セルラーゼ、それらをコードする核酸、並びにそれらを作製及び使用する方法
本発明は、分子及び細胞生物学、並びに生化学に関する。一つの態様において、本発明は、セルラーゼ活性、例えばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有するポリペプチド、これらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びにこれらのポリヌクレオチド及びポリペプチドを作製する及び使用する方法を提供する。一つの態様において、本発明は、熱安定及び耐熱活性を含む、セルラーゼ活性、例えばエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有するポリペプチド、これらの酵素をコードするポリヌクレオチド、並びにこれらのポリヌクレオチド及びポリペプチドを作製及び使用する方法を対象とする。本発明のポリペプチドは、多様な薬学、農業、食物及び飼料加工、並びに産業の状況で使用することができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
(a)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165に、少なくとも20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150個又はそれ以上の残基の領域にわたって、少なくとも50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくはそれ以上の、又は完全な配列同一性を有する核酸配列を含み、セルラーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、場合により、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって又は目視検査によって決定される、前記単離または組換え核酸;
(b)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165を含む核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含み、セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、前記ストリンジェントな条件には0.2xSSC中、約65℃の温度で約15分間洗浄することを含む洗浄工程が含まれ、
場合により、少なくとも約20、30、40、50、60、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000個若しくはそれ以上の長さの残基であるか、又は遺伝子若しくは転写物の完全長である核酸配列を含む、前記単離または組換え核酸;
(c)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166に記載の配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む単離または組換え核酸;或いは
(d)(a)、(b)又は(c)に相補的である核酸配列を含む単離又は組換え核酸。
【請求項2】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165に記載の配列を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項3】
配列比較アルゴリズムがBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、フィルタリング設定がblastall -p blastp -d "nr pataa" -F Fに設定され、他の全てのオプションが初期設定値に設定される、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項4】
セルラーゼ活性がエンドグルカナーゼ活性を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項5】
セルラーゼ活性がセロビオヒドロラーゼ活性を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項6】
セルラーゼ活性が、β−グルコシダーゼ又はマンナナーゼ活性を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項7】
セルラーゼ活性がエンドセルラーゼ活性を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項8】
セルラーゼ活性が、グルカンを加水分解して、より小さい分子量の多糖又はオリゴマーを生成することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項9】
セルラーゼ活性が、1,4−β−D−グリコシド結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項10】
エンドセルラーゼ活性がエンド−1,4−β−エンドセルラーゼ活性を含む、請求項9記載の単離又は組換え核酸。
【請求項11】
1,4−β−D−グリコシド結合活性が、セルロース、セルロース誘導体、リケニン又は穀類における1,4−β−D−グリコシド結合の加水分解を含む、請求項10記載の単離又は組換え核酸。
【請求項12】
セルロース誘導体が、カルボキシメチルセルロース又はヒドロキシエチルセルロースを含む、請求項11記載の単離又は組換え核酸。
【請求項13】
穀類が、β−D−グルカン又はキシログルカンを含む、請求項11記載の単離又は組換え核酸。
【請求項14】
セルラーゼ活性が、グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項15】
セルラーゼ活性が、β−1,4−及び/又はβ−1,3−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項14記載の単離又は組換え核酸。
【請求項16】
セルラーゼ活性が、エンド−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項14記載の単離又は組換え核酸。
【請求項17】
セルラーゼ活性が、エンド−1,4−β−D−グルカン4−グルカノヒドロラーゼ活性の加水分解を触媒することを含む、請求項16記載の単離又は組換え核酸。
【請求項18】
セルラーゼ活性が、内部エンド−β−1,4−グルカナーゼ結合及び/又はβ−1,3−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項16記載の単離又は組換え核酸。
【請求項19】
セルラーゼ活性が、内部β−1,3−グリコシド結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項20】
セルラーゼ活性が、グルコピラノースを含む多糖を加水分解することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項21】
セルラーゼ活性が、1,4−β−グリコシド結合D−グルコピラノースを含む多糖を加水分解することを含む、請求項20記載の単離又は組換え核酸。
【請求項22】
セルロース活性が、セルロース、セルロース誘導体又はヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項23】
セルラーゼ活性が、木材若しくは紙パルプ、又は木材若しくは紙製品において、セルロース又はヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項22記載の単離又は組換え核酸。
【請求項24】
セルラーゼ活性が、飼料、食品又は飲料においてグルカンの加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項25】
飼料、食品又は飲料が、穀類系動物飼料、麦芽汁若しくはビール、生地、果実又は野菜を含む、請求項24記載の単離又は組換え核酸。
【請求項26】
セルラーゼ活性が、微生物細胞、真菌細胞、哺乳動物細胞、植物細胞、又はセルロース部分を含むあらゆる植物材料のグルカンの加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項27】
セルラーゼ活性が熱安定性である、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項28】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃、若しくは約55℃〜約85℃、若しくは約70℃〜約75℃、若しくは約70℃〜約95℃、若しくは約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でセルラーゼ活性を保持するか、又は約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃又は約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃若しくは99℃の範囲の温度でセルラーゼ活性を保持する、請求項27記載の単離又は組換え核酸。
【請求項29】
セルラーゼ活性が耐熱性である、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項30】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃まで、55℃より高く約85℃まで、若しくは約70℃〜約75℃、若しくは90℃より高く約95℃の範囲の温度に暴露された後、又は約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、又は約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃若しくは99℃の範囲の温度で暴露された後、セルラーゼ活性を保持する、請求項29記載の単離又は組換え核酸。
【請求項31】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定する核酸プローブであっって、請求項1記載の配列の少なくとも20、30、40、50、60、75、100若しくは150個又はそれ以上の連続する塩基を含み、結合又はハイブリダイゼーションによってセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定し、
場合により、少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100又は約50〜150個の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含み、
場合により、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15に記載の配列の連続する塩基を含む、
前記核酸プローブ。
【請求項32】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する増幅プライマー対であって、
(a)請求項1記載の配列又はその部分配列を含む核酸を増幅することができるか、又は
(b)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165の最初(5')の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個又はそれ以上の残基により記載される配列を有する第1メンバーと、第1メンバーの相補鎖の最初(5')の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個又はそれ以上の残基により記載される配列を有する第2メンバーとを含み、
場合により、前記増幅プライマー対のメンバーが前記配列の少なくとも約10〜50個の連続する塩基又は前記配列の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個又はそれ以上の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、
前記増幅プライマー対。
【請求項33】
請求項32記載の増幅プライマー対を使用したポリヌクレオチドの増幅により生成されるセルラーゼコード核酸であって、場合により、増幅がポリメラーゼ鎖反応(PCR)による増幅である、前記核酸。
【請求項34】
遺伝子ライブラリーの増幅により生成される核酸であって、場合により、遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項33記載のセルラーゼコード核酸。
【請求項35】
請求項33記載のセルラーゼコード核酸によってコードされる単離又は組換えセルラーゼ。
【請求項36】
請求項32記載の増幅プライマー対による鋳型核酸の増幅を含む、セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項37】
請求項1記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項38】
請求項1記載の配列を含む核酸を含むベクターであって、場合により、ビヒクルが発現ベクターを含む、前記ベクター。
【請求項39】
請求項1記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクルであって、
場合により、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージ又は人工染色体を含み、
場合により、前記ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ関連ウイルスベクターを含み、
場合により、細菌の人工染色体(BAC)、プラスミド、バクテリオファージP1−由来ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)又は哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、
前記クローニングビヒクル。
【請求項40】
請求項1記載の配列を含む核酸、又は請求項37記載の発現カセット、又は請求項38記載のベクター又は請求項39記載のクローニングビヒクルを含む形質転換細胞であって、
場合により、細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は植物細胞である、
前記形質転換細胞。
【請求項41】
請求項1記載の配列を含むトランスジェニック非ヒト動物であって、場合によりマウス又はラットである、前記トランスジェニック非ヒト動物。
【請求項42】
請求項1記載の配列を含むトランスジェニック植物であって
場合により、トウモロコシ、ソルガム、ジャガイモ、トマト、コムギ、アブラナ、ナタネ、ダイズ、イネ、オオムギ、牧草又はタバコである、前記トランスジェニック植物。
【請求項43】
請求項1記載の配列を含むトランスジェニック種子であって、場合により、トウモロコシ、コムギ、アブラナ、ナタネ、ダイズ、ヤシ、ヒマワリ、ゴマ、イネ、オオムギ、落花生又はタバコの種子である、前記トランスジェニック種子。
【請求項44】
請求項1記載の配列と相補的であるか又はそれらにストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列若しくはその部分配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、
場合により、約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、又は約60〜100個の塩基の長さを有する、
前記アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項45】
請求項1に記載の配列と相補的であるか又はそれとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に投与するか又は細胞で発現させることを含む、細胞内のセルラーゼメッセージの翻訳を阻害する方法。
【請求項46】
請求項1記載の配列の部分配列を含む二本鎖干渉RNA(RNAi)分子であって、
場合により、siRNA又はmiRNAを含み、
場合により、長さが約11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26又はそれ以上の二重鎖ヌクレオチドである、
前記二本鎖干渉RNA(RNAi)分子。
【請求項47】
請求項46記載の二本鎖干渉RNA(RNAi)を細胞に投与するか又は細胞で発現させることを含む、細胞におけるセルラーゼの発現を阻害する方法。
【請求項48】
(i)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166と、少なくとも約20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、100、150、200、250、300個又はそれ以上の残基の領域にわたって、少なくとも50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくはそれ以上、又は100%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する単離または組換えポリペプチドであって、
場合により、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって又は目視検査によって決定され、場合により、前記配列比較アルゴリズムが、フィルタリング設定がblastall -p blastp -d "nr pataa" -F Fに設定され、他の全てのオプションが初期設定値に設定されたBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムである、
前記単離または組換えポリペプチド;
(ii)請求項1記載の核酸によってコードされるアミノ酸配列を有し、セルラーゼ活性を有するか、または、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166に記載の配列を有するポリペプチドに特異的に結合する抗体を生成することができる免疫原活性を有する、単離または組換えポリペプチド;または、
(iii)(i)若しくは(ii)に示したアミノ酸配列又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列を有し、少なくとも1つのアミノ酸残基の保存的置換を含む単離または組換えポリペプチドであって、
場合により、前記保存的置換が脂肪族アミノ酸を別のアミノ酸に代えること、セリンをトレオニンに代えること、若しくはその逆、酸性残基を別の酸性残基と代えること、アミド基を有する残基をアミド基を有する別の残基と代えること、塩基性残基を別の塩基性残基と交換すること、又は芳香族残基を別の芳香族残基と代えること、又はこれらの組合せを含み、
場合により、前記脂肪族残基がアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン若しくはこれらの合成同等物を含み、前記酸性残基が、アスパラギン酸、グルタミン酸若しくはこれらの合成同等物を含み、前記アミド基を含む残基が、アスパラギン酸、グルタミン酸若しくはこれらの合成同等物を含み、前記塩基性残基が、リシン、アルギニン若しくはこれらの合成同等物を含み、又は前記芳香族残基が、フェニルアラニン、チロシン若しくはこれらの合成同等物を含む、
前記単離又は組換えポリペプチド。
【請求項49】
セルラーゼ活性がエンドグルカナーゼ活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項50】
セルラーゼ活性がセロビオヒドロラーゼ活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項51】
セルラーゼ活性が、β−グルコシダーゼ又はマンナナーゼ活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項52】
セルラーゼ活性がエンドセルラーゼ活性活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項53】
セルラーゼ活性が、グルカンを加水分解して、より小さい分子量の多糖又はオリゴマーを生成することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項54】
セルラーゼ活性が、1,4−β−D−グリコシド結合の加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項55】
エンドセルラーゼ活性がエンド−1,4−β−エンドセルラーゼ活性を含む、請求項54記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項56】
1,4−β−D−グリコシド結合活性が、セルロース、セルロース誘導体、リケニン又は穀類における1,4−β−D−グリコシド結合の加水分解を含む、請求項54記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項57】
セルロース誘導体が、カルボキシメチルセルロース又はヒドロキシエチルセルロースを含む、請求項56記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項58】
穀類が、β−D−グルカン又はキシログルカンを含む、請求項56記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項59】
セルラーゼ活性が、グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項60】
セルラーゼ活性が、β−1,4−及び/又はβ−1,3−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項59記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項61】
セルラーゼ活性が、エンド−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項59記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項62】
セルラーゼ活性が、エンド−1,4−β−D−グルカン4−グルカノヒドロラーゼ活性の加水分解を触媒することを含む、請求項61記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項63】
セルラーゼ活性が、内部エンド−β−1,4−グルカナーゼ結合及び/又はβ−1,3−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項61記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項64】
セルラーゼ活性が、内部β−1,3−グリコシド結合の加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項65】
セルラーゼ活性が、グルコピラノースを含む多糖を加水分解することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項66】
セルラーゼ活性が、1,4−β−グリコシド結合D−グルコピラノースを含む多糖を加水分解することを含む、請求項65記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項67】
セルロース活性が、セルロース、セルロース誘導体又はヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項68】
セルラーゼ活性が、木材若しくは紙パルプ、又は木材若しくは紙製品において、セルロース又はヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項67記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項69】
セルラーゼ活性が、飼料、食品又は飲料においてグルカンの加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項70】
飼料、食品又は飲料が、穀類系動物飼料、麦芽汁若しくはビール、生地、果実又は野菜を含む、請求項69記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項71】
セルラーゼ活性が、微生物細胞、真菌細胞、哺乳動物細胞、植物細胞、又はセルロース部分を含むあらゆる植物材料のグルカンの加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項72】
セルラーゼ活性が熱安定性である、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項73】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃、若しくは約55℃〜約85℃、若しくは約70℃〜約75℃、若しくは約70℃〜約95℃、若しくは約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でセルラーゼ活性を保持するか、又は約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃又は約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃若しくは99℃の範囲の温度でセルラーゼ活性を保持する、請求項72記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項74】
セルラーゼ活性が耐熱性である、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項75】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃まえ、55℃より高く約85℃まで、若しくは約70℃〜約75℃、若しくは90℃より高く約95℃までの範囲の温度に暴露された後、又は約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、若しくは約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃若しくは99℃の範囲の温度で暴露された後、セルラーゼ活性を保持する、請求項74記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項76】
請求項48記載のポリペプチドを含み、シグナル若しくはリーダー配列、又はプレプロ配列を欠いている、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項77】
請求項48記載のポリペプチドを含み、異種シグナル若しくはリーダー配列、又は異種プレプロ配列を有する、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項78】
セルラーゼ活性が、約37℃において、タンパク質1mgあたり約100〜約1000単位、タンパク質1mgあたり約500〜約750単位、タンパク質1mgあたり約500〜約1200単位、又はタンパク質1mgあたり約750〜約1000単位の範囲で比活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項79】
耐熱性が、高温まで加熱した後セルラーゼの37℃における比活性の少なくとも半分を保持することを含むか、又は、高温まで加熱した後、タンパク質1mgあたり約500〜約1200単位の範囲で37℃における比活性を保持することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項80】
少なくとも1つのグルコシル化部位を含み、
場合により、前記グリコシル化がN−結合グリコシル化であり、
場合により、P. pastoris又はS. pombeで発現した後グリコシル化される、
請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項81】
約pH6.5、pH6.0、pH5.5、5.0、pH4.5若しくは4.0又はより酸性を含む条件下でセルラーゼ活性を保持するか、或いは約pH6.5、pH6.0、pH5.5、5.0、pH4.5若しくは4.0又はより酸性を含む条件に暴露された後でセルラーゼ活性を保持する、請求項48記載の単離又は組換えペプチド。
【請求項82】
約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10若しくはpH10.5又はより塩基性を含む条件下でセルラーゼ活性を保持するか、或いはpH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10若しくはpH10.5又はより塩基性を含む条件に暴露された後でセルラーゼ活性を保持する、請求項48記載の単離又は組換えペプチド。
【請求項83】
液体、固体又はゲルを含む、請求項48記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物。
【請求項84】
請求項48記載のポリペプチド及び第2のドメインを含むヘテロ二量体であって、
場合により、前記第2のドメインがポリペプチドであり、前記ヘテロ二量体が融合タンパク質であり、場合により、前記第2のドメインが、エピトープ、免疫原性ペプチド又はタグを含む、
前記ヘテロ二量体。
【請求項85】
請求項48記載のポリペプチドを含むホモ二量体。
【請求項86】
請求項48記載の配列若しくはその部分配列を含む固定化ポリペプチド、または、請求項1記載の配列若しくはその部分配列、又は請求項31記載のプローブを含む固定化核酸であって、
場合により、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイ又はキャピラリー管に固定化されている、
前記固定化ポリペプチド又は前記固定化核酸。
【請求項87】
請求項86記載の固定化ポリペプチド又は請求項86記載の固定化核酸を含むアレイ。
【請求項88】
請求項48に記載のポリペプチドに特異的に結合している単離又は組換え抗体であって、
場合により、モノクローナル又はポリクローナル抗体である、
前記単離又は組換え抗体。
【請求項89】
請求項48記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項90】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドを単離又は同定する方法であって、
(a)請求項88記載の抗体を提供する工程;
(b)ポリペプチドを含む試料を提供する工程;及び
(c)工程(b)の試料と工程(a)の抗体を、抗体がポリペプチドに特異的に結合できる条件下で接触させ、それによってセルラーゼ活性を有するポリペプチドを単離又は同定する工程、
を含む前記方法。
【請求項91】
抗セルラーゼ抗体を作製する方法であって、
(a)請求項1記載の核酸又はその部分配列を、液性免疫反応を生成するのに十分な量で非ヒト動物投与し、それによって抗セルラーゼ抗体を作製すること、又は
(b)請求項48記載のポリペプチド又はその部分配列を、液性免疫反応を生成するのに十分な量で非ヒト動物投与し、それによって抗セルラーゼ抗体を作製すること
を含む方法。
【請求項92】
組換えポリペプチドを産生する方法であって、
(a)プロモーターに機能的に結合した、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸を、ポリペプチドの発現を可能にする条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを産生する工程を含み、
場合により、宿主細胞を工程(a)の核酸を用いて形質転換し、続いて工程(a)の核酸を発現させ、それによって形質転換細胞に組換えポリペプチドを産生させることを更に含む、
前記方法。
【請求項93】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法であって、
(a)請求項48記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)セルラーゼ基質を提供する工程;及び
(c)ポリペプチドを工程(b)の基質と接触させ、前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程を含み、前記基質の量の減少又は前記反応生成物の量の増加によりセルラーゼ活性を有するポリペプチドを検出する、
前記方法。
【請求項94】
セルラーゼ基質を同定する方法であって、
(a)請求項48記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験基質を提供する工程;及び
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験基質と接触させ、前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程を含み、前記基質の量が減少又は前記反応生成物の量が増加すれば前記試験基質をセルラーゼ基質として同定する、
前記方法。
【請求項95】
試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するか否かを決定する方法であって、
(a)請求項1記載の配列を有する核酸又はその核酸を含むベクターを、核酸のポリペプチドへの翻訳を許容する条件下で発現させる工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程;及び
(d)工程(b)の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するか否かを決定する工程、
を含む前記方法。
【請求項96】
試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するか否かを決定する方法であって、
(a)請求項48記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程;及び
(d)工程(b)の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するか否かを決定する工程、
を含む前記方法。
【請求項97】
セルラーゼ活性の調節因子を同定する方法であって、
(a)請求項48記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験化合物と接触させ、グルカナーゼの活性を測定する工程を含み、前記試験化合物の不在下における活性と比較して前記試験化合物の存在下で測定されるセルラーゼ活性が変化すれば、前記試験化合物がセルラーゼ活性を調節すると決定する、
前記方法。
【請求項98】
セルラーゼ活性が、セルラーゼ基質を提供すること、及び、基質の量の減少若しくは反応生成物の量の増加を検出すること、又は、基質の量の増加若しくは反応生成物の量の減少を検出することにより測定され、
場合により、試験化合物を用いない場合の基質又は反応生成物の量と比較して前記試験化合物を用いた場合の基質の量が減少又は反応生成物の量が増加すれば、前記試験化合物をセルラーゼ活性のアクチベーターとして同定し、
場合により、試験化合物を用いない場合の基質又は反応生成物の量と比較して前記試験化合物を用いた場合に基質量が増加又は反応生成物量が減少すれば、前記試験合物をセルラーゼ活性のインヒビターとして同定する、
請求項97記載の方法。
【請求項99】
プロセッサー及びデータ記憶装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ記憶装置がポリペプチド配列又は核酸配列を記憶し、前記ポリペプチド配列が請求項48記載の配列を含むか請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、
場合により、配列比較アルゴリズムと、少なくとも1つの基準配列を記憶するデータ記憶装置とを更に含む、又は前記配列の1つ以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーを更に含み、
場合により、前記配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、
前記コンピュータシステム。
【請求項100】
ポリペプチド配列又は核酸配列が記憶されているコンピュータ読み出し可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が請求項48記載のポリペプチドを含むか又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータ読み出し可能媒体。
【請求項101】
配列の特徴を同定する方法であって、
(a)配列の1つ以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを使用して配列を読み取る工程であって、前記配列がポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が請求項48記載のポリペプチドまたは請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む配列である、前記工程;及び(b)コンピュータプログラムにより配列の1つ以上の特徴を同定する工程、
を含む前記方法。
【請求項102】
第1の配列を第2の配列と比較する方法であって、
(a)配列を比較するコンピュータプログラムを使用して第1の配列及び第2の配列を読み取る工程であって、第1の配列がポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、含む工程、及び(b)第1の配列と第2の配列との差異をコンピュータプログラムにより決定する工程を含み、
場合により、第1の配列と第2の配列との差異を決定する工程を更に含むか、又は場合により、多型性を同定する工程を更に含むか、又は場合により、配列の1つ以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーを使用することを更に含み、
場合により、コンピュータプログラムを使用して第1の配列を読み取り、前記配列の1つ以上の特徴を同定することを含む、
前記方法。
【請求項103】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境試料から単離又は回収する方法であって、
(a)請求項32記載の増幅プライマー対を提供する工程;
(b)環境試料から核酸を単離するか、又は試料内の核酸がハイブリダイゼーションのために増幅プライマー対に接近できるように環境試料を処理する工程;及び
(c)工程(b)の核酸を工程(a)の増幅プライマー対と一緒にし、環境試料の核酸を増幅し、それによって環境試料からセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離又は回収する工程、
を含む前記方法。
【請求項104】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境試料から単離又は回収する方法であって、
(a)請求項1記載の配列若しくはその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブ、又は請求項31記載のプローブを提供する工程;
(b)環境試料から核酸を単離するか、又は試料内の核酸がハイブリダイゼーションのために工程(a)のポリヌクレオチドプローブに接近できるように環境試料を処理する工程;
(c)工程(b)の単離された核酸又は処理された環境試料を工程(a)のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程;及び
(d)工程(a)のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって環境試料からセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離又は回収する工程、
を含む前記方法。
【請求項105】
環境試料が、水試料、液体試料、土壌試料、空気試料又は生物学的試料を含み、
場合により、前記生物学的試料が細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞又は哺乳動物細胞に由来する、
請求項103又は請求項104記載の方法。
【請求項106】
セルラーゼ活性有するポリペプチドをコードする核酸の変異体を生成する方法であって、
(a)請求項1記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程;及び
(b)鋳型配列の1つ以上のヌクレオチドを改変、欠失、若しくは付加するか、又はこれらの組合せにより、前記鋳型核酸の変種を生成する工程を含み、
場合により、前記核酸の変種を発現して、セルラーゼポリペプチド変種を生成することを更に含み、
場合により、改変、付加又は欠失が、エラープローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、インビボ変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限−選択変異導入、制限−精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸多量体作生成びそれらの組合せを含む方法によって導入され、
場合により、前記鋳型核酸によってコードされるポリペプチドから変化した若しくは異なる活性、又は、変化した若しくは異なる安定性を有するセルラーゼが生成されるまで繰り返し反復される、
前記方法。
【請求項107】
変種セルラーゼポリペプチドが、(a)耐熱性であり、高温に暴露された後、いくらかの活性を保持するか、(b)鋳型核酸でコードされたセルロースと比較して増加したグルコシル化を有するか、又は(c)高温でセルラーゼ活性を有し、鋳型核酸でコードされたセルロースが、高温下で活性ではない、請求項106記載の方法。
【請求項108】
(a)鋳型核酸のコドン使用頻度から変化したコドン使用頻度を有する配列をコードするセルラーゼが産生されるまで、又は(b)鋳型核酸よりも高い若しくは低いレベルのメッセージ発現又は安定性を有するセルラーゼ遺伝子が作製されるまで、繰り返し反復される、請求項106記載の方法。
【請求項109】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における発現を増加させる方法であって
(a)セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸の非優先コドン又は低優先コドンを同定し、前記コドンを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドン又は中立的に使用されるコドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞における発現を増加させる工程を含み、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過剰提示されるコドンであり、前記非優先コドン又は低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過小提示されるコドンである、
前記方法。
【請求項110】
セルラーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法であって、
(a)セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸のコドンを同定し、前記コドンを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置換し、それによってセルラーゼをコードする核酸のコドンを改変する工程、
を含む方法。
【請求項111】
セルラーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における発現を増加する方法であって、
(a)セルラーゼポリペプチドをコードする、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸の非優先コドン又は低優先コドンを同定し、前記コドンを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドン又は中立的に使用されるコドンで置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞における発現を増加させる工程を含み、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過剰提示されるコドンであり、前記非優先コドン又は低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過小提示されるコドンである、
前記方法。
【請求項112】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における発現を減少させる方法であって、
(a)セルラーゼポリペプチドをコードする、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸の少なくとも1つの好ましいコドンを同定し、前記コドンを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドン又は低優先コドンで置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞における発現を減少させる工程を含み、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過剰提示されるコドンであり、前記非優先又は低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過小提示されるコドンであり、
場合により、前記宿主細胞が細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞又は哺乳動物細胞である、
前記方法。
【請求項113】
複数の改変セルラーゼ活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを産生する方法であって、前記改変活性部位又は基質結合部位が第1の活性部位又は第1の基質結合部位をコードする配列を含む第1の核酸に由来し、
(a)第1の活性部位又は第1の基質結合部位をコードする第1の核酸を提供する工程であって、前記第1の核酸の配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165に記載される配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列又はその部分配列を含み、前記第1の核酸がセルラーゼ活性部位又は基質結合部位をコードする核酸である、前記工程;
(b)前記第1の核酸内の複数の標的コドンにおいて天然に存在するアミノ酸変種をコードする変異導入オリゴヌクレオチドのセットを提供する工程;および、
(c)前記変異導入オリゴヌクレオチドのセットを使用して、変異が導入されるそれぞれのアミノ酸コドンにおいて一連のアミノ酸の変種をコードする、活性部位コード又は基質結合部位コード核酸変種のセットを生成し、それによって複数の改変されたセルラーゼ活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する工程、
を含み、
場合により、前記変異導入オリゴヌクレオチド又は核酸変種が、最適化定方向進化系、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)又は合成連結再アッセンブリ(SLR)、エラープローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、インビボ変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限−選択変異導入、制限−精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸多量体作生成及びそれらの組合せを含む方法によって生成される、
前記方法。
【請求項114】
小分子を作製する方法であって、
(a)小分子を合成又は改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素のうち1つが請求項1記載の配列を含む核酸によってコードされるセルラーゼ酵素を含む、前記工程;
(b)工程(a)の酵素の少なくとも1つに対する基質を提供する工程;及び
(c)工程(b)の基質を、複数の生体触媒反応を促進する条件下で前記酵素と反応させて、一連の生体触媒反応により小分子を生成する工程、
を含む前記方法。
【請求項115】
小分子を改変する方法であって、
(a)セルラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;
(b)小分子を提供する工程;及び
(c)工程(a)の酵素を、グルコシダーゼ酵素によって触媒される酵素反応が促進される条件下で、工程(b)の小分子と反応させ、それによってセルラーゼ酵素反応により小分子を改変する工程を含み、
場合により、工程(b)が工程(a)の酵素に対する複数の小分子基質を提供し、それによって前記セルラーゼ酵素により触媒される少なくとも1つの酵素反応によって産生される改変小分子のライブラリーを生成することを含み、
場合により、複数の酵素反応により産生される改変小分子のライブラリーを形成するために、酵素による複数の生体触媒反応を促進する条件下で複数の追加の酵素を提供することを更に含み、
場合により、所望の活性を示す特定の改変小分子がライブラリーに存在するかを決定するためにライブラリーを試験する工程を更に含み、
場合により、前記ライブラリーを試験する工程が所望の活性を有する特定の改変小分子の存在又は不在について改変小型分の一部を試験し、所望の活性を有する特定の改変小分子を産生する少なくとも1つの特定の生体触媒反応を同定することによって、ライブラリー内の複数の改変小分子の一部を産生するのに使用される生体触媒反応の一つを除いて全部を系統的に排除する工程を更に含む、
前記方法。
【請求項116】
セルラーゼ酵素の機能性フラグメントを決定する方法であって、
(a)セルラーゼ酵素を提供する工程であって、前記セルラーゼ酵素が請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;及び
(b)工程(a)の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、セルラーゼ活性について残りの部分配列を試験し、それによってセルラーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する工程を含み、
場合により、セルラーゼ活性がセルラーゼ基質を提供すること、および、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出することにより測定される、
前記方法。
【請求項117】
リアルタイム代謝フラックス分析を使用する新たな又は改変された表現型の全細胞操作の方法であって、
(a)細胞の遺伝的構成を改変することにより改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が請求項1記載の配列を含む核酸を細胞に添加することにより改変される、前記工程;
(b)前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成する工程;
(c)工程(b)の細胞培養物をリアルタイムでモニタリングすることにより前記細胞の少なくとも1つの代謝パラメーターを測定する工程;及び
(d)工程(c)のデータを分析して、測定パラメーターが類似の条件下で未改変細胞における対応する測定値と異なるか否かを決定し、それによって細胞の操作された表現型をリアルタイム代謝フラックス分析を使用して同定する工程を含み、
場合により、前記細胞の遺伝的構成が、細胞内の配列の欠失若しくは配列の改変、又は遺伝子発現のノックアウトを含む方法によって改変され、
場合により、新たに操作された表現型を含む細胞を選択することを更に含み、
場合により、選択された細胞を培養し、それによって新たに操作された表現型を含む新たな細胞株を生成することを更に含む、
前記方法。
【請求項118】
以下のアミノ酸配列からなる、単離または組換えシグナル若しくはリーダー配列:
(a)請求項48記載のアミノ酸配列のアミノ末端残基1〜14、1〜15、1〜16、1〜17、1〜18、1〜19、1〜20、1〜21、1〜22、1〜23、1〜24、1〜25、1〜26、1〜27、1〜28、1〜28、1〜30、1〜31、1〜32、1〜33、1〜34、1〜35、1〜36、1〜37、1〜38、1〜40、1〜41、1〜42、1〜43又は1〜44に記載されているアミノ酸配列、又は、
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166に記載のアミノ酸配のアミノ末端残基1〜14、1〜15、1〜16、1〜17、1〜18、1〜19、1〜20、1〜21、1〜22、1〜23、1〜24、1〜25、1〜26、1〜27、1〜28、1〜28、1〜30、1〜31、1〜32、1〜33、1〜34、1〜35、1〜36、1〜37、1〜38、1〜40、1〜41、1〜42、1〜43又は1〜44に記載されているアミノ酸配列。
【請求項119】
請求項118記載のアミノ酸配列を有するシグナルペプチド(SP)又はリーダー配列を含む少なくとも1つの第1のドメインと、異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも1つの第2のドメインとを含むキメラポリペプチドであって、前記異種ポリペプチド又はペプチドは前記シグナルペプチド(SP)又はリーダー配列と天然には結合しておらず、
場合により、前記異種ポリペプチド又はペプチドはセルラーゼではなく、場合により、前記異種ポリペプチド又はペプチドが前記シグナルペプチド(SP)又はリーダー配列のアミノ末端、カルボキシ末端又は両端にある、
前記キメラポリペプチド。
【請求項120】
キメラポリペプチドをコードする単離又は組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドが、請求項118記載のアミノ酸配列を有するシグナルペプチド(SP)又はリーダー配列を含む少なくとも1つの第1のドメインと、異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも1つの第2のドメインとを含み、前記異種ポリペプチド又はペプチドは前記シグナルペプチド(SP)又はリーダー配列と天然には結合していない、前記単離又は組換え核酸。
【請求項121】
請求項1記載の配列を含む、セルラーゼ活性及びシグナル配列を有するポリペプチドをコードする配列を含む単離又は組換え核酸。
【請求項122】
シグナル配列が、別のセルラーゼ又は非セルラーゼ酵素由来である、請求項121記載の単離又は組換え核酸。
【請求項123】
シグナル配列を含まず、請求項1記載の配列を含み、セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする配列を含む、単離又は組換え核酸。
【請求項124】
セルラーゼをグリコシル化することを含む、セルラーゼポリペプチドの耐熱性又は熱安定性を増加させる方法であって、前記ポリペプチドは、請求項48記載のポリペプチドの少なくとも30個の隣接するアミノ酸を含む、又は、請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、それによってセルラーゼの耐熱性又は熱安定性を増加させる、前記方法。
【請求項125】
請求項1記載の核酸配列を含むベクターを発現することを含む、細胞で組換えセルラーゼを過剰発現させる方法であって、前記過剰発現が高活性プロモーター、2シストロンベクターの使用により、又はベクターの遺伝子増幅により行われる、前記方法。
【請求項126】
トラスジェニック植物を作製する方法であって、
(a)請求項1記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それによって形質転換植物細胞を産生する工程;
(b)前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を産生する工程を含み、
場合により、工程(a)が植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーション又はマイクロインジェクションにより異種核酸配列を導入することを更に含み、
場合により、工程(a)がDNA粒子衝撃により、又はアグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefacien)宿主を使用することにより前記異種核酸配列を植物組織に直接導入することを含む、
前記方法。
【請求項127】
植物細胞において異種核酸配列を発現させる方法であって、
(a)プロモーターに機能的に結合した、請求項1記載の配列を含む異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程;
(b)前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現する条件下で植物を生長させる工程
を含む、前記方法。
【請求項128】
グルカンを含む又はセルロースを含む組成物を加水分解する、分解する、又は破壊する方法であって、
(a)請求項48記載のセルラーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程;
(b)セルロース又はグルカンを含む組成物を提供する工程;及び
(c)工程(a)のポリペプチドを、セルラーゼがグルカンを含む又はセルロースを含む組成物を加水分解する、分解する、又は破壊する条件下で、工程(b)の組成物と接触させる工程を含み、
場合により、前記組成物が植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は動物細胞を含み、
場合により、前記ポリペプチドがエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、
前記方法。
【請求項129】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、生地又はパン製品であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記生地又はパン製品。
【請求項130】
生地又はパン製品を、生地をコンディショニングするのに十分な条件下で、請求項48記載の少なくとも1つのポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドと接触させることを含む、生地のコンディショニング方法。
【請求項131】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む飲料であって、場合により、前記ポリペプチドがエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記飲料。
【請求項132】
請求項48記載の少なくとも1つのポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを、飲料の粘度を減少するのに十分な条件下で飲料又は飲料前駆体に投与することを含む飲料製造方法であって、
場合により前記飲料又は飲料前駆体が麦芽汁又はビールである、
前記方法。
【請求項133】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、食物、飼料又は栄養補助食品であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記食物、飼料又は栄養補助食品。
【請求項134】
動物用食餌に栄養補助食品としてセルラーゼを利用する方法であって、
請求項48記載のポリペプチドの少なくとも30個の隣接するアミノ酸又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むセルラーゼ酵素を含有する栄養補助食品を調製すること;及び
前記栄養補助食品を動物に投与して、動物により摂取される飼料又は食物に含有されたキシランの利用性を増やすこと、を含み、
場合により、前記動物がヒトであるか、又は前記動物が反芻若しくは単胃動物であり、
場合により、前記セルラーゼ酵素が細菌、酵母、植物、昆虫、真菌及び動物からなる群より選択される生物におけるセルラーゼをコードするポリヌクレオチドの発現により調製され、場合により、前記生物がS.ポンベ(S. pombe), S.セレビシアエ(S. cerevisiae), ピキア・パストリス(Pichia pastoris), 大腸菌(E. coli), ストレプトミセス種(Streptomyces sp.),バチルス種( Bacillus sp.)及びラクトバチルス種(Lactobacillus sp)からなる群より選択される、
前記方法。
【請求項135】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、食用酵母送達マトリックス又はペレットであって、場合により、ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記食用酵母送達マトリックス又はペレット。
【請求項136】
顆粒食用担体及び熱安定性組換えセルラーゼ酵素を含む食用酵素送達マトリックス又はペレットを調製すること、及び、前記食用酵素送達マトリックス又はペレットを動物に投与すること、を含む、セルラーゼ補助食品を動物に送達する方法であって、前記ペレットは、含有されているセルラーゼ酵素を水性媒体に容易に分散し、前記組換えセルラーゼ酵素は、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、
場合により、前記顆粒食用担体は穀物胚、油抜きした穀物胚、干し草、アルファルファ、オオアワガエリ、ダイズ殻、ヒマワリ種子粗粉及びコムギふすまをから選ばれる担体を含み、
場合により、前記食用担体は油抜きした穀物胚を含み、
場合により、前記セルラーゼ酵素はグリコシル化されてペレット化条件下で熱安定性を提供し、
場合により、前記送達マトリックスは穀物胚及びセルラーゼを含む混合物をペレット化して形成され、
場合により、前記ペレット化の条件は蒸気の適用を含み、場合により、前記ペレット化の条件は約80℃を越える温度を約5分間適用することを含み、前記酵素が酵素の1mgあたり少なくとも350〜約900単位の比活性を保持する、
前記方法。
【請求項137】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むセルロース組成物又はセルロース誘導体組成物であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、
前記セルロース組成物又はセルロース誘導体組成物。
【請求項138】
請求項48記載のセルラーゼ又は請求項1記載の核酸によってコードされるセルラーゼを含む、木材、木材パルプ又は木材製品であって、場合により、前記セルラーゼの活性がエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む、前記木材、木材パルプ又は木材製品。
【請求項139】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、紙、紙パルプ、又は紙製品であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記紙、紙パルプ、又は紙製品。
【請求項140】
紙、木材又は木材製品を、請求項48記載のセルラーゼ又は請求項1記載の核酸によってコードされるセルラーゼと接触させることを含む、紙、木材又は木材製品においてセルロースの量を低減する方法であって、場合により、前記セルラーゼの活性がエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む、前記方法。
【請求項141】
請求項48記載のセルラーゼ又は請求項1記載の核酸によってコードされるセルラーゼを含む洗剤組成物であって、場合により、前記ポリペプチドが非水性液体組成物、注型成形固体、顆粒形態、粒状形態、圧縮錠剤、ゲル形態、ペースト又はスラリー形態として配合され、
場合により、前記セルラーゼの活性がエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む、
前記洗剤組成物。
【請求項142】
請求項48記載のセルラーゼ又は請求項1記載の核酸によってコードされるセルラーゼを含む医薬組成物又は栄養補助食品であって、
場合により、前記セルラーゼが錠剤、ゲル剤、丸剤、移植錠、液剤、噴霧剤、粉末剤、食物、飼料ペレットとして又はカプセル剤として処方され、
場合により、前記セルラーゼ活性がエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む、
前記医薬組成物又は栄養補助食品。
【請求項143】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む燃料であって、
場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有し、
場合により、ジャガイモ、ダイズ(ナタネ)、オオムギ、ライムギ、トウモロコシ、オートムギ、コムギ、ビート又はサトウキビを含む植物材料由来であり、
場合により、バイオエタノール又はガソリン−エタノール混合を含む、
前記燃料。
【請求項144】
セルロース又は発酵性糖を含む組成物を、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドと接触させることを含む、燃料を作製する方法であって、
場合により、前記セルロース又は発酵性糖を含む組成物が、植物、植物生成物又は植物由来物を含み、場合により、前記植物又は植物生成物はサトウキビ若しくはサトウキビ生成物、ビート若しくはサトウダイコン、コムギ、トウモロコシ、ダイズ、ジャガイモ、イネ又はオオムギを含み、
場合により、前記ポリペプチドはセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有し、
場合により、前記燃料がバイオエタノール又はガソリン−エタノール混合物を含む、
前記方法。
【請求項145】
セルロース又は発酵性糖を含む組成物を、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドと接触させることを含む、バイオエタノールを作製する方法であって、
場合により、前記セルロース又は発酵性糖を含む組成物は植物、植物生成物又は植物由来物を含み、場合により、植物又は植物生成物がサトウキビ若しくはサトウキビ生成物、ビート若しくはサトウダイコン、コムギ、トウモロコシ、ダイズ、ジャガイモ、イネ又はオオムギを含み、
場合により、前記ポリペプチドが、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、
前記方法。
【請求項146】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、セルロース及びヘミセルロースポリマーを代謝可能な炭素部分に脱重合する酵素集合物であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、
前記酵素集合物。
【請求項147】
セルロース又は発酵性糖を含む組成物を、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドと接触させることを含む、バイオマス材料を加工する方法であって、
場合により、リグノセルロースを含む前記バイオマス材料が、農作物由来であるか、食物若しくは飼料製造の副産物であるか、リグノセルロース廃棄物であるか、又は植物残渣若しくは、古紙、古紙生成物であり、
場合により、前記ポリペプチドはセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有し、
場合により、前記植物残渣は茎、葉、殻、皮、穂軸、木材、木材チップ、木材パルプ及びおがくずを含み、
場合により、前記古紙が、破棄又は使用済みコピー用紙、コンピュータのプリンタ用紙、ノート用紙、メモパッド用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙及び紙系包装材料を含み、
場合により、前記バイオマス材料の加工がバイオエタノールを生成する、
前記方法。
【請求項148】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む酪農製品であって、場合により、前記酪農製品は牛乳、アイスクリーム、チーズ又はヨーグルトを含み、場合により、前記ポリペプチドはセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、前記酪農製品。
【請求項149】
酪農製品の触感及び風味を改善する方法であって、(a)請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程;(b)酪農製品を提供する工程;及び(c)工程(a)のポリペプチドを、セルロースが酪農製品の触感及び風味を改善できる条件下で工程(b)の酪農製品と接触させる工程を含む、前記方法。
【請求項150】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む織物又は布地であって、場合により、織物又は布地はセルロース含有繊維を含み、場合により、前記ポリペプチドはセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、前記織物又は布地。
【請求項151】
固体又は液体の動物の排泄物を処理する方法であって、
(a)場合により、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程;
(b)固体又は液体の動物の排泄物を提供する工程;及び
(c)工程(a)のポリペプチドを、プロテアーゼが排泄物を処理できる条件下で工程(b)の固体又は液体の排泄物と接触させる工程
を含む、前記方法。
【請求項152】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む処理済み廃棄物であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、前記処理済み廃棄物。
【請求項153】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドを含む消毒剤であって、前記ポリペプチドが、請求項48記載の配列を含むか又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、場合により、前記ポリペプチドがエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、前記消毒剤。
【請求項154】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドを含む対生物防御剤又はバイオ解毒剤であって、前記ポリペプチドは請求項48記載の配列又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、場合により、前記ポリペプチドはエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記対生物防御剤又はバイオ解毒剤。
【請求項155】
配列番号163の少なくとも1つのヌクレオチド塩基残基改変を含む配列を有する単離又は組換え核酸であって、前記改変が以下の1以上を含む、前記単離又は組換え核酸:
位置265〜267のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGとなる改変;
位置307〜309のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGとなる改変;
位置328〜330のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGとなる改変;
位置340〜342のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてTTA、TTG、CTT、CTC、CTA若しくはCTGとなる改変;
位置469〜471のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてTCT、TCC、TCA、TCG、AGT若しくはAGCとなる改変;
位置1441〜1443のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてTTT若しくはTTCとなる改変;
位置1648〜1650のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてAAT若しくはAACとなる改変;又は
位置1768〜1770のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGとなる改変。
【請求項156】
配列番号164の少なくとも1つのアミノ酸残基改変を含む配列を有する単離又は組換えポリペプチドであって、前記改変が以下の1以上の改変を含む、前記単離又は組換えポリペプチド:
アミノ酸位置89のメチオニンがアルギニンになる改変;
アミノ酸位置103のフェニルアラニンがグリシンになる改変;
アミノ酸位置110のプロリンがグリシンになる改変;
アミノ酸位置114のチロシンがロイシンになる改変;
アミノ酸位置157のアラニンがセリンになる改変;
アミノ酸位置481のトリプトファンがフェニルアラニンになる改変;
アミノ酸位置550のプロリンがアスパラギンなる改変;又は
アミノ酸位置590のグリシンがアルギニンになる改変。
【請求項157】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165のヌクレオチド残基配列改変を含む配列を有する単離又は組換え核酸であって、前記改変が以下の1以上の改変を含む、前記単離又は組換え核酸:
配列番号163の位置265〜267のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGになる改変;
配列番号163の位置307〜309のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGになる改変;
配列番号163の位置328〜330のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGになる改変;
配列番号163の位置340〜342のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTTA、TTG、CTT、CTC、CTA若しくはCTGになる改変;
配列番号163の位置469〜471のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTCT、TCC、TCA、TCG、AGT若しくはAGCになる改変;
配列番号163の位置1441〜1443のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTTT若しくはTTCになる改変;
配列番号163の位置1648〜1650のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてAAT若しくはAACになる改変;又は
配列番号163の位置1768〜1770のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGになる改変。
【請求項158】
請求項1記載の核酸のヌクレオチド塩基残基改変を含む配列を有する単離又は組換え核酸であって、前記改変が、以下の1以上の改変を含む、前記単離又は組換え核酸:
配列番号163の位置265〜267のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGになる改変;
配列番号163の位置307〜309のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGになる改変;
配列番号163の位置328〜330のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGになる改変;
配列番号163の位置340〜342のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTTA、TTG、CTT、CTC、CTA若しくはCTGになる改変;
配列番号163の位置469〜471のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTCT、TCC、TCA、TCG、AGT若しくはAGCになる改変;
配列番号163の位置1441〜1443のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTTT若しくはTTCになる改変;
配列番号163の位置1648〜1650のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてAAT若しくはAACになる改変;又は
配列番号163の位置1768〜1770のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGになる改変。
【請求項159】
配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166のアミノ酸残基改変を含む配列を有する単離又は組換えポリペプチドであって、前記改変が、以下の1以上の改変を含む、前記単離又は組換えポリペプチド:
配列番号164の位置89のアミノ酸のメチオニンに相当するアミノ酸がアルギニンになる改変;
配列番号164の位置103のアミノ酸のフェニルアラニンに相当するアミノ酸がグリシンになる改変;
配列番号164の位置110のアミノ酸のプロリンに相当するアミノ酸がグリシンになる改変;
配列番号164の位置114のアミノ酸のチロシンに相当するアミノ酸がロイシンになる改変;
配列番号164の位置157のアミノ酸のアラニンに相当するアミノ酸がセリンになる改変;
配列番号164の位置481のアミノ酸のトリプトファンに相当するアミノ酸がフェニルアラニンになる改変;
配列番号164の位置550のアミノ酸のプロリンに相当するアミノ酸がアスパラギンになる改変;又は
配列番号164の位置590のアミノ酸のグリシンに相当するアミノ酸がアルギニンになる改変。
【請求項160】
請求項48記載のポリペプチドのアミノ酸残基改変を含む配列を有する単離又は組換えポリペプチドであって、前記改変が以下の1以上を含む、前記単離又は組換えポリペプチド:
配列番号164の位置89のアミノ酸のメチオニンに相当するアミノ酸がアルギニンになる改変。;
配列番号164の位置103のアミノ酸のフェニルアラニンに相当するアミノ酸がグリシンになる改変。;
配列番号164の位置110のアミノ酸のプロリンに相当するアミノ酸がグリシンになる改変。;
配列番号164の位置114のアミノ酸のチロシンに相当するアミノ酸がロイシンになる改変;
配列番号164の位置157のアミノ酸のアラニンに相当するアミノ酸がセリンになる改変;
配列番号164の位置481のアミノ酸のトリプトファンに相当するアミノ酸がフェニルアラニンになる改変;
配列番号164の位置550のアミノ酸のプロリンに相当するアミノ酸がアスパラギンになる改変;又は
配列番号164の位置590のアミノ酸のグリシンに相当するアミノ酸がアルギニンになる改変。
【請求項161】
請求項48記載の単離又は組換えポリペプチドであって、
(i)配列番号164に記載の配列を有するポリペプチドがアルカリエンドグルカナーゼ/セルラーゼ活性を有するか、
(ii)配列番号110に記載の配列を有するポリペプチドがキシラナーゼ活性を有するか、
(iii)配列番号12に記載の配列を有するポリペプチドがNAD結合オキシドレダクターゼ活性を有するか、
(iv)配列番号118に記載の配列を有するポリペプチドが短鎖デヒドロゲナーゼ活性を有するか、
(v)配列番号14に記載の配列を有するポリペプチドがNADH依存性デヒドロゲナーゼ活性を有するか、
(vi)配列番号138に記載の配列を有するポリペプチドがペプチダーゼ活性を有するか、
(vii)配列番号162に記載の配列を有するポリペプチドがアルカリエンドグルカナーゼ活性を有するか、
(viii)配列番号42に記載の配列を有するポリペプチドがシステイニルtRNAシンセターゼ活性を有するか、
(viii)配列番号32に記載の配列を有するポリペプチドがセロデキストリンホスホリラーゼ活性を有するか、
(ix)配列番号50に記載の配列を有するポリペプチドがfdhd/narqオキシドレダクターゼ活性を有するか、
(x)配列番号54に記載の配列を有するポリペプチドがラジカルS−アデノシルメチオニン(SAM)メチルトランスフェラーゼ活性を有するか、又は
(xi)配列番号58に記載の配列を有するポリペプチドがサブチリシン様プロテアーゼ活性を有する、
前記単離又は組換えポリペプチド。
【請求項1】
(a)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165に、少なくとも20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150個又はそれ以上の残基の領域にわたって、少なくとも50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくはそれ以上の、又は完全な配列同一性を有する核酸配列を含み、セルラーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、場合により、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって又は目視検査によって決定される、前記単離または組換え核酸;
(b)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165を含む核酸にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含み、セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、前記ストリンジェントな条件には0.2xSSC中、約65℃の温度で約15分間洗浄することを含む洗浄工程が含まれ、
場合により、少なくとも約20、30、40、50、60、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000個若しくはそれ以上の長さの残基であるか、又は遺伝子若しくは転写物の完全長である核酸配列を含む、前記単離または組換え核酸;
(c)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166に記載の配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む単離または組換え核酸;或いは
(d)(a)、(b)又は(c)に相補的である核酸配列を含む単離又は組換え核酸。
【請求項2】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165に記載の配列を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項3】
配列比較アルゴリズムがBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、フィルタリング設定がblastall -p blastp -d "nr pataa" -F Fに設定され、他の全てのオプションが初期設定値に設定される、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項4】
セルラーゼ活性がエンドグルカナーゼ活性を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項5】
セルラーゼ活性がセロビオヒドロラーゼ活性を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項6】
セルラーゼ活性が、β−グルコシダーゼ又はマンナナーゼ活性を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項7】
セルラーゼ活性がエンドセルラーゼ活性を含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項8】
セルラーゼ活性が、グルカンを加水分解して、より小さい分子量の多糖又はオリゴマーを生成することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項9】
セルラーゼ活性が、1,4−β−D−グリコシド結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項10】
エンドセルラーゼ活性がエンド−1,4−β−エンドセルラーゼ活性を含む、請求項9記載の単離又は組換え核酸。
【請求項11】
1,4−β−D−グリコシド結合活性が、セルロース、セルロース誘導体、リケニン又は穀類における1,4−β−D−グリコシド結合の加水分解を含む、請求項10記載の単離又は組換え核酸。
【請求項12】
セルロース誘導体が、カルボキシメチルセルロース又はヒドロキシエチルセルロースを含む、請求項11記載の単離又は組換え核酸。
【請求項13】
穀類が、β−D−グルカン又はキシログルカンを含む、請求項11記載の単離又は組換え核酸。
【請求項14】
セルラーゼ活性が、グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項15】
セルラーゼ活性が、β−1,4−及び/又はβ−1,3−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項14記載の単離又は組換え核酸。
【請求項16】
セルラーゼ活性が、エンド−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項14記載の単離又は組換え核酸。
【請求項17】
セルラーゼ活性が、エンド−1,4−β−D−グルカン4−グルカノヒドロラーゼ活性の加水分解を触媒することを含む、請求項16記載の単離又は組換え核酸。
【請求項18】
セルラーゼ活性が、内部エンド−β−1,4−グルカナーゼ結合及び/又はβ−1,3−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項16記載の単離又は組換え核酸。
【請求項19】
セルラーゼ活性が、内部β−1,3−グリコシド結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項20】
セルラーゼ活性が、グルコピラノースを含む多糖を加水分解することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項21】
セルラーゼ活性が、1,4−β−グリコシド結合D−グルコピラノースを含む多糖を加水分解することを含む、請求項20記載の単離又は組換え核酸。
【請求項22】
セルロース活性が、セルロース、セルロース誘導体又はヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項23】
セルラーゼ活性が、木材若しくは紙パルプ、又は木材若しくは紙製品において、セルロース又はヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項22記載の単離又は組換え核酸。
【請求項24】
セルラーゼ活性が、飼料、食品又は飲料においてグルカンの加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項25】
飼料、食品又は飲料が、穀類系動物飼料、麦芽汁若しくはビール、生地、果実又は野菜を含む、請求項24記載の単離又は組換え核酸。
【請求項26】
セルラーゼ活性が、微生物細胞、真菌細胞、哺乳動物細胞、植物細胞、又はセルロース部分を含むあらゆる植物材料のグルカンの加水分解を触媒することを含む、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項27】
セルラーゼ活性が熱安定性である、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項28】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃、若しくは約55℃〜約85℃、若しくは約70℃〜約75℃、若しくは約70℃〜約95℃、若しくは約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でセルラーゼ活性を保持するか、又は約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃又は約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃若しくは99℃の範囲の温度でセルラーゼ活性を保持する、請求項27記載の単離又は組換え核酸。
【請求項29】
セルラーゼ活性が耐熱性である、請求項1記載の単離又は組換え核酸。
【請求項30】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃まで、55℃より高く約85℃まで、若しくは約70℃〜約75℃、若しくは90℃より高く約95℃の範囲の温度に暴露された後、又は約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、又は約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃若しくは99℃の範囲の温度で暴露された後、セルラーゼ活性を保持する、請求項29記載の単離又は組換え核酸。
【請求項31】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定する核酸プローブであっって、請求項1記載の配列の少なくとも20、30、40、50、60、75、100若しくは150個又はそれ以上の連続する塩基を含み、結合又はハイブリダイゼーションによってセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定し、
場合により、少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100又は約50〜150個の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含み、
場合により、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15に記載の配列の連続する塩基を含む、
前記核酸プローブ。
【請求項32】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する増幅プライマー対であって、
(a)請求項1記載の配列又はその部分配列を含む核酸を増幅することができるか、又は
(b)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165の最初(5')の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個又はそれ以上の残基により記載される配列を有する第1メンバーと、第1メンバーの相補鎖の最初(5')の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個又はそれ以上の残基により記載される配列を有する第2メンバーとを含み、
場合により、前記増幅プライマー対のメンバーが前記配列の少なくとも約10〜50個の連続する塩基又は前記配列の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30個又はそれ以上の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、
前記増幅プライマー対。
【請求項33】
請求項32記載の増幅プライマー対を使用したポリヌクレオチドの増幅により生成されるセルラーゼコード核酸であって、場合により、増幅がポリメラーゼ鎖反応(PCR)による増幅である、前記核酸。
【請求項34】
遺伝子ライブラリーの増幅により生成される核酸であって、場合により、遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項33記載のセルラーゼコード核酸。
【請求項35】
請求項33記載のセルラーゼコード核酸によってコードされる単離又は組換えセルラーゼ。
【請求項36】
請求項32記載の増幅プライマー対による鋳型核酸の増幅を含む、セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項37】
請求項1記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項38】
請求項1記載の配列を含む核酸を含むベクターであって、場合により、ビヒクルが発現ベクターを含む、前記ベクター。
【請求項39】
請求項1記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクルであって、
場合により、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージ又は人工染色体を含み、
場合により、前記ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ関連ウイルスベクターを含み、
場合により、細菌の人工染色体(BAC)、プラスミド、バクテリオファージP1−由来ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)又は哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、
前記クローニングビヒクル。
【請求項40】
請求項1記載の配列を含む核酸、又は請求項37記載の発現カセット、又は請求項38記載のベクター又は請求項39記載のクローニングビヒクルを含む形質転換細胞であって、
場合により、細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は植物細胞である、
前記形質転換細胞。
【請求項41】
請求項1記載の配列を含むトランスジェニック非ヒト動物であって、場合によりマウス又はラットである、前記トランスジェニック非ヒト動物。
【請求項42】
請求項1記載の配列を含むトランスジェニック植物であって
場合により、トウモロコシ、ソルガム、ジャガイモ、トマト、コムギ、アブラナ、ナタネ、ダイズ、イネ、オオムギ、牧草又はタバコである、前記トランスジェニック植物。
【請求項43】
請求項1記載の配列を含むトランスジェニック種子であって、場合により、トウモロコシ、コムギ、アブラナ、ナタネ、ダイズ、ヤシ、ヒマワリ、ゴマ、イネ、オオムギ、落花生又はタバコの種子である、前記トランスジェニック種子。
【請求項44】
請求項1記載の配列と相補的であるか又はそれらにストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列若しくはその部分配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、
場合により、約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、又は約60〜100個の塩基の長さを有する、
前記アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項45】
請求項1に記載の配列と相補的であるか又はそれとストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に投与するか又は細胞で発現させることを含む、細胞内のセルラーゼメッセージの翻訳を阻害する方法。
【請求項46】
請求項1記載の配列の部分配列を含む二本鎖干渉RNA(RNAi)分子であって、
場合により、siRNA又はmiRNAを含み、
場合により、長さが約11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26又はそれ以上の二重鎖ヌクレオチドである、
前記二本鎖干渉RNA(RNAi)分子。
【請求項47】
請求項46記載の二本鎖干渉RNA(RNAi)を細胞に投与するか又は細胞で発現させることを含む、細胞におけるセルラーゼの発現を阻害する方法。
【請求項48】
(i)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166と、少なくとも約20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、100、150、200、250、300個又はそれ以上の残基の領域にわたって、少なくとも50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくはそれ以上、又は100%の配列同一性を有するアミノ酸配列を有する単離または組換えポリペプチドであって、
場合により、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって又は目視検査によって決定され、場合により、前記配列比較アルゴリズムが、フィルタリング設定がblastall -p blastp -d "nr pataa" -F Fに設定され、他の全てのオプションが初期設定値に設定されたBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムである、
前記単離または組換えポリペプチド;
(ii)請求項1記載の核酸によってコードされるアミノ酸配列を有し、セルラーゼ活性を有するか、または、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166に記載の配列を有するポリペプチドに特異的に結合する抗体を生成することができる免疫原活性を有する、単離または組換えポリペプチド;または、
(iii)(i)若しくは(ii)に示したアミノ酸配列又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列を有し、少なくとも1つのアミノ酸残基の保存的置換を含む単離または組換えポリペプチドであって、
場合により、前記保存的置換が脂肪族アミノ酸を別のアミノ酸に代えること、セリンをトレオニンに代えること、若しくはその逆、酸性残基を別の酸性残基と代えること、アミド基を有する残基をアミド基を有する別の残基と代えること、塩基性残基を別の塩基性残基と交換すること、又は芳香族残基を別の芳香族残基と代えること、又はこれらの組合せを含み、
場合により、前記脂肪族残基がアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン若しくはこれらの合成同等物を含み、前記酸性残基が、アスパラギン酸、グルタミン酸若しくはこれらの合成同等物を含み、前記アミド基を含む残基が、アスパラギン酸、グルタミン酸若しくはこれらの合成同等物を含み、前記塩基性残基が、リシン、アルギニン若しくはこれらの合成同等物を含み、又は前記芳香族残基が、フェニルアラニン、チロシン若しくはこれらの合成同等物を含む、
前記単離又は組換えポリペプチド。
【請求項49】
セルラーゼ活性がエンドグルカナーゼ活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項50】
セルラーゼ活性がセロビオヒドロラーゼ活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項51】
セルラーゼ活性が、β−グルコシダーゼ又はマンナナーゼ活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項52】
セルラーゼ活性がエンドセルラーゼ活性活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項53】
セルラーゼ活性が、グルカンを加水分解して、より小さい分子量の多糖又はオリゴマーを生成することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項54】
セルラーゼ活性が、1,4−β−D−グリコシド結合の加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項55】
エンドセルラーゼ活性がエンド−1,4−β−エンドセルラーゼ活性を含む、請求項54記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項56】
1,4−β−D−グリコシド結合活性が、セルロース、セルロース誘導体、リケニン又は穀類における1,4−β−D−グリコシド結合の加水分解を含む、請求項54記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項57】
セルロース誘導体が、カルボキシメチルセルロース又はヒドロキシエチルセルロースを含む、請求項56記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項58】
穀類が、β−D−グルカン又はキシログルカンを含む、請求項56記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項59】
セルラーゼ活性が、グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項60】
セルラーゼ活性が、β−1,4−及び/又はβ−1,3−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項59記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項61】
セルラーゼ活性が、エンド−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項59記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項62】
セルラーゼ活性が、エンド−1,4−β−D−グルカン4−グルカノヒドロラーゼ活性の加水分解を触媒することを含む、請求項61記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項63】
セルラーゼ活性が、内部エンド−β−1,4−グルカナーゼ結合及び/又はβ−1,3−グルカナーゼ結合の加水分解を触媒することを含む、請求項61記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項64】
セルラーゼ活性が、内部β−1,3−グリコシド結合の加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項65】
セルラーゼ活性が、グルコピラノースを含む多糖を加水分解することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項66】
セルラーゼ活性が、1,4−β−グリコシド結合D−グルコピラノースを含む多糖を加水分解することを含む、請求項65記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項67】
セルロース活性が、セルロース、セルロース誘導体又はヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項68】
セルラーゼ活性が、木材若しくは紙パルプ、又は木材若しくは紙製品において、セルロース又はヘミセルロースを加水分解することを含む、請求項67記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項69】
セルラーゼ活性が、飼料、食品又は飲料においてグルカンの加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項70】
飼料、食品又は飲料が、穀類系動物飼料、麦芽汁若しくはビール、生地、果実又は野菜を含む、請求項69記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項71】
セルラーゼ活性が、微生物細胞、真菌細胞、哺乳動物細胞、植物細胞、又はセルロース部分を含むあらゆる植物材料のグルカンの加水分解を触媒することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項72】
セルラーゼ活性が熱安定性である、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項73】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃、若しくは約55℃〜約85℃、若しくは約70℃〜約75℃、若しくは約70℃〜約95℃、若しくは約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でセルラーゼ活性を保持するか、又は約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃又は約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃若しくは99℃の範囲の温度でセルラーゼ活性を保持する、請求項72記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項74】
セルラーゼ活性が耐熱性である、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項75】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃まえ、55℃より高く約85℃まで、若しくは約70℃〜約75℃、若しくは90℃より高く約95℃までの範囲の温度に暴露された後、又は約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、若しくは約37℃〜約95℃、96℃、97℃、98℃若しくは99℃の範囲の温度で暴露された後、セルラーゼ活性を保持する、請求項74記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項76】
請求項48記載のポリペプチドを含み、シグナル若しくはリーダー配列、又はプレプロ配列を欠いている、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項77】
請求項48記載のポリペプチドを含み、異種シグナル若しくはリーダー配列、又は異種プレプロ配列を有する、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項78】
セルラーゼ活性が、約37℃において、タンパク質1mgあたり約100〜約1000単位、タンパク質1mgあたり約500〜約750単位、タンパク質1mgあたり約500〜約1200単位、又はタンパク質1mgあたり約750〜約1000単位の範囲で比活性を含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項79】
耐熱性が、高温まで加熱した後セルラーゼの37℃における比活性の少なくとも半分を保持することを含むか、又は、高温まで加熱した後、タンパク質1mgあたり約500〜約1200単位の範囲で37℃における比活性を保持することを含む、請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項80】
少なくとも1つのグルコシル化部位を含み、
場合により、前記グリコシル化がN−結合グリコシル化であり、
場合により、P. pastoris又はS. pombeで発現した後グリコシル化される、
請求項48記載の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項81】
約pH6.5、pH6.0、pH5.5、5.0、pH4.5若しくは4.0又はより酸性を含む条件下でセルラーゼ活性を保持するか、或いは約pH6.5、pH6.0、pH5.5、5.0、pH4.5若しくは4.0又はより酸性を含む条件に暴露された後でセルラーゼ活性を保持する、請求項48記載の単離又は組換えペプチド。
【請求項82】
約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10若しくはpH10.5又はより塩基性を含む条件下でセルラーゼ活性を保持するか、或いはpH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10若しくはpH10.5又はより塩基性を含む条件に暴露された後でセルラーゼ活性を保持する、請求項48記載の単離又は組換えペプチド。
【請求項83】
液体、固体又はゲルを含む、請求項48記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物。
【請求項84】
請求項48記載のポリペプチド及び第2のドメインを含むヘテロ二量体であって、
場合により、前記第2のドメインがポリペプチドであり、前記ヘテロ二量体が融合タンパク質であり、場合により、前記第2のドメインが、エピトープ、免疫原性ペプチド又はタグを含む、
前記ヘテロ二量体。
【請求項85】
請求項48記載のポリペプチドを含むホモ二量体。
【請求項86】
請求項48記載の配列若しくはその部分配列を含む固定化ポリペプチド、または、請求項1記載の配列若しくはその部分配列、又は請求項31記載のプローブを含む固定化核酸であって、
場合により、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイ又はキャピラリー管に固定化されている、
前記固定化ポリペプチド又は前記固定化核酸。
【請求項87】
請求項86記載の固定化ポリペプチド又は請求項86記載の固定化核酸を含むアレイ。
【請求項88】
請求項48に記載のポリペプチドに特異的に結合している単離又は組換え抗体であって、
場合により、モノクローナル又はポリクローナル抗体である、
前記単離又は組換え抗体。
【請求項89】
請求項48記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項90】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドを単離又は同定する方法であって、
(a)請求項88記載の抗体を提供する工程;
(b)ポリペプチドを含む試料を提供する工程;及び
(c)工程(b)の試料と工程(a)の抗体を、抗体がポリペプチドに特異的に結合できる条件下で接触させ、それによってセルラーゼ活性を有するポリペプチドを単離又は同定する工程、
を含む前記方法。
【請求項91】
抗セルラーゼ抗体を作製する方法であって、
(a)請求項1記載の核酸又はその部分配列を、液性免疫反応を生成するのに十分な量で非ヒト動物投与し、それによって抗セルラーゼ抗体を作製すること、又は
(b)請求項48記載のポリペプチド又はその部分配列を、液性免疫反応を生成するのに十分な量で非ヒト動物投与し、それによって抗セルラーゼ抗体を作製すること
を含む方法。
【請求項92】
組換えポリペプチドを産生する方法であって、
(a)プロモーターに機能的に結合した、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸を、ポリペプチドの発現を可能にする条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを産生する工程を含み、
場合により、宿主細胞を工程(a)の核酸を用いて形質転換し、続いて工程(a)の核酸を発現させ、それによって形質転換細胞に組換えポリペプチドを産生させることを更に含む、
前記方法。
【請求項93】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法であって、
(a)請求項48記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)セルラーゼ基質を提供する工程;及び
(c)ポリペプチドを工程(b)の基質と接触させ、前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程を含み、前記基質の量の減少又は前記反応生成物の量の増加によりセルラーゼ活性を有するポリペプチドを検出する、
前記方法。
【請求項94】
セルラーゼ基質を同定する方法であって、
(a)請求項48記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験基質を提供する工程;及び
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験基質と接触させ、前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程を含み、前記基質の量が減少又は前記反応生成物の量が増加すれば前記試験基質をセルラーゼ基質として同定する、
前記方法。
【請求項95】
試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するか否かを決定する方法であって、
(a)請求項1記載の配列を有する核酸又はその核酸を含むベクターを、核酸のポリペプチドへの翻訳を許容する条件下で発現させる工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程;及び
(d)工程(b)の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するか否かを決定する工程、
を含む前記方法。
【請求項96】
試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するか否かを決定する方法であって、
(a)請求項48記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程;及び
(d)工程(b)の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するか否かを決定する工程、
を含む前記方法。
【請求項97】
セルラーゼ活性の調節因子を同定する方法であって、
(a)請求項48記載のポリペプチドを提供する工程;
(b)試験化合物を提供する工程;
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験化合物と接触させ、グルカナーゼの活性を測定する工程を含み、前記試験化合物の不在下における活性と比較して前記試験化合物の存在下で測定されるセルラーゼ活性が変化すれば、前記試験化合物がセルラーゼ活性を調節すると決定する、
前記方法。
【請求項98】
セルラーゼ活性が、セルラーゼ基質を提供すること、及び、基質の量の減少若しくは反応生成物の量の増加を検出すること、又は、基質の量の増加若しくは反応生成物の量の減少を検出することにより測定され、
場合により、試験化合物を用いない場合の基質又は反応生成物の量と比較して前記試験化合物を用いた場合の基質の量が減少又は反応生成物の量が増加すれば、前記試験化合物をセルラーゼ活性のアクチベーターとして同定し、
場合により、試験化合物を用いない場合の基質又は反応生成物の量と比較して前記試験化合物を用いた場合に基質量が増加又は反応生成物量が減少すれば、前記試験合物をセルラーゼ活性のインヒビターとして同定する、
請求項97記載の方法。
【請求項99】
プロセッサー及びデータ記憶装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ記憶装置がポリペプチド配列又は核酸配列を記憶し、前記ポリペプチド配列が請求項48記載の配列を含むか請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、
場合により、配列比較アルゴリズムと、少なくとも1つの基準配列を記憶するデータ記憶装置とを更に含む、又は前記配列の1つ以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーを更に含み、
場合により、前記配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、
前記コンピュータシステム。
【請求項100】
ポリペプチド配列又は核酸配列が記憶されているコンピュータ読み出し可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が請求項48記載のポリペプチドを含むか又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータ読み出し可能媒体。
【請求項101】
配列の特徴を同定する方法であって、
(a)配列の1つ以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを使用して配列を読み取る工程であって、前記配列がポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が請求項48記載のポリペプチドまたは請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む配列である、前記工程;及び(b)コンピュータプログラムにより配列の1つ以上の特徴を同定する工程、
を含む前記方法。
【請求項102】
第1の配列を第2の配列と比較する方法であって、
(a)配列を比較するコンピュータプログラムを使用して第1の配列及び第2の配列を読み取る工程であって、第1の配列がポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、含む工程、及び(b)第1の配列と第2の配列との差異をコンピュータプログラムにより決定する工程を含み、
場合により、第1の配列と第2の配列との差異を決定する工程を更に含むか、又は場合により、多型性を同定する工程を更に含むか、又は場合により、配列の1つ以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーを使用することを更に含み、
場合により、コンピュータプログラムを使用して第1の配列を読み取り、前記配列の1つ以上の特徴を同定することを含む、
前記方法。
【請求項103】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境試料から単離又は回収する方法であって、
(a)請求項32記載の増幅プライマー対を提供する工程;
(b)環境試料から核酸を単離するか、又は試料内の核酸がハイブリダイゼーションのために増幅プライマー対に接近できるように環境試料を処理する工程;及び
(c)工程(b)の核酸を工程(a)の増幅プライマー対と一緒にし、環境試料の核酸を増幅し、それによって環境試料からセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離又は回収する工程、
を含む前記方法。
【請求項104】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境試料から単離又は回収する方法であって、
(a)請求項1記載の配列若しくはその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブ、又は請求項31記載のプローブを提供する工程;
(b)環境試料から核酸を単離するか、又は試料内の核酸がハイブリダイゼーションのために工程(a)のポリヌクレオチドプローブに接近できるように環境試料を処理する工程;
(c)工程(b)の単離された核酸又は処理された環境試料を工程(a)のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程;及び
(d)工程(a)のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって環境試料からセルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離又は回収する工程、
を含む前記方法。
【請求項105】
環境試料が、水試料、液体試料、土壌試料、空気試料又は生物学的試料を含み、
場合により、前記生物学的試料が細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞又は哺乳動物細胞に由来する、
請求項103又は請求項104記載の方法。
【請求項106】
セルラーゼ活性有するポリペプチドをコードする核酸の変異体を生成する方法であって、
(a)請求項1記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程;及び
(b)鋳型配列の1つ以上のヌクレオチドを改変、欠失、若しくは付加するか、又はこれらの組合せにより、前記鋳型核酸の変種を生成する工程を含み、
場合により、前記核酸の変種を発現して、セルラーゼポリペプチド変種を生成することを更に含み、
場合により、改変、付加又は欠失が、エラープローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、インビボ変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限−選択変異導入、制限−精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸多量体作生成びそれらの組合せを含む方法によって導入され、
場合により、前記鋳型核酸によってコードされるポリペプチドから変化した若しくは異なる活性、又は、変化した若しくは異なる安定性を有するセルラーゼが生成されるまで繰り返し反復される、
前記方法。
【請求項107】
変種セルラーゼポリペプチドが、(a)耐熱性であり、高温に暴露された後、いくらかの活性を保持するか、(b)鋳型核酸でコードされたセルロースと比較して増加したグルコシル化を有するか、又は(c)高温でセルラーゼ活性を有し、鋳型核酸でコードされたセルロースが、高温下で活性ではない、請求項106記載の方法。
【請求項108】
(a)鋳型核酸のコドン使用頻度から変化したコドン使用頻度を有する配列をコードするセルラーゼが産生されるまで、又は(b)鋳型核酸よりも高い若しくは低いレベルのメッセージ発現又は安定性を有するセルラーゼ遺伝子が作製されるまで、繰り返し反復される、請求項106記載の方法。
【請求項109】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における発現を増加させる方法であって
(a)セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸の非優先コドン又は低優先コドンを同定し、前記コドンを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドン又は中立的に使用されるコドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞における発現を増加させる工程を含み、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過剰提示されるコドンであり、前記非優先コドン又は低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過小提示されるコドンである、
前記方法。
【請求項110】
セルラーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法であって、
(a)セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸のコドンを同定し、前記コドンを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置換し、それによってセルラーゼをコードする核酸のコドンを改変する工程、
を含む方法。
【請求項111】
セルラーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における発現を増加する方法であって、
(a)セルラーゼポリペプチドをコードする、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸の非優先コドン又は低優先コドンを同定し、前記コドンを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドン又は中立的に使用されるコドンで置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞における発現を増加させる工程を含み、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過剰提示されるコドンであり、前記非優先コドン又は低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過小提示されるコドンである、
前記方法。
【請求項112】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における発現を減少させる方法であって、
(a)セルラーゼポリペプチドをコードする、請求項1記載の配列を含む核酸を提供する工程;及び
(b)工程(a)の核酸の少なくとも1つの好ましいコドンを同定し、前記コドンを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドン又は低優先コドンで置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞における発現を減少させる工程を含み、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過剰提示されるコドンであり、前記非優先又は低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において過小提示されるコドンであり、
場合により、前記宿主細胞が細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞又は哺乳動物細胞である、
前記方法。
【請求項113】
複数の改変セルラーゼ活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを産生する方法であって、前記改変活性部位又は基質結合部位が第1の活性部位又は第1の基質結合部位をコードする配列を含む第1の核酸に由来し、
(a)第1の活性部位又は第1の基質結合部位をコードする第1の核酸を提供する工程であって、前記第1の核酸の配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165に記載される配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列又はその部分配列を含み、前記第1の核酸がセルラーゼ活性部位又は基質結合部位をコードする核酸である、前記工程;
(b)前記第1の核酸内の複数の標的コドンにおいて天然に存在するアミノ酸変種をコードする変異導入オリゴヌクレオチドのセットを提供する工程;および、
(c)前記変異導入オリゴヌクレオチドのセットを使用して、変異が導入されるそれぞれのアミノ酸コドンにおいて一連のアミノ酸の変種をコードする、活性部位コード又は基質結合部位コード核酸変種のセットを生成し、それによって複数の改変されたセルラーゼ活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する工程、
を含み、
場合により、前記変異導入オリゴヌクレオチド又は核酸変種が、最適化定方向進化系、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)又は合成連結再アッセンブリ(SLR)、エラープローンPCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、インビボ変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限−選択変異導入、制限−精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸多量体作生成及びそれらの組合せを含む方法によって生成される、
前記方法。
【請求項114】
小分子を作製する方法であって、
(a)小分子を合成又は改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素のうち1つが請求項1記載の配列を含む核酸によってコードされるセルラーゼ酵素を含む、前記工程;
(b)工程(a)の酵素の少なくとも1つに対する基質を提供する工程;及び
(c)工程(b)の基質を、複数の生体触媒反応を促進する条件下で前記酵素と反応させて、一連の生体触媒反応により小分子を生成する工程、
を含む前記方法。
【請求項115】
小分子を改変する方法であって、
(a)セルラーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;
(b)小分子を提供する工程;及び
(c)工程(a)の酵素を、グルコシダーゼ酵素によって触媒される酵素反応が促進される条件下で、工程(b)の小分子と反応させ、それによってセルラーゼ酵素反応により小分子を改変する工程を含み、
場合により、工程(b)が工程(a)の酵素に対する複数の小分子基質を提供し、それによって前記セルラーゼ酵素により触媒される少なくとも1つの酵素反応によって産生される改変小分子のライブラリーを生成することを含み、
場合により、複数の酵素反応により産生される改変小分子のライブラリーを形成するために、酵素による複数の生体触媒反応を促進する条件下で複数の追加の酵素を提供することを更に含み、
場合により、所望の活性を示す特定の改変小分子がライブラリーに存在するかを決定するためにライブラリーを試験する工程を更に含み、
場合により、前記ライブラリーを試験する工程が所望の活性を有する特定の改変小分子の存在又は不在について改変小型分の一部を試験し、所望の活性を有する特定の改変小分子を産生する少なくとも1つの特定の生体触媒反応を同定することによって、ライブラリー内の複数の改変小分子の一部を産生するのに使用される生体触媒反応の一つを除いて全部を系統的に排除する工程を更に含む、
前記方法。
【請求項116】
セルラーゼ酵素の機能性フラグメントを決定する方法であって、
(a)セルラーゼ酵素を提供する工程であって、前記セルラーゼ酵素が請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程;及び
(b)工程(a)の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、セルラーゼ活性について残りの部分配列を試験し、それによってセルラーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する工程を含み、
場合により、セルラーゼ活性がセルラーゼ基質を提供すること、および、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出することにより測定される、
前記方法。
【請求項117】
リアルタイム代謝フラックス分析を使用する新たな又は改変された表現型の全細胞操作の方法であって、
(a)細胞の遺伝的構成を改変することにより改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が請求項1記載の配列を含む核酸を細胞に添加することにより改変される、前記工程;
(b)前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成する工程;
(c)工程(b)の細胞培養物をリアルタイムでモニタリングすることにより前記細胞の少なくとも1つの代謝パラメーターを測定する工程;及び
(d)工程(c)のデータを分析して、測定パラメーターが類似の条件下で未改変細胞における対応する測定値と異なるか否かを決定し、それによって細胞の操作された表現型をリアルタイム代謝フラックス分析を使用して同定する工程を含み、
場合により、前記細胞の遺伝的構成が、細胞内の配列の欠失若しくは配列の改変、又は遺伝子発現のノックアウトを含む方法によって改変され、
場合により、新たに操作された表現型を含む細胞を選択することを更に含み、
場合により、選択された細胞を培養し、それによって新たに操作された表現型を含む新たな細胞株を生成することを更に含む、
前記方法。
【請求項118】
以下のアミノ酸配列からなる、単離または組換えシグナル若しくはリーダー配列:
(a)請求項48記載のアミノ酸配列のアミノ末端残基1〜14、1〜15、1〜16、1〜17、1〜18、1〜19、1〜20、1〜21、1〜22、1〜23、1〜24、1〜25、1〜26、1〜27、1〜28、1〜28、1〜30、1〜31、1〜32、1〜33、1〜34、1〜35、1〜36、1〜37、1〜38、1〜40、1〜41、1〜42、1〜43又は1〜44に記載されているアミノ酸配列、又は、
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166に記載のアミノ酸配のアミノ末端残基1〜14、1〜15、1〜16、1〜17、1〜18、1〜19、1〜20、1〜21、1〜22、1〜23、1〜24、1〜25、1〜26、1〜27、1〜28、1〜28、1〜30、1〜31、1〜32、1〜33、1〜34、1〜35、1〜36、1〜37、1〜38、1〜40、1〜41、1〜42、1〜43又は1〜44に記載されているアミノ酸配列。
【請求項119】
請求項118記載のアミノ酸配列を有するシグナルペプチド(SP)又はリーダー配列を含む少なくとも1つの第1のドメインと、異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも1つの第2のドメインとを含むキメラポリペプチドであって、前記異種ポリペプチド又はペプチドは前記シグナルペプチド(SP)又はリーダー配列と天然には結合しておらず、
場合により、前記異種ポリペプチド又はペプチドはセルラーゼではなく、場合により、前記異種ポリペプチド又はペプチドが前記シグナルペプチド(SP)又はリーダー配列のアミノ末端、カルボキシ末端又は両端にある、
前記キメラポリペプチド。
【請求項120】
キメラポリペプチドをコードする単離又は組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドが、請求項118記載のアミノ酸配列を有するシグナルペプチド(SP)又はリーダー配列を含む少なくとも1つの第1のドメインと、異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも1つの第2のドメインとを含み、前記異種ポリペプチド又はペプチドは前記シグナルペプチド(SP)又はリーダー配列と天然には結合していない、前記単離又は組換え核酸。
【請求項121】
請求項1記載の配列を含む、セルラーゼ活性及びシグナル配列を有するポリペプチドをコードする配列を含む単離又は組換え核酸。
【請求項122】
シグナル配列が、別のセルラーゼ又は非セルラーゼ酵素由来である、請求項121記載の単離又は組換え核酸。
【請求項123】
シグナル配列を含まず、請求項1記載の配列を含み、セルラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする配列を含む、単離又は組換え核酸。
【請求項124】
セルラーゼをグリコシル化することを含む、セルラーゼポリペプチドの耐熱性又は熱安定性を増加させる方法であって、前記ポリペプチドは、請求項48記載のポリペプチドの少なくとも30個の隣接するアミノ酸を含む、又は、請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、それによってセルラーゼの耐熱性又は熱安定性を増加させる、前記方法。
【請求項125】
請求項1記載の核酸配列を含むベクターを発現することを含む、細胞で組換えセルラーゼを過剰発現させる方法であって、前記過剰発現が高活性プロモーター、2シストロンベクターの使用により、又はベクターの遺伝子増幅により行われる、前記方法。
【請求項126】
トラスジェニック植物を作製する方法であって、
(a)請求項1記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それによって形質転換植物細胞を産生する工程;
(b)前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を産生する工程を含み、
場合により、工程(a)が植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーション又はマイクロインジェクションにより異種核酸配列を導入することを更に含み、
場合により、工程(a)がDNA粒子衝撃により、又はアグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefacien)宿主を使用することにより前記異種核酸配列を植物組織に直接導入することを含む、
前記方法。
【請求項127】
植物細胞において異種核酸配列を発現させる方法であって、
(a)プロモーターに機能的に結合した、請求項1記載の配列を含む異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程;
(b)前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現する条件下で植物を生長させる工程
を含む、前記方法。
【請求項128】
グルカンを含む又はセルロースを含む組成物を加水分解する、分解する、又は破壊する方法であって、
(a)請求項48記載のセルラーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程;
(b)セルロース又はグルカンを含む組成物を提供する工程;及び
(c)工程(a)のポリペプチドを、セルラーゼがグルカンを含む又はセルロースを含む組成物を加水分解する、分解する、又は破壊する条件下で、工程(b)の組成物と接触させる工程を含み、
場合により、前記組成物が植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は動物細胞を含み、
場合により、前記ポリペプチドがエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、
前記方法。
【請求項129】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、生地又はパン製品であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記生地又はパン製品。
【請求項130】
生地又はパン製品を、生地をコンディショニングするのに十分な条件下で、請求項48記載の少なくとも1つのポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドと接触させることを含む、生地のコンディショニング方法。
【請求項131】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む飲料であって、場合により、前記ポリペプチドがエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記飲料。
【請求項132】
請求項48記載の少なくとも1つのポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを、飲料の粘度を減少するのに十分な条件下で飲料又は飲料前駆体に投与することを含む飲料製造方法であって、
場合により前記飲料又は飲料前駆体が麦芽汁又はビールである、
前記方法。
【請求項133】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、食物、飼料又は栄養補助食品であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記食物、飼料又は栄養補助食品。
【請求項134】
動物用食餌に栄養補助食品としてセルラーゼを利用する方法であって、
請求項48記載のポリペプチドの少なくとも30個の隣接するアミノ酸又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むセルラーゼ酵素を含有する栄養補助食品を調製すること;及び
前記栄養補助食品を動物に投与して、動物により摂取される飼料又は食物に含有されたキシランの利用性を増やすこと、を含み、
場合により、前記動物がヒトであるか、又は前記動物が反芻若しくは単胃動物であり、
場合により、前記セルラーゼ酵素が細菌、酵母、植物、昆虫、真菌及び動物からなる群より選択される生物におけるセルラーゼをコードするポリヌクレオチドの発現により調製され、場合により、前記生物がS.ポンベ(S. pombe), S.セレビシアエ(S. cerevisiae), ピキア・パストリス(Pichia pastoris), 大腸菌(E. coli), ストレプトミセス種(Streptomyces sp.),バチルス種( Bacillus sp.)及びラクトバチルス種(Lactobacillus sp)からなる群より選択される、
前記方法。
【請求項135】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、食用酵母送達マトリックス又はペレットであって、場合により、ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記食用酵母送達マトリックス又はペレット。
【請求項136】
顆粒食用担体及び熱安定性組換えセルラーゼ酵素を含む食用酵素送達マトリックス又はペレットを調製すること、及び、前記食用酵素送達マトリックス又はペレットを動物に投与すること、を含む、セルラーゼ補助食品を動物に送達する方法であって、前記ペレットは、含有されているセルラーゼ酵素を水性媒体に容易に分散し、前記組換えセルラーゼ酵素は、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、
場合により、前記顆粒食用担体は穀物胚、油抜きした穀物胚、干し草、アルファルファ、オオアワガエリ、ダイズ殻、ヒマワリ種子粗粉及びコムギふすまをから選ばれる担体を含み、
場合により、前記食用担体は油抜きした穀物胚を含み、
場合により、前記セルラーゼ酵素はグリコシル化されてペレット化条件下で熱安定性を提供し、
場合により、前記送達マトリックスは穀物胚及びセルラーゼを含む混合物をペレット化して形成され、
場合により、前記ペレット化の条件は蒸気の適用を含み、場合により、前記ペレット化の条件は約80℃を越える温度を約5分間適用することを含み、前記酵素が酵素の1mgあたり少なくとも350〜約900単位の比活性を保持する、
前記方法。
【請求項137】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むセルロース組成物又はセルロース誘導体組成物であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、
前記セルロース組成物又はセルロース誘導体組成物。
【請求項138】
請求項48記載のセルラーゼ又は請求項1記載の核酸によってコードされるセルラーゼを含む、木材、木材パルプ又は木材製品であって、場合により、前記セルラーゼの活性がエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む、前記木材、木材パルプ又は木材製品。
【請求項139】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、紙、紙パルプ、又は紙製品であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記紙、紙パルプ、又は紙製品。
【請求項140】
紙、木材又は木材製品を、請求項48記載のセルラーゼ又は請求項1記載の核酸によってコードされるセルラーゼと接触させることを含む、紙、木材又は木材製品においてセルロースの量を低減する方法であって、場合により、前記セルラーゼの活性がエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む、前記方法。
【請求項141】
請求項48記載のセルラーゼ又は請求項1記載の核酸によってコードされるセルラーゼを含む洗剤組成物であって、場合により、前記ポリペプチドが非水性液体組成物、注型成形固体、顆粒形態、粒状形態、圧縮錠剤、ゲル形態、ペースト又はスラリー形態として配合され、
場合により、前記セルラーゼの活性がエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む、
前記洗剤組成物。
【請求項142】
請求項48記載のセルラーゼ又は請求項1記載の核酸によってコードされるセルラーゼを含む医薬組成物又は栄養補助食品であって、
場合により、前記セルラーゼが錠剤、ゲル剤、丸剤、移植錠、液剤、噴霧剤、粉末剤、食物、飼料ペレットとして又はカプセル剤として処方され、
場合により、前記セルラーゼ活性がエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む、
前記医薬組成物又は栄養補助食品。
【請求項143】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む燃料であって、
場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有し、
場合により、ジャガイモ、ダイズ(ナタネ)、オオムギ、ライムギ、トウモロコシ、オートムギ、コムギ、ビート又はサトウキビを含む植物材料由来であり、
場合により、バイオエタノール又はガソリン−エタノール混合を含む、
前記燃料。
【請求項144】
セルロース又は発酵性糖を含む組成物を、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドと接触させることを含む、燃料を作製する方法であって、
場合により、前記セルロース又は発酵性糖を含む組成物が、植物、植物生成物又は植物由来物を含み、場合により、前記植物又は植物生成物はサトウキビ若しくはサトウキビ生成物、ビート若しくはサトウダイコン、コムギ、トウモロコシ、ダイズ、ジャガイモ、イネ又はオオムギを含み、
場合により、前記ポリペプチドはセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有し、
場合により、前記燃料がバイオエタノール又はガソリン−エタノール混合物を含む、
前記方法。
【請求項145】
セルロース又は発酵性糖を含む組成物を、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドと接触させることを含む、バイオエタノールを作製する方法であって、
場合により、前記セルロース又は発酵性糖を含む組成物は植物、植物生成物又は植物由来物を含み、場合により、植物又は植物生成物がサトウキビ若しくはサトウキビ生成物、ビート若しくはサトウダイコン、コムギ、トウモロコシ、ダイズ、ジャガイモ、イネ又はオオムギを含み、
場合により、前記ポリペプチドが、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、
前記方法。
【請求項146】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、セルロース及びヘミセルロースポリマーを代謝可能な炭素部分に脱重合する酵素集合物であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、
前記酵素集合物。
【請求項147】
セルロース又は発酵性糖を含む組成物を、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドと接触させることを含む、バイオマス材料を加工する方法であって、
場合により、リグノセルロースを含む前記バイオマス材料が、農作物由来であるか、食物若しくは飼料製造の副産物であるか、リグノセルロース廃棄物であるか、又は植物残渣若しくは、古紙、古紙生成物であり、
場合により、前記ポリペプチドはセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有し、
場合により、前記植物残渣は茎、葉、殻、皮、穂軸、木材、木材チップ、木材パルプ及びおがくずを含み、
場合により、前記古紙が、破棄又は使用済みコピー用紙、コンピュータのプリンタ用紙、ノート用紙、メモパッド用紙、タイプライター用紙、新聞紙、雑誌、厚紙及び紙系包装材料を含み、
場合により、前記バイオマス材料の加工がバイオエタノールを生成する、
前記方法。
【請求項148】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む酪農製品であって、場合により、前記酪農製品は牛乳、アイスクリーム、チーズ又はヨーグルトを含み、場合により、前記ポリペプチドはセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、前記酪農製品。
【請求項149】
酪農製品の触感及び風味を改善する方法であって、(a)請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程;(b)酪農製品を提供する工程;及び(c)工程(a)のポリペプチドを、セルロースが酪農製品の触感及び風味を改善できる条件下で工程(b)の酪農製品と接触させる工程を含む、前記方法。
【請求項150】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む織物又は布地であって、場合により、織物又は布地はセルロース含有繊維を含み、場合により、前記ポリペプチドはセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、前記織物又は布地。
【請求項151】
固体又は液体の動物の排泄物を処理する方法であって、
(a)場合により、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程;
(b)固体又は液体の動物の排泄物を提供する工程;及び
(c)工程(a)のポリペプチドを、プロテアーゼが排泄物を処理できる条件下で工程(b)の固体又は液体の排泄物と接触させる工程
を含む、前記方法。
【請求項152】
請求項48記載のポリペプチド又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む処理済み廃棄物であって、場合により、前記ポリペプチドがセルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、前記処理済み廃棄物。
【請求項153】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドを含む消毒剤であって、前記ポリペプチドが、請求項48記載の配列を含むか又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、場合により、前記ポリペプチドがエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を含む活性を有する、前記消毒剤。
【請求項154】
セルラーゼ活性を有するポリペプチドを含む対生物防御剤又はバイオ解毒剤であって、前記ポリペプチドは請求項48記載の配列又は請求項1記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、場合により、前記ポリペプチドはエンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、マンナナーゼ及び/又はβ−グルコシダーゼ活性を有する、前記対生物防御剤又はバイオ解毒剤。
【請求項155】
配列番号163の少なくとも1つのヌクレオチド塩基残基改変を含む配列を有する単離又は組換え核酸であって、前記改変が以下の1以上を含む、前記単離又は組換え核酸:
位置265〜267のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGとなる改変;
位置307〜309のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGとなる改変;
位置328〜330のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGとなる改変;
位置340〜342のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてTTA、TTG、CTT、CTC、CTA若しくはCTGとなる改変;
位置469〜471のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてTCT、TCC、TCA、TCG、AGT若しくはAGCとなる改変;
位置1441〜1443のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてTTT若しくはTTCとなる改変;
位置1648〜1650のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてAAT若しくはAACとなる改変;又は
位置1768〜1770のいずれか1つのヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGとなる改変。
【請求項156】
配列番号164の少なくとも1つのアミノ酸残基改変を含む配列を有する単離又は組換えポリペプチドであって、前記改変が以下の1以上の改変を含む、前記単離又は組換えポリペプチド:
アミノ酸位置89のメチオニンがアルギニンになる改変;
アミノ酸位置103のフェニルアラニンがグリシンになる改変;
アミノ酸位置110のプロリンがグリシンになる改変;
アミノ酸位置114のチロシンがロイシンになる改変;
アミノ酸位置157のアラニンがセリンになる改変;
アミノ酸位置481のトリプトファンがフェニルアラニンになる改変;
アミノ酸位置550のプロリンがアスパラギンなる改変;又は
アミノ酸位置590のグリシンがアルギニンになる改変。
【請求項157】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163又は配列番号165のヌクレオチド残基配列改変を含む配列を有する単離又は組換え核酸であって、前記改変が以下の1以上の改変を含む、前記単離又は組換え核酸:
配列番号163の位置265〜267のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGになる改変;
配列番号163の位置307〜309のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGになる改変;
配列番号163の位置328〜330のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGになる改変;
配列番号163の位置340〜342のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTTA、TTG、CTT、CTC、CTA若しくはCTGになる改変;
配列番号163の位置469〜471のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTCT、TCC、TCA、TCG、AGT若しくはAGCになる改変;
配列番号163の位置1441〜1443のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTTT若しくはTTCになる改変;
配列番号163の位置1648〜1650のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてAAT若しくはAACになる改変;又は
配列番号163の位置1768〜1770のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGになる改変。
【請求項158】
請求項1記載の核酸のヌクレオチド塩基残基改変を含む配列を有する単離又は組換え核酸であって、前記改変が、以下の1以上の改変を含む、前記単離又は組換え核酸:
配列番号163の位置265〜267のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGになる改変;
配列番号163の位置307〜309のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGになる改変;
配列番号163の位置328〜330のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてGGT、GGC、GGA若しくはGGGになる改変;
配列番号163の位置340〜342のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTTA、TTG、CTT、CTC、CTA若しくはCTGになる改変;
配列番号163の位置469〜471のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTCT、TCC、TCA、TCG、AGT若しくはAGCになる改変;
配列番号163の位置1441〜1443のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてTTT若しくはTTCになる改変;
配列番号163の位置1648〜1650のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてAAT若しくはAACになる改変;又は
配列番号163の位置1768〜1770のいずれか1つに相当するヌクレオチドが改変されてCGT、CGC、CGA、CGG、AGA若しくはAGGになる改変。
【請求項159】
配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号143、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164又は配列番号166のアミノ酸残基改変を含む配列を有する単離又は組換えポリペプチドであって、前記改変が、以下の1以上の改変を含む、前記単離又は組換えポリペプチド:
配列番号164の位置89のアミノ酸のメチオニンに相当するアミノ酸がアルギニンになる改変;
配列番号164の位置103のアミノ酸のフェニルアラニンに相当するアミノ酸がグリシンになる改変;
配列番号164の位置110のアミノ酸のプロリンに相当するアミノ酸がグリシンになる改変;
配列番号164の位置114のアミノ酸のチロシンに相当するアミノ酸がロイシンになる改変;
配列番号164の位置157のアミノ酸のアラニンに相当するアミノ酸がセリンになる改変;
配列番号164の位置481のアミノ酸のトリプトファンに相当するアミノ酸がフェニルアラニンになる改変;
配列番号164の位置550のアミノ酸のプロリンに相当するアミノ酸がアスパラギンになる改変;又は
配列番号164の位置590のアミノ酸のグリシンに相当するアミノ酸がアルギニンになる改変。
【請求項160】
請求項48記載のポリペプチドのアミノ酸残基改変を含む配列を有する単離又は組換えポリペプチドであって、前記改変が以下の1以上を含む、前記単離又は組換えポリペプチド:
配列番号164の位置89のアミノ酸のメチオニンに相当するアミノ酸がアルギニンになる改変。;
配列番号164の位置103のアミノ酸のフェニルアラニンに相当するアミノ酸がグリシンになる改変。;
配列番号164の位置110のアミノ酸のプロリンに相当するアミノ酸がグリシンになる改変。;
配列番号164の位置114のアミノ酸のチロシンに相当するアミノ酸がロイシンになる改変;
配列番号164の位置157のアミノ酸のアラニンに相当するアミノ酸がセリンになる改変;
配列番号164の位置481のアミノ酸のトリプトファンに相当するアミノ酸がフェニルアラニンになる改変;
配列番号164の位置550のアミノ酸のプロリンに相当するアミノ酸がアスパラギンになる改変;又は
配列番号164の位置590のアミノ酸のグリシンに相当するアミノ酸がアルギニンになる改変。
【請求項161】
請求項48記載の単離又は組換えポリペプチドであって、
(i)配列番号164に記載の配列を有するポリペプチドがアルカリエンドグルカナーゼ/セルラーゼ活性を有するか、
(ii)配列番号110に記載の配列を有するポリペプチドがキシラナーゼ活性を有するか、
(iii)配列番号12に記載の配列を有するポリペプチドがNAD結合オキシドレダクターゼ活性を有するか、
(iv)配列番号118に記載の配列を有するポリペプチドが短鎖デヒドロゲナーゼ活性を有するか、
(v)配列番号14に記載の配列を有するポリペプチドがNADH依存性デヒドロゲナーゼ活性を有するか、
(vi)配列番号138に記載の配列を有するポリペプチドがペプチダーゼ活性を有するか、
(vii)配列番号162に記載の配列を有するポリペプチドがアルカリエンドグルカナーゼ活性を有するか、
(viii)配列番号42に記載の配列を有するポリペプチドがシステイニルtRNAシンセターゼ活性を有するか、
(viii)配列番号32に記載の配列を有するポリペプチドがセロデキストリンホスホリラーゼ活性を有するか、
(ix)配列番号50に記載の配列を有するポリペプチドがfdhd/narqオキシドレダクターゼ活性を有するか、
(x)配列番号54に記載の配列を有するポリペプチドがラジカルS−アデノシルメチオニン(SAM)メチルトランスフェラーゼ活性を有するか、又は
(xi)配列番号58に記載の配列を有するポリペプチドがサブチリシン様プロテアーゼ活性を有する、
前記単離又は組換えポリペプチド。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【公表番号】特表2008−538176(P2008−538176A)
【公表日】平成20年10月16日(2008.10.16)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2008−501875(P2008−501875)
【出願日】平成18年1月13日(2006.1.13)
【国際出願番号】PCT/US2006/002516
【国際公開番号】WO2006/101584
【国際公開日】平成18年9月28日(2006.9.28)
【出願人】(503089489)ヴェレニウム コーポレイション (31)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成20年10月16日(2008.10.16)
【国際特許分類】
【出願日】平成18年1月13日(2006.1.13)
【国際出願番号】PCT/US2006/002516
【国際公開番号】WO2006/101584
【国際公開日】平成18年9月28日(2006.9.28)
【出願人】(503089489)ヴェレニウム コーポレイション (31)
【Fターム(参考)】
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