分析物の決定に関係する方法、混合物、キットおよび組成物
本発明は、質量分析法による分析物の決定に関係する方法、混合物、キットおよび組成物に関する。本発明は、質量分析による分析物（単数または複数）の決定に関する。分析物は、関心のあるいずれの分子であってもよい。複合混合物中の分析物の相対および／または絶対定量を可能にする固有の標識試薬を使用して、分析物を決定することができる。これらの標識試薬は、複合サンプル混合物の分析のためにセットで使用することができ、この場合、標識試薬は、異性体のものおよび／または同重体のものであり得る。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記式Ｉ（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される化合物：
【化１】
（式中、
Ｙは、置換されている、または非置換であることがある、および場合によっては支持体に切断可能に連結されていることがある５、６または７員複素環であり、この場合、前記複素環は、基Ｊに共有結合によって連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；ならびに
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６および／またはＲ７のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’および／またはＲ６’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項２】
レポーター部分を形成する基Ｙ−Ｊが、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含む、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
前記基が、下記式Ｉ＃によって表され（この基はバランス部分を形成する）、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含む、請求項１に記載の化合物：
【化２】
（式中、
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；および
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−である）。
【請求項４】
式Ｙ−Ｊによって表される基（この基はレポーター部分を形成する）が、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含み、および下記式Ｉ＃によって表される基（この基はバランス部分を形成する）が、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含む、請求項１に記載の化合物：
【化３】
（式中、
Ｙは、置換されている、または非置換であることがある、および場合によっては支持体に切断可能に連結されていることがある５、６または７員複素環であり、この場合、前記複素環は、基Ｊに共有結合によって連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；および
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−である）。
【請求項５】
下記式ＩＩ（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項１に記載の化合物：
【化４】
（式中、
Ｗは、前記６員複素環の少なくとも１つのＭ基を置換し、およびその６員環の窒素に対してオルト、メタまたはパラに位置し、および−Ｎ（Ｈ）−、−Ｎ（Ｒ’’）−、−Ｎ（Ｒ’’’）−、−Ｐ（Ｒ’’）−、−Ｐ（Ｒ’’’）−、−Ｏ−または−Ｓ−である、原子または基であり；
残りの基Ｍのそれぞれは、他から独立して、−ＣＭ’２−であり、式中、それぞれのＭ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ８、−ＯＲ８、−ＳＲ８、−Ｒ８’ＯＲ８または−Ｒ８’ＳＲ８であり；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；
それぞれのＲ’’は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；
それぞれのＲ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８および／またはＲ１０のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’Ｒ６’、Ｒ８’および／またはＲ９’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項６】
下記式ＩＩＩ（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５に記載の化合物：
【化５】
（式中、
ｓは、１から５の整数であり、およびｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素、重水素またはＲ７であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３、他のアルキルまたは−Ｒ’’’であり；
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；ならびに
Ｒ６、Ｒ７および／またはＲ１０のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項７】
前記化合物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項６に記載の化合物：
【化６】
【化７】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；
Ｒ１は、水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素またはＲ７であり；
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；および
Ｒ６および／またはＲ７は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項８】
前記化合物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項６に記載の化合物：
【化８】
【化９】
【請求項９】
下記式ＩＶ（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５に記載の化合物：
【化１０】
（式中、
ｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３または−Ｒ’’’であり；
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；ならびに
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンであり；および
それぞれのＲ１０は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項１０】
前記化合物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項９に記載の化合物：
【化１１】
【化１２】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；および
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンである）。
【請求項１１】
少なくとも１つの同位体富化部位を含む、請求項１、５、６または９のいずれかに記載の化合物。
【請求項１２】
２つ以上の同位体濃縮部位を含む、請求項１、５、６または９のいずれかに記載の化合物。
【請求項１３】
Ｚが、ペプチドまたはタンパク質である、請求項１〜１２のいずれかに記載の化合物。
【請求項１４】
Ｚが、−ＯＨである、請求項１〜１２のいずれかに記載の化合物。
【請求項１５】
Ｚが、活性エステルの脱離基である、請求項１〜１２のいずれかに記載の化合物。
【請求項１６】
Ｚが、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドである、請求項１５に記載の化合物。
【請求項１７】
前記化合物が、較正用標準である、請求項１〜１３のいずれかに記載の化合物。
【請求項１８】
ａ）それぞれのサンプルが１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルと、標識試薬セットの異なる標識試薬とを反応させて、それによって、それぞれが１つ以上の標識された分析物を含む２つ以上の差別的に標識されたサンプルを形成すること［この場合、前記セットの異なる標識試薬は、下記式Ｉ’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表され：
【化１３】
（式中、
Ｙは、置換されている、または非置換であることがある、および場合によっては支持体に切断可能に連結されていることがある５、６または７員複素環であり、この場合、前記複素環は、基Ｊに共有結合により連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６および／またはＲ７のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’および／またはＲ６’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）、ならびに
前記セットのそれぞれの異なる標識試薬は、同じ総質量を有するが、それぞれの異なる標識試薬の基Ｙ−Ｊ（この基がレポーター部分を形成する）は、１つ以上の同位体濃縮部位において固有にコード化されており、質量分析計内で前記基Ｙ−Ｊの基Ｊと前記標識試薬の残部との結合がフラグメント化すると、固有質量のレポーターイオンが生成される］；および
ｂ）前記２つ以上の差別的に標識されたサンプルまたはその一部分と、場合によっては１つ以上の較正用標準とを混合して、それによって、サンプル混合物を生成すること
を含む、方法。
【請求項１９】
ｃ）前記サンプル混合物またはその画分に関する第一質量分光分析を行うこと；
ｄ）前記第一質量分光分析からの選択質量対電荷比の標識された分析物のイオンを解離エネルギーレベルに付して、それによって、レポーターイオンと前記選択イオンの少なくとも一部の娘フラグメントイオンとを形成すること；および
ｅ）前記選択イオン、レポーターイオンおよび娘フラグメントイオンまたはそれらの画分についての第二の質量分析を行うこと
をさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ｆ）前記第二質量分析におけるそれぞれのレポーターイオンの総質量および相対量、ならびに前記娘フラグメントイオンの一部またはすべての総質量および／または絶対質量を決定すること
をさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
ｇ）前記娘フラグメントイオンの分析により前記選択質量対電荷比に関連する標識された分析物を決定すること
をさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
異なる選択質量対電荷比での標識された分析物の選択イオンに対して、工程（ｄ）から（ｇ）を１回以上繰り返すことをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
各回、前記サンプル混合物の異なる画分を用いて、工程（ｃ）から（ｇ）を１回以上繰り返すことをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
基Ｙが、置換または非置換モルホリン、ピペリジンまたはピペラジン部分である、請求項１８から２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
それぞれのサンプルが、粗製もしくは加工された細胞溶解物、体液、組織抽出物または細胞抽出物である、請求項１８から２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
それぞれのサンプルが、分離プロセスからの画分である、請求項１８から２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
前記分析物のうちの１つ以上が、ペプチドおよび／またはタンパク質である、請求項１８から２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
Ｚ’によって表される反応性基が、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル（ＮＨＳ）、Ｎ−ヒドロキシスルホスクシンイミジルエステル（ＮＨＳＳ）、ペンタフルオロフェニルエステル（Ｐｆｐ）、２−ニトロフェニルエステル、３−ニトロフェニルエステル（３−ＮＰ）、４−ニトロフェニルエステル（４−ＮＰ）、２，４−ジニトロフェニルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル（Ｐｆｐ）、ペンタクロロフェニルエステル（Ｐｃｐ）、３−ヒドロキシ−１，２，３−ベンゾトリアジン−４（３Ｈ）−オンエステル（Ｄｈｂｔ）、ヒドロキシピロリジノンエステル（ＮＨＰ）、２，４−ジハロフェニルエステル、２，２，２−トリフルオロエタニルエステルまたは１，１，１，３，３，３−ヘキサフルオロ−２−プロパニルエステルである活性エステルの脱離基である、請求項１８から２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
固有質量のそれぞれのレポーターイオンによって、それぞれの標識された分析物の源となったサンプルが同定される、請求項１９から２７のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
前記セットのそれぞれの異なる標識試薬が、支持体に結合されており、前記支持体には切断可能リンカーによって連結されており、それぞれの異なるサンプルは、前記セットの異なる標識試薬を担持する支持体と反応する、請求項１８から２９のいずれかに記載の方法であって；前記方法は、工程（ｂ）を行う前に、
ｉ）前記支持体を場合によっては洗浄して、前記標識試薬の反応性基と反応しないサンプルの成分を除去すること；
ｉｉ）前記切断可能リンカーを切断して、それによって、それぞれのサンプルが１つ以上の標識された分析物を含む２つ以上の差別的に標識されたサンプルを回収のために放出させること（ここで、特定のサンプルに関連する標識された分析物を、それらに連結された固有質量のレポーター部分により、同定可能および／または定量可能である）；および
ｉｉｉ）標識された分析物のそれぞれのサンプルを、それらを混合する前に、場合によっては回収すること
をさらに含む、方法。
【請求項３１】
ｃ）それぞれのサンプルを少なくとも１つの酵素で消化して、前記サンプルもしくはサンプル混合物の成分を部分的または完全に分解すること；または
ｄ）前記サンプル混合物を分離すること；または
ｅ）ｃ）とｄ）の両方
をさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項３２】
前記第二質量分析において固有質量のそれぞれのレポーターイオンの相対量が、他のレポーターイオンに対して決定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項３３】
前記同定された分析物に関連する固有質量のそれぞれのレポーターイオンの相対量を、前記サンプル混合物を形成するために合わせたそれぞれの差別的に標識されたサンプルの量と相関させて、それによって、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の分析物の相対量を決定する、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
ｉ）前記サンプル混合物が、前記同定された分析物についての、固有質量のレポーター部分を含む、既知量の較正用標準を含み、および固有質量のそれぞれのレポーターイオンの絶対量が、前記較正用標準に関連する固有レポーターイオンの量を参照することによって決定される；ならびに
ｉｉ）前記サンプル混合物のそれぞれの異なるサンプル中の同定された分析物の絶対量が、固有質量のそれぞれの異なるレポーターイオンの相対量を参照して決定される、
請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
異なる選択質量対電荷比での標識された分析物の選択イオンに対して工程（ｄ）から（ｇ）を１回以上繰り返して、それによって、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上の他の分析物の相対量を同定および／または決定することをさらに含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
異なる選択質量対電荷比での標識された分析物の選択イオンに対して工程（ｄ）から（ｇ）を１回以上繰り返して、それによって、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上の他の分析物の絶対量を同定および／または決定することをさらに含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記分析物が、ペプチドであり、ならびに前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上のタンパク質の正体および相対量が、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上のペプチドの正体および相対量に基づいて決定される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記分析物が、ペプチドであり、ならびに前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上のタンパク質の正体および絶対量が、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上のペプチドの正体および絶対量に基づいて決定される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
前記標識試薬が、下記式ＩＩＩ’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項１８に記載の方法：
【化１４】
（式中、
ｓは、１から５の整数であり、およびｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素、重水素またはＲ７であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３、他のアルキルまたは−Ｒ’’’であり；
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；
Ｒ６、Ｒ７および／またはＲ１０のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項４０】
少なくとも１つの標識試薬が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項３９に記載の方法：
【化１４−１】
【化１５】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；
Ｒ１は、水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素またはＲ７であり；
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ６および／またはＲ７は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項４１】
少なくとも１つの標識試薬が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項３９に記載の方法：
【化１６】
【化１７】
【請求項４２】
前記標識試薬が、下記式ＩＶ’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項１８に記載の方法：
【化１８】
（式中、
ｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３または−Ｒ’’’であり；
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンであり；および
それぞれのＲ１０は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項４３】
少なくとも１つの標識試薬が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項４２に記載の方法：
【化１９】
【化２０】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；ならびに
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基である）。
【請求項４４】
少なくとも２つの標識された分析物を含む混合物であって、前記少なくとも２つの標識された分析物は、異なるサンプルに由来し、前記混合物のそれぞれの標識された分析物は、下記式Ｉ’’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される：
【化２１】
（式中、
Ｙは、置換されている、または非置換であることがある５、６または７員複素環であり、前記複素環は、基Ｊに共有結合により連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；ならびに
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６および／またはＲ７のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’および／またはＲ６’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンであり；ならびに
基Ｙ−Ｊ（この基がレポーター部分を形成する）は、１つ以上の同位体濃縮部位において固有にコード化されており、質量分析計内で前記基Ｙ−Ｊの基Ｊと前記標識された分析物の残部との結合がフラグメント化すると、固有質量のレポーターイオンを生じさせ、それによって、２つ以上の標識された分析物それぞれの標識反応が起こったサンプルが同定される）。
【請求項４５】
前記分析物の１つ以上が、ペプチドおよび／またはタンパク質である、請求項４４に記載の混合物。
【請求項４６】
前記分析物の１つ以上が、核酸である、請求項４４に記載の混合物。
【請求項４７】
前記分析物の１つ以上が、脂質および／またはステロイドである、請求項４４に記載の混合物。
【請求項４８】
前記分析物の１つ以上が、１５００ダルトン未満の質量を有する小分子である、請求項４４に記載の混合物。
【請求項４９】
前記分析物の２つ以上が、異なる分析物の型である、請求項４４に記載の混合物。
【請求項５０】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式ＩＩＩ’’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項４４に記載の混合物：
【化２２】
（式中、
ｓは、１から５の整数であり、およびｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素、重水素またはＲ７であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３、他のアルキルまたは−Ｒ’’’であり；
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−またはＨＳ−Ｒ９’−であり；
Ｒ６、Ｒ７および／またはＲ１０のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項５１】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５０に記載の混合物：
【化２３】
【化２４】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；
Ｒ１は、水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素またはＲ７であり；
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｒ６および／またはＲ７は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項５２】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５０に記載の混合物：
【化２５】
【請求項５３】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式ＩＶ’’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項４４に記載の混合物：
【化２６】
（式中、
ｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３または−Ｒ’’’であり；
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−またはＨＳ−Ｒ９’−であり；
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンであり；および
それぞれのＲ１０は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項５４】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５３に記載の混合物：
【化２７】
【化２８】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物である）。
【請求項５５】
請求項１から１７のいずれか一項に記載の少なくとも１つの化合物を含むキット。
【請求項５６】
サンプルを差別的に標識することによって、２つ以上の異なるサンプル中の１つ以上の分析物を定量するためのアッセイを行うために選択された、少なくとも１つの追加の試薬をさらに含む、請求項５５に記載のキット。
【請求項５７】
前記化合物が、固有質量のレポーター部分を含む標識された較正用標準である、請求項５５に記載のキット。
【請求項５８】
前記化合物が、固有質量のレポーター部分を含む標識試薬である、請求項５５に記載のキット。
【請求項５９】
ａ）置換または非置換ジアミンと、置換または非置換ジカルボン酸または酸無水物とを反応させて、それによって、少なくとも１つのアミドまたはチオアミド結合を含むアミノ酸生成物を形成すること；
ｂ）前記アミノ酸生成物と、レポーター部分を含む化合物とを反応させること（この場合、前記レポーター部分を含む化合物は、置換または非置換Ｎ−アルキル化酢酸部分と、前記酢酸部分に共有結合で連結された窒素原子とを含む）；および
ｃ）前記アミノ酸生成物の酸またはチオ酸基を修飾して、それによって、分析物の官能基と反応することができる反応性基を形成すること（この場合、前記工程（ｃ）の生成物は、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含む）
を含む方法。
【請求項６０】
下記式Ｉ’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される化合物を生成する、請求項５９に記載の方法：
【化２９】
（式中、
Ｙは、５、６または７員複素環であり、前記複素環は、基Ｊに共有結合により連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；ならびに
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６および／またはＲ７のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’および／またはＲ６’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項６１】
少なくとも２つの差別的に標識された分析物分子のフラグメント化後に、質量分析計内に存在するフラグメントイオン組成物であって、前記標識された分析物分子のうちの少なくとも１つは、
【化３０】
から成る群より選択される式の化合物であり、ならびに
前記フラグメントイオンは、正または負のいずれかの電荷を有する、
フラグメントイオン組成物。
【請求項６２】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋またはＣ６Ｈ１３Ｎ２＋を有する、請求項６１に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項６３】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋または１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋を有する、請求項６１に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項６４】
前記分析物の差別的に標識された分子のフラグメント化によって誘導されたフラグメントイオンを含む混合物であって、前記差別的に標識された分析物分子のフラグメントイオンは、質量分析計内で生成され、ならびに前記差別的に標識された分析物分子の少なくとも一つは、
【化３１】
から成る群より選択される式の化合物であり、かつ
前記フラグメントイオンは、正または負のいずれかの電荷を有する、
混合物。
【請求項６５】
少なくとも１つのフラグメントイオンが、分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋またはＣ６Ｈ１３Ｎ２＋を有する、請求項６４に記載の混合物。
【請求項６６】
少なくとも１つのフラグメントイオンが、分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋または１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋を有する、請求項６４に記載の混合物。
【請求項６７】
同重体標識された分析物分子を含む組成物の、質量分析計内での、フラグメント化によって生成されるフラグメントイオンであって、前記分子の少なくとも１つは、
【化３２】
から成る群より選択される式の化合物であり、ならびに
前記フラグメントイオンは、正または負のいずれかの電荷を有する、
フラグメントイオン。
【請求項６８】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋またはＣ６Ｈ１３Ｎ２＋を有する、請求項６７に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項６９】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋または１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋を有する、請求項６７に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項７０】
少なくとも２つの差別的に標識された分析物分子を含むサンプル混合物の画分を質量分析計内でイオン化すること；
フラグメント化のために、選択されたｍ／ｚ値で、前記差別的に標識された分析物分子のうちの少なくとも２つを選択すること；および
解離エネルギーレベルの印加により、前記選択された分析物分子をフラグメント化すること；
によって生成される、フラグメントイオンであって、
この場合、前記差別的に標識された分析物分子の少なくとも１つは、
【化３３】
から成る群より選択される式の化合物であり、ならびに
前記フラグメントイオンは、正または負のいずれかの電荷を有する、
フラグメントイオン。
【請求項７１】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋またはＣ６Ｈ１３Ｎ２＋を有する、請求項７０に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項７２】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋または１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋を有する、請求項７０に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項１】
下記式Ｉ（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される化合物：
【化１】
（式中、
Ｙは、置換されている、または非置換であることがある、および場合によっては支持体に切断可能に連結されていることがある５、６または７員複素環であり、この場合、前記複素環は、基Ｊに共有結合によって連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；ならびに
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６および／またはＲ７のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’および／またはＲ６’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項２】
レポーター部分を形成する基Ｙ−Ｊが、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含む、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
前記基が、下記式Ｉ＃によって表され（この基はバランス部分を形成する）、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含む、請求項１に記載の化合物：
【化２】
（式中、
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；および
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−である）。
【請求項４】
式Ｙ−Ｊによって表される基（この基はレポーター部分を形成する）が、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含み、および下記式Ｉ＃によって表される基（この基はバランス部分を形成する）が、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含む、請求項１に記載の化合物：
【化３】
（式中、
Ｙは、置換されている、または非置換であることがある、および場合によっては支持体に切断可能に連結されていることがある５、６または７員複素環であり、この場合、前記複素環は、基Ｊに共有結合によって連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；および
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−である）。
【請求項５】
下記式ＩＩ（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項１に記載の化合物：
【化４】
（式中、
Ｗは、前記６員複素環の少なくとも１つのＭ基を置換し、およびその６員環の窒素に対してオルト、メタまたはパラに位置し、および−Ｎ（Ｈ）−、−Ｎ（Ｒ’’）−、−Ｎ（Ｒ’’’）−、−Ｐ（Ｒ’’）−、−Ｐ（Ｒ’’’）−、−Ｏ−または−Ｓ−である、原子または基であり；
残りの基Ｍのそれぞれは、他から独立して、−ＣＭ’２−であり、式中、それぞれのＭ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ８、−ＯＲ８、−ＳＲ８、−Ｒ８’ＯＲ８または−Ｒ８’ＳＲ８であり；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；
それぞれのＲ’’は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；
それぞれのＲ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８および／またはＲ１０のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’Ｒ６’、Ｒ８’および／またはＲ９’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項６】
下記式ＩＩＩ（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５に記載の化合物：
【化５】
（式中、
ｓは、１から５の整数であり、およびｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素、重水素またはＲ７であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３、他のアルキルまたは−Ｒ’’’であり；
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；ならびに
Ｒ６、Ｒ７および／またはＲ１０のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項７】
前記化合物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項６に記載の化合物：
【化６】
【化７】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；
Ｒ１は、水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素またはＲ７であり；
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；および
Ｒ６および／またはＲ７は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項８】
前記化合物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項６に記載の化合物：
【化８】
【化９】
【請求項９】
下記式ＩＶ（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５に記載の化合物：
【化１０】
（式中、
ｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３または−Ｒ’’’であり；
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンであり；
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；ならびに
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンであり；および
それぞれのＲ１０は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項１０】
前記化合物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項９に記載の化合物：
【化１１】
【化１２】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；および
Ｚは、−ＯＨ、−ＳＨ、−Ｏ−Ｖ＋、−Ｓ−Ｖ＋、反応性基、反応性基の脱離基、または共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｖ＋は、正電荷を有する対イオンである）。
【請求項１１】
少なくとも１つの同位体富化部位を含む、請求項１、５、６または９のいずれかに記載の化合物。
【請求項１２】
２つ以上の同位体濃縮部位を含む、請求項１、５、６または９のいずれかに記載の化合物。
【請求項１３】
Ｚが、ペプチドまたはタンパク質である、請求項１〜１２のいずれかに記載の化合物。
【請求項１４】
Ｚが、−ＯＨである、請求項１〜１２のいずれかに記載の化合物。
【請求項１５】
Ｚが、活性エステルの脱離基である、請求項１〜１２のいずれかに記載の化合物。
【請求項１６】
Ｚが、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドである、請求項１５に記載の化合物。
【請求項１７】
前記化合物が、較正用標準である、請求項１〜１３のいずれかに記載の化合物。
【請求項１８】
ａ）それぞれのサンプルが１つ以上の反応性分析物を含む２つ以上のサンプルと、標識試薬セットの異なる標識試薬とを反応させて、それによって、それぞれが１つ以上の標識された分析物を含む２つ以上の差別的に標識されたサンプルを形成すること［この場合、前記セットの異なる標識試薬は、下記式Ｉ’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表され：
【化１３】
（式中、
Ｙは、置換されている、または非置換であることがある、および場合によっては支持体に切断可能に連結されていることがある５、６または７員複素環であり、この場合、前記複素環は、基Ｊに共有結合により連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６および／またはＲ７のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’および／またはＲ６’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）、ならびに
前記セットのそれぞれの異なる標識試薬は、同じ総質量を有するが、それぞれの異なる標識試薬の基Ｙ−Ｊ（この基がレポーター部分を形成する）は、１つ以上の同位体濃縮部位において固有にコード化されており、質量分析計内で前記基Ｙ−Ｊの基Ｊと前記標識試薬の残部との結合がフラグメント化すると、固有質量のレポーターイオンが生成される］；および
ｂ）前記２つ以上の差別的に標識されたサンプルまたはその一部分と、場合によっては１つ以上の較正用標準とを混合して、それによって、サンプル混合物を生成すること
を含む、方法。
【請求項１９】
ｃ）前記サンプル混合物またはその画分に関する第一質量分光分析を行うこと；
ｄ）前記第一質量分光分析からの選択質量対電荷比の標識された分析物のイオンを解離エネルギーレベルに付して、それによって、レポーターイオンと前記選択イオンの少なくとも一部の娘フラグメントイオンとを形成すること；および
ｅ）前記選択イオン、レポーターイオンおよび娘フラグメントイオンまたはそれらの画分についての第二の質量分析を行うこと
をさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ｆ）前記第二質量分析におけるそれぞれのレポーターイオンの総質量および相対量、ならびに前記娘フラグメントイオンの一部またはすべての総質量および／または絶対質量を決定すること
をさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
ｇ）前記娘フラグメントイオンの分析により前記選択質量対電荷比に関連する標識された分析物を決定すること
をさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
異なる選択質量対電荷比での標識された分析物の選択イオンに対して、工程（ｄ）から（ｇ）を１回以上繰り返すことをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
各回、前記サンプル混合物の異なる画分を用いて、工程（ｃ）から（ｇ）を１回以上繰り返すことをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
基Ｙが、置換または非置換モルホリン、ピペリジンまたはピペラジン部分である、請求項１８から２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
それぞれのサンプルが、粗製もしくは加工された細胞溶解物、体液、組織抽出物または細胞抽出物である、請求項１８から２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
それぞれのサンプルが、分離プロセスからの画分である、請求項１８から２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
前記分析物のうちの１つ以上が、ペプチドおよび／またはタンパク質である、請求項１８から２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
Ｚ’によって表される反応性基が、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル（ＮＨＳ）、Ｎ−ヒドロキシスルホスクシンイミジルエステル（ＮＨＳＳ）、ペンタフルオロフェニルエステル（Ｐｆｐ）、２−ニトロフェニルエステル、３−ニトロフェニルエステル（３−ＮＰ）、４−ニトロフェニルエステル（４−ＮＰ）、２，４−ジニトロフェニルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル（Ｐｆｐ）、ペンタクロロフェニルエステル（Ｐｃｐ）、３−ヒドロキシ−１，２，３−ベンゾトリアジン−４（３Ｈ）−オンエステル（Ｄｈｂｔ）、ヒドロキシピロリジノンエステル（ＮＨＰ）、２，４−ジハロフェニルエステル、２，２，２−トリフルオロエタニルエステルまたは１，１，１，３，３，３−ヘキサフルオロ−２−プロパニルエステルである活性エステルの脱離基である、請求項１８から２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
固有質量のそれぞれのレポーターイオンによって、それぞれの標識された分析物の源となったサンプルが同定される、請求項１９から２７のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
前記セットのそれぞれの異なる標識試薬が、支持体に結合されており、前記支持体には切断可能リンカーによって連結されており、それぞれの異なるサンプルは、前記セットの異なる標識試薬を担持する支持体と反応する、請求項１８から２９のいずれかに記載の方法であって；前記方法は、工程（ｂ）を行う前に、
ｉ）前記支持体を場合によっては洗浄して、前記標識試薬の反応性基と反応しないサンプルの成分を除去すること；
ｉｉ）前記切断可能リンカーを切断して、それによって、それぞれのサンプルが１つ以上の標識された分析物を含む２つ以上の差別的に標識されたサンプルを回収のために放出させること（ここで、特定のサンプルに関連する標識された分析物を、それらに連結された固有質量のレポーター部分により、同定可能および／または定量可能である）；および
ｉｉｉ）標識された分析物のそれぞれのサンプルを、それらを混合する前に、場合によっては回収すること
をさらに含む、方法。
【請求項３１】
ｃ）それぞれのサンプルを少なくとも１つの酵素で消化して、前記サンプルもしくはサンプル混合物の成分を部分的または完全に分解すること；または
ｄ）前記サンプル混合物を分離すること；または
ｅ）ｃ）とｄ）の両方
をさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項３２】
前記第二質量分析において固有質量のそれぞれのレポーターイオンの相対量が、他のレポーターイオンに対して決定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項３３】
前記同定された分析物に関連する固有質量のそれぞれのレポーターイオンの相対量を、前記サンプル混合物を形成するために合わせたそれぞれの差別的に標識されたサンプルの量と相関させて、それによって、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の分析物の相対量を決定する、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
ｉ）前記サンプル混合物が、前記同定された分析物についての、固有質量のレポーター部分を含む、既知量の較正用標準を含み、および固有質量のそれぞれのレポーターイオンの絶対量が、前記較正用標準に関連する固有レポーターイオンの量を参照することによって決定される；ならびに
ｉｉ）前記サンプル混合物のそれぞれの異なるサンプル中の同定された分析物の絶対量が、固有質量のそれぞれの異なるレポーターイオンの相対量を参照して決定される、
請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
異なる選択質量対電荷比での標識された分析物の選択イオンに対して工程（ｄ）から（ｇ）を１回以上繰り返して、それによって、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上の他の分析物の相対量を同定および／または決定することをさらに含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
異なる選択質量対電荷比での標識された分析物の選択イオンに対して工程（ｄ）から（ｇ）を１回以上繰り返して、それによって、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上の他の分析物の絶対量を同定および／または決定することをさらに含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記分析物が、ペプチドであり、ならびに前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上のタンパク質の正体および相対量が、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上のペプチドの正体および相対量に基づいて決定される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記分析物が、ペプチドであり、ならびに前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上のタンパク質の正体および絶対量が、前記サンプル混合物を形成するために合わせた２つ以上の差別的に標識されたサンプルそれぞれの中の１つ以上のペプチドの正体および絶対量に基づいて決定される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
前記標識試薬が、下記式ＩＩＩ’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項１８に記載の方法：
【化１４】
（式中、
ｓは、１から５の整数であり、およびｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素、重水素またはＲ７であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３、他のアルキルまたは−Ｒ’’’であり；
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；
Ｒ６、Ｒ７および／またはＲ１０のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項４０】
少なくとも１つの標識試薬が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項３９に記載の方法：
【化１４−１】
【化１５】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；
Ｒ１は、水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素またはＲ７であり；
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ６および／またはＲ７は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項４１】
少なくとも１つの標識試薬が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項３９に記載の方法：
【化１６】
【化１７】
【請求項４２】
前記標識試薬が、下記式ＩＶ’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項１８に記載の方法：
【化１８】
（式中、
ｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３または−Ｒ’’’であり；
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−、ＨＳ−Ｒ９’−、または前記化合物を支持体に切断可能に連結させる切断可能リンカーであり；
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンであり；および
それぞれのＲ１０は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項４３】
少なくとも１つの標識試薬が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項４２に記載の方法：
【化１９】
【化２０】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；ならびに
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基である）。
【請求項４４】
少なくとも２つの標識された分析物を含む混合物であって、前記少なくとも２つの標識された分析物は、異なるサンプルに由来し、前記混合物のそれぞれの標識された分析物は、下記式Ｉ’’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される：
【化２１】
（式中、
Ｙは、置換されている、または非置換であることがある５、６または７員複素環であり、前記複素環は、基Ｊに共有結合により連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；ならびに
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６および／またはＲ７のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’および／またはＲ６’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンであり；ならびに
基Ｙ−Ｊ（この基がレポーター部分を形成する）は、１つ以上の同位体濃縮部位において固有にコード化されており、質量分析計内で前記基Ｙ−Ｊの基Ｊと前記標識された分析物の残部との結合がフラグメント化すると、固有質量のレポーターイオンを生じさせ、それによって、２つ以上の標識された分析物それぞれの標識反応が起こったサンプルが同定される）。
【請求項４５】
前記分析物の１つ以上が、ペプチドおよび／またはタンパク質である、請求項４４に記載の混合物。
【請求項４６】
前記分析物の１つ以上が、核酸である、請求項４４に記載の混合物。
【請求項４７】
前記分析物の１つ以上が、脂質および／またはステロイドである、請求項４４に記載の混合物。
【請求項４８】
前記分析物の１つ以上が、１５００ダルトン未満の質量を有する小分子である、請求項４４に記載の混合物。
【請求項４９】
前記分析物の２つ以上が、異なる分析物の型である、請求項４４に記載の混合物。
【請求項５０】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式ＩＩＩ’’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項４４に記載の混合物：
【化２２】
（式中、
ｓは、１から５の整数であり、およびｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素、重水素またはＲ７であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３、他のアルキルまたは−Ｒ’’’であり；
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−またはＨＳ−Ｒ９’−であり；
Ｒ６、Ｒ７および／またはＲ１０のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項５１】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５０に記載の混合物：
【化２３】
【化２４】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；
Ｒ１は、水素またはＲ６であり；
Ｒ２は、水素またはＲ７であり；
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｒ６および／またはＲ７は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項５２】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５０に記載の混合物：
【化２５】
【請求項５３】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式ＩＶ’’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項４４に記載の混合物：
【化２６】
（式中、
ｔは、１から１０の整数であり；
Ｒ１１は、水素、重水素、メチル、−Ｃ（Ｈ）２Ｄ、−Ｃ（Ｈ）Ｄ２、−ＣＤ３または−Ｒ’’’であり；
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物であり；この場合、
Ｒ’’’は、Ｈ２Ｎ−Ｒ９’−、Ｈ（Ｒ１０）Ｎ−Ｒ９’−、（Ｒ１０）２Ｎ−Ｒ９’−、ＨＯ−Ｒ９’−またはＨＳ−Ｒ９’−であり；
それぞれのＲ９’は、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンであり；および
それぞれのＲ１０は、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルである）。
【請求項５４】
少なくとも１つの標識された分析物が、下記式（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される、請求項５３に記載の混合物：
【化２７】
【化２８】
（式中、
＊は、適宜、１２Ｃの代わりに１３Ｃ、および１４Ｎの代わりに１５Ｎを含む、同位体濃縮部位を示し；
Ｚ’’は、共有結合で連結された分析物である）。
【請求項５５】
請求項１から１７のいずれか一項に記載の少なくとも１つの化合物を含むキット。
【請求項５６】
サンプルを差別的に標識することによって、２つ以上の異なるサンプル中の１つ以上の分析物を定量するためのアッセイを行うために選択された、少なくとも１つの追加の試薬をさらに含む、請求項５５に記載のキット。
【請求項５７】
前記化合物が、固有質量のレポーター部分を含む標識された較正用標準である、請求項５５に記載のキット。
【請求項５８】
前記化合物が、固有質量のレポーター部分を含む標識試薬である、請求項５５に記載のキット。
【請求項５９】
ａ）置換または非置換ジアミンと、置換または非置換ジカルボン酸または酸無水物とを反応させて、それによって、少なくとも１つのアミドまたはチオアミド結合を含むアミノ酸生成物を形成すること；
ｂ）前記アミノ酸生成物と、レポーター部分を含む化合物とを反応させること（この場合、前記レポーター部分を含む化合物は、置換または非置換Ｎ−アルキル化酢酸部分と、前記酢酸部分に共有結合で連結された窒素原子とを含む）；および
ｃ）前記アミノ酸生成物の酸またはチオ酸基を修飾して、それによって、分析物の官能基と反応することができる反応性基を形成すること（この場合、前記工程（ｃ）の生成物は、少なくとも１つの同位体濃縮部位を含む）
を含む方法。
【請求項６０】
下記式Ｉ’（その塩形態および／または水和物形態を含む）によって表される化合物を生成する、請求項５９に記載の方法：
【化２９】
（式中、
Ｙは、５、６または７員複素環であり、前記複素環は、基Ｊに共有結合により連結された少なくとも１個の環窒素原子を含み；
Ｊは、式−ＣＪ’２−によって表される基であり、式中、それぞれのＪ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ３、−ＯＲ３、−ＳＲ３、−Ｒ３’ＯＲ３または−Ｒ３’ＳＲ３であり；
Ｋは、式−（ＣＫ’２）ｎ−または−（（ＣＫ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＫ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｎは、２から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＫ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ４、−ＯＲ４、−ＳＲ４、−Ｒ４’ＯＲ４または−Ｒ４’ＳＲ４であり；
Ｌは、式−（ＣＬ’２）ｑ−または−（（ＣＬ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＬ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＬ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ５、−ＯＲ５、−ＳＲ５、−Ｒ５’ＯＲ５または−Ｒ５’ＳＲ５であり；
１）Ｒ１は、水素、重水素またはＲ６であり、およびＲ２は、水素、重水素またはＲ７であるか；
２）Ｒ１およびＲ２は、一緒に、前記２個の窒素原子を架橋する環を形成する、式−（ＣＲ’２）ｑ−または−（（ＣＲ’２）ｍ−Ｘ３−（ＣＲ’２）ｍ）ｐ−によって表される基であり、式中、ｑは、１から１０の整数であり、それぞれのｍは、他から独立して、１から５の整数であり、ｐは、１から４の整数であり、およびそれぞれのＲ’は、他から独立して、水素、重水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、−Ｒ６、−ＯＲ６、−ＳＲ６、−Ｒ６’ＯＲ６または−Ｒ６’ＳＲ６であり；
Ｘ１は、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＨまたは＝ＮＲ７であり；
それぞれのＸ２は、他から独立して、＝Ｏまたは＝Ｓであり；
それぞれのＸ３は、他から独立して、−Ｏ−または−Ｓ−であり；ならびに
Ｚ’は、反応性基、または反応性基の脱離基であり；この場合、
Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６および／またはＲ７のそれぞれは、他から独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリールまたはアリールアルキルであり；ならびに
Ｒ３’、Ｒ４’、Ｒ５’および／またはＲ６’のそれぞれは、他から独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、アリーレンまたはアルキルアリーレンである）。
【請求項６１】
少なくとも２つの差別的に標識された分析物分子のフラグメント化後に、質量分析計内に存在するフラグメントイオン組成物であって、前記標識された分析物分子のうちの少なくとも１つは、
【化３０】
から成る群より選択される式の化合物であり、ならびに
前記フラグメントイオンは、正または負のいずれかの電荷を有する、
フラグメントイオン組成物。
【請求項６２】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋またはＣ６Ｈ１３Ｎ２＋を有する、請求項６１に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項６３】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋または１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋を有する、請求項６１に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項６４】
前記分析物の差別的に標識された分子のフラグメント化によって誘導されたフラグメントイオンを含む混合物であって、前記差別的に標識された分析物分子のフラグメントイオンは、質量分析計内で生成され、ならびに前記差別的に標識された分析物分子の少なくとも一つは、
【化３１】
から成る群より選択される式の化合物であり、かつ
前記フラグメントイオンは、正または負のいずれかの電荷を有する、
混合物。
【請求項６５】
少なくとも１つのフラグメントイオンが、分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋またはＣ６Ｈ１３Ｎ２＋を有する、請求項６４に記載の混合物。
【請求項６６】
少なくとも１つのフラグメントイオンが、分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋または１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋を有する、請求項６４に記載の混合物。
【請求項６７】
同重体標識された分析物分子を含む組成物の、質量分析計内での、フラグメント化によって生成されるフラグメントイオンであって、前記分子の少なくとも１つは、
【化３２】
から成る群より選択される式の化合物であり、ならびに
前記フラグメントイオンは、正または負のいずれかの電荷を有する、
フラグメントイオン。
【請求項６８】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋またはＣ６Ｈ１３Ｎ２＋を有する、請求項６７に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項６９】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋または１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋を有する、請求項６７に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項７０】
少なくとも２つの差別的に標識された分析物分子を含むサンプル混合物の画分を質量分析計内でイオン化すること；
フラグメント化のために、選択されたｍ／ｚ値で、前記差別的に標識された分析物分子のうちの少なくとも２つを選択すること；および
解離エネルギーレベルの印加により、前記選択された分析物分子をフラグメント化すること；
によって生成される、フラグメントイオンであって、
この場合、前記差別的に標識された分析物分子の少なくとも１つは、
【化３３】
から成る群より選択される式の化合物であり、ならびに
前記フラグメントイオンは、正または負のいずれかの電荷を有する、
フラグメントイオン。
【請求項７１】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３Ｃ２Ｃ４Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３１５ＮＮ＋、１３ＣＣ５Ｈ１３Ｎ２＋またはＣ６Ｈ１３Ｎ２＋を有する、請求項７０に記載のフラグメントイオン組成物。
【請求項７２】
分子式：１３Ｃ６Ｈ１３１５Ｎ２＋、１３Ｃ４Ｃ２Ｈ１３１５Ｎ２＋または１３Ｃ３Ｃ３Ｈ１３１５Ｎ２＋を有する、請求項７０に記載のフラグメントイオン組成物。
【図１−１】
【図１−２】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図９Ｃ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１２Ｃ】
【図１２Ｄ】
【図１２Ｅ】
【図１３】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１４Ｃ】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【図２０】
【図２１】
【図２２Ａ】
【図２２Ｂ】
【図２３Ａ】
【図２３Ｂ】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２５Ａ】
【図２５Ｂ】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２７Ａ】
【図２７Ｂ】
【図２７Ｃ】
【図２８】
【図２９】
【図１−２】
【図２Ａ】
【図２Ｂ】
【図２Ｃ】
【図３Ａ】
【図３Ｂ】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図７Ｃ】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図９Ｃ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１２Ｃ】
【図１２Ｄ】
【図１２Ｅ】
【図１３】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１４Ｃ】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【図２０】
【図２１】
【図２２Ａ】
【図２２Ｂ】
【図２３Ａ】
【図２３Ｂ】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２５Ａ】
【図２５Ｂ】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２７Ａ】
【図２７Ｂ】
【図２７Ｃ】
【図２８】
【図２９】
【公表番号】特表２００９−５２４６８８（Ｐ２００９−５２４６８８Ａ）
【公表日】平成２１年７月２日（２００９．７．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５５２５４４（Ｐ２００８−５５２５４４）
【出願日】平成１９年１月２３日（２００７．１．２３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０６０９２１
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０８７５３４
【国際公開日】平成１９年８月２日（２００７．８．２）
【出願人】（５０５１２３６９７）アプレラ コーポレイション (21)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年７月２日（２００９．７．２）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年１月２３日（２００７．１．２３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０６０９２１
【国際公開番号】ＷＯ２００７／０８７５３４
【国際公開日】平成１９年８月２日（２００７．８．２）
【出願人】（５０５１２３６９７）アプレラ コーポレイション (21)
【Ｆターム（参考）】
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