本発明は、病原体において発現された小ペプチドファミリーの濃度増加の比またはサイクルを特定することによって、病原体の毒性、罹患率および／または死亡率の増加、あるいは、領域内での、または新しい領域への病原体集団の拡大を予測する方法を提供し、また、病原体大発生の処理および予防のためのこの小ペプチドを含む化合物を提供する。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、２００９年１月９日に出願された米国仮特許出願第６１／１４３，６１８号、２００８年８月８日に出願された米国仮特許出願第６１／０８７，３５４号、２００８年５月１６日に出願された米国仮特許出願第６１／０５４，０１０号、２００８年４月２３日に出願された米国特許出願第１２／１０８，４５８号、および、２００８年４月２３日に出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００８／６１３３６号の利益を主張するものであり、これら各々の内容全体を参照によって本願明細書に組み込む。加えて本願は、２００８年１月１８日に出願された米国特許出願第１２／０１０，０２７号、２００７年１１月３０日に出願された米国仮特許出願第６０／９９１，６７６号、２００７年１０月２４日に出願された米国特許出願第１１／９２３，５５９号、２００７年１０月２４日に出願された米国仮特許出願第６０／９８２，３３６号、２００７年１０月２４日に出願された米国仮特許出願第６０／９８２，３３３号、２００７年１０月２４日に出願された米国仮特許出願第６０／９８２，３３８号、２００７年８月３１日に出願された米国仮特許出願第６０／９３５，８１６号、２００７年８月１６日に出願された米国仮特許出願第６０／９３５，４９９号、２００７年８月８日に出願された米国仮特許出願第６０／９５４，７４３号、２００７年５月３０日に出願された米国特許出願第１１／７５５，５９７号、２００７年１月３０日に出願された米国仮特許出願第６０／８９８，０９７号、２００７年１月１８日に出願された米国仮特許出願第６０／８８０，９６６号、２００６年１０月２４日に出願された米国仮特許出願第６０／８５３，７４４号、２００６年２月１６日に出願された米国特許出願第１１／３５５，１２０号、２００５年４月２８日に出願された米国特許出願第１１／１１６，２０３号、２００４年６月４日に出願された米国特許出願第１０／８６０，０５０号で現在の米国特許第７，４４２，７６１号、２００２年７月８日に出願された米国特許出願第１０／１８９，４３７号で現在の米国特許第７，４５２，９６３号、２００２年３月２６日に出願された米国特許出願第１０／１０５，２３２号で現在の米国特許第７，１８９，８００号、２００１年１０月２６日に出願された米国特許出願第０９／９８４，０５７号で現在の米国特許第７，４２０，０２８号、２００１年１０月２６日に出願された米国特許出願第０９／９８４，０５６号で現在の米国特許第７，１７６，２７５号の各々の内容全体を参照によって本明細書に組み込む。
【０００２】
〔発明の背景〕
世界規模の健康調査において、感染症はしばしば、低所得国および中所得国での死亡原因の上位１０位のうちの５つも占め、呼吸器感染症はしばしば、高所得国での死亡原因の第４位とされる。さらに、病原体大発生およびパンデミックが、以前は未知であった病原性疾患または他の変異した病原性疾患によりヒト集団を脅かし続けている。以前は未知であった病原性疾患または他の変異した病原性疾患はしばしば、病原体がブタまたはニワトリなどの罹患している宿主からヒトなどの新しい宿主へ広がる際に発生する。この現象を考慮して、以前から知られている病原体または以前は未知であった病原体による病原体大発生を緩和するために、新しい戦略が継続的に必要とされる。いくつかのそのような脅威的な病原性疾患には、マラリア、インフルエンザ、西ナイルウイルス、口蹄疫、およびヒトおよび動物の双方における世界規模の健康に対する他の脅威が含まれる。異なる病原体株にわたって、または病原体群にさえわたって有用な療法または処理方法が、変異を起こしやすい病原性疾患、および以前は未知であった病原体の大発生に対する戦いを改善するのに特に有益である。
【０００３】
世界規模の感染性疾患のうち最も脅威的なものの１つがマラリアである。マラリアは、熱帯環境および亜熱帯環境で毎年１００万人以上の人々を殺している。マラリアは、９０％のマラリアによる死の原因であると報告されているトリパノソーマ属の熱帯熱マラリア原虫（trypanosome
Plasmodium falciparum）により、最も一般的かつ深刻に引き起こされる。マラリア感染による死亡の大部分は、幼い子供において記録されている。熱帯熱マラリア原虫は、雌のハマダラカ属の蚊によって媒介される。トリパノソーマは、いったんヒトの血流内に入ったら、赤血球内で急速に増殖して、貧血、インフルエンザ様症状、ならびに時として昏睡および死を引き起こす。マラリアに対して部分的に有効なワクチンが現在、市販され始めたばかりであり、完全に有効なワクチンはまだ、産業国において販売品として登録されていない。したがって、マラリアにおける、およびマラリアによる、毒性、罹患率および死亡率の増加を予測し特定する改善された方法の必要性が当業界において引き続き存在する。
【０００４】
公衆衛生への別の脅威は、西ナイルウイルス（ＷＮＶ）であり、西ナイルウイルスは、わずかなヒト感染割合で、脳炎および他の深刻な神経浸潤性疾患を引き起こす。報告されたケースの約４％で、結果として生じる神経浸潤性疾患が死をもたらす。ＷＮＶは、フラビウイルス科のウイルスであり、１９９９年に北米で初めて認められ、現在は米国に固有のものであると考えられている。このウイルスは、蚊（および関連する昆虫）に咬まれることによりヒトに広まる。ＷＮＶは、一本鎖センスＲＮＡウイルスであり、ヒト脳炎、つまり日本脳炎、セントルイス脳炎、マレー渓谷脳炎、およびＷＮＶのオーストラリア亜類型であるクンジン脳炎と関連するいくつかの医学的に重要なウイルスを含む、日本脳炎ウイルス抗原複合体のメンバーである。
【０００５】
１９９９年にこの疾患が米国に移入して以来、１６，０００を超えるヒトにおけるＷＮＶのケースが報告され、６５０を超える死亡が報告されている。加えて、２１，０００を超えるケースが、ウマにおいて報告されている。現在のところ、ヒトにおけるＷＮＶと闘うための唯一の利用可能な承認された戦略は、蚊駆除の取り組み、および昆虫忌避剤による個人の保護と併せた、全国規模の積極的監視である。したがって、流行前にＷＮＶの毒性の増加を予測する方法、および、ＷＮＶ感染を防ぎ、緩和して、処理するための療法の必要性が当業界において存在する。
【０００６】
インフルエンザは、世界規模で重大な急性呼吸器疾患である。毒性で致死性のインフルエンザ大発生は、世界の健康状態を脅かし続けている。研究者、官僚、および医師は、新しい処理方法および新規の治療用化合物を必要とする、毒性で致死性のインフルエンザのパンデミックの継続的な脅威にますます意識が高まっている。研究者、官僚、および医師は同様に、流行性インフルエンザの継続的な脅威は、インフルエンザの致死性大発生を予測し追跡する新規およびさらに有効な方法を必要とするということを認識している。
【０００７】
インフルエンザワクチンは依然として、インフルエンザウイルスに対する最も有効な防御であるが、ウイルスの変異する能力、およびヒト以外の保有宿主の利用可能性のため、インフルエンザは、新生のまたは再出現の感染症脅威であり続けるだろうと予想される。世界規模のインフルエンザ監視は、インフルエンザウイルスは、インフルエンザシーズンの間、一国内で、ならびに、国家間および大陸間で変化する可能性がある、ということを指摘する。ウイルス学的監視は、抗原シフトおよび抗原ドリフトを監視するのに重要である。疾患監視も、流行の影響力を評価するのに重要である。両方の種類の情報は、ワクチン組成物、および、抗ウイルス剤の使用の基礎を提供してきた。しかしながら伝統的に、数が増加している新生インフルエンザウイルス株の年次事後血液学的分類があるのみで、ウイルスの特異的化学構造は、迫り来るインフルエンザ流行またはパンデミックの指標として特定されなかった。ウイルスのゲノム構造におけるレプリキン化学の発見まで、所与の年において存在または非存在のときのインフルエンザウイルスの年次分類の唯一の基礎は、ウイルスの分離株における赤血球凝集素およびノイラミニダーゼタンパク質の血清学的試験による特定であった。したがって、インフルエンザの株の活動は、大発生の出現の事後にのみ記録され、決して事前ではなかった。
【０００８】
大発生前にインフルエンザの毒性および致死性の増加を追跡し予測する定量的方法の継続的な必要性が当業界において存在する。同様に、インフルエンザの毒性株により引き起こされる大発生を防ぎ処理する定量的方法の必要性が当業界において存在する。インフルエンザワクチン投与が年一回であり、かつ、ワクチンを投与できる期間が短いので、ワクチン接種率を改善することに向けられる戦略は、決定的に重要である。
【０００９】
レプリキンペプチド（Replikin peptides）は、マラリア、インフルエンザ、西ナイルウイルス、口蹄疫、および他の多くの病原体における急速な複製現象と相関されてきた小ペプチドのファミリーである。レプリキンペプチドは同様に、ウイルスおよび有機体一般における急速な複製現象と相関されてきた。
【００１０】
レプリキンペプチドの特定は、マラリア、インフルエンザウイルス、西ナイルウイルス、および口蹄疫ウイルスなどの毒性病原体に対するワクチン開発を含む、病原体の検出および処理のための標的を提供してきた。一般に、このペプチドファミリーについての知識および特定が、レプリキンを持っている任意の病原体に対する有効な療法およびワクチンの開発を可能にする。レプリキンと急速な複製および毒性との関連の現象は、米国特許第７，１８９，８００号、米国特許第７，１７６，２７５号、米国特許第７，４４２，７６１号、および米国特許出願第１１／３５５，１２０号に完全に記載されている。レプリキン濃度（１００アミノ酸当たりのレプリキン数）およびレプリキン組成の双方は、急速な複製の機能的現象と相関されてきた。
【００１１】
しかしながら、毒性病原体の毒性、罹患率、および致死率の増加、ならびに毒性病原体の拡大および大発生を予測し特定する改善された方法の必要性が当業界において引き続き存在する。同様に、拡大する病原体集団の毒性、罹患率、および、致死率の増加で特定されたレプリキン配列を用いて、毒性病原体の大発生および拡大を防ぎ処理する改善された方法の必要性が当業界において存在する。
【発明の概要】
【００１２】
本発明は、時間経過に伴い微生物株で特定されたレプリキンペプチド濃度を含む定量的サイクル構造を提供し、前記サイクル構造は、前記微生物株の集団の拡大および／または収縮、前記微生物株の感染力、ならびに／あるいは前記微生物株の致死率と適時相関する。
【００１３】
さらに、本発明は、病原体の大発生を防ぎ緩和して処理する方法であって、同じもしくは関連する病原体の別の株と比較すると、病原体の株の集団の拡大、あるいは、病原体の株の毒性、罹患率、および／または、致死率の増加を予測することと、予測された病原体大発生を緩和するか、防ぐか、あるいは処理するために病原体の構造またはゲノムの分離または合成された部分を含む化合物を動物または患者に投与することと、を含む方法を提供する。
【００１４】
本発明はさらに、病原体の株の拡大、あるいは、病原体の毒性、罹患率および／または死亡率の増加を予測する方法であって、病原体のタンパク質断片、タンパク質、ゲノム断片、もしくはゲノムにおけるレプリキンカウント（Replikin Count）のサイクルを特定することと、特定されたレプリキンカウントのサイクル内において前記病原体の毒性、罹患率および／または死亡率の増加を予測することと、を含む方法を提供する。本発明はさらに、病原体大発生に対する診断用薬、治療薬または予防薬として、毒性、罹患率および／または死亡率が増加する、あるいは拡大すると予測された病原体内で特定されたレプリキンペプチドを提供する。
【００１５】
本発明の第１の非限定的態様は、第１病原体の集団の拡大を予測することを含む、集団が拡大すると予測された病原体の大発生を防ぐか、緩和するか、または処理する方法であって、
この病原体の分離株におけるレプリキン濃度の少なくとも１つのサイクルを特定して、第１病原体の集団の拡大がレプリキン濃度のその少なくとも１つのサイクルの上昇部分の出現後に起こるであろうと予測することと、
予測された病原体大発生を緩和するか、防ぐか、または処理するために、病原体の構造もしくはゲノムの分離または合成された部分を含む化合物を動物または患者に投与することと、を含む方法を提供する。
【００１６】
本発明の第一態様のさらなる実施形態は、病原体の大発生を防ぐか、緩和するか、または処理する方法であって、
（１）病原体の前記第１株の複数の分離株のレプリキン濃度における第一サイクルを特定すること、（２）第１時点または第１期間での特定された第１サイクル内におけるレプリキン濃度の第１ピークを特定すること、ならびに、（３）第１時点または第１期間の後の第２時点または第２期間において分離された病原体の同じ株または関連する株の分離株の毒性の増加を予測すること、を含む、病原体の同じ株もしくは関連する株の１または複数の別の分離株と比較して、集団の拡大、あるいは病原体の第１株の１または複数の分離株の毒性、罹患率および／または死亡率の増加を予測することと、
病原体の大発生を防ぐか、緩和するか、または処理するために、病原体の少なくとも１つの分離株の構造またはゲノムの分離または合成された部分を含む化合物を動物または患者に投与することと、を含む方法を提供する。
【００１７】
本発明の第一態様の非限定的実施形態において、病原体は、インフルエンザウイルス、マラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、タウラ症候群ウイルス、ホワイトスポット症候群ウイルス、ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス、ブタ・サーコウイルス、ヘリコバクター・ピロリ、エントアメーバ・インバデンス、Ｌ．レジオネラ、黄色ブドウ球菌、トウモロコシ縞葉枯病ウイルス、ウシヘルペスウイルス、ネコ免疫不全ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、トリ肉腫ウイルス、シンドビスウイルス、肝炎ウイルス、炭疽菌、または、任意の他の感染病原体である。非限定的実施形態において、このインフルエンザウイルスは、インフルエンザウイルスのＨｌＮｌ株、Ｈ２Ｎ２株、Ｈ３Ｎ２株、Ｈ５Ｎ１株、Ｈ３Ｎ８株、またはＨ９Ｎ２株である。
【００１８】
本発明の第一態様のさらなる非限定的実施形態において、前記の病原体の株の拡大、あるいは病原体の株の１もしくは複数の分離株の毒性、罹患率および／または死亡率の増加は、病原体の第２株の複数の分離株のレプリキン濃度における第２サイクルであって、病原体の前記第１株の前記複数の分離株のレプリキン濃度における前記第１サイクルと同調性を共有する第２サイクルを、特定することと、第１時点または第１期間の特定された第１サイクル内におけるレプリキン濃度の第１ピークを特定することと、前記第１時点または第１期間に類似する第２時点または第２期間での病原体の前記第２株の特定された第２サイクル内におけるレプリキン濃度の第１ピークを特定することと、第１時点または第１期間に続いて病原体の前記第１株の毒性の増加を予測することと、を含む。非限定的実施形態において、病原体は、インフルエンザウイルス、マラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、または任意の他の感染病原体である。
【００１９】
本発明の第一態様の非限定的実施形態において、前記病原体は、インフルエンザウイルスである。さらなる非限定的実施形態において、インフルエンザの前記第１株は、インフルエンザの前記第２株とは異なる任意の株である。別の非限定的実施形態において、インフルエンザの前記第１株は、Ｈ５Ｎ１であり、インフルエンザの前記第２株は、Ｈ９Ｎ２であり、あるいは逆もまた同様である。
【００２０】
本発明の第一態様のさらなる非限定的実施形態において、病原体の少なくとも１つの分離株の構造またはゲノムの前記分離または合成された部分は、レプリキンペプチドおよび／もしくはレプリキン・ピーク・ジーン（Replikin Peak Gene）を含むタンパク質またはタンパク質断片、レプリキン・ピーク・ジーン内で特定されたレプリキンペプチド、あるいは、前記病原体の構造の任意構造または任意部分である。別の実施形態において、構造またはゲノムの前記分離または合成された部分は、レプリキン・ピーク・ジーン、レプリキン・ピーク・ジーン内の１もしくは複数のレプリキンペプチド、または、１もしくは複数のレプリキンペプチドをコード化する核酸である。
【００２１】
本発明の第一態様の別の非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間後、３年までである。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間後、約１年である。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間後、約６ヶ月である。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間に続く病原体の次のシーズンである。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間に続くインフルエンザの次のシーズンである。さらなる非限定的実施形態において、次のインフルエンザシーズンは、第１時点または第１期間に続く、ある地理的領域における次の冬季である。別の非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間に続くマラリアの次のシーズンである。さらなる非限定的実施形態において、マラリアの次のシーズンは、次の雨季である。別の非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、西ナイルウイルスの次のシーズンである。さらなる非限定的実施形態において、西ナイルウイルスの次のシーズンは、夏季である。
【００２２】
本発明の第一態様の別の非限定的実施形態において、レプリキン濃度のサイクルにおいて特定されたピークは、レプリキン濃度のサイクルにおける経時的に前のピークよりも、より高いレプリキン濃度を有する。本発明のさらなる非限定的実施形態において、レプリキン濃度のサイクルにおける特定されたピークは、より前のピークよりも有意に高い。さらなる非限定的実施形態において、特定されたピークは、ｐ値が０．０１未満で、より前のピークよりも有意に高い。さらなる非限定的実施形態において、特定されたピークは、ｐ値が０．００１未満で、より前のピークよりも有意に高い。
【００２３】
本発明の第２の非限定的態様は、第１病原体の集団の拡大を予測する方法であって、病原体の分離株におけるレプリキン濃度の少なくとも１つのサイクルを特定することと、第１病原体の集団の拡大がレプリキン濃度のその少なくとも１つのサイクルの上昇部分が出現した後に起こるであろうと予測することと、を含む方法を提供し、ここで、この少なくとも１つのサイクルは、サイクルＡである。
【００２４】
本発明の第２態様のさらなる実施形態において、上昇部分はピークを含み、第１病原体の集団の前記拡大は、このピークの出現後に予測される。さらなる実施形態において、サイクルは、少なくとも第１上昇部分および第２上昇部分を含み、前記第１上昇部分は、前記第２上昇部分よりも前の適時に出現する。さらなる実施形態において、サイクルは少なくとも３つの上昇部分を含み、この少なくとも３つの上昇部分は、少なくとも上昇部分Ａ’、上昇部分Ｂ’、および上昇部分Ｃ’である。さらなる実施形態において、上昇部分Ｂ’はピークを含み、上昇部分Ａ’はピークを含み、そして上昇部分Ｂ’のピークは、上昇部分Ａ’のピークよりも高いレプリキン濃度を有する。さらなる非限定的実施形態において、予測方法はさらに、コンピュータでこの方法を処理することを含む。さらなる非限定的実施形態において、サイクルは、例えば、ピーク〜谷〜ピーク〜谷、または、谷〜ピーク〜谷〜ピークを含む、１を超えるサイクルを含む。さらなる非限定的実施形態において、サイクルは、３つのピーク、または、３つの谷、またはそれ以上を含む。
【００２５】
本発明の第２態様のさらなる実施形態において、予測方法は、病原体の少なくとも１つの他の株の分離株におけるレプリキン濃度の少なくとも１つの他のサイクルを特定することであって、その少なくとも１つの他のサイクルはサイクルＢであり、サイクルＢは、サイクルＡと同調性を共有する、特定することと；第１病原体の集団の拡大が、サイクルＢにおける上昇部分に対応するサイクルＡにおける上昇部分の出現後に、起こるだろうことを予測することと、を含む。さらなる実施形態において、第１病原体は、インフルエンザウイルスの第１株であり、もう一方の病原体は、インフルエンザウイルスの異なる株である。さらなる実施形態において、第１病原体は、インフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株であり、病原体のもう一方の株は、インフルエンザウイルスのＨ９Ｎ２株である。さらなる実施形態において、第１病原体の集団の拡大は、ピーク後３年以内に予測される。さらなる実施形態において、第１病原体の集団の拡大は、前記ピーク後１年以内に予測される。さらなる実施形態において、第１病原体の集団の拡大は、病原体の次の毒性シーズン後に予測される。
【００２６】
本発明の第２態様のさらなる実施形態は、病原体の集団の拡大あるいは病原体の毒性、罹患率および／または死亡率の増加を、同種の別の病原体もしくは関連する種の別の病原体の集団あるいは毒性、罹患率および／または死亡率と比べて、予測する方法であって、（１）複数の病原体の分離株のレプリキン濃度のサイクルを特定することと、（２）第１時点または第１期間の特定されたサイクル内における複数の前記病原体の分離株のレプリキン濃度の第１ピークを特定することと、（３）同種もしくは関連する種の病原体の集団の拡大、あるいは、第１時点または第１期間の後の第２時点または第２期間において分離された同種または関連する種の病原体の毒性、罹患率および／または死亡率の増加を予測することと、を含む方法を提供する。
【００２７】
本発明の第２態様の非限定的実施形態において、病原体は、マラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、インフルエンザウイルス、ウマ・インフルエンザウイルス、コロナウイルス、口蹄疫ウイルス、タウラ症候群ウイルス、ホワイトスポット症候群ウイルス、または他の病原体もしくは他の感染病原体でありうるが、これらに限定するものではない。
【００２８】
本発明の第２態様の非限定的実施形態において、病原体は、マラリア・トリパノソーマである。別の非限定的実施形態において、このトリパノソーマは、熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、卵形マラリア原虫、または、四日熱マラリア原虫である。さらなる非限定的実施形態において、このトリパノソーマは、熱帯熱マラリア原虫である。さらなる非限定的実施形態において、この方法は、マラリア感染による死亡率の増加を予測する。
【００２９】
本発明の第２態様の別の実施形態において、特定されたレプリキンサイクルは、熱帯熱マラリア原虫のヒスチジンに富むタンパク質において特定されたレプリキン濃度を示す。本発明の別の非限定的実施形態において、特定されたレプリキンサイクルは、熱帯熱マラリア原虫のそのヒスチジンに富むタンパク質において特定されたレプリキン濃度を示す。
【００３０】
本発明の第２態様の別の非限定的実施形態において、病原体は、西ナイルウイルスである。さらなる実施形態において、特定されたレプリキンサイクルは、西ナイルウイルスのエンベロープタンパク質において特定された濃度を示す。別の非限定的実施形態において、病原体は、口蹄疫ウイルスである。さらなる実施形態において、特定されたレプリキンサイクルは、口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質において特定された濃度を示す。別の非限定的実施形態において、病原体は、インフルエンザウイルスである。さらなる実施形態において、特定されたレプリキンサイクルは、インフルエンザウイルスのｐＢ１遺伝子領域において特定された濃度を示す。別の非限定的実施形態において、このインフルエンザウイルスは、インフルエンザウイルスのＨｌＮｌ株、Ｈ２Ｎ２株、Ｈ３Ｎ２株、Ｈ３Ｎ８株、Ｈ５Ｎ１株、またはＨ９Ｎ２株である。
【００３１】
本発明の第２態様の別の非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間後、３年までである。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間後、約１年である。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間後、約６ヶ月である。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間に続く病原体の次のシーズンである。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間に続くインフルエンザの次のシーズンである。さらなる非限定的実施形態において、次のインフルエンザシーズンは、第１時点または第１期間に続く、ある地理的領域における次の冬季である。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間後の次の乾季に続く。さらなる非限定的実施形態において、第２時点または第２期間は、第１時点または第１期間に続く次のマラリアシーズンである。さらなる非限定的実施形態において、次のシーズンは、次の雨季である。
【００３２】
本発明の第２態様の別の非限定的実施形態において、レプリキン濃度のサイクルにおける特定されたピークは、レプリキン濃度のサイクルにおける経時的に前のピークよりも高いレプリキン濃度を有する。本発明のさらなる非限定的実施形態において、レプリキン濃度のサイクルにおいて特定されたピークは、より前のピークよりも有意に高い。さらなる非限定的実施形態において、特定されたピークは、ｐ値が０．０１未満で、より前のピークよりも有意に高い。さらなる非限定的実施形態において、特定されたピークは、ｐ値が０．００１未満で、より前のピークよりも有意に高い。
【００３３】
本発明の第２態様のさらなる非限定的実施形態において、集団の前記拡大あるいは病原体の分離株の毒性、罹患率、および／または、死亡率の前記増加を予測することは、病原体の前記第１株の前記複数の分離株のレプリキン濃度における前記第１サイクルと同調性を共有する、病原体の第２株もしくは関連する株の複数の分離株のレプリキン濃度におけう第２サイクルを特定することと、第１時点または第１期間での特定された第１サイクル内におけるレプリキン濃度の第１ピークを特定することと、前記第１時点または第１期間に類似する第２時点または第２期間で、病原体の前記第２株または病原体の前記関連する株の特定された第２サイクル内におけるレプリキン濃度の第１ピークを特定することと、第１時点または第１期間に続いて、集団の拡大、あるいは、病原体の前記第１株の毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測することと、を含む。非限定的実施形態において、病原体は、マラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、または任意の他の感染病原体である。
【００３４】
非限定的実施形態において、前記病原体は、インフルエンザウイルスである。さらなる非限定的実施形態において、インフルエンザの前記第１株は、インフルエンザの前記第２株とは異なる任意の株である。別の非限定的実施形態において、インフルエンザの前記第１株はＨ５Ｎ１であり、インフルエンザの前記第２株はＨ９Ｎ２であり、または、逆もまた同様である。別の実施形態において、この株は、任意のインフルエンザ株であり、関連する株は、任意の他の株であり、ここで前記第１株との関係は、前記株と前記関連する株とのレプリキンサイクルを比較することによって決定される。別の実施形態において、レプリキンサイクルは、同調性を共有するので、これら株は関連している。
【００３５】
本発明の第２態様のさらなる非限定的実施形態は、拡大する病原体の集団、あるいは、病原体の毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測する方法であって、（１）複数の連続する時点で、病原体の少なくとも２つの株の複数の分離株における平均レプリキンカウントを決定することと、（２）各株について少なくとも４つの連続する時点における平均レプリキンカウントを比較して、少なくとも２つの株の各々について、少なくとも４つの時点にわたって平均レプリキンカウントが増えている少なくとも１つのサイクルを特定することと、（３）少なくとも２つの株の各々について平均レプリキンカウントが増えている少なくとも１つのサイクルの間で少なくとも部分的な同調性を特定することと、（４）前記少なくとも２つの株の少なくとも１つのサイクルにおける平均レプリキンカウントの増加に続く適時に毒性の増加を予測することと、を含む方法を提供し、ここで、前記少なくとも２つの株における前記少なくとも１つのサイクルは、対応する期間に起こる。さらなる非限定的実施形態において、段階的サイクルが、連続する時点の間で特定される。さらなる非限定的実施形態において、特異的な保存されているレプリキン配列が、段階的サイクル内で特定される。さらなる非限定的実施形態において、レプリキン配列は、段階的サイクルのピークで特定される。段階的サイクルのピークで特定されたレプリキン配列は、比較的高い死亡率を有するマラリアの大発生を防ぐか、あるいは処理するのに使用するための、分離または合成されたレプリキンペプチドのワクチンまたは治療用化合物の開発に有用である。さらなる実施形態において、病原体はインフルエンザである。さらなる実施形態において、インフルエンザの少なくとも２つの株は、Ｈ９Ｎ２、およびＨ５Ｎｌである。
【００３６】
本発明の第２態様の別の非限定的実施形態は、病原体の株の集団の収縮または減退を予測する方法を提供し、ここで前記病原体の分離株は、レプリキンサイクルの低下部分の後の時点または期間に分離される。
【００３７】
本発明の第２態様のさらなる非限定的実施形態は、ワクチンを作るための方法であって、病原体または病原体の関連する株の拡大する集団、あるいは、病原体または病原体の関連する株の毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測することと、ワクチン中に含まれるべき前記分離されたインフルエンザウイルスの構造またはゲノムの部分を特定することと、を含む方法を提供する。
【００３８】
本発明の第２態様のさらなる非限定的実施形態は、病原体の構造またはゲノムの分離または合成された部分を提供し、ここで前記病原体は、この病原体の集団が拡大すると予測されている。さらなる実施形態において、分離または合成された部分は、レプリキンペプチドもしくはレプリキン・ピーク・ジーンを含む、タンパク質、タンパク質断片、またはペプチドである。さらなる非限定的実施形態において、病原体の構造もしくはゲノムの分離または合成された部分は、１つ以上のレプリキンペプチド、および／または、１つ以上のレプリキン・ピーク・ジーンからなる。さらなる非限定的実施形態において、この１つ以上のレプリキンペプチドは、レプリキン濃度のサイクルの間に、このサイクル内の少なくとも２つの連続する時点または期間において保存される。
【００３９】
本発明の第２態様の別の非限定的実施形態は、診断目的、治療目的および／または予防目的のために、前記病原体の複数の分離株の中から、前記病原体のある分離株中に保存されていると特定された、レプリキンペプチドを提供し、ここで前記分離株は、レプリキン濃度のサイクルの間、少なくとも２つの連続する時点または期間で分離され、サイクルは好ましくは、少なくとも２つのピークまたは２つの谷を含む。
【００４０】
本発明の第２態様のさらなる非限定的実施形態において、病原体はインフルエンザウイルスである。さらなる非限定的実施形態において、レプリキンペプチドは、ＨＡＱＤＩＬＥＫＥＨＮＧＫＬＣＳＬＫＧＶＲＰＬＩＬＫ（配列ＩＤ番号：１）、ＫＥＨＮＧＫＬＣＳＬＫＧＶＲＰＬＩＬＫ（配列ＩＤ番号：２）、ＫＫＮＮＡＹＰＴＩＫＲＴＹＮＮＴＮＶＥＤＬＬＩＩＷＧＩＨＨ（配列ＩＤ番号：３）、ＨＨＳＮＥＱＧＳＧＹＡＡＤＫＥＳＴＱＫＡＩＤＧＩＴＮＫ（配列ＩＤ番号：４）、ＨＤＳＮＶＫＮＬＹＤＫＶＲＬＱＬＲＤＮＡＫ（配列ＩＤ番号：５）、ＫＶＲＬＱＬＲＤＮＡＫＥＬＧＮＧＣＦＥＦＹＨ（配列ＩＤ番号：６）、ＫＤＶＭＥＳＭＤＫＥＥＭＥＩＴＴＨ（配列ＩＤ番号：７）、ＨＦＱＲＫＲＲＶＲＤＮＭＴＫＫ（配列ＩＤ番号：８）、ＫＫＷＳＨＫＲＴＩＧＫＫＫＱＲＬＮＫ（配列ＩＤ番号：９）、ＨＫＲＴＩＧＫＫＫＱＲＬＮＫ（配列ＩＤ番号：１０）、ＨＥＧＩＱＡＧＶＤＲＦＹＲＴＣＫＬＶＧＩＮＭＳＫＫＫ（配列ＩＤ番号：１１）、または、ＨＳＷＩＰＫＲＮＲＳＩＬＮＴＳＱＲＧＩＬＥＤＥＱＭＹＱＫＣＣＮＬＦＥＫ（配列ＩＤ番号：１２）のうちの少なくとも１つである。
【００４１】
本発明の第２態様のさらなる非限定的実施形態において、病原体は、西ナイルウイルスである。さらなる非限定的実施形態において、レプリキンペプチドは、ＫＩＩＱＫＡＨＫ（配列ＩＤ番号：１３）、ＨＬＫＣＲＶＫＭＥＫ（配列ＩＤ番号：１４）、ＫＬＴＳＧＨＬＫ（配列ＩＤ番号：１５）、または、ＨＮＤＫＲＡＤＰＡＦＶＣＫ（配列ＩＤ番号：１６）のうちの少なくとも１つである。
【００４２】
さらなる非限定的実施形態において、病原体は、口蹄疫ウイルスである。さらなる非限定的実施形態において、レプリキンペプチドは、ＨＫＱＫＩＩＡＰＡＫ（配列ＩＤ番号：１７）、および、ＨＫＱＫＩＶＡＰＶＫ（配列ＩＤ番号：１８）のうちの少なくとも１つである。
【００４３】
さらなる非限定的実施形態において、病原体は、マラリアである。さらなる非限定的実施形態において、レプリキンペプチドは、以下の受入番号：ＡＢＵ４３１５７、ＣＡＤ４９２８１、ＣＡＤ４９２８１、または、ＸＰ００１３４９５３４のうちの少なくとも１つから特定されるレプリキンペプチドの少なくとも１つである。
【００４４】
上記に記載された、または本明細書で特定されるレプリキンペプチドの任意のものは、本発明の免疫原性化合物に含まれうる。
【００４５】
本発明の第２態様のさらなる非限定的実施形態は、命令が記憶されているコンピュータ可読媒体を提供する。この命令が実行されると、プロセッサが、病原体の株の拡大、あるいは、病原体の毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測する方法を実施する。さらなる実施形態において、プロセッサは、ディスプレイ、使用者、研究者、または他の機械もしくは人物に予測を報告する。さらなる実施形態において、プロセッサは、拡大する病原体があると予測された、あるいは、毒性、罹患率および／または死亡率の増加が予測された、病原体の一部分を、ディスプレイ、使用者、研究者、または、他の機械もしくは人物に対して確認し、ここで前記一部分は、治療用化合物または診断用化合物として利用されうる。前記一部分は、１もしくは複数のレプリキンペプチド、または、レプリキン・ピーク・ジーンを含む前記病原体の前記ゲノムの任意の他の構造もしくは部分でありうる。
【００４６】
本発明の第３の非限定的態様は、診断目的、治療目的、および／または予防目的のために、病原体の分離株において特定されたレプリキンペプチドを提供し、前記分離株は、病原体の複数の分離株の中からレプリキン濃度のサイクルの上昇部分の間に分離されるか、あるいは、病原体の複数の分離株の中からレプリキン濃度のサイクル内のピークで分離されるか、あるいは、病原体の複数の分離株の中からレプリキン濃度のサイクル内のピークの後に分離される。
【００４７】
本発明の第３態様の別の非限定的実施形態は、診断目的、治療目的および／または予防目的のために、病原体の複数の分離株の中から前記病原体のある分離株内に保存されていると特定されたレプリキンペプチドを提供し、前記分離株は、レプリキン濃度のサイクルの間、少なくとも２つの連続する時点または期間で分離され、このサイクルは、少なくとも２つのピークまたは２つの谷を含む。
【００４８】
本発明の第３態様の非限定的実施形態において、病原体は、マラリア・トリパノソーマである。さらなる非限定的実施形態において、特定されたサイクルは、熱帯熱マラリア原虫のヒスチジンに富むタンパク質のものである。別の非限定的実施形態において、特定されたサイクルは、熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼタンパク質のものである。別の非限定的実施形態において、特定されたサイクルは、マラリアを引き起こすトリパノソーマのレプリキン・ピーク・ジーンのものである。
【００４９】
本発明の第３態様の別の非限定的実施形態において、病原体は、西ナイルウイルスである。さらなる非限定的実施形態において、特定されたサイクルは、西ナイルウイルスのエンベロープタンパク質のものである。別の非限定的実施形態において、病原体は、口蹄疫ウイルスである。さらなる非限定的実施形態において、特定されたサイクルは、口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質のものである。
【００５０】
本発明の第３態様の別の非限定的実施形態において、病原体は、インフルエンザウイルスである。別の非限定的実施形態において、インフルエンザウイルスは、Ｈ１Ｎ１インフルエンザウイルス、Ｈ２Ｎ２インフルエンザウイルス、Ｈ３Ｎ２インフルエンザウイルス、Ｈ３Ｎ８インフルエンザウイルス、Ｈ５Ｎ１インフルエンザウイルス、またはＨ９Ｎ２インフルエンザウイルスである。さらなる非限定的実施形態において、特定されたサイクルは、インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼまたは赤血球凝集素タンパク質のものである。
【００５１】
本発明の第４の非限定的態様は、病原体の分離株において特定されたレプリキンペプチドを含む免疫原性組成物を提供し、ここで前記分離株は、レプリキン濃度のサイクルの上昇部分の間に、前記病原体の複数の分離株の中から分離されるか、レプリキン濃度の特定されたサイクル内のピークで、この病原体の複数の分離株の中から分離されるか、あるいは、レプリキン濃度の特定されたサイクル内のピークの後に、この病原体の複数の分離株の中から分離される。
【００５２】
本発明に第４態様の別の非限定的実施形態において、免疫原性組成物は、病原体の感染を防ぐまたは処理するためのワクチンである。本発明の別の非限定的実施形態は、病原体の分離株において特定されたレプリキンペプチドに対する抗体を提供し、ここで前記分離株は、レプリキン濃度のサイクルの上昇部分の間に特定されるか、あるいは、レプリキン濃度のサイクル内のピークで特定されるか、あるいは、レプリキン濃度のサイクル内のピークの後で特定される。別の非限定的実施形態において、病原体は、西ナイルウイルスである。別の非限定的実施形態において、病原体は、口蹄疫ウイルスである。
【００５３】
本発明の第５の非限定的態様は、病原体の大発生を防ぐか、緩和するか、あるいは処理する方法であって、
（１）第１期間の間の第１地理的領域における病原体の株の複数の分離株について、平均レプリキンカウント、および前記平均レプリキンカウントの標準偏差を決定すること、（２）第２期間および／または第２地理的領域からの、病原体の同じ株もしくは関連する株の少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントを決定することであって、ここで前記第２期間は、前記第１期間とは異なり、および／または、前記第２地理的領域は、前記第１地理的領域とは異なる、レプリキンカウントを決定すること、ならびに、（３）前記少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントが、前記第１期間および前記第１地理的領域で分離された複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも大きい場合、前記第２期間および／または第２地理的領域で分離された病原体の前記株の拡大を予測すること、を含む、病原体の株の拡大を予測することと、
インフルエンザウイルスの大発生を防ぐか、または処理するためにインフルエンザウイルスの少なくとも１つの分離株の構造またはゲノムの分離または合成された部分を含む化合物を、動物または患者に投与することと、を含む方法を提供する。
【００５４】
本発明の第５態様の非限定的実施形態において、前記病原体は、インフルエンザウイルス、マラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、または任意の他の種類の感染病原体である。
【００５５】
本発明の第５態様の非限定的実施形態において、前記第１期間は、１年であり、前記第１地理的領域は、ある国家である。さらなる実施形態において、前記第２期間は、１年である。さらなる実施形態において、前記第２地理的領域は、ある国家である。さらなる実施形態において、病原体がインフルエンザウイルスである場合、前記第１地理的領域は、中国である。さらなる実施形態において、病原体がマラリア・トリパノソーマである場合、前記第１地理的領域は、インドである。さらなる実施形態において、病原体が西ナイルウイルスである場合、前記第１地理的領域は、米国内のある州である。
【００５６】
本発明の第５態様の別の非限定的実施形態において、第１期間の間の第１地理的領域における病原体の株の前記複数の分離株は、前記第１期間の前記第１地理的領域における公的に入手可能な全ての配列からの複数の分離株である。別の非限定的実施形態において、前記複数の分離株は全て、ある種の動物からの分離株である。別の非限定的実施形態において、前記複数の分離株は全て、ハクチョウ、ニワトリ、ハヤブサ、シチメンチョウ、アヒル、または他の家禽もしくは野鳥などの特定種のトリからの分離株である。
【００５７】
本発明の第５態様のさらなる非限定的実施形態において、病原体の少なくとも１つの分離株の構造またはゲノムの前記分離または合成された部分は、レプリキンペプチドを含むタンパク質またはタンパク質断片である。さらなる実施形態において、前記タンパク質またはタンパク質断片は、レプリキンペプチドである。別の実施形態において、前記タンパク質またはタンパク質断片は、レプリキン・ピーク・ジーンを含む。さらなる実施形態において、前記タンパク質またはタンパク質断片は、レプリキン・ピーク・ジーンである。さらなる実施形態において、前記タンパク質またはタンパク質断片は、レプリキン・ピーク・ジーン内で特定されたレプリキンペプチドである。別の実施形態において、この構造またはゲノムの前記分離または合成された部分は、レプリキン・ピーク・ジーンをコード化する核酸、レプリキン・ピーク・ジーン内の１または複数のレプリキンペプチドをコード化する核酸、または、レプリキンペプチドをコード化する核酸である。
【００５８】
本発明の第５態様の別の非限定的実施形態において、第２期間および／または第２地理的領域からの病原体の同じ株の少なくとも１つの分離株は、前記第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株であり、前記第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株の各分離株のレプリキンカウントは、前記平均レプリキンカウントの前記１標準偏差と別個に比較される。
【００５９】
本発明の第５態様のさらなる非限定的実施形態において、前記第２期間および／または第２地理的領域において分離された病原体の前記株の拡大が、前記第１期間に前記第１地理的領域において分離された複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差より大きい、前記第２期間および／または第２地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数が、この平均値の前記１標準偏差よりも小さい、前記第２期間および／または第２地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数よりも大きい場合に予測される。
【００６０】
本発明の第５態様のさらなる非限定的実施形態において、レプリキンカウントは、病原体の分離株のゲノムにおいてコード化されると特定されたレプリキンペプチドの濃度である。さらなる実施形態において、レプリキンカウントは、病原体の分離株の発現されたタンパク質において特定されたレプリキンペプチドの濃度である。さらなる実施形態において、レプリキンカウントは、病原体の分離株の少なくとも１つのタンパク質または遺伝子領域において特定されたレプリキンペプチドの濃度である。さらなる実施形態において、この遺伝子領域は、インフルエンザウイルスのゲノムのｐＢ１遺伝子領域、マラリア・トリパノソーマのヒスチジンに富むタンパク質の遺伝子領域、口蹄疫ウイルスのＶＰ１遺伝子領域、または、西ナイルウイルスのエンベロープタンパク質の遺伝子領域である。別の実施形態において、レプリキンカウントは、病原体の分離株の少なくとも１つのタンパク質断片において特定されたレプリキンペプチドの濃度である。さらなる実施形態において、レプリキンカウントは、病原体の分離株のレプリキン・ピーク・ジーンにおいて特定されたレプリキンペプチドの濃度である。さらなる実施形態において、レプリキン・ピーク・ジーンは、インフルエンザウイルスゲノムのポリメラーゼ領域において特定される。さらなる実施形態において、レプリキン・ピーク・ジーンは、インフルエンザウイルスゲノムのｐＢ１領域において特定される。さらなる実施形態において、レプリキン・ピーク・ジーンは、マラリア・トリパノソーマのヒスチジンに富むタンパク質領域、口蹄疫ウイルスのＶＰ１領域、または、西ナイルウイルスのエンベロープタンパク質において特定される。
【００６１】
本発明の第６の非限定的態様は、病原体の株の拡大を予測する方法であって、
（１）第１期間の間の第１地理的領域における病原体の前記株の複数の分離株についての平均レプリキンカウントおよび前記平均レプリキンカウントの標準偏差を決定することと、
（２）第２期間および／または第２地理的領域からの病原体の同じ株もしくは関連する株の少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントを決定することであって、ここで前記第２期間は、前記第１期間とは異なり、および／または、前記第２地理的領域は、前記第１地理的領域とは異なる、レプリキンカウントを決定することと、
（３）第２期間および／または第２地理的領域からの前記少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントが、前記第１期間に前記第１地理的領域において分離された複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも大きい場合、前記第２期間および／または第２地理的領域において分離された病原体の前記株の拡大を予測することと、
を含む、方法を提供する。
【００６２】
非限定的実施形態において、予測する方法はさらに、この方法をコンピュータ上で処理することを含む。
【００６３】
本発明の第６態様の非限定的実施形態は、病原体がインフルエンザウイルス、マラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、または、任意の他の種類の感染病原体であることを意図する。
【００６４】
本発明の第６態様のさらなる非限定的実施形態は、ワクチンを作るための方法であって、前記第２期間および／または第２地理的領域において分離された病原体の前記株の拡大を予測することと、ワクチンを構成するために前記分離されたインフルエンザウイルスの構造またはゲノムの部分を特定することと、を含む方法を提供する。
【００６５】
本発明の第６態様のさらなる非限定的実施形態において、第２期間および／または第２地理的領域からの病原体の同じ株の少なくとも１つの分離株は、前記第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株である。さらなる非限定的実施形態において、前記第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株の各分離株のレプリキンカウントは、平均値の前記１標準偏差と別個に比較される。
【００６６】
本発明の第６態様の別の非限定的実施形態において、前記第２期間および／または前記第２地理的領域において分離された病原体の株の拡大は、前記第１期間に前記第１地理的領域において分離された複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも大きい、前記第２期間および／または前記第２地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数が、平均値の前記１標準偏差より小さい、前記第２期間および／または前記第２地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数よりも大きい場合に、予測される。さらなる非限定的実施形態において、前記第２期間および／または第２地理的領域において分離されたインフルエンザウイルス株の拡大は、平均値の前記１標準偏差よりも大きい、前記第２期間および／または前記第２地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数を、平均値の前記１標準偏差よりも小さい、前記第２期間および／または前記第２地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数で割った比が、１より大きい場合に予測される。
【００６７】
本発明の第６態様のさらなる非限定的実施形態は、診断目的、治療目的、および／または予防目的のために、拡大する集団を有すると予測された病原体の分離株において特定されたレプリキンペプチドを提供する。別の非限定的実施形態において、診断目的、治療目的、および／または予防目的のためのレプリキンペプチドは、時間と共に、または、地理的領域にわたって保存される。
【００６８】
本発明の第６態様の別の非限定的実施形態は、病原体の株の集団の収縮または減退を予測する方法を提供し、ここで第１期間および／または第１地理的領域からの病原体の株の少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントは、第２期間および第２地理的領域からのインフルエンザの複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも小さい。別の非限定的実施形態は、病原体の株の集団の収縮または減退を予測する方法を提供し、ここで第２地理的領域における第２期間からの複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも大きい、第１期間および／または第１地理的領域からの複数の分離株のレプリキンカウント数は、平均値の前記１標準偏差よりも小さい、第１期間および／または第１地理的領域からの複数の分離株のレプリキンカウント数よりも小さい。さらなる非限定的実施形態において、前記収縮または減退は、平均値の前記標準偏差よりも大きい、前記第１期間および／または前記第１地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数を、平均値の前記標準偏差よりも小さい、前記第１期間および／または前記第１地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数で割った比が、１よりも小さい場合に、予測される。
【００６９】
本発明の第６態様のさらなる非限定的実施形態は、命令が記憶されているコンピュータ可読媒体を提供する。この命令が実行されると、プロセッサが、病原体の株の拡大、または、ウイルスもしくは有機体の拡大を予測する方法を実施する。さらなる実施形態において、プロセッサは、ディスプレイ、使用者、研究者、または他の機械もしくは人物に予測を報告する。さらなる実施形態において、拡大する病原体があると予測された病原体の一部分を、ディスプレイ、使用者、研究者、または、他の機械もしくは人物に対して確認し、ここで前記一部分は、治療用化合物または診断用化合物として利用されうる。前記一部分は、１もしくは複数のレプリキンペプチド、または、レプリキン・ピーク・ジーンを含む前記病原体の前記ゲノムの任意の他の構造もしくは部分でありうる。
【００７０】
本発明の第７の非限定的態様は、病原体の分離株の構造またはゲノムの一部分を含む免疫原性組成物を提供し、ここで前記病原体の前記分離株は、（１）異なる期間および／または異なる地理的領域において分離された病原体の複数の分離株の平均レプリキンカウントの１標準偏差よりも大きいレプリキンカウントを有する分離株である、（２）第１期間および／または地理的領域からの分離株であり、平均値の前記１標準偏差よりも大きいレプリキンカウントを有する、第１期間および／または地理的領域からの複数の分離株の数が、平均値の前記１標準偏差よりも小さい、レプリキンカウントを有する分離株の数よりも大きい、（３）インフルエンザの複数の分離株の中からレプリキン濃度のサイクルもしくは一セットの２つ以上の同調サイクルの上昇部分の間に分離される、および／または、（４）インフルエンザの複数の分離株の中からレプリキン濃度の特定されたサイクル内、もしくは特定されたセットの同調サイクル内のピークで分離される。
【００７１】
本発明の第７態様の別の非限定的実施形態において、免疫原性組成物は、病原体の感染の予防または処理のためのワクチンである。別の非限定的実施形態は、毒性、罹患率、および／または致死率が増加するか、あるいは病原体の集団が拡大すると予測された病原体の分離株において特定されたレプリキンペプチドに対する抗体を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００７２】
【図１】１９８６年から２００７年までの分離株についてwww.pubmed.comで入手可能な配列の熱帯熱マラリア原虫のヒスチジンに富むタンパク質における平均年次レプリキン濃度の１９８６年から２００７年の間のサイクルを示している。図１において、レプリキン濃度のサイクルの３つの上昇部分、およびレプリキン濃度のサイクルの２つの低下部分は、１９８７年および１９９９年におけるピークを伴って観察可能である。サイクルの第１の上昇部分および低下部分は、１９８６年から１９９５年にかけて観察される。サイクルの第２の上昇部分および低下部分は、１９９６年から２００５年にかけて観察される。新しいサイクルが２００５年から２００７年の間で始まったように見える。第１上昇部分のピークは、１９８７年に平均年次レプリキンカウントが３８．２、および標準偏差が±２３．５で、特定された。第２上昇部分のピークは、１９９９年に段階的にさらに高く、平均年次レプリキンカウントが６２．９、および標準偏差が±６３．０で、特定された。１９８７年のピークおよび１９９９年のピークの双方とも、より高いヒト死亡率に関連していると観察された。１９９９年のピークに続いて、平均年次レプリキンカウントは、２００５年に７．４の低さまで落ち、標準偏差は±６．５であると観察された。同様に死亡率は、２０００年から２００５年の間に落ちた。新しいマラリアレプリキンサイクルは、観察された平均年次レプリキンカウントが、２００５年の７．４±６．５から２００７年の１７．２±１９まで増加しているので、２００５年に始まったように見える。新しいサイクルの始まりは、レプリキンカウントが、マラリア死亡率の増加と共に増加し続ける可能性があるという予測を提供する。
【図２】ヒトにおけるマラリアの１０００臨床ケース当たりの死亡率が、www.pubmed.comで公的に入手可能な熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼ酵素の配列における平均年次レプリキンカウントと概して相関していることを示している。熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼの平均年次レプリキンカウントは、１９９７年および１９９８年から１９９９年までのマラリアケース当たりの死亡率の増加と共に、１９９７年から１９９８年まで増加した。熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼの平均年次レプリキンカウントは、１９９９年から２００５年までの死亡率と共に１９９８年から２００６年まで減少した（一貫した死亡率データは、現在のところ２００５年までのみ入手可能であると考慮される）。図２のためのデータは、以下の表６に見出すことができる。図２および図６での死亡率は、世界保健機関により公表されたとおりに表示されている。www.who.intを参照されたい。
【図３】西ナイルウイルス罹患率のサイクルと相関関係にある、西ナイルウイルスの平均年次レプリキンカウントのサイクルを示している。ＷＮＶのエンベロープタンパク質の平均年次レプリキンカウント（黒）、および、標準偏差（頭頂部が付いた線）が、疾病管理センター（ＣＤＣ）により報告された米国内のヒトの年間ケース数（灰色）と比較される。平均年次レプリキンカウントは、www.pubmed.comで公的に入手可能であり２０００年から２００６年の間に分離された分離株からのエンベロープタンパク質配列において分析された。図３において、エンベロープタンパク質のレプリキンカウントの平均値の標準偏差は、２０００年から２００１年まで著しく増加していることが観察される（ｐ＜０．００１）。この変化は、ウイルス集団内の標準偏差が増加しているように（ＷＮＶと同じウイルス属ではない）インフルエンザウイルスの全ての一般的な株におけるウイルス大発生に先立つ、レプリキンカウントの範囲の拡大、および、急速な複製の前兆となることが観察された。２０００年から２００３年までのＷＮＶの平均レプリキンカウントの増加は、ＣＤＣによって公表され独立して記録されたヒトＷＮＶケース数の増加と同時に起こるか、またはそれに先立つように見える。平均年次レプリキンカウントおよび記録されたヒトＷＮＶケースの減少が、２００３年の後に観察される。２００６年に、レプリキンカウントの増加が観察され、その後に２００７年のヒトのケース数の増加が続く。結果として、図３は、レプリキン濃度のサイクルにおいて２つの上昇部分および１つの低下部分を、ならびに、ＷＮＶヒト罹患率のサイクルにおいて２つの上昇部分および１つの低下部分を示し、第１上昇部分は２０００年から２００３年まで、第２上昇部分は２００４年から２００６年／２００７年までである。エンベロープタンパク質内の保存されているウイルスレプリキン構造は、図示されているサイクル全体にわたって観察され、レプリキン構造と急速な複製と毒性との間の関係は、時間経過に伴って観察される。
【図４】www.pubmed.comで報告され１９９９年から２００８年の間に分離されたＯ型口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）の全ゲノムのレプリキン濃度のサイクルを示している。データは、Ｏ型ＦＭＤＶの分離株についての年次レプリキンカウント（平均値および標準偏差（ＳＤ））が、２つの上昇部分および１つの低下部分を伴って生じたことを証明する。第１上昇部分および第１低下部分は、１９９９年から２００５年の間に観察される。第２上昇部分は、２００５年に始まり２００８年まで観察される。サイクルは現在のところ、第２の谷がまだ観察できないので不完全である。図４において、平均年次レプリキンカウントは、２００１年〜２００２年の英国およびオランダにおける深刻なＦＭＤＶ大発生の前に事前警告信号を（ｐ＜０．００１で）提供することが観察され、平均年次レプリキンカウントはさらに、２００８年〜２００９年の中東、アフリカ、インド、およびアジア（中国を含む）における深刻なＦＭＤＶ大発生の前に事前警告信号を（ｐ＜０．００１で）提供することが観察される。レプリキンサイクルは、時間経過に伴う、保存されているウイルス構造の繰り返し、およびレプリキン現象の連続性のために、検出可能である。図４のデータは、図４に反映された１０年間を通して最も高い平均年次レプリキンカウントは、２００７年および２００８年に観察されたことを証明する。
【図５】www.pubmed.comで報告され１９９３年から２００８年の間に分離された分離株についてのｐＢ１遺伝子領域からのインフルエンザ配列における平均年次レプリキンカウントのサイクルを示している。図５において、Ｈ９Ｎ２の分離株のｐＢ１遺伝子領域の平均年次レプリキンカウントが薄い灰色の棒で示され、その上に標準偏差が濃い灰色の棒で示されている。イスラエル国内で報告されたＨ９Ｎ２感染した家禽群の数が、白色の棒で提供されている。データは、２０００年から２００４年の間のイスラエル国内での家禽群におけるインフルエンザ大発生の増加に対応する平均年次レプリキンカウントの増加を図示している。標準偏差データはさらに、年次Ｈ９Ｎ２インフルエンザ集団内の拡大するレプリキンカウントの広がりを強調する。
【図６】Ｈ９Ｎ２およびＨ５Ｎ１インフルエンザ分離株のｐＢ１遺伝子領域の平均年次レプリキンカウントの同調サイクルを示している。データは、www.pubmed.comで報告され１９９３年から２００８年の間に分離された分離株の配列分析を表す。図６において、Ｈ９Ｎ２についての年次平均レプリキンカウントは薄い灰色の棒で報告され、その上に標準偏差が濃い灰色の棒で報告されている。Ｈ５Ｎ１についての年次平均レプリキンカウントは黒色の棒で報告され、その上に標準偏差が白色の棒で報告されている。図６は、Ｈ９Ｎ２のレプリキンサイクルとＨ５Ｎ１のレプリキンサイクルとの間の同調性を明白に図示している。この同調サイクルは、１９９７年、２００２年、２００４年、２００７年の香港におけるＨ５Ｎ１大発生、ならびに２００８年〜２００９年のＨ５Ｎ１およびＨ９Ｎ２の現在の大発生を個別および共に予測する。異なる株のサイクルはある水準の同調性に対応するので、個々のサイクルの予測能力は、この対応によって増加される。さらに、Ｈ５Ｎ１とＨ９Ｎ２との間の相互関係が証明され、ちょうどＨ５Ｎ１が将来のインフルエンザパンデミックの候補であると知られたように、Ｈ９Ｎ２もそのようなパンデミックの候補となりうると示唆する。
【図７】前世紀の３つのインフルエンザパンデミックにおけるｐＢ１遺伝子領域内の平均年次レプリキンカウントのサイクルを示している。株特異的高レプリキンカウントが、１９１８年、１９５７年、および１９６８年の３つのパンデミックの各々に付随する。各ケースにおいて、第１ピークの後に下降が続き（おそらく宿主の免疫に起因して）、その後、第２の回復ピーク、および「リバウンド」流行が続く。これらの相関関係が偶然によるという確率は非常に低く、これは、これらの相関関係は、各株に特異的で、その世紀のうち３つのパンデミックの年の各々に特異的で、各パンデミック後の下降に特異的で、かつ、各リバウンド流行に特異的であるからである。データは、インフルエンザウイルスにおける平均年次レプリキンカウントのサイクル内のピークに続いて毒性および罹患率の増加の予測を示唆する。死亡をもたらすインフルエンザ株についての毒性および罹患率の増加は、２０世紀のパンデミックにおける死亡率の増加と同時に起こった。
【図８Ａ】図７と同じデータを示しているが、個々の年についてのデータをよりよく見るために寸法が拡大されている。図８（Ａ〜Ｃ）は、１９１７年から２００７年の間のインフルエンザの大発生に関連するインフルエンザの株におけるレプリキンカウントのサイクルを図示している。データは、１９１８年以降の各インフルエンザＡパンデミックおよび大発生の前ならびにそれらに伴う、レプリキンカウントの増加を図示し、また、インフルエンザＡ感染の無活動期間の間、および非致死性インフルエンザＢにおいて断続的に、低レプリキンカウントを図示している。グラフは、PubMedで公的に入手可能なアミノ酸または核酸の配列を有するインフルエンザ株のｐＢ１遺伝子領域において、コンピューターシミュレーションにより分離された全てのレプリキン・ピーク・ジーンについて１９１７年〜２００７年の年次レプリキンカウントを提供する。（１）１９４０年から２００７年の間の非致死性ヒトインフルエンザＢについてのデータ（太い実線）、および（２）１９１７年から２００７年の間のヒトインフルエンザＡウイルスの致死性および非致死性期間の双方についてのデータが提供されている。ヒトインフルエンザＡ株は、（１）Ｈ１Ｎ１（細い実線）、（２）Ｈ２Ｎ２（長−短−長の点線）、（３）Ｈ３Ｎ２（中位の点線）、および（４）Ｈ５Ｎ１（長い点線）である。ニワトリから分離されたＨ５Ｎ１株が、短い点線で図示されている。データのために分析された配列の総数（Ｎ）は、１４，２２７である。列挙されたパンデミック、流行、および大発生は、１９１８年のＨ１Ｎ１パンデミック、１９３０年代のＨ１Ｎ１流行、１９５７年のＨ２Ｎ２パンデミック、１９６８年のＨ３Ｎ１パンデミック、１９７７年〜１９７８年のＨ３Ｎ２大発生、ならびに、２００１年〜２００４年および２００７年のＨ５Ｎ１大発生である。１９９７年のＨ５Ｎ１の大発生は、図７および図８に示されていない。９０年間にわたって、パンデミック、流行、および大発生は、インフルエンザ株のレプリキン・ピーク・ジーン（ＲＰＧ）において４以上のレプリキンカウントに関連している。同じ期間にわたって、４未満の一定の低レプリキンカウントを、インフルエンザＡ感染の非致死性の無活動期間において観察することができ、４未満の低レプリキンカウントを、非致死性インフルエンザＢにおいて観察することができる。
【図８Ｂ】図７と同じデータを示しているが、個々の年についてのデータをよりよく見るために寸法が拡大されている。図８（Ａ〜Ｃ）は、１９１７年から２００７年の間のインフルエンザの大発生に関連するインフルエンザの株におけるレプリキンカウントのサイクルを図示している。データは、１９１８年以降の各インフルエンザＡパンデミックおよび大発生の前ならびにそれらに伴う、レプリキンカウントの増加を図示し、また、インフルエンザＡ感染の無活動期間の間、および非致死性インフルエンザＢにおいて断続的に、低レプリキンカウントを図示している。グラフは、PubMedで公的に入手可能なアミノ酸または核酸の配列を有するインフルエンザ株のｐＢ１遺伝子領域において、コンピューターシミュレーションにより分離された全てのレプリキン・ピーク・ジーンについて１９１７年〜２００７年の年次レプリキンカウントを提供する。（１）１９４０年から２００７年の間の非致死性ヒトインフルエンザＢについてのデータ（太い実線）、および（２）１９１７年から２００７年の間のヒトインフルエンザＡウイルスの致死性および非致死性期間の双方についてのデータが提供されている。ヒトインフルエンザＡ株は、（１）Ｈ１Ｎ１（細い実線）、（２）Ｈ２Ｎ２（長−短−長の点線）、（３）Ｈ３Ｎ２（中位の点線）、および（４）Ｈ５Ｎ１（長い点線）である。ニワトリから分離されたＨ５Ｎ１株が、短い点線で図示されている。データのために分析された配列の総数（Ｎ）は、１４，２２７である。列挙されたパンデミック、流行、および大発生は、１９１８年のＨ１Ｎ１パンデミック、１９３０年代のＨ１Ｎ１流行、１９５７年のＨ２Ｎ２パンデミック、１９６８年のＨ３Ｎ１パンデミック、１９７７年〜１９７８年のＨ３Ｎ２大発生、ならびに、２００１年〜２００４年および２００７年のＨ５Ｎ１大発生である。１９９７年のＨ５Ｎ１の大発生は、図７および図８に示されていない。９０年間にわたって、パンデミック、流行、および大発生は、インフルエンザ株のレプリキン・ピーク・ジーン（ＲＰＧ）において４以上のレプリキンカウントに関連している。同じ期間にわたって、４未満の一定の低レプリキンカウントを、インフルエンザＡ感染の非致死性の無活動期間において観察することができ、４未満の低レプリキンカウントを、非致死性インフルエンザＢにおいて観察することができる。
【図８Ｃ】図７と同じデータを示しているが、個々の年についてのデータをよりよく見るために寸法が拡大されている。図８（Ａ〜Ｃ）は、１９１７年から２００７年の間のインフルエンザの大発生に関連するインフルエンザの株におけるレプリキンカウントのサイクルを図示している。データは、１９１８年以降の各インフルエンザＡパンデミックおよび大発生の前ならびにそれらに伴う、レプリキンカウントの増加を図示し、また、インフルエンザＡ感染の無活動期間の間、および非致死性インフルエンザＢにおいて断続的に、低レプリキンカウントを図示している。グラフは、PubMedで公的に入手可能なアミノ酸または核酸の配列を有するインフルエンザ株のｐＢ１遺伝子領域において、コンピューターシミュレーションにより分離された全てのレプリキン・ピーク・ジーンについて１９１７年〜２００７年の年次レプリキンカウントを提供する。（１）１９４０年から２００７年の間の非致死性ヒトインフルエンザＢについてのデータ（太い実線）、および（２）１９１７年から２００７年の間のヒトインフルエンザＡウイルスの致死性および非致死性期間の双方についてのデータが提供されている。ヒトインフルエンザＡ株は、（１）Ｈ１Ｎ１（細い実線）、（２）Ｈ２Ｎ２（長−短−長の点線）、（３）Ｈ３Ｎ２（中位の点線）、および（４）Ｈ５Ｎ１（長い点線）である。ニワトリから分離されたＨ５Ｎ１株が、短い点線で図示されている。データのために分析された配列の総数（Ｎ）は、１４，２２７である。列挙されたパンデミック、流行、および大発生は、１９１８年のＨ１Ｎ１パンデミック、１９３０年代のＨ１Ｎ１流行、１９５７年のＨ２Ｎ２パンデミック、１９６８年のＨ３Ｎ１パンデミック、１９７７年〜１９７８年のＨ３Ｎ２大発生、ならびに、２００１年〜２００４年および２００７年のＨ５Ｎ１大発生である。１９９７年のＨ５Ｎ１の大発生は、図７および図８に示されていない。９０年間にわたって、パンデミック、流行、および大発生は、インフルエンザ株のレプリキン・ピーク・ジーン（ＲＰＧ）において４以上のレプリキンカウントに関連している。同じ期間にわたって、４未満の一定の低レプリキンカウントを、インフルエンザＡ感染の非致死性の無活動期間において観察することができ、４未満の低レプリキンカウントを、非致死性インフルエンザＢにおいて観察することができる。
【図９】後に低病原性のＨ５Ｎ１ウイルスで攻撃されるニワトリへの、配列ＩＤ番号：１〜１２のペプチドの混合物を含むワクチンの投与後、保護効果による免疫応答を示している。８０羽のニワトリが、ふ化後第１日にそれぞれ２０羽のニワトリの４つのグループに分けられた。グループ１は、ワクチン接種も低病原性Ｈ５Ｎ１ウイルスによる感染も受けない陰性対照であった。グループ２は、ふ化後１日目に鼻腔内に、ふ化後７日目に眼球内に、そしてふ化後１４日目に噴霧吸入により、ワクチン接種を受けたワクチン対照であった。グループ２は、低病原性Ｈ５Ｎ１ウイルスによる感染を受けなかった。グループ３は、グループ２と同じスケジュールでワクチン接種をうけ、低病原性Ｈ５Ｎ１が２８日目にニワトリの口蓋裂に導入された。グループ４は、ワクチン接種されないが、２８日目に口蓋裂を通してＨ５Ｎ１により感染された、攻撃された対照であった。７日目、１４日目、および２１日目に、各グループからの６羽から９羽の間のニワトリが、Ｈ５Ｎ１ウイルスに対する抗体の血清生成について試験された。血清抗体試験からのデータは、表１４に含まれており、図９に図示されている。図９は、グループ３で試験された７羽中１羽（１４％）のニワトリ（ワクチン接種しウイルスで攻撃した）のみが、攻撃後７日目に血清中に抗体を生成したことが観察され、一方で、グループ４で試験された７羽中４羽（５７％）のニワトリ（ワクチン接種しないが攻撃した）が攻撃後７日目に血清中に抗体を生成したことが観察されたことを図示している。図９はさらに、グループ３で試験された６羽中３羽のニワトリ（５０％）（ワクチン接種し攻撃した）のみが、攻撃後１４日目に血清中に抗体を生成したことが観察され、一方で、グループ４で試験された９羽中７羽（７８％）のニワトリ（ワクチン接種しないが攻撃した）が攻撃後１４日目に血清中に抗体を生成したことが観察されたことを図示している。図９はさらに、グループ３で試験された７羽中２羽（２９％）のニワトリが攻撃後２１日目に血清中に抗体を生成したことが観察され、一方で、グループ４で試験された９羽中３羽（３３％）のニワトリが、攻撃後２１日目に血清中に抗体を生成したことが観察されたことを図示している。ワクチン対照（グループ２）において、試験された６羽中６羽（１００％）のニワトリは、攻撃後１４日目に血清中に抗体を生成したことが観察され、一方で、７日目または２１日目で血清中に抗体を生成したことが観察された、試験されたニワトリはいなかった。陰性対照（グループ１）において、試験の任意の日においても血清中に抗体を生成したことが観察されたニワトリはいなかった。グループ１、２および３（それぞれ、陰性対照グループ、ワクチン対照グループ、ワクチン／攻撃グループ）のニワトリからの糞便または唾液に排出されたＨ５Ｎ１ウイルスは、ＰＣＲ検出により観察されなかったこと、ならびに、グループ４（攻撃対照）の全てのニワトリについて、糞便および唾液に排出されたＨ５Ｎ１ウイルスがＰＣＲ検出により観察されたことを証明する、実施例１０で提供されたデータと組み合わせて、当業者は、ワクチン接種されたグループ（グループ２および３）のニワトリは、ワクチンに対して免疫応答を引き起こし、ワクチン接種され攻撃されたグループ（グループ３）のニワトリは、ふ化に続く２８日目に低病原性Ｈ５Ｎ１攻撃からのある程度の保護が提供されたと、結論付ける。
【発明を実施するための形態】
【００７３】
〔定義〕
本明細書に使用される、「レプリキンサイクル」または「レプリキン濃度のサイクル」または「レプリキンカウントのサイクル」は、ウイルスまたは有機体のある種の複数の分離株のレプリキン濃度を意味し、ここで前記複数の分離株のうちの少なくとも４つは、連続する時点で、または、連続する期間に分離され、ここで第２時点もしくは第２期間における第２の個々の分離株、または複数の分離株の第２平均値の、レプリキン濃度は、第１時点もしくは第１期間における第１の個々の分離株、または複数の分離株の第１平均値の、レプリキン濃度よりも高く、第３時点もしくは第３期間における第３の個々の分離株、または複数の分離株の第３平均値の、レプリキン濃度は、第２時点もしくは第２期間におけるレプリキン濃度よりも低く、また、第４時点もしくは第４期間における第４の個々の分離株、または複数の分離株の第４平均値の、レプリキン濃度は、第３時点もしくは第３期間におけるレプリキン濃度よりも高い；あるいは、第２時点もしくは第２期間における第２の個々の分離株、または複数の分離株の第２平均値の、レプリキン濃度は、第１時点もしくは第１期間における第１の個々の分離株、または複数の分離株の第１平均値の、レプリキン濃度よりも低く、第３時点もしくは第３期間における第３の個々の分離株、または複数の分離株の第３平均値の、レプリキン濃度は、第２時点もしくは第２期間におけるレプリキン濃度よりも高く、また、第４時点もしくは第４期間における第４の個々の分離株、または複数の分離株の第４平均値の、レプリキン濃度は、第３時点もしくは第３期間におけるレプリキン濃度よりも低い。レプリキンサイクル、レプリキン濃度のサイクル、またはレプリキンカウントのサイクル内で、第２時点もしくは第２期間は、第１時点もしくは第１期間よりも後の適時でなければならず、第３時点もしくは第３期間は、第２時点もしくは第２期間よりも後の適時でなければならず、かつ、第４時点もしくは第４期間は、第３時点もしくは第３期間より後の適時でなければならない。レプリキンサイクル内で、任意の上昇部分は、集団の拡大、あるいは、宿主における病原体の毒性、罹患率、および／または、死亡率の増加を予測するものであり、また、任意の低下部分は、収縮している集団、あるいは、宿主における病原体の毒性、罹患率、および／または、死亡率の低下を予測するものである。サイクルは、予測が完全である必要ではなく、後に上昇部分が続く低下部分は、拡大する集団、あるいは、毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測するものである。同様に、後に上昇部分が続く低下部分が続く上昇部分は、拡大する集団、あるいは、毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測するものである。したがって、サイクルは、宿主における病原体の拡大または収縮（あるいは毒性、罹患率、および／または死亡率の変化）について予測する能力を提供するために完全サイクルである必要はない。
【００７４】
本明細書に使用される、「段階的な（step-wise）」サイクルは、任意のセットのサイクルであり、適時の第１のレプリキンサイクルのピークは、適時の第２のレプリキンサイクルのピークよりも低いか、あるいは、適時の第１のレプリキンサイクルのピークは、適時の第２のレプリキンサイクルのピークよりも高い。段階的なサイクルはまた、連続するピークがより下方へ移動することが観察されるときに起こる。段階的なサイクルはまた、連続する谷がより上方またはより下方へ移動する場合に観察されうる。段階的なサイクルは、集団の拡大または収縮を予測するための追加的な予測能力を提供する。
【００７５】
本明細書に使用される、「同調的な」、つまり別のレプリキンサイクルと、「同調性」または任意の他の関連する語を共有するレプリキンサイクルは、サイクルのある期間、相、または部分と類似している、期間もしくは相を有するサイクル、またはサイクルの任意の部分を意味し、ここで前記類似性は、視覚的、数学的、統計的、または当業者に知られているもしくは以下で知られる任意の他の方法により決定されうる。同調サイクルは必ずしも、厳密に同時に発生または起こる部分を共有するわけではない。関連する病原体の同調サイクルは、時には互いからある程度の時間だけずれるであろうし、どちらか一方のサイクルの任意の部分において適時互いからずれる可能性もある。サイクルのいくつかの部分の間に類似性が存在する場合、レプリキンサイクルの一部分は、適時別のレプリキンサイクルと「対応する」。任意の対応は、厳密である必要はない。
【００７６】
本明細書において使用される、レプリキンサイクルの「上昇部分」は、一分離株のレプリキン濃度、または複数の分離株の平均レプリキン濃度を意味し、ここで１または複数の分離株は、レプリキンサイクルのレプリキン濃度の傾きが少なくとも第１時点または第１期間から少なくとも第２時点または第２期間まで増加しているレプリキンサイクルのある時点または期間において分離された。追加的に、上昇部分は、ピークを含むことができる。
【００７７】
本明細書において使用される、レプリキンサイクルの「低下部分」は、上昇部分の反対を意味し、ここで低下部分は、谷を含むことができる。
【００７８】
本明細書において使用される、レプリキンサイクルの「ピーク」は、レプリキンサイクル内の第２時点または第２期間を意味し、ここで第２時点または第２期間に連続して先行する第１時点または第１期間におけるレプリキン濃度は、第２時点または第２期間におけるレプリキン濃度よりも低く、第２時点または第２期間の後に連続して続く第３時点または第３期間におけるレプリキン濃度は、第２時点または第２期間におけるレプリキン濃度よりも低い。当業者は、生物系の可変性のため、ピークは、厳密な時点または期間よりもむしろ、連続して先行する領域よりも概して高く、かつ、後に連続して続く領域よりも概して高い、サイクルの大体の領域を含むことができることを理解するであろう。
【００７９】
本明細書において使用される、レプリキンサイクルの「谷」は、レプリキンサイクルのピークの反対を意味する。
【００８０】
本明細書において使用される、「レプリキンカウントウイルス拡大指標」すなわち「ＲＣＶＥ指標」、または「レプリキンカウント拡大指標」すなわち「ＲＣＥ指標」は、第２期間に第２地理的領域で分離された複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも小さい、第１期間および／または第１地理的領域からの複数の分離株のレプリキンカウント数で割った、前記第２期間および前記第２地理的領域において分離された複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも大きい、前記第１期間および／または前記第１地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数である。ＲＣＥまたはＲＣＶＥ指標は、ＲＣＥまたはＲＣＶＥ指標の比が１よりも大きい場合に、特定の領域および／または期間における病原体の拡大を予測する。ＲＣＥまたはＲＣＶＥ指標は、ＲＣＥまたはＲＣＶＥ指標の比が１よりも小さい場合に、特定の領域および／または期間における病原体の収縮、退縮、縮小、または減退を予測する。ＲＣＥまたはＲＣＶＥ指標は、ＲＣＶＥ指標の比が１と等しい場合に、病原体集団における拡大と収縮との間の平衡を予測する。
【００８１】
本明細書において使用される、「関連する病原体」は、第２病原体と同じ種、属、または科である第１病原体を意味し、この関係は、当業者によって現在知られているか、または将来的に知られる。関連する病原体は、第２病原体と同じ種であるが第２病原体とは異なる菌株である第１病原体であってもよい。関連する病原体は、第２病原体と同じまたは異なる種であり、かつ、第２病原体と宿主、保有宿主、またはベクターを共有する、第１病原体であってもよい。第１病原体が第２病原体と同じ種、属、または科でないとしても、第１病原体が第２病原体のレプリキンサイクルと同調的なレプリキンサイクルを有する場合、第１病原体は、第２病原体と関連する。当業者は、第１病原体が第２病原体と関連する可能性がある多くの観点を認識するであろう。関連する病原体は、第１病原体と同じ科内であってもよい。関連する病原体は、第１病原体と同じ属内であってもよい。関連する病原体は、第１病原体と同じ種内であってもよい。関連する病原体は、第１病原体と同じ菌株内であってもよい。
【００８２】
本明細書において使用される、異なる「期間」または異なる「時点」は、互いから差別化することができる任意の２つの期間または時点である。例えば、２００４年の間に分離された有機体またはウイルスの分離株は、２００５年の間に分離された同じ有機体またはウイルスの分離株とは異なる期間に分離されたとみなされうる。同様に、２００４年５月に分離された有機体またはウイルスの分離株は、２００４年６月に分離された同じ有機体またはウイルスの分離株とは異なる期間に分離されたとみなされうる。異なる分離株のレプリキン濃度を比較する場合、比較に適した期間を使用することができる。例えば、２００４年からの分離株は、２００２年または２００５年などの他の年からの少なくとも１つの他の分離株と比較されうる。同様に、２００４年５月からの分離株は、ある年の他の月からの少なくとも１つの分離株、例えば、２００３年１２月から分離株または２００４年６月からの分離株と、比較されうる。
【００８３】
本明細書において使用される、「分離株」は、天然源から分離された任意のウイルスまたは有機体であり、天然源は、有機体もしくはウイルスの保有宿主、有機体もしくはウイルスのベクター、または、有機体もしくはウイルスの宿主を含むが、これらに限定されない。分離株を「取得すること」、「分離すること」、または「特定すること」は、分離株内のアミノ酸または核酸配列が取得される任意の行為であり、これは、分離株を分離してその分離株のゲノムもしくタンパク質配列の任意部分の配列を決定すること、PubMedなどのデータベースを含む任意の媒体から分離株の任意の核酸配列またはアミノ酸配列を取得することであって、この核酸配列またはアミノ酸配列はレプリキン濃度について分析されてよい、取得すること、あるいは、ある時点もしくはある期間内において天然源から分離されたウイルスのレプリキン濃度を取得する任意の他の手段を含むが、これらに限定されない。
【００８４】
本明細書において使用される、「より初期に発生する」ウイルスもしくは有機体、または、「より初期の時点」に、もしくは「より初期の期間」の間に分離されたウイルスもしくは有機体は、ウイルスもしくは有機体の別の標本が天然源から収集された日付よりも前の日付に、ウイルスもしくは有機体の天然源から収集されたウイルスもしくは有機体の標本である。「より後期に発生する」ウイルスもしくは有機体、または、「より後期の時点」に、もしくは「より後期の期間」の間に分離されたウイルスもしくは有機体は、ウイルスもしくは有機体の別の標本が天然源から収集された日付の後の日付に、ウイルスの天然源（保有宿主、ベクター、もしくは宿主を含むが、これらに限定されない）、または、有機体の天然源から収集されたウイルスもしくは有機体の標本である。
【００８５】
本明細書において使用される、病原体の「次の毒性シーズン」は、病原体の罹患率の増加が、夏から冬への変化または雨季から乾季への変化などシーズンの変化に基づいて予想される期間であり、この病原体は、罹患率の増加が起こると予想される期間より前の、先の連続する期間において、より低い罹患率を経験していた。
【００８６】
本明細書において使用される、マラリアに関する用語「乾季」または「冬季」は、蚊の活動（摂食および繁殖を含む）がその年の他の時よりも著しく少ない、任意の地理的領域におけるシーズンを説明するものである。乾季前または冬季前のレプリキンサイクルのピークは、蚊の活動が最も盛んな次に続く雨季または夏季における、マラリアの毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測する。
【００８７】
本明細書において使用される、単数形または複数形の「マラリアを引き起こすトリパノソーマ」、「マラリア・トリパノソーマ」、または「トリパノソーマ」は、任意のマラリア原虫の種、または、マラリアを引き起こすと知られている、もしくは将来的に知られる他の種を意味する。マラリア・トリパノソーマは、熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、卵形マラリア原虫、および、四日熱マラリア原虫を含むが、これらに限定されない。
【００８８】
本明細書において使用される、「レプリキン・ピーク・ジーン（Replikin Peak Gene）（ＲＰＧ）」（または時にはレプリキン・ピーク・ジーン領域−ＲＰＧＡ）は、発現した遺伝子または遺伝子セグメントが、ゲノムの他のセグメントまたは命名された遺伝子と比較した場合、連続的で中断されておらず重複しているレプリキン配列（１００アミノ酸当たりのレプリキン配列の数）の最も高い濃度を有する、ゲノムのセグメント、タンパク質、タンパク質セグメント、または、タンパク質断片を意味する。一般的に、連続的レプリキン配列の最も高い濃度を有するアミノ酸部分を含む、タンパク質全体または遺伝子または遺伝子セグメントもまた、レプリキン・ピーク・ジーンと呼ばれる。１を超えるＲＰＧが、遺伝子、遺伝子セグメント、タンパク質、またはタンパク質断片内で特定されうる。ＲＰＧは、末端リシンもしくは末端ヒスチジン、２つの末端リシン、または、末端リシンおよび末端ヒスチジンを有することができる。診断目的、治療目的、または予防目的のために、ＲＰＧは、末端リシンもしくは末端ヒスチジン、２つの末端リシン、または、末端リシンおよび末端ヒスチジンを有することができ、あるいは同様に、ＲＰＧは、ＲＰＧの末端部分が、レプリキン配列の定義により定義された１または複数のレプリキン配列を、すなわち、
（１）第２リシン残基から６〜１０アミノ酸残基のところに位置する少なくとも１つのリシン残基、
（２）少なくとも１つのヒスチジン残基、および、
（３）少なくとも６％のリシン残基、
を含む約７〜約５０のアミノ酸を有するアミノ酸配列を、含有する限り、末端リシンも末端ヒスチジンも有しなくてもよい。さらに、診断目的、治療目的、予防目的、および予測目的のために、ＲＰＧは、特定されたＲＰＧを含有するタンパク質またはタンパク質断片を含むこともできる。予測目的のために、ＲＰＧのレプリキンカウントは、毒性および致死性の変化を追跡するために使用されうる。同様に、ＲＰＧは、免疫原性化合物またはワクチンとして使用されうる。ＲＰＧを含有するタンパク質全体またはタンパク質断片は同様に、例えば免疫原性化合物、ワクチン中に含まれるよう、ならびに、治療用抗体または診断用抗体の生産のためなど、診断目的、治療目的、および予防目的のために有用である。
【００８９】
本明細書において使用される、「レプリキン配列」は、レプリキンモチーフを含む、またはレプリキンモチーフからなる７〜約５０のアミノ酸のアミノ酸配列であり、ここでレプリキンモチーフは、
（１）前記分離されたペプチドの第１末端に位置する少なくとも１つのリシン残基、および前記分離されたペプチドの第２末端に位置する少なくとも１つのリシン残基または少なくとも１つのヒスチジン残基、
（２）第２リシン残基から６〜１０残基のところに位置する第１リシン残基、
（３）少なくとも１つのヒスチジン残基、ならびに、
（４）少なくとも６％のリシン残基、を含む。
レプリキン濃度を決定する目的のために、レプリキン配列は、一末端にリシン残基を、もう一方の末端にリシンまたはヒスチジン残基を有しなければならない。診断目的、治療目的、および予防目的のために、レプリキン配列は、定められた末端を有してもよいし、有しなくてもよい。
【００９０】
用語「レプリキン配列」は、
（１）第２リシン残基から６〜１０のアミノ酸残基のところに位置する少なくとも１つのリシン残基、
（２）少なくとも１つのヒスチジン残基、および、
（３）少なくとも６％のリシン残基、
を含む約７〜約５０のアミノ酸を有するアミノ酸配列をコード化する核酸配列に言及することもでき、ここでアミノ酸配列は末端リシンを含むこともでき、さらに、アミノ酸配列は末端リシンまたは末端ヒスチジンを含むこともできる。
【００９１】
本明細書において使用される、用語「ペプチド」または「タンパク質」は、一アミノ酸のカルボキシル基がペプチド結合により別のアミノ酸のアミノ基に結合している、２つ以上のアミノ酸の化合物に言及する。本明細書において使用される、「分離された」もしくは「合成された」ペプチド、またはその生物活性部分は、精製後、ペプチドが由来する細胞源もしくは組織源からの細胞物質または他の夾雑タンパク質もしくはペプチドを実質的に含まないペプチド、あるいは、任意の方法によって化学的に合成された場合に化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まないペプチド、あるいは、組換え遺伝子技術によって合成された場合に夾雑ペプチドを実質的に含まないペプチド、あるいは、公的または民間のデータベースまたは配列収集により入手可能な核酸またはアミノ酸配列からコンピューターシミュレーションにより分離されたタンパク質またはペプチドに言及する。「コード化された」もしくは「発現された」タンパク質、タンパク質配列、タンパク質断片配列、またはペプチド配列は、当業者に現在または将来的に知られる任意のコドンでタンパク質もしくはペプチド配列のアミノ酸をコード化する核酸配列によりコード化された配列である。遺伝暗号の冗長性に起因して、個々のヌクレオチドが容易にコドン内で交換されて、依然として同一のアミノ酸配列をもたらすことができるということは当業界において周知であることが注目されるべきである。当業者によって理解されるように、レプリキンアミノ酸配列を特定する方法はまた、レプリキンアミノ酸配列をコード化する核酸配列を特定する方法を含み、ここでレプリキンアミノ酸配列は、特定された核酸配列によってコード化される。
【００９２】
本明細書において使用される、「大発生」は、病原性疾患の感染のより初期に起きた疫学的パターンの基準と比較して、同じ疾患の毒性、罹患率および／または死亡率の増加、あるいは、病原体の集団の拡大のことである。当業者には、疫学的基準を決定するための方法が分かるであろう。
【００９３】
本明細書において使用される、「罹患率」は、過去のゼロのケースを超えて、または、過去の固有ケースの基準を超えて、ウイルスにより引き起こされた疾患のケース数である。したがって、固有ケースの基準は、疫学的用語では、例えば、いくつかのケースが、ごく最近のある地理的領域において存在したか、あるいはこのケースは全く存在しなかったかどうかに関連しうる。過去は、疫学的用語では、１年を超えることを意味してもよく、当業者によって理解されるように数年以上を意味することができる。過去はまた、当業者によって決定されるように１年未満を意味してもよい。例えば、毎年再発する一般的なインフルエンザ、ならびに季節性のマラリアおよび西ナイルウイルスのケースにおいて、この基準はしばしば、これらの疾患の年次再発、または拡大および縮小を反映する。
【００９４】
本発明において使用される、病原体または病原体の集団の「拡大」、および、病原体または病原体の集団を「拡大すること」は、病原体（例えば、熱帯熱マラリア原虫の株、インフルエンザウイルスの株など）の毒性、罹患率、および／または致死率の増加、ならびに／あるいは病原体（例えば、熱帯熱マラリア原虫の株、インフルエンザウイルスの株など）の集団の拡大を意味し、ここで前記拡大は、所与の地理的領域における、または、所与の期間における、または、その双方におけるこの病原体の発生の増加、あるいは、この病原体発生の別の地理的領域への蔓延を含む。
【００９５】
本明細書において使用される、「毒性」の増加または減少は、インフルエンザウイルスなどの病原体の毒性、罹患率、致死率、宿主の死亡率、および／または拡大の、増加または減少を含む。
【００９６】
本明細書において使用される、「地理的領域」または同様の用語は、別の地域から空間により差別化される地域である。例えば、中国は、インドの地理的領域から差別化されうる地理的領域である。同様に、地理的領域は、町、または市、または大陸、または別の地域から差別可能な任意の地域でありうる。地理的領域は、所与の期間からの１または複数の分離株が、地球全体のいたるところの別の期間からの分離株と比較され、地理的差別化が比較のために行われない場合、地球全体を含むことができる。
【００９７】
本明細書において使用される、「保存されている」または「保存」は、代替の欠乏に起因する、特定アミノ酸の保存に言及する。
【００９８】
本明細書において使用される、「レプリキンカウント」または「レプリキン濃度」は、タンパク質、タンパク質断片、ウイルス、または有機体中の、１００アミノ酸当たりのレプリキン配列数に言及する。ウイルスまたは有機体の第１株における、より高いレプリキン濃度は、より低いレプリキン濃度を有するウイルスまたは有機体のより初期に発生した、あるいは、より後期に発生した第２株と比較して、第１ウイルスまたは有機体のより急速な複製と相関すると見出された。レプリキン濃度は、所与の配列におけるレプリキン配列数を計数することによって決定され、ここでレプリキン配列は、一端にリシン残基および他端にリシン残基またはヒスチジン残基を有する７〜約５０のアミノ酸残基のペプチドであり、このペプチドは、（１）別のリシン残基から６〜１０残基のリシン残基、（２）ヒスチジン残基、および（３）６％以上のリシン残基を含む、あるいは、レプリキン配列は、レプリキンペプチド配列をコード化する核酸である。
【００９９】
本願明細書において使用される、用語「連続的レプリキン配列」は、重複された、および／または、直接共有結合された、一連の２つ以上のレプリキン配列を意味する。
【０１００】
〔病原体におけるレプリキンサイクル〕
本発明は、同じ病原体の別の株と比較して、病原体の株の拡大、あるいは病原体の株の毒性、罹患率および／または致死率の増加を予測すること、ならびに、予測された病原体の大発生を緩和するか、予防するか、または処理するために、病原体の構造またはゲノムの分離または合成された部分を含む化合物を、動物または患者に投与することによって、病原体の大発生を予防し、緩和して、処理する方法を提供する。本発明はさらに、病原体の拡大する集団、あるいは病原体の毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測する方法であって、病原体のタンパク質断片、タンパク質、ゲノム断片、またはゲノムにおけるレプリキンカウントのサイクルを特定することと、レプリキンカウントの特定されたサイクル内における、病原体の集団の拡大、ならびに病原体の毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測することと、を含む方法を提供する。
【０１０１】
同じ種の別の病原体の毒性、罹患率、および／または死亡率と比べて病原体の毒性、罹患率、および／または死亡率の増加は、病原体のレプリキン配列の濃度における１または複数のサイクルのピークを特定すること、ならびに、病原体の集団の拡大、あるいは、ピークの後に分離された同じ種または関連する種の病原体の毒素、罹患率、および／または死亡率の増加を予測することによって、予測されうる。レプリキンサイクルは、連続する時に分離されたウイルスまたは有機体のある種の少なくとも４つの分離株で特定されたレプリキン配列の濃度におけるサイクルであり、（１）第１適時分離株の濃度は、第２適時分離株の濃度よりも高く、第３適時分離株の濃度は、第２適時分離株の濃度よりも高く、かつ、第４適時分離株の濃度は、第３適時分離株の濃度よりも低い、または、（２）第１適時分離株の濃度は、第２適時分離株の濃度よりも低く、第３適時分離株の濃度は、第２適時分離株の濃度よりも低く、かつ、第４適時分離株の濃度は、第３適時分離株の濃度よりも高い。レプリキンサイクル内で、病原体の毒性、罹患率、および／または死亡率の増加は、サイクルの上昇部分の間、またはサイクルのピークの後に、生じる病原体に対して予測されうる。拡大する集団は、ある領域における集団の増加、または、ある領域から別の領域への拡大を表すことができる。レプリキンサイクルを決定することにおいて、レプリキンカウントは、個々の分離株、あるいは、所与の領域および／または所与の期間からの分離株の群の平均レプリキンカウントを表すことができる。
【０１０２】
さらなる非限定的実施形態において、段階的なサイクルは、連続する時点の間で特定されうる。さらなる実施形態において、特異的な保存されているレプリキン配列は、段階的なサイクル内で特定される。
【０１０３】
病原体の毒性、罹患率、または死亡率の増加は、任意の病原体または感染病原体において本発明の方法を使用して決定され得、レプリキンの濃度は、その病原体からのゲノム、ゲノム断片、別の核酸配列、タンパク質、タンパク質断片、または他のアミノ酸配列において決定され得る。病原体は、マラリア、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、ブタ・サーコウイルス、ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、ホワイトスポット症候群ウイルス、トマト縮葉病ウイルス、炭疽菌、天然痘ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、シンドビスウイルス、肝炎ウイルス、ブドウ球菌、レジオネラ属、ヒト乳頭腫ウイルス、ヘリコバクター、酢酸菌、アエロバクター、ブレビバクテリウム（Brivebacterium）、クロストリジウム、Ｅｒｉｎｉａ、Ｅｓｈｅｒｉａ、クレブシエラ（Klebsiealla）、Ｍａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、マイコプラズマ、シュードモナス（Psuedomonas）、サルモネラ、カンジダ、エントアメーバ、または、ウイルス、バクテリア、原生生物、真菌もしくは他の感染病原体を含む、任意の他の種類の感染病原体であってもよい。
【０１０４】
毒性、罹患率もしくは死亡率が増加すると予測された病原体の株において特定された、任意のレプリキン配列、レプリキン・ピーク・ジーン、またはレプリキン配列もしくはレプリキン・ピーク・ジーンを含有するタンパク質断片は、予測されたこの病原体の大発生を緩和するために診断用薬、治療薬もしくは予防薬として、分離および／または合成されうる。
【０１０５】
トリパノソーマのレプリキン濃度のサイクル、すなわち「レプリキンサイクル」を、図１に見ることができる。西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、およびインフルエンザウイルスにおけるレプリキン濃度のサイクルは、それぞれ図３〜図６に見ることができる。レプリキンサイクルは、最初に、少なくとも４つの時点または期間からの少なくとも４つの分離株または分離株の群を分離することによって特定され、例えば、一分離株または一群の分離株は、１９９９年、２００１年、２００２年および２００４年に取得されうるか、あるいは、所与の年の１月、５月、９月および１２月に取得されうる。分離株は、４つよりも多い時点または期間から取得され得、レプリキンサイクルの精度は概して、時点または期間ごとの分離株数の増加、および、時点または期間の数の増加によって改善されるであろう。各分離株のゲノムまたは発現されたタンパク質のレプリキンカウントが決定される。レプリキンカウントは、分離株の各々の、レプリキン・ピーク・ジーンにおいて、ゲノム全体において、特定遺伝子もしくは遺伝子セグメントにおいて、または特定のタンパク質もしくはタンパク質断片において、決定されうる。所与の時点または所与の期間についての平均レプリキンカウントは、複数の分離株がこの所与の時点または所与の期間の間に取得された場合に決定される。レプリキンカウントはその後、単位時間ごとに分析されうる。レプリキン濃度のサイクルは、４つの時点または期間により特定され、第２時点または第２期間でのレプリキンカウントは、第１時点または第１期間におけるよりも高く、第３時点または第３期間でのレプリキンカウントは、第２時点または第２期間におけるよりも低く、かつ、第４時点または第４期間でのレプリキンカウントは、第３時点または第３期間におけるよりも高い；あるいは、第２時点または第２期間でのレプリキンカウントは、第１時点または第１期間におけるよりも低く、第３時点または第３期間でのレプリキンカウントは、第２時点または第２期間におけるよりも高く、かつ、第４時点または第４期間でのレプリキンカウントは、第３時点または第３期間におけるよりも低い。
【０１０６】
レプリキンサイクルのピークは、レプリキンサイクル内の第２時点または第２期間でのサイクル内で特定され、ここで第２時点または第２期間に連続して先行する第１時点または第１期間でのレプリキン濃度は、第２時点または第２期間でのレプリキン濃度よりも低く、かつ、第２時点または第２期間の後に連続して続く第３時点または第３期間でのレプリキン濃度は、第２時点または第２期間でのレプリキン濃度よりも低い。当業者は、生物系の可変性のため、ピークは、厳密な時点または期間よりもむしろ、連続して先行する領域よりも概して高く、かつ、後に連続して続く領域よりも概して高い、サイクルの大体の領域を含むことができることを理解するであろう。
【０１０７】
レプリキンサイクルの谷は、レプリキンサイクル内の第２時点または第２期間でのサイクル内で特定され、ここで第２時点または第２期間に連続して先行する第１時点または第１期間でのレプリキン濃度は、第２時点または第２期間でのレプリキン濃度よりも高く、かつ、第２時点または第２期間の後に連続して続く第３時点または第３期間でのレプリキン濃度は、第２時点または第２期間でのレプリキン濃度よりも高い。ここでもまた、当業者は、谷が、厳密な時点または期間よりもむしろ、連続して先行する領域よりも概して低く、かつ、後に連続して続く領域よりも概して低い、サイクルの大体の領域として特定されうることを認識するであろう。
【０１０８】
レプリキンサイクルのピークで特定された本発明のレプリキンペプチドは、ピークの厳密な点の前および後を含むレプリキンサイクルのピークまたはその近傍で特定されたレプリキンペプチドを含む。レプリキンサイクルの上昇部分は、レプリキンサイクルのレプリキン濃度の傾きが、少なくとも第１時点または第１期間から少なくとも第２時点または第２期間まで増加している任意の点であり、ピークを含むことができる。図１〜図８に見られるように、毒性、罹患率、または死亡率の増加は、レプリキンサイクルの上昇部分またはピークに続いて予測されうる。
【０１０９】
過去において、病原体の大発生はレプリキンカウントの増加と相関し、病原体集団の収縮は、レプリキンカウントの減少と相関するということが理解されていた。しかしながら、罹患率、死亡率、毒性、または集団拡大のサイクルが、レプリキンカウントのサイクルと直接相関されうるこうことは理解されていなかった。本願に提示された新しいデータにより、ピーク〜谷〜ピーク〜谷、および／または、谷〜ピーク〜谷〜ピークの、レプリキンサイクル全体は、毒性、罹患率、死亡率、および、新しい領域もしくは宿主への拡大の、病原性サイクルと相関することを、当業者はここで理解するであろうし、このことは本発明により意図されている。したがって、本発明はここで、レプリキン濃度の変化を監視することによって、病原体の毒性が増加するか、病原体の集団がある領域内でまたはある領域内へ拡大するか、あるいは、病原体の罹患率もしくは死亡率が増加するような病原体の軌道を追跡し予測する方法を提供する。過去において、病原体の毒性が増加するか、病原体の集団が領域内でまたはある領域内へ拡大するか、あるいは、病原体の罹患率または死亡率が増加するような病原体の進路を予測するか、または追跡することは、ある事象の何ヶ月も後になるまで可能ではなく、疫学的データは、事後に収集され分析された。レプリキン分析は、大発生の何ヶ月か前または大発生のまさに始まりにおいて、集団の拡大、ならびに、毒性、罹患率、および死亡率の増加についての情報を当業者に提供する。この情報は、特異的ワクチンの試験および投与を含む公衆衛生反応を組織化するために必要とされるときに明らかに重要である。病原体大発生に関する事前情報の重要性は、気象衛星からの情報が入手可能となったことによるハリケーンの事前警告の結果もたらされた人命および財産の救済との類比で説明されうる。
【０１１０】
例えば、図３において、本願は、相関することが観察されるレプリキン濃度のサイクル、および、西ナイルウイルス・ヒト罹患率のサイクルを証明するデータを提供する。過去において、レプリキンカウントデータが時間とともに低から高に変動することが理解されていた。このことは、Ｈ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２インフルエンザ株についての２０世紀のデータに見ることができる。図７および図８を参照されたい。しかしピークから谷への、および／または、谷からピークへのサイクルの相関は、より初期のデータでは部分的に可能ではなかった。これは、特定のＨ１Ｎ１株またはＨ３Ｎ２株に起因して実際のケース数の疫学的データの全て、およびゲノム配列データの全てが、入手可能でなく、あるいは記録されなかったからである。その代わりに、図７および図８に見ることができるように、レプリキンカウントに関連している２０世紀初頭および２０世紀半ばにおけるＨ１Ｎ１またはＨ３Ｎ２の罹患率についてのデータのみが、流行またはパンデミックの記録であった。ここで図３に（図１、図４、図５、および図６にも）示されているように、レプリキンカウントのサイクルは、時間にともなう罹患率のサイクルと相関し、時には１を超えるサイクルにわたって相関する。
【０１１１】
〔病原体の集団についての拡大指標〕
本発明はまた、（１）第１期間の間、第１地理的領域において病原体の株の複数の分離株について、平均レプリキンカウントおよびその平均レプリキンカウントの標準偏差を決定すること、（２）第２期間および／または第２地理的領域からの病原体の同じ株または関連する株の少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントを決定することであって、ここで第２期間は第１期間とは異なり、および／または、第２地理的領域は第１地理的領域とは異なる、決定すること、ならびに（３）その少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントが、第１期間に第１地理的領域で分離された複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも大きい場合に、第２期間および／または第２地理的領域において分離された病原体の株の拡大を予測すること、によって病原体の株の拡大を予測する方法を提供する。
【０１１２】
前述された方法において、第２期間および／または第２地理的領域からの病原体の同じ株または関連する株の少なくとも１つの分離株は、第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株であってもよい。この場合において、第２期間および／または第２地理的領域からのこの複数の分離株の各分離株のレプリキンカウントは、平均値の１標準偏差と別個に比較される。第２期間および／または第２地理的領域において分離された病原体の拡大はまた、平均値の１標準偏差よりも大きい、第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株のレプリキンカウント数が、平均値の１標準偏差よりも小さい、第２期間および／または第２地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数よりも大きい場合に、予測されうる。
【０１１３】
この方法はまた、平均値の１標準偏差よりも大きいレプリキンカウント数を、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウント数で割った比を利用することもできる。この比は、レプリキンカウント拡大指標（ＲＣＥ指標）と呼ばれる。ＲＣＥ指標を決定する別の方法は、平均値の１標準偏差よりも高い、時間および／または領域により分類されたインフルエンザウイルスの複数の分離株におけるレプリキンカウント割合を、平均値の１標準偏差よりも低いレプリキンカウント割合で割ることである。ＲＣＥ指標は、長い時間にわたって病原体の株のレプリキンカウントを追跡することによって病原体大発生の将来の危険性を定量化するため使用されうる。
【０１１４】
ＲＣＥ指標を決定することにおいて、第１期間および第１地理的領域からの複数の分離株の平均レプリキンカウントは、対照としてみなされうる。対照集団は好ましくは、分離株のレプリキンカウントにおいて比較的小さい変動性を有する、比較的多数の分離株を有するが、対照と関連する１または複数の分離株との間の比較が望ましい場合に、任意の集団が、対照と判断されうる。対照は、研究されている集団と関連していてよい。例えば、ハクチョウなどの鳥類における感染が研究されている場合、対照は、ニワトリなどの近縁関係にあるものであってよく、ニワトリからの分離株は（入手可能な場合に）比較的多く、（可能な場合に）比較的安定であり得、集団にわたるレプリキンカウントの安定性は、ニワトリにおけるインフルエンザウイルスの株または関連する株の拡大と収縮との間の、あるレベルの平衡を証明する。対照は、ある地理的領域で１年間または数年間に報告された最高分離株数を反映することができる。
【０１１５】
病原体の株の拡大は、任意の病原体または感染病原体において本発明の方法を使用して決定され得、レプリキンの濃度は、この病原体からのゲノム、ゲノム断片、別の核酸配列、タンパク質、タンパク質断片、または他のアミノ酸配列において決定されうる。病原体は、マラリア、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、インフルエンザウイルス、ブタ・サーコウイルス、ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、ホワイトスポット症候群ウイルス、トマト縮葉病ウイルス、炭疽菌、天然痘ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、シンドビスウイルス、肝炎ウイルス、ブドウ球菌、レジオネラ属、または、ウイルス、バクテリア、原生生物、真菌もしくは他の感染病原体を含む、任意の他の種類の感染病原体であってもよい。
【０１１６】
任意のレプリキン配列、レプリキン・ピーク・ジーン、あるいは、毒性、罹患率または死亡率が増加すると予測される病原体の株において特定されたレプリキン配列またはレプリキン・ピーク・ジーンを含有するタンパク質断片は、病原体の予測された大発生を緩和するために、診断用薬、治療薬、または予防薬として分離および／または合成されうる。
【０１１７】
〔レプリキンサイクルで特定されたレプリキンペプチドを使用する診断および治療〕
本発明はさらに、診断目的、治療目的、または予防目的のために（ワクチンおよび他の医薬品の合成など）、レプリキン配列（核酸配列およびペプチド配列を含む）を特定する機会を提供する。本発明は、例えば、病原体内で特定されるレプリキンペプチドを企図し、この病原体は、本発明の予測方法に基づいて、拡大する集団、あるいは、同じ種または関連する種の別の病原体よりも高い毒性、罹患率および／または死亡率を有すると予測される。病原体の分離株において特定されたレプリキンペプチドであって、前記分離株は、レプリキン濃度のサイクルの上昇部分の間に病原体の複数の分離株の中から分離されるか、あるいはレプリキン濃度のサイクル内のピークで病原体の複数の分離株の中から分離される、レプリキンペプチドは、診断目的、治療目的、および予防目的のために有用である。例えば、レプリキン濃度のサイクルの上昇部分で特定されるか、またはレプリキン濃度のサイクル内のピークで特定された、分離株のゲノムで特定されたレプリキンペプチドは、病原体による感染に対する免疫応答を引き起こすため、あるいはより高い毒性、罹患率、および／または死亡率を有すると予測される病原体に対する抗体を生成するために、ヒトまたは動物の免疫系を刺激するためのペプチドとして有用である。当業者は、これらの病原体に対する抗体は、対象においてさらに高い毒性または死亡率の疾患を診断するのに有用であるか、あるいは、予防薬として、または、感染の開始後の、いずれかで、感染に対する治療薬として有用であることを認識するであろう。
【０１１８】
追加的に、レプリキンサイクルでのレプリキン濃度の上昇部分の間に特定されたか、あるいは、レプリキンサイクルでのレプリキン濃度のピークで、またはピーク近傍で特定された、レプリキンペプチドであって、レプリキンサイクルの上昇部分の間に保存される、レプリキンペプチドは、診断目的、治療目的、および予防目的のための化合物として有用である。毒性、罹患率、および／または死亡率の上昇の間でのレプリキンペプチドの保存は、より一定な標的であって、毒性、罹患率および／または死亡率の増加の予測を与える急速な複製のメカニズムにさらに関わると思われる標的を提供する。したがって、これらの保存されているレプリキンペプチドは、対象において免疫応答、抗体応答、および／または保護効果を生ずるようにその対象の免疫系を刺激するため、化合物として、または組成物中に、使用される。
【０１１９】
本発明の方法を用いて特定および分離されたレプリキンペプチドは、ＨＡＱＤＩＬＥＫＥＨＮＧＫＬＣＳＬＫＧＶＲＰＬＩＬＫ（配列ＩＤ番号：１）、ＫＥＨＮＧＫＬＣＳＬＫＧＶＲＰＬＩＬＫ（配列ＩＤ番号：２）、ＫＫＮＮＡＹＰＴＩＫＲＴＹＮＮＴＮＶＥＤＬＬＩＩＷＧＩＨＨ（配列ＩＤ番号：３）、ＨＨＳＮＥＱＧＳＧＹＡＡＤＫＥＳＴＱＫＡＩＤＧＩＴＮＫ（配列ＩＤ番号：４）、ＨＤＳＮＶＫＮＬＹＤＫＶＲＬＱＬＲＤＮＡＫ（配列ＩＤ番号：５）、ＫＶＲＬＱＬＲＤＮＡＫＥＬＧＮＧＣＦＥＦＹＨ（配列ＩＤ番号：６）、ＫＤＶＭＥＳＭＤＫＥＥＭＥＩＴＴＨ（配列ＩＤ番号：７）、ＨＦＱＲＫＲＲＶＲＤＮＭＴＫＫ（配列ＩＤ番号：８）、ＫＫＷＳＨＫＲＴＩＧＫＫＫＱＲＬＮＫ（配列ＩＤ番号：９）、ＨＫＲＴＩＧＫＫＫＱＲＬＮＫ（配列ＩＤ番号：１０）、ＨＥＧＩＱＡＧＶＤＲＦＹＲＴＣＫＬＶＧＩＮＭＳＫＫＫ（配列ＩＤ番号：１１）、またはＨＳＷＩＰＫＲＮＲＳＩＬＮＴＳＱＲＧＩＬＥＤＥＱＭＹＱＫＣＣＮＬＦＥＫ（配列ＩＤ番号：１２）などのインフルエンザペプチド、ＫＩＩＱＫＡＨＫ（配列ＩＤ番号：１３）、ＨＬＫＣＲＶＫＭＥＫ（配列ＩＤ番号：１４）、ＫＬＴＳＧＨＬＫ（配列ＩＤ番号：１５）、またはＨＮＤＫＲＡＤＰＡＦＶＣＫ（配列ＩＤ番号：１６）などの西ナイルウイルスペプチド、ならびに、ＨＫＱＫＩＩＡＰＡＫ（配列ＩＤ番号：１７）およびＨＫＱＫＩＶＡＰＶＫ（配列ＩＤ番号：１８）などの口蹄疫ペプチドを含む。
【０１２０】
集団が拡大すると予測された病原体の部分（レプリキン・ピーク・ジーンまたはレプリキンペプチドなど）の特定は、拡大する病原体の診断および処理のための独特の化合物を提供し、この独特の化合物は、本発明の方法および本明細書に開示される化合物以外の他の方法では特定可能ではないだろう。
【０１２１】
本発明はさらに、免疫原性組成物としてのレプリキンペプチドの使用を意図し、その免疫原性組成物を、免疫応答を生ずるワクチン、体液性免疫応答を生ずるワクチン、抗原免疫応答を生じるワクチン、および保護効果を生ずるワクチンを含む、ワクチンとして意図する。本発明は追加的に、本発明のレプリキンペプチドに対する抗体を意図する。
【０１２２】
高いレプリキンカウントおよびＲＰＧは、例えば、Ｈ５Ｎ１を含むインフルエンザウイルス株、ＳＡＲＳコロナウイルス、エビ・タウラ症候群ウイルス、および口蹄疫ウイルスにおける、急速な複製、ウイルス大発生、流行、罹患率、および宿主死亡率に関連すると示された。病原体における、レプリキンサイクルのピークで、またはそのピークの近傍で、あるいはレプリキンサイクルの上昇部分の間に、特定されたレプリキン配列は、診断、ワクチン、および他の処理のために適切なペプチドである。
【０１２３】
レプリキン配列は、化学的に定められるので、この配列は、生物学的技法よりむしろ有機化学によって合成されてよく、ゆえに潜在的に、より特異的で、より再現性があり、かつ、より信頼性がある。出願人によって特定された、化学的に定められたレプリキン配列は同様に、生物学的に誘導されたワクチンおよび抗体に特有な有害反応から潜在的により自由である。
【０１２４】
〔周期的レプリキンカウントによる病原体の大発生の緩和および処理〕
本発明の一態様は、レプリキンカウントのサイクルの分析を通して、または平均レプリキンカウントおよび標準偏差を用いる制御の分析を通して（例えば、レプリキンカウント拡大指標）予想された病原体大発生を予防するか、緩和するか、または処理する方法を提供する。例えば、病原体の拡大する株のレプリキンペプチドおよびレプリキン・ピーク・ジーンに関する事前情報は、レプリキンペプチドのうちの１つまたは組み合わせを使用した、あるいはレプリキン・ピーク・ジーンを使用した、特異的で有効な合成ワクチンの迅速生産を可能にさせる。そのような合成ワクチンは、ウサギ、ニワトリ、およびエビで証明された。例えば、２００６年２月１６日に出願された米国特許出願第１１／３５５，１２０号の実施例６および実施例７、ならびに、２００８年４月２３日に出願された米国特許出願第１２／１０８，４５８号の実施例２を参照されたい。例えば、エビに経口的に投与されたレプリキンペプチドの混合物は、タウラ症候群ウイルスで攻撃されたエビに対して、９１％までの保護効果を与えた。タウラ症候群ウイルスは、エビ産業に重大な悪影響を及ぼす、しばしば致死性の急速複製する病原体である。
【０１２５】
合成レプリキンワクチンはまた、ニワトリでのインフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株において証明された。例えば、赤血球凝集素およびｐＢ１遺伝子領域からの１２個のＨ５Ｎ１レプリキンペプチドの混合物を、鼻腔内に、眼球内に、および噴霧吸入により、投与され、かつ、米国のノースカロライナ州内のガンカモ科の黒い鳥から分離された低病原性Ｈ５Ｎ１インフルエンザで攻撃された、ニワトリの試験において、保護効果が、インフルエンザの侵入部位（対照と比較すると、粘液内で減少した抗体生産が観察された）と、インフルエンザの排出部位（対照と比較すると、処理したニワトリからの糞便または唾液に排出されたインフルエンザウイルスは観察されなかった）との双方において観察された。以下の実施例１０を参照されたい。
【０１２６】
エビとニワトリとの双方におけるレプリキンペプチドの投与は、注目すべき程度の粘膜免疫を提供したと思われる。例えば、米国特許出願第１２／１０８，４５８号の実施例２において、レプリキンペプチドの混合物を、後にタウラ症候群ウイルスで攻撃されるエビに経口投与した。そのワクチンの９１％の保護効果は、少なくとも部分的に、エビの腸における粘膜免疫様応答の結果であったと予想される。
【０１２７】
同様に、ニワトリにおいて、レプリキンペプチドの混合物の投与は、Ｈ５Ｎ１ウイルスの侵入に対する保護効果を提供した。例えば、以下の実施例１０に見られるように、ワクチン接種したニワトリ６羽中３羽が、Ｈ５Ｎ１ウイルスを接種されると、血清中に、Ｈ５Ｎ１に対する測定可能な量の抗体を生じなかった。その代わりに、このウイルスは、粘膜免疫によって、ニワトリの血流に侵入することすら明らかに阻止された。血清免疫応答が測定された（すなわち、ウイルスが宿主に侵入して抗体産生細胞に提示された）これら３羽のニワトリについて、ワクチンは追加的に、ニワトリのシステムおけるウイルスの複製に対する保護効果を与えた（ニワトリの糞便または唾液内にウイルスは排出されなかった）。したがって、他の免疫に加えて粘膜免疫は、レプリキンを基にしたワクチンにより与えられた免疫の重要な側面である。
【０１２８】
ゲノム中のレプリキン濃度の周期的増加は、病原体のある領土への拡大のメカニズムでありうる。拡大する集団における各レプリキンサイクルの各レプリキン・ピーク・ジーンのレプリキン濃度は明らかに、先のレプリキン濃度上に確立することができる。折よく、ウイルスのレプリキン構造における周期的変化の度重なる分析は、毒性、罹患率および／または致死率が増加した新生病原体に対して最良に適合するレプリキンワクチンの化学合成のための標的を傾向にもたらすのに有用である。これらの株特異的ワクチンは、致死性タウラ症候群ウイルスに対するエビの９１％保護によって証明されたように７日間で製造されうる。例えば、２００８年４月２３日に出願された米国特許出願第１２／１０８，４５８号を参照されたい（参照によりこの内容全体を本明細書に組み込む）。
【０１２９】
〔マラリアのレプリキンサイクル〕
本発明は、マラリアを引き起こすトリパノソーマの集団の拡大、あるいは、マラリアを引き起こすトリパノソーマの毒性、罹患率および／または死亡率の増加を、同じ種または関連する種の別のトリパノソーマと比較して、予測する方法を提供する。マラリアを引き起こすトリパノソーマの拡大する集団、あるいはそのトリパノソーマの毒性、罹患率、および／または死亡率の増加は、その種のトリパノソーマの複数の分離株の中からレプリキン濃度のサイクルを特定すること、および、そのサイクルにおける上昇部分またはピークを特定すること、によって予測されうる。毒性、罹患率、および／または死亡率の増加は、上昇部分またはピークが特定される時点または期間に続いて予想される。拡大する集団は、ある領域内での集団の増加、または、ある領域から別の領域内への拡大を表すことができる。
【０１３０】
本発明の一態様のさらなる非限定的実施形態は、マラリアの罹患率および死亡率の増加を予測する方法であって、（１）複数の連続する時点において、マラリア・トリパノソーマの複数の分離株の平均レプリキンカウントを決定することと、（２）少なくとも４つの連続する時点における平均レプリキンカウントを比較して、その少なくとも４つの時点にわたって増加している平均レプリキンカウントの少なくとも１つのサイクルを特定することと、（３）前記サイクルのうちの少なくとも１つにおける平均レプリキンカウントの増加に続く適時に罹患率および／または死亡率の増加を予測することと、を含む方法を提供する。さらなる非限定的実施形態において、段階的なサイクルは、連続する時点の間で特定される。さらなる非限定的実施形態において、特異的な保存されているレプリキン配列は、段階的なサイクル内で特定される。さらなる非限定的実施形態において、レプリキン配列は、段階的なサイクルのピークにおいて特定される。段階的なサイクルのピークにおいて特定されたレプリキン配列は、比較的高い死亡率を有するマラリアの大発生を防ぐか、または、処理するのに使用するための、分離または合成されたレプリキンペプチドのワクチンまたは治療用組成物を開発するために有用である。
【０１３１】
図１は、熱帯熱マラリア原虫のヒスチジンに富むタンパク質における年次平均レプリキン濃度の１９８６年から２００７年の間のサイクルを図示している。熱帯熱マラリア原虫は、マラリアと最も一般的に関連するトリパノソーマである。サイクルは、１９８７年および１９９９年におけるピークを伴って観察可能である。新しいサイクルが、２００５年から２００７年の間で始まったように見える。熱帯熱マラリア原虫についてのアミノ酸配列の一覧表を含むwww.pubmed.comで公的に入手可能な受入番号を、自動ＦｌｕＦｏｒｅｃａｓｔ（登録商標）ソフトウェア（マサチューセッツ州ボストン、Ｒｅｐｌｉｋｉｎｓ, Ｌｔｄ．）を使用して問合わせた。このソフトウェアは、１９８６年から２００７年の間の入手可能な各配列のレプリキンカウントを分析した。１００アミノ酸当たり最も高い濃度の連続的レプリキン配列を有すると観察された、熱帯熱マラリア原虫ゲノムの領域は、ヒスチジンに富むタンパク質であると見出された。ヒスチジンに富むタンパク質は、節結合のヒスチジンに富むタンパク質（the knob-associated histidine rich protein）を含む。
【０１３２】
１９８６年から２００７年の間のヒスチジンに富むタンパク質の平均年次レプリキンカウントの分析は、レプリキンカウントのサイクルを明らかにした。サイクルの低下部分が後に続く第１上昇部分は、１９８６年から１９９５年まで観察された。低下部分が後に続く第２上昇部分は、１９９６年から２００５年まで観察された。第１ピークは、平均年次レプリキンカウントが３８．２、および標準偏差が±２３．５で、１９８７年に特定された。第２ピークは、平均年次レプリキンカウントがさらに高い６２．９、および標準偏差が±６２．９で、１９９９年に特定された（アミノ酸配列内のレプリキン配列の重複が、いくつかの配列において１００アミノ酸当たり１００レプリキン配列を超えるレプリキンカウントを生み出す）。１９８７年のピークと１９９９年のピークとの双方が、より高いヒト死亡率と関連があると観察された。１９９９年のピークに続いて、平均年次レプリキンカウントは、２００５年に７．４の低さまで落ち、標準偏差は±６．５であると観察された。同様に死亡率は、２０００年から２００５年の間に落ちた。第３のマラリアレプリキンサイクルが、観察された平均年次レプリキンカウントが、２００５年の７．４±６．５から２００７年の１７．２±１９まで増加しているので、２００５年に始まったように見える。新しいサイクルの始まりは、レプリキンカウントが、マラリア死亡率の増加と共に増加し続けるかもしれないという予測を提供する。
【０１３３】
図１において観察可能なサイクルはまた、ウイルス、すなわちインフルエンザウイルスのＨ１Ｎ１株、Ｈ２Ｎ２株、Ｈ３Ｎ３株、Ｈ５Ｎ１株、Ｈ３Ｎ８株、およびＨ９Ｎ２株において、西ナイルウイルスにおいて、ならびに、口蹄疫ウイルスにおいて観察された。図１〜図８を参照されたい。ゆえに、レプリキンサイクルは、ウイルスと有機体との双方において観察可能である。レプリキンカウントと死亡率との間の同様の相関関係もまた、１９９７年から２００７年の間のインフルエンザＨ５Ｎ１のサイクルにおいて示された。例えば、２００８年１月１８日に出願された米国特許出願第１２／０１０，０２７号を参照されたい（図８）。
【０１３４】
図１についてのデータは、以下の表１に見られる。平均年次レプリキンカウント、標準偏差、年次平均レプリキンカウントの最低年次平均レプリキンカウントに対する、および先の年次平均レプリキンカウントに対する有意性、ならびに１年ごとに分析された受入番号の数が、提供されている。

熱帯熱マラリア原虫のレプリキンカウント
【表１】

【０１３５】
図１および上記の表１に見られるように、また、図２および以下の表６にも見られるように、マラリアの毒性および死亡率における変化は、複数のトリパノソーマの分離株のレプリキン濃度における特定されたサイクル内のピークを特定すること、ならびに、レプリキン濃度のサイクルにおける特定されたピークの時点または期間の後の、時点または期間に分離された同じ種のトリパノソーマの毒性、罹患率および／または死亡率の増加を予測することによって、予測されうる。西ナイルウイルスおよびインフルエンザについての図３、図７、および図８と対照的に、罹患率データは、図１におけるマラリアの分析に反映されておらず、また、熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼタンパク質におけるレプリキンカウントを死亡率と比較する図２にも含まれていない。図１および図２、ならびにそれらの関連する分析および表において、罹患率データでなく死亡率データを使用しているのは、マラリアについての罹患率データは一般に信頼できない一方で死亡率データはより信頼性があるとみなされるという当業者の理解に基づく。図１の分析および図２のデータは、熱帯熱マラリア原虫のレプリキンカウントと死亡率との間の関係を証明するが、当業者は、この関係はまた、マラリアの罹患率および一般的な毒性まで及ぶことが、まさに西ナイルウイルス（図３を参照のこと）、口蹄疫（図４を参照のこと）、およびインフルエンザ（図５〜図８を参照のこと）における場合と同様に予想されるであろうことを理解するであろう。
【０１３６】
ゲノム中のレプリキン濃度の周期的増加は、感染性有機体のある領土内への拡大のメカニズムでありうる。各レプリキンサイクルの各レプリキン・ピーク・ジーンにおけるレプリキン濃度は明らかに先のレプリキン濃度上に確立する。蚊媒介性西ナイルウイルスと蚊媒介性マラリア・トリパノソーマとの双方において、この積み重ねは恐らく、冬季、乾季、または他の休眠期間の間に起こる。折よく、有機体のレプリキン構造における周期変化の度重なる分析は、毒性、罹患率および／または死亡率が増加した新生病原体に対して最良に適合するレプリキンワクチンの化学合成のための標的を傾向にもたらすのに有用である。これらの株特異的ワクチンは、致死性タウラ症候群ウイルスに対するエビの９１％保護によって証明されたように７日間で製造されうる。例えば、２００８年４月２３日に出願された米国特許出願第１２／１０８，４５８号を参照されたい（参照によりこの内容全体を本明細書に組み込む）。
【０１３７】
レプリキンサイクルは、マラリアを引き起こす任意のトリパノソーマにおいて特定されうる。例えば、レプリキンサイクルは、熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、卵形マラリア原虫、または四日熱マラリア原虫を含む、トリパノソーマのゲノムにおいて特定されうる。レプリキンサイクルは同様に、熱帯熱マラリア原虫中のヒスチジンに富むタンパク質およびＡＴＰアーゼタンパク質を含む、ヒスチジンに富むタンパク質またはＡＴＰアーゼタンパク質において特定されうる。レプリキンサイクルは同様に、マラリアを引き起こすトリパノソーマのレプリキン・ピーク・ジーンにおいて特定されうる。
【０１３８】
マラリア・トリパノソーマは、現在のところ任意の感染性有機体において見られる最も高いレプリキンカウントを有し、それはインフルエンザおよび西ナイルウイルスにおけるレプリキンカウントの２０倍までであると見出された。これらの高いカウントと一致して、トリパノソーマは、事実上最も高い複製率のうちの１つを有する。この特性は、先のワクチン接種の試みに対するマラリアの抵抗性の部分的な原因となりうる。急速複製に対するレプリキン配列の関係の発見は、マラリアにおける急速複製を抑制するための、新しいアプローチおよび手段を提示する。
【０１３９】
表１および表５、ならびに図１で報告されたデータ分析において、レプリキン配列は、図示されたレプリキンサイクルの上昇部分およびピークにおけるマラリアのヒスチジンに富むタンパク質内の保存された配列として特定された。そのような配列は、毒性マラリア感染に対する診断用化合物および治療用化合物として有用である。この配列は、ワクチンを含む免疫原性化合物の生産において有用であり、かつ、ワクチンを含む免疫原性治療に含まれうる。
【０１４０】
例えば、２００７年のＡＢＵ４３１５７分離株において特定されたレプリキンペプチドは、レプリキンサイクルの上昇部分において特定されたので、このレプリキンペプチドは、本発明の診断用、治療用、もしくは予防用の化合物または組成物とし利用可能である。図１および表５を参照されたい。受入番号ＣＡＤ４９２８１の１９９９年の分離株において特定されたレプリキンペプチドは同様に、本発明のレプリキンペプチドである。１９９９年の分離株は、レプリキンサイクルのピークに存在し、したがって、ＣＡＤ４９２８１で報告された分離株で特定されたレプリキンペプチドは、免疫原性化合物として使用されうる。追加的に、１９９８年の受入番号ＸＰ００１３４９５３４は、レプリキンサイクルの上昇部分からの分離株由来として特定される。ＸＰ００１３４９５３４で特定されたレプリキンペプチドは同様に、免疫原性化合物またはワクチンとして、あるいはマラリアの診断または処理のために、有用である。この段落で議論された全ての受入番号については図１および表５を参照されたい。
【０１４１】
〔西ナイルウイルスにおけるレプリキンカウントサイクル〕
本発明のさらなる態様において、西ナイルウイルスの拡大する集団、または西ナイルウイルスの毒性、罹患率もしくは死亡率の増加は、西ナイルウイルスの分離株におけるレプリキン濃度のサイクルを特定すること、ならびに、レプリキン濃度のサイクルにおける上昇部分またはピークに続く、ウイルスの拡大する集団、あるいは西ナイルウイルスの毒性、罹患率および／または死亡率の増加を予測することによって、予測されうる。拡大する集団は、ある領域内の集団の増加、または、ある領域から別の領域内への拡大を表すことができる。
【０１４２】
例えば西ナイルウイルスのエンベロープタンパク質におけるレプリキン配列の分析を含む、例えば西ナイルウイルスにおけるレプリキン配列の分析を使用して、ウイルス生化学的サイクルとウイルスの毒性、罹患率および／または死亡率サイクルとの間の相関関係は、ウイルス集団の拡大、あるいは、宿主集団におけるウイルスの毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測するために特定されて使用されうる。本発明の態様の非限定的実施形態は、西ナイルウイルスなどのウイルス性疾患における罹患率の増加を予測する方法であって、（１）複数の連続する時点においてウイルスの複数の分離株のゲノムにおける平均レプリキンカウントを決定することと、（２）少なくとも４つの連続する時点における平均レプリキンカウントを比較して、その少なくとも４つの時点にわたるレプリキンカウントの傾きにおいて少なくとも２つのピークまたは２つの谷を特定することと、（３）前記サイクル内において平均レプリキンカウントの増加に続く適時に、罹患率の増加を予測することと、を含む方法を提供する。さらなる非限定的実施形態において、段階的サイクルが、連続する時点の間において特定される。さらなる実施形態において、特異的な保存されているレプリキン配列は、段階的サイクル内において特定される。
【０１４３】
以下の表２は、２０００年から２００７年までの分離株に対するwww.pubmed.comで入手可能な西ナイルウイルスのエンベロープタンパク質配列の分析によるデータを提供する。図３に図示されているデータは、ウイルスにおける平均年次レプリキンカウントのサイクルの例を提供し、ここでこのサイクルは、罹患率を予測する。このデータは追加的に、免疫原性化合物、診断用化合物、および、とりわけワクチンをさらに支持する。これは、このデータが、そのようなレプリキンワクチンおよび他の治療が基にしている原理、特に、レプリキン配列が病原性疾患の毒性および罹患率において果たす役割、レプリキンカウントの病原性との相関関係全般、ならびに、急速な複製および疾患の制御のためのレプリキン構造のターゲッティング全般を含む、原理を支持するからである。例えば、２００６年２月１６日に出願された米国特許出願第１１／３５５，１２０号、および２００８年１月１８日に出願された米国特許出願第１２／０１０，０２７号を参照されたい（これら各々の内容全体を参照により本明細書に組み込む）。

西ナイルウイルスのエンベロープタンパク質における平均年次レプリキンカウント
【表２】

【０１４４】
図３および表２において、西ナイルウイルスの分離株における平均レプリキンカウントのサイクルは、繰り返しの保存されているウイルス構造および時間経過に伴うレプリキン現象の連続性のために、検出可能である。特定されたサイクルは、（１）新生疾患の成長、蔓延および進路を決定し、（２）レプリキンカウントの変化を、手動またはＲｅｐｌｉｋｉｎｓＦｏｒｅｃａｓｔ（商標）（マサチューセッツ州ボストンのＲｅｐｌｉｋｉｎｓ ＬＬＣを通して入手可能）などのコンピュータプログラムを使用して追跡することによって、ウイルスおよび他の有機体の大発生の出現および強度を予測して追跡し（例えば２００５年４月２８日に出願された米国特許出願第１１／１１６，２０３号を参照のこと。この内容全体を参照によって本明細書に組み込む)、（３）最も正確で最大限の抗有機体免疫刺激特性を提供するために、より古い保存レプリキンとより新しい保存レプリキンの双方を含有するワクチンを設計し化学的に合成し、（４）最も正確で最大限の抗有機体免疫保護特性を提供するために、より古い保存レプリキンとより新しい保存レプリキンの双方に対する反応部位を含有する抗体を設計し化学的に合成し、かつ、（５）最も正確で最大限の抗有機体保護特性を提供するために、より古い保存レプリキンとより新しい保存レプリキンの双方に対する反応部位を含有する化合物を設計し化学的に合成する、新規の方法を提供する。
【０１４５】
西ナイルウイルスに対する治療用ワクチンのための免疫原性化合物は、例えば、ＫＩＩＱＫＡＨＫ（配列ＩＤ番号：１３）、ＨＬＫＣＲＶＫＭＥＫ（配列ＩＤ番号：１４）、ＫＬＴＳＧＨＬＫ（配列ＩＤ番号：１５）、および、ＨＮＤＫＲＡＤＰＡＦＶＣＫ（配列ＩＤ番号：１６）を含む。これらのレプリキンペプチド配列は、図３における西ナイルウイルスの段階的サイクル内で保存され、図３で特定されたサイクルのピークに続いて拡大する西ナイルウイルス集団に対する治療のために、これらのレプリキンペプチド配列を特定使用する。この配列は、ワクチンとして動物またはヒトに投与されうる。ワクチンは、医薬的に許容可能な担体および／またはアジュバントを含むことができる。ワクチンは、西ナイルウイルスなどの病原体のレプリキンカウントにおいて特定された段階的サイクルで保存された配列などの配列の特定から７日間以内に製造されうる。この配列は同様に、西ナイルウイルスの拡大する集団の分離株を特定するための診断目的のために使用されうる。
【０１４６】
〔口蹄疫ウイルスにおけるレプリキンカウントサイクル〕
本発明のさらなる態様において、口蹄疫ウイルスの拡大する集団、または、西ナイルウイルスの毒性、罹患率、もしくは死亡率の増加は、口蹄疫ウイルスの分離株におけるレプリキン濃度のサイクルを特定すること、ならびに、レプリキン濃度のサイクルにおける上昇部分またはピークに続く、ウイルスの拡大する集団、あるいはウイルスの毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測することによって、予測されうる。拡大する集団は、ある領域内における集団の増加、またはある領域から別の領域内への拡大を表すことができる。
【０１４７】
例えば口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質におけるレプリキン配列の分析を含む、例えば口蹄疫ウイルスにおけるレプリキン配列の分析を使用して、ウイルス生化学的サイクルとウイルスの毒性、罹患率および／または死亡率サイクルとの間の相関関係は、ウイルス集団の拡大、あるいは、宿主集団におけるウイルスの毒性、罹患率、および／または死亡率の増加を予測するために特定されて使用されうる。本発明の態様の非限定的実施形態は、口蹄疫ウイルスなどのウイルス性疾患における罹患率の増加を予測する方法であって、（１）複数の連続する時点においてウイルスの複数の分離株のゲノムにおける平均レプリキンカウントを決定することと、（２）少なくとも４つの連続する時点における平均レプリキンカウントを比較して、その少なくとも４つの時点にわたる平均レプリキンカウントの傾きにおいて少なくとも２つのピークまたは２つの谷を特定することと、（４）サイクル内において平均レプリキンカウントの増加に続く適時に、毒性および／または罹患率の増加を予測することと、を含む方法を提供する。さらなる非限定的実施形態において、段階的サイクルが、連続する時点の間において特定される。さらなる実施形態において、特異的な保存されているレプリキン配列は、段階的サイクル内において特定される。
【０１４８】
増加したレプリキンカウントは、口蹄疫大発生の事前警告、および、保存された合成ＦＭＤＶワクチンの基礎を提供する。本発明の一態様は、長い時間にわたるＦＭＤＶの分離株のレプリキンカウントのサイクルを特定することによってＦＭＤＶの大発生の事前警告の提供を企図する。図４のデータから分かるように、２０００年の口蹄疫ウイルス（Ｏ型）（ＦＭＤＶ）の大発生は、年次平均レプリキンカウントのピークによって予測された。２００１年〜２００２年の大発生は、英国およびオランダにおいて観察された。２００５年に始まっている新しいサイクルにおいて、２００７年および２００８年に観察された１０年間で最も高いレプリキンカウントの後に、中東、アフリカ、インド、中国、および他のアジアの国々における２００８年および２００９年の深刻なＦＭＤＶ大発生が続いた。何十年にもわたって保存されていると見出されたレプリキンペプチド構造は今ではＦＭＤＶのための合成レプリキンワクチンの基礎である。図４のレプリキンサイクル内で保存されたと特定されたレプリキン配列は、ＨＫＱＫＩＩＡＰＡＫ（配列ＩＤ番号：１７）、および、ＨＫＱＫＩＶＡＰＶＫ（配列ＩＤ番号：１８）を含む。これらの配列はまた、Ａ型の口蹄疫の分離株において時間とともに保存されることも観察された。
【０１４９】
図４は、ＦＭＤＶのＯ型分離株におけるレプリキンカウントのサイクルを図示している。図４に図示されたデータは、表３に含まれている。

口蹄疫ウイルスタンパク質のレプリキンサイクル
【表３】

【０１５０】
表３および図４のデータは、口蹄疫ウイルスの年次レプリキンカウント（平均値および標準偏差（ＳＤ））が２つの上昇部分および１つの低下部分に出現したことを図示している。第１低下部分が後に続く第１上昇部分は、１９９９年〜２００５年に出現し、第２上昇部分は、２００５年〜２００８年に出現する。レプリキンカウントの増加は、２００１年〜２００２年の英国およびオランダにおける、ならびに２００８年〜２００９年の中東、アフリカ、インド、およびアジアにおける、深刻なＦＭＤＶ大発生の前に事前警告信号（ｐ＜０．００１）を提供した。
【０１５１】
レプリキンペプチド（１）は、この場合はＰｕｂＭｅｄで公表されたＦＭＤＶであるが、任意の有機体のタンパク質配列を分析するよう設計されたソフトウェアプログラム（マサチューセッツ州ボストンのＲｅｐｌｉｋｉｎｓ ＬＬＣによるＲｅｐｌｉｋｉｎｓＦｏｒｅｃａｓｔ（商標））を使用して、変化の統計的有意性の試験とともに、自動的に特定および計数された。ウイルスの各レプリキン構造の歴史が、ウイルス配列データが公表された年々の各々の各ウイルス標本におけるその出現について追跡されたとき、何十年もの間のレプリキン構造の保存が発見された。これらの保存されているレプリキンの構造は、ＦＭＤＶに対する合成レプリキンワクチンの基礎である。
【０１５２】
何十年にもわたってＦＭＤＶに保存されたレプリキンペプチドは、ＨＫＱＫＩＩＡＰＡＫ（配列ＩＤ番号：１７）、および、ＨＫＱＫＩＶＡＰＶＫ（配列ＩＤ番号：１８）を含む。レプリキンサイクル内で特定され、かつレプリキンサイクル内で保存されたとして特定された配列は、診断目的および治療目的のために特に有用である。例えば、新しい、および／または、ＦＭＤＶレプリキンサイクル内で保存されていた、として特定された配列は、（１）最も正確で最大限の抗有機体免疫刺激特性を提供するために、より古い保存されているレプリキンとより新しいレプリキンの双方を含有するワクチンを設計し化学的に合成するため、（２）最も正確で最大限の抗有機体免疫保護特性を提供するために、より古い保存されているレプリキンとより新しいレプリキンの双方に対する反応部位を含有する抗体を設計し化学的に合成するため、ならびに、（３）最も正確で最大限の抗有機体保護特性を提供するために、より古い保存されているレプリキンとより新しいレプリキンの双方に対する反応部位を含有する化合物を設計し化学的に合成するために、有用である。
【０１５３】
〔インフルエンザウイルスの集団の拡大を予測すること〕
本発明の一態様は、レプリキンカウントウイルス拡大指標を用いて、インフルエンザウイルスの株の毒性、罹患率、および／または致死率の増加、あるいはインフルエンザウイルスの株の集団の拡大を予測することによって、インフルエンザの大発生を予測する方法を提供する。本発明のこの態様において、インフルエンザウイルスの株の毒性、罹患率および／または致死率の増加、あるいは、インフルエンザの株の拡大が、（１）第１期間の間の第１地理的領域におけるインフルエンザウイルスの株の複数の分離株について平均レプリキンカウント、およびこの平均レプリキンカウントからの標準偏差を決定すること、（２）第１期間および／または第２地理的領域とは異なる第２期間および／または第２地理的領域からのインフルエンザウイルスの同じ株または関連する株の少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントを決定すること、ならびに、（３）第２期間および／または第２地理的領域からの少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントが、第１期間に第１地理的領域において分離された複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも大きい場合に、第２期間および／または第２地理的領域において分離されたインフルエンザの株の毒性、罹患率および／または致死率の増加、あるいはこのインフルエンザの株の拡大を予測することによって、予測される。
【０１５４】
前述された方法において、第２期間および／または第２地理的領域からのインフルエンザウイルスの同じ株または関連する株の少なくとも１つの分離株は、第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株であってもよい。この場合、第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株の各分離株のレプリキンカウントは、平均値の１標準偏差と別個に比較される。
【０１５５】
第２期間および／または第２地理的領域で分離されたインフルエンザの拡大はまた、平均値の１標準偏差よりも大きい、第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株のレプリキンカウント数が、平均値の１標準偏差よりも小さい、第２期間および／または第２地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数よりも大きい場合に、予測されうる。
【０１５６】
本方法はまた、平均値の１標準偏差よりも大きいレプリキンカウント数を、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウント数で割った比を利用することもできる。この比は、レプリキンカウントウイルス拡大指標（ＲＣＶＥ指標）と呼ばれる。ＲＣＶＥ指標を決定する別の方法は、平均値の１標準偏差よりも高い、時間および／または領域により分類されたインフルエンザウイルスの複数の分離株におけるレプリキンカウント割合を、平均値の１標準偏差よりも低いレプリキンカウント割合で割ることである。ＲＣＶＥ指標は、長い時間にわたってインフルエンザの株のレプリキンカウントを追跡することによってインフルエンザの大発生の将来の危険性を定量化するため使用されうる。
【０１５７】
ＲＣＶＥ指標を決定することにおいて、第１期間および第１地理的領域からの複数の分離株の平均レプリキンカウントは、対照としてみなされる。対照集団は好ましくは、分離株のレプリキンカウントにおいて比較的小さい変動性を有する比較的多数の分離株を有するが、対照と関連する１または複数の分離株との間の比較が望ましい場合、任意の集団を対照と見なすことができる。対照は、研究されている集団と関連していてよい。例えば、ハクチョウなどの鳥類におけるインフルエンザ感染が研究されている場合、対照は、ニワトリなどの近縁関係にあるものであってよく、ニワトリからの分離株は（入手可能な場合に）比較的多く、（可能な場合に）比較的安定であり得、集団にわたるレプリキンカウントの安定性は、ニワトリにおけるインフルエンザウイルスの株または関連する株の拡大と収縮との間の、あるレベルの平衡を証明する。対照は、ある地理的領域で１年間または数年間に報告された最高分離株数を反映することができる。図３に見られるように、インフルエンザＢは、２０世紀の間のインフルエンザ株についてのモデル対照でありうる。それは、全ての宿主におけるレプリキンカウントと罹患率との双方が、標準偏差が比較的小さく、かつ、致死性大発生が記録されていないという、約４０年を通じて際立って安定であるからである。インフルエンザＢにおいて、レプリキンカウントおよび複製率は、種の着実な生存ために損失との釣り合いをとるのにまさに十分であるように見える。これは、Ｈ２Ｎ２と対照的であり、Ｈ２Ｎ２は、株の生存の釣り合いをとるための平均値の１標準偏差よりも大きいレプリキンカウントがなく、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウントを低下させた後、世紀の終わりに消滅した。
【０１５８】
ＲＣＶＥ指標を決定することにおいて、任意の程度のレプリキン濃度が、インフルエンザまたは他の病原体において使用されうる。レプリキンカウントは、分離株のゲノムにおいてコード化された、特定されたレプリキンペプチドの濃度を反映することができる。レプリキンカウントはまた、分離株の発現されたタンパク質において、または分離株の少なくとも１つのタンパク質もしくはタンパク質断片において特定されたレプリキンペプチドの濃度を反映することもできる。レプリキンカウントはまた、分離株のレプリキン・ピーク・ジーンにおいて特定されたレプリキンペプチドの濃度を反映することもできる。インフルエンザウイルスのレプリキン・ピーク・ジーンは、ゲノムの任意のセグメント、あるいは、特定された連続的および／または重複レプリキンペプチドの最も高い濃度を有する任意の発現されたタンパク質もしくはタンパク質断片の任意のセグメントであってもよい。
【０１５９】
多くのインフルエンザ分離株において、レプリキン・ピーク・ジーンは、インフルエンザウイルスゲノムのポリメラーゼ領域において特定される。ポリメラーゼ領域内で、レプリキン・ピーク・ジーンはしばしば、ｐＢ１遺伝子領域において特定される。ｐＢ１遺伝子内のレプリキンカウントもまた、使用されうる。
【０１６０】
本発明の方法によって拡大すると予測された分離株における、任意のレプリキンペプチド、レプリキン・ピーク・ジーン、タンパク質、タンパク質断片、あるいは、任意のレプリキンペプチド、レプリキン・ピーク・ジーン、タンパク質、またはタンパク質断片をコード化する核酸配列は、診断目的、治療目的、および／または予防目的のために使用されうる。さらに、ワクチンが、集団が拡大すると予測されたインフルエンザ分離株の構造またはゲノムの部分を特定し、その部分をワクチン組成物中に使用することによって製造されうる。
【０１６１】
本発明の方法はまた、インフルエンザの株の毒性、罹患率および／または致死率の減少を予測する方法、および／または、インフルエンザの株の収縮もしくは減退を予測する方法を提供し、ここで第２期間および／または第２地理的領域からのインフルエンザの株の少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントは、第１期間および第１地理的領域からのインフルエンザの複数の分離株のレプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも小さい。減少はまた、平均値の１標準偏差よりも大きい、第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株のレプリキンカウント数が、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウント数よりも小さい場合、予測されうる。減少、収縮、または減退は、レプリキンカウントウイルス拡大指標の比が１よりも小さい場合に予測される。
【０１６２】
集団が、対照の平均値の１標準偏差より上のレプリキンカウントを有する分離株を含有し、かつ、対照の平均値の１標準偏差より下のレプリキンカウントを有する分離株を含有しない場合、ＲＣＶＥ指標の比は、無限大の指標を避けるために１の分母を有するとみなされる。
【０１６３】
レプリキンカウントウイルス拡大指標を決定することにおいて、レプリキン・ピーク・ジーンからのレプリキンカウントが、様々な種について所与の期間（１年など）、（全ての報告している国々など）領域から分析されうる。１年間ある国内において、様々な種にわたって様々な値があってよい。当業者は、対照として、その様々な値、時、領域、種、またはそれらの任意の組み合わせ（例えば２００４年、中国、およびニワトリである、時間、領域および種など）から平均レプリキンカウントを選択することができる。例えば、以下の実施例７において、２００４年中国のニワトリからの全てのＨ５Ｎ１分離株の平均レプリキンカウントが、初期対照として選択され、それに対して２００４年中国のハクチョウからのレプリキンカウントが比較された。個々の分離株または関連する群の分離株のレプリキンカウントと対照を比較するとき、その分離株または群の分離株といくらかの類似点を共有する対象が使用されうる。例えば、２００４年中国のニワトリからの全ての分離株の対照は、２００４年からの他の分離株と比較されうる。同様に、２００５年日本からのハクチョウの対照は、日本のハクチョウからの将来の分離株と比較されうる。当業者は、対照が分離株または一群の関連する分離株との比較に使用されうるような、その対照がその分離株または一群の関連する分離株と類似点を共有する場合を理解するであろう。
【０１６４】
個々の分離株または関連する群の分離株のレプリキンカウントを対照と比較するとき、平均値の１標準偏差内に含まれるその群の関連する分離株内の全てのレプリキンカウント値は、１グループとして処理されうる。追加的に、平均値から１標準偏差の範囲から外れる全ての値は、２つの範囲外グループとして処理されうる。第１グループは、平均値＋１標準偏差よりも大きいレプリキンカウントのグループである。第２グループは、平均値−１標準偏差よりも小さいレプリキンカウントのグループである。より高いレプリキンカウントは将来の大発生、または拡大するウイルス集団と関連があり、より低いレプリキンカウントは、大発生の停止、またはウイルス集団の減少もしくは減退と関連があるので、平均値＋１標準偏差よりも上のレプリキンカウントを有する分離株の割合の、平均値−１標準偏差よりも下のレプリキンカウントを有する分離株の割合に対する比は、ウイルスの生存能力および拡大の定量的指標を提供する。この指標は、ウイルス集団の現在の状態の寸描、およびこの集団の変化の傾向を提供する。この比が１よりも大きい場合、ＲＣＶＥ指標は、拡大する集団を予測する。この比が１よりも小さい場合、ＲＣＶＥ指標は、ウイルス集団の収縮または減退を予測する。
【０１６５】
〔インフルエンザウイルスの拡大する集団を緩和し処理すること〕
本発明の一態様は、レプリキンカウントウイルス拡大指標を用いてインフルエンザウイルスの株の拡大を予測すること、ならびに、インフルエンザウイルスの大発生を防ぐか、緩和するか、または処理するためにＲＣＶＥ指標を用いて、特定されたインフルエンザウイルスの構造もしくはゲノムの分離または合成された部分を含む治療薬を投与することによって、インフルエンザウイルスの大発生を防ぐか、または処理する方法を提供する。（１）第１期間の間に第１地理的領域において分離されたインフルエンザの株の一群の分離株について標準偏差とともに平均レプリキンカウントを決定すること、（２）第１期間と異なり、および／または第２地理的領域とは異なる、第２期間および／または第２地理的領域からのインフルエンザウイルスの同じ株の少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントを決定すること、ならびに（３）第２期間および／または第２地理的領域からの分離株のレプリキンカウントが、第１期間に第１地理的領域において分離された複数の分離株のレプリキンカウントの平均値から１標準偏差よりも大きい場合に、前記第２期間および／または第２地理的領域において分離されたインフルエンザの株の拡大を予測することによって、大発生の予測がされうる。大発生は、インフルエンザウイルスの少なくとも１つの分離株の構造またはゲノムの全てまたはいくつかの部分を含む医薬的化合物を投与することによって予防されうるか、緩和されうるか、または処理されうる。
【０１６６】
第２期間および／または第２地理的領域からのインフルエンザのこの少なくとも１つの分離株は、第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株であってもよく、ここで複数の分離株の各分離株のレプリキンカウントは、平均値から１標準偏差に対して別個に比較される。追加的に、インフルエンザの大発生は、平均値の１標準偏差よりも大きい、第２期間および／または第２地理的領域からの複数の分離株のレプリキンカウント数が、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウント数よりも大きい場合に、予測されうる。
【０１６７】
当業者によって理解されるように、構造またはゲノムの部分は、インフルエンザ分離株から分離されうるか、あるいは、インフルエンザ分離株から解明された配列もしくは他の構造に基づいて合成されうる。この構造は、レプリキンペプチドを含むか、もしくはレプリキンペプチドからなる、タンパク質またはタンパク質断片であってよい。この構造は、レプリキン・ピーク・ジーンもしくはレプリキン・ピーク・ジーンの断片を含む、または、それからなることができ、あるいは、レプリキン・ピーク・ジーン内で特定されたレプリキンペプチドからなることができる。この構造はまた、レプリキン・ピーク・ジーンをコード化する核酸、レプリキン・ピーク・ジーン内の１もしくは複数のレプリキンペプチド、または、１もしくは複数のレプリキンペプチドを含むがこれらに限定されない、核酸であってもよい。
【０１６８】
ペプチドまたはペプチドの混合物は、インフルエンザに対する免疫原性化合物内に含まれてもよく、ＨＡＱＤＩＬＥＫＥＨＮＧＫＬＣＳＬＫＧＶＲＰＬＩＬＫ（配列ＩＤ番号：１）、ＫＥＨＮＧＫＬＣＳＬＫＧＶＲＰＬＩＬＫ（配列ＩＤ番号：２）、ＫＫＮＮＡＹＰＴＩＫＲＴＹＮＮＴＮＶＥＤＬＬＩＩＷＧＩＨＨ（配列ＩＤ番号：３）、ＨＨＳＮＥＱＧＳＧＹＡＡＤＫＥＳＴＱＫＡＩＤＧＩＴＮＫ（配列ＩＤ番号：４）、ＨＤＳＮＶＫＮＬＹＤＫＶＲＬＱＬＲＤＮＡＫ（配列ＩＤ番号：５）、ＫＶＲＬＱＬＲＤＮＡＫＥＬＧＮＧＣＦＥＦＹＨ（配列ＩＤ番号：６）、ＫＤＶＭＥＳＭＤＫＥＥＭＥＩＴＴＨ（配列ＩＤ番号：７）、ＨＦＱＲＫＲＲＶＲＤＮＭＴＫＫ（配列ＩＤ番号：８）、ＫＫＷＳＨＫＲＴＩＧＫＫＫＱＲＬＮＫ（配列ＩＤ番号：９）、ＨＫＲＴＩＧＫＫＫＱＲＬＮＫ（配列ＩＤ番号：１０）、ＨＥＧＩＱＡＧＶＤＲＦＹＲＴＣＫＬＶＧＩＮＭＳＫＫＫ（配列ＩＤ番号：１１）、または、ＨＳＷＩＰＫＲＮＲＳＩＬＮＴＳＱＲＧＩＬＥＤＥＱＭＹＱＫＣＣＮＬＦＥＫ（配列ＩＤ番号：１２）のうちの少なくとも１つを含んでもよい。
【０１６９】
〔インフルエンザのＨ９Ｎ２株およびＨ５Ｎ１株における同調レプリキンサイクル〕
本発明の別の態様は、インフルエンザウイルスの株の分離株の、毒性、罹患率および／または致死率の増加、あるいは、その分離株の集団の拡大を、同じ株もしくは関連する株の別の分離株もしくは別の群の分離株と比較して、予測する方法を提供する。そのような増加は、インフルエンザの複数の分離株の中からレプリキン濃度のサイクルを特定すること、および、そのサイクルにおいてピークを特定することによって予測されうる。増加は、ピークが特定された時点もしくは期間に続いて、あるいは、サイクルの上昇部分に続いて、予測される。増加は同様に、ピークが２つの同調サイクルにおいて特定された時点または期間に続いて予測され得、ここで第１サイクルは、インフルエンザの株のサイクルであり、第２サイクルは、インフルエンザの異なる株のサイクルである。増加は、同調サイクルのピークが特定された期間に続いて、あるいは、双方の同調サイクルにおいて特定された上昇部分の期間に続いて、予測される。
【０１７０】
Ｈ９Ｎ２のレプリキン濃度のサイクル、すなわち「レプリキンサイクル」は、図５に見ることができる。Ｈ５Ｎ１およびＨ９Ｎ２のレプリキン濃度の同調したサイクルの比較が、図６に見ることができる。これら２つのインフルエンザ株における同調したサイクルは、１９９７年、２００１年、２００４年、２００７年のＨ５Ｎ１大発生、および２００８年と２００９年の現在の大発生に対応し、遡及的に予測する。
【０１７１】
図５において、Ｈ９Ｎ２のｐＢ１遺伝子領域の平均年次レプリキンカウントが、薄い灰色の棒で示され、標準偏差がＨ９Ｎ２年次平均レプリキンカウントの上に濃い灰色の棒で示されている。標準偏差データは、年間集団内の拡大するレプリキンカウントの広がりを強調する。イスラエル国内で報告されたＨ９Ｎ２感染した家禽群の数が、白色の棒で提供されている。図６において、Ｈ９Ｎ２についての平均年次レプリキンカウントが再び薄い灰色の棒で報告され、標準偏差がその上に濃い灰色の棒で報告されている。Ｈ５Ｎ１についての平均年次レプリキンカウントが黒い棒で報告され、標準偏差がＨ５Ｎ１年次平均レプリキンカウントの上に白色の棒で報告されている。図６は、Ｈ９Ｎ２レプリキンカウントとＨ５Ｎ１レプリキンカウントとの間の同調性を明白に図示している。
【０１７２】
図５および図６のデータは、以下の表４に開示されている。表４において、平均年次レプリキンカウントが標準偏差とともに、１９９３年から２００８年までに分離されたインフルエンザのＨ９Ｎ２株およびＨ５Ｎ１株のwww.pubmed.comで公的に入手可能である全てのアミノ酸配列について提供されている。イスラエル国内でＨ９Ｎ２感染したと報告された家禽群の数もまた、Ｈ９Ｎ２の大発生の１つの尺度として２０００年から２００４年について開示されている。

Ｈ９Ｎ２およびＨ５Ｎ１における同調レプリキンサイクル
【表４】

【０１７３】
上の表４で提供されたデータによる図５および図６に図示されているように、一般的には家禽に感染し、時折ヒトに感染する、インフルエンザのＨ９Ｎ２株は、インフルエンザゲノムのｐＢ１遺伝子内でコード化されると特定されたレプリキンペプチドのＨ９Ｎ２レプリキンカウントが、Ｈ５Ｎ１内で見出されたレプリキンカウントの２倍のレベルに達した、第２の５年レプリキン拡大サイクルを完了したということが見出された。これらの図に見られるように、Ｈ９Ｎ２レプリキンカウントは、１９９７年の香港におけるＨ５Ｎ１大発生の１年前、１９９６年に増加した。１９９９年、Ｈ９Ｎ２のｐＢ１領域におけるレプリキンカウントの増加はまた、Ｈ５Ｎ１のｐＢ１領域におけるレプリキンカウントの増加ならびにＨ５Ｎ１大発生に先行した。図６に見られるように、Ｈ９Ｎ２およびＨ５Ｎ１のレプリキンサイクルは一致し、可視レベルの同調性を共有する。さらに、図６から分かるように、Ｈ９Ｎ２のレプリキンカウントレベルは、２００８年現在で、Ｈ５Ｎ１のレプリキンカウントレベルを超えて濃度が増加した。したがって、理論に縛られることを望まないが、インフルエンザのＨ９Ｎ２株およびインフルエンザのＨ５Ｎ１株は、同調した周期的な前駆者−競争者の進化的・生化学的関係を有するように見えることは注目すべきである。データは、Ｈ９Ｎ２が将来のインフルエンザ・パンデミックのためのＨ５Ｎ１の代替候補であることを予測する。
【０１７４】
図５および図６において、Ｈ９Ｎ２またはＨ５Ｎ１の各サイクルは、ｐＢ１遺伝子領域における特異的レプリキンペプチドのレプリキンカウント（１００アミノ酸当たりのレプリキンペプチド数）によって定められる。連続する年における減少が後に続く、連続する年における増加が、観察可能である。図５は、Ｈ９Ｎ２レプリキンカウントの増加が、家禽群におけるＨ９Ｎ２感染数増加の出現に先行することを図示している。図５はさらに、Ｈ９Ｎ２のレプリキンカウントが、イスラエルを含む中東における家禽のＨ９Ｎ２大発生の増加が報告された２年前である、１９９９年に再び増加し始めたことを証明している。図６に見られるように、Ｈ９Ｎ２の増加に続いて、レプリキンカウントが２０００年にＨ５Ｎ１において増加し始め、感染は２０００年に始まり進んでいった。
【０１７５】
表４ならびに図５および図６において平均レプリキンカウントとして報告され分析されたＨ９Ｎ２配列は、ＰｕｂＭｅｄ上で世界的に公表された全ての配列を含む。この配列の主要部分は、中国および中東で分離されたインフルエンザ由来である。
【０１７６】
サイクルの２つのレプリキンカウント拡大上昇部分が、図６において、可視的同調性を伴って認められる。サイクルの第１拡大上昇部分は、１９９９年から２００３年まで観察される。サイクルの第２拡大上昇部分は、２００４年から２００８年まで観察される。第２上昇部分において、Ｈ９Ｎ２の最大レプリキンカウントは、Ｈ９Ｎ２の第１上昇部分の最大レプリキンカウントよりも大きく、Ｈ５Ｎ１において見られる最大レプリキンカウントの２倍であった。Ｈ９Ｎ２について観察された最大レプリキンカウントは同様に、これまで分析された任意の他のインフルエンザ株について観察された最大レプリキンカウントの２倍である。例えば、図７および図８を参照されたい。
【０１７７】
追加的に、図５および図６に図示されたようにＨ９Ｎ２の標準偏差は、Ｈ５Ｎ１値の標準偏差よりも明らかに大きく、これはＨ９Ｎ２のレプリキンカウントのより高い活動性を示している。レプリキンカウントの観察可能な変化を通して、Ｈ９Ｎ２レプリキン・ピーク・ジーン領域のこの観察可能な上方調節は、Ｈ９Ｎ２大発生より前に見られる。同様の傾向が、２０００年から２００８年までに分離されたウイルスの西ナイルウイルスにおけるレプリキンカウントで観察可能である。図３を参照されたい。同様に、予測サイクルが、マラリア、口蹄疫、および他のインフルエンザ株において示された。同上の図１〜図６を参照されたい。
【０１７８】
表４ならびに図５および図６のデータは、レプリキンカウントと結果として生じるＨ５Ｎ１およびＨ９Ｎ２感染との双方の追加的増加が、Ｈ９Ｎ２およびＨ５Ｎ１の来たるべき第３レプリキンカウントサイクルにおいて予想されうることを予測する。２００８年１２月上旬の香港におけるニワトリのＨ５Ｎ１の大発生、および、２００８年１２月下旬の香港における子供の報告されたＨ９Ｎ２感染は、データの予測能力を実証している。２００８年後期のインドのアッサム地方、メガラヤ地方、および西ベンガル地方からの他のＨ５Ｎ１大発生データがさらに、この予測を実証している。
【０１７９】
〔ワクチン、処理、および治療〕
マラリア、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、およびインフルエンザウイルスのタンパク質における特異的レプリキンおよびそれらの濃度の観察は、大発生と死亡率の増加との特異的で定量的な初期の化学的相関現象を提供し、また、世界の特定領域における流行性の新生または再出現の株ウイルスを処理するように特異的に合わせて作られたワクチンの生産、およびそのワクチンのタイミングのよい投与のために備える。これらのワクチンの合成は、７日以内に達成され得、これによりマラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、およびインフルエンザウイルスを含むウイルスまたは有機体の特定のウイルス株に最良に適合するワクチンの投与を可能にする。
【０１８０】
レプリキンの存在、濃度および／または保存についてウイルスまたは他の病原体の分離株のタンパク質配列を分析することによって、パンデミック、流行、ならびに、毒性および死亡率の他の変化が予測され得、処理が発展した。さらに、そのような大発生の深刻度は、最も豊富であると見出されたか、あるいは約１年から約３年などの所与の期間にわたってウイルス分離株において上昇中であると示された、レプリキン配列に基づいたペプチドワクチンを投与することによって、著しく低下することができる。
【０１８１】
本発明のペプチドワクチンは、単一レプリキンペプチド配列を含むことができ、あるいは、特定のウイルス株で観察された複数のレプリキン配列を含むことができる。しかしながら、ワクチンは、１または複数の保存されているレプリキンペプチドを、１または複数の新しいレプリキンペプチドと組み合わせて含むこともでき、あるいは、新しいレプリキンペプチド配列に基づくこともできる。レプリキンペプチドは、化学合成または遺伝子組み換え技術を含む任意の方法によって合成され得、非レプリキン配列を含むこともできるが、レプリキン配列のみを含有するペプチドに基づくワクチンが好ましい。好ましくは、本発明のワクチン組成物はまた、医薬的に許容可能な担体および／またはアジュバントを含有する。ウイルスまたは病原体ワクチンに使用するためのレプリキンペプチドの中には、１年またはそれ以上の年数の間、アミノ酸配列から無くなった後「再出現する」ことが観察されたレプリキンがある。
【０１８２】
本発明のワクチンは、単独で、あるいは、ガンシクロビルなどの抗ウイルス薬；インターフェロン；インターロイキン；アマンタジン、リマンタジンなどのＭ２阻害剤；ザナミビルおよびオセルタミビルなどのノイラミニダーゼ阻害剤；などと組み合わせて、同様に、抗ウイルス薬の組み合わせと組み合わせて、投与されうる。
【０１８３】
本発明のワクチンは、免疫応答で抗体を生成することができる任意の動物に投与されうる。例えば、本発明のワクチンは、ウサギ、ニワトリ、エビ、ブタ、またはヒトに投与されうる。レプリキン配列の普遍的な性質のため、本発明のワクチンは、ウイルスまたは有機体の様々な株、あるいは、ウイルスまたは有機体の特定の株を対照にすることができる。
【０１８４】
本発明のレプリキンペプチドは、単独または様々な組み合わせで、対象に投与され、非限定的実施形態では、静脈注射、筋肉内注射、経口、または噴霧吸入、鼻腔内投与、または眼球内投与によって投与される。ペプチドは、このペプチドに対する抗体を生成するように対象の免疫系を刺激するために投与される。一般的に、ペプチドの投与量は、約０．０１μｇから約５００ｍｇまで、約０．０５μｇから約２００ｍｇまで、または約０．０７５μｇから約３０ｍｇ、約０．０９μｇから約２０ｍｇまで、約０．１μｇから約１０ｍｇまで、１０μｇから約１ｍｇまで、および約５０μｇから約５００μｇまでの範囲内である。熟練した実践者は、有効な免疫応答をもたらすために必要な投与量および投与数を容易に決定することができる。
【０１８５】
本発明の別の態様において、分離されたレプリキンペプチドは、例えば個人に受動免疫をもたらすため、または診断のために使用されうる抗体を生成するために使用されうる。例えば、２００６年２月１６日に出願された米国特許出願第１１／３５５，１２０号、および、２００８年１月１８日に出願された米国特許出願第１２／０１０，０２７号を参照されたい（各々の内容全体を参照により本明細書に組み込む）。
【０１８６】
〔実施例１〕
〔死亡率増加を予測するためのマラリアにおけるレプリキンカウントの分析〕
www.pubmed.comで公的に入手可能な熱帯熱マラリア原虫の分離株の配列を１９８６年から２００７年について、専売の検索ツールソフトウェア（マサチューセッツ州ボストンのＲＥＰＬＩＫＩＮＳ ＬＬＣから米国内で入手可能なＲｅｐｌｉｋｉｎＦｏｒｅｃａｓｔ（商標））を使用して分析して、それらの年の各年で入手可能な全ての分離株のヒスチジンに富むタンパク質についての平均レプリキンカウントを決定した。その後、各年の平均年次レプリキンカウントを世界保健機関によって報告された死亡率の変化と比較した。
【０１８７】
レプリキン配列の存在および濃度について分析された受入番号のリストを以下の表５に提供する。各年の平均レプリキンカウントを、各対応する年における分離株の受入番号のリストの次に提供する。標準偏差、ならびに、データセット内で前年および最低の平均レプリキンカウントと比較したときの平均レプリキンカウントの有意性も、各年の平均レプリキンカウントとともに提供する。

マラリアの年次平均レプリキンカウント
【表５】

【０１８８】
１９８６年から２００７年までの間のヒスチジンに富むタンパク質の年次平均レプリキンカウントの分析は、レプリキンカウントのサイクルを明らかにした。新しいサイクルの始まりは、レプリキンカウントがマラリア死亡率の増加と共に増加し続ける可能性があるという予測を提供する。データは、図１においてグラフ式に図示し、上記の表１に要約する。
【０１８９】
図１で明らかにされたレプリキンサイクルのピークで、または上昇部分において特定された分離株のレプリキンペプチドは、本発明のペプチドとして利用可能である。例えば、受入番号ＡＢＵ４３１５７の２００７年からの分離株で特定された任意のレプリキンペプチドは、レプリキンサイクルの上昇部分において特定されたので、本発明の診断用、治療用、または予防用の化合物もしくは組成物として利用可能である。受入番号ＣＡＤ４９２８１で報告された１９９９年の分離株において特定されたレプリキンペプチドも同様に利用可能である。図１および表２を参照されたい。１９９９年の分離株は、レプリキンサイクルのピークで存在し、したがってＣＡＤ４９２８１で報告された分離株で特定されたレプリキンペプチドは、免疫原性化合物として使用されうる。加えて、１９９８年の受入番号ＸＰ００１３４９５３４は、レプリキンサイクルの上昇部分の分離株から特定される。図１および表５を参照されたい。とりわけＡＢＵ４３１５７、ＣＡＤ４９２８１、および、ＸＰ００１３４９５３４で特定されたレプリキンペプチドは同様に、免疫原性化合物またはワクチンとして、あるいは、マラリアの診断または処理のために、有用である。
【０１９０】
〔実施例２〕
〔死亡率増加を予測するためのマラリアＡＴＰアーゼにおけるレプリキンカウントの分析〕
出願人は、www.pubmed.comにおける熱帯熱マラリア原虫の分離株のＡＴＰアーゼ酵素の公的に入手可能な配列を分析した。データを以下の表６に要約し、図２に図示する。データは、ヒトにおけるマラリアの１０００臨床ケース当たりの死亡率が、www.pubmed.comで公的に入手可能な熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼ酵素の配列における年次平均レプリキンカウントと相関があることを図示している。熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼのレプリキンカウントは、１９９７年および１９９８年から１９９９年までのマラリアケース当たりの死亡率の増加と共に、１９９７年から１９９８年まで増加した。熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼのレプリキンカウントは、１９９９年から２００５年までの死亡率と共に１９９８年から２００６年まで減少した（現在のところ２００５年までのみ入手可能な死亡率と一貫性がある）。高いマラリア罹患率および死亡率が１９９０年代後半に起こり、微生物の適応性および抗マラリア剤の有効性の低下に起因すると考えられた。ＡＴＰアーゼは、マラリアのアルテミシニン（arteminisin）治療の主要標的である。アルテミシニンの使用増加および公衆衛生方策の改善に伴い、罹患率および死亡率は、１９９９年から２００５年まで下降した。表６における死亡率は世界保健機関によって宣言されたとおりに表示した。www.who.int.を参照されたい。
【表６】

【０１９１】
〔実施例３〕
〔西ナイルウイルスにおけるレプリキンカウントサイクルの分析により罹患率の増加を予測する〕
www.pubmed.comで公的に入手可能であった２０００年から２００８年までの間に分離された西ナイルウイルスの分離株からのエンベロープタンパク質配列をレプリキン配列について分析し、平均年次レプリキンカウントを決定した。データを以下の表７に含め、図３に図示する。
【０１９２】
図３は、西ナイルウイルスの罹患率のサイクルと相関する、西ナイルウイルスの平均年次レプリキンカウントのサイクルを図示する。サイクルは、繰り返しの保存されているウイルス構造、および、時間経過に伴うレプリキン現象の連続性のため検出可能である。ＷＮＶのエンベロープタンパク質の平均年次レプリキンカウント（黒色）、および標準偏差を、ＣＤＣ報告による米国内のヒトのケースの年次数（灰色）と比較する。
【０１９３】
２０００年〜２００３年：エンベロープタンパク質のレプリキンカウントの平均値の標準偏差は、２０００年から２００１年まで際立って増加する（ｐ＜０．００１）。この変化が、（ＷＮＶと同じウイルス属でない）インフルエンザウイルスの全ての一般的な株において、急速な複製およびレプリキンカウントの範囲拡大の前兆となることが観察され、ゆえにウイルス集団は、レプリキンカウントと共に拡大し、ウイルス大発生に先行する。２０００年から２００３年までの平均レプリキンカウントの増加は、疾病管理センター（ＣＤＣ）により公表され独立して記録されたヒトＷＮＶケース数の増加と同時に起こるか、またはそれに先行するように見える。罹患率に対するレプリキンカウントの同じ関係は、インフルエンザ株において、例えば、ヒト死亡率に対するＨ５Ｎ１、および、ウマ罹患率に対するＨ３Ｎ８ウマ脳炎において示され、また、ヒト罹患率に対するトリパノソーマ熱帯熱マラリア原虫（マラリア）において、および、エビ・タウラ症候群ウイルスによるエビにおける死亡率に対して示されている。この関係は、甲殻類の動物、ウマ、およびヒトを含むいくつかの種においてすでに証明されているので、広く流通している一般的原理であるように見える。２００４年〜２００７年：２００４年および２００５年に、レプリキンカウントとＷＮＶのヒトのケース数との双方において２００３年から減少があった。２００６年に、２００７年のヒトのケース数の増加が後に続く、レプリキンカウントの増加があった。
【０１９４】
図３において、レプリキン濃度のサイクル、およびＷＮＶヒト罹患率のサイクルが、相関していることが観察できる。現在のデータまで、病原体の特定株内のサイクルがピーク〜谷〜別のピーク〜別の谷と実際に継続することは理解されていなかった。その代わりに、過去において、レプリキン濃度の増加が大発生と相関し、レプリキン濃度の減少が退縮と相関することは理解されていた。しかしながら、これらの新しいデータにより、ピーク〜谷〜ピーク〜谷、および／または、谷〜ピーク〜谷〜ピークのレプリキンサイクル全体は、毒性、罹患率および死亡率と相関することが、ここで理解され本発明によって意図される。本発明はここで、レプリキン濃度の変化を監視することによって、病原体が毒性を増加するとき、病原体の集団がある領域内でまたはある領域内へ拡大するとき、あるいは、罹患率または死亡率を増加するとき、病原体を追跡する方法を提供する。
【０１９５】
サイクルの第１上昇部分と比較した場合、２００４年〜２００８年のサイクルの第２上昇部分におけるレプリキンカウントとケース数との双方の上昇数は、第１上昇部分と比較して第２上昇部分において増加したレプリキンカウントに付随して、増加したすなわち「改善された」感染効率を示唆する。ウイルスの効力の低下は恐らく、宿主における抵抗力の発生に起因し；サイクルの第２上昇部分における感染力のその後の上昇は、ＷＮＶで特定される新しいレプリキンの出現と関係がある。ここでもまた、感染力に対するレプリキンの密接な関係が、すなわち、まさに上昇と低下との双方が共に証明されている。
【０１９６】
ゆえに本データは、以前可能であったレベルよりもさらに正確なレベルで感染力に対するレプリキンの関係の直接的で定量的な証拠を提供する。例えば、Ｈ５Ｎ１インフルエンザの場合、サイクルは、１９９６年に香港大発生を伴って始まった。これは、香港内のニワトリの完全処分によって１９９８年に一時的に終わった。Ｈ５Ｎ１臨床的「サブ−サイクル」は２０００年に再び始まり、現在まで続き、先を見越してレプリキンカウントによって各年予測された。このケースにおいて、東アジアの国々で大抵起こる、Ｈ５Ｎ１は、ここで提示された米国内の西ナイルウイルスのケースほどには、ＷＨＯによる罹患率および死亡率の的確な疫学的報告の対象にはならなかった。これはＣＤＣが、罹患率および死亡率のはるかにより正確な監視記録を保有しているからである。
【０１９７】
理論に制限されることを望まないが、罹患率および死亡率に対するレプリキンカウントの密接な関係、ならびに他の証拠は、レプリキンが、急速な複製の生化学に密接に関与することに加えて、事実上、感染性単位であり、ウイルスおよびトリパノソーマは単なるレプリキン感染性単位のキャリアーであるが、他のウイルスまたはトリパノソーマ構造は、宿主内に感染力を引き起こすために必要であるという、仮説を導いた。
【０１９８】
図３は、レプリキンカウントの変化の初期検出が、例えばＲｅｐｌｉｋｉｎＦｏｒｅｃａｓｔ（商標）ソフトウェア（マサチューセッツ州ボストンのＲｅｐｌｉｋｉｎｓ ＬＬＣ）を使用した新生レプリキン配列の特定後７日以内に合成されうる新生レプリキン構造に対するワクチンによる迅速な応答に直接的に繋がりうるということを図示している。
【０１９９】
www.pubmed.comから入手可能な受入番号の西ナイルウイルスエンベロープタンパク質について、受入番号、分離株数、平均レプリキンカウント、標準偏差、および有意性が、以下の表７に含まれている。図３における西ナイルウイルスの段階的サイクル内で特定された特異的な保存されているレプリキン配列は、ＫＩＩＱＫＡＨＫ（配列ＩＤ番号：１３）、ＨＬＫＣＲＶＫＭＥＫ（配列ＩＤ番号：１４）、ＫＬＴＳＧＨＬＫ（配列ＩＤ番号：１５）、および、ＨＮＤＫＲＡＤＰＡＦＶＣＫ（配列ＩＤ番号：１６）を含む。これらの配列が保存されている受入番号は、２００８年４月２３日に出願された米国特許出願第１２／１０８，４５８号の実施例６に列挙されており、この内容全体を参照により本明細書に組み込む。
西ナイルウイルスエンベロープタンパク質のレプリキンカウントサイクル
【表７】





【０２００】
〔実施例４〕
〔罹患率の増加を予測するための口蹄疫ウイルスのレプリキンカウントサイクルの分析〕
www.pubmed.comで公的に入手可能であった１９９９年から２００８年の間にとられた分離株からの全てのタンパク質配列はレプリキン配列について分析され、平均年次レプリキンカウントが決定された。データは、上記の表３に含まれており、図４に図示されている。図４は、Ｏ型口蹄疫ウイルスの平均年次レプリキンカウントのサイクルを図示する。サイクル内のピークは、２００１年〜２００２年の英国およびオランダにおける大発生、ならびに２００８年〜２００９年の中東およびアジアにおける大発生と相関する。図４に図示されたサイクルは、繰り返しの保存されているウイルス構造、および、時間経過に伴うレプリキン現象の連続性のため検出可能である。２００５年に始まった新しいサイクルにおいて、１０年間で最も高いカウントが観察され（２００７年〜２００８年）、その後に中東、アフリカ、インド、中国、および他のアジアの国々における２００８年および２００９年の深刻なＦＭＤＶ大発生が続いた。
【０２０１】
図４は、年次レプリキンカウント（平均値および標準偏差（ＳＤ））が、２つの上昇部分および１つの低下部分を伴って生じたことを示す。第１低下部分が後に続く第１上昇部分は１９９９年〜２００５年に起こり、第２上昇部分は、２００５年〜２００８年に起こった。レプリキンカウントの増加は、２００１年〜２００２年および２００８年〜２００９年の深刻な大発生前に、ｐ＜０．００１で事前警告信号を提供した。
【０２０２】
図４のデータを提供するために、任意の有機体のタンパク質配列を分析するために設計されたＲｅｐｌｉｋｉｎｓＦｏｒｅｃａｓｔ（商標）ソフトウェア（マサチューセッツ州ボストンのＲｅｐｌｉｋｉｎ ＬＬＣ）を使用してwww.pubmed.comで入手可能な配列においてレプリキンペプチドを特定して自動的に計数した。同様に統計的分析をこのソフトウェアを使用して成し遂げた。ウイルスの各レプリキン構造の歴史が、ウイルス配列データが公表された年々の各年における各ウイルス標本のレプリキン構造の出現について追跡されたとき、いくつかのレプリキン構造の保存が何十年にわたって観察された。これらの保存されているレプリキンペプチドの構造は、ＦＭＤＶに対する合成レプリキンワクチンの基礎である。
【０２０３】
以下のレプリキンペプチド配列：ＨＫＱＫＩＩＡＰＡＫ（配列ＩＤ番号：１７）、および、ＨＫＱＫＩＶＡＰＶＫ（配列ＩＤ番号：１８）が、ワクチンのために特定された。これらの配列は、図４に図示されたレプリキンサイクル内で保存されることが観察されており、本発明によって教示されるように、予測された口蹄疫ウイルスの大発生のためのワクチンである。
【０２０４】
上記で列挙された２つの保存されているレプリキンペプチドは、１９３４年から２００８年までwww.pubmed.comにおいて公的に入手可能な口蹄疫ウイルスの配列において特定され毎年追跡された。配列ＨＫＱＫＩＩＡＰＡＫ（配列ＩＤ番号：１７）は、１９３４年から２００８年までの分離株からの公的に入手可能な配列に１００％の時間、保存されたと観察される。配列ＨＫＱＫＩＶＡＰＶＫ（配列ＩＤ番号：１８）もまた、２つの置換、すなわちペプチドの残基６におけるバリン、およびペプチドの残基９におけるバリンを除いて、１９３４年から２００７年まで１００％の分離株に保存されたことが観察される。
【０２０５】
表８は、配列ＨＫＱＫＩＩＡＰＡＫ（配列ＩＤ番号：１７）、および、ＨＫＱＫＩＶＡＰＶＫ（配列ＩＤ番号：１８）が時間とともに保存された、www.pubmed.comでの受入番号を提供する。受入番号で開示された配列においてペプチドが始まる残基が注目された。

ＦＭＤＶの保存されている配列
【表８】







【０２０６】
〔実施例５〕
〔地理的領域内への侵入を予測するための西ナイルウイルスにおけるレプリキンカウントサイクルの分析〕
上記の実施例３で説明したように、出願人はwww.pubmed.comの受入番号において公的に入手可能な西ナイルウイルスエンベロープタンパク質分離株のレプリキン濃度を分析した。図３に見るように、分離株のエンベロープタンパク質における平均年次レプリキン濃度のサイクルは、米国内の罹患率のサイクルと関係する。それに加えて、平均年次レプリキン濃度のサイクルは、１９９８年ニューヨーク州において最初に知られた西ナイルウイルス感染から米国内への段階的な地理的拡大と関連する。
【０２０７】
例えば、平均年次レプリキン濃度が２０００年から２００３年の間増加した際、西ナイルウイルスの罹患は、初めに２０００年にニューヨークおよびいくつかの隣接する州から、２００１年に北東部および南東部へ、２００２年に山岳州および北西部を除くほとんどの州へ、そして２００３年には北西部を除く全ての州に拡大した。例えば、http://www.cdc.gov/ncidod/dvbid/westnile/surv&control.htm#mapsで、ＣＤＣから入手可能な年次マップを参照されたい。平均年次レプリキン濃度が２００４年に低下し始めたとき、西ナイルウイルスは、合衆国全土で、はるかに低い罹患率ではあるが、存在した。２００５年に、西ナイルウイルス感染は、米国のいくつかの地域から退却したことが観察され、感染は、ワシントン州、北ニューイングランド、またはウエストバージニアでは観察されなかった。しかしながら、年次平均レプリキン濃度が２００６年に再び増加し始めた際、西ナイルウイルス罹患は再び、北ニューイングランドを除いた全ての州へ広がった。
【０２０８】
ニューヨークでの最初の観察から米国全域にわたる西ナイルウイルスの進行の概観は、レプリキン濃度の変化を監視することは、西ナイルウイルスの地理的拡大の証拠を提供するということを明らかにした。したがって、本発明の一態様は、観察された段階的サイクルを含むレプリキン濃度の一サイクルまたは一連のサイクルのグラフにおいて平均年次レプリキン濃度の進行を決定することに基づく、ある地理的領域内への拡大、またはある地理的領域からの収縮の予測である。例えば、所与の領域からの複数の分離株のレプリキン濃度のサイクルにおけるレプリキン濃度のピークは、その領域の地理的地域を越えて他の隣接する地理的地域内または近くの地理的地域内への拡大の証拠を提供する。さらに、第２の依然として高いピークは、拡大の準備ができている病原体のさらに大きな証拠を提供する。
【０２０９】
〔実施例６〕
〔地理的領域への侵入を予測するためのマラリアにおけるレプリキンカウントサイクルの分析〕
地理的拡大の現象はマラリアおよび他の病原体にも当てはまる。熱帯熱マラリア原虫のレプリキン・ピーク・ジーン、ヒスチジンに富むタンパク質、またはＡＴＰアーゼのレプリキン濃度の分析は、レプリキン濃度サイクルが熱帯熱マラリア原虫の死亡率および／または罹患率の拡大の予測を提供することを証明する。例えば、特定領域からの分離株に基づくレプリキン濃度サイクルが、平均年次レプリキンカウントにおける長期の上昇、または、平均年次レプリキンカウントにおける上昇に続くピークを明示する場合、この有意な上昇またはピークは、レプリキンカウントにおけるこの有意な上昇またはピークまで、この特定領域の死亡率または罹患率を経験しなかった、隣接する領域または近くの領域内へ、この分離株の死亡率または罹患率が拡大することを予測する。
【０２１０】
例えば、レプリキン濃度のサイクルは、アフリカのサヘル地帯において２年目および７年目に２つのピークを有して確立される。７年目の第２ピークは、０．０１のｐ値で、２年目の第１ピークよりも有意に高い。サヘル地帯は０年目から７年目の間に、より南方の領域よりも高い死亡率を経験した。７年目のより高いピークに基づき、マラリアによる死亡率は、サヘルの南に隣接する領域において増加するだろうと予測される。複数のレプリキン配列が７年目の分離株から分離された。０年目から７年目の間に保存されたレプリキンは、サヘルおよびその南に隣接する領域におけるマラリアに対するワクチンとして選択される。７年目での新しいレプリキンは同様に、ワクチンとして選択される。これらのレプリキン配列の混合物は、医薬的に許容可能な担体および／またはアジュバントと組み合わせて、サヘルおよびその南に隣接する領域において８年目の乾季に続いてより高い死亡率を有すると予測されたマラリアに対して処理および／または保護するため、免疫応答を引き起こすために対象に投与される。
【０２１１】
〔実施例７〕
〔同じおよび関連するインフルエンザ株における経時的レプリキンカウントウイルス拡大指標〕
出願人は、２００４年から２００８年の間に分離された標本についてwww.pubmed.comで公的に入手可能なインフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株の分離株のｐＢ１遺伝子領域の全てのアミノ酸配列を分析した。分離株は、配列が入手可能であった各年について国内のトリの種によって分類された。
【０２１２】
ｐＢ１遺伝子領域における連続的および重複するレプリキンペプチドの濃度が、各分離株について決定された（レプリキン・ピーク・ジーンのレプリキンカウント）。各年内、各国において、標準偏差を伴って平均レプリキンカウントが決定された。中国は２００４年から２００８年までの各年について最も多い数の分離株を有することが見出され、各年の中国国内におけるニワトリからの全てのＨ５Ｎ１分離株の平均レプリキンカウント（標準偏差を伴う）が対照として選ばれ、この対照に対して他のレプリキンカウントが決定された（分析用に利用可能な非常に多くの分離株の中でもレプリキンカウントにおける限定的な変動性のために、中国が対照として選らばれた）。
【０２１３】
所与の国の所与の年における各々の個々の分離株についてのレプリキンカウントを、その年における中国のニワトリからの全ての分離株についての平均レプリキンカウントから１標準偏差と比較した。各国内において、平均値の１標準偏差よりも大きいレプリキンカウント数、および、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウント数を決定した。その後、各年の各国について、平均値の１標準偏差よりも大きいレプリキンカウントの割合を、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウントの割合で割って、比、すなわちレプリキンカウントウイルス拡大（ＲＣＶＥ）指標を提供した。１より大きいＲＣＶＥ指標を有する国々において、翌年または翌数年のＨ５Ｎ１の拡大が予測された。１より小さいＲＣＶＥ指標を有する国々において、翌年または翌数年の収縮またはウイルス減退が予測された。
【０２１４】
５セットのＲＣＶＥ指標を計算し、例として当業者用に以下で報告する。当業者は、任意の領域、時、または種のデータの予測方法をどのように繰り返すかを理解するであろうし、集団が拡大すると予測された分離株において特定された治療用化合物を含む、ＲＣＶＥ指標によって予測された大発生に対する予防、緩和および処理の方法をどのように実施するかを本明細書の開示から理解するであろう。
【０２１５】
以下の表９〜表１３において、対照の平均値の報告された標準偏差よりも上の個々のレプリキンカウントは、太字になっている。対照の平均値の報告された標準偏差より下の個々のレプリキンカウントは、イタリック体で太字になっている。対照と比較して、ＲＣＶＥ指標比を各群の分離株について報告する。
【０２１６】
表９において、２００４年の中国国内のハクチョウからの個々のＨ５Ｎ１分離株についてのレプリキンカウントを、２００４年の中国からの全てのニワトリのＨ５Ｎ１分離株についての年次平均レプリキンカウントの対照と比較する。

２００４年のＨ５Ｎ１のレプリキンカウント
【表９】

【０２１７】
２００４年の中国におけるハクチョウについてのＲＣＶＥ指標は、１２．５／０である。分母がゼロのときゼロは１として設定されるので、指標は、１２．５の比に戻り、これは拡大する集団を予測する。この予測された拡大は、２００６年の中国におけるハクチョウの拡大する集団についての以下の表１１に見られる。
【０２１８】
表１０において、２００５年のモンゴル、ロシア、および日本におけるハクチョウからの個々の分離株についてのレプリキンカウントを、２００５年の中国からの全てのＨ５Ｎ１ニワトリ分離株についての年次平均レプリキンカウントの対照と比較する。

２００５年のＨ５Ｎ１レプリキンカウント
【表１０】

【０２１９】
２００５年のモンゴルにおけるハクチョウについてのＲＣＶＥ指標は１．３であり、ＲＣＶＥ指標が１よりも大きいので、モンゴルにおけるＨ５Ｎ１集団の拡大を予測する。モンゴルからのこの予測された拡大は、ハクチョウおよびモンゴルからの他のトリの飛行経路であると知られている、スウェーデンおよびデンマークなどのヨーロッパの国々において以下で見られる。
【０２２０】
表１１において、８つの異なる国々の様々な種のトリからの個々の分離株についてのレプリキンカウントを、２００６年の中国からの全てのＨ５Ｎ１ニワトリ分離株についての年次平均レプリキンカウントの対照と比較する。デンマークにおいて、アヒル、ハクチョウ、および、ハヤブサの分離株が報告された。チェコ共和国において、シチメンチョウおよびハヤブサの分離株が報告された。全ての他の対照でない分離株はハクチョウ由来である。

２００６年のＨ５Ｎ１レプリキンカウント
【表１１】

【０２２１】
ＲＣＶＥ指標は、ドイツ、スロベニア、スコットランド、チェコ共和国、および中国における拡大を予測する。指標は、スウェーデン、デンマーク、およびモンゴルにおける収縮または減退を予測する。２００５年に１．３の指標が拡大を予測した一方で、指標は、２００６年のモンゴルにおけるハクチョウのＨ５Ｎ１インフルエンザ集団の収縮または減退を予測することは注目すべきである。２００６年に予測されたように、２００７年に、Ｈ５Ｎ１分離株はモンゴルにおいて報告されなかった。以下の表１２を参照されたい。
【０２２２】
表１２において、２００７年の日本におけるハクチョウからの個々の分離株についてのレプリキンカウントを、２００７年の中国からの全てのニワトリＨ５Ｎ１分離株についての年次平均レプリキンカウントの対照と比較する。

２００７年のＨ５Ｎ１レプリキンカウント
【表１２】

【０２２３】
２００７年の日本におけるハクチョウについてのＲＣＶＥ指標は、５０／０である。分母がゼロのときゼロは１として設定されるので、指標は、５０の比に戻り、これは拡大する集団を予測する。したがって小さいサンプルサイズにもかかわらず、指標は、拡大を予測し、これは日本のハクチョウにおける拡大する集団についての以下の表１３に見られる。
【０２２４】
表１３において、２００８年の日本におけるハクチョウからの個々の分離株についてのレプリキンカウントを、２００８年の中国からの全てのニワトリＨ５Ｎ１分離株についての年次平均レプリキンカウントの対照と比較する。２００８年のニワトリからのたった３つの分離株が報告され、分析用に利用可能であった。

２００８年のＨ５Ｎ１レプリキンカウント
【表１３】

【０２２５】
２００８年の日本におけるハクチョウについてのＲＣＶＥ指標は、１．８であり、これは日本のハクチョウにおけるインフルエンザの将来の拡大を予測する。
【０２２６】
前述されたようにＲＣＶＥ指標は、大発生に関与する病原体の集団の、現在の生存状態、および、拡大状態または収縮／減退状態の一つの尺度として当業者によって実践されうる。当業者は、コンピューターシミュレーションによりレプリキン・ピーク・ジーンを分離でき、レプリキン・ピーク・ジーンのレプリキンカウントを測定でき、そして、大発生の深刻度、大発生の方向、および近隣の地理的領域への付随する危険性を理解するために、同じ期間および前の期間の他の地理的領域におけるウイルスの関連する株のレプリキンカウントデータを比較することができる。ハリケーンを特定し追跡するように、当業者へのかなりの利益は、治療法を開発する時間、ならびに、家禽の隔離と選抜除去、ワクチン接種、および他の方法などの現在知られている、または今後知られる公衆衛生方策を設ける時間である。本明細書において開示された方法はさらに、当業者に、本明細書において開示された合成レプリキンワクチンを製造するための時間を提供する。
【０２２７】
〔実施例８〕
〔同じおよび関連するマラリア株の経時的レプリキンカウント拡大指標〕
２００４年から２００８年までの熱帯熱マラリア原虫分離株のヒスチジンに富むタンパク質遺伝子の全ての公的に入手可能な配列をレプリキン濃度について分析する。分離株は領域ごとに分類する。
【０２２８】
各年内で各領域における平均レプリキンカウントを標準偏差と共に決定する。２００４年から２００８年までの各年について最も数が多い分離株、または、分離株のレプリキンカウントの中で最も小さい変動性（あるいはこの双方）を有する領域を対照として選び、この対照に対して他のレプリキンカウントを分析した。所与の年、所与の領域における各々の個々の分離株についてのレプリキンカウントを、対照領域からの全ての分離株についての平均レプリキンカウントから１標準偏差と比較する。各領域内で、平均値の１標準偏差よりも大きいレプリキンカウント数、および、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウント数を、決定する。それから各年の各領域について、平均値の１標準偏差よりも大きいレプリキンカウントの割合を、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウントの割合で割って、比、すなわちレプリキンカウント拡大（ＲＣＥ）指標を提供する。１よりも大きいＲＣＥ指標を有する領域において、翌年または翌数年のマラリアの拡大が予測される。１よりも小さいＲＣＥ指標を有する領域において、翌年または翌数年のマラリアの収縮が予測される。
【０２２９】
マラリアが拡大すると予測される領域では、レプリキン・ピーク・ジーンが、領域についての平均レプリキンカウントよりも高いレプリキンカウントを有する分離株において特定される。レプリキン・ピーク・ジーンおよび／またはレプリキン・ピーク・ジーン内の１レプリキンペプチド（もしくは複数のレプリキンペプチド）が、診断目的および／または治療目的のための免疫原性化合物として選択される。拡大する集団に対するワクチンが、免疫原性化合物を含んで製造される。このワクチンは、拡大するマラリア集団を緩和するために投与される。
【０２３０】
〔実施例９〕
〔同じおよび関連する口蹄疫ウイルス株における経時的レプリキンカウントウイルス拡大指標〕
２００４年から２００８年までのＯ型口蹄疫ウイルスの分離株のＶＰ１遺伝子の全ての公的に入手可能な配列を、レプリキン濃度について分析する。分離株は領域ごとに分類する。
【０２３１】
各年内で各領域における平均レプリキンカウントを標準偏差と共に決定する。２０００年から２００８年までの各年について、最も数が多い分離株、または、分離株のレプリキンカウントの中で最も小さい変動性（あるいはこの双方）を有する領域を対照として選び、この対照に対して他のレプリキンカウントを分析する。所与の年、所与の領域における各々の個々の分離株についてのレプリキンカウントを、対照領域からの全ての分離株についての平均レプリキンカウントから１標準偏差と比較する。各領域内で、平均値の１標準偏差よりも大きいレプリキンカウント数、および、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウント数を、決定する。それから各年の各領域について、平均値の１標準偏差よりも大きいレプリキンカウントの割合を、平均値の１標準偏差よりも小さいレプリキンカウントの割合で割って、比、すなわちレプリキンカウントウイルス拡大（ＲＣＶＥ）指標を提供する。１よりも大きいＲＣＶＥ指標を有する領域において、翌年または翌数年の口蹄疫の拡大が予測される。１よりも小さいＲＣＶＥ指標を有する領域において、翌年または翌数年の口蹄疫の収縮が予測される。
【０２３２】
口蹄疫が拡大すると予測される領域では、レプリキン・ピーク・ジーンが、領域についての平均レプリキンカウントよりも高いレプリキンカウントを有する分離株において特定される。レプリキン・ピーク・ジーンおよび／またはレプリキン・ピーク・ジーン内の１レプリキンペプチド（もしくは複数のレプリキンペプチド）が、診断目的および／または治療目的のための免疫原性化合物として選択される。拡大する集団に対するワクチンが、免疫原性化合物を含んで製造される。このワクチンは、拡大する口蹄疫ウイルス集団を緩和するために投与される。
【０２３３】
〔実施例１０〕
〔合成レプリキンワクチンはニワトリのＨ５Ｎ１をブロックする〕
１２個のＨ５Ｎ１レプリキンペプチドの、ほぼ等しい重量部での混合物を含有する合成レプリキンワクチンを、米国ノースカロライナのガンカモ科の黒いトリから分離された低病原性Ｈ５Ｎ１株に対して、ニワトリにおいて試験した。低病原性Ｈ５Ｎ１株は、渡り鳥に感染し、米国の市販のニワトリ群の健康および生産性を損ない、通常この市販ニワトリ群においてほとんど死亡率を伴わない。これら低病原性Ｈ５Ｎ１株は、ウイルス構造において、ユーラシアにおけるこれらのより致死性の高い高病原性Ｈ５Ｎ１類縁体と、非常に密接に関係する。低病原性株から高病原性株への変異は、今のところ観察されていないが、この種の変異は次第に当業者によって予測されうる。
【０２３４】
試験されたワクチンは、Ｈ５Ｎ１ウイルスの侵入部位と、宿主細胞内への侵入を成し遂げるこれらＨ５Ｎ１ウイルスの複製部位との、双方をブロックするよう作り出された。したがって、このワクチンは、ツーパンチ（TWO-PUNCH）ワクチンと呼ばれる。以下で証明するように、ニワトリにおけるツーパンチワクチンの記載された試験による証拠は、ワクチンが設計された目的である、この双方のメカニズムは、有効であったと示唆する：つまり、（１）接種されたニワトリへのウイルス侵入は、ワクチンによる免疫によって減少された、また、（２）感染細胞内でのウイルス複製は、試験されたトリの糞便内のウイルスの排出を阻止するようにワクチンによる免疫によって十分に制限された。
【０２３５】
ツーパンチのレプリキンワクチンは、インフルエンザ株の間で共有され、かつ、インフルエンザ株内に何十年もの間保存されているインフルエンザレプリキンペプチドに基づく。このワクチンは、Ｈ５Ｎ１ウイルスのゲノムから発現されると特定された１２個のレプリキンペプチドの混合物として作り出された。これらレプリキンペプチドのうちの６個は、インフルエンザウイルスの細胞への付着および侵入に関与する、Ｈ５Ｎ１の赤血球凝集素タンパク質から分離された配列にしたがって合成される。これらレプリキンペプチドのうちの６個は、インフルエンザウイルスの宿主細胞内での複製に関与すると特定された、Ｈ５Ｎ１のｐＢ１遺伝子領域から分離された配列にしたがって合成される。
【０２３６】
ワクチン内に含有される以下の６個のレプリキン配列は、赤血球凝集素タンパク質から分離された：
（１） HAQDILEKEHNGKLCSLKGVRPLILK（配列ＩＤ番号：１）；
（２） KEHNGKLCSLKGVRPLILK（配列ＩＤ番号：２）；
（３） KKNNAYPTIKRTYNNTNVEDLLIIWGIHH（配列ＩＤ番号：３）；
（４） HHSNEQGSGYAADKESTQKAIDGITNK（配列ＩＤ番号：４）；
（５） HDSNVKNLYDKVRLQLRDNAK（配列ＩＤ番号：５）；および、
（６） KVRLQLRDNAKELGNGCFEFYH（配列ＩＤ番号：６）。
【０２３７】
ワクチン内に含有される以下の６個のレプリキン配列は、ｐＢ１遺伝子領域から分離された：
（１） KDVMESMDKEEMEITTH（配列ＩＤ番号：７）；
（２） HFQRKRRVRDNMTKK（配列ＩＤ番号：８）；
（３） KKWSHKRTIGKKKQRLNK（配列ＩＤ番号：９）；
（４） HKRTIGKKKQRLNK（配列ＩＤ番号：１０）；
（５） HEGIQAGVDRFYRTCKLVGINMSKKK（配列ＩＤ番号：１１）；および、
（６） HSWIPKRNRSILNTSQRGILEDEQMYQKCCNLFEK（配列ＩＤ番号：１２）。
【０２３８】
ワクチンは、１２個のペプチドのほぼ等しい重量部での混合物を含む。以下のペプチドの量をワクチンの初期混合物を作るために混ぜ合わせた：
HAQDILEKEHNGKLCSLKGVRPLILK（配列ＩＤ番号：１） 239.6
mg
KEHNGKLCSLKGVRPLILK（配列ＩＤ番号：２） 200.8
mg
KKNNAYPTIKRTYNNTNVEDLLIIWGIHH（配列ＩＤ番号：３） 213.0
mg
HHSNEQGSGYAADKESTQKAIDGITNK（配列ＩＤ番号：４） 135.6
mg
HDSNVKNLYDKVRLQLRDNAK（配列ＩＤ番号：５） 170.8
mg
KVRLQLRDNAKELGNGCFEFYH（配列ＩＤ番号：６） 188.3
mg
KDVMESMDKEEMEITTH（配列ＩＤ番号：７） 161.9
mg
HFQRKRRVRDNMTKK（配列ＩＤ番号：８） 138.3
mg
KKWSHKRTIGKKKQRLNK（配列ＩＤ番号：９） 217.8
mg
HKRTIGKKKQRLNK（配列ＩＤ番号：１０） 178.0
mg
HEGIQAGVDRFYRTCKLVGINMSKKK（配列ＩＤ番号：１１） 159.2
mg
HSWIPKRNRSILNTSQRGILEDEQMYQKCCNLFEK（配列ＩＤ番号：１２） 233.8
mg
混合物の総量は２２３７．１ｍｇであった。
【０２３９】
ペプチド混合物をその後、３つの異なる日（１日目、７日目および２８日目）にワクチンを投与するために、３つの等しい部分に分けた。水に溶解した後、３つの等しい部分を、毎日合計４０羽のトリに投与するように、それぞれ２０羽である２つのグループの個々のトリに投与した。（鼻腔内および眼球内のいずれか、あるいは噴霧吸入による）投与時に各トリに投与された活性ペプチド成分の総量は、一投与当たり一羽のトリにつき約１８．６ｍｇであった。
【０２４０】
ワクチン溶液を、ふ化後１日目に第１投与で鼻腔内に、ふ化後７日目に第２投与で眼球内に、そして、ふ化後１４日目に第３投与で微細噴霧吸入により、ニワトリに投与した。
【０２４１】
生後第１日目のニワトリを、一グループ当たりニワトリ２０羽となるように４つのグループに分けた。第１グループは、ワクチン接種されず、低病原性Ｈ５Ｎ１で攻撃されない対照グループであった。第２グループは、ワクチン接種され、低病原性Ｈ５Ｎ１で攻撃されなかった。第３グループは、ワクチン接種され、続いて低病原性Ｈ５Ｎ１で攻撃された。第４グループは、ワクチン接種されず、低病原性Ｈ５Ｎ１で攻撃された。
【０２４２】
ワクチン接種されたニワトリに対して、合成Ｈ５Ｎ１レプリキンワクチンを、ふ化後１日目に鼻腔内に投与し、ふ化後７日目に眼球内に投与し、そしてふ化後１４日目に微細噴霧吸入により投与した。攻撃されるニワトリのグループはその後、そのニワトリの生後２８日目に低病原性Ｈ５Ｎ１ウイルスで攻撃された。選択されたニワトリからの血清を、攻撃後７日目、１４日目、および２１日目に、Ｈ５Ｎ１ウイルスに対する抗体について全てのグループにおいて分析した。ウイルス糞便排出についてＰＣＲも全てのグループにおいて分析した。
【０２４３】
ワクチン接種されなかった対照ニワトリは、予想された高いウイルス侵入（Ｈ５Ｎ１に対する抗体の高い力価によって示されるとおり）と、予想された高いウイルス複製（ＰＣＲによって検出されたウイルスの糞便および唾液の高い排出によって示されるとおり）の双方を証明した。対照的に、ワクチン接種されたニワトリは、より低いウイルス侵入（Ｈ５Ｎ１に対する抗体の低い力価によって、または、血清中にＨ５Ｎ１に対する抗体が観察されないことによって、示されるとおり）、および、ワクチン接種されたニワトリにおける低いウイルス複製を示す、またはウイルス複製がないことを示す、ウイルスの糞便または唾液排出の欠如を、証明した。したがってこのデータは、ウイルスがワクチンに対するニワトリの免疫応答によって侵入を部分的に阻止されたこと、ならびに、ニワトリのシステムに侵入した限られた量のウイルスが、糞便または唾液中にウイルスを排出するのに十分なニワトリ宿主細胞における複製を阻止されたことを示唆する。
【０２４４】
以下の表１４のデータは、特定の試験日における４つのグループ（陰性対照グループ、ワクチン接種されたグループ、ワクチン接種され低病原性Ｈ５Ｎ１で攻撃されたグループ、および低病原性Ｈ５Ｎ１で攻撃された（ワクチン接種されなかった）グループ）の各々で試験されたニワトリの数、ならびに、Ｈ５Ｎ１に対する抗体の生成が血清力価で検定されたニワトリの数を提供する。

ワクチン接種されたニワトリの低病原性Ｈ５Ｎ１攻撃の血清抗体試験
【表１４】

【０２４５】
以下の表１５のデータは、特定の試験日における４つのグループ（陰性対照グループ、ワクチン接種されたグループ、ワクチン接種され低病原性Ｈ５Ｎ１で攻撃されたグループ、および低病原性Ｈ５Ｎ１で攻撃された（ワクチン接種されなかった）グループ）の各々でニワトリの唾液および糞便中のＨ５Ｎ１ウイルスについて試験されたニワトリの数、ならびに、ＰＣＲ分析に基づいてニワトリの糞便および唾液中にＨ５Ｎ１が検出されたニワトリの数を提供する。

低病原性Ｈ５Ｎ１攻撃のニワトリから排出されたＨ５Ｎ１ウイルスについてのＰＣＲ試験
【表１５】

【０２４６】
表１４および表１５のデータは、ツーパンチワクチンの二重保護メカニズムの有効性を証明する。第１に、ワクチン接種されずＨ５Ｎ１で攻撃された、いくつかのニワトリは糞便および唾液中にウイルスを排出したが、一方でワクチン接種されＨ５Ｎ１で攻撃されたニワトリで糞便または唾液中にウイルスを排出したものはいなかった。表１５を参照されたい。これらのデータは、このワクチンがウイルスの複製に対する保護効果を与えたことを証明する。第２に、ワクチン接種されずＨ５Ｎ１で攻撃されたニワトリの７羽中４羽が、７日目にＨ５Ｎ１に対する血清抗体を生成し、ワクチン接種されずＨ５Ｎ１で攻撃されたニワトリの９羽中７羽が、１４日目にＨ５Ｎ１に対する血清抗体を生成し、そしてワクチン接種されずＨ５Ｎ１で攻撃されたニワトリの９羽中３羽が、２８日目にＨ５Ｎ１に対する血清抗体を生成していたが、一方でワクチン接種され攻撃されたニワトリの７羽中たった１羽だけが、７日目にＨ５Ｎ１に対する血清抗体を生成し、ワクチン接種され攻撃されたニワトリの６羽中たった３羽だけが、１４日目にＨ５Ｎ１に対する血清抗体を生成し、そして、ワクチン接種され攻撃されたニワトリの７羽中たった２羽だけが、２１日目にＨ５Ｎ１に対する血清抗体を生成していた。表１４を参照されたい。これらのデータは、ワクチン接種されたニワトリの幾羽かについて、Ｈ５Ｎ１ウイルス攻撃が、ニワトリのシステム内への侵入前に（おそらく粘膜で生成された抗体によって）停止されたことを証明する。これらのデータはさらに、ウイルスがシステムに侵入した（結果として血清抗体の生成をもたらした）、ワクチン接種され攻撃されたニワトリについて、ウイルスは、それにもかかわらず、糞便または唾液内に排出されなかったことを証明する。
【０２４７】
表１４のデータから分かるように、ワクチン接種されず攻撃されたほとんど全てのトリは抗体陽転した（検出可能な抗体を生成した）。これは、ワクチン接種されなかったトリの感染を証明する。他方では、ワクチン接種され攻撃されたトリのたった数羽だけが、抗体陽転した。さらに、これらの抗体陽転したワクチン接種されたトリについては、抗体力価は低かった。加えて、陰性対照グループは、抗体陽転しなかった。これらのデータは、トリにおけるワクチンの保護効果を証明する。
【０２４８】
加えて、表１５は、ワクチン接種されたトリの糞便および唾液中に検出可能なインフルエンザがなかったことを証明する。ウイルス排出がこのインフルエンザレプリキンワクチンによって阻止されたことは、特に重要である。それは、アジアと米国との双方における渡り鳥群および家禽群のＨ５Ｎ１ウイルスの蓄積の維持（ならびにこれらの蓄積からのＨ５Ｎ１ウイルスの地域的広がり）は、近隣のニワトリおよびトリによって拾われるウイルス排出物に依存するからである。Ｈ５Ｎ１ウイルスの株の致死性レベルにかかわらず、ウイルス排出がないので、ウイルスの広がりはないと予想される。
【０２４９】
したがって、ニワトリにおけるツーパンチ・レプリキンペプチドワクチンの投与から観察されたデータは、（１）ウイルスの侵入に対する障壁、（２）ウイルス複製の障害物、および（３）ウイルスの糞便による拡散の障害物としての、ワクチンの効力を証明している。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１病原体の集団の拡大を予測する方法であり、
前記第１病原体の分離株におけるレプリキン濃度の少なくとも１つのサイクルを特定することと、
前記第１病原体の前記集団の拡大は、レプリキン濃度の前記少なくとも１つのサイクルの少なくとも１つの上昇部分の出現後に起こるであろうと予測することと、
を含む、方法であって、
前記少なくとも１つのサイクルは、サイクルＡである、方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つの上昇部分は、ピークを含み、前記第１病原体の前記集団の前記拡大は、前記ピークの出現後に予測される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも１つの上昇部分は、少なくとも第１上昇部分および第２上昇部分を含み、前記第１上昇部分は、前記第２上昇部分前の適時に出現する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも１つの上昇部分は、少なくとも上昇部分Ａ’、上昇部分Ｂ’、および、上昇部分Ｃ’を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記上昇部分Ｂ’は、ピークＢを含み、前記上昇部分Ａ’は、ピークＡを含み、前記上昇部分Ｂ’のピークＢは、前記上昇部分Ａ’のピークＡよりも高いレプリキン濃度を有する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
病原体の集団の拡大を予測する方法であって、
前記病原体または関連する病原体の複数の分離株のレプリキン濃度の少なくとも１つのサイクルを特定することと、
第１時点または第1期間での前記少なくとも１つの特定されたサイクル内において、前記病原体の複数の分離株の前記レプリキン濃度の第１ピークを特定することと、
第２時点または第２期間で分離された同じ種の病原体の集団の拡大が、前記第１時点または第１期間の後に起こるであろうと予測することと、
を含む、方法。
【請求項７】
前記第１病原体は、マラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、または、インフルエンザウイルスである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記第１病原体は、インフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
病原体の少なくとも１つの他の株の分離株におけるレプリキン濃度の少なくとも１つの他のサイクルを特定することであって、前記少なくとも１つ他のサイクルは、サイクルＢであり、サイクルＢは、サイクルＡと同調性を共有する、特定することと、
前記第１病原体の前記集団の拡大が、前記サイクルＡ内の少なくとも１つの上昇部分の前記出現後に起こるであろうと予測することであって、前記サイクルＡの少なくとも１つの上昇部分は、サイクルＢの上昇部分に対応する、予測することと、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記第１病原体は、インフルエンザウイルスの株であり、前記病原体の少なくとも１つの他の株は、インフルエンザウイルスの異なる株である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記第１病原体は、インフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株であり、前記病原体の少なくとも１つの他の株は、インフルエンザウイルスのＨ９Ｎ２株である、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記第１病原体の前記集団の前記拡大は、前記ピーク後３年以内に予測される、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
前記第１病原体の前記集団の前記拡大は、前記ピーク後１年以内に予測される、請求項２に記載の方法。
【請求項１４】
前記第１病原体の前記集団の前記拡大は、前記病原体の次の毒性シーズン後に予測される、請求項２に記載の方法。
【請求項１５】
病原体のレプリキンペプチドもしくはレプリキン・ピーク・ジーン、
を含む、分離または合成されたタンパク質、タンパク質断片、もしくはペプチドであって、
前記病原体は、請求項１に記載の方法にしたがって前記病原体の集団の拡大を有すると予測される、分離または合成されたタンパク質、タンパク質断片、もしくはペプチド。
【請求項１６】
１つ以上のレプリキンペプチド、および／または、１つ以上のレプリキン・ピーク・ジーンからなる、
請求項１５に記載の分離または合成されたタンパク質、タンパク質断片、もしくはペプチド。
【請求項１７】
前記１つ以上のレプリキンペプチドは、レプリキン濃度における少なくとも１つのサイクルの間、前記少なくとも１つのサイクルにおける少なくとも２つの連続する時点または期間に保存される、請求項１６に記載の分離または合成されたタンパク質、タンパク質断片、もしくはペプチド。
【請求項１８】
ＨＡＱＤＩＬＥＫＥＨＮＧＫＬＣＳＬＫＧＶＲＰＬＩＬＫ（配列ＩＤ番号：１）、ＫＥＨＮＧＫＬＣＳＬＫＧＶＲＰＬＩＬＫ（配列ＩＤ番号：２）、ＫＫＮＮＡＹＰＴＩＫＲＴＹＮＮＴＮＶＥＤＬＬＩＩＷＧＩＨＨ（配列ＩＤ番号：３）、ＨＨＳＮＥＱＧＳＧＹＡＡＤＫＥＳＴＱＫＡＩＤＧＩＴＮＫ（配列ＩＤ番号：４）、ＨＤＳＮＶＫＮＬＹＤＫＶＲＬＱＬＲＤＮＡＫ（配列ＩＤ番号：５）、ＫＶＲＬＱＬＲＤＮＡＫＥＬＧＮＧＣＦＥＦＹＨ（配列ＩＤ番号：６）、ＫＤＶＭＥＳＭＤＫＥＥＭＥＩＴＴＨ（配列ＩＤ番号：７）、ＨＦＱＲＫＲＲＶＲＤＮＭＴＫＫ（配列ＩＤ番号：８）、ＫＫＷＳＨＫＲＴＩＧＫＫＫＱＲＬＮＫ（配列ＩＤ番号：９）、ＨＫＲＴＩＧＫＫＫＱＲＬＮＫ（配列ＩＤ番号：１０）、ＨＥＧＩＱＡＧＶＤＲＦＹＲＴＣＫＬＶＧＩＮＭＳＫＫＫ（配列ＩＤ番号：１１）；または、ＨＳＷＩＰＫＲＮＲＳＩＬＮＴＳＱＲＧＩＬＥＤＥＱＭＹＱＫＣＣＮＬＦＥＫ（配列ＩＤ番号：１２）のペプチドのうち少なくとも１つを含む、請求項１７に記載の分離または合成されたタンパク質、タンパク質断片、もしくはペプチド。
【請求項１９】
請求項１５に記載の分離または合成されたタンパク質、タンパク質断片、もしくはペプチドを含む、免疫原性組成物。
【請求項２０】
前記分離または合成されたタンパク質、タンパク質断片、もしくはペプチドは、レプリキンペプチドまたはレプリキン・ピーク・ジーンからなる、請求項１９に記載の免疫原性組成物。
【請求項２１】
前記レプリキンペプチド、または前記レプリキン・ピーク・ジーンは、レプリキン濃度における少なくとも１つのサイクルのうちの少なくとも１つの間、前記少なくとも１つのサイクルのうちの前記少なくとも１つにおける少なくとも２つの連続する時点もしくは期間に保存される、請求項２０に記載の免疫原性組成物。
【請求項２２】
集団が拡大すると予測された第１病原体の大発生を防ぐか、緩和するか、または処理する方法であって、
請求項１に記載の方法にしたがって、前記第１病原体の前記集団の前記拡大を予測することと、
前記第１病原体の前記予測された大発生を緩和するか、防ぐか、または処理するために、前記第１病原体の構造もしくはゲノムの分離または合成された部分を含む化合物を、動物または患者に投与することと、
を含む、方法。
【請求項２３】
ワクチンを作る方法であって、
請求項１にしたがって第１病原体の集団の拡大を予測することと、
ワクチン中に含まれるべき前記第１病原体の構造またはゲノムの部分を特定することと、
を含む、方法。
【請求項２４】
コンピュータ可読媒体であって、
当該コンピュータ可読媒体上に記憶されている命令を有し、
前記命令が実行されると、プロセッサが請求項１の第１病原体の集団の拡大を予測する方法を実施する、コンピュータ可読媒体。
【請求項２５】
請求項１の前記第１病原体の前記集団の拡大を予測する前記方法は、ディスプレイ、使用者、研究者、または他の機械もしくは人物にその予測を出力することをさらに含む、請求項２４に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項２６】
当該コンピュータ可読媒体上に記憶されている命令をさらに含み、
前記命令が実行されると、プロセッサが、ディスプレイ、使用者、研究者、または他の機械もしくは人物に対して、前記第１病原体中に保存されている前記第１病原体の少なくとも１つのレプリキンペプチドを特定する、請求項２４に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項２７】
病原体の株の拡大を予測する方法であって、
第１地理的領域の第１期間における病原体の株の複数の分離株について、平均レプリキンカウント、および前記平均レプリキンカウントの標準偏差を決定することと、
第２期間および／または第２地理的領域からの病原体の同じ株または関連する株の少なくとも１つの分離株のレプリキンカウントを決定することであって、前記第２期間は前記第１期間とは異なり、および／または、前記第２地理的領域は前記第１地理的領域とは異なり、前記第２期間は必ずしも前記第１期間の後である必要はない、決定することと、
前記少なくとも１つの分離株の前記レプリキンカウントが、前記第１期間に前記第１地理的領域において分離された前記複数の分離株の前記レプリキンカウントの平均値の１標準偏差よりも大きい場合、前記第２期間および／または前記第２地理的領域において分離された病原体の前記株の拡大を予測することと、
を含む、方法。
【請求項２８】
第２期間および／または第２地理的領域からの病原体の前記同じ株の前記少なくとも１つの分離株は、前記第２期間および／または前記第２地理的領域からの複数の分離株であり、前記第２期間および／または前記第２地理的領域からの前記複数の分離株の各分離株のレプリキンカウントは、前記平均レプリキンカウントの前記１標準偏差と別個に比較される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記第２期間および／または前記第２地理的領域において分離された病原体の前記株の前記拡大は、前記第１期間に前記第１地理的領域において分離された前記複数の分離株の前記レプリキンカウントの前記平均値の１標準偏差よりも大きい、前記第２期間および／または前記第２地理的領域からの前記複数の分離株のレプリキンカウント数が、前記平均値の前記１標準偏差よりも小さい、前記第２期間および／または前記第２地理的領域からの前記複数の分離株の前記レプリキンカウント数よりも大きい場合に、予測される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記病原体は、インフルエンザウイルス、マラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、または、口蹄疫ウイルスである、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
前記第１期間は、１年であり、前記第１地理的領域は、ある国である、請求項２７に記載の方法。
【請求項３２】
前記第２期間は、１年であり、前記第２地理的領域は、ある国である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
病原体の大発生を防ぐか、緩和するか、または処理する方法であって、
請求項２７にしたがって病原体の株の拡大を予測することと、
前記病原体の前記大発生を防ぐか、または処理するために前記病原体の少なくとも１つの分離株の構造もしくはゲノムの分離または合成された部分を含む化合物を、動物または患者に投与することと、
を含む、方法。
【請求項３４】
前記方法は、コンピュータによって実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記方法は、コンピュータによって実施される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３６】
前記方法は、コンピュータによって実施される、請求項６に記載の方法。
【請求項３７】
前記方法は、コンピュータによって実施される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３８】
前記病原体は、マラリア・トリパノソーマ、西ナイルウイルス、口蹄疫ウイルス、または、インフルエンザウイルスである、請求項６に記載の方法。
【請求項３９】
前記病原体は、インフルエンザウイルスのＨ５Ｎ１株である、請求項６に記載の方法。
【請求項４０】
定量的サイクル構造であり、
時間経過に伴う微生物の株において特定されるレプリキンペプチド濃度、
を含む、定量的サイクル構造であって、
前記サイクル構造は、前記微生物の株の集団の拡大および／または収縮、前記微生物の株の感染性、ならびに／あるいは、その宿主における前記微生物の株の致死性と適時相関する、定量的サイクル構造。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８Ａ】

【図８Ｂ】

【図８Ｃ】

【公表番号】特表２０１１−５１９８３７（Ｐ２０１１−５１９８３７Ａ）
【公表日】平成２３年７月１４日（２０１１．７．１４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５０６４５５（Ｐ２０１１−５０６４５５）
【出願日】平成２１年４月２３日（２００９．４．２３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０４１５６５
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１３２２０９
【国際公開日】平成２１年１０月２９日（２００９．１０．２９）
【出願人】（５１０２８０４１９）
【出願人】（５１０２８０４２０）
【出願人】（５１０２８０４３１）
【出願人】（５１０２８０４４２）
【Ｆターム（参考）】