前立腺癌における、アンドロゲン制御遺伝子またはハウスキーピング遺伝子とＥＴＳファミリーメンバー遺伝子との再発性遺伝子融合を開示する。さらに、前立腺癌の診断、研究、および治療において有用性のある組成物および方法も提供する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）患者から試料を採取する工程と、
（ｂ）ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有する遺伝子融合の、前記試料中での存在または非存在を検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在がその患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
【請求項２】
前記アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域が、アンドロゲン制御遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子がＥＴＶ１である請求項１記載の方法。
【請求項４】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項５】
前記工程（ｂ）が、核酸配列決定法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項４記載の方法。
【請求項６】
前記工程（ｂ）が、核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項４記載の方法。
【請求項７】
前記工程（ｂ）が、インサイツハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、マイクロアレイ、およびサザンブロットからなる群から選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項６記載の方法。
【請求項８】
前記工程（ｂ）が、核酸増幅法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項４記載の方法。
【請求項９】
前記工程（ｂ）が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ‐ＰＣＲ）、転写介在増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の５´部分とＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１１】
前記工程（ｂ）が、核酸配列決定法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
前記工程（ｂ）が、核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項１０記載の方法。
【請求項１３】
前記工程（ｂ）が、インサイツハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、マイクロアレイおよびノーザンブロット法からなる群より選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
前記工程（ｂ）が、核酸増幅法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項１０記載の方法。
【請求項１５】
前記工程（ｂ）が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ‐ＰＣＲ）、転写介在増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
前記試料が、組織、血液、血漿、血清、尿、尿の上澄み、尿細胞ペレット、精液、前立腺分泌物、および前立腺細胞からなる群より選ばれる、請求項１記載の方法。
【請求項１７】
（ａ）患者から試料を採取する工程と、
（ｂ）ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有する遺伝子融合の、前記試料中での存在または非存在を検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在が患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
【請求項１８】
前記ハウスキーピング遺伝子がＨＮＲＰ Ａ２ Ｂ１である請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
前記ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子がＥＴＶ１である請求項１７記載の方法。
【請求項２０】
前記ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域が、ハウスキーピング遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項１７記載の方法。
【請求項２１】
前記工程（ｂ）が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項１７記載の方法。
【請求項２２】
前記工程（ｂ）が、核酸配列決定法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
前記工程（ｂ）が、核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項２１記載の方法。
【請求項２４】
前記工程（ｂ）が、インサイツハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、マイクロアレイ、およびサザンブロット法からなる群より選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】
前期工程（ｂ）が、核酸増幅法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項２１記載の方法。
【請求項２６】
前記工程（ｂ）が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ‐ＰＣＲ）、転写介在増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
前記工程（ｂ）が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項１７記載の方法。
【請求項２８】
前記工程（ｂ）が、核酸配列決定法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
前記工程（ｂ）が、核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項２７記載の方法。
【請求項３０】
前記工程（ｂ）が、インサイツハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、マイクロアレイおよびノーザンブロット法からなる群から選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
前記工程（ｂ）が、核酸増幅法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項２７記載の方法。
【請求項３２】
前記工程（ｂ）が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ‐ＰＣＲ）、転写介在増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項３１記載の方法。
【請求項３３】
前記試料が、組織、血液、血漿、血清、尿、尿の上澄み、尿細胞ペレット、精液、前立腺分泌物、および前立腺細胞からなる群より選ばれる、請求項１７記載の方法。
【請求項３４】
（ａ）患者から試料を採取する工程と、
（ｂ）アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＶ５由来の３´部分とを有する遺伝子融合の、前記試料中での存在または非存在を検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在が患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
【請求項３５】
前記アンドロゲン制御遺伝子が、ＴＭＰＲＳＳ２とＳＬＣ４５Ａ３とからなる群より選ばれる、請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
前記アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域が、アンドロゲン制御遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項３４記載の方法。
【請求項３７】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＶ５由来の３´部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項３４記載の方法。
【請求項３８】
前記工程（ｂ）が、核酸配列決定法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
前記工程（ｂ）が、核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項３７記載の方法。
【請求項４０】
前記工程（ｂ）が、インサイツハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、マイクロアレイ、およびサザンブロットからなる群より選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項３９記載の方法。
【請求項４１】
前記工程（ｂ）が、核酸増幅法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項３７記載の方法。
【請求項４２】
前記工程（ｂ）が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ‐ＰＣＲ）、転写介在増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項４１記載の方法。
【請求項４３】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＶ５由来の３´部分とを有するキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項３４記載の方法。
【請求項４４】
前記工程（ｂ）が、核酸配列決定法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項４３記載の方法。
【請求項４５】
前記工程（ｂ）が、核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項４３記載の方法。
【請求項４６】
前記工程（ｂ）が、インサイツハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、マイクロアレイおよびノーザンブロット法からなる群より選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項４５記載の方法。
【請求項４７】
前記工程（ｂ）が、核酸増幅法を利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項４３記載の方法。
【請求項４８】
前記工程（ｂ）が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ‐ＰＣＲ）、転写介在増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、および核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）からなる群より選ばれる核酸増幅法利用してキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項４７記載の方法。
【請求項４９】
前記試料が、組織、血液、血漿、血清、尿、尿の上澄み、尿細胞ペレット、精液、前立腺分泌物、および前立腺細胞からなる群より選ばれる、請求項３４記載の方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９−１】

【図９−２】

【図９−３】

【図９−４】

【図９−５】

【図９−６】

【図９−７】

【図９−８】

【図９−９】

【図９−１０】

【図９−１１】

【図９−１２】

【図９−１３】

【図９−１４】

【図９−１５】

【図９−１６】

【図９−１７】

【図９−１８】

【図９−１９】

【図９−２０】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６】

【図２７】

【図２８】

【図２９】

【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３Ａ】

【図３３Ｂ】

【図３４】

【図３５】

【図３６−１】

【図３６−２】

【図３６−３】

【図３６−４】

【図３７】

【図３８】

【図３９】

【図４０】

【図４１】

【図４２】

【図４３】

【図４４】

【図４５】

【図４６】

【図４７】

【図４８】

【図４９】

【図５０】

【図５１−１】

【図５１−２】

【図５２−１】

【図５２−２】

【図５３】

【公表番号】特表２０１０−５３２６６３（Ｐ２０１０−５３２６６３Ａ）
【公表日】平成２２年１０月１４日（２０１０．１０．１４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５１５２７６（Ｐ２０１０−５１５２７６）
【出願日】平成２０年７月３日（２００８．７．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６９２０４
【国際公開番号】ＷＯ２００９／００９４３２
【国際公開日】平成２１年１月１５日（２００９．１．１５）
【出願人】（５１００４１１４２）ザ　リージェンツ　オブ　ザ　ユニバーシティ　オブ　ミシガン (20)
【Ｆターム（参考）】