レプリキンピーク遺伝子が関与する病原体および悪性腫瘍の致死性を判定する方法
本発明は、異なるウイルス、生物、または悪性腫瘍の間でレプリキン濃度を比較するステップを含む、致命的で毒性かつ急速に複製するウイルス、生物、および悪性腫瘍の同定方法を提供する。本発明は、診断、治療、および予防のための、致死性、毒性、および急速な複製の増大に関連する単離レプリキンピーク遺伝子をさらに提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍であって、少なくとも1つの前記第1のウイルスと同一種の第2のウイルス、前記第1の生物と同一種の第2の生物、または前記第1の悪性腫瘍と同一種の第2の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する、第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍の同定方法であって、前記第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を、少なくとも1つの第2のウイルス、第2の生物、または第2の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有する前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍が、より致命的であることを判定するステップを含む、方法。
【請求項2】
前記第1の悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記第1の悪性腫瘍は、非小細胞肺癌である、請求項2に記載の方法。
【請求項4】
前記第1の生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
前記第1のウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
前記第1のウイルスは、インフルエンザAウイルス株H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
ウイルス、生物、または悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子であって、前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスのビリオン、前記生物の細胞、または前記悪性腫瘍の悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、100アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成る前記ウイルスの前記ビリオン、前記生物の前記細胞、または前記悪性腫瘍の前記悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの一部分として同定される、単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項8】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスの前記ビリオン、前記生物の前記細胞、または前記悪性腫瘍の前記悪性細胞の他のすべてのタンパク質またはタンパク質フラグメントと比較して、100アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成るタンパク質またはタンパク質フラグメントの一部分である、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項9】
前記レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項10】
前記レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫から単離される、請求項9に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項11】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項12】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項13】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザAウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項14】
前記インフルエンザAウイルスは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項13に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項15】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルスのpB1遺伝子領域から単離される、請求項13に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項16】
前記ウイルスは、口蹄疫ウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項17】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記口蹄疫ウイルスのVP1遺伝子内に同定される、請求項16に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項18】
前記ウイルスは、ウエストナイルウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項19】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質から単離される、請求項18に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項20】
前記ウイルスは、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項21】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのタンパク質から単離される、請求項20に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項22】
前記ウイルスは、ブタサーコウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項23】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質から単離される、請求項22に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項24】
前記ウイルスは、白点症候群ウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項25】
前記レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスのリボヌクレオチドレダクターゼタンパク質から単離される、請求項24に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項26】
前記ウイルスは、タバコモザイクウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項27】
前記ウイルスは、ウイルス性出血性敗血症ウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項28】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ウイルス性出血性敗血症ウイルス中の糖タンパク質から単離される、請求項27に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項29】
前記レプリキンピーク遺伝子は、配列番号1741、配列番号3664、配列番号3660、配列番号3665、配列番号1996、配列番号1665、配列番号1684、配列番号1701、配列番号546、配列番号124、配列番号130、配列番号311、配列番号341〜344、配列番号286、配列番号287、配列番号288、配列番号289、配列番号290、配列番号233〜238、配列番号415、配列番号421、配列番号438、配列番号451、配列番号462、配列番号498、配列番号669、配列番号1168、配列番号1531、配列番号1548、配列番号3787の81〜204位、または配列番号1939の配列を含有する、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項30】
請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項31】
前記レプリキン配列は、配列番号2902〜2925、配列番号2312〜2544、配列番号2701〜2711、配列番号2713〜2718、配列番号3282〜3285、3287〜3291、3293、3295、3297、3299、3300、3302、3304、3306、および3308、配列番号1685〜1691、配列番号1702〜1717、配列番号106、配列番号112、配列番号113、配列番号125〜129、配列番号131〜156、配列番号233〜244、配列番号286〜290、配列番号312〜323、配列番号354〜366、配列番号368〜380、配列番号383〜393、配列番号395〜401、配列番号403〜414、配列番号291〜307、配列番号308〜310、配列番号324〜327、配列番号328〜340、配列番号416〜419、配列番号422〜437、配列番号440〜445、配列番号452〜457、配列番号464〜476、配列番号482〜484および配列番号487〜492、配列番号547〜562、配列番号663〜667、配列番号670〜1166、配列番号1169〜1529、配列番号1532〜1542、配列番号1548、配列番号3787の81〜204位、または配列番号1637〜1663である、請求項7に記載のレプリキンピーク遺伝子から単離されるレプリキン配列を含有する免疫原性組成物。
【請求項32】
コンピュータが読み取り可能な媒体であって、実行されると、ウイルス、生物、または悪性腫瘍のアミノ酸配列をコードするアミノ酸配列または核酸配列内における、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、100アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成る、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍のゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの部分を同定するステップを含む、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子の同定方法を、プロセッサに遂行させる命令をそこに格納した、コンピュータが読み取り可能な媒体。
【請求項33】
(1)請求項32に記載の前記レプリキンピーク遺伝子のレプリキン数、または請求項32に記載の前記レプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域のレプリキン数が、前記ウイルスと同一種の少なくとも1つの他のウイルス、前記生物と同一種の少なくとも1つの他の生物、または前記悪性腫瘍と同一型の少なくとも1つの他の悪性腫瘍のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される前記他のレプリキンピーク遺伝子を含む、別のレプリキンピーク遺伝子またはタンパク質もしくは遺伝子領域より高いことを判定するステップであって、前記他のウイルス、前記他の生物、または前記他の悪性腫瘍は、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍よりも早い時点で単離されるステップと、
(2)前記ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増大を予測するステップ、または前記ウイルスもしくは生物の大発生を予測するステップと、
を含む、実行されると、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増大、または前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む前記ウイルスもしくは生物の大発生を予測する方法を、プロセッサに遂行させる命令をさらに含む、請求項32に記載のコンピュータが読み取り可能な媒体。
【請求項34】
ウイルスもしくは生物の株、宿主、または流行の地理的地域、または致死性もしくは毒性の増大の予測方法であって、
(1)第1の宿主からの、または第1の地理的地域から単離される、第1の株の第1のウイルスまたは生物のゲノム内、または前記第1のウイルスと同一種の少なくとも1つの第2のウイルス、または前記第1の生物と同一種の少なくとも1つの第2の生物のゲノム内、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定されるレプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有する前記第1のウイルスもしくは生物のタンパク質またはタンパク質フラグメント内で、レプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域を同定するステップであって、前記第1のウイルスまたは前記第1の生物は、前記第1のウイルスまたは前記第1の生物よりも遅い時点で単離され、同一または別の宿主からの、または第1のウイルスまたは第1の生物と同一または別の地理的地域から単離される、同一株である、ステップと、
(2)前記第1の宿主内、または前記第1のウイルスもしくは生物の前記第1の地理的地域内での、前記第1の株の致死性または毒性の流行または増大を予測するステップと、を含む、方法。
【請求項35】
第1のウイルスまたは生物のゲノム内の、前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記少なくとも1つの第2のウイルスまたは生物のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される、レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有すると同定される、請求項34に記載の方法。
【請求項36】
前記第1のウイルスまたは前記第1の生物は、前記第2の生物または前記第2のウイルスより、少なくとも6ヶ月から3年遅く単離される、請求項34に記載の方法。
【請求項37】
前記第1の生物または前記第1のウイルスは、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、および熱帯熱マラリア原虫、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、トマトの木のジェミニ葉巻ウイルス、魚のウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項34に記載の方法。
【請求項38】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項37に記載の方法。
【請求項39】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザAウイルス株である、請求項37に記載の方法。
【請求項40】
前記インフルエンザAウイルスは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項39に記載の方法。
【請求項41】
前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記インフルエンザウイルスのpB1遺伝子領域である、請求項39に記載の方法。
【請求項42】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項43】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記口蹄疫ウイルスのVP1タンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項44】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項45】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項46】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記熱帯熱マラリア原虫のATPアーゼである、請求項37に記載の方法。
【請求項47】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項48】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記白点症候群ウイルスのリボヌクレオチダーゼ(ribonucleotidease)である、請求項37に記載の方法。
【請求項49】
第1のウイルス、生物、または悪性腫瘍であって、前記第1のウイルスと同一種の第2のウイルス、前記第1の生物と同一種の第2の生物、または前記第1の悪性腫瘍と同一型の第2の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製と関連する第1のウイルス、生物、または悪性腫瘍の同定方法であって、前記第2のウイルスの少なくとも1つのビリオン、もしくは前記第2の生物の少なくとも1つの細胞、もしくは前記第2の悪性腫瘍の少なくとも1つの悪性細胞内のゲノム内に、または前記第2のウイルスの少なくとも1つのビリオン、もしくは前記第2の生物の少なくとも1つの細胞、もしくは前記第2の悪性腫瘍の少なくとも1つの悪性細胞のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内にコードされると同定されるレプリキンピーク遺伝子よりも高いレプリキン数を有する、前記第1のウイルスの少なくとも1つのビリオン、もしくは前記第1の生物の少なくとも1つの細胞、もしくは前記第1の悪性腫瘍の少なくとも1つの悪性細胞のゲノム内に、または前記第1のウイルスの少なくとも1つのビリオン、もしくは前記第1の生物の少なくとも1つの細胞、もしくは前記第1の悪性腫瘍の少なくとも1つの悪性細胞のタンパク質またはタンパク質フラグメント内にコードされるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含み、前記第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍は、前記第2のウイルス、第2の生物、または第2の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製を有し、前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスの同一ビリオン、前記生物の同一細胞、もしくは同一悪性細胞内の残りのタンパク質もしくはタンパク質フラグメント、または前記タンパク質もしくはタンパク質フラグメントをコードするゲノムの前記部分と比較して、100アミノ酸当たり最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質もしくはタンパク質フラグメントとして同定される、方法。
【請求項50】
第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍であって、少なくとも1つの前記第1のウイルスと同一種の第2のウイルス、前記第1の生物と同一種の第2の生物、または前記第1の悪性腫瘍と同一種の第2の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍の同定方法であって、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のゲノム全体のレプリキン数と、前記少なくとも1つの第2のウイルス、第2の生物、または第2の悪性腫瘍のゲノム全体のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有するウイルス、生物、または悪性腫瘍がより致命的であることを判定するステップを含む、方法。
【請求項51】
前記第1のウイルスは、コロナウイルス、口蹄疫ウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、またはインフルエンザウイルスである、請求項50に記載の方法。
【請求項52】
前記第1のウイルスは、インフルエンザウイルスのH5N1株である、請求項50に記載の方法。
【請求項53】
ウイルスもしくは生物の感染の診断、予防、もしくは治療のための、または悪性腫瘍の診断、予防、もしくは治療のための、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子の取得方法であって、
(1)同一種のウイルスの複数の単離株、同一種の複数の生物、または同一型の複数の悪性腫瘍を取得するステップと、
(2)レプリキン配列の存在および濃度について、ウイルスの複数の単離株のそれぞれ個別の単離株、前記複数の生物のそれぞれ個別の生物の細胞、または前記複数の悪性腫瘍のそれぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞の、タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、
(3)前記それぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞、前記それぞれ個別の生物の細胞、またはそれぞれ個別のウイルス単離株内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを同定するステップと、
(4)前記ウイルスの複数の単離株、前記複数の生物、または前記複数の悪性腫瘍の中から、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、
(5)前記選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、
(6)前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のうちの少なくとも1つの、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、前記単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスまたは前記生物または前記悪性腫瘍の前記感染の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、を含む、方法。
【請求項54】
請求項53に記載の、少なくとも1つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項55】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスまたは生物の新生株から単離される、請求項54に記載の免疫原性組成物。
【請求項56】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項54に記載の免疫原性組成物。
【請求項57】
請求項7に記載の、少なくとも1つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有するワクチン。
【請求項58】
前記少なくとも1つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスまたは生物の新生株から単離される、請求項57に記載のワクチン。
【請求項59】
配列番号1741、配列番号3664、配列番号3660、配列番号3665、配列番号1996、配列番号1665、配列番号1684、配列番号1701、配列番号546、配列番号124、配列番号130、配列番号311、配列番号341〜344、配列番号286、配列番号287、配列番号288、配列番号289、配列番号290、配列番号233〜238、配列番号415、配列番号421、配列番号438、配列番号451、配列番号462、配列番号498、配列番号669、配列番号1168、配列番号1531、配列番号1548、配列番号3787の81〜204位、または配列番号1939を含有する、請求項57に記載のワクチン。
【請求項60】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスから単離される、請求項57に記載のワクチン。
【請求項61】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項60に記載のワクチン。
【請求項62】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザAから単離される、請求項61に記載のワクチン。
【請求項63】
前記インフルエンザAは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項62に記載のワクチン。
【請求項64】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、生物から単離される、請求項57に記載のワクチン。
【請求項65】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項64に記載のワクチン。
【請求項66】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項65に記載のワクチン。
【請求項67】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、悪性腫瘍から単離される、請求項57に記載のワクチン。
【請求項68】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される、請求項67に記載のワクチン。
【請求項69】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌から単離される、請求項68に記載のワクチン。
【請求項70】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、多形性グリア芽腫から単離される、請求項68に記載のワクチン。
【請求項71】
請求項29に記載のレプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項72】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項71に記載の免疫原性組成物。
【請求項73】
請求項7に記載のレプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントから単離される、または請求項7に記載のレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質から単離される、単離または合成レプリキン配列。
【請求項74】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項73に記載のレプリキン配列。
【請求項75】
前記レプリキンピーク遺伝子は、マイコバクテリウムムコゲニカムから単離される、請求項74に記載のレプリキン配列。
【請求項76】
前記レプリキン配列は、配列番号2902〜2925である、請求項75に記載のレプリキン配列。
【請求項77】
前記レプリキンピーク遺伝子は、熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項74に記載のレプリキン配列。
【請求項78】
前記レプリキンピーク遺伝子は、配列番号2312〜2544、配列番号2701〜2711、配列番号2713〜2718、配列番号3282〜3285、3287〜3291、3293、3295、3297、3299、3300、3302、3304、3306、または配列番号3308のうちの1つである、請求項77に記載のレプリキン配列。
【請求項79】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項73に記載のレプリキン配列。
【請求項80】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザAウイルスである、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項81】
前記インフルエンザAウイルスは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項80に記載のレプリキン配列。
【請求項82】
前記インフルエンザAウイルスは、H5N1であり、レプリキン配列が、配列番号1685〜1691、配列番号1702〜1716、または配列番号1717のうちの1つである、請求項81に記載のレプリキン配列。
【請求項83】
前記インフルエンザAウイルスは、H3N8であり、レプリキン配列が、配列番号547〜561または配列番号562のうちの1つである、請求項81に記載のレプリキン配列。
【請求項84】
前記レプリキンピーク遺伝子は、口蹄疫ウイルスから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項85】
前記レプリキン配列は、配列番号106、配列番号112、配列番号113、配列番号125〜129、配列番号131〜155、または配列番号156のうちの1つである、請求項84に記載のレプリキン配列。
【請求項86】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ウエストナイルウイルスから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項87】
前記レプリキン配列は、配列番号233〜243または配列番号244のうちの1つである、請求項86に記載のレプリキン配列。
【請求項88】
前記レプリキンピーク遺伝子は、PRRSVから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項89】
前記レプリキン配列は、配列番号286〜290、配列番号312〜323、配列番号354〜366、配列番号368〜380、配列番号383〜393、配列番号395〜401、配列番号403〜413、または配列番号414のうちの1つである、請求項88に記載のレプリキン配列。
【請求項90】
前記レプリキンピーク遺伝子は、PCVから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項91】
前記レプリキン配列は、配列番号291〜307、配列番号308〜310、配列番号324〜327、配列番号328〜340、配列番号416〜419、配列番号422〜437、配列番号440〜445、配列番号452〜457、配列番号464〜476、配列番号482〜484、配列番号487〜491、または配列番号492のうちの1つである、請求項90に記載のレプリキン配列。
【請求項92】
前記レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項93】
前記レプリキン配列は、配列番号663〜667、配列番号670〜1166、配列番号1169〜1529、配列番号1532〜1542、および配列番号1548のうちの1つである、請求項92に記載のレプリキン配列。
【請求項94】
ウイルスもしくは生物感染または悪性腫瘍の予防および/または治療のためのワクチンであって、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメントまたはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を含有する、ワクチン。
【請求項95】
前記少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列は、配列番号2902〜2925、配列番号2312〜2544、配列番号2701〜2711、2713〜2718、配列番号3282〜3285、3287〜3291、3293、3295、3297、3299、3300、3302、3304、3306、3308、配列番号1685〜1691、配列番号1702〜1717、配列番号547〜562、配列番号106、配列番号112、配列番号113、配列番号125〜129、および配列番号131〜156、配列番号233〜244、配列番号286〜290、配列番号312〜323、配列番号354〜366、配列番号368〜380、配列番号383〜393、配列番号395〜401、配列番号403〜414、配列番号291〜307、配列番号308〜310、配列番号324〜327、配列番号328〜340、配列番号416〜419、配列番号422〜437、配列番号440〜445、配列番号452〜457、配列番号464〜476、配列番号482〜484、配列番号487〜492、配列番号663〜667、配列番号670〜1166、配列番号1169〜1529、配列番号1532〜1542、配列番号1548、配列番号1637〜1662、または配列番号1663のうちの1つである、請求項94に記載のワクチン。
【請求項96】
ウイルス感染の予防および/または治療のための、請求項94に記載のワクチン。
【請求項97】
前記ウイルス感染は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスにより生じる、請求項96に記載のワクチン。
【請求項98】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザAウイルスである、請求項97に記載のワクチン。
【請求項99】
前記インフルエンザAウイルスは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項98に記載のワクチン。
【請求項100】
前記ウイルスは、ウイルス性出血性敗血症ウイルスである、請求項97に記載のワクチン。
【請求項101】
生物感染の予防および/または治療のための、請求項94に記載のワクチン。
【請求項102】
前記生物感染は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫により生じる、請求項101に記載のワクチン。
【請求項103】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項102に記載のワクチン。
【請求項104】
前記悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項94に記載のワクチン。
【請求項105】
前記悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である、請求項104に記載のワクチン。
【請求項106】
レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を含有する免疫原性化合物であって、前記レプリキンピーク遺伝子が、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内に同定される、免疫原性化合物。
【請求項107】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項106に記載の免疫原性化合物。
【請求項108】
免疫系の刺激方法であって、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内で同定される、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を動物に投与するステップを含む、方法。
【請求項109】
前記動物は、ヒトである、請求項108に記載の方法。
【請求項110】
レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内の、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列に対する抗体。
【請求項111】
悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死株の同定方法であって、
(1)前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの複数の単離株を取得するステップと、
(2)前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの前記複数の単離株のそれぞれの単離株において、前記レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
(3)レプリキン配列の存在および濃度について、前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を、分析するステップと、
(4)前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度と、前記複数の単離株のうちの他の単離株のそれぞれの前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度とを比較するステップと、
(5)前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する単離株を、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの毒性株または致死株として、同定するステップと、を含む、方法。
【請求項112】
悪性腫瘍、生物、またはウイルス用の予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるための、悪性腫瘍、生物、またはウイルスからのペプチドの選択方法であって、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの少なくとも2つの単離株の間で、別様に保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子のアミノ酸配列における少なくとも1つの差異を同定するステップと、前記少なくとも2つの単離株の間で、前記アミノ酸配列における前記同定された少なくとも1つの差異を、最も高い毒性、罹患率、または宿主の死亡率と関連付けるステップと、前記同定された少なくとも1つのアミノ酸配列の差異を有する、別様に保存されたレプリキン配列、レプリキンピーク遺伝子、またはレプリキンピーク遺伝子内のレプリキン配列を、予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるためのペプチドとして選択するステップと、を含む、方法。
【請求項113】
前記アミノ酸配列における前記少なくとも1つの差異を有する、前記選択された保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子を含有する単離株を、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死単離株であるとさらに予測する、請求項112に記載の方法。
【請求項114】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、悪性腫瘍である、請求項113に記載の方法。
【請求項115】
前記悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項114に記載の方法。
【請求項116】
前記悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である、請求項115に記載の方法。
【請求項117】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、生物である、請求項112に記載の方法。
【請求項118】
前記生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である、請求項117に記載の方法。
【請求項119】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項118に記載の方法。
【請求項120】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、ウイルスである、請求項112に記載の方法。
【請求項121】
前記ウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項120に記載の方法。
【請求項122】
肺悪性腫瘍症例の原因の判定方法であって、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内にもまた存在する、肺癌細胞のレプリキンピーク遺伝子内で、少なくとも1つのペプチドを同定するステップを含み、前記ペプチドは、前記肺悪性腫瘍の前記原因に関与する、方法。
【請求項123】
複数のペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、前記複数のペプチドのそれぞれが、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内でもまた同定される、請求項122に記載の方法。
【請求項124】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株のレプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチドは、少なくとも2つのリシンおよび少なくとも1つのヒスチジンを含有する、約10未満のアミノ酸のペプチドである、請求項122に記載の方法。
【請求項125】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株のレプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチドは、少なくとも3つのリシンおよび少なくとも1つのヒスチジンを含有する、約10未満のアミノ酸のペプチドである、請求項124に記載の方法。
【請求項126】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチドは、少なくとも3つのリシンおよび少なくとも1つのヒスチジンを含有する、約7つ未満のアミノ酸である、請求項125に記載の方法。
【請求項127】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチドは、3つのリシンおよび1つのヒスチジンを含有する、約4つのアミノ酸である、請求項126に記載の方法。
【請求項128】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の、前記少なくとも1つのペプチドは、KHKK(配列番号1584)である、請求項127に記載の方法。
【請求項129】
1つを超えるKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項128に記載の方法。
【請求項130】
少なくとも10のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも10のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項129に記載の方法。
【請求項131】
少なくとも20のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも20のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項130に記載の方法。
【請求項132】
少なくとも30のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも30のKHKKペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項131に記載の方法。
【請求項133】
少なくとも50のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも50のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項132に記載の方法。
【請求項134】
第2の症例の肺の悪性腫瘍と比較して、より早い複製速度、攻撃的な成長パターン、または致死性を有する第1の症例の肺の悪性腫瘍の同定方法であって、第2の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞において同定されるレプリキンピーク遺伝子より、レプリキンピーク遺伝子内により高いレプリキン数を有する第1の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞におけるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含む、方法。
【請求項135】
前記第1および第2の症例の肺の悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である、請求項134に記載の方法。
【請求項136】
(1)肺悪性腫瘍から少なくとも1つの悪性細胞を取得するステップと、
(2)レプリキン配列の存在および濃度について、前記少なくとも1つの悪性細胞のタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、
(3)前記少なくとも1つの悪性細胞内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する前記タンパク質配列または前記タンパク質配列フラグメントを同定するステップと、
(4)最高濃度の連続レプリキン配列を有する前記タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、
(5)前記選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、前記レプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、
(6)前記少なくとも1つの悪性細胞の、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、前記単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、肺癌の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、
を含む方法による、肺癌の診断、予防、または治療のための、肺悪性腫瘍内の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項137】
前記肺悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である、請求項136に記載の方法。
【請求項138】
前記同定されたレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内の少なくとも1つのレプリキン配列は、肺癌の診断、予防、または治療のために単離または合成される、請求項137に記載の方法。
【請求項139】
前記同定されたレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内の前記少なくとも1つのレプリキン配列は、配列番号1585〜1635または配列番号1636のうちの1つである、請求項138に記載の方法。
【請求項140】
肺癌の予防および治療のための免疫原性組成物であって、同定されるレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を含有する、免疫原性組成物。
【請求項141】
免疫系の刺激方法であって、動物における肺癌の予防、治療、または診断のために、前記肺悪性腫瘍の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される前記少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を、動物に投与するステップを含む、方法。
【請求項142】
前記動物は、ヒトである、請求項141に記載の方法。
【請求項143】
肺悪性腫瘍の前記レプリキンピーク遺伝子配列内の、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列に対する抗体。
【請求項144】
致死型の肺癌の同定方法であって、
(1)複数の肺腫瘍から少なくとも1つの悪性細胞を取得するステップと、
(2)前記複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップであって、
(3)レプリキン配列の存在および濃度について、前記複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を分析するステップと、
(4)複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおける、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、
(5) 前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺腫瘍を、致死型の肺癌として同定するステップと、を含む、方法。
【請求項145】
少なくとも2つの肺癌のうちの致死型の肺癌の同定方法であって、
(1)少なくとも2つの肺癌のそれぞれから、少なくとも1つの悪性細胞を取得するステップと、
(2)前記少なくとも2つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
(3)レプリキン配列の存在および濃度について、前記少なくとも2つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を同定するステップと、
(4)前記少なくとも2つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおいて、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、
(5) 前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺癌を、より致死型の肺癌として同定するステップと、を含む、方法。
【請求項146】
ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増大の判定方法であって、
(1)前記ウイルスまたは生物の複数の単離株を取得するステップであって、それぞれの単離株は、既知の期間内に単離され、前記単離株のうちの少なくとも2つは、前記単離株の他の少なくとも2つより約6ヶ月から約5年後に単離される、ステップと、
(2)前記複数の単離株のそれぞれの単離株内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
(3)前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を分析して、前記複数の単離株のそれぞれの単離株のそれぞれのレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を決定するか、または前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域を分析して、前記複数の単離株のタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域のレプリキン数を決定するステップと、
(4)それぞれ既知の期間、前記レプリキンピーク遺伝子内、または前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の、平均レプリキン数を決定するステップと、
(5)それぞれ既知の期間、前記レプリキンピーク遺伝子内、または前記タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の前記平均レプリキン数を、1つずつ比較するステップと、
(6)少なくとも2つの既知の期間の間で、前記平均レプリキン数の増大を確認するステップと、
(7)前記平均レプリキン数の増大の前記確認後、約6ヶ月から約3年以内の、前記ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増大を確認するステップと、を含む、方法。
【請求項147】
前記既知の期間は、1年である、請求項146に記載の方法。
【請求項148】
平均レプリキン数の前記増大は、1年かかって生じる、請求項147に記載の方法。
【請求項149】
平均レプリキン数の前記増大は、3年かかって生じる、請求項147に記載の方法。
【請求項150】
平均レプリキン数の前記増大は、少なくとも2つの既知の期間の間で有意である、請求項146に記載の方法。
【請求項151】
平均レプリキン数の前記増大は、p=<0.001の有意性を有する、請求項149に記載の方法。
【請求項1】
第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍であって、少なくとも1つの前記第1のウイルスと同一種の第2のウイルス、前記第1の生物と同一種の第2の生物、または前記第1の悪性腫瘍と同一種の第2の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する、第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍の同定方法であって、前記第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を、少なくとも1つの第2のウイルス、第2の生物、または第2の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有する前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍が、より致命的であることを判定するステップを含む、方法。
【請求項2】
前記第1の悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記第1の悪性腫瘍は、非小細胞肺癌である、請求項2に記載の方法。
【請求項4】
前記第1の生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
前記第1のウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
前記第1のウイルスは、インフルエンザAウイルス株H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
ウイルス、生物、または悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子であって、前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスのビリオン、前記生物の細胞、または前記悪性腫瘍の悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、100アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成る前記ウイルスの前記ビリオン、前記生物の前記細胞、または前記悪性腫瘍の前記悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの一部分として同定される、単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項8】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスの前記ビリオン、前記生物の前記細胞、または前記悪性腫瘍の前記悪性細胞の他のすべてのタンパク質またはタンパク質フラグメントと比較して、100アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成るタンパク質またはタンパク質フラグメントの一部分である、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項9】
前記レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項10】
前記レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫から単離される、請求項9に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項11】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項12】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項13】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザAウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項14】
前記インフルエンザAウイルスは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項13に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項15】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルスのpB1遺伝子領域から単離される、請求項13に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項16】
前記ウイルスは、口蹄疫ウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項17】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記口蹄疫ウイルスのVP1遺伝子内に同定される、請求項16に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項18】
前記ウイルスは、ウエストナイルウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項19】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質から単離される、請求項18に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項20】
前記ウイルスは、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項21】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのタンパク質から単離される、請求項20に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項22】
前記ウイルスは、ブタサーコウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項23】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質から単離される、請求項22に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項24】
前記ウイルスは、白点症候群ウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項25】
前記レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスのリボヌクレオチドレダクターゼタンパク質から単離される、請求項24に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項26】
前記ウイルスは、タバコモザイクウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項27】
前記ウイルスは、ウイルス性出血性敗血症ウイルスである、請求項12に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項28】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ウイルス性出血性敗血症ウイルス中の糖タンパク質から単離される、請求項27に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項29】
前記レプリキンピーク遺伝子は、配列番号1741、配列番号3664、配列番号3660、配列番号3665、配列番号1996、配列番号1665、配列番号1684、配列番号1701、配列番号546、配列番号124、配列番号130、配列番号311、配列番号341〜344、配列番号286、配列番号287、配列番号288、配列番号289、配列番号290、配列番号233〜238、配列番号415、配列番号421、配列番号438、配列番号451、配列番号462、配列番号498、配列番号669、配列番号1168、配列番号1531、配列番号1548、配列番号3787の81〜204位、または配列番号1939の配列を含有する、請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項30】
請求項7に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項31】
前記レプリキン配列は、配列番号2902〜2925、配列番号2312〜2544、配列番号2701〜2711、配列番号2713〜2718、配列番号3282〜3285、3287〜3291、3293、3295、3297、3299、3300、3302、3304、3306、および3308、配列番号1685〜1691、配列番号1702〜1717、配列番号106、配列番号112、配列番号113、配列番号125〜129、配列番号131〜156、配列番号233〜244、配列番号286〜290、配列番号312〜323、配列番号354〜366、配列番号368〜380、配列番号383〜393、配列番号395〜401、配列番号403〜414、配列番号291〜307、配列番号308〜310、配列番号324〜327、配列番号328〜340、配列番号416〜419、配列番号422〜437、配列番号440〜445、配列番号452〜457、配列番号464〜476、配列番号482〜484および配列番号487〜492、配列番号547〜562、配列番号663〜667、配列番号670〜1166、配列番号1169〜1529、配列番号1532〜1542、配列番号1548、配列番号3787の81〜204位、または配列番号1637〜1663である、請求項7に記載のレプリキンピーク遺伝子から単離されるレプリキン配列を含有する免疫原性組成物。
【請求項32】
コンピュータが読み取り可能な媒体であって、実行されると、ウイルス、生物、または悪性腫瘍のアミノ酸配列をコードするアミノ酸配列または核酸配列内における、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、100アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成る、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍のゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの部分を同定するステップを含む、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子の同定方法を、プロセッサに遂行させる命令をそこに格納した、コンピュータが読み取り可能な媒体。
【請求項33】
(1)請求項32に記載の前記レプリキンピーク遺伝子のレプリキン数、または請求項32に記載の前記レプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域のレプリキン数が、前記ウイルスと同一種の少なくとも1つの他のウイルス、前記生物と同一種の少なくとも1つの他の生物、または前記悪性腫瘍と同一型の少なくとも1つの他の悪性腫瘍のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される前記他のレプリキンピーク遺伝子を含む、別のレプリキンピーク遺伝子またはタンパク質もしくは遺伝子領域より高いことを判定するステップであって、前記他のウイルス、前記他の生物、または前記他の悪性腫瘍は、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍よりも早い時点で単離されるステップと、
(2)前記ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増大を予測するステップ、または前記ウイルスもしくは生物の大発生を予測するステップと、
を含む、実行されると、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増大、または前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む前記ウイルスもしくは生物の大発生を予測する方法を、プロセッサに遂行させる命令をさらに含む、請求項32に記載のコンピュータが読み取り可能な媒体。
【請求項34】
ウイルスもしくは生物の株、宿主、または流行の地理的地域、または致死性もしくは毒性の増大の予測方法であって、
(1)第1の宿主からの、または第1の地理的地域から単離される、第1の株の第1のウイルスまたは生物のゲノム内、または前記第1のウイルスと同一種の少なくとも1つの第2のウイルス、または前記第1の生物と同一種の少なくとも1つの第2の生物のゲノム内、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定されるレプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有する前記第1のウイルスもしくは生物のタンパク質またはタンパク質フラグメント内で、レプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域を同定するステップであって、前記第1のウイルスまたは前記第1の生物は、前記第1のウイルスまたは前記第1の生物よりも遅い時点で単離され、同一または別の宿主からの、または第1のウイルスまたは第1の生物と同一または別の地理的地域から単離される、同一株である、ステップと、
(2)前記第1の宿主内、または前記第1のウイルスもしくは生物の前記第1の地理的地域内での、前記第1の株の致死性または毒性の流行または増大を予測するステップと、を含む、方法。
【請求項35】
第1のウイルスまたは生物のゲノム内の、前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記少なくとも1つの第2のウイルスまたは生物のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される、レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有すると同定される、請求項34に記載の方法。
【請求項36】
前記第1のウイルスまたは前記第1の生物は、前記第2の生物または前記第2のウイルスより、少なくとも6ヶ月から3年遅く単離される、請求項34に記載の方法。
【請求項37】
前記第1の生物または前記第1のウイルスは、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、および熱帯熱マラリア原虫、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、トマトの木のジェミニ葉巻ウイルス、魚のウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項34に記載の方法。
【請求項38】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項37に記載の方法。
【請求項39】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザAウイルス株である、請求項37に記載の方法。
【請求項40】
前記インフルエンザAウイルスは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項39に記載の方法。
【請求項41】
前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記インフルエンザウイルスのpB1遺伝子領域である、請求項39に記載の方法。
【請求項42】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項43】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記口蹄疫ウイルスのVP1タンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項44】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項45】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項46】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記熱帯熱マラリア原虫のATPアーゼである、請求項37に記載の方法。
【請求項47】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質である、請求項37に記載の方法。
【請求項48】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記白点症候群ウイルスのリボヌクレオチダーゼ(ribonucleotidease)である、請求項37に記載の方法。
【請求項49】
第1のウイルス、生物、または悪性腫瘍であって、前記第1のウイルスと同一種の第2のウイルス、前記第1の生物と同一種の第2の生物、または前記第1の悪性腫瘍と同一型の第2の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製と関連する第1のウイルス、生物、または悪性腫瘍の同定方法であって、前記第2のウイルスの少なくとも1つのビリオン、もしくは前記第2の生物の少なくとも1つの細胞、もしくは前記第2の悪性腫瘍の少なくとも1つの悪性細胞内のゲノム内に、または前記第2のウイルスの少なくとも1つのビリオン、もしくは前記第2の生物の少なくとも1つの細胞、もしくは前記第2の悪性腫瘍の少なくとも1つの悪性細胞のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内にコードされると同定されるレプリキンピーク遺伝子よりも高いレプリキン数を有する、前記第1のウイルスの少なくとも1つのビリオン、もしくは前記第1の生物の少なくとも1つの細胞、もしくは前記第1の悪性腫瘍の少なくとも1つの悪性細胞のゲノム内に、または前記第1のウイルスの少なくとも1つのビリオン、もしくは前記第1の生物の少なくとも1つの細胞、もしくは前記第1の悪性腫瘍の少なくとも1つの悪性細胞のタンパク質またはタンパク質フラグメント内にコードされるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含み、前記第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍は、前記第2のウイルス、第2の生物、または第2の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製を有し、前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスの同一ビリオン、前記生物の同一細胞、もしくは同一悪性細胞内の残りのタンパク質もしくはタンパク質フラグメント、または前記タンパク質もしくはタンパク質フラグメントをコードするゲノムの前記部分と比較して、100アミノ酸当たり最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質もしくはタンパク質フラグメントとして同定される、方法。
【請求項50】
第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍であって、少なくとも1つの前記第1のウイルスと同一種の第2のウイルス、前記第1の生物と同一種の第2の生物、または前記第1の悪性腫瘍と同一種の第2の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する第1のウイルス、第1の生物、または第1の悪性腫瘍の同定方法であって、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のゲノム全体のレプリキン数と、前記少なくとも1つの第2のウイルス、第2の生物、または第2の悪性腫瘍のゲノム全体のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有するウイルス、生物、または悪性腫瘍がより致命的であることを判定するステップを含む、方法。
【請求項51】
前記第1のウイルスは、コロナウイルス、口蹄疫ウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、またはインフルエンザウイルスである、請求項50に記載の方法。
【請求項52】
前記第1のウイルスは、インフルエンザウイルスのH5N1株である、請求項50に記載の方法。
【請求項53】
ウイルスもしくは生物の感染の診断、予防、もしくは治療のための、または悪性腫瘍の診断、予防、もしくは治療のための、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子の取得方法であって、
(1)同一種のウイルスの複数の単離株、同一種の複数の生物、または同一型の複数の悪性腫瘍を取得するステップと、
(2)レプリキン配列の存在および濃度について、ウイルスの複数の単離株のそれぞれ個別の単離株、前記複数の生物のそれぞれ個別の生物の細胞、または前記複数の悪性腫瘍のそれぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞の、タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、
(3)前記それぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞、前記それぞれ個別の生物の細胞、またはそれぞれ個別のウイルス単離株内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを同定するステップと、
(4)前記ウイルスの複数の単離株、前記複数の生物、または前記複数の悪性腫瘍の中から、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、
(5)前記選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、
(6)前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のうちの少なくとも1つの、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、前記単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスまたは前記生物または前記悪性腫瘍の前記感染の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、を含む、方法。
【請求項54】
請求項53に記載の、少なくとも1つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項55】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスまたは生物の新生株から単離される、請求項54に記載の免疫原性組成物。
【請求項56】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項54に記載の免疫原性組成物。
【請求項57】
請求項7に記載の、少なくとも1つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有するワクチン。
【請求項58】
前記少なくとも1つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスまたは生物の新生株から単離される、請求項57に記載のワクチン。
【請求項59】
配列番号1741、配列番号3664、配列番号3660、配列番号3665、配列番号1996、配列番号1665、配列番号1684、配列番号1701、配列番号546、配列番号124、配列番号130、配列番号311、配列番号341〜344、配列番号286、配列番号287、配列番号288、配列番号289、配列番号290、配列番号233〜238、配列番号415、配列番号421、配列番号438、配列番号451、配列番号462、配列番号498、配列番号669、配列番号1168、配列番号1531、配列番号1548、配列番号3787の81〜204位、または配列番号1939を含有する、請求項57に記載のワクチン。
【請求項60】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスから単離される、請求項57に記載のワクチン。
【請求項61】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項60に記載のワクチン。
【請求項62】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザAから単離される、請求項61に記載のワクチン。
【請求項63】
前記インフルエンザAは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項62に記載のワクチン。
【請求項64】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、生物から単離される、請求項57に記載のワクチン。
【請求項65】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項64に記載のワクチン。
【請求項66】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項65に記載のワクチン。
【請求項67】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、悪性腫瘍から単離される、請求項57に記載のワクチン。
【請求項68】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される、請求項67に記載のワクチン。
【請求項69】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌から単離される、請求項68に記載のワクチン。
【請求項70】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、多形性グリア芽腫から単離される、請求項68に記載のワクチン。
【請求項71】
請求項29に記載のレプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項72】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項71に記載の免疫原性組成物。
【請求項73】
請求項7に記載のレプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントから単離される、または請求項7に記載のレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質から単離される、単離または合成レプリキン配列。
【請求項74】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項73に記載のレプリキン配列。
【請求項75】
前記レプリキンピーク遺伝子は、マイコバクテリウムムコゲニカムから単離される、請求項74に記載のレプリキン配列。
【請求項76】
前記レプリキン配列は、配列番号2902〜2925である、請求項75に記載のレプリキン配列。
【請求項77】
前記レプリキンピーク遺伝子は、熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項74に記載のレプリキン配列。
【請求項78】
前記レプリキンピーク遺伝子は、配列番号2312〜2544、配列番号2701〜2711、配列番号2713〜2718、配列番号3282〜3285、3287〜3291、3293、3295、3297、3299、3300、3302、3304、3306、または配列番号3308のうちの1つである、請求項77に記載のレプリキン配列。
【請求項79】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項73に記載のレプリキン配列。
【請求項80】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザAウイルスである、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項81】
前記インフルエンザAウイルスは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項80に記載のレプリキン配列。
【請求項82】
前記インフルエンザAウイルスは、H5N1であり、レプリキン配列が、配列番号1685〜1691、配列番号1702〜1716、または配列番号1717のうちの1つである、請求項81に記載のレプリキン配列。
【請求項83】
前記インフルエンザAウイルスは、H3N8であり、レプリキン配列が、配列番号547〜561または配列番号562のうちの1つである、請求項81に記載のレプリキン配列。
【請求項84】
前記レプリキンピーク遺伝子は、口蹄疫ウイルスから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項85】
前記レプリキン配列は、配列番号106、配列番号112、配列番号113、配列番号125〜129、配列番号131〜155、または配列番号156のうちの1つである、請求項84に記載のレプリキン配列。
【請求項86】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ウエストナイルウイルスから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項87】
前記レプリキン配列は、配列番号233〜243または配列番号244のうちの1つである、請求項86に記載のレプリキン配列。
【請求項88】
前記レプリキンピーク遺伝子は、PRRSVから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項89】
前記レプリキン配列は、配列番号286〜290、配列番号312〜323、配列番号354〜366、配列番号368〜380、配列番号383〜393、配列番号395〜401、配列番号403〜413、または配列番号414のうちの1つである、請求項88に記載のレプリキン配列。
【請求項90】
前記レプリキンピーク遺伝子は、PCVから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項91】
前記レプリキン配列は、配列番号291〜307、配列番号308〜310、配列番号324〜327、配列番号328〜340、配列番号416〜419、配列番号422〜437、配列番号440〜445、配列番号452〜457、配列番号464〜476、配列番号482〜484、配列番号487〜491、または配列番号492のうちの1つである、請求項90に記載のレプリキン配列。
【請求項92】
前記レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスから単離される、請求項79に記載のレプリキン配列。
【請求項93】
前記レプリキン配列は、配列番号663〜667、配列番号670〜1166、配列番号1169〜1529、配列番号1532〜1542、および配列番号1548のうちの1つである、請求項92に記載のレプリキン配列。
【請求項94】
ウイルスもしくは生物感染または悪性腫瘍の予防および/または治療のためのワクチンであって、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメントまたはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を含有する、ワクチン。
【請求項95】
前記少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列は、配列番号2902〜2925、配列番号2312〜2544、配列番号2701〜2711、2713〜2718、配列番号3282〜3285、3287〜3291、3293、3295、3297、3299、3300、3302、3304、3306、3308、配列番号1685〜1691、配列番号1702〜1717、配列番号547〜562、配列番号106、配列番号112、配列番号113、配列番号125〜129、および配列番号131〜156、配列番号233〜244、配列番号286〜290、配列番号312〜323、配列番号354〜366、配列番号368〜380、配列番号383〜393、配列番号395〜401、配列番号403〜414、配列番号291〜307、配列番号308〜310、配列番号324〜327、配列番号328〜340、配列番号416〜419、配列番号422〜437、配列番号440〜445、配列番号452〜457、配列番号464〜476、配列番号482〜484、配列番号487〜492、配列番号663〜667、配列番号670〜1166、配列番号1169〜1529、配列番号1532〜1542、配列番号1548、配列番号1637〜1662、または配列番号1663のうちの1つである、請求項94に記載のワクチン。
【請求項96】
ウイルス感染の予防および/または治療のための、請求項94に記載のワクチン。
【請求項97】
前記ウイルス感染は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスにより生じる、請求項96に記載のワクチン。
【請求項98】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザAウイルスである、請求項97に記載のワクチン。
【請求項99】
前記インフルエンザAウイルスは、H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、またはH3N8である、請求項98に記載のワクチン。
【請求項100】
前記ウイルスは、ウイルス性出血性敗血症ウイルスである、請求項97に記載のワクチン。
【請求項101】
生物感染の予防および/または治療のための、請求項94に記載のワクチン。
【請求項102】
前記生物感染は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫により生じる、請求項101に記載のワクチン。
【請求項103】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項102に記載のワクチン。
【請求項104】
前記悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項94に記載のワクチン。
【請求項105】
前記悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である、請求項104に記載のワクチン。
【請求項106】
レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を含有する免疫原性化合物であって、前記レプリキンピーク遺伝子が、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内に同定される、免疫原性化合物。
【請求項107】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項106に記載の免疫原性化合物。
【請求項108】
免疫系の刺激方法であって、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内で同定される、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を動物に投与するステップを含む、方法。
【請求項109】
前記動物は、ヒトである、請求項108に記載の方法。
【請求項110】
レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内の、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列に対する抗体。
【請求項111】
悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死株の同定方法であって、
(1)前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの複数の単離株を取得するステップと、
(2)前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの前記複数の単離株のそれぞれの単離株において、前記レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
(3)レプリキン配列の存在および濃度について、前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を、分析するステップと、
(4)前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度と、前記複数の単離株のうちの他の単離株のそれぞれの前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度とを比較するステップと、
(5)前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する単離株を、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの毒性株または致死株として、同定するステップと、を含む、方法。
【請求項112】
悪性腫瘍、生物、またはウイルス用の予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるための、悪性腫瘍、生物、またはウイルスからのペプチドの選択方法であって、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの少なくとも2つの単離株の間で、別様に保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子のアミノ酸配列における少なくとも1つの差異を同定するステップと、前記少なくとも2つの単離株の間で、前記アミノ酸配列における前記同定された少なくとも1つの差異を、最も高い毒性、罹患率、または宿主の死亡率と関連付けるステップと、前記同定された少なくとも1つのアミノ酸配列の差異を有する、別様に保存されたレプリキン配列、レプリキンピーク遺伝子、またはレプリキンピーク遺伝子内のレプリキン配列を、予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるためのペプチドとして選択するステップと、を含む、方法。
【請求項113】
前記アミノ酸配列における前記少なくとも1つの差異を有する、前記選択された保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子を含有する単離株を、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死単離株であるとさらに予測する、請求項112に記載の方法。
【請求項114】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、悪性腫瘍である、請求項113に記載の方法。
【請求項115】
前記悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項114に記載の方法。
【請求項116】
前記悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である、請求項115に記載の方法。
【請求項117】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、生物である、請求項112に記載の方法。
【請求項118】
前記生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である、請求項117に記載の方法。
【請求項119】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項118に記載の方法。
【請求項120】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、ウイルスである、請求項112に記載の方法。
【請求項121】
前記ウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項120に記載の方法。
【請求項122】
肺悪性腫瘍症例の原因の判定方法であって、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内にもまた存在する、肺癌細胞のレプリキンピーク遺伝子内で、少なくとも1つのペプチドを同定するステップを含み、前記ペプチドは、前記肺悪性腫瘍の前記原因に関与する、方法。
【請求項123】
複数のペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、前記複数のペプチドのそれぞれが、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内でもまた同定される、請求項122に記載の方法。
【請求項124】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株のレプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチドは、少なくとも2つのリシンおよび少なくとも1つのヒスチジンを含有する、約10未満のアミノ酸のペプチドである、請求項122に記載の方法。
【請求項125】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株のレプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチドは、少なくとも3つのリシンおよび少なくとも1つのヒスチジンを含有する、約10未満のアミノ酸のペプチドである、請求項124に記載の方法。
【請求項126】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチドは、少なくとも3つのリシンおよび少なくとも1つのヒスチジンを含有する、約7つ未満のアミノ酸である、請求項125に記載の方法。
【請求項127】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも1つのペプチドは、3つのリシンおよび1つのヒスチジンを含有する、約4つのアミノ酸である、請求項126に記載の方法。
【請求項128】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の、前記少なくとも1つのペプチドは、KHKK(配列番号1584)である、請求項127に記載の方法。
【請求項129】
1つを超えるKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項128に記載の方法。
【請求項130】
少なくとも10のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも10のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項129に記載の方法。
【請求項131】
少なくとも20のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも20のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項130に記載の方法。
【請求項132】
少なくとも30のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも30のKHKKペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項131に記載の方法。
【請求項133】
少なくとも50のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも50のKHKK(配列番号1584)ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項132に記載の方法。
【請求項134】
第2の症例の肺の悪性腫瘍と比較して、より早い複製速度、攻撃的な成長パターン、または致死性を有する第1の症例の肺の悪性腫瘍の同定方法であって、第2の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞において同定されるレプリキンピーク遺伝子より、レプリキンピーク遺伝子内により高いレプリキン数を有する第1の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞におけるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含む、方法。
【請求項135】
前記第1および第2の症例の肺の悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である、請求項134に記載の方法。
【請求項136】
(1)肺悪性腫瘍から少なくとも1つの悪性細胞を取得するステップと、
(2)レプリキン配列の存在および濃度について、前記少なくとも1つの悪性細胞のタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、
(3)前記少なくとも1つの悪性細胞内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する前記タンパク質配列または前記タンパク質配列フラグメントを同定するステップと、
(4)最高濃度の連続レプリキン配列を有する前記タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、
(5)前記選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、前記レプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、
(6)前記少なくとも1つの悪性細胞の、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、前記単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、肺癌の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、
を含む方法による、肺癌の診断、予防、または治療のための、肺悪性腫瘍内の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項137】
前記肺悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である、請求項136に記載の方法。
【請求項138】
前記同定されたレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内の少なくとも1つのレプリキン配列は、肺癌の診断、予防、または治療のために単離または合成される、請求項137に記載の方法。
【請求項139】
前記同定されたレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内の前記少なくとも1つのレプリキン配列は、配列番号1585〜1635または配列番号1636のうちの1つである、請求項138に記載の方法。
【請求項140】
肺癌の予防および治療のための免疫原性組成物であって、同定されるレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を含有する、免疫原性組成物。
【請求項141】
免疫系の刺激方法であって、動物における肺癌の予防、治療、または診断のために、前記肺悪性腫瘍の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される前記少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列を、動物に投与するステップを含む、方法。
【請求項142】
前記動物は、ヒトである、請求項141に記載の方法。
【請求項143】
肺悪性腫瘍の前記レプリキンピーク遺伝子配列内の、少なくとも1つの単離または合成レプリキン配列に対する抗体。
【請求項144】
致死型の肺癌の同定方法であって、
(1)複数の肺腫瘍から少なくとも1つの悪性細胞を取得するステップと、
(2)前記複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップであって、
(3)レプリキン配列の存在および濃度について、前記複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を分析するステップと、
(4)複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおける、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、
(5) 前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺腫瘍を、致死型の肺癌として同定するステップと、を含む、方法。
【請求項145】
少なくとも2つの肺癌のうちの致死型の肺癌の同定方法であって、
(1)少なくとも2つの肺癌のそれぞれから、少なくとも1つの悪性細胞を取得するステップと、
(2)前記少なくとも2つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
(3)レプリキン配列の存在および濃度について、前記少なくとも2つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を同定するステップと、
(4)前記少なくとも2つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも1つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおいて、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、
(5) 前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺癌を、より致死型の肺癌として同定するステップと、を含む、方法。
【請求項146】
ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増大の判定方法であって、
(1)前記ウイルスまたは生物の複数の単離株を取得するステップであって、それぞれの単離株は、既知の期間内に単離され、前記単離株のうちの少なくとも2つは、前記単離株の他の少なくとも2つより約6ヶ月から約5年後に単離される、ステップと、
(2)前記複数の単離株のそれぞれの単離株内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
(3)前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を分析して、前記複数の単離株のそれぞれの単離株のそれぞれのレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を決定するか、または前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域を分析して、前記複数の単離株のタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域のレプリキン数を決定するステップと、
(4)それぞれ既知の期間、前記レプリキンピーク遺伝子内、または前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の、平均レプリキン数を決定するステップと、
(5)それぞれ既知の期間、前記レプリキンピーク遺伝子内、または前記タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の前記平均レプリキン数を、1つずつ比較するステップと、
(6)少なくとも2つの既知の期間の間で、前記平均レプリキン数の増大を確認するステップと、
(7)前記平均レプリキン数の増大の前記確認後、約6ヶ月から約3年以内の、前記ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増大を確認するステップと、を含む、方法。
【請求項147】
前記既知の期間は、1年である、請求項146に記載の方法。
【請求項148】
平均レプリキン数の前記増大は、1年かかって生じる、請求項147に記載の方法。
【請求項149】
平均レプリキン数の前記増大は、3年かかって生じる、請求項147に記載の方法。
【請求項150】
平均レプリキン数の前記増大は、少なくとも2つの既知の期間の間で有意である、請求項146に記載の方法。
【請求項151】
平均レプリキン数の前記増大は、p=<0.001の有意性を有する、請求項149に記載の方法。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14−1】
【図14−2】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14−1】
【図14−2】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【公表番号】特表2011−516027(P2011−516027A)
【公表日】平成23年5月26日(2011.5.26)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−546425(P2009−546425)
【出願日】平成20年1月18日(2008.1.18)
【国際出願番号】PCT/US2008/000645
【国際公開番号】WO2008/143717
【国際公開日】平成20年11月27日(2008.11.27)
【出願人】(501141781)
【出願人】(501141792)
【出願人】(507273792)
【出願人】(507273806)
【Fターム(参考)】
【公表日】平成23年5月26日(2011.5.26)
【国際特許分類】
【出願日】平成20年1月18日(2008.1.18)
【国際出願番号】PCT/US2008/000645
【国際公開番号】WO2008/143717
【国際公開日】平成20年11月27日(2008.11.27)
【出願人】(501141781)
【出願人】(501141792)
【出願人】(507273792)
【出願人】(507273806)
【Fターム(参考)】
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