説明

加齢黄斑変性症の発症リスクの予測方法

【課題】加齢黄斑変性症の発症リスクの予測システムおよびその方法を提供すること。
【解決手段】本発明によれば、AMD感受性遺伝子として、ANKRD38遺伝子、XRCC4遺伝子、TRIM29遺伝子、CHST11遺伝子、およびIBSP遺伝子が明らかになった。本発明は、加齢黄斑変性症の発症リスクの予測システムを提供し、該予測システムは、被験試料におけるこれらのAMD感受性遺伝子の一塩基多型(SNP)のタイピングし、その結果を入力するための手段;加齢黄斑変性症の易罹患性に関連するSNPを設定するための手段;および該入力されたタイピング結果と該設定とに基づいて、該易罹患性であるか否かを判定する手段を備える。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、加齢黄斑変性症の発症リスクの予測システムおよびその方法に関する。
【背景技術】
【0002】
加齢黄斑変性症(AMD)は、高齢者の眼底において、網膜中心部の黄斑部に組織の変性や血管新生が起こって視機能障害に至る加齢性眼科疾患であり、我が国を含む先進国において増加傾向にある疾患である。
【0003】
AMDは、近年その患者数が増加しており、現在50歳以上の人口の約0.9%が罹患していると考えられている。そのため、数百万人単位の高齢者のQOLが著しく損なわれる疾患として注目されている。
【0004】
本症に対する治療としては、視力低下発症後のものが主体であるため、病状が進行してからの治療については効果が限られているのが現状である。したがって、AMDの早期診断を可能にする予後予測因子、さらにはピンポイントに効果的な治療を可能にする分子標的を解明することは、診断技術の向上、新たな治療薬の開発、高齢者の視力維持などの面から重要な課題である。
【0005】
AMDの発症リスク因子として、近年、補体H因子(CFH)(非特許文献1〜3)およびセリンプロテアーゼ遺伝子HTRA1近傍(非特許文献4および5)の遺伝子多型が同定され、本症が遺伝的背景により強く影響を受ける可能性が示された。しかしながら、これらの従来報告された遺伝子多型がどのように疾患発症に関与するかのメカニズムについては不明な点が多く、AMDの診断・治療の分子標的として十分であるかについては明らかでない。
【非特許文献1】Klein RJら、Science 308(5720), p.385-389 (2005)
【非特許文献2】Edwards AOら、Science 308(5720), p.421-424 (2005)
【非特許文献3】Haines JLら、Science 308(5720), p.419-421 (2005)
【非特許文献4】Yang Zら、Science 314(5801), p.992-993 (2006)
【非特許文献5】Dewan Aら、Science 314(5801), p.989-92 (2006)
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【0006】
本発明は、加齢黄斑変性症の発症リスクの予測システムおよびその方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0007】
本発明は、加齢黄斑変性症の発症リスクの予測システムを提供し、該予測システムは、
被験試料における一塩基多型(SNP)のタイピングの結果を入力するための手段;
加齢黄斑変性症の易罹患性に関連するSNPを設定するための手段;および
該入力されたタイピング結果と該設定とに基づいて、該易罹患性であるか否かを判定する手段;
を備え、
該加齢黄斑変性症の易罹患性に関連するSNPが、以下の米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのrs番号で示されるSNPおよび該rs番号で示されるSNPと連鎖不均衡の関係にあるすべてのSNPからなる群より選択される少なくとも1つのSNPであり、ここで、該rs番号で示されるSNPが、ANKRD38遺伝子イントロン7に存在するrs2765241、ANKRD38遺伝子エクソン7に存在するrs2666472およびrs2258470;XRCC4遺伝子上流領域に存在するrs40214、XRCC4遺伝子プロモーター領域に存在するrs1993948およびrs2075685、XRCC4遺伝子エクソン6に存在するrs3734091、およびXRCC4遺伝子上流領域に存在するrs6869366;TRIM29遺伝子イントロン1に存在するrs666432およびTRIM29遺伝子プロモーター領域に存在するrs2511023;CHST11遺伝子イントロン4に存在するrs10507180;およびIBSP遺伝子イントロン4に存在するrs1870964であり、
該易罹患性の設定が、それぞれ、rs2765241ではアレルC;rs2666472ではアレルC;rs2258470ではアレルG;rs40214ではアレルA;rs1993948ではアレルT;rs2075685ではアレルG;rs3734091ではアレルC;rs6869366ではアレルT;rs666432ではアレルT;rs2511023ではアレルC;rs10507180ではアレルC;rs1870964ではアレルT;およびこれらの連鎖不均衡の関係にあるアレルであり、そして
該判定手段において、該タイピング結果が、該易罹患性の設定の少なくとも1つに該当する場合を易罹患性であると判定し、そして該当しない場合を易罹患性でないと判定する。
【0008】
1つの実施態様では、上記加齢黄斑変性症の易罹患性に関連するSNPは、rs2765241、rs958803、rs2765270、rs2666474、rs2666473、rs2765244、rs2765247、rs2666472、rs2258470、rs2260581、rs2262106、rs2765248、rs2765249、rs2666503;rs40214、rs1993948、rs2075685、rs255561、rs10462394、rs1871203、rs6860752、rs6452501、rs6895174、rs6452503、rs4266384、rs1478487、rs3734091、rs16876476、rs4343818、rs6869366、rs1157801、rs27214、rs40213、rs37541、rs2731853、rs6882057、rs9885046、rs6864054;rs666432、rs620602、rs582071、rs657898、rs673292、rs590005、rs596911、rs659912、rs12418601、rs2511023;rs10507180;rs1870964、およびrs4693877からなる群より選択される。
【0009】
1つの実施態様では、上記予測システムは、上記被験試料において上記SNPをタイピングするための手段をさらに含む。
【発明の効果】
【0010】
本発明によれば、AMD感受性遺伝子マーカー(AMD易罹患リスクマーカー)として、5遺伝子領域に関連した連鎖不均衡ハプロタイプブロックが明らかになり、これらを疾患罹患の難易を判定するマーカーとして利用できる。AMD感受性遺伝子マーカーは、著しい視力低下を来たし得るAMDの発症と進行を予測する因子として有用である。そのため、早期にAMD発症リスクのある人の診断が可能となり、リスクが高い人に関しては、より頻回に眼科検査を受けることにより、発症した場合に早期から治療を開始することが可能になり、高齢者における視力障害患者数の減少が期待される。したがって、本発明を利用して、疾患発症以前から罹患リスクを予測して疾患予防を行うこと、さらにはAMD患者に対して、最適な薬剤と治療法を選択することが可能になる。また、これら疾患遺伝子そのものを分子標的とした治療法・予防方法への実用化も期待できる。
【発明を実施するための最良の形態】
【0011】
一塩基多型(single nucleotide polymorphism:SNP)とは、一般的には、遺伝子の塩基配列が1カ所だけ異なる状態およびその部位をいう。また、多型とは、一般的には、母集団中1%以上の頻度で存在する2以上の対立遺伝子(アレル)をいう。本発明において、「SNP」は、好ましくは、当業者が自由に利用可能な公開されたデータベースに登録されたSNPであって、そのリファレンス番号から特定できるSNPである。このようなデータベースとしては、例えば、NCBI(NLM、NIH)のSNPデータベースおよびIMS−JST(東京大学、科学技術振興財団)のJSNP(登録商標)データベースが挙げられる。本発明におけるSNPは、上記NCPIのSNPデータベースのリファレンス番号であるrs番号により特定できる。以下、本発明においては、特定のSNPを、このNCPIのSNPデータベースのrs番号で記載する。
【0012】
生物集団において2つの密に連鎖した遺伝子座における特定の対立遺伝子の組み合わせ出現頻度が、それぞれの遺伝子頻度から推定される期待値と異なる場合を連鎖不均衡という。連鎖不均衡が起こるためには、2つの遺伝子座の物理的距離が非常に近いことが必須である。本発明においては、2つのSNPにおける特定のアレルの組み合わせがある集団内で頻度が高く、2つのSNPの挙動が独立ではない状態を、「連鎖不均衡の関係にあるSNP」という。また、ハプロタイプとは、一倍体染色体上の連続した遺伝子群または遺伝子領域のことである。同一染色体上で統計学的に見て関連のある、つまり遺伝的に連鎖しているSNPなどの組合せをいう。
【0013】
本発明において、「加齢黄斑変性症(AMD)の遺伝子マーカー」とは、AMDに関する遺伝因子の目印(マーカー)となる遺伝子をいう。このような遺伝子はSNPを含み、そしてその対立遺伝子(アレル)としてAMD感受性遺伝子を含む。「AMD感受性遺伝子」とは、この遺伝子を保有することにより、単独でまたは他の環境因子や遺伝因子との相互作用により、AMDの易罹患性を高める遺伝子をいう。
【0014】
本発明者らは、AMD罹患者と非罹患者とにおいて、ヒトゲノム遺伝子のマーカーとして選択された5万余のSNPを集めたDNAアレイによる網羅的解析を行い、AMD罹患と強く相関し(P<0.0005)、遺伝子領域および近傍領域に存在するSNPの同定を行った。その中には、AMD罹患との相関が既知であるHTRA1プロモーター領域も含まれていたことから、被験者集団と解析技術の妥当性が検証された。新規AMD感受性遺伝子として、過去に眼科疾患の易罹患性との相関が知られていない複数個のSNPが同定され、さらにそれらSNPと連鎖不均衡の関係にあり、遺伝子転写調節を行い得る転写因子の結合性が変化し得るSNPとコードする蛋白質のアミノ酸が変異するSNPについて、罹患リスクとの相関を検出した。
【0015】
本発明では、AMD感受性遺伝子として、新たにANKRD38(ankyrin repeat domain 38)遺伝子(NM_181712)、XRCC4(X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4)遺伝子(NM_003401、NM_022406、およびNM_022550)、TRIM29(tripartite motif-containing 29)遺伝子(NM_012101)、CHST11(carbohydrate sulfotransferase 11)遺伝子(NM_018413)、およびIBSP(integrin-binding sialoprotein)遺伝子(NM_004967)の5遺伝子を明らかにした。ここで、NM番号は、各遺伝子のmRNAを特定するNCBIのヌクレオチドデータベースのアクセッション番号である。
【0016】
AMD感受性遺伝子マーカーとして、以下の領域に含まれるSNPが挙げられる:
(1)ANKRD38遺伝子エクソン7領域およびイントロン7領域;
(2)XRCC4遺伝子上流領域およびプロモーター領域(転写開始点より100キロ塩基対までを含む)およびエクソン6領域;
(3)TRIM29遺伝子プロモーター領域およびイントロン1領域;
(4)CHST11遺伝子イントロン4領域;および
(5)IBSP遺伝子イントロン4領域。
【0017】
以下、これらのAMD感受性遺伝子マーカーについて、それぞれ具体的に説明する。
【0018】
(1)ANKRD38遺伝子におけるAMD感受性遺伝子マーカーとしては、ANKRD38遺伝子イントロン7に存在するC/T多型のrs2765241、ANKRD38遺伝子エクソン7に存在するC/T多型のrs2666472およびA/G多型のrs2258470、およびこれらのSNPと連鎖不均衡の関係にあるすべてのSNPが挙げられる。rs2765241ではアレルC;rs2666472ではアレルC;およびrs2258470ではアレルGである場合が、易罹患性を示すアレルである。以下の表1に、rs2765241に対して連鎖不均衡の関係にあるSNPを示す。なお、上記rs2765241、rs2666472、およびrs2258470は、互いに連鎖不均衡の関係にあり、以下の表1ではこれらを太字で示す。
【0019】
【表1】

【0020】
表1中、r値は、一番上に太字で記載したrs番号のSNPに対する相関係数を表す。例えば、r=0.81の場合はr=0.9であるので、約90%の確率でSNPが対応することを意味する。したがって、r=1の場合は、100%の確率でSNPが対応する。r値については、以下の表2〜5についても同様である。
【0021】
上記遺伝子マーカーのSNPタイピングの結果、上記表1に示す易罹患性のアレルを保有している場合に、特に、r値が1のSNPにおいて易罹患性を示すアレルである場合に、AMDに罹患し易いと判定できる。
【0022】
(2)XRCC4遺伝子におけるAMD感受性遺伝子マーカーとしては、XRCC4遺伝子上流領域に存在するA/G多型のrs40214、XRCC4遺伝子プロモーター領域に存在するA/T多型のrs1993948およびG/T多型のrs2075685、XRCC4遺伝子エクソン6に存在するA/C多型のrs3734091、およびXRCC4遺伝子上流領域に存在するG/T多型のrs6869366、およびこれらの各SNPと連鎖不均衡の関係にあるすべてのSNPが挙げられる。rs40214ではアレルA;rs1993948ではアレルT;rs2075685ではアレルG;rs3734091ではアレルC;ならびにrs6869366ではアレルTである場合が、易罹患性を示すアレルである。以下の表2に、太字で記載した上記各rs番号のSNPについて連鎖不均衡の関係にあるSNPを示す。
【0023】
【表2】

【0024】
上記遺伝子マーカーのSNPタイピングの結果、上記表2に示す易罹患性のアレルを保有している場合に、特に、r値が1のSNPにおいて易罹患性を示すアレルである場合に、AMDに罹患し易いと判定できる。
【0025】
(3)TRIM29遺伝子におけるAMD感受性遺伝子マーカーとしては、TRIM29遺伝子イントロン1に存在するC/T多型のrs666432、TRIM29遺伝子プロモーター領域に存在するC/T多型のrs2511023、およびこれらの各SNPと連鎖不均衡の関係にあるすべてのSNPが挙げられる。rs666432ではアレルT;ならびにrs2511023ではアレルCである場合が、易罹患性を示すアレルである。以下の表3に、太字で記載した上記各rs番号のSNPについて連鎖不均衡の関係にあるSNPを示す。
【0026】
【表3】

【0027】
上記遺伝子マーカーのSNPタイピングの結果、上記表3に示す易罹患性のアレルを保有している場合に、特に、r値が1のSNPにおいて易罹患性を示すアレルである場合に、AMDに罹患し易いと判定できる。
【0028】
(4)CHST11遺伝子におけるAMD感受性遺伝子マーカーとしては、CHST11遺伝子イントロン4に存在するC/T多型のrs10507180、および該SNPと連鎖不均衡の関係にあるすべてのSNPが挙げられる。rs10507180ではアレルCである場合が、易罹患性を示すアレルである。以下の表4に、太字で記載した上記各rs番号のSNPについて連鎖不均衡の関係にあるSNPを示す。
【0029】
【表4】

【0030】
上記遺伝子マーカーのSNPタイピングの結果、上記表4に示す易罹患性のアレルを保有している場合に、特に、r値が1のSNPにおいて易罹患性を示すアレルである場合に、AMDに罹患し易いと判定できる。
【0031】
(5)IBSP遺伝子におけるAMD感受性遺伝子マーカーとしては、IBSP遺伝子イントロン4に存在するG/T多型のrs1870964、および該SNPと連鎖不均衡の関係にあるすべてのSNPが挙げられる。rs1870964ではアレルTである場合が、易罹患性を示すアレルである。以下の表5に、太字で記載した上記各rs番号のSNPについて連鎖不均衡の関係にあるSNPを示す。
【0032】
【表5】

【0033】
上記遺伝子マーカーのSNPタイピングの結果、上記表5に示す易罹患性のアレルを保有している場合に、特に、r値が1のSNPにおいて易罹患性を示すアレルである場合に、AMDに罹患し易いと判定できる。
【0034】
このように、本発明においては、被験者について上記AMD感受性遺伝子マーカーのSNPをタイピングすることにより、被験者がAMDに罹患し易いかどうかについて予測することができる。
【0035】
被験者がAMDに罹患し易いかどうかについて予測するための、本発明のAMDの発症リスクの予測システムは、
被験試料におけるSNPのタイピングの結果を入力するための手段;
加齢黄斑変性症(AMD)の易罹患性に関連するSNPを設定するための手段;および
該入力されたタイピング結果と該設定とに基づいて、該易罹患性であるか否かを判定する手段;を備える。好ましくは、この予測システムは、被験試料においてSNPをタイピングするための手段をさらに含む。
【0036】
被験試料は、被験者の核酸またはゲノムDNAを含む試料、あるいは核酸またはゲノムDNA自体である。例えば、血液や体液などの生体試料や、これらから調製された核酸やゲノムDNAが挙げられる。生体試料の採取方法、採取部位などは、特に制限されず、また、核酸やゲノムDNAの調製方法も従来公知の方法を適用でき、特に制限されない。
【0037】
本発明において、「遺伝子マーカーのSNPのタイピング」とは、上記遺伝子マーカーの遺伝子に含まれるSNPをタイピングすることをいう。本発明において、「SNPのタイピング」とは、ゲノム上の位置が明らかとなっている上記SNPの多型部位がどの塩基であるかを同定することであって、例えば、AとGとから構成されるSNPを対立遺伝子で見た場合、その被験試料の被験者の遺伝子型が、AとGとのいずれであるかを同定することをいう。SNPのタイピング方法は、特に制限されず、従来公知の方法により行うことができ、例えば、Invader(登録商標)(Third Wave Technologies社)法、TaqMan(登録商標)(Applied Biosystems社)法、MALDI−TOF質量分析法、PCR法、またはPCR法によらない迅速DNA増幅法(SMAP法)、マイクロアレイ法、シークエンス法などが挙げられる。本発明のAMD感受性遺伝子マーカーについては、既にSNPの多型部位およびその周辺の配列が決定されているので、当業者であれば、例えば、データベースの配列に基づき、適宜、SNPのタイピングを行うことができる。
【0038】
本発明においては、好適には、SNPのタイピングは、目的のSNPについてのデータベースに記載の塩基配列、その部分配列、およびそれらの相補配列からなるポリヌクレオチド、ならびに該ポリヌクレオチドにおいて該SNPの部分以外の1個から数個の塩基が、欠失、置換、または付加されかつ該ポリヌクレオチドと相補的な配列からなるポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチドからなる群より選択されるポリヌクレオチドを、プローブやプライマーとして用いて行われる。
【0039】
本発明において、「ポリヌクレオチド」とは、特に限定されず、DNA、RNA、または、従来公知のこれらの誘導体や類縁体などをいう。一本鎖であってもよく、二本鎖であってもよい。このようなポリヌクレオチドにおいて、欠失、置換、または付加が可能な塩基数としては、例えば、1〜10個、好ましくは、1〜5個、より好ましくは、1または2個である。上記ストリンジェントな条件は、例えば、5×SSC+0.3%SDS中で熱変性した後、65℃で4〜16時間ハイブリダイゼーションし、常温の2×SSC+0.1%SDS、および、2×SSCでそれぞれ5分間洗浄し、0.05×SSCでリンスすることなどが挙げられる。ポリヌクレオチドの製造方法は、特に制限されず、例えば、従来公知の方法により化学合成により製造してもよく、酵素的にインビボまたはインビトロで製造してもよい。また、ポリヌクレオチドは、必要に応じて、例えば、蛍光物質およびクエンチャーが結合されていてもよい。
【0040】
このような「ポリヌクレオチド」は、SNPのタイピングにおいて、プローブやプライマーとして使用され得る。その塩基配列は、当業者であれば、容易に設計できる。ポリヌクレオチドの長さとしては、特に制限されず、例えば、10mer〜500mer、好ましくは15mer〜250mer、より好ましくは20mer〜100merである。配列の設計には、配列表に記載の配列の他、上記NM番号などのデータベースアクセッション番号で特定されるAMD感受性遺伝子マーカーの各遺伝子の配列も利用できる。また、ポリヌクレオチドは、必要に応じて、SNPの多型部位を含むのであっても、SNPの多型部位を含まずその周辺配列からなるものであってもよい。
【0041】
被験試料においてSNPをタイピングするための手段とは、上記のSNPのタイピング方法を行うための手段をいう。例えば、SNPのタイピング用マイクロアレイやSNPのタイピングキットが挙げられる。
【0042】
例えば、マイクロアレイには、上記ポリヌクレオチドのスポットが配置される。マイクロアレイの製造方法は、特に制限されず、例えば、基板表面上で直接プローブのポリヌクレオチドを合成する方法(オンチップ法)や、予め調製したプローブを基板表面に固定する方法などの従来公知の方法が挙げられる。オンチップ法としては、例えば、光照射で選択的に除去される保護基の使用と、半導体製造に利用されるフォトリソグラフィー技術および固相合成技術とを組合せて、微小なマトリックスの所定の領域で選択的合成を行う方法が挙げられる。また、予め調製したプローブを用いる方法としては、例えば、プローブ溶解液をインクジェット法により基材に微小滴下して、化学的または物理的に固定する方法が挙げられる。マイクロアレイに用いる基材としては、特に制限されず、例えば、ガラス、金属、プラスチックなどが挙げられる。
【0043】
上記ポリヌクレオチドやマイクロアレイは、AMD感受性遺伝子マーカーのSNPのタイピングキットに用いられ得る。SNPタイピングキットは、上記ポリヌクレオチドおよび/またはマイクロアレイの他、SNPのタイピング方法に応じて、適切な試薬などを含むことが好ましい。
【0044】
上記のSNPのタイピング手段によって得られた結果は、通常、被験試料におけるSNPのタイピングの結果を入力するための手段によって、コンピュータなどに手動でまたは自動的に入力される。入力された結果は、AMDの易罹患性に関連するSNPを設定するための手段により予め設定された易罹患性または難罹患性のアレルと比較および/または照合する判定手段によって、易罹患性であるか否かについて判定される。これらの手段は、例えば、コンピュータやコンピュータで作動するソフトウエアプログラムであり得る。
【0045】
SNPのタイピングは、1つのSNPのみについて行ってもよく、判定の精度の向上を考慮すると、2以上のSNPについて行われることが好ましい。複数のSNPタイピングの結果を組み合わせて総合的に判定することがさらに好ましい。複数のSNPで易罹患性であると判定されると、より罹患のリスクが高いと推定される。そのため、より頻回に眼科検査を受けることにより、発症した場合に早期から治療を開始することが可能になる。さらに、疾患発症以前から罹患リスクを予測して疾患予防を行うことも可能である。
【実施例】
【0046】
文書署名にて遺伝子解析の同意が得られた51〜88歳の日本人で、AMD罹患者134名および対照者106名について、血液よりDNAを抽出し、DNAアレイ(AFFYMETRIX社製のGeneChip(登録商標)Mapping 50K Array Hind)により5万余のSNPにおけるアレルを決定した。各SNPとAMD易罹患性との相関解析を行った。具体的には、Agilent Technologies社ソフトウエア「GeneSpring GT(登録商標)」による「ケース・コントロール相関解析」および「回帰分析」を行った。その結果、以下のSNPを、AMD罹患性難易と有意に相関するAMD感受性候補遺伝子マーカーとして選定した。
【0047】
(1)ANKRD38遺伝子イントロン6に存在する2つのSNP(rs2765249およびrs2765248)、ならびにイントロン7に存在するSNP(rs2765241);
(2)XRCC4遺伝子上流領域[転写開始点より76〜78キロ塩基対(kbp)上流]に存在する2つのSNP(rs256795およびrs40214);
(3)TRIM29遺伝子イントロン1に存在するSNP(rs666432);
(4)CHST11遺伝子イントロン4に存在するSNP(rs10507180);および
(5)IBSP遺伝子イントロン4に存在するSNP(rs1870964)。
【0048】
次に、さらに多くの遺伝子解析対象者数について、すなわち、上記の対象者を含むAMD罹患者185名および対照者133名について、上記AMD感受性候補遺伝子マーカーおよびその周辺に存在しかつ連鎖不均衡の関係(2つのSNPにおける特定のアレルの組み合わせが、ある集団内で頻度が高く、そして2つのSNPの挙動が独立ではない関係)にあるSNP、ならびにAMD感受性候補遺伝子マーカー周辺のアミノ酸変異を起こす(ミスセンス変異)SNPについて、Applied Biosystems社製のTaqMan(登録商標)SNP Genotyping Assaysを用いて、AMD感受性遺伝子マーカー探索の2次スクリーニングを行った。罹患者と対象者との間で各アレルの出現頻度(P値)およびオッズ比(OR)について、Fisher's exact testにて検定を行った。その結果、上記(1)〜(3)の遺伝子について、以下のrs番号のSNPが、統計学的に有意であることが明らかになった。それぞれの結果を、以下の表6〜8に示す。また、(4)および(5)については、上記AMD罹患者134名および対照者106名についての詳細な解析結果を、それぞれ表9および10に示す。
【0049】
(1)ANKRD38遺伝子において、rs2765241はアレルCが疾患易罹患性、アレルTが難罹患性と有意に相関した(P=6.8E−5)。rs2765241と連鎖不均衡の関係にあるANKRD38遺伝子エクソン7上の2つのミスセンス変異SNP(rs2666472;A840V、rs2258470;R822H)については、前者でアレルC(アラニンをコード)が疾患易罹患性、アレルT(バリンをコード)が難罹患性と有意に相関し(P=1.1E−4)、後者でアレルG(アルギニンをコード)が疾患易罹患性、アレルA(ヒスチジンをコード)が難罹患性と有意に相関した(P=1.1E−4)。
【0050】
【表6】

【0051】
(2)XRCC4遺伝子において、転写開始点より77kbp上流のrs40214は、アレルAが易罹患性、アレルGが難罹患性と有意に相関した(P=0.0064)。XRCC4遺伝子プロモーター領域にあるrs1993948(−1,036bp)とrs2075685(−651bp)は、前者でアレルTが易罹患性、アレルAが難罹患性と有意に相関し(P=0.011)、後者でアレルGが易罹患性、アレルTが難罹患性と有意に相関した(P=0.0084)。rs1993948とrs2075685は、それぞれ転写因子結合部位における結合能変化に関与する塩基位置に相当すると予想され、前者はPOU2F1およびOct−2、後者はSPI−1の結合性を変化させる可能性が考えられる。また、XRCC4遺伝子のエクソン6に存在するrs3734091(A247S)は、アレルC(アラニンをコード)が易罹患性、アレルA(セリンをコード)が難罹患性と有意に相関した(P=0.012)。XRCC4遺伝子の転写開始点より1570bp上流に存在するrs6869366は、アレルTが易罹患性、アレルGが難罹患性と有意に相関した(P=0.0033)。
【0052】
【表7】

【0053】
(3)TRIM29遺伝子において、イントロン1のrs666432はアレルTが易罹患性、アレルCが難罹患性と有意に相関した(P=5.1E−4)。TRIM29遺伝子プロモーター領域にあるrs2511023(−281bp)は、アレルCが易罹患性、アレルTが難罹患性と有意に相関した(P=0.012)。rs666432とrs2511023は、それぞれ転写因子結合部位における結合能変化に関与する塩基位置に相当すると予想され、前者はGATA−2、SPI−1、POU2F1およびOct−2の結合性を、そして後者はUSF2、Sp1、E47、CAC−結合蛋白質などの複数の転写因子の結合性を変化させる可能性が考えられる。
【0054】
【表8】

【0055】
(4)CHST11遺伝子イントロン4のrs10507180は、転写因子結合部位における結合能変化に関与する塩基位置に相当すると予想され(AP−1の結合性に関与)、転写調節に関連するSNPである可能性が考えられる。
【0056】
【表9】

【0057】
(5)IBSP遺伝子イントロン4のrs1870964は、転写因子結合部位における結合能変化に関与する塩基位置に相当すると予想され(ICSBPの結合性に関与)、転写調節に関連するSNPである可能性が考えられる。
【0058】
【表10】

【0059】
本解析によりANKRD38、XRCC4、TRIM29、CHST11、およびIBSPの5遺伝子周辺におけるSNPは、AMD易罹患性を診断・予測する有効な遺伝子マーカーであることが示された。
【産業上の利用可能性】
【0060】
本発明によれば、AMD易罹患性と有意な相関を示すANKRD38、XRCC4、TRIM29、CHST11、およびIBSP各遺伝子周辺のSNPをタイピングすることにより、AMDの発症リスクを予測することができる。AMD診断・予防への応用可能な遺伝子マーカーとして産業上の利用価値があり、早期に実用化が可能であると考えられる。DNAチップや、PCRを用いない迅速で簡便な診断装置の開発も進んでおり、これらの技術を用いた臨床検査方法へも活用できる。受託解析や簡便な検査方法を用いて、AMD感受性遺伝子マーカーの遺伝子型を決定することにより、AMD発症ハイリスク群を同定し、早期にAMD発症リスクのある人の診断が可能となる。リスクが高い人に関しては、より頻回に眼科検査を受けることにより、発症した場合に早期から治療を開始することが可能になり、高齢者における視力障害患者数の減少が期待される。このように、早期予防ならびに早期治療を行うことで、高齢者の視機能の維持とQOL向上を目指すこともできる。さらには高齢者の医療費の削減も期待される。
【0061】
ANKRD38、XRCC4、TRIM29、CHST11、およびIBSP遺伝子が、AMD感受性遺伝子であることが明らかになったため、これらの遺伝子を標的とした新たなAMD治療方法および創薬の開発に応用することができると考えられる。
【0062】
さらに、AMD感受性遺伝子の発現量を調節することにより、培養細胞や動物レベルで、該遺伝子が発症にどれだけ貢献し得るかを研究することが可能になり、AMD分子標的治療への直接的実用化が期待される。
【0063】
上記AMD感受性遺伝子を分子標的とした薬剤の開発に関しては、遺伝子発現量を直接調節できる核酸および核酸を発現させる組換えウイルスや蛋白質発現量を調節する中和抗体の作製、また既存の薬物をスクリーニングすることにより、各遺伝子の発現量を制御する薬剤を決定することにより、新規AMD治療薬の開発が可能である。また、AMDのテーラーメイド医療も可能となり得る。現在、我が国においても増加傾向にあり、高齢者の中途失明原因として重要性が高まっているAMDに対する分子標的治療薬が実用化されることは、製薬産業上の価値が高く、罹患者およびその家族、さらには社会全体にも利益還元が期待される。

【特許請求の範囲】
【請求項1】
加齢黄斑変性症の発症リスクの予測システムであって、
被験試料における一塩基多型(SNP)のタイピングの結果を入力するための手段;
加齢黄斑変性症の易罹患性に関連するSNPを設定するための手段;および
該入力されたタイピング結果と該設定とに基づいて、該易罹患性であるか否かを判定する手段;
を備え、
該加齢黄斑変性症の易罹患性に関連するSNPが、以下の米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのrs番号で示されるSNPおよび該rs番号で示されるSNPと連鎖不均衡の関係にあるすべてのSNPからなる群より選択される少なくとも1つのSNPであり、ここで、該rs番号で示されるSNPが、ANKRD38遺伝子イントロン7に存在するrs2765241、ANKRD38遺伝子エクソン7に存在するrs2666472およびrs2258470;XRCC4遺伝子上流領域に存在するrs40214、XRCC4遺伝子プロモーター領域に存在するrs1993948およびrs2075685、XRCC4遺伝子エクソン6に存在するrs3734091、およびXRCC4遺伝子上流領域に存在するrs6869366;TRIM29遺伝子イントロン1に存在するrs666432およびTRIM29遺伝子プロモーター領域に存在するrs2511023;CHST11遺伝子イントロン4に存在するrs10507180;およびIBSP遺伝子イントロン4に存在するrs1870964であり、
該易罹患性の設定が、それぞれ、rs2765241ではアレルC;rs2666472ではアレルC;rs2258470ではアレルG;rs40214ではアレルA;rs1993948ではアレルT;rs2075685ではアレルG;rs3734091ではアレルC;rs6869366ではアレルT;rs666432ではアレルT;rs2511023ではアレルC;rs10507180ではアレルC;rs1870964ではアレルT;およびこれらの連鎖不均衡の関係にあるアレルであり、そして
該判定手段において、該タイピング結果が、該易罹患性の設定の少なくとも1つに該当する場合を易罹患性であると判定し、そして該当しない場合を易罹患性でないと判定する、
予測システム。
【請求項2】
前記加齢黄斑変性症の易罹患性に関連するSNPが、rs2765241、rs958803、rs2765270、rs2666474、rs2666473、rs2765244、rs2765247、rs2666472、rs2258470、rs2260581、rs2262106、rs2765248、rs2765249、rs2666503;rs40214、rs1993948、rs2075685、rs255561、rs10462394、rs1871203、rs6860752、rs6452501、rs6895174、rs6452503、rs4266384、rs1478487、rs3734091、rs16876476、rs4343818、rs6869366、rs1157801、rs27214、rs40213、rs37541、rs2731853、rs6882057、rs9885046、rs6864054;rs666432、rs620602、rs582071、rs657898、rs673292、rs590005、rs596911、rs659912、rs12418601、rs2511023;rs10507180;rs1870964、およびrs4693877からなる群より選択される、請求項1に記載の予測システム。
【請求項3】
前記被験試料において前記SNPをタイピングするための手段をさらに含む、請求項1または2に記載の予測システム。

【公開番号】特開2009−27972(P2009−27972A)
【公開日】平成21年2月12日(2009.2.12)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2007−194922(P2007−194922)
【出願日】平成19年7月26日(2007.7.26)
【出願人】(000135036)ニプロ株式会社 (583)
【出願人】(504013775)学校法人 埼玉医科大学 (39)
【Fターム(参考)】