タンパク質
【課題】結腸直腸癌のスクリーニング、診断及び予後のため、結腸直腸癌治療の有効性をモニターするため、並びに薬物開発のための方法及び組成物を提供する。
【解決手段】(a)前記被験体から得られた1種以上の試料中のマーカーとして、配列番号:1-18により規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する可溶性ポリペプチドを検出するように構成されたアッセイを実行すること；及び(b)前記アッセイ(群)の結果を、該被験体中の結腸直腸癌の存在若しくは非存在と、該被験体において使用される治療計画と、該被験体における再発リスクと、又は結腸直腸癌に罹患している該被験体の1種以上の臨床転帰の予後リスクと関連づけることを含む。
【解決手段】(a)前記被験体から得られた1種以上の試料中のマーカーとして、配列番号:1-18により規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する可溶性ポリペプチドを検出するように構成されたアッセイを実行すること；及び(b)前記アッセイ(群)の結果を、該被験体中の結腸直腸癌の存在若しくは非存在と、該被験体において使用される治療計画と、該被験体における再発リスクと、又は結腸直腸癌に罹患している該被験体の1種以上の臨床転帰の予後リスクと関連づけることを含む。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体における結腸直腸癌の診断、被験体における結腸直腸癌の原因の識別、結腸直腸
癌に罹患している被験体における療法のガイド、結腸直腸癌に罹患している被験体におけ
る再発リスクの評価、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上の将来の臨床転
帰の予後リスクの割当の方法であって：
(a)前記被験体から得られた1種以上の試料中のマーカーとして、配列番号:1-18により
規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する可溶性ポリペ
プチドを検出するように構成されたアッセイを実行すること；及び
(b)前記アッセイ(群)の結果を、該被験体中の結腸直腸癌の存在若しくは非存在と、該
被験体において使用される治療計画と、該被験体における再発リスクと、又は結腸直腸癌
に罹患している該被験体の1種以上の臨床転帰の予後リスクと関連づけることを含む、前
記方法。
【請求項２】
前記工程(a)において検出される可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15
のいずれかひとつにより規定されたタンパク質に由来する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記工程(b)が、該被験体における前記検出されたマーカーのレベルが対照レベルより
も高い場合を決定することを含み、前記決定が、該被験体における結腸直腸癌の存在を示
すか、該被験体におけるより大きい再発リスクを示すか、又は該被験体に関する予後不良
を示す、請求項１記載の方法。
【請求項４】
被験体における結腸直腸癌の診断法である、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
【請求項５】
前記マーカーが、表1の4列目に列記されたアミノ酸配列、すなわち配列番号:34-35、37
-38、40-42、44、47-56、59-60、62、64-83、85-87、89-92、95-127、132-133、137-141
、144-147、149、151-153、155-161、164-165、167-175、177-179、182-187、189-190、1
93-195、197-200、202、205-209、211、213-227、229-241、243のいずれかひとつを含む
、請求項1〜4のいずれか1項記載の方法。
【請求項６】
前記マーカーが、表2の4列目に列記されたアミノ酸配列、すなわち配列番号:36、39-40
、42-43、45-47、57-58、61、63、66、75、84、88、91、93-94、98、100、108、111、115
、121、123-124、126、128-131、134-136、140、142-143、147-150、152-154、160-163、
166、168、172、174-176、180-181、188、190-192、196、200-201、203-204、212、214、
216、218、224、228、238-239、242、244-245のいずれかひとつを含む、請求項1〜4のい
ずれか1項記載の方法。
【請求項７】
前記マーカーが、表2の2及び3列目に列記されたpI及びMWにより特徴づけられるアイソ
フォームのタンパク質に由来する、請求項1〜4及び6のいずれか1項記載の方法。
【請求項８】
前記マーカー配列が、配列番号:1-18のいずれかひとつから選択された配列を有するタ
ンパク質の細胞外部分に相当する配列と重複するか又は好ましくはその内部である(すな
わち、配列番号:19、21、22、25、27、29、30及び32から選択された配列に相当する配列
と重複するか又は好ましくはその内部である)、請求項1〜7のいずれか1項記載の方法。
【請求項９】
前記マーカー配列が、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつから選択された配
列を有するタンパク質の細胞外部分に相当する配列と重複するか又は好ましくはその内部
である、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
前記方法が、前記マーカーの2種以上を検出するように構成されたアッセイを実行する
ことを含む、請求項1〜9のいずれか1項記載の方法。
【請求項１１】
前記マーカーの2種以上が、少なくとも2種の異なるタンパク質に由来する、請求項10記
載の方法。
【請求項１２】
前記方法が、前記マーカーの3種以上を検出するように構成されたアッセイを実行する
ことを含む、請求項1〜9のいずれか1項記載の方法。
【請求項１３】
前記マーカーの3種以上が、少なくとも3種の異なるタンパク質に由来する、請求項12記
載の方法。
【請求項１４】
前記方法が、前記マーカーの4種以上を検出するように構成されたアッセイを実行する
ことを含む、請求項1〜9のいずれか1項記載の方法。
【請求項１５】
前記マーカーの4種以上が、少なくとも4種の異なるタンパク質に由来する、請求項14記
載の方法。
【請求項１６】
前記方法が、前記マーカーの5種以上を検出するように構成されたアッセイを実行する
ことを含む、請求項1〜9のいずれか1項記載の方法。
【請求項１７】
前記マーカーの5種以上が、少なくとも5種の異なるタンパク質に由来する、請求項16記
載の方法。
【請求項１８】
前記方法が、配列番号:1-18により規定されたタンパク質からなるリストから選択され
たタンパク質に由来する可溶性ポリペプチドに加え、1種以上の追加のマーカーを検出す
るように構成された1種以上の追加のアッセイを実行することを含み、ここで前記関連づ
ける工程は、前記アッセイ(群)の結果及び前記追加アッセイ(群)の結果を、該被験体にお
ける結腸直腸癌の存在若しくは非存在と、該被験体における再発リスクと、又は結腸直腸
癌を罹患している該被験体の1種以上の臨床転帰の予後リスクと関連づけることを含む、
請求項1〜17のいずれか1項記載の方法。
【請求項１９】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
前記被験体が、ヒトである、請求項1〜19のいずれか1項記載の方法。
【請求項２１】
前記アッセイ(群)の1つ以上が、イムノアッセイである、請求項1〜19のいずれか1項記
載の方法。
【請求項２２】
配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由
来する可溶性ポリペプチドへ免疫特異的に結合することが可能である抗体、又はアフィボ
ディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの他の親和性試薬。
【請求項２３】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項22記載の抗体。
【請求項２４】
請求項22記載の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの親和
性試薬を含む、キット。
【請求項２５】
請求項22記載の複数の個別の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボデ
ィなどの他の親和性試薬を含む、キット。
【請求項２６】
被験体における結腸直腸癌の診断、被験体における結腸直腸癌の原因の識別、結腸直腸
癌に罹患している被験体における療法のガイド、結腸直腸癌に罹患している被験体におけ
る再発リスクの評価、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上の将来の臨床転
帰の予後リスクの割当のための、請求項22記載の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ
若しくはユニボディなどの他の親和性試薬、又は請求項24若しくは25記載のキットの使用
。
【請求項２７】
配列番号:1-18のいずれかひとつにより規定されたタンパク質からなるリストから選択
されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプチドの存在又は非存在を同定する
工程を含む、ヒト被験体から得られた生物学的試料中の結腸直腸癌細胞の存在又は非存在
の同定方法。
【請求項２８】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
被験体における結腸直腸癌を検出、診断し、被験体における結腸直腸癌の原因を識別し
、結腸直腸癌に罹患している被験体における療法をガイドし、結腸直腸癌に罹患している
被験体における再発リスクを評価し、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上
の将来の臨床転帰の予後リスクを割当てる方法であり：
(a)前記被験体由来の試験される試料を、配列番号:1-18に規定されたタンパク質からな
るリストから選択されたタンパク質に由来する可溶性ポリペプチドへ特異的に結合するこ
とが可能である1種以上の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディな
どの他の親和性試薬と接触させること；及び
(b)これにより、該試料中の配列番号:1-18のいずれかひとつに規定されたタンパク質か
らなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプチドの存在
を検出すること；を含む、前記方法。
【請求項３０】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
前記可溶性ポリペプチドの1種以上の存在が、患者における結腸直腸癌の存在を示す、
請求項29又は30記載の患者における結腸直腸癌の検出法。
【請求項３２】
被験体における結腸直腸癌の存在を同定する方法であって、配列番号:1-18に規定され
たタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリ
ペプチドの存在又は量を決定するために、前記被験体の全身の走査を実行して、結腸直腸
癌細胞、特に転移性結腸直腸癌細胞の局在化を決定する工程を含み、前記可溶性ポリペプ
チドの1種以上の存在又は量が、該被験体における結腸直腸癌の存在を示す、前記方法。
【請求項３３】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
前記被験体の全身の走査を参照することにより、結腸直腸癌細胞の局在化を決定するこ
とを含む、被験体における結腸直腸癌の存在の同定方法であって、この走査が、配列番号
:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以
上の可溶性ポリペプチドの存在又は量を示し、該可溶性ポリペプチドの1種以上の存在又
は量が、該被験体における結腸直腸癌の存在を示す、前記方法。
【請求項３５】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項34記載の方法。
【請求項３６】
標識された抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの他の親和
性試薬が、前記可溶性ポリペプチドの1種以上の存在を決定するために使用される、請求
項32〜35のいずれか1項記載の方法。
【請求項３７】
配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されるタンパク質に由
来する1種以上の可溶性ポリペプチドの検出及び/又は決定において使用するための1種以
上の試薬を含む、診断キット。
【請求項３８】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に特に由来する、請求項37記載のキット。
【請求項３９】
前記可溶性ポリペプチドの1種以上に対する1種以上の抗体、又はアフィボディー、ナノ
ボディ若しくはユニボディなどの他の親和性試薬の入った1個以上の容器を備える、請求
項37又は38記載のキット。
【請求項４０】
前記又は各々の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの他の
親和性試薬に対する標識された結合パートナー、並びに/又はその上に該又は各々の抗体
、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの他の親和性試薬が固定され
ている試薬ストリップなどの固相を更に含む、請求項39記載のキット。
【請求項４１】
被験体における結腸直腸癌を検出、診断し、被験体における結腸直腸癌の原因を識別し
、結腸直腸癌に罹患している被験体における療法をガイドし、結腸直腸癌に罹患している
被験体における再発リスクを評価し、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上
の将来の臨床転帰の予後リスクを割当てる方法であり：
(a)試験される試料を、配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択
されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプチド、又はそれらの1種以上の抗原
性若しくは免疫原性断片と接触させること；及び
(b)1種以上の前記ポリペプチド、又はそれらの抗原性若しくは免疫原性断片と特異的に
結合することが可能な被験体における抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユ
ニボディなどの他の親和性試薬の存在を検出すること；を含む、前記方法。
【請求項４２】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
被験体における結腸直腸癌の検出、診断、被験体における結腸直腸癌の原因の識別、結
腸直腸癌に罹患している被験体における療法のガイド、結腸直腸癌に罹患している被験体
における再発リスクの評価、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上の将来の
臨床転帰の予後リスクの割当てにおいて使用するキットであり、このキットが、配列番号
:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以
上の可溶性ポリペプチド、及び/又はそれらの1種以上の抗原性若しくは免疫原性断片を備
える、前記キット。
【請求項４４】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項43記載のキット。
【請求項４５】
前記配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されるタンパク質
に由来する1種以上の可溶性ポリペプチド、及び/又はそれらの1種以上の抗原性若しくは
免疫原性断片を含有する、ワクチン。
【請求項４６】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項45記載のワクチン。
【請求項４７】
前記配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されるタンパク質
に由来する1種以上の可溶性ポリペプチド、及び/又はそれらの1種以上の抗原性若しくは
免疫原性断片、並びに1種以上の好適なアジュバントを含有する、免疫原性組成物。
【請求項４８】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項47記載の免疫原性組成物。
【請求項４９】
被験体における免疫応答を誘導する、請求項47又は48記載の組成物の使用。
【請求項５０】
免疫原性組成物、好ましくはワクチンの製造における、配列番号:1-18に規定されたタ
ンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプ
チド、及び/又はそれらの1種以上の抗原性若しくは免疫原性断片の使用。
【請求項５１】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項50記載の1種以上の可溶性ポリペプチドの使用。
【請求項５２】
被験体における結腸直腸癌の治療若しくは予防の、又は結腸直腸癌に対する被験体のワ
クチン接種の方法であり、配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選
択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプチド、及び/又はそれらの1種以
上の抗原性若しくは免疫原性断片の有効量を、好ましくはワクチンとして該被験体へ投与
する工程を含む、前記方法。
【請求項５３】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項52記載の方法。
【請求項５４】
前記配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質
に由来する可溶性ポリペプチドが、造影技術の使用に関連している方法により検出される
、請求項1〜21のいずれか1項記載の方法。
【請求項５５】
前記造影技術が、標識されたアフィボディーの使用を伴う、請求項54記載の方法。
【請求項５６】
前記造影技術が、標識された抗体の使用を伴う、請求項54記載の方法。
【請求項５７】
前記可溶性ポリペプチドの1種以上の存在又は量を決定するために、配列番号:1-18に規
定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶
性ポリペプチド又はそれらの1種以上の抗原性若しくは免疫原性断片に特異的に結合する
ことが可能である、標識された抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボデ
ィなどの他の親和性試薬、又はそれらの誘導体及び類似体の使用により、免疫組織化学を
実行して、組織切片中の結腸直腸癌細胞、特に転移性結腸直腸癌細胞の局在化を決定する
工程を含む、被験体における結腸直腸癌の存在を同定する方法であって、該1種以上の可
溶性ポリペプチドの存在又は量が、該被験体における結腸直腸癌の存在を示す、前記方法
。
【請求項５８】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項57記載の方法。
【請求項１】
被験体における結腸直腸癌の診断、被験体における結腸直腸癌の原因の識別、結腸直腸
癌に罹患している被験体における療法のガイド、結腸直腸癌に罹患している被験体におけ
る再発リスクの評価、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上の将来の臨床転
帰の予後リスクの割当の方法であって：
(a)前記被験体から得られた1種以上の試料中のマーカーとして、配列番号:1-18により
規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する可溶性ポリペ
プチドを検出するように構成されたアッセイを実行すること；及び
(b)前記アッセイ(群)の結果を、該被験体中の結腸直腸癌の存在若しくは非存在と、該
被験体において使用される治療計画と、該被験体における再発リスクと、又は結腸直腸癌
に罹患している該被験体の1種以上の臨床転帰の予後リスクと関連づけることを含む、前
記方法。
【請求項２】
前記工程(a)において検出される可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15
のいずれかひとつにより規定されたタンパク質に由来する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記工程(b)が、該被験体における前記検出されたマーカーのレベルが対照レベルより
も高い場合を決定することを含み、前記決定が、該被験体における結腸直腸癌の存在を示
すか、該被験体におけるより大きい再発リスクを示すか、又は該被験体に関する予後不良
を示す、請求項１記載の方法。
【請求項４】
被験体における結腸直腸癌の診断法である、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
【請求項５】
前記マーカーが、表1の4列目に列記されたアミノ酸配列、すなわち配列番号:34-35、37
-38、40-42、44、47-56、59-60、62、64-83、85-87、89-92、95-127、132-133、137-141
、144-147、149、151-153、155-161、164-165、167-175、177-179、182-187、189-190、1
93-195、197-200、202、205-209、211、213-227、229-241、243のいずれかひとつを含む
、請求項1〜4のいずれか1項記載の方法。
【請求項６】
前記マーカーが、表2の4列目に列記されたアミノ酸配列、すなわち配列番号:36、39-40
、42-43、45-47、57-58、61、63、66、75、84、88、91、93-94、98、100、108、111、115
、121、123-124、126、128-131、134-136、140、142-143、147-150、152-154、160-163、
166、168、172、174-176、180-181、188、190-192、196、200-201、203-204、212、214、
216、218、224、228、238-239、242、244-245のいずれかひとつを含む、請求項1〜4のい
ずれか1項記載の方法。
【請求項７】
前記マーカーが、表2の2及び3列目に列記されたpI及びMWにより特徴づけられるアイソ
フォームのタンパク質に由来する、請求項1〜4及び6のいずれか1項記載の方法。
【請求項８】
前記マーカー配列が、配列番号:1-18のいずれかひとつから選択された配列を有するタ
ンパク質の細胞外部分に相当する配列と重複するか又は好ましくはその内部である(すな
わち、配列番号:19、21、22、25、27、29、30及び32から選択された配列に相当する配列
と重複するか又は好ましくはその内部である)、請求項1〜7のいずれか1項記載の方法。
【請求項９】
前記マーカー配列が、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつから選択された配
列を有するタンパク質の細胞外部分に相当する配列と重複するか又は好ましくはその内部
である、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
前記方法が、前記マーカーの2種以上を検出するように構成されたアッセイを実行する
ことを含む、請求項1〜9のいずれか1項記載の方法。
【請求項１１】
前記マーカーの2種以上が、少なくとも2種の異なるタンパク質に由来する、請求項10記
載の方法。
【請求項１２】
前記方法が、前記マーカーの3種以上を検出するように構成されたアッセイを実行する
ことを含む、請求項1〜9のいずれか1項記載の方法。
【請求項１３】
前記マーカーの3種以上が、少なくとも3種の異なるタンパク質に由来する、請求項12記
載の方法。
【請求項１４】
前記方法が、前記マーカーの4種以上を検出するように構成されたアッセイを実行する
ことを含む、請求項1〜9のいずれか1項記載の方法。
【請求項１５】
前記マーカーの4種以上が、少なくとも4種の異なるタンパク質に由来する、請求項14記
載の方法。
【請求項１６】
前記方法が、前記マーカーの5種以上を検出するように構成されたアッセイを実行する
ことを含む、請求項1〜9のいずれか1項記載の方法。
【請求項１７】
前記マーカーの5種以上が、少なくとも5種の異なるタンパク質に由来する、請求項16記
載の方法。
【請求項１８】
前記方法が、配列番号:1-18により規定されたタンパク質からなるリストから選択され
たタンパク質に由来する可溶性ポリペプチドに加え、1種以上の追加のマーカーを検出す
るように構成された1種以上の追加のアッセイを実行することを含み、ここで前記関連づ
ける工程は、前記アッセイ(群)の結果及び前記追加アッセイ(群)の結果を、該被験体にお
ける結腸直腸癌の存在若しくは非存在と、該被験体における再発リスクと、又は結腸直腸
癌を罹患している該被験体の1種以上の臨床転帰の予後リスクと関連づけることを含む、
請求項1〜17のいずれか1項記載の方法。
【請求項１９】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
前記被験体が、ヒトである、請求項1〜19のいずれか1項記載の方法。
【請求項２１】
前記アッセイ(群)の1つ以上が、イムノアッセイである、請求項1〜19のいずれか1項記
載の方法。
【請求項２２】
配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由
来する可溶性ポリペプチドへ免疫特異的に結合することが可能である抗体、又はアフィボ
ディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの他の親和性試薬。
【請求項２３】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項22記載の抗体。
【請求項２４】
請求項22記載の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの親和
性試薬を含む、キット。
【請求項２５】
請求項22記載の複数の個別の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボデ
ィなどの他の親和性試薬を含む、キット。
【請求項２６】
被験体における結腸直腸癌の診断、被験体における結腸直腸癌の原因の識別、結腸直腸
癌に罹患している被験体における療法のガイド、結腸直腸癌に罹患している被験体におけ
る再発リスクの評価、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上の将来の臨床転
帰の予後リスクの割当のための、請求項22記載の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ
若しくはユニボディなどの他の親和性試薬、又は請求項24若しくは25記載のキットの使用
。
【請求項２７】
配列番号:1-18のいずれかひとつにより規定されたタンパク質からなるリストから選択
されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプチドの存在又は非存在を同定する
工程を含む、ヒト被験体から得られた生物学的試料中の結腸直腸癌細胞の存在又は非存在
の同定方法。
【請求項２８】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
被験体における結腸直腸癌を検出、診断し、被験体における結腸直腸癌の原因を識別し
、結腸直腸癌に罹患している被験体における療法をガイドし、結腸直腸癌に罹患している
被験体における再発リスクを評価し、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上
の将来の臨床転帰の予後リスクを割当てる方法であり：
(a)前記被験体由来の試験される試料を、配列番号:1-18に規定されたタンパク質からな
るリストから選択されたタンパク質に由来する可溶性ポリペプチドへ特異的に結合するこ
とが可能である1種以上の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディな
どの他の親和性試薬と接触させること；及び
(b)これにより、該試料中の配列番号:1-18のいずれかひとつに規定されたタンパク質か
らなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプチドの存在
を検出すること；を含む、前記方法。
【請求項３０】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
前記可溶性ポリペプチドの1種以上の存在が、患者における結腸直腸癌の存在を示す、
請求項29又は30記載の患者における結腸直腸癌の検出法。
【請求項３２】
被験体における結腸直腸癌の存在を同定する方法であって、配列番号:1-18に規定され
たタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリ
ペプチドの存在又は量を決定するために、前記被験体の全身の走査を実行して、結腸直腸
癌細胞、特に転移性結腸直腸癌細胞の局在化を決定する工程を含み、前記可溶性ポリペプ
チドの1種以上の存在又は量が、該被験体における結腸直腸癌の存在を示す、前記方法。
【請求項３３】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
前記被験体の全身の走査を参照することにより、結腸直腸癌細胞の局在化を決定するこ
とを含む、被験体における結腸直腸癌の存在の同定方法であって、この走査が、配列番号
:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以
上の可溶性ポリペプチドの存在又は量を示し、該可溶性ポリペプチドの1種以上の存在又
は量が、該被験体における結腸直腸癌の存在を示す、前記方法。
【請求項３５】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項34記載の方法。
【請求項３６】
標識された抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの他の親和
性試薬が、前記可溶性ポリペプチドの1種以上の存在を決定するために使用される、請求
項32〜35のいずれか1項記載の方法。
【請求項３７】
配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されるタンパク質に由
来する1種以上の可溶性ポリペプチドの検出及び/又は決定において使用するための1種以
上の試薬を含む、診断キット。
【請求項３８】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に特に由来する、請求項37記載のキット。
【請求項３９】
前記可溶性ポリペプチドの1種以上に対する1種以上の抗体、又はアフィボディー、ナノ
ボディ若しくはユニボディなどの他の親和性試薬の入った1個以上の容器を備える、請求
項37又は38記載のキット。
【請求項４０】
前記又は各々の抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの他の
親和性試薬に対する標識された結合パートナー、並びに/又はその上に該又は各々の抗体
、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボディなどの他の親和性試薬が固定され
ている試薬ストリップなどの固相を更に含む、請求項39記載のキット。
【請求項４１】
被験体における結腸直腸癌を検出、診断し、被験体における結腸直腸癌の原因を識別し
、結腸直腸癌に罹患している被験体における療法をガイドし、結腸直腸癌に罹患している
被験体における再発リスクを評価し、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上
の将来の臨床転帰の予後リスクを割当てる方法であり：
(a)試験される試料を、配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択
されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプチド、又はそれらの1種以上の抗原
性若しくは免疫原性断片と接触させること；及び
(b)1種以上の前記ポリペプチド、又はそれらの抗原性若しくは免疫原性断片と特異的に
結合することが可能な被験体における抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユ
ニボディなどの他の親和性試薬の存在を検出すること；を含む、前記方法。
【請求項４２】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
被験体における結腸直腸癌の検出、診断、被験体における結腸直腸癌の原因の識別、結
腸直腸癌に罹患している被験体における療法のガイド、結腸直腸癌に罹患している被験体
における再発リスクの評価、又は結腸直腸癌に罹患している被験体への1種以上の将来の
臨床転帰の予後リスクの割当てにおいて使用するキットであり、このキットが、配列番号
:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以
上の可溶性ポリペプチド、及び/又はそれらの1種以上の抗原性若しくは免疫原性断片を備
える、前記キット。
【請求項４４】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項43記載のキット。
【請求項４５】
前記配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されるタンパク質
に由来する1種以上の可溶性ポリペプチド、及び/又はそれらの1種以上の抗原性若しくは
免疫原性断片を含有する、ワクチン。
【請求項４６】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項45記載のワクチン。
【請求項４７】
前記配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されるタンパク質
に由来する1種以上の可溶性ポリペプチド、及び/又はそれらの1種以上の抗原性若しくは
免疫原性断片、並びに1種以上の好適なアジュバントを含有する、免疫原性組成物。
【請求項４８】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項47記載の免疫原性組成物。
【請求項４９】
被験体における免疫応答を誘導する、請求項47又は48記載の組成物の使用。
【請求項５０】
免疫原性組成物、好ましくはワクチンの製造における、配列番号:1-18に規定されたタ
ンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプ
チド、及び/又はそれらの1種以上の抗原性若しくは免疫原性断片の使用。
【請求項５１】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項50記載の1種以上の可溶性ポリペプチドの使用。
【請求項５２】
被験体における結腸直腸癌の治療若しくは予防の、又は結腸直腸癌に対する被験体のワ
クチン接種の方法であり、配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選
択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶性ポリペプチド、及び/又はそれらの1種以
上の抗原性若しくは免疫原性断片の有効量を、好ましくはワクチンとして該被験体へ投与
する工程を含む、前記方法。
【請求項５３】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項52記載の方法。
【請求項５４】
前記配列番号:1-18に規定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質
に由来する可溶性ポリペプチドが、造影技術の使用に関連している方法により検出される
、請求項1〜21のいずれか1項記載の方法。
【請求項５５】
前記造影技術が、標識されたアフィボディーの使用を伴う、請求項54記載の方法。
【請求項５６】
前記造影技術が、標識された抗体の使用を伴う、請求項54記載の方法。
【請求項５７】
前記可溶性ポリペプチドの1種以上の存在又は量を決定するために、配列番号:1-18に規
定されたタンパク質からなるリストから選択されたタンパク質に由来する1種以上の可溶
性ポリペプチド又はそれらの1種以上の抗原性若しくは免疫原性断片に特異的に結合する
ことが可能である、標識された抗体、又はアフィボディー、ナノボディ若しくはユニボデ
ィなどの他の親和性試薬、又はそれらの誘導体及び類似体の使用により、免疫組織化学を
実行して、組織切片中の結腸直腸癌細胞、特に転移性結腸直腸癌細胞の局在化を決定する
工程を含む、被験体における結腸直腸癌の存在を同定する方法であって、該1種以上の可
溶性ポリペプチドの存在又は量が、該被験体における結腸直腸癌の存在を示す、前記方法
。
【請求項５８】
前記可溶性ポリペプチドが、配列番号:4、7、8、13及び15のいずれかひとつにより規定
されたタンパク質に由来する、請求項57記載の方法。
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０（ａ）】
【図１０（ｂ）】
【図１０（ｃ）】
【図１０（ｄ）】
【図１０（ｅ）】
【図１０（ｆ）】
【図１０（ｇ）】
【図１０（ｈ）−１】
【図１０（ｈ）−２】
【図１０（ｉ）】
【図１０（ｊ）】
【図１０（ｋ）】
【図１０（ｌ）−１】
【図１０（ｌ）−２】
【図１０（ｍ）】
【図１０（ｎ）−１】
【図１０（ｎ）−２】
【図１０（ｏ）−１】
【図１０（ｏ）−２】
【図１０（ｏ）−３】
【図１０（ｐ）−１】
【図１０（ｐ）−２】
【図１０（ｑ）】
【図１０（ｒ）】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０（ａ）】
【図１０（ｂ）】
【図１０（ｃ）】
【図１０（ｄ）】
【図１０（ｅ）】
【図１０（ｆ）】
【図１０（ｇ）】
【図１０（ｈ）−１】
【図１０（ｈ）−２】
【図１０（ｉ）】
【図１０（ｊ）】
【図１０（ｋ）】
【図１０（ｌ）−１】
【図１０（ｌ）−２】
【図１０（ｍ）】
【図１０（ｎ）−１】
【図１０（ｎ）−２】
【図１０（ｏ）−１】
【図１０（ｏ）−２】
【図１０（ｏ）−３】
【図１０（ｐ）−１】
【図１０（ｐ）−２】
【図１０（ｑ）】
【図１０（ｒ）】
【公開番号】特開２０１２−２１１９０４（Ｐ２０１２−２１１９０４Ａ）
【公開日】平成２４年１１月１日（２０１２．１１．１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−９８３７９（Ｐ２０１２−９８３７９）
【出願日】平成２４年４月２４日（２０１２．４．２４）
【分割の表示】特願２００９−５１３６８２（Ｐ２００９−５１３６８２）の分割
【原出願日】平成１９年６月５日（２００７．６．５）
【出願人】（５０８０３４６１３）オクフォルド ゲノメ スシエンセス （ユーケー） エルティーディー (5)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２４年１１月１日（２０１２．１１．１）
【国際特許分類】
【出願日】平成２４年４月２４日（２０１２．４．２４）
【分割の表示】特願２００９−５１３６８２（Ｐ２００９−５１３６８２）の分割
【原出願日】平成１９年６月５日（２００７．６．５）
【出願人】（５０８０３４６１３）オクフォルド ゲノメ スシエンセス （ユーケー） エルティーディー (5)
【Ｆターム（参考）】
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