上皮細胞成長因子受容体ターゲティング治療に対する癌の応答性を決定する方法
【課題】癌に冒されているヒト患者における上皮細胞成長因子受容体（EGFR）ターゲティング治療の有効性の可能性を決定するための新規方法及び治療法の提供。
【解決手段】上皮細胞成長因子受容体（EGFR）治療に対する癌の応答を決定するための方法に向けられる。好ましい態様において、erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける少なくとも１つの相違の存在は、チロシンキナーゼ阻害剤ゲフィチニブに対する感受性を与える。したがって、これらの突然変異の診断検査法により、最も薬物に応答しそうな患者に対して、ゲフィチニブ、エルロチニブ、およびその他のチロシンキナーゼ阻害剤を投与することができる。
【解決手段】上皮細胞成長因子受容体（EGFR）治療に対する癌の応答を決定するための方法に向けられる。好ましい態様において、erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける少なくとも１つの相違の存在は、チロシンキナーゼ阻害剤ゲフィチニブに対する感受性を与える。したがって、これらの突然変異の診断検査法により、最も薬物に応答しそうな患者に対して、ゲフィチニブ、エルロチニブ、およびその他のチロシンキナーゼ阻害剤を投与することができる。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
野生型erbB 1遺伝子と比較して、患者のerbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける少なくとも1つの核酸相違の有無を検出する工程であって、少なくとも1つの核酸相違の存在は、EGFRターゲティング治療が有効である可能性が高いことを示す工程を含む、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがあるヒト患者における上皮細胞成長因子受容体（EGFR）ターゲティング治療の有効な可能性を決定するための方法。
【請求項２】
核酸相違が、キナーゼ活性を増大する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
erbB 1遺伝子が患者由来の生体試料から得られる、請求項1記載の方法。
【請求項４】
erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける相違が、ATP結合ポケットの高次構造に効果を及ぼす、請求項1記載の方法。
【請求項５】
erbB 1のキナーゼドメインにおける相違が、エキソン18、19、20、または21からなる群より選択されるerbB 1遺伝子のエキソンの1つにある、請求項1記載の方法。
【請求項６】
相違が、エキソン18、19、または21にある、請求項5記載の方法。
【請求項７】
erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける相違が、インフレームの欠失、置換または挿入である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
インフレームの欠失が、erbB 1遺伝子のエキソン19にある、請求項7記載の方法。
【請求項９】
erbB 1遺伝子のエキソン19におけるインフレームの欠失が、少なくともSEQ ID NO: 512のコドン747、748、749、および750のアミノ酸ロイシン、アルギニン、グルタミン酸およびアラニンの欠失を含む、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
erbB 1遺伝子のエキソン19におけるインフレームの欠失が、少なくともSEQ ID NO：512のコドン747、748、および749のアミノ酸ロイシン、アルギニン、およびグルタミン酸の欠失を含む、請求項8記載の方法。
【請求項１１】
インフレームの欠失が、SEQ ID NO：511の2235〜2249、2240〜2251、および2240〜2257からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、請求項8記載の方法。
【請求項１２】
置換が、erbB 1遺伝子のエキソン21にある請求項7記載の方法。
【請求項１３】
エキソン21における置換が、少なくとも1つのアミノ酸を含む、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
エキソン21における置換が、SEQ ID NO：511のヌクレオチド2573のチミンをグアニンで、およびSEQ ID NO：511のヌクレオチド2582のチミンをアデニンでの置換からなる群による置換を含む、請求項12記載の方法。
【請求項１５】
置換がerbB 1遺伝子のエキソン18にある、請求項7記載の方法。
【請求項１６】
エキソン18における置換が、SEQ ID NO：511のヌクレオチド2155のグアニンをチミンで、またはグアニンをセリンでの置換である、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、核酸のセグメントを増幅する工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１８】
増幅されるセグメントが、1000ヌクレオチド以下の長さである、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
増幅されるセグメントが、複数の相違を含む、請求項17記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、erbB 1核酸を少なくとも1つの核酸プローブと接触させる工程を含み、該少なくとも1つのプローブが、選択的ハイブリダイゼーション条件下で該相違を含む核酸配列と優先してハイブリダイズする、請求項1記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、少なくとも1つの核酸配列をシーケンスする工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２２】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、少なくとも1つの核酸配列の質量分析決定を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、erbB 1コード配列を含む核酸を増幅するためにポリメラーゼ連鎖反応法（PCR）を行う工程、および増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２４】
増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程が、少なくとも1つの核酸セグメントをシーケンスする工程を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程が、増幅された核酸セグメントをゲル上で泳動する工程、およびセグメント・サイズを決定する工程を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、遺伝子の複数の相違のハプロタイプを決定する工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２７】
選択的結合条件下で、erbB 1遺伝子に少なくとも1つの相違を含む核酸配列に対して特異的に結合するプローブであって、相違は、ATP結合ポケットに構造変化を与えるerbB 1のキナーゼドメインにおける突然変異であるプローブ。
【請求項２８】
相違が、エキソン18、19、20、または21からなる群より選択されるerbB 1遺伝子のエキソンにある、請求項27記載のプローブ。
【請求項２９】
プローブが、500ヌクレオチド塩基以下の長さの核酸配列を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３０】
プローブがDNAを含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３１】
プローブが、DNAおよび少なくとも1つの核酸類似体を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３２】
プローブが、ペプチド核酸（PNA）を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３３】
検出可能な標識をさらに含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３４】
検出可能な標識が、蛍光標識である、請求項27記載のプローブ。
【請求項３５】
プローブが、少なくともSEQ ID NO：495の核酸15〜25、またはこれらの相補物からなる少なくとも10個の連続した核酸を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３６】
プローブが、少なくともSEQ ID NO: 497の核酸20〜30、またはこれらの相補物からなる少なくとも10個の連続した核酸を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３７】
プローブが、少なくともSEQ ID NO: 499の核酸20〜30、またはこれらの相補物からなる少なくとも10個の連続した核酸を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３８】
患者由来の生体試料におけるerbB 1遺伝子のキナーゼ活性を決定する工程を含む、患者におけるEGFRターゲットティング治療の有効な可能性を決定するための方法であって、対照と比較して、EGFRリガンドで刺激後のキナーゼ活性の増加は、EGFRターゲティング治療が有効である可能性が高いことを示す方法。
【請求項３９】
EGFRターゲティング治療が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項1および38記載の方法。
【請求項４０】
チロシンキナーゼ阻害剤が、アニリノキナゾリンである、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
アニリノキナゾリンが、合成アニリノキナゾリンである、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
合成アニリノキナゾリンが、ゲフィチニブおよびエルロチニブからなる群より選択される、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
a.ポリメラーゼ連鎖反応法（PCR）を行ってエキソン18、19、20、または21の一部を増幅する工程によって、エキソン18、19、20、または21における少なくとも1つの核酸相違の有無を検出する工程；および、
b.増幅されたエキソン18、19、20、または21の少なくとも一部分をシーケンスする工程によって、増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程であって、野生型erbB 1と比較して、エキソン18、19、20、または21における少なくとも1つのヌクレオチド相違の存在は、上皮細胞成長因子受容体（EGFR）ターゲティング治療が有効である可能性が高いことを示す工程、
を含む、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがあるヒト患者におけるEGFRターゲティング治療の有効な可能性を決定するための方法。
【請求項４４】
患者のerbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける少なくとも1つの核酸相違の有無を検出する工程を含む、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがある患者を治療する方法であって、該少なくとも1つの核酸相違の存在が検出された場合、患者にはEGFRターゲティング治療が施される方法。
【請求項４５】
a.ポリメラーゼ連鎖反応法（PCR）を行ってエキソン18、19、20、または21の一部を増幅する工程によって、エキソン18、19、20、または21における少なくとも1つの核酸相違の有無を検出する工程；
b.増幅されたエキソン18、19、20、または21の少なくとも一部分をシーケンスする工程によって、増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程；および、
c.該少なくとも1つの核酸相違の存在が検出された場合、患者にはEGFRターゲティング治療が施される工程、
を含む、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがある患者を治療する方法。
【請求項４６】
EGFRターゲティング治療が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項44および45記載の方法。
【請求項４７】
チロシンキナーゼ阻害剤が、アニリノキナゾリンである、請求項46記載の方法。
【請求項４８】
アニリノキナゾリンが、合成アニリノキナゾリンである、請求項47記載の方法。
【請求項４９】
合成アニリノキナゾリンが、ゲフィチニブおよびエルロチニブからなる群より選択される、請求項48記載の方法。
【請求項５０】
erbB 1遺伝子が、患者由来の生体試料から得られる、請求項44および45記載の方法。
【請求項５１】
癌が、胃腸癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭頚部癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、肝臓癌、膵癌、生殖器-泌尿器癌、および膀胱癌からなる群より選択される、請求項44および45記載の方法。
【請求項５２】
癌が、非小細胞肺癌である、請求項51記載の方法。
【請求項５３】
核酸相違が、キナーゼ活性を増大する、請求項44および45記載の方法。
【請求項５４】
erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける相違が、ATP結合ポケットの高次構造に効果を及ぼす、請求項44および45記載の方法。
【請求項５５】
erbB 1のキナーゼドメインにおける相違が、エキソン18、19、20、または21からなる群より選択されるerbB 1遺伝子のエキソンの1つにある、請求項44および45記載の方法。
【請求項５６】
相違が、エキソン18、19、または21にある、請求項55記載の方法。
【請求項５７】
erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける相違が、インフレームの欠失または置換である、請求項44および45記載の方法。
【請求項５８】
インフレームの欠失が、erbB 1遺伝子のエキソン19にある、請求項57記載の方法。
【請求項５９】
erbB 1遺伝子のエキソン19におけるインフレームの欠失が、少なくともコドン747、748、749、および750のアミノ酸ロイシン、アルギニン、グルタミン酸、およびアラニンの欠失を含む、請求項58記載の方法。
【請求項６０】
erbB 1遺伝子のエキソン19におけるインフレームの欠失が、少なくともSEQ ID NO: 512のコドン747、748、および749のアミノ酸ロイシン、アルギニン、およびグルタミン酸の欠失を含む、請求項58記載の方法。
【請求項６１】
インフレームの欠失が、SEQ ID NO: 511の2235〜2249、2240〜2251、および2240〜2257からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、請求項59記載の方法。
【請求項６２】
置換が、erbB 1遺伝子のエキソン21にある、請求項57記載の方法。
【請求項６３】
エキソン21における置換が、SEQ ID NO: 511のヌクレオチド2573のチミンをグアニンで、およびSEQ ID NO: 511のヌクレオチド2582のチミンをアデニンで置換する工程からなる群による置換を含む、請求項62記載の方法。
【請求項６４】
エキソン21における置換が、少なくとも1つのアミノ酸を含む、請求項62記載の方法。
【請求項６５】
置換がerbB 1遺伝子のエキソン18にある、請求項57記載の方法。
【請求項６６】
エキソン18における置換が、SEQ ID NO: 511のヌクレオチド2155のグアニンをチミンで置換する、請求項65記載の方法。
【請求項６７】
a.EGFRキナーゼドメインのエキソン18、19、20、もしくは21と境界を接するか、またはその範囲内の核酸領域に対してアニールするようにデザインされた少なくとも1つの縮重プライマ一対；
b.PCR増幅を実行するために必要とされる製品および試薬；並びに、
c.説明書、
を含むキット。
【請求項６８】
プライマーが、全てのフォワードプライマーの5'末端にSEQ ID NO: 645を、全てのリバースプライマーの5'末端にSEQ ID NO: 674を有する、SEQ ID NO: 505〜508およびSEQ ID NO: 646〜673からなる群より選択される配列プライマーを含む、請求項67記載のキット。
【請求項６９】
a.EGFRキナーゼドメインのエキソン18、19、20、もしくは21の範囲内の核酸領域に対してアニールするようにデザインされた少なくとも1つのプローブ；
b.アニーリング反応を実行するために必要とされる製品および試薬；並びに
c.説明書、
を含むキット。
【請求項７０】
少なくとも1つのプローブが、固体支持体に結合されている、請求項69記載のキット。
【請求項７１】
a.EGFRキナーゼドメイン・タンパク質のATP結合ポケットと結合するようにデザインされた少なくとも1つのプローブ；
b.結合反応を実行するために必要とされる製品および試薬；並びに
c.説明書、
を含むキット。
【請求項７２】
プローブが、抗体、抗体断片、またはキメラ抗体である、請求項71記載のキット。
【請求項７３】
プローブが、検出可能な標識をさらに含む、請求項72記載のキット。
【請求項７４】
a.化合物を変異体EGFRと接触させる工程；および、
b.生じる変異体EGFRのキナーゼ活性を検出する工程、
を含み、変異体EGFRのキナーゼ活性を阻害する化合物が選択される、変異体上皮細胞成長因子受容体（EGFR）の触媒キナーゼ活性を阻害する化合物を選択するための方法。
【請求項７５】
変異体EGFRが、標識されている、請求項74記載の方法。
【請求項７６】
変異体EGFRが、固体支持体に結合されている、請求項74記載の方法。
【請求項７７】
固体支持体が、タンパク質チップである、請求項74記載の方法。
【請求項７８】
化合物が、抗体、抗体断片、小分子、ペプチド、タンパク質、アンチセンス核酸、リボザイム、PNA、siRNA、オリゴヌクレオチドアプタマー、およびペプチドアプタマーからなる群より選択される、請求項74において変異体EGFRの触媒キナーゼ活性を阻害することが同定された化合物。
【請求項７９】
変異体EGFRが、erbB 1遺伝子のキナーゼドメインに二次突然変異を含む、請求項74記載の方法。
【請求項８０】
請求項74〜79において同定されたEGFRキナーゼ活性の阻害剤を含む薬学的組成物。
【請求項８１】
請求項80記載の薬学的組成物を患者に投与する工程を含む、EGFRを媒介した疾患を有する患者を治療する方法。
【請求項８２】
EGFRを媒介した疾患が癌である、請求項81記載の方法。
【請求項８３】
癌が、胃腸癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭頚部癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、肝臓癌、膵癌、生殖器-泌尿器癌、および膀胱癌からなる群より選択される、請求項82記載の方法。
【請求項８４】
癌が非小細胞肺癌である、請求項83記載の方法。
【請求項８５】
a.erbB 1遺伝子の変異型を有する細胞を致死量以下のチロシンキナーゼ阻害剤と接触させる工程；
b.チロシンキナーゼ阻害剤の増殖停止効果に耐性である細胞を選択する工程；および、
c.erbB 1キナーゼドメインにおける二次突然変異の存在について、耐性細胞由来のerbB 1核酸を解析する工程、
を含む、erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける二次突然変異の獲得を予測するための方法。
【請求項８６】
細胞が、インビトロにある、請求項85記載の方法。
【請求項８７】
細胞が、トランスジェニック動物から得られる、請求項85記載の方法。
【請求項８８】
トランスジェニック動物が、マウスである、請求項87記載の方法。
【請求項８９】
細胞が、腫瘍生検から得られる、請求項87記載の方法。
【請求項９０】
最初に、変異誘発剤の有効な量と細胞を接触させる工程をさらに含む、請求項85記載の方法。
【請求項９１】
変異誘発剤が、エチルメタンスルホナート（EMS）、N-エチル-N-ニトロソ尿素（ENU）、N-メチル-N-ニトロソ尿素（MNU）、ホカルバキシンハイドロクロライド（Prc）、メチルメタンスルホナート（MeMS）、クロランブシル（Chl）、メルファラン、ポルカルバジンハイドロクロライド、シクロホスファミド（Cp）、ジエチル硫酸（Et2SO4）、アクリルアミド単量体（AA）、トリエチレンメラミン（TEM）、ナイトロジェンマスタード、ビンクリスチン、ジメチルニトロアミン、Nメチル-N'-ニトロ-ニトロソグアニジン（MNNG）、7,12ジメチルベンズ（a）アントラセン（DMBA）、エチレンオキシド、ヘキサメチルホスホルアミド、ビスルファン、およびエチルメタンスルホラート（EtMs）からなる群より選択される、請求項90記載の方法。
【請求項９２】
DNA修復欠損菌株内のEGFR遺伝子の変異型を、これを細胞に導入する前に増殖する工程をさらに含む、請求項85記載の方法。
【請求項９３】
化合物をキナーゼドメインに二次突然変異を有する変異体上皮細胞成長因子受容体（EGFR）と接触させる工程、および生じるキナーゼ活性を検出する工程を含む、化合物を選択するための方法であって、変異体EGFRのキナーゼ活性を阻害する化合物が選択される方法。
【請求項９４】
二次突然変異が、ゲフィチニブまたはエルロチニブに対する耐性を生じる、請求項93記載の方法。
【請求項９５】
SEQ ID NO: 495を含む単離された核酸。
【請求項９６】
ヌクレオチド2235〜2249が欠失している、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項９７】
SEQ ID NO: 497を含む単離された核酸。
【請求項９８】
ヌクレオチド2240〜2251が欠失している、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項９９】
SEQ ID NO: 499を含む単離された核酸。
【請求項１００】
ヌクレオチド2240〜2257が欠失している、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項１０１】
SEQ ID NO: 502を含む単離された核酸。
【請求項１０２】
ヌクレオチド2573のグアニンが、チミンに対して置換されている、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項１０３】
SEQ ID NO: 504を含む単離された核酸。
【請求項１０４】
ヌクレオチド2582のアデニンが、チミンに対して置換されている、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項１０５】
ヌクレオチド2155のチミンが、グアニンに対して置換されている、SEQ ID NO: 511の単離された核酸。
【請求項１０６】
アミノ酸746〜750が欠失している、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１０７】
アミノ酸747〜751が欠失している、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１０８】
アミノ酸747〜753が欠失している、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１０９】
アミノ酸858のロイシンがアルギニンで置換されている、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１１０】
アミノ酸861のロイシンがグルタミンで置換されている、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１１１】
アミノ酸719のグリシンがシステインで置換されている、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１１２】
erbB 1遺伝子の核酸相違が、SEQ ID NO: 511のヌクレオチド2155にて、グアニンをチミンで、またはグアニンをセリンでの置換、SEQ ID NO: 511のヌクレオチド2235〜2249、2240〜2251、2240〜2257、2236〜2250、2254〜2277、または2236〜2244における欠失、およびSEQ ID NO: 511のヌクレオチド2573にて、チミンをグアニンで、またはヌクレオチド2582のチミンをアデニンでの置換からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項１１３】
a.患者から生体試料を得る工程；および、
b.該患者においてAkt、STAT5、またはSTAT3が活性化されるかどうかを決定する工程、
を含み、活性化されたAkt、STAT5、またはSTAT3は、上皮細胞成長因子受容体（EGFR）が有効である可能性が高いことを示す、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがある患者におけるEGFRターゲティング治療の有効な可能性を決定するための方法。
【請求項１１４】
生体試料が、生検または吸引液である、請求項113記載の方法。
【請求項１１５】
活性化されたAkt、STAT3、またはSTAT5が、リン酸化されている、請求項113記載の方法。
【請求項１１６】
活性化されたAkt、STAT5、またはSTAT3が、免疫学的に決定される、請求項113記載の方法。
【請求項１１７】
免疫学的検査法が、免疫組織化学法、免疫細胞化学法、FACS走査法、免疫ブロット法、放射免疫アッセイ法、ウエスタンブロッティング法、免疫沈降法、または酵素結合免疫吸着検定法（ELISA）からなる群より選択される、請求項116記載の方法。
【請求項１１８】
免疫学的検査法が、抗ホスホAkt、抗ホスホSTAT3、もしくは抗ホスホSTAT5抗体を使用する免疫組織化学法または免疫細胞化学法である、請求項116記載の方法。
【請求項１】
野生型erbB 1遺伝子と比較して、患者のerbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける少なくとも1つの核酸相違の有無を検出する工程であって、少なくとも1つの核酸相違の存在は、EGFRターゲティング治療が有効である可能性が高いことを示す工程を含む、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがあるヒト患者における上皮細胞成長因子受容体（EGFR）ターゲティング治療の有効な可能性を決定するための方法。
【請求項２】
核酸相違が、キナーゼ活性を増大する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
erbB 1遺伝子が患者由来の生体試料から得られる、請求項1記載の方法。
【請求項４】
erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける相違が、ATP結合ポケットの高次構造に効果を及ぼす、請求項1記載の方法。
【請求項５】
erbB 1のキナーゼドメインにおける相違が、エキソン18、19、20、または21からなる群より選択されるerbB 1遺伝子のエキソンの1つにある、請求項1記載の方法。
【請求項６】
相違が、エキソン18、19、または21にある、請求項5記載の方法。
【請求項７】
erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける相違が、インフレームの欠失、置換または挿入である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
インフレームの欠失が、erbB 1遺伝子のエキソン19にある、請求項7記載の方法。
【請求項９】
erbB 1遺伝子のエキソン19におけるインフレームの欠失が、少なくともSEQ ID NO: 512のコドン747、748、749、および750のアミノ酸ロイシン、アルギニン、グルタミン酸およびアラニンの欠失を含む、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
erbB 1遺伝子のエキソン19におけるインフレームの欠失が、少なくともSEQ ID NO：512のコドン747、748、および749のアミノ酸ロイシン、アルギニン、およびグルタミン酸の欠失を含む、請求項8記載の方法。
【請求項１１】
インフレームの欠失が、SEQ ID NO：511の2235〜2249、2240〜2251、および2240〜2257からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、請求項8記載の方法。
【請求項１２】
置換が、erbB 1遺伝子のエキソン21にある請求項7記載の方法。
【請求項１３】
エキソン21における置換が、少なくとも1つのアミノ酸を含む、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
エキソン21における置換が、SEQ ID NO：511のヌクレオチド2573のチミンをグアニンで、およびSEQ ID NO：511のヌクレオチド2582のチミンをアデニンでの置換からなる群による置換を含む、請求項12記載の方法。
【請求項１５】
置換がerbB 1遺伝子のエキソン18にある、請求項7記載の方法。
【請求項１６】
エキソン18における置換が、SEQ ID NO：511のヌクレオチド2155のグアニンをチミンで、またはグアニンをセリンでの置換である、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、核酸のセグメントを増幅する工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１８】
増幅されるセグメントが、1000ヌクレオチド以下の長さである、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
増幅されるセグメントが、複数の相違を含む、請求項17記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、erbB 1核酸を少なくとも1つの核酸プローブと接触させる工程を含み、該少なくとも1つのプローブが、選択的ハイブリダイゼーション条件下で該相違を含む核酸配列と優先してハイブリダイズする、請求項1記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、少なくとも1つの核酸配列をシーケンスする工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２２】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、少なくとも1つの核酸配列の質量分析決定を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、erbB 1コード配列を含む核酸を増幅するためにポリメラーゼ連鎖反応法（PCR）を行う工程、および増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２４】
増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程が、少なくとも1つの核酸セグメントをシーケンスする工程を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程が、増幅された核酸セグメントをゲル上で泳動する工程、およびセグメント・サイズを決定する工程を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも1つの相違の有無の検出が、遺伝子の複数の相違のハプロタイプを決定する工程を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２７】
選択的結合条件下で、erbB 1遺伝子に少なくとも1つの相違を含む核酸配列に対して特異的に結合するプローブであって、相違は、ATP結合ポケットに構造変化を与えるerbB 1のキナーゼドメインにおける突然変異であるプローブ。
【請求項２８】
相違が、エキソン18、19、20、または21からなる群より選択されるerbB 1遺伝子のエキソンにある、請求項27記載のプローブ。
【請求項２９】
プローブが、500ヌクレオチド塩基以下の長さの核酸配列を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３０】
プローブがDNAを含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３１】
プローブが、DNAおよび少なくとも1つの核酸類似体を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３２】
プローブが、ペプチド核酸（PNA）を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３３】
検出可能な標識をさらに含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３４】
検出可能な標識が、蛍光標識である、請求項27記載のプローブ。
【請求項３５】
プローブが、少なくともSEQ ID NO：495の核酸15〜25、またはこれらの相補物からなる少なくとも10個の連続した核酸を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３６】
プローブが、少なくともSEQ ID NO: 497の核酸20〜30、またはこれらの相補物からなる少なくとも10個の連続した核酸を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３７】
プローブが、少なくともSEQ ID NO: 499の核酸20〜30、またはこれらの相補物からなる少なくとも10個の連続した核酸を含む、請求項27記載のプローブ。
【請求項３８】
患者由来の生体試料におけるerbB 1遺伝子のキナーゼ活性を決定する工程を含む、患者におけるEGFRターゲットティング治療の有効な可能性を決定するための方法であって、対照と比較して、EGFRリガンドで刺激後のキナーゼ活性の増加は、EGFRターゲティング治療が有効である可能性が高いことを示す方法。
【請求項３９】
EGFRターゲティング治療が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項1および38記載の方法。
【請求項４０】
チロシンキナーゼ阻害剤が、アニリノキナゾリンである、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
アニリノキナゾリンが、合成アニリノキナゾリンである、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
合成アニリノキナゾリンが、ゲフィチニブおよびエルロチニブからなる群より選択される、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
a.ポリメラーゼ連鎖反応法（PCR）を行ってエキソン18、19、20、または21の一部を増幅する工程によって、エキソン18、19、20、または21における少なくとも1つの核酸相違の有無を検出する工程；および、
b.増幅されたエキソン18、19、20、または21の少なくとも一部分をシーケンスする工程によって、増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程であって、野生型erbB 1と比較して、エキソン18、19、20、または21における少なくとも1つのヌクレオチド相違の存在は、上皮細胞成長因子受容体（EGFR）ターゲティング治療が有効である可能性が高いことを示す工程、
を含む、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがあるヒト患者におけるEGFRターゲティング治療の有効な可能性を決定するための方法。
【請求項４４】
患者のerbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける少なくとも1つの核酸相違の有無を検出する工程を含む、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがある患者を治療する方法であって、該少なくとも1つの核酸相違の存在が検出された場合、患者にはEGFRターゲティング治療が施される方法。
【請求項４５】
a.ポリメラーゼ連鎖反応法（PCR）を行ってエキソン18、19、20、または21の一部を増幅する工程によって、エキソン18、19、20、または21における少なくとも1つの核酸相違の有無を検出する工程；
b.増幅されたエキソン18、19、20、または21の少なくとも一部分をシーケンスする工程によって、増幅された核酸のヌクレオチド配列を決定する工程；および、
c.該少なくとも1つの核酸相違の存在が検出された場合、患者にはEGFRターゲティング治療が施される工程、
を含む、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがある患者を治療する方法。
【請求項４６】
EGFRターゲティング治療が、チロシンキナーゼ阻害剤である、請求項44および45記載の方法。
【請求項４７】
チロシンキナーゼ阻害剤が、アニリノキナゾリンである、請求項46記載の方法。
【請求項４８】
アニリノキナゾリンが、合成アニリノキナゾリンである、請求項47記載の方法。
【請求項４９】
合成アニリノキナゾリンが、ゲフィチニブおよびエルロチニブからなる群より選択される、請求項48記載の方法。
【請求項５０】
erbB 1遺伝子が、患者由来の生体試料から得られる、請求項44および45記載の方法。
【請求項５１】
癌が、胃腸癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭頚部癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、肝臓癌、膵癌、生殖器-泌尿器癌、および膀胱癌からなる群より選択される、請求項44および45記載の方法。
【請求項５２】
癌が、非小細胞肺癌である、請求項51記載の方法。
【請求項５３】
核酸相違が、キナーゼ活性を増大する、請求項44および45記載の方法。
【請求項５４】
erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける相違が、ATP結合ポケットの高次構造に効果を及ぼす、請求項44および45記載の方法。
【請求項５５】
erbB 1のキナーゼドメインにおける相違が、エキソン18、19、20、または21からなる群より選択されるerbB 1遺伝子のエキソンの1つにある、請求項44および45記載の方法。
【請求項５６】
相違が、エキソン18、19、または21にある、請求項55記載の方法。
【請求項５７】
erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける相違が、インフレームの欠失または置換である、請求項44および45記載の方法。
【請求項５８】
インフレームの欠失が、erbB 1遺伝子のエキソン19にある、請求項57記載の方法。
【請求項５９】
erbB 1遺伝子のエキソン19におけるインフレームの欠失が、少なくともコドン747、748、749、および750のアミノ酸ロイシン、アルギニン、グルタミン酸、およびアラニンの欠失を含む、請求項58記載の方法。
【請求項６０】
erbB 1遺伝子のエキソン19におけるインフレームの欠失が、少なくともSEQ ID NO: 512のコドン747、748、および749のアミノ酸ロイシン、アルギニン、およびグルタミン酸の欠失を含む、請求項58記載の方法。
【請求項６１】
インフレームの欠失が、SEQ ID NO: 511の2235〜2249、2240〜2251、および2240〜2257からなる群より選択されるヌクレオチドを含む、請求項59記載の方法。
【請求項６２】
置換が、erbB 1遺伝子のエキソン21にある、請求項57記載の方法。
【請求項６３】
エキソン21における置換が、SEQ ID NO: 511のヌクレオチド2573のチミンをグアニンで、およびSEQ ID NO: 511のヌクレオチド2582のチミンをアデニンで置換する工程からなる群による置換を含む、請求項62記載の方法。
【請求項６４】
エキソン21における置換が、少なくとも1つのアミノ酸を含む、請求項62記載の方法。
【請求項６５】
置換がerbB 1遺伝子のエキソン18にある、請求項57記載の方法。
【請求項６６】
エキソン18における置換が、SEQ ID NO: 511のヌクレオチド2155のグアニンをチミンで置換する、請求項65記載の方法。
【請求項６７】
a.EGFRキナーゼドメインのエキソン18、19、20、もしくは21と境界を接するか、またはその範囲内の核酸領域に対してアニールするようにデザインされた少なくとも1つの縮重プライマ一対；
b.PCR増幅を実行するために必要とされる製品および試薬；並びに、
c.説明書、
を含むキット。
【請求項６８】
プライマーが、全てのフォワードプライマーの5'末端にSEQ ID NO: 645を、全てのリバースプライマーの5'末端にSEQ ID NO: 674を有する、SEQ ID NO: 505〜508およびSEQ ID NO: 646〜673からなる群より選択される配列プライマーを含む、請求項67記載のキット。
【請求項６９】
a.EGFRキナーゼドメインのエキソン18、19、20、もしくは21の範囲内の核酸領域に対してアニールするようにデザインされた少なくとも1つのプローブ；
b.アニーリング反応を実行するために必要とされる製品および試薬；並びに
c.説明書、
を含むキット。
【請求項７０】
少なくとも1つのプローブが、固体支持体に結合されている、請求項69記載のキット。
【請求項７１】
a.EGFRキナーゼドメイン・タンパク質のATP結合ポケットと結合するようにデザインされた少なくとも1つのプローブ；
b.結合反応を実行するために必要とされる製品および試薬；並びに
c.説明書、
を含むキット。
【請求項７２】
プローブが、抗体、抗体断片、またはキメラ抗体である、請求項71記載のキット。
【請求項７３】
プローブが、検出可能な標識をさらに含む、請求項72記載のキット。
【請求項７４】
a.化合物を変異体EGFRと接触させる工程；および、
b.生じる変異体EGFRのキナーゼ活性を検出する工程、
を含み、変異体EGFRのキナーゼ活性を阻害する化合物が選択される、変異体上皮細胞成長因子受容体（EGFR）の触媒キナーゼ活性を阻害する化合物を選択するための方法。
【請求項７５】
変異体EGFRが、標識されている、請求項74記載の方法。
【請求項７６】
変異体EGFRが、固体支持体に結合されている、請求項74記載の方法。
【請求項７７】
固体支持体が、タンパク質チップである、請求項74記載の方法。
【請求項７８】
化合物が、抗体、抗体断片、小分子、ペプチド、タンパク質、アンチセンス核酸、リボザイム、PNA、siRNA、オリゴヌクレオチドアプタマー、およびペプチドアプタマーからなる群より選択される、請求項74において変異体EGFRの触媒キナーゼ活性を阻害することが同定された化合物。
【請求項７９】
変異体EGFRが、erbB 1遺伝子のキナーゼドメインに二次突然変異を含む、請求項74記載の方法。
【請求項８０】
請求項74〜79において同定されたEGFRキナーゼ活性の阻害剤を含む薬学的組成物。
【請求項８１】
請求項80記載の薬学的組成物を患者に投与する工程を含む、EGFRを媒介した疾患を有する患者を治療する方法。
【請求項８２】
EGFRを媒介した疾患が癌である、請求項81記載の方法。
【請求項８３】
癌が、胃腸癌、前立腺癌、卵巣癌、乳癌、頭頚部癌、肺癌、非小細胞肺癌、神経系の癌、腎臓癌、網膜癌、皮膚癌、肝臓癌、膵癌、生殖器-泌尿器癌、および膀胱癌からなる群より選択される、請求項82記載の方法。
【請求項８４】
癌が非小細胞肺癌である、請求項83記載の方法。
【請求項８５】
a.erbB 1遺伝子の変異型を有する細胞を致死量以下のチロシンキナーゼ阻害剤と接触させる工程；
b.チロシンキナーゼ阻害剤の増殖停止効果に耐性である細胞を選択する工程；および、
c.erbB 1キナーゼドメインにおける二次突然変異の存在について、耐性細胞由来のerbB 1核酸を解析する工程、
を含む、erbB 1遺伝子のキナーゼドメインにおける二次突然変異の獲得を予測するための方法。
【請求項８６】
細胞が、インビトロにある、請求項85記載の方法。
【請求項８７】
細胞が、トランスジェニック動物から得られる、請求項85記載の方法。
【請求項８８】
トランスジェニック動物が、マウスである、請求項87記載の方法。
【請求項８９】
細胞が、腫瘍生検から得られる、請求項87記載の方法。
【請求項９０】
最初に、変異誘発剤の有効な量と細胞を接触させる工程をさらに含む、請求項85記載の方法。
【請求項９１】
変異誘発剤が、エチルメタンスルホナート（EMS）、N-エチル-N-ニトロソ尿素（ENU）、N-メチル-N-ニトロソ尿素（MNU）、ホカルバキシンハイドロクロライド（Prc）、メチルメタンスルホナート（MeMS）、クロランブシル（Chl）、メルファラン、ポルカルバジンハイドロクロライド、シクロホスファミド（Cp）、ジエチル硫酸（Et2SO4）、アクリルアミド単量体（AA）、トリエチレンメラミン（TEM）、ナイトロジェンマスタード、ビンクリスチン、ジメチルニトロアミン、Nメチル-N'-ニトロ-ニトロソグアニジン（MNNG）、7,12ジメチルベンズ（a）アントラセン（DMBA）、エチレンオキシド、ヘキサメチルホスホルアミド、ビスルファン、およびエチルメタンスルホラート（EtMs）からなる群より選択される、請求項90記載の方法。
【請求項９２】
DNA修復欠損菌株内のEGFR遺伝子の変異型を、これを細胞に導入する前に増殖する工程をさらに含む、請求項85記載の方法。
【請求項９３】
化合物をキナーゼドメインに二次突然変異を有する変異体上皮細胞成長因子受容体（EGFR）と接触させる工程、および生じるキナーゼ活性を検出する工程を含む、化合物を選択するための方法であって、変異体EGFRのキナーゼ活性を阻害する化合物が選択される方法。
【請求項９４】
二次突然変異が、ゲフィチニブまたはエルロチニブに対する耐性を生じる、請求項93記載の方法。
【請求項９５】
SEQ ID NO: 495を含む単離された核酸。
【請求項９６】
ヌクレオチド2235〜2249が欠失している、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項９７】
SEQ ID NO: 497を含む単離された核酸。
【請求項９８】
ヌクレオチド2240〜2251が欠失している、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項９９】
SEQ ID NO: 499を含む単離された核酸。
【請求項１００】
ヌクレオチド2240〜2257が欠失している、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項１０１】
SEQ ID NO: 502を含む単離された核酸。
【請求項１０２】
ヌクレオチド2573のグアニンが、チミンに対して置換されている、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項１０３】
SEQ ID NO: 504を含む単離された核酸。
【請求項１０４】
ヌクレオチド2582のアデニンが、チミンに対して置換されている、SEQ ID NO: 511を含む単離された核酸。
【請求項１０５】
ヌクレオチド2155のチミンが、グアニンに対して置換されている、SEQ ID NO: 511の単離された核酸。
【請求項１０６】
アミノ酸746〜750が欠失している、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１０７】
アミノ酸747〜751が欠失している、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１０８】
アミノ酸747〜753が欠失している、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１０９】
アミノ酸858のロイシンがアルギニンで置換されている、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１１０】
アミノ酸861のロイシンがグルタミンで置換されている、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１１１】
アミノ酸719のグリシンがシステインで置換されている、SEQ ID NO: 512のアミノ酸配列を有する単離されたタンパク質。
【請求項１１２】
erbB 1遺伝子の核酸相違が、SEQ ID NO: 511のヌクレオチド2155にて、グアニンをチミンで、またはグアニンをセリンでの置換、SEQ ID NO: 511のヌクレオチド2235〜2249、2240〜2251、2240〜2257、2236〜2250、2254〜2277、または2236〜2244における欠失、およびSEQ ID NO: 511のヌクレオチド2573にて、チミンをグアニンで、またはヌクレオチド2582のチミンをアデニンでの置換からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項１１３】
a.患者から生体試料を得る工程；および、
b.該患者においてAkt、STAT5、またはSTAT3が活性化されるかどうかを決定する工程、
を含み、活性化されたAkt、STAT5、またはSTAT3は、上皮細胞成長因子受容体（EGFR）が有効である可能性が高いことを示す、癌に冒されているか、または癌を発症するリスクがある患者におけるEGFRターゲティング治療の有効な可能性を決定するための方法。
【請求項１１４】
生体試料が、生検または吸引液である、請求項113記載の方法。
【請求項１１５】
活性化されたAkt、STAT3、またはSTAT5が、リン酸化されている、請求項113記載の方法。
【請求項１１６】
活性化されたAkt、STAT5、またはSTAT3が、免疫学的に決定される、請求項113記載の方法。
【請求項１１７】
免疫学的検査法が、免疫組織化学法、免疫細胞化学法、FACS走査法、免疫ブロット法、放射免疫アッセイ法、ウエスタンブロッティング法、免疫沈降法、または酵素結合免疫吸着検定法（ELISA）からなる群より選択される、請求項116記載の方法。
【請求項１１８】
免疫学的検査法が、抗ホスホAkt、抗ホスホSTAT3、もしくは抗ホスホSTAT5抗体を使用する免疫組織化学法または免疫細胞化学法である、請求項116記載の方法。
【図１】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図２Ｄ】
【図２Ｅ】
【図２Ｆ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図５−１】
【図５−２】
【図５−３】
【図５−４】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図８Ｃ】
【図８Ｄ】
【図８Ｅ】
【図８Ｆ】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図２Ｄ】
【図２Ｅ】
【図２Ｆ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図３Ｃ】
【図３Ｄ】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図５−１】
【図５−２】
【図５−３】
【図５−４】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図８Ｃ】
【図８Ｄ】
【図８Ｅ】
【図８Ｆ】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【公開番号】特開２０１０−５１３１６（Ｐ２０１０−５１３１６Ａ）
【公開日】平成２２年３月１１日（２０１０．３．１１）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−２２００７６（Ｐ２００９−２２００７６）
【出願日】平成２１年９月２５日（２００９．９．２５）
【分割の表示】特願２００９−２４２２（Ｐ２００９−２４２２）の分割
【原出願日】平成１７年３月３１日（２００５．３．３１）
【出願人】（５９２０１７６３３）ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション (177)
【出願人】（３９９０５２７９６）ダナ−ファーバー キャンサー インスティテュート インク． (36)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２２年３月１１日（２０１０．３．１１）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年９月２５日（２００９．９．２５）
【分割の表示】特願２００９−２４２２（Ｐ２００９−２４２２）の分割
【原出願日】平成１７年３月３１日（２００５．３．３１）
【出願人】（５９２０１７６３３）ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション (177)
【出願人】（３９９０５２７９６）ダナ−ファーバー キャンサー インスティテュート インク． (36)
【Ｆターム（参考）】
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