説明

創薬手法

例えば創薬に関して、ターゲット分子の化学的に活性な領域についての情報を得る方法であって:
一組の十分に固い化学的なゲージを提供すること;
前記ターゲットを前記一組のゲージ中の複数のゲージと反応させること;
複数の定量結果を得るために前記ターゲットを用いて前記ゲージの結合を定量すること;及び、
前記化学的に活性な領域についての情報を得るために前記定量結果を分析すること、を含む方法。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
ターゲット分子の化学的に活性な領域についての情報を得る方法であって:
一組の十分に固い化学的なゲージを提供すること;
前記ターゲットを前記一組のゲージ中の複数のゲージと反応させること;
複数の定量結果を得るために前記ターゲットを用いて前記ゲージの結合を定量すること;及び、
前記化学的に活性な領域についての情報を得るために前記定量結果を分析すること、を含む方法。
【請求項2】
前記ゲージは、前記ゲージの成分の回転が可能である、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記ゲージは、固い足場によって構成されている、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
前記ゲージの構成原子は、少なくとも20kcal/モルが前記ゲージに加えられない限り、1オングストロームより大きく移動しない、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
分析することが、前記ターゲットの活性な領域中における空間的な及び化学的に特定された複数の結合の配置を識別することを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
前記配置が三角形の配置を含む、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
識別することが、結合ゲージの配置に一致する配置を識別することを含む、請求項5に記載の方法。
【請求項8】
識別することが、結合ゲージの配置に一致しない配置を識別することを含む、請求項5に記載の方法。
【請求項9】
識別することが、前記定量結果の統計的分析によって識別することを含む、請求項8に記載の方法。
【請求項10】
識別することが、クラスタ化によって識別することを含む、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
識別することが、各ゲージが単一の配置を示すということを仮定することを含む、請求項5に記載の方法。
【請求項12】
識別することが、少なくともいくつかのゲージが複数の配置を示すということを仮定することを含む、請求項5に記載の方法。
【請求項13】
識別することが、前記配置の頂点において化学的な成分によってゲージを分類することを含む、請求項5に記載の方法。
【請求項14】
前記定量結果のうちの少なくとも2つから、前記化学的に活性な領域のうちの少なくとも一部分の空間的なマップを再現し、前記一部分が少なくとも4つの化学的な結合領域を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項15】
前記一部分が、少なくとも6つの化学的な結合領域を含む、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
少なくとも2つの配置から、前記化学的に活性な領域のうちの少なくとも一部分の空間的なマップを再現し、前記一部分が少なくとも4つの化学的な結合点を含む、請求項5に記載の方法。
【請求項17】
前記一部分が、少なくとも6つの化学的な結合領域を含む、請求項16に記載の方法。
【請求項18】
再現することが:
前記配置から複数の空間的なマップを試験的に再現し;
前記マップに得点をつけ;及び、
その得点に基づいて空間的なマップを選択する、請求項16に記載の方法。
【請求項19】
再現することが:
前記配置から複数の空間的なマップを試験的に再現し;
共通の下位構造に従って前記マップをクラスタ化し;及び、
それが属しているクラスタの相対的な特性に基づいて空間的なマップを選択する、請求項16に記載の方法。
【請求項20】
前記相対的な特性が大きさを含む、請求項19に記載の方法。
【請求項21】
前記空間的なマップが、結合点にマッチングする化学的特徴をもつ小分子の薬の結合を確保するために十分な結合点を含む、請求項16に記載の方法。
【請求項22】
前記空間的なマップが、少なくとも6つの結合点を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
前記空間的なマップが、少なくとも8つの結合点を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項24】
前記一組のゲージが、少なくとも10,000のゲージを有する一組のゲージを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項25】
前記一組のゲージが、少なくとも50,000のゲージを有する一組のゲージを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項26】
前記ゲージが空間的な形状に配置された成分を含み、及び前記ゲージが空間的な化学的形状の仮想空間に広がるように選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項27】
実質的に、前記ゲージによって広がる仮想空間中の各点が、少なくとも2つのゲージによって対象範囲とされる、請求項1に記載の方法。
【請求項28】
実質的に、前記ゲージによって広がる仮想空間中の各点が、少なくとも3つのゲージによって対象範囲とされる、請求項1に記載の方法。
【請求項29】
前記ゲージの少なくとも0.5%が前記ターゲットに結合する、請求項1に記載の方法。
【請求項30】
前記ゲージの少なくとも1%が前記ターゲットに結合する、請求項1に記載の方法。
【請求項31】
前記ゲージの少なくとも3%が前記ターゲットに結合する、請求項1に記載の方法。
【請求項32】
前記ゲージの少なくとも50%が、一組100未満の足場に成分を加えることによって規定される、請求項1に記載の方法。
【請求項33】
前記ゲージの少なくとも50%が、一組50未満の足場に成分を加えることによって規定される、請求項1に記載の方法。
【請求項34】
少なくとも前記一組のゲージが、前記ゲージの化学的な挙動を明確にするために、15未満の異なる化学的な成分を使用する、請求項1に記載の方法。
【請求項35】
少なくとも前記一組のゲージが、前記ゲージの化学的な挙動を明確にするために、10未満の異なる化学的な成分を使用する、請求項1に記載の方法。
【請求項36】
前記定量が機能的な定量である、請求項1に記載の方法。
【請求項37】
前記定量が結合定量である、請求項1に記載の方法。
【請求項38】
前記定量が細胞の定量である、請求項1に記載の方法。
【請求項39】
前記定量が流水式の定量である、請求項1に記載の方法。
【請求項40】
前記機能的な定量が前記ターゲットの天然基質の存在下で実行される、請求項36に記載の方法。
【請求項41】
前記ターゲットが、基質を拘束するように構成されている生化学的に活性な領域を含むタンパク質を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項42】
前記化学的に活性な領域が、前記生化学的に活性な領域を含む領域を有する、請求項41に記載の方法。
【請求項43】
前記化学的に活性な領域が、前記タンパク質の制御領域を有する、請求項41に記載の方法。
【請求項44】
分析することが、少なくとも60のゲージ中の成功した結合を分析することを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項45】
分析することが、少なくとも10のゲージ中の成功した結合を分析することを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項46】
分析することが、少なくとも100のゲージ中の成功した結合を分析することを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項47】
識別することが、少なくとも40の異なる配置を識別することを含む、請求項5に記載の方法。
【請求項48】
識別することが、少なくとも10の異なる配置を識別することを含む、請求項5に記載の方法。
【請求項49】
識別することが、少なくとも100の異なる配置を識別することを含む、請求項5に記載の方法。
【請求項50】
請求項16に記載の方法であって:
前記マップをリードのデータベースと比較すること;及び、
前記リードと前記マップの間の類似若しくは類似の欠如に対応するより一層の使用のために前記データベースからリードを選択すること、を含む方法。
【請求項51】
請求項16に記載の方法であって:
前記マップをリードのデータベースと比較すること;及び、
前記リードと前記マップの間の外観に対応するさらなる使用のために前記データベースからリードを排斥すること、を含む方法。
【請求項52】
請求項16に記載の方法であって:
前記マップに対応する外観を有するようにリードを構成すること、を含む方法。
【請求項53】
構成することが、前記ゲージ又は前記ゲージを規定するために使用される足場を使用して構成することを含む、請求項52に記載の方法。
【請求項54】
請求項5に記載の方法であって:
前記配置をリードのデータベースと比較すること;及び、
前記リードへの前記配置のマッチングに対応するさらなる使用のために前記データベースからリードを選択すること、を含む方法。
【請求項55】
請求項5に記載の方法であって:
前記配置に基づいてリードを構成すること、を含む方法。
【請求項56】
請求項5に記載の方法であって:
創薬のためのリードとして少なくとも一つの前記ゲージを選択すること、を含む方法。
【請求項57】
立体衝突のデータを得るために、ゲージの結合を同様の結合の幾何学的形状と比較すること;及び、
前記ターゲットについての幾何学的な情報を提供するために前記立体衝突のデータを分析すること、を含む請求項1に記載の方法。
【請求項58】
ターゲット中の複数の化学的−空間的配置の存在を識別する方法であって:
複数の定量結果を提供するために、それらの頂点において既知の化学的−空間的配置をもつ複数のゲージを用いてターゲットを定量すること;
各配置の頂点の化学的挙動の各組に対して一つの空間である、一連の空間を定義すること;
クラスタを生成するために、前記空間に従って前記結果を表示すること;及び、
前記クラスタから前記ターゲット中の配置の存在を識別すること、を含む方法。
【請求項59】
表示することが、拡散作用に応じて表示を広げることを含む、請求項58に記載の方法。
【請求項60】
前記拡散作用が、前記ターゲットに対するゲージの結合の推定エネルギーによって決まる、請求項59に記載の方法。
【請求項61】
各々が化学的な結合配置の一部分を示している一組の下位形状から、ターゲットの前記結合配置の空間的な形状を再現する方法であって:
前記下位形状からベースを選択すること;
それらが少なくともその一つの辺に沿って相互に一致する、及び、そのもう一方の辺に沿って前記ベースに一致するという特性を有する少なくとも2つの下位形状を選択すること;
前記ベースに対して前記下位形状を蓄積すること;及び、
前記下位形状の全てが使用され又は使用できなくなるまで、前記選択すること及び前記蓄積することを繰り返し、その結果、前記ターゲットの結合位置の形状を提供すること、を含む方法。
【請求項62】
下位形状の選択の違った順序により、前記選択すること、蓄積すること、及び繰り返すことを変動的に繰り返すことを含む、請求項61に記載の方法。
【請求項63】
複数の異なるベース選択のために、前記ベースを選択すること及び前記変動的に繰り返すことを繰り返すことを含む、請求項62に記載の方法。
【請求項64】
共通の下位構成要素の形状に従って、複数のそのような形状をクラスタ化することを含む、請求項63に記載の方法。
【請求項65】
前記クラスタ化に基づいてその結果の形状としての下位構成要素の形状を選択することを含む、請求項64に記載の方法。
【請求項66】
前記下位形状が三角形を含む、請求項61に記載の方法。
【請求項67】
前記下位形状がその頂点において化学的挙動を定義し、2つの辺はその頂点における化学的挙動が一致するかどうかマッチングさせると考えられる、請求項61に記載の方法。
【請求項68】
2つの辺は、その長さが同じかどうかマッチングさせると考えられる、請求項61に記載の方法。
【請求項69】
スクリーニングライブラリの一部を生成するために用いられる足場を選択する方法であって:
成分に対する複数の可能な結合点を含んでいる潜在的な足場の分子を提供すること;
その分子の固さを決定すること;及び、
前記足場の固さの欠如に応じて前記潜在的な足場の分子を排斥すること、を含む方法。
【請求項70】
前記固さの欠如が絶対的である、請求項69に記載の方法。
【請求項71】
前記固さの欠如が他の潜在的な足場に対し相対的である、請求項69に記載の方法。
【請求項72】
多くの環に基づいて足場を選択することを含む、請求項69に記載の方法。
【請求項73】
請求項69に記載の方法であって:
前記潜在的な足場の分子に成分を付加することにより生成され得る複数のゲージ分子を決定すること;
存在するライブラリの一部分に対して、前記分子によってどんな空間的な化学的配置が加えられるかを決定すること;及び、
それによって一つ以上の重要な空間的な化学的配置を前記ライブラリの一部分に加えることができれば、前記潜在的な足場の分子を選択すること、を含む方法。
【請求項74】
前記足場によって加えられる多数の配置に基づいて足場を選択することを含む、請求項73に記載の方法。
【請求項75】
前記重要な空間的な配置が、あらかじめ提供されない又は重複しない配置である、請求項73に記載の方法。
【請求項76】
スクリーニングライブラリに加えるためのゲージ分子を選択する方法であって:
一組の化学的な分子及び少なくとも一組のスクリーニングライブラリを準備すること;
前記一組の化学的な分子から潜在的なゲージ分子を選択すること;
前記潜在的なゲージ分子の固さを決定すること;及び、
前記ゲージ分子の固さの欠如に応じて前記潜在的なゲージ分子を排斥すること、を含む方法。
【請求項77】
前記固さの欠如が絶対的である、請求項76に記載の方法。
【請求項78】
前記固さの欠如が他の潜在的な足場に対し相対的である、請求項76に記載の方法。
【請求項79】
請求項76に記載の方法であって:
化学的な配置空間において、前記一組のスクリーニングライブラリの広がりを決定すること;
前記潜在的な分子の少なくとも一つの空間的な化学的配置を決定すること;及び、
前記潜在的なゲージ分子が前記スクリーニングライブラリに少なくとも一つの重要な空間的な化学的配置を加えれば、前記潜在的なゲージ分子を選択すること、を含む方法。
【請求項80】
一組の分子を準備することが、分子が選択的に結合している単一の足場を用いて前記分子を生成することを含む、請求項76に記載の方法。
【請求項81】
一組の分子を準備することが、化学的なライブラリを準備することを含む、請求項76に記載の方法。
【請求項82】
もし前記ゲージがあらかじめ準備されておらず又は準備された配置を重複していない少なくとも一つの空間的な化学的配置を加えるならば、前記ゲージが選択される、請求項79に記載の方法。
【請求項83】
スクリーニングライブラリの少なくとも一部を生成する方法であって:
成分を加えることができる足場分子を選択すること;
成分を前記足場へ結合することにより生成され得る複数の潜在的なゲージを決定すること;及び、
化学的な配置中で実質上重複しない前記ゲージの一部を選択すること、を含む方法。
【請求項84】
請求項83に記載の方法であって:
6つより多くの空間的な化学的配置を加える潜在的なゲージを排斥すること、を含む方法。
【請求項85】
スクリーニングライブラリを減らす方法であって:
前記ライブラリの少なくとも一部分の各分子に対して、分子により提供される結合点の特定のオーダーの実質上全ての空間的な化学的配置を決定すること;及び、
重複する空間的な化学的配置を加える複数の分子を取り除くこと、を含む方法。
【請求項86】
前記特定のオーダーが3である、請求項85に記載の方法。
【請求項87】
スクリーニングライブラリを減らす方法であって:
前記ライブラリの少なくとも一部分の各分子に対し、エネルギー的な検討材料に基づいて前記分子の結合確率を計算すること、を含む方法。
【請求項88】
前記結合確率が、分子の柔軟性に反比例する式を用いて計算される、請求項87に記載の方法。
【請求項89】
前記結合確率が、分子の溶解度に基づいて少なくとも見積もられる、請求項87に記載の方法。
【請求項90】
計画されたターゲット分子タスクのためのスクリーニングライブラリを設計する方法であって:
前記ライブラリによって直接的に識別されるように、結合点間の距離の所望の範囲を決定すること;
前記ライブラリのゲージ分子により提供される物差し間の所望の重複を決定すること;
その間で識別される一組の所望の結合タイプを決定すること;及び、
複数のゲージが前記所望の重複を用いて前記距離及び複数の結合タイプを含む空間的な化学的配置空間の範囲にわたるように、それぞれが前記結合タイプ及びそれらの間の距離を定義している前記ゲージを生成すること、を含む方法。
【請求項91】
複数の成分を生成することが、成分を足場に結合させることによって生成することを含む請求項90に記載の方法。
【請求項92】
前記ゲージが、結合点のトリプレットの空間的な化学的配置空間の範囲に広がる、請求項90に記載の方法。
【請求項93】
前記計画されたターゲット分子タスクがタンパク質を含む、請求項90に記載の方法。
【請求項94】
前記重複が少なくとも2つである、請求項90に記載の方法。
【請求項95】
前記重複が少なくとも4つである、請求項90に記載の方法。
【請求項96】
前記重複が少なくとも6つである、請求項90に記載の方法。
【請求項97】
前記ゲージが実質上固い、請求項90に記載の方法。
【請求項98】
前記範囲が、結合の固有の柔軟性を考慮する、請求項90に記載の方法。
【請求項99】
生成することが、異なるゲージにより実質上同じ配置を生成し、その結果前記重複の少なくとも一部分を提供することを含む、請求項90に記載の方法。
【請求項100】
生成することが、少なくとも2つの繰り返し因子を提供することを含む、請求項99に記載の方法。
【請求項101】
生成することが、異なるゲージによって実質上異なる配置を生成し、その柔軟性の程度に起因して異なる配置が重複し、その結果前記重複の少なくとも一部分を提供することを含む、請求項90に記載の方法。
【請求項102】
前記情報に基づいて前記ターゲットに対する一組の薬のリードを生成することを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項103】
前記一組から前記ターゲットに対する既知の薬のリードを取り除くことを含む、請求項102に記載の方法。
【請求項104】
請求項102に記載の方法により形成されるリードセット。
【請求項105】
請求項103に記載の方法により形成されるリードセット。
【請求項106】
薬のリードであって:
複数の実質的に固い足場分子部;
前記足場分子部に相互接続する少なくとも一つの結合;及び、
前記足場に結合する複数の分子、を含む薬のリード。
【請求項107】
スクリーニングライブラリであって:
一組50未満の足場分子に成分を結合させることによって生成される少なくとも10,000の分子、を含むスクリーニングライブラリ。
【請求項108】
20未満の足場分子が、前記少なくとも10,000の分子を生成するために使用される、請求項107に記載のスクリーニングライブラリ。
【請求項109】
前記足場が、以下の足場分子:
Thiophene;1H-Pyrrole;Furan;Benzene;Pyridine;Pyrimidine;Pyrazine;6H-Thieno[2,3-b]pyrrole;1,6-Dihydro-pyrrolo[2,3-b]pyrrole;1H-Indole;Thieno[2,3-d]pyrimidine;6,7-Dihydro-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine;Quinoline;Isoquinoline;Quinoxaline;3,4-Dihydro-benzo[e][1,4]diazepin-5-one;3,8-Dihydro-4H-pyrrolo[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,4-Dihydro-thieno[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,6-Dihydro-4H-pyrrolo[3,2-e][1,4]diazepin-5-one;5H,11H-Dibenzo[b,f][1,5]diazocine-6,12-dione;1,4-Dihydro-10H-1,4,10-1,4,10-triaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;4H,10H-1-Thia-4,10-diaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;Dipyrrolo[1,2-c;2',1'-e]imidazol-5-one;1,4,7,9-Tetrahydro-1,4,6,9-tetraaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;4,7,9-Trihydro-1-thia-4,6,9-triaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;2,4,9,Trihydro-1lambda*4*,6-dithia-4,9-diaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;6,9-Dihydro-5H-1-thia-5,8,9,triaza-cyclopenta[a]azulen-4-one;3,10,Dihydro-4H-[1,4]diazepino[5,6-b]indol-5-one;3,6-Dihydro-4H-[1,4]diazepino[6,5-b]indol-5-one;7,8-Dihydro-1H-1,7,10-triaza-cyclohepta[e]inden-6-one;8,9-Dihydro-3H-3,6,9-triaza-cyclohepta[e]inden-10-one;7,8-Dihydro-1H-1,5,8-triaza-cyclohepta[f]inden-9-one;8,9-Dihydro-5,6,9,11-tetraaza-cyclohept[b]naphthalene-10-one;3,4-Dihydro-[1,4]diazepino[5,6-b]quinolin-5-one;8,9-Dihydro-4,8,11-triaza-cyclohepta[a]naphthalene-7-one;11H-10,11-Diaza-benzo[b]fluorine;α-hydroxyacids;α-aminoacids;cohels;Bicyclo[2.2.2]octane;2-Methylene-2,3-dihydrobenzo[1,4]dioxine;6,7-Dihydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyramidine;9H-Fluorene;1,4-Diaza-bictclo[2.2.2]octane;1-Aza-bicyclo[2.2.2]octane;Pyrido[2,3-d]pyrimidine;5-Methylene-1,5-dihydro-pyrrol-2-one;Bezno[4,5]imidazo[1,2-a]pyrimidine;1,4-Dihydro-benzo[4,5]imidazo[1,2-a]pyrimidine;4,10-Dihydro-1,4a,10-triaza-phenanthren-9-one;1,5-Dihydro-imidazo[1,2-a]pyrimidin-2-one;1,2,3,5-Tetrahydro-imidazo[1,2-a]pyrimidine;Thiazolo[3,2-a]thieno[2,3-d]pyrimidin-5-one;1,9-Dithia-4a,10-diaza-cyclopenta[b]fluoren-4-one;5,6-Dihydro-1-thia-5,7,8,9a-tetraaza-cyclopenta[e]azulen-4-one;6,10-Dihydro-5H-1-thia-5,7,10a-triaza-benzo[e]azulen-4-one;4,5-Dihydro-3-thia-4,5a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;8H-1-Thia-cyclopenta[a]indene;3-Thia-4,5a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;6,7,9,11-Tetrahydro-10-thia-6,9-diaza-indeno[1,2-a]azulene-5,8-dione;2,3,6,7,12a-Hexahydropyrazino[1',2':1,6]pyrido[3,4-b]indole-1,4-dione;5,10-Dihydro-4H-2,3a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;5H-Pyrido[4,3-b]indole;11H-Indolizino[1,2-b]quinolin-9-one;1,2-Dihydro-2,4a,9,-triaza-anthracene-3,10-dione;6H-Isoindolo[2,1-a]indole;1,5-Dihydro-benzo[b][1,4]diazepin-2-one;5,10-Dihydro-dibenzo[b,e][1,4]diazepin-11-one;5,11-Dihydro-benzo[e]pyrido[3,2-b][1,4]diazepin-6-one;4,9-Dihydro-3-thia-4,9-diaza-benzo[f]azulen-10-one;Benzo[g]quinoxaline;Pyrazino[2,3-b]quinoxaline;Pyrido[2,1-b]quinazolin-11-one;l-Thia-4a,9-diaza-cyclopenta[b]naphthalene-4-one;2-Methylene-4H-benzo[1,4]thiazin-3-one、のうち少なくとも一つを含む、請求項107に記載のライブラリ。
【請求項110】
前記足場の少なくとも4つが、正確に1つの環を有する、請求項107に記載の方法。
【請求項111】
前記足場の少なくとも4つが、正確に2つの環を有する、請求項107に記載の方法。
【請求項112】
前記足場の少なくとも4つが、正確に3つの環を有する、請求項107に記載の方法。
【請求項113】
前記足場の少なくとも4つが、正確に4つの環を有する、請求項107に記載の方法。
【請求項114】
前記ライブラリが、少なくとも50,000の上述の生成される分子を含む、請求項107に記載の方法。
【請求項115】
前記ライブラリが、少なくとも100,000の上述の生成される分子を含む、請求項107に記載の方法。
【請求項116】
前記足場が、前記以下の足場分子のうち少なくとも3つを含む、請求項109に記載のライブラリ。
【請求項117】
前記足場が、前記以下の足場分子のうちの少なくとも10を含む、請求項109に記載のライブラリ。
【請求項118】
前記生成される分子が実質上固い、請求項107に記載のライブラリ。
【請求項119】
前記分子が、結合点タイプの空間的な幾何学パターンの配置空間に広がっており、タンパク質ターゲット中に存在する該パターンの少なくとも25%を含む、請求項107に記載のライブラリ。
【請求項120】
前記分子が、該パターンの少なくとも50%に及んでいる、請求項119に記載のライブラリ。
【請求項121】
前記分子が、少なくとも4つの明確な結合点の化学的形状を定義している空間に広がっている、請求項119に記載のライブラリ。
【請求項122】
前記分子が、少なくとも5つの明確な結合点の化学的形状を定義している空間に広がっている、請求項119に記載のライブラリ。
【請求項123】
スクリーニングライブラリであって:
成分を以下の足場:
Thiophene;1H-Pyrrole;Furan;Benzene;Pyridine;Pyrimidine;Pyrazine;6H-Thieno[2,3-b]pyrrole;1,6-Dihydro-pyrrolo[2,3-b]pyrrole;1H-Indole;Thieno[2,3-d]pyrimidine;6,7-Dihydro-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine;Quinoline;Isoquinoline;Quinoxaline;3,4-Dihydro-benzo[e][1,4]diazepin-5-one;3,8-Dihydro-4H-pyrrolo[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,4-Dihydro-thieno[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,6-Dihydro-4H-pyrrolo[3,2-e][1,4]diazepin-5-one;5H,11H-Dibenzo[b,f][1,5]diazocine-6,12-dione;1,4-Dihydro-10H-1,4,10-1,4,10-triaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;4H,10H-1-Thia-4,10-diaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;Dipyrrolo[1,2-c;2',1'-e]imidazol-5-one;1,4,7,9-Tetrahydro-1,4,6,9-tetraaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;4,7,9-Trihydro-1-thia-4,6,9-triaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;2,4,9,Trihydro-1lambda*4*,6-dithia-4,9-diaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;6,9-Dihydro-5H-1-thia-5,8,9,triaza-cyclopenta[a]azulen-4-one;3,10,Dihydro-4H-[1,4]diazepino[5,6-b]indol-5-one;3,6-Dihydro-4H-[1,4]diazepino[6,5-b]indol-5-one;7,8-Dihydro-1H-1,7,10-triaza-cyclohepta[e]inden-6-one;8,9-Dihydro-3H-3,6,9-triaza-cyclohepta[e]inden-10-one;7,8-Dihydro-1H-1,5,8-triaza-cyclohepta[f]inden-9-one;8,9-Dihydro-5,6,9,11-tetraaza-cyclohept[b]naphthalene-10-one;3,4-Dihydro-[1,4]diazepino[5,6-b]quinolin-5-one;8,9-Dihydro-4,8,11-triaza-cyclohepta[a]naphthalene-7-one;11H-10,11-Diaza-benzo[b]fluorine;α-hydroxyacids;α-aminoacids;cohels;Bicyclo[2.2.2]octane;2-Methylene-2,3-dihydrobenzo[1,4]dioxine;6,7-Dihydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyramidine;9H-Fluorene;1,4-Diaza-bictclo[2.2.2]octane;1-Aza-bicyclo[2.2.2]octane;Pyrido[2,3-d]pyrimidine;5-Methylene-1,5-dihydro-pyrrol-2-one;Bezno[4,5]imidazo[1,2-a]pyrimidine;1,4-Dihydro-benzo[4,5]imidazo[1,2-a]pyrimidine;4,10-Dihydro-1,4a,10-triaza-phenanthren-9-one;1,5-Dihydro-imidazo[1,2-a]pyrimidin-2-one;1,2,3,5-Tetrahydro-imidazo[1,2-a]pyrimidine;Thiazolo[3,2-a]thieno[2,3-d]pyrimidin-5-one;1,9-Dithia-4a,10-diaza-cyclopenta[b]fluoren-4-one;5,6-Dihydro-1-thia-5,7,8,9a-tetraaza-cyclopenta[e]azulen-4-one;6,10-Dihydro-5H-1-thia-5,7,10a-triaza-benzo[e]azulen-4-one;4,5-Dihydro-3-thia-4,5a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;8H-1-Thia-cyclopenta[a]indene;3-Thia-4,5a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;6,7,9,11-Tetrahydro-10-thia-6,9-diaza-indeno[1,2-a]azulene-5,8-dione;2,3,6,7,12a-Hexahydropyrazino[1',2':1,6]pyrido[3,4-b]indole-1,4-dione;5,10-Dihydro-4H-2,3a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;5H-Pyrido[4,3-b]indole;11H-Indolizino[1,2-b]quinolin-9-one;1,2-Dihydro-2,4a,9,-triaza-anthracene-3,10-dione;6H-Isoindolo[2,1-a]indole;1,5-Dihydro-benzo[b][1,4]diazepin-2-one;5,10-Dihydro-dibenzo[b,e][1,4]diazepin-11-one;5,11-Dihydro-benzo[e]pyrido[3,2-b][1,4]diazepin-6-one;4,9-Dihydro-3-thia-4,9-diaza-benzo[f]azulen-10-one;Benzo[g]quinoxaline;Pyrazino[2,3-b]quinoxaline;Pyrido[2,1-b]quinazolin-11-one;l-Thia-4a,9-diaza-cyclopenta[b]naphthalene-4-one;2-Methylene-4H-benzo[1,4]thiazin-3-one、
の少なくとも一つに結合させることにより生成される少なくとも100のゲージ分子を含むスクリーニングライブラリ。
【請求項124】
前記分子が以下の足場:
Thiophene;1H-Pyrrole;Furan;Benzene;Pyridine;Pyrimidine;Pyrazine;6H-Thieno[2,3-b]pyrrole;1,6-Dihydro-pyrrolo[2,3-b]pyrrole;1H-Indole;Thieno[2,3-d]pyrimidine;6,7-Dihydro-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine;Quinoline;Isoquinoline;Quinoxaline;3,4-Dihydro-benzo[e][1,4]diazepin-5-one;3,8-Dihydro-4H-pyrrolo[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,4-Dihydro-thieno[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,6-Dihydro-4H-pyrrolo[3,2-e][1,4]diazepin-5-one;5H,11H-Dibenzo[b,f][1,5]diazocine-6,12-dione;1,4-Dihydro-10H-1,4,10-1,4,10-triaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;4H,10H-1-Thia-4,10-diaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;Dipyrrolo[1,2-c;2',1'-e]imidazol-5-one、
の少なくとも一つを用いて生成される、請求項123のライブラリ。
【請求項125】
前記少なくとも100の分子が、少なくとも300の分子を含む、請求項123に記載のライブラリ。
【請求項126】
前記ライブラリ中の前記少なくとも100の分子が、前記足場の一つを用いて生成される、請求項123に記載のライブラリ。
【請求項127】
少なくとも10,000の実質上固い分子一組を含む、スクリーニングライブラリ。
【請求項128】
前記一組が、少なくとも50,000の実質上固い分子を含む、請求項127に記載のライブラリ。
【請求項129】
前記一組が、少なくとも100,000の実質上固い分子を含む、請求項127に記載のライブラリ。
【請求項130】
前記一組が、全般的に、タンパク質ターゲットのライブラリの少なくとも0.1%の期待結合率を持つように選択される、請求項127に記載のライブラリ。
【請求項131】
前記期待結合率が少なくとも0.5%である、請求項130に記載のライブラリ。
【請求項132】
前記一組が、全体集合に対して比1:100以内の一般化ターゲットのヒット率の均一性を有する分子を提供するように設計される、請求項130に記載のライブラリ。
【請求項133】
前記比が1:10以内である、請求項132に記載のライブラリ。
【請求項134】
前記一組が、空間的な化学的配置の空間に広がっており、各々のそのような配置はそれらの間に距離をもつ特定の複数の結合点を定義し、その一組は所定の範囲の距離の空間中の全ての可能な配置を実質上対象としている、請求項127に記載のライブラリ。
【請求項135】
スクリーニングライブラリであって:
各々が結合タイプの点の少なくとも一つの空間的な配置を定義している、少なくとも5,000の複数のケージ分子を含み、
そのような配置の空間中の実質上各点が少なくとも2つの異なるゲージ分子により対象範囲とされる、スクリーニングライブラリ。
【請求項136】
各点が、少なくとも2つの実質上同一な空間配置により対象範囲とされる、請求項135に記載のライブラリ。
【請求項137】
各点が、少なくとも2つの実質上異なる空間配置により対象範囲とされる、請求項135に記載のライブラリ。
【請求項138】
前記空間が、頂点の結合タイプと頂点間の距離により定義される三角形の空間である、請求項135に記載のライブラリ。
【請求項139】
前記空間が、4オングストロームと8オングストロームの間の距離を含む(オングストロームは10-10メートル)、請求項138に記載のライブラリ。
【請求項140】
前記空間が、2オングストロームと10オングストロームの間の距離を含む、請求項138に記載のライブラリ。
【請求項141】
前記空間が、少なくとも5つの異なる結合タイプを含む、請求項138に記載のライブラリ。
【請求項142】
前記空間が、少なくとも7つの異なる結合タイプを含む、請求項138に記載のライブラリ。
【請求項143】
前記空間が、全方向性の結合タイプを含む、請求項138に記載のライブラリ。
【請求項144】
前記空間が、方向性の結合タイプを含む、請求項138に記載のライブラリ。
【請求項145】
前記空間中の前記実質上の各点が、少なくとも3つのゲージにより対象範囲とされる、請求項138に記載のライブラリ。
【請求項146】
実質上全てのゲージが、前記空間の中の複数の配置を含む、請求項138に記載のライブラリ。
【請求項147】
ターゲット分子の結合反応についての情報を得る方法であって:
多くが前記ターゲットに結合することが期待される、一組の実質上固い化学的なゲージを準備すること;
前記ターゲットを前記一組のゲージ中の複数のゲージと反応させること;及び、
ゲージに結合する前記ターゲットの構造を物理的に分析すること、を含む方法。
【請求項148】
物理的に分析することが、NMRを用いて分析することを含む、請求項147に記載の方法。
【請求項149】
物理的に分析することが、X線結晶学を用いて分析することを含む、請求項147に記載の方法。
【請求項150】
物理的に分析することが、一組のゲージとの結合を用いて分析することを含む、請求項147に記載の方法。
【請求項151】
前記物理的に分析することによって得られる複数の構造を実質的に重ね合わせることを含む、請求項147に記載の方法。
【請求項152】
リードを構成する方法であって:
一組の実質上固い化学的なゲージを準備すること;
前記ターゲットを前記一組のゲージ中の複数のゲージと反応させること;
複数の定量結果を得るために前記ターゲットを用いて前記ゲージの結合を定量すること;及び、
前記定量結果に基づいてリードを構成すること、を含む方法。
【請求項153】
リードを構成することが、前記定量中に結合することがわかった複数のゲージを結合することを含む、請求項152に記載の方法。
【請求項154】
リードを構成することが、前記定量によって見出された結合部位に対応する成分を有するように既存の分子を修正することを含む、請求項152に記載の方法。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ターゲット分子の化学的に活性な領域についての情報を得る方法であって:
一組の十分に固い化学的なゲージを提供すること;
前記ターゲットに前記一組のゲージ中の複数のゲージとの相互作用を生じさせること
複数の定量結果を得るために前記ターゲットを用いて前記ゲージの前記相互作用を定量すること;及び、
前記化学的に活性な領域についての情報を得るために前記定量結果を分析すること、を含む方法。
【請求項2】
前記分析が、前記化学的に活性な領域を特徴付けることを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記分析が、前記分析において前記固さを考慮に入れることを含む、請求項1または2に記載の方法。
【請求項4】
前記ターゲット分子が、農薬ターゲットを含む、請求項1から3のいずれかに記載の方法。
【請求項5】
前記ターゲット分子が、薬剤ターゲットを含む、請求項1から3のいずれかに記載の方法。
【請求項6】
前記ゲージは、前記ゲージの成分の回転が可能である、請求項1から5のいずれかに記載の方法。
【請求項7】
前記ゲージは、固い足場によって構成されている、請求項1から5のいずれかに記載の方法。
【請求項8】
前記ゲージの構成原子は、少なくとも20kcal/モルが前記ゲージに加えられない限り、1オングストロームより大きく移動しない、請求項1から7のいずれかに記載の方法。
【請求項9】
分析することが、前記ターゲットの活性な領域中における空間的な及び化学的に特定された複数の結合の配置を識別することを含む、請求項1から8のいずれかに記載の方法。
【請求項10】
前記配置が三角形の配置を含む、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
識別することが、結合ゲージの配置に一致する配置を識別することを含む、請求項9または10に記載の方法。
【請求項12】
識別することが、結合ゲージの配置に一致しない配置を識別することを含む、請求項9または10に記載の方法。
【請求項13】
識別することが、前記定量結果の統計的分析によって識別することを含む、請求項12に記載の方法。
【請求項14】
識別することが、クラスタ化によって識別することを含む、請求項13に記載の方法。
【請求項15】
識別することが、各ゲージが単一の配置を示すということを仮定することを含む、請求項9または10に記載の方法。
【請求項16】
識別することが、少なくともいくつかのゲージが複数の配置を示すということを仮定することを含む、請求項9または10に記載の方法。
【請求項17】
識別することが、前記配置の頂点において化学的な成分によってゲージを分類することを含む、請求項9から16のいずれかに記載の方法。
【請求項18】
前記定量結果のうちの少なくとも2つから、前記化学的に活性な領域のうちの少なくとも一部分の空間的なマップを再現し、前記一部分が少なくとも4つの化学的な結合領域を含む、請求項1から17のいずれかに記載の方法。
【請求項19】
前記一部分が、少なくとも6つの化学的な結合領域を含む、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
少なくとも2つの配置から、前記化学的に活性な領域のうちの少なくとも一部分の空間的なマップを再現し、前記一部分が少なくとも4つの化学的な結合点を含む、請求項9から19のいずれかに記載の方法。
【請求項21】
前記一部分が、少なくとも6つの化学的な結合領域を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
再現することが:
前記配置から複数の空間的なマップを試験的に再現し;
前記マップに得点をつけ;及び、
その得点に基づいて空間的なマップを選択する、請求項20または21に記載の方法。
【請求項23】
再現することが:
前記配置から複数の空間的なマップを試験的に再現し;
共通の下位構造に従って前記マップをクラスタ化し;及び、
それが属しているクラスタの相対的な特性に基づいて空間的なマップを選択する、請求項20または21に記載の方法。
【請求項24】
前記相対的な特性が大きさを含む、請求項23に記載の方法。
【請求項25】
前記空間的なマップが、結合点にマッチングする化学的特徴をもつ小分子の薬の結合を確保するために十分な結合点を含む、請求項20から24のいずれかに記載の方法。
【請求項26】
前記空間的なマップが、少なくとも6つの結合点を含む、請求項25に記載の方法。
【請求項27】
前記空間的なマップが、少なくとも8つの結合点を含む、請求項25に記載の方法。
【請求項28】
前記一組のゲージが、少なくとも10,000のゲージを有する一組のゲージを含む、請求項1から27のいずれかに記載の方法。
【請求項29】
前記一組のゲージが、少なくとも50,000のゲージを有する一組のゲージを含む、請求項1から27のいずれかに記載の方法。
【請求項30】
前記ゲージが空間的な形状に配置された成分を含み、及び前記ゲージが空間的な化学的形状の仮想空間に広がるように選択される、請求項1から29のいずれかに記載の方法。
【請求項31】
実質的に、前記ゲージによって広がる仮想空間中の各点が、少なくとも2つのゲージによって対象範囲とされる、請求項1から30のいずれかに記載の方法。
【請求項32】
前記ゲージによる範囲である仮想空間上の各点が、平均的に、1.1個から2個までのゲージにより覆われている、請求項1から30のいずれかに記載の方法。
【請求項33】
実質的に、前記ゲージによって広がる仮想空間中の各点が、少なくとも3つのゲージによって対象範囲とされる、請求項1から30のいずれかに記載の方法。
【請求項34】
前記ゲージの少なくとも0.5%が前記ターゲットに結合する、請求項1から33のいずれかに記載の方法。
【請求項35】
前記ゲージの少なくとも1%が前記ターゲットに結合する、請求項1から33のいずれかに記載の方法。
【請求項36】
前記ゲージの少なくとも3%が前記ターゲットに結合する、請求項1から33のいずれかに記載の方法。
【請求項37】
前記ゲージの少なくとも0.1%が前記ターゲットに結合する、請求項1から33のいずれかに記載の方法。
【請求項38】
前記ゲージの少なくとも50%が、一組100未満の足場に成分を加えることによって規定される、請求項1から37のいずれかに記載の方法。
【請求項39】
前記ゲージの少なくとも50%が、一組50未満の足場に成分を加えることによって規定される、請求項1から37のいずれかに記載の方法。
【請求項40】
少なくとも前記一組のゲージが、前記ゲージの化学的な挙動を明確にするために、15未満の異なる化学的な成分を使用する、請求項1から39のいずれかに記載の方法。
【請求項41】
少なくとも前記一組のゲージが、前記ゲージの化学的な挙動を明確にするために、10未満の異なる化学的な成分を使用する、請求項1から39のいずれかに記載の方法。
【請求項42】
ゲージの成分が、ヒドロキシル(OH)、カルボキシル(COOH)、アミド(CONH2)、エチル(CH2-CH3)、プロピル(CH2-CH2-CH3)、フェニル(C6H5、芳香6員環)を含む、請求項1から41のいずれかに記載の方法。
【請求項43】
前記定量が機能的な定量である、請求項1から42のいずれかに記載の方法。
【請求項44】
前記定量が結合定量である、請求項1から42のいずれかに記載の方法。
【請求項45】
前記定量が細胞の定量である、請求項1から42のいずれかに記載の方法。
【請求項46】
前記定量が流水式の定量である、請求項1から42のいずれかに記載の方法。
【請求項47】
前記機能的な定量が前記ターゲットの天然基質の存在下で実行される、請求項43に記載の方法。
【請求項48】
前記ターゲットが、基質を拘束するように構成されている生化学的に活性な領域を含むタンパク質を有する、請求項1から47のいずれかに記載の方法。
【請求項49】
前記化学的に活性な領域が、前記生化学的に活性な領域を含む領域を有する、請求項48に記載の方法。
【請求項50】
前記化学的に活性な領域が、前記タンパク質の制御領域を有する、請求項48に記載の方法。
【請求項51】
前記化学的に活性な領域が、少なくとも2つの非結合な化学的に活性な領域を含む、請求項1から50のいずれかに記載の方法。
【請求項52】
分析することが、少なくとも60のゲージ中の成功した結合を分析することを含む、請求項1から51のいずれかに記載の方法。
【請求項53】
分析することが、少なくとも10のゲージ中の成功した結合を分析することを含む、請求項1から51のいずれかに記載の方法。
【請求項54】
分析することが、少なくとも100のゲージ中の成功した結合を分析することを含む、請求項1から51のいずれかに記載の方法。
【請求項55】
識別することが、少なくとも40の異なる配置を識別することを含む、請求項9に記載の方法。
【請求項56】
識別することが、少なくとも10の異なる配置を識別することを含む、請求項9に記載の方法。
【請求項57】
識別することが、少なくとも100の異なる配置を識別することを含む、請求項9に記載の方法。
【請求項58】
請求項20に記載の方法であって:
前記マップをリードのデータベースと比較すること;及び、
前記リードと前記マップの間の類似若しくは類似の欠如に対応するより一層の使用のために前記データベースからリードを選択すること、を含む方法。
【請求項59】
請求項20に記載の方法であって:
前記マップをリードのデータベースと比較すること;及び、
前記リードと前記マップの間の外観に対応するさらなる使用のために前記データベースからリードを排斥すること、を含む方法。
【請求項60】
請求項20に記載の方法であって:
前記マップに対応する外観を有するようにリードを構成すること、を含む方法。
【請求項61】
構成することが、前記ゲージ又は前記ゲージを規定するために使用される足場を使用して構成することを含む、請求項60に記載の方法。
【請求項62】
請求項9に記載の方法であって:
前記配置をリードのデータベースと比較すること;及び、
前記リードへの前記配置のマッチングに対応するさらなる使用のために前記データベースからリードを選択すること、を含む方法。
【請求項63】
請求項9に記載の方法であって:
前記配置に基づいてリードを構成すること、を含む方法。
【請求項64】
請求項9に記載の方法であって:
創薬のためのリードとして少なくとも一つの前記ゲージを選択すること、を含む方法。
【請求項65】
立体衝突のデータを得るために、ゲージの結合を同様の結合の幾何学的形状と比較すること;及び、
前記ターゲットについての幾何学的な情報を提供するために前記立体衝突のデータを分析すること、を含む請求項1から64のいずれかに記載の方法。
【請求項66】
ターゲット中の複数の化学的−空間的配置の存在を識別する方法であって:
複数の定量結果を提供するために、それらの頂点において既知の化学的−空間的配置をもつ複数のゲージを用いてターゲットを定量すること;
各配置の頂点の化学的挙動の各組に対して一つの空間である、一連の空間を定義すること;
クラスタを生成するために、前記空間に従って前記結果を表示すること;及び、
前記クラスタから前記ターゲット中の配置の存在を識別すること、を含む方法。
【請求項67】
表示することが、拡散作用に応じて表示を広げることを含む、請求項66に記載の方法。
【請求項68】
前記拡散作用が、前記ターゲットに対するゲージの結合の推定エネルギーによって決まる、請求項67に記載の方法。
【請求項69】
各々が化学的な結合配置の一部分を示している一組の下位形状から、ターゲットの前記結合配置の空間的な形状を再現する方法であって:
前記下位形状からベースを選択すること;
それらが少なくともその一つの辺に沿って相互に一致する、及び、そのもう一方の辺に沿って前記ベースに一致するという特性を有する少なくとも2つの下位形状を選択すること;
前記ベースに対して前記下位形状を蓄積すること;及び、
前記下位形状の全てが使用され又は使用できなくなるまで、前記選択すること及び前記蓄積することを繰り返し、その結果、前記ターゲットの結合位置の形状を提供すること、を含む方法。
【請求項70】
下位形状の選択の違った順序により、前記選択すること、蓄積すること、及び繰り返すことを変動的に繰り返すことを含む、請求項69に記載の方法。
【請求項71】
複数の異なるベース選択のために、前記ベースを選択すること及び前記変動的に繰り返すことを繰り返すことを含む、請求項70に記載の方法。
【請求項72】
共通の下位構成要素の形状に従って、複数のそのような形状をクラスタ化することを含む、請求項71に記載の方法。
【請求項73】
前記クラスタ化に基づいてその結果の形状としての下位構成要素の形状を選択することを含む、請求項72に記載の方法。
【請求項74】
前記下位形状が三角形を含む、請求項69から73のいずれかに記載の方法。
【請求項75】
前記下位形状がその頂点において化学的挙動を定義し、2つの辺はその頂点における化学的挙動が一致するかどうかマッチングさせると考えられる、請求項69から74のいずれかに記載の方法。
【請求項76】
2つの辺は、その長さが同じかどうかマッチングさせると考えられる、請求項69から75のいずれかに記載の方法。
【請求項77】
スクリーニングライブラリの一部を生成するために用いられる足場を選択する方法であって:
成分に対する複数の可能な結合点を含んでいる潜在的な足場の分子を提供すること;
その分子の固さを決定すること;及び、
前記足場の固さの欠如に応じて前記潜在的な足場の分子を排斥すること、を含む方法。
【請求項78】
前記固さの欠如が絶対的である、請求項77に記載の方法。
【請求項79】
前記潜在的な足場が、回転に対して固い場合、固いと判断される、請求項77に記載の方法。
【請求項80】
前記固さの欠如が他の潜在的な足場に対し相対的である、請求項77に記載の方法。
【請求項81】
多くの環に基づいて足場を選択することを含む、請求項77に記載の方法。
【請求項82】
請求項77から81のいずれかに記載の方法であって:
前記潜在的な足場の分子に成分を付加することにより生成され得る複数のゲージ分子を決定すること;
存在するライブラリの一部分に対して、前記分子によってどんな空間的な化学的配置が加えられるかを決定すること;及び、
それによって一つ以上の重要な空間的な化学的配置を前記ライブラリの一部分に加えることができれば、前記潜在的な足場の分子を選択すること、を含む方法。
【請求項83】
前記足場によって加えられる多数の配置に基づいて足場を選択することを含む、請求項82に記載の方法。
【請求項84】
前記重要な空間的な配置が、あらかじめ提供されない又は重複しない配置である、請求項82に記載の方法。
【請求項85】
スクリーニングライブラリに加えるためのゲージ分子を選択する方法であって:
一組の化学的な分子及び少なくとも一組のスクリーニングライブラリを準備すること;
前記一組の化学的な分子から潜在的なゲージ分子を選択すること;
前記潜在的なゲージ分子の固さを決定すること;及び、
前記ゲージ分子の固さの欠如に応じて前記潜在的なゲージ分子を排斥すること、を含む方法。
【請求項86】
前記固さの欠如が絶対的である、請求項85に記載の方法。
【請求項87】
前記固さの欠如が他の潜在的な足場に対し相対的である、請求項85に記載の方法。
【請求項88】
請求項85から87のいずれかに記載の方法であって:
化学的な配置空間において、前記一組のスクリーニングライブラリの広がりを決定すること;
前記潜在的な分子の少なくとも一つの空間的な化学的配置を決定すること;及び、
前記潜在的なゲージ分子が前記スクリーニングライブラリに少なくとも一つの重要な空間的な化学的配置を加えれば、前記潜在的なゲージ分子を選択すること、を含む方法。
【請求項89】
一組の分子を準備することが、分子が選択的に結合している単一の足場を用いて前記分子を生成することを含む、請求項85から88のいずれかに記載の方法。
【請求項90】
一組の分子を準備することが、化学的なライブラリを準備することを含む、請求項85から89のいずれかに記載の方法。
【請求項91】
もし前記ゲージがあらかじめ準備されておらず又は準備された配置を重複していない少なくとも一つの空間的な化学的配置を加えるならば、前記ゲージが選択される、請求項88に記載の方法。
【請求項92】
スクリーニングライブラリの少なくとも一部を生成する方法であって:
成分を加えることができる足場分子を選択すること;
成分を前記足場へ結合することにより生成され得る複数の潜在的なゲージを決定すること;及び、
化学的な配置中で実質上重複しない前記ゲージの一部を選択すること、を含む方法。
【請求項93】
請求項92に記載の方法であって:
6つより多くの空間的な化学的配置を加える潜在的なゲージを排斥すること、を含む方法。
【請求項94】
スクリーニングライブラリを減らす方法であって:
前記ライブラリの少なくとも一部分の各分子に対して、分子により提供される結合点の特定のオーダーの実質上全ての空間的な化学的配置を決定すること;及び、
重複する空間的な化学的配置を加える複数の分子を取り除くこと、を含む方法。
【請求項95】
前記特定のオーダーが3である、請求項94に記載の方法。
【請求項96】
スクリーニングライブラリを減らす方法であって:
前記ライブラリの少なくとも一部分の各分子に対し、エネルギー的な検討材料に基づいて前記分子の結合確率を計算すること;及び、
結合確率がしきい値よりも低い少なくとも幾つかの分子を取り除くこと、を含む方法。
【請求項97】
前記結合確率が、分子の柔軟性に反比例する式を用いて計算される、請求項96に記載の方法。
【請求項98】
前記結合確率が、分子の溶解度に基づいて少なくとも見積もられる、請求項96に記載の方法。
【請求項99】
スクリーニングライブラリを設計する方法であって
前記ライブラリによって直接的に識別されるように、結合点間の距離の所望の範囲を決定すること;
前記ライブラリのゲージ分子により提供される物差し間の所望の重複を決定すること;
その間で識別される一組の所望の結合タイプを決定すること;及び、
複数のゲージが前記所望の重複を用いて前記距離及び複数の結合タイプを含む空間的な化学的配置空間の範囲にわたるように、それぞれが前記結合タイプ及びそれらの間の距離を定義している前記ゲージを生成すること、を含む方法。
【請求項100】
複数の成分を生成することが、成分を足場に結合させることによって生成することを含む請求項99に記載の方法。
【請求項101】
前記ゲージが、結合点のトリプレットの空間的な化学的配置空間の範囲に広がる、請求項99または100に記載の方法。
【請求項102】
前記ライブラリが計画されたターゲット分子タスクのために設計され、前記計画されたターゲット分子タスクがタンパク質を含む、請求項99から101のいずれかに記載の方法。
【請求項103】
前記重複が少なくとも2つである、請求項99から102のいずれかに記載の方法。
【請求項104】
前記重複が少なくとも4つである、請求項99から102のいずれかに記載の方法。
【請求項105】
前記重複が少なくとも6つである、請求項99から102のいずれかに記載の方法。
【請求項106】
前記ゲージが実質上固い、請求項99から105のいずれかに記載の方法。
【請求項107】
前記範囲が、結合の固有の柔軟性を考慮する、請求項99から106のいずれかに記載の方法。
【請求項108】
生成することが、異なるゲージにより実質上同じ配置を生成し、その結果前記重複の少なくとも一部分を提供することを含む、請求項99から107のいずれかに記載の方法。
【請求項109】
生成することが、少なくとも2つの繰り返し因子を提供することを含む、請求項99から107のいずれかに記載の方法。
【請求項110】
生成することが、異なるゲージによって実質上異なる配置を生成し、その柔軟性の程度に起因して異なる配置が重複し、その結果前記重複の少なくとも一部分を提供することを含む、請求項99から107のいずれかに記載の方法。
【請求項111】
前記情報に基づいて前記ターゲットに対する一組の薬のリードを生成することを含む、請求項1から65のいずれかに記載の方法。
【請求項112】
前記一組から前記ターゲットに対する既知の薬のリードを取り除くことを含む、請求項111に記載の方法。
【請求項113】
請求項111に記載の方法により形成されるリードセット。
【請求項114】
請求項112に記載の方法により形成されるリードセット。
【請求項115】
薬のリードであって:
複数の実質的に固い足場分子部;
前記足場分子部に相互接続する少なくとも一つの結合;及び、
前記足場に結合する複数の分子、を含む薬のリード。
【請求項116】
スクリーニングライブラリであって:
一組50未満の足場分子に成分を結合させることによって生成される少なくとも10,000の分子、を含むスクリーニングライブラリ。
【請求項117】
20未満の足場分子が、前記少なくとも10,000の分子を生成するために使用される、請求項116に記載のスクリーニングライブラリ。
【請求項118】
前記足場が、以下の足場分子:
Thiophene;1H-Pyrrole;Furan;Benzene;Pyridine;Pyrimidine;Pyrazine;6H-Thieno[2,3-b]pyrrole;1,6-Dihydro-pyrrolo[2,3-b]pyrrole;1H-Indole;Thieno[2,3-d]pyrimidine;6,7-Dihydro-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine;Quinoline;Isoquinoline;Quinoxaline;3,4-Dihydro-benzo[e][1,4]diazepin-5-one;3,8-Dihydro-4H-pyrrolo[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,4-Dihydro-thieno[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,6-Dihydro-4H-pyrrolo[3,2-e][1,4]diazepin-5-one;5H,11H-Dibenzo[b,f][1,5]diazocine-6,12-dione;1,4-Dihydro-10H-1,4,10-1,4,10-triaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;4H,10H-1-Thia-4,10-diaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;Dipyrrolo[1,2-c;2',1'-e]imidazol-5-one;1,4,7,9-Tetrahydro-1,4,6,9-tetraaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;4,7,9-Trihydro-1-thia-4,6,9-triaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;2,4,9,Trihydro-1lambda*4*,6-dithia-4,9-diaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;6,9-Dihydro-5H-1-thia-5,8,9,triaza-cyclopenta[a]azulen-4-one;3,10,Dihydro-4H-[1,4]diazepino[5,6-b]indol-5-one;3,6-Dihydro-4H-[1,4]diazepino[6,5-b]indol-5-one;7,8-Dihydro-1H-1,7,10-triaza-cyclohepta[e]inden-6-one;8,9-Dihydro-3H-3,6,9-triaza-cyclohepta[e]inden-10-one;7,8-Dihydro-1H-1,5,8-triaza-cyclohepta[f]inden-9-one;8,9-Dihydro-5,6,9,11-tetraaza-cyclohept[b]naphthalene-10-one;3,4-Dihydro-[1,4]diazepino[5,6-b]quinolin-5-one;8,9-Dihydro-4,8,11-triaza-cyclohepta[a]naphthalene-7-one;11H-10,11-Diaza-benzo[b]fluorine;α-hydroxyacids;α-aminoacids;cohels;Bicyclo[2.2.2]octane;2-Methylene-2,3-dihydrobenzo[1,4]dioxine;6,7-Dihydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyramidine;9H-Fluorene;1,4-Diaza-bictclo[2.2.2]octane;1-Aza-bicyclo[2.2.2]octane;Pyrido[2,3-d]pyrimidine;5-Methylene-1,5-dihydro-pyrrol-2-one;Bezno[4,5]imidazo[1,2-a]pyrimidine;1,4-Dihydro-benzo[4,5]imidazo[1,2-a]pyrimidine;4,10-Dihydro-1,4a,10-triaza-phenanthren-9-one;1,5-Dihydro-imidazo[1,2-a]pyrimidin-2-one;1,2,3,5-Tetrahydro-imidazo[1,2-a]pyrimidine;Thiazolo[3,2-a]thieno[2,3-d]pyrimidin-5-one;1,9-Dithia-4a,10-diaza-cyclopenta[b]fluoren-4-one;5,6-Dihydro-1-thia-5,7,8,9a-tetraaza-cyclopenta[e]azulen-4-one;6,10-Dihydro-5H-1-thia-5,7,10a-triaza-benzo[e]azulen-4-one;4,5-Dihydro-3-thia-4,5a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;8H-1-Thia-cyclopenta[a]indene;3-Thia-4,5a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;6,7,9,11-Tetrahydro-10-thia-6,9-diaza-indeno[1,2-a]azulene-5,8-dione;2,3,6,7,12a-Hexahydropyrazino[1',2':1,6]pyrido[3,4-b]indole-1,4-dione;5,10-Dihydro-4H-2,3a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;5H-Pyrido[4,3-b]indole;11H-Indolizino[1,2-b]quinolin-9-one;1,2-Dihydro-2,4a,9,-triaza-anthracene-3,10-dione;6H-Isoindolo[2,1-a]indole;1,5-Dihydro-benzo[b][1,4]diazepin-2-one;5,10-Dihydro-dibenzo[b,e][1,4]diazepin-11-one;5,11-Dihydro-benzo[e]pyrido[3,2-b][1,4]diazepin-6-one;4,9-Dihydro-3-thia-4,9-diaza-benzo[f]azulen-10-one;Benzo[g]quinoxaline;Pyrazino[2,3-b]quinoxaline;Pyrido[2,1-b]quinazolin-11-one;l-Thia-4a,9-diaza-cyclopenta[b]naphthalene-4-one;2-Methylene-4H-benzo[1,4]thiazin-3-one、のうち少なくとも一つを含む、請求項116または117に記載のライブラリ。
【請求項119】
前記足場の少なくとも4つが、正確に1つの環を有する、請求項116または117に記載の方法。
【請求項120】
前記足場の少なくとも4つが、正確に2つの環を有する、請求項116または117に記載の方法。
【請求項121】
前記足場の少なくとも4つが、正確に3つの環を有する、請求項116または117に記載の方法。
【請求項122】
前記足場の少なくとも4つが、正確に4つの環を有する、請求項116または117に記載の方法。
【請求項123】
前記ライブラリが、少なくとも50,000の上述の生成される分子を含む、請求項116または117に記載の方法。
【請求項124】
前記ライブラリが、少なくとも100,000の上述の生成される分子を含む、請求項116または117に記載の方法。
【請求項125】
前記足場が、前記以下の足場分子のうち少なくとも3つを含む、請求項118に記載のライブラリ。
【請求項126】
前記足場が、前記以下の足場分子のうちの少なくとも10を含む、請求項118に記載のライブラリ。
【請求項127】
前記生成される分子が実質上固い、請求項116から126のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項128】
前記分子が、結合点タイプの空間的な幾何学パターンの配置空間に広がっており、タンパク質ターゲット中に存在する該パターンの少なくとも25%を含む、請求項116から126のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項129】
前記分子が、該パターンの少なくとも50%に及んでいる、請求項128に記載のライブラリ。
【請求項130】
前記分子が、少なくとも4つの明確な結合点の化学的形状を定義している空間に広がっている、請求項128に記載のライブラリ。
【請求項131】
前記分子が、少なくとも5つの明確な結合点の化学的形状を定義している空間に広がっている、請求項128に記載のライブラリ。
【請求項132】
スクリーニングライブラリであって:
成分を以下の足場:
Thiophene;1H-Pyrrole;Furan;Benzene;Pyridine;Pyrimidine;Pyrazine;6H-Thieno[2,3-b]pyrrole;1,6-Dihydro-pyrrolo[2,3-b]pyrrole;1H-Indole;Thieno[2,3-d]pyrimidine;6,7-Dihydro-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine;Quinoline;Isoquinoline;Quinoxaline;3,4-Dihydro-benzo[e][1,4]diazepin-5-one;3,8-Dihydro-4H-pyrrolo[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,4-Dihydro-thieno[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,6-Dihydro-4H-pyrrolo[3,2-e][1,4]diazepin-5-one;5H,11H-Dibenzo[b,f][1,5]diazocine-6,12-dione;1,4-Dihydro-10H-1,4,10-1,4,10-triaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;4H,10H-1-Thia-4,10-diaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;Dipyrrolo[1,2-c;2',1'-e]imidazol-5-one;1,4,7,9-Tetrahydro-1,4,6,9-tetraaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;4,7,9-Trihydro-1-thia-4,6,9-triaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;2,4,9,Trihydro-1lambda*4*,6-dithia-4,9-diaza-dicyclopenta[a,e]cyclooctene-5,10-dione;6,9-Dihydro-5H-1-thia-5,8,9,triaza-cyclopenta[a]azulen-4-one;3,10,Dihydro-4H-[1,4]diazepino[5,6-b]indol-5-one;3,6-Dihydro-4H-[1,4]diazepino[6,5-b]indol-5-one;7,8-Dihydro-1H-1,7,10-triaza-cyclohepta[e]inden-6-one;8,9-Dihydro-3H-3,6,9-triaza-cyclohepta[e]inden-10-one;7,8-Dihydro-1H-1,5,8-triaza-cyclohepta[f]inden-9-one;8,9-Dihydro-5,6,9,11-tetraaza-cyclohept[b]naphthalene-10-one;3,4-Dihydro-[1,4]diazepino[5,6-b]quinolin-5-one;8,9-Dihydro-4,8,11-triaza-cyclohepta[a]naphthalene-7-one;11H-10,11-Diaza-benzo[b]fluorine;α-hydroxyacids;α-aminoacids;cohels;Bicyclo[2.2.2]octane;2-Methylene-2,3-dihydrobenzo[1,4]dioxine;6,7-Dihydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyramidine;9H-Fluorene;1,4-Diaza-bictclo[2.2.2]octane;1-Aza-bicyclo[2.2.2]octane;Pyrido[2,3-d]pyrimidine;5-Methylene-1,5-dihydro-pyrrol-2-one;Bezno[4,5]imidazo[1,2-a]pyrimidine;1,4-Dihydro-benzo[4,5]imidazo[1,2-a]pyrimidine;4,10-Dihydro-1,4a,10-triaza-phenanthren-9-one;1,5-Dihydro-imidazo[1,2-a]pyrimidin-2-one;1,2,3,5-Tetrahydro-imidazo[1,2-a]pyrimidine;Thiazolo[3,2-a]thieno[2,3-d]pyrimidin-5-one;1,9-Dithia-4a,10-diaza-cyclopenta[b]fluoren-4-one;5,6-Dihydro-1-thia-5,7,8,9a-tetraaza-cyclopenta[e]azulen-4-one;6,10-Dihydro-5H-1-thia-5,7,10a-triaza-benzo[e]azulen-4-one;4,5-Dihydro-3-thia-4,5a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;8H-1-Thia-cyclopenta[a]indene;3-Thia-4,5a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;6,7,9,11-Tetrahydro-10-thia-6,9-diaza-indeno[1,2-a]azulene-5,8-dione;2,3,6,7,12a-Hexahydropyrazino[1',2':1,6]pyrido[3,4-b]indole-1,4-dione;5,10-Dihydro-4H-2,3a,10-triaza-cyclopenta[a]fluorine;5H-Pyrido[4,3-b]indole;11H-Indolizino[1,2-b]quinolin-9-one;1,2-Dihydro-2,4a,9,-triaza-anthracene-3,10-dione;6H-Isoindolo[2,1-a]indole;1,5-Dihydro-benzo[b][1,4]diazepin-2-one;5,10-Dihydro-dibenzo[b,e][1,4]diazepin-11-one;5,11-Dihydro-benzo[e]pyrido[3,2-b][1,4]diazepin-6-one;4,9-Dihydro-3-thia-4,9-diaza-benzo[f]azulen-10-one;Benzo[g]quinoxaline;Pyrazino[2,3-b]quinoxaline;Pyrido[2,1-b]quinazolin-11-one;l-Thia-4a,9-diaza-cyclopenta[b]naphthalene-4-one;2-Methylene-4H-benzo[1,4]thiazin-3-one、
の少なくとも一つに結合させることにより生成される少なくとも100のゲージ分子を含むスクリーニングライブラリ。
【請求項133】
前記分子が以下の足場:
Thiophene;1H-Pyrrole;Furan;Benzene;Pyridine;Pyrimidine;Pyrazine;6H-Thieno[2,3-b]pyrrole;1,6-Dihydro-pyrrolo[2,3-b]pyrrole;1H-Indole;Thieno[2,3-d]pyrimidine;6,7-Dihydro-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine;Quinoline;Isoquinoline;Quinoxaline;3,4-Dihydro-benzo[e][1,4]diazepin-5-one;3,8-Dihydro-4H-pyrrolo[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,4-Dihydro-thieno[2,3-e][1,4]diazepin-5-one;3,6-Dihydro-4H-pyrrolo[3,2-e][1,4]diazepin-5-one;5H,11H-Dibenzo[b,f][1,5]diazocine-6,12-dione;1,4-Dihydro-10H-1,4,10-1,4,10-triaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;4H,10H-1-Thia-4,10-diaza-benzo[a]cyclopenta[e]cyclooctene-5,11-dione;Dipyrrolo[1,2-c;2',1'-e]imidazol-5-one、
の少なくとも一つを用いて生成される、請求項132のライブラリ。
【請求項134】
前記少なくとも100の分子が、少なくとも300の分子を含む、請求項132に記載のライブラリ。
【請求項135】
前記ライブラリ中の前記少なくとも100の分子が、前記足場の一つを用いて生成される、請求項132に記載のライブラリ。
【請求項136】
少なくとも10,000の実質上固い分子一組を含む、スクリーニングライブラリ。
【請求項137】
前記一組が、少なくとも50,000の実質上固い分子を含む、請求項136に記載のライブラリ。
【請求項138】
前記一組が、少なくとも100,000の実質上固い分子を含む、請求項136に記載のライブラリ。
【請求項139】
前記一組が、全般的に、タンパク質ターゲットのライブラリの少なくとも0.1%の期待結合率を持つように選択される、請求項136から138のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項140】
前記期待結合率が少なくとも0.5%である、請求項139に記載のライブラリ。
【請求項141】
前記一組が、全体集合に対して比1:100以内の一般化ターゲットのヒット率の均一性を有する分子を提供するように設計される、請求項139に記載のライブラリ。
【請求項142】
前記比が1:10以内である、請求項141に記載のライブラリ。
【請求項143】
前記一組が、空間的な化学的配置の空間に広がっており、各々のそのような配置はそれらの間に距離をもつ特定の複数の結合点を定義し、その一組は所定の範囲の距離の空間中の全ての可能な配置を実質上対象としている、請求項136から142のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項144】
スクリーニングライブラリであって:
各々が結合タイプの点の少なくとも一つの空間的な配置を定義している、少なくとも5,000の複数のケージ分子を含み、
そのような配置の空間中の実質上各点が少なくとも2つの異なるゲージ分子により対象範囲とされる、スクリーニングライブラリ。
【請求項145】
各点が、少なくとも2つの実質上同一な空間配置により対象範囲とされる、請求項144に記載のライブラリ。
【請求項146】
各点が、少なくとも2つの実質上異なる空間配置により対象範囲とされる、請求項144または145に記載のライブラリ。
【請求項147】
前記空間が、頂点の結合タイプと頂点間の距離により定義される三角形の空間である、請求項144から146のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項148】
前記空間が、4オングストロームと8オングストロームの間の距離を含む(オングストロームは10-10メートル)、請求項147に記載のライブラリ。
【請求項149】
前記空間が、2オングストロームと12オングストロームの間の距離を含む、請求項147に記載のライブラリ。
【請求項150】
前記空間が、少なくとも5つの異なる結合タイプを含む、請求項147から149のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項151】
前記空間が、少なくとも7つの異なる結合タイプを含む、請求項147から149のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項152】
前記空間が、全方向性の結合タイプを含む、請求項147から149のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項153】
前記空間が、方向性の結合タイプを含む、請求項147から149のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項154】
前記空間中の前記実質上の各点が、少なくとも3つのゲージにより対象範囲とされる、請求項147から149のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項155】
実質上全てのゲージが、前記空間の中の複数の配置を含む、請求項147から149のいずれかに記載のライブラリ。
【請求項156】
ターゲット分子の結合反応についての情報を得る方法であって:
多くが前記ターゲットに結合することが期待される、一組の実質上固い化学的なゲージを準備すること;
前記ターゲットを前記一組のゲージ中の複数のゲージと反応させること;及び、
ゲージに結合する前記ターゲットの構造を物理的に分析すること、を含む方法。
【請求項157】
物理的に分析することが、NMRを用いて分析することを含む、請求項156に記載の方法。
【請求項158】
物理的に分析することが、X線結晶学を用いて分析することを含む、請求項156に記載の方法。
【請求項159】
物理的に分析することが、一組のゲージとの結合を用いて分析することを含む、請求項156に記載の方法。
【請求項160】
前記物理的に分析することによって得られる複数の構造を実質的に重ね合わせることを含む、請求項156から159のいずれかに記載の方法。
【請求項161】
リードを構成する方法であって:
一組の実質上固い化学的なゲージを準備すること;
前記ターゲットを前記一組のゲージ中の複数のゲージと反応させること;
複数の定量結果を得るために前記ターゲットを用いて前記ゲージの結合を定量すること;及び、
前記定量結果に基づいてリードを構成すること、を含む方法。
【請求項162】
リードを構成することが、前記定量中に結合することがわかった複数のゲージを結合することを含む、請求項161に記載の方法。
【請求項163】
リードを構成することが、前記定量によって見出された結合部位に対応する成分を有するように既存の分子を修正することを含む、請求項161に記載の方法。
【請求項164】
生物ターゲットの活性な領域をマッピングする方法であって:
各ゲージ分子が幾何学的な構造を有する一組の化学的なゲージ分子を提供すること;
複数の前記化学的なゲージ分子と生物ターゲットとの間の相互作用を定量すること;及び、
前記相互作用の定量結果に従って、及び前記ゲージ分子の幾何学的な構造に従って、活性な領域をマッピングすること、を含む方法。
【請求項165】
前記ゲージ分子が固い分子である、請求項164に記載の方法。
【請求項166】
ゲージ分子が固い足場からなり、種々の化学的な成分が回転に対して自由である一つの結合を用いて取り付けられる、請求項164に記載の方法。
【請求項167】
固い足場が回転に対して自由な結合を含まない、請求項166に記載の方法。
【請求項168】
前記固さの欠如が、少なくとも2つの回転結合の存在を含む、請求項77に記載の方法。



【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4A】
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【図4B】
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【図5】
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【図6A】
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【図6B】
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【公表番号】特表2006−507480(P2006−507480A)
【公表日】平成18年3月2日(2006.3.2)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2004−522657(P2004−522657)
【出願日】平成14年7月24日(2002.7.24)
【国際出願番号】PCT/IL2002/000614
【国際公開番号】WO2004/010136
【国際公開日】平成16年1月29日(2004.1.29)
【出願人】(505026284)ケッデム バイオ−サイエンス リミテッド (2)
【Fターム(参考)】