プロテアーゼ、それをコードする核酸並びにその製造および使用方法
本発明はプロテアーゼ活性を有するポリペプチド、前記ポリペプチドをコードする核酸並びに前記ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを製造および使用する方法を目的とする。本発明のポリペプチドは種々の診断薬、治療薬および工業関係で用いることができる。本発明のポリペプチドは、例えば洗剤、食品加工および逆反応を利用する化学合成のための添加物として用いることができる。さらにまた、本発明のポリペプチドは食品加工、醸造浴添加物、アルコール製造、ペプチド合成、鏡像選択性、皮革工業における皮革製造、廃棄物処理および動物の分解、写真工業における銀の回収、医療、絹の脱ガム、バイオフィルムの分解、バイオマスのアルコールへの変換、生体防御、抗菌剤および消毒剤、身だしなみおよび化粧品、バイオテク試薬、トウモロコシの湿潤混練りの澱粉収量の増加、並びに医薬品（例えば消化促進剤および抗炎症（抗燃素）剤）で用いることができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254と、少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも約50％の配列同一性を有する核酸配列を含む単離または組換え核酸であって、プロテアーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードし、さらに前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される前記核酸。
【請求項２】
配列同一性が少なくとも約51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％または64％である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項３】
配列同一性が、少なくとも約65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれより高い、または100％である、請求項２記載の単離または組換え核酸。
【請求項４】
配列同一性が、少なくとも約50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150残基若しくはそれより多い残基、または遺伝子若しくは転写物の全長にわたる配列同一性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項５】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254に示される配列を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項６】
配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:147、配列番号:151、配列番号:159、配列番号:165、配列番号:172、配列番号:180、配列番号:188、配列番号:194、配列番号:200、配列番号:205、配列番号:211、配列番号:219、配列番号:223、配列番号:230、配列番号:235、配列番号:242、配列番号:249または配列番号:255に示される配列を有するポリペプチド、または配列番号:145によってコードされるポリペプチドをコードする、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項７】
配列比較アルゴリズムがBLAST Ver.2.2.2アルゴリズムであって、フィルタリング設定がblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他のオプションが規定値に設定されている、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項８】
プロテアーゼ活性がペプチド結合の加水分解を触媒する活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項９】
プロテアーゼ活性がエンドプロテアーゼ活性またはエキソプロテアーゼ活性を含む、請求項８記載の単離または組換え核酸。
【請求項１０】
プロテアーゼ活性がプロテイナーゼ活性またはペプチダーゼ活性を含む、請求項８記載の単離または組換え核酸。
【請求項１１】
ペプチダーゼ活性がカルボキシペプチダーゼ活性を含む、請求項10記載の単離または組換え核酸。
【請求項１２】
ペプチダーゼ活性がアミノペプチダーゼ活性を含む、請求項10記載の単離または組換え核酸。
【請求項１３】
プロテアーゼ活性がセリンプロテアーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１４】
プロテアーゼ活性がメタロプロテアーゼ活性、マトリックスプロテアーゼ活性またはコラゲナーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１５】
プロテアーゼ活性がシステインプロテアーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１６】
プロテアーゼ活性がアスパラギンプロテアーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１７】
プロテアーゼ活性がキモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、カリクレインまたはスブチリシン活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１８】
プロテアーゼ活性がペプチダーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１９】
プロテアーゼ活性がジペプチジルペプチダーゼ活性を含む、請求項18記載の単離または組換え核酸。
【請求項２０】
プロテアーゼ活性が熱安定性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２１】
ポリペプチドが約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、約70℃〜約95℃または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持する、請求項20記載の単離または組換え核酸。
【請求項２２】
プロテアーゼ活性が耐熱性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２３】
ポリペプチドが、約37℃より高い温度から約95℃、約55℃より高い温度から約85℃、または約70℃から75℃、または約90℃よりも高い温度から約95℃の範囲の温度に曝露した後にプロテアーゼ活性を維持する、請求項22記載の単離または組換え核酸。
【請求項２４】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離または組換え核酸。
【請求項２５】
核酸が少なくとも長さ約50、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000残基若しくはそれより多い残基、または遺伝子若しくは転写物の完全長である、請求項24記載の単離または組換え核酸。
【請求項２６】
ストリンジェントな条件が、0.2 x SSC中で約65℃にて約15分間の洗浄を含む洗浄工程を含む、請求項24記載の単離または組換え核酸。
【請求項２７】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254を含む配列の少なくとも10の連続する塩基を含み、結合またはハイブリダイゼーションによってプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブ。
【請求項２８】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30~70、約40〜80、約60〜100または約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項27記載の核酸プローブ。
【請求項２９】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、前記プローブが、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254の少なくとも約10の連続する塩基を含む核酸を含み、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムによる分析または目視精査によって決定される前記核酸プローブ。
【請求項３０】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100または約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項29記載の核酸プローブ。
【請求項３１】
請求項１または24記載の配列を含む核酸またはその部分配列を増幅することのできる、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー対。
【請求項３２】
増幅プライマー配列対の構成プライマーが、前記配列の約10〜50の連続する塩基、または、約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30若しくはそれより多くの連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項31記載の増幅プライマー対。
【請求項３３】
増幅プライマー対であって、前記プライマー対が、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254の最初（5'側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれ以上の残基によって示される配列を有する第一のメンバー、および前記第一のメンバーの相補鎖の最初（5'側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれ以上の残基によって示される配列を有する第二のメンバーを含む前記増幅プライマー対。
【請求項３４】
請求項３３記載の増幅プライマー対を用いたポリヌクレオチドの増幅によって生成される、プロテアーゼをコードする核酸。
【請求項３５】
増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による、請求項３４記載のプロテアーゼをコードする核酸。
【請求項３６】
核酸が遺伝子ライブラリーの増幅によって生成される、請求項３４記載のプロテアーゼをコードする核酸。
【請求項３７】
遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項３４記載のプロテアーゼをコードする核酸。
【請求項３８】
請求項３４記載のプロテアーゼをコードする核酸によってコードされる、単離または組換えプロテアーゼ。
【請求項３９】
請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列またはその部分配列を増幅することのできる増幅プライマー配列対で鋳型核酸を増幅することを含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項４０】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項４１】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項４２】
ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクル。
【請求項４３】
ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルスベクターを含む、請求項４２記載のクローニングビヒクル。
【請求項４４】
細菌人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1-誘導体ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)、哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、請求項４２記載のクローニングビヒクル。
【請求項４５】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項４６】
請求項４０記載の発現カセットを含む形質転換細胞。
【請求項４７】
バクテリア細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または植物細胞である、請求項４０記載の形質転換細胞。
【請求項４８】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項４９】
マウスである、請求項４８記載の非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項５０】
請求項１または請求項２４記載の配列を含むトランスジェニック植物。
【請求項５１】
トウモロコシ、ソルガム、ポテト、トマト、小麦、脂肪種子植物、ナタネ、ダイズ、コメ、オオムギ、草本、またはタバコである、請求項５０記載のトランスジェニック植物。
【請求項５２】
請求項１または請求項２４記載の配列を含むトランスジェニック種子。
【請求項５３】
種子が、トウモロコシ種子、小麦核、脂肪種子、ナタネ種子、ヤシ核、ヒマワリ種子、ゴマ種子、コメ、オオムギ、ラッカセイ、タバコ種子である、請求項５２記載のトランスジェニック種子。
【請求項５４】
請求項１若しくは請求項２４記載の配列またはその部分配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５５】
約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80または約60〜100塩基長である、請求項４９記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
請求項１若しくは請求項２４記載の配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に導入するまたは細胞中で発現させることを含む、細胞中のプロテアーゼメッセンジャーの翻訳を阻害する方法。
【請求項５７】
請求項１または請求項２４記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項５８】
約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25ヌクレオチド長またはそれより長い、請求項５２記載の二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項５９】
請求項１または請求項２４記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子を細胞に投与するまたは細胞内で発現させることを含む、細胞におけるプロテアーゼの発現を阻害する方法。
【請求項６０】
（i）配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:8；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:147；配列番号:151；配列番号:159；配列番号:165；配列番号:172；配列番号:180；配列番号:188；配列番号:194；配列番号:200；配列番号:205；配列番号:211；配列番号:219；配列番号:223；配列番号:230；配列番号:235；配列番号:242；配列番号:249または配列番号:255、または配列番号:145によってコードされるポリペプチドと少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50％の配列同一性を有する単離または組換えポリペプチド（前記配列同一性は配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）；または、
（ii）配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:7；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:146；配列番号:150；配列番号:158；配列番号:164；配列番号:171；配列番号:179；配列番号:187；配列番号:193；配列番号:199；配列番号:204；配列番号:210；配列番号:218；配列番号:222；配列番号:229；配列番号:234；配列番号:241；配列番号:248または配列番号:254に示される配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50％の配列同一性を有する核酸によってコードされるか（前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）、または配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:7；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:146；配列番号:150；配列番号:158；配列番号:164；配列番号:171；配列番号:179；配列番号:187；配列番号:193；配列番号:199；配列番号:204；配列番号:210；配列番号:218；配列番号:222；配列番号:229；配列番号:234；配列番号:241；配列番号:248または配列番号:254に示される配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされる、単離または組換えポリペプチド。
【請求項６１】
配列同一性が、少なくとも約51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれより高い、または100％の配列同一性である請求項60に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６２】
配列同一性が、少なくとも酵素の約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050残基またはそれより多い残基領域、または酵素の全長にわたる、請求項６０記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６３】
配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:8；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:147；配列番号:151；配列番号:159；配列番号:165；配列番号:172；配列番号:180；配列番号:188；配列番号:194；配列番号:200；配列番号:205；配列番号:211；配列番号:219；配列番号:223；配列番号:230；配列番号:235；配列番号:242；配列番号:249または配列番号:255記載に示される配列、または配列番号:145によってコードされるポリペプチドに示される配列を有する、請求項６０記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６４】
プロテアーゼ活性を有する、請求項６０記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６５】
プロテアーゼ活性がペプチド結合の加水分解を触媒する活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項６６】
プロテアーゼ活性がエンドプロテアーゼ活性またはエキソプロテアーゼ活性を含む、請求項６５記載の単離または組換え核酸。
【請求項６７】
プロテアーゼ活性がプロテイナーゼ活性またはペプチダーゼ活性を含む、請求項６５記載の単離または組換え核酸。
【請求項６８】
ペプチダーゼ活性がカルボキシペプチダーゼ活性を含む、請求項６７記載の単離または組換え核酸。
【請求項６９】
ペプチダーゼ活性がアミノペプチダーゼ活性を含む、請求項６７記載の単離または組換え核酸。
【請求項７０】
プロテアーゼ活性がセリンプロテアーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７１】
プロテアーゼ活性がメタロプロテイナーゼ活性、マトリックスプロテイナーゼ活性またはコラゲナーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７２】
プロテアーゼ活性がシステインプロテアーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７３】
プロテアーゼ活性がアスパラギンプロテアーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７４】
プロテアーゼ活性がキモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、カリクレインまたはスブチリシン活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７５】
プロテアーゼ活性がペプチダーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７６】
プロテアーゼ活性がジペプチジルペプチダーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７７】
プロテアーゼ活性が熱安定性である、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７８】
ポリペプチドが約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約95℃、約70℃〜約75℃または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持する、請求項77記載の単離または組換え核酸。
【請求項７９】
プロテアーゼ活性が耐熱性である、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項８０】
ポリペプチドが、1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、または約90℃〜約95℃またはそれよりも高い範囲の温度に曝露した後にプロテアーゼ活性を維持する、請求項79記載の単離または組換え核酸。
【請求項８１】
請求項６０記載のポリペプチドを含み、シグナル配列またはプレプロ配列を欠く単離または組換えポリペプチド。
【請求項８２】
請求項６０記載のポリペプチドを含み、異種シグナル配列または異種プレプロ配列を含む単離または組換えポリペプチド。
【請求項８３】
プロテアーゼ活性が約37℃にて、タンパク質１mgあたり約100〜約1000ユニット、タンパク質１mgあたり約500〜約750ユニット、タンパク質１mgあたり約500〜1200ユニット、またはタンパク質１mgあたり約750〜1000ユニットの比活性を含む請求項６４記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８４】
耐熱性が、上昇した温度まで加熱後に37℃におけるプロテアーゼの比活性の少なくとも半分の活性を維持することを含む、請求項７９記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８５】
耐熱性が、上昇した温度まで加熱後に37℃においてタンパク質１mgあたり約500〜1200ユニットの比活性を維持することを含む、請求項７９記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８６】
少なくとも一つのグリコシル化部位を含む、請求項６０記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８７】
グリコシル化がN-結合グリコシル化である、請求項８６記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８８】
P.パストリスまたはS.ポンベで発現させるとグリコシル化される、請求項８７記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８９】
約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5またはpH4.0を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持する、請求項６４記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９０】
約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10またはpH10.5を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持する、請求項６４記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９１】
液体、固体、またはゲルを含む、請求項６０記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物。
【請求項９２】
請求項６０記載のポリペプチドおよび第２のドメインを含むヘテロ二量体。
【請求項９３】
第２のドメインがポリペプチドであり、ヘテロ二量体が融合タンパク質である、請求項９２記載のヘテロ二量体。
【請求項９４】
第２のドメインがエピトープまたはタグである、請求項９２記載のヘテロ二量体。
【請求項９５】
請求項６０記載のポリペプチドを含むホモ二量体。
【請求項９６】
前記ポリペプチドペプチドが請求項６０記載の配列またはその部分配列を含む固定化ポリペプチド。
【請求項９７】
ポリペプチドが細胞上、金属上、樹脂上、ポリマー上、セラミック上、ガラス上、微小電極上、グラファイト粒子上、ビーズ上、ゲル上、プレート上、アレイ上、またはキャピラリー管上に固定化されている、請求項９６記載の固定化ポリペプチド。
【請求項９８】
固定化された請求項６０記載のポリペプチドを含むアレイ。
【請求項９９】
固定化された請求項１または請求項２４記載の核酸を含むアレイ。
【請求項１００】
請求項６０記載のポリペプチドに特異的に結合する単離または組換え抗体。
【請求項１０１】
モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体である、請求項１００記載の単離または組換え抗体。
【請求項１０２】
請求項６０記載のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項１０３】
以下の工程を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法：
（ａ）請求項１０２記載の抗体を提供する工程；
（ｂ）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）のサンプルを工程（ａ）の抗体と、前記抗体が前記ポリペプチドへ特異的に結合することのできる条件下で接触させ、それによりプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程。
【請求項１０４】
請求項１または請求項２４記載の核酸またはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗プロテアーゼ抗体を生じさせることを含む、抗プロテアーゼ抗体の作製方法。
【請求項１０５】
請求項６０記載のポリペプチドまたはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗プロテアーゼ抗体を生じさせることを含む、抗プロテアーゼ抗体の作製方法。
【請求項１０６】
以下の工程を含む、組換えポリペプチドを製造する方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に連結した核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項１または２４記載の配列を含む核酸である、前記工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸を、ポリペプチドの発現が可能な条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを生成させる工程。
【請求項１０７】
更に、工程（ａ）の核酸で宿主細胞を形質転換し、続いて工程（ａ）の核酸を発現させ、それにより形質転換細胞において組換えポリペプチドを生成させることを含む、請求項１０６記載の方法。
【請求項１０８】
（ａ）請求項６４記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）プロテアーゼ基質を提供する工程；および
（ｃ）前記ポリペプチドを工程（ｂ）の基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、基質の量の減少または反応生成物の量の増加によりプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを検出することを含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法。
【請求項１０９】
（ａ）請求項６４記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験基質を提供する工程；および
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、前記基質の量が減少または前記反応生成物が増加すれば前記試験基質をプロテアーゼ基質として同定することを含む、プロテアーゼ基質を同定する方法。
【請求項１１０】
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を有する核酸または前記核酸を含むベクターを、前記核酸がポリペプチドに翻訳され得る条件下で発現させる工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項１１１】
（ａ）請求項６０記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項１１２】
（ａ）請求項６４記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験化合物に接触させ、プロテアーゼ活性を測定する工程、
を含み、前記試験化合物の非存在下で測定されるプロテアーゼ活性に比較して前記試験化合物の存在下で測定されるプロテアーゼ活性が変化すれば、前記試験化合物がプロテアーゼ活性を調節すると決定する、プロテアーゼ活性の調節因子を同定する方法。
【請求項１１３】
プロテアーゼ活性が、プロテアーゼ基質を提供すること、および基質の量の減少若しくは反応生成物の量の増加を検出する、または、基質の量の増加若しくは反応生成物の量の減少を検出すること、によって測定される、請求項１１２記載の方法。
【請求項１１４】
試験化合物非存在下における基質の量若しくは反応生成物の量に比較して、前記試験化合物存在下における基質の量が減少若しくは反応生成物の量が増加すれば、前記試験化合物をプロテアーゼ活性の活性化因子であると同定する、請求項１１３記載の方法。
【請求項１１５】
試験化合物非存在下における基質の量若しくは反応生成物の量に比較して、前記試験化合物存在下における基質の量が増加若しくは反応生成物の量が減少すれば、前記試験化合物をプロテアーゼ活性の阻害因子であると同定する、請求項１１３記載の方法。
【請求項１１６】
プロセッサおよびデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置にはポリペプチド配列または核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列は請求項６０記載の配列または請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列によってコードされるポリペプチドを含む。
【請求項１１７】
更に、配列比較アルゴリズムおよび少なくとも一つの参照配列が保存されたデータ保存装置を含む、請求項１１５記載のコンピュータシステム。
【請求項１１８】
配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、請求項１１７記載のコンピュータシステム。
【請求項１１９】
配列の１以上の特徴を同定するアイデンティファイアーを更に含む請求項１１７記載のコンピュータシステム。
【請求項１２０】
ポリペプチド配列または核酸配列が保存されたコンピュータ読取り可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が請求項６０記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータ読取り可能媒体。
【請求項１２１】
以下の工程を含む、配列中の特徴を同定する方法：
（ａ）配列中の１以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読む工程であって、前記配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項６０記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記コンピュータプログラムにより前記配列中の１以上の特徴を同定する工程。
【請求項１２２】
以下の工程を含む、第１の配列と第２の配列とを比較する方法；
（ａ）配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第１の配列及び第２の配列を読む工程であって、前記第１の配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項６０記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記第１の配列と前記第２の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程。
【請求項１２３】
第１の配列と第２の配列間の相違を決定する工程が、更に多型性を同定する工程を含む、請求項１２２記載の方法。
【請求項１２４】
配列中の１以上の特徴を同定するアイデンティファイアーを更に含む、請求項１２３記載の方法。
【請求項１２５】
コンピュータプログラムを用いて第１の配列を読み、前記配列中の１以上の特徴を同定することを含む、請求項１２４記載の方法。
【請求項１２６】
以下の工程を含む、環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項３１または33記載の増幅プライマー配列対を提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または環境サンプルを前記サンプル中の核酸が前記増幅プライマー対へハイブリダーゼションのために接近可能となるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の核酸を工程（ａ）の増幅プライマー対と合わせ、前記環境サンプルからの核酸を増幅し、それによって前記環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１２７】
増幅プライマー配列対の各構成プライマーが、配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:7；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:146；配列番号:150；配列番号:158；配列番号:164；配列番号:171；配列番号:179；配列番号:187；配列番号:193；配列番号:199；配列番号:204；配列番号:210；配列番号:218；配列番号:222；配列番号:229；配列番号:234；配列番号:241；配列番号:248または配列番号:254に示される配列またはその部分配列の少なくとも約10〜50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項１２６記載の方法。
【請求項１２８】
以下の工程を含む、環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４、またはその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または、環境サンプルを前記サンプル中の核酸が工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブにハイブリダイゼーションのために接近可能であるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の単離された核酸または処理された環境サンプルを工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；
（ｄ）工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって、環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１２９】
環境サンプルが水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、大気サンプルまたは生物学的サンプルを含む、請求項１２７または１２８記載の方法。
【請求項１３０】
生物学的サンプルが細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞、または哺乳動物細胞に由来する請求項１２９記載の方法。
【請求項１３１】
以下の工程を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；および、
（ｂ）前記鋳型配列における１以上のヌクレオチドを改変、欠失または付加、またはそれらの組合せにより、前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項１３２】
変種核酸を発現させて変種プロテアーゼポリペプチドを生成させることを更に含む、請求項１３１記載の方法。
【請求項１３３】
改変、付加または欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結アッセンブリ(SLR)およびそれらの組合せを含む方法により導入される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１３４】
改変、付加、欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ付加二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、およびそれらの組合せによって導入される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１３５】
鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性または安定性に対して変異した若しくは異なる活性を有する、または、変異した若しくは異なる安定性を有するプロテアーゼが生成されるまで反復される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１３６】
変種プロテアーゼポリペプチドが耐熱性であって、上昇した温度に曝露した後にある程度の活性を維持する、請求項１３５記載の方法。
【請求項１３７】
変種プロテアーゼポリペプチドが鋳型核酸によってコードされるポリペプチドに比較してグリコシル化が増加する、請求項１３５記載の方法。
【請求項１３８】
変種プロテアーゼポリペプチドが高温下でプロテアーゼ活性を有し、鋳型核酸によってコードされるプロテアーゼが高温下で活性を有しない、請求項１３５記載の方法。
【請求項１３９】
鋳型核酸のコドン使用とは異なるコドン使用を有するプロテアーゼコード配列が生成されるまで反復される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１４０】
鋳型核酸のメッセンジャー発現または安定性よりも高いまたは低いメッセンジャー発現レベルまたは安定性を有するプロテアーゼ遺伝子が生成されるまで反復される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１４１】
以下の工程を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４２】
以下の工程を含む、プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同一のアミノ酸をコードする異なるコドンに置換し、それによってプロテアーゼをコードする核酸中のコドンを改変する工程。
【請求項１４３】
以下の工程を含む、プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４４】
以下の工程を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を減少させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の少なくとも一つの優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンに置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞でのその発現を減少させる工程であって、前記優先コドンとは宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４５】
宿主細胞が細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、請求項１４４記載の方法。
【請求項１４６】
以下の工程を含む、複数の改変プロテアーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変プロテアーゼ活性部位または基質結合部位が第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする配列を含む第１の核酸に由来する前記方法：
（ａ）第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする第１の核酸を提供する工程であって、前記第１の核酸の配列が、配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:7；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:146；配列番号:150；配列番号:158；配列番号:164；配列番号:171；配列番号:179；配列番号:187；配列番号:193；配列番号:199；配列番号:204；配列番号:210；配列番号:218；配列番号:222；配列番号:229；配列番号:234；配列番号:241；配列番号:248または配列番号:254に示される配列またはその部分配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、前記核酸がプロテアーゼ活性部位またはプロテアーゼ基質結合部位をコードする、前記工程；
（ｂ）前記第１の核酸中の複数の標的コドンにおいて天然のアミノ酸変種をコードする、変異性オリゴヌクレオチドの組を提供する工程；および、
（ｃ）前記変異性オリゴヌクレオチドの組を用いて、変異させた各アミノ酸コドンにおいて一群のアミノ酸変種をコードする、一組の活性部位コード変種核酸または結合部位コード変種核酸を生成する工程。
【請求項１４７】
工程（ａ）の第１の核酸を、最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、または合成連結再アッセンブリ(SLR)を含む方法によって変異させることを含む、請求項１４５記載の方法。
【請求項１４８】
変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド指向変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)またはそれらの組合せを含む方法によって、工程（ａ）の第１の核酸または変種に変異導入することを含む請求項１４５記載の方法。
【請求項１４９】
組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ付加二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、またはそれらの組合せを含む方法によって工程（ａ）の第１の核酸または変種に変異導入することを含む請求項１４５記載の方法。
【請求項１５０】
以下の工程を含む、小分子を作製する方法：
（ａ）小分子を合成または改変できる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の一つが請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸によってコードされるプロテアーゼ酵素を含む、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の酵素の少なくとも一つに対する基質を提供する工程；および
（ｃ）複数の生体触媒反応を容易にする条件下で工程（ｂ）の基質を前記酵素と反応させ、一連の生体触媒反応によって小分子を生成させる工程。
【請求項１５１】
以下の工程を含む小分子を改変する方法：
（ａ）プロテアーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項６４記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）小分子を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）の酵素を、前記プロテアーゼ酵素によって触媒される酵素反応を容易にする条件下で、工程（ｂ）の小分子と反応させる工程。
【請求項１５２】
工程（ａ）の酵素に対する複数の小分子基質を含み、それによって前記プロテアーゼ酵素によって触媒される少なくとも一つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製することを含む、請求項１５１記載の方法。
【請求項１５３】
酵素による複数の生体触媒反応を容易にして前記複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを生成させる条件下で複数の追加の酵素を含む、請求項１５１記載の方法。
【請求項１５４】
ライブラリーを試験して、前記ライブラリー中に所望の活性を示す特定の改変小分子が存在するかどうかを決定する工程をさらに含む、請求項１５３記載の方法。
【請求項１５５】
ライブラリーを試験する工程が、更に、改変小分子の一部を所望の活性を有する特定の改変小分子の存在または非存在について試験し、前記所望の活性を有する特定の改変小分子を生成する少なくとも一つの特異的な生体触媒反応を同定することによって、ライブラリー中の複数の改変小分子の一部を生成するために使用された生体触媒反応の一つを除く全てを系統的に除去する工程を含む、請求項１５４記載の方法。
【請求項１５６】
以下の工程を含む、プロテアーゼ酵素の機能的断片を決定する方法：
（ａ）プロテアーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項６４記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、残存する部分配列についてプロテアーゼ活性を試験し、それによってプロテアーゼ酵素の機能的断片を決定する工程。
【請求項１５７】
プロテアーゼ活性が、プロテアーゼ基質を提供すること、および、基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出すること、によって測定される、請求項１５６記載の方法。
【請求項１５８】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析を用いた、新規な、または、改変された表現型について全細胞を操作する方法：
（ａ）細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が細胞に請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を導入することによって改変される、前記工程；
（ｂ）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成させる工程；
（ｃ）リアルタイムで工程（ｂ）の細胞培養物を監視することにより、前記細胞の少なくとも一つの代謝パラメーターを測定する工程；および、
（ｄ）工程（ｃ）のデータを解析して、測定されたパラメーターが同様な条件下における未改変細胞の対応する測定値と異なるかどうかを決定し、それによってリアルタイム代謝フラックスを用いて細胞の操作された表現型を同定する工程。
【請求項１５９】
細胞の遺伝的構成が細胞中の配列の欠失または配列の改変、もしくは遺伝子の発現をノックアウトすることによって改変される、請求項１５８記載の方法。
【請求項１６０】
新規に操作された表現型を含む細胞を選抜することを更に含む、請求項１５８記載の方法。
【請求項１６１】
さらに、選抜した細胞を培養し、新規に操作された表現型を含む新規な細胞株を生成させることを含む、請求項１６０記載の方法。
【請求項１６２】
（i）配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:8；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:147；配列番号:151；配列番号:159；配列番号:165；配列番号:172；配列番号:180；配列番号:188；配列番号:194；配列番号:200；配列番号:205；配列番号:211；配列番号:219；配列番号:223；配列番号:230；配列番号:235；配列番号:242；配列番号:249または配列番号:255、または配列番号:145によってコードされるポリペプチドの残基１〜17、１〜18、１〜19、１〜20、１〜21、１〜22、１〜23、１〜24、１〜25、１〜26、１〜27、１〜28、１〜28、１〜30、１〜31、１〜32、１〜33、1〜34、１〜35、1〜36、1〜37、1〜38または、1〜39に示される配列、または（ii）表4に示される配列からなる単離または組換えシグナル配列。
【請求項１６３】
請求項１６２記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、キメラポリペプチド。
【請求項１６４】
異種ポリペプチドまたはペプチドがプロテアーゼではない、請求項１６３記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６５】
異種ポリペプチドまたはペプチドがシグナルペプチド(SP)またはプロテアーゼ触媒ドメイン(CD)のアミノ末端、カルボキシル末端、または両方の末端である、請求項１６３記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６６】
キメラポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドは請求項１６２記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、前記単離または組換え核酸。
【請求項１６７】
プロテアーゼのグリコシル化を含む、プロテアーゼポリペプチドの耐熱性または熱安定性を増大させる方法であって、前記ポリペプチドが請求項６０記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドの少なくとも30個の連続するアミノ酸を含む、前記方法。
【請求項１６８】
請求項１または請求項２４記載の核酸を含むベクターを発現させることを含む、細胞で組換えプロテアーゼを過剰発現させる方法であって、過剰発現が高活性プロモーター、二シストロン性ベクター、またはベクターの遺伝子増幅によって行われる、前記方法。
【請求項１６９】
以下の工程を含むトランスジェニック植物の作製方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それにより形質転換植物細胞を生成する工程；
（ｂ）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を生成する工程。
【請求項１７０】
工程（ａ）が更に、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションによって異種核酸を導入することを含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７１】
工程（ａ）が更に、DNA粒子ボンバードメントまたはアグロバクテリウム・ツメファシエンス宿主によって異種核酸を植物組織に直接導入することを含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７２】
以下の工程を含む、植物細胞中で異種核酸配列を発現させる方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に結合した異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程であって、前記異種核酸配列が請求項１または請求項２４記載の配列を含む、前記工程；
（ｂ）前記植物細胞中で前記異種核酸配列が発現する条件下で植物を生育させる工程。
【請求項１７３】
以下の工程を含む、タンパク質含有組成物を加水分解、細分または破壊する方法：
（a）請求項６４記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）タンパク質を含む組成物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記タンパク質含有組成物を加水分解、細分または破壊する条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１７４】
前記組成物が、植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または動物細胞を含む請求項173記載の方法。
【請求項１７５】
以下の工程を含む、組成物からタンパク質を液化または除去する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）タンパク質を含む組成物を提供する工程；
（c）前記プロテアーゼが前記タンパク質を除去または液化する条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１７６】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む洗剤組成物であって、前記ポリペプチドがプロテアーゼ活性を有する、前記洗剤組成物。
【請求項１７７】
プロテアーゼが、非界面活性プロテアーゼまたは界面活性プロテアーゼである、請求項176記載の洗剤組成物。
【請求項１７８】
プロテアーゼが、非水性液状組成物、鋳造固形物、顆粒形態、粒状形態、打錠剤、ゲル状形態、ペーストまたはスラリー状形態として製剤化される請求項176の洗剤組成物。
【請求項１７９】
以下の工程を含む物体の洗浄方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）物体を提供する工程；および
（c）前記組成物が前記物体を洗浄することができる条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の物体と接触させる工程。
【請求項１８０】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む布地または繊維製品。
【請求項１８１】
布地または繊維製品がセルロース含有繊維を含む請求項180記載の方法。
【請求項１８２】
以下の工程を含む、組成物からタンパク質の汚れを除去する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）タンパク質の汚れを有する組成物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記汚れを除去することができる条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１８３】
以下の工程を含む、繊維製品の仕上がりを改善する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）繊維製品を提供する工程；および
（c）前記ポリペプチドが前記繊維製品を処理することができる条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の繊維製品と接触させ、それによって前記繊維製品の仕上がりを改善する工程。
【請求項１８４】
繊維製品が毛織物または絹織物である請求項183記載の方法。
【請求項１８５】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む飼料または食物。
【請求項１８６】
以下の工程を含む、動物によって消費されるに先立って、飼料または食物中のタンパク質を加水分解する方法：
（a）請求項64記載の配列を有するか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるプロテアーゼを含む飼料材料を入手する工程；および、
（b）前記タンパク質が加水分解され処理済食物または飼料が生成されるために十分な量で十分な時間、工程（a）のポリペプチドを前記飼料または食物材料に加え、それによって動物が消費する前に前記食物または飼料中のタンパク質を加水分解する工程。
【請求項１８７】
食物または飼料がトウモロコシである請求項186記載の方法。
【請求項１８８】
以下の工程を含む、乳製品の質感および風味を改善する方法：
（a）プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記プロテアーゼが請求項64記載の配列を有するか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記工程；
（b）乳製品を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記乳製品の質感または風味を改善することができる条件下で工程（a）のポリペプチドおよび工程（b）の乳製品を接触させる工程。
【請求項１８９】
乳製品がチーズまたはヨーグルトを含む請求項188記載の方法。
【請求項１９０】
請求項64記載の配列を有するか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるプロテアーゼを含む乳製品。
【請求項１９１】
以下の工程を含む、肉または魚をやわらかくする方法：
（a）プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記プロテアーゼが請求項64記載の配列を有するか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、；
（b）肉または魚を含む組成物を提供する工程；および
（c）前記ポリペプチドが前記肉または魚をやわらかくすることができる条件下で工程（a）のポリペプチドおよび工程（b）の組成物を接触させる工程。
【請求項１９２】
以下の工程を含む、油に富む植物材料から油の抽出を促進する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）油に富む植物材料を提供する工程；および
（c）プロテアーゼ活性を有する前記ポリペプチドがペプチド結合の加水分解を触媒することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドおよび前記油に富む植物材料を接触させる工程。
【請求項１９３】
油に富む植物材料が油に富む種子を含む、請求項220記載の方法。
【請求項１９４】
前記油がダイズ油、オリーブ油、ナタネ（キャノーラ）油、またはヒマワリ油である請求項193記載の方法。
【請求項１９５】
以下の工程を含む、果実もしくは野菜ジュース、シロップ、ピューレまたは抽出物の調製方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）果実または野菜材料を含む組成物または液体を提供する工程；および
（c）工程（a）のポリペプチドおよび前記組成物を接触させ、それによって前記果実もしくは野菜ジュース、シロップ、ピューレまたは抽出物を調製する工程。
【請求項１９６】
請求項64記載のプロテアーゼまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む紙もしくは紙製品または紙パルプ。
【請求項１９７】
以下の工程を含む、紙または紙もしくは木材パルプを処理する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）紙または紙もしくは木材パルプを含む組成物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが紙または紙もしくは木材パルプを処理することができる条件下で工程（a）のポリペプチドおよび工程（b）の組成物を接触させる工程。
【請求項１９８】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物。
【請求項１９９】
消化補助または局所皮膚保護として機能する、請求項198記載の医薬組成物。
【請求項２００】
請求項199記載の組成物を局所適用することを含む表皮剥離の不均衡を治療する方法。
【請求項２０１】
治療が予防的である請求項199記載の方法。
【請求項２０２】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む口腔ケア製品。
【請求項２０３】
前記製品が練り歯磨き、歯磨きクリーム、ゲルもしくは歯磨き粉、オドンティック、口腔洗浄液、歯磨き前後のリンス剤、チューインガム、ロゼンジまたはキャンディーを含む、請求項202記載の口腔ケア製品。
【請求項２０４】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むコンタクトレンズ洗浄組成物。
【請求項２０５】
以下の工程を含む、動物の固体廃棄物または液体廃棄物を処理する方法：
（a）請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）動物の固体廃棄物または液体廃棄物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記廃棄物を処理できる条件下で工程（a）のポリペプチドおよび工程（b）の固体廃棄物または液体廃棄物を接触させる工程。
【請求項２０６】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む廃棄物の加工生成物であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記廃棄物の加工生成物。
【請求項２０７】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む毛球治療薬であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記毛球治療薬。
【請求項２０８】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む毛球予防組成物であって、前記ポリペプチドが請求項59記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記毛球予防組成物。
【請求項２０９】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む血液または有機的シミ除去剤であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記血液または有機性シミ除去剤。
【請求項２１０】
以下の工程を含む、固体または液体の消毒方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）消毒されるべき固体または液体を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記固体または液体を消毒することができる条件下で工程（a）の組成物および工程（b）の固体または液体を接触させる工程。
【請求項２１１】
工程（a）の組成物がスプレーまたは液体として製剤化される請求項210記載の方法。
【請求項２１２】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む抗菌、抗ウイルスまたは抗芽胞剤であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記抗菌、抗ウイルスまたは抗芽胞剤。
【請求項２１３】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む消毒剤であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記消毒剤。
【請求項２１４】
以下の工程を含む、組織を解離させる方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）工程（a）の組成物を解離されるべき組織と接触させる工程。
【請求項２１５】
組織が創傷である、請求項214記載の方法。
【請求項２１６】
工程（b）の接触が、圧迫潰瘍、脚部潰瘍、火傷、足の糖尿病性潰瘍、瘢痕、IV固定、手術創または小さな傷の治療のための創傷洗浄、創傷床調製に使用される請求項214記載の方法。
【請求項２１７】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む医療用包帯であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記医療用包帯。
【請求項１】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254と、少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも約50％の配列同一性を有する核酸配列を含む単離または組換え核酸であって、プロテアーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードし、さらに前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される前記核酸。
【請求項２】
配列同一性が少なくとも約51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％または64％である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項３】
配列同一性が、少なくとも約65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれより高い、または100％である、請求項２記載の単離または組換え核酸。
【請求項４】
配列同一性が、少なくとも約50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150残基若しくはそれより多い残基、または遺伝子若しくは転写物の全長にわたる配列同一性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項５】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254に示される配列を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項６】
配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:147、配列番号:151、配列番号:159、配列番号:165、配列番号:172、配列番号:180、配列番号:188、配列番号:194、配列番号:200、配列番号:205、配列番号:211、配列番号:219、配列番号:223、配列番号:230、配列番号:235、配列番号:242、配列番号:249または配列番号:255に示される配列を有するポリペプチド、または配列番号:145によってコードされるポリペプチドをコードする、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項７】
配列比較アルゴリズムがBLAST Ver.2.2.2アルゴリズムであって、フィルタリング設定がblastall -p blastp -d “nr pataa” -F Fに設定され、他のオプションが規定値に設定されている、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項８】
プロテアーゼ活性がペプチド結合の加水分解を触媒する活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項９】
プロテアーゼ活性がエンドプロテアーゼ活性またはエキソプロテアーゼ活性を含む、請求項８記載の単離または組換え核酸。
【請求項１０】
プロテアーゼ活性がプロテイナーゼ活性またはペプチダーゼ活性を含む、請求項８記載の単離または組換え核酸。
【請求項１１】
ペプチダーゼ活性がカルボキシペプチダーゼ活性を含む、請求項10記載の単離または組換え核酸。
【請求項１２】
ペプチダーゼ活性がアミノペプチダーゼ活性を含む、請求項10記載の単離または組換え核酸。
【請求項１３】
プロテアーゼ活性がセリンプロテアーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１４】
プロテアーゼ活性がメタロプロテアーゼ活性、マトリックスプロテアーゼ活性またはコラゲナーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１５】
プロテアーゼ活性がシステインプロテアーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１６】
プロテアーゼ活性がアスパラギンプロテアーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１７】
プロテアーゼ活性がキモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、カリクレインまたはスブチリシン活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１８】
プロテアーゼ活性がペプチダーゼ活性を含む、請求項1記載の単離または組換え核酸。
【請求項１９】
プロテアーゼ活性がジペプチジルペプチダーゼ活性を含む、請求項18記載の単離または組換え核酸。
【請求項２０】
プロテアーゼ活性が熱安定性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２１】
ポリペプチドが約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、約70℃〜約95℃または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持する、請求項20記載の単離または組換え核酸。
【請求項２２】
プロテアーゼ活性が耐熱性である、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項２３】
ポリペプチドが、約37℃より高い温度から約95℃、約55℃より高い温度から約85℃、または約70℃から75℃、または約90℃よりも高い温度から約95℃の範囲の温度に曝露した後にプロテアーゼ活性を維持する、請求項22記載の単離または組換え核酸。
【請求項２４】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離または組換え核酸。
【請求項２５】
核酸が少なくとも長さ約50、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000残基若しくはそれより多い残基、または遺伝子若しくは転写物の完全長である、請求項24記載の単離または組換え核酸。
【請求項２６】
ストリンジェントな条件が、0.2 x SSC中で約65℃にて約15分間の洗浄を含む洗浄工程を含む、請求項24記載の単離または組換え核酸。
【請求項２７】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254を含む配列の少なくとも10の連続する塩基を含み、結合またはハイブリダイゼーションによってプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブ。
【請求項２８】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30~70、約40〜80、約60〜100または約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項27記載の核酸プローブ。
【請求項２９】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、前記プローブが、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254の少なくとも約10の連続する塩基を含む核酸を含み、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムによる分析または目視精査によって決定される前記核酸プローブ。
【請求項３０】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100または約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項29記載の核酸プローブ。
【請求項３１】
請求項１または24記載の配列を含む核酸またはその部分配列を増幅することのできる、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー対。
【請求項３２】
増幅プライマー配列対の構成プライマーが、前記配列の約10〜50の連続する塩基、または、約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30若しくはそれより多くの連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項31記載の増幅プライマー対。
【請求項３３】
増幅プライマー対であって、前記プライマー対が、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:146、配列番号:150、配列番号:158、配列番号:164、配列番号:171、配列番号:179、配列番号:187、配列番号:193、配列番号:199、配列番号:204、配列番号:210、配列番号:218、配列番号:222、配列番号:229、配列番号:234、配列番号:241、配列番号:248または配列番号:254の最初（5'側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれ以上の残基によって示される配列を有する第一のメンバー、および前記第一のメンバーの相補鎖の最初（5'側）の約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30またはそれ以上の残基によって示される配列を有する第二のメンバーを含む前記増幅プライマー対。
【請求項３４】
請求項３３記載の増幅プライマー対を用いたポリヌクレオチドの増幅によって生成される、プロテアーゼをコードする核酸。
【請求項３５】
増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による、請求項３４記載のプロテアーゼをコードする核酸。
【請求項３６】
核酸が遺伝子ライブラリーの増幅によって生成される、請求項３４記載のプロテアーゼをコードする核酸。
【請求項３７】
遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項３４記載のプロテアーゼをコードする核酸。
【請求項３８】
請求項３４記載のプロテアーゼをコードする核酸によってコードされる、単離または組換えプロテアーゼ。
【請求項３９】
請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列またはその部分配列を増幅することのできる増幅プライマー配列対で鋳型核酸を増幅することを含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項４０】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項４１】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項４２】
ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクル。
【請求項４３】
ウイルスベクターがアデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターまたはアデノ随伴ウイルスベクターを含む、請求項４２記載のクローニングビヒクル。
【請求項４４】
細菌人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1-誘導体ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)、哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、請求項４２記載のクローニングビヒクル。
【請求項４５】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を含む形質転換細胞。
【請求項４６】
請求項４０記載の発現カセットを含む形質転換細胞。
【請求項４７】
バクテリア細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または植物細胞である、請求項４０記載の形質転換細胞。
【請求項４８】
請求項１または請求項２４記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項４９】
マウスである、請求項４８記載の非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項５０】
請求項１または請求項２４記載の配列を含むトランスジェニック植物。
【請求項５１】
トウモロコシ、ソルガム、ポテト、トマト、小麦、脂肪種子植物、ナタネ、ダイズ、コメ、オオムギ、草本、またはタバコである、請求項５０記載のトランスジェニック植物。
【請求項５２】
請求項１または請求項２４記載の配列を含むトランスジェニック種子。
【請求項５３】
種子が、トウモロコシ種子、小麦核、脂肪種子、ナタネ種子、ヤシ核、ヒマワリ種子、ゴマ種子、コメ、オオムギ、ラッカセイ、タバコ種子である、請求項５２記載のトランスジェニック種子。
【請求項５４】
請求項１若しくは請求項２４記載の配列またはその部分配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５５】
約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80または約60〜100塩基長である、請求項４９記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
請求項１若しくは請求項２４記載の配列に相補的またはストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることのできる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に導入するまたは細胞中で発現させることを含む、細胞中のプロテアーゼメッセンジャーの翻訳を阻害する方法。
【請求項５７】
請求項１または請求項２４記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項５８】
約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25ヌクレオチド長またはそれより長い、請求項５２記載の二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子。
【請求項５９】
請求項１または請求項２４記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA(RNAi)分子を細胞に投与するまたは細胞内で発現させることを含む、細胞におけるプロテアーゼの発現を阻害する方法。
【請求項６０】
（i）配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:8；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:147；配列番号:151；配列番号:159；配列番号:165；配列番号:172；配列番号:180；配列番号:188；配列番号:194；配列番号:200；配列番号:205；配列番号:211；配列番号:219；配列番号:223；配列番号:230；配列番号:235；配列番号:242；配列番号:249または配列番号:255、または配列番号:145によってコードされるポリペプチドと少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50％の配列同一性を有する単離または組換えポリペプチド（前記配列同一性は配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）；または、
（ii）配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:7；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:146；配列番号:150；配列番号:158；配列番号:164；配列番号:171；配列番号:179；配列番号:187；配列番号:193；配列番号:199；配列番号:204；配列番号:210；配列番号:218；配列番号:222；配列番号:229；配列番号:234；配列番号:241；配列番号:248または配列番号:254に示される配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50％の配列同一性を有する核酸によってコードされるか（前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、または目視精査によって決定される）、または配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:7；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:146；配列番号:150；配列番号:158；配列番号:164；配列番号:171；配列番号:179；配列番号:187；配列番号:193；配列番号:199；配列番号:204；配列番号:210；配列番号:218；配列番号:222；配列番号:229；配列番号:234；配列番号:241；配列番号:248または配列番号:254に示される配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされる、単離または組換えポリペプチド。
【請求項６１】
配列同一性が、少なくとも約51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％またはそれより高い、または100％の配列同一性である請求項60に記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６２】
配列同一性が、少なくとも酵素の約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050残基またはそれより多い残基領域、または酵素の全長にわたる、請求項６０記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６３】
配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:8；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:147；配列番号:151；配列番号:159；配列番号:165；配列番号:172；配列番号:180；配列番号:188；配列番号:194；配列番号:200；配列番号:205；配列番号:211；配列番号:219；配列番号:223；配列番号:230；配列番号:235；配列番号:242；配列番号:249または配列番号:255記載に示される配列、または配列番号:145によってコードされるポリペプチドに示される配列を有する、請求項６０記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６４】
プロテアーゼ活性を有する、請求項６０記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項６５】
プロテアーゼ活性がペプチド結合の加水分解を触媒する活性を含む、請求項１記載の単離または組換え核酸。
【請求項６６】
プロテアーゼ活性がエンドプロテアーゼ活性またはエキソプロテアーゼ活性を含む、請求項６５記載の単離または組換え核酸。
【請求項６７】
プロテアーゼ活性がプロテイナーゼ活性またはペプチダーゼ活性を含む、請求項６５記載の単離または組換え核酸。
【請求項６８】
ペプチダーゼ活性がカルボキシペプチダーゼ活性を含む、請求項６７記載の単離または組換え核酸。
【請求項６９】
ペプチダーゼ活性がアミノペプチダーゼ活性を含む、請求項６７記載の単離または組換え核酸。
【請求項７０】
プロテアーゼ活性がセリンプロテアーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７１】
プロテアーゼ活性がメタロプロテイナーゼ活性、マトリックスプロテイナーゼ活性またはコラゲナーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７２】
プロテアーゼ活性がシステインプロテアーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７３】
プロテアーゼ活性がアスパラギンプロテアーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７４】
プロテアーゼ活性がキモトリプシン、トリプシン、エラスターゼ、カリクレインまたはスブチリシン活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７５】
プロテアーゼ活性がペプチダーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７６】
プロテアーゼ活性がジペプチジルペプチダーゼ活性を含む、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７７】
プロテアーゼ活性が熱安定性である、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項７８】
ポリペプチドが約1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約95℃、約70℃〜約75℃または約90℃〜約95℃の温度範囲を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持する、請求項77記載の単離または組換え核酸。
【請求項７９】
プロテアーゼ活性が耐熱性である、請求項６４記載の単離または組換え核酸。
【請求項８０】
ポリペプチドが、1℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約95℃、約55℃〜約85℃、約70℃〜約75℃、または約90℃〜約95℃またはそれよりも高い範囲の温度に曝露した後にプロテアーゼ活性を維持する、請求項79記載の単離または組換え核酸。
【請求項８１】
請求項６０記載のポリペプチドを含み、シグナル配列またはプレプロ配列を欠く単離または組換えポリペプチド。
【請求項８２】
請求項６０記載のポリペプチドを含み、異種シグナル配列または異種プレプロ配列を含む単離または組換えポリペプチド。
【請求項８３】
プロテアーゼ活性が約37℃にて、タンパク質１mgあたり約100〜約1000ユニット、タンパク質１mgあたり約500〜約750ユニット、タンパク質１mgあたり約500〜1200ユニット、またはタンパク質１mgあたり約750〜1000ユニットの比活性を含む請求項６４記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８４】
耐熱性が、上昇した温度まで加熱後に37℃におけるプロテアーゼの比活性の少なくとも半分の活性を維持することを含む、請求項７９記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８５】
耐熱性が、上昇した温度まで加熱後に37℃においてタンパク質１mgあたり約500〜1200ユニットの比活性を維持することを含む、請求項７９記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８６】
少なくとも一つのグリコシル化部位を含む、請求項６０記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８７】
グリコシル化がN-結合グリコシル化である、請求項８６記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８８】
P.パストリスまたはS.ポンベで発現させるとグリコシル化される、請求項８７記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項８９】
約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5またはpH4.0を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持する、請求項６４記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９０】
約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10またはpH10.5を含む条件下でプロテアーゼ活性を維持する、請求項６４記載の単離または組換えポリペプチド。
【請求項９１】
液体、固体、またはゲルを含む、請求項６０記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物。
【請求項９２】
請求項６０記載のポリペプチドおよび第２のドメインを含むヘテロ二量体。
【請求項９３】
第２のドメインがポリペプチドであり、ヘテロ二量体が融合タンパク質である、請求項９２記載のヘテロ二量体。
【請求項９４】
第２のドメインがエピトープまたはタグである、請求項９２記載のヘテロ二量体。
【請求項９５】
請求項６０記載のポリペプチドを含むホモ二量体。
【請求項９６】
前記ポリペプチドペプチドが請求項６０記載の配列またはその部分配列を含む固定化ポリペプチド。
【請求項９７】
ポリペプチドが細胞上、金属上、樹脂上、ポリマー上、セラミック上、ガラス上、微小電極上、グラファイト粒子上、ビーズ上、ゲル上、プレート上、アレイ上、またはキャピラリー管上に固定化されている、請求項９６記載の固定化ポリペプチド。
【請求項９８】
固定化された請求項６０記載のポリペプチドを含むアレイ。
【請求項９９】
固定化された請求項１または請求項２４記載の核酸を含むアレイ。
【請求項１００】
請求項６０記載のポリペプチドに特異的に結合する単離または組換え抗体。
【請求項１０１】
モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体である、請求項１００記載の単離または組換え抗体。
【請求項１０２】
請求項６０記載のポリペプチドに特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項１０３】
以下の工程を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法：
（ａ）請求項１０２記載の抗体を提供する工程；
（ｂ）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；
（ｃ）工程（ｂ）のサンプルを工程（ａ）の抗体と、前記抗体が前記ポリペプチドへ特異的に結合することのできる条件下で接触させ、それによりプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程。
【請求項１０４】
請求項１または請求項２４記載の核酸またはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗プロテアーゼ抗体を生じさせることを含む、抗プロテアーゼ抗体の作製方法。
【請求項１０５】
請求項６０記載のポリペプチドまたはその部分配列を液性免疫応答を生じさせるに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗プロテアーゼ抗体を生じさせることを含む、抗プロテアーゼ抗体の作製方法。
【請求項１０６】
以下の工程を含む、組換えポリペプチドを製造する方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に連結した核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項１または２４記載の配列を含む核酸である、前記工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸を、ポリペプチドの発現が可能な条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを生成させる工程。
【請求項１０７】
更に、工程（ａ）の核酸で宿主細胞を形質転換し、続いて工程（ａ）の核酸を発現させ、それにより形質転換細胞において組換えポリペプチドを生成させることを含む、請求項１０６記載の方法。
【請求項１０８】
（ａ）請求項６４記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）プロテアーゼ基質を提供する工程；および
（ｃ）前記ポリペプチドを工程（ｂ）の基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、基質の量の減少または反応生成物の量の増加によりプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを検出することを含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法。
【請求項１０９】
（ａ）請求項６４記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験基質を提供する工程；および
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験基質と接触させ、前記基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含み、前記基質の量が減少または前記反応生成物が増加すれば前記試験基質をプロテアーゼ基質として同定することを含む、プロテアーゼ基質を同定する方法。
【請求項１１０】
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を有する核酸または前記核酸を含むベクターを、前記核酸がポリペプチドに翻訳され得る条件下で発現させる工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項１１１】
（ａ）請求項６０記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）前記ポリペプチドを前記試験化合物と接触させる工程；および、
（ｄ）工程（ｂ）の試験化合物が前記ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを測定する工程、
を含む、試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法。
【請求項１１２】
（ａ）請求項６４記載のポリペプチドを提供する工程；
（ｂ）試験化合物を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）のポリペプチドを工程（ｂ）の試験化合物に接触させ、プロテアーゼ活性を測定する工程、
を含み、前記試験化合物の非存在下で測定されるプロテアーゼ活性に比較して前記試験化合物の存在下で測定されるプロテアーゼ活性が変化すれば、前記試験化合物がプロテアーゼ活性を調節すると決定する、プロテアーゼ活性の調節因子を同定する方法。
【請求項１１３】
プロテアーゼ活性が、プロテアーゼ基質を提供すること、および基質の量の減少若しくは反応生成物の量の増加を検出する、または、基質の量の増加若しくは反応生成物の量の減少を検出すること、によって測定される、請求項１１２記載の方法。
【請求項１１４】
試験化合物非存在下における基質の量若しくは反応生成物の量に比較して、前記試験化合物存在下における基質の量が減少若しくは反応生成物の量が増加すれば、前記試験化合物をプロテアーゼ活性の活性化因子であると同定する、請求項１１３記載の方法。
【請求項１１５】
試験化合物非存在下における基質の量若しくは反応生成物の量に比較して、前記試験化合物存在下における基質の量が増加若しくは反応生成物の量が減少すれば、前記試験化合物をプロテアーゼ活性の阻害因子であると同定する、請求項１１３記載の方法。
【請求項１１６】
プロセッサおよびデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置にはポリペプチド配列または核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列は請求項６０記載の配列または請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列によってコードされるポリペプチドを含む。
【請求項１１７】
更に、配列比較アルゴリズムおよび少なくとも一つの参照配列が保存されたデータ保存装置を含む、請求項１１５記載のコンピュータシステム。
【請求項１１８】
配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、請求項１１７記載のコンピュータシステム。
【請求項１１９】
配列の１以上の特徴を同定するアイデンティファイアーを更に含む請求項１１７記載のコンピュータシステム。
【請求項１２０】
ポリペプチド配列または核酸配列が保存されたコンピュータ読取り可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が請求項６０記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータ読取り可能媒体。
【請求項１２１】
以下の工程を含む、配列中の特徴を同定する方法：
（ａ）配列中の１以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読む工程であって、前記配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項６０記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記コンピュータプログラムにより前記配列中の１以上の特徴を同定する工程。
【請求項１２２】
以下の工程を含む、第１の配列と第２の配列とを比較する方法；
（ａ）配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第１の配列及び第２の配列を読む工程であって、前記第１の配列はポリペプチド配列または核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項６０記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；および、
（ｂ）前記第１の配列と前記第２の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程。
【請求項１２３】
第１の配列と第２の配列間の相違を決定する工程が、更に多型性を同定する工程を含む、請求項１２２記載の方法。
【請求項１２４】
配列中の１以上の特徴を同定するアイデンティファイアーを更に含む、請求項１２３記載の方法。
【請求項１２５】
コンピュータプログラムを用いて第１の配列を読み、前記配列中の１以上の特徴を同定することを含む、請求項１２４記載の方法。
【請求項１２６】
以下の工程を含む、環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項３１または33記載の増幅プライマー配列対を提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または環境サンプルを前記サンプル中の核酸が前記増幅プライマー対へハイブリダーゼションのために接近可能となるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の核酸を工程（ａ）の増幅プライマー対と合わせ、前記環境サンプルからの核酸を増幅し、それによって前記環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１２７】
増幅プライマー配列対の各構成プライマーが、配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:7；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:146；配列番号:150；配列番号:158；配列番号:164；配列番号:171；配列番号:179；配列番号:187；配列番号:193；配列番号:199；配列番号:204；配列番号:210；配列番号:218；配列番号:222；配列番号:229；配列番号:234；配列番号:241；配列番号:248または配列番号:254に示される配列またはその部分配列の少なくとも約10〜50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項１２６記載の方法。
【請求項１２８】
以下の工程を含む、環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４、またはその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；
（ｂ）環境サンプルから核酸を単離する、または、環境サンプルを前記サンプル中の核酸が工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブにハイブリダイゼーションのために接近可能であるように処理する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）の単離された核酸または処理された環境サンプルを工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；
（ｄ）工程（ａ）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって、環境サンプルからプロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１２９】
環境サンプルが水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、大気サンプルまたは生物学的サンプルを含む、請求項１２７または１２８記載の方法。
【請求項１３０】
生物学的サンプルが細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞、または哺乳動物細胞に由来する請求項１２９記載の方法。
【請求項１３１】
以下の工程を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；および、
（ｂ）前記鋳型配列における１以上のヌクレオチドを改変、欠失または付加、またはそれらの組合せにより、前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項１３２】
変種核酸を発現させて変種プロテアーゼポリペプチドを生成させることを更に含む、請求項１３１記載の方法。
【請求項１３３】
改変、付加または欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結アッセンブリ(SLR)およびそれらの組合せを含む方法により導入される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１３４】
改変、付加、欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ付加二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、およびそれらの組合せによって導入される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１３５】
鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性または安定性に対して変異した若しくは異なる活性を有する、または、変異した若しくは異なる安定性を有するプロテアーゼが生成されるまで反復される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１３６】
変種プロテアーゼポリペプチドが耐熱性であって、上昇した温度に曝露した後にある程度の活性を維持する、請求項１３５記載の方法。
【請求項１３７】
変種プロテアーゼポリペプチドが鋳型核酸によってコードされるポリペプチドに比較してグリコシル化が増加する、請求項１３５記載の方法。
【請求項１３８】
変種プロテアーゼポリペプチドが高温下でプロテアーゼ活性を有し、鋳型核酸によってコードされるプロテアーゼが高温下で活性を有しない、請求項１３５記載の方法。
【請求項１３９】
鋳型核酸のコドン使用とは異なるコドン使用を有するプロテアーゼコード配列が生成されるまで反復される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１４０】
鋳型核酸のメッセンジャー発現または安定性よりも高いまたは低いメッセンジャー発現レベルまたは安定性を有するプロテアーゼ遺伝子が生成されるまで反復される、請求項１３１記載の方法。
【請求項１４１】
以下の工程を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４２】
以下の工程を含む、プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同一のアミノ酸をコードする異なるコドンに置換し、それによってプロテアーゼをコードする核酸中のコドンを改変する工程。
【請求項１４３】
以下の工程を含む、プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主における前記核酸の発現を増加させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４４】
以下の工程を含む、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞における前記核酸の発現を減少させる方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む、プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および、
（ｂ）工程（ａ）の核酸中の少なくとも一つの優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンに置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞でのその発現を減少させる工程であって、前記優先コドンとは宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において高頻度に提示されるコドンであり、非優先コドンまたは低優先コドンとは前記宿主細胞中の遺伝子内のコード配列において低頻度に提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１４５】
宿主細胞が細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、請求項１４４記載の方法。
【請求項１４６】
以下の工程を含む、複数の改変プロテアーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変プロテアーゼ活性部位または基質結合部位が第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする配列を含む第１の核酸に由来する前記方法：
（ａ）第１の活性部位または第１の基質結合部位をコードする第１の核酸を提供する工程であって、前記第１の核酸の配列が、配列番号:1；配列番号:3；配列番号:5；配列番号:7；配列番号:9；配列番号:11；配列番号:13；配列番号:15；配列番号:17；配列番号:19；配列番号:21；配列番号:23；配列番号:25；配列番号:27；配列番号:29；配列番号:31；配列番号:33；配列番号:35；配列番号:37；配列番号:39；配列番号:41；配列番号:43；配列番号:45；配列番号:47；配列番号:49；配列番号:51；配列番号:53；配列番号:55；配列番号:57；配列番号:59；配列番号:61；配列番号:63；配列番号:65；配列番号:67；配列番号:69；配列番号:71；配列番号:73；配列番号:75；配列番号:77；配列番号:79；配列番号:81；配列番号:83；配列番号:85；配列番号:87；配列番号:89；配列番号:91；配列番号:93；配列番号:95；配列番号:97；配列番号:99；配列番号:101；配列番号:103；配列番号:105；配列番号:107；配列番号:109；配列番号:111；配列番号:113；配列番号:115；配列番号:117；配列番号:119；配列番号:121；配列番号:123；配列番号:125；配列番号:127；配列番号:129；配列番号:131；配列番号:133；配列番号:135；配列番号:137；配列番号:139；配列番号:141；配列番号:143；配列番号:145；配列番号:146；配列番号:150；配列番号:158；配列番号:164；配列番号:171；配列番号:179；配列番号:187；配列番号:193；配列番号:199；配列番号:204；配列番号:210；配列番号:218；配列番号:222；配列番号:229；配列番号:234；配列番号:241；配列番号:248または配列番号:254に示される配列またはその部分配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、前記核酸がプロテアーゼ活性部位またはプロテアーゼ基質結合部位をコードする、前記工程；
（ｂ）前記第１の核酸中の複数の標的コドンにおいて天然のアミノ酸変種をコードする、変異性オリゴヌクレオチドの組を提供する工程；および、
（ｃ）前記変異性オリゴヌクレオチドの組を用いて、変異させた各アミノ酸コドンにおいて一群のアミノ酸変種をコードする、一組の活性部位コード変種核酸または結合部位コード変種核酸を生成する工程。
【請求項１４７】
工程（ａ）の第１の核酸を、最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、または合成連結再アッセンブリ(SLR)を含む方法によって変異させることを含む、請求項１４５記載の方法。
【請求項１４８】
変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド指向変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(GSSM)、合成連結再アッセンブリ(SLR)またはそれらの組合せを含む方法によって、工程（ａ）の第１の核酸または変種に変異導入することを含む請求項１４５記載の方法。
【請求項１４９】
組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ付加二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、またはそれらの組合せを含む方法によって工程（ａ）の第１の核酸または変種に変異導入することを含む請求項１４５記載の方法。
【請求項１５０】
以下の工程を含む、小分子を作製する方法：
（ａ）小分子を合成または改変できる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の一つが請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸によってコードされるプロテアーゼ酵素を含む、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の酵素の少なくとも一つに対する基質を提供する工程；および
（ｃ）複数の生体触媒反応を容易にする条件下で工程（ｂ）の基質を前記酵素と反応させ、一連の生体触媒反応によって小分子を生成させる工程。
【請求項１５１】
以下の工程を含む小分子を改変する方法：
（ａ）プロテアーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項６４記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）小分子を提供する工程；
（ｃ）工程（ａ）の酵素を、前記プロテアーゼ酵素によって触媒される酵素反応を容易にする条件下で、工程（ｂ）の小分子と反応させる工程。
【請求項１５２】
工程（ａ）の酵素に対する複数の小分子基質を含み、それによって前記プロテアーゼ酵素によって触媒される少なくとも一つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製することを含む、請求項１５１記載の方法。
【請求項１５３】
酵素による複数の生体触媒反応を容易にして前記複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを生成させる条件下で複数の追加の酵素を含む、請求項１５１記載の方法。
【請求項１５４】
ライブラリーを試験して、前記ライブラリー中に所望の活性を示す特定の改変小分子が存在するかどうかを決定する工程をさらに含む、請求項１５３記載の方法。
【請求項１５５】
ライブラリーを試験する工程が、更に、改変小分子の一部を所望の活性を有する特定の改変小分子の存在または非存在について試験し、前記所望の活性を有する特定の改変小分子を生成する少なくとも一つの特異的な生体触媒反応を同定することによって、ライブラリー中の複数の改変小分子の一部を生成するために使用された生体触媒反応の一つを除く全てを系統的に除去する工程を含む、請求項１５４記載の方法。
【請求項１５６】
以下の工程を含む、プロテアーゼ酵素の機能的断片を決定する方法：
（ａ）プロテアーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項６４記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む酵素である、前記工程；
（ｂ）工程（ａ）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、残存する部分配列についてプロテアーゼ活性を試験し、それによってプロテアーゼ酵素の機能的断片を決定する工程。
【請求項１５７】
プロテアーゼ活性が、プロテアーゼ基質を提供すること、および、基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出すること、によって測定される、請求項１５６記載の方法。
【請求項１５８】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析を用いた、新規な、または、改変された表現型について全細胞を操作する方法：
（ａ）細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的構成が細胞に請求項１または請求項２４記載の配列を含む核酸を導入することによって改変される、前記工程；
（ｂ）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成させる工程；
（ｃ）リアルタイムで工程（ｂ）の細胞培養物を監視することにより、前記細胞の少なくとも一つの代謝パラメーターを測定する工程；および、
（ｄ）工程（ｃ）のデータを解析して、測定されたパラメーターが同様な条件下における未改変細胞の対応する測定値と異なるかどうかを決定し、それによってリアルタイム代謝フラックスを用いて細胞の操作された表現型を同定する工程。
【請求項１５９】
細胞の遺伝的構成が細胞中の配列の欠失または配列の改変、もしくは遺伝子の発現をノックアウトすることによって改変される、請求項１５８記載の方法。
【請求項１６０】
新規に操作された表現型を含む細胞を選抜することを更に含む、請求項１５８記載の方法。
【請求項１６１】
さらに、選抜した細胞を培養し、新規に操作された表現型を含む新規な細胞株を生成させることを含む、請求項１６０記載の方法。
【請求項１６２】
（i）配列番号:2；配列番号:4；配列番号:6；配列番号:8；配列番号:10；配列番号:12；配列番号:14；配列番号:16；配列番号:18；配列番号:20；配列番号:22；配列番号:24；配列番号:26；配列番号:28；配列番号:30；配列番号:32；配列番号:34；配列番号:36；配列番号:38；配列番号:40；配列番号:42；配列番号:44；配列番号:46；配列番号:48；配列番号:50；配列番号:52；配列番号:54；配列番号:56；配列番号:58；配列番号:60；配列番号:62；配列番号:64；配列番号:66；配列番号:68；配列番号:70；配列番号:72；配列番号:74；配列番号:76；配列番号:78；配列番号:80；配列番号:82；配列番号:84；配列番号:86；配列番号:88；配列番号:90；配列番号:92；配列番号:94；配列番号:96；配列番号:98；配列番号:100；配列番号:102；配列番号:104；配列番号:106；配列番号:108；配列番号:110；配列番号:112；配列番号:114；配列番号:116；配列番号:118；配列番号:120；配列番号:122；配列番号:124；配列番号:126；配列番号:128；配列番号:130；配列番号:132；配列番号:134；配列番号:136；配列番号:138；配列番号:140；配列番号:142；配列番号:144；配列番号:147；配列番号:151；配列番号:159；配列番号:165；配列番号:172；配列番号:180；配列番号:188；配列番号:194；配列番号:200；配列番号:205；配列番号:211；配列番号:219；配列番号:223；配列番号:230；配列番号:235；配列番号:242；配列番号:249または配列番号:255、または配列番号:145によってコードされるポリペプチドの残基１〜17、１〜18、１〜19、１〜20、１〜21、１〜22、１〜23、１〜24、１〜25、１〜26、１〜27、１〜28、１〜28、１〜30、１〜31、１〜32、１〜33、1〜34、１〜35、1〜36、1〜37、1〜38または、1〜39に示される配列、または（ii）表4に示される配列からなる単離または組換えシグナル配列。
【請求項１６３】
請求項１６２記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、キメラポリペプチド。
【請求項１６４】
異種ポリペプチドまたはペプチドがプロテアーゼではない、請求項１６３記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６５】
異種ポリペプチドまたはペプチドがシグナルペプチド(SP)またはプロテアーゼ触媒ドメイン(CD)のアミノ末端、カルボキシル末端、または両方の末端である、請求項１６３記載のキメラポリペプチド。
【請求項１６６】
キメラポリペプチドをコードする単離または組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドは請求項１６２記載の配列を有するシグナルペプチド(SP)を含む少なくとも第１のドメイン、および、異種ポリペプチドまたはペプチドを含む少なくとも第２のドメインを含み、前記異種ポリペプチドまたはペプチドが前記シグナルペプチド(SP)と天然では連結していない、前記単離または組換え核酸。
【請求項１６７】
プロテアーゼのグリコシル化を含む、プロテアーゼポリペプチドの耐熱性または熱安定性を増大させる方法であって、前記ポリペプチドが請求項６０記載のポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドの少なくとも30個の連続するアミノ酸を含む、前記方法。
【請求項１６８】
請求項１または請求項２４記載の核酸を含むベクターを発現させることを含む、細胞で組換えプロテアーゼを過剰発現させる方法であって、過剰発現が高活性プロモーター、二シストロン性ベクター、またはベクターの遺伝子増幅によって行われる、前記方法。
【請求項１６９】
以下の工程を含むトランスジェニック植物の作製方法：
（ａ）請求項１または請求項２４記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それにより形質転換植物細胞を生成する工程；
（ｂ）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を生成する工程。
【請求項１７０】
工程（ａ）が更に、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションによって異種核酸を導入することを含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７１】
工程（ａ）が更に、DNA粒子ボンバードメントまたはアグロバクテリウム・ツメファシエンス宿主によって異種核酸を植物組織に直接導入することを含む、請求項１６９記載の方法。
【請求項１７２】
以下の工程を含む、植物細胞中で異種核酸配列を発現させる方法：
（ａ）プロモーターに機能可能に結合した異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程であって、前記異種核酸配列が請求項１または請求項２４記載の配列を含む、前記工程；
（ｂ）前記植物細胞中で前記異種核酸配列が発現する条件下で植物を生育させる工程。
【請求項１７３】
以下の工程を含む、タンパク質含有組成物を加水分解、細分または破壊する方法：
（a）請求項６４記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１若しくは請求項２４記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）タンパク質を含む組成物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記タンパク質含有組成物を加水分解、細分または破壊する条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１７４】
前記組成物が、植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞、または動物細胞を含む請求項173記載の方法。
【請求項１７５】
以下の工程を含む、組成物からタンパク質を液化または除去する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）タンパク質を含む組成物を提供する工程；
（c）前記プロテアーゼが前記タンパク質を除去または液化する条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１７６】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む洗剤組成物であって、前記ポリペプチドがプロテアーゼ活性を有する、前記洗剤組成物。
【請求項１７７】
プロテアーゼが、非界面活性プロテアーゼまたは界面活性プロテアーゼである、請求項176記載の洗剤組成物。
【請求項１７８】
プロテアーゼが、非水性液状組成物、鋳造固形物、顆粒形態、粒状形態、打錠剤、ゲル状形態、ペーストまたはスラリー状形態として製剤化される請求項176の洗剤組成物。
【請求項１７９】
以下の工程を含む物体の洗浄方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）物体を提供する工程；および
（c）前記組成物が前記物体を洗浄することができる条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の物体と接触させる工程。
【請求項１８０】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む布地または繊維製品。
【請求項１８１】
布地または繊維製品がセルロース含有繊維を含む請求項180記載の方法。
【請求項１８２】
以下の工程を含む、組成物からタンパク質の汚れを除去する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）タンパク質の汚れを有する組成物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記汚れを除去することができる条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１８３】
以下の工程を含む、繊維製品の仕上がりを改善する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）繊維製品を提供する工程；および
（c）前記ポリペプチドが前記繊維製品を処理することができる条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の繊維製品と接触させ、それによって前記繊維製品の仕上がりを改善する工程。
【請求項１８４】
繊維製品が毛織物または絹織物である請求項183記載の方法。
【請求項１８５】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む飼料または食物。
【請求項１８６】
以下の工程を含む、動物によって消費されるに先立って、飼料または食物中のタンパク質を加水分解する方法：
（a）請求項64記載の配列を有するか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるプロテアーゼを含む飼料材料を入手する工程；および、
（b）前記タンパク質が加水分解され処理済食物または飼料が生成されるために十分な量で十分な時間、工程（a）のポリペプチドを前記飼料または食物材料に加え、それによって動物が消費する前に前記食物または飼料中のタンパク質を加水分解する工程。
【請求項１８７】
食物または飼料がトウモロコシである請求項186記載の方法。
【請求項１８８】
以下の工程を含む、乳製品の質感および風味を改善する方法：
（a）プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記プロテアーゼが請求項64記載の配列を有するか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記工程；
（b）乳製品を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記乳製品の質感または風味を改善することができる条件下で工程（a）のポリペプチドおよび工程（b）の乳製品を接触させる工程。
【請求項１８９】
乳製品がチーズまたはヨーグルトを含む請求項188記載の方法。
【請求項１９０】
請求項64記載の配列を有するか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるプロテアーゼを含む乳製品。
【請求項１９１】
以下の工程を含む、肉または魚をやわらかくする方法：
（a）プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程であって、前記プロテアーゼが請求項64記載の配列を有するか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、；
（b）肉または魚を含む組成物を提供する工程；および
（c）前記ポリペプチドが前記肉または魚をやわらかくすることができる条件下で工程（a）のポリペプチドおよび工程（b）の組成物を接触させる工程。
【請求項１９２】
以下の工程を含む、油に富む植物材料から油の抽出を促進する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）油に富む植物材料を提供する工程；および
（c）プロテアーゼ活性を有する前記ポリペプチドがペプチド結合の加水分解を触媒することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドおよび前記油に富む植物材料を接触させる工程。
【請求項１９３】
油に富む植物材料が油に富む種子を含む、請求項220記載の方法。
【請求項１９４】
前記油がダイズ油、オリーブ油、ナタネ（キャノーラ）油、またはヒマワリ油である請求項193記載の方法。
【請求項１９５】
以下の工程を含む、果実もしくは野菜ジュース、シロップ、ピューレまたは抽出物の調製方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）果実または野菜材料を含む組成物または液体を提供する工程；および
（c）工程（a）のポリペプチドおよび前記組成物を接触させ、それによって前記果実もしくは野菜ジュース、シロップ、ピューレまたは抽出物を調製する工程。
【請求項１９６】
請求項64記載のプロテアーゼまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む紙もしくは紙製品または紙パルプ。
【請求項１９７】
以下の工程を含む、紙または紙もしくは木材パルプを処理する方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）紙または紙もしくは木材パルプを含む組成物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが紙または紙もしくは木材パルプを処理することができる条件下で工程（a）のポリペプチドおよび工程（b）の組成物を接触させる工程。
【請求項１９８】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物。
【請求項１９９】
消化補助または局所皮膚保護として機能する、請求項198記載の医薬組成物。
【請求項２００】
請求項199記載の組成物を局所適用することを含む表皮剥離の不均衡を治療する方法。
【請求項２０１】
治療が予防的である請求項199記載の方法。
【請求項２０２】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む口腔ケア製品。
【請求項２０３】
前記製品が練り歯磨き、歯磨きクリーム、ゲルもしくは歯磨き粉、オドンティック、口腔洗浄液、歯磨き前後のリンス剤、チューインガム、ロゼンジまたはキャンディーを含む、請求項202記載の口腔ケア製品。
【請求項２０４】
請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むコンタクトレンズ洗浄組成物。
【請求項２０５】
以下の工程を含む、動物の固体廃棄物または液体廃棄物を処理する方法：
（a）請求項64記載のポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；
（b）動物の固体廃棄物または液体廃棄物を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記廃棄物を処理できる条件下で工程（a）のポリペプチドおよび工程（b）の固体廃棄物または液体廃棄物を接触させる工程。
【請求項２０６】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む廃棄物の加工生成物であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記廃棄物の加工生成物。
【請求項２０７】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む毛球治療薬であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記毛球治療薬。
【請求項２０８】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む毛球予防組成物であって、前記ポリペプチドが請求項59記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記毛球予防組成物。
【請求項２０９】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む血液または有機的シミ除去剤であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記血液または有機性シミ除去剤。
【請求項２１０】
以下の工程を含む、固体または液体の消毒方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）消毒されるべき固体または液体を提供する工程；および
（c）前記プロテアーゼが前記固体または液体を消毒することができる条件下で工程（a）の組成物および工程（b）の固体または液体を接触させる工程。
【請求項２１１】
工程（a）の組成物がスプレーまたは液体として製剤化される請求項210記載の方法。
【請求項２１２】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む抗菌、抗ウイルスまたは抗芽胞剤であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記抗菌、抗ウイルスまたは抗芽胞剤。
【請求項２１３】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む消毒剤であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記消毒剤。
【請求項２１４】
以下の工程を含む、組織を解離させる方法：
（a）請求項64記載のプロテアーゼ活性を有するポリペプチドまたは請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；
（b）工程（a）の組成物を解離されるべき組織と接触させる工程。
【請求項２１５】
組織が創傷である、請求項214記載の方法。
【請求項２１６】
工程（b）の接触が、圧迫潰瘍、脚部潰瘍、火傷、足の糖尿病性潰瘍、瘢痕、IV固定、手術創または小さな傷の治療のための創傷洗浄、創傷床調製に使用される請求項214記載の方法。
【請求項２１７】
プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを含む医療用包帯であって、前記ポリペプチドが請求項64記載の配列を含むか、または請求項１もしくは請求項24記載の核酸によってコードされる、前記医療用包帯。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【公表番号】特表２００６−５１６８８９（Ｐ２００６−５１６８８９Ａ）
【公表日】平成１８年７月１３日（２００６．７．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００５−５０１１８６（Ｐ２００５−５０１１８６）
【出願日】平成１５年１０月１０日（２００３．１０．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０３２８１９
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０３３６６８
【国際公開日】平成１６年４月２２日（２００４．４．２２）
【出願人】（５０３０８９４８９）ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年７月１３日（２００６．７．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年１０月１０日（２００３．１０．１０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０３２８１９
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０３３６６８
【国際公開日】平成１６年４月２２日（２００４．４．２２）
【出願人】（５０３０８９４８９）ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
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