本出願は、体細胞超変異（ＳＨＭ）系及び合成遺伝子に関する。合成遺伝子は、コンピューターベースのアプローチを使用して体細胞超変異に対するポリヌクレオチドの感受性を増加又は減小させることによって設計することができる。目的の遺伝子はベクター中に挿入され、体細胞超変異を誘導するために活性化誘導シチジンデアミナーゼに曝露される。改変された遺伝子によってコードされるタンパク質又はその部分は、体細胞超変異のためにＳＨＭ系に導入することができ、また、所望の表現型又は機能を示すタンパク質又はその部分を、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏの診断用途又は治療用途のために単離することができる。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質またはその部分をコードするＳＨＭ感受性遺伝子であって、未改変のタンパク質またはその部分をコードする未改変ポリヌクレオチド配列中の１つ以上の第１のＳＨＭモチーフが、ＳＨＭの確率がより高い１つ以上の第２のＳＨＭモチーフによって置換されており、該合成遺伝子は、未改変ポリヌクレオチド配列よりもホットスポットモチーフの密度が高い、および／またはホットスポットの密度が低いものである、遺伝子。
【請求項２】
タンパク質またはその部分をコードするＳＨＭ耐性の合成遺伝子であって、未改変のタンパク質またはその部分をコードする未改変ポリヌクレオチド配列中の１つ以上の第１のＳＨＭモチーフが、ＳＨＭの確率がより低い１つ以上の第２のＳＨＭモチーフによって置換されており、該合成遺伝子は、未改変ポリヌクレオチド配列よりもコールドスポットの密度が高い、および／またはコールドスポットの密度が低いものである、遺伝子。
【請求項３】
該未改変ポリヌクレオチド配列と比較してホットおよび／またはコールドスポットの密度を調節する、１つ以上のサイレントな核酸変異を含む、請求項１または２記載の合成遺伝子。
【請求項４】
ホットおよび／またはコールドスポットの密度を調節するように改変されており、該未改変タンパク質と比較して１つ以上の保存的または半保存的アミノ酸変異をコードする、請求項１または２記載の合成遺伝子。
【請求項５】
該未改変タンパク質と比較して約５０％以上、約７０％以上または約９０％以上のアミノ酸配列同一性を有するタンパク質をコードする、請求項１または２記載の合成遺伝子。
【請求項６】
該未改変ポリヌクレオチド配列と比較して好ましくないコドンの含量が減少している、請求項１または２記載の合成遺伝子。
【請求項７】
該未改変ポリヌクレオチド配列と比較して好ましいＳＨＭホットスポットモチーフの含量が増加している、請求項１記載の合成遺伝子。
【請求項８】
該未改変ポリヌクレオチド配列と比較して標準的なホットスポットおよびコールドスポットの密度が改変されている、請求項１または２記載の合成遺伝子。
【請求項９】
該未改変ポリヌクレオチド配列と比較してＡＩＤ介在性の変異誘発率が変化している、請求項１〜８のいずれか１項に記載の合成遺伝子。
【請求項１０】
抗体もしくはその抗原結合フラグメント、選択マーカー、レポータータンパク質、神経伝達物質、ホルモン、サイトカイン、ケモカイン、酵素、受容体、構造タンパク質、毒素、補因子または転写因子をコードする、請求項１〜９のいずれか１項に記載の合成遺伝子。
【請求項１１】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の少なくとも１つの合成遺伝子を含む発現ベクター。
【請求項１２】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の合成遺伝子を含む真核細胞。
【請求項１３】
所望の性質を有する遺伝子産物の調製方法であって、
ａ）該遺伝子産物をコードする請求項１記載の合成遺伝子を調製し、
ｂ）ＡＩＤ活性を発現するか、あるいは誘導因子の添加によりＡＩＤ活性を発現するように誘導され得る細胞集団において、該合成遺伝子を発現させ、
ｃ）所望の性質を有する改変された遺伝子産物を発現する、該細胞集団内の単一または複数の細胞を選択すること
を含む、方法。
【請求項１４】
任意で、該細胞集団においてＡＩＤ活性の発現を活性化または誘導することをさらに含む、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
（ｃ）において同定された単一または複数の細胞から、１つ以上のクローン細胞集団を樹立することをさらに含む、請求項１３記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも１つの該合成遺伝子が、抗体もしくはその抗原結合フラグメント、神経伝達物質、ホルモン、サイトカイン、ケモカイン、酵素、受容体、構造タンパク質、毒素、補因子または転写因子をコードする、請求項１３記載の方法。
【請求項１７】
該細胞集団が請求項２記載の合成遺伝子にコードされる遺伝子産物をさらに含む、請求項１３記載の方法。
【請求項１８】
所望の性質を有する遺伝子産物の調製方法であって、
ａ）少なくとも１つの請求項２記載の遺伝子を含み、かつＡＩＤ活性を発現するか、あるいは誘導因子の添加によりＡＩＤ活性を発現するように誘導され得る細胞集団において、該遺伝子産物を発現させ、
ｂ）所望の性質を有する改変された遺伝子産物を発現する、該細胞集団内の単一または複数の細胞を選択すること
を含む、方法。
【請求項１９】
任意で、該細胞集団においてＡＩＤ活性の発現を活性化または誘導することをさらに含む、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
（ｂ）において同定された単一または複数の細胞から、１つ以上のクローン細胞集団を樹立することをさらに含む、請求項１８記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも１つの該合成遺伝子が、ＳＨＭに関与する酵素、合成選択マーカー遺伝子、または合成レポーター遺伝子をコードする、請求項１３記載の方法。
【請求項２２】
該遺伝子産物が請求項２記載の合成遺伝子にコードされている、請求項１８記載の方法。
【請求項２３】
該細胞集団が請求項１記載の合成遺伝子にコードされる遺伝子産物をさらに含む、請求項１８記載の方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１−１】

【図１１−２】

【図１２−１】

【図１２−２】

【図１３−１】

【図１３−２】

【図１４】

【図１５】

【図１６−１】

【図１６−２】

【図１７−１】

【図１７−２】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１−１】

【図２１−２】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７−１】

【図２７−２】

【図２８−１】

【図２８−２】

【図２９−１】

【図２９−２】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【図３４】

【図３５】

【図３６】

【図３７】

【図３８】

【図３９】

【図４０】

【図４１】

【図４２】

【図４３】

【図４４】

【図４５】

【図４６】

【図４７】

【図４８】

【図４９】

【図５０】

【図５１】

【図５２】

【図５３】

【図５４】

【公表番号】特表２０１０−５２０７４８（Ｐ２０１０−５２０７４８Ａ）
【公表日】平成２２年６月１７日（２０１０．６．１７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００９−５５０９３６（Ｐ２００９−５５０９３６）
【出願日】平成２０年２月２０日（２００８．２．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／００２３９７
【国際公開番号】ＷＯ２００８／１０３４７５
【国際公開日】平成２０年８月２８日（２００８．８．２８）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
２．ＰＹＲＥＸ
【出願人】（５０９２３４８５８）アナプティスバイオ　インコーポレイティッド (3)
【Ｆターム（参考）】