タンパク質の官能性の調節
特定の天然に存在するタンパク質と相互作用できる分子の合理的な同定のための新規の方法が、新しい薬学的に重要な化合物と治療のための使用方法をもたらすために、提供される。概して、この方法は、関心のある特定のタンパク質の一部を構成するスイッチ制御リガンドを同定するステップ、及び、タンパク質の一部を構成し、該スイッチ制御リガンドと相互作用をする相補的なスイッチ制御ポケットをも同定するステップを含む。リガンドはイン・ビボでポケットと相互作用して、リガンド−ポケット相互作用があるときにはタンパク質が第一のコンホメーション及び最初の生物学的活性を有し、リガンド−ポケット相互作用がないときには第二の異なるコンホメーション及び生物学的活性を有するような、タンパク質のコンホメーション及び生物学的活性を調節する。次には、第一及び第二のコンホメーションにおける該タンパク質のそれぞれのサンプルが提供され、これらが１又は２以上の小分子候補に対して、分子とサンプルを接触することによって、スクリーニングされる。その結果、タンパク質とポケット部分で結合する小分子が同定されるだろう。新規のタンパク質−モジュレータのアダクト体及びタンパク質の活性を変える方法もまた提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
スイッチ制御ポケットとスイッチ制御リガンドを備えた天然タンパク質と、このタンパク質のスイッチ制御ポケットに結合している非天然分子を含むタンパク質・モジュレータ・アダクトであって、この分子が、上記タンパク質のコンホメーションを誘導または制限することによって上記タンパク質の生物学的活性を少なくとも部分的に調節する役目をはたし、上記スイッチ制御ポケットは、対応する修飾可能な残基と結合して上記スイッチ制御リガンドの一部分を形成する、複数のコンホメーション制御アミノ酸残基を有し、上記分子は、スイッチポケットによるコンホメーション制御アミノ酸残基またはスイッチ制御リガンド修飾アミノ酸残基からとられる少なくとも１つのアミノ酸残基に結合するアダクト。
【請求項２】
前記分子が、前記タンパク質のコンホメーションの変化を誘導する役目をはたしている請求項１記載のアダクト。
【請求項３】
前記分子が、前記タンパク質のコンホメーションの変化を制限する役目をはたしている請求項１記載のアダクト。
【請求項４】
前記リガンドが、インビボで前記ポケットと相互作用して、前記タンパク質のコンホメーションおよび生物学的活性を調節しており、調節は、リガンドとポケットが相互に作用すると、上記タンパク質が、第一コンホメーションおよび第一生物学的活性を示し、リガンドとポケットが相互に作用しない場合には、第二の、上記とは異なるコンホメーションおよび生物学的活性を示すよう進行するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項５】
前記ポケットが、オンのポケットであり、前記分子が、アゴニストとして、前記タンパク質のこのオンのポケットの領域に結合するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項６】
前記ポケットが、オンのポケットであり、前記分子が、アンタゴニストとして、前記タンパク質のこのオンのポケットの領域に結合するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項７】
前記ポケットが、オフのポケットであり、前記分子が、アゴニストとして、前記タンパク質のこのオフのポケットの領域に結合するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項８】
前記ポケットが、オフのポケットであり、前記分子が、アンタゴニストとして、前記タンパク質のこのオフのポケットの領域に結合するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項９】
前記タンパク質が、酵素、受容体、シグナル伝達タンパク質よりなる群から選ばれる請求項１記載のアダクト。
【請求項１０】
前記タンパク質が、キナーゼ、ホスファターゼ、ホスホジエステラーゼ、プロテアーゼ、スルホトランスフェラーゼ、スルファターゼ、転写因子、核ホルモン受容体、Ｇタンパク質結合受容体、Ｇタンパク質、ＧＴＰアーゼ、ホルモン、ポリメラーゼ、およびヌクレオチド調節部位を含む他のタンパク質よりなる群から選ばれる請求項９記載のアダクト。
【請求項１１】
前記タンパク質の分子量が、少なくとも約１５ｋＤａである請求項１記載のアダクト。
【請求項１２】
前記分子量が、約３０ｋＤａを超えるものである請求項１１記載のアダクト。
【請求項１３】
前記タンパク質が、キナーゼタンパク質である請求項１記載のアダクト。
【請求項１４】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、タンパク質に結合した非天然分子を含む天然タンパク質を備え、タンパク質のコンホメーションを誘導または制限することにより上記タンパク質を少なくとも部分的に調整する役目を果たし、上記タンパク質は第１、第２、または第３配列のアミノ酸残基を内部に有し、上記第１配列のアミノ酸残基はスイッチ制御リガンドの1部を形成し、２つの各状態の間でインビボで個別に修飾可能であり、上記第１配列のアミノ酸残基は、上記の２つの状態の１方にあるときは上記第２配列のアミノ酸残基と結合し、上記第１配列のアミノ酸残基は、上記の２つの状態の他方にあるときは上記第３配列のアミノ酸残基と結合し、上記分子は第１第２または第３配列のアミノ酸残基の少なくとも１つと結合している、タンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項１５】
前記第１配列を構成する前記残基のすべてが実質的に前記２つの各状態の間で修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項１６】
前記第１配列のアミノ酸残基のいくつかは前記第１配列の他のアミノ酸とは別個に修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項１７】
前記第１配列のアミノ酸残基と前記第２配列のアミノ酸残基との結合は前記タンパク質の第１コンホメーションに対応し、上記第１配列のアミノ酸残基と上記第３配列のアミノ酸残基との結合は上記タンパク質の第２の、異なるコンホメーションに対応する請求項１４記載のアダクト。
【請求項１８】
前記第１配列のアミノ酸残基は、リン酸化、硫酸化、脂肪酸アシル化、プレニル化、グリコシル化、カルボキシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項１９】
前記第１配列のアミノ酸残基の各々はリン酸化、硫酸化、脂肪酸アシル化、プレニル化、グリコシル化、カルボキシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能であり、その際上記第１配列の残基の各々は同じ方法（modality）によって修飾可能である請求項１８記載のアダクト。
【請求項２０】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つはリン酸化、硫酸化、脂肪酸アシル化、プレニル化、グリコシル化、カルボキシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能であり、上記第１配列のアミノ酸残基の他のものは上記少なくとも１つのアミノ酸残基とは異なる方法によって修飾可能である請求項１８記載のアダクト。
【請求項２１】
前記分子は前記第２、または第３配列の少なくとも１つのアミノ残基と結合する請求項１８記載のアダクト。
【請求項２２】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つは過渡的に修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項２３】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つは実質的に永久的に修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項２４】
前記分子は前記第１配列のアミノ酸残基と結合し、該結合の1部として、第１配列の残基を化学的に修飾し、該残基のスイッチ状態を変化させる請求項１４記載のアダクト。
【請求項２５】
前記第１配列のアミノ酸残基はニトロシル化によって修飾可能であり、前記分子はニトロシル基を除去する請求項２４記載のアダクト。
【請求項２６】
前記第１配列の前記アミノ酸残基はその中の酸化によって修飾可能であり、前記分子は酸素ラジカルを除去する請求項２４記載のアダクト。
【請求項２７】
前記分子は前記第１配列のアミノ酸残基と結合し、該結合の1部として、前記残基の状態を変更させるために、修飾モイエティ（部分）の添加により上記残基を化学的に修飾する請求項１４記載のアダクト。
【請求項２８】
前記分子はその中の前記第１配列の前記アミノ酸残基を酸化する請求項２７記載のアダクト。
【請求項２９】
前記第１配列のアミノ酸残基は、突然変異によって不可逆修飾されたアミノ酸残基を含む請求項１４記載のアダクト。
【請求項３０】
前記分子は前記第２または第３配列の少なくとも１つのアミノ酸残基と結合する請求項１４記載のアダクト。
【請求項３１】
前記分子は前記第１、第２または第３配列の複数の残基と結合する請求項１４記載のアダクト。
【請求項３２】
前記分子は前記第２または第３配列の複数の残基と結合する請求項３１記載のアダクト。
【請求項３３】
前記分子は前記第２配列の１つまたはそれ以上の残基と結合する請求項１４記載のアダクト。
【請求項３４】
前記分子は前記第３配列の１つまたはそれ以上の残基と結合する請求項１４記載のアダクト。
【請求項３５】
前記タンパク質はキナーゼタンパク質である請求項１４記載のアダクト。
【請求項３６】
前記第１配列のアミノ酸残基はリン酸化、脂肪酸アシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能である請求項３５記載のアダクト。
【請求項３７】
前記第１配列のアミノ酸残基の各々はリン酸化、脂肪酸アシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能であり、その際上記第１配列の残基の各々は同じ方法（modality）によって修飾可能である請求項３６記載のアダクト。
【請求項３８】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つはリン酸化、脂肪酸アシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能であり、上記第１配列のアミノ酸残基の他のものは上記少なくとも１つのアミノ酸残基とは異なる方法によって修飾可能である請求項３６記載のアダクト。
【請求項３９】
前記分子は前記第１配列の少なくとも１つのアミノ残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項４０】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つは過渡的に修飾可能である請求項３６記載のアダクト。
【請求項４１】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つは実質的に永久的に修飾可能である請求項３６記載のアダクト。
【請求項４２】
前記分子は前記第１配列のアミノ酸残基と結合し、該結合の1部として、第１配列の残基を化学的に修飾し、該残基のスイッチ状態を変化させる請求項３６記載のアダクト。
【請求項４３】
前記第１配列の前記アミノ酸残基はニトロシル化によって修飾可能であり、前記分子はニトロシル基を除去する請求項４２記載のアダクト。
【請求項４４】
前記第１配列の前記アミノ酸残基はその中の酸化によって修飾可能であり、前記分子は酸素ラジカルを除去する請求項４２記載のアダクト。
【請求項４５】
前記分子は前記第１配列のアミノ酸残基と結合し、該結合の1部として、前記残基の状態を変更させるために、修飾モイエティの添加により上記残基を化学的に修飾する請求項３６記載のアダクト。
【請求項４６】
前記分子はその中の前記第１配列の前記アミノ酸残基を酸化する請求項４５記載のアダクト。
【請求項４７】
前記第１配列のアミノ酸残基は、突然変異によって不可逆修飾されたアミノ酸残基を含む請求項３６記載のアダクト。
【請求項４８】
前記分子は前記第２または第３配列の少なくとも１つのアミノ酸残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項４９】
前記分子は前記第１、第２または第３配列の複数の残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項５０】
前記分子は前記第２または第３配列の複数の残基と結合する請求項４９記載のアダクト。
【請求項５１】
前記分子は前記第２配列の１つまたはそれ以上の残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項５２】
前記分子は前記第３配列の１つまたはそれ以上の残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項５３】
前記キナーゼタンパク質はｐ３８−αキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項５４】
前記分子は前記タンパク質のアルギニン７０および／またはアルギニン６７のいずれかに結合する請求項５３記載のアダクト。
【請求項５５】
前記分子はアルギニン７０またはアルギニン６７のグアニジルモイエティと結合する請求項５４記載のアダクト。
【請求項５６】
前記分子は、グルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、トレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項５３記載のアダクト。
【請求項５７】
前記分子は、グルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、トレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項５５記載のアダクト。
【請求項５８】
前記分子はチロシン３５と結合する請求項５３記載のアダクト。
【請求項５９】
前記分子は、アルギニン７０および／またはアルギニン６７のいずれか、およびグルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、トレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項５８記載のアダクト。
【請求項６０】
前記キナーゼは野生型のＢｒａｆキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項６１】
前記分子はアスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２の１つまたはそれ以上と結合する請求項６０記載のアダクト。
【請求項６２】
前記分子は、アラニン４９６、バリン５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項６１記載のアダクト。
【請求項６３】
前記キナーゼは発癌性Ｖ５９９Ｅ Ｂｒａｆキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項６４】
前記分子はアスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２の１つまたはそれ以上と結合する請求項６３記載のアダクト。
【請求項６５】
前記分子は、アラニン４９６、グルタミン酸５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項６４記載のアダクト。
【請求項６６】
前記分子はグルタミン酸５９９と結合する請求項６３記載のアダクト。
【請求項６７】
前記分子は、アスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２の１つまたはそれ以上、およびアラニン４９６、グルタミン酸５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項６６記載のアダクト。
【請求項６８】
前記タンパク質は野生型のｃ−Ａｂｌキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項６９】
前記分子はアルギニン４０５またはグルタミン酸３０１の１つまたはそれ以上と結合する請求項６８記載のアダクト。
【請求項７０】
前記分子が、グルタミン酸３０５、フェニルアラニン４０１、リシン２９０、バリン３１８、イソロイシン３３２、トレオニン３３４、バリン３０８、イソロイシン３１２、ロイシン３１７、ロイシン３７３、およびヒスチジン３８０の１つまたはそれ以上と更に結合する請求項６９記載のアダクト。
【請求項７１】
前記タンパク質が発癌性Ｂｃｒ−Ａｂｌキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項７２】
前記分子がアルギニン４０５またはグルタミン酸３０１の１つまたはそれ以上と結合する請求項７１記載のアダクト。
【請求項７３】
前記分子が、グルタミン酸３０５、フェニルアラニン４０１、リシン２９０、バリン３１８、イソロイシン３３２、トレオニン３３４、バリン３０８、イソロイシン３１２、ロイシン３１７、ロイシン３７３、およびヒスチジン３８０の１つまたはそれ以上と更に結合する請求項７２記載のアダクト。
【請求項７４】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、ｐ３８−αキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子は上記タンパク質のアルギニン７０および／またはアルギニン６７のいずれかに結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項７５】
前記分子はアルギニン７０またはアルギニン６７のいずれかのグアニジルモイエティと結合する請求項７４記載のアダクト。
【請求項７６】
前記分子は、グルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、およびトレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項７４記載のアダクト。
【請求項７７】
前記分子は、グルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、トレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項７５記載のアダクト。
【請求項７８】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、ｐ３８−αキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はチロシン３５に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項７９】
前記分子は、アルギニン７０および／またはアルギニン６７のいずれか、およびグルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、およびトレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項７８記載のアダクト。
【請求項８０】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、野生型Ｂｒａｆキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はアスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８１】
前記分子は、アラニン４９６、バリン５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくとも数ある種の残基と更に結合する請求項８０記載のアダクト。
【請求項８２】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、発癌性Ｖ５９９Ｅ Ｂｒａｆキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はアスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２のいずれか１つまたはそれ以上と結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８３】
前記分子は、アラニン４９６、グルタミン酸５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項８２記載のアダクト。
【請求項８４】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、発癌性Ｖ５９９Ｅ Ｂｒａｆキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はグルタミン酸５９９に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８５】
前記分子は、アラニン４９６、グルタミン酸５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項８４記載のアダクト。
【請求項８６】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、野生型Ｂｒａｆキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はアルギニン４０５またはグルタミン酸３０１に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８７】
前記分子が、グルタミン酸３０５、フェニルアラニン４０１、リシン２９０、バリン３１８、イソロイシン３３２、トレオニン３３４、バリン３０８、イソロイシン３１２、ロイシン３１７、ロイシン３７３、およびヒスチジン３８０の１つまたはそれ以上と更に結合する請求項８６記載のアダクト。
【請求項８８】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、発癌性Ｂｃｒ−Ａｂｌキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はアルギニン４０５またはグルタミン酸３０１に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８９】
前記分子が、グルタミン酸３０５、フェニルアラニン４０１、リシン２９０、バリン３１８、イソロイシン３３２、トレオニン３３４、バリン３０８、イソロイシン３１２、ロイシン３１７、ロイシン３７３、およびヒスチジン３８０の１つまたはそれ以上と更に結合する請求項８８記載のアダクト。
【請求項９０】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、Ａ鎖およびＢ鎖を持つカスパーゼ（ｃａｓｐａｓｅ）−７ 二量体プロテアーゼと、上記プロテアーゼに結合した非天然分子を含み、該分子は上記二量体プロテアーゼのＡ鎖由来のシスチン２９０および／または上記二量体プロテアーゼのＢ鎖由来のシスチン２９０−プライムに結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項９１】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、Ａ鎖およびＢ鎖を持つカスパーゼ−７ 二量体プロテアーゼと、上記プロテアーゼに結合した非天然分子を含み、該分子は上記二量体プロテアーゼのＡ鎖由来のＳ−ニトロシル シスチン２９０および／または上記二量体プロテアーゼのＢ鎖由来のＳ−ニトロシル シスチン２９０−プライムに結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項９２】
タンパク質の生物学的活性を変更する方法であって、
スイッチ制御ポケットを備えた天然タンパク質と、
スイッチ制御リガンドとを用意する工程、
上記スイッチ制御ポケットは、対応する修飾可能な残基と結合して上記スイッチ制御リガンドの一部分を形成する、複数のコンホメーション制御アミノ酸残基を有し、
上記タンパク質を、非天然分子のモジュレータと接触させる工程、および
上記モジュレータを上記タンパク質の上記ポケットの領域に結合させて、タンパク質のコンホメーションの誘導または制限により、少なくとも部分的にタンパク質の生物学的活性を調節する工程、
上記分子は、スイッチポケットによるコンホメーション制御アミノ酸残基またはスイッチ制御リガンド修飾アミノ酸残基から取った少なくとも１つのアミノ酸残基に結合する、を含む方法。
【請求項９３】
タンパク質の生物学的活性を変更する方法であって、
第１、第２、および第３の各配列のアミノ酸残基を内部に有する上記タンパク質を含む天然タンパク質を用意する工程、
上記第１配列のアミノ酸残基はリガンドの1部を形成し、２つの各状態の間でインビボで個別に修飾可能であり、上記第１配列のアミノ酸残基は、上記の２つの状態の１方にあるときは上記第２配列のアミノ酸残基と結合し、上記第１配列のアミノ酸残基は、上記の２つの状態の他方にあるときは上記第３配列のアミノ酸残基と結合する、
上記タンパク質を、非天然分子のモジュレータと接触させる工程、および
上記モジュレータを上記タンパク質に結合させて、タンパク質のコンホメーションの誘導または制限により、少なくとも部分的にタンパク質の生物学的活性を調節する工程、
上記分子は第１第２または第３配列のアミノ酸残基の少なくとも１つと結合している、を含む方法。
【請求項９４】
前記タンパク質を非天然分子のモジュレータと接触させる工程は、上記タンパク質の第２の小型分子モジュレータの結合を誘導、相乗、または促進して、三元アダクトを形成し、このような同時進行（co-incident）結合の結果、どちらかの小型分子のみの作用によるタンパク質の生物学的調節特性と比べて、高いタンパク質の生物学的調節特性を示す、請求項９２記載の方法。
【請求項９５】
前記第２の小型分子は前記タンパク質の基質、コファクタ、または調節部位において相互作用し、前記第２の部位は前記第１の非天然分子のモジュレータと相互作用する前記スイッチ制御ポケットとは異なる、請求項９４記載の方法。
【請求項９６】
前記第２の小型分子は前記タンパク質のアロステリック部位において相互作用し、前記第２の部位は前記第１の非天然分子のモジュレータと相互作用する前記スイッチ制御ポケットとは異なる、請求項９４記載の方法。
【請求項９７】
前記第２の小型分子はＡＴＰコファクタ部位において相互作用する請求項９５記載の方法。
【請求項９８】
前記タンパク質はキナーゼである請求項９７記載の方法。
【請求項９９】
前記キナーゼはｃ−Ａｂｌキナーゼ、またはＢｃｒ−Ａｂｌキナーゼである請求項９８記載の方法。
【請求項１００】
前記第２の小型分子は、Ｎ− （４−メチル−３−（４−（ピリジン−３−イル）ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）−４−（（４−メチルピペラジン−ｌ− イル）メチル）ベンズアミド（グレエベクＧｌｅｅｖｅｃ）； Ｎ−（２−クロロ−６−メチルフェニル）−２−（６−（４−（２− ヒドロキシエチル）ピペラジン−ｌ−イル）−２−メチルピリミジン−４−イルアミノ）チアゾール−５−カルボキサミド （ＢＭＳ−３５４８２５）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３−（ヒドロキシメチル）フェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １６６３２６）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−８− メチル−２−（３−（メチルチオ）フェニルアミノ）ピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １７３９５５）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−フルオロ−３−メチルフェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ ｌ８０９７０）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−エトキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １７３９５８）； ６− （２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−フルオロフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン（ＰＤ １７３９５６）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−（２− （ジエチルアミノ）エトキシ）フェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １６６２８５）； ２−（４−（２−アミノエトキシ）フェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン； Ｎ−（３−（６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチル−７−オキソ−７，８−ジヒドロピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）アセトアミド （ＳＫＩ ＤＶ− ＭＯ１６）； ２−（４−アミノフェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチルピリド［２，３− ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ １−１０）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３− ヒドロキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ２−８９）； ２− （３−アミノフェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン− ７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ ２−４３）； Ｎ−（４−（６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチル−７−オキソ−７，８− ジヒドロピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）アセトアミド （ＳＫＩ ＤＶ−ＭＯ １７）； ６−（２，６− ジクロロフェニル）−２−（４−ヒドロキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）− オン （ＳＫＩ ＤＶ−Ｍ０１７）；または ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３−エチルフェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ ２ ８７）からとられる請求項９９記載の方法。
【請求項１０１】
前記タンパク質を非天然分子のモジュレータと接触させる工程は、上記タンパク質の第２の小型分子モジュレータの結合を誘導、相乗、または促進して、三元アダクトを形成し、このような同時進行（co-incident）結合の結果、どちらかの小型分子のみの作用によるタンパク質の生物学的調節特性と比べて、高いタンパク質の生物学的調節特性を示す、請求項９３記載の方法。
【請求項１０２】
前記第２の小型分子は前記タンパク質の基質、コファクタ、または調節部位において相互作用し、前記第２の部位は前記第１の非天然分子のモジュレータと相互作用する前記スイッチ制御ポケットとは異なる、請求項１０１記載の方法。
【請求項１０３】
前記第２の小型分子は前記タンパク質のアロステリック部位において相互作用し、前記第２の部位は前記第１の非天然分子のモジュレータと相互作用する前記スイッチ制御ポケットとは異なる、請求項１０１記載の方法。
【請求項１０４】
前記第２の小型分子はＡＴＰコファクタ部位において相互作用する請求項１０２記載の方法。
【請求項１０５】
前記タンパク質はキナーゼである請求項１０４記載の方法。
【請求項１０６】
前記キナーゼはｃ−Ａｂｌキナーゼ、またはＢｃｒ−Ａｂｌキナーゼである請求項１０５記載の方法。
【請求項１０７】
請求項１０６記載の方法で、
前記第２の小型分子は、Ｎ− （４−メチル−３−（４−（ピリジン−３−イル）ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）−４−（（４−メチルピペラジン−ｌ− イル）メチル）ベンズアミド（Ｇｒｅｅｖｅｃ）； Ｎ−（２−クロロ−６−メチルフェニル）−２−（６−（４−（２− ヒドロキシエチル）ピペラジン−ｌ−イル）−２−メチルピリミジン−４−イルアミノ）チアゾール−５−カルボキシアミド （ＢＭＳ−３５４８２５）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３−（ヒドロキシメチル）フェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １６６３２６）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−８− メチル−２−（３−（メチルチオ）フェニルアミノ）ピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １７３９５５）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−フルオロ−３−メチルフェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ ｌ８０９７０）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４− エトキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １７３９５８）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−フルオロフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン（ＰＤ １７３９５６）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−（２− （ジエチルアミノ）エトキシ）フェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １６６２８５）； ２−（４−（２−アミノエトキシ）フェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン； Ｎ−（３−（６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチル−７−オキソ−７，８−ジヒドロピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）アセトアミド （ＳＫＩ ＤＶ− ＭＯ１６）； ２−（４−アミノフェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチルピリド［２，３− ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ １−１０）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３− ヒドロキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ２−８９）； ２− （３−アミノフェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン− ７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ ２−４３）； Ｎ−（４−（６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチル−７−オキソ−７，８− ジヒドロピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）アセトアミド （ＳＫＩ ＤＶ−Ｍ０１７）； ６−（２，６− ジクロロフェニル）−２−（４−ヒドロキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）− オン （ＳＫＩ ＤＶ−Ｍ０１７）；または ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３−エチルフェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ ２ ８７）からとられる請求項１０６の方法。
【請求項１】
スイッチ制御ポケットとスイッチ制御リガンドを備えた天然タンパク質と、このタンパク質のスイッチ制御ポケットに結合している非天然分子を含むタンパク質・モジュレータ・アダクトであって、この分子が、上記タンパク質のコンホメーションを誘導または制限することによって上記タンパク質の生物学的活性を少なくとも部分的に調節する役目をはたし、上記スイッチ制御ポケットは、対応する修飾可能な残基と結合して上記スイッチ制御リガンドの一部分を形成する、複数のコンホメーション制御アミノ酸残基を有し、上記分子は、スイッチポケットによるコンホメーション制御アミノ酸残基またはスイッチ制御リガンド修飾アミノ酸残基からとられる少なくとも１つのアミノ酸残基に結合するアダクト。
【請求項２】
前記分子が、前記タンパク質のコンホメーションの変化を誘導する役目をはたしている請求項１記載のアダクト。
【請求項３】
前記分子が、前記タンパク質のコンホメーションの変化を制限する役目をはたしている請求項１記載のアダクト。
【請求項４】
前記リガンドが、インビボで前記ポケットと相互作用して、前記タンパク質のコンホメーションおよび生物学的活性を調節しており、調節は、リガンドとポケットが相互に作用すると、上記タンパク質が、第一コンホメーションおよび第一生物学的活性を示し、リガンドとポケットが相互に作用しない場合には、第二の、上記とは異なるコンホメーションおよび生物学的活性を示すよう進行するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項５】
前記ポケットが、オンのポケットであり、前記分子が、アゴニストとして、前記タンパク質のこのオンのポケットの領域に結合するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項６】
前記ポケットが、オンのポケットであり、前記分子が、アンタゴニストとして、前記タンパク質のこのオンのポケットの領域に結合するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項７】
前記ポケットが、オフのポケットであり、前記分子が、アゴニストとして、前記タンパク質のこのオフのポケットの領域に結合するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項８】
前記ポケットが、オフのポケットであり、前記分子が、アンタゴニストとして、前記タンパク質のこのオフのポケットの領域に結合するものである請求項１記載のアダクト。
【請求項９】
前記タンパク質が、酵素、受容体、シグナル伝達タンパク質よりなる群から選ばれる請求項１記載のアダクト。
【請求項１０】
前記タンパク質が、キナーゼ、ホスファターゼ、ホスホジエステラーゼ、プロテアーゼ、スルホトランスフェラーゼ、スルファターゼ、転写因子、核ホルモン受容体、Ｇタンパク質結合受容体、Ｇタンパク質、ＧＴＰアーゼ、ホルモン、ポリメラーゼ、およびヌクレオチド調節部位を含む他のタンパク質よりなる群から選ばれる請求項９記載のアダクト。
【請求項１１】
前記タンパク質の分子量が、少なくとも約１５ｋＤａである請求項１記載のアダクト。
【請求項１２】
前記分子量が、約３０ｋＤａを超えるものである請求項１１記載のアダクト。
【請求項１３】
前記タンパク質が、キナーゼタンパク質である請求項１記載のアダクト。
【請求項１４】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、タンパク質に結合した非天然分子を含む天然タンパク質を備え、タンパク質のコンホメーションを誘導または制限することにより上記タンパク質を少なくとも部分的に調整する役目を果たし、上記タンパク質は第１、第２、または第３配列のアミノ酸残基を内部に有し、上記第１配列のアミノ酸残基はスイッチ制御リガンドの1部を形成し、２つの各状態の間でインビボで個別に修飾可能であり、上記第１配列のアミノ酸残基は、上記の２つの状態の１方にあるときは上記第２配列のアミノ酸残基と結合し、上記第１配列のアミノ酸残基は、上記の２つの状態の他方にあるときは上記第３配列のアミノ酸残基と結合し、上記分子は第１第２または第３配列のアミノ酸残基の少なくとも１つと結合している、タンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項１５】
前記第１配列を構成する前記残基のすべてが実質的に前記２つの各状態の間で修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項１６】
前記第１配列のアミノ酸残基のいくつかは前記第１配列の他のアミノ酸とは別個に修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項１７】
前記第１配列のアミノ酸残基と前記第２配列のアミノ酸残基との結合は前記タンパク質の第１コンホメーションに対応し、上記第１配列のアミノ酸残基と上記第３配列のアミノ酸残基との結合は上記タンパク質の第２の、異なるコンホメーションに対応する請求項１４記載のアダクト。
【請求項１８】
前記第１配列のアミノ酸残基は、リン酸化、硫酸化、脂肪酸アシル化、プレニル化、グリコシル化、カルボキシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項１９】
前記第１配列のアミノ酸残基の各々はリン酸化、硫酸化、脂肪酸アシル化、プレニル化、グリコシル化、カルボキシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能であり、その際上記第１配列の残基の各々は同じ方法（modality）によって修飾可能である請求項１８記載のアダクト。
【請求項２０】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つはリン酸化、硫酸化、脂肪酸アシル化、プレニル化、グリコシル化、カルボキシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能であり、上記第１配列のアミノ酸残基の他のものは上記少なくとも１つのアミノ酸残基とは異なる方法によって修飾可能である請求項１８記載のアダクト。
【請求項２１】
前記分子は前記第２、または第３配列の少なくとも１つのアミノ残基と結合する請求項１８記載のアダクト。
【請求項２２】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つは過渡的に修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項２３】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つは実質的に永久的に修飾可能である請求項１４記載のアダクト。
【請求項２４】
前記分子は前記第１配列のアミノ酸残基と結合し、該結合の1部として、第１配列の残基を化学的に修飾し、該残基のスイッチ状態を変化させる請求項１４記載のアダクト。
【請求項２５】
前記第１配列のアミノ酸残基はニトロシル化によって修飾可能であり、前記分子はニトロシル基を除去する請求項２４記載のアダクト。
【請求項２６】
前記第１配列の前記アミノ酸残基はその中の酸化によって修飾可能であり、前記分子は酸素ラジカルを除去する請求項２４記載のアダクト。
【請求項２７】
前記分子は前記第１配列のアミノ酸残基と結合し、該結合の1部として、前記残基の状態を変更させるために、修飾モイエティ（部分）の添加により上記残基を化学的に修飾する請求項１４記載のアダクト。
【請求項２８】
前記分子はその中の前記第１配列の前記アミノ酸残基を酸化する請求項２７記載のアダクト。
【請求項２９】
前記第１配列のアミノ酸残基は、突然変異によって不可逆修飾されたアミノ酸残基を含む請求項１４記載のアダクト。
【請求項３０】
前記分子は前記第２または第３配列の少なくとも１つのアミノ酸残基と結合する請求項１４記載のアダクト。
【請求項３１】
前記分子は前記第１、第２または第３配列の複数の残基と結合する請求項１４記載のアダクト。
【請求項３２】
前記分子は前記第２または第３配列の複数の残基と結合する請求項３１記載のアダクト。
【請求項３３】
前記分子は前記第２配列の１つまたはそれ以上の残基と結合する請求項１４記載のアダクト。
【請求項３４】
前記分子は前記第３配列の１つまたはそれ以上の残基と結合する請求項１４記載のアダクト。
【請求項３５】
前記タンパク質はキナーゼタンパク質である請求項１４記載のアダクト。
【請求項３６】
前記第１配列のアミノ酸残基はリン酸化、脂肪酸アシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能である請求項３５記載のアダクト。
【請求項３７】
前記第１配列のアミノ酸残基の各々はリン酸化、脂肪酸アシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能であり、その際上記第１配列の残基の各々は同じ方法（modality）によって修飾可能である請求項３６記載のアダクト。
【請求項３８】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つはリン酸化、脂肪酸アシル化、ニトロシル化、シスチニル化、酸化、または突然変異によって修飾可能であり、上記第１配列のアミノ酸残基の他のものは上記少なくとも１つのアミノ酸残基とは異なる方法によって修飾可能である請求項３６記載のアダクト。
【請求項３９】
前記分子は前記第１配列の少なくとも１つのアミノ残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項４０】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つは過渡的に修飾可能である請求項３６記載のアダクト。
【請求項４１】
前記第１配列のアミノ酸残基の少なくとも１つは実質的に永久的に修飾可能である請求項３６記載のアダクト。
【請求項４２】
前記分子は前記第１配列のアミノ酸残基と結合し、該結合の1部として、第１配列の残基を化学的に修飾し、該残基のスイッチ状態を変化させる請求項３６記載のアダクト。
【請求項４３】
前記第１配列の前記アミノ酸残基はニトロシル化によって修飾可能であり、前記分子はニトロシル基を除去する請求項４２記載のアダクト。
【請求項４４】
前記第１配列の前記アミノ酸残基はその中の酸化によって修飾可能であり、前記分子は酸素ラジカルを除去する請求項４２記載のアダクト。
【請求項４５】
前記分子は前記第１配列のアミノ酸残基と結合し、該結合の1部として、前記残基の状態を変更させるために、修飾モイエティの添加により上記残基を化学的に修飾する請求項３６記載のアダクト。
【請求項４６】
前記分子はその中の前記第１配列の前記アミノ酸残基を酸化する請求項４５記載のアダクト。
【請求項４７】
前記第１配列のアミノ酸残基は、突然変異によって不可逆修飾されたアミノ酸残基を含む請求項３６記載のアダクト。
【請求項４８】
前記分子は前記第２または第３配列の少なくとも１つのアミノ酸残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項４９】
前記分子は前記第１、第２または第３配列の複数の残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項５０】
前記分子は前記第２または第３配列の複数の残基と結合する請求項４９記載のアダクト。
【請求項５１】
前記分子は前記第２配列の１つまたはそれ以上の残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項５２】
前記分子は前記第３配列の１つまたはそれ以上の残基と結合する請求項３６記載のアダクト。
【請求項５３】
前記キナーゼタンパク質はｐ３８−αキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項５４】
前記分子は前記タンパク質のアルギニン７０および／またはアルギニン６７のいずれかに結合する請求項５３記載のアダクト。
【請求項５５】
前記分子はアルギニン７０またはアルギニン６７のグアニジルモイエティと結合する請求項５４記載のアダクト。
【請求項５６】
前記分子は、グルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、トレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項５３記載のアダクト。
【請求項５７】
前記分子は、グルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、トレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項５５記載のアダクト。
【請求項５８】
前記分子はチロシン３５と結合する請求項５３記載のアダクト。
【請求項５９】
前記分子は、アルギニン７０および／またはアルギニン６７のいずれか、およびグルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、トレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項５８記載のアダクト。
【請求項６０】
前記キナーゼは野生型のＢｒａｆキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項６１】
前記分子はアスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２の１つまたはそれ以上と結合する請求項６０記載のアダクト。
【請求項６２】
前記分子は、アラニン４９６、バリン５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項６１記載のアダクト。
【請求項６３】
前記キナーゼは発癌性Ｖ５９９Ｅ Ｂｒａｆキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項６４】
前記分子はアスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２の１つまたはそれ以上と結合する請求項６３記載のアダクト。
【請求項６５】
前記分子は、アラニン４９６、グルタミン酸５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項６４記載のアダクト。
【請求項６６】
前記分子はグルタミン酸５９９と結合する請求項６３記載のアダクト。
【請求項６７】
前記分子は、アスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２の１つまたはそれ以上、およびアラニン４９６、グルタミン酸５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項６６記載のアダクト。
【請求項６８】
前記タンパク質は野生型のｃ−Ａｂｌキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項６９】
前記分子はアルギニン４０５またはグルタミン酸３０１の１つまたはそれ以上と結合する請求項６８記載のアダクト。
【請求項７０】
前記分子が、グルタミン酸３０５、フェニルアラニン４０１、リシン２９０、バリン３１８、イソロイシン３３２、トレオニン３３４、バリン３０８、イソロイシン３１２、ロイシン３１７、ロイシン３７３、およびヒスチジン３８０の１つまたはそれ以上と更に結合する請求項６９記載のアダクト。
【請求項７１】
前記タンパク質が発癌性Ｂｃｒ−Ａｂｌキナーゼである請求項３５記載のアダクト。
【請求項７２】
前記分子がアルギニン４０５またはグルタミン酸３０１の１つまたはそれ以上と結合する請求項７１記載のアダクト。
【請求項７３】
前記分子が、グルタミン酸３０５、フェニルアラニン４０１、リシン２９０、バリン３１８、イソロイシン３３２、トレオニン３３４、バリン３０８、イソロイシン３１２、ロイシン３１７、ロイシン３７３、およびヒスチジン３８０の１つまたはそれ以上と更に結合する請求項７２記載のアダクト。
【請求項７４】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、ｐ３８−αキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子は上記タンパク質のアルギニン７０および／またはアルギニン６７のいずれかに結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項７５】
前記分子はアルギニン７０またはアルギニン６７のいずれかのグアニジルモイエティと結合する請求項７４記載のアダクト。
【請求項７６】
前記分子は、グルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、およびトレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項７４記載のアダクト。
【請求項７７】
前記分子は、グルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、トレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項７５記載のアダクト。
【請求項７８】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、ｐ３８−αキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はチロシン３５に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項７９】
前記分子は、アルギニン７０および／またはアルギニン６７のいずれか、およびグルタミン酸７１、ロイシン７４、メチオニン７８、バリン８３、イソロイシン１４１、ヒスチジン１４８、フェニルアラニン１６９、リシン５３、イソロイシン８４、ロイシン１０４、およびトレオニン１０６からなる群から選択される少なくともある種の残基に更に結合する請求項７８記載のアダクト。
【請求項８０】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、野生型Ｂｒａｆキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はアスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８１】
前記分子は、アラニン４９６、バリン５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくとも数ある種の残基と更に結合する請求項８０記載のアダクト。
【請求項８２】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、発癌性Ｖ５９９Ｅ Ｂｒａｆキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はアスパラギン４９９、リシン６００、およびアルギニン６０２のいずれか１つまたはそれ以上と結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８３】
前記分子は、アラニン４９６、グルタミン酸５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項８２記載のアダクト。
【請求項８４】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、発癌性Ｖ５９９Ｅ Ｂｒａｆキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はグルタミン酸５９９に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８５】
前記分子は、アラニン４９６、グルタミン酸５９９、グルタミン酸５００、フェニルアラミン５９４、リシン４８２、ロイシン５１３、イソロイシン５２６、トレオニン５２８、バリン５０３、ロイシン５０４、トレオニン５０７、イソロイシン５１２、ロイシン５６６およびヒスチジン５７８からなる群から選択される少なくともある種の残基と更に結合する請求項８４記載のアダクト。
【請求項８６】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、野生型Ｂｒａｆキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はアルギニン４０５またはグルタミン酸３０１に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８７】
前記分子が、グルタミン酸３０５、フェニルアラニン４０１、リシン２９０、バリン３１８、イソロイシン３３２、トレオニン３３４、バリン３０８、イソロイシン３１２、ロイシン３１７、ロイシン３７３、およびヒスチジン３８０の１つまたはそれ以上と更に結合する請求項８６記載のアダクト。
【請求項８８】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、発癌性Ｂｃｒ−Ａｂｌキナーゼ、および該キナーゼに結合した非天然分子を含み、該分子はアルギニン４０５またはグルタミン酸３０１に結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項８９】
前記分子が、グルタミン酸３０５、フェニルアラニン４０１、リシン２９０、バリン３１８、イソロイシン３３２、トレオニン３３４、バリン３０８、イソロイシン３１２、ロイシン３１７、ロイシン３７３、およびヒスチジン３８０の１つまたはそれ以上と更に結合する請求項８８記載のアダクト。
【請求項９０】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、Ａ鎖およびＢ鎖を持つカスパーゼ（ｃａｓｐａｓｅ）−７ 二量体プロテアーゼと、上記プロテアーゼに結合した非天然分子を含み、該分子は上記二量体プロテアーゼのＡ鎖由来のシスチン２９０および／または上記二量体プロテアーゼのＢ鎖由来のシスチン２９０−プライムに結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項９１】
タンパク質・モジュレータアダクトであって、Ａ鎖およびＢ鎖を持つカスパーゼ−７ 二量体プロテアーゼと、上記プロテアーゼに結合した非天然分子を含み、該分子は上記二量体プロテアーゼのＡ鎖由来のＳ−ニトロシル シスチン２９０および／または上記二量体プロテアーゼのＢ鎖由来のＳ−ニトロシル シスチン２９０−プライムに結合するタンパク質・モジュレータアダクト。
【請求項９２】
タンパク質の生物学的活性を変更する方法であって、
スイッチ制御ポケットを備えた天然タンパク質と、
スイッチ制御リガンドとを用意する工程、
上記スイッチ制御ポケットは、対応する修飾可能な残基と結合して上記スイッチ制御リガンドの一部分を形成する、複数のコンホメーション制御アミノ酸残基を有し、
上記タンパク質を、非天然分子のモジュレータと接触させる工程、および
上記モジュレータを上記タンパク質の上記ポケットの領域に結合させて、タンパク質のコンホメーションの誘導または制限により、少なくとも部分的にタンパク質の生物学的活性を調節する工程、
上記分子は、スイッチポケットによるコンホメーション制御アミノ酸残基またはスイッチ制御リガンド修飾アミノ酸残基から取った少なくとも１つのアミノ酸残基に結合する、を含む方法。
【請求項９３】
タンパク質の生物学的活性を変更する方法であって、
第１、第２、および第３の各配列のアミノ酸残基を内部に有する上記タンパク質を含む天然タンパク質を用意する工程、
上記第１配列のアミノ酸残基はリガンドの1部を形成し、２つの各状態の間でインビボで個別に修飾可能であり、上記第１配列のアミノ酸残基は、上記の２つの状態の１方にあるときは上記第２配列のアミノ酸残基と結合し、上記第１配列のアミノ酸残基は、上記の２つの状態の他方にあるときは上記第３配列のアミノ酸残基と結合する、
上記タンパク質を、非天然分子のモジュレータと接触させる工程、および
上記モジュレータを上記タンパク質に結合させて、タンパク質のコンホメーションの誘導または制限により、少なくとも部分的にタンパク質の生物学的活性を調節する工程、
上記分子は第１第２または第３配列のアミノ酸残基の少なくとも１つと結合している、を含む方法。
【請求項９４】
前記タンパク質を非天然分子のモジュレータと接触させる工程は、上記タンパク質の第２の小型分子モジュレータの結合を誘導、相乗、または促進して、三元アダクトを形成し、このような同時進行（co-incident）結合の結果、どちらかの小型分子のみの作用によるタンパク質の生物学的調節特性と比べて、高いタンパク質の生物学的調節特性を示す、請求項９２記載の方法。
【請求項９５】
前記第２の小型分子は前記タンパク質の基質、コファクタ、または調節部位において相互作用し、前記第２の部位は前記第１の非天然分子のモジュレータと相互作用する前記スイッチ制御ポケットとは異なる、請求項９４記載の方法。
【請求項９６】
前記第２の小型分子は前記タンパク質のアロステリック部位において相互作用し、前記第２の部位は前記第１の非天然分子のモジュレータと相互作用する前記スイッチ制御ポケットとは異なる、請求項９４記載の方法。
【請求項９７】
前記第２の小型分子はＡＴＰコファクタ部位において相互作用する請求項９５記載の方法。
【請求項９８】
前記タンパク質はキナーゼである請求項９７記載の方法。
【請求項９９】
前記キナーゼはｃ−Ａｂｌキナーゼ、またはＢｃｒ−Ａｂｌキナーゼである請求項９８記載の方法。
【請求項１００】
前記第２の小型分子は、Ｎ− （４−メチル−３−（４−（ピリジン−３−イル）ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）−４−（（４−メチルピペラジン−ｌ− イル）メチル）ベンズアミド（グレエベクＧｌｅｅｖｅｃ）； Ｎ−（２−クロロ−６−メチルフェニル）−２−（６−（４−（２− ヒドロキシエチル）ピペラジン−ｌ−イル）−２−メチルピリミジン−４−イルアミノ）チアゾール−５−カルボキサミド （ＢＭＳ−３５４８２５）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３−（ヒドロキシメチル）フェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １６６３２６）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−８− メチル−２−（３−（メチルチオ）フェニルアミノ）ピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １７３９５５）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−フルオロ−３−メチルフェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ ｌ８０９７０）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−エトキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １７３９５８）； ６− （２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−フルオロフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン（ＰＤ １７３９５６）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−（２− （ジエチルアミノ）エトキシ）フェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １６６２８５）； ２−（４−（２−アミノエトキシ）フェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン； Ｎ−（３−（６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチル−７−オキソ−７，８−ジヒドロピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）アセトアミド （ＳＫＩ ＤＶ− ＭＯ１６）； ２−（４−アミノフェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチルピリド［２，３− ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ １−１０）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３− ヒドロキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ２−８９）； ２− （３−アミノフェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン− ７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ ２−４３）； Ｎ−（４−（６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチル−７−オキソ−７，８− ジヒドロピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）アセトアミド （ＳＫＩ ＤＶ−ＭＯ １７）； ６−（２，６− ジクロロフェニル）−２−（４−ヒドロキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）− オン （ＳＫＩ ＤＶ−Ｍ０１７）；または ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３−エチルフェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ ２ ８７）からとられる請求項９９記載の方法。
【請求項１０１】
前記タンパク質を非天然分子のモジュレータと接触させる工程は、上記タンパク質の第２の小型分子モジュレータの結合を誘導、相乗、または促進して、三元アダクトを形成し、このような同時進行（co-incident）結合の結果、どちらかの小型分子のみの作用によるタンパク質の生物学的調節特性と比べて、高いタンパク質の生物学的調節特性を示す、請求項９３記載の方法。
【請求項１０２】
前記第２の小型分子は前記タンパク質の基質、コファクタ、または調節部位において相互作用し、前記第２の部位は前記第１の非天然分子のモジュレータと相互作用する前記スイッチ制御ポケットとは異なる、請求項１０１記載の方法。
【請求項１０３】
前記第２の小型分子は前記タンパク質のアロステリック部位において相互作用し、前記第２の部位は前記第１の非天然分子のモジュレータと相互作用する前記スイッチ制御ポケットとは異なる、請求項１０１記載の方法。
【請求項１０４】
前記第２の小型分子はＡＴＰコファクタ部位において相互作用する請求項１０２記載の方法。
【請求項１０５】
前記タンパク質はキナーゼである請求項１０４記載の方法。
【請求項１０６】
前記キナーゼはｃ−Ａｂｌキナーゼ、またはＢｃｒ−Ａｂｌキナーゼである請求項１０５記載の方法。
【請求項１０７】
請求項１０６記載の方法で、
前記第２の小型分子は、Ｎ− （４−メチル−３−（４−（ピリジン−３−イル）ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）−４−（（４−メチルピペラジン−ｌ− イル）メチル）ベンズアミド（Ｇｒｅｅｖｅｃ）； Ｎ−（２−クロロ−６−メチルフェニル）−２−（６−（４−（２− ヒドロキシエチル）ピペラジン−ｌ−イル）−２−メチルピリミジン−４−イルアミノ）チアゾール−５−カルボキシアミド （ＢＭＳ−３５４８２５）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３−（ヒドロキシメチル）フェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １６６３２６）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−８− メチル−２−（３−（メチルチオ）フェニルアミノ）ピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １７３９５５）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−フルオロ−３−メチルフェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ ｌ８０９７０）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４− エトキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １７３９５８）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−フルオロフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン（ＰＤ １７３９５６）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（４−（２− （ジエチルアミノ）エトキシ）フェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＰＤ １６６２８５）； ２−（４−（２−アミノエトキシ）フェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン； Ｎ−（３−（６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチル−７−オキソ−７，８−ジヒドロピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）アセトアミド （ＳＫＩ ＤＶ− ＭＯ１６）； ２−（４−アミノフェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチルピリド［２，３− ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ １−１０）； ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３− ヒドロキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ２−８９）； ２− （３−アミノフェニルアミノ）−６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン− ７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ ２−４３）； Ｎ−（４−（６−（２，６−ジクロロフェニル）−８−メチル−７−オキソ−７，８− ジヒドロピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−２−イルアミノ）フェニル）アセトアミド （ＳＫＩ ＤＶ−Ｍ０１７）； ６−（２，６− ジクロロフェニル）−２−（４−ヒドロキシフェニルアミノ）−８−メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）− オン （ＳＫＩ ＤＶ−Ｍ０１７）；または ６−（２，６−ジクロロフェニル）−２−（３−エチルフェニルアミノ）−８− メチルピリド［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−オン （ＳＫＩ ＤＶ ２ ８７）からとられる請求項１０６の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図４ａ】
【図４ｂ】
【図４ｃ】
【図４ｄ】
【図４ｅ】
【図４ｆ】
【図５】
【図６】
【図６ａ】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４８Ａ】
【図４８Ｂ】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図２】
【図３】
【図４】
【図４ａ】
【図４ｂ】
【図４ｃ】
【図４ｄ】
【図４ｅ】
【図４ｆ】
【図５】
【図６】
【図６ａ】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４８Ａ】
【図４８Ｂ】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【公表番号】特表２００９−５０３４４０（Ｐ２００９−５０３４４０Ａ）
【公表日】平成２１年１月２９日（２００９．１．２９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５２１５３７（Ｐ２００８−５２１５３７）
【出願日】平成１８年７月１０日（２００６．７．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０２６９２０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／００８９１７
【国際公開日】平成１９年１月１８日（２００７．１．１８）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．リナックス
２．ＷＩＮＤＯＷＳ
【出願人】（５０５２４７３０６）デシファラ ファーマスーティカルズ， エルエルシー (10)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年１月２９日（２００９．１．２９）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年７月１０日（２００６．７．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０２６９２０
【国際公開番号】ＷＯ２００７／００８９１７
【国際公開日】平成１９年１月１８日（２００７．１．１８）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．リナックス
２．ＷＩＮＤＯＷＳ
【出願人】（５０５２４７３０６）デシファラ ファーマスーティカルズ， エルエルシー (10)
【Ｆターム（参考）】
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