ヌクレオチドおよびヌクレオシドならびにＤＮＡ配列決定におけるその使用の方法
本発明は一般的に、標識されたおよび標識されていない切断可能な終結基ならびにDNA配列決定および他のタイプのDNA分析のための方法に関する。より詳細には、本発明は、一つには、化学的に切断可能な基、光切断可能な基、酵素的に切断可能な基、または光切断不能な基を有するヌクレオチドおよびヌクレオシド、ならびにDNA配列決定におけるその使用および生物医学研究におけるその適用の方法に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記式の化合物、またはそれらの塩、エステル、水和物、溶媒和物、互変異性体、プロドラッグもしくは光学異性体:
式中
Zは-O-、-S-、-NH-、-OC(O)O-、-NHC(O)O-、-OC(O)NH-または-NHC(O)NH-であり;
R1はヒドロキシ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェートまたはポリホスフェートであり;
R2は水素またはヒドロキシであり;
R3およびR4はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロもしくはアミノ;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;あるいは
R5、R6、R7、R8およびR9はそれぞれ独立して以下である:
水素、ヒドロキシ、ハロ、アミノ、ニトロ、シアノもしくはメルカプト;
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アシル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アルケニルオキシ(C≦12)、アルキニルオキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アシルオキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アルコキシアミノ(C≦12)、アルケニルアミノ(C≦12)、アルキニルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、ヘテロアリールアミノ(C≦12)、ヘテロアラルキルアミノ(C≦12)、アルキルスルホニルアミノ(C≦12)、アミド(C≦12)、アルキルチオ(C≦12)、アルケニルチオ(C≦12)、アルキニルチオ(C≦12)、アリールチオ(C≦12)、アラルキルチオ(C≦12)、ヘテロアリールチオ(C≦12)、ヘテロアラルキルチオ(C≦12)、アシルチオ(C≦12)、チオアシル(C≦12)、アルキルスルホニル(C≦12)、アリールスルホニル(C≦12)、アルキルアンモニウム(C≦12)、アルキルスルホニウム(C≦12)、アルキルシリル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;
下記式の基:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である;あるいは
-リンカー-レポーター。
【請求項２】
式Aの化合物としてさらに定義される、請求項1記載の化合物。
【請求項３】
式Bの化合物としてさらに定義される、請求項1記載の化合物。
【請求項４】
Zが-O-である、請求項1〜3のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５】
R1がヒドロキシである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６】
R1がモノホスフェートである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７】
R1がジホスフェートである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項８】
R1がトリホスフェートである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９】
R1がポリホスフェートである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０】
R2が水素である、請求項1〜9のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１】
R2がヒドロキシである、請求項1〜9のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１２】
R3が水素である、請求項1〜11のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１３】
R3がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜11のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１４】
R3がアルキル(C≦8)である、請求項13記載の化合物。
【請求項１５】
R3がアルキル(C≦6)である、請求項14記載の化合物。
【請求項１６】
R3が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項15記載の化合物。
【請求項１７】
R3がメチルである、請求項16記載の化合物。
【請求項１８】
R3がアルキル(C2-6)である、請求項15記載の化合物。
【請求項１９】
R3がアルキル(C3-5)である、請求項18記載の化合物。
【請求項２０】
R3がイソプロピルである、請求項19記載の化合物。
【請求項２１】
R3がtert-ブチルである、請求項19記載の化合物。
【請求項２２】
R4が水素である、請求項1〜21のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２３】
R4がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜21のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４】
R4がアルキル(C≦8)である、請求項23記載の化合物。
【請求項２５】
R4がアルキル(C≦6)である、請求項24記載の化合物。
【請求項２６】
R4が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項25記載の化合物。
【請求項２７】
R4がメチルである、請求項26記載の化合物。
【請求項２８】
R4がアルキル(C2-6)である、請求項25記載の化合物。
【請求項２９】
R4がアルキル(C3-5)である、請求項28記載の化合物。
【請求項３０】
R4がイソプロピルである、請求項29記載の化合物。
【請求項３１】
R4がtert-ブチルである、請求項29記載の化合物。
【請求項３２】
R5が水素である、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物。
【請求項３３】
R5がシアノである、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物。
【請求項３４】
R5がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物。
【請求項３５】
R5がアルコキシ(C≦8)である、請求項34記載の化合物。
【請求項３６】
R5がアルコキシ(C≦6)である、請求項35記載の化合物。
【請求項３７】
R5がアルコキシ(C≦3)である、請求項36記載の化合物。
【請求項３８】
R5がメトキシである、請求項37記載の化合物。
【請求項３９】
R5が下記式の基である、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項４０】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項39記載の化合物。
【請求項４１】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項40記載の化合物。
【請求項４２】
Xが-C≡C-である、請求項41記載の化合物。
【請求項４３】
nがゼロである、請求項39〜42のいずれか一項記載の化合物。
【請求項４４】
R5が下記式の基である、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項４５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項44記載の化合物。
【請求項４６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項45記載の化合物。
【請求項４７】
Xが-C≡C-である、請求項46記載の化合物。
【請求項４８】
Yが-CH2-である、請求項44〜47のいずれか一項記載の化合物。
【請求項４９】
nがゼロである、請求項44〜48のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５０】
mがゼロである、請求項44〜49のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５１】
R6が-リンカー-レポーターである、請求項1〜32のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５２】
リンカーが以下である、請求項51記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項５３】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項52記載の化合物。
【請求項５４】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項53記載の化合物。
【請求項５５】
Xが-C≡C-である、請求項54記載の化合物。
【請求項５６】
nがゼロである、請求項52〜55のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５７】
リンカーが以下である、請求項51記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項５８】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項57記載の化合物。
【請求項５９】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項58記載の化合物。
【請求項６０】
Xが-C≡C-である、請求項59記載の化合物。
【請求項６１】
Yが-CH2-である、請求項57〜60のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６２】
nがゼロである、請求項57〜61のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６３】
mがゼロである、請求項57〜62のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６４】
リンカーが以下である、請求項51記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項６５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項64記載の化合物。
【請求項６６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項65記載の化合物。
【請求項６７】
Xが-C≡C-である、請求項66記載の化合物。
【請求項６８】
Yが-CH2-である、請求項64〜67のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６９】
nがゼロである、請求項64〜68のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７０】
mがゼロである、請求項64〜69のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７１】
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン(zanthene)、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、請求項51〜70のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７２】
レポーターが以下である、請求項51〜70のいずれか一項記載の化合物:
。
【請求項７３】
R6が水素である、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７４】
R6がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７５】
R6がアルコキシ(C≦8)である、請求項74記載の化合物。
【請求項７６】
R6がアルコキシ(C≦6)である、請求項75記載の化合物。
【請求項７７】
R6がアルコキシ(C≦3)である、請求項76記載の化合物。
【請求項７８】
R6がメトキシである、請求項77記載の化合物。
【請求項７９】
R6が下記式の基である、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項８０】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項79記載の化合物。
【請求項８１】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項80記載の化合物。
【請求項８２】
Xが-C≡C-である、請求項81記載の化合物。
【請求項８３】
nがゼロである、請求項79〜82のいずれか一項記載の化合物。
【請求項８４】
R6が下記式の基である、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項８５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項84記載の化合物。
【請求項８６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項85記載の化合物。
【請求項８７】
Xが-C≡C-である、請求項86記載の化合物。
【請求項８８】
Yが-CH2-である、請求項84〜87のいずれか一項記載の化合物。
【請求項８９】
nがゼロである、請求項84〜88のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９０】
mがゼロである、請求項84〜89のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９１】
R6が-リンカー-レポーターである、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９２】
リンカーが以下である、請求項91記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項９３】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項92記載の化合物。
【請求項９４】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項93記載の化合物。
【請求項９５】
Xが-C≡C-である、請求項94記載の化合物。
【請求項９６】
nがゼロである、請求項92〜95のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９７】
リンカーが以下である、請求項91記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項９８】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項97記載の化合物。
【請求項９９】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項98記載の化合物。
【請求項１００】
Xが-C≡C-である、請求項99記載の化合物。
【請求項１０１】
Yが-CH2-である、請求項97〜100のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０２】
nがゼロである、請求項97〜101のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０３】
mがゼロである、請求項97〜102のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０４】
リンカーが以下である、請求項91記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項１０５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項104記載の化合物。
【請求項１０６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項105記載の化合物。
【請求項１０７】
Xが-C≡C-である、請求項106記載の化合物。
【請求項１０８】
Yが-CH2-である、請求項104〜107のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０９】
nがゼロである、請求項104〜108のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１０】
mがゼロである、請求項104〜109のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１１】
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、請求項91〜110のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１２】
レポーターが以下である、請求項91〜110のいずれか一項記載の化合物:
。
【請求項１１３】
R7が水素である、請求項1〜112のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１４】
R8が水素である、請求項1〜113のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１５】
R8がニトロである、請求項1〜113のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１６】
R8がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜113のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１７】
R8がアルキル(C≦8)である、請求項116記載の化合物。
【請求項１１８】
R8がアルキル(C≦6)である、請求項117記載の化合物。
【請求項１１９】
R8がアルキル(C≦3)である、請求項118記載の化合物。
【請求項１２０】
R8がメチルである、請求項119記載の化合物。
【請求項１２１】
R9が水素である、請求項1〜120のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１２２】
R9がニトロである、請求項1〜120のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１２３】
R9がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜120のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１２４】
R9がアルキル(C≦8)である、請求項123記載の化合物。
【請求項１２５】
R9がアルキル(C≦6)である、請求項124記載の化合物。
【請求項１２６】
R9が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項125記載の化合物。
【請求項１２７】
R9がメチルである、請求項126記載の化合物。
【請求項１２８】
R9がアルキル(C2-6)である、請求項125記載の化合物。
【請求項１２９】
R9がアルキル(C3-5)である、請求項128記載の化合物。
【請求項１３０】
R9がイソプロピルである、請求項129記載の化合物。
【請求項１３１】
R9がtert-ブチルである、請求項129記載の化合物。
【請求項１３２】
R9がアリール(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜120のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１３３】
R9がアリール(C≦8)である、請求項132記載の化合物。
【請求項１３４】
R9がフェニルである、請求項133記載の化合物。
【請求項１３５】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１３６】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１３７】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項136記載の化合物:
。
【請求項１３８】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項136記載の化合物:
。
【請求項１３９】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１４０】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項139記載の化合物:
。
【請求項１４１】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項139記載の化合物:
。
【請求項１４２】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１４３】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項142記載の化合物:
。
【請求項１４４】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項142記載の化合物:
。
【請求項１４５】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１４６】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項145記載の化合物:
。
【請求項１４７】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項145記載の化合物:
。
【請求項１４８】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１４９】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項148記載の化合物:
。
【請求項１５０】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項148記載の化合物:
。
【請求項１５１】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項3記載の化合物:
。
【請求項１５２】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項3記載の化合物:
。
【請求項１５３】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項152記載の化合物:
。
【請求項１５４】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項152記載の化合物:
。
【請求項１５５】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項3記載の化合物:
。
【請求項１５６】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項155記載の化合物:
。
【請求項１５７】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項155記載の化合物:
。
【請求項１５８】
下記式の化合物またはそれらの塩、エステル、水和物、溶媒和物、互変異性体、プロドラッグもしくは光学異性体:
式中
Zは-O-、-S-、-NH-、-OC(O)O-、-NHC(O)O-、-OC(O)NH-または-NHC(O)NH-であり;
R1はヒドロキシ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェートまたはポリホスフェートであり;
R2は水素またはヒドロキシであり;
R3およびR4はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロもしくはアミノ;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;
R5、R6、R7およびR8はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロ、アミノ、ニトロ、シアノもしくはメルカプト;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アシル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アルケニルオキシ(C≦12)、アルキニルオキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アシルオキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アルコキシアミノ(C≦12)、アルケニルアミノ(C≦12)、アルキニルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、ヘテロアリールアミノ(C≦12)、ヘテロアラルキルアミノ(C≦12)、アルキルスルホニルアミノ(C≦12)、アミド(C≦12)、アルキルチオ(C≦12)、アルケニルチオ(C≦12)、アルキニルチオ(C≦12)、アリールチオ(C≦12)、アラルキルチオ(C≦12)、ヘテロアリールチオ(C≦12)、ヘテロアラルキルチオ(C≦12)、アシルチオ(C≦12)、チオアシル(C≦12)、アルキルスルホニル(C≦12)、アリールスルホニル(C≦12)、アルキルアンモニウム(C≦12)、アルキルスルホニウム(C≦12)、アルキルシリル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;または
下記式の基:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である;あるいは
-リンカー-レポーター;かつ
R9はアルキル(C≦12)、アリール(C≦12)またはこれらの基のいずれかの置換型である。
【請求項１５９】
式Cの化合物としてさらに定義される、請求項158記載の化合物。
【請求項１６０】
式Dの化合物としてさらに定義される、請求項158記載の化合物。
【請求項１６１】
Zが-O-である、請求項158〜160のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６２】
R1がヒドロキシである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６３】
R1がモノホスフェートである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６４】
R1がジホスフェートである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６５】
R1がトリホスフェートである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６６】
R1がポリホスフェートである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６７】
R2が水素である、請求項158〜166のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６８】
R2がヒドロキシである、請求項158〜166のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６９】
R3が水素である、請求項158〜168のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１７０】
R3がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜168のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１７１】
R3がアルキル(C≦8)である、請求項170記載の化合物。
【請求項１７２】
R3がアルキル(C≦6)である、請求項171記載の化合物。
【請求項１７３】
R3が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項172記載の化合物。
【請求項１７４】
R3がメチルである、請求項173記載の化合物。
【請求項１７５】
R3がアルキル(C2-6)である、請求項172記載の化合物。
【請求項１７６】
R3がアルキル(C3-5)である、請求項175記載の化合物。
【請求項１７７】
R3がイソプロピルである、請求項176記載の化合物。
【請求項１７８】
R3がtert-ブチルである、請求項176記載の化合物。
【請求項１７９】
R4が水素である、請求項158〜178のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１８０】
R4がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜178のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１８１】
R4がアルキル(C≦8)である、請求項180記載の化合物。
【請求項１８２】
R4がアルキル(C≦6)である、請求項181記載の化合物。
【請求項１８３】
R4が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項182記載の化合物。
【請求項１８４】
R4がメチルである、請求項183記載の化合物。
【請求項１８５】
R4がアルキル(C2-6)である、請求項182記載の化合物。
【請求項１８６】
R4がアルキル(C3-5)である、請求項185記載の化合物。
【請求項１８７】
R4がイソプロピルである、請求項186記載の化合物。
【請求項１８８】
R4がtert-ブチルである、請求項186記載の化合物。
【請求項１８９】
R5が水素である、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１９０】
R5がシアノである、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１９１】
R5がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１９２】
R5がアルコキシ(C≦8)である、請求項191記載の化合物。
【請求項１９３】
R5がアルコキシ(C≦6)である、請求項192記載の化合物。
【請求項１９４】
R5がアルコキシ(C≦3)である、請求項193記載の化合物。
【請求項１９５】
R5がメトキシである、請求項194記載の化合物。
【請求項１９６】
R5が下記式の基である、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項１９７】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項196記載の化合物。
【請求項１９８】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項197記載の化合物。
【請求項１９９】
Xが-C≡C-である、請求項198記載の化合物。
【請求項２００】
nがゼロである、請求項196〜199のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０１】
R5が下記式の基である、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２０２】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項201記載の化合物。
【請求項２０３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項202記載の化合物。
【請求項２０４】
Xが-C≡C-である、請求項203記載の化合物。
【請求項２０５】
Yが-CH2-である、請求項201〜204のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０６】
nがゼロである、請求項201〜205のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０７】
mがゼロである、請求項201〜206のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０８】
R6が-リンカー-レポーターである、請求項158〜189のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０９】
リンカーが以下である、請求項208記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項２１０】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項209記載の化合物。
【請求項２１１】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項210記載の化合物。
【請求項２１２】
Xが-C≡C-である、請求項211記載の化合物。
【請求項２１３】
nがゼロである、請求項209〜212のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２１４】
リンカーが以下である、請求項208記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２１５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項214記載の化合物。
【請求項２１６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項215記載の化合物。
【請求項２１７】
Xが-C≡C-である、請求項216記載の化合物。
【請求項２１８】
Yが-CH2-である、請求項214〜217のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２１９】
nがゼロである、請求項214〜218のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２０】
mがゼロである、請求項214〜219のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２１】
リンカーが以下である、請求項208記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２２２】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項221記載の化合物。
【請求項２２３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項222記載の化合物。
【請求項２２４】
Xが-C≡C-である、請求項223記載の化合物。
【請求項２２５】
Yが-CH2-である、請求項221〜224のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２６】
nがゼロである、請求項221〜225のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２７】
mがゼロである、請求項221〜226のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２８】
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、請求項208〜227のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２９】
レポーターが以下である、請求項208〜227のいずれか一項記載の化合物:
。
【請求項２３０】
R6が水素である、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２３１】
R6がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２３２】
R6がアルコキシ(C≦8)である、請求項231記載の化合物。
【請求項２３３】
R6がアルコキシ(C≦6)である、請求項232記載の化合物。
【請求項２３４】
R6がアルコキシ(C≦3)である、請求項233記載の化合物。
【請求項２３５】
R6がメトキシである、請求項234記載の化合物。
【請求項２３６】
R6が下記式の基である、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項２３７】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項236記載の化合物。
【請求項２３８】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項237記載の化合物。
【請求項２３９】
Xが-C≡C-である、請求項238記載の化合物。
【請求項２４０】
nがゼロである、請求項236〜239のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４１】
R6が下記式の基である、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２４２】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項241記載の化合物。
【請求項２４３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項242記載の化合物。
【請求項２４４】
Xが-C≡C-である、請求項243記載の化合物。
【請求項２４５】
Yが-CH2-である、請求項241〜244のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４６】
nがゼロである、請求項241〜245のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４７】
mがゼロである、請求項241〜246のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４８】
R6が-リンカー-レポーターである、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４９】
リンカーが以下である、請求項248記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項２５０】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項249記載の化合物。
【請求項２５１】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項250記載の化合物。
【請求項２５２】
Xが-C≡C-である、請求項251記載の化合物。
【請求項２５３】
nがゼロである、請求項249〜252のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２５４】
リンカーが以下である、請求項248記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２５５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項254記載の化合物。
【請求項２５６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項255記載の化合物。
【請求項２５７】
Xが-C≡C-である、請求項256記載の化合物。
【請求項２５８】
Yが-CH2-である、請求項254〜257のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２５９】
nがゼロである、請求項254〜258のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６０】
mがゼロである、請求項254〜259のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６１】
リンカーが以下である、請求項248記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２６２】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項261記載の化合物。
【請求項２６３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項262記載の化合物。
【請求項２６４】
Xが-C≡C-である、請求項263記載の化合物。
【請求項２６５】
Yが-CH2-である、請求項261〜264のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６６】
nがゼロである、請求項261〜265のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６７】
mがゼロである、請求項261〜266のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６８】
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、請求項248〜267のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６９】
レポーターが以下である、請求項248〜267のいずれか一項記載の化合物:
。
【請求項２７０】
R7が水素である、請求項158〜269のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７１】
R8が水素である、請求項158〜270のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７２】
R8がニトロである、請求項158〜270のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７３】
R8がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜270のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７４】
R8がアルキル(C≦8)である、請求項273記載の化合物。
【請求項２７５】
R8がアルキル(C≦6)である、請求項274記載の化合物。
【請求項２７６】
R8がアルキル(C≦3)である、請求項275記載の化合物。
【請求項２７７】
R8がメチルである、請求項276記載の化合物。
【請求項２７８】
R9が水素ではない、請求項158〜277のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７９】
R9がニトロである、請求項158〜277のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２８０】
R9がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜277のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２８１】
R9がアルキル(C≦8)である、請求項280記載の化合物。
【請求項２８２】
R9がアルキル(C≦6)である、請求項281記載の化合物。
【請求項２８３】
R9が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項282記載の化合物。
【請求項２８４】
R9がメチルである、請求項283記載の化合物。
【請求項２８５】
R9がアルキル(C2-6)である、請求項282記載の化合物。
【請求項２８６】
R9がアルキル(C3-5)である、請求項285記載の化合物。
【請求項２８７】
R9がイソプロピルである、請求項286記載の化合物。
【請求項２８８】
R9がtert-ブチルである、請求項286記載の化合物。
【請求項２８９】
R9がアリール(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜277のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２９０】
R9がアリール(C≦8)である、請求項289記載の化合物。
【請求項２９１】
R9がフェニルである、請求項290記載の化合物。
【請求項２９２】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項158記載の化合物:
。
【請求項２９３】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項158記載の化合物:
。
【請求項２９４】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項158記載の化合物:
。
【請求項２９５】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項158記載の化合物:
。
【請求項２９６】
以下またはそれらの塩からなる群より選択される式の化合物:
。
【請求項２９７】
以下からなる群より選択されるジアステレオマーまたはこれらのジアステレオマーのいずれかの塩としてさらに定義され、その他の光学異性体を実質的に含まない、請求項296記載の化合物:
。
【請求項２９８】
以下またはその塩からなる群より選択される式の化合物:
および
。
【請求項２９９】
以下からなる群より選択されるジアステレオマーまたはこれらのジアステレオマーのいずれかの塩としてさらに定義され、その他の光学異性体を実質的に含まない、請求項298記載の化合物:
および
。
【請求項３００】
塩である、請求項1〜299のいずれか一項記載の化合物。
【請求項３０１】
塩が一価の陽イオンを含む、請求項300記載の化合物。
【請求項３０２】
一価の陽イオンがリチウムである、請求項301記載の化合物。
【請求項３０３】
一価の陽イオンがナトリウムである、請求項301記載の化合物。
【請求項３０４】
一価の陽イオンがカリウムである、請求項301記載の化合物。
【請求項３０５】
塩が二価の陽イオンを含む、請求項300記載の化合物。
【請求項３０６】
二価の陽イオンがカルシウム、マグネシウムまたはマンガン(II)である、請求項305記載の化合物。
【請求項３０７】
塩が、アンモニウム、トリ-n-ブチルアンモニウムおよび(HOCH2)3CNH3+からなる群より選択される陽イオンを含む、請求項300記載の化合物。
【請求項３０８】
以下の段階を含む標的核酸を配列決定する方法:
(i) 固体表面にプライマーの5'末端を結合させる段階;
(ii) 固体表面に結合されたプライマーと標的核酸をハイブリダイズさせる段階;
(iii) 二種以上の塩基が存在する場合、各塩基が異なるレポーター基に結合されるという条件で、請求項1〜307のいずれか一項記載の化合物を添加する段階;
(iv) ハイブリダイズされたプライマー/標的核酸複合体に核酸複製酵素を添加して成長中のプライマー鎖へ段階(iii)の組成物を取り込み、取り込まれた段階(iii)の組成物が約70%〜約100%の効率でポリメラーゼ反応を終結させる段階;
(v) 固体表面を洗浄して非取り込み成分を除去する段階;
(vi) 取り込まれたレポーター基を検出して取り込まれた段階(iii)の組成物を特定する段階;
(vii) 終結部分を除去するための切断段階により天然塩基で伸長されたプライマーが生ずる段階;
(viii) 固体表面を洗浄して切断された終結基を除去する段階;および
(ix) 段階(iii)〜(viii)を一回または複数回繰り返して標的核酸における複数の塩基を特定する段階。
【請求項３０９】
以下の段階を含む標的核酸を配列決定する方法:
(i) 固体表面に標的核酸の5'末端を結合させる段階;
(ii) 固体表面に結合された標的核酸とプライマーをハイブリダイズさせる段階;
(iii) 二種以上の塩基が存在する場合、各塩基が異なるレポーター基に結合されるという条件で、請求項1〜307のいずれか一項記載の化合物を添加する段階;
(iv) ハイブリダイズされたプライマー/標的核酸複合体に核酸複製酵素を添加して成長中のプライマー鎖へ段階(iii)の組成物を取り込み、取り込まれた段階(iii)の組成物が約70%〜約100%の効率でポリメラーゼ反応を終結させる段階;
(v) 固体表面を洗浄して非取り込み成分を除去する段階;
(vi) 取り込まれたレポーター基を検出して取り込まれた段階(iii)の組成物を特定する段階;
(vii) 任意で1種または複数種の化合物を添加して非伸長プライマーを永続的にキャップする段階;
(viii) 終結部分を除去するための切断段階により天然塩基で伸長されたプライマーが生ずる段階;
(ix) 固体表面を洗浄して切断された終結基を除去する段階;および
(x) 段階(iii)〜(ix)を一回または複数回繰り返して標的核酸における複数の塩基を特定する段階。
【請求項３１０】
化合物が、DNAポリメラーゼである核酸複製酵素により取り込まれる、請求項308または309記載の方法。
【請求項３１１】
DNAポリメラーゼが、Taq DNAポリメラーゼ、Klenow (エキソ-) DNAポリメラーゼ、Bst DNAポリメラーゼ、VENT (登録商標) (エキソ-) DNAポリメラーゼ(サーモコッカス・リトラリス(Thermococcus litoralis)からクローニングされ、かつD141AおよびE143A突然変異を含有するDNAポリメラーゼA)、Pfu (エキソ-) DNAポリメラーゼ、およびDEEPVENT (商標) (エキソ-) DNAポリメラーゼ(パイロコッカス(Pyrococcus)種GB-Dからクローニングされ、かつD141AおよびE143A突然変異を含有するDNAポリメラーゼA)からなる群より選択される、請求項310記載の方法。
【請求項３１２】
DNAポリメラーゼが、AMPLITAQ (登録商標) DNAポリメラーゼ、FS (G46DおよびF667Y突然変異を含んだTaq DNAポリメラーゼ)、THERMOSEQUENASE (商標) DNAポリメラーゼ(F667Y突然変異を含んだTaq DNAポリメラーゼ)、THERMOSEQUENASE (商標) II DNAポリメラーゼ(THERMOSEQUENASE (商標) DNAポリメラーゼおよびT.アシッドフィラム(T. acidophilum)ピロホスファターゼの混合物)、THERMINATOR(商標) DNAポリメラーゼ(サーモコッカス(Thermococcus)種9°N-7からクローニングされ、かつD141A、E143AおよびA485L突然変異を含有するDNAポリメラーゼA)、THERMINATOR (商標) II DNAポリメラーゼ(さらにY409V突然変異を含んだTHERMINATOR (商標) DNAポリメラーゼ)およびVENT (登録商標) (エキソ-) A488L DNAポリメラーゼ(A488L突然変異を含んだVENT (登録商標) (エキソ-) DNAポリメラーゼ)からなる群より選択される、請求項310記載の方法。
【請求項３１３】
終結部分の切断が化学的切断、光切断、電気化学的切断または酵素的切断である、請求項308〜312のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１４】
化学的切断が触媒または化学量論的試薬を用いて行われる、請求項313記載の方法。
【請求項３１５】
触媒が均一または不均一である、請求項314記載の方法。
【請求項３１６】
不均一触媒がパラジウムを含む、請求項315記載の方法。
【請求項３１７】
均一触媒がパラジウムを含む、請求項315記載の方法。
【請求項３１８】
光切断可能な終結部分の85%〜100%が光切断によって除去される、請求項315〜317のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１９】
光切断が、300 nm〜400 nmの範囲の光の波長を用いて行われる、請求項314記載の方法。
【請求項３２０】
光切断可能な終結部分の85%〜100%が光切断によって除去される、請求項319記載の方法。
【請求項３２１】
請求項1〜307のいずれか一項記載の化合物を用いてSanger配列決定またはSanger型の配列決定を行う方法。
【請求項３２２】
請求項1〜307のいずれか一項記載の化合物を用いてピロ配列決定またはピロ配列決定型の配列決定を行う方法。
【請求項１】
下記式の化合物、またはそれらの塩、エステル、水和物、溶媒和物、互変異性体、プロドラッグもしくは光学異性体:
式中
Zは-O-、-S-、-NH-、-OC(O)O-、-NHC(O)O-、-OC(O)NH-または-NHC(O)NH-であり;
R1はヒドロキシ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェートまたはポリホスフェートであり;
R2は水素またはヒドロキシであり;
R3およびR4はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロもしくはアミノ;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;あるいは
R5、R6、R7、R8およびR9はそれぞれ独立して以下である:
水素、ヒドロキシ、ハロ、アミノ、ニトロ、シアノもしくはメルカプト;
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アシル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アルケニルオキシ(C≦12)、アルキニルオキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アシルオキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アルコキシアミノ(C≦12)、アルケニルアミノ(C≦12)、アルキニルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、ヘテロアリールアミノ(C≦12)、ヘテロアラルキルアミノ(C≦12)、アルキルスルホニルアミノ(C≦12)、アミド(C≦12)、アルキルチオ(C≦12)、アルケニルチオ(C≦12)、アルキニルチオ(C≦12)、アリールチオ(C≦12)、アラルキルチオ(C≦12)、ヘテロアリールチオ(C≦12)、ヘテロアラルキルチオ(C≦12)、アシルチオ(C≦12)、チオアシル(C≦12)、アルキルスルホニル(C≦12)、アリールスルホニル(C≦12)、アルキルアンモニウム(C≦12)、アルキルスルホニウム(C≦12)、アルキルシリル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;
下記式の基:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である;あるいは
-リンカー-レポーター。
【請求項２】
式Aの化合物としてさらに定義される、請求項1記載の化合物。
【請求項３】
式Bの化合物としてさらに定義される、請求項1記載の化合物。
【請求項４】
Zが-O-である、請求項1〜3のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５】
R1がヒドロキシである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６】
R1がモノホスフェートである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７】
R1がジホスフェートである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項８】
R1がトリホスフェートである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９】
R1がポリホスフェートである、請求項1〜4のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０】
R2が水素である、請求項1〜9のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１】
R2がヒドロキシである、請求項1〜9のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１２】
R3が水素である、請求項1〜11のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１３】
R3がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜11のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１４】
R3がアルキル(C≦8)である、請求項13記載の化合物。
【請求項１５】
R3がアルキル(C≦6)である、請求項14記載の化合物。
【請求項１６】
R3が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項15記載の化合物。
【請求項１７】
R3がメチルである、請求項16記載の化合物。
【請求項１８】
R3がアルキル(C2-6)である、請求項15記載の化合物。
【請求項１９】
R3がアルキル(C3-5)である、請求項18記載の化合物。
【請求項２０】
R3がイソプロピルである、請求項19記載の化合物。
【請求項２１】
R3がtert-ブチルである、請求項19記載の化合物。
【請求項２２】
R4が水素である、請求項1〜21のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２３】
R4がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜21のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４】
R4がアルキル(C≦8)である、請求項23記載の化合物。
【請求項２５】
R4がアルキル(C≦6)である、請求項24記載の化合物。
【請求項２６】
R4が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項25記載の化合物。
【請求項２７】
R4がメチルである、請求項26記載の化合物。
【請求項２８】
R4がアルキル(C2-6)である、請求項25記載の化合物。
【請求項２９】
R4がアルキル(C3-5)である、請求項28記載の化合物。
【請求項３０】
R4がイソプロピルである、請求項29記載の化合物。
【請求項３１】
R4がtert-ブチルである、請求項29記載の化合物。
【請求項３２】
R5が水素である、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物。
【請求項３３】
R5がシアノである、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物。
【請求項３４】
R5がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物。
【請求項３５】
R5がアルコキシ(C≦8)である、請求項34記載の化合物。
【請求項３６】
R5がアルコキシ(C≦6)である、請求項35記載の化合物。
【請求項３７】
R5がアルコキシ(C≦3)である、請求項36記載の化合物。
【請求項３８】
R5がメトキシである、請求項37記載の化合物。
【請求項３９】
R5が下記式の基である、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項４０】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項39記載の化合物。
【請求項４１】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項40記載の化合物。
【請求項４２】
Xが-C≡C-である、請求項41記載の化合物。
【請求項４３】
nがゼロである、請求項39〜42のいずれか一項記載の化合物。
【請求項４４】
R5が下記式の基である、請求項1〜31のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項４５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項44記載の化合物。
【請求項４６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項45記載の化合物。
【請求項４７】
Xが-C≡C-である、請求項46記載の化合物。
【請求項４８】
Yが-CH2-である、請求項44〜47のいずれか一項記載の化合物。
【請求項４９】
nがゼロである、請求項44〜48のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５０】
mがゼロである、請求項44〜49のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５１】
R6が-リンカー-レポーターである、請求項1〜32のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５２】
リンカーが以下である、請求項51記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項５３】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項52記載の化合物。
【請求項５４】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項53記載の化合物。
【請求項５５】
Xが-C≡C-である、請求項54記載の化合物。
【請求項５６】
nがゼロである、請求項52〜55のいずれか一項記載の化合物。
【請求項５７】
リンカーが以下である、請求項51記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項５８】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項57記載の化合物。
【請求項５９】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項58記載の化合物。
【請求項６０】
Xが-C≡C-である、請求項59記載の化合物。
【請求項６１】
Yが-CH2-である、請求項57〜60のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６２】
nがゼロである、請求項57〜61のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６３】
mがゼロである、請求項57〜62のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６４】
リンカーが以下である、請求項51記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項６５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項64記載の化合物。
【請求項６６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項65記載の化合物。
【請求項６７】
Xが-C≡C-である、請求項66記載の化合物。
【請求項６８】
Yが-CH2-である、請求項64〜67のいずれか一項記載の化合物。
【請求項６９】
nがゼロである、請求項64〜68のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７０】
mがゼロである、請求項64〜69のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７１】
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン(zanthene)、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、請求項51〜70のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７２】
レポーターが以下である、請求項51〜70のいずれか一項記載の化合物:
。
【請求項７３】
R6が水素である、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７４】
R6がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物。
【請求項７５】
R6がアルコキシ(C≦8)である、請求項74記載の化合物。
【請求項７６】
R6がアルコキシ(C≦6)である、請求項75記載の化合物。
【請求項７７】
R6がアルコキシ(C≦3)である、請求項76記載の化合物。
【請求項７８】
R6がメトキシである、請求項77記載の化合物。
【請求項７９】
R6が下記式の基である、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項８０】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項79記載の化合物。
【請求項８１】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項80記載の化合物。
【請求項８２】
Xが-C≡C-である、請求項81記載の化合物。
【請求項８３】
nがゼロである、請求項79〜82のいずれか一項記載の化合物。
【請求項８４】
R6が下記式の基である、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項８５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項84記載の化合物。
【請求項８６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項85記載の化合物。
【請求項８７】
Xが-C≡C-である、請求項86記載の化合物。
【請求項８８】
Yが-CH2-である、請求項84〜87のいずれか一項記載の化合物。
【請求項８９】
nがゼロである、請求項84〜88のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９０】
mがゼロである、請求項84〜89のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９１】
R6が-リンカー-レポーターである、請求項1〜72のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９２】
リンカーが以下である、請求項91記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項９３】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項92記載の化合物。
【請求項９４】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項93記載の化合物。
【請求項９５】
Xが-C≡C-である、請求項94記載の化合物。
【請求項９６】
nがゼロである、請求項92〜95のいずれか一項記載の化合物。
【請求項９７】
リンカーが以下である、請求項91記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項９８】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項97記載の化合物。
【請求項９９】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項98記載の化合物。
【請求項１００】
Xが-C≡C-である、請求項99記載の化合物。
【請求項１０１】
Yが-CH2-である、請求項97〜100のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０２】
nがゼロである、請求項97〜101のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０３】
mがゼロである、請求項97〜102のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０４】
リンカーが以下である、請求項91記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項１０５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項104記載の化合物。
【請求項１０６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項105記載の化合物。
【請求項１０７】
Xが-C≡C-である、請求項106記載の化合物。
【請求項１０８】
Yが-CH2-である、請求項104〜107のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１０９】
nがゼロである、請求項104〜108のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１０】
mがゼロである、請求項104〜109のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１１】
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、請求項91〜110のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１２】
レポーターが以下である、請求項91〜110のいずれか一項記載の化合物:
。
【請求項１１３】
R7が水素である、請求項1〜112のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１４】
R8が水素である、請求項1〜113のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１５】
R8がニトロである、請求項1〜113のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１６】
R8がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜113のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１１７】
R8がアルキル(C≦8)である、請求項116記載の化合物。
【請求項１１８】
R8がアルキル(C≦6)である、請求項117記載の化合物。
【請求項１１９】
R8がアルキル(C≦3)である、請求項118記載の化合物。
【請求項１２０】
R8がメチルである、請求項119記載の化合物。
【請求項１２１】
R9が水素である、請求項1〜120のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１２２】
R9がニトロである、請求項1〜120のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１２３】
R9がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜120のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１２４】
R9がアルキル(C≦8)である、請求項123記載の化合物。
【請求項１２５】
R9がアルキル(C≦6)である、請求項124記載の化合物。
【請求項１２６】
R9が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項125記載の化合物。
【請求項１２７】
R9がメチルである、請求項126記載の化合物。
【請求項１２８】
R9がアルキル(C2-6)である、請求項125記載の化合物。
【請求項１２９】
R9がアルキル(C3-5)である、請求項128記載の化合物。
【請求項１３０】
R9がイソプロピルである、請求項129記載の化合物。
【請求項１３１】
R9がtert-ブチルである、請求項129記載の化合物。
【請求項１３２】
R9がアリール(C≦12)またはその置換型である、請求項1〜120のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１３３】
R9がアリール(C≦8)である、請求項132記載の化合物。
【請求項１３４】
R9がフェニルである、請求項133記載の化合物。
【請求項１３５】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１３６】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１３７】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項136記載の化合物:
。
【請求項１３８】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項136記載の化合物:
。
【請求項１３９】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１４０】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項139記載の化合物:
。
【請求項１４１】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項139記載の化合物:
。
【請求項１４２】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１４３】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項142記載の化合物:
。
【請求項１４４】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項142記載の化合物:
。
【請求項１４５】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１４６】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項145記載の化合物:
。
【請求項１４７】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項145記載の化合物:
。
【請求項１４８】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項2記載の化合物:
。
【請求項１４９】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項148記載の化合物:
。
【請求項１５０】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項148記載の化合物:
。
【請求項１５１】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項3記載の化合物:
。
【請求項１５２】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項3記載の化合物:
。
【請求項１５３】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項152記載の化合物:
。
【請求項１５４】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項152記載の化合物:
。
【請求項１５５】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項3記載の化合物:
。
【請求項１５６】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項155記載の化合物:
。
【請求項１５７】
以下またはその塩としてさらに定義され、かつその他の光学異性体を実質的に含まない、請求項155記載の化合物:
。
【請求項１５８】
下記式の化合物またはそれらの塩、エステル、水和物、溶媒和物、互変異性体、プロドラッグもしくは光学異性体:
式中
Zは-O-、-S-、-NH-、-OC(O)O-、-NHC(O)O-、-OC(O)NH-または-NHC(O)NH-であり;
R1はヒドロキシ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェートまたはポリホスフェートであり;
R2は水素またはヒドロキシであり;
R3およびR4はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロもしくはアミノ;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;
R5、R6、R7およびR8はそれぞれ独立して以下であり:
水素、ヒドロキシ、ハロ、アミノ、ニトロ、シアノもしくはメルカプト;または
アルキル(C≦12)、アルケニル(C≦12)、アルキニル(C≦12)、アリール(C≦12)、アラルキル(C≦12)、ヘテロアリール(C≦12)、ヘテロアラルキル(C≦12)、アシル(C≦12)、アルコキシ(C≦12)、アルケニルオキシ(C≦12)、アルキニルオキシ(C≦12)、アリールオキシ(C≦12)、アラルコキシ(C≦12)、ヘテロアリールオキシ(C≦12)、ヘテロアラルコキシ(C≦12)、アシルオキシ(C≦12)、アルキルアミノ(C≦12)、ジアルキルアミノ(C≦12)、アルコキシアミノ(C≦12)、アルケニルアミノ(C≦12)、アルキニルアミノ(C≦12)、アリールアミノ(C≦12)、アラルキルアミノ(C≦12)、ヘテロアリールアミノ(C≦12)、ヘテロアラルキルアミノ(C≦12)、アルキルスルホニルアミノ(C≦12)、アミド(C≦12)、アルキルチオ(C≦12)、アルケニルチオ(C≦12)、アルキニルチオ(C≦12)、アリールチオ(C≦12)、アラルキルチオ(C≦12)、ヘテロアリールチオ(C≦12)、ヘテロアラルキルチオ(C≦12)、アシルチオ(C≦12)、チオアシル(C≦12)、アルキルスルホニル(C≦12)、アリールスルホニル(C≦12)、アルキルアンモニウム(C≦12)、アルキルスルホニウム(C≦12)、アルキルシリル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型;または
下記式の基:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である;あるいは
-リンカー-レポーター;かつ
R9はアルキル(C≦12)、アリール(C≦12)またはこれらの基のいずれかの置換型である。
【請求項１５９】
式Cの化合物としてさらに定義される、請求項158記載の化合物。
【請求項１６０】
式Dの化合物としてさらに定義される、請求項158記載の化合物。
【請求項１６１】
Zが-O-である、請求項158〜160のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６２】
R1がヒドロキシである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６３】
R1がモノホスフェートである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６４】
R1がジホスフェートである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６５】
R1がトリホスフェートである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６６】
R1がポリホスフェートである、請求項158〜161のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６７】
R2が水素である、請求項158〜166のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６８】
R2がヒドロキシである、請求項158〜166のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１６９】
R3が水素である、請求項158〜168のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１７０】
R3がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜168のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１７１】
R3がアルキル(C≦8)である、請求項170記載の化合物。
【請求項１７２】
R3がアルキル(C≦6)である、請求項171記載の化合物。
【請求項１７３】
R3が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項172記載の化合物。
【請求項１７４】
R3がメチルである、請求項173記載の化合物。
【請求項１７５】
R3がアルキル(C2-6)である、請求項172記載の化合物。
【請求項１７６】
R3がアルキル(C3-5)である、請求項175記載の化合物。
【請求項１７７】
R3がイソプロピルである、請求項176記載の化合物。
【請求項１７８】
R3がtert-ブチルである、請求項176記載の化合物。
【請求項１７９】
R4が水素である、請求項158〜178のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１８０】
R4がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜178のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１８１】
R4がアルキル(C≦8)である、請求項180記載の化合物。
【請求項１８２】
R4がアルキル(C≦6)である、請求項181記載の化合物。
【請求項１８３】
R4が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項182記載の化合物。
【請求項１８４】
R4がメチルである、請求項183記載の化合物。
【請求項１８５】
R4がアルキル(C2-6)である、請求項182記載の化合物。
【請求項１８６】
R4がアルキル(C3-5)である、請求項185記載の化合物。
【請求項１８７】
R4がイソプロピルである、請求項186記載の化合物。
【請求項１８８】
R4がtert-ブチルである、請求項186記載の化合物。
【請求項１８９】
R5が水素である、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１９０】
R5がシアノである、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１９１】
R5がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物。
【請求項１９２】
R5がアルコキシ(C≦8)である、請求項191記載の化合物。
【請求項１９３】
R5がアルコキシ(C≦6)である、請求項192記載の化合物。
【請求項１９４】
R5がアルコキシ(C≦3)である、請求項193記載の化合物。
【請求項１９５】
R5がメトキシである、請求項194記載の化合物。
【請求項１９６】
R5が下記式の基である、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項１９７】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項196記載の化合物。
【請求項１９８】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項197記載の化合物。
【請求項１９９】
Xが-C≡C-である、請求項198記載の化合物。
【請求項２００】
nがゼロである、請求項196〜199のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０１】
R5が下記式の基である、請求項158〜188のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２０２】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項201記載の化合物。
【請求項２０３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項202記載の化合物。
【請求項２０４】
Xが-C≡C-である、請求項203記載の化合物。
【請求項２０５】
Yが-CH2-である、請求項201〜204のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０６】
nがゼロである、請求項201〜205のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０７】
mがゼロである、請求項201〜206のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０８】
R6が-リンカー-レポーターである、請求項158〜189のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２０９】
リンカーが以下である、請求項208記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項２１０】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項209記載の化合物。
【請求項２１１】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項210記載の化合物。
【請求項２１２】
Xが-C≡C-である、請求項211記載の化合物。
【請求項２１３】
nがゼロである、請求項209〜212のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２１４】
リンカーが以下である、請求項208記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２１５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項214記載の化合物。
【請求項２１６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項215記載の化合物。
【請求項２１７】
Xが-C≡C-である、請求項216記載の化合物。
【請求項２１８】
Yが-CH2-である、請求項214〜217のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２１９】
nがゼロである、請求項214〜218のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２０】
mがゼロである、請求項214〜219のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２１】
リンカーが以下である、請求項208記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２２２】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項221記載の化合物。
【請求項２２３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項222記載の化合物。
【請求項２２４】
Xが-C≡C-である、請求項223記載の化合物。
【請求項２２５】
Yが-CH2-である、請求項221〜224のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２６】
nがゼロである、請求項221〜225のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２７】
mがゼロである、請求項221〜226のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２８】
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、請求項208〜227のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２２９】
レポーターが以下である、請求項208〜227のいずれか一項記載の化合物:
。
【請求項２３０】
R6が水素である、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２３１】
R6がアルコキシ(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２３２】
R6がアルコキシ(C≦8)である、請求項231記載の化合物。
【請求項２３３】
R6がアルコキシ(C≦6)である、請求項232記載の化合物。
【請求項２３４】
R6がアルコキシ(C≦3)である、請求項233記載の化合物。
【請求項２３５】
R6がメトキシである、請求項234記載の化合物。
【請求項２３６】
R6が下記式の基である、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項２３７】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項236記載の化合物。
【請求項２３８】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項237記載の化合物。
【請求項２３９】
Xが-C≡C-である、請求項238記載の化合物。
【請求項２４０】
nがゼロである、請求項236〜239のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４１】
R6が下記式の基である、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２４２】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項241記載の化合物。
【請求項２４３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項242記載の化合物。
【請求項２４４】
Xが-C≡C-である、請求項243記載の化合物。
【請求項２４５】
Yが-CH2-である、請求項241〜244のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４６】
nがゼロである、請求項241〜245のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４７】
mがゼロである、請求項241〜246のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４８】
R6が-リンカー-レポーターである、請求項158〜229のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２４９】
リンカーが以下である、請求項248記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;かつ
nが0〜12の整数である。
【請求項２５０】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項249記載の化合物。
【請求項２５１】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項250記載の化合物。
【請求項２５２】
Xが-C≡C-である、請求項251記載の化合物。
【請求項２５３】
nがゼロである、請求項249〜252のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２５４】
リンカーが以下である、請求項248記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２５５】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項254記載の化合物。
【請求項２５６】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項255記載の化合物。
【請求項２５７】
Xが-C≡C-である、請求項256記載の化合物。
【請求項２５８】
Yが-CH2-である、請求項254〜257のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２５９】
nがゼロである、請求項254〜258のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６０】
mがゼロである、請求項254〜259のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６１】
リンカーが以下である、請求項248記載の化合物:
式中
Xが
-O-、-S-もしくは-NH-;または
アルカンジイル(C≦12)、アルケンジイル(C≦12)、アルキンジイル(C≦12)、アレーンジイル(C≦12)、ヘテロアレーンジイル(C≦12)、もしくはこれらの基のいずれかの置換型であり;
Yが-O-、-NH-、アルカンジイル(C≦12)または置換アルカンジイル(C≦12)であり;
nが0〜12の整数であり;かつ
mが0〜12の整数である。
【請求項２６２】
Xがアルキンジイル(C≦12)である、請求項261記載の化合物。
【請求項２６３】
Xがアルキンジイル(C2-8)である、請求項262記載の化合物。
【請求項２６４】
Xが-C≡C-である、請求項263記載の化合物。
【請求項２６５】
Yが-CH2-である、請求項261〜264のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６６】
nがゼロである、請求項261〜265のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６７】
mがゼロである、請求項261〜266のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６８】
レポーターは色素に基づき、色素がザンテン、フルオレセイン、ローダミン、BODIPY、シアニン、クマリン、ピレン、フタロシアニン、フィコビリタンパク質、ALEXA FLUOR (登録商標) 350、ALEXA FLUOR (登録商標) 405、ALEXA FLUOR (登録商標) 430、ALEXA FLUOR (登録商標) 488、ALEXA FLUOR (登録商標) 514、ALEXA FLUOR (登録商標) 532、ALEXA FLUOR (登録商標) 546、ALEXA FLUOR (登録商標) 555、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 568、ALEXA FLUOR (登録商標) 594、ALEXA FLUOR (登録商標) 610、ALEXA FLUOR (登録商標) 633、ALEXA FLUOR (登録商標) 647、ALEXA FLUOR (登録商標) 660、ALEXA FLUOR (登録商標) 680、ALEXA FLUOR (登録商標) 700、ALEXA FLUOR (登録商標) 750、またはスクアライン色素である、請求項248〜267のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２６９】
レポーターが以下である、請求項248〜267のいずれか一項記載の化合物:
。
【請求項２７０】
R7が水素である、請求項158〜269のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７１】
R8が水素である、請求項158〜270のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７２】
R8がニトロである、請求項158〜270のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７３】
R8がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜270のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７４】
R8がアルキル(C≦8)である、請求項273記載の化合物。
【請求項２７５】
R8がアルキル(C≦6)である、請求項274記載の化合物。
【請求項２７６】
R8がアルキル(C≦3)である、請求項275記載の化合物。
【請求項２７７】
R8がメチルである、請求項276記載の化合物。
【請求項２７８】
R9が水素ではない、請求項158〜277のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２７９】
R9がニトロである、請求項158〜277のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２８０】
R9がアルキル(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜277のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２８１】
R9がアルキル(C≦8)である、請求項280記載の化合物。
【請求項２８２】
R9がアルキル(C≦6)である、請求項281記載の化合物。
【請求項２８３】
R9が、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピルおよびtert-ブチルからなる群より選択される、請求項282記載の化合物。
【請求項２８４】
R9がメチルである、請求項283記載の化合物。
【請求項２８５】
R9がアルキル(C2-6)である、請求項282記載の化合物。
【請求項２８６】
R9がアルキル(C3-5)である、請求項285記載の化合物。
【請求項２８７】
R9がイソプロピルである、請求項286記載の化合物。
【請求項２８８】
R9がtert-ブチルである、請求項286記載の化合物。
【請求項２８９】
R9がアリール(C≦12)またはその置換型である、請求項158〜277のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２９０】
R9がアリール(C≦8)である、請求項289記載の化合物。
【請求項２９１】
R9がフェニルである、請求項290記載の化合物。
【請求項２９２】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項158記載の化合物:
。
【請求項２９３】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項158記載の化合物:
。
【請求項２９４】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項158記載の化合物:
。
【請求項２９５】
以下またはその塩としてさらに定義される、請求項158記載の化合物:
。
【請求項２９６】
以下またはそれらの塩からなる群より選択される式の化合物:
。
【請求項２９７】
以下からなる群より選択されるジアステレオマーまたはこれらのジアステレオマーのいずれかの塩としてさらに定義され、その他の光学異性体を実質的に含まない、請求項296記載の化合物:
。
【請求項２９８】
以下またはその塩からなる群より選択される式の化合物:
および
。
【請求項２９９】
以下からなる群より選択されるジアステレオマーまたはこれらのジアステレオマーのいずれかの塩としてさらに定義され、その他の光学異性体を実質的に含まない、請求項298記載の化合物:
および
。
【請求項３００】
塩である、請求項1〜299のいずれか一項記載の化合物。
【請求項３０１】
塩が一価の陽イオンを含む、請求項300記載の化合物。
【請求項３０２】
一価の陽イオンがリチウムである、請求項301記載の化合物。
【請求項３０３】
一価の陽イオンがナトリウムである、請求項301記載の化合物。
【請求項３０４】
一価の陽イオンがカリウムである、請求項301記載の化合物。
【請求項３０５】
塩が二価の陽イオンを含む、請求項300記載の化合物。
【請求項３０６】
二価の陽イオンがカルシウム、マグネシウムまたはマンガン(II)である、請求項305記載の化合物。
【請求項３０７】
塩が、アンモニウム、トリ-n-ブチルアンモニウムおよび(HOCH2)3CNH3+からなる群より選択される陽イオンを含む、請求項300記載の化合物。
【請求項３０８】
以下の段階を含む標的核酸を配列決定する方法:
(i) 固体表面にプライマーの5'末端を結合させる段階;
(ii) 固体表面に結合されたプライマーと標的核酸をハイブリダイズさせる段階;
(iii) 二種以上の塩基が存在する場合、各塩基が異なるレポーター基に結合されるという条件で、請求項1〜307のいずれか一項記載の化合物を添加する段階;
(iv) ハイブリダイズされたプライマー/標的核酸複合体に核酸複製酵素を添加して成長中のプライマー鎖へ段階(iii)の組成物を取り込み、取り込まれた段階(iii)の組成物が約70%〜約100%の効率でポリメラーゼ反応を終結させる段階;
(v) 固体表面を洗浄して非取り込み成分を除去する段階;
(vi) 取り込まれたレポーター基を検出して取り込まれた段階(iii)の組成物を特定する段階;
(vii) 終結部分を除去するための切断段階により天然塩基で伸長されたプライマーが生ずる段階;
(viii) 固体表面を洗浄して切断された終結基を除去する段階;および
(ix) 段階(iii)〜(viii)を一回または複数回繰り返して標的核酸における複数の塩基を特定する段階。
【請求項３０９】
以下の段階を含む標的核酸を配列決定する方法:
(i) 固体表面に標的核酸の5'末端を結合させる段階;
(ii) 固体表面に結合された標的核酸とプライマーをハイブリダイズさせる段階;
(iii) 二種以上の塩基が存在する場合、各塩基が異なるレポーター基に結合されるという条件で、請求項1〜307のいずれか一項記載の化合物を添加する段階;
(iv) ハイブリダイズされたプライマー/標的核酸複合体に核酸複製酵素を添加して成長中のプライマー鎖へ段階(iii)の組成物を取り込み、取り込まれた段階(iii)の組成物が約70%〜約100%の効率でポリメラーゼ反応を終結させる段階;
(v) 固体表面を洗浄して非取り込み成分を除去する段階;
(vi) 取り込まれたレポーター基を検出して取り込まれた段階(iii)の組成物を特定する段階;
(vii) 任意で1種または複数種の化合物を添加して非伸長プライマーを永続的にキャップする段階;
(viii) 終結部分を除去するための切断段階により天然塩基で伸長されたプライマーが生ずる段階;
(ix) 固体表面を洗浄して切断された終結基を除去する段階;および
(x) 段階(iii)〜(ix)を一回または複数回繰り返して標的核酸における複数の塩基を特定する段階。
【請求項３１０】
化合物が、DNAポリメラーゼである核酸複製酵素により取り込まれる、請求項308または309記載の方法。
【請求項３１１】
DNAポリメラーゼが、Taq DNAポリメラーゼ、Klenow (エキソ-) DNAポリメラーゼ、Bst DNAポリメラーゼ、VENT (登録商標) (エキソ-) DNAポリメラーゼ(サーモコッカス・リトラリス(Thermococcus litoralis)からクローニングされ、かつD141AおよびE143A突然変異を含有するDNAポリメラーゼA)、Pfu (エキソ-) DNAポリメラーゼ、およびDEEPVENT (商標) (エキソ-) DNAポリメラーゼ(パイロコッカス(Pyrococcus)種GB-Dからクローニングされ、かつD141AおよびE143A突然変異を含有するDNAポリメラーゼA)からなる群より選択される、請求項310記載の方法。
【請求項３１２】
DNAポリメラーゼが、AMPLITAQ (登録商標) DNAポリメラーゼ、FS (G46DおよびF667Y突然変異を含んだTaq DNAポリメラーゼ)、THERMOSEQUENASE (商標) DNAポリメラーゼ(F667Y突然変異を含んだTaq DNAポリメラーゼ)、THERMOSEQUENASE (商標) II DNAポリメラーゼ(THERMOSEQUENASE (商標) DNAポリメラーゼおよびT.アシッドフィラム(T. acidophilum)ピロホスファターゼの混合物)、THERMINATOR(商標) DNAポリメラーゼ(サーモコッカス(Thermococcus)種9°N-7からクローニングされ、かつD141A、E143AおよびA485L突然変異を含有するDNAポリメラーゼA)、THERMINATOR (商標) II DNAポリメラーゼ(さらにY409V突然変異を含んだTHERMINATOR (商標) DNAポリメラーゼ)およびVENT (登録商標) (エキソ-) A488L DNAポリメラーゼ(A488L突然変異を含んだVENT (登録商標) (エキソ-) DNAポリメラーゼ)からなる群より選択される、請求項310記載の方法。
【請求項３１３】
終結部分の切断が化学的切断、光切断、電気化学的切断または酵素的切断である、請求項308〜312のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１４】
化学的切断が触媒または化学量論的試薬を用いて行われる、請求項313記載の方法。
【請求項３１５】
触媒が均一または不均一である、請求項314記載の方法。
【請求項３１６】
不均一触媒がパラジウムを含む、請求項315記載の方法。
【請求項３１７】
均一触媒がパラジウムを含む、請求項315記載の方法。
【請求項３１８】
光切断可能な終結部分の85%〜100%が光切断によって除去される、請求項315〜317のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１９】
光切断が、300 nm〜400 nmの範囲の光の波長を用いて行われる、請求項314記載の方法。
【請求項３２０】
光切断可能な終結部分の85%〜100%が光切断によって除去される、請求項319記載の方法。
【請求項３２１】
請求項1〜307のいずれか一項記載の化合物を用いてSanger配列決定またはSanger型の配列決定を行う方法。
【請求項３２２】
請求項1〜307のいずれか一項記載の化合物を用いてピロ配列決定またはピロ配列決定型の配列決定を行う方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【公表番号】特表２０１１−５２９４４９（Ｐ２０１１−５２９４４９Ａ）
【公表日】平成２３年１２月８日（２０１１．１２．８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５１３６９５（Ｐ２０１１−５１３６９５）
【出願日】平成２１年６月１１日（２００９．６．１１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４７０７１
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１５２３５３
【国際公開日】平成２１年１２月１７日（２００９．１２．１７）
【出願人】（５０９１５７２８１）レーザーゲン インコーポレイテッド (2)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２３年１２月８日（２０１１．１２．８）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年６月１１日（２００９．６．１１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４７０７１
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１５２３５３
【国際公開日】平成２１年１２月１７日（２００９．１２．１７）
【出願人】（５０９１５７２８１）レーザーゲン インコーポレイテッド (2)
【Ｆターム（参考）】
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