコード化されたマイクロ粒子であって、
ａ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｂ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｃ）前記コード化機構の位置が、３シグマの精度で１００ｎｍ以内に位置付けられ、
ｄ）前記機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｅ）前記機構のサイズが６００ｎｍ未満であり、
ｆ）前記粒子が画像化され、前記コード化機構のサイズが５ピクセル未満である、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５１】
全体がシリカから成る外面と５０μｍ未満の長さとを有する多数の非球状のコード化された粒子であって、
ａ）前記粒子が空間的に規定された光学コードを含有し、
ｂ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｃ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｄ）前記粒子がバイオアッセイ用途に使用され、
ｅ）前記粒子がほぼ正方形の断面を有し、
ｆ）前記粒子が、バイオアッセイの定量化の間ブラウン運動を行い、
ｇ）前記コードが１μｍ未満の物理的サイズを有するコード要素で構成され、
ｈ）前記生化学的に活性の成分が、核酸、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、又は配位子であり、
ｉ）前記粒子が２：１を超えるアスペクト比を有する細長い形状を有し、
ｊ）前記粒子が５０μｍの最大寸法を有する、コード化された粒子。
【請求項８５２】
画像中の離散的な領域を個々の粒子に関連させることによって、コード化された粒子のコードを識別するコンピュータ・プログラム製品であって、
ａ）前記コードが、関連する離散的な領域の前記軸線からピクセル強度プロファイルを抽出することによって決定され、
ｂ）バイオアッセイの結果が、前記コンピュータ・プログラムの出力として計算され、
ｃ）前記コード化された粒子が、前記コードを形成する不透明領域及び透明領域を有する全方向構造から成る、コンピュータ・プログラム製品。
【請求項８５３】
反射画像及び蛍光画像を同時に取得するために２つのＣＣＤカメラを利用する、コード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系であって、
ａ）バイオアッセイにおける検出に使用される、光学系。
【請求項８５４】
連続的な画像化による検出のため、前記粒子を流体中に供給するフローセル。
【請求項８５５】
蛍光性の外側層を有する空間的光学的にコード化されたマイクロ粒子であって、
ａ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｂ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィによって作成される、空間的光学的にコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５６】
面結合用途のため相互作用する面積が増加した、断面が正方形のコード化されたマイクロ粒子であって、
ａ）前記粒子が２：１を超えるアスペクト比を有する細長い形状を有し、
ｂ）隣接した粒子が存在することによって生体分子の相互作用が決定され、
ｃ）生体分子の相互作用が、ＤＮＡ、タンパク質、又は分子マイクロアレイなどの平面の面への前記粒子の結合によって決定され、
ｄ）生体分子の相互作用が、蛍光体、量子ドット、ラテックス若しくはガラス・ビーズ、コロイド金属粒子、半導体ナノロッド、又は他の任意のコード化されたマイクロ粒子若しくはナノ粒子などの他のレポーター粒子への前記粒子の結合によって決定される、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５７】
ａ）軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
ｂ）前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
ｃ）前記セグメントによってコードが形成される、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５８】
ａ）平面の面を有する基板を用意する工程と、
ｂ）前記基板の前記平面の面に平行になるようにして、軸線に沿って整列した２つ以上のセグメントを形成する工程と、
ｃ）粒子を前記基板からリリースする工程とを含む方法によって作成された、コード化された粒子。
【請求項８５９】
ａ）平面の面を有する基板を用意する工程と、
ｂ）前記基板の前記平面の面に平行になるようにして、軸線に沿って整列した２つ以上のセグメントを形成する工程と、
ｃ）粒子を前記基板からリリースする工程とを含む、コード化された粒子を作成する方法。
【請求項８６０】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）第１の層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｃ）第２の層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｄ）各粒子領域が軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを有するようにして、前記第２の層を複数の粒子領域に形成する工程と、
ｅ）第３の層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｆ）個々の粒子を形成するため、前記粒子領域内の前記層を前記基板からリリースする工程とを含み、
ｇ）個々の粒子の前記セグメントによってコードが形成される、コード化された粒子を作成する方法。
【請求項８６１】
ａ）平面の面を有する基板を用意する工程と、
ｂ）軸線が前記基板の前記平面の面に平行になるようにして、前記軸線に沿って定められたコードを有する粒子を形成する工程とを含み、
ｃ）前記コードが前記基板に垂直な全ての方向から検出可能である、コード化された粒子を作成する方法。
【請求項８６２】
ａ）平面の面を有する基板を用意する工程と、
ｂ）軸線が前記基板の前記平面の面に平行になるようにして、前記軸線に沿って定められたコードを有する粒子を形成する工程とを含み、
ｃ）前記コードが前記基板に垂直な全ての方向から検出可能である方法によって作成された、コード化された粒子。
【請求項８６３】
ａ）３：１を超えるアスペクト比を有する細長い形状と、
ｂ）粒子の前記長軸線に垂直な面に沿った正方形の断面とを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８６４】
ａ）３０μｍ未満の最長寸法と、
ｂ）二酸化シリコンの外面と、
ｃ）単一の収集波長において反射モード又は透過モードで検出可能な空間コードとを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８６５】
ａ）前記基板の前記面上に、コードをそれぞれ有するリリースされていないコード化されたマイクロ粒子と、
ｂ）Ｘ個を超えるコードと、
ｃ）各コードに平均Ｙ個を超える粒子とを含む、ウェハ基板。
【請求項８６６】
ａ）前記基板の前記面上に、コードをそれぞれ有するリリースされていないコード化されたマイクロ粒子と、
ｂ）１ｃｍ2当たりのマイクロ粒子がＸ個を超えるマイクロ粒子密度とを含む、ウェハ基板。
【請求項８６７】
ａ）マイクロ粒子がそこから形成される構成層を堆積させることによって発生するような形で、シリコン基板に結合された複数のコード化されたマイクロ粒子を含み、
ｂ）前記マイクロ粒子の外面全体が二酸化シリコン（ガラス又はシリカとして知られる）から成る、リリースされていないコード化されたマイクロ粒子を有するシリコン・ウェハ基板。
【請求項８６８】
ａ）マイクロ粒子がそこから形成される構成層を堆積させることによって発生するような形で、シリコン基板に結合された複数のコード化されたマイクロ粒子を含み、
ｂ）前記マイクロ粒子の外面全体が二酸化シリコンから成り、
ｃ）前記マイクロ粒子が中実の直方体の形状を有し、
ｄ）前記マイクロ粒子が、幅と高さの比が５：１以下であるようにして、前記基板面に平行に測定した長さ及び幅と、前記基板面に垂直に測定した高さとを有する、リリース前のコード化されたマイクロ粒子を有するシリコン・ウェハ基板。
【請求項８６９】
ａ）シリコン基板にバルク・エッチングを施す工程を含み、
ｂ）リリースされたコード化されたマイクロ粒子が提供される、犠牲層を組み込むことなくシリコン基板からコード化されたマイクロ粒子をリリースする方法。
【請求項８７０】
ａ）平面の基板を用意する工程と、
ｂ）複数のコード化されたマイクロ粒子を前記基板の前記面上に形成する工程と、
ｃ）前記基板にバルク・エッチングを施すことによって、前記コード化されたマイクロ粒子をリリースする工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７１】
ａ）平面の基板を用意する工程と、
ｂ）シリコンの犠牲層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｃ）複数のコード化されたマイクロ粒子を前記犠牲層の前記面上に形成する工程と、
ｄ）前記犠牲層をエッチングすることによって、前記コード化されたマイクロ粒子をリリースする工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７２】
ａ）二酸化シリコンの外側材料と、
ｂ）マイクロ粒子の１つ又は複数の面内のディボットとを含み、
ｃ）前記マイクロ粒子上に前記コードを形成する前記ディボットの位置を設定し、
ｄ）前記ディボットは、反射モード又は透過モードで前記コードを読み取るためには検出可能ではなく、
ｅ）前記ディボットは、蛍光モードで前記コードを読み取るためには検出可能である、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８７３】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）コード層を堆積させる工程と、
ｃ）前記コード層内に５００Ａを超えるトポロジーを形成する工程と、
ｄ）上塗層を堆積させる工程と、
ｅ）前記上塗層に対して平面化工程を行う工程とを含む、平面の基板上に複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７４】
ａ）空間的に定められたコードと、
ｂ）蛍光分子を含む二酸化シリコンの外面層とを含み、
ｃ）前記外面層がストロバー法によって成長される、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８７５】
ａ）粒子領域当たり単一のコード要素を特定するレチクル・フィールドを設ける工程と、
ｂ）第１のコード要素に前記レチクル・フィールドを印刷する工程と、
ｃ）前記第１のコード要素及び次のコード要素が同じ粒子領域内にあるようにして、次のコード要素に前記レチクル・フィールドを印刷する工程と、
ｄ）工程（ｌ）を少なくとももう一度実行する工程とを含み、
ｅ）粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いてコード化された粒子を形成する方法。
【請求項８７６】
１つ以上の印刷工程を用いてコードを形成することを含む、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ印刷プロセスを用いて複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７７】
ａ）複数のコード化されたマイクロ粒子を含む基板を用意する工程と、
ｂ）識別要素を含むパターンを設ける工程と、
ｃ）前記パターンを前記基板又は前記基板の一部分の上に印刷する工程と、
ｄ）前記基板を予め定められた距離だけ横方向にシフトさせる工程と、
ｅ）工程ｃを少なくとも一度（以上？？）実行する工程とを含み、
ｆ）粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いてコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７８】
同じコードを全て有する複数のコード化されたマイクロ粒子をそれぞれ含む複数の領域を含む、一組のコード化されたマイクロ粒子を作成する印刷システムを方向付けるコンピュータ・プログラムであって、前記異なる領域の前記コードを形成する座標位置及び横方向のオフセットのリストを含む、コンピュータ・プログラム。
【請求項８７９】
ａ）複数のコード化されたマイクロ粒子を含む基板を用意する工程と、
ｂ）第１の層を堆積させる工程と、
ｃ）第２の層を堆積させる工程と、
ｄ）ステッパ命令にしたがって粒子領域を形成する工程とを含み、
ｅ）前記粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いてコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８８０】
ａ）マイクロ粒子がその上に形成される平面の基板を用意する工程と、
ｂ）コード化パターンの第１の部分を有する第１のレチクル・フィールドを用意する工程と、
ｃ）前記基板を前記第１のレチクル・フィールドに露出させ、それによって前記コード化パターンの前記第１の部分を印刷する工程と、
ｄ）コード化パターンの第２の部分がある第２のレチクル・フィールドを用意する工程と、
ｅ）前記基板を前記第２のレチクル・フィールドに露出させ、それによって前記コード化パターンの前記第２の部分を印刷する工程とを含み、
ｆ）完全なコード化パターンが改善された解像度を有する、粒子を識別するコードを形成するため、フォトリソグラフィ・プロセスを用いて複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８８１】
ａ）組み合わせて個々のマイクロ粒子に対するコードを形成するコード要素を用意する工程と、
ｂ）マイクロ粒子内の離散的な位置に置かれたコード要素とを含み、
ｃ）前記離散的な位置が前記コード要素の物理的サイズよりも小さく、
ｄ）それによって、高いコードスペースのコード体系が供給される、コード化されたマイクロ粒子のためのコード体系。
【請求項８８２】
ａ）マイクロ粒子がその上に配置されるコンテナ面と、
ｂ）その面に生化学分子が付着された前記マイクロ粒子とを含み、
ｃ）マイクロ粒子が空間的に定められたコードを有し、
ｄ）前記マイクロ粒子が占める面積が平均で前記コンテナ面の面積のＸ％以上であるようにして、マイクロ粒子が前記コンテナ面上の単分子層内に配列される、複数のコード化されたマイクロ粒子の単分子層。
【請求項８８３】
ａ）マイクロ粒子がその上に配置されるコンテナ面と、
ｂ）その面に生化学分子が付着されたマイクロ粒子とを含み、
ｃ）マイクロ粒子が空間的に定められたコードを有し、
ｄ）前記マイクロ粒子が占める数密度が平均で１ｃｍ2当たりマイクロ粒子Ｘ個以上であるようにして、マイクロ粒子が前記コンテナ面上の単分子層内に配列される、複数のコード化されたマイクロ粒子の単分子層。
【請求項８８４】
バイオアッセイの画像に基づく定量化の間ブラウン運動を行う、多数の空間的にコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８８５】
ａ）マイクロ粒子がそれらの面上に生化学部分を有するようにして、複数の異なるコードを含む多数のコード化されたマイクロ粒子を含み、
ｂ）前記多数のマイクロ粒子が、１ｍｍ2当たり２０００粒子を超える密度で二次元面上に単分子層の形で配列され、
ｃ）前記粒子をキャリア流体中に含むための装置が用意され、
ｄ）前記マイクロ粒子の前記コードを識別するためのイメージング・システムが用意され、
ｅ）それによってバイオアッセイの結果が得られる、システム。
【請求項８８６】
平均でＸ個を超えるコードとコード当たりＹ個を超える粒子とを含む、大きな一組の生化学的に活性のコード化された粒子。
【請求項８８７】
ａ）軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、
ｂ）前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
ｃ）前記セグメントによってコードが形成される、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８８８】
前記第１の材料が不透明である請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８８９】
前記第１の材料が、シリコン、単結晶シリコン、多結晶シリコン、非晶質シリコン、ドープ・シリコン、ゲルマニウム、ＳｉＧｅ、又はＧａＡｓなどの半導体である請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９０】
前記第１の材料が、アルミニウム、チタン、金、銀、ニッケル、又はコバルトなどであるが、これらに限定されない金属である請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９１】
前記第２の材料が透明である請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９２】
前記第２の材料が、二酸化シリコン、シリカ、ガラス、ドープ・ガラス、又は窒化シリコンである請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９３】
前記粒子が直方体の形状を有する請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９４】
前記セグメントが直方体の形状を有する請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９５】
前記粒子が正方形の断面を有する請求項８９３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９６】
前記粒子が５０μｍ以下の長さを有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９７】
前記粒子が２０μｍ以下の長さを有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９８】
前記粒子が５μｍ以下の幅を有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９９】
前記粒子が２．５μｍ以下の幅を有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９００】
前記粒子が２：１以上のアスペクト比を有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０１】
前記粒子が５：１以上のアスペクト比を有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０２】
前記第１の材料が、１層が磁性材料である多層スタックから成る請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０３】
前記第２の材料が、蛍光分子を含浸させた二酸化シリコンの外側層を含む二酸化シリコンである請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０４】
前記第２の材料が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、又は小分子などの、前記面に結合させた生化学分子を有する請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０５】
ａ）Ｘμｍ未満の最長寸法と、
ｂ）単一の前方散乱検出器を備えたフロー・サイトメーターで読み取ることができるコードとを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０６】
画像中の離散的な領域を個々の粒子に関連させることによって、コード化された粒子の前記コードを識別するコンピュータ・プログラム製品。
【請求項９０７】
ａ）断面がほぼ正方形のコード化されたマイクロ粒子を含み、
ｂ）粒子と粒子又は粒子と面の複合体が存在することによって被検体の存在が示される、結合アッセイ。
【請求項１】
軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
マイクロ粒子のためのコードが設けられる、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項２】
前記マイクロ粒子の前記コードが１，０００個を越えるコードスペースからのものである請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項３】
前記マイクロ粒子の前記コードが１０，０００個を越えるコードスペースからのものである請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項４】
前記第２の材料が透明である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５】
前記第１の材料が不透明である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項６】
前記透明材料がガラスを含む請求項４に記載のマイクロ粒子。
【請求項７】
前記第１の材料が不透明である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項８】
前記マイクロ粒子の外面全体がガラスである請求項７に記載のマイクロ粒子。
【請求項９】
前記第１の材料が半導体又は金属を含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１０】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ以下である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１６】
前記第２の材料がその中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１７】
前記第２の材料が、多数の生化学分子がその上に付着される面を含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１８】
前記マイクロ粒子が単分子層内にほぼ配置される請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１９】
前記マイクロ粒子が液体中に配置され、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行い、かつ前記面に付着された生化学分子を有する請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０】
前記第２の材料がその面に複数のへこみを含む請求項１に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１】
各マイクロ粒子が、
軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
マイクロ粒子のためのコードが設けられる、多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２２】
前記第２の材料が透明である請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２３】
前記第１の材料が不透明である請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２４】
前記第１の材料が半導体又は金属を含む請求項２３に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２５】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２６】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２７】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項２６に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２８】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項２６に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項２９】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項２６に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項３０】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項２６に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項３１】
前記第２の材料がその中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項３２】
前記第２の材料が、多数の生化学分子がその上に付着される面を含む請求項２１に記載の多数のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項３３】
軸線に沿って整列した複数の別個のセグメントをそれぞれ含み、かつコードをそれぞれ表す複数のマイクロ粒子を形成するように、基板上に層を堆積させパターニングする工程と、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離するため、前記マイクロ粒子をリリースする工程とを含む、コード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項３４】
前記層を堆積させパターニングする前記工程が、
第１の層を前記基板上に堆積させる工程と、
第２の層を前記基板上に堆積させる工程と、
各粒子領域が前記軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを有するようにして、前記第２の層を複数の粒子領域に形成する工程と、
第３の層を前記基板上に堆積させる工程とをさらに含む請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記層をパターニングする前記工程が、
１回目に第１のパターンを前記層上に形成する工程と、
２回目に第２のパターンを前記層上に形成する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンが前記マイクロ粒子を形成する請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記第１の材料が透明である請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記第２の材料が不透明である請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記第２の材料が半導体又は金属を含む請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項３４に記載の方法。
【請求項４０】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項３４に記載の方法。
【請求項４１】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項３４に記載の方法。
【請求項４２】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
磁性材料から成る層を形成する工程をさらに含む請求項３４に記載の方法。
【請求項４４】
複数の分子から成る蛍光層を形成する工程をさらに含む請求項３４に記載の方法。
【請求項４５】
多数の生化学分子を面のマイクロ粒子上又はその中に付着させる工程をさらに含む請求項３４に記載の方法。
【請求項４６】
基板を用意する工程と、
第１の層を前記基板上に堆積させる工程と、
第２の層を前記基板上に堆積させる工程と、
各粒子領域が軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを有するようにして、前記第２の層を複数の粒子領域に形成する工程と、
第３の層を前記基板上に堆積させる工程と、
個々の粒子を形成するため、前記粒子領域内の前記層を前記基板からリリースする工程とを含み、
個々の粒子の前記離散的なセグメントによってコードが形成される、コード化された粒子を作成する方法。
【請求項４７】
前記層をパターニングする前記工程が、
１回目に第１のパターンを前記層上に形成する工程と、
２回目に第２のパターンを前記層上に形成する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンが前記マイクロ粒子を形成する請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記第１の材料が透明である請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記第２の材料が不透明である請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
前記第２の材料が半導体又は金属を含む請求項４７に記載の方法。
【請求項５１】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項４７に記載の方法。
【請求項５２】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項４７に記載の方法。
【請求項５３】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項４７に記載の方法。
【請求項５４】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項４７に記載の方法。
【請求項５５】
磁性材料から成る層を形成する工程をさらに含む請求項４７に記載の方法。
【請求項５６】
複数の分子から成る蛍光層を形成する工程をさらに含む請求項４７に記載の方法。
【請求項５７】
多数の生化学分子を面のマイクロ粒子上又はその中に付着させる工程をさらに含む請求項４７に記載の方法。
【請求項５８】
基板にほぼ平行な軸線に沿って整列した複数の離散的なセグメントをそれぞれ含み、かつコードをそれぞれ表す複数のマイクロ粒子を形成するように、前記基板上に層を堆積させパターニングする工程と、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離するため、前記マイクロ粒子をリリースする工程とを含み、
各マイクロ粒子に対する前記コードが、前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能である、コード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項５９】
前記層をパターニングする工程が、
１回目に第１のパターンを前記層上に形成する工程と、
２回目に第２のパターンを前記層上に形成する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンが前記マイクロ粒子を形成する請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記第１の材料が透明である請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
前記第２の材料が不透明である請求項５８に記載の方法。
【請求項６２】
前記第２の材料が半導体又は金属を含む請求項５８に記載の方法。
【請求項６３】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項５８に記載の方法。
【請求項６４】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項５８に記載の方法。
【請求項６５】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項５８に記載の方法。
【請求項６６】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項５８に記載の方法。
【請求項６７】
磁性材料から成る層を形成する工程をさらに含む請求項５８に記載の方法。
【請求項６８】
複数の分子から成る蛍光層を形成する工程をさらに含む請求項５８に記載の方法。
【請求項６９】
多数の生化学分子を面のマイクロ粒子上又はその中に付着させる工程をさらに含む請求項５８に記載の方法。
【請求項７０】
軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、
透明であり、前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
前記マイクロ粒子のためのコードが設けられ、前記軸線に直交する全ての角度から検出可能である、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１】
前記層をパターニングする前記工程が、
１回目に第１のパターンを前記層上に形成する工程と、
２回目に第２のパターンを前記層上に形成する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンがマイクロ粒子を形成する請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記第１の材料が透明である請求項７０に記載の方法。
【請求項７３】
前記第２の材料が不透明である請求項７０に記載の方法。
【請求項７４】
前記第２の材料が半導体又は金属を含む請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項７１に記載の方法。
【請求項７６】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項７５に記載の方法。
【請求項７９】
磁性材料から成る層を形成する工程をさらに含む請求項７５に記載の方法。
【請求項８０】
複数の分子から成る蛍光層を形成する工程をさらに含む請求項７５に記載の方法。
【請求項８１】
多数の生化学分子を、面のマイクロ粒子上又はその中に付着させる工程をさらに含む請求項７５に記載の方法。
【請求項８２】
透明性がより高い材料と透明性がより低い材料との交互になった複数の部分を含み、前記透明性がより低い材料の部分が前記透明性がより高い材料の部分に隣接した、細長い本体を含み、
前記透明性がより高い材料の部分及び前記透明性がより低い材料の部分が検出可能なコードを表す、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８３】
前記透明性がより低い材料が不透明である請求項８２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８４】
前記透明性がより高い材料がガラスである請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５】
前記透明性がより低い材料が、可視スペクトル内において吸収率がより高い材料である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８６】
前記透明性がより低い材料が、光反射率がより高い材料である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８７】
前記不透明材料が半導体又は金属を含む請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８８】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９１】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項９０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９２】
前記マイクロ粒子のアスペクト比が３：１以上である請求項９０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９３】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項９０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９４】
前記細長い本体が、その中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９５】
前記細長い本体が、多数の生化学分子がその上に付着される面を含む請求項８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９６】
軸線に沿って空間コードを有すると共に、複数の細長い辺を有するマイクロ粒子を用意する工程と、
前記マイクロ粒子上に入射光を用意する工程と、
前記マイクロ粒子によって反射された、又はそれを透過した光を検出する工程とを含み、
前記光が前記細長い辺のどれに入射したかとは無関係に前記マイクロ粒子の前記コードを検出することができる、コード化されたマイクロ粒子を検出する方法。
【請求項９７】
前記光が、可視光又は近可視光範囲内にスペクトルを有する請求項９６に記載の方法。
【請求項９８】
前記マイクロ粒子が、
軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
前記マイクロ粒子のためのコードが設けられる請求項９６に記載の方法。
【請求項９９】
前記マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子のコードスペースの構成要素であり、前記コードスペースが１０００個を超える請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子のコードスペースの構成要素であり、前記コードスペースが１００００個を超える請求項９８に記載の方法。
【請求項１０１】
前記第２の材料が透明である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０２】
前記第１の材料が不透明である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０３】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０４】
前記マイクロ粒子の体積が２０，０００μｍ3以下である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０５】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項９９に記載の方法。
【請求項１０６】
前記マイクロ粒子の幅が５μｍ以下である請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０８】
前記第２の材料が、その中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０９】
前記第２の材料が、多数の生化学分子がその上に付着される面を含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１０】
前記マイクロ粒子が単分子層内にほぼ配置される請求項９９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記マイクロ粒子が液体バッファ中に配置され、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行い、かつ前記面に付着された生化学分子を有する請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
前記第２の材料が、その面内に複数のへこみを含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１３】
５０μｍ未満の最長寸法と、
ほぼガラスである外面と、
光学的拡大によって読み取ることができる空間コードとを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項１１４】
前記空間コードが反射光によって検出可能である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１５】
前記空間コードが透過光によって検出可能である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１６】
前記空間コードが放射光によって検出可能である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１７】
前記空間コードが単一の画像取得イベントによって検出可能である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１８】
前記マイクロ粒子が２０，０００μｍ3以下の体積を有する請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１１９】
前記マイクロ粒子が５０００μｍ3以下の体積を有する請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２０】
前記マイクロ粒子が１０００μｍ3以下の体積を有する請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２１】
前記マイクロ粒子の前記コードが、１，０００個を超えるコードスペースからのものである請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２２】
前記マイクロ粒子の前記コードが、１０，０００個を超えるコードスペースからのものである請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２３】
前記マイクロ粒子が不透明材料を含む請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２４】
前記不透明材料が半導体又は金属を含む請求項１２３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２５】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２６】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２７】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２８】
前記第２の材料が、その中又は上に複数の蛍光分子を含む請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１２９】
前記マイクロ粒子の面上に多数の生化学分子をさらに含む請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３０】
前記マイクロ粒子が、単分子層内にほぼ配置された複数のマイクロ粒子の構成要素である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３１】
前記マイクロ粒子が液体バッファ中に配置され、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行い、かつ前記面に付着された生化学分子を有する請求項１３０に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３２】
前記マイクロ粒子の面内に複数のへこみをさらに含む請求項１３０に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３３】
前記マイクロ粒子の長さが５０μｍ以下である請求項１１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３４】
前記マイクロ粒子の長さが２０μｍ以下である請求項１３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３５】
５０μｍ未満の最長寸法と、
ほぼガラスの外面と、
１．５μｍ以下の最大サイズを有するコード要素を含む空間コードとを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項１３６】
前記最大サイズが１．０μｍ以下である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３７】
前記マイクロ粒子が２００００μｍ3以下の体積を有する請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３８】
前記マイクロ粒子が５０００μｍ3以下の体積を有する請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１３９】
前記マイクロ粒子がさらに、
軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
前記マイクロ粒子のためのコードが設けられる請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４０】
前記空間コードが反射率イメージング・システムによって検出可能である請求項１３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４１】
前記空間コードが透過型イメージング・システムによって検出可能である請求項１３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４２】
前記空間コードが蛍光イメージングによって検出可能である請求項１３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４３】
前記空間コードが単一の画像取得イベントによって検出可能である請求項１３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４４】
前記マイクロ粒子が不透明材料を含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４５】
前記マイクロ粒子の断面がほぼ長方形である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４６】
前記マイクロ粒子の長さと幅の比が３：１以上である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４７】
前記マイクロ粒子が磁性材料を含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４８】
前記マイクロ粒子の面の全て又は一部分の上若しくは中に複数の蛍光分子をさらに含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１４９】
前記マイクロ粒子の面上に多数の生化学分子をさらに含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５０】
前記マイクロ粒子が、単分子層内にほぼ配置された複数のマイクロ粒子の構成要素である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５１】
前記マイクロ粒子が液体中に配置され、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行い、かつ前記面に付着された生化学分子を有する請求項１５０に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５２】
前記マイクロ粒子の面内に複数のへこみをさらに含む請求項１５１に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５３】
前記空間コードが反射光によって検出可能である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５４】
前記空間コードが透過光によって検出可能である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５５】
前記空間コードが放射光によって検出可能である請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５６】
前記マイクロ粒子が透明材料を含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５７】
前記マイクロ粒子の面上に複数の蛍光分子をさらに含む請求項１３５に記載のマイクロ粒子。
【請求項１５８】
ａ）マイクロ粒子領域ごとに単一のコード要素を定義するパターンを設ける工程と、
ｂ）第１のコード要素に前記パターンを印刷する工程と、
ｃ）前記第１のコード要素及び次のコード要素が同じマイクロ粒子領域内にあるようにして、次のコード要素に前記パターンを印刷する工程とを含み、
ｄ）前記マイクロ粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するためのコードを形成する印刷プロセスを用いて、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１５９】
前記印刷工程（ｂ）又は（ｃ）がフォトリソグラフィを用いて行われる請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６０】
前記印刷が、ステップ・アンド・リピート露光システムを使用することを含む請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６１】
前記印刷工程が、感光層を露光することによって行われる請求項１５９に記載の方法。
【請求項１６２】
前記印刷工程（ｂ）又は（ｃ）がインプリント・リソグラフィを用いて行われる請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６３】
前記パターンがレチクル上に形成される請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６４】
前記コードが、複数の個別の不透明なセグメントで形成される請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６５】
マイクロ粒子が形成される前記基板が、露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６６】
１回目にマイクロ粒子の前記コードの第１の部分を印刷する工程と、
前記第１の部分及び第２の部分が少なくとも部分的に各マイクロ粒子のための前記コードを形成するようにして、前記１回目の後の２回目に、前記マイクロ粒子の前記コードの第２の部分を印刷する工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１６７】
前記印刷工程のどちらか１つが、フォトリソグラフィを用いて行われる請求項１６６に記載の方法。
【請求項１６８】
前記印刷が、露光システムのステップ・アンド・リピートを行う工程を含む請求項１６７に記載の方法。
【請求項１６９】
前記印刷工程が、感光層を露光することによって行われる請求項１６７に記載の方法。
【請求項１７０】
前記印刷工程のどちらか１つがスタンピングを用いて行われる請求項１６６に記載の方法。
【請求項１７１】
前記パターンがレチクル上に形成される請求項１６６に記載の方法。
【請求項１７２】
前記コードが、複数の交互になった透過率がより高いセグメントと透過率がより低いセグメントで形成される請求項１６６に記載の方法。
【請求項１７３】
マイクロ粒子がその上に形成される前記基板が、露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７４】
ａ）複数のコード化されたマイクロ粒子を含む基板を用意する工程と、
ｂ）識別要素を含むパターンを設ける工程と、
ｃ）前記パターンを前記基板又は前記基板の一部分の上に印刷する工程と、
ｄ）前記基板を予め定められた距離だけ横方向にシフトさせる工程と、
ｅ）工程ｃを再び実行する工程とを含み、
ｆ）前記粒子上のコードが設けられる、マイクロ粒子を識別するマイクロ粒子のためのコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いて複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１７５】
前記印刷工程がフォトリソグラフィを用いて行われる請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７６】
前記印刷が、ステップ・アンド・リピート露光システムを使用することを含む請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７７】
前記印刷工程が、感光層を露出することによって行われる請求項１７６に記載の方法。
【請求項１７８】
前記コード化されたマイクロ粒子がガラスの外側層を含む請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７９】
前記パターンがレチクル上に形成される請求項１７６に記載の方法。
【請求項１８０】
前記コードが複数の個別の不透明なセグメントで形成される請求項１７６に記載の方法。
【請求項１８１】
マイクロ粒子がその上に形成される前記基板が露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１７７に記載の方法。
【請求項１８２】
１回目にマイクロ粒子のコードの第１の部分を印刷する工程と、
前記１回目の後の２回目に前記マイクロ粒子のコードの第２の部分を印刷する工程とを含む方法を行うことができるステップ・アンド・リピート露光システムと、
前記ステップ・アンド・リピート露光システムが前記方法を行うのを制御するための、一連のコンピュータ実行命令を有するコンピュータ可読媒体とを含む、システム。
【請求項１８３】
同じコードを全て有する複数のコード化されたマイクロ粒子をそれぞれ含む複数の領域を含む、一組のコード化されたマイクロ粒子を作成する印刷システムを方向付ける工程を含む方法を行うためのコンピュータ実行命令を有し、前記コンピュータ・プログラムが、前記異なる領域の前記コードを形成する座標位置及び横方向のオフセットのリストを含む、方法を行うためのコンピュータ実行命令を有するコンピュータ可読媒体。
【請求項１８４】
１回目にマイクロ粒子のコードの第１の部分を印刷する工程と、
前記１回目の後の２回目に前記マイクロ粒子のコードの第２の部分を印刷する工程とを含む方法を行うことができるステップ・アンド・リピート露光システムと、
前記ステップ・アンド・リピート露光システムが前記方法を行うのを制御するための、一連のコンピュータ実行命令を有するコンピュータ可読媒体とを含む、システム。
【請求項１８５】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）第１の層を堆積させる工程と、
ｃ）第２の層を堆積させる工程と、
ｄ）ステップ・アンド・リピート露光システムの命令にしたがって、マイクロ粒子のコードを形成する工程とを含み、
ｅ）前記粒子上のコードが設けられる、マイクロ粒子を識別するためのコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いて複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１８６】
前記粒子領域を形成する前記工程が、
基板を用意する工程と、
識別要素を含むパターンを設ける工程と、
前記パターンを前記基板又は前記基板の一部分の上に印刷する工程と、
前記基板を予め定められた距離だけ横方向にシフトさせる工程と、
工程ｃを再び実行する工程とをさらに含み、
前記粒子上のコードが設けられる請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８７】
前記印刷工程がフォトリソグラフィを用いて行われる請求項１８６に記載の方法。
【請求項１８８】
前記印刷が、ステップ・アンド・リピート露光システムを使用することを含む請求項１８６に記載の方法。
【請求項１８９】
前記印刷工程が感光層を露光することによって行われる請求項１８６に記載の方法。
【請求項１９０】
前記印刷工程がエンボシング・リソグラフィである請求項１８６に記載の方法。
【請求項１９１】
前記パターンがフォトマスク上に供給される請求項１８６に記載の方法。
【請求項１９２】
前記コードが複数の個別の不透明なセグメントで形成される請求項１８６に記載の方法。
【請求項１９３】
マイクロ粒子がその上に形成される前記基板が露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９４】
基板上にパターニングされるべき第１の層を堆積させる工程と、
パターニングされるべき前記層上にフォトレジスト層である第２の層を堆積させる工程と、
ステップ・アンド・リピート露光システムを用いて、前記フォトレジスト層全体にわたってコード要素パターンを順送りすることによって、露光パターンを前記フォトレジスト層内に形成する工程と、
前記フォトレジスト層を選択的に除去し、前記第１の層をパターニングする工程とを含み、
前記ステップ・アンド・リピート露光システムが、同じ基板上に異なるマイクロ粒子コードを形成するようにプログラムされ、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離する工程をさらに含む、コード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項１９５】
前記第１の層を堆積させる前に別の層を堆積させる工程をさらに含む請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９６】
前記印刷が露光システムのステップ・アンド・リピートを行う工程を含む請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９７】
前記コード要素パターンがレチクル上に形成される請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９８】
前記コードが複数の個別の不透明なセグメントで形成される請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９９】
マイクロ粒子がその上に形成される前記基板が露光工程の間に横方向にシフトされる請求項１９４に記載の方法。
【請求項２００】
前記コード要素パターンが前記露光パターンの部分集合を含む請求項１９７に記載の方法。
【請求項２０１】
前記コード要素パターンがレチクル上に形成される請求項１９７に記載の方法。
【請求項２０２】
前記基板が横方向にシフトされる距離が、粒子の最長寸法よりも少ない量である請求項１９７に記載の方法。
【請求項２０３】
軸線を有する細長い本体であって、前記軸線に垂直に取った断面がほぼ正方形である本体を含む、マイクロ粒子。
【請求項２０４】
検出可能な空間コードを含み、ほぼ正方形の断面を有する細長い構造を含み、
前記細長い構造が、可視光又は近可視光に対して不透明な材料及び前記可視光又は近可視光に対して透過性の材料をさらに含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項２０５】
前記不透明材料が前記透過性材料内に封入される請求項２０４に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０６】
前記不透明材料が前記透過性材料によって完全に取り囲まれた不透明なセグメントを形成する請求項２０４に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０７】
前記光透過性材料がガラスである請求項２０５に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０８】
前記光に対して不透明な材料がシリコンを含む請求項２０７に記載のマイクロ粒子。
【請求項２０９】
前記ガラスが、前記セグメントを取り囲む前記ガラスの最小厚さが５ミクロンであるようにして、前記不透明なセグメントがその中に埋め込まれた固体の形態である請求項２０７に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１０】
前記最小厚さが１７ミクロンである請求項２０９に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１１】
マイクロ粒子の長さに直交する主面のアスペクト比が３：１よりも大きい直方体と、
前記マイクロ粒子の長さに直交して取ったほぼ正方形の断面と、
不透明な部分及び透明な部分とを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項２１２】
前記不透明な部分及び前記透明な部分が、コードを表すようにして前記マイクロ粒子の長さに沿って交互になっている請求項２１１に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１３】
前記不透明なセグメントが、前記セグメントのほぼ全ての面が前記マイクロ粒子の外面と接触せずにそれらによって封入されるようにして、前記マイクロ粒子内に埋め込まれる請求項２１２に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１４】
前記不透明な部分が非晶質シリコンから成る請求項２１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１５】
前記透明な部分がガラスから成る請求項２１３に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１６】
前記ガラスがシリコン酸化物を含む請求項２１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１７】
前記マイクロ粒子が５０ミクロンの最大寸法を有する請求項２１６に記載のマイクロ粒子。
【請求項２１８】
５から１００ミクロンの長さと、０．５から１０ミクロンの幅及び高さとを有し、幅と高さの比が０．５から２．０である粒子本体を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項２１９】
前記幅と高さの比がほぼ１である請求項２１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項２２０】
予め定められたコード体系から得られるコードを表すための、前記マイクロ粒子の前記長さに沿って配置された一組のセグメント及び前記セグメントに挟まれたスペーサをさらに含む請求項２１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項２２１】
前記セグメントが、可視光又は近可視光に対して不透明な材料から成り、前記スペーサが、前記可視光又は近可視光に対して５０％以上の透過率を有する材料から成る請求項２１９に記載のマイクロ粒子。
【請求項２２２】
パターニングされているがウェハからリリースされていない複数のコード化されたマイクロ粒子をそれぞれ有する、複数の離散的なダイ面積を含み、
前記ウェハが８０．６ｃｍ2（１２．５平方インチ）から７７４．２ｃｍ2（１２０平方インチ）の面積を有し、前記ウェハの６．５ｃｍ2（１平方インチ）当たり少なくとも３００万個のマイクロ粒子が存在する、ウェハ。
【請求項２２３】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分とから成る請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２２４】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２２５】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２２６】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２２７】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２２８】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２２９】
前記検出可能なコードが、前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３０】
前記検出可能なコードが、前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３１】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３２】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３３】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六辺形である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３４】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項２３３に記載のウェハ。
【請求項２３５】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３６】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項２３５に記載のウェハ。
【請求項２３７】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２３８】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項２３７に記載のウェハ。
【請求項２３９】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４０】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４１】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項２４０に記載のウェハ。
【請求項２４２】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項２４０に記載のウェハ。
【請求項２４３】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４４】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４５】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４６】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４７】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４８】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２４９】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項２３６に記載のウェハ。
【請求項２５０】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項２４９に記載のウェハ。
【請求項２５１】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２５２】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２５３】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項２５２に記載のウェハ。
【請求項２５４】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項２２４に記載のウェハ。
【請求項２５５】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項２５４に記載のウェハ。
【請求項２５６】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２５７】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２５８】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項２２２に記載のウェハ。
【請求項２５９】
複数のリリースされていないマイクロ粒子をそれぞれ有する複数のダイ区域を含み、
各マイクロ粒子が、光学的に互いを区別することができる連続的に配列された材料から形成されたコードを含み、
ダイ区域の数に各ダイ区域内の粒子の数を掛けて、それをセンチメートル単位のウェハの直径で割ったものがＡＡからＢＢである、ウェハ。
【請求項２６０】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分とから成る請求項２５９に記載のウェハ。
【請求項２６１】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項２５９に記載のウェハ。
【請求項２６２】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６３】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６４】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６５】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６６】
前記検出可能なコードが、前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６７】
前記検出可能なコードが、前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６８】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２６９】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２７０】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六辺形である請求項２６１に記載のウェハ。
【請求項２７１】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項２７０に記載のウェハ。
【請求項２７２】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２７３】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項２７２に記載のウェハ。
【請求項２７４】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２７５】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項２７４に記載のウェハ。
【請求項２７６】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２７７】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２７８】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項２７７に記載のウェハ。
【請求項２７９】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項２７７に記載のウェハ。
【請求項２８０】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８１】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８２】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８３】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８４】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８５】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８６】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項２７３に記載のウェハ。
【請求項２８７】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項２８６に記載のウェハ。
【請求項２８８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２８９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項２８９に記載のウェハ。
【請求項２９１】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９２】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項２９１に記載のウェハ。
【請求項２９３】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９４】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９５】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項２６４に記載のウェハ。
【請求項２９６】
複数のリリースされていないガラス・マイクロ粒子をその上に含み、そのウェハ上にあるマイクロ粒子の数が１ｃｍ2当たりＹＹ個からＺＺ個である、シリコン・ウェハ。
【請求項２９７】
前記ウェハ上にあるマイクロ粒子の数が１ｃｍ2当たりＹＹ’個からＺＺ’個である請求項２９６に記載のウェハ。
【請求項２９８】
複数のマイクロ粒子がそのそれぞれの上に形成された、ＸＸＸＸ個以上のダイ区域をさらに含む請求項２９６に記載のウェハ。
【請求項２９９】
各ダイ区域がＸＸＸＸＸＸ個以上のマイクロ粒子を含む請求項２９８に記載のウェハ。
【請求項３００】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分から成る請求項２９６に記載のウェハ。
【請求項３０１】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項２９６に記載のウェハ。
【請求項３０２】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０３】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０４】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０５】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０６】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０７】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０８】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３０９】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１０】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１１】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項３１０に記載のウェハ。
【請求項３１２】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１３】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項３１２に記載のウェハ。
【請求項３１４】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１５】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項３１４に記載のウェハ。
【請求項３１６】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１７】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３１８】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３１７に記載のウェハ。
【請求項３１９】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２０】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２１】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２２】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２３】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２４】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２５】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２６】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項３１２に記載のウェハ。
【請求項３２７】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項３２６に記載のウェハ。
【請求項３２８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３２９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項３２９に記載のウェハ。
【請求項３３１】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３２】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項３３１に記載のウェハ。
【請求項３３３】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３４】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３５】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項３００に記載のウェハ。
【請求項３３６】
シリコンに結合された複数のコード化されたマイクロ粒子を含み、
前記マイクロ粒子の外面のほぼ全体が二酸化シリコンで構成され、前記外面の下側部分がシリコン・ウェハに直接結合された、複数のリリースされていないコード化されたマイクロ粒子がその上に形成されたシリコン・ウェハ。
【請求項３３７】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分から成る請求項３３６に記載のウェハ。
【請求項３３８】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項３３６に記載のウェハ。
【請求項３３９】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４０】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４１】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４２】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４３】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４４】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４５】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４６】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４７】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３４８】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項３４７に記載のウェハ。
【請求項３４９】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５０】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項３４９に記載のウェハ。
【請求項３５１】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５２】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項３５１に記載のウェハ。
【請求項３５３】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５４】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５５】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３５３に記載のウェハ。
【請求項３５６】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５７】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５８】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３５９】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６０】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６１】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６２】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６３】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項３６１に記載のウェハ。
【請求項３６４】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項３６３に記載のウェハ。
【請求項３６５】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項３６６に記載のウェハ。
【請求項３６８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３６９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項３６８に記載のウェハ。
【請求項３７０】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３７１】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３７２】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項３３７に記載のウェハ。
【請求項３７３】
介在する犠牲層が存在しない状態で基板に接続された、ガラスで構成される外面を有する複数のコード化されたマイクロ粒子を含む、リリースされていないコード化されたマイクロ粒子を含む基板。
【請求項３７４】
前記基板が単結晶シリコンである請求項３７３に記載の基板。
【請求項３７５】
前記マイクロ粒子が、幅と高さの比が５：１以下であるような、前記基板面に平行に測定した長さ及び幅と、前記基板面に垂直に測定した高さとを有する請求項３７３に記載の基板。
【請求項３７６】
前記マイクロ粒子が中実の直方体の形状を有する請求項３７３に記載の基板。
【請求項３７７】
複数のマイクロ粒子が前記シリコン・ウェハの上面上に形成され、前記マイクロ粒子が、前記シリコン・ウェハの前記上面に結合された二酸化シリコンの最下層と、二酸化シリコン材料の最上層と、前記二酸化シリコンの最上層及び最下層の間にある、検出可能な空間的二進コード又は非二進コードを形成する中間層とを含む請求項３７３に記載の基板。
【請求項３７８】
各マイクロ粒子が、第１の材料の第１の部分と第２の材料の第２の部分から成る請求項３７７に記載の基板。
【請求項３７９】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項３７３に記載の基板。
【請求項３８０】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８１】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８２】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８３】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８４】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８５】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８６】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８７】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８８】
前記マイクロ粒子が、４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３８９】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項３８６に記載の基板。
【請求項３９０】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９１】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項３８８に記載の基板。
【請求項３９２】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９３】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項３９０に記載の基板。
【請求項３９４】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９５】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９６】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項３９３に記載の基板。
【請求項３９７】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９８】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項３７９に記載の基板。
【請求項３９９】
各マイクロ粒子が、前記マイクロ粒子の集合体がリリースされたときにバッファ中でブラウン運動を行うことができるようなサイズを有する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４００】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０１】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０２】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０３】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０４】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項３８９に記載の基板。
【請求項４０５】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項４０２に記載の基板。
【請求項４０６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４０８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項４０５に記載の基板。
【請求項４０９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項３７９に記載の基板。
【請求項４１０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項４０７に記載の基板。
【請求項４１１】
前記マイクロ粒子が２：１から５０：１の長さと幅の比を含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項４１２】
前記マイクロ粒子が５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項４１３】
前記マイクロ粒子が５から５００μｍ3の体積を含む請求項３７９に記載の基板。
【請求項４１４】
前記中間層が、前記二酸化シリコン層とは異なる材料の、かつ前記二酸化シリコン層と光学的に区別することができる、パターニングされた光吸収層又は光反射層である請求項３７９に記載のウェハ。
【請求項４１５】
前記パターニングされた中間層が、単一のマイクロ粒子内の一連の離散的なセグメントとしてパターニングされる請求項３７９に記載のウェハ。
【請求項４１６】
前記中間層の前記離散的なセグメントが、隣接したセグメント間に二酸化シリコンを含む請求項４１３に記載のウェハ。
【請求項４１７】
前記複数のマイクロ粒子が前記半導体ウェハの上面上に形成され、前記マイクロ粒子が、可視スペクトル内の光に対してほぼ透過性であり、前記半導体ウェハの前記上面に結合された第１の材料の最下層と、前記第１の材料と同じ又は異なる材料であり、前記可視スペクトル内の光に対してほぼ透過性である第２の材料の最上層とを含み、前記ほぼ透過性の最上層及び最下層の間に中間層をさらに含み、前記中間層が、検出可能な二進コード又は非二進コードを形成する空間的パターンを含む請求項４１４に記載のウェハ。
【請求項４１８】
請求項３３６に記載の半導体ウェハを用意する工程と、
前記ウェハを、半導体ウェハ部分及びその上のマイクロ粒子をそれぞれ有する個々のダイに単一化する工程と、
前記個々のダイを個別の容器に入れる工程と、
前記付着されたマイクロ粒子をアンダーカットし、前記マイクロ粒子をそこから分離するように、各コンテナ内の前記半導体ウェハ部分をエッチングする工程とを含む、方法。
【請求項４１９】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４１８に記載の方法。
【請求項４２０】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４１８に記載の方法。
【請求項４２１】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４１８に記載の方法。
【請求項４２２】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４１８に記載の方法。
【請求項４２３】
検出可能な二進コード又は非二進コードを形成する空間パターンを含む複数のマイクロ粒子が上面上に形成されたウェハを用意する工程と、
前記ウェハを個々のダイに単一化する工程と、
前記個々のダイをエッチング剤と共に個別のコンテナ内に用意する工程と、
前記マイクロ粒子を前記ウェハからリリースするように、前記複数のマイクロ粒子の下の前記ウェハをエッチングする工程とを含む、方法。
【請求項４２４】
前記ウェハがシリコン・ウェハであり、前記エッチング剤が、前記粒子を完全にアンダーカットしリリースする量で前記シリコン・ウェハの前記面をエッチングする請求項４２３に記載の方法。
【請求項４２５】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４２４に記載の方法。
【請求項４２６】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４２４に記載の方法。
【請求項４２７】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４２４に記載の方法。
【請求項４２８】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４２３に記載の方法。
【請求項４２９】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む２０個以上のダイを含む請求項４２３に記載の方法。
【請求項４３０】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む５０個以上のダイを含む請求項４２３に記載の方法。
【請求項４３１】
各ダイが１００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４３０に記載の方法。
【請求項４３２】
各ダイが１００００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４３１に記載の方法。
【請求項４３３】
前記ウェハが５００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４３１に記載の方法。
【請求項４３４】
前記ウェハが１，０００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４３１に記載の方法。
【請求項４３５】
同じダイの中の前記マイクロ粒子が同じコードを有する請求項４２９に記載の方法。
【請求項４３６】
異なるダイの中の前記マイクロ粒子が異なるコードを有する請求項４２９に記載の方法。
【請求項４３７】
前記異なるコードが予め定められたコード体系から得られる請求項４２３に記載の方法。
【請求項４３８】
検出可能な二進コード又は非二進コードを形成する空間パターンを含む複数のマイクロ粒子がその上面上に形成された基板を用意する工程と、
前記基板をエッチング剤と共にコンテナ内に用意する工程と、
前記マイクロ粒子を前記ウェハからリリースするように、前記複数のマイクロ粒子の下の前記基板にバルク・エッチングを施す工程とを含む、方法。
【請求項４３９】
シリコン・ウェハ又はシリコン・ウェハ部分を用意する工程と、
空間コードをそれぞれ含む複数のガラス・マイクロ粒子を前記シリコン・ウェハの上面上に形成する工程と、
前記マイクロ粒子をリリースするため、前記シリコン・ウェハ又はシリコン・ウェハ部分にバルク・エッチングを施す工程とをさらに含む請求項４３８に記載の方法。
【請求項４４０】
前記ウェハがシリコン・ウェハであり、前記エッチング剤が、前記粒子を完全にアンダーカットしリリースする量で前記シリコン・ウェハの前記面をエッチングする請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４１】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４２】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４３】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４４１に記載の方法。
【請求項４４４】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４５】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む２０個以上のダイを含む請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４６】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む５０個以上のダイを含む請求項４３９に記載の方法。
【請求項４４７】
各ダイが１００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４４６に記載の方法。
【請求項４４８】
各ダイが１００００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４４７に記載の方法。
【請求項４４９】
前記ウェハが５００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４４７に記載の方法。
【請求項４５０】
前記ウェハが１，０００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４４９に記載の方法。
【請求項４５１】
同じダイの中の前記マイクロ粒子が同じコードを有する請求項４３９に記載の方法。
【請求項４５２】
異なるダイの中の前記マイクロ粒子が異なるコードを有する請求項４３９に記載の方法。
【請求項４５３】
前記異なるコードが予め定められたコード体系から得られる請求項４５２に記載の方法。
【請求項４５４】
ａ）ほぼ平面の基板を用意する工程と、
ｂ）複数のコード化されたマイクロ粒子を前記基板の前記面上に形成する工程と、
ｃ）前記マイクロ粒子をアンダーカットし、前記マイクロ粒子を前記基板から切離すように、バルク・エッチングによって前記コード化されたマイクロ粒子をリリースする工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項４５５】
前記ウェハがシリコン・ウェハであり、前記エッチング剤が、前記粒子を完全にアンダーカットしリリースする量で前記シリコン・ウェハの前記面をエッチングする請求項４５４に記載の方法。
【請求項４５６】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４５５に記載の方法。
【請求項４５７】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４５６に記載の方法。
【請求項４５８】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４５６に記載の方法。
【請求項４５９】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６０】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む２０個以上のダイを含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６１】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む５０個以上のダイを含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６２】
各ダイが１００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６３】
各ダイが１００００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６４】
前記ウェハが５００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６５】
前記ウェハが１，０００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６６】
同じダイの中の前記マイクロ粒子が同じコードを有する請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６７】
異なるダイの中の前記マイクロ粒子が異なるコードを有する請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６８】
前記異なるコードが予め定められたコード体系から得られる請求項４５７に記載の方法。
【請求項４６９】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）シリコンのシリコン犠牲層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｃ）複数のコード化されたマイクロ粒子を前記シリコン犠牲層の前記面上に形成する工程と、
ｄ）シリコンをエッチングするエッチング剤を用いて前記シリコン犠牲層をエッチングすることによって、前記コード化されたマイクロ粒子をリリースする工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項４７０】
前記ウェハがシリコン・ウェハであり、前記エッチング剤が、前記粒子を完全にアンダーカットしリリースする量で前記シリコン・ウェハの前記面にエッチングする請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７１】
液体のエッチング剤が各コンテナ又はウェル内に供給される請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７２】
前記液体がＴＭＡＨである請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７３】
前記コンテナが多重ウェル・プレート内の複数のウェルである請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７４】
ウェルの数がＸＸＸＸ個からＹＹＹＹ個である請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７５】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む２０個以上のダイを含む請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７６】
前記ウェハが、複数のマイクロ粒子をそれぞれ含む５０個以上のダイを含む請求項４６９に記載の方法。
【請求項４７７】
各ダイが１００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４７６に記載の方法。
【請求項４７８】
各ダイが１００００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４７７に記載の方法。
【請求項４７９】
前記ウェハが５００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４７７に記載の方法。
【請求項４８０】
前記ウェハが１，０００，０００個以上のマイクロ粒子を含む請求項４７７に記載の方法。
【請求項４８１】
同じダイの中の前記マイクロ粒子が同じコードを有する請求項４７７に記載の方法。
【請求項４８２】
異なるダイの中の前記マイクロ粒子が異なるコードを有する請求項４７７に記載の方法。
【請求項４８３】
前記異なるコードが予め定められたコード体系から得られる請求項４８２に記載の方法。
【請求項４８４】
シリコン面であるウェハの上面に結合された、複数の二酸化シリコン・マイクロ粒子を含む、ウェハ。
【請求項４８５】
複数のマイクロ粒子をその上に有するシリコン・ウェハを用意する工程と、
前記マイクロ粒子をアンダーカットし、前記マイクロ粒子を前記シリコン・ウェハから切離すように、前記シリコン・ウェハにバルク・エッチングを施す工程とを含む、マイクロ粒子をリリースする方法。
【請求項４８６】
前記細長い本体の面に複数のへこみを有し、その前記面上又はその中に蛍光材料が供給された粒子本体を含み、
前記蛍光材料がより明るい部分及びより暗い部分の区域として現れ、
前記より明るい部分が前記細長い本体の前記面の前記へこみに相当し、
蛍光材料の前記より明るい部分及びより暗い部分に基づいて、空間コードを検出可能である、マイクロ粒子。
【請求項４８７】
前記粒子本体が、可視光又は近可視光に対して透過率がより高い材料の第１の部分と透過率がより低い材料の第２の部分とを含む請求項４８６に記載のマイクロ粒子。
【請求項４８８】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４８９】
前記二酸化シリコンが薄膜ＣＶＤ材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９０】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９１】
前記透明性がより高い材料がハイブリッド有機／無機材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９２】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９３】
前記透明性がより高い材料がセラミック化合物である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９４】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の酸化物を含む請求項４９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９５】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の窒化物を含む請求項４９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９６】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の炭化物を含む請求項４９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９７】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項４９６に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９８】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能であり、前記光が、可視及び／又は近可視スペクトル内の波長を有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項４９９】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能であり、前記光が、前記可視及び／又は近可視スペクトル内の波長を有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５００】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０１】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項５００に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０２】
前記透明性がより低い材料が可視光又は近可視光のもとでは不透明材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０３】
前記透明性がより低い材料が前周期遷移金属を含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０４】
前記透明性がより低い材料がメタロイドを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０５】
前記透明性がより低い材料がアルミニウムを含む請求項５０４に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０６】
前記透明性がより低い材料が、タングステン、クロム、チタン、タンタル、又はモリブデンを含む請求項５０５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０７】
前記透明性がより低い材料がシリコン又はアルミニウムを含み、前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０８】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５０９】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項５０８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１０】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１１】
前記生物材料がＤＮＡのセグメントを含む請求項５１０に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１２】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１３】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項５１２に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１４】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項５０８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１５】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１６】
透明性がより低い材料の３から１０個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１７】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１８】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項５１５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５１９】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２０】
透明性がより高い材料の前記部分及び透明性がより低い材料の前記部分が全て変化する長さを有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２１】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２２】
前記透明性がより高い材料が塗布材料で形成される請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２３】
前記透明性がより高い材料がシロキサン又はシルセスキオキサン材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２４】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２５】
透明性がより低い材料の前記部分が前記透明性がより高い材料に完全に取り囲まれている請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２６】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２７】
多重ウェル・プレートのウェル内のバッファの中に配置される請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２８】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５２９】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３０】
前記生物材料がＲＮＡのセグメントを含む請求項５１０に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３１】
前記生物材料が、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項５１０に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３２】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項５３１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３３】
前記透明性がより低い材料が磁性材料を含む請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３４】
前記磁性材料が、ニッケル、コバルト、又は鉄を含む請求項５３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３５】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項５３６に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５３９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項５３６に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４０】
長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４１】
長さと幅の比が４：１から２０：１である請求項５４０に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４２】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項５１７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４３】
２５μｍ未満の長さと５μｍ未満の幅を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４４】
２７μｍ未満の長さと３μｍ未満の幅を有する請求項５４３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４５】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項４８７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４６】
１０から２００μｍ3の体積を有する請求項５４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４７】
面上又は中に発光材料を有する粒子本体と、
コードを形成する発光の変化する空気密度を形成する複数の面形体とを含む、マイクロ粒子。
【請求項５４８】
前記粒子本体が、可視光又は近可視光に対して透過率がより高い材料の第１の部分と透過率がより低い材料の第２の部分とを含む請求項５４７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５４９】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５０】
前記二酸化シリコンが薄膜ＣＶＤ材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５１】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５２】
前記透明性がより高い材料がハイブリッド有機／無機材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５３】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５４】
前記透明性がより高い材料がセラミック化合物である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５５】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の酸化物を含む請求項５５３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５６】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の窒化物を含む請求項５５３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５７】
前記セラミック化合物がメタロイド又は前周期遷移金属の炭化物を含む請求項５５３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５８】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項５５５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５５９】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能であり、前記光が、可視及び／又は近可視スペクトル内の波長を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６０】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能であり、前記光が、前記可視及び／又は近可視スペクトル内の波長を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６１】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６２】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項５６１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６３】
前記透明性がより低い材料が可視光又は近可視光のもとでは不透明材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６４】
前記透明性がより低い材料が前周期遷移金属を含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６５】
前記透明性がより低い材料がメタロイドを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６６】
前記透明性がより低い材料がアルミニウムを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６７】
前記透明性がより低い材料が、タングステン、クロム、チタン、タンタル、又はモリブデンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６８】
前記透明性がより低い材料がシリコン又はアルミニウムを含み、前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５６９】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７０】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項５６９に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７１】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７２】
前記生物材料がＤＮＡのセグメントを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７３】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７４】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項５７３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７５】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項５７３に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７６】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７７】
透明性がより低い材料の３から１０個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７８】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項５４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５７９】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項５４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８０】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８１】
透明性がより高い材料の前記部分及び透明性がより低い材料の前記部分が全て変化する長さを有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８２】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８３】
前記透明性がより高い材料が塗布材料で形成される請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８４】
前記透明性がより高い材料がシロキサン又はシルセスキオキサン材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８５】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８６】
透明性がより低い材料の前記部分が前記透明性がより高い材料に完全に取り囲まれている請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８７】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８８】
多重ウェル・プレートのウェル内のバッファの中に配置される請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５８９】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９０】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９１】
前記生物材料がＲＮＡのセグメントを含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９２】
前記生物材料が、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項５９１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９３】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項５９１に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９４】
前記透明性がより低い材料が磁性材料を含む請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９５】
前記磁性材料が、ニッケル、コバルト、又は鉄を含む請求項５９４に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項５９７に記載のマイクロ粒子。
【請求項５９９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項５９８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６００】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項５９７に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０１】
長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０２】
長さと幅の比が４：１から２０：１である請求項６０１に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０３】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０４】
２５μｍ未満の長さと５μｍ未満の幅を有する請求項６０３に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０５】
２７μｍ未満の長さと３μｍ未満の幅を有する請求項６０３に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０６】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０７】
１０から２００μｍ3の体積を有する請求項５４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項６０８】
内側層及び外側層を有する細長い本体を含み、前記外側層が、前記外側層内に埋め込まれた発光材料を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項６０９】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項６０８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１０】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１１】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１２】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１３】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１４】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１５】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１６】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１７】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１８】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６１９】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項６１８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２０】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２１】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項６２０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２２】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２３】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項６２２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２４】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２５】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２６】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６１５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２７】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６１５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２８】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６２９】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３０】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３１】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３２】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３３】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３４】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項６２１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３５】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３８】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項６３７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６３９】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項６３９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４１】
長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４２】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４３】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項６０９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４４】
空間的に定められたコードと、
層内に蛍光分子を含む二酸化シリコンの外面層とを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４５】
前記外面層がストロバー（Ｓｔｒｏｂｅｒ）成長した蛍光層である請求項６４４に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４６】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項６４４に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４７】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４８】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６４９】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５０】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５１】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５２】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５３】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５４】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５５】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５６】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項６５５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５７】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５８】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項６５７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６５９】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６０】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項６５９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６１】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６２】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６３】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６６２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６４】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６６２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６５】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６６】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６７】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６８】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６６９】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７０】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７１】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項６７０に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７２】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項６７１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７３】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７４】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７５】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項６７４に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７６】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７７】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項６７６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７８】
前記長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６７９】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８０】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項６４６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８１】
内側層及び外側層を有する細長い本体を含み、前記外側層が、前記外側層の前記面に直接結合された発光材料を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８２】
前記外面層がストロバー成長した蛍光層である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８３】
前記第１の材料が、前記第２の材料よりも可視光又は近可視光に対して透過性である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８４】
前記透明性がより高い材料が二酸化シリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８５】
前記透明性がより高い材料が有機材料である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８６】
前記透明性がより高い材料が前記透明性がより低い材料の前記部分を完全に封じ込めている請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８７】
前記透明性がより高い材料が窒化シリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８８】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子からの反射光のもとで検出可能である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６８９】
前記検出可能なコードが前記マイクロ粒子を通り抜ける透過光のもとで検出可能である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９０】
前記透明性がより低い材料がシリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９１】
前記透明性がより低い材料が非晶質シリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９２】
４つの細長い辺と２つの端辺を有する六方形を有する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９３】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記コードが、前記４つの細長い辺のどれの上に前記バーコードが配置されているかに関わらず検出可能である請求項６９２に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９４】
前記透明性がより高い材料の面上で不動化された生物材料をさらに含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９５】
前記生物材料がヌクレオシドの少なくとも一部分を含む請求項６９４に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９６】
透明性がより低い部分がそれぞれ、隣接した２つの透明性がより低い部分の間における透明性がより高い材料の中間部分を規定する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９７】
透明性がより高い材料の前記中間部分が、２つの隣接した透明性がより低い部分の間の距離として定められる長さを有し、前記中間部分の前記長さが、前記コード化されたマイクロ粒子内における場所に関わらずほぼ同じである請求項６９６に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９８】
前記コード化されたマイクロ粒子の前記長さに直交して取った断面がほぼ正方形である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項６９９】
透明性がより低い材料の２から１５個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７００】
透明性がより低い材料の４から８個の部分が前記コード化されたマイクロ粒子内に設けられる請求項６９９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０１】
透明性がより低い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６９９に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０２】
透明性がより低い材料の前記部分がほぼ同じ長さを有するが、透明性がより高い材料の前記部分が変化する長さを有する請求項６８３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０３】
バッファ中にあるときにブラウン運動を行うサイズを有する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０４】
前記透明性がより高い材料が、シリコン、ボロン、及び／又はリンを含むガラス材料である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０５】
前記透明性がより低い材料がポリシリコンを含む請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０６】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が非二進コードを形成する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０７】
前記透明性がより高い材料とより低い材料の交互になった部分が二進コードを形成する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０８】
前記ヌクレオシドが、１０2から１０6／μｍ2の密度で前記コード化されたマイクロ粒子の面上で不動化されたＤＮＡ又はＲＮＡプローブである請求項７０７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７０９】
前記ＤＮＡ又はＲＮＡプローブが、蛍光タグを有する試料からの相補的な生化学材料の少なくとも一部分に結合される請求項７０８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１０】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、前記透明性がより高い材料の隣接した部分がその間に配置された離散的な個別のセグメントである請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１１】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を吸収する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１２】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を吸収する請求項７１１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１３】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも５０％を反射する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１４】
前記透明性がより低い材料の前記部分が、その上に入射する前記可視光の少なくとも８０％を反射する請求項６９３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１５】
長さと幅の比が２：１から５０：１である請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１６】
５０μｍ未満の長さと１０μｍ未満の幅を有する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１７】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項６８１に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１８】
複数の面のへこみを有する本体を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７１９】
前記マイクロ粒子の面上に蛍光材料を含む請求項７１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７２０】
前記マイクロ粒子の面内に埋め込まれた蛍光材料を含む請求項７１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７２１】
前記蛍光材料が前記面上に連続的な膜を形成する請求項７１８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７２２】
層内に複数のへこみを有する層を基板上に形成する工程と、
前記へこみの深さを制御するため、前記層を白金めっきする工程と、
個々のマイクロ粒子を特定するように前記層をパターニングする工程と、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離するため、前記マイクロ粒子をリリースする工程とを含む、マイクロ粒子を製造する方法。
【請求項７２３】
蛍光材料を中に含む外側シェルを有する本体を含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７２４】
蛍光材料を中に有する層を基板上に形成する工程と、
個々のマイクロ粒子を特定するように前記層をパターニングする工程と、
前記マイクロ粒子を前記基板から分離するため、前記マイクロ粒子をリリースする工程とを含む、マイクロ粒子を製造する方法。
【請求項７２５】
１回目にマイクロ粒子のための第１のパターンを印刷する工程と、
前記１回目の後の２回目に、前記第１のパターンにほぼ直交する前記マイクロ粒子のための第２のパターンを印刷する工程とを含む、マイクロ粒子を形成する方法。
【請求項７２６】
１回目に第１のパターンをフォトレジスト上に露光する工程と、
２回目に第２のパターンを前記フォトレジスト上に露光する工程とを含み、
前記第１及び第２のパターンがほぼ直交し、単一のマイクロ粒子を少なくとも部分的に特定する、マイクロ粒子を形成する方法。
【請求項７２７】
少なくとも１００個の異なるコードを表す一組のマイクロ粒子であって、前記マイクロ粒子が一列に並んだ離間したコード化要素を有する細長いマイクロ粒子であり、前記コード化要素が、可変長を有すると共に、ほぼ同じスペース長をそれぞれ有するスペースを間に有して離間している、一組のマイクロ粒子。
【請求項７２８】
前記異なるコードが、コード化要素間の前記スペースの前記長さとは無関係に検出可能である請求項７２７に記載の一組のマイクロ粒子。
【請求項７２９】
前記スペースの前記スペース長が１．５ミクロン以下である請求項７２８に記載の一組のマイクロ粒子。
【請求項７３０】
前記スペースの前記スペース長が１．０ミクロン以下である請求項７２９に記載の一組のマイクロ粒子。
【請求項７３１】
前記スペースの前記スペース長が０．５ミクロン以下である請求項７３０に記載の一組のマイクロ粒子。
【請求項７３２】
少なくとも１００個の異なるコードを表す複数のマイクロ粒子を含むキットであって、前記マイクロ粒子が一列に並んだ離間したコード化要素を有する細長いマイクロ粒子であり、前記コード化要素が、可変長を有すると共に、ほぼ同じスペース長をそれぞれ有するスペースを間に有して離間し、異なるコードがそれらに結合された異なるプローブを有する、キット。
【請求項７３３】
一列に並んだコード化要素を有する細長い本体を含むマイクロ粒子であって、前記コード化要素が、可変長を有すると共に、ほぼ同じであって１．５ミクロン以下のスペース長をそれぞれ有するスペースを間に有して離間している、マイクロ粒子。
【請求項７３４】
前記スペースの前記スペース長が１．０ミクロン以下である請求項７３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３５】
前記スペースの前記スペース長が０．５ミクロン以下である請求項７３４に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３６】
前記本体がガラスで構成される請求項７３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３７】
前記コード化要素が可視スペクトル内の光に対して不透明である請求項７３６に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３８】
前記コード化要素が、その上に入射する可視光の少なくとも５０％を反射する請求項７３７に記載のマイクロ粒子。
【請求項７３９】
前記コード化要素が、入射する前記可視光の少なくとも７５％を反射する請求項７３８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４０】
その外面に付着されたプローブを含む請求項７３９に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４１】
前記マイクロ粒子の総体積が１０００μｍ3である請求項７４０に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４２】
前記マイクロ粒子の最大長さが５０μｍである請求項７４１に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４３】
前記マイクロ粒子の最大長さが２５μｍである請求項７４１に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４４】
前記マイクロ粒子の最大長さが１５μｍである請求項７４１に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４５】
前記コード化要素が、光透過性材料によって完全に分離された離散的な要素である請求項７３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４６】
前記光透過性材料がガラスである請求項７４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４７】
各コード化要素が全ての側面でガラスによって完全に取り囲まれている請求項７４５に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４８】
前記マイクロ粒子の前記コードが、コード化要素間の各スペースの予め定められた位置によって決定される請求項７３３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７４９】
前記予め定められた位置が中央位置である請求項７４８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７５０】
少なくとも１００個の異なるコードを表す一組のマイクロ粒子であって、前記マイクロ粒子が一列に並んだ離間したコード化要素を有する細長いマイクロ粒子であり、前記コード化要素が、可変長を有すると共に、それらの間にスペースを有して離間した、マイクロ粒子を用意する工程と、
前記一列に並んだ前記コード化要素によって特定されるコードを決定するため、各マイクロ粒子における前記スペースの長さではなく位置を決定する工程と、
各マイクロ粒子に対する前記スペースの前記決定された位置に基づいて、異なるコードを有するマイクロ粒子を区別する工程とを含む、マイクロ粒子を区別する方法。
【請求項７５１】
各マイクロ粒子における前記スペースがほぼ同じ長さを有する請求項７５０に記載の方法。
【請求項７５２】
第１のコード化されたマイクロ粒子が前記スペースのある位置にある前記第２のマイクロ粒子とは異なり、前記差異が前記コード化要素の最小長さよりも小さい請求項７５０に記載の方法。
【請求項７５３】
前記スペースの前記長さがコード化要素の最小長さにほぼ等しいかそれよりも小さい請求項７５０に記載の方法。
【請求項７５４】
ａ）組み合わせて個々のマイクロ粒子に対するコードを形成するコード要素を用意する工程と、
ｂ）予め定められたスペースで互いから離間したコード要素とを含み、
ｃ）前記予め定められたスペースが前記コード要素の前記長さよりも小さい、コード化されたマイクロ粒子のためのコード体系。
【請求項７５５】
面上に配列されたマイクロ粒子の層であって、単分子層の外に配置されるか、又は外に延びるマイクロ粒子がほぼないようにして、ほぼ単分子層の形で配置されたマイクロ粒子の層を含み、
前記マイクロ粒子が空間コードを含み、
前記マイクロ粒子はその上にプローブを含み、
前記マイクロ粒子が前記面の第１の区域上に配置され、前記単分子層内の前記マイクロ粒子が前記面の前記第１の区域の６０％超過を覆う、複数のマイクロ粒子。
【請求項７５６】
前記単分子層内の前記マイクロ粒子が前記面の前記第１の区域の７０％超過を覆う請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７５７】
前記単分子層内の前記マイクロ粒子が前記面の前記第１の区域の８０％超過を覆う請求項７５６に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７５８】
前記マイクロ粒子の１０％未満が、前記単分子層の外に配置されるか、又は外に延びる請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７５９】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子全体の少なくとも７０％が検出可能なコードを有する請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６０】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子全体の少なくとも８０％が検出可能なコードを有する請求項７５９に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６１】
前記粒子が液体中の前記単分子層内に配置される請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６２】
前記粒子がイメージング・バッファ中に配置される請求項７６１に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６３】
前記マイクロ粒子の５％未満が前記単分子層の外に配置されるか、又は外に延びる請求項７５８に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６４】
前記単分子層内の前記粒子を少なくとも９５％の識別率で識別することができる請求項７６３に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６５】
前記マイクロ粒子が、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子２，０００個の密度で前記単分子層内に配置される請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６６】
前記マイクロ粒子が、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子５，０００個の密度で前記単分子層内に配置される請求項７６５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６７】
各マイクロ粒子がガラスで構成される請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６８】
各マイクロ粒子が５０μｍの最大寸法を有する請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７６９】
透明材料によって完全に封じ込められた個別のセグメントをさらに含む請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７０】
それに結合された生化学部分をさらに含む請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７１】
それに結合されたＤＮＡをさらに含む請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７２】
前記マイクロ粒子がバッファ溶液中に配置され、ブラウン運動を行う請求項７５５に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７３】
面上に配列されたマイクロ粒子の層であって、単分子層の外に配置されるか、又は外に延びるマイクロ粒子がほぼないようにして、ほぼ単分子層の形で配置されたマイクロ粒子の層を含み、
前記マイクロ粒子が空間コードを含み、
前記マイクロ粒子がその上にプローブを含み、
前記マイクロ粒子が前記面の第１の区域上に配置され、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子２，０００個の密度で前記単分子層内に配置される、複数のマイクロ粒子。
【請求項７７４】
前記マイクロ粒子が、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子５，０００個の密度で単分子層内に配置される請求項７７３に記載の複数のマイクロ粒子。
【請求項７７５】
線又は面内を延びる空間コードをそれぞれ含む、一組のマイクロ粒子を用意する工程を含み、
前記マイクロ粒子の層が分析の間コンテナの内面上に配列され、前記マイクロ粒子が前記内面上にほぼ単分子層の形で配置され、
前記個々のマイクロ粒子の前記空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程をさらに含み、
前記マイクロ粒子が、前記コンテナの前記内面の第１の区域上に配置され、１平方ミリメートル当たり少なくともマイクロ粒子２，０００個の密度でほぼ単分子層の形で配置される、マイクロ粒子のコードを検出する方法。
【請求項７７６】
前記マイクロ粒子上のプローブと対応する被検体との結合を生じさせるため、前記一組のマイクロ粒子を第１の試験流体と混合する工程と、
前記マイクロ粒子を第２の洗浄流体で洗浄する工程と、
検出の間前記粒子がその中に配置される第３の分析流体を追加する工程とをさらに含む請求項７７５に記載の方法。
【請求項７７７】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子の少なくとも９０％が前記単分子層内に配置される請求項７７５に記載の方法。
【請求項７７８】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子の少なくとも９５％が前記単分子層内に配置される請求項７７７に記載の方法。
【請求項７７９】
前記第１の区域内の前記マイクロ粒子の少なくとも９９％が前記単分子層内に配置される請求項７７８に記載の方法。
【請求項７８０】
前記コンテナ内の前記マイクロ粒子を分析する間、前記マイクロ粒子がブラウン運動を行う請求項７７５に記載の方法。
【請求項７８１】
前記第２及び第３の流体が同じである請求項７７６に記載の方法。
【請求項７８２】
前記第１及び第２の流体が同じである請求項７７６に記載の方法。
【請求項７８３】
前記第１、第２、及び第３の流体が同じである請求項７７６に記載の方法。
【請求項７８４】
線又は面内を延びる空間コードをそれぞれ含む、一組のマイクロ粒子を用意する工程を含み、
前記マイクロ粒子の層が分析の間コンテナの内面上に配列され、前記マイクロ粒子が前記内面上にほぼ単分子層の形で配置され、
前記個々のマイクロ粒子の前記空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程をさらに含み、
前記マイクロ粒子が、前記面の第１の区域上に配置され、前記単分子層内の前記マイクロ粒子が、前記面の前記第１の区域の６０％超過を覆う、マイクロ粒子のコードを検出する方法。
【請求項７８５】
前記粒子がイメージ・バッファ中にある請求項７５５に記載のマイクロ粒子。
【請求項７８６】
複数のマイクロ粒子及び液体をその中に含むウェルを含み、
前記マイクロ粒子が細長く、１平方ミリメートル当たり粒子２０００個の密度で二次元層の形で配列され、
電磁放射源と、
前記マイクロ粒子上に入射した後の電磁放射を検出するように配置された検出器とをさらに含む、イメージング・システム。
【請求項７８７】
複数のマイクロ粒子及び液体をその中に含むウェルを含み、
前記マイクロ粒子が前記ウェルの面の第１の区域上に配置され、単分子層の形の前記マイクロ粒子が前記面の前記第１の区域の６０％超過を覆い、
電磁放射源と、
前記マイクロ粒子上に入射した後の電磁放射を検出するように配置された検出器とをさらに含む、イメージング・システム。
【請求項７８８】
可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能なコードを含む細長い構成要素を含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、５から５００μｍ3の体積を有し、液体中に配置されると共に、前記液体中でブラウン運動を行う、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７８９】
光が前記マイクロ粒子上に方向付けられ、画像取得デバイスに反射されるとき、前記コードが検出可能である請求項７８８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９０】
光が前記マイクロ粒子上に方向付けられ、前記マイクロ粒子を通り抜けて画像取得デバイスに達するとき、前記コードが検出可能である請求項７８８に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９１】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項７８８に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９２】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-11ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項７９１に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９３】
可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能な空間コードを含む細長い構成要素を含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、液体中に配置されると共に、前記液体中でブラウン運動を行う、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９４】
光が前記マイクロ粒子上に方向付けられ、画像取得デバイスに反射されるとき、前記コードが検出可能である請求項７９３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９５】
光が前記マイクロ粒子上に方向付けられ、前記マイクロ粒子を通り抜けて画像取得デバイスに達するとき、前記コードが検出可能である請求項７９３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項７９６】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項７９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９７】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-11ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項７９６に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９８】
５から５００μｍ3の体積を有する請求項７９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項７９９】
前記粒子が細長く、前記マイクロ粒子の幅の少なくとも２倍及び高さの少なくとも２倍の長さを有する請求項７９３に記載のマイクロ粒子。
【請求項８００】
可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能なコードを含む細長い構成要素をそれぞれ含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子の単分子層であって、前記マイクロ粒子が、液体中にほぼ単分子層の形で配置され、前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい、単分子層。
【請求項８０１】
線又は面内を延びる空間コードをそれぞれ含む、一組の生化学的に活性のマイクロ粒子を用意する工程を含み、
前記マイクロ粒子の層が分析の間コンテナの内面上に配列され、前記マイクロ粒子が前記内面上にほぼ単分子層の形で配置され、
前記個々のマイクロ粒子の前記空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程をさらに含み、
前記マイクロ粒子が、前記空間コードを検出する間ブラウン運動を行う、試験流体中の被検体を検出する方法。
【請求項８０２】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項８０１に記載の方法。
【請求項８０３】
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-11ｃｍ2／ｓよりも大きい請求項８０２に記載の方法。
【請求項８０４】
線又は面内を延びる空間コードをそれぞれ含む一組のマイクロ粒子を用意する工程を含み、
前記マイクロ粒子の層が分析の間コンテナの内面上に配列され、前記マイクロ粒子が前記内面上にほぼ単分子層の形で配置され、
前記個々のマイクロ粒子の前記空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程をさらに含み、
前記マイクロ粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きい、試験流体中の被検体を検出する方法。
【請求項８０５】
前記一組のマイクロ粒子を第１の試験流体と混合する工程と、
前記マイクロ粒子を第２の流体で洗浄する工程と、
検出の間前記粒子がその中に配置される第３の分析流体を追加する工程とをさらに含む請求項８０４に記載の方法。
【請求項８０６】
前記第１、第２、及び第３の流体の少なくとも２つが同じである請求項８０５に記載の方法。
【請求項８０７】
生物材料をその上に有する前記細長いマイクロバーコードを用意する工程と、
前記マイクロバーコードの少なくともいくつかの上の前記生物材料を試験試料内の対応する生物被検体に結合させる工程と、
前記細長いマイクロバーコードを試験流体中に供給する工程と、
前記個々のマイクロ粒子の空間コードを検出するため、前記マイクロ粒子からの電磁放射を透過させるか、又は反射させ、前記透過又は反射した電磁放射を検出する工程と、
前記試験試料内に特定の対応する被検体が存在することを決定するため、前記マイクロ粒子の少なくともいくつかにおける蛍光を検出する工程とを含み、
前記空間コードを検出する間、また前記蛍光を検出する間、前記マイクロ粒子が前記試験流体中でブラウン運動を行う、細長いマイクロバーコードの空間コードを検出する方法。
【請求項８０８】
液体と、
前記液体中の、生化学的に活性の材料を面上に有する複数のマイクロバーコードとを含み、
前記マイクロバーコードが可視光のもとで検出可能な空間コードを有し、
前記マイクロバーコードが前記液体中でブラウン運動を行う、コンテナ。
【請求項８０９】
前記生化学的に活性の材料が蛍光タグを付けられた補体に結合された生体材料である請求項８０８に記載のコンテナ。
【請求項８１０】
前記マイクロバーコードがガラスの外側層を含む請求項８０８に記載のコンテナ。
【請求項８１１】
前記マイクロバーコードが、前記ガラス内に反射性又は吸収性のコード・セグメントを含む請求項８１０に記載のコンテナ。
【請求項８１２】
単一のマイクロバーコードの体積が１０００μｍ3以下である請求項８０８に記載のコンテナ。
【請求項８１３】
前記コンテナが多重ウェル・プレートである請求項８０８に記載のコンテナ。
【請求項８１４】
前記多重ウェル・プレートが９６ウェル・プレートである請求項８１３に記載のコンテナ。
【請求項８１５】
前記可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能なコードを含む細長い構成要素を含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、５から５００μｍ3の体積を有し、液体中に配置されると共に、前記液体中でブラウン運動を行う、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８１６】
前記可視スペクトル内の光で照明されたときに検出可能な空間コードを含む細長い構成要素を含む、生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、液体中に配置されると共に、前記液体中でブラウン運動を行う、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８１７】
同じコードを有するが、他のウェル内の粒子のコードとは異なるコードを有する粒子群をそれぞれ含む、少なくとも２００個のウェルを含み、
各ウェルが少なくとも１００，０００個の粒子を含む、一組の粒子。
【請求項８１８】
少なくとも５００個のウェルが設けられる請求項８１７に記載の一組の粒子。
【請求項８１９】
各ウェル内に少なくとも５００，０００個の粒子が供給される請求項８１８に記載の一組の粒子。
【請求項８２０】
少なくとも１０００個のウェルが設けられる請求項８１８に記載の一組の粒子。
【請求項８２１】
各ウェル内に少なくとも１００万個の粒子が供給される請求項８１９に記載の一組の粒子。
【請求項８２２】
複数の９６ウェル・プレート内に少なくとも２００個のウェルが設けられる請求項８１９に記載の一組の粒子。
【請求項８２３】
対応するウェハ区域内のウェハ上に形成された少なくとも２００個の異なる粒子コードを含み、各ウェハが、各区域内に形成された異なる粒子コードを有する複数のウェハ区域を有し、各ウェハ区域が少なくとも１００，０００個の粒子を含む、リリースされていない粒子をその上に有する一組のウェハ。
【請求項８２４】
他のウェハ区域に比べて固有のコードを有する粒子をそれぞれ有する、少なくとも５００個のウェハ区域が設けられる請求項８２３に記載の一組のウェハ。
【請求項８２５】
前記ウェハ上に少なくとも５００，０００個の粒子が供給される請求項８２４に記載の一組のウェハ。
【請求項８２６】
少なくとも１０００個のウェハ区域が設けられる請求項８２４に記載の一組のウェハ。
【請求項８２７】
各ウェハ区域内に少なくとも１００万個の粒子が供給される請求項８２５に記載の一組のウェハ。
【請求項８２８】
コンテナと、
前記コンテナ内のバッファと、
前記バッファ中の複数のマイクロ粒子とを含み、
異なる空間コードがマイクロ粒子の異なる群内に供給され、
同じ空間コードを共有するマイクロ粒子の各群が、同じオリゴヌクレオチドであるが、他の群のものとは異なるオリゴヌクレオチドをそれらの面上に有し、
群内で同じ空間コードを共有する群の数が少なくとも１，２００個であり、各群が他の群とは異なる空間コードを有する、キット。
【請求項８２９】
少なくとも１つの群の前記マイクロ粒子上の前記オリゴヌクレオチドに対する相補的な材料を検出するため、試料を試験するための指示をさらに含む請求項８２８に記載のキット。
【請求項８３０】
請求項８１７に記載の前記一組のマイクロ粒子を用意する工程と、
異なるプローブが同じコードを有するマイクロ粒子の各群に対して役立つ、前記マイクロ粒子上のプローブを不動化する工程と、
マイクロ粒子の組み合わされたプールを形成するため、前記マイクロ粒子を共に混合する工程と、
前記プールの部分標本を取り、個別のコンテナに入れる工程とを含む、方法。
【請求項８３１】
特定部分が存在するかしないか試料を試験するため、前記部分標本を使用する工程をさらに含む請求項８３０に記載の方法。
【請求項８３２】
前記試料を試験する前記工程が、９５％以上の識別率で前記マイクロ粒子を識別する工程をさらに含む請求項８３１に記載の方法。
【請求項８３３】
請求項８２３に記載の前記一組のウェハを用意する工程と、
前記ウェハを個々のウェハ区域に単一化する工程と、
各ウェハ区域をウェルに入れる工程と、
前記マイクロ粒子をリリースするように、各ウェル内でエッチング剤を用いて前記マイクロ粒子をエッチングする工程とを含む、方法。
【請求項８３４】
異なるプローブが同じコードを有するマイクロ粒子の各群に対して役立つ、前記マイクロ粒子上のプローブを不動化する工程をさらに含む請求項８３３に記載の方法。
【請求項８３５】
マイクロ粒子の組み合わされたプールを形成するため、前記リリースされたマイクロ粒子を共に混合する工程と、
前記プールの部分標本を取り、個別のコンテナに入れる工程とをさらに含む請求項８３３に記載の方法。
【請求項８３６】
ａ）軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、
ｂ）前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
ｃ）それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能である、全方向でコード化された粒子。
【請求項８３７】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）軸線が前記基板に平行であるようにして、前記軸線に沿って定められたコードを備えた粒子を形成する工程とを含み、
ｃ）それにより、前記セグメントによって前記コードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能である方法によって作成された、全方向でコード化された粒子。
【請求項８３８】
ａ）粒子領域ごとに単一のコード要素を特定するレチクル・フィールドを設ける工程と、
ｂ）第１のコード要素に前記レチクル・フィールドを印刷する工程と、
ｃ）前記第１のコード要素及び次のコード要素が同じ粒子領域内にあるようにして、次のコード要素に前記レチクル・フィールドを印刷する工程と、
ｄ）工程ｃを少なくとも一度実行する工程とを含み、
ｅ）それにより、前記粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いてコード化された粒子を形成する方法。
【請求項８３９】
第１の材料、第２の材料、セグメントによって形成されるコード、全方向から検出可能なコードを含む、全方向でコード化された粒子であって、
ａ）集合体内の少なくとも２つの粒子のためのコードが異なる、多数のマイクロ粒子の集合体を含み、
ｂ）粒子が、前記コードのフォトリソグラフィ印刷を含む方法によって作成され、
ｃ）フォトリソグラフィ印刷が、単一のコード要素の繰返し印刷によって前記コード全体を印刷することを含み、
ｄ）第１の材料が不透明又は反射性であり、
ｅ）第１の材料がシリコンであり、
ｆ）第１の材料が金属であり、
ｇ）第２の材料が透明であり、
ｈ）第２の材料が、二酸化シリコン、シリカ、又は不純物でドープされたガラスなどのガラス、あるいは窒化シリコンであり、
ｉ）粒子が、２：１以上のアスペクト比を有する棒形状を有し、かつ前記最長軸線に垂直なほぼ正方形の断面を有し、
ｊ）粒子が５０μｍ未満の長さを有し、
ｋ）粒子が５μｍ未満の幅を有し、
ｌ）粒子が第１及び第２の材料に加えて１つ又は複数の材料を含有し、
ｍ）粒子が磁性材料を含有し、
ｈ）コード体系が前記コード要素の寸法未満の離散化を使用し、
ｏ）コード体系が固定幅のコード要素を使用し、
ｐ）粒子が前記面に付着された生体分子を有し、
ｑ）バイオアッセイ・システムが請求項８１７による粒子を含む、全方向でコード化された粒子。
【請求項８４０】
基板に平行な軸線に沿ってコードが形成された、全方向でコード化された粒子。
【請求項８４１】
レチクル・フィールドを有する連続的なコード要素を印刷することを含む、コード化された粒子を形成する方法であって、
ａ）コード要素が前記コードを形成する離散的なセグメント間のギャップであり、
ｂ）コード要素が前記コードを形成する離散的なセグメントであり、
ｃ）コード要素が前記コードを設けるために光学的に区別できる領域であり、
ｄ）コード要素が、穴、切欠き、又はストライプであり、
ｅ）コード要素が１μｍ未満（０．８μｍ、０．５μｍ）の物理的サイズを有し、
ｆ）粒子が３０μｍ未満（５０μｍ、７０μｍ）の最大寸法を有し、
ｇ）粒子が２：１を超えるアスペクト比を有し、
ｈ）粒子が８μｍ未満（５μｍ、３μｍ）の幅を有し、
ｉ）粒子が、シリコン、二酸化シリコン、窒化シリコン、ガラス、フォトレジスト、アルミニウム、チタン、ニッケル、エポキシ樹脂、ＰＭＭＡ、ポリイミド、任意のポリマーの１つ又は複数の材料から成り、
ｊ）粒子が、化学気相成長によって堆積された１つ又は複数の材料からなり、
ｋ）粒子が、棒、ロッド、プレート、又はディスクの形状を有し、
ｌ）コードが一次元又は二次元のパターンとして存在し、
ｍ）コードが二進であって、二進数の桁に対して１対１の対応を有する物理敵領域を有し、
ｎ）コードがコード要素の離散的な位置から成り、前記離散的な位置が、コード要素自体よりも小さな距離に指定され、
ｏ）印刷が、ステップ・アンド・リピート・フォトリソグラフィ投影システム（ステッパとして知られる）を用いて遂行され、
ｐ）印刷が密着露光フォトリソグラフィ・システムを用いて遂行され、
ｑ）印刷が、ポジティブ・フォトレジスト、ネガティブ・フォトレジスト、又は光硬化性エポキシ樹脂の層の領域を露光する、方法。
【請求項８４２】
離散的な位置の間にコード要素の物理的寸法以下である間隔を有して、前記離散的な位置に置かれた前記コード要素を含むコード化されたマイクロ粒子のためのコード体系であって、
ａ）前記間隔が１μｍ以下であり、
ｂ）前記間隔が０．５μｍ以下であり、
ｃ）前記コード要素のサイズが１μｍ以下であり、
ｄ）粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｅ）コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成される、コード体系。
【請求項８４３】
面上にほぼ単分子層の形で配列された、多数の生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子であって、検出可能な粒子の組み合わされた二次元区域が面積の３０％超過を占め、検出可能な粒子が正確に識別することができるものを指す、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８４４】
面上にほぼ単分子層の形で配列された、多数の生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子の画像であって、検出可能な粒子の組み合わされた二次元区域が画像面積全体の３０％超過を占め、前記画像がバイオアッセイの結果を決定するのに使用され、
ａ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｂ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｃ）前記粒子がブラウン運動を行い、
ｄ）前記コードが１μｍ未満の物理的サイズを有するコード要素で構成され、
ｅ）前記生化学的に活性の成分が、核酸、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、又は配位子であり、
ｆ）前記粒子が２：１以上のアスペクト比を有する細長い形状を有し、
ｇ）前記粒子が５０μｍの最大寸法を有し、
ｈ）検出可能な粒子の数密度が１ｍｍ2当たり２，０００粒子を超え、
ｉ）前記検出可能な粒子の前記組み合わされた二次元区域が前記画像面積全体の５０％超過を占める、画像。
【請求項８４５】
面上にほぼ単分子層の形で配列され、粒子の数密度が１ｍｍ2当たり２，０００粒子を超える、多数の生化学的に活性のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８４６】
ｉ）マイクロ粒子がそれらの面上に生化学部分を有するようにして、複数の異なるコードを含む多数のコード化されたマイクロ粒子を含み、ｉｉ）前記多数のマイクロ粒子が、１ｍｍ2当たり２０００粒子を超える密度で二次元面上に単分子層の形で配列され、ｉｉｉ）前記粒子をキャリア流体中に含むための装置が用意され、ｉｖ）前記マイクロ粒子の前記コードを識別するためのイメージング・システムが用意され、ｖ）それによってバイオアッセイの結果が得られる、システム。
【請求項８４７】
バイオアッセイの画像に基づく定量化の間ブラウン運動を行う、多数の非球状のコード化されたマイクロ粒子であって、
ａ）前記粒子の二次元拡散係数が１×１０-12ｃｍ2／ｓよりも大きく、
ｂ）前記粒子の１０％超過が、１秒以下の時間間隔内に２０ｎｍ以上横方向に変位するものと測定され、
ｃ）前記粒子が分子結合が起こったことの指標として蛍光を示し、
ｄ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｅ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｆ）前記粒子がブラウン運動を行い、
ｇ）前記コードが１μｍ未満の物理的サイズを有するコード要素で構成され、
ｈ）前記生化学的に活性の成分が、核酸、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、又は配位子であり、
ｉ）前記粒子が、２：１を超えるアスペクト比と前記最長軸線に垂直な正方形の断面とを有する棒形状を有し、
ｊ）前記粒子が５０μｍの最大寸法を有する、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８４８】
２００個を超えるコードとコード当たり１００，０００個を超える粒子を含む、大きな一組の生化学的に活性のコード化された粒子であって、
ａ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｂ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｃ）前記粒子が、バイオアッセイの定量化の間ブラウン運動を行い、
ｄ）前記コードが１μｍ未満の物理的サイズを有するコード要素で構成され、
ｅ）前記生化学的に活性の成分が、核酸、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、又は配位子であり、
ｆ）前記粒子が２：１を超えるアスペクト比を有する細長い形状を有し、
ｇ）前記粒子が５０μｍの最大寸法を有し、
ｈ）前記大きな組の生化学的に活性のコード化された粒子が１，０００個を超えるコードを含有し、
ｉ）前記大きな組の生化学的に活性のコード化された粒子が１０，０００個を超えるコードを含む、コード化された粒子。
【請求項８４９】
ｉ）１，０００個を超えるコードを含有し、ｉｉ）コード当たり１００，０００個を超える粒子を含有し、ｉｉｉ）９９％を超える識別率で検出することができる、本発明の別の好ましい実施形態の大きな組の生化学的に活性のコード化された粒子。
【請求項８５０】
１μｍ未満のサイズの空間的コード化機構を有するコード化されたマイクロ粒子であって、
ａ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｂ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｃ）前記コード化機構の位置が、３シグマの精度で１００ｎｍ以内に位置付けられ、
ｄ）前記機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｅ）前記機構のサイズが６００ｎｍ未満であり、
ｆ）前記粒子が画像化され、前記コード化機構のサイズが５ピクセル未満である、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５１】
全体がシリカから成る外面と５０μｍ未満の長さとを有する多数の非球状のコード化された粒子であって、
ａ）前記粒子が空間的に規定された光学コードを含有し、
ｂ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｃ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィを用いて作成され、
ｄ）前記粒子がバイオアッセイ用途に使用され、
ｅ）前記粒子がほぼ正方形の断面を有し、
ｆ）前記粒子が、バイオアッセイの定量化の間ブラウン運動を行い、
ｇ）前記コードが１μｍ未満の物理的サイズを有するコード要素で構成され、
ｈ）前記生化学的に活性の成分が、核酸、タンパク質、抗体、酵素、薬剤、受容体、又は配位子であり、
ｉ）前記粒子が２：１を超えるアスペクト比を有する細長い形状を有し、
ｊ）前記粒子が５０μｍの最大寸法を有する、コード化された粒子。
【請求項８５２】
画像中の離散的な領域を個々の粒子に関連させることによって、コード化された粒子のコードを識別するコンピュータ・プログラム製品であって、
ａ）前記コードが、関連する離散的な領域の前記軸線からピクセル強度プロファイルを抽出することによって決定され、
ｂ）バイオアッセイの結果が、前記コンピュータ・プログラムの出力として計算され、
ｃ）前記コード化された粒子が、前記コードを形成する不透明領域及び透明領域を有する全方向構造から成る、コンピュータ・プログラム製品。
【請求項８５３】
反射画像及び蛍光画像を同時に取得するために２つのＣＣＤカメラを利用する、コード化されたマイクロ粒子を画像化するのに使用される光学系であって、
ａ）バイオアッセイにおける検出に使用される、光学系。
【請求項８５４】
連続的な画像化による検出のため、前記粒子を流体中に供給するフローセル。
【請求項８５５】
蛍光性の外側層を有する空間的光学的にコード化されたマイクロ粒子であって、
ａ）前記粒子が、軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、前記セグメントが第２の材料を通して検出できるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを各粒子が含む、全方向でコード化された粒子であり、それにより、前記セグメントによってコードが形成され、前記コードが前記軸線に垂直な全ての方向から検出可能であり、
ｂ）前記コード化機構が投影フォトリソグラフィによって作成される、空間的光学的にコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５６】
面結合用途のため相互作用する面積が増加した、断面が正方形のコード化されたマイクロ粒子であって、
ａ）前記粒子が２：１を超えるアスペクト比を有する細長い形状を有し、
ｂ）隣接した粒子が存在することによって生体分子の相互作用が決定され、
ｃ）生体分子の相互作用が、ＤＮＡ、タンパク質、又は分子マイクロアレイなどの平面の面への前記粒子の結合によって決定され、
ｄ）生体分子の相互作用が、蛍光体、量子ドット、ラテックス若しくはガラス・ビーズ、コロイド金属粒子、半導体ナノロッド、又は他の任意のコード化されたマイクロ粒子若しくはナノ粒子などの他のレポーター粒子への前記粒子の結合によって決定される、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５７】
ａ）軸線に沿って整列した２つ以上の別個のセグメントを含む第１の材料と、
ｂ）前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
ｃ）前記セグメントによってコードが形成される、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８５８】
ａ）平面の面を有する基板を用意する工程と、
ｂ）前記基板の前記平面の面に平行になるようにして、軸線に沿って整列した２つ以上のセグメントを形成する工程と、
ｃ）粒子を前記基板からリリースする工程とを含む方法によって作成された、コード化された粒子。
【請求項８５９】
ａ）平面の面を有する基板を用意する工程と、
ｂ）前記基板の前記平面の面に平行になるようにして、軸線に沿って整列した２つ以上のセグメントを形成する工程と、
ｃ）粒子を前記基板からリリースする工程とを含む、コード化された粒子を作成する方法。
【請求項８６０】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）第１の層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｃ）第２の層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｄ）各粒子領域が軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを有するようにして、前記第２の層を複数の粒子領域に形成する工程と、
ｅ）第３の層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｆ）個々の粒子を形成するため、前記粒子領域内の前記層を前記基板からリリースする工程とを含み、
ｇ）個々の粒子の前記セグメントによってコードが形成される、コード化された粒子を作成する方法。
【請求項８６１】
ａ）平面の面を有する基板を用意する工程と、
ｂ）軸線が前記基板の前記平面の面に平行になるようにして、前記軸線に沿って定められたコードを有する粒子を形成する工程とを含み、
ｃ）前記コードが前記基板に垂直な全ての方向から検出可能である、コード化された粒子を作成する方法。
【請求項８６２】
ａ）平面の面を有する基板を用意する工程と、
ｂ）軸線が前記基板の前記平面の面に平行になるようにして、前記軸線に沿って定められたコードを有する粒子を形成する工程とを含み、
ｃ）前記コードが前記基板に垂直な全ての方向から検出可能である方法によって作成された、コード化された粒子。
【請求項８６３】
ａ）３：１を超えるアスペクト比を有する細長い形状と、
ｂ）粒子の前記長軸線に垂直な面に沿った正方形の断面とを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８６４】
ａ）３０μｍ未満の最長寸法と、
ｂ）二酸化シリコンの外面と、
ｃ）単一の収集波長において反射モード又は透過モードで検出可能な空間コードとを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８６５】
ａ）前記基板の前記面上に、コードをそれぞれ有するリリースされていないコード化されたマイクロ粒子と、
ｂ）Ｘ個を超えるコードと、
ｃ）各コードに平均Ｙ個を超える粒子とを含む、ウェハ基板。
【請求項８６６】
ａ）前記基板の前記面上に、コードをそれぞれ有するリリースされていないコード化されたマイクロ粒子と、
ｂ）１ｃｍ2当たりのマイクロ粒子がＸ個を超えるマイクロ粒子密度とを含む、ウェハ基板。
【請求項８６７】
ａ）マイクロ粒子がそこから形成される構成層を堆積させることによって発生するような形で、シリコン基板に結合された複数のコード化されたマイクロ粒子を含み、
ｂ）前記マイクロ粒子の外面全体が二酸化シリコン（ガラス又はシリカとして知られる）から成る、リリースされていないコード化されたマイクロ粒子を有するシリコン・ウェハ基板。
【請求項８６８】
ａ）マイクロ粒子がそこから形成される構成層を堆積させることによって発生するような形で、シリコン基板に結合された複数のコード化されたマイクロ粒子を含み、
ｂ）前記マイクロ粒子の外面全体が二酸化シリコンから成り、
ｃ）前記マイクロ粒子が中実の直方体の形状を有し、
ｄ）前記マイクロ粒子が、幅と高さの比が５：１以下であるようにして、前記基板面に平行に測定した長さ及び幅と、前記基板面に垂直に測定した高さとを有する、リリース前のコード化されたマイクロ粒子を有するシリコン・ウェハ基板。
【請求項８６９】
ａ）シリコン基板にバルク・エッチングを施す工程を含み、
ｂ）リリースされたコード化されたマイクロ粒子が提供される、犠牲層を組み込むことなくシリコン基板からコード化されたマイクロ粒子をリリースする方法。
【請求項８７０】
ａ）平面の基板を用意する工程と、
ｂ）複数のコード化されたマイクロ粒子を前記基板の前記面上に形成する工程と、
ｃ）前記基板にバルク・エッチングを施すことによって、前記コード化されたマイクロ粒子をリリースする工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７１】
ａ）平面の基板を用意する工程と、
ｂ）シリコンの犠牲層を前記基板上に堆積させる工程と、
ｃ）複数のコード化されたマイクロ粒子を前記犠牲層の前記面上に形成する工程と、
ｄ）前記犠牲層をエッチングすることによって、前記コード化されたマイクロ粒子をリリースする工程とを含む、複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７２】
ａ）二酸化シリコンの外側材料と、
ｂ）マイクロ粒子の１つ又は複数の面内のディボットとを含み、
ｃ）前記マイクロ粒子上に前記コードを形成する前記ディボットの位置を設定し、
ｄ）前記ディボットは、反射モード又は透過モードで前記コードを読み取るためには検出可能ではなく、
ｅ）前記ディボットは、蛍光モードで前記コードを読み取るためには検出可能である、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８７３】
ａ）基板を用意する工程と、
ｂ）コード層を堆積させる工程と、
ｃ）前記コード層内に５００Ａを超えるトポロジーを形成する工程と、
ｄ）上塗層を堆積させる工程と、
ｅ）前記上塗層に対して平面化工程を行う工程とを含む、平面の基板上に複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７４】
ａ）空間的に定められたコードと、
ｂ）蛍光分子を含む二酸化シリコンの外面層とを含み、
ｃ）前記外面層がストロバー法によって成長される、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８７５】
ａ）粒子領域当たり単一のコード要素を特定するレチクル・フィールドを設ける工程と、
ｂ）第１のコード要素に前記レチクル・フィールドを印刷する工程と、
ｃ）前記第１のコード要素及び次のコード要素が同じ粒子領域内にあるようにして、次のコード要素に前記レチクル・フィールドを印刷する工程と、
ｄ）工程（ｌ）を少なくとももう一度実行する工程とを含み、
ｅ）粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いてコード化された粒子を形成する方法。
【請求項８７６】
１つ以上の印刷工程を用いてコードを形成することを含む、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ印刷プロセスを用いて複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７７】
ａ）複数のコード化されたマイクロ粒子を含む基板を用意する工程と、
ｂ）識別要素を含むパターンを設ける工程と、
ｃ）前記パターンを前記基板又は前記基板の一部分の上に印刷する工程と、
ｄ）前記基板を予め定められた距離だけ横方向にシフトさせる工程と、
ｅ）工程ｃを少なくとも一度（以上？？）実行する工程とを含み、
ｆ）粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いてコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８７８】
同じコードを全て有する複数のコード化されたマイクロ粒子をそれぞれ含む複数の領域を含む、一組のコード化されたマイクロ粒子を作成する印刷システムを方向付けるコンピュータ・プログラムであって、前記異なる領域の前記コードを形成する座標位置及び横方向のオフセットのリストを含む、コンピュータ・プログラム。
【請求項８７９】
ａ）複数のコード化されたマイクロ粒子を含む基板を用意する工程と、
ｂ）第１の層を堆積させる工程と、
ｃ）第２の層を堆積させる工程と、
ｄ）ステッパ命令にしたがって粒子領域を形成する工程とを含み、
ｅ）前記粒子上のコードが設けられる、粒子を識別するコードを形成するため、リソグラフィ・プロセスを用いてコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８８０】
ａ）マイクロ粒子がその上に形成される平面の基板を用意する工程と、
ｂ）コード化パターンの第１の部分を有する第１のレチクル・フィールドを用意する工程と、
ｃ）前記基板を前記第１のレチクル・フィールドに露出させ、それによって前記コード化パターンの前記第１の部分を印刷する工程と、
ｄ）コード化パターンの第２の部分がある第２のレチクル・フィールドを用意する工程と、
ｅ）前記基板を前記第２のレチクル・フィールドに露出させ、それによって前記コード化パターンの前記第２の部分を印刷する工程とを含み、
ｆ）完全なコード化パターンが改善された解像度を有する、粒子を識別するコードを形成するため、フォトリソグラフィ・プロセスを用いて複数のコード化されたマイクロ粒子を形成する方法。
【請求項８８１】
ａ）組み合わせて個々のマイクロ粒子に対するコードを形成するコード要素を用意する工程と、
ｂ）マイクロ粒子内の離散的な位置に置かれたコード要素とを含み、
ｃ）前記離散的な位置が前記コード要素の物理的サイズよりも小さく、
ｄ）それによって、高いコードスペースのコード体系が供給される、コード化されたマイクロ粒子のためのコード体系。
【請求項８８２】
ａ）マイクロ粒子がその上に配置されるコンテナ面と、
ｂ）その面に生化学分子が付着された前記マイクロ粒子とを含み、
ｃ）マイクロ粒子が空間的に定められたコードを有し、
ｄ）前記マイクロ粒子が占める面積が平均で前記コンテナ面の面積のＸ％以上であるようにして、マイクロ粒子が前記コンテナ面上の単分子層内に配列される、複数のコード化されたマイクロ粒子の単分子層。
【請求項８８３】
ａ）マイクロ粒子がその上に配置されるコンテナ面と、
ｂ）その面に生化学分子が付着されたマイクロ粒子とを含み、
ｃ）マイクロ粒子が空間的に定められたコードを有し、
ｄ）前記マイクロ粒子が占める数密度が平均で１ｃｍ2当たりマイクロ粒子Ｘ個以上であるようにして、マイクロ粒子が前記コンテナ面上の単分子層内に配列される、複数のコード化されたマイクロ粒子の単分子層。
【請求項８８４】
バイオアッセイの画像に基づく定量化の間ブラウン運動を行う、多数の空間的にコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８８５】
ａ）マイクロ粒子がそれらの面上に生化学部分を有するようにして、複数の異なるコードを含む多数のコード化されたマイクロ粒子を含み、
ｂ）前記多数のマイクロ粒子が、１ｍｍ2当たり２０００粒子を超える密度で二次元面上に単分子層の形で配列され、
ｃ）前記粒子をキャリア流体中に含むための装置が用意され、
ｄ）前記マイクロ粒子の前記コードを識別するためのイメージング・システムが用意され、
ｅ）それによってバイオアッセイの結果が得られる、システム。
【請求項８８６】
平均でＸ個を超えるコードとコード当たりＹ個を超える粒子とを含む、大きな一組の生化学的に活性のコード化された粒子。
【請求項８８７】
ａ）軸線に沿って整列した２つ以上の離散的なセグメントを含む第１の材料と、
ｂ）前記セグメントが第２の材料を通して検出可能であるようにして、前記第１の材料を取り囲む第２の材料とを含み、
ｃ）前記セグメントによってコードが形成される、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項８８８】
前記第１の材料が不透明である請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８８９】
前記第１の材料が、シリコン、単結晶シリコン、多結晶シリコン、非晶質シリコン、ドープ・シリコン、ゲルマニウム、ＳｉＧｅ、又はＧａＡｓなどの半導体である請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９０】
前記第１の材料が、アルミニウム、チタン、金、銀、ニッケル、又はコバルトなどであるが、これらに限定されない金属である請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９１】
前記第２の材料が透明である請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９２】
前記第２の材料が、二酸化シリコン、シリカ、ガラス、ドープ・ガラス、又は窒化シリコンである請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９３】
前記粒子が直方体の形状を有する請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９４】
前記セグメントが直方体の形状を有する請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９５】
前記粒子が正方形の断面を有する請求項８９３に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９６】
前記粒子が５０μｍ以下の長さを有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９７】
前記粒子が２０μｍ以下の長さを有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９８】
前記粒子が５μｍ以下の幅を有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項８９９】
前記粒子が２．５μｍ以下の幅を有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９００】
前記粒子が２：１以上のアスペクト比を有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０１】
前記粒子が５：１以上のアスペクト比を有する請求項８９５に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０２】
前記第１の材料が、１層が磁性材料である多層スタックから成る請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０３】
前記第２の材料が、蛍光分子を含浸させた二酸化シリコンの外側層を含む二酸化シリコンである請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０４】
前記第２の材料が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、又は小分子などの、前記面に結合させた生化学分子を有する請求項８８７に記載のコード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０５】
ａ）Ｘμｍ未満の最長寸法と、
ｂ）単一の前方散乱検出器を備えたフロー・サイトメーターで読み取ることができるコードとを含む、コード化されたマイクロ粒子。
【請求項９０６】
画像中の離散的な領域を個々の粒子に関連させることによって、コード化された粒子の前記コードを識別するコンピュータ・プログラム製品。
【請求項９０７】
ａ）断面がほぼ正方形のコード化されたマイクロ粒子を含み、
ｂ）粒子と粒子又は粒子と面の複合体が存在することによって被検体の存在が示される、結合アッセイ。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６ａ】
【図６ｂ】
【図６ｃ】
【図６ｄ】
【図６ｅ】
【図６ｆ】
【図６ｇ】
【図６ｈ】
【図６ｉ】
【図６ｊ】
【図６ｋ】
【図６ｌ】
【図６ｍ】
【図８】
【図９ａ】
【図９ｂ】
【図９ｃ】
【図１０ａ】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３ａ】
【図３３ｂ】
【図３３ｃ】
【図３３ｄ】
【図３３ｅ】
【図３３ｆ】
【図３３ｇ】
【図３３ｈ】
【図３３ｉ】
【図３３ｊ】
【図３３ｋ】
【図３３ｌ】
【図３３ｍ】
【図３４ａ】
【図３４ｂ】
【図３４ｃ】
【図３４ｄ】
【図３４ｅ】
【図３４ｆ】
【図３４ｇ】
【図３４ｈ】
【図３４ｉ】
【図３４ｊ】
【図３４ｋ】
【図３４ｌ】
【図３４ｍ】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６ａ】
【図６ｂ】
【図６ｃ】
【図６ｄ】
【図６ｅ】
【図６ｆ】
【図６ｇ】
【図６ｈ】
【図６ｉ】
【図６ｊ】
【図６ｋ】
【図６ｌ】
【図６ｍ】
【図８】
【図９ａ】
【図９ｂ】
【図９ｃ】
【図１０ａ】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３ａ】
【図３３ｂ】
【図３３ｃ】
【図３３ｄ】
【図３３ｅ】
【図３３ｆ】
【図３３ｇ】
【図３３ｈ】
【図３３ｉ】
【図３３ｊ】
【図３３ｋ】
【図３３ｌ】
【図３３ｍ】
【図３４ａ】
【図３４ｂ】
【図３４ｃ】
【図３４ｄ】
【図３４ｅ】
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【図３４ｇ】
【図３４ｈ】
【図３４ｉ】
【図３４ｊ】
【図３４ｋ】
【図３４ｌ】
【図３４ｍ】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【公開番号】特開２０１２−１８９６００（Ｐ２０１２−１８９６００Ａ）
【公開日】平成２４年１０月４日（２０１２．１０．４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−８８７９９（Ｐ２０１２−８８７９９）
【出願日】平成２４年４月９日（２０１２．４．９）
【分割の表示】特願２００８−５３１４２３（Ｐ２００８−５３１４２３）の分割
【原出願日】平成１８年９月１３日（２００６．９．１３）
【出願人】（５０８３６７７１７）アフィメトリックス・インコーポレーテッド (2)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２４年１０月４日（２０１２．１０．４）
【国際特許分類】
【出願日】平成２４年４月９日（２０１２．４．９）
【分割の表示】特願２００８−５３１４２３（Ｐ２００８−５３１４２３）の分割
【原出願日】平成１８年９月１３日（２００６．９．１３）
【出願人】（５０８３６７７１７）アフィメトリックス・インコーポレーテッド (2)
【Ｆターム（参考）】
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