フラクトオリゴ糖利用化合物をコードするアシドフィルス菌核酸及びその使用
フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）関連タンパク質の核酸分子及びポリペプチド、並びにそれらの断片及び変種を本発明において開示する。加えて、ＦＯＳ関連融合タンパク質、抗原性ペプチド、並びに、抗ＦＯＳ関連抗体も包含される。本発明は、本発明の核酸分子を含有する組換え体発現ベクター、及びこれらの発現ベクターが導入された宿主細胞も提供する。本発明のポリペプチドを生成する方法、及びそれらの使用法もさらに開示する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１又はその相補体のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１又はその相補体のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；及び
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；及び
（ｆ）ａ）からｅ）のいずれかの相補体
からなる群から選択された単離された核酸分子。
【請求項２】
請求項１に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項３】
異種ポリペプチドをコードする核酸分子をさらに含む、請求項２に記載のベクター。
【請求項４】
請求項２に記載のベクターを含有する宿主細胞。
【請求項５】
細菌宿主細胞である、請求項４に記載の宿主細胞。
【請求項６】
（ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；及び、
（ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸に少なくとも８０％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされているポリペプチドであって、前記ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択された単離されているポリペプチド。
【請求項７】
異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項６に記載のポリペプチド。
【請求項８】
請求項６に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。
【請求項９】
ポリペプチドを生成する方法であって、前記ポリペプチドをコードする核酸分子が発現される条件下で請求項４に記載の宿主細胞を培養することを含み、前記ポリペプチドが、
（ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１の核酸配列によってコードされているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を有するポリペプチドに少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
（ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１の核酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択される方法。
【請求項１０】
試料中のポリペプチドの存在を検出する方法であって、ポリペプチドに選択的に結合する化合物に、前記試料を接触させること、及び前記化合物が前記試料中の前記ポリペプチドに結合するかどうか判定することを含み；前記ポリペプチドが、
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１の核酸配列によってコードされているポリペプチド；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされているポリペプチドであって、前記ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択される方法。
【請求項１１】
前記ポリペプチドに結合する化合物が抗体である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
試料中における請求項１に記載の核酸分子の存在を検出する方法であって、
（ａ）前記核酸分子に選択的にハイブリッド形成する核酸プローブ又はプライマーに、前記試料を接触させるステップと；
（ｂ）前記核酸プローブ又はプライマーが、前記試料中の核酸分子に結合するかどうか判定するステップと
を含む方法。
【請求項１３】
前記試料がｍＲＮＡ分子を含み、かつ核酸プローブと接触させられる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ＦＯＳ及び／又は他の複合糖質を代謝する、細菌の能力を増強する方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列
からなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む方法。
【請求項１５】
宿主の胃腸管でコロニー形成する細菌の能力を改変する方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、
ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；及び、
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列
からなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む方法。
【請求項１６】
哺乳動物の胃腸管で有益な片利共生体の成長を刺激する方法であって、
ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド；
ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチドであって、ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する少なくとも１つの細菌を、前記哺乳動物に導入することを含む方法。
【請求項１７】
野生型のラクトバシラス菌株と比較して、宿主の胃腸管でコロニー形成する改変された能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２に見出される１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの過剰発現によるものであるラクトバシラス菌株。
【請求項１８】
１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの非存在下ではＦＯＳを利用しない、請求項１７に記載のラクトバシラス菌株。
【請求項１９】
請求項１７に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。
【請求項２０】
野生型のラクトバシラス菌株と比較して、ＦＯＳ及び／又は他の複合糖質を代謝する強化されている能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記強化されている能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２に見出される１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの過剰発現によるものであるラクトバシラス菌株。
【請求項２１】
請求項２０に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。
【請求項２２】
調節制御エレメントを含む単離された核酸であって、
（ａ）配列番号：１７３、１７４、１７５、３５３又は３５４のヌクレオチド配列；
（ｂ）本質的に、配列番号：１７３、３５３又は３５４のヌクレオチド配列における、連続した少なくとも５０ヌクレオチドの生物学的に活性な断片からなるヌクレオチド配列；
（ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、（ａ）又は（ｂ）のヌクレオチド配列の相補鎖にハイブリッド形成するヌクレオチド配列であって、前記ヌクレオチド配列が調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列；及び、
（ｄ）（ａ）又は（ｂ）のヌクレオチド配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、前記ヌクレオチド配列が調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列
からなる群より選択されたヌクレオチド配列を含む核酸。
【請求項２３】
調節制御エレメントが、ＦＯＳ関連遺伝子の転写を活性化する、請求項２２に記載の単離された核酸。
【請求項２４】
調節制御エレメントが、ＦＯＳ関連遺伝子の転写を抑制する、請求項２２に記載の単離された核酸。
【請求項２５】
糖の存在下で発現を誘導することによって転写を調節する、請求項２２に記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２６】
糖がショ糖及びＦＯＳからなる群より選択される、請求項２５に記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２７】
請求項２２に記載の単離された核酸を含む単離されたヌクレオチド配列であって、前記配列が、作用可能に結合している対象の異種ヌクレオチド配列の転写を調節するヌクレオチド配列。
【請求項２８】
請求項２７に記載の単離されたヌクレオチド配列を含む形質転換ベクター。
【請求項１】
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１又はその相補体のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１又はその相補体のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；及び
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；及び
（ｆ）ａ）からｅ）のいずれかの相補体
からなる群から選択された単離された核酸分子。
【請求項２】
請求項１に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項３】
異種ポリペプチドをコードする核酸分子をさらに含む、請求項２に記載のベクター。
【請求項４】
請求項２に記載のベクターを含有する宿主細胞。
【請求項５】
細菌宿主細胞である、請求項４に記載の宿主細胞。
【請求項６】
（ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；及び、
（ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸に少なくとも８０％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされているポリペプチドであって、前記ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択された単離されているポリペプチド。
【請求項７】
異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項６に記載のポリペプチド。
【請求項８】
請求項６に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。
【請求項９】
ポリペプチドを生成する方法であって、前記ポリペプチドをコードする核酸分子が発現される条件下で請求項４に記載の宿主細胞を培養することを含み、前記ポリペプチドが、
（ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１の核酸配列によってコードされているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を有するポリペプチドに少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
（ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１の核酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択される方法。
【請求項１０】
試料中のポリペプチドの存在を検出する方法であって、ポリペプチドに選択的に結合する化合物に、前記試料を接触させること、及び前記化合物が前記試料中の前記ポリペプチドに結合するかどうか判定することを含み；前記ポリペプチドが、
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１の核酸配列によってコードされているポリペプチド；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子にコードされているポリペプチドであって、前記ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド；
（ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド
からなる群から選択される方法。
【請求項１１】
前記ポリペプチドに結合する化合物が抗体である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
試料中における請求項１に記載の核酸分子の存在を検出する方法であって、
（ａ）前記核酸分子に選択的にハイブリッド形成する核酸プローブ又はプライマーに、前記試料を接触させるステップと；
（ｂ）前記核酸プローブ又はプライマーが、前記試料中の核酸分子に結合するかどうか判定するステップと
を含む方法。
【請求項１３】
前記試料がｍＲＮＡ分子を含み、かつ核酸プローブと接触させられる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ＦＯＳ及び／又は他の複合糖質を代謝する、細菌の能力を増強する方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、
（ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列
からなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む方法。
【請求項１５】
宿主の胃腸管でコロニー形成する細菌の能力を改変する方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、
ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
（ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のコード領域を含むヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列；
（ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；及び、
（ｅ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているヌクレオチド配列
からなる群より選択される少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む方法。
【請求項１６】
哺乳動物の胃腸管で有益な片利共生体の成長を刺激する方法であって、
ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド；
ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９又は１７１のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチドであって、ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド
からなる群より選択されるポリペプチドを発現する少なくとも１つの細菌を、前記哺乳動物に導入することを含む方法。
【請求項１７】
野生型のラクトバシラス菌株と比較して、宿主の胃腸管でコロニー形成する改変された能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２に見出される１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの過剰発現によるものであるラクトバシラス菌株。
【請求項１８】
１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの非存在下ではＦＯＳを利用しない、請求項１７に記載のラクトバシラス菌株。
【請求項１９】
請求項１７に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。
【請求項２０】
野生型のラクトバシラス菌株と比較して、ＦＯＳ及び／又は他の複合糖質を代謝する強化されている能力を有するラクトバシラス菌株であって、前記強化されている能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０又は１７２に見出される１つ又は複数の異種ＦＯＳ関連ポリペプチドの過剰発現によるものであるラクトバシラス菌株。
【請求項２１】
請求項２０に記載のラクトバシラス菌株を含む培養物。
【請求項２２】
調節制御エレメントを含む単離された核酸であって、
（ａ）配列番号：１７３、１７４、１７５、３５３又は３５４のヌクレオチド配列；
（ｂ）本質的に、配列番号：１７３、３５３又は３５４のヌクレオチド配列における、連続した少なくとも５０ヌクレオチドの生物学的に活性な断片からなるヌクレオチド配列；
（ｃ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、（ａ）又は（ｂ）のヌクレオチド配列の相補鎖にハイブリッド形成するヌクレオチド配列であって、前記ヌクレオチド配列が調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列；及び、
（ｄ）（ａ）又は（ｂ）のヌクレオチド配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、前記ヌクレオチド配列が調節制御エレメントとして生物学的に活性であるヌクレオチド配列
からなる群より選択されたヌクレオチド配列を含む核酸。
【請求項２３】
調節制御エレメントが、ＦＯＳ関連遺伝子の転写を活性化する、請求項２２に記載の単離された核酸。
【請求項２４】
調節制御エレメントが、ＦＯＳ関連遺伝子の転写を抑制する、請求項２２に記載の単離された核酸。
【請求項２５】
糖の存在下で発現を誘導することによって転写を調節する、請求項２２に記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２６】
糖がショ糖及びＦＯＳからなる群より選択される、請求項２５に記載の単離されたヌクレオチド配列。
【請求項２７】
請求項２２に記載の単離された核酸を含む単離されたヌクレオチド配列であって、前記配列が、作用可能に結合している対象の異種ヌクレオチド配列の転写を調節するヌクレオチド配列。
【請求項２８】
請求項２７に記載の単離されたヌクレオチド配列を含む形質転換ベクター。
【図１】
【図２Ａ−２Ｂ】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９】
【図２Ａ−２Ｂ】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９】
【公表番号】特表２００７−５２７７０２（Ｐ２００７−５２７７０２Ａ）
【公表日】平成１９年１０月４日（２００７．１０．４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５１７５２１（Ｐ２００６−５１７５２１）
【出願日】平成１６年６月２２日（２００４．６．２２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１９９２４
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００１０５７
【国際公開日】平成１７年１月６日（２００５．１．６）
【出願人】（５０５４７７１３２）ノース キャロライナ ステイト ユニヴァーシティー (4)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年１０月４日（２００７．１０．４）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年６月２２日（２００４．６．２２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０１９９２４
【国際公開番号】ＷＯ２００５／００１０５７
【国際公開日】平成１７年１月６日（２００５．１．６）
【出願人】（５０５４７７１３２）ノース キャロライナ ステイト ユニヴァーシティー (4)
【Ｆターム（参考）】
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