マーカー遺伝子
【課題】腎毒性の迅速かつ正確な読み取方法の提供。
【解決手段】同定された１２個の遺伝子、即ち、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４遺伝子の発現レベル測定、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法、腎臓疾患の処置の有効性および開示された遺伝子の配列を含む腎臓に特異的なベクターをモニターするための方法、ならびに腎臓の機能を含む生物学的プロセスに関連する候補遺伝子を同定する方法。
【解決手段】同定された１２個の遺伝子、即ち、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４遺伝子の発現レベル測定、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法、腎臓疾患の処置の有効性および開示された遺伝子の配列を含む腎臓に特異的なベクターをモニターするための方法、ならびに腎臓の機能を含む生物学的プロセスに関連する候補遺伝子を同定する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、腎障害、即ち、腎臓の疾患、損傷もしくは毒性、のモニタリング、予後、診断および／もしくは処置のための方法に、腎毒性を診断するためのキットに関する。特に、本発明は、腎障害を決定するためのおよび／または腎障害に対する種々の処置の有効性を選択することもしくはモニタリングを助けるための遺伝子発現分析の使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
異質化合物もしくは薬物に対する個体の応答に関与するＤＮＡ／ＲＮＡレベルにおける遺伝的およびゲノム的要素の研究は、予防的もしくは治療的な処置のための安全な薬剤（たとえば、薬物）の選択を許容する。本発明のマーカーの発現に刺激的なもしくは阻害的な影響を有する薬剤またはモジュレーターを個体内でモニターして、患者における毒性を評価することができる。治療剤の代謝における相違は、薬理学的に活性な薬物の用量および血中濃度の間の関係を変えることにより重篤な毒性もしくは治療失敗に至り得る。そのようなゲノム薬理学をさらに使用して、適切な投与量および治療レジメンを決定することができる。したがって、個体における本発明のマーカーの発現のレベルを測定して、それにより個体の治療的なもしくは予防的な処置のための適切な安全な薬剤（複数を含む）を選択することができる。
【０００３】
薬理遺伝学は、個体における薬物の処理および作用の変動に因る薬物の有効性もしくは毒性の臨床的に顕著な変動を取り扱う。たとえば、Linder MW, Clin Chem 1997, Vol 43 （2）: 254-266を参照されたい。一般に、二つのタイプの薬理遺伝学的条件を区別することができる。薬物が身体に作用する様式を変える単一の要素として伝達される遺伝的条件は、“改変薬物作用”と言われる。身体が薬物に作用する様式を変える単一の要素として伝達される遺伝的条件は、“改変薬物代謝”と言われる。これらの薬理遺伝学的条件は、まれな欠損としてもしくは共通の多形性としてのいずれかで起こり得る。
【０００４】
個体におけるマーカーの発現のレベル、もしくは機能のレベル、を測定して、それにより個体の治療的なもしくは予防的な処置のための適切な薬剤を選択することができる。この知識は、投薬もしくは薬物の選択に適用するとき、副作用もしくは治療の失敗を避けることができて、かくして対象をマーカーの発現のモジュレーターで処置するときに、治療的なもしくは予防的な有効性を増強することができる。
【０００５】
カルビンジンＤ−２８ｋは、大きなＥＦ−ハンドファミリーのカルシウム結合タンパク質のメンバーである。それは、全てのクラスの脊椎動物の中におよび広範囲の組織の中に存在する。カルビンジンＤ−２８ｋは、細胞を通してカルシウムの拡散を容易にして、イオン化したカルシウムを有毒なレベル以下に保持する細胞内カルシウム緩衝剤として働くところのカルシウム輸送分子として機能すると仮定されている（Feher JJ, Am J Physiol 1983, Vol 44: C303-C307）。
【０００６】
数人の研究者が、腎臓内でカルビンジンＤ−２８ｋの最高量は、遠位尿細管の中に局在して、それは、カルシウム吸収の部位としての遠位尿細管の役割と相関することを示してきている（Rhoten WB, et al., Anat Rec 1990, Vol 227: 145-151; Borke JL, et al., Am J Physiol （Renal Fluid Electrolyte Physio）1989, Vol 257: F842- F849 26.）。さらに、年齢と共に減少するカルビンジンＤ−２８ｋの発現は、腸および腎臓中のＣａ＋＋輸送の年齢に関係する減少に寄与し得ることが示されてきている（Armbrecht HJ, et al., Endocrinology 1989, Vol 125: 2950-2956）。ラットの腎のカルビンジンＤ−２８ｋタンパク質のシクロスポリンＡで誘導される減少は、そのｍＲＮＡの減少の結果であることが文献に報告されている（Grenet O, et al., Biochem Pharmacol 1998, Vol 55 （7）: 1131-1133; Grenet O,et al., Biochem Pharmacol 2000; Vol 59 （3）: 267-272）。この陳述は、カルビンジンＤ−２８ｋのｍＲＮＡレベルを、タンパク質のレベルを反映する、ＰＣＲによりモニターすることができることを意味する（Steiner S, et al., Biochem Pharmacol 1996, Vol 51 （3）: 253-258）。これらの観察は、カルビンジンＤ−２８ｋが、腎臓の中で起こる再吸収プロセスにおいて重要な役割を有するという仮説を確認する。
【０００７】
腎臓損傷分子−１（ＫＩＭ−１）は、細胞外、６−システイン免疫グロブリンドメインを含有するタイプ１膜タンパク質である。ＫＩＭ−１のｍＲＮＡおよびタンパク質は、正常な腎臓中で低レベルで発現しているが、虚血後の腎臓中では劇的に増加する。ＫＩＭ−１は、再成性の、脱分化された近位尿細管表皮細胞へ局在して、間質細胞の中には存在しない。ＫＩＭ−１は、虚血後の腎臓への多形本質および機能の回復に結び付けられている（Ichimura T, et al., J Biol Chem 1998, Vol 273: 4135-4142）。
【０００８】
分泌リンタンパク質１（ＳＰＰ１）としてまた知られる、オステオポンチン（ＯＰＮ）は、アルギニン−グリシン−アスパラギン酸（ＲＧＤ）細胞接着モチーフを含有する分泌された、高酸性かつグリコシル化されたリンタンパク質である。ＯＰＮは、骨芽細胞の中に当初同定されてきていて、水酸化リン灰石に結合して、骨の再吸収、無機質化および石灰化において主要な役割を演じる能力を有することが立証された（Reinholt FP, et al., Proc Natl Acad Sci U. S. A. 1990, Vol 87: 4473-4475）。それは、石灰化アテローム硬化性病巣中に局在すると後で示されて、平滑筋細胞のカルシウム沈着の阻害に関与すると信じられた（Wada T, et al., Circ Res 1999, Vol 84: 166-178）。さらに，高いＯＰＮの発現は、ビタミンＤ３活性型により調節されると示されたし（Noda M, et al., Proc Natl Acad Sci U. S. A. 1990, Vol 87: 9995-9999）、そしてＯＰＮは、高い細胞代謝回転を持つ組織中に見出されてきている。ＯＰＮの上向き調節が、腎損傷の幾つかのモデルで立証されてきていて、組織の再モデル化および修復における可能な役割を示唆する（Persy VP, et al., Kidney Int 1999, Vol 56 （2）: 601-611）。オステオポンチンは、シュウ酸カルシウム尿結石の主要成分であるとまた見出された（Kohri K, et al., Biochem Biophys Res Commun 1992, Vol 184: 859-864）。さらに、ＯＰＮは、尿結石の形成を起こしやすいラットにおいて遠位尿細管細胞の中で高度に発現される（Kohri K, et al., J Biol Chem 1993, Vol 268: 15180-15184）。これらのデータは、オステオポンチンが尿結石の形成に関与するという仮説に至る（Kohri K, et al., J Biol Chem 1993, Vol 268: 15180-15184）。
【０００９】
表皮成長因子（ＥＧＦ）は、細胞成長、分化および急性期応答を仲介することができる分子のクラスに属する小さいポリペプチドである。ＥＧＦのｍＲＮＡは、唾液腺および腎臓の細胞中で主として転写される。急性腎不全の種々の実験的に誘導された型において、腎臓のＥＧＦについてｍＲＮＡおよびタンパク質のレベルは顕著に低下して、長期間低値にとどまる（Price PM, et al., Am J Physiol 1995, Vol 268 （4 Pt 2）: F664-670）。ＥＧＦは重要な表皮の分裂促進因子である。加えて、ＥＧＦ受容体のレベルは、正常なラットの腎臓繊維芽細胞の密度依存性成長調節において中心的役割を演ずると知られている（Lahaye DH, et al., FEBS Lett 1999, Vol 446 （2-3）: 256-260）。ＥＧＦは、急性腎損傷後の内因性組織修復に関与する。この成長因子は、実験的急性腎不全を持つ実験動物に外部から与えられたときには、腎機能の回復および尿細管の本質の解剖学的回復とともに加速する（Wang S and Hirschberg R, Nephrol Dial Transplant 1997, Vol 12 （8）: 1560-1563）。さらに、ＥＧＦは、腎臓への虚血性損傷後の腎臓の尿細管の再生に（Di Paolo S, et al., Nephrol Dial Transplant 1997, Vol 12: 2687-2693）および薬物誘発性腎毒性後の腎組織修復に（Morin NJ, et al., Am J Physiol 1992, Vol 263:F806-F811）、主要な役割を演ずると信じられている。ＥＧＦの発現レベルは、慢性拒絶もしくは薬物誘発性腎毒性を患う腎移植患者において顕著に減少されると示されてきている（Di Paolo S, et al., Nephrol Dial Transplant 1997, Vol 12: 2687-2693）。加えて、シクロスポリンＡ（ＣｓＡ）処置に続く腎臓中のＥＧＦ発現の減少が報告されてきている（Deng JT, et al., Transplant Proc 1994, Vol 26 （5）: 2842-2844; Yang CW, et al., Kindey Int 2001, Vol 60: 847-857）。
【００１０】
テストステロン−抑圧前立腺メッセージ２（ＴＲＰＭ−２）としてまた知られる、クラステリンは、組織損傷および／もしくはリモデリングの時に、腎臓を含む、多くの器官中で誘発される広布の分泌グリコタンパク質であり、そして表皮管の尿細管腔中に見出されてきている（Jenne DE and Tschopp J, Trends Biochem Sci 1992, Vol 14: 154-159）。それは、精液の成熟化、アポリポタンパク質Ａ−１との高密度リポタンパク質複合体を形成することによる脂質輸送、膜のリモデリング、補体カスケードの阻害、神経変性およびアポトーシスに関与すると信じられている（Han B. H. , et al., Nat Med 2001, Vol 7: 338-343; Wong P, et al., J Biol Chem 1993, Vol 268, 5021-5031; Wong P, et al., Eur J Biochem 1994, Vol 331: 917-925）。クラステリンは、Ｃ５ｂ−７に結合して膜攻撃複合体、Ｃ５ｂ−９、の発生を阻害するところの可溶性補体調節タンパク質である。クラステリンの糸球体沈着は、Ｃ５ｂ−９および免疫沈着に関連するヒトのならびに実験的な膜性腎症において観察されてきている（Yamada K, et al., Kidney Int 2001, Vol 59（1） : 137-146）。クラステリンは、さもなければ腎障害により混乱させられる細胞相互作用を保存することが推測されている（Silkensen JR, et al., J Am Soc Nephrol 1997, Vol 8 （2）: 302-305）。さらに、ＣｓＡはラットの腎臓においてクラステリンｍＲＮＡレベルを増加することが報告されている（DarbyIA, et al., Exp Nephrol 1995 Vol 3 （4）: 234-239）。
【００１１】
ヒトの中でリポカリン２（ＬＣＮ２）もしくは好中球ゼラチナーゼ関連のリポカリン（ＮＧＡＬ）としてまた知られる、アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ−２ｕ）は、好中球の顆粒体に保存されて、好中球ゼラチナーゼに関連する（Kjeldsen L, et al., J Biol Chem 1993, Vol 268: 10425-10432）。それは、小さい親油性物質に結合して、炎症および胚形成に役割を有すると信じられている（Bundgaard JR, et al., Biochem Biophys Res Commun 1994, Vol 202: 1468-1475; Cowland JB and Borregaard N, Genomics 1997, Vol 45: 17-23; Zerega B, et al., Eur J Cell Biol 2000, Vol 79,165-172）。
【００１２】
補体成分４（Ｃ４）は、腎臓の尿細管表皮細胞により構成的に発現されて、間質性炎症を調整することに関与する（Welch TR, et al., Clin Immunol 2001, Vol 101,366-370）。その発現の減少は、全身性紅斑性狼瘡を持つ患者において増加した腎臓病の活性と関連してきている（Ho A, et al., Arthritis Rheum 2001, Vol 44: 2350-2357）。
【００１３】
血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）は、血管新生を促進し、血管の浸透性を増加し、単球に対する走化性として役立と知られて、そして糖尿病、傷の治癒、炎症応答および組織のリモデリングに役割を有する（Benjamin LE, Am J Pathol 2001, Vol 158: 1181-1184）。
【００１４】
溶質担体ファミリー２１メンバーａ４（ＳＬＣ２１Ａ４）としてまた知られる、腎臓特異的な有機陰イオン輸送体−Ｋ１（ＯＡＴ−Ｋ１）は、ヒトの溶質担体ファミリー２１メンバーａ３（ＳＬＣ２１Ａ３）に相同性を有する。ＯＡＴ−Ｋ１は、腎臓の尿細管の側底膜の中に発現されて、血液から薬物の腎クリアランスに関与する（Saito H, et al., J Biol Chem 1996, Vol 271: 20719-20725）。
【００１５】
アルドラーゼＡは、フルクトース‐１,６‐二リン酸のグリセラルデヒド３‐リン酸への変換を触媒する。それは、発生胚および成人の筋肉の中に見出されて、成人の肝臓、腎臓および腸の中で抑制される。アルドラーゼＡ欠損は、ミオパシーおよび溶血性貧血と関連してきている（Kishi H, et al., Proc Natl Acad Sci U. S. A. 1987, Vol 84: 8623-8627; Kreuder J, et al., N Engt J Med1996, Vol 334: 1100-1104）。
【００１６】
アルドラーゼＢは、アルドラーゼＡと同様な機能を有して、両方のアイソザイムは異なる遺伝子によりコード化される。しかしながら、アルドラーゼＡと異なり、アルドラーゼＢは、成人の肝臓、腎臓および腸の中で発現される。アルドラーゼＢの欠損は、腎臓の尿細管アシドーシスおよび遺伝性フルクトース不耐症に連鎖してきて（Cross NC, et al., Cell 1988, Vol 53: 881- 885; Kranhold JF, et al., Science 1969, Vol 165: 402-403; Mass RE, et al., Am J Med Sci 1966, Vol 251: 516-523）、アルドラーゼＢは腎毒性に役割を有し得ることを示す。
【００１７】
ＰＤＣＮ、ＳＲＮ１、ネフローゼ２、特発症としてまた知られる、ポドシンは、腎臓の足細胞の中で発現されるタンパク質であって、血管の浸透性の調節に役割を演じて、血漿膜および細胞骨格との間のリンカーとして多分作用する。それは、胎児および成熟の腎臓の糸球体の足細胞の中で殆ど独占的に発現される。足細胞タンパク質、たとえばポドシン、の変異は、先天性分節性巣状糸球体硬化症をもたらして（Komatsuda A, et al., Ren Fail. 2003, Vol 25（1） : 87-93）、ステロイド−耐性ネフローゼ症候群の中で主として結びつけられる。
【００１８】
上のマーカーの幾らかは腎障害と関連すると仮想されるが、これらのマーカーは投薬の選択のためのもしくは薬物の選択のためのまたは腎障害を決定するための診断として単独でもしくは組合せて実際には使用されてきていないで、発現のそれらのレベルは、種々の腎障害の状態に決して相関されてきていない。
【００１９】
腎障害の分野においては、しかしながら、治療的なもしくは予防的な処置のための適切な薬剤の選出、個体の薬剤応答性表現型の予測および副作用もしくは治療の失敗を避けるために投薬もしくは薬剤の選択を許容する必要がある。
【００２０】
シクロスポリンＡ（ＣｓＡ；Neoral［登録商標］）は、移植片拒絶の予防のために過去１５年の間で器官移植に使用された折り紙付きの免疫抑制剤の一つであってきた。しかしながら、ＣｓＡは、腎臓移植患者において急性の同種移植腎障害に至る腎毒性を誘発すると示されてきている。ＣｓＡ−誘発腎毒性は以下のイベント：腎臓中でレニンの増加した濃度（Masson J, et al., Kidney Int Suppl 1991, Vol 32, S28-S32）、遠位曲尿細管上皮中でＴＧＦベータの発現（Langham RG, et al., Transplantation 2001, Vol 72: 1826-1829）、血管の平滑筋細胞中で増加した細胞内カルシウム（Masson J, et al., Kidney Int Suppl 1991, Vol 32, S28-S32）、増加したプロスタサイクリン放出（Oriji GK, Prostaglandins Leukot Essent Fatty Acids 1999, Vol 61,119-123）、および腎臓中における増加したトロンボキサン生産（Gonzalez-Correa JA, et al. Thromb Res 1996, Vol 81: 367- 381）、の組合せにより引き起こされると信じられている。
【００２１】
（本発明の概要）
本発明は、個体の中で腎毒性を測定する方法であって、（ａ）個体から身体の試料を得ること、（ｂ）身体の試料から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕ、Ｃ４、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定すること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は、個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法に関する。
本発明のもう一つの態様によると、個体は、シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドもしくはトリメタジオンのような細胞毒性薬剤での処置下にある。
【００２２】
本発明はさらに、個体における腎毒性が、腎毒性に対して薬学的に許容される薬剤で処置された個体から得られる身体の試料について本発明の工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を実施する工程を含む療法に応答するかどうかを決定して、薬物療法に対する個体の応答性を決定するのに使用する試験をカバーする。
【００２３】
本発明はさらに、個体における腎毒性が、腎毒性に対して薬学的に許容される薬剤で処置された個体から得られた身体の試料について本発明の工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を実施する工程を含む療法処置に応答するかどうかを決定して、薬物療法に対する個体の応答性を決定するのに使用するもう一つの試験をカバーする。
【００２４】
もう一つの態様において、本発明は、個体における腎毒性を処置する方法であって、一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を腎臓において調整する調整物質または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を当該個体に、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、投与する工程を含む、方法をカバーする。
本発明のもう一つの態様によると、個体は、シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドもしくはトリメタジオンのような細胞毒性薬剤での処置下にある。
【００２５】
さらなる態様において、本発明は、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を確認するための方法であって、（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値より実質的にさらに大きい第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値より実質的にさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法をカバーする。
【００２６】
さらなる態様において、本発明は、腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値（複数を含む）を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法をカバーする。
【００２７】
さらなる態様において、本発明は、二つの薬物候補の腎細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、もし第一値がカルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値より実質的にさらに大きいならば、これは第二の薬物候補が第一の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこでは、もし第一値がＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値より実質的にさらに低いならば、これは第二の薬物候補が第一の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である、方法をカバーする。
【００２８】
もう一つの態様において、本発明は、遺伝子がカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４から選ばれる、遺伝子の中の多形性の腎毒性の診断のための使用を提供する。
【００２９】
さらなる態様において、本発明は、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上のマーカー遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定する手段を含む、個体において腎毒性を診断するためのキットをカバーする。
本発明の他の態様において、個体は細胞毒性薬剤での処置下にある。
【００３０】
本発明の最後の態様は、腎臓機能、腎毒性および／もしくは腎障害を含む生物学的プロセスに関連する候補遺伝子を同定する方法であって、ａ）少なくとも一つの数値Ｉを得るためのアルゴリズムの入力として、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルを使用すること；ならびに（ｂ）（ａ）で得られた少なくとも一つの数値Ｉを候補遺伝子について得られた数値ＩＩと比較することを含んでなる、方法をカバーする。
【図面の簡単な説明】
【００３１】
【図１】図１は、腎臓病理学的状態に連結した遺伝子マーカーの発現変化の進展を表す。病理学的採点は以下のように定義される：１＝最少、非常に少ない；２＝軽微、わずか；３＝中程度、中程度の数；４＝顕著な、多い；５＝重篤な、大量の数。
【図２】図２は、腎臓遺伝子の発現変化の発生対古典的生化学終点（クレアチニンレベル）を表す。病理学的採点は以下のように定義される：１＝最少、非常に少ない；２＝軽微、わずか；３＝中程度、中程度の数；４＝顕著な、多い；５＝重篤な、大量の数。
【図３】図３は、二つの試験化合物（ＴＣ１およびＴＣ２）ならびにシクロスポリンＡ（ＣｓＡ）で処置したラットの腎臓中のマーカー遺伝子の相対的倍率発現の変化を表す。Ａ.Ｕ.：任意の単位
【発明を実施するための形態】
【００３２】
（発明の詳細な説明）
本明細書で使用される際には、表現“腎毒性”もしくは“腎臓損傷”または同様に“腎障害”とは全て、数多くの疾病もしくは障害のプロセスにより誘発され得るところの、急な（急性）かもしくは経時的にゆっくりと低下する（慢性）かのどちらかの腎の即ち腎臓の不全もしくは機能障害を意味するものとして、それには、急性の腎毒性について：敗血症（感染）、ショック、外傷、腎結石、腎臓感染、薬物毒性、毒もしくは毒素、またはヨード化コントラスト染料で注射後（副作用）；および慢性の腎毒性について：長年の高血圧、糖尿病、うっ血性心不全、狼瘡もしくは鎌状赤血球貧血が（限定するものではないが）含まれる。腎不全の両方の型は、命にかかわる代謝障害をもたらす。
【００３３】
表現“身体の試料”には、好ましくは腎臓の、生検材料、ならびに、たとえば、血液、血漿、血清、リンパ液、脳脊髄液、のう包液、腹水、尿、便および胆汁のような任意の体液が、限定するものではないが、含まれるものとする。本発明の一つの利点は、一つのマーカーを、血漿のような、体液中で特に良くモニターできることである。たとえば、クラステリンの発現レベルを血漿中で特に良く測定することができる。
本明細書で使用される際には、用語“個体”とは、ヒトの個体、動物または個体の集団もしくはプールを意味するものとする。
【００３４】
本明細書で使用される際には、用語“候補薬剤”もしくは“薬物候補”は、タンパク質もしくはそのフラグメント、抗体、小分子の阻害剤もしくはアゴニスト、核酸分子、たとえば、アンチセンスヌクレオチド、リボザイム、二重鎖ＲＮＡ，有機および無機の化合物等のような天然のまたは合成の分子であり得る。
【００３５】
絶対値で表現されるｍＲＮＡの発現レベルは、標準曲線にしたがって計算される、与えられた遺伝子についての分子数を表す。定量的測定を実施するためには、ｃＤＮＡ（標準）の系列希釈が、正確なｍＲＮＡの定量化に必要な標準曲線を構築するためにそれぞれの実験に含まれる。絶対値（分子数）は、標準曲線からの外挿後に得られる。
【００３６】
本明細書で使用される際には、“カルビンジンＤ−２８ｋ”、“ＫＩＭ−１”、“ＯＰＮ”、“ＥＧＦ”、“クラステリン”、“ＶＥＧＦ”、“ＯＡＴ−Ｋ１”、“アルドラーゼＡ”、“アルドラーゼＢ”、“ポドシンン”、“アルファ−２ｕ”もしくは“Ｃ４”として呼ばれるそれぞれのマーカーは、表１で下で同定されるマーカーに実質的に同様なところの、遺伝子もしくは遺伝子生成物（ｍＲＮＡおよびタンパク質を含んで）を包含する。
【００３７】
最も広い意味において、用語“実質的に同様な”は、ヌクレオチド配列に関して本明細書で使用される際には、参照のヌクレオチド配列に対応するヌクレオチド配列を意味するが、そこでは、対応する配列は、たとえば、ポリペプチド機能に影響しないアミノ酸での変化のみが起こる、参照のヌクレオチド配列によりコード化されたポリペプチドと実質的に同じ構造および機能を有するポリペプチドをコード化する。望ましくは、実質的に同様なヌクレオチド配列は、参照ヌクレオチド配列によりコード化されたポリペプチドをコード化する。実質的に同様なヌクレオチド配列および参照ヌクレオチド配列の間の同一性の百分率は、望ましくは少なくとも８０％、さらに望ましくは少なくとも８５％、好ましくは少なくとも９０％、さらに好ましくは少なくとも９５％、なおさらに好ましくは少なくとも９９％である。配列の比較は、Smith-Waterman配列アラインメントアルゴリズム（たとえば、Waterman, M. S. 「コンピュータ生化学入門：地図、配列およびゲノム。」 Chapman & Hall. London: 1995.ISBN 0-412-99391-0を参照）を用いて行われる。localSプログラム、１.１６版、を以下のパラメターと共に使用する：マッチ：１、ミスマッチ罰：０.３３、オープン−ギャップ罰：２、引き伸ばし−ギャップ罰：２。
【００３８】
参照ヌクレオチド配列に“実質的に同様な”ヌクレオチド配列はまた、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で５０℃での２Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、さらに望ましくは、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で５０℃での１Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、なおさらに望ましくは、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で５０℃での０.５Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、好ましくは、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で５０℃での０.１Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、さらに好ましくは、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で６５℃での０.１Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、参照ヌクレオチド配列にハイブリダイズすることができて、なお機能的に同等な遺伝子生産物をコード化する。
【００３９】
本発明は、一緒にもしくは単独で、腎毒性のマーカーとしてあるかまたは使用されることができるところの複数のマーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）を提供する。特に有用な実施態様において、複数のこれらのマーカーを選択しかつそれらのｍＲＮＡ発現を同時にモニターして、種々の態様に使用するための発現プロフィールを提供することができる。
【００４０】
本方法の好ましい実施態様において、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個、または少なくとも５もしくは７個、または少なくとも９，１０，１１もしくは１２個のマーカーを、それらの遺伝子発現プロフィールの決定に使用することができる。
【００４１】
それぞれのマーカーを異なる腎臓病理学的所見に連結することができるので、特に腎臓病理学に連結するようなマーカーの遺伝子発現プロフィールを同定することが可能である。たとえば、カルビンジンＤ−２８ｋのｍＲＮＡレベルは、無機質化についてのカルシウム撹乱予測変数のための初期マーカーとして使用される。ＫＩＭ−１のｍＲＮＡレベルは、一般の腎臓傷害のためのマーカーである。ＯＰＮのｍＲＮＡレベルは、腎毒性にしばしば関連するマクロファージの浸潤のための初期マーカーでありかつ腎臓損傷の際の組織リモデリングのためのマーカーである。ＥＧＦのｍＲＮＡレベルは、一般の腎毒性のための初期マーカーである。クラステリンのｍＲＮＡレベルは、免疫仲介の腎毒性のための初期マーカーである。
【００４２】
本方法のさらに好ましい実施態様において、ｍＲＮＡ発現は、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、リアルタイム定量的ＰＣＲ、ＮＡＳＢＡ、ＴＭＡもしくは任意の他の利用可能な増幅技術からなる群から選択される技法により身体の試料もしくは腎臓組織の中で評価される。
本方法のもう一つの好ましい実施態様において、遺伝子発現のレベルを、遺伝子発現生生物に対応するタンパク質の存在を検出することによりこれに代えて評価することができる。
【００４３】
カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４について本発明（下記参照）において絶対値で表現されるｍＲＮＡの発現レベルは、殆どの集団のタイプもしくは種の中に一般的に見出されることに留意しなければならない。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。それ故に、その上でもしくは下で、適宜、腎毒性症状を見出すことができるところの、腎毒性を受けていない標的とされた集団のタイプもしくは種について標準の遺伝子発現のレベルをそれぞれのマーカーについて再び測定することが必要であり得る。
【００４４】
本発明の第一の特別な態様において、個体において腎毒性を測定する方法が提供されるが、工程は、（ａ）個体から身体の試料を得ること、（ｂ）身体の試料から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された、遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することより成り、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である。
【００４５】
本発明のもう一つの態様において、個体において腎毒性を測定する方法が提供されるが、工程は、（ａ）個体から身体の試料を得ること、（ｂ）身体の試料から、アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ−２ｕ）、補体成分４（Ｃ４）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、腎臓特異的な有機陰イオン輸送体−Ｋ１（ＯＡＴ−Ｋ１）、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することを含んでなるが、そこでは、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は、個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である。
【００４６】
本発明のさらなる態様は、細胞毒性薬剤での処置下にある個体において腎毒性を測定する方法であって、（ａ）個体から身体の試料を得ること、（ｂ）身体の試料から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕ、Ｃ４、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することを含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は、個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法を提供する。細胞毒性薬剤は、腎臓に対して既知の毒性を有する任意の分子であり、そして、シクロスポリン、シスプラチン、アミノグリコシド、スルホンアミド、タクロリムス、トリメタジオン等：を含む多くの例から有利に選択され得る。シクロスポリンは、たとえば、Ｗ０９９／１８１２０およびにＷＯ ０３／０３３５２７に記述されるように、シクロスポリンＡもしくはＩＳＡｔｘ２４７のような免疫抑制シクロスポリンであり得る。
【００４７】
絶対値で測定されるようなｍＲＮＡの発現レベルは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンについては１.０Ｅ＋０６未満であり得て、そしてそれは、ＫＩＭ−１、オステオポンチン、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４については１.０Ｅ＋０６以上であり得る。発現レベルは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンについては１.０Ｅ＋０７未満もしくは１.０Ｅ＋０８未満であり得、ならびに／またはＫＩＭ−１、オステオポンチン、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４については１.０Ｅ＋０７以上または１.０Ｅ＋０８以上であり得る。これらの値は、或るマーカー遺伝子についてまたあり得て、そして集団のタイプもしくは種に依存して、ｍＲＮＡの発現レベルは、１.０Ｅ＋０９以上もしくは未満であり得る。
【００４８】
そのような方法の好ましい実施態様において、５.３０Ｅ＋０８未満でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７以上でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８未満でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８以上でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９以上でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６未満でポドシンの、工程（ａ）の個体の身体の試料の中におけるｍＲＮＡの発現レベルは、そのような個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性であることを示すが、そこではｍＲＮＡの発現は絶対値で測定される。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。それ故に、その上でもしくは下で、適宜、腎毒性症状を見出すことができるところの、腎毒性を受けていないところの標的とされた集団のタイプもしくは種について標準の遺伝子発現のレベルをそれぞれのマーカーについて再び測定することが必要であり得る。
【００４９】
ｍＲＮＡの発現レベルはまた、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４について相対値で測定され得る。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について変わり得る。それ故に、腎毒性を受けていないところの標的とされた集団のタイプもしくは種について標準の遺伝子発現のレベルをそれぞれのマーカーについて再び測定することが必要であり得る。それは、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンについてｍＲＮＡの発現値が、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４についてより少なくとも２倍さらに低い、ならびに／または少なくとも２倍さらに大きいときに、個体は腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性であることであり得る。発現は、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンについて５倍さらに低く、ならびに／またはＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４について５倍さらに大きくあり得る。発現はまた、腎毒性を受けていない個体の身体の試料の中の発現に比較するときに、それぞれ１０、２０、３０、４０、５０もしくは６０倍さらに低いかまたはさらに大きいかであり得る。
【００５０】
そのような方法の好ましい実施態様において、第一の値は、第二の値よりＥＧＦについて少なくとも４倍さらに低く、ＶＥＧＦについて少なくとも２倍さらに低く、ＯＡＴ−Ｋ１について少なくとも２倍さらに低く、アルドラーゼＡについて少なくとも２０倍さらに低くおよび／もしくはアルドラーゼＢについて少なくとも２倍さらに低く、ならびに／または第一の値は、第二の値よりＫＩＭ−１について少なくとも２０倍さらに大きく、ＯＰＮについて少なくとも３倍さらに大きく、クラステリンについて少なくとも７倍さらに大きく、アルファ−２ｕについて少なくとも５０倍さらに大きくおよび／もしくはＣ４について少なくとも３倍さらに大きくて、そのような個体は腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性であることを示す。
【００５１】
本発明のもう一つの実施態様において、第一の値は、第二の値よりＥＧＦについて少なくとも４.５倍さらに低く、ＶＥＧＦについて少なくとも２.６倍さらに低く、ＯＡＴ−Ｋ１について少なくとも２.３倍さらに低く、アルドラーゼＡについて少なくとも２６倍さらに低くおよび／もしくはアルドラーゼＢについて少なくとも２.１倍さらに低く、ならびに／または第一の値は、第二の値よりＫＩＭ−１について少なくとも２６倍さらに大きく、ＯＰＮについて少なくとも３.９倍さらに大きく、クラステリンについて少なくとも７.６倍さらに大きく、アルファ−２ｕについて少なくとも６０倍さらに大きくおよび／もしくはＣ４について少なくとも３.３倍さらに大きくて、そのような個体は腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性であることを示す。
【００５２】
本発明のもう一つの特別な態様において、一つもしくは複数のこれらのマーカーの発現プロフィールは、腎毒性における薬物の応答性の分子的根拠を検査するためのおよび腎毒性を処置する薬物の有効性もしくは腎臓上のそれらの副作用を評価するための貴重な分子的道具を提供することができた。細胞が薬物もしくは他の活性分子との接触のような、種々の修飾状態に暴露される間にベースラインプロフィールからの発現プロフィールの変化は、そのような効果の指標として使用されることができる。
【００５３】
それ故に、本発明は、患者における腎毒性が、腎毒性に対して薬学的に許容される薬剤で処置された個体および腎毒性を受けていない個体からそれぞれ得られた身体の試料について上の方法の工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を実施する工程を含んでなる治療に応答するかどうかを決定すること、ならびに薬物療法に対する応答性を決定することに使用するための試験を提供する。
【００５４】
本発明のマーカーの発現のレベルへの薬剤（たとえば、薬物化合物）の影響をモニターすることを、臨床試験において有利に応用することができる。たとえば、マーカーの発現に影響するべき薬剤の有効性を、腎臓の疾患もしくは毒性に対する処置を受けている対象の臨床試験においてモニターすることができる。好ましい実施態様において、本発明は、薬剤（たとえば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド擬似体、タンパク質、ペプチド、核酸、小分子もしくは他の薬物候補）での対象の処置の有効性をモニターするための方法であって、（i）薬剤の投与に先立って対象から投与前試料を得ること；（ii）投与前試料の中で本発明の一つもしくはそれ以上の選択されたマーカーの発現のレベルを検出すること；（iii）対象から一つもしくはそれ以上の投与後試料を得ること；（iv）投与後試料の中でマーカー（複数を含む）の発現のレベルを検出すること；（v）投与前試料の中のマーカー（複数を含む）の発現のレベルを投与後の一つもしくは複数の試料の中のマーカー（複数を含む）の発現のレベルと比較すること；および（vi）したがって薬剤の対象への投与を代えること：の工程を含んでなる、方法を提供する。たとえば、薬剤の修飾された投与は、検出されるよりさらに高いレベルへマーカー（複数を含む）の発現を増加させるために、即ち、薬剤の有効性を増加させるために望ましい可能性がある。これに代えて、薬剤の増加された／減少された投与は、それぞれ、薬剤の有効性を増加させる／減少させるために望ましい可能性がある。
【００５５】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎障害もしくは腎毒性を有するかまたは有する危険性にある対象を処置する予防的なおよび治療的な方法の両方のための方法が提供される。予防的な薬剤の投与は、腎障害に特徴的な症状の発現に先立って、腎障害の発症がその進行で予防されるかもしくは遅延されるように、起こり得る。適当な治療薬剤の例には、限定するものではないが、下でさらに詳細に記述されるように、アンチセンスヌクレオチド、リボザイム、二重鎖ＲＮＡ、リガンド、小分子およびアンタゴニストが含まれる。
【００５６】
特別な実施態様において、本発明は、個体における腎毒性を処置するかもしくは予防する方法であって、当該個体に、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１，ＯＰＮ、ＥＧＦ、および／もしくはクラステリンのグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、投与する工程を含む、方法を提供する。
【００５７】
もう一つの態様において、本発明は、個体における腎毒性を処置する方法であって、当該個体に、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、投与する工程を含む、方法を提供する。
【００５８】
本発明のさらなる態様にしたがって、細胞毒性薬剤での処置下にある個体における腎毒性を処置する方法であって、当該個体に、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、投与する工程を含む、方法が提供される。細胞毒性薬剤は、シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドおよびトリメタジオンの中で好ましく選択される。
【００５９】
本発明の特別な実施態様において、５.３０Ｅ＋０８以上でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７未満でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８以上でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８未満でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９未満でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６以上でポドシンの、調整化合物での処置後の個体の身体の試料の中における遺伝子のｍＲＮＡ発現は、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されていることを示すが、そこでは、遺伝子のｍＲＮＡ発現は絶対値で測定される。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。
【００６０】
もう一つの特別な実施態様において、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、調整化合物での処置後の個体の身体の試料の中で測定された遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されていることを示す。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。
【００６１】
本発明のもう一つの特別な態様において、マーカーの示差発現のお蔭で、これらのマーカーを利用して、患者における特定の薬物処置が腎臓に有毒でないであろうかどうかの予測の確実性を増強することが可能である。それ故に、本発明は、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された、遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値と実質的に同一かもしくはさらに大きい第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値と実質的に同一かもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法を提供する。
【００６２】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値より実質的にさらに大きい第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこでは、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値より実質的にさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法が提供される。
【００６３】
好ましい実施態様において、５.３０Ｅ＋０８以上でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７未満でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８以上でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８未満でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９未満でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６以上でポドシンの、毒性を受けている腎臓組織の中におけるｍＲＮＡ遺伝子発現は、候補薬剤が腎毒性を改善している指標であるが、そこでは、ｍＲＮＡ遺伝子発現は絶対値で測定される。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。
【００６４】
もう一つの好ましい実施態様において、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は、候補薬剤が腎毒性を改善している指標である。
【００６５】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値と実質的に同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値と実質的に同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法が提供される。
【００６６】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこでは、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこでは、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法が提供される。
【００６７】
好ましい実施態様において、５.３０Ｅ＋０８以上でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７未満でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８以上でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８未満でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９未満でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６以上でポドシンの、毒性を受けていない腎臓組織の中において測定されたｍＲＮＡ発現レベルは、候補薬剤が引き起こさないかもしくは誘発しない指標であるが、そこでは、ｍＲＮＡ発現は絶対値で測定される。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。しかしながら、値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。
【００６８】
本発明のもう一つの好ましい実施態様にしたがって、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である。これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種についてまた変わり得る。
【００６９】
本発明のもう一つの特別な態様において、二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第一のセットの値を得ること、（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこでは、もし第一値がカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現（複数を含む）について第二値より実質的にさらに低いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこでは、もし第一値がＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現（複数を含む）について第二値より実質的にさらに高いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である、方法が提供される。
【００７０】
本発明のさらなる特別な態様において、本発明は、二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、もし第一値がＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値より実質的にさらに低いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこでは、もし第一値がアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値より実質的にさらに高いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である、方法が提供される。
【００７１】
上の方法、即ち、（i）候補薬剤を同定するための、（ii）二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するためのおよび（iii）腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための、方法の一つの特別な利点は、それらをインビトロで実施できることである。使用される腎臓組織は、細胞毒性薬剤と接触されてきている培養された腎臓組織もしくは細胞から好ましく得られる。腎臓組織は、腎毒性を受けている個体の腎臓の試料であり得るが、これは、そのような方法の広範なインビトロ適用を制限し得る。
【００７２】
培養された腎臓組織もしくは細胞は、好ましくは腎臓の、ヒトの細胞のおよび組織の障害を擬似するインビボの動物モデルに有利に基づき得る。それはまた、たとえば、ヒト腎臓上皮性２９３Ｔ細胞もしくはヒトの胎児腎臓細胞系のような腎臓細胞の単一または収集であり得る。細胞毒性薬剤は、腎臓に対して既知の毒性を有する任意の分子であり得て、そして、シクロスポリン、シスプラチン、アミノグリコシド、スルホンアミド、タクロリムス、トリメタジオン等：を含む多くの例から有利に選択され得る。腎臓は、その機能的性質のために、薬物の腎毒性作用を特に受けやすいが、それらの性質には、ａ）大量の毒素を運ぶ、高容積の腎臓の血流；（ｂ）毒素の相互作用もしくは摂取を可能にする、糸球体もしくは尿細管の上皮のどちらかにおいて、薬物と接触する大きい区域；（ｃ）細胞の摂取を仲介する特異的伝達機構を提供するところの、腎臓の活性物質を伝達する能力；ｄ）腎臓の尿細管の中で起こりかつ非毒性の親物質から毒性の代謝物にいたり得る、薬物分解；ｅ）吸収されない生成物の尿中のおよび間質性の濃度を増加させ得る、腎臓の濃縮機構；ｆ）摂動を受けるところの、正常な機能に必要である尿細管細胞の高い代謝速度、が含まれる。
シクロスポリン（たとえば、Neoral［登録商標］）の濃度は、インビトロの研究の場合には１０Ｅ−１１〜１０Ｅ−５の範囲にあり得る。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団の細胞タイプもしくは培養条件について多分変わり得る。
【００７３】
本発明のさらなる特別な態様は、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上のマーカー遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定する手段を含む、個体において腎毒性を診断するためのキットを提供する。
好ましい実施態様は、細胞毒性薬剤での処置下にある個体において腎毒性を診断するためのキットを提供する。シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドおよび／もしくはトリメタジオンが好ましくは細胞毒性薬剤である。
【００７４】
本発明の特別な実施態様において、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子の遺伝子発現のレベルを測定することができる、キットが提供される。
【００７５】
好ましい実施態様において、遺伝子発現のレベルを測定するための手段は、マーカー遺伝子に特異的なオリゴヌクレオチドを含む。特に好ましいのは、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、リアルタイム定量的ＰＣＲ、分岐したＤＮＡ、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写仲介の増幅、リボヌクレアーゼ保護アッセイおよびマイクロアレイから選択される方法である。
【００７６】
もう一つの特別な実施態様は、遺伝子発現のレベルを測定するための手段が、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択されるマーカー遺伝子によりコード化されるタンパク質に特異的な少なくとも一つの抗体を含む、キットを提供する。抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化もしくはキメラ抗体、および抗体フラグメントのマーカーへの結合のために十分な生物学的に機能性の抗体フラグメントの中で好ましく選択される。特に好ましいのは、遺伝子発現のレベルを測定するための免疫アッセイ方法である。
【００７７】
本発明のもう一つの好ましい実施態様において、個体の身体の試料を得るための手段をさらに含む、キットが提供される。特に好ましい実施態様は、遺伝子発現のレベルを測定するための手段および個体の身体の試料を含有するために適当な容器をさらに含む。もう一つの好ましい実施態様において、キットは、使用およびキットの結果の解釈のための取扱い説明書をさらに含む。
【００７８】
測定方法
マーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）から得られるｍＲＮＡ転写体のレベルを検出するための特に有用な方法は、標識化したｍＲＮＡのオリゴヌクレオチドの規則アレーへのハイブリダイゼーションを伴う。そのような方法は、複数のこれらの遺伝子の転写のレベルを同時に測定して、遺伝子発現のプロフィールもしくはパターンを作成することを許容する。対象から得られた試料から誘導される遺伝子発現プロフィールを、もう一つの実施態様において、疾患の無い対象から得られた試料から誘導される遺伝子発現プロフィールと比較することができて、それにより対象が腎臓の疾患もしくは毒性を有するかまたは発症する危険性にあるかどうかを決定することができる。
【００７９】
マーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）の遺伝子発現を、ＲＴ−ＰＣＲ、高処理技術、を用いるキットの型で好ましく評価することができる：周知の技術のＲＴ−ＰＣＲ反応は、AmpliTaq Gold ＤＮＡポリメラーゼの５'ヌクレアーゼ活性を活用して、ＰＣＲの間にTaqManプローブを開裂する。プローブは、５'−レポーター染料および３'−失活剤染料を持つオリゴヌクレオチド（通常は約２０マー）から成る。ＦＡＭ（６−カルボキシフルオレセイン）のような、蛍光レポーター染料は、オリゴヌクレオチドの５'末端に共有的に連結される。レポーターは、３'末端に位置するリンカーの腕を介して付着されたＴＡＭＲＡ（６−カルボキシ‐Ｎ,Ｎ,Ｎ',Ｎ'‐テトラメチルローダミン）により失活される。
【００８０】
それぞれのマーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）について用いられるオリゴヌクレオチドのプローブは、そのようなマーカーの遺伝子のヌクレオチド配列から誘導されねばならないが、適切なオリゴヌクレオチド配列の選択は、いまや当業者にとって標準的日常技術の事である。以下の表１は、ヒト、ラットおよび／もしくはマウスにおけるマーカー配列のためのGenbankデータベースの種々のアクセスコードを示す。
【００８１】
【表１】
【表２】
【表３】
【００８２】
正常のおよび疾患の両方の細胞により分泌されるところのマーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）のタンパク質発現はまた分析され得て、本発明の方法において価値がある。上澄み液を単離することができて、そしてＭＷＴ−ＣＯフィルターを用いて、タンパク質の混合物を簡単にすることができる。次いで、タンパク質をトリプシンで消化することができる。次いで、トリプチックペプチドをミクロキャピラリーＨＰＬＣカラム上に負荷し得るが、そこではそれらが分離されて、特注の電子スプレーイオン化源を通して、直接にイオントラップ質量分析計の中に溶出される。傾斜の全体を通して、配列データを、既に断片化されてきているものを動的に排除する一方で、カラムから溶出する四つの最強度のイオン（ペプチド）の断片化を通して獲得することができる。この方法で、試料中のおよそ５０〜２００の異なるタンパク質に対応して、多重スキャンからの配列データを得ることができる。これらのデータを、Ms-Tagのような相関分析ツールを用いてデータベースに対して検索して、上澄み液中のマーカーのタンパク質発現を同定する。
マーカーによりコード化されたタンパク質の発現をまた、検出可能なように標識化されているか、もしくは引き続いて標識化され得るところのプローブにより検出することができる。一般的には、プローブは、発現されたタンパク質を認識する抗体である。
【００８３】
本明細書で使用される際には、用語抗体には、限定するものではないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化もしくはキメラ抗体、および抗体フラグメントのタンパク質への結合のために十分な生物学的に機能性の抗体フラグメントが含まれる。
【００８４】
次いで、試料中で既知のタンパク質が発現される程度を上述の抗体を利用する免疫アッセイ方法により測定する。そのような免疫アッセイ方法には、限定するものではないが、ドットブロティング、ウエスタンブロッティング、競合的および非競合的タンパク質結合アッセイ、酵素結合免疫ソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、ならびに普通に使用されかつ科学および特許の文献に広く記載されている他のものが含まれて、そして多くは商業的に使用される。
【００８５】
これに代えて、マーカータンパク質（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）を、二次元のゲル電気泳動システムにより分離することができる。二次元のゲル電気泳動は当分野で周知であって、典型的に一次元に沿う等電点電気泳動に続く二次元に沿うＳＤＳ−ＰＡＧＥ電気泳動を伴う。ここで得られる電気泳動図を、質量分析技法、ウエスターンブロティングならびにポリクローナルおよびモノクローナル抗体を用いる免疫ブロット分析、ならびに内部およびＮ−末端ミクロ−シークエンシングを含む、数多くの技法により分析することができる。
【００８６】
薬物スクリーニング方法
上述の薬物スクリーニング方法に加えて、無細胞アッセイをまた使用して、マーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）によりコード化されるタンパク質と相互作用する能力のある化合物を同定して、タンパク質もしくはその結合パートナーを変えることができる。無細胞アッセイをまた使用して、コード化されたタンパク質および標的ペプチドのようなその結合パートナーとの間の相互作用を調整する化合物を同定することができる。
【００８７】
一つの実施態様において、そのような化合物を同定するための無細胞アッセイは、マーカータンパク質（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）および結合パートナー、たとえば、生物学的に不活性な標的ペプチド、もしくは小分子の存在下もしくは不在下における試験化合物または試験化合物のライブラリーを含有する反応混合物を含む。分子間の相互作用をまた、表面プラスモン共鳴、光学的現象、を検出するところのリアルタイムＢＩＡ（生体分子相互作用分析、Pharmacia Biosensor（ＡＢ））を用いることにより評価することができる。タンパク質およびその結合パートナーとの間の複合体の形成を、放射標識、蛍光的標識もしくは酵素的標識のタンパク質もしくはその結合パートナーのような検出可能な標識タンパク質を使用して、免疫アッセイによりもしくはクロマトグラフ的検出により検出することができる。
【００８８】
転写体アレー
本発明の好ましい実施態様において、“オリゴヌクレオチドアレイ”（本明細書ではまた“マイクロアレイ”と呼ばれる）を使用する。マイクロアレイを、細胞における転写状態を分析するために、そして特に腎臓の細胞の転写状態を測定するために使用することができる。
【００８９】
一つの実施態様において、転写体アレイは、細胞中に存在するｍＲＮＡ転写体を表わす検出可能な標識ポリヌクレオチド（たとえば、全体の細胞ｍＲＮＡもしくは標識ｃＲＮＡから合成された蛍光的標識ｃＤＮＡ）をマイクロアレイにハイブリダイズすることにより製造される。本発明のマイクロアレイは、少なくとも一つのマーカー遺伝子（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）の生成物のための結合（たとえば、ハイブリダイゼーション）部位の整列アレイを持つ表面である。マイクロアレイは数多くの方式で作成されることができる。しかしながら、製造されたマイクロアレイは特定の特色を共有する：アレイは再生可能であり、与えられたアレイの複数のコピーを製造してかつ容易にお互いに比較することを許容する。好ましくは、マイクロアレイは小さく、通常は５ｃｍ２、より小さく、そしてそれらは結合（たとえば、核酸ハイブリダイゼーション）の条件下では安定である材料から作成される。マイクロアレイ中の与えられた結合部位もしくはユニークなセットの結合部位は、細胞中で単一の遺伝子の生成物に特異的に結合するであろう。特異的なｍＲＮＡ当り二つ以上の物理的結合部位（以後“部位”）があるけれども、理解しやすいように、下の考察は、単一の部位があることを想定する。特異的な実施態様において、それぞれの位置において既知の配列を持つ固定された核酸を含有する位置的にアドレスできるアレイが使用される。
【００９０】
細胞のＲＮＡに相補的なｃＤＮＡが作成されて、適当なハイブリダイゼーション条件下でマイクロアレイにハイブリダイズされるときには、特定の遺伝子に対応するアレイ中の部位へのハイブリダイゼーションのレベルは、その遺伝子から転写されたｍＲＮＡの細胞中での優勢を反映するであろう。たとえば、全体の細胞ｍＲＮＡに相補的な検出可能な標識（たとえば、蛍光体）のｃＤＮＡもしくはｃＲＮＡがマイクロアレイにハイブリダイズされるときには、細胞中で転写されない遺伝子 （たとえば、遺伝子の生成物に特異的に結合する能力がある） に対応するアレイ上の部位は、殆どか全く無いシグナル（たとえば、蛍光性シグナル）を有して、コード化されたｍＲＮＡが優勢である遺伝子は比較的強いシグナルを有するであろう。
【００９１】
データベース
本発明はまた、本発明（表１）で示されるマーカーのセットの少なくとも一つについての遺伝子発現プロフィールを含むデータベースを作成する方法を提供する。たとえば、それぞれのマーカーについての遺伝子発現プロフィールを、単独でもしくは組合せて、特定の腎臓の疾患もしくは毒性を同定するマーカープロフィールの標準化表示のためのデータ処理システムが集約されるように、デジタル保存媒体の中に保存することができる。
【００９２】
本発明の分析方法を履行するためのこれに代わるコンピュータシステムおよび方法は当業者にとって明らかであるであろうし、そして添付の請求項内に含まれるものとする。特に、添付の請求項は、当業者にとって容易に明らかであろう本発明の方法を履行するためのこれに代わるプログラム構造を含むものとする。
【００９３】
本発明の一つの態様は、腎臓機能、腎毒性および／もしくは腎障害を含む生物学的プロセスに関連した候補遺伝子を同定する方法であって、ａ）少なくとも一つの数値Ｉを得るためのアルゴリズムの入力として、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルを使用すること；ならびに（ｂ）ａ）で得られた少なくとも一つの数値Ｉを候補遺伝子について得られた数値ＩＩと比較することを含んでなる、方法を提供する。好ましくは、方法は、もし工程（ｂ）で得られた数値Ｉが予め定められた関係において数値ＩＩと相関するならば、候補遺伝子が生物学的プロセスと関連する、工程（ｃ）をさらに含む。本発明の特別な実施態様において、予め定められた関係は１もしくはそれより大である。本発明のもう一つの実施態様において、予め定められた関係は１もしくはそれより小である。
【００９４】
もう一つの特別な実施態様によると、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルは、腎臓組織、血液もしくは尿のような個体の少なくとも一つの身体の試料からまたは腎臓の細胞系から得られる。少なくとも一つの身体の試料は、好ましい実施態様において、腎臓組織および血液のような二つもしくはそれ以上の異なる身体の試料である。特に好ましい実施態様において、身体の試料もしくは細胞系は、細胞毒性薬剤と接触してきている。好ましくは、そのような細胞毒性薬剤は、シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドおよびトリメタジオンの中で選択される。
本発明の特別な実施態様において、方法はコンピュータで実施可能な方法である。
【００９５】
アンチセンス分子
もう一つの実施態様では、標的ＲＮＡ（好ましくはｍＲＮＡ）の種の活性、特異的にはその翻訳速度を、アンチセンス核酸の制御可能な応用によって制御可能的に阻害することができる。本明細書で使用される際には、“アンチセンス”核酸とは、コード化および／もしくは非−コード化領域への或る配列相補性のお蔭で、標的ＲＮＡの配列‐特異的な（たとえば、非−ポリＡ）部分、たとえばその翻訳開始領域、へハイブリダイズする能力のある核酸を指す。本発明のアンチセンス核酸は、制御可能な様式で細胞に直接投与することができるところの、もしくは標的ＲＮＡの翻訳を摂動するに十分な制御可能な量において、外因性の導入された配列の翻訳によって細胞内的に生産することができるところの、二本鎖もしくは一本鎖の、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはそれらの修飾体もしくは誘導体であるところのオリゴヌクレオチドであり得る。
好ましくは、アンチセンス核酸は少なくとも６個のヌクレオチドを持って、好ましくはオリゴヌクレオチド（６〜約２００個のオリゴヌクレオチドの範囲にある）である。
【００９６】
上で考察したように、アンチセンスヌクレオチドを、説明された遺伝子を発現する細胞に、種々の技法、たとえば、アンチセンスヌクレオチドをリポソーム中へ取り込ませる、腎臓組織部位の中へ直接に注入すること、により、細胞表面上に発現された受容体もしくは抗原と特異的に結合するペプチドまたは抗体にアンチセンスヌクレオチドを連結することにより腎臓細胞へ標的化されるところの修飾されたアンチセンスヌクレオチドを投与することにより、インビボで送達することができる。
【００９７】
しかしながら、上述の送達方法では、内因性ｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに十分な細胞内濃度を達成することは困難であり得る。したがって、これに代わる実施態様においては、アンチセンスヌクレオチド配列を含む核酸を、プロモーター、即ち、特異的な遺伝子の転写を開始するために必要とされるＤＮＡ配列、の転写的制御下に置いて、発現構築物を形成する。本発明のアンチセンス核酸は、外因性の配列からの転写によって細胞内に制御可能的に発現される。もし発現が、高レベルであるように制御されるならば、飽和の摂動もしくは修飾が結果的に生じる。
【００９８】
結論として、アンチセンス核酸を慣例的にデザインして、本明細書に引用されるマーカー遺伝子（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）を含む実質上任意のｍＲＮＡ配列も標的にすることができ、そして細胞は、有効かつ制御可能なもしくは飽和する量のアンチセンス核酸が発現されるように、そのようなアンチセンス配列をコード化する核酸と慣例的に形質転換されるかまたはそれに暴露される。したがって、細胞中で実質上任意のＲＮＡ種の翻訳は、修飾されるかもしくは摂動されることができる。
【００９９】
小分子薬物もしくはリガンド
これに加えて、マーカータンパク質（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）の活性を、外因性の薬物もしくはリガンドへの暴露により、制御されたまたは飽和する様式で修飾するかまたは摂動することができる。本発明の方法は、腎臓障害を処置するための種々の薬物の有用性を試験することもしくは確認することにしばしば応用されるので、薬物暴露は、細胞の構成要素、ｍＲＮＡおよび発現されたタンパク質の両方、を修飾する／摂動する重要な方法である。
【０１００】
好ましい場合においては、細胞中で唯一つのマーカーと相互作用し、その活性を増強するかもしくは低減するかのいずれかで、その一つのマーカータンパク質のみの活性を変えるところ薬物が知られている。種々の量のその薬物への細胞の段階的な暴露は、それによってそのマーカータンパク質を入力として有するネットワークモデルの段階的な摂動を引き起こす。飽和的な暴露は修飾／摂動を飽和することを引き起こす。
【０１０１】
抗体およびアンタゴニスト
用語“アンタゴニスト”とは、遺伝子によってコード化されたタンパク質に結合されるとき、その活性を阻害するところの分子を指す。アンタゴニストには、限定するものではないが、ぺプチド、タンパク質、炭水化物および小分子が含まれ得る。
【０１０２】
特に有用な実施態様では、アンタゴニストはマーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）について特異的な抗体である。抗体は単独で治療のエフェクターとして作用し得るかもしくはそれは他の細胞を補充して、細胞死を実際に効果的にする。
【０１０３】
処置様式
アンチセンスヌクレオチドでの処置の場合には、方法は、上の表１で同定された少なくとも一つのマーカーから誘導されたアンチセンスヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子の治療的に有効な量を投与することを含むが、そこでは、アンチセンスヌクレオチドは、少なくとも一つの遺伝子の転写／翻訳を変化させる能力を有する。
【０１０４】
アンタゴニストでの処置の場合には、方法は、上の表１で同定された少なくとも一つのマーカーによりコード化されるタンパク質を阻害するかもしくは活性化するところの、治療的に有効な量のアンタゴニストを対象に投与することを含む。
【０１０５】
アンチセンスヌクレオチド、リボザイムをコード化しているヌクレオチド配列、二本鎖ＲＮＡもしくはアンタゴニストを含む単離された核酸分子の“治療的に有効な量”とは、腎臓の疾患もしくは毒性を処置するためのこれらの治療剤の一つの十分な量を指す。治療的に有効な量の決定は、多分に当業者の能力範囲内である。任意の治療薬について、治療的に有効な用量を、たとえば、腫瘍細胞の、細胞培養アッセイにおいてまたは動物モデル、普通はラット、マウス、ウサギ、イヌもしくはブタ、においてのいずれかで最初に推定することができる。また、動物モデルを用いて、適切な濃度範囲および投与経路を決定し得る。次いで、そのような情報を用いて、ヒトにおける投与について有用な用量および経路を決定することができる。
【０１０６】
治療の有効性および毒性を、細胞培養系もしくは実験動物における標準的な薬学的手順、たとえば、ＥＤ５０（集団の５０％において治療的に有効な用量）およびＬＤ５０（集団の５０％にとって致死的な用量）、によって決定し得る。有毒なおよび治療的な効果の間の用量比が治療指標であり、それを，ＬＤ５０／ＥＤ５０比として表することができる。大きな治療指標を示すところのアンチセンスヌクレオチド、リボザイム、二本鎖ＲＮＡおよびアンタゴニストが好ましい。細胞培養アッセイおよび動物試験から得られたデータは、ヒトで使用するための投与量の範囲を処方するのに用いられる。そのような組成で含有される投与量は、好ましくは、ほとんどもしくはまったく無い毒性を持つＥＤ５０を含むところの循環濃度の範囲内である。投与量は、この範囲内で、使用される剤型、患者の感受性、および投薬経路に依存して変化する。
【０１０７】
正確な投与量は、処置を必要とする対象に関係する要素と照らして、開業医によって決定されるであろう。用量および用法を調整して、活性部分の十分なレベルを提供するかもしくは望ましい効果を維持する。考慮に入れ得る要素には、病状の重症度、対象の全身的健康、対象の年齢、体重および性、食事、投与の時間および頻度、薬物の組合せ（複数を含む）、反応感受性、ならびに治療に対する寛容／応答が含まれる。
【０１０８】
通常の投与量は、０.１〜１００,０００マイクログラムから、約１ｇの全投与量まで、投与経路に依存して変動し得る。特定の投与量および送達方法に関するガイダンスは、文献中に提供され、当分野の開業医に一般的に利用可能である。当業者は、ヌクレオチドについてはアンタゴニストについてよりは異なる処方を使用するであろう。
【０１０９】
治療的な適用については、アンチセンスヌクレオチド、リボザイムをコード化するヌクレオチド配列、二本鎖ＲＮＡ（リポソーム中に取り込まれているかもしくはウイルスベクター中に含有されているかどうか）および抗体は、好ましくは、一つもしくはそれ以上の薬学的に許容される担体との組合せで治療剤を含有する、医薬組成物として投与される。組成物は、単独または、限定するものではないが、生理食塩液、緩衝化された生理食塩液、デキストロースおよび水を含む、任意の無菌の生体適合性担体中で投与し得るところの安定化化合物のような、少なくとも一つの他の薬剤との組合せで、投与され得る。組成物は患者に、単独にまたは他の薬剤、薬物もしくはホルモンとの組合せで、投与され得る。
【０１１０】
医薬組成物は、限定するものではないが、経口、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、骨髄内、髄腔内、心室内、経皮的、皮下的、腹腔内、経鼻的、経腸的、局所的、舌下的もしくは直腸の手段を含む、数多くの経路によって投与され得る。活性成分に加えて、これらの医薬組成物は、活性化合物を薬学的に用いられ得るところの製剤へ加工することを促進する、添加物および補助剤を含む適当な薬学的に許容される担体を含有し得る。
【０１１１】
経口投与のための医薬組成物を、当分野において周知である薬学的に許容される担体を経口投与に適当な投与量で用いて処方することができる。そのような担体は、医薬組成物が、患者による摂取のために、錠剤、ピル、糖剤、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁剤等として、処方されることを可能にする。
【０１１２】
本明細書中で引用される全ての文献は、出典明示により、あたかもそれぞれの文献または特許もしくは特許出願が、特異的かつ個別に全ての目的について全体的な出典明示により本明細書の一部とするのと同じ程度に、全体的なおよび全ての目的の出典明示により本明細書の一部とする。加えて、本明細書で引用される全てのGenBankアクセス番号は、出典明示により、あたかもそれぞれのそのような番号が、特異的かつ個別に全ての目的について全体的な出典明示により本明細書の一部とすると同程度に、全体的なおよび全ての目的の出典明示により本明細書の一部とする。
【０１１３】
本発明は、本発明の個別の態様の単独の例示として意図されているところの本出願で説明される特定の実施態様によって、限定されるものではない。本発明の多くの変形例および変動例は、当業者には明白であろうように、その精神および範囲から逸脱することなくなされることができる。本発明の範囲内で機能的に同等な方法および装置は、本明細書中で列挙されたものに加えて、前述の説明および付随する図面から当業者には明白であろう。そのような変形例および変動例は、添付の請求項の範囲内に該当するものとする。本発明は、そのような請求項が権利を与えられている同等物の全範囲と共に、添付の請求項によってのみ、限定されるべきである。
【０１１４】
本発明を実施するには、分子生物学、微生物学および組み替えＤＮＡにおける多くの従来の技法が用いられる。これらの技法は周知であり、たとえば、「分子生物学における現行のプロトコール」、Volumes I, II, and III, 1997 （F. M. Ausubel ed. ）; Sambrook et al., 1989, 「分子クローン化：実験室マニュアル、第２版」、Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y.；「ＤＮＡ クローン化：実用的アプローチ」、Volumes I and II, 1985（D. N. Glover ed.）；「オリゴヌクレチド合成」、1984 （M. L. Gait ed. ）；「核酸ハイブリダイゼーション」、1985, （Hames and Higgins）; 「転写および翻訳」、1984 （Hames and Higgins eds. ）；「動物細胞培養」、1986 （R. 1. Freshney ed.）；「固定化細胞および酵素」、1986 （IRL Press）; Perbal, 1984、「分子クローン化への実用的ガイド」；シリーズ、「酵素学での方法」（Academic Press, Inc）；「哺乳動物細胞のための遺伝子転移ベクター」、1987 （J. H. Miller and M. P. Calos eds., Cold Spring Harbor Laboratory）;ならびに「酵素学での方法」 Vol. 154 and Vol. 155 （それぞれ、WuおよびGrossman、ならびにWu編集,）の中で説明される。
【実施例】
【０１１５】
実験１
ラット腎臓検体は、シクロスポリンＡ（ＣｓＡ：Neoral［登録商標］）を含む免疫抑制剤についての毒性および有効性のマーカーを同定するために実施された二週間のインビボ試験から得られた。ＣｓＡは臨床的応用の点だけでなく、また研究モデルの点でも免疫抑制のための参照化合物である。ＣｓＡは、Ｔ細胞活性化後の初期イベントを阻害し、幾つかのサイトカインの転写活性化を遮断する。
【０１１６】
腎臓は、毒性の主な標的として、研究されて、ＲＮＡ発現の変化が、Affimetrixからの高密度ＤＮＡ−アレイシステムを用いて全ての群でモニターされた。試験の生存に関係する部分は、以下の通りに実施された。
実験動物
【表４】
【０１１７】
本試験に適用されたＣｓＡ濃度は：
群：１：対照；２：処置。
試験項目：Neoral［登録商標］‐Sandimmun （ＣｓＡ）：投与量（ｍｇ／ｋｇ）：５；容積‐投与量（ｍＬ／ｋｇ）：５。
処置期間後、ラットの腎臓を採集して、全ＲＮＡを抽出した。全ＲＮＡは、製造元の取扱い説明書にしたがい、TRIzol試薬（Life Technologies）を用いて、凍結腎臓から抽出された。全ＲＮＡは、λ＝２６０ｎｍ（Ａ２６０ｎｍ）における吸光度によって定量されて、純度は、比率Ａ２６０ｎｍ／Ａ２８０ｎｍによって推定された。純度は、変性ゲル電気泳動によって確認された。ＲＮＡは、分析まで−８０℃で保存された。
【０１１８】
良質の全ＲＮＡを用いて、二本鎖ｃＤＮＡをSuperscript Choice System（Life Technologies）を用いて合成した。次いで、ｃＤＮＡをインビトロで転写して（MEGAscript［登録商標］T7 Kit, Ambion）、ビオチン標識ｃＲＮＡを形成した。次に、標識ｃＲＮＡの１２〜１５μｇを、プローブアレイに４５℃にて１６時間ハイブリダイズした。次いで、アレイを、EukGE-WS2プロトコル（Affimetrix）にしたがって洗浄して、ストレプトアビジン‐フィコエリトリン結合体（Molecular Probes）の１０μ／ｍｌで染色した。シグナルは、２ｍｇ／ｍｌアセチル化ＢＳＡ（Life technologies）、１００ｍＭ ＭＥＳ、１Ｍ［Ｎａ＋］、０.０５％Tween２０、０.００５％Antiofoam（Sigma）、０.１ｍｇ／ｍｌヤギＩｇＧおよび０.５ｍｇ／ｍｌビオチン化抗体で増幅されかつストレプトアビジンで再染色された抗体であった。洗浄後、アレイをGene Array［登録商標］スキャナー（Affimetrix）で二回走査した。
【０１１９】
ゲノミックスのデータの採掘後にかつそれぞれの群で用いられた実験条件下で、幾つかの遺伝子がそれぞれのプローブアレイ上で、＞２倍で示差的に発現されていることが見い出され、リアルタイムＰＣＲでの確認のために選択された。GeneSpring［登録商標］ソフトウェアーを用いて、処置群における発現レベルを比較し、クラスタ化アルゴリズムを用いて遺伝子を選別した。これらの計算は、それらの発現変動にしたがって遺伝子を分離して、類似の変動パターンを共有する遺伝子をグループ化する（階層型クラスタリング、K-平均クラスタリング）。それはまた、特定の群における発現レベルの分布を全体的な分布と比較して、与えられた群が全体的な分布に属すべき確率を計算する。それについての発現変化が病理学的格付けと相関するところの遺伝子が選択された。五個の遺伝子マーカー、カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン、が本薬剤での処置後に、ＤＮＡ−アレイ上に観察された特異的なプロフィールの部分を構成する。
【０１２０】
表２に列記されたプライマー配列が、リアルタイム定量的ＰＣＲ分析に用いられてきている。
【表５】
【０１２１】
クラステリンは、この遺伝子の産物が分泌タンパク質であるので、マーカーとして特に興味が持たれ得る。クラステリンのタンパク質レベルは、非腎毒性化合物（Ａ）および三つの腎毒性化合物（Ｂ、Ｃ、Ｄ；表３）での処置後にこれらの動物の血清検体のウエスタンブロット分析によって確認されるように、実際に増加された。
【０１２２】
【表６】
＊＝平均的被処置検体バンド容積／平均的対照バンド容積×１００
【０１２３】
図１は、腎臓の尿細管好塩基球増加症に連結する遺伝子マーカー（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）の発現変化（倍率変動）の進展を表す。比較のため、本明細書で説明される新規遺伝子マーカー（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）がさらに多く影響を受けて、それ故にさらに密接に腎毒性と関係付けられ、そして結果としてさらに関連性がありかつ有用であることを立証するために、クレアチニン分泌（古典的なマーカー）の進展を図２に示す。
【０１２４】
実験２
非臨床試験を、ラットに１４日間および４２日間投与するときの試験化合物（ＴＣ１）の毒性効果を確立するために開始した。試験は、試験化合物の潜在的腎毒性を評価するように設計された。
【０１２５】
試験化合物を、シクロスポリンＡ（ＣｓＡ：Neoral［登録商標］）Placebo Microemulsion Preconcentrate中の溶液として、IGS Wister Hannover ［Ｃｒｌ：ＷＩ（Ｇｌｘ／ＢＲＬ／Ｈａｎ）ＩＧＳ ＢＲ］ラット（Ｎ＝５／性／群）に、２０ｍｇ／ｋｇ／日、６０ｍｇ／ｋｇ／日の用量で１４日間および１０ｍｇ／ｋｇ／日、２５ｍｇ／ｋｇ／日の用量で４２日間、経口的に強制飼養により投与した。追加群のラット（雄）は、ビークル（ＣｓＡ（Neoral［登録商標］） Placebo Microemulsion Preconcentrate）を、５ｍＬ／ｋｇの同等な投与容積で与えられて、対照として役立てられた。投薬の開始時では、動物はおよそ８週齢であった。腎臓の検体を検死日に採集した。
【０１２６】
ＰＣＲによりモニターされたのは、一緒にもしくは単独で腎毒性のマーカーとして用いられ、それ故に試験化合物の腎毒性の評価を許容するところの本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）であった。
【０１２７】
本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）の発現をモニターすることにもっぱら基づいて、腎臓顕微鏡スライドグラスの病理学的検査に先立って、試験化合物がＣｓＡ（２０ｍｇ／日）よりもさらに低い腎毒性ではあるが、五つの遺伝子マーカーの発現によって立証されるように腎臓に対して若干損傷を与えることを結論付けることができた。しかしながら、腎毒性は、ＣｓＡ発現プロフィールとの比較の後、試験化合物に特異的であるように思われた。さらに、１０ｍｇ／ｋｇ／日の用量での４２日間の処置後に、本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）についての遺伝子発現プロフィールは、顕著な腎毒性を示さなかった（図３）。図中で、“倍率‐変化対対照”は、それぞれの対照群における本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）についての分子数で除した処置群における本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）についての分子数を表す。
【０１２８】
これらの結論は、後の段階で確認されて、本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）の発現をモニターすることによってなされる予測の妥当性を証明した。試験化合物の腎毒性は、（本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）をモニターすることにより、先に予測されるようなＣｓＡ−誘発化腎毒性とは異なるところの）尿細管細胞質空胞化であると特徴付けられた。
【０１２９】
実験３
ラットは、毎日１回、経口強制飼養により、５もしくは２０ｍｇ／ｋｇ／日のシクロスポリンＡ誘導体（ＴＣ３）で処置された。次いで、腎臓を採取し、表４に列記されるようなプライマー配列を用いてポドシン発現をリアルタイム定量的ＰＣＲ分析によって測定した。表５は、ＴＣ３で処置されたラットにおけるポドシン遺伝子の発現を示す。
【０１３０】
【表７】
【０１３１】
【表８】
ラットは、比較可能な用量においてＣｓＡ処置後に観察されるものと類似の腎臓の副作用を示し、かくしてＴＣ３（２０ｍｇ／ｋｇ／日）は腎毒性の条件である。
【０１３２】
実験４
（a）シクロスポリンＡ（ＣｓＡ：Neoral［登録商標］）により引き起こされる薬物‐誘発化腎毒性の機序を研究するためのならびに（ｂ）腎毒性の潜在的な初期マーカーとしての特異的な遺伝子（およびそれらのタンパク質生成物）を同定するかもしれない遺伝子発現パターンを同定するための努力の中で、２週間のラット試験をシクロスポリンＡを用いて実施した。雄性ラット（Ｃｒｌ：Wist Han系統）を、毎日１回、経口強制飼養により５もしくは２０ｍｇ／ｋｇ／日のいずれかのシクロスポリンＡで処置した。次いで、腎臓を採取して、全ＲＮＡを、製造元の取扱い説明書にしたがってTRIzol試薬（Life Technologies）を用いて凍結組織から抽出した。全ＲＮＡは、λ＝２６０ｎｍ（Ａ２６０ｎｍ）における吸光度によって定量され、純度は比率Ａ２６０ｎｍ／Ａ２８０ｎｍによって推定された。純度は、変性ゲル電気泳動によって確認された。ＲＮＡは、分析まで−８０℃で保存された。ＲＮＡを、Superscript Choice System （Life Technologies）を用いて逆転写した。次いで、ＤＮＡを、インビトロで転写して（MEGAscript［登録商標］T7キット、Ambion）、ビオチン標識ｃＲＮＡを生成した。次に、標識ｃＲＮＡを、GeneChip［登録商標］プローブアレイ（ラットアレイＲＵ３４Ａ）にハイブリダイズした。プローブアレイへのハイブリダイゼーション、洗浄、染色およびスキャンニングを、製造元の取扱い説明書にしたがって行った。ＲＮＡ発現プロフィールを、Affimetrix ＲＵ３４Ａラット遺伝子チップを用いて分析した。
【０１３３】
発現プロフィール分析を、Compare and GeneChip Analysisプログラムを用いて実施された。Compare analysisを、アルゴリズム１、平均シグナル対平均シグナル、を用いて実施して、±２.５倍もしくはそれ以上の比率を有した遺伝子を列記した。統計分析を、SigmaStat ２.０３を用いて実施した。負の値を有する全ての生の平均差異値を１に調整した。表６に列記された遺伝子については、異なる処置群の中での全体的差異は統計的に有意（ｐ＜０．００１）であった。
【０１３４】
【表９】
【表１０】
【０１３５】
シクロスポリンＡ（ＣｓＡ）処置によって上向き調節される遺伝子
腎臓損傷分子（ＫＩＭ−１）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された一つの遺伝子は、腎臓損傷分子（ＫＩＭ−１）（プローブセットＡＦ０３５９６３＿ａｔ）であった。表６で示されるように、ＫＩＭ−１の発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して２６−倍誘発された（ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＫＩＭ−１の誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＫＩＭ−１発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００４）。
【０１３６】
オステオポンチン（ＯＰＮ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第二番目の遺伝子は、オステオポンチン（ＯＰＮ）（プローブセットＭ１４６５６＿ａｔ）であった。表６で示されるように、オステオポンチンの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して３.９−倍誘発された（ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、オステオポンチンの誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（２０ｍｇ）と比較したＣｓＡ（５ｍｇ）によるオステオポンチン発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１３７】
クラステリン／テストステロン‐抑圧前立腺メッセージ２（ＴＲＰＭ‐２）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第三番目の遺伝子は、テストステロン‐抑圧前立腺メッセージ２（ＴＲＰＭ‐２）としてまた知られる、クラステリン（プローブセットＭ６４７３３ｍＲＮＡ＿ｓ＿ａｔあった。クラステリンの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して７.６−倍誘発された（表６；ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、クラステリンの誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（２０ｍｇ）と比較したＣｓＡ（５ｍｇ）によるクラステリン発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１３８】
アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ‐２ｕ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第四番目の遺伝子は、ヒトにおけるリポカリン２（ＬＣＮ２）もしくは好中球ゼラチナーゼ関連のリポカリン（ＮＧＡＬ）としてまた知られる、アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ‐２ｕ）（プローブセットｒｃ＿ＡＡ９４６５０３＿ａｔ）であった。アルファ‐２ｕの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して６０−倍誘発された（表６；ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、アルファ‐２ｕの誘発はなにも検出されなかった。対照およびＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるアルファ‐２ｕ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１３９】
補体成分４（Ｃ４）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第五番目の遺伝子は、補体成分４（Ｃ４）（プローブセットＵ４２１７９＿ａｔ）であった。Ｃ４は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して３.３−倍誘発された（表６；ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、Ｃ４の有意な誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（２０ｍｇ）と比較したＣｓＡ（５ｍｇ）によるＣ４発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１４０】
シクロスポリンＡ（ＣｓＡ）処置によって下方調御される遺伝子
表皮成長因子（ＥＧＦ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された一つの遺伝子は、表皮成長因子（ＥＧＦ）（プローブセットＸ１２７４８ｃｄｓ＿ｓ＿ａｔ）であった。ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットは、対照ラットと比較して４.５−倍少ないＥＧＦ発現を示した（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＥＧＦ発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＥＧＦ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００４）。
【０１４１】
血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第二番目の遺伝子は、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）（プローブセットｒｃ＿ＡＡ８５０７３４＿ａｔ）であった。ＶＥＧＦは、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２.６−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＶＥＧＦ抑圧の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＶＥＧＦ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１４２】
腎臓特異的な有機陰イオン輸送体‐Ｋ１（ＯＡＴ‐Ｋ１）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第三番目の遺伝子は、溶質担体ファミリー２１メンバーａ４（ＳＬＣ２１Ａ４）としてまた知られる、腎臓特異的な有機陰イオン輸送体‐Ｋ１（ＯＡＴ‐Ｋ１）であった。ＯＡＴ‐Ｋ１の発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２.３−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＯＡＴ‐Ｋ１発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＶＯＡＴ‐Ｋ１発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.０１９）。
【０１４３】
アルドラーゼＡ
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第四番目の遺伝子は、アルドラーゼＡ（プローブセットＵ２０６４３＿ａｔ）であった。アルドラーゼＡの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２６−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、アルドラーゼＡ発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるアルドラーゼＡ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜＝０.０４２）。
【０１４４】
アルドラーゼＢ
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第五番目の遺伝子は、アルドラーゼＢ（プローブセットＸ０２２８４＿ａｔ）であった。アルドラーゼＢの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２.１−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＯＡＴ‐Ｋ１発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるアルドラーゼＢ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜＝０.００１）。
【技術分野】
【０００１】
本発明は、腎障害、即ち、腎臓の疾患、損傷もしくは毒性、のモニタリング、予後、診断および／もしくは処置のための方法に、腎毒性を診断するためのキットに関する。特に、本発明は、腎障害を決定するためのおよび／または腎障害に対する種々の処置の有効性を選択することもしくはモニタリングを助けるための遺伝子発現分析の使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
異質化合物もしくは薬物に対する個体の応答に関与するＤＮＡ／ＲＮＡレベルにおける遺伝的およびゲノム的要素の研究は、予防的もしくは治療的な処置のための安全な薬剤（たとえば、薬物）の選択を許容する。本発明のマーカーの発現に刺激的なもしくは阻害的な影響を有する薬剤またはモジュレーターを個体内でモニターして、患者における毒性を評価することができる。治療剤の代謝における相違は、薬理学的に活性な薬物の用量および血中濃度の間の関係を変えることにより重篤な毒性もしくは治療失敗に至り得る。そのようなゲノム薬理学をさらに使用して、適切な投与量および治療レジメンを決定することができる。したがって、個体における本発明のマーカーの発現のレベルを測定して、それにより個体の治療的なもしくは予防的な処置のための適切な安全な薬剤（複数を含む）を選択することができる。
【０００３】
薬理遺伝学は、個体における薬物の処理および作用の変動に因る薬物の有効性もしくは毒性の臨床的に顕著な変動を取り扱う。たとえば、Linder MW, Clin Chem 1997, Vol 43 （2）: 254-266を参照されたい。一般に、二つのタイプの薬理遺伝学的条件を区別することができる。薬物が身体に作用する様式を変える単一の要素として伝達される遺伝的条件は、“改変薬物作用”と言われる。身体が薬物に作用する様式を変える単一の要素として伝達される遺伝的条件は、“改変薬物代謝”と言われる。これらの薬理遺伝学的条件は、まれな欠損としてもしくは共通の多形性としてのいずれかで起こり得る。
【０００４】
個体におけるマーカーの発現のレベル、もしくは機能のレベル、を測定して、それにより個体の治療的なもしくは予防的な処置のための適切な薬剤を選択することができる。この知識は、投薬もしくは薬物の選択に適用するとき、副作用もしくは治療の失敗を避けることができて、かくして対象をマーカーの発現のモジュレーターで処置するときに、治療的なもしくは予防的な有効性を増強することができる。
【０００５】
カルビンジンＤ−２８ｋは、大きなＥＦ−ハンドファミリーのカルシウム結合タンパク質のメンバーである。それは、全てのクラスの脊椎動物の中におよび広範囲の組織の中に存在する。カルビンジンＤ−２８ｋは、細胞を通してカルシウムの拡散を容易にして、イオン化したカルシウムを有毒なレベル以下に保持する細胞内カルシウム緩衝剤として働くところのカルシウム輸送分子として機能すると仮定されている（Feher JJ, Am J Physiol 1983, Vol 44: C303-C307）。
【０００６】
数人の研究者が、腎臓内でカルビンジンＤ−２８ｋの最高量は、遠位尿細管の中に局在して、それは、カルシウム吸収の部位としての遠位尿細管の役割と相関することを示してきている（Rhoten WB, et al., Anat Rec 1990, Vol 227: 145-151; Borke JL, et al., Am J Physiol （Renal Fluid Electrolyte Physio）1989, Vol 257: F842- F849 26.）。さらに、年齢と共に減少するカルビンジンＤ−２８ｋの発現は、腸および腎臓中のＣａ＋＋輸送の年齢に関係する減少に寄与し得ることが示されてきている（Armbrecht HJ, et al., Endocrinology 1989, Vol 125: 2950-2956）。ラットの腎のカルビンジンＤ−２８ｋタンパク質のシクロスポリンＡで誘導される減少は、そのｍＲＮＡの減少の結果であることが文献に報告されている（Grenet O, et al., Biochem Pharmacol 1998, Vol 55 （7）: 1131-1133; Grenet O,et al., Biochem Pharmacol 2000; Vol 59 （3）: 267-272）。この陳述は、カルビンジンＤ−２８ｋのｍＲＮＡレベルを、タンパク質のレベルを反映する、ＰＣＲによりモニターすることができることを意味する（Steiner S, et al., Biochem Pharmacol 1996, Vol 51 （3）: 253-258）。これらの観察は、カルビンジンＤ−２８ｋが、腎臓の中で起こる再吸収プロセスにおいて重要な役割を有するという仮説を確認する。
【０００７】
腎臓損傷分子−１（ＫＩＭ−１）は、細胞外、６−システイン免疫グロブリンドメインを含有するタイプ１膜タンパク質である。ＫＩＭ−１のｍＲＮＡおよびタンパク質は、正常な腎臓中で低レベルで発現しているが、虚血後の腎臓中では劇的に増加する。ＫＩＭ−１は、再成性の、脱分化された近位尿細管表皮細胞へ局在して、間質細胞の中には存在しない。ＫＩＭ−１は、虚血後の腎臓への多形本質および機能の回復に結び付けられている（Ichimura T, et al., J Biol Chem 1998, Vol 273: 4135-4142）。
【０００８】
分泌リンタンパク質１（ＳＰＰ１）としてまた知られる、オステオポンチン（ＯＰＮ）は、アルギニン−グリシン−アスパラギン酸（ＲＧＤ）細胞接着モチーフを含有する分泌された、高酸性かつグリコシル化されたリンタンパク質である。ＯＰＮは、骨芽細胞の中に当初同定されてきていて、水酸化リン灰石に結合して、骨の再吸収、無機質化および石灰化において主要な役割を演じる能力を有することが立証された（Reinholt FP, et al., Proc Natl Acad Sci U. S. A. 1990, Vol 87: 4473-4475）。それは、石灰化アテローム硬化性病巣中に局在すると後で示されて、平滑筋細胞のカルシウム沈着の阻害に関与すると信じられた（Wada T, et al., Circ Res 1999, Vol 84: 166-178）。さらに，高いＯＰＮの発現は、ビタミンＤ３活性型により調節されると示されたし（Noda M, et al., Proc Natl Acad Sci U. S. A. 1990, Vol 87: 9995-9999）、そしてＯＰＮは、高い細胞代謝回転を持つ組織中に見出されてきている。ＯＰＮの上向き調節が、腎損傷の幾つかのモデルで立証されてきていて、組織の再モデル化および修復における可能な役割を示唆する（Persy VP, et al., Kidney Int 1999, Vol 56 （2）: 601-611）。オステオポンチンは、シュウ酸カルシウム尿結石の主要成分であるとまた見出された（Kohri K, et al., Biochem Biophys Res Commun 1992, Vol 184: 859-864）。さらに、ＯＰＮは、尿結石の形成を起こしやすいラットにおいて遠位尿細管細胞の中で高度に発現される（Kohri K, et al., J Biol Chem 1993, Vol 268: 15180-15184）。これらのデータは、オステオポンチンが尿結石の形成に関与するという仮説に至る（Kohri K, et al., J Biol Chem 1993, Vol 268: 15180-15184）。
【０００９】
表皮成長因子（ＥＧＦ）は、細胞成長、分化および急性期応答を仲介することができる分子のクラスに属する小さいポリペプチドである。ＥＧＦのｍＲＮＡは、唾液腺および腎臓の細胞中で主として転写される。急性腎不全の種々の実験的に誘導された型において、腎臓のＥＧＦについてｍＲＮＡおよびタンパク質のレベルは顕著に低下して、長期間低値にとどまる（Price PM, et al., Am J Physiol 1995, Vol 268 （4 Pt 2）: F664-670）。ＥＧＦは重要な表皮の分裂促進因子である。加えて、ＥＧＦ受容体のレベルは、正常なラットの腎臓繊維芽細胞の密度依存性成長調節において中心的役割を演ずると知られている（Lahaye DH, et al., FEBS Lett 1999, Vol 446 （2-3）: 256-260）。ＥＧＦは、急性腎損傷後の内因性組織修復に関与する。この成長因子は、実験的急性腎不全を持つ実験動物に外部から与えられたときには、腎機能の回復および尿細管の本質の解剖学的回復とともに加速する（Wang S and Hirschberg R, Nephrol Dial Transplant 1997, Vol 12 （8）: 1560-1563）。さらに、ＥＧＦは、腎臓への虚血性損傷後の腎臓の尿細管の再生に（Di Paolo S, et al., Nephrol Dial Transplant 1997, Vol 12: 2687-2693）および薬物誘発性腎毒性後の腎組織修復に（Morin NJ, et al., Am J Physiol 1992, Vol 263:F806-F811）、主要な役割を演ずると信じられている。ＥＧＦの発現レベルは、慢性拒絶もしくは薬物誘発性腎毒性を患う腎移植患者において顕著に減少されると示されてきている（Di Paolo S, et al., Nephrol Dial Transplant 1997, Vol 12: 2687-2693）。加えて、シクロスポリンＡ（ＣｓＡ）処置に続く腎臓中のＥＧＦ発現の減少が報告されてきている（Deng JT, et al., Transplant Proc 1994, Vol 26 （5）: 2842-2844; Yang CW, et al., Kindey Int 2001, Vol 60: 847-857）。
【００１０】
テストステロン−抑圧前立腺メッセージ２（ＴＲＰＭ−２）としてまた知られる、クラステリンは、組織損傷および／もしくはリモデリングの時に、腎臓を含む、多くの器官中で誘発される広布の分泌グリコタンパク質であり、そして表皮管の尿細管腔中に見出されてきている（Jenne DE and Tschopp J, Trends Biochem Sci 1992, Vol 14: 154-159）。それは、精液の成熟化、アポリポタンパク質Ａ−１との高密度リポタンパク質複合体を形成することによる脂質輸送、膜のリモデリング、補体カスケードの阻害、神経変性およびアポトーシスに関与すると信じられている（Han B. H. , et al., Nat Med 2001, Vol 7: 338-343; Wong P, et al., J Biol Chem 1993, Vol 268, 5021-5031; Wong P, et al., Eur J Biochem 1994, Vol 331: 917-925）。クラステリンは、Ｃ５ｂ−７に結合して膜攻撃複合体、Ｃ５ｂ−９、の発生を阻害するところの可溶性補体調節タンパク質である。クラステリンの糸球体沈着は、Ｃ５ｂ−９および免疫沈着に関連するヒトのならびに実験的な膜性腎症において観察されてきている（Yamada K, et al., Kidney Int 2001, Vol 59（1） : 137-146）。クラステリンは、さもなければ腎障害により混乱させられる細胞相互作用を保存することが推測されている（Silkensen JR, et al., J Am Soc Nephrol 1997, Vol 8 （2）: 302-305）。さらに、ＣｓＡはラットの腎臓においてクラステリンｍＲＮＡレベルを増加することが報告されている（DarbyIA, et al., Exp Nephrol 1995 Vol 3 （4）: 234-239）。
【００１１】
ヒトの中でリポカリン２（ＬＣＮ２）もしくは好中球ゼラチナーゼ関連のリポカリン（ＮＧＡＬ）としてまた知られる、アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ−２ｕ）は、好中球の顆粒体に保存されて、好中球ゼラチナーゼに関連する（Kjeldsen L, et al., J Biol Chem 1993, Vol 268: 10425-10432）。それは、小さい親油性物質に結合して、炎症および胚形成に役割を有すると信じられている（Bundgaard JR, et al., Biochem Biophys Res Commun 1994, Vol 202: 1468-1475; Cowland JB and Borregaard N, Genomics 1997, Vol 45: 17-23; Zerega B, et al., Eur J Cell Biol 2000, Vol 79,165-172）。
【００１２】
補体成分４（Ｃ４）は、腎臓の尿細管表皮細胞により構成的に発現されて、間質性炎症を調整することに関与する（Welch TR, et al., Clin Immunol 2001, Vol 101,366-370）。その発現の減少は、全身性紅斑性狼瘡を持つ患者において増加した腎臓病の活性と関連してきている（Ho A, et al., Arthritis Rheum 2001, Vol 44: 2350-2357）。
【００１３】
血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）は、血管新生を促進し、血管の浸透性を増加し、単球に対する走化性として役立と知られて、そして糖尿病、傷の治癒、炎症応答および組織のリモデリングに役割を有する（Benjamin LE, Am J Pathol 2001, Vol 158: 1181-1184）。
【００１４】
溶質担体ファミリー２１メンバーａ４（ＳＬＣ２１Ａ４）としてまた知られる、腎臓特異的な有機陰イオン輸送体−Ｋ１（ＯＡＴ−Ｋ１）は、ヒトの溶質担体ファミリー２１メンバーａ３（ＳＬＣ２１Ａ３）に相同性を有する。ＯＡＴ−Ｋ１は、腎臓の尿細管の側底膜の中に発現されて、血液から薬物の腎クリアランスに関与する（Saito H, et al., J Biol Chem 1996, Vol 271: 20719-20725）。
【００１５】
アルドラーゼＡは、フルクトース‐１,６‐二リン酸のグリセラルデヒド３‐リン酸への変換を触媒する。それは、発生胚および成人の筋肉の中に見出されて、成人の肝臓、腎臓および腸の中で抑制される。アルドラーゼＡ欠損は、ミオパシーおよび溶血性貧血と関連してきている（Kishi H, et al., Proc Natl Acad Sci U. S. A. 1987, Vol 84: 8623-8627; Kreuder J, et al., N Engt J Med1996, Vol 334: 1100-1104）。
【００１６】
アルドラーゼＢは、アルドラーゼＡと同様な機能を有して、両方のアイソザイムは異なる遺伝子によりコード化される。しかしながら、アルドラーゼＡと異なり、アルドラーゼＢは、成人の肝臓、腎臓および腸の中で発現される。アルドラーゼＢの欠損は、腎臓の尿細管アシドーシスおよび遺伝性フルクトース不耐症に連鎖してきて（Cross NC, et al., Cell 1988, Vol 53: 881- 885; Kranhold JF, et al., Science 1969, Vol 165: 402-403; Mass RE, et al., Am J Med Sci 1966, Vol 251: 516-523）、アルドラーゼＢは腎毒性に役割を有し得ることを示す。
【００１７】
ＰＤＣＮ、ＳＲＮ１、ネフローゼ２、特発症としてまた知られる、ポドシンは、腎臓の足細胞の中で発現されるタンパク質であって、血管の浸透性の調節に役割を演じて、血漿膜および細胞骨格との間のリンカーとして多分作用する。それは、胎児および成熟の腎臓の糸球体の足細胞の中で殆ど独占的に発現される。足細胞タンパク質、たとえばポドシン、の変異は、先天性分節性巣状糸球体硬化症をもたらして（Komatsuda A, et al., Ren Fail. 2003, Vol 25（1） : 87-93）、ステロイド−耐性ネフローゼ症候群の中で主として結びつけられる。
【００１８】
上のマーカーの幾らかは腎障害と関連すると仮想されるが、これらのマーカーは投薬の選択のためのもしくは薬物の選択のためのまたは腎障害を決定するための診断として単独でもしくは組合せて実際には使用されてきていないで、発現のそれらのレベルは、種々の腎障害の状態に決して相関されてきていない。
【００１９】
腎障害の分野においては、しかしながら、治療的なもしくは予防的な処置のための適切な薬剤の選出、個体の薬剤応答性表現型の予測および副作用もしくは治療の失敗を避けるために投薬もしくは薬剤の選択を許容する必要がある。
【００２０】
シクロスポリンＡ（ＣｓＡ；Neoral［登録商標］）は、移植片拒絶の予防のために過去１５年の間で器官移植に使用された折り紙付きの免疫抑制剤の一つであってきた。しかしながら、ＣｓＡは、腎臓移植患者において急性の同種移植腎障害に至る腎毒性を誘発すると示されてきている。ＣｓＡ−誘発腎毒性は以下のイベント：腎臓中でレニンの増加した濃度（Masson J, et al., Kidney Int Suppl 1991, Vol 32, S28-S32）、遠位曲尿細管上皮中でＴＧＦベータの発現（Langham RG, et al., Transplantation 2001, Vol 72: 1826-1829）、血管の平滑筋細胞中で増加した細胞内カルシウム（Masson J, et al., Kidney Int Suppl 1991, Vol 32, S28-S32）、増加したプロスタサイクリン放出（Oriji GK, Prostaglandins Leukot Essent Fatty Acids 1999, Vol 61,119-123）、および腎臓中における増加したトロンボキサン生産（Gonzalez-Correa JA, et al. Thromb Res 1996, Vol 81: 367- 381）、の組合せにより引き起こされると信じられている。
【００２１】
（本発明の概要）
本発明は、個体の中で腎毒性を測定する方法であって、（ａ）個体から身体の試料を得ること、（ｂ）身体の試料から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕ、Ｃ４、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定すること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は、個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法に関する。
本発明のもう一つの態様によると、個体は、シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドもしくはトリメタジオンのような細胞毒性薬剤での処置下にある。
【００２２】
本発明はさらに、個体における腎毒性が、腎毒性に対して薬学的に許容される薬剤で処置された個体から得られる身体の試料について本発明の工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を実施する工程を含む療法に応答するかどうかを決定して、薬物療法に対する個体の応答性を決定するのに使用する試験をカバーする。
【００２３】
本発明はさらに、個体における腎毒性が、腎毒性に対して薬学的に許容される薬剤で処置された個体から得られた身体の試料について本発明の工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を実施する工程を含む療法処置に応答するかどうかを決定して、薬物療法に対する個体の応答性を決定するのに使用するもう一つの試験をカバーする。
【００２４】
もう一つの態様において、本発明は、個体における腎毒性を処置する方法であって、一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を腎臓において調整する調整物質または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を当該個体に、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、投与する工程を含む、方法をカバーする。
本発明のもう一つの態様によると、個体は、シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドもしくはトリメタジオンのような細胞毒性薬剤での処置下にある。
【００２５】
さらなる態様において、本発明は、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を確認するための方法であって、（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値より実質的にさらに大きい第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値より実質的にさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法をカバーする。
【００２６】
さらなる態様において、本発明は、腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値（複数を含む）を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法をカバーする。
【００２７】
さらなる態様において、本発明は、二つの薬物候補の腎細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、もし第一値がカルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値より実質的にさらに大きいならば、これは第二の薬物候補が第一の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこでは、もし第一値がＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値より実質的にさらに低いならば、これは第二の薬物候補が第一の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である、方法をカバーする。
【００２８】
もう一つの態様において、本発明は、遺伝子がカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４から選ばれる、遺伝子の中の多形性の腎毒性の診断のための使用を提供する。
【００２９】
さらなる態様において、本発明は、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上のマーカー遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定する手段を含む、個体において腎毒性を診断するためのキットをカバーする。
本発明の他の態様において、個体は細胞毒性薬剤での処置下にある。
【００３０】
本発明の最後の態様は、腎臓機能、腎毒性および／もしくは腎障害を含む生物学的プロセスに関連する候補遺伝子を同定する方法であって、ａ）少なくとも一つの数値Ｉを得るためのアルゴリズムの入力として、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルを使用すること；ならびに（ｂ）（ａ）で得られた少なくとも一つの数値Ｉを候補遺伝子について得られた数値ＩＩと比較することを含んでなる、方法をカバーする。
【図面の簡単な説明】
【００３１】
【図１】図１は、腎臓病理学的状態に連結した遺伝子マーカーの発現変化の進展を表す。病理学的採点は以下のように定義される：１＝最少、非常に少ない；２＝軽微、わずか；３＝中程度、中程度の数；４＝顕著な、多い；５＝重篤な、大量の数。
【図２】図２は、腎臓遺伝子の発現変化の発生対古典的生化学終点（クレアチニンレベル）を表す。病理学的採点は以下のように定義される：１＝最少、非常に少ない；２＝軽微、わずか；３＝中程度、中程度の数；４＝顕著な、多い；５＝重篤な、大量の数。
【図３】図３は、二つの試験化合物（ＴＣ１およびＴＣ２）ならびにシクロスポリンＡ（ＣｓＡ）で処置したラットの腎臓中のマーカー遺伝子の相対的倍率発現の変化を表す。Ａ.Ｕ.：任意の単位
【発明を実施するための形態】
【００３２】
（発明の詳細な説明）
本明細書で使用される際には、表現“腎毒性”もしくは“腎臓損傷”または同様に“腎障害”とは全て、数多くの疾病もしくは障害のプロセスにより誘発され得るところの、急な（急性）かもしくは経時的にゆっくりと低下する（慢性）かのどちらかの腎の即ち腎臓の不全もしくは機能障害を意味するものとして、それには、急性の腎毒性について：敗血症（感染）、ショック、外傷、腎結石、腎臓感染、薬物毒性、毒もしくは毒素、またはヨード化コントラスト染料で注射後（副作用）；および慢性の腎毒性について：長年の高血圧、糖尿病、うっ血性心不全、狼瘡もしくは鎌状赤血球貧血が（限定するものではないが）含まれる。腎不全の両方の型は、命にかかわる代謝障害をもたらす。
【００３３】
表現“身体の試料”には、好ましくは腎臓の、生検材料、ならびに、たとえば、血液、血漿、血清、リンパ液、脳脊髄液、のう包液、腹水、尿、便および胆汁のような任意の体液が、限定するものではないが、含まれるものとする。本発明の一つの利点は、一つのマーカーを、血漿のような、体液中で特に良くモニターできることである。たとえば、クラステリンの発現レベルを血漿中で特に良く測定することができる。
本明細書で使用される際には、用語“個体”とは、ヒトの個体、動物または個体の集団もしくはプールを意味するものとする。
【００３４】
本明細書で使用される際には、用語“候補薬剤”もしくは“薬物候補”は、タンパク質もしくはそのフラグメント、抗体、小分子の阻害剤もしくはアゴニスト、核酸分子、たとえば、アンチセンスヌクレオチド、リボザイム、二重鎖ＲＮＡ，有機および無機の化合物等のような天然のまたは合成の分子であり得る。
【００３５】
絶対値で表現されるｍＲＮＡの発現レベルは、標準曲線にしたがって計算される、与えられた遺伝子についての分子数を表す。定量的測定を実施するためには、ｃＤＮＡ（標準）の系列希釈が、正確なｍＲＮＡの定量化に必要な標準曲線を構築するためにそれぞれの実験に含まれる。絶対値（分子数）は、標準曲線からの外挿後に得られる。
【００３６】
本明細書で使用される際には、“カルビンジンＤ−２８ｋ”、“ＫＩＭ−１”、“ＯＰＮ”、“ＥＧＦ”、“クラステリン”、“ＶＥＧＦ”、“ＯＡＴ−Ｋ１”、“アルドラーゼＡ”、“アルドラーゼＢ”、“ポドシンン”、“アルファ−２ｕ”もしくは“Ｃ４”として呼ばれるそれぞれのマーカーは、表１で下で同定されるマーカーに実質的に同様なところの、遺伝子もしくは遺伝子生成物（ｍＲＮＡおよびタンパク質を含んで）を包含する。
【００３７】
最も広い意味において、用語“実質的に同様な”は、ヌクレオチド配列に関して本明細書で使用される際には、参照のヌクレオチド配列に対応するヌクレオチド配列を意味するが、そこでは、対応する配列は、たとえば、ポリペプチド機能に影響しないアミノ酸での変化のみが起こる、参照のヌクレオチド配列によりコード化されたポリペプチドと実質的に同じ構造および機能を有するポリペプチドをコード化する。望ましくは、実質的に同様なヌクレオチド配列は、参照ヌクレオチド配列によりコード化されたポリペプチドをコード化する。実質的に同様なヌクレオチド配列および参照ヌクレオチド配列の間の同一性の百分率は、望ましくは少なくとも８０％、さらに望ましくは少なくとも８５％、好ましくは少なくとも９０％、さらに好ましくは少なくとも９５％、なおさらに好ましくは少なくとも９９％である。配列の比較は、Smith-Waterman配列アラインメントアルゴリズム（たとえば、Waterman, M. S. 「コンピュータ生化学入門：地図、配列およびゲノム。」 Chapman & Hall. London: 1995.ISBN 0-412-99391-0を参照）を用いて行われる。localSプログラム、１.１６版、を以下のパラメターと共に使用する：マッチ：１、ミスマッチ罰：０.３３、オープン−ギャップ罰：２、引き伸ばし−ギャップ罰：２。
【００３８】
参照ヌクレオチド配列に“実質的に同様な”ヌクレオチド配列はまた、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で５０℃での２Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、さらに望ましくは、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で５０℃での１Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、なおさらに望ましくは、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で５０℃での０.５Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、好ましくは、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で５０℃での０.１Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、さらに好ましくは、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０.５Ｍ ＮａＰＯ４、１ｍＭ ＥＤＴＡの中で６５℃での０.１Ｘ ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中での洗浄と共に５０℃で、参照ヌクレオチド配列にハイブリダイズすることができて、なお機能的に同等な遺伝子生産物をコード化する。
【００３９】
本発明は、一緒にもしくは単独で、腎毒性のマーカーとしてあるかまたは使用されることができるところの複数のマーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）を提供する。特に有用な実施態様において、複数のこれらのマーカーを選択しかつそれらのｍＲＮＡ発現を同時にモニターして、種々の態様に使用するための発現プロフィールを提供することができる。
【００４０】
本方法の好ましい実施態様において、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個、または少なくとも５もしくは７個、または少なくとも９，１０，１１もしくは１２個のマーカーを、それらの遺伝子発現プロフィールの決定に使用することができる。
【００４１】
それぞれのマーカーを異なる腎臓病理学的所見に連結することができるので、特に腎臓病理学に連結するようなマーカーの遺伝子発現プロフィールを同定することが可能である。たとえば、カルビンジンＤ−２８ｋのｍＲＮＡレベルは、無機質化についてのカルシウム撹乱予測変数のための初期マーカーとして使用される。ＫＩＭ−１のｍＲＮＡレベルは、一般の腎臓傷害のためのマーカーである。ＯＰＮのｍＲＮＡレベルは、腎毒性にしばしば関連するマクロファージの浸潤のための初期マーカーでありかつ腎臓損傷の際の組織リモデリングのためのマーカーである。ＥＧＦのｍＲＮＡレベルは、一般の腎毒性のための初期マーカーである。クラステリンのｍＲＮＡレベルは、免疫仲介の腎毒性のための初期マーカーである。
【００４２】
本方法のさらに好ましい実施態様において、ｍＲＮＡ発現は、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、リアルタイム定量的ＰＣＲ、ＮＡＳＢＡ、ＴＭＡもしくは任意の他の利用可能な増幅技術からなる群から選択される技法により身体の試料もしくは腎臓組織の中で評価される。
本方法のもう一つの好ましい実施態様において、遺伝子発現のレベルを、遺伝子発現生生物に対応するタンパク質の存在を検出することによりこれに代えて評価することができる。
【００４３】
カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４について本発明（下記参照）において絶対値で表現されるｍＲＮＡの発現レベルは、殆どの集団のタイプもしくは種の中に一般的に見出されることに留意しなければならない。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。それ故に、その上でもしくは下で、適宜、腎毒性症状を見出すことができるところの、腎毒性を受けていない標的とされた集団のタイプもしくは種について標準の遺伝子発現のレベルをそれぞれのマーカーについて再び測定することが必要であり得る。
【００４４】
本発明の第一の特別な態様において、個体において腎毒性を測定する方法が提供されるが、工程は、（ａ）個体から身体の試料を得ること、（ｂ）身体の試料から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された、遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することより成り、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である。
【００４５】
本発明のもう一つの態様において、個体において腎毒性を測定する方法が提供されるが、工程は、（ａ）個体から身体の試料を得ること、（ｂ）身体の試料から、アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ−２ｕ）、補体成分４（Ｃ４）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、腎臓特異的な有機陰イオン輸送体−Ｋ１（ＯＡＴ−Ｋ１）、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することを含んでなるが、そこでは、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は、個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である。
【００４６】
本発明のさらなる態様は、細胞毒性薬剤での処置下にある個体において腎毒性を測定する方法であって、（ａ）個体から身体の試料を得ること、（ｂ）身体の試料から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕ、Ｃ４、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することを含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は、個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法を提供する。細胞毒性薬剤は、腎臓に対して既知の毒性を有する任意の分子であり、そして、シクロスポリン、シスプラチン、アミノグリコシド、スルホンアミド、タクロリムス、トリメタジオン等：を含む多くの例から有利に選択され得る。シクロスポリンは、たとえば、Ｗ０９９／１８１２０およびにＷＯ ０３／０３３５２７に記述されるように、シクロスポリンＡもしくはＩＳＡｔｘ２４７のような免疫抑制シクロスポリンであり得る。
【００４７】
絶対値で測定されるようなｍＲＮＡの発現レベルは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンについては１.０Ｅ＋０６未満であり得て、そしてそれは、ＫＩＭ−１、オステオポンチン、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４については１.０Ｅ＋０６以上であり得る。発現レベルは、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンについては１.０Ｅ＋０７未満もしくは１.０Ｅ＋０８未満であり得、ならびに／またはＫＩＭ−１、オステオポンチン、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４については１.０Ｅ＋０７以上または１.０Ｅ＋０８以上であり得る。これらの値は、或るマーカー遺伝子についてまたあり得て、そして集団のタイプもしくは種に依存して、ｍＲＮＡの発現レベルは、１.０Ｅ＋０９以上もしくは未満であり得る。
【００４８】
そのような方法の好ましい実施態様において、５.３０Ｅ＋０８未満でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７以上でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８未満でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８以上でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９以上でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６未満でポドシンの、工程（ａ）の個体の身体の試料の中におけるｍＲＮＡの発現レベルは、そのような個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性であることを示すが、そこではｍＲＮＡの発現は絶対値で測定される。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。それ故に、その上でもしくは下で、適宜、腎毒性症状を見出すことができるところの、腎毒性を受けていないところの標的とされた集団のタイプもしくは種について標準の遺伝子発現のレベルをそれぞれのマーカーについて再び測定することが必要であり得る。
【００４９】
ｍＲＮＡの発現レベルはまた、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４について相対値で測定され得る。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について変わり得る。それ故に、腎毒性を受けていないところの標的とされた集団のタイプもしくは種について標準の遺伝子発現のレベルをそれぞれのマーカーについて再び測定することが必要であり得る。それは、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンについてｍＲＮＡの発現値が、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４についてより少なくとも２倍さらに低い、ならびに／または少なくとも２倍さらに大きいときに、個体は腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性であることであり得る。発現は、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンについて５倍さらに低く、ならびに／またはＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４について５倍さらに大きくあり得る。発現はまた、腎毒性を受けていない個体の身体の試料の中の発現に比較するときに、それぞれ１０、２０、３０、４０、５０もしくは６０倍さらに低いかまたはさらに大きいかであり得る。
【００５０】
そのような方法の好ましい実施態様において、第一の値は、第二の値よりＥＧＦについて少なくとも４倍さらに低く、ＶＥＧＦについて少なくとも２倍さらに低く、ＯＡＴ−Ｋ１について少なくとも２倍さらに低く、アルドラーゼＡについて少なくとも２０倍さらに低くおよび／もしくはアルドラーゼＢについて少なくとも２倍さらに低く、ならびに／または第一の値は、第二の値よりＫＩＭ−１について少なくとも２０倍さらに大きく、ＯＰＮについて少なくとも３倍さらに大きく、クラステリンについて少なくとも７倍さらに大きく、アルファ−２ｕについて少なくとも５０倍さらに大きくおよび／もしくはＣ４について少なくとも３倍さらに大きくて、そのような個体は腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性であることを示す。
【００５１】
本発明のもう一つの実施態様において、第一の値は、第二の値よりＥＧＦについて少なくとも４.５倍さらに低く、ＶＥＧＦについて少なくとも２.６倍さらに低く、ＯＡＴ−Ｋ１について少なくとも２.３倍さらに低く、アルドラーゼＡについて少なくとも２６倍さらに低くおよび／もしくはアルドラーゼＢについて少なくとも２.１倍さらに低く、ならびに／または第一の値は、第二の値よりＫＩＭ−１について少なくとも２６倍さらに大きく、ＯＰＮについて少なくとも３.９倍さらに大きく、クラステリンについて少なくとも７.６倍さらに大きく、アルファ−２ｕについて少なくとも６０倍さらに大きくおよび／もしくはＣ４について少なくとも３.３倍さらに大きくて、そのような個体は腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性であることを示す。
【００５２】
本発明のもう一つの特別な態様において、一つもしくは複数のこれらのマーカーの発現プロフィールは、腎毒性における薬物の応答性の分子的根拠を検査するためのおよび腎毒性を処置する薬物の有効性もしくは腎臓上のそれらの副作用を評価するための貴重な分子的道具を提供することができた。細胞が薬物もしくは他の活性分子との接触のような、種々の修飾状態に暴露される間にベースラインプロフィールからの発現プロフィールの変化は、そのような効果の指標として使用されることができる。
【００５３】
それ故に、本発明は、患者における腎毒性が、腎毒性に対して薬学的に許容される薬剤で処置された個体および腎毒性を受けていない個体からそれぞれ得られた身体の試料について上の方法の工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）を実施する工程を含んでなる治療に応答するかどうかを決定すること、ならびに薬物療法に対する応答性を決定することに使用するための試験を提供する。
【００５４】
本発明のマーカーの発現のレベルへの薬剤（たとえば、薬物化合物）の影響をモニターすることを、臨床試験において有利に応用することができる。たとえば、マーカーの発現に影響するべき薬剤の有効性を、腎臓の疾患もしくは毒性に対する処置を受けている対象の臨床試験においてモニターすることができる。好ましい実施態様において、本発明は、薬剤（たとえば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド擬似体、タンパク質、ペプチド、核酸、小分子もしくは他の薬物候補）での対象の処置の有効性をモニターするための方法であって、（i）薬剤の投与に先立って対象から投与前試料を得ること；（ii）投与前試料の中で本発明の一つもしくはそれ以上の選択されたマーカーの発現のレベルを検出すること；（iii）対象から一つもしくはそれ以上の投与後試料を得ること；（iv）投与後試料の中でマーカー（複数を含む）の発現のレベルを検出すること；（v）投与前試料の中のマーカー（複数を含む）の発現のレベルを投与後の一つもしくは複数の試料の中のマーカー（複数を含む）の発現のレベルと比較すること；および（vi）したがって薬剤の対象への投与を代えること：の工程を含んでなる、方法を提供する。たとえば、薬剤の修飾された投与は、検出されるよりさらに高いレベルへマーカー（複数を含む）の発現を増加させるために、即ち、薬剤の有効性を増加させるために望ましい可能性がある。これに代えて、薬剤の増加された／減少された投与は、それぞれ、薬剤の有効性を増加させる／減少させるために望ましい可能性がある。
【００５５】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎障害もしくは腎毒性を有するかまたは有する危険性にある対象を処置する予防的なおよび治療的な方法の両方のための方法が提供される。予防的な薬剤の投与は、腎障害に特徴的な症状の発現に先立って、腎障害の発症がその進行で予防されるかもしくは遅延されるように、起こり得る。適当な治療薬剤の例には、限定するものではないが、下でさらに詳細に記述されるように、アンチセンスヌクレオチド、リボザイム、二重鎖ＲＮＡ、リガンド、小分子およびアンタゴニストが含まれる。
【００５６】
特別な実施態様において、本発明は、個体における腎毒性を処置するかもしくは予防する方法であって、当該個体に、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１，ＯＰＮ、ＥＧＦ、および／もしくはクラステリンのグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、投与する工程を含む、方法を提供する。
【００５７】
もう一つの態様において、本発明は、個体における腎毒性を処置する方法であって、当該個体に、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、投与する工程を含む、方法を提供する。
【００５８】
本発明のさらなる態様にしたがって、細胞毒性薬剤での処置下にある個体における腎毒性を処置する方法であって、当該個体に、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、投与する工程を含む、方法が提供される。細胞毒性薬剤は、シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドおよびトリメタジオンの中で好ましく選択される。
【００５９】
本発明の特別な実施態様において、５.３０Ｅ＋０８以上でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７未満でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８以上でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８未満でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９未満でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６以上でポドシンの、調整化合物での処置後の個体の身体の試料の中における遺伝子のｍＲＮＡ発現は、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されていることを示すが、そこでは、遺伝子のｍＲＮＡ発現は絶対値で測定される。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。
【００６０】
もう一つの特別な実施態様において、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、調整化合物での処置後の個体の身体の試料の中で測定された遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は、腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されていることを示す。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。
【００６１】
本発明のもう一つの特別な態様において、マーカーの示差発現のお蔭で、これらのマーカーを利用して、患者における特定の薬物処置が腎臓に有毒でないであろうかどうかの予測の確実性を増強することが可能である。それ故に、本発明は、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された、遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値と実質的に同一かもしくはさらに大きい第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値と実質的に同一かもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法を提供する。
【００６２】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値より実質的にさらに大きい第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこでは、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値より実質的にさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法が提供される。
【００６３】
好ましい実施態様において、５.３０Ｅ＋０８以上でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７未満でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８以上でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８未満でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９未満でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６以上でポドシンの、毒性を受けている腎臓組織の中におけるｍＲＮＡ遺伝子発現は、候補薬剤が腎毒性を改善している指標であるが、そこでは、ｍＲＮＡ遺伝子発現は絶対値で測定される。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。
【００６４】
もう一つの好ましい実施態様において、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は、候補薬剤が腎毒性を改善している指標である。
【００６５】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこでは、カルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値と実質的に同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値と実質的に同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法が提供される。
【００６６】
本発明のもう一つの特別な態様において、腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、（ｂ）腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこでは、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこでは、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法が提供される。
【００６７】
好ましい実施態様において、５.３０Ｅ＋０８以上でカルビンジンＤ−２８ｋの、１.５０Ｅ＋０７未満でＫＩＭ−１の、２.８０Ｅ＋０８以上でＥＧＦの、１.４０Ｅ＋０８未満でオステオポンチンの、１.９０Ｅ＋０９未満でクラステリンのおよび／もしくは３.００Ｅ＋０６以上でポドシンの、毒性を受けていない腎臓組織の中において測定されたｍＲＮＡ発現レベルは、候補薬剤が引き起こさないかもしくは誘発しない指標であるが、そこでは、ｍＲＮＡ発現は絶対値で測定される。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。しかしながら、値はそれぞれの集団のタイプもしくは種について多分変わり得る。
【００６８】
本発明のもう一つの好ましい実施態様にしたがって、ＥＧＦについて４倍未満の、ＶＥＧＦについて２倍未満の、ＯＡＴ−Ｋ１について２倍未満の、アルドラーゼＡについて２０倍未満のおよび／もしくはアルドラーゼＢについて２倍未満の、遺伝子発現の抑制、ならびに／またはＫＩＭ−１について２０倍未満の、ＯＰＮについて３倍未満の、クラステリンについて７倍未満の、アルファ−２ｕについて５０倍未満のおよび／もしくはＣ４について３倍未満の、遺伝子発現の誘発は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である。これらの値はそれぞれの集団のタイプもしくは種についてまた変わり得る。
【００６９】
本発明のもう一つの特別な態様において、二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第一のセットの値を得ること、（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこでは、もし第一値がカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現（複数を含む）について第二値より実質的にさらに低いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこでは、もし第一値がＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現（複数を含む）について第二値より実質的にさらに高いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である、方法が提供される。
【００７０】
本発明のさらなる特別な態様において、本発明は、二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較することの工程を含んでなるが、そこでは、もし第一値がＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値より実質的にさらに低いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこでは、もし第一値がアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値より実質的にさらに高いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である、方法が提供される。
【００７１】
上の方法、即ち、（i）候補薬剤を同定するための、（ii）二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するためのおよび（iii）腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための、方法の一つの特別な利点は、それらをインビトロで実施できることである。使用される腎臓組織は、細胞毒性薬剤と接触されてきている培養された腎臓組織もしくは細胞から好ましく得られる。腎臓組織は、腎毒性を受けている個体の腎臓の試料であり得るが、これは、そのような方法の広範なインビトロ適用を制限し得る。
【００７２】
培養された腎臓組織もしくは細胞は、好ましくは腎臓の、ヒトの細胞のおよび組織の障害を擬似するインビボの動物モデルに有利に基づき得る。それはまた、たとえば、ヒト腎臓上皮性２９３Ｔ細胞もしくはヒトの胎児腎臓細胞系のような腎臓細胞の単一または収集であり得る。細胞毒性薬剤は、腎臓に対して既知の毒性を有する任意の分子であり得て、そして、シクロスポリン、シスプラチン、アミノグリコシド、スルホンアミド、タクロリムス、トリメタジオン等：を含む多くの例から有利に選択され得る。腎臓は、その機能的性質のために、薬物の腎毒性作用を特に受けやすいが、それらの性質には、ａ）大量の毒素を運ぶ、高容積の腎臓の血流；（ｂ）毒素の相互作用もしくは摂取を可能にする、糸球体もしくは尿細管の上皮のどちらかにおいて、薬物と接触する大きい区域；（ｃ）細胞の摂取を仲介する特異的伝達機構を提供するところの、腎臓の活性物質を伝達する能力；ｄ）腎臓の尿細管の中で起こりかつ非毒性の親物質から毒性の代謝物にいたり得る、薬物分解；ｅ）吸収されない生成物の尿中のおよび間質性の濃度を増加させ得る、腎臓の濃縮機構；ｆ）摂動を受けるところの、正常な機能に必要である尿細管細胞の高い代謝速度、が含まれる。
シクロスポリン（たとえば、Neoral［登録商標］）の濃度は、インビトロの研究の場合には１０Ｅ−１１〜１０Ｅ−５の範囲にあり得る。しかしながら、これらの値はそれぞれの集団の細胞タイプもしくは培養条件について多分変わり得る。
【００７３】
本発明のさらなる特別な態様は、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上のマーカー遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定する手段を含む、個体において腎毒性を診断するためのキットを提供する。
好ましい実施態様は、細胞毒性薬剤での処置下にある個体において腎毒性を診断するためのキットを提供する。シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドおよび／もしくはトリメタジオンが好ましくは細胞毒性薬剤である。
【００７４】
本発明の特別な実施態様において、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも２もしくは３個の遺伝子の遺伝子発現のレベルを測定することができる、キットが提供される。
【００７５】
好ましい実施態様において、遺伝子発現のレベルを測定するための手段は、マーカー遺伝子に特異的なオリゴヌクレオチドを含む。特に好ましいのは、ノーザンブロット分析、逆転写ＰＣＲ、リアルタイム定量的ＰＣＲ、分岐したＤＮＡ、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写仲介の増幅、リボヌクレアーゼ保護アッセイおよびマイクロアレイから選択される方法である。
【００７６】
もう一つの特別な実施態様は、遺伝子発現のレベルを測定するための手段が、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択されるマーカー遺伝子によりコード化されるタンパク質に特異的な少なくとも一つの抗体を含む、キットを提供する。抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化もしくはキメラ抗体、および抗体フラグメントのマーカーへの結合のために十分な生物学的に機能性の抗体フラグメントの中で好ましく選択される。特に好ましいのは、遺伝子発現のレベルを測定するための免疫アッセイ方法である。
【００７７】
本発明のもう一つの好ましい実施態様において、個体の身体の試料を得るための手段をさらに含む、キットが提供される。特に好ましい実施態様は、遺伝子発現のレベルを測定するための手段および個体の身体の試料を含有するために適当な容器をさらに含む。もう一つの好ましい実施態様において、キットは、使用およびキットの結果の解釈のための取扱い説明書をさらに含む。
【００７８】
測定方法
マーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）から得られるｍＲＮＡ転写体のレベルを検出するための特に有用な方法は、標識化したｍＲＮＡのオリゴヌクレオチドの規則アレーへのハイブリダイゼーションを伴う。そのような方法は、複数のこれらの遺伝子の転写のレベルを同時に測定して、遺伝子発現のプロフィールもしくはパターンを作成することを許容する。対象から得られた試料から誘導される遺伝子発現プロフィールを、もう一つの実施態様において、疾患の無い対象から得られた試料から誘導される遺伝子発現プロフィールと比較することができて、それにより対象が腎臓の疾患もしくは毒性を有するかまたは発症する危険性にあるかどうかを決定することができる。
【００７９】
マーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）の遺伝子発現を、ＲＴ−ＰＣＲ、高処理技術、を用いるキットの型で好ましく評価することができる：周知の技術のＲＴ−ＰＣＲ反応は、AmpliTaq Gold ＤＮＡポリメラーゼの５'ヌクレアーゼ活性を活用して、ＰＣＲの間にTaqManプローブを開裂する。プローブは、５'−レポーター染料および３'−失活剤染料を持つオリゴヌクレオチド（通常は約２０マー）から成る。ＦＡＭ（６−カルボキシフルオレセイン）のような、蛍光レポーター染料は、オリゴヌクレオチドの５'末端に共有的に連結される。レポーターは、３'末端に位置するリンカーの腕を介して付着されたＴＡＭＲＡ（６−カルボキシ‐Ｎ,Ｎ,Ｎ',Ｎ'‐テトラメチルローダミン）により失活される。
【００８０】
それぞれのマーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）について用いられるオリゴヌクレオチドのプローブは、そのようなマーカーの遺伝子のヌクレオチド配列から誘導されねばならないが、適切なオリゴヌクレオチド配列の選択は、いまや当業者にとって標準的日常技術の事である。以下の表１は、ヒト、ラットおよび／もしくはマウスにおけるマーカー配列のためのGenbankデータベースの種々のアクセスコードを示す。
【００８１】
【表１】
【表２】
【表３】
【００８２】
正常のおよび疾患の両方の細胞により分泌されるところのマーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）のタンパク質発現はまた分析され得て、本発明の方法において価値がある。上澄み液を単離することができて、そしてＭＷＴ−ＣＯフィルターを用いて、タンパク質の混合物を簡単にすることができる。次いで、タンパク質をトリプシンで消化することができる。次いで、トリプチックペプチドをミクロキャピラリーＨＰＬＣカラム上に負荷し得るが、そこではそれらが分離されて、特注の電子スプレーイオン化源を通して、直接にイオントラップ質量分析計の中に溶出される。傾斜の全体を通して、配列データを、既に断片化されてきているものを動的に排除する一方で、カラムから溶出する四つの最強度のイオン（ペプチド）の断片化を通して獲得することができる。この方法で、試料中のおよそ５０〜２００の異なるタンパク質に対応して、多重スキャンからの配列データを得ることができる。これらのデータを、Ms-Tagのような相関分析ツールを用いてデータベースに対して検索して、上澄み液中のマーカーのタンパク質発現を同定する。
マーカーによりコード化されたタンパク質の発現をまた、検出可能なように標識化されているか、もしくは引き続いて標識化され得るところのプローブにより検出することができる。一般的には、プローブは、発現されたタンパク質を認識する抗体である。
【００８３】
本明細書で使用される際には、用語抗体には、限定するものではないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化もしくはキメラ抗体、および抗体フラグメントのタンパク質への結合のために十分な生物学的に機能性の抗体フラグメントが含まれる。
【００８４】
次いで、試料中で既知のタンパク質が発現される程度を上述の抗体を利用する免疫アッセイ方法により測定する。そのような免疫アッセイ方法には、限定するものではないが、ドットブロティング、ウエスタンブロッティング、競合的および非競合的タンパク質結合アッセイ、酵素結合免疫ソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、ならびに普通に使用されかつ科学および特許の文献に広く記載されている他のものが含まれて、そして多くは商業的に使用される。
【００８５】
これに代えて、マーカータンパク質（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）を、二次元のゲル電気泳動システムにより分離することができる。二次元のゲル電気泳動は当分野で周知であって、典型的に一次元に沿う等電点電気泳動に続く二次元に沿うＳＤＳ−ＰＡＧＥ電気泳動を伴う。ここで得られる電気泳動図を、質量分析技法、ウエスターンブロティングならびにポリクローナルおよびモノクローナル抗体を用いる免疫ブロット分析、ならびに内部およびＮ−末端ミクロ−シークエンシングを含む、数多くの技法により分析することができる。
【００８６】
薬物スクリーニング方法
上述の薬物スクリーニング方法に加えて、無細胞アッセイをまた使用して、マーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）によりコード化されるタンパク質と相互作用する能力のある化合物を同定して、タンパク質もしくはその結合パートナーを変えることができる。無細胞アッセイをまた使用して、コード化されたタンパク質および標的ペプチドのようなその結合パートナーとの間の相互作用を調整する化合物を同定することができる。
【００８７】
一つの実施態様において、そのような化合物を同定するための無細胞アッセイは、マーカータンパク質（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）および結合パートナー、たとえば、生物学的に不活性な標的ペプチド、もしくは小分子の存在下もしくは不在下における試験化合物または試験化合物のライブラリーを含有する反応混合物を含む。分子間の相互作用をまた、表面プラスモン共鳴、光学的現象、を検出するところのリアルタイムＢＩＡ（生体分子相互作用分析、Pharmacia Biosensor（ＡＢ））を用いることにより評価することができる。タンパク質およびその結合パートナーとの間の複合体の形成を、放射標識、蛍光的標識もしくは酵素的標識のタンパク質もしくはその結合パートナーのような検出可能な標識タンパク質を使用して、免疫アッセイによりもしくはクロマトグラフ的検出により検出することができる。
【００８８】
転写体アレー
本発明の好ましい実施態様において、“オリゴヌクレオチドアレイ”（本明細書ではまた“マイクロアレイ”と呼ばれる）を使用する。マイクロアレイを、細胞における転写状態を分析するために、そして特に腎臓の細胞の転写状態を測定するために使用することができる。
【００８９】
一つの実施態様において、転写体アレイは、細胞中に存在するｍＲＮＡ転写体を表わす検出可能な標識ポリヌクレオチド（たとえば、全体の細胞ｍＲＮＡもしくは標識ｃＲＮＡから合成された蛍光的標識ｃＤＮＡ）をマイクロアレイにハイブリダイズすることにより製造される。本発明のマイクロアレイは、少なくとも一つのマーカー遺伝子（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）の生成物のための結合（たとえば、ハイブリダイゼーション）部位の整列アレイを持つ表面である。マイクロアレイは数多くの方式で作成されることができる。しかしながら、製造されたマイクロアレイは特定の特色を共有する：アレイは再生可能であり、与えられたアレイの複数のコピーを製造してかつ容易にお互いに比較することを許容する。好ましくは、マイクロアレイは小さく、通常は５ｃｍ２、より小さく、そしてそれらは結合（たとえば、核酸ハイブリダイゼーション）の条件下では安定である材料から作成される。マイクロアレイ中の与えられた結合部位もしくはユニークなセットの結合部位は、細胞中で単一の遺伝子の生成物に特異的に結合するであろう。特異的なｍＲＮＡ当り二つ以上の物理的結合部位（以後“部位”）があるけれども、理解しやすいように、下の考察は、単一の部位があることを想定する。特異的な実施態様において、それぞれの位置において既知の配列を持つ固定された核酸を含有する位置的にアドレスできるアレイが使用される。
【００９０】
細胞のＲＮＡに相補的なｃＤＮＡが作成されて、適当なハイブリダイゼーション条件下でマイクロアレイにハイブリダイズされるときには、特定の遺伝子に対応するアレイ中の部位へのハイブリダイゼーションのレベルは、その遺伝子から転写されたｍＲＮＡの細胞中での優勢を反映するであろう。たとえば、全体の細胞ｍＲＮＡに相補的な検出可能な標識（たとえば、蛍光体）のｃＤＮＡもしくはｃＲＮＡがマイクロアレイにハイブリダイズされるときには、細胞中で転写されない遺伝子 （たとえば、遺伝子の生成物に特異的に結合する能力がある） に対応するアレイ上の部位は、殆どか全く無いシグナル（たとえば、蛍光性シグナル）を有して、コード化されたｍＲＮＡが優勢である遺伝子は比較的強いシグナルを有するであろう。
【００９１】
データベース
本発明はまた、本発明（表１）で示されるマーカーのセットの少なくとも一つについての遺伝子発現プロフィールを含むデータベースを作成する方法を提供する。たとえば、それぞれのマーカーについての遺伝子発現プロフィールを、単独でもしくは組合せて、特定の腎臓の疾患もしくは毒性を同定するマーカープロフィールの標準化表示のためのデータ処理システムが集約されるように、デジタル保存媒体の中に保存することができる。
【００９２】
本発明の分析方法を履行するためのこれに代わるコンピュータシステムおよび方法は当業者にとって明らかであるであろうし、そして添付の請求項内に含まれるものとする。特に、添付の請求項は、当業者にとって容易に明らかであろう本発明の方法を履行するためのこれに代わるプログラム構造を含むものとする。
【００９３】
本発明の一つの態様は、腎臓機能、腎毒性および／もしくは腎障害を含む生物学的プロセスに関連した候補遺伝子を同定する方法であって、ａ）少なくとも一つの数値Ｉを得るためのアルゴリズムの入力として、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルを使用すること；ならびに（ｂ）ａ）で得られた少なくとも一つの数値Ｉを候補遺伝子について得られた数値ＩＩと比較することを含んでなる、方法を提供する。好ましくは、方法は、もし工程（ｂ）で得られた数値Ｉが予め定められた関係において数値ＩＩと相関するならば、候補遺伝子が生物学的プロセスと関連する、工程（ｃ）をさらに含む。本発明の特別な実施態様において、予め定められた関係は１もしくはそれより大である。本発明のもう一つの実施態様において、予め定められた関係は１もしくはそれより小である。
【００９４】
もう一つの特別な実施態様によると、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルは、腎臓組織、血液もしくは尿のような個体の少なくとも一つの身体の試料からまたは腎臓の細胞系から得られる。少なくとも一つの身体の試料は、好ましい実施態様において、腎臓組織および血液のような二つもしくはそれ以上の異なる身体の試料である。特に好ましい実施態様において、身体の試料もしくは細胞系は、細胞毒性薬剤と接触してきている。好ましくは、そのような細胞毒性薬剤は、シクロスポリン、シスプラチン、タクロリムス、アミノグリコシド、スルホンアミドおよびトリメタジオンの中で選択される。
本発明の特別な実施態様において、方法はコンピュータで実施可能な方法である。
【００９５】
アンチセンス分子
もう一つの実施態様では、標的ＲＮＡ（好ましくはｍＲＮＡ）の種の活性、特異的にはその翻訳速度を、アンチセンス核酸の制御可能な応用によって制御可能的に阻害することができる。本明細書で使用される際には、“アンチセンス”核酸とは、コード化および／もしくは非−コード化領域への或る配列相補性のお蔭で、標的ＲＮＡの配列‐特異的な（たとえば、非−ポリＡ）部分、たとえばその翻訳開始領域、へハイブリダイズする能力のある核酸を指す。本発明のアンチセンス核酸は、制御可能な様式で細胞に直接投与することができるところの、もしくは標的ＲＮＡの翻訳を摂動するに十分な制御可能な量において、外因性の導入された配列の翻訳によって細胞内的に生産することができるところの、二本鎖もしくは一本鎖の、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはそれらの修飾体もしくは誘導体であるところのオリゴヌクレオチドであり得る。
好ましくは、アンチセンス核酸は少なくとも６個のヌクレオチドを持って、好ましくはオリゴヌクレオチド（６〜約２００個のオリゴヌクレオチドの範囲にある）である。
【００９６】
上で考察したように、アンチセンスヌクレオチドを、説明された遺伝子を発現する細胞に、種々の技法、たとえば、アンチセンスヌクレオチドをリポソーム中へ取り込ませる、腎臓組織部位の中へ直接に注入すること、により、細胞表面上に発現された受容体もしくは抗原と特異的に結合するペプチドまたは抗体にアンチセンスヌクレオチドを連結することにより腎臓細胞へ標的化されるところの修飾されたアンチセンスヌクレオチドを投与することにより、インビボで送達することができる。
【００９７】
しかしながら、上述の送達方法では、内因性ｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに十分な細胞内濃度を達成することは困難であり得る。したがって、これに代わる実施態様においては、アンチセンスヌクレオチド配列を含む核酸を、プロモーター、即ち、特異的な遺伝子の転写を開始するために必要とされるＤＮＡ配列、の転写的制御下に置いて、発現構築物を形成する。本発明のアンチセンス核酸は、外因性の配列からの転写によって細胞内に制御可能的に発現される。もし発現が、高レベルであるように制御されるならば、飽和の摂動もしくは修飾が結果的に生じる。
【００９８】
結論として、アンチセンス核酸を慣例的にデザインして、本明細書に引用されるマーカー遺伝子（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）を含む実質上任意のｍＲＮＡ配列も標的にすることができ、そして細胞は、有効かつ制御可能なもしくは飽和する量のアンチセンス核酸が発現されるように、そのようなアンチセンス配列をコード化する核酸と慣例的に形質転換されるかまたはそれに暴露される。したがって、細胞中で実質上任意のＲＮＡ種の翻訳は、修飾されるかもしくは摂動されることができる。
【００９９】
小分子薬物もしくはリガンド
これに加えて、マーカータンパク質（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）の活性を、外因性の薬物もしくはリガンドへの暴露により、制御されたまたは飽和する様式で修飾するかまたは摂動することができる。本発明の方法は、腎臓障害を処置するための種々の薬物の有用性を試験することもしくは確認することにしばしば応用されるので、薬物暴露は、細胞の構成要素、ｍＲＮＡおよび発現されたタンパク質の両方、を修飾する／摂動する重要な方法である。
【０１００】
好ましい場合においては、細胞中で唯一つのマーカーと相互作用し、その活性を増強するかもしくは低減するかのいずれかで、その一つのマーカータンパク質のみの活性を変えるところ薬物が知られている。種々の量のその薬物への細胞の段階的な暴露は、それによってそのマーカータンパク質を入力として有するネットワークモデルの段階的な摂動を引き起こす。飽和的な暴露は修飾／摂動を飽和することを引き起こす。
【０１０１】
抗体およびアンタゴニスト
用語“アンタゴニスト”とは、遺伝子によってコード化されたタンパク質に結合されるとき、その活性を阻害するところの分子を指す。アンタゴニストには、限定するものではないが、ぺプチド、タンパク質、炭水化物および小分子が含まれ得る。
【０１０２】
特に有用な実施態様では、アンタゴニストはマーカー（カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４）について特異的な抗体である。抗体は単独で治療のエフェクターとして作用し得るかもしくはそれは他の細胞を補充して、細胞死を実際に効果的にする。
【０１０３】
処置様式
アンチセンスヌクレオチドでの処置の場合には、方法は、上の表１で同定された少なくとも一つのマーカーから誘導されたアンチセンスヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子の治療的に有効な量を投与することを含むが、そこでは、アンチセンスヌクレオチドは、少なくとも一つの遺伝子の転写／翻訳を変化させる能力を有する。
【０１０４】
アンタゴニストでの処置の場合には、方法は、上の表１で同定された少なくとも一つのマーカーによりコード化されるタンパク質を阻害するかもしくは活性化するところの、治療的に有効な量のアンタゴニストを対象に投与することを含む。
【０１０５】
アンチセンスヌクレオチド、リボザイムをコード化しているヌクレオチド配列、二本鎖ＲＮＡもしくはアンタゴニストを含む単離された核酸分子の“治療的に有効な量”とは、腎臓の疾患もしくは毒性を処置するためのこれらの治療剤の一つの十分な量を指す。治療的に有効な量の決定は、多分に当業者の能力範囲内である。任意の治療薬について、治療的に有効な用量を、たとえば、腫瘍細胞の、細胞培養アッセイにおいてまたは動物モデル、普通はラット、マウス、ウサギ、イヌもしくはブタ、においてのいずれかで最初に推定することができる。また、動物モデルを用いて、適切な濃度範囲および投与経路を決定し得る。次いで、そのような情報を用いて、ヒトにおける投与について有用な用量および経路を決定することができる。
【０１０６】
治療の有効性および毒性を、細胞培養系もしくは実験動物における標準的な薬学的手順、たとえば、ＥＤ５０（集団の５０％において治療的に有効な用量）およびＬＤ５０（集団の５０％にとって致死的な用量）、によって決定し得る。有毒なおよび治療的な効果の間の用量比が治療指標であり、それを，ＬＤ５０／ＥＤ５０比として表することができる。大きな治療指標を示すところのアンチセンスヌクレオチド、リボザイム、二本鎖ＲＮＡおよびアンタゴニストが好ましい。細胞培養アッセイおよび動物試験から得られたデータは、ヒトで使用するための投与量の範囲を処方するのに用いられる。そのような組成で含有される投与量は、好ましくは、ほとんどもしくはまったく無い毒性を持つＥＤ５０を含むところの循環濃度の範囲内である。投与量は、この範囲内で、使用される剤型、患者の感受性、および投薬経路に依存して変化する。
【０１０７】
正確な投与量は、処置を必要とする対象に関係する要素と照らして、開業医によって決定されるであろう。用量および用法を調整して、活性部分の十分なレベルを提供するかもしくは望ましい効果を維持する。考慮に入れ得る要素には、病状の重症度、対象の全身的健康、対象の年齢、体重および性、食事、投与の時間および頻度、薬物の組合せ（複数を含む）、反応感受性、ならびに治療に対する寛容／応答が含まれる。
【０１０８】
通常の投与量は、０.１〜１００,０００マイクログラムから、約１ｇの全投与量まで、投与経路に依存して変動し得る。特定の投与量および送達方法に関するガイダンスは、文献中に提供され、当分野の開業医に一般的に利用可能である。当業者は、ヌクレオチドについてはアンタゴニストについてよりは異なる処方を使用するであろう。
【０１０９】
治療的な適用については、アンチセンスヌクレオチド、リボザイムをコード化するヌクレオチド配列、二本鎖ＲＮＡ（リポソーム中に取り込まれているかもしくはウイルスベクター中に含有されているかどうか）および抗体は、好ましくは、一つもしくはそれ以上の薬学的に許容される担体との組合せで治療剤を含有する、医薬組成物として投与される。組成物は、単独または、限定するものではないが、生理食塩液、緩衝化された生理食塩液、デキストロースおよび水を含む、任意の無菌の生体適合性担体中で投与し得るところの安定化化合物のような、少なくとも一つの他の薬剤との組合せで、投与され得る。組成物は患者に、単独にまたは他の薬剤、薬物もしくはホルモンとの組合せで、投与され得る。
【０１１０】
医薬組成物は、限定するものではないが、経口、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、骨髄内、髄腔内、心室内、経皮的、皮下的、腹腔内、経鼻的、経腸的、局所的、舌下的もしくは直腸の手段を含む、数多くの経路によって投与され得る。活性成分に加えて、これらの医薬組成物は、活性化合物を薬学的に用いられ得るところの製剤へ加工することを促進する、添加物および補助剤を含む適当な薬学的に許容される担体を含有し得る。
【０１１１】
経口投与のための医薬組成物を、当分野において周知である薬学的に許容される担体を経口投与に適当な投与量で用いて処方することができる。そのような担体は、医薬組成物が、患者による摂取のために、錠剤、ピル、糖剤、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁剤等として、処方されることを可能にする。
【０１１２】
本明細書中で引用される全ての文献は、出典明示により、あたかもそれぞれの文献または特許もしくは特許出願が、特異的かつ個別に全ての目的について全体的な出典明示により本明細書の一部とするのと同じ程度に、全体的なおよび全ての目的の出典明示により本明細書の一部とする。加えて、本明細書で引用される全てのGenBankアクセス番号は、出典明示により、あたかもそれぞれのそのような番号が、特異的かつ個別に全ての目的について全体的な出典明示により本明細書の一部とすると同程度に、全体的なおよび全ての目的の出典明示により本明細書の一部とする。
【０１１３】
本発明は、本発明の個別の態様の単独の例示として意図されているところの本出願で説明される特定の実施態様によって、限定されるものではない。本発明の多くの変形例および変動例は、当業者には明白であろうように、その精神および範囲から逸脱することなくなされることができる。本発明の範囲内で機能的に同等な方法および装置は、本明細書中で列挙されたものに加えて、前述の説明および付随する図面から当業者には明白であろう。そのような変形例および変動例は、添付の請求項の範囲内に該当するものとする。本発明は、そのような請求項が権利を与えられている同等物の全範囲と共に、添付の請求項によってのみ、限定されるべきである。
【０１１４】
本発明を実施するには、分子生物学、微生物学および組み替えＤＮＡにおける多くの従来の技法が用いられる。これらの技法は周知であり、たとえば、「分子生物学における現行のプロトコール」、Volumes I, II, and III, 1997 （F. M. Ausubel ed. ）; Sambrook et al., 1989, 「分子クローン化：実験室マニュアル、第２版」、Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y.；「ＤＮＡ クローン化：実用的アプローチ」、Volumes I and II, 1985（D. N. Glover ed.）；「オリゴヌクレチド合成」、1984 （M. L. Gait ed. ）；「核酸ハイブリダイゼーション」、1985, （Hames and Higgins）; 「転写および翻訳」、1984 （Hames and Higgins eds. ）；「動物細胞培養」、1986 （R. 1. Freshney ed.）；「固定化細胞および酵素」、1986 （IRL Press）; Perbal, 1984、「分子クローン化への実用的ガイド」；シリーズ、「酵素学での方法」（Academic Press, Inc）；「哺乳動物細胞のための遺伝子転移ベクター」、1987 （J. H. Miller and M. P. Calos eds., Cold Spring Harbor Laboratory）;ならびに「酵素学での方法」 Vol. 154 and Vol. 155 （それぞれ、WuおよびGrossman、ならびにWu編集,）の中で説明される。
【実施例】
【０１１５】
実験１
ラット腎臓検体は、シクロスポリンＡ（ＣｓＡ：Neoral［登録商標］）を含む免疫抑制剤についての毒性および有効性のマーカーを同定するために実施された二週間のインビボ試験から得られた。ＣｓＡは臨床的応用の点だけでなく、また研究モデルの点でも免疫抑制のための参照化合物である。ＣｓＡは、Ｔ細胞活性化後の初期イベントを阻害し、幾つかのサイトカインの転写活性化を遮断する。
【０１１６】
腎臓は、毒性の主な標的として、研究されて、ＲＮＡ発現の変化が、Affimetrixからの高密度ＤＮＡ−アレイシステムを用いて全ての群でモニターされた。試験の生存に関係する部分は、以下の通りに実施された。
実験動物
【表４】
【０１１７】
本試験に適用されたＣｓＡ濃度は：
群：１：対照；２：処置。
試験項目：Neoral［登録商標］‐Sandimmun （ＣｓＡ）：投与量（ｍｇ／ｋｇ）：５；容積‐投与量（ｍＬ／ｋｇ）：５。
処置期間後、ラットの腎臓を採集して、全ＲＮＡを抽出した。全ＲＮＡは、製造元の取扱い説明書にしたがい、TRIzol試薬（Life Technologies）を用いて、凍結腎臓から抽出された。全ＲＮＡは、λ＝２６０ｎｍ（Ａ２６０ｎｍ）における吸光度によって定量されて、純度は、比率Ａ２６０ｎｍ／Ａ２８０ｎｍによって推定された。純度は、変性ゲル電気泳動によって確認された。ＲＮＡは、分析まで−８０℃で保存された。
【０１１８】
良質の全ＲＮＡを用いて、二本鎖ｃＤＮＡをSuperscript Choice System（Life Technologies）を用いて合成した。次いで、ｃＤＮＡをインビトロで転写して（MEGAscript［登録商標］T7 Kit, Ambion）、ビオチン標識ｃＲＮＡを形成した。次に、標識ｃＲＮＡの１２〜１５μｇを、プローブアレイに４５℃にて１６時間ハイブリダイズした。次いで、アレイを、EukGE-WS2プロトコル（Affimetrix）にしたがって洗浄して、ストレプトアビジン‐フィコエリトリン結合体（Molecular Probes）の１０μ／ｍｌで染色した。シグナルは、２ｍｇ／ｍｌアセチル化ＢＳＡ（Life technologies）、１００ｍＭ ＭＥＳ、１Ｍ［Ｎａ＋］、０.０５％Tween２０、０.００５％Antiofoam（Sigma）、０.１ｍｇ／ｍｌヤギＩｇＧおよび０.５ｍｇ／ｍｌビオチン化抗体で増幅されかつストレプトアビジンで再染色された抗体であった。洗浄後、アレイをGene Array［登録商標］スキャナー（Affimetrix）で二回走査した。
【０１１９】
ゲノミックスのデータの採掘後にかつそれぞれの群で用いられた実験条件下で、幾つかの遺伝子がそれぞれのプローブアレイ上で、＞２倍で示差的に発現されていることが見い出され、リアルタイムＰＣＲでの確認のために選択された。GeneSpring［登録商標］ソフトウェアーを用いて、処置群における発現レベルを比較し、クラスタ化アルゴリズムを用いて遺伝子を選別した。これらの計算は、それらの発現変動にしたがって遺伝子を分離して、類似の変動パターンを共有する遺伝子をグループ化する（階層型クラスタリング、K-平均クラスタリング）。それはまた、特定の群における発現レベルの分布を全体的な分布と比較して、与えられた群が全体的な分布に属すべき確率を計算する。それについての発現変化が病理学的格付けと相関するところの遺伝子が選択された。五個の遺伝子マーカー、カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン、が本薬剤での処置後に、ＤＮＡ−アレイ上に観察された特異的なプロフィールの部分を構成する。
【０１２０】
表２に列記されたプライマー配列が、リアルタイム定量的ＰＣＲ分析に用いられてきている。
【表５】
【０１２１】
クラステリンは、この遺伝子の産物が分泌タンパク質であるので、マーカーとして特に興味が持たれ得る。クラステリンのタンパク質レベルは、非腎毒性化合物（Ａ）および三つの腎毒性化合物（Ｂ、Ｃ、Ｄ；表３）での処置後にこれらの動物の血清検体のウエスタンブロット分析によって確認されるように、実際に増加された。
【０１２２】
【表６】
＊＝平均的被処置検体バンド容積／平均的対照バンド容積×１００
【０１２３】
図１は、腎臓の尿細管好塩基球増加症に連結する遺伝子マーカー（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）の発現変化（倍率変動）の進展を表す。比較のため、本明細書で説明される新規遺伝子マーカー（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）がさらに多く影響を受けて、それ故にさらに密接に腎毒性と関係付けられ、そして結果としてさらに関連性がありかつ有用であることを立証するために、クレアチニン分泌（古典的なマーカー）の進展を図２に示す。
【０１２４】
実験２
非臨床試験を、ラットに１４日間および４２日間投与するときの試験化合物（ＴＣ１）の毒性効果を確立するために開始した。試験は、試験化合物の潜在的腎毒性を評価するように設計された。
【０１２５】
試験化合物を、シクロスポリンＡ（ＣｓＡ：Neoral［登録商標］）Placebo Microemulsion Preconcentrate中の溶液として、IGS Wister Hannover ［Ｃｒｌ：ＷＩ（Ｇｌｘ／ＢＲＬ／Ｈａｎ）ＩＧＳ ＢＲ］ラット（Ｎ＝５／性／群）に、２０ｍｇ／ｋｇ／日、６０ｍｇ／ｋｇ／日の用量で１４日間および１０ｍｇ／ｋｇ／日、２５ｍｇ／ｋｇ／日の用量で４２日間、経口的に強制飼養により投与した。追加群のラット（雄）は、ビークル（ＣｓＡ（Neoral［登録商標］） Placebo Microemulsion Preconcentrate）を、５ｍＬ／ｋｇの同等な投与容積で与えられて、対照として役立てられた。投薬の開始時では、動物はおよそ８週齢であった。腎臓の検体を検死日に採集した。
【０１２６】
ＰＣＲによりモニターされたのは、一緒にもしくは単独で腎毒性のマーカーとして用いられ、それ故に試験化合物の腎毒性の評価を許容するところの本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）であった。
【０１２７】
本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）の発現をモニターすることにもっぱら基づいて、腎臓顕微鏡スライドグラスの病理学的検査に先立って、試験化合物がＣｓＡ（２０ｍｇ／日）よりもさらに低い腎毒性ではあるが、五つの遺伝子マーカーの発現によって立証されるように腎臓に対して若干損傷を与えることを結論付けることができた。しかしながら、腎毒性は、ＣｓＡ発現プロフィールとの比較の後、試験化合物に特異的であるように思われた。さらに、１０ｍｇ／ｋｇ／日の用量での４２日間の処置後に、本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）についての遺伝子発現プロフィールは、顕著な腎毒性を示さなかった（図３）。図中で、“倍率‐変化対対照”は、それぞれの対照群における本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）についての分子数で除した処置群における本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）についての分子数を表す。
【０１２８】
これらの結論は、後の段階で確認されて、本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）の発現をモニターすることによってなされる予測の妥当性を証明した。試験化合物の腎毒性は、（本発明で説明される遺伝子（カルビンジン−Ｄ２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリン）をモニターすることにより、先に予測されるようなＣｓＡ−誘発化腎毒性とは異なるところの）尿細管細胞質空胞化であると特徴付けられた。
【０１２９】
実験３
ラットは、毎日１回、経口強制飼養により、５もしくは２０ｍｇ／ｋｇ／日のシクロスポリンＡ誘導体（ＴＣ３）で処置された。次いで、腎臓を採取し、表４に列記されるようなプライマー配列を用いてポドシン発現をリアルタイム定量的ＰＣＲ分析によって測定した。表５は、ＴＣ３で処置されたラットにおけるポドシン遺伝子の発現を示す。
【０１３０】
【表７】
【０１３１】
【表８】
ラットは、比較可能な用量においてＣｓＡ処置後に観察されるものと類似の腎臓の副作用を示し、かくしてＴＣ３（２０ｍｇ／ｋｇ／日）は腎毒性の条件である。
【０１３２】
実験４
（a）シクロスポリンＡ（ＣｓＡ：Neoral［登録商標］）により引き起こされる薬物‐誘発化腎毒性の機序を研究するためのならびに（ｂ）腎毒性の潜在的な初期マーカーとしての特異的な遺伝子（およびそれらのタンパク質生成物）を同定するかもしれない遺伝子発現パターンを同定するための努力の中で、２週間のラット試験をシクロスポリンＡを用いて実施した。雄性ラット（Ｃｒｌ：Wist Han系統）を、毎日１回、経口強制飼養により５もしくは２０ｍｇ／ｋｇ／日のいずれかのシクロスポリンＡで処置した。次いで、腎臓を採取して、全ＲＮＡを、製造元の取扱い説明書にしたがってTRIzol試薬（Life Technologies）を用いて凍結組織から抽出した。全ＲＮＡは、λ＝２６０ｎｍ（Ａ２６０ｎｍ）における吸光度によって定量され、純度は比率Ａ２６０ｎｍ／Ａ２８０ｎｍによって推定された。純度は、変性ゲル電気泳動によって確認された。ＲＮＡは、分析まで−８０℃で保存された。ＲＮＡを、Superscript Choice System （Life Technologies）を用いて逆転写した。次いで、ＤＮＡを、インビトロで転写して（MEGAscript［登録商標］T7キット、Ambion）、ビオチン標識ｃＲＮＡを生成した。次に、標識ｃＲＮＡを、GeneChip［登録商標］プローブアレイ（ラットアレイＲＵ３４Ａ）にハイブリダイズした。プローブアレイへのハイブリダイゼーション、洗浄、染色およびスキャンニングを、製造元の取扱い説明書にしたがって行った。ＲＮＡ発現プロフィールを、Affimetrix ＲＵ３４Ａラット遺伝子チップを用いて分析した。
【０１３３】
発現プロフィール分析を、Compare and GeneChip Analysisプログラムを用いて実施された。Compare analysisを、アルゴリズム１、平均シグナル対平均シグナル、を用いて実施して、±２.５倍もしくはそれ以上の比率を有した遺伝子を列記した。統計分析を、SigmaStat ２.０３を用いて実施した。負の値を有する全ての生の平均差異値を１に調整した。表６に列記された遺伝子については、異なる処置群の中での全体的差異は統計的に有意（ｐ＜０．００１）であった。
【０１３４】
【表９】
【表１０】
【０１３５】
シクロスポリンＡ（ＣｓＡ）処置によって上向き調節される遺伝子
腎臓損傷分子（ＫＩＭ−１）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された一つの遺伝子は、腎臓損傷分子（ＫＩＭ−１）（プローブセットＡＦ０３５９６３＿ａｔ）であった。表６で示されるように、ＫＩＭ−１の発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して２６−倍誘発された（ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＫＩＭ−１の誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＫＩＭ−１発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００４）。
【０１３６】
オステオポンチン（ＯＰＮ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第二番目の遺伝子は、オステオポンチン（ＯＰＮ）（プローブセットＭ１４６５６＿ａｔ）であった。表６で示されるように、オステオポンチンの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して３.９−倍誘発された（ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、オステオポンチンの誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（２０ｍｇ）と比較したＣｓＡ（５ｍｇ）によるオステオポンチン発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１３７】
クラステリン／テストステロン‐抑圧前立腺メッセージ２（ＴＲＰＭ‐２）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第三番目の遺伝子は、テストステロン‐抑圧前立腺メッセージ２（ＴＲＰＭ‐２）としてまた知られる、クラステリン（プローブセットＭ６４７３３ｍＲＮＡ＿ｓ＿ａｔあった。クラステリンの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して７.６−倍誘発された（表６；ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、クラステリンの誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（２０ｍｇ）と比較したＣｓＡ（５ｍｇ）によるクラステリン発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１３８】
アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ‐２ｕ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第四番目の遺伝子は、ヒトにおけるリポカリン２（ＬＣＮ２）もしくは好中球ゼラチナーゼ関連のリポカリン（ＮＧＡＬ）としてまた知られる、アルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ‐２ｕ）（プローブセットｒｃ＿ＡＡ９４６５０３＿ａｔ）であった。アルファ‐２ｕの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して６０−倍誘発された（表６；ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、アルファ‐２ｕの誘発はなにも検出されなかった。対照およびＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるアルファ‐２ｕ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１３９】
補体成分４（Ｃ４）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に上向き調節されると見出された第五番目の遺伝子は、補体成分４（Ｃ４）（プローブセットＵ４２１７９＿ａｔ）であった。Ｃ４は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットで、対照ラットと比較して３.３−倍誘発された（表６；ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、Ｃ４の有意な誘発はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（２０ｍｇ）と比較したＣｓＡ（５ｍｇ）によるＣ４発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１４０】
シクロスポリンＡ（ＣｓＡ）処置によって下方調御される遺伝子
表皮成長因子（ＥＧＦ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された一つの遺伝子は、表皮成長因子（ＥＧＦ）（プローブセットＸ１２７４８ｃｄｓ＿ｓ＿ａｔ）であった。ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットは、対照ラットと比較して４.５−倍少ないＥＧＦ発現を示した（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＥＧＦ発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＥＧＦ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００４）。
【０１４１】
血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第二番目の遺伝子は、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）（プローブセットｒｃ＿ＡＡ８５０７３４＿ａｔ）であった。ＶＥＧＦは、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２.６−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＶＥＧＦ抑圧の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＶＥＧＦ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.００１）。
【０１４２】
腎臓特異的な有機陰イオン輸送体‐Ｋ１（ＯＡＴ‐Ｋ１）
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第三番目の遺伝子は、溶質担体ファミリー２１メンバーａ４（ＳＬＣ２１Ａ４）としてまた知られる、腎臓特異的な有機陰イオン輸送体‐Ｋ１（ＯＡＴ‐Ｋ１）であった。ＯＡＴ‐Ｋ１の発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２.３−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＯＡＴ‐Ｋ１発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるＶＯＡＴ‐Ｋ１発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜０.０１９）。
【０１４３】
アルドラーゼＡ
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第四番目の遺伝子は、アルドラーゼＡ（プローブセットＵ２０６４３＿ａｔ）であった。アルドラーゼＡの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２６−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、アルドラーゼＡ発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるアルドラーゼＡ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜＝０.０４２）。
【０１４４】
アルドラーゼＢ
ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日の処置によって有意に下方調御されると見出された第五番目の遺伝子は、アルドラーゼＢ（プローブセットＸ０２２８４＿ａｔ）であった。アルドラーゼＢの発現は、ＣｓＡ２０ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、対照ラットと比較して２.１−倍抑圧された（表６、ｐ＜０.００１）。ＣｓＡ５ｍｇ／ｋｇ／日で処置されたラットでは、ＯＡＴ‐Ｋ１発現の有意な変化はなにも検出されなかった。ＣｓＡ（５ｍｇ）と比較したＣｓＡ（２０ｍｇ）によるアルドラーゼＢ発現の変化は、統計的に有意である（ｐ＜＝０.００１）。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体において腎毒性を測定する方法であって、
（ａ）個体から身体の試料を得ること、
（ｂ）身体の試料からカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：を含んでなるが、そこではカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこではＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項２】
個体において腎毒性を測定する方法であって、
（ａ）個体から身体の試料を得ること、
（ｂ）身体の試料からアルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ−２ｕ）、補体成分４（Ｃ４）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、腎臓特異的な有機陰イオン輸送体−Ｋ１（ＯＡＴ−Ｋ１）、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：を含んでなるが、そこではＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこではアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項３】
細胞毒性薬剤での処置下にある個体において腎毒性を測定する方法であって、
（ａ）個体から身体の試料を得ること、
（ｂ）身体の試料からカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕ、Ｃ４、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：を含んでなるが、そこではカルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項４】
腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよび／もしくはクラステリンのグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を含む、腎毒性処置剤。
【請求項５】
腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を含む、腎毒性処置剤。
【請求項６】
腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を含む、細胞毒性薬剤の処置下にある個体の腎毒性処置剤。
【請求項７】
腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるがそこではカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこではＫＩＭ−１、オステオポンチン、および／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法。
【請求項８】
腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織からカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、
ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこではＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法。
【請求項９】
腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織からＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこではアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法。
【請求項１０】
二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較すること:の工程を含んでなるがそこではもし第一値がカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現（複数を含む）について第二値よりさらに低いならばこれは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこではもし第一値がＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに高いならばこれは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である方法。
【請求項１１】
二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではもし第一値がＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこではもし第一値がアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに高いならばこれは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である、方法。
【請求項１２】
腎臓機能、腎毒性および／もしくは腎障害を含む生物学的プロセスに関連する候補遺伝子を同定する方法であって、
（ａ）少なくとも一つの数値Ｉを得るためのアルゴリズムの入力としてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルを使用すること；ならびに
（ｂ）（ａ）で得られた少なくとも一つの数値Ｉを候補遺伝子について得られた数値ＩＩと比較すること：を含んでなる、方法。
【請求項１】
個体において腎毒性を測定する方法であって、
（ａ）個体から身体の試料を得ること、
（ｂ）身体の試料からカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：を含んでなるが、そこではカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこではＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項２】
個体において腎毒性を測定する方法であって、
（ａ）個体から身体の試料を得ること、
（ｂ）身体の試料からアルファ−２ｕグロブリン関係のタンパク質（アルファ−２ｕ）、補体成分４（Ｃ４）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、腎臓特異的な有機陰イオン輸送体−Ｋ１（ＯＡＴ−Ｋ１）、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：を含んでなるが、そこではＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこではアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項３】
細胞毒性薬剤での処置下にある個体において腎毒性を測定する方法であって、
（ａ）個体から身体の試料を得ること、
（ｂ）身体の試料からカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、アルファ−２ｕ、Ｃ４、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよびポドシンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない個体の身体の試料において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：を含んでなるが、そこではカルビンジンＤ−２８ｋ、ＥＧＦ、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は工程（ａ）の個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標であり、ならびに／またはそこでは、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、クラステリン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は個体が腎毒性を持っているか、発症しているかもしくは感受性である指標である、方法。
【請求項４】
腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよび／もしくはクラステリンのグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を含む、腎毒性処置剤。
【請求項５】
腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を含む、腎毒性処置剤。
【請求項６】
腎毒性の少なくとも一つの症状が改善されるように、腎臓において一つもしくはそれ以上の遺伝子の合成、発現もしくは活性を調整する調整化合物または遺伝子のカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４のグループの遺伝子発現生成物の治療的に有効な量を含む、細胞毒性薬剤の処置下にある個体の腎毒性処置剤。
【請求項７】
腎毒性の処置に使用する候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けている腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を候補薬剤により誘発されていない腎毒性を受けている腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるがそこではカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値よりさらに大きい第一値は候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標であり、ならびに／またはそこではＫＩＭ−１、オステオポンチン、および／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性の症状を改善している指標である、方法。
【請求項８】
腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織からカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、
ならびに（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこではＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は、候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法。
【請求項９】
腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない候補薬剤を同定するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を候補薬剤と接触させること、
（ｂ）腎臓の組織からＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を腎毒性を受けていない腎臓の組織において工程（ｂ）に対するのと同じ遺伝子（複数を含む）についてかつ同一の条件下において評価された遺伝子発現のレベルに対応する第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに高い第一値は候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標であり、ならびに／またはそこではアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値と同一であるかもしくはさらに低い第一値は候補薬剤が腎毒性を引き起こさないかもしくは誘発しない指標である、方法。
【請求項１０】
二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、カルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦおよびクラステリンの中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較すること:の工程を含んでなるがそこではもし第一値がカルビンジンＤ−２８ｋおよび／もしくはＥＧＦの遺伝子発現（複数を含む）について第二値よりさらに低いならばこれは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこではもし第一値がＫＩＭ−１、オステオポンチンおよび／もしくはクラステリンの遺伝子発現について第二値よりさらに高いならばこれは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である方法。
【請求項１１】
二つの薬物候補の腎臓の細胞毒性の潜在能力を比較するための方法であって、
（ａ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第一の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現のレベルを測定して、第一のセットの値を得ること、ならびに
（ｂ）毒性を受けていない腎臓の組織の試料を第二の薬物候補と接触させて、腎臓の組織から、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される一つもしくはそれ以上の遺伝子に対応する遺伝子発現（複数を含む）のレベル（複数を含む）を測定して、第二のセットの値を得ること、ならびに
（ｃ）第一のセットの値を第二のセットの値と比較すること：の工程を含んでなるが、そこではもし第一値がＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢおよび／もしくはポドシンの遺伝子発現について第二値よりさらに低いならば、これは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標であり、ならびに／またはそこではもし第一値がアルファ−２ｕおよび／もしくはＣ４の遺伝子発現について第二値よりさらに高いならばこれは第二の薬物候補が第二の薬物候補より腎臓に対して細胞毒性がより少ない指標である、方法。
【請求項１２】
腎臓機能、腎毒性および／もしくは腎障害を含む生物学的プロセスに関連する候補遺伝子を同定する方法であって、
（ａ）少なくとも一つの数値Ｉを得るためのアルゴリズムの入力としてカルビンジンＤ−２８ｋ、ＫＩＭ−１、ＯＰＮ、ＥＧＦ、クラステリン、ＶＥＧＦ、ＯＡＴ−Ｋ１、アルドラーゼＡ、アルドラーゼＢ、ポドシン、アルファ−２ｕおよびＣ４の中で選択される少なくとも一つのマーカーの遺伝子発現のレベルを使用すること；ならびに
（ｂ）（ａ）で得られた少なくとも一つの数値Ｉを候補遺伝子について得られた数値ＩＩと比較すること：を含んでなる、方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図２】
【図３】
【公開番号】特開２０１０−４２０１９（Ｐ２０１０−４２０１９Ａ）
【公開日】平成２２年２月２５日（２０１０．２．２５）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−２３３６２４（Ｐ２００９−２３３６２４）
【出願日】平成２１年１０月７日（２００９．１０．７）
【分割の表示】特願２００４−５１８６９１（Ｐ２００４−５１８６９１）の分割
【原出願日】平成１５年７月３日（２００３．７．３）
【出願人】（５０４３８９９９１）ノバルティス アーゲー (806)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２２年２月２５日（２０１０．２．２５）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年１０月７日（２００９．１０．７）
【分割の表示】特願２００４−５１８６９１（Ｐ２００４−５１８６９１）の分割
【原出願日】平成１５年７月３日（２００３．７．３）
【出願人】（５０４３８９９９１）ノバルティス アーゲー (806)
【Ｆターム（参考）】
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