ホスホリパーゼ、それらをコードする核酸並びにそれらの製造方法及び使用方法
本発明は、ホスホリパーゼ活性（例えばホスホリパーゼA、B、C及びD活性、パタチン活性、ホスファチジン酸ホスファターゼ（PAP）及び/又は脂質アシルヒドロラーゼ（LAH）活性を含む）を有する新規なポリペプチド、前記ポリペプチドをコードする核酸、前記ポリペプチドと結合する抗体を提供する。これらホスホリパーゼの使用を含む工業的方法（例えば油の脱ガム）及び製品もまた提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173と、少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50%の配列同一性を有する核酸配列を含む単離又は組換え核酸であって、
前記核酸がホスホリパーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードし、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって又は目視検査によって決定される、前記単離又は組換え核酸。
【請求項２】
配列同一性が少なくとも約51%、52%、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％又は64％である、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項３】
配列同一性が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に対して少なくとも約65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれより高いか、又は100%の配列同一性である、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項４】
配列同一性が、少なくとも約10、20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150残基若しくはそれより長い残基、又は遺伝子もしくは転写物の完全長の領域にわたる、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項５】
核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に示される配列を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項６】
核酸配列が、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172又は配列番号174に示される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項７】
配列比較アルゴリズムがBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであって、フィルタリング設定がblastall −p blastp d “nr pataa” F Fに設定されており、且つ他の全てのオプションはデフォルトに設定されている、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項８】
ホスホリパーゼ活性が、グリセロホスフェートエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項９】
ホスホリパーゼ活性が、植物油のリン脂質のエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項8の単離又は組換え核酸。
【請求項１０】
植物油のリン脂質が脂肪種子のリン脂質を含む、請求項8の単離又は組換え核酸。
【請求項１１】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼC（PLC）活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１２】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼA（PLA）活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１３】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼB（PLB）活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１４】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼD（PLD）活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１５】
ホスホリパーゼD活性がホスホリパーゼD1活性又はホスホリパーゼD2活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１６】
ホスホリパーゼ活性が糖タンパク質の加水分解を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１７】
糖タンパク質がジャガイモ塊茎を含む、請求項16の単離又は組換え核酸。
【請求項１８】
ホスホリパーゼ活性がパタチン酵素活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１９】
ホスホリパーゼ活性が脂質アシルヒドロラーゼ（LAH）活性を含む、請求項18の単離又は組換え核酸。
【請求項２０】
ホスホリパーゼ活性が熱安定性である、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項２１】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃、又は約55℃〜約85℃、又は約70℃〜約75℃、又は約70℃〜約95℃、又は約90℃〜約95℃の間の温度範囲を含む条件下でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項20の単離又は組換え核酸。
【請求項２２】
ホスホリパーゼ活性が耐熱性である、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項２３】
ポリペプチドが、37℃を超える温度から約95℃、又は約55℃を超える温度から約85℃、又は約70℃から約75℃、又は90℃を超える温度から約95℃の範囲の温度に暴露された後もホスホリパーゼ活性を保持する、請求項22の単離又は組換え核酸。
【請求項２４】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、単離又は組換え核酸。
【請求項２５】
核酸の長さが、少なくとも約20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、100、125、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000残基若しくはそれより長い残基、又は遺伝子若しくは転写物の完全長である、請求項24の単離又は組換え核酸。
【請求項２６】
ストリンジェントな条件が、0.2X SSC中、約65℃の温度で約15分間の洗滌を含む洗滌工程を含む、請求項24の単離又は組換え核酸。
【請求項２７】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173を含む配列の少なくとも10の連続する塩基を含み、結合又はハイブリダイゼーションによって前記核酸を同定する、前記核酸プローブ。
【請求項２８】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100、又は約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項27の核酸プローブ。
【請求項２９】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173の少なくとも約10の連続する残基を含む核酸を含み、配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって又は目視検査によって決定される、前記核酸プローブ。
【請求項３０】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100、又は約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項29の核酸プローブ。
【請求項３１】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配列対であって、
請求項1若しくは請求項24に記載の配列又はその部分配列を含む核酸を増幅することができる、前記増幅プライマー配列対。
【請求項３２】
増幅プライマー配列対のメンバーが、前記配列の少なくとも約10〜50の連続する塩基、又は約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24若しくは25の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項29の増幅プライマー対。
【請求項３３】
増幅プライマー対であって、
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、 25、26、27、28、29若しくは30残基、又はそれより多い残基によって示される配列をもつ第一のメンバーと、前記第一のメンバーの相補鎖の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29若しくは30残基、又はそれより多い残基によって示される配列をもつ第二のメンバーとを含む、前記増幅プライマー対。
【請求項３４】
請求項33に記載の増幅プライマー対を用いるポリヌクレオチドの増幅によって生成される、ホスホリパーゼをコードする核酸。
【請求項３５】
増幅がポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によるものである、請求項34のホスホリパーゼをコードする核酸。
【請求項３６】
遺伝子ライブラリーの増幅によって生成される、請求項34のホスホリパーゼをコードする核酸。
【請求項３７】
遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項34のホスホリパーゼをコードする核酸。
【請求項３８】
請求項34に記載のホスホリパーゼをコードする核酸によってコードされる、単離又は組換えホスホリパーゼ。
【請求項３９】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法であって、
請求項1又は請求項24に記載の核酸配列又はその部分配列を増幅することができる増幅プライマー配列対を用いて鋳型核酸を増幅することを含む、前記方法。
【請求項４０】
請求項33に記載の増幅プライマー対を用いて核酸を増幅すること、及び増幅された核酸を発現させることを含む、ホスホリパーゼの生成方法。
【請求項４１】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸を含む、発現カセット。
【請求項４２】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸を含む、ベクター。
【請求項４３】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクルであって、
クローニングビヒクルがウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージ又は人工染色体を含む、前記クローニングビヒクル。
【請求項４４】
ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ関連ウイルスベクターを含む、請求項43のクローニングビヒクル。
【請求項４５】
細菌人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）、又は哺乳動物人工染色体（MAC）を含む、請求項43のクローニングビヒクル。
【請求項４６】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸を含む、形質転換細胞。
【請求項４７】
請求項41に記載の発現カセットを含む、形質転換細胞。
【請求項４８】
細胞が細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は植物細胞である、請求項47の形質転換細胞。
【請求項４９】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項５０】
動物がマウスである、請求項49の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項５１】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、トランスジェニック植物。
【請求項５２】
植物が、トウモロコシの草木、ソルガムの草木、ジャガイモの草木、タバコの草木、トマトの草木、コムギの草木、脂肪種子の草木、アブラナの草木、ダイズの草木、イネの草木、オオムギの草木、牧草、綿実、ヤシ、ゴマの草木、落花生の草木、ヒマワリの草本又はタバコの草木である、請求項51のトランスジェニック植物。
【請求項５３】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、トランスジェニック種子。
【請求項５４】
種子が、トウモロコシの種子、コムギの穀粒、脂肪種子、ナタネ、大豆の種子、ヤシの実、ヒマワリの種子、ゴマの種子、コメ、オオムギ、落花生、綿実、ヤシ、落花生、ゴマの種子、ヒマワリの種子又はタバコの草木の種子である、請求項53のトランスジェニック種子。
【請求項５５】
請求項1若しくは請求項24に記載の配列若しくはその部分配列に対して相補的である核酸配列を含むか、又は請求項1若しくは請求項24に記載の配列若しくはその部分配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
長さが約10〜50塩基、約20〜60塩基、約30〜70塩基、約40〜80塩基、又は約60〜100塩基である、請求項55のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５７】
ホスホリパーゼメッセージの翻訳を細胞内で阻害する方法であって、
請求項1若しくは請求項24に記載の配列に対して相補的である核酸配列又は請求項1若しくは請求項24に記載の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを、細胞に投与するか又は細胞内で発現させることを含む、前記方法。
【請求項５８】
請求項1又は請求項24に記載の配列の部分配列を含む、二本鎖阻害性RNA（RNAi）分子。
【請求項５９】
RNAiが、約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25又はそれより長い二重鎖ヌクレオチドである、請求項58の二本鎖阻害性RNA（RNAi）分子。
【請求項６０】
ホスホリパーゼの発現を細胞内で阻害する方法であって、
二本鎖阻害性RNA（RNAi）を細胞に投与するか又は細胞内で発現させることを含み、ここで前記RNAが請求項1又は請求項24に記載の配列の部分配列を含む、前記方法。
【請求項６１】
以下の(i)〜(iii)のいずれかの単離又は組換えポリペプチド：
（i）配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172又は配列番号174と少なくとも約100残基の領域にわたって、少なくとも約50%の配列同一性を有し、前記配列同一性が、配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、又は目視検査によって決定される、単離又は組換えポリペプチド；
（ii）配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に示される配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも約50%の配列同一性を有する核酸によってコードされ、さらに前記配列同一性が、配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、又は目視検査によって決定される、単離又は組換えポリペプチド；又は
(iii)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に示される配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされる、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６２】
配列同一性が、少なくとも約51%、52%、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79%、80%、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれより高いか、又は100%の配列同一性である、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６３】
配列同一性が、少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、又はそれより多い残基、又は酵素の完全長の領域に及ぶ、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６４】
配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172又は配列番号174に示される配列を有する、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６５】
ポリペプチドがホスホリパーゼ活性を有する、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６６】
ホスホリパーゼ活性がグリセロホスフェートエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６７】
ホスホリパーゼ活性が、植物油のリン脂質のエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項66の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６８】
植物油のリン脂質が脂肪種子のリン脂質を含む、請求項67の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６９】
植物油のリン脂質が、植物油、高リン油、大豆油、キャノーラ油、パーム油、綿実油、トウモロコシ油、ヤシの実由来のリン脂質、米ぬか油、ココナッツ油、ゴマ油、魚油、藻類のリン脂質、ヒマワリ油、精油、果実種子油、ブドウ種子リン脂質、アプリコットリン脂質又はルリチシャのリン脂質から得られる、請求項67の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７０】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼC（PLC）活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７１】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼA（PLA）活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７２】
ホスホリパーゼA活性がホスホリパーゼA1活性又はホスホリパーゼA2活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７３】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼD（PLD）活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７４】
ホスホリパーゼD活性がホスホリパーゼD1活性又はホスホリパーゼD2活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７５】
ホスホリパーゼ活性が糖タンパク質の加水分解を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７６】
糖タンパク質がジャガイモの塊茎を含む、請求項68の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７７】
ホスホリパーゼ活性がパタチン酵素活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７８】
ホスホリパーゼ活性が脂質アシルヒドロラーゼ（LAH）活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７９】
ホスホリパーゼ活性が熱安定性である、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８０】
ポリペプチドが、約20℃から約30℃、約25℃から約40℃、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約95℃、約70℃から約75℃、又は約90℃から約95℃の間の温度範囲を含む条件下でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項79の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８１】
ホスホリパーゼ活性が耐熱性である、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８２】
ポリペプチドが、37℃を超える温度から約95℃、約55℃を超える温度から約85℃、約70℃から約75℃、又は90℃を超える温度から約95℃の範囲の温度に暴露された後でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項81の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８３】
請求項61記載のポリペプチドを含み、且つシグナル配列を欠いている、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８４】
請求項61記載のポリペプチドを含み、且つ異種シグナル配列を有する、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８５】
ホスホリパーゼ活性が、約37℃で約10から約100ユニット/mgタンパク質、約100から約1000ユニット/mgタンパク質、約500から約750ユニット/mgタンパク質、約500から約1200ユニット/mgタンパク質、又は約750から約1000ユニット/mgタンパク質の範囲の比活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８６】
耐熱性が、高温に加熱した後で、37℃でのホスホリパーゼの比活性の少なくとも半分を保持することを含む、請求項81の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８７】
耐熱性が、高温に加熱した後で、37℃での比活性の約500から約1200ユニット/mgタンパク質の範囲を保持することを含む、請求項81の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８８】
ポリペプチドが少なくとも1つのグリコシル化部位を含む、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８９】
グリコシル化がN-結合グリコシル化である、請求項88の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項９０】
ポリペプチドが、P.パストリス又はS.ポンベで発現された後でグリコシル化される、請求項89の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項９１】
ポリペプチドが、約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5又はpH4.0を含む条件下でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項９２】
ポリペプチドが、約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9.0、pH9.5又はpH10.0、又はpH10.5を含む条件下でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項９３】
請求項61記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物であって、液体、固体又はゲルを含む前記タンパク質調製物。
【請求項９４】
請求項61記載のポリペプチドと第二のドメインとを含む、ヘテロダイマー。
【請求項９５】
第二のドメインがポリペプチドであり、ヘテロダイマーが融合タンパク質である、請求項94のヘテロダイマー。
【請求項９６】
第二のドメインがエピトープ又はタグである、請求項94のヘテロダイマー。
【請求項９７】
請求項61記載のポリペプチドを含むホモダイマー。
【請求項９８】
ポリペプチドが請求項61記載の配列又はその部分配列を含む、固定されたポリペプチド。
【請求項９９】
ポリペプチドが、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、マイクロ電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイ又はキャピラリー管上に固定されている、請求項98の固定されたポリペプチド。
【請求項１００】
請求項61記載の固定されたポリペプチドを含むアレイ。
【請求項１０１】
請求項1又は請求項24記載の固定された核酸を含むアレイ。
【請求項１０２】
請求項61記載のポリペプチドと特異的に結合する単離又は組換え抗体。
【請求項１０３】
抗体がモノクローナル抗体又はポリクローナル抗体である、請求項102の単離又は組換え抗体。
【請求項１０４】
請求項61記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体を含む、ハイブリドーマ。
【請求項１０５】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドを単離又は同定する方法であって、
（a）請求項102記載の抗体を提供する工程；
（b）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；及び
（c）前記抗体が前記ポリペプチドと特異的に結合する条件下で、工程（b）のサンプルを工程（a）の抗体と接触させ、それによってホスホリパーゼを単離又は同定する工程；
を含む前記方法。
【請求項１０６】
抗ホスホリパーゼ抗体を生成する方法であって、
請求項1又は請求項24に記載の核酸又はその部分配列を、液性免疫応答を生じさせるのに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗ホスホリパーゼ抗体を生成することを含む、前記方法。
【請求項１０７】
抗ホスホリパーゼ抗体を生成する方法であって、
請求項61に記載のポリペプチド又はその部分配列を、液性免疫応答を生じさせるのに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗ホスホリパーゼ抗体を生成することを含む、前記方法。
【請求項１０８】
組換えポリペプチドを生成する方法であって、
（a）プロモーターに機能可能に連結された核酸を提供する工程、ここで前記核酸は請求項1又は請求項24に記載の配列を含み；及び
（b）前記ポリペプチドの発現を可能にする条件下で工程（a）の核酸を発現させ、それによって組換えポリペプチドを生成する工程；
を含む前記方法。
【請求項１０９】
工程（a）の核酸で宿主細胞を形質転換し、続いて工程（a）の核酸を発現させ、それによって組換えポリペプチドを形質転換細胞で生成する工程をさらに含む、請求項108の方法。
【請求項１１０】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法であって、
（a）請求項65に記載のポリペプチドを提供する工程；
（b）ホスホリパーゼの基質を提供する工程；及び
（c）前記ポリペプチドを工程（b）の基質と接触させて、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程、ここで基質の量の減少又は反応生成物の量の増加によってホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが検出される；
を含む前記方法。
【請求項１１１】
ホスホリパーゼ基質を同定する方法であって、
（a）請求項65に記載のポリペプチドを提供する工程；
（b）被検基質を提供する工程；及び
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の被検基質と接触させて、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程、ここで、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加が、前記被検基質をホスホリパーゼ基質として同定する；
を含む前記方法。
【請求項１１２】
被検化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法であって、
（a）核酸又は前記核酸を含むベクターを、前記核酸のポリペプチドへの翻訳を許容する条件下で発現させる工程、ここで前記核酸は請求項1又は請求項24に記載の配列を有し；
（b）被検化合物を提供する工程；
（c）前記ポリペプチドを前記被検化合物と接触させる工程；及び
（d）工程（b）の被検化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程；
を含む前記方法。
【請求項１１３】
被検化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法であって、
（a）請求項61に記載のポリペプチドを提供する工程；
（b）被検化合物を提供する工程；
（c）前記ポリペプチドを被検化合物と接触させる工程；及び
（d）工程（b）の被検化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程；
を含む前記方法。
【請求項１１４】
ホスホリパーゼ活性のモジュレーターを同定する方法であって、
（a）請求項65に記載のポリペプチドを提供する工程；
（b）被検化合物を提供する工程；
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の被検化合物と接触させて、ホスホリパーゼの活性を測定する工程、ここで、被検化合物の非存在下で測定したホスホリパーゼ活性と比較して、被検化合物の存在下で測定したホスホリパーゼ活性における変化は、被検化合物がホスホリパーゼ活性を調節するという決定を提供する；
を含む前記方法。
【請求項１１５】
ホスホリパーゼ活性が、ホスホリパーゼ基質を提供すること、及び基質量の減少若しくは反応生成物量の増加又は基質量の増加若しくは反応生成物量の減少を検出することによって測定される、請求項114の方法。
【請求項１１６】
被検化合物が存在しないときの基質量又は反応生成物量と比較して、前記被検化合物が存在するときの基質量の減少又は反応生成物量の増加により、前記被検化合物はホスホリパーゼ活性のアクチベーターと同定される、請求項115の方法。
【請求項１１７】
被検化合物が存在しないときの基質量又は反応生成物量と比較して、前記被検化合物が存在するときの基質量の増加又は反応生成物量の減少によって、前記被検化合物はホスホリパーゼ活性の阻害物質と同定される、請求項115の方法。
【請求項１１８】
プロセッサ及びデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、
前記データ保存装置はポリペプチド配列又は核酸配列を保存しており、ここで前記ポリペプチド配列は請求項61に記載の配列を含み、前記ポリペプチドは請求項1又は請求項24に記載の核酸によってコードされている、前記コンピュータシステム。
【請求項１１９】
配列比較アルゴリズムと、少なくとも1つの参照配列が保存されているデータ保存装置とをさらに含む、請求項118のコンピュータシステム。
【請求項１２０】
配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、請求項119のコンピュータシステム。
【請求項１２１】
配列の1以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーをさらに含む、請求項119のコンピュータシステム。
【請求項１２２】
ポリペプチド配列又は核酸配列が保存されてあるコンピュータ読み取り可能な媒体であって、
前記ポリペプチド配列が請求項61に記載のポリペプチド；請求項1又は請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータ読み取り可能な媒体。
【請求項１２３】
以下の工程を含む、配列中の特徴を同定する方法：
（a）配列中の1以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読み取る工程、ここで前記配列はポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項61に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み；及び
（b）前記コンピュータプログラムにより前記配列中の1以上の特徴を同定する工程。
【請求項１２４】
以下の工程を含む、第一の配列を第二の配列と比較する方法：
（a）配列を比較するコンピュータプログラムの使用により第一の配列及び第二の配列を読み取る工程、ここで第一の配列はポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項61に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み；及び
（b）前記コンピュータプログラムにより第一の配列と第二の配列との間の相違を決定する工程。
【請求項１２５】
第一の配列と第二の配列との間の相違を決定する工程が、多型性を同定する工程をさらに含む、請求項124の方法。
【請求項１２６】
さらに、配列中の1以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーを含む、請求項124の方法。
【請求項１２７】
コンピュータプログラムを用いて第一の配列を読み取り、配列中の1以上の特徴を同定する工程を含む、請求項126の方法。
【請求項１２８】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境サンプルから単離又は回収する方法：
（a）請求項33に記載の増幅プライマー配列対を提供する工程；
（b）環境サンプルから核酸を単離する工程、又は前記環境サンプル中の核酸を前記増幅プライマー対とのハイブリダイゼーションに利用できるように、前記環境サンプルを処理する工程；及び
（c）工程（b）の核酸を工程（a）の増幅プライマー対と一緒にして前記環境サンプル由来の核酸を増幅し、それによってホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境サンプルから単離又は回収する工程。
【請求項１２９】
増幅プライマー配列対の各メンバーが、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171若しくは配列番号173に示される配列又はその部分配列のうち少なくとも約10〜50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項128の方法。
【請求項１３０】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境サンプルから単離又は回収する方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；
（b）環境サンプルから核酸を単離する工程、又は前記サンプル中の核酸を工程（a）のポリヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションに利用できるように、前記環境サンプルを処理する工程；
（c）工程（b）の単離された核酸又は処理された環境サンプルを、工程（a）のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；及び
（d）工程（a）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによってホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を前記環境サンプルから単離又は回収する工程。
【請求項１３１】
環境サンプルが、水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、大気サンプル又は生物学的サンプルを含む、請求項128又は請求項130の方法。
【請求項１３２】
生物学的サンプルが、細菌細胞、原虫細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞又は哺乳動物細胞に由来する、請求項131の方法。
【請求項１３３】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；及び
（b）前記鋳型配列中の1以上のヌクレオチドの改変、欠失若しくは付加、又はそれらの組合せを実施して、前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項１３４】
さらに、変種核酸を発現させて変種ホスホリパーゼポリペプチドを生成する工程を含む、請求項133の方法。
【請求項１３５】
改変、付加又は欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシャルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(商標)(GSSM(商標)）、合成連結再アッセンブリ（SLR）及びそれらの組合せを含む方法によって導入される、請求項133の方法。
【請求項１３６】
改変、付加または欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ保有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、及びそれらの組合せを含む方法によって導入される、請求項133の方法。
【請求項１３７】
方法が、鋳型核酸によってコードされるポリペプチドのものとは変化した若しくは異なる活性又は変化した若しくは異なる安定性を有するホスホリパーゼが生成されるまで反復的に繰り返される、請求項133の方法。
【請求項１３８】
変種ホスホリパーゼポリペプチドが耐熱性であり、高温に暴露された後で幾らか活性を保持している、請求項137の方法。
【請求項１３９】
鋳型核酸によってコードされたホスホリパーゼと比較して、変種ホスホリパーゼポリペプチドのグリコシル化が増加している、請求項137の方法。
【請求項１４０】
変種ホスホリパーゼポリペプチドが高温下でホスホリパーゼ活性を有し、鋳型核酸によってコードされたホスホリパーゼは高温下で活性を持たない、請求項137の方法。
【請求項１４１】
方法が、鋳型核酸のコドン使用頻度とは変化したコドン使用頻度を示すホスホリパーゼコード配列が生成されるまで反復的に繰り返される、請求項133の方法。
【請求項１４２】
方法が、鋳型核酸のメッセージ発現レベル又は安定性レベルより高いまたは低いレベルを有するホスホリパーゼ遺伝子が生成されるまで反復的に繰り返される、請求項133の方法。
【請求項１４３】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞でのその発現を高める方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、そのコドンを同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンで置換し、よって前記核酸を改変して宿主細胞内での発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先コドンまたは前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである前記工程。
【請求項１４４】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸のコドンを同定し、そのコドンを同じアミノ酸をコードする別のコドンで置換し、それによってホスホリパーゼをコードする核酸のコドンを改変する工程。
【請求項１４５】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞での発現を高める方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、ホスホリパーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、そのコドンを同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンで置換し、ここで前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンであり、よって前記核酸を改変して宿主細胞での発現を高める工程。
【請求項１４６】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞での発現を低下させる方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、ホスホリパーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸の少なくとも1つの好ましいコドンを同定し、そのコドンを同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンで置換し、ここで前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンであり、よって前記核酸を改変して宿主細胞での発現を低下させる工程。
【請求項１４７】
宿主細胞が、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、又は哺乳動物細胞である、請求項146の方法。
【請求項１４８】
以下の工程を含む、複数の改変されたホスホリパーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変される活性部位または基質結合部位は、第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする配列を含む第一の核酸に由来する前記方法：（a）第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする第一の核酸を提供する工程、ここで前記第一の核酸配列は、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に示される配列、又はその部分配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、さらに前記核酸はホスホリパーゼ活性部位又はホスホリパーゼ基質結合部位をコードし；（b）第一の核酸内の複数の標的コドンで天然に存在するアミノ酸変種をコードする一組の変異原性オリゴヌクレオチドを提供する工程；及び（c）前記一組の変異原性オリゴヌクレオチドを用いて、変異を導入された各アミノ酸コドンで一連のアミノ酸変種をコードする一組の活性部位コード変種または基質結合部位コード変種核酸を生成し、それによって複数の改変ホスホリパーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する工程。
【請求項１４９】
最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入(商標)（GSSM(商標)）及び合成連結再アッセンブリ(SLR)を含む方法によって、工程（a）の第一の核酸に変異を導入する工程を含む、請求項148の方法。
【請求項１５０】
変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシャルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(商標)（GSSM(商標)）、合成連結再アッセンブリ(SLR)及びそれらの組合せを含む方法によって、工程（a）の第一の核酸に変異を導入する工程を含む、請求項148の方法。
【請求項１５１】
組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ保有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成及びそれらの組合せを含む方法によって、工程（a）の第一の核酸又は変種に変異を導入する工程を含む、請求項148の方法。
【請求項１５２】
以下の工程を含む小分子を生成する方法：（a）小分子を合成または改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の1つは請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸によってコードされるホスホリパーゼ酵素を含む前記工程；（b）工程（a）の酵素の少なくとも1つのための基質を提供する工程；及び（c）複数の生体触媒反応を促進する条件下で工程（b）の基質を前記酵素と反応させて一連の生体触媒反応により小分子を生成する工程。
【請求項１５３】
以下の工程を含む小分子を改変する方法：（a）ホスホリパーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は、請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む前記工程；（b）小分子を提供する工程；及び（c）前記ホスホリパーゼ酵素によって触媒される酵素反応が促進される条件下で工程（a）の酵素を工程（b）の小分子と反応させ、それによってホスホリパーゼ酵素反応により小分子を改変する工程。
【請求項１５４】
工程（a）の酵素の小分子基質を複数含み、よってホスホリパーゼ酵素により触媒される少なくとも1つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製する、請求項153の方法。
【請求項１５５】
複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを形成するために、前記酵素による複数の生体触媒反応が促進される条件下で複数の追加酵素をさらに含む、請求項153の方法。
【請求項１５６】
さらに、所望の活性を示す特定の改変小分子がライブラリー内に存在するか否かを決定するために前記ライブラリーを試験する工程を含む、請求項155の方法。
【請求項１５７】
ライブラリーを試験する工程が、さらに、所望の活性をもつ特定の改変小分子の有無について改変小分子の一部を試験することによって、ライブラリー内の複数の改変小分子の一部を生成するために使用された生体触媒反応の1つ以外の全てを系統的に排除し、所望の活性をもつ特定の改変小分子を生成する少なくとも1つの特異的な生体触媒反応を同定する工程を含む、請求項156の方法。
【請求項１５８】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する方法：（a）ホスホリパーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む前記工程；及び（b）工程（a）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、さらにホスホリパーゼ活性について残りの部分配列を試験し、それによってホスホリパーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する工程。
【請求項１５９】
ホスホリパーゼ活性が、ホスホリパーゼ基質を提供して、基質量の減少又は反応生成物量の増加を検出することによって測定される、請求項158の方法。
【請求項１６０】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析を使用することによる新規又は改変表現型のホールセル操作方法：（a）細胞の遺伝的組成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的組成は、請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸の細胞への添加によって改変される前記工程；（b）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成する工程；（c）工程（b）の細胞培養をリアルタイムでモニターすることによって細胞の少なくとも1つの代謝パラメーターを測定する工程；及び（d）工程（c）のデータを分析して、前記測定パラメーターが同様な条件下における非改変細胞の対応する測定値と異なっているか否かを決定し、それによって、リアルタイム代謝フラックス分析を用いて細胞の操作された表現型を同定する工程。
【請求項１６１】
細胞の遺伝的組成が、細胞内の配列の欠失若しくは改変、又は遺伝子発現のノックアウトを含む方法によって改変される、請求項160の方法。
【請求項１６２】
新規に操作された表現型を含む細胞を選別する工程をさらに含む、請求項160の方法。
【請求項１６３】
選別された細胞を培養し、それによって新規に操作された表現型を含む新規な細胞株を生成する工程をさらに含む、請求項162の方法。
【請求項１６４】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173の残基1から16、1から17、1から18、1から19、1から20、1から21、１から22、１から23、１から24、１から25、1から26、1から27、1から28、1から29、1から30、1から31、1から32、1から33に示される配列から成る単離又は組換えシグナル配列。
【請求項１６５】
請求項164に記載の配列を有するシグナルペプチド（SP）を含む少なくとも第一のドメイン及び異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも第二のドメインを含むキメラポリペプチドであって、前記異種ポリペプチド又はペプチドが天然には前記シグナルペプチド（SP）とは結合していない、前記キメラポリペプチド。
【請求項１６６】
異種ポリペプチド又はペプチドがホスホリパーゼではない、請求項165のキメラポリペプチド。
【請求項１６７】
異種ポリペプチドが、シグナルペプチド（SP）又は触媒ドメイン（CD）のアミノ末端、カルボキシ末端又はその両端に存在する、請求項165のキメラポリペプチド。
【請求項１６８】
キメラポリペプチドをコードする単離又は組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドが、請求項164に記載の配列を有するシグナルペプチド（SP）を含む少なくとも第一のドメイン及び異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも第二のドメインを含み、前記異種ポリペプチド又はペプチドが天然には前記シグナルペプチド（SP）とは結合していない、前記単離又は組換え核酸。
【請求項１６９】
ホスホリパーゼをグリコシル化することを含む、ホスホリパーゼポリペプチドの耐熱性又は熱安定性を高める方法であって、前記ポリペプチドが、請求項61に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドの少なくとも30の連続するアミノ酸を含み、それによって前記ホスホリパーゼの耐熱性又は熱安定性が高められる、前記方法。
【請求項１７０】
細胞で組換えホスホリパーゼを過剰発現させる方法であって、前記方法が請求項1又は請求項24に記載の核酸配列を含むベクターを発現させることを含み、ここで過剰発現が高活性プロモーターの使用、ジシストロン性ベクターの使用又はベクターの遺伝子増幅によって実施される、前記方法。
【請求項１７１】
以下の工程を含むトランスジェニック植物を作製する方法：（a）異種核酸配列を前記細胞に導入し（ここで前記異種核酸配列は請求項1又は請求項24に記載の配列を含む）、それによって形質転換細胞を作製する工程；（b）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を生産する工程。
【請求項１７２】
工程（a）がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーション又はマイクロインジェクションによって前記異種核酸配列を導入することを含む、請求項171の方法。
【請求項１７３】
工程（a）が、DNA粒子衝撃によって、又はアグロバクテリウムツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）宿主を使用することによって、植物組織に直接前記異種核酸配列を導入することを含む、請求項171の方法。
【請求項１７４】
以下の工程を含む、植物細胞で異種核酸配列を発現させる方法：（a）プロモーターに機能的に連結された異種核酸配列で前記植物細胞を形質転換する工程、ここで前記異種核酸配列は請求項1又は請求項24に記載の配列を含み；（b）前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現される条件下で、前記植物を生長させる工程。
【請求項１７５】
以下の工程を含む、リン脂質含有組成物を加水分解し、分解し又は破壊する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）リン脂質を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ホスホリパーゼが前記リン脂質含有組成物を加水分解し、分解し又は破壊する条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１７６】
組成物がリン脂質含有脂質二重層又は膜を含む、請求項175の方法。
【請求項１７７】
組成物が、植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は動物細胞を含む、請求項175の方法。
【請求項１７８】
以下の工程を含む、リン脂質含有組成物を液化又は除去する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）リン脂質を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ホスホリパーゼが前記リン脂質含有組成物を除去又は液化する条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１７９】
請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む洗剤組成物であって、前記ポリペプチドがホスホリパーゼ活性を有する、前記洗剤組成物。
【請求項１８０】
ホスホリパーゼが非表面活性ホスホリパーゼ又は表面活性ホスホリパーゼである、請求項179の洗剤組成物。
【請求項１８１】
ホスホリパーゼが、非水性液状組成物、鋳造固体、凍結乾燥粉末、顆粒形、粒状形、圧縮錠剤、ペレット、ゲル形、エーロゾル又はスラリー形である請求項179の洗剤組成物。
【請求項１８２】
以下の工程を含む、対象物を洗浄する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）対象物を提供する工程；及び（c）前記組成物が前記対象物を洗浄することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の対象物と接触させる工程。
【請求項１８３】
以下の工程を含む油を脱ガムする方法を提供する：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）リン脂質含有脂肪又は油を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが前記組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドと工程（b）の組成物とを接触させる工程。
【請求項１８４】
油含有組成物が植物、動物、藻類又は魚類の油若しくは脂肪を含む、請求項183の方法。
【請求項１８５】
植物油が、米ぬか油、大豆油、菜種油、トウモロコシ油、ヤシの実の油、キャノーラ油、ヒマワリ油、ゴマ油、又は落花生油を含む、請求項183の方法。
【請求項１８６】
ポリペプチドが、油含有組成物中の水和性及び/又は非水和性リン脂質のホスファチドを加水分解する、請求項183の方法。
【請求項１８７】
ポリペプチドが、ホスファチドをグリセリルホスホエステル結合で加水分解して、ジグリセリドと水溶性ホスフェート化合物を生成する、請求項183の方法。
【請求項１８８】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項183の方法。
【請求項１８９】
ポリペプチドがホスホリパーゼD活性を有し、さらにホスファターゼ酵素がまた添加される、請求項183の方法。
【請求項１９０】
接触工程が、油中の水和リン脂質の加水分解を含む、請求項183の方法。
【請求項１９１】
工程（c）の加水分解条件が、アルカリ性pHで約20℃から40℃の温度を含む、請求項183の方法。
【請求項１９２】
アルカリ性条件が、約pH8からpH10のpHを含む、請求項190の方法。
【請求項１９３】
工程（c）の加水分解条件が、約３〜10分の反応時間を含む、請求項183の方法。
【請求項１９４】
工程（c）の加水分解の条件が、約50℃から60℃の温度で、約pH5からpH6.5のpHで、約pH6からpH7.5のpHで、又は約pH5からpH8.0のpHで、約30から60分の反応時間を用いて、油中の水和性及び非水和性リン脂質を加水分解することを含む、請求項183の方法。
【請求項１９５】
ポリペプチドがフィルターに結合され、前記リン脂質含有脂肪又は油が前記フィルターに通される、請求項183の方法。
【請求項１９６】
ポリペプチドがリン脂質含有脂肪又は油を含む溶液に添加され、続いて前記溶液がフィルターに通される、請求項183の方法。
【請求項１９７】
以下の工程を含む、非水和性リン脂質を水和可能な形に変換する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；（b）非水和性リン脂質を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが非水和性リン脂質を水和可能な形に変換する条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１９８】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項197の方法。
【請求項１９９】
ポリペプチドがホスホリパーゼD活性を有し、ホスファターゼ酵素も添加される、請求項197の方法。
【請求項２００】
以下の工程を含む、リン脂質含有組成物を苛性アルカリ精製する方法：（a）ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドを含む組成物を提供する工程；（b）リン脂質を含む組成物を提供する工程；及び（c）苛性アルカリ精製の前、最中又は後で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項２０１】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項200の方法。
【請求項２０２】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、酸又は苛性アルカリの添加前に加えられる、請求項200の方法。
【請求項２０３】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが苛性アルカリ精製中に添加され、さらにリンのレベル及び遊離脂肪酸のレベルに応じて種々のレベルの酸及び苛性アルカリが添加される、請求項200の方法。
【請求項２０４】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、苛性アルカリ精製後に、すなわち分離前に強力攪拌機又は維持攪拌機中に；加熱工程に続いて； 遠心機に；石鹸ストックに；洗浄水に；又は漂白若しくは脱臭工程時に添加される、請求項200の方法。
【請求項２０５】
以下の工程を含む、植物ステリン又はトリテルペンを精製する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；（b）植物ステリン又はトリテルペンを含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが前記組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項２０６】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項205の方法。
【請求項２０７】
植物ステリン又はトリテルペンが植物ステロールを含む、請求項205の方法。
【請求項２０８】
植物ステロールが植物油に由来する、請求項207の方法。
【請求項２０９】
植物油が、ココナッツ油、キャノーラ油、カカオ脂油、トウモロコシ油、綿実油、亜麻仁油、オリーブ油、パーム油、落花生油、米ぬか由来油、紅花油、ゴマ油、大豆油、又はヒマワリ油を含む、請求項208の方法。
【請求項２１０】
遊離植物ステリン及びフィトステリル脂肪酸エステルを定量的に抽出するための非極性溶媒の使用をさらに含む、請求項205の方法。
【請求項２１１】
植物ステリン又はトリテルペンが、β-シトステロール、キャンペステロール、スチグマステロール、スチグマスタノール、β-シトスタノール、シトスタノール、デスモステロール、カリナステロール、ポリフェラステロール、クリオナステロール又はブラシッカステロールを含む、請求項205の方法。
【請求項２１２】
以下の工程を含む粗油を精製する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）リン脂質を含有する油を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが前記組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項２１３】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項212の方法。
【請求項２１４】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、組成物に添加される水溶液に存在する、請求項212の方法。
【請求項２１５】
水のレベルが約0.5から5%の間である、請求項214の方法。
【請求項２１６】
工程時間が約2時間未満である、請求項214の方法。
【請求項２１７】
工程時間が約60分未満である、請求項216の方法。
【請求項２１８】
工程時間が約30分未満、約15分未満又は約5分未満である、請求項217の方法。
【請求項２１９】
加水分解条件が約25℃から70℃の間の温度を含む、請求項212の方法。
【請求項２２０】
加水分解条件が苛性アルカリの使用を含む、請求項212の方法。
【請求項２２１】
加水分解条件が約pH3からpH10の間のpHを含む、請求項212の方法。
【請求項２２２】
加水分解条件が、乳化剤の添加及び/又は工程（c）の接触後の混合を含む、請求項212の方法。
【請求項２２３】
水相の分離を促進するために、エマルジョン破壊剤の添加及び/又は加熱若しくは冷却を含む、請求項212の方法。
【請求項２２４】
遠心によってレシチンを採集するために接触工程の前に脱ガムを施し、続いてPLC、PLC及び/又はPLAを添加して非水和性リン脂質を除去する工程を含む、請求項212の方法。
【請求項２２５】
食用油のために粗油を水で脱ガムしてリンを10ppm未満にし、続いてバイオディーゼル油のために物理的に精製してリンを約50ppm未満のリンにする工程を含む、請求項212の方法。
【請求項２２６】
酸を添加して非水和性リン脂質の水和を促進する工程を含む、請求項212の方法。
【請求項２２７】
以下の工程を含む、油又は脂肪を脱ガムする方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチド（ここで前記ホスホリパーゼ活性はホスホリパーゼD活性を含む）及びホスファターゼ酵素を含む組成物を提供する工程；（b）リン脂質含有脂肪又は油を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で工程（a）のポリペプチドと工程（b）の組成物とを接触させる工程。
【請求項２２８】
請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチド（ここで前記ホスホリパーゼ活性はホスホリパーゼD活性を含む）及びホスファターゼ酵素を含む組成物を提供することを含む、ホスホリパーゼC活性の等価物を有する組成物。
【請求項２２９】
リポ多糖類(LPS)媒介毒性を軽減又は予防する方法であって、請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物を患者に投与することを含む、前記方法。
【請求項２３０】
請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドと内毒素を接触させることを含む、内毒素を無毒化する方法。
【請求項２３１】
請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドと脂質Aを接触させることを含む、脂質Aの2'又は3'脂肪酸鎖を脱アシル化する方法。
【請求項２３２】
ポリペプチドがパタチン活性を有する、請求項231の方法。
【請求項２３３】
パタチンが、配列番号12（配列番号11によってコードされる）、配列番号14（配列番号13によってコードされる）、配列番号18（配列番号17によってコードされる）、配列番号26（配列番号25によってコードされる）、配列番号28（配列番号27によってコードされる）、配列番号34（配列番号33によってコードされる）、配列番号36（配列番号35によってコードされる）、配列番号44（配列番号43によってコードされる）、配列番号46（配列番号45によってコードされる）、配列番号56（配列番号55によってコードされる）、配列番号60（配列番号59によってコードされる）、配列番号66（配列番号65によってコードされる）、配列番号72（配列番号71によってコードされる）、配列番号78（配列番号77によってコードされる）、配列番号87（配列番号86によってコードされる）、配列番号88（配列番号87によってコードされる）、配列番号92（配列番号91によってコードされる）、配列番号96（配列番号95によってコードされる）、配列番号100（配列番号99によってコードされる）、配列番号104（配列番号103によってコードされる）、配列番号126（配列番号125によってコードされる）、配列番号128（配列番号127によってコードされる）、配列番号132（配列番号131によってコードされる）、配列番号134（配列番号133によってコードされる）、配列番号136（配列番号135によってコードされる）、又は配列番号138（配列番号137によってコードされる）に示される配列を有する、請求項232の方法。
【請求項２３４】
ホスホリパーゼ活性が1以上のホスホリパーゼ活性の組合せを含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項２３５】
ホスホリパーゼ活性が、PLC及びPLA活性；PLB及びPLA活性；PLC及びPLD活性；PLC及びPLB活性；PLB及びパタチン活性；PLC及びパタチン活性；PLD及びPLA；PLD、PLA、PLB及びPLC活性；又はPLD、PLA、PLB、PLC及びパタチン活性を含む、請求項234の単離又は組換え核酸。
【請求項２３６】
ホスホリパーゼ活性が、リゾホスホリパーゼ（LPL）活性又はリゾホスホリパーゼ-トランスアシラーゼ（LPTA）活性又はリゾホスホリパーゼ（LPL）活性及びリゾホスホリパーゼトランスアシラーゼ（LPTA）活性を含む、請求項234の単離又は組換え核酸。
【請求項２３７】
ホスホリパーゼ活性が、ホスファチジルコリン（PC）、ホスファチジルエタノールアミン（PE）、ホスファチジルセリン（PS）、ホスファチジルイノシトール（PI）及び/又はホスファチジン酸、又はそれらの組合せにおけるグリセロホスフェートエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項２３８】
ホスホリパーゼ活性が1以上のホスホリパーゼ活性の組合せを含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項２３９】
ホスホリパーゼ活性が、PLC及びPLA活性；PLB及びPLA活性；PLC及びPLD活性；PLC及びPLB活性；PLB及びパタチン活性；PLC及びパタチン活性；PLD及びPLA；PLD、PLA、PLB及びPLC活性；又はPLD、PLA、PLB、PLC及びパタチン活性を含む、請求項238の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項２４０】
ホスホリパーゼ活性が、リゾホスホリパーゼ（LPL）活性又はリゾホスホリパーゼ-トランスアシラーゼ（LPTA）活性又はリゾホスホリパーゼ（LPL）活性及びリゾホスホリパーゼ-トランスアシラーゼ（LPTA）活性を含む、請求項238の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項２４１】
ホスホリパーゼ活性が、ホスファチジルコリン（PC）、ホスファチジルエタノールアミン（PE）、ホスファチジルセリン（PS）、ホスファチジルイノシトール（PI）及び/又はホスファチジン酸、又はそれらの組合せにおけるグリセロホスフェートエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項２４２】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドがPLC活性を有し、中性油を増加させる、請求項183の方法。
【請求項２４３】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドがPLC活性を有し、ジアシルグリセロール（DAG）を増加させて油相に寄与する、請求項183の方法。
【請求項２４４】
さらに、プロテアーゼ、アミラーゼ、リパーゼ、クチナーゼ、また別のホスホリパーゼ、カーボヒドラーゼ、セルラーゼ、ペクチナーゼ、マンナナーゼ、アラビナーゼ、ガラクタナーゼ、キシラナーゼ、オキシダーゼ、例えばラクターゼ及び/又はペルオキシダーゼ、又は等価の活性を有するポリペプチド、又はそれらの組合せを有する１以上のポリペプチドを添加してガム塊をいっそう分解し、油の収量を高めることを含む、請求項183の方法。
【請求項２４５】
加水分解条件がアルカリ性pHを含む、請求項183の方法。
【請求項２４６】
アルカリ性条件が、PLCによって生成される1,2-DAGの1,3-DAGへの異性化を生じるのに充分である、請求項183の方法。
【請求項２４７】
さらに、脱ガムの方法によって生成されたガムを硬化剤の添加によって物理的に除去する工程を含む、請求項183の方法。
【請求項２４８】
硬化剤がタルクを含む、請求項247の方法。
【請求項２４９】
脱ガム油の最終製品が1,3-DAGに富む、請求項183の方法。
【請求項２５０】
脱ガム油の最終製品が1.0%未満の1,3-DAGを含む、請求項249の方法。
【請求項２５１】
以下の工程を含む、油の囲い込みを低下させることによりガムの量を減少させて、中性油（トリグリセリド）収量を増加させる方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；（b）リン脂質含有脂肪又は油を含む組成物を提供する工程；及び（c）ガムの量を減少させるのに充分な時間、前記ポリペプチドが組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で工程（a）のポリペプチド及び工程（b）の組成物を接触させる工程。
【請求項２５２】
タンパク質調製物が、非水性液状組成物、鋳造固体、粉末、凍結乾燥粉末、顆粒形、粒状形、圧縮錠剤、ペレット、ピル、ゲル形、ヒドロゲル、ペースト、エーロゾル、スプレー、ローション、スラリー製剤、水性/油性エマルジョン、クリーム、カプセル、小胞、又はミセル状懸濁物を含む製剤を含む、請求項93のタンパク質調製物。
【請求項２５３】
組成物とホスホリパーゼ活性を有する本発明の少なくとも1つのポリペプチドとの高せん断混合、それに続く無せん断混合又は低せん断混合を使用して、リン脂質基質とホスホリパーゼとの適切な接触を可能にする工程を含む、請求項175の方法。
【請求項２５４】
苛性アルカリ精製条件が苛性アルカリの濃縮溶液の添加によって生じる、請求項200の方法。
【請求項２５５】
苛性アルカリの濃縮溶液が11%の工業的標準液よりも濃縮されている、請求項254の方法。
【請求項２５６】
苛性アルカリの濃縮溶液が約12%から50%濃縮されている、請求項255の方法。
【請求項２５７】
ホスホリパーゼ活性を有する前記ポリペプチドが請求項65に記載の配列を有するか、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、請求項200の方法。
【請求項２５８】
リン脂質を含む組成物が植物を含む、請求項200の方法。
【請求項２５９】
ポリペプチドが植物で形質転換的に発現される、請求項200の方法。
【請求項２６０】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、種子又は他の植物部分を粉砕している間に添加されるか、又は、前記ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、粉砕した後に又は精製前に添加される、請求項200の方法。
【請求項２６１】
図13に示されるプロセスを含む、請求項200の方法。
【請求項２６２】
充分な酸が、カルシウム及びマグネシウム金属含有量の低下を促進するために添加される、請求項226の方法。
【請求項２６３】
宿主細胞での発現が高められたホスホリパーゼコード配列変種を作製する方法であって、1つ、いくつか又は全てのN-結合グリコシル化部位コード配列モチーフが非グリコシル化モチーフに改変されるように、請求項1又は請求項22記載の配列を改変することを含む、前記変種作製方法。
【請求項２６４】
請求項263の方法によって作製された配列によってコードされる、単離、合成又は組換えホスホリパーゼ。
【請求項２６５】
プロテアーゼに対する耐性が増したホスホリパーゼをコードするホスホリパーゼコード配列変種を作製する方法であって、配列番号2の131位に相当するアミノ酸を以下の残基、リシン（K）；セリン（S）；グリシン（G）；アルギニン（R）；グルタミン（Q）；アラニン（A）；イソロイシン（I）；ヒスチジン（H）；フェニルアラニン（F）；スレオニン（T）；メチオニン（M）；ロイシン（L）の1つ、いくつか又は全てに改変することを含む、前記変種作製方法。
【請求項２６６】
請求項265の方法によって作製された配列によってコードされる単離、合成又は組換えホスホリパーゼ。
【請求項２６７】
プロテアーゼに対する耐性が低下したホスホリパーゼをコードするホスホリパーゼコード配列変種を作製する方法であって、配列番号2の131位に相当するアミノ酸を以下の残基、トリプトファン（W）；グルタメート（E）；チロシン（Y）の1つ、いくつか又は全てに改変することを含む、前記変種作製方法。
【請求項２６８】
請求項267の方法によって作製された配列によってコードされる単離、合成又は組換えホスホリパーゼ。
【請求項２６９】
以下の工程を含む、その活性がグリコシル化によって一過性に不活化される、生物学的活性を有するタンパク質を作製しさらに発現させる方法：（a）生物学的活性を有するタンパク質をコードする核酸を提供する工程（ここで前記タンパク質は天然にはグリコシル化されない）；（b）少なくとも1つのグリコシル化モチーフコード配列を前記タンパク質コード核酸に挿入する工程（ここで前記タンパク質のグリコシル化形は活性をもたない）；（c）前記タンパク質が宿主細胞の分泌経路に誘導されるように、ターゲッティング配列を前記タンパク質に挿入する工程（ここで前記宿主細胞は前記グリコシル化モチーフを認識し、前記タンパク質をグリコシル化することができる）；及び（d）前記改変核酸を前記宿主細胞で発現させる工程。
【請求項２７０】
発現されたタンパク質を脱グリコシル化し、よって前記タンパク質の活性を再度活性化する工程をさらに含む、請求項269の方法。
【請求項２７１】
宿主細胞が真核細胞である、請求項270の方法。
【請求項２７２】
以下の工程を含むホスホリパーゼCの発現方法：（a）Mut+表現型をもつピキア（Pichia）株を提供する工程；（b）異種ホスホリパーゼCコード核酸をピキア株に挿入する工程；及び（c）前記ピキア株をホスホリパーゼCが発現される条件下で培養する工程。
【請求項２７３】
さらに、培養条件に亜鉛を補充することを含む、請求項272の方法。
【請求項２７４】
ピキア細胞株で機能することができるプロモーターに機能可能に連結された異種ホスホリパーゼCコード核酸を含むMut+表現型を含む、ホスホリパーゼCを発現する細胞系。
【請求項２７５】
ゼオシン耐性ピキア株細胞を含む、異種タンパク質を発現する細胞系。
【請求項２７６】
以下の工程を含む、異種タンパク質を発現するゼオシン耐性酵母細胞系：（a）異種タンパク質を発現することができる異種核酸を含むピキア種細胞を提供する工程；（b）最初の濃度のゼオシンを含む条件下で前記細胞を培養する工程；（c）最初のゼオシン濃度に耐性を有する細胞を選別し、さらにより高い濃度のゼオシンを含む条件下で再培養する工程；及び（d）より高いゼオシン濃度に対して耐性を有する、工程（c）で培養された細胞を選別する工程。
【請求項２７７】
異種タンパク質が酵素、又は場合によってホスホリパーゼ、又は場合によってホスホリパーゼC（PLC）である、請求項276のゼオシン耐性酵母細胞系。
【請求項１】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173と、少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも50%の配列同一性を有する核酸配列を含む単離又は組換え核酸であって、
前記核酸がホスホリパーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードし、前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって又は目視検査によって決定される、前記単離又は組換え核酸。
【請求項２】
配列同一性が少なくとも約51%、52%、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％又は64％である、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項３】
配列同一性が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に対して少なくとも約65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれより高いか、又は100%の配列同一性である、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項４】
配列同一性が、少なくとも約10、20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150残基若しくはそれより長い残基、又は遺伝子もしくは転写物の完全長の領域にわたる、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項５】
核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に示される配列を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項６】
核酸配列が、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172又は配列番号174に示される配列を有するポリペプチドをコードする、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項７】
配列比較アルゴリズムがBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであって、フィルタリング設定がblastall −p blastp d “nr pataa” F Fに設定されており、且つ他の全てのオプションはデフォルトに設定されている、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項８】
ホスホリパーゼ活性が、グリセロホスフェートエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項９】
ホスホリパーゼ活性が、植物油のリン脂質のエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項8の単離又は組換え核酸。
【請求項１０】
植物油のリン脂質が脂肪種子のリン脂質を含む、請求項8の単離又は組換え核酸。
【請求項１１】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼC（PLC）活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１２】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼA（PLA）活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１３】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼB（PLB）活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１４】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼD（PLD）活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１５】
ホスホリパーゼD活性がホスホリパーゼD1活性又はホスホリパーゼD2活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１６】
ホスホリパーゼ活性が糖タンパク質の加水分解を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１７】
糖タンパク質がジャガイモ塊茎を含む、請求項16の単離又は組換え核酸。
【請求項１８】
ホスホリパーゼ活性がパタチン酵素活性を含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項１９】
ホスホリパーゼ活性が脂質アシルヒドロラーゼ（LAH）活性を含む、請求項18の単離又は組換え核酸。
【請求項２０】
ホスホリパーゼ活性が熱安定性である、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項２１】
ポリペプチドが、約37℃〜約95℃、又は約55℃〜約85℃、又は約70℃〜約75℃、又は約70℃〜約95℃、又は約90℃〜約95℃の間の温度範囲を含む条件下でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項20の単離又は組換え核酸。
【請求項２２】
ホスホリパーゼ活性が耐熱性である、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項２３】
ポリペプチドが、37℃を超える温度から約95℃、又は約55℃を超える温度から約85℃、又は約70℃から約75℃、又は90℃を超える温度から約95℃の範囲の温度に暴露された後もホスホリパーゼ活性を保持する、請求項22の単離又は組換え核酸。
【請求項２４】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする、単離又は組換え核酸。
【請求項２５】
核酸の長さが、少なくとも約20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、100、125、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000残基若しくはそれより長い残基、又は遺伝子若しくは転写物の完全長である、請求項24の単離又は組換え核酸。
【請求項２６】
ストリンジェントな条件が、0.2X SSC中、約65℃の温度で約15分間の洗滌を含む洗滌工程を含む、請求項24の単離又は組換え核酸。
【請求項２７】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173を含む配列の少なくとも10の連続する塩基を含み、結合又はハイブリダイゼーションによって前記核酸を同定する、前記核酸プローブ。
【請求項２８】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100、又は約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項27の核酸プローブ。
【請求項２９】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173の少なくとも約10の連続する残基を含む核酸を含み、配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって又は目視検査によって決定される、前記核酸プローブ。
【請求項３０】
少なくとも約10〜50、約20〜60、約30〜70、約40〜80、約60〜100、又は約50〜150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項29の核酸プローブ。
【請求項３１】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー配列対であって、
請求項1若しくは請求項24に記載の配列又はその部分配列を含む核酸を増幅することができる、前記増幅プライマー配列対。
【請求項３２】
増幅プライマー配列対のメンバーが、前記配列の少なくとも約10〜50の連続する塩基、又は約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24若しくは25の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項29の増幅プライマー対。
【請求項３３】
増幅プライマー対であって、
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、 25、26、27、28、29若しくは30残基、又はそれより多い残基によって示される配列をもつ第一のメンバーと、前記第一のメンバーの相補鎖の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29若しくは30残基、又はそれより多い残基によって示される配列をもつ第二のメンバーとを含む、前記増幅プライマー対。
【請求項３４】
請求項33に記載の増幅プライマー対を用いるポリヌクレオチドの増幅によって生成される、ホスホリパーゼをコードする核酸。
【請求項３５】
増幅がポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によるものである、請求項34のホスホリパーゼをコードする核酸。
【請求項３６】
遺伝子ライブラリーの増幅によって生成される、請求項34のホスホリパーゼをコードする核酸。
【請求項３７】
遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項34のホスホリパーゼをコードする核酸。
【請求項３８】
請求項34に記載のホスホリパーゼをコードする核酸によってコードされる、単離又は組換えホスホリパーゼ。
【請求項３９】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法であって、
請求項1又は請求項24に記載の核酸配列又はその部分配列を増幅することができる増幅プライマー配列対を用いて鋳型核酸を増幅することを含む、前記方法。
【請求項４０】
請求項33に記載の増幅プライマー対を用いて核酸を増幅すること、及び増幅された核酸を発現させることを含む、ホスホリパーゼの生成方法。
【請求項４１】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸を含む、発現カセット。
【請求項４２】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸を含む、ベクター。
【請求項４３】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクルであって、
クローニングビヒクルがウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージ又は人工染色体を含む、前記クローニングビヒクル。
【請求項４４】
ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ関連ウイルスベクターを含む、請求項43のクローニングビヒクル。
【請求項４５】
細菌人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）、又は哺乳動物人工染色体（MAC）を含む、請求項43のクローニングビヒクル。
【請求項４６】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸を含む、形質転換細胞。
【請求項４７】
請求項41に記載の発現カセットを含む、形質転換細胞。
【請求項４８】
細胞が細菌細胞、哺乳動物細胞、真菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は植物細胞である、請求項47の形質転換細胞。
【請求項４９】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項５０】
動物がマウスである、請求項49の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項５１】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、トランスジェニック植物。
【請求項５２】
植物が、トウモロコシの草木、ソルガムの草木、ジャガイモの草木、タバコの草木、トマトの草木、コムギの草木、脂肪種子の草木、アブラナの草木、ダイズの草木、イネの草木、オオムギの草木、牧草、綿実、ヤシ、ゴマの草木、落花生の草木、ヒマワリの草本又はタバコの草木である、請求項51のトランスジェニック植物。
【請求項５３】
請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、トランスジェニック種子。
【請求項５４】
種子が、トウモロコシの種子、コムギの穀粒、脂肪種子、ナタネ、大豆の種子、ヤシの実、ヒマワリの種子、ゴマの種子、コメ、オオムギ、落花生、綿実、ヤシ、落花生、ゴマの種子、ヒマワリの種子又はタバコの草木の種子である、請求項53のトランスジェニック種子。
【請求項５５】
請求項1若しくは請求項24に記載の配列若しくはその部分配列に対して相補的である核酸配列を含むか、又は請求項1若しくは請求項24に記載の配列若しくはその部分配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
長さが約10〜50塩基、約20〜60塩基、約30〜70塩基、約40〜80塩基、又は約60〜100塩基である、請求項55のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項５７】
ホスホリパーゼメッセージの翻訳を細胞内で阻害する方法であって、
請求項1若しくは請求項24に記載の配列に対して相補的である核酸配列又は請求項1若しくは請求項24に記載の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを、細胞に投与するか又は細胞内で発現させることを含む、前記方法。
【請求項５８】
請求項1又は請求項24に記載の配列の部分配列を含む、二本鎖阻害性RNA（RNAi）分子。
【請求項５９】
RNAiが、約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25又はそれより長い二重鎖ヌクレオチドである、請求項58の二本鎖阻害性RNA（RNAi）分子。
【請求項６０】
ホスホリパーゼの発現を細胞内で阻害する方法であって、
二本鎖阻害性RNA（RNAi）を細胞に投与するか又は細胞内で発現させることを含み、ここで前記RNAが請求項1又は請求項24に記載の配列の部分配列を含む、前記方法。
【請求項６１】
以下の(i)〜(iii)のいずれかの単離又は組換えポリペプチド：
（i）配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172又は配列番号174と少なくとも約100残基の領域にわたって、少なくとも約50%の配列同一性を有し、前記配列同一性が、配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、又は目視検査によって決定される、単離又は組換えポリペプチド；
（ii）配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に示される配列と少なくとも約100残基の領域にわたって少なくとも約50%の配列同一性を有する核酸によってコードされ、さらに前記配列同一性が、配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、又は目視検査によって決定される、単離又は組換えポリペプチド；又は
(iii)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に示される配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸によってコードされる、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６２】
配列同一性が、少なくとも約51%、52%、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79%、80%、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれより高いか、又は100%の配列同一性である、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６３】
配列同一性が、少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、又はそれより多い残基、又は酵素の完全長の領域に及ぶ、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６４】
配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172又は配列番号174に示される配列を有する、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６５】
ポリペプチドがホスホリパーゼ活性を有する、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６６】
ホスホリパーゼ活性がグリセロホスフェートエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６７】
ホスホリパーゼ活性が、植物油のリン脂質のエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項66の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６８】
植物油のリン脂質が脂肪種子のリン脂質を含む、請求項67の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項６９】
植物油のリン脂質が、植物油、高リン油、大豆油、キャノーラ油、パーム油、綿実油、トウモロコシ油、ヤシの実由来のリン脂質、米ぬか油、ココナッツ油、ゴマ油、魚油、藻類のリン脂質、ヒマワリ油、精油、果実種子油、ブドウ種子リン脂質、アプリコットリン脂質又はルリチシャのリン脂質から得られる、請求項67の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７０】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼC（PLC）活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７１】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼA（PLA）活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７２】
ホスホリパーゼA活性がホスホリパーゼA1活性又はホスホリパーゼA2活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７３】
ホスホリパーゼ活性がホスホリパーゼD（PLD）活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７４】
ホスホリパーゼD活性がホスホリパーゼD1活性又はホスホリパーゼD2活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７５】
ホスホリパーゼ活性が糖タンパク質の加水分解を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７６】
糖タンパク質がジャガイモの塊茎を含む、請求項68の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７７】
ホスホリパーゼ活性がパタチン酵素活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７８】
ホスホリパーゼ活性が脂質アシルヒドロラーゼ（LAH）活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項７９】
ホスホリパーゼ活性が熱安定性である、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８０】
ポリペプチドが、約20℃から約30℃、約25℃から約40℃、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約95℃、約70℃から約75℃、又は約90℃から約95℃の間の温度範囲を含む条件下でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項79の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８１】
ホスホリパーゼ活性が耐熱性である、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８２】
ポリペプチドが、37℃を超える温度から約95℃、約55℃を超える温度から約85℃、約70℃から約75℃、又は90℃を超える温度から約95℃の範囲の温度に暴露された後でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項81の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８３】
請求項61記載のポリペプチドを含み、且つシグナル配列を欠いている、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８４】
請求項61記載のポリペプチドを含み、且つ異種シグナル配列を有する、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８５】
ホスホリパーゼ活性が、約37℃で約10から約100ユニット/mgタンパク質、約100から約1000ユニット/mgタンパク質、約500から約750ユニット/mgタンパク質、約500から約1200ユニット/mgタンパク質、又は約750から約1000ユニット/mgタンパク質の範囲の比活性を含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８６】
耐熱性が、高温に加熱した後で、37℃でのホスホリパーゼの比活性の少なくとも半分を保持することを含む、請求項81の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８７】
耐熱性が、高温に加熱した後で、37℃での比活性の約500から約1200ユニット/mgタンパク質の範囲を保持することを含む、請求項81の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８８】
ポリペプチドが少なくとも1つのグリコシル化部位を含む、請求項61の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項８９】
グリコシル化がN-結合グリコシル化である、請求項88の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項９０】
ポリペプチドが、P.パストリス又はS.ポンベで発現された後でグリコシル化される、請求項89の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項９１】
ポリペプチドが、約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5又はpH4.0を含む条件下でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項９２】
ポリペプチドが、約pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9.0、pH9.5又はpH10.0、又はpH10.5を含む条件下でホスホリパーゼ活性を保持する、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項９３】
請求項61記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物であって、液体、固体又はゲルを含む前記タンパク質調製物。
【請求項９４】
請求項61記載のポリペプチドと第二のドメインとを含む、ヘテロダイマー。
【請求項９５】
第二のドメインがポリペプチドであり、ヘテロダイマーが融合タンパク質である、請求項94のヘテロダイマー。
【請求項９６】
第二のドメインがエピトープ又はタグである、請求項94のヘテロダイマー。
【請求項９７】
請求項61記載のポリペプチドを含むホモダイマー。
【請求項９８】
ポリペプチドが請求項61記載の配列又はその部分配列を含む、固定されたポリペプチド。
【請求項９９】
ポリペプチドが、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、マイクロ電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイ又はキャピラリー管上に固定されている、請求項98の固定されたポリペプチド。
【請求項１００】
請求項61記載の固定されたポリペプチドを含むアレイ。
【請求項１０１】
請求項1又は請求項24記載の固定された核酸を含むアレイ。
【請求項１０２】
請求項61記載のポリペプチドと特異的に結合する単離又は組換え抗体。
【請求項１０３】
抗体がモノクローナル抗体又はポリクローナル抗体である、請求項102の単離又は組換え抗体。
【請求項１０４】
請求項61記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体を含む、ハイブリドーマ。
【請求項１０５】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドを単離又は同定する方法であって、
（a）請求項102記載の抗体を提供する工程；
（b）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；及び
（c）前記抗体が前記ポリペプチドと特異的に結合する条件下で、工程（b）のサンプルを工程（a）の抗体と接触させ、それによってホスホリパーゼを単離又は同定する工程；
を含む前記方法。
【請求項１０６】
抗ホスホリパーゼ抗体を生成する方法であって、
請求項1又は請求項24に記載の核酸又はその部分配列を、液性免疫応答を生じさせるのに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗ホスホリパーゼ抗体を生成することを含む、前記方法。
【請求項１０７】
抗ホスホリパーゼ抗体を生成する方法であって、
請求項61に記載のポリペプチド又はその部分配列を、液性免疫応答を生じさせるのに充分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗ホスホリパーゼ抗体を生成することを含む、前記方法。
【請求項１０８】
組換えポリペプチドを生成する方法であって、
（a）プロモーターに機能可能に連結された核酸を提供する工程、ここで前記核酸は請求項1又は請求項24に記載の配列を含み；及び
（b）前記ポリペプチドの発現を可能にする条件下で工程（a）の核酸を発現させ、それによって組換えポリペプチドを生成する工程；
を含む前記方法。
【請求項１０９】
工程（a）の核酸で宿主細胞を形質転換し、続いて工程（a）の核酸を発現させ、それによって組換えポリペプチドを形質転換細胞で生成する工程をさらに含む、請求項108の方法。
【請求項１１０】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドを同定する方法であって、
（a）請求項65に記載のポリペプチドを提供する工程；
（b）ホスホリパーゼの基質を提供する工程；及び
（c）前記ポリペプチドを工程（b）の基質と接触させて、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程、ここで基質の量の減少又は反応生成物の量の増加によってホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが検出される；
を含む前記方法。
【請求項１１１】
ホスホリパーゼ基質を同定する方法であって、
（a）請求項65に記載のポリペプチドを提供する工程；
（b）被検基質を提供する工程；及び
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の被検基質と接触させて、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程、ここで、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加が、前記被検基質をホスホリパーゼ基質として同定する；
を含む前記方法。
【請求項１１２】
被検化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法であって、
（a）核酸又は前記核酸を含むベクターを、前記核酸のポリペプチドへの翻訳を許容する条件下で発現させる工程、ここで前記核酸は請求項1又は請求項24に記載の配列を有し；
（b）被検化合物を提供する工程；
（c）前記ポリペプチドを前記被検化合物と接触させる工程；及び
（d）工程（b）の被検化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程；
を含む前記方法。
【請求項１１３】
被検化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法であって、
（a）請求項61に記載のポリペプチドを提供する工程；
（b）被検化合物を提供する工程；
（c）前記ポリペプチドを被検化合物と接触させる工程；及び
（d）工程（b）の被検化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程；
を含む前記方法。
【請求項１１４】
ホスホリパーゼ活性のモジュレーターを同定する方法であって、
（a）請求項65に記載のポリペプチドを提供する工程；
（b）被検化合物を提供する工程；
（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の被検化合物と接触させて、ホスホリパーゼの活性を測定する工程、ここで、被検化合物の非存在下で測定したホスホリパーゼ活性と比較して、被検化合物の存在下で測定したホスホリパーゼ活性における変化は、被検化合物がホスホリパーゼ活性を調節するという決定を提供する；
を含む前記方法。
【請求項１１５】
ホスホリパーゼ活性が、ホスホリパーゼ基質を提供すること、及び基質量の減少若しくは反応生成物量の増加又は基質量の増加若しくは反応生成物量の減少を検出することによって測定される、請求項114の方法。
【請求項１１６】
被検化合物が存在しないときの基質量又は反応生成物量と比較して、前記被検化合物が存在するときの基質量の減少又は反応生成物量の増加により、前記被検化合物はホスホリパーゼ活性のアクチベーターと同定される、請求項115の方法。
【請求項１１７】
被検化合物が存在しないときの基質量又は反応生成物量と比較して、前記被検化合物が存在するときの基質量の増加又は反応生成物量の減少によって、前記被検化合物はホスホリパーゼ活性の阻害物質と同定される、請求項115の方法。
【請求項１１８】
プロセッサ及びデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、
前記データ保存装置はポリペプチド配列又は核酸配列を保存しており、ここで前記ポリペプチド配列は請求項61に記載の配列を含み、前記ポリペプチドは請求項1又は請求項24に記載の核酸によってコードされている、前記コンピュータシステム。
【請求項１１９】
配列比較アルゴリズムと、少なくとも1つの参照配列が保存されているデータ保存装置とをさらに含む、請求項118のコンピュータシステム。
【請求項１２０】
配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含む、請求項119のコンピュータシステム。
【請求項１２１】
配列の1以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーをさらに含む、請求項119のコンピュータシステム。
【請求項１２２】
ポリペプチド配列又は核酸配列が保存されてあるコンピュータ読み取り可能な媒体であって、
前記ポリペプチド配列が請求項61に記載のポリペプチド；請求項1又は請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記コンピュータ読み取り可能な媒体。
【請求項１２３】
以下の工程を含む、配列中の特徴を同定する方法：
（a）配列中の1以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読み取る工程、ここで前記配列はポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項61に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み；及び
（b）前記コンピュータプログラムにより前記配列中の1以上の特徴を同定する工程。
【請求項１２４】
以下の工程を含む、第一の配列を第二の配列と比較する方法：
（a）配列を比較するコンピュータプログラムの使用により第一の配列及び第二の配列を読み取る工程、ここで第一の配列はポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列は請求項61に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み；及び
（b）前記コンピュータプログラムにより第一の配列と第二の配列との間の相違を決定する工程。
【請求項１２５】
第一の配列と第二の配列との間の相違を決定する工程が、多型性を同定する工程をさらに含む、請求項124の方法。
【請求項１２６】
さらに、配列中の1以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーを含む、請求項124の方法。
【請求項１２７】
コンピュータプログラムを用いて第一の配列を読み取り、配列中の1以上の特徴を同定する工程を含む、請求項126の方法。
【請求項１２８】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境サンプルから単離又は回収する方法：
（a）請求項33に記載の増幅プライマー配列対を提供する工程；
（b）環境サンプルから核酸を単離する工程、又は前記環境サンプル中の核酸を前記増幅プライマー対とのハイブリダイゼーションに利用できるように、前記環境サンプルを処理する工程；及び
（c）工程（b）の核酸を工程（a）の増幅プライマー対と一緒にして前記環境サンプル由来の核酸を増幅し、それによってホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境サンプルから単離又は回収する工程。
【請求項１２９】
増幅プライマー配列対の各メンバーが、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171若しくは配列番号173に示される配列又はその部分配列のうち少なくとも約10〜50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項128の方法。
【請求項１３０】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を環境サンプルから単離又は回収する方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；
（b）環境サンプルから核酸を単離する工程、又は前記サンプル中の核酸を工程（a）のポリヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションに利用できるように、前記環境サンプルを処理する工程；
（c）工程（b）の単離された核酸又は処理された環境サンプルを、工程（a）のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；及び
（d）工程（a）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによってホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を前記環境サンプルから単離又は回収する工程。
【請求項１３１】
環境サンプルが、水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、大気サンプル又は生物学的サンプルを含む、請求項128又は請求項130の方法。
【請求項１３２】
生物学的サンプルが、細菌細胞、原虫細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、真菌細胞又は哺乳動物細胞に由来する、請求項131の方法。
【請求項１３３】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変種を作製する方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；及び
（b）前記鋳型配列中の1以上のヌクレオチドの改変、欠失若しくは付加、又はそれらの組合せを実施して、前記鋳型核酸の変種を作製する工程。
【請求項１３４】
さらに、変種核酸を発現させて変種ホスホリパーゼポリペプチドを生成する工程を含む、請求項133の方法。
【請求項１３５】
改変、付加又は欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシャルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(商標)(GSSM(商標)）、合成連結再アッセンブリ（SLR）及びそれらの組合せを含む方法によって導入される、請求項133の方法。
【請求項１３６】
改変、付加または欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ保有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、及びそれらの組合せを含む方法によって導入される、請求項133の方法。
【請求項１３７】
方法が、鋳型核酸によってコードされるポリペプチドのものとは変化した若しくは異なる活性又は変化した若しくは異なる安定性を有するホスホリパーゼが生成されるまで反復的に繰り返される、請求項133の方法。
【請求項１３８】
変種ホスホリパーゼポリペプチドが耐熱性であり、高温に暴露された後で幾らか活性を保持している、請求項137の方法。
【請求項１３９】
鋳型核酸によってコードされたホスホリパーゼと比較して、変種ホスホリパーゼポリペプチドのグリコシル化が増加している、請求項137の方法。
【請求項１４０】
変種ホスホリパーゼポリペプチドが高温下でホスホリパーゼ活性を有し、鋳型核酸によってコードされたホスホリパーゼは高温下で活性を持たない、請求項137の方法。
【請求項１４１】
方法が、鋳型核酸のコドン使用頻度とは変化したコドン使用頻度を示すホスホリパーゼコード配列が生成されるまで反復的に繰り返される、請求項133の方法。
【請求項１４２】
方法が、鋳型核酸のメッセージ発現レベル又は安定性レベルより高いまたは低いレベルを有するホスホリパーゼ遺伝子が生成されるまで反復的に繰り返される、請求項133の方法。
【請求項１４３】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞でのその発現を高める方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、そのコドンを同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンで置換し、よって前記核酸を改変して宿主細胞内での発現を増加させる工程であって、前記優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先コドンまたは前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである前記工程。
【請求項１４４】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変する方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸のコドンを同定し、そのコドンを同じアミノ酸をコードする別のコドンで置換し、それによってホスホリパーゼをコードする核酸のコドンを改変する工程。
【請求項１４５】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞での発現を高める方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、ホスホリパーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、そのコドンを同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中性的に使用されるコドンで置換し、ここで前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンであり、よって前記核酸を改変して宿主細胞での発現を高める工程。
【請求項１４６】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸のコドンを改変して宿主細胞での発現を低下させる方法：
（a）請求項1又は請求項24に記載の配列を含む、ホスホリパーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸の少なくとも1つの好ましいコドンを同定し、そのコドンを同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンで置換し、ここで前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンであり、よって前記核酸を改変して宿主細胞での発現を低下させる工程。
【請求項１４７】
宿主細胞が、細菌細胞、真菌細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、又は哺乳動物細胞である、請求項146の方法。
【請求項１４８】
以下の工程を含む、複数の改変されたホスホリパーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する方法であって、前記改変される活性部位または基質結合部位は、第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする配列を含む第一の核酸に由来する前記方法：（a）第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする第一の核酸を提供する工程、ここで前記第一の核酸配列は、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173に示される配列、又はその部分配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、さらに前記核酸はホスホリパーゼ活性部位又はホスホリパーゼ基質結合部位をコードし；（b）第一の核酸内の複数の標的コドンで天然に存在するアミノ酸変種をコードする一組の変異原性オリゴヌクレオチドを提供する工程；及び（c）前記一組の変異原性オリゴヌクレオチドを用いて、変異を導入された各アミノ酸コドンで一連のアミノ酸変種をコードする一組の活性部位コード変種または基質結合部位コード変種核酸を生成し、それによって複数の改変ホスホリパーゼ活性部位または基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作製する工程。
【請求項１４９】
最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入(商標)（GSSM(商標)）及び合成連結再アッセンブリ(SLR)を含む方法によって、工程（a）の第一の核酸に変異を導入する工程を含む、請求項148の方法。
【請求項１５０】
変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシャルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入(商標)（GSSM(商標)）、合成連結再アッセンブリ(SLR)及びそれらの組合せを含む方法によって、工程（a）の第一の核酸に変異を導入する工程を含む、請求項148の方法。
【請求項１５１】
組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ保有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成及びそれらの組合せを含む方法によって、工程（a）の第一の核酸又は変種に変異を導入する工程を含む、請求項148の方法。
【請求項１５２】
以下の工程を含む小分子を生成する方法：（a）小分子を合成または改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の1つは請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸によってコードされるホスホリパーゼ酵素を含む前記工程；（b）工程（a）の酵素の少なくとも1つのための基質を提供する工程；及び（c）複数の生体触媒反応を促進する条件下で工程（b）の基質を前記酵素と反応させて一連の生体触媒反応により小分子を生成する工程。
【請求項１５３】
以下の工程を含む小分子を改変する方法：（a）ホスホリパーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は、請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む前記工程；（b）小分子を提供する工程；及び（c）前記ホスホリパーゼ酵素によって触媒される酵素反応が促進される条件下で工程（a）の酵素を工程（b）の小分子と反応させ、それによってホスホリパーゼ酵素反応により小分子を改変する工程。
【請求項１５４】
工程（a）の酵素の小分子基質を複数含み、よってホスホリパーゼ酵素により触媒される少なくとも1つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作製する、請求項153の方法。
【請求項１５５】
複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを形成するために、前記酵素による複数の生体触媒反応が促進される条件下で複数の追加酵素をさらに含む、請求項153の方法。
【請求項１５６】
さらに、所望の活性を示す特定の改変小分子がライブラリー内に存在するか否かを決定するために前記ライブラリーを試験する工程を含む、請求項155の方法。
【請求項１５７】
ライブラリーを試験する工程が、さらに、所望の活性をもつ特定の改変小分子の有無について改変小分子の一部を試験することによって、ライブラリー内の複数の改変小分子の一部を生成するために使用された生体触媒反応の1つ以外の全てを系統的に排除し、所望の活性をもつ特定の改変小分子を生成する少なくとも1つの特異的な生体触媒反応を同定する工程を含む、請求項156の方法。
【請求項１５８】
以下の工程を含む、ホスホリパーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する方法：（a）ホスホリパーゼ酵素を提供する工程であって、前記酵素は請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む前記工程；及び（b）工程（a）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、さらにホスホリパーゼ活性について残りの部分配列を試験し、それによってホスホリパーゼ酵素の機能的フラグメントを決定する工程。
【請求項１５９】
ホスホリパーゼ活性が、ホスホリパーゼ基質を提供して、基質量の減少又は反応生成物量の増加を検出することによって測定される、請求項158の方法。
【請求項１６０】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析を使用することによる新規又は改変表現型のホールセル操作方法：（a）細胞の遺伝的組成を改変することによって改変細胞を作製する工程であって、前記遺伝的組成は、請求項1又は請求項24に記載の配列を含む核酸の細胞への添加によって改変される前記工程；（b）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生成する工程；（c）工程（b）の細胞培養をリアルタイムでモニターすることによって細胞の少なくとも1つの代謝パラメーターを測定する工程；及び（d）工程（c）のデータを分析して、前記測定パラメーターが同様な条件下における非改変細胞の対応する測定値と異なっているか否かを決定し、それによって、リアルタイム代謝フラックス分析を用いて細胞の操作された表現型を同定する工程。
【請求項１６１】
細胞の遺伝的組成が、細胞内の配列の欠失若しくは改変、又は遺伝子発現のノックアウトを含む方法によって改変される、請求項160の方法。
【請求項１６２】
新規に操作された表現型を含む細胞を選別する工程をさらに含む、請求項160の方法。
【請求項１６３】
選別された細胞を培養し、それによって新規に操作された表現型を含む新規な細胞株を生成する工程をさらに含む、請求項162の方法。
【請求項１６４】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171又は配列番号173の残基1から16、1から17、1から18、1から19、1から20、1から21、１から22、１から23、１から24、１から25、1から26、1から27、1から28、1から29、1から30、1から31、1から32、1から33に示される配列から成る単離又は組換えシグナル配列。
【請求項１６５】
請求項164に記載の配列を有するシグナルペプチド（SP）を含む少なくとも第一のドメイン及び異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも第二のドメインを含むキメラポリペプチドであって、前記異種ポリペプチド又はペプチドが天然には前記シグナルペプチド（SP）とは結合していない、前記キメラポリペプチド。
【請求項１６６】
異種ポリペプチド又はペプチドがホスホリパーゼではない、請求項165のキメラポリペプチド。
【請求項１６７】
異種ポリペプチドが、シグナルペプチド（SP）又は触媒ドメイン（CD）のアミノ末端、カルボキシ末端又はその両端に存在する、請求項165のキメラポリペプチド。
【請求項１６８】
キメラポリペプチドをコードする単離又は組換え核酸であって、前記キメラポリペプチドが、請求項164に記載の配列を有するシグナルペプチド（SP）を含む少なくとも第一のドメイン及び異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも第二のドメインを含み、前記異種ポリペプチド又はペプチドが天然には前記シグナルペプチド（SP）とは結合していない、前記単離又は組換え核酸。
【請求項１６９】
ホスホリパーゼをグリコシル化することを含む、ホスホリパーゼポリペプチドの耐熱性又は熱安定性を高める方法であって、前記ポリペプチドが、請求項61に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドの少なくとも30の連続するアミノ酸を含み、それによって前記ホスホリパーゼの耐熱性又は熱安定性が高められる、前記方法。
【請求項１７０】
細胞で組換えホスホリパーゼを過剰発現させる方法であって、前記方法が請求項1又は請求項24に記載の核酸配列を含むベクターを発現させることを含み、ここで過剰発現が高活性プロモーターの使用、ジシストロン性ベクターの使用又はベクターの遺伝子増幅によって実施される、前記方法。
【請求項１７１】
以下の工程を含むトランスジェニック植物を作製する方法：（a）異種核酸配列を前記細胞に導入し（ここで前記異種核酸配列は請求項1又は請求項24に記載の配列を含む）、それによって形質転換細胞を作製する工程；（b）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を生産する工程。
【請求項１７２】
工程（a）がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーション又はマイクロインジェクションによって前記異種核酸配列を導入することを含む、請求項171の方法。
【請求項１７３】
工程（a）が、DNA粒子衝撃によって、又はアグロバクテリウムツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）宿主を使用することによって、植物組織に直接前記異種核酸配列を導入することを含む、請求項171の方法。
【請求項１７４】
以下の工程を含む、植物細胞で異種核酸配列を発現させる方法：（a）プロモーターに機能的に連結された異種核酸配列で前記植物細胞を形質転換する工程、ここで前記異種核酸配列は請求項1又は請求項24に記載の配列を含み；（b）前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現される条件下で、前記植物を生長させる工程。
【請求項１７５】
以下の工程を含む、リン脂質含有組成物を加水分解し、分解し又は破壊する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）リン脂質を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ホスホリパーゼが前記リン脂質含有組成物を加水分解し、分解し又は破壊する条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１７６】
組成物がリン脂質含有脂質二重層又は膜を含む、請求項175の方法。
【請求項１７７】
組成物が、植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は動物細胞を含む、請求項175の方法。
【請求項１７８】
以下の工程を含む、リン脂質含有組成物を液化又は除去する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）リン脂質を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ホスホリパーゼが前記リン脂質含有組成物を除去又は液化する条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１７９】
請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む洗剤組成物であって、前記ポリペプチドがホスホリパーゼ活性を有する、前記洗剤組成物。
【請求項１８０】
ホスホリパーゼが非表面活性ホスホリパーゼ又は表面活性ホスホリパーゼである、請求項179の洗剤組成物。
【請求項１８１】
ホスホリパーゼが、非水性液状組成物、鋳造固体、凍結乾燥粉末、顆粒形、粒状形、圧縮錠剤、ペレット、ゲル形、エーロゾル又はスラリー形である請求項179の洗剤組成物。
【請求項１８２】
以下の工程を含む、対象物を洗浄する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）対象物を提供する工程；及び（c）前記組成物が前記対象物を洗浄することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の対象物と接触させる工程。
【請求項１８３】
以下の工程を含む油を脱ガムする方法を提供する：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）リン脂質含有脂肪又は油を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが前記組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドと工程（b）の組成物とを接触させる工程。
【請求項１８４】
油含有組成物が植物、動物、藻類又は魚類の油若しくは脂肪を含む、請求項183の方法。
【請求項１８５】
植物油が、米ぬか油、大豆油、菜種油、トウモロコシ油、ヤシの実の油、キャノーラ油、ヒマワリ油、ゴマ油、又は落花生油を含む、請求項183の方法。
【請求項１８６】
ポリペプチドが、油含有組成物中の水和性及び/又は非水和性リン脂質のホスファチドを加水分解する、請求項183の方法。
【請求項１８７】
ポリペプチドが、ホスファチドをグリセリルホスホエステル結合で加水分解して、ジグリセリドと水溶性ホスフェート化合物を生成する、請求項183の方法。
【請求項１８８】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項183の方法。
【請求項１８９】
ポリペプチドがホスホリパーゼD活性を有し、さらにホスファターゼ酵素がまた添加される、請求項183の方法。
【請求項１９０】
接触工程が、油中の水和リン脂質の加水分解を含む、請求項183の方法。
【請求項１９１】
工程（c）の加水分解条件が、アルカリ性pHで約20℃から40℃の温度を含む、請求項183の方法。
【請求項１９２】
アルカリ性条件が、約pH8からpH10のpHを含む、請求項190の方法。
【請求項１９３】
工程（c）の加水分解条件が、約３〜10分の反応時間を含む、請求項183の方法。
【請求項１９４】
工程（c）の加水分解の条件が、約50℃から60℃の温度で、約pH5からpH6.5のpHで、約pH6からpH7.5のpHで、又は約pH5からpH8.0のpHで、約30から60分の反応時間を用いて、油中の水和性及び非水和性リン脂質を加水分解することを含む、請求項183の方法。
【請求項１９５】
ポリペプチドがフィルターに結合され、前記リン脂質含有脂肪又は油が前記フィルターに通される、請求項183の方法。
【請求項１９６】
ポリペプチドがリン脂質含有脂肪又は油を含む溶液に添加され、続いて前記溶液がフィルターに通される、請求項183の方法。
【請求項１９７】
以下の工程を含む、非水和性リン脂質を水和可能な形に変換する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；（b）非水和性リン脂質を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが非水和性リン脂質を水和可能な形に変換する条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項１９８】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項197の方法。
【請求項１９９】
ポリペプチドがホスホリパーゼD活性を有し、ホスファターゼ酵素も添加される、請求項197の方法。
【請求項２００】
以下の工程を含む、リン脂質含有組成物を苛性アルカリ精製する方法：（a）ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドを含む組成物を提供する工程；（b）リン脂質を含む組成物を提供する工程；及び（c）苛性アルカリ精製の前、最中又は後で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項２０１】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項200の方法。
【請求項２０２】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、酸又は苛性アルカリの添加前に加えられる、請求項200の方法。
【請求項２０３】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが苛性アルカリ精製中に添加され、さらにリンのレベル及び遊離脂肪酸のレベルに応じて種々のレベルの酸及び苛性アルカリが添加される、請求項200の方法。
【請求項２０４】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、苛性アルカリ精製後に、すなわち分離前に強力攪拌機又は維持攪拌機中に；加熱工程に続いて； 遠心機に；石鹸ストックに；洗浄水に；又は漂白若しくは脱臭工程時に添加される、請求項200の方法。
【請求項２０５】
以下の工程を含む、植物ステリン又はトリテルペンを精製する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；（b）植物ステリン又はトリテルペンを含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが前記組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項２０６】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項205の方法。
【請求項２０７】
植物ステリン又はトリテルペンが植物ステロールを含む、請求項205の方法。
【請求項２０８】
植物ステロールが植物油に由来する、請求項207の方法。
【請求項２０９】
植物油が、ココナッツ油、キャノーラ油、カカオ脂油、トウモロコシ油、綿実油、亜麻仁油、オリーブ油、パーム油、落花生油、米ぬか由来油、紅花油、ゴマ油、大豆油、又はヒマワリ油を含む、請求項208の方法。
【請求項２１０】
遊離植物ステリン及びフィトステリル脂肪酸エステルを定量的に抽出するための非極性溶媒の使用をさらに含む、請求項205の方法。
【請求項２１１】
植物ステリン又はトリテルペンが、β-シトステロール、キャンペステロール、スチグマステロール、スチグマスタノール、β-シトスタノール、シトスタノール、デスモステロール、カリナステロール、ポリフェラステロール、クリオナステロール又はブラシッカステロールを含む、請求項205の方法。
【請求項２１２】
以下の工程を含む粗油を精製する方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）リン脂質を含有する油を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが前記組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程。
【請求項２１３】
ポリペプチドがホスホリパーゼC活性を有する、請求項212の方法。
【請求項２１４】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、組成物に添加される水溶液に存在する、請求項212の方法。
【請求項２１５】
水のレベルが約0.5から5%の間である、請求項214の方法。
【請求項２１６】
工程時間が約2時間未満である、請求項214の方法。
【請求項２１７】
工程時間が約60分未満である、請求項216の方法。
【請求項２１８】
工程時間が約30分未満、約15分未満又は約5分未満である、請求項217の方法。
【請求項２１９】
加水分解条件が約25℃から70℃の間の温度を含む、請求項212の方法。
【請求項２２０】
加水分解条件が苛性アルカリの使用を含む、請求項212の方法。
【請求項２２１】
加水分解条件が約pH3からpH10の間のpHを含む、請求項212の方法。
【請求項２２２】
加水分解条件が、乳化剤の添加及び/又は工程（c）の接触後の混合を含む、請求項212の方法。
【請求項２２３】
水相の分離を促進するために、エマルジョン破壊剤の添加及び/又は加熱若しくは冷却を含む、請求項212の方法。
【請求項２２４】
遠心によってレシチンを採集するために接触工程の前に脱ガムを施し、続いてPLC、PLC及び/又はPLAを添加して非水和性リン脂質を除去する工程を含む、請求項212の方法。
【請求項２２５】
食用油のために粗油を水で脱ガムしてリンを10ppm未満にし、続いてバイオディーゼル油のために物理的に精製してリンを約50ppm未満のリンにする工程を含む、請求項212の方法。
【請求項２２６】
酸を添加して非水和性リン脂質の水和を促進する工程を含む、請求項212の方法。
【請求項２２７】
以下の工程を含む、油又は脂肪を脱ガムする方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチド（ここで前記ホスホリパーゼ活性はホスホリパーゼD活性を含む）及びホスファターゼ酵素を含む組成物を提供する工程；（b）リン脂質含有脂肪又は油を含む組成物を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドが組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で工程（a）のポリペプチドと工程（b）の組成物とを接触させる工程。
【請求項２２８】
請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチド（ここで前記ホスホリパーゼ活性はホスホリパーゼD活性を含む）及びホスファターゼ酵素を含む組成物を提供することを含む、ホスホリパーゼC活性の等価物を有する組成物。
【請求項２２９】
リポ多糖類(LPS)媒介毒性を軽減又は予防する方法であって、請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物を患者に投与することを含む、前記方法。
【請求項２３０】
請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドと内毒素を接触させることを含む、内毒素を無毒化する方法。
【請求項２３１】
請求項65に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドと脂質Aを接触させることを含む、脂質Aの2'又は3'脂肪酸鎖を脱アシル化する方法。
【請求項２３２】
ポリペプチドがパタチン活性を有する、請求項231の方法。
【請求項２３３】
パタチンが、配列番号12（配列番号11によってコードされる）、配列番号14（配列番号13によってコードされる）、配列番号18（配列番号17によってコードされる）、配列番号26（配列番号25によってコードされる）、配列番号28（配列番号27によってコードされる）、配列番号34（配列番号33によってコードされる）、配列番号36（配列番号35によってコードされる）、配列番号44（配列番号43によってコードされる）、配列番号46（配列番号45によってコードされる）、配列番号56（配列番号55によってコードされる）、配列番号60（配列番号59によってコードされる）、配列番号66（配列番号65によってコードされる）、配列番号72（配列番号71によってコードされる）、配列番号78（配列番号77によってコードされる）、配列番号87（配列番号86によってコードされる）、配列番号88（配列番号87によってコードされる）、配列番号92（配列番号91によってコードされる）、配列番号96（配列番号95によってコードされる）、配列番号100（配列番号99によってコードされる）、配列番号104（配列番号103によってコードされる）、配列番号126（配列番号125によってコードされる）、配列番号128（配列番号127によってコードされる）、配列番号132（配列番号131によってコードされる）、配列番号134（配列番号133によってコードされる）、配列番号136（配列番号135によってコードされる）、又は配列番号138（配列番号137によってコードされる）に示される配列を有する、請求項232の方法。
【請求項２３４】
ホスホリパーゼ活性が1以上のホスホリパーゼ活性の組合せを含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項２３５】
ホスホリパーゼ活性が、PLC及びPLA活性；PLB及びPLA活性；PLC及びPLD活性；PLC及びPLB活性；PLB及びパタチン活性；PLC及びパタチン活性；PLD及びPLA；PLD、PLA、PLB及びPLC活性；又はPLD、PLA、PLB、PLC及びパタチン活性を含む、請求項234の単離又は組換え核酸。
【請求項２３６】
ホスホリパーゼ活性が、リゾホスホリパーゼ（LPL）活性又はリゾホスホリパーゼ-トランスアシラーゼ（LPTA）活性又はリゾホスホリパーゼ（LPL）活性及びリゾホスホリパーゼトランスアシラーゼ（LPTA）活性を含む、請求項234の単離又は組換え核酸。
【請求項２３７】
ホスホリパーゼ活性が、ホスファチジルコリン（PC）、ホスファチジルエタノールアミン（PE）、ホスファチジルセリン（PS）、ホスファチジルイノシトール（PI）及び/又はホスファチジン酸、又はそれらの組合せにおけるグリセロホスフェートエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項1の単離又は組換え核酸。
【請求項２３８】
ホスホリパーゼ活性が1以上のホスホリパーゼ活性の組合せを含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項２３９】
ホスホリパーゼ活性が、PLC及びPLA活性；PLB及びPLA活性；PLC及びPLD活性；PLC及びPLB活性；PLB及びパタチン活性；PLC及びパタチン活性；PLD及びPLA；PLD、PLA、PLB及びPLC活性；又はPLD、PLA、PLB、PLC及びパタチン活性を含む、請求項238の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項２４０】
ホスホリパーゼ活性が、リゾホスホリパーゼ（LPL）活性又はリゾホスホリパーゼ-トランスアシラーゼ（LPTA）活性又はリゾホスホリパーゼ（LPL）活性及びリゾホスホリパーゼ-トランスアシラーゼ（LPTA）活性を含む、請求項238の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項２４１】
ホスホリパーゼ活性が、ホスファチジルコリン（PC）、ホスファチジルエタノールアミン（PE）、ホスファチジルセリン（PS）、ホスファチジルイノシトール（PI）及び/又はホスファチジン酸、又はそれらの組合せにおけるグリセロホスフェートエステル結合の加水分解を触媒することを含む、請求項65の単離又は組換えポリペプチド。
【請求項２４２】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドがPLC活性を有し、中性油を増加させる、請求項183の方法。
【請求項２４３】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドがPLC活性を有し、ジアシルグリセロール（DAG）を増加させて油相に寄与する、請求項183の方法。
【請求項２４４】
さらに、プロテアーゼ、アミラーゼ、リパーゼ、クチナーゼ、また別のホスホリパーゼ、カーボヒドラーゼ、セルラーゼ、ペクチナーゼ、マンナナーゼ、アラビナーゼ、ガラクタナーゼ、キシラナーゼ、オキシダーゼ、例えばラクターゼ及び/又はペルオキシダーゼ、又は等価の活性を有するポリペプチド、又はそれらの組合せを有する１以上のポリペプチドを添加してガム塊をいっそう分解し、油の収量を高めることを含む、請求項183の方法。
【請求項２４５】
加水分解条件がアルカリ性pHを含む、請求項183の方法。
【請求項２４６】
アルカリ性条件が、PLCによって生成される1,2-DAGの1,3-DAGへの異性化を生じるのに充分である、請求項183の方法。
【請求項２４７】
さらに、脱ガムの方法によって生成されたガムを硬化剤の添加によって物理的に除去する工程を含む、請求項183の方法。
【請求項２４８】
硬化剤がタルクを含む、請求項247の方法。
【請求項２４９】
脱ガム油の最終製品が1,3-DAGに富む、請求項183の方法。
【請求項２５０】
脱ガム油の最終製品が1.0%未満の1,3-DAGを含む、請求項249の方法。
【請求項２５１】
以下の工程を含む、油の囲い込みを低下させることによりガムの量を減少させて、中性油（トリグリセリド）収量を増加させる方法：（a）請求項65に記載のホスホリパーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物を提供する工程；（b）リン脂質含有脂肪又は油を含む組成物を提供する工程；及び（c）ガムの量を減少させるのに充分な時間、前記ポリペプチドが組成物中のリン脂質の加水分解を触媒することができる条件下で工程（a）のポリペプチド及び工程（b）の組成物を接触させる工程。
【請求項２５２】
タンパク質調製物が、非水性液状組成物、鋳造固体、粉末、凍結乾燥粉末、顆粒形、粒状形、圧縮錠剤、ペレット、ピル、ゲル形、ヒドロゲル、ペースト、エーロゾル、スプレー、ローション、スラリー製剤、水性/油性エマルジョン、クリーム、カプセル、小胞、又はミセル状懸濁物を含む製剤を含む、請求項93のタンパク質調製物。
【請求項２５３】
組成物とホスホリパーゼ活性を有する本発明の少なくとも1つのポリペプチドとの高せん断混合、それに続く無せん断混合又は低せん断混合を使用して、リン脂質基質とホスホリパーゼとの適切な接触を可能にする工程を含む、請求項175の方法。
【請求項２５４】
苛性アルカリ精製条件が苛性アルカリの濃縮溶液の添加によって生じる、請求項200の方法。
【請求項２５５】
苛性アルカリの濃縮溶液が11%の工業的標準液よりも濃縮されている、請求項254の方法。
【請求項２５６】
苛性アルカリの濃縮溶液が約12%から50%濃縮されている、請求項255の方法。
【請求項２５７】
ホスホリパーゼ活性を有する前記ポリペプチドが請求項65に記載の配列を有するか、又は請求項1若しくは請求項24に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、請求項200の方法。
【請求項２５８】
リン脂質を含む組成物が植物を含む、請求項200の方法。
【請求項２５９】
ポリペプチドが植物で形質転換的に発現される、請求項200の方法。
【請求項２６０】
ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、種子又は他の植物部分を粉砕している間に添加されるか、又は、前記ホスホリパーゼ活性を有するポリペプチドが、粉砕した後に又は精製前に添加される、請求項200の方法。
【請求項２６１】
図13に示されるプロセスを含む、請求項200の方法。
【請求項２６２】
充分な酸が、カルシウム及びマグネシウム金属含有量の低下を促進するために添加される、請求項226の方法。
【請求項２６３】
宿主細胞での発現が高められたホスホリパーゼコード配列変種を作製する方法であって、1つ、いくつか又は全てのN-結合グリコシル化部位コード配列モチーフが非グリコシル化モチーフに改変されるように、請求項1又は請求項22記載の配列を改変することを含む、前記変種作製方法。
【請求項２６４】
請求項263の方法によって作製された配列によってコードされる、単離、合成又は組換えホスホリパーゼ。
【請求項２６５】
プロテアーゼに対する耐性が増したホスホリパーゼをコードするホスホリパーゼコード配列変種を作製する方法であって、配列番号2の131位に相当するアミノ酸を以下の残基、リシン（K）；セリン（S）；グリシン（G）；アルギニン（R）；グルタミン（Q）；アラニン（A）；イソロイシン（I）；ヒスチジン（H）；フェニルアラニン（F）；スレオニン（T）；メチオニン（M）；ロイシン（L）の1つ、いくつか又は全てに改変することを含む、前記変種作製方法。
【請求項２６６】
請求項265の方法によって作製された配列によってコードされる単離、合成又は組換えホスホリパーゼ。
【請求項２６７】
プロテアーゼに対する耐性が低下したホスホリパーゼをコードするホスホリパーゼコード配列変種を作製する方法であって、配列番号2の131位に相当するアミノ酸を以下の残基、トリプトファン（W）；グルタメート（E）；チロシン（Y）の1つ、いくつか又は全てに改変することを含む、前記変種作製方法。
【請求項２６８】
請求項267の方法によって作製された配列によってコードされる単離、合成又は組換えホスホリパーゼ。
【請求項２６９】
以下の工程を含む、その活性がグリコシル化によって一過性に不活化される、生物学的活性を有するタンパク質を作製しさらに発現させる方法：（a）生物学的活性を有するタンパク質をコードする核酸を提供する工程（ここで前記タンパク質は天然にはグリコシル化されない）；（b）少なくとも1つのグリコシル化モチーフコード配列を前記タンパク質コード核酸に挿入する工程（ここで前記タンパク質のグリコシル化形は活性をもたない）；（c）前記タンパク質が宿主細胞の分泌経路に誘導されるように、ターゲッティング配列を前記タンパク質に挿入する工程（ここで前記宿主細胞は前記グリコシル化モチーフを認識し、前記タンパク質をグリコシル化することができる）；及び（d）前記改変核酸を前記宿主細胞で発現させる工程。
【請求項２７０】
発現されたタンパク質を脱グリコシル化し、よって前記タンパク質の活性を再度活性化する工程をさらに含む、請求項269の方法。
【請求項２７１】
宿主細胞が真核細胞である、請求項270の方法。
【請求項２７２】
以下の工程を含むホスホリパーゼCの発現方法：（a）Mut+表現型をもつピキア（Pichia）株を提供する工程；（b）異種ホスホリパーゼCコード核酸をピキア株に挿入する工程；及び（c）前記ピキア株をホスホリパーゼCが発現される条件下で培養する工程。
【請求項２７３】
さらに、培養条件に亜鉛を補充することを含む、請求項272の方法。
【請求項２７４】
ピキア細胞株で機能することができるプロモーターに機能可能に連結された異種ホスホリパーゼCコード核酸を含むMut+表現型を含む、ホスホリパーゼCを発現する細胞系。
【請求項２７５】
ゼオシン耐性ピキア株細胞を含む、異種タンパク質を発現する細胞系。
【請求項２７６】
以下の工程を含む、異種タンパク質を発現するゼオシン耐性酵母細胞系：（a）異種タンパク質を発現することができる異種核酸を含むピキア種細胞を提供する工程；（b）最初の濃度のゼオシンを含む条件下で前記細胞を培養する工程；（c）最初のゼオシン濃度に耐性を有する細胞を選別し、さらにより高い濃度のゼオシンを含む条件下で再培養する工程；及び（d）より高いゼオシン濃度に対して耐性を有する、工程（c）で培養された細胞を選別する工程。
【請求項２７７】
異種タンパク質が酵素、又は場合によってホスホリパーゼ、又は場合によってホスホリパーゼC（PLC）である、請求項276のゼオシン耐性酵母細胞系。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１１Ｄ】
【図１１Ｅ】
【図１１Ｆ】
【図１１Ｇ】
【図１１Ｈ】
【図１１Ｉ】
【図１１Ｊ】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１１Ｄ】
【図１１Ｅ】
【図１１Ｆ】
【図１１Ｇ】
【図１１Ｈ】
【図１１Ｉ】
【図１１Ｊ】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【公表番号】特表２００７−５３１５１６（Ｐ２００７−５３１５１６Ａ）
【公表日】平成１９年１１月８日（２００７．１１．８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５０２９９０（Ｐ２００７−５０２９９０）
【出願日】平成１７年３月８日（２００５．３．８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／００７９０８
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０８６９００
【国際公開日】平成１７年９月２２日（２００５．９．２２）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０３０８９４８９）ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年１１月８日（２００７．１１．８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年３月８日（２００５．３．８）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／００７９０８
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０８６９００
【国際公開日】平成１７年９月２２日（２００５．９．２２）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０３０８９４８９）ダイヴァーサ コーポレイション (31)
【Ｆターム（参考）】
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