化学及び生物兵器の広域特異性除染のための酵素及び処方物
本発明は、酵素による能動的な除染、例えば神経作用物質の解毒のための新規な酵素及び方法を提供する。ある特徴では、本発明は、非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性を有する酵素、並びにリグニンの漂白及び分解のための方法を提供する。本発明は、ポリペプチド、核酸、感染性ビヒクル、形質導入若しくは感染細胞又は植物及び/又はトランスジェニック植物、及びそれらを使用して、例えば自己防衛的農薬耐性及び/又は除草剤耐性細胞又は植物を提供する方法を提供し、ある特徴では、本発明のポリペプチドは、P-S又はP-F結合を加水分解するように作用し、アセチルコリンエステラーゼ又はブチリルコリンエステラーゼを解毒する。ある特徴では、本発明は、広域性、物質特異性酸化及び加水分解活性を提供し、同様にV剤、G剤及びH剤の酸化又は加水分解について次亜ハロゲン酸塩生成を提供し、さらに生物剤（炭疽芽胞を含む）の殺滅のための酸化物（例えば二酸化塩素）及び反応性ラジカルを生成する酵素混合物又は組成物を提供する。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（a）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191又は配列番号:193と少なくとも約25、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、又はそれより大きい残基の領域にわたって少なくとも約50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、又は完全な（100％）配列同一性を有する配列を含む単離、合成又は組換え核酸であって、
エステラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、クロロペルオキシダーゼ（CPO）活性、ヘム型（hCPO）又は非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、及び/又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードするか、又は、配列番号:2から配列番号:194を含む、配列表中の偶数の配列番号のいずれかを含む配列を有するポリペプチドと特異的に結合する抗体を生成することができるポリペプチド又はペプチドをコードし、
場合によって前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、又は目視精査によって決定される、前記単離、合成又は組換え核酸；
（b）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191又は配列番号:193を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含む単離、合成又は組換え核酸であって、
エステラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、クロロペルオキシダーゼ（CPO）活性、ヘム型（hCPO）又は非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、及び/又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードするか、又は、配列番号:2から配列番号:194を含む、配列リスト中の偶数の配列番号のいずれかを含む配列を有するポリペプチドと特異的に結合する抗体を生成することができるポリペプチド又はペプチドをコードし、
前記ストリンジェントな条件が、約65℃の温度にて約15分間の0.2ｘSSC中での洗浄を含む洗浄工程を含み、
場合によって、少なくとも20、30、40、50、60、75、100、150、200、225、250、275、300、350、400、500、600、700、800、900、1000若しくはそれより大きい残基、又は完全長の遺伝子若しくは転写物である、前記単離、合成又は組換え核酸；
（c）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:143、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192又は配列番号:194の20、30、40、50、60、75、100、150、200、225、250、275、300、350、400又はそれより大きい残基に記載の配列を有するポリペプチド又はペプチドをコードする核酸配列を含む単離、合成又は組換え核酸であって、
エステラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、クロロペルオキシダーゼ（CPO）活性、ヘム型（hCPO）又は非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、及び/又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードするか、又は、配列番号:2から配列番号:194を含む、配列リスト中の偶数の配列番号のいずれかを含む配列を有するポリペプチドと特異的に結合する抗体を生成することができるポリペプチド又はペプチドをコードする、前記単離、合成又は組換え核酸；又は
（d）（a）、（b）又は（c）と相補的な核酸配列を含む、単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、又は配列番号:193に記載の配列を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３】
配列比較アルゴリズムが、BLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、ここでフィルタリング設定がblastall p blastp d“nr pataa” F Fに設定され、他の全てのオプションが規定値に設定される、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４】
酵素活性が解毒又は除染活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５】
酵素活性がV剤の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項６】
酵素活性がV剤の加水分解又は除染を含むか、又は酵素活性がハロペルオキシダーゼ活性、又はメチルホスホノフルオリデート若しくはチオリン酸エステルの加水分解を触媒する含む活性、又はその組合せを含む、請求項5に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項７】
ハロペルオキシダーゼ活性がクロロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項6に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項８】
V剤が、VX(O-エチル-S-[2(ジイソプロピルアミノ)エチル]メチルホスホノチオエート又はメチルホスホノチオ酸) 、VE(O-エチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]エチルホスホノチオエート)、VG(O,O-ジエチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]ホスホロチオエート)、VM(O-エチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]メチルホスホノチオエート)、VR(ホスホノチオ酸)ソヴィエトV-ガス（ロシアVX）、テトリソ(O,O-ジイソプロピルS-(2-ジイソプロピルアミノエチル)ホスホロチオレート)、又はホスホリルチオコリン含有化合物を含む、請求項5に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項９】
V剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:1、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:89、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:127、配列番号:151、配列番号:167、配列番号:171、配列番号:187、若しくは配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチド、又は配列番号:2、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:90、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:128、配列番号:152、配列番号:168、配列番号:172、配列番号:189若しくは配列番号:192に記載のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む、請求項5に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１０】
酵素活性がG剤の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１１】
G剤の加水分解又は除染を含む酵素活性が有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を含む、請求項10に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１２】
G剤が、タブン（GA）、サリン（メチルホスホノフルオリデート）（GB）、ソマン（GD）、シクロサリン（GF）又はその組合せを含む、請求項10に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１３】
G剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:73、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187若しくは配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチド；又はプロリダーゼ活性若しくは有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有し、さらに配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか又は配列番号:194に記載の配列を有するポリペプチドを含む、請求項5に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１４】
酵素活性がH剤の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１５】
H剤がクロロペルオキシダーゼ活性、デハロゲナーゼ活性又はその組合せを含む、請求項14に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１６】
H剤が、マスタードガス、1 1'チオビス[2クロロエタン]ビス-(2-クロロエチル)スルフィド、ベータ,ベータ'ジクロロエチルスルフィド、2,2'ジクロロエチルスルフィド、ビス(ベータ-クロロエチル)スルフィド、1-クロロ-2(ベータ-クロロジエチルチオ)エタン、又はその組合せを含む、請求項14に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１７】
H剤を加水分解又は除染する酵素が、クロロペルオキシダーゼをコードし、さらに配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を含むか、又は
デハロゲナーゼをコードし、かつ配列番号:69若しくは配列番号:91に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が配列番号:70若しくは配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項14に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１８】
酵素活性が生物剤の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１９】
酵素活性がクロロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項18に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２０】
生物剤がグラム陰性芽胞である、請求項18に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２１】
グラム陰性芽胞が炭疽（又は炭疽菌（Bacillus anthracis））芽胞を含む、請求項20に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２２】
生物剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項18に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２３】
酵素活性がP-F結合の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２４】
P-F結合の加水分解又は除染活性を有するポリペプチドが、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:191若しくは配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72、配列番号:74、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:192若しくは配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項23に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２５】
酵素活性がP-S結合の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２６】
P-S結合の加水分解又は除染活性を有するポリペプチドが、配列番号:1、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:89、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:127、配列番号:151、配列番号:167、配列番号:171、配列番号:187若しくは配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:90、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:128、配列番号:152、配列番号:168、配列番号:172、配列番号:188若しくは配列番号:192に記載のアミノ酸配列を有する、請求項25に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２７】
酵素活性が有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２８】
有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する酵素が、配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項27に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２９】
酵素活性がアミノペプチダーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３０】
アミノペプチダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:189に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:190に記載のアミノ酸配列を有する、請求項27に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３１】
酵素活性がカルボキシルエステラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３２】
カルボキシルエステラーゼ活性を有する酵素が、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87又は配列番号:89に記載の配列を有する核酸によってコードされる、請求項27に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３３】
酵素活性がヘム型ペルオキシダーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３４】
ヘム型ペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49若しくは配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50若しくは配列番号:52に記載の配列を有する、請求項33に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３５】
酵素がヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有し、さらに配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有する、請求項34に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３６】
酵素活性が非ヘム型ペルオキシダーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３７】
非ヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項37に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３８】
酵素活性がデハロゲナーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３９】
デハロゲナーゼ活性を有する酵素が、配列番号:69若しくは配列番号:91に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:70若しくは配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項38に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４０】
酵素活性がジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４１】
ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を有する酵素が、配列番号:71に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項38に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４２】
酵素活性が有機リン酸エステラーゼ活性を含み、P-S又はP-F結合を加水分解し、さらにアセチルコリンエステラーゼ-又はブチリルコリンエステラーゼ-阻害物質を解毒することができる、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４３】
酵素活性がハロゲン化反応を含み、過酸化水素及び塩化物、臭化物又はヨウ化物から次亜ハロゲン酸塩を生成する、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４４】
酵素活性が過酸化水素から有機基質への酸素の転移を触媒することを含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４５】
酵素活性がリグニンの化学漂白を含む、請求項44に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４６】
酵素活性が、パルプ又は紙の製造過程におけるリグニンの化学漂白を含む、請求項45に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４７】
酵素活性が農薬、除草剤及び/又は殺虫剤の解毒を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４８】
農薬が、デメトン-S、デメトン-S-メチル、デメトン-S-メチルスルホン、デメトン-メチル、パラチオン、フォスメト、カルボフェノチオン、ベノキサフォス、アジンフォス-メチル、アジンフォス-エチル、アミトン、アミジチオン、シアントエート、ジアリフォス、ジメトエート、ジオキサチオン、ジスルフォトン、エンドチオン、エチオン、エトエート-メチル、フォルモチオン、マラチオン、メルカルバム、オメトエート、オキシデプロフォス、オキシジスルフォトン、フェンカプトン、フォレート、フォサロン、プロチダチオン、プロトエート、ソファミド、チオメトン、ヴァミドチオン、メタミドフォス、又はその組合せを含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４９】
核酸が熱安定性又は耐熱性酵素又はタンパク質をコードする、請求項48に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５０】
酵素又はタンパク質が、約37℃から約95℃、又は約55℃から約85℃、又は約70℃から約75℃、又は約70℃から約95℃、又は約90℃から約95℃の温度範囲を含む条件下で活性を維持するか、又は37℃より高く約95℃、55℃より高く約85℃、又は約70℃から約75℃、又は約90℃より高く約95℃までの温度範囲、又は約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃の温度範囲を含む条件下で酵素活性を維持する、請求項49に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５１】
酵素又はタンパク質が、37℃より高く約95℃まで、55℃より高く約85℃まで、90℃より高く約95℃までの範囲の温度に暴露した後、又は約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約75℃、又は約90℃から約95℃までの範囲の温度に暴露した後で活性を維持する、請求項49に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５２】
ヒドロラーゼ活性、エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、ヘム型（hCPO）若しくは非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、
（a）請求項1に記載の配列、又は
（b）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191又は配列番号:193記載の配列、
の少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250又はそれより大きい連続する塩基を含む核酸の少なくとも10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250又はそれより大きい連続する塩基を含み、
結合又はハイブリダイゼーションによって前記核酸を同定する、前記核酸プローブ。
【請求項５３】
プローブが、少なくとも約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、約60から100、又は約50から150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項49に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５４】
酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、又はタンパク質をコードする核酸を増幅する増幅プライマー対であって、前記プライマー対が、
（a）請求項1に記載の配列、若しくはその部分配列を含む核酸、又は
（b）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191又は配列番号:193の少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250又はそれより大きい連続する塩基を含む核酸を含む核酸、
を増幅することができ、前記増幅プライマー対のメンバーが、前記配列の少なくとも約10から50の連続する塩基、又は前記配列の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40若しくはそれより大きい連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、前記増幅プライマー対。
【請求項５５】
増幅プライマー対が、ヒドロラーゼ活性、エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、ヘム型（hCPO）若しくは非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する、請求項54に記載の増幅プライマー対。
【請求項５６】
（a）又は（b）の核酸の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、42、33、34、35又はそれより大きい残基によって示される配列を有する第一のメンバー、及び前記第一のメンバーの相補鎖の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、42、33、34、35又はそれより大きい残基によって示される配列を有する第二のメンバーを含む、請求項54に記載の増幅プライマー対。
【請求項５７】
請求項54〜56のいずれか１項に記載の増幅プライマー対を用いるポリヌクレオチドの増幅によって生成される、酵素コード核酸又はタンパク質コード核酸。
【請求項５８】
増幅がポリメラーゼ連鎖反応（PCR）による、請求項57に記載の酵素コード核酸又はタンパク質コード核酸。
【請求項５９】
核酸が遺伝子ライブラリーの増幅によって生成され、さらに場合によって前記遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項57に記載の酵素コード核酸又はタンパク質コード核酸。
【請求項６０】
酵素活性を有するか、請求項57に記載の配列を有する核酸によってコードされる、単離、合成又は組換えポリペプチド。
【請求項６１】
請求項54〜56のいずれか１項に記載の増幅プライマー対を用いて鋳型核酸を増幅することを含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、又はタンパク質をコードする核酸を増幅する方法であって、前記増幅プライマー対が、請求項1に記載の核酸配列又はその部分配列を増幅させることができる、前記核酸の増幅方法。
【請求項６２】
請求項1又は57に記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項６３】
請求項1又は57に記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項６４】
請求項1又は57に記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクルであって、前記クローニングビヒクルが、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージ又は人工染色体である、前記クローニングビヒクル。
【請求項６５】
ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ関連ウイルスベクターを含む、請求項64に記載のクローニングビヒクル。
【請求項６６】
請求項1又は57に記載の配列を含む、細菌人工染色体（BAC）、バクテリオファージP1-由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）、又は哺乳動物人工染色体（MAC）。
【請求項６７】
請求項1又は57に記載の配列を含む核酸、又は請求項62に記載の発現カセット、又は請求項64に記載のクローニングビヒクル、又は請求項66に記載の細菌人工染色体（BAC）、バクテリオファージP1-由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）若しくは哺乳動物人工染色体（MAC）を含む形質転換細胞。
【請求項６８】
細菌細胞、哺乳動物細胞、菌類細胞、酵母細胞、昆虫細胞、又は植物細胞である、請求項67に記載の形質転換細胞。
【請求項６９】
請求項1又は57に記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック動物であって、場合によって前記動物がマウス、ヤギ、ウサギ、ヒツジ、ブタ、ウシ又はラットである、前記非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項７０】
請求項1又は57に記載の配列を含むトランスジェニック植物であって、場合によって前記植物が、トウモロコシ、ソルガム、ジャガイモ、トマト、コムギ、脂肪種子植物、ナタネ、ダイズ、イネ、オオムギ、牧草、又はタバコである、前記トランスジェニック植物。
【請求項７１】
請求項1又は57に記載の配列を含むトランスジェニック種子であって、場合によって前記種子が、トウモロコシの種子、コムギの穀粒、脂肪種子、ナタネ、ダイズ種子、ヤシ核、ヒマワリ種子、ゴマ種子、コメ、オオムギ、落花生、又はタバコ種子である、前記トランスジェニック種子。
【請求項７２】
請求項1若しくは57に記載の配列又はその部分配列に対して相補的であるか、又は前記配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、場合によって前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、又は約60から100塩基の間の長さを有する、前記アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項７３】
細胞内の酵素コードメッセージ又はタンパク質コードメッセージの翻訳を阻害する方法であって、前記方法が、請求項1又は57に記載の配列に対して相補的であるか、又は前記配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に投与するか、又は細胞内で発現させることを含む、前記メッセージの翻訳を阻害する方法。
【請求項７４】
請求項1又は57に記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA（RNAi）分子であって、
場合によって前記RNAiがsiRNA又はmiRNA分子であるか、又は、
場合によって前記RNAiが約11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25又はそれより大きい長さの二本鎖ヌクレオチドであり、
場合によって前記RNAiがsiRNA又はmiRNA分子である、
前記二本鎖阻害性分子。
【請求項７５】
請求項74に記載の二本鎖阻害性RNA（RNAi）を細胞に投与するか、又は前記RNAiを細胞で発現させることを含む、酵素又はタンパク質の発現を阻害する方法。
【請求項７６】
（a）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:143、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192又は配列番号:194と少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、80、90、100、125、150、175、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、又はそれより大きい残基の領域にわたって、少なくとも約50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれより高い、又は完全な（100％）配列同一性を有する単離、合成又は組換えポリペプチドであって、場合によって前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、又は目視精査によって決定される、前記単離、合成又は組換えポリペプチド、
又は、（ii）請求項1に記載の核酸によってコードされる単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチドであって、
前記（i）又は（ii）のポリペプチド又はペプチドは、エステラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、クロロペルオキシダーゼ（CPO）活性、ヘム型（hCPO）又は非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、及び/又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有するか、又は、配列番号:2から配列番号:194を含む配列リスト中の偶数の配列番号のいずれかを含む配列を有するポリペプチドと特異的に結合する抗体を生成することができるポリペプチド又はペプチドをコードする、前記単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項７７】
配列比較アルゴリズムが、BLASTバージョン2.2.2アルゴリズムを含み、ここでフィルタリング設定がblastall p blastp d “nr pataa” F Fに設定され、他の全てのオプションが規定値に設定される、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項７８】
酵素活性が解毒又は除染活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項７９】
酵素活性がV剤の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８０】
V剤の加水分解又は除染を含む酵素活性が、ハロペルオキシダーゼ活性、メチルホスホノフルオリデート若しくはチオリン酸エステルの加水分解の触媒を含む活性、又はその組合せを含む、請求項79に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８１】
ハロペルオキシダーゼ活性がクロロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項80に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８２】
V剤が、VX(O-エチル-S-[2(ジイソプロピルアミノ)エチル]メチルホスホノチオエート又はメチルホスホノチオ酸) 、VE(O-エチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]エチルホスホノチオエート)、VG(O,O-ジエチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]ホスホロチオエート)、VM(O-エチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]メチルホスホノチオエート)、VR(ホスホノチオ酸)ソヴィエトV-ガス（ロシアVX）、テトリソ(O,O-ジイソプロピルS-(2-ジイソプロピルアミノエチル)ホスホロチオレート)、又はホスホリルチオコリン含有化合物を含む、請求項79に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８３】
V剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:89、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:127、配列番号:151、配列番号:167、配列番号:171、配列番号:187、又は配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含む、請求項79に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８４】
酵素活性がG剤の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８５】
G剤の加水分解又は除染を含む酵素活性が有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性又はジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を含む、請求項84に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８６】
G剤が、タブン（GA）、サリン（メチルホスホノフルオリデート）（GB）、ソマン（GD）、シクロサリン（GF）又はその組合せを含む、請求項84に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８７】
G剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187又は配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるるポリペプチドを含むか；又は配列番号:72、配列番号:74、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188又は配列番号:192に記載のアミノ酸配列を有するか、又は
プロリダーゼ活性又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有しさらに配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は配列番号:194に記載の配列を有するか；又は配列番号:71に記載の核酸によってコードされるジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性有するポリペプチドを含むか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項84に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８８】
酵素活性がH剤の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８９】
H剤がクロロペルオキシダーゼ活性、デハロゲナーゼ活性又はその組合せを含む、請求項88に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９０】
H剤が、マスタードガス、1 1'チオビス[2クロロエタン]ビス-(2-クロロエチル)スルフィド、ベータ,ベータ'ジクロロエチルスルフィド、2,2'ジクロロエチルスルフィド、ビス(ベータ-クロロエチル)スルフィド、1-クロロ-2(ベータ-クロロジエチルチオ)エタン、又はその組合せを含む、請求項88に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９１】
H剤を加水分解又は除染する酵素が、クロロペルオキシダーゼをコードし、さらに配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65又は配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66又は配列番号:68に記載のアミノ酸配列を含むか、又は
デハロゲナーゼをコードし、さらに配列番号:69又は配列番号:91に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が配列番号:70又は配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項88に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９２】
酵素活性が生物剤の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９３】
酵素活性がハロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項92に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９４】
ハロペルオキシダーゼ活性がクロロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項93に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９５】
生物剤がグラム陰性芽胞である、請求項92に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９６】
グラム陰性芽胞が炭疽（又は炭疽菌（Bacillus anthracis））芽胞を含む、請求項94に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９７】
生物剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65又は配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が、それぞれ配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66又は配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項92に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９８】
酵素活性がP-F結合の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９９】
P-F結合の加水分解又は除染活性を有するポリペプチドが、配列番号:73、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:191又は配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされる、請求項98に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１００】
酵素活性がP-S結合の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０１】
P-S結合の加水分解又は除染活性を有するポリペプチドが、配列番号:1、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:89、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:127、配列番号:151、配列番号:167、配列番号:171、配列番号:187又は配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされる、請求項100に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０２】
酵素活性が有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０３】
有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する酵素が、配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項102に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０４】
酵素活性がアミノペプチダーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０５】
アミノペプチダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:189に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:190に記載のアミノ酸配列を有する、請求項104に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０６】
酵素活性がカルボキシルエステラーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０７】
カルボキシルエステラーゼ活性を有する酵素が、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87又は配列番号:89に記載の配列を有する核酸によってコードされる、請求項106に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０８】
酵素活性がヘム型ペルオキシダーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０９】
ヘム型ペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49又は配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50又は配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有する、請求項108に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１０】
酵素がヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有し、さらに配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有する、請求項109に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１１】
酵素活性が非ヘム型ペルオキシダーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１２】
非ヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、又は配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、又は配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項111に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１３】
酵素活性がデハロゲナーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１４】
デハロゲナーゼ活性を有する酵素が、配列番号:69又は配列番号:91に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:70又は配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項113に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１５】
酵素活性がジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１６】
ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を有する酵素が、配列番号:71に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項115に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１７】
酵素活性が有機リン酸エステラーゼを含み、P-S又はP-F結合を加水分解し、さらにアセチルコリンエステラーゼ-又はブチリルコリンエステラーゼ-阻害物質を解毒することができる、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１８】
酵素活性がハロゲン化反応を含み、過酸化水素及び塩化物、臭化物又はヨウ化物から次亜ハロゲン酸塩を生成する、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１９】
酵素活性が過酸化水素から有機基質への酸素の転移を触媒することを含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２０】
酵素活性がリグニンの化学漂白を含む、請求項119に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２１】
酵素活性が、パルプ又は紙の製造過程におけるリグニンの化学漂白を含む、請求項120に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２２】
酵素活性が農薬、除草剤及び/又は殺虫剤の解毒を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２３】
農薬が、デメトン-S、デメトン-S-メチル、デメトン-S-メチルスルホン、デメトン-メチル、パラチオン、フォスメト、カルボフェノチオン、ベノキサフォス、アジンフォス-メチル、アジンフォス-エチル、アミトン、アミジチオン、シアントエート、ジアリフォス、ジメトエート、ジオキサチオン、ジスルフォトン、エンドチオン、エチオン、エトエート-メチル、フォルモチオン、マラチオン、メルカルバム、オメトエート、オキシデプロフォス、オキシジスルフォトン、フェンカプトン、フォレート、フォサロン、プロチダチオン、プロトエート、ソファミド、チオメトン、ヴァミドチオン、メタミドフォス、又はその組合せを含む、請求項122に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２４】
核酸が熱安定性若しくは耐熱性酵素又はタンパク質をコードする、請求項76から123のいずれか１項に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２５】
ポリペプチドが、約37℃から約95℃、又は約55℃から約85℃、又は約70℃から約75℃、又は約70℃から約95℃、又は約90℃から約95℃の温度範囲を含む条件下で酵素活性を維持するか、又は37℃より高く約95℃、55℃より高く約85℃、又は約70℃から約75℃、又は90℃より高く約95℃の温度範囲、又は約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃の温度範囲を含む条件下で酵素活性を維持する、請求項124に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２６】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃、55℃より高く約85℃、90℃より高く約95℃の範囲の温度に暴露した後、又は約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約75℃、又は約90℃から約95℃の範囲の温度に暴露した後で活性を維持する、請求項124に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２７】
請求項76に記載の配列を含み、さらにシグナル配列を欠く単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２８】
請求項76に記載の配列を含み、さらに異種シグナル配列を有する単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２９】
タンパク質1ミリグラム当たり約100から約1000ユニット、タンパク質1ミリグラム当たり約500から約750ユニット、タンパク質1ミリグラム当たり約500から約1200ユニット、又はタンパク質1ミリグラム当たり約750から約1000ユニットの範囲の約37℃の比活性を有する、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３０】
耐熱性が、高い温度に加熱後にヒドロラーゼの37℃の比活性の少なくとも半分の保持を含む、請求項124に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３１】
ポリペプチドが少なくとも1つのグリコシル化部位を含み、場合によって前記グリコシル化がN-結合グリコシル化であり、場合によって前記ポリペプチドが、P. パストリス（P. pastoris）又はS. ポンベ（S. pombe）での発現後にグリコシル化される、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３２】
ポリペプチド又はペプチドが、約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5又はpH4.0を含む条件下で酵素活性又は結合活性を維持する、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３３】
ポリペプチド又はペプチドが、約pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10又はpH10.5を含む条件下で酵素活性又は結合活性を維持する、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３４】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチドを含むタンパク質調製物であって、前記タンパク質調製物が液体、固体又はゲルを含む、前記タンパク質調製物。
【請求項１３５】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチド及び第二のドメインを含むヘテロダイマーヘテロダイマーであって、場合によって前記第二のドメインがエピトープ又はタグである、前記ヘテロダイマー。
【請求項１３６】
第二のドメインがポリペプチドであり、へテロダイマーが融合タンパク質である、請求項135に記載のヘテロダイマー。
【請求項１３７】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチドを含むホモダイマー。
【請求項１３８】
固定されたポリペプチド又はペプチドであって、前記ポリペプチド又はペプチドが請求項76に記載の配列又はその部分配列を含む、前記固定ポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３９】
ポリペプチド又はペプチドが、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイ、又はキャピラリー管上に固定される、請求項138に記載の固定ポリペプチド又はペプチド。
【請求項１４０】
請求項138又は139に記載の固定ポリペプチド又はペプチドを含むアレイ。
【請求項１４１】
固定された請求項1又は57に記載の核酸を含むアレイ。
【請求項１４２】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチドと特異的に結合する単離、合成又は組換え抗体であって、場合によって前記抗体がモノクローナル又はポリクローナル抗体である、前記単離、合成又は組換え抗体。
【請求項１４３】
請求項76に記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項１４４】
以下の工程を含む、酵素活性を有するか又はタンパク質をコードするポリペプチドを単離又は同定する方法：（a）請求項142に記載の抗体を提供する工程；（b）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；及び（c）工程（b）のサンプルを工程（a）の抗体と、前記抗体が前記ポリペプチドと特異的に結合することができる条件下で接触させ、それによって酵素活性を有するか又はタンパク質をコードするポリペプチドを単離又は同定する工程。
【請求項１４５】
請求項1又は57に記載の核酸又はその部分配列を、液性免疫応答を生じるために十分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗酵素抗体又は抗タンパク質抗体を生成することを含む、抗酵素抗体又は抗タンパク質抗体を生成する方法。
【請求項１４６】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチド又はその部分配列を、液性免疫応答を生じるために十分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗酵素抗体又は抗タンパク質抗体を生成することを含む、抗酵素抗体又は抗タンパク質抗体を生成する方法。
【請求項１４７】
以下の工程を含む、組換えポリペプチドを生成する方法：（a）プロモーターに機能可能に連結された核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項1又は57に記載の配列を含む前記工程；及び（b）工程（a）の核酸を前記ポリペプチドの発現を許容する条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを生成する工程。
【請求項１４８】
さらに、工程（a）の核酸で宿主細胞を形質転換し、続いて工程（a）の核酸を発現させ、それによって組換えポリペプチドを生成する工程を含む、請求項147に記載の方法。
【請求項１４９】
以下の工程を含む、酵素活性を有するか又はタンパク質をコードするポリペプチドを同定する方法：（a）請求項76に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）酵素基質を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドを工程（b）の基質と接触させ、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程であって、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加があれば、酵素活性を有するか又はタンパク質をコードするポリペプチドが検出されたとする、前記工程。
【請求項１５０】
以下の工程を含む、酵素又はタンパク質の基質を同定する方法：（a）請求項76に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）テスト基質を提供する工程；及び（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）のテスト基質と接触させ、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程であって、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加があれば、前記テスト基質が酵素又はタンパク質の基質と同定される、前記工程。
【請求項１５１】
以下の工程を含む、テスト化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法：（a）核酸又は前記核酸を含むベクターを、前記核酸のポリペプチドへの翻訳を許容する条件下で発現させる工程であって、前記核酸が請求項1又は57に記載の配列を有する前記工程；（b）テスト化合物を提供する工程；（c）前記ポリペプチドを前記テスト化合物と接触させる工程；及び（d）工程（b）のテスト化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項１５２】
以下の工程を含む、テスト化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法：（a）請求項76に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）テスト化合物を提供する工程；（c）前記ポリペプチドを前記テスト化合物と接触させる工程；及び（d）工程（b）のテスト化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項１５３】
以下の工程を含む、酵素活性の調節物質を同定する方法：（a）請求項76に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）テスト化合物を提供する工程；（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）のテスト化合物と接触させ、酵素活性を測定する工程であって、テスト化合物の非存在下の酵素活性と比較して、テスト化合物の存在下で測定された酵素活性が変化すれば、前記テスト化合物が酵素活性を調節するという決定がなされる、前記工程。
【請求項１５４】
酵素基質を提供し、さらに基質量の減少若しくは反応生成物量の増加又は基質量の増加若しくは反応生成物量の減少を検出することによって酵素活性が測定され、場合によって、テスト化合物の非存在下での基質量又は反応生成物量と比較して、テスト化合物の存在下で基質量が減少又は反応生成物量が増加すれば、前記テスト化合物が酵素活性のアクチベーターと同定され、さらに場合によって、テスト化合物の非存在下での基質量又は反応生成物量と比較して、テスト化合物の存在下で基質量が増加又は反応生成物量が減少すれば、前記テスト化合物が酵素活性の阻害剤と同定される、請求項153に記載の方法。
【請求項１５５】
プロセッサー及びデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置にはポリペプチド配列又は核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列が請求項76に記載の配列を含み、ポリペプチドが請求項1又は請求項57に記載の核酸によってコードされる、前記コンピュータシステム。
【請求項１５６】
さらに配列比較アルゴリズム、及び少なくとも1つの参照配列が保存された保存装置を含み、場合によって前記配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含み、さらに場合によって前記コンピュータシステムが、前記配列の1つ以上の特徴を同定するアイデンティファイアーを含む、請求項155に記載のコンピュータシステム。
【請求項１５７】
ポリペプチド配列又は核酸配列が保存されてあるコンピュータ読み出し可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が請求項76に記載の配列を含み、ポリペプチドが請求項1又は請求項57に記載の核酸によってコードされる、前記コンピュータ読み出し可能媒体。
【請求項１５８】
以下の工程を含む、配列の特徴を同定する方法：（a）配列内の1つ以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読み取る工程であって、前記配列がポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が請求項76に記載の配列を含み、ポリペプチドが請求項1又は請求項57に記載の核酸によってコードされる、前記工程；及び、（b）前記コンピュータプログラムにより配列の1つ以上の特徴を同定する工程。
【請求項１５９】
（a）配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第一の配列および第二の配列を読み取る工程であって、前記第一の配列がポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が請求項76に記載の配列を含み、ポリペプチドが請求項1又は請求項57に記載の核酸によってコードされる、前記工程；及び、（b）第一の配列と第二の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程を含む、第一の配列を第二の配列と比較する方法であって、
場合によって、第一の配列と第二の配列間の相違を決定する前記工程がさらに多型性を同定する工程を含み、
場合によって、前記方法がさらに配列内の1つ以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーの使用を含み、
場合によって、前記方法がさらにコンピュータプログラムを用いて第一の配列を読み取り、さらに配列内の1つ以上の特徴を同定する工程を含む、
前記第一の配列を第二の配列と比較する方法。
【請求項１６０】
（a）請求項54〜56のいずれか１項に記載の増幅プライマー対を提供する工程；（b）前記環境サンプルから核酸を単離するか、又は前記サンプル内の核酸がハイブリダイゼーションのために前記増幅プライマー対に接近することができるように前記環境サンプルを処理する工程；及び、（c）工程（b）の核酸を工程（a）の増幅プライマー対と一緒にして前記環境サンプルの核酸を増幅し、それによって環境サンプルから酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、又はタンパク質をコードする核酸を単離または回収する工程を含む、環境サンプルから酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を単離または回収する方法であって、
場合によって前記増幅プライマー配列対の各メンバーが、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、及び配列番号:1から配列番号:193の全ての奇数の配列番号を含む配列リストに開示された全核酸に記載の配列の少なくとも約10から50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、前記核酸を単離または回収する方法。
【請求項１６１】
以下の工程を含む、環境サンプルから酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を単離または回収する方法：（a）配列番号:1又は57に記載の配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；（b）前記環境サンプルから核酸を単離するか、又は前記サンプル内の核酸が工程(a)のポリヌクレオチドにハイブリダイゼーションのために接近できるように前記環境サンプルを処理する工程；（c）工程（b）の単離核酸又は処理された環境サンプルを工程(a)のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；さらに（d）工程（a）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって環境サンプルから酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、又はタンパク質をコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１６２】
環境サンプルが、水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプル又は生物学的サンプルを含み、場合によって前記生物学的サンプルが、細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、菌類細胞又は哺乳動物細胞に由来する、請求項160又は161に記載の方法。
【請求項１６３】
（a）請求項1又は57に記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；（b）前記鋳型配列内の1つ以上のヌクレオチドの改変、欠失若しくは付加、又はその組合せを実施して前記鋳型核酸の変種を作出する工程を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、タンパク質をコードする核酸の変種を作出する方法であって、前記方法が、場合によってさらに前記変種核酸を発現させて変種酵素ポリペプチド又は変種タンパク質ポリペプチドを生成する工程を含む、前記核酸の変種を作出する方法。
【請求項１６４】
改変、付加又は欠失が、エラー誘発PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結再アッセンブリ（SLR）及びその組合せを含む方法により導入されるか、又は前記改変、付加または欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、及びその組合せを含む方法によって導入される、請求項163に記載の方法。
【請求項１６５】
方法が、鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性又は安定性とは変異した若しくは異なる活性又は変異した若しくは異なる安定性を有する酵素又はタンパク質が生じるまで反復され、
場合によって、前記変種酵素又はタンパク質ポリペプチドが耐熱性であり、高い温度に暴露された後ある程度の活性を維持するか、又は、前記変種酵素又はタンパク質ポリペプチドが、鋳型核酸によってコードされる酵素又はタンパク質と比較してグリコシル化が高められてあるか、又は、前記変種酵素又はタンパク質ポリペプチドが高温下で活性を有するが鋳型核酸によってコードされる酵素は高温下で活性を示さず、
さらに場合によって、前記方法が、鋳型核酸のコドン使用頻度とは変異したコドン使用頻度を示す酵素又はタンパク質コード配列が生じるまで反復され、又は前記方法が、鋳型核酸のメッセージ発現レベル又は安定性レベルより高い又は低いメッセージ発現レベル又は安定性レベルを有する酵素又はタンパク質遺伝子が生じるまで反復される、
請求項163に記載の方法。
【請求項１６６】
以下の工程を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変して宿主細胞におけるその発現を高める方法：（a）請求項1又は57に記載の配列を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を提供する工程；及び、（b）工程（a）の核酸の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞における前記の発現を増加させる工程であって、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子内のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先コドンまたは前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子内のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１６７】
以下の工程を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸内のコドンを改変する方法：（a）請求項1又は57に記載の配列を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を提供する工程；及び（b）工程（a）の核酸のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置換し、それによって酵素又はタンパク質をコードする核酸内のコドンを改変する工程。
【請求項１６８】
以下の工程を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸内のコドンを改変して、宿主細胞におけるその発現を高める方法：（a）請求項1又は57に記載の配列を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を提供する工程；及び（b）工程（a）の核酸内の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞におけるその発現を高める工程であって、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１６９】
酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸内のコドンを改変して、宿主細胞におけるその発現を低下させる方法であって、前記方法が、（a）請求項1又は57に記載の配列を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を提供する工程；及び（b）工程（a）の核酸内の少なくとも1つの優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞におけるその発現を低下させる工程であって、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである前記工程を含み、さらに場合によって、前記宿主細胞が、細菌細胞、菌類細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、前記核酸内のコドンを改変する方法。
【請求項１７０】
以下の工程を含む、複数の改変された酵素若しくはタンパク質活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作成する方法であって、前記改変される活性部位又は基質結合部位が、第一の活性部位又は第一の基質結合部位をコードする配列を含む第一の核酸に由来する前記方法：
（a）第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする第一の核酸を提供する工程であって、前記第一の核酸配列が、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、及び配列番号:1から配列番号:193の全ての奇数の配列番号を含む配列リストに開示された全核酸に記載の配列、又はその部分配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、さらに前記核酸が酵素若しくはタンパク質活性部位又は酵素若しくはタンパク質基質結合部位をコードする、前記工程；
（b）前記第一の核酸内の複数の標的コドンにおいて天然に存在するアミノ酸変種をコードする一組の変異導入オリゴヌクレオチドを提供する工程；
（c）前記一組の変異導入オリゴヌクレオチドを用いて、変異を導入された各アミノ酸コドンの一連のアミノ酸変種をコードする一組の活性部位コード変種または基質結合部位コード変種核酸を生成し、それによって複数の改変酵素若しくはタンパク質活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作成する工程。
【請求項１７１】
最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結再アッセンブリ(SLR)、エラー誘発PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ及びその組合せを含む方法によって工程（a）の第一の核酸又は変種に変異を導入するか、又は組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成及びその組合せを含む方法によって工程（a）の第一の核酸又は変種に変異を導入することを含む、請求項170に記載の方法。
【請求項１７２】
以下の工程を含む小分子の製造方法：（a）小分子を合成または改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の1つが請求項1又は57に記載の配列を含む核酸によってコードされる酵素を含む、前記工程；（b）工程（a）の酵素の少なくとも１つに対する基質を提供する工程；及び（c）複数の生物触媒反応を促進する条件下で工程（b）の基質を前記酵素と反応させて一連の生物触媒反応により小分子を生成する工程。
【請求項１７３】
以下の工程を含む小分子の改変方法：
（a）酵素を提供する工程であって、前記酵素が、請求項76に記載のポリペプチド、又は請求項1又は57に記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；
（b）小分子を提供する工程；及び
（c）前記酵素によって触媒される酵素反応が促進される条件下で、工程（a）の酵素を工程（b）の小分子と反応させ、それによって小分子を酵素反応により改変する工程；
さらに場合によって、工程（a）の酵素に対する複数の小分子基質の使用を含み、それによって前記酵素により触媒される少なくとも1つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作成する工程；
さらに場合によって、複数の追加される酵素を前記酵素による複数の生物触媒反応を促進する条件下で使用し、前記複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作成する工程；
さらに場合によって、所望の活性を示す特定の小分子がライブラリー内に存在するか否かを決定するために、前記ライブラリーを試験する工程、
さらに場合によって、前記ライブラリーの試験工程が、所望の活性をもつ特定の改変小分子の有無について改変小分子の一部分を試験することによってライブラリー内の複数の改変小分子の前記一部分を生成するために用いられた生物触媒反応の1つ以外の全てを系統的に排除し、所望の活性をもつ特定の改変小分子を生成する少なくとも1つの特異的な生物触媒反応を同定する工程。
【請求項１７４】
（a）酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項76に記載のポリペプチド、又は請求項1又は57に記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；及び（b）工程（a）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、残余の部分配列を酵素活性について試験し、それによって酵素の機能的フラグメントを決定する工程、
を含む、酵素の機能的フラグメントを決定する方法であって、場合によって、前記酵素活性が、酵素基質を提供し、さらに前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出することによって測定される、前記酵素の機能的フラグメントの決定方法。
【請求項１７５】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析によって新規または改変表現型のための全細胞操作の方法：
（a）細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作成する工程であって、前記遺伝的構成が請求項1又は57に記載の配列を含む核酸を細胞に導入することによって改変される、前記工程；
（b）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生じる工程；
（c）工程（b）の細胞培養をリアルタイムでモニターすることによって前記細胞の少なくとも1つの代謝パラメーターを測定する工程；及び
（d）工程（c）のデータを分析して、前記測定パラメーターが同様な条件下における未改変細胞の対応する測定値と異なるか否かを決定し、それによって細胞の操作された表現型をリアルタイム代謝フラックス分析により同定する工程；
さらに場合によって、細胞の遺伝的構成が、細胞内の配列の欠失若しくは改変又は遺伝子発現のノックアウトを含む方法によって改変される工程；
さらに場合によって、新規に操作された表現型を含む細胞を選別する工程；
さらに場合によって、前記選別された細胞を培養し、それによって新規に操作された表現型を含む新規な細胞株を作成する工程。
【請求項１７６】
以下の（a）又は（b）の残基1から14、1から15、1から16、1から17、1から18、1から19、1から20、1から21、1から22、1から23、1から24、1から25、1から26、1から27、1から28、1から28、1から30、1から31、1から32、1から33、1から34、1から35、1から36、1から37、1から38、1から40、1から41、1から42、1から43または1から44、1から45、1から46、1から47に記載の配列から成る、又は本質的に前記配列から成る単離又は組換えシグナル配列（シグナルペプチド）：
（a）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、及び配列番号:2から配列番号:194の全ての偶数の配列番号を含む配列リストに開示された全ポリペプチド；又は
（b）請求項1又は57に記載の配列。
【請求項１７７】
請求項176に記載の配列を有するシグナルペプチド（SP）を含む少なくとも第一のドメイン、及び異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも第二のドメインを含むキメラポリペプチドであって、前記異種ポリペプチド又はペプチドは前記シグナルペプチド（SP）と天然では付随せず、さらに場合によって前記異種ポリペプチド又はペプチドは酵素ではなく、さらに場合によって前記異種ポリペプチド又はペプチチドは、前記シグナルペプチド（SP）又は酵素触媒ドメイン（CD）のアミノ末端、カルボキシル末端、若しくはその両端に存在する、前記キメラポリペプチド。
【請求項１７８】
酵素ポリペプチドの耐熱性又は熱安定性を高める方法であって、前記方法が、請求項76に記載のポリペプチドの少なくとも30の連続するアミノ酸を含むポリペプチド又は請求1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドをグリコシル化し、それによって前記酵素の耐熱性又は熱安定性を高めることを含む、前記耐熱性又は熱安定性を高める方法。
【請求項１７９】
請求項1又は57に記載の核酸配列を含むベクターを発現させることを含む、細胞で組換え酵素を過剰発現させる方法であって、前記過剰発現が、高活性プロモーター、二シストロンベクターの使用によって、又は前記ベクターの遺伝子増幅によって達成される、前記組換え酵素を過剰発現させる方法。
【請求項１８０】
（a）請求項1又は57に記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それによって形質転換植物細胞を作出する工程及び（b）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を作出する工程を含む、トランスジェニック植物の作出方法であって、場合によって工程（a）がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーション又はマイクロインジェクションにより前記異種核酸配列を導入する工程を含み、場合によって工程（a）がさらに、DNA粒子ボンバードメントによって植物組織に直接前記異種核酸配列を導入するか、又はアグロバクテリウム・ツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）宿主を用いて植物細胞DNAに前記異種核酸配列を導入することを含む、前記トランスジェニック植物を作出する方法。
【請求項１８１】
以下の工程を含む、植物細胞で異種核酸配列を発現させる方法：（a）プロモーターに機能可能に連結された異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程であって、前記異種核酸配列が請求項1又は57に記載の配列を含む、前記工程；（b）前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現される条件下で前記植物を生長させる工程。
【請求項１８２】
以下の工程を含む、組成物中の化合物の量を減少させる方法：（a）酵素活性を有するか若しくは請求項76に記載のタンパク質をコードするポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）前記化合物を含む組成物を提供する工程；及び（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と、前記酵素が前記組成物中の化合物を加水分解、脱ハロゲン化、酸化、分解又はプロセッシングする条件下で接触させる工程。
【請求項１８３】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むセルロース含有化合物であって、場合によって前記セルロース含有化合物が、パルプ、紙、紙製品、木材、木材製品、又は紙若しくは木材廃棄物である、前記セルロース含有化合物。
【請求項１８４】
（a）請求項76に記載のクロロペルオキシダーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるクロロペルオキシダーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程；
（b）リグニン又はセルロースを含む化合物を提供する工程；及び、
（c）前記ポリペプチドが酵素的に活性を示し、さらにリグニン又はセルロースが漂白される条件下で、前記化合物を前記ポリペプチドと接触させる工程を含む、
パルプ若しくは紙の製造過程においてリグニン又はセルロースを化学漂白する方法であって、
場合によって前記酵素活性がヘム型ペルオキシダーゼ活性を含み、さらに場合によって前記ヘム型ペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49又は配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50又は配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有し、
さらに場合によって、前記酵素はヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有し、さらに配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有し、
場合によって、前記酵素活性は非ヘム型ペルオキシダーゼ活性を含み、さらに場合によって前記非ヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有する酵素は、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、又は配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素は、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、又は配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有し、
さらに場合によって、前記セルロース又は親油性化合物はパルプ、紙、紙製品、木材、木材製品、又は紙若しくは木材廃棄物を含む、
前記リグニン又はセルロースの化学漂白方法。
【請求項１８５】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物であって、場合によって前記組成物が、食用デリバリー物質、注射可能な液体、錠剤、ゲル、リポソーム、ピル、カプセル、ゲルタブ、ローション、局所適用液体、座薬、散剤、凍結乾燥化合物、泡沫、乳液又はその組み合わせとして処方され、さらに場合によって、前記組成物が、少なくとも2つ又は3つの請求項76に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、場合によって前記組成物中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、前記組成物。
【請求項１８６】
請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物であって、
場合によって、食用デリバリー物質、注射可能な液体、スプレー、錠剤、ゲル、リポソーム、カプセル、ゲルタブ、ヒドロゲル、ローション、局所適用液体、座薬、エーロゾル、散剤、凍結乾燥化合物、噴射剤、泡沫、乳液、ナノ構造物、インプラント又はその組合せとして処方され、
場合によって前記組成物中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、
前記医薬組成物。
【請求項１８７】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むナノ構造物であって、
場合によって前記ナノ構造物がナノチューブ又はナノファイバーを含み、
さらに場合によって前記組成物が、少なくとも2つ又は3つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、
前記ナノ構造物。
【請求項１８８】
請求項76に記載の配列を有するか又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされる、凍結乾燥されたポリペプチド。
【請求項１８９】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、除染、中和又は解毒用組成物であって、
場合によって前記除染又は解毒用組成物が、食用デリバリー物質、注射可能な液体、錠剤、ゲル、リポソーム、カプセル、ゲルタブ、ローション、局所適用液体、座薬、散剤、凍結乾燥化合物、泡沫、乳液、又はその組合せとして処方され、
場合によって前記組成物が、少なくとも2つ又は3つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、場合によって前記組成物中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、
前記組成物。
【請求項１９０】
さらに界面活性剤、乳化剤、起泡剤又はその組合せを含む、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９１】
組成物が農薬、除草剤及び/又は殺虫剤の解毒剤として処方される、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９２】
組成物が神経ガス解毒剤として処方される、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９３】
組成物がハロペルオキシダーゼ酵素を含む場合、前記組成物はまた亜ハロゲン酸塩成分を含み、さらに場合によって前記亜ハロゲン酸塩成分は亜塩素酸塩成分を含み、さらに場合によって前記亜塩素酸塩成分は亜塩素酸ナトリウム又は亜ヨウ素酸ナトリウムを含む、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９４】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む製品。
【請求項１９５】
製品がハロペルオキシダーゼ酵素を含むとき、前記組成物はまた亜ハロゲン酸塩成分を含み、場合によって前記亜ハロゲン酸塩成分は亜塩素酸塩成分を含み、さらに場合によって前記亜塩素酸塩成分は亜塩素酸ナトリウム又は亜ヨウ素酸ナトリウムを含む、請求項194に記載の製品。
【請求項１９６】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む布、織物材料又は繊維であって、
場合によって、前記少なくとも1つのポリペプチドが、布、織物材料、又は繊維の表面に固定されるか、又は前記少なくとも1つのポリペプチドが、布、織物材料又は繊維のコーティング若しくは被覆の成分であるか、または布、織物材料、又は繊維中に埋め込まれるか若しくは塗りつけられた処方物であり、
場合によって前記組成物が、少なくとも2つ又は3つのポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、
前記布、織物材料又は繊維。
【請求項１９７】
少なくとも2、3、4、5又は6つの異なる種類の酵素の混合物を含み、場合によって各種類の酵素が異なる毒性物質又は生物剤を解毒する、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９８】
少なくも1つのデハロゲナーゼ、少なくとも1つのハロペルオキシダーゼ、及び少なくとも1つの有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）を含む、少なくとも3つの異なる種類の酵素の混合物を含み、場合によって前記ハロペルオキシダーゼがクロロペルオキシダーゼである、請求項197に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９９】
（a）デハロゲナーゼが、配列番号:69若しくは配列番号:91に記載の配列を有するポリペプチドであるか、又は配列番号:70若しくは配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有するか、又は（b）クロロペルオキシダーゼが、配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有するヘム型クロロペルオキシダーゼであるか、又は（c）ハロペルオキシダーゼが、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49若しくは配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるヘム型ペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50若しくは配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有するか、又は（d）ハロペルオキシダーゼが、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされる非ヘム型クロロペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有するか、又は（e）前記有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）が、配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載の配列を有する、請求項198に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２００】
少なくも1つのジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）及び少なくとも1つのハロペルオキシダーゼを含み、さらに場合によって前記ハロペルオキシダーゼがクロロペルオキシダーゼである、請求項197に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０１】
ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）、有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）及びハロペルオキシダーゼを含む、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０２】
DFPase及び/又はOPAAが、G剤の除染、中和又は解毒に用いられ、ハロペルオキシダーゼ又はクロロペルオキシダーゼ（CPO）が、V剤、H剤及び/又は生物剤の除染、中和又は解毒に用いられ、場合によって前記生物剤が細菌の芽胞である、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０３】
さらにデハロゲナーゼを含む、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０４】
さらにコリンエステラーゼを含む、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０５】
ジイソプロピル-フルオロホスファターゼ（DFPase）活性が、配列番号:71に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０６】
ハロペルオキシダーゼがクロロペルオキシダーゼである、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０７】
クロロペルオキシダーゼが、配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有するヘム型クロロペルオキシダーゼであるか；又はハロペルオキシダーゼが、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49若しくは配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるヘム型ペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50若しくは配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有するか；又はハロペルオキシダーゼが、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされる非ヘム型クロロペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項206に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０８】
有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性が、配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０９】
少なくも1つのデハロゲナーゼ（DH）及び少なくとも1つのハロペルオキシダーゼを含む少なくとも2つの異なる種類の酵素の混合物を含み、場合によって前記ハロペルオキシダーゼがクロロペルオキシダーゼ（CPO）である、請求項197に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１０】
デハロゲナーゼ及びハロペルオキシダーゼがH剤の除染、中和又は解毒に用いられる、請求項209に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１１】
ハロペルオキシダーゼが、配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有するヘム型クロロペルオキシダーゼであるか；又はハロペルオキシダーゼが、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49若しくは配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるヘム型ペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50若しくは配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有するか；又はハロペルオキシダーゼが、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされる非ヘム型クロロペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項209に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１２】
デハロゲナーゼが、配列番号:69若しくは配列番号:91に記載の配列を有するか、又は配列番号:70若しくは配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項209に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１３】
さらに、少なくとも1つのジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）、有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）及び/又はコリンエステラーゼを添加して、G剤を除染、中和又は解毒する、請求項209に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１４】
ジイソプロピル-フルオロホスファターゼが配列番号:71に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項213に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１５】
有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性が配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項213に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１６】
少なくも1つのデハロゲナーゼ（DH）酵素及び少なくとも1つの有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）を含む少なくとも2つの異なるクラスの酵素の混合物を含む、請求項197に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１７】
デハロゲナーゼを用いてH剤を除染、中和又は解毒し、さらに有機リン酸アンヒドロラーゼを用いてG剤を除染、中和又は解毒する、請求項216に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１８】
さらに少なくとも1つのハロペルオキシダーゼを含み、H剤の除染、中和又は解毒が強化される、請求項216に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１９】
さらにハロペルオキシダーゼを含む請求項216に記載の除染、中和又は解毒用組成物であって、場合によって前記組成物が亜ハロゲン酸塩成分も含み、場合によって前記亜ハロゲン酸塩成分が亜ヨウ素酸塩又は亜塩素酸塩成分を含み、さらに場合によって前記亜ヨウ素酸塩又は亜塩素酸塩成分が亜塩素酸ナトリウム若しくは亜ヨウ素酸ナトリウム又は等価の成分を含む、前記除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２２０】
さらに少なくとも1つのジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）及び/又はコリンエステラーゼ酵素を含み、G剤のOPAA除染、中和又は解毒を補填する、請求項216に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２２１】
請求項189から193のいずれかの項又は請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物を含む起泡剤であって、場合によって前記起泡剤中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、前記起泡剤。
【請求項２２２】
請求項189から193のいずれかの項又は請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物を含む乳化剤又は界面活性剤であって、場合によって前記起泡剤又は界面活性剤中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、前記乳化剤又は界面活性剤。
【請求項２２３】
請求項189から193のいずれかの項又は請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物を含む塗料又はコーティングであって、場合によって前記塗料又はコーティング中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、前記塗料又はコーティング。
【請求項２２４】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を適用又は投与することを含む、毒性物質を除染、中和又は解毒する方法。
【請求項２２５】
組成物が、食用デリバリー物質、注射可能な液体、錠剤、ゲル、リポソーム、カプセル、ゲルタブ、ローション、局所適用液体、座薬、散剤、凍結乾燥化合物、泡沫、乳液、又はその組合せとして処方される、請求項224に記載の方法。
【請求項２２６】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を適用又は投与することを含む、V剤、H剤、G剤又は生物剤の毒性作用を防ぐ方法。
【請求項２２７】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を含む、ガスマスク。
【請求項２２８】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を含む、空気フィルター又は水フィルター。
【請求項２２９】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を含む、農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤であって、
場合によって前記組成物中の酵素が、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、
前記農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３０】
組成物が、P-S又はP-F結合を加水分解する有機リン酸エステラーゼを含む、請求項229に記載の農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３１】
有機リン酸エステラーゼが、アセチル-コリンエステラーゼ又はブチリルコリンエステラーゼの阻害物質として作用する、請求項230に記載の農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３２】
農薬が、デメトン-S、デメトン-S-メチル、デメトン-S-メチルスルホン、デメトン-メチル、パラチオン、フォスメト、カルボフェノチオン、ベノキサフォス、アジンフォス-メチル、アジンフォス-エチル、アミトン、アミジチオン、シアントエート、ジアリフォス、ジメトエート、ジオキサチオン、ジスルフォトン、エンドチオン、エチオン、エトエート-メチル、フォルモチオン、マラチオン、メルカルバム、オメトエート、オキシデプロフォス、オキシジスルフォトン、フェンカプトン、フォレート、フォサロン、プロチダチオン、プロトエート、ソファミド、チオメトン、ヴァミドチオン、メタミドフォス、又はその組合せを含む、請求項229に記載の農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３３】
組成物が、コーティング、塗料、泡沫、液体、ゲル、ローション、界面活性剤、散剤又は乳化剤として処方されるか、又は前記と一緒に処方される、請求項229に記載の農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３４】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物、又は請求項228から232のいずれかの項に記載の農薬の除染、中和若しくは解毒剤を適用又は投与することを含む、農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤を除染、中和又は解毒する方法。
【請求項２３５】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物、又は請求項228から232のいずれかの項に記載の農薬の除染、中和若しくは解毒剤を適用又は投与することを含む、農薬、除草剤及び/又は殺虫剤の毒性作用を防ぐ方法。
【請求項１】
（a）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191又は配列番号:193と少なくとも約25、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、又はそれより大きい残基の領域にわたって少なくとも約50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、又は完全な（100％）配列同一性を有する配列を含む単離、合成又は組換え核酸であって、
エステラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、クロロペルオキシダーゼ（CPO）活性、ヘム型（hCPO）又は非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、及び/又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードするか、又は、配列番号:2から配列番号:194を含む、配列表中の偶数の配列番号のいずれかを含む配列を有するポリペプチドと特異的に結合する抗体を生成することができるポリペプチド又はペプチドをコードし、
場合によって前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、又は目視精査によって決定される、前記単離、合成又は組換え核酸；
（b）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191又は配列番号:193を含む核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸配列を含む単離、合成又は組換え核酸であって、
エステラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、クロロペルオキシダーゼ（CPO）活性、ヘム型（hCPO）又は非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、及び/又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードするか、又は、配列番号:2から配列番号:194を含む、配列リスト中の偶数の配列番号のいずれかを含む配列を有するポリペプチドと特異的に結合する抗体を生成することができるポリペプチド又はペプチドをコードし、
前記ストリンジェントな条件が、約65℃の温度にて約15分間の0.2ｘSSC中での洗浄を含む洗浄工程を含み、
場合によって、少なくとも20、30、40、50、60、75、100、150、200、225、250、275、300、350、400、500、600、700、800、900、1000若しくはそれより大きい残基、又は完全長の遺伝子若しくは転写物である、前記単離、合成又は組換え核酸；
（c）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:143、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192又は配列番号:194の20、30、40、50、60、75、100、150、200、225、250、275、300、350、400又はそれより大きい残基に記載の配列を有するポリペプチド又はペプチドをコードする核酸配列を含む単離、合成又は組換え核酸であって、
エステラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、クロロペルオキシダーゼ（CPO）活性、ヘム型（hCPO）又は非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、及び/又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードするか、又は、配列番号:2から配列番号:194を含む、配列リスト中の偶数の配列番号のいずれかを含む配列を有するポリペプチドと特異的に結合する抗体を生成することができるポリペプチド又はペプチドをコードする、前記単離、合成又は組換え核酸；又は
（d）（a）、（b）又は（c）と相補的な核酸配列を含む、単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２】
配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、又は配列番号:193に記載の配列を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３】
配列比較アルゴリズムが、BLASTバージョン2.2.2アルゴリズムであり、ここでフィルタリング設定がblastall p blastp d“nr pataa” F Fに設定され、他の全てのオプションが規定値に設定される、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４】
酵素活性が解毒又は除染活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５】
酵素活性がV剤の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項６】
酵素活性がV剤の加水分解又は除染を含むか、又は酵素活性がハロペルオキシダーゼ活性、又はメチルホスホノフルオリデート若しくはチオリン酸エステルの加水分解を触媒する含む活性、又はその組合せを含む、請求項5に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項７】
ハロペルオキシダーゼ活性がクロロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項6に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項８】
V剤が、VX(O-エチル-S-[2(ジイソプロピルアミノ)エチル]メチルホスホノチオエート又はメチルホスホノチオ酸) 、VE(O-エチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]エチルホスホノチオエート)、VG(O,O-ジエチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]ホスホロチオエート)、VM(O-エチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]メチルホスホノチオエート)、VR(ホスホノチオ酸)ソヴィエトV-ガス（ロシアVX）、テトリソ(O,O-ジイソプロピルS-(2-ジイソプロピルアミノエチル)ホスホロチオレート)、又はホスホリルチオコリン含有化合物を含む、請求項5に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項９】
V剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:1、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:89、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:127、配列番号:151、配列番号:167、配列番号:171、配列番号:187、若しくは配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチド、又は配列番号:2、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:90、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:128、配列番号:152、配列番号:168、配列番号:172、配列番号:189若しくは配列番号:192に記載のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む、請求項5に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１０】
酵素活性がG剤の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１１】
G剤の加水分解又は除染を含む酵素活性が有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を含む、請求項10に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１２】
G剤が、タブン（GA）、サリン（メチルホスホノフルオリデート）（GB）、ソマン（GD）、シクロサリン（GF）又はその組合せを含む、請求項10に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１３】
G剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:73、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187若しくは配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチド；又はプロリダーゼ活性若しくは有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有し、さらに配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか又は配列番号:194に記載の配列を有するポリペプチドを含む、請求項5に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１４】
酵素活性がH剤の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１５】
H剤がクロロペルオキシダーゼ活性、デハロゲナーゼ活性又はその組合せを含む、請求項14に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１６】
H剤が、マスタードガス、1 1'チオビス[2クロロエタン]ビス-(2-クロロエチル)スルフィド、ベータ,ベータ'ジクロロエチルスルフィド、2,2'ジクロロエチルスルフィド、ビス(ベータ-クロロエチル)スルフィド、1-クロロ-2(ベータ-クロロジエチルチオ)エタン、又はその組合せを含む、請求項14に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１７】
H剤を加水分解又は除染する酵素が、クロロペルオキシダーゼをコードし、さらに配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を含むか、又は
デハロゲナーゼをコードし、かつ配列番号:69若しくは配列番号:91に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が配列番号:70若しくは配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項14に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１８】
酵素活性が生物剤の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項１９】
酵素活性がクロロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項18に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２０】
生物剤がグラム陰性芽胞である、請求項18に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２１】
グラム陰性芽胞が炭疽（又は炭疽菌（Bacillus anthracis））芽胞を含む、請求項20に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２２】
生物剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項18に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２３】
酵素活性がP-F結合の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２４】
P-F結合の加水分解又は除染活性を有するポリペプチドが、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:191若しくは配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72、配列番号:74、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:192若しくは配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項23に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２５】
酵素活性がP-S結合の加水分解又は除染を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２６】
P-S結合の加水分解又は除染活性を有するポリペプチドが、配列番号:1、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:89、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:127、配列番号:151、配列番号:167、配列番号:171、配列番号:187若しくは配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:90、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:128、配列番号:152、配列番号:168、配列番号:172、配列番号:188若しくは配列番号:192に記載のアミノ酸配列を有する、請求項25に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２７】
酵素活性が有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２８】
有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する酵素が、配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項27に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２９】
酵素活性がアミノペプチダーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３０】
アミノペプチダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:189に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:190に記載のアミノ酸配列を有する、請求項27に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３１】
酵素活性がカルボキシルエステラーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３２】
カルボキシルエステラーゼ活性を有する酵素が、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87又は配列番号:89に記載の配列を有する核酸によってコードされる、請求項27に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３３】
酵素活性がヘム型ペルオキシダーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３４】
ヘム型ペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49若しくは配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50若しくは配列番号:52に記載の配列を有する、請求項33に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３５】
酵素がヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有し、さらに配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有する、請求項34に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３６】
酵素活性が非ヘム型ペルオキシダーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３７】
非ヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項37に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３８】
酵素活性がデハロゲナーゼ活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項３９】
デハロゲナーゼ活性を有する酵素が、配列番号:69若しくは配列番号:91に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:70若しくは配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項38に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４０】
酵素活性がジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４１】
ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を有する酵素が、配列番号:71に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項38に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４２】
酵素活性が有機リン酸エステラーゼ活性を含み、P-S又はP-F結合を加水分解し、さらにアセチルコリンエステラーゼ-又はブチリルコリンエステラーゼ-阻害物質を解毒することができる、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４３】
酵素活性がハロゲン化反応を含み、過酸化水素及び塩化物、臭化物又はヨウ化物から次亜ハロゲン酸塩を生成する、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４４】
酵素活性が過酸化水素から有機基質への酸素の転移を触媒することを含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４５】
酵素活性がリグニンの化学漂白を含む、請求項44に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４６】
酵素活性が、パルプ又は紙の製造過程におけるリグニンの化学漂白を含む、請求項45に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４７】
酵素活性が農薬、除草剤及び/又は殺虫剤の解毒を含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４８】
農薬が、デメトン-S、デメトン-S-メチル、デメトン-S-メチルスルホン、デメトン-メチル、パラチオン、フォスメト、カルボフェノチオン、ベノキサフォス、アジンフォス-メチル、アジンフォス-エチル、アミトン、アミジチオン、シアントエート、ジアリフォス、ジメトエート、ジオキサチオン、ジスルフォトン、エンドチオン、エチオン、エトエート-メチル、フォルモチオン、マラチオン、メルカルバム、オメトエート、オキシデプロフォス、オキシジスルフォトン、フェンカプトン、フォレート、フォサロン、プロチダチオン、プロトエート、ソファミド、チオメトン、ヴァミドチオン、メタミドフォス、又はその組合せを含む、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項４９】
核酸が熱安定性又は耐熱性酵素又はタンパク質をコードする、請求項48に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５０】
酵素又はタンパク質が、約37℃から約95℃、又は約55℃から約85℃、又は約70℃から約75℃、又は約70℃から約95℃、又は約90℃から約95℃の温度範囲を含む条件下で活性を維持するか、又は37℃より高く約95℃、55℃より高く約85℃、又は約70℃から約75℃、又は約90℃より高く約95℃までの温度範囲、又は約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃の温度範囲を含む条件下で酵素活性を維持する、請求項49に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５１】
酵素又はタンパク質が、37℃より高く約95℃まで、55℃より高く約85℃まで、90℃より高く約95℃までの範囲の温度に暴露した後、又は約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約75℃、又は約90℃から約95℃までの範囲の温度に暴露した後で活性を維持する、請求項49に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５２】
ヒドロラーゼ活性、エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、ヘム型（hCPO）若しくは非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、
（a）請求項1に記載の配列、又は
（b）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191又は配列番号:193記載の配列、
の少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250又はそれより大きい連続する塩基を含む核酸の少なくとも10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250又はそれより大きい連続する塩基を含み、
結合又はハイブリダイゼーションによって前記核酸を同定する、前記核酸プローブ。
【請求項５３】
プローブが、少なくとも約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、約60から100、又は約50から150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項49に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項５４】
酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、又はタンパク質をコードする核酸を増幅する増幅プライマー対であって、前記プライマー対が、
（a）請求項1に記載の配列、若しくはその部分配列を含む核酸、又は
（b）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191又は配列番号:193の少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250又はそれより大きい連続する塩基を含む核酸を含む核酸、
を増幅することができ、前記増幅プライマー対のメンバーが、前記配列の少なくとも約10から50の連続する塩基、又は前記配列の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40若しくはそれより大きい連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、前記増幅プライマー対。
【請求項５５】
増幅プライマー対が、ヒドロラーゼ活性、エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、ヘム型（hCPO）若しくは非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する、請求項54に記載の増幅プライマー対。
【請求項５６】
（a）又は（b）の核酸の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、42、33、34、35又はそれより大きい残基によって示される配列を有する第一のメンバー、及び前記第一のメンバーの相補鎖の最初の（5'の）約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、42、33、34、35又はそれより大きい残基によって示される配列を有する第二のメンバーを含む、請求項54に記載の増幅プライマー対。
【請求項５７】
請求項54〜56のいずれか１項に記載の増幅プライマー対を用いるポリヌクレオチドの増幅によって生成される、酵素コード核酸又はタンパク質コード核酸。
【請求項５８】
増幅がポリメラーゼ連鎖反応（PCR）による、請求項57に記載の酵素コード核酸又はタンパク質コード核酸。
【請求項５９】
核酸が遺伝子ライブラリーの増幅によって生成され、さらに場合によって前記遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項57に記載の酵素コード核酸又はタンパク質コード核酸。
【請求項６０】
酵素活性を有するか、請求項57に記載の配列を有する核酸によってコードされる、単離、合成又は組換えポリペプチド。
【請求項６１】
請求項54〜56のいずれか１項に記載の増幅プライマー対を用いて鋳型核酸を増幅することを含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、又はタンパク質をコードする核酸を増幅する方法であって、前記増幅プライマー対が、請求項1に記載の核酸配列又はその部分配列を増幅させることができる、前記核酸の増幅方法。
【請求項６２】
請求項1又は57に記載の配列を含む核酸を含む発現カセット。
【請求項６３】
請求項1又は57に記載の配列を含む核酸を含むベクター。
【請求項６４】
請求項1又は57に記載の配列を含む核酸を含むクローニングビヒクルであって、前記クローニングビヒクルが、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージ又は人工染色体である、前記クローニングビヒクル。
【請求項６５】
ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ関連ウイルスベクターを含む、請求項64に記載のクローニングビヒクル。
【請求項６６】
請求項1又は57に記載の配列を含む、細菌人工染色体（BAC）、バクテリオファージP1-由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）、又は哺乳動物人工染色体（MAC）。
【請求項６７】
請求項1又は57に記載の配列を含む核酸、又は請求項62に記載の発現カセット、又は請求項64に記載のクローニングビヒクル、又は請求項66に記載の細菌人工染色体（BAC）、バクテリオファージP1-由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）若しくは哺乳動物人工染色体（MAC）を含む形質転換細胞。
【請求項６８】
細菌細胞、哺乳動物細胞、菌類細胞、酵母細胞、昆虫細胞、又は植物細胞である、請求項67に記載の形質転換細胞。
【請求項６９】
請求項1又は57に記載の配列を含む非ヒトトランスジェニック動物であって、場合によって前記動物がマウス、ヤギ、ウサギ、ヒツジ、ブタ、ウシ又はラットである、前記非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項７０】
請求項1又は57に記載の配列を含むトランスジェニック植物であって、場合によって前記植物が、トウモロコシ、ソルガム、ジャガイモ、トマト、コムギ、脂肪種子植物、ナタネ、ダイズ、イネ、オオムギ、牧草、又はタバコである、前記トランスジェニック植物。
【請求項７１】
請求項1又は57に記載の配列を含むトランスジェニック種子であって、場合によって前記種子が、トウモロコシの種子、コムギの穀粒、脂肪種子、ナタネ、ダイズ種子、ヤシ核、ヒマワリ種子、ゴマ種子、コメ、オオムギ、落花生、又はタバコ種子である、前記トランスジェニック種子。
【請求項７２】
請求項1若しくは57に記載の配列又はその部分配列に対して相補的であるか、又は前記配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、場合によって前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、又は約60から100塩基の間の長さを有する、前記アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項７３】
細胞内の酵素コードメッセージ又はタンパク質コードメッセージの翻訳を阻害する方法であって、前記方法が、請求項1又は57に記載の配列に対して相補的であるか、又は前記配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞に投与するか、又は細胞内で発現させることを含む、前記メッセージの翻訳を阻害する方法。
【請求項７４】
請求項1又は57に記載の配列の部分配列を含む二本鎖阻害性RNA（RNAi）分子であって、
場合によって前記RNAiがsiRNA又はmiRNA分子であるか、又は、
場合によって前記RNAiが約11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25又はそれより大きい長さの二本鎖ヌクレオチドであり、
場合によって前記RNAiがsiRNA又はmiRNA分子である、
前記二本鎖阻害性分子。
【請求項７５】
請求項74に記載の二本鎖阻害性RNA（RNAi）を細胞に投与するか、又は前記RNAiを細胞で発現させることを含む、酵素又はタンパク質の発現を阻害する方法。
【請求項７６】
（a）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:143、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192又は配列番号:194と少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、80、90、100、125、150、175、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、又はそれより大きい残基の領域にわたって、少なくとも約50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77%、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％若しくはそれより高い、又は完全な（100％）配列同一性を有する単離、合成又は組換えポリペプチドであって、場合によって前記配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いる分析によって、又は目視精査によって決定される、前記単離、合成又は組換えポリペプチド、
又は、（ii）請求項1に記載の核酸によってコードされる単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチドであって、
前記（i）又は（ii）のポリペプチド又はペプチドは、エステラーゼ活性、有機リン酸エステラーゼ活性、有機リン酸ヒドロラーゼ活性、カルボキシルエステラーゼ活性、ハロペルオキシダーゼ活性、クロロペルオキシダーゼ（CPO）活性、ヘム型（hCPO）又は非ヘムクロロペルオキシダーゼ（nhCPO）活性、ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性、デハロゲナーゼ活性、オキシドレダクターゼ活性、プロリダーゼ活性、イミドジペプチダーゼ活性、及び/又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有するか、又は、配列番号:2から配列番号:194を含む配列リスト中の偶数の配列番号のいずれかを含む配列を有するポリペプチドと特異的に結合する抗体を生成することができるポリペプチド又はペプチドをコードする、前記単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項７７】
配列比較アルゴリズムが、BLASTバージョン2.2.2アルゴリズムを含み、ここでフィルタリング設定がblastall p blastp d “nr pataa” F Fに設定され、他の全てのオプションが規定値に設定される、請求項1に記載の単離、合成又は組換え核酸。
【請求項７８】
酵素活性が解毒又は除染活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項７９】
酵素活性がV剤の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８０】
V剤の加水分解又は除染を含む酵素活性が、ハロペルオキシダーゼ活性、メチルホスホノフルオリデート若しくはチオリン酸エステルの加水分解の触媒を含む活性、又はその組合せを含む、請求項79に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８１】
ハロペルオキシダーゼ活性がクロロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項80に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８２】
V剤が、VX(O-エチル-S-[2(ジイソプロピルアミノ)エチル]メチルホスホノチオエート又はメチルホスホノチオ酸) 、VE(O-エチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]エチルホスホノチオエート)、VG(O,O-ジエチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]ホスホロチオエート)、VM(O-エチル-S-[2-(ジエチルアミノ)エチル]メチルホスホノチオエート)、VR(ホスホノチオ酸)ソヴィエトV-ガス（ロシアVX）、テトリソ(O,O-ジイソプロピルS-(2-ジイソプロピルアミノエチル)ホスホロチオレート)、又はホスホリルチオコリン含有化合物を含む、請求項79に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８３】
V剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:89、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:127、配列番号:151、配列番号:167、配列番号:171、配列番号:187、又は配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含む、請求項79に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８４】
酵素活性がG剤の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８５】
G剤の加水分解又は除染を含む酵素活性が有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性又はジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を含む、請求項84に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８６】
G剤が、タブン（GA）、サリン（メチルホスホノフルオリデート）（GB）、ソマン（GD）、シクロサリン（GF）又はその組合せを含む、請求項84に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８７】
G剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187又は配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされるるポリペプチドを含むか；又は配列番号:72、配列番号:74、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:144、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188又は配列番号:192に記載のアミノ酸配列を有するか、又は
プロリダーゼ活性又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有しさらに配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は配列番号:194に記載の配列を有するか；又は配列番号:71に記載の核酸によってコードされるジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性有するポリペプチドを含むか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項84に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８８】
酵素活性がH剤の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項８９】
H剤がクロロペルオキシダーゼ活性、デハロゲナーゼ活性又はその組合せを含む、請求項88に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９０】
H剤が、マスタードガス、1 1'チオビス[2クロロエタン]ビス-(2-クロロエチル)スルフィド、ベータ,ベータ'ジクロロエチルスルフィド、2,2'ジクロロエチルスルフィド、ビス(ベータ-クロロエチル)スルフィド、1-クロロ-2(ベータ-クロロジエチルチオ)エタン、又はその組合せを含む、請求項88に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９１】
H剤を加水分解又は除染する酵素が、クロロペルオキシダーゼをコードし、さらに配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65又は配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66又は配列番号:68に記載のアミノ酸配列を含むか、又は
デハロゲナーゼをコードし、さらに配列番号:69又は配列番号:91に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が配列番号:70又は配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項88に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９２】
酵素活性が生物剤の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９３】
酵素活性がハロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項92に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９４】
ハロペルオキシダーゼ活性がクロロペルオキシダーゼ活性を含む、請求項93に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９５】
生物剤がグラム陰性芽胞である、請求項92に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９６】
グラム陰性芽胞が炭疽（又は炭疽菌（Bacillus anthracis））芽胞を含む、請求項94に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９７】
生物剤を加水分解又は除染する酵素が、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65又は配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるポリペプチドを含むか、又は前記酵素が、それぞれ配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66又は配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項92に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９８】
酵素活性がP-F結合の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項９９】
P-F結合の加水分解又は除染活性を有するポリペプチドが、配列番号:73、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:191又は配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされる、請求項98に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１００】
酵素活性がP-S結合の加水分解又は除染を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０１】
P-S結合の加水分解又は除染活性を有するポリペプチドが、配列番号:1、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:89、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:127、配列番号:151、配列番号:167、配列番号:171、配列番号:187又は配列番号:191に記載の配列を有する核酸によってコードされる、請求項100に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０２】
酵素活性が有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０３】
有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性を有する酵素が、配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項102に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０４】
酵素活性がアミノペプチダーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０５】
アミノペプチダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:189に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:190に記載のアミノ酸配列を有する、請求項104に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０６】
酵素活性がカルボキシルエステラーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０７】
カルボキシルエステラーゼ活性を有する酵素が、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87又は配列番号:89に記載の配列を有する核酸によってコードされる、請求項106に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０８】
酵素活性がヘム型ペルオキシダーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１０９】
ヘム型ペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49又は配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50又は配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有する、請求項108に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１０】
酵素がヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有し、さらに配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有する、請求項109に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１１】
酵素活性が非ヘム型ペルオキシダーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１２】
非ヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、又は配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、又は配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項111に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１３】
酵素活性がデハロゲナーゼ活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１４】
デハロゲナーゼ活性を有する酵素が、配列番号:69又は配列番号:91に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:70又は配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項113に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１５】
酵素活性がジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１６】
ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）活性を有する酵素が、配列番号:71に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項115に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１７】
酵素活性が有機リン酸エステラーゼを含み、P-S又はP-F結合を加水分解し、さらにアセチルコリンエステラーゼ-又はブチリルコリンエステラーゼ-阻害物質を解毒することができる、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１８】
酵素活性がハロゲン化反応を含み、過酸化水素及び塩化物、臭化物又はヨウ化物から次亜ハロゲン酸塩を生成する、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１１９】
酵素活性が過酸化水素から有機基質への酸素の転移を触媒することを含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２０】
酵素活性がリグニンの化学漂白を含む、請求項119に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２１】
酵素活性が、パルプ又は紙の製造過程におけるリグニンの化学漂白を含む、請求項120に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２２】
酵素活性が農薬、除草剤及び/又は殺虫剤の解毒を含む、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２３】
農薬が、デメトン-S、デメトン-S-メチル、デメトン-S-メチルスルホン、デメトン-メチル、パラチオン、フォスメト、カルボフェノチオン、ベノキサフォス、アジンフォス-メチル、アジンフォス-エチル、アミトン、アミジチオン、シアントエート、ジアリフォス、ジメトエート、ジオキサチオン、ジスルフォトン、エンドチオン、エチオン、エトエート-メチル、フォルモチオン、マラチオン、メルカルバム、オメトエート、オキシデプロフォス、オキシジスルフォトン、フェンカプトン、フォレート、フォサロン、プロチダチオン、プロトエート、ソファミド、チオメトン、ヴァミドチオン、メタミドフォス、又はその組合せを含む、請求項122に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２４】
核酸が熱安定性若しくは耐熱性酵素又はタンパク質をコードする、請求項76から123のいずれか１項に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２５】
ポリペプチドが、約37℃から約95℃、又は約55℃から約85℃、又は約70℃から約75℃、又は約70℃から約95℃、又は約90℃から約95℃の温度範囲を含む条件下で酵素活性を維持するか、又は37℃より高く約95℃、55℃より高く約85℃、又は約70℃から約75℃、又は90℃より高く約95℃の温度範囲、又は約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃の温度範囲を含む条件下で酵素活性を維持する、請求項124に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２６】
ポリペプチドが、37℃より高く約95℃、55℃より高く約85℃、90℃より高く約95℃の範囲の温度に暴露した後、又は約1℃から約5℃、約5℃から約15℃、約15℃から約25℃、約25℃から約37℃、約37℃から約95℃、約55℃から約85℃、約70℃から約75℃、又は約90℃から約95℃の範囲の温度に暴露した後で活性を維持する、請求項124に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２７】
請求項76に記載の配列を含み、さらにシグナル配列を欠く単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２８】
請求項76に記載の配列を含み、さらに異種シグナル配列を有する単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１２９】
タンパク質1ミリグラム当たり約100から約1000ユニット、タンパク質1ミリグラム当たり約500から約750ユニット、タンパク質1ミリグラム当たり約500から約1200ユニット、又はタンパク質1ミリグラム当たり約750から約1000ユニットの範囲の約37℃の比活性を有する、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３０】
耐熱性が、高い温度に加熱後にヒドロラーゼの37℃の比活性の少なくとも半分の保持を含む、請求項124に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３１】
ポリペプチドが少なくとも1つのグリコシル化部位を含み、場合によって前記グリコシル化がN-結合グリコシル化であり、場合によって前記ポリペプチドが、P. パストリス（P. pastoris）又はS. ポンベ（S. pombe）での発現後にグリコシル化される、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３２】
ポリペプチド又はペプチドが、約pH6.5、pH6.0、pH5.5、pH5.0、pH4.5又はpH4.0を含む条件下で酵素活性又は結合活性を維持する、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３３】
ポリペプチド又はペプチドが、約pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10又はpH10.5を含む条件下で酵素活性又は結合活性を維持する、請求項76に記載の単離、合成又は組換えポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３４】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチドを含むタンパク質調製物であって、前記タンパク質調製物が液体、固体又はゲルを含む、前記タンパク質調製物。
【請求項１３５】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチド及び第二のドメインを含むヘテロダイマーヘテロダイマーであって、場合によって前記第二のドメインがエピトープ又はタグである、前記ヘテロダイマー。
【請求項１３６】
第二のドメインがポリペプチドであり、へテロダイマーが融合タンパク質である、請求項135に記載のヘテロダイマー。
【請求項１３７】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチドを含むホモダイマー。
【請求項１３８】
固定されたポリペプチド又はペプチドであって、前記ポリペプチド又はペプチドが請求項76に記載の配列又はその部分配列を含む、前記固定ポリペプチド又はペプチド。
【請求項１３９】
ポリペプチド又はペプチドが、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、グラファイト粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイ、又はキャピラリー管上に固定される、請求項138に記載の固定ポリペプチド又はペプチド。
【請求項１４０】
請求項138又は139に記載の固定ポリペプチド又はペプチドを含むアレイ。
【請求項１４１】
固定された請求項1又は57に記載の核酸を含むアレイ。
【請求項１４２】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチドと特異的に結合する単離、合成又は組換え抗体であって、場合によって前記抗体がモノクローナル又はポリクローナル抗体である、前記単離、合成又は組換え抗体。
【請求項１４３】
請求項76に記載のポリペプチドと特異的に結合する抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項１４４】
以下の工程を含む、酵素活性を有するか又はタンパク質をコードするポリペプチドを単離又は同定する方法：（a）請求項142に記載の抗体を提供する工程；（b）ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；及び（c）工程（b）のサンプルを工程（a）の抗体と、前記抗体が前記ポリペプチドと特異的に結合することができる条件下で接触させ、それによって酵素活性を有するか又はタンパク質をコードするポリペプチドを単離又は同定する工程。
【請求項１４５】
請求項1又は57に記載の核酸又はその部分配列を、液性免疫応答を生じるために十分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗酵素抗体又は抗タンパク質抗体を生成することを含む、抗酵素抗体又は抗タンパク質抗体を生成する方法。
【請求項１４６】
請求項76に記載のポリペプチド又はペプチド又はその部分配列を、液性免疫応答を生じるために十分な量で非ヒト動物に投与し、それによって抗酵素抗体又は抗タンパク質抗体を生成することを含む、抗酵素抗体又は抗タンパク質抗体を生成する方法。
【請求項１４７】
以下の工程を含む、組換えポリペプチドを生成する方法：（a）プロモーターに機能可能に連結された核酸を提供する工程であって、前記核酸が請求項1又は57に記載の配列を含む前記工程；及び（b）工程（a）の核酸を前記ポリペプチドの発現を許容する条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを生成する工程。
【請求項１４８】
さらに、工程（a）の核酸で宿主細胞を形質転換し、続いて工程（a）の核酸を発現させ、それによって組換えポリペプチドを生成する工程を含む、請求項147に記載の方法。
【請求項１４９】
以下の工程を含む、酵素活性を有するか又はタンパク質をコードするポリペプチドを同定する方法：（a）請求項76に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）酵素基質を提供する工程；及び（c）前記ポリペプチドを工程（b）の基質と接触させ、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程であって、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加があれば、酵素活性を有するか又はタンパク質をコードするポリペプチドが検出されたとする、前記工程。
【請求項１５０】
以下の工程を含む、酵素又はタンパク質の基質を同定する方法：（a）請求項76に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）テスト基質を提供する工程；及び（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）のテスト基質と接触させ、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出する工程であって、基質の量の減少又は反応生成物の量の増加があれば、前記テスト基質が酵素又はタンパク質の基質と同定される、前記工程。
【請求項１５１】
以下の工程を含む、テスト化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法：（a）核酸又は前記核酸を含むベクターを、前記核酸のポリペプチドへの翻訳を許容する条件下で発現させる工程であって、前記核酸が請求項1又は57に記載の配列を有する前記工程；（b）テスト化合物を提供する工程；（c）前記ポリペプチドを前記テスト化合物と接触させる工程；及び（d）工程（b）のテスト化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項１５２】
以下の工程を含む、テスト化合物がポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する方法：（a）請求項76に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）テスト化合物を提供する工程；（c）前記ポリペプチドを前記テスト化合物と接触させる工程；及び（d）工程（b）のテスト化合物が前記ポリペプチドと特異的に結合するか否かを決定する工程。
【請求項１５３】
以下の工程を含む、酵素活性の調節物質を同定する方法：（a）請求項76に記載のポリペプチドを提供する工程；（b）テスト化合物を提供する工程；（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）のテスト化合物と接触させ、酵素活性を測定する工程であって、テスト化合物の非存在下の酵素活性と比較して、テスト化合物の存在下で測定された酵素活性が変化すれば、前記テスト化合物が酵素活性を調節するという決定がなされる、前記工程。
【請求項１５４】
酵素基質を提供し、さらに基質量の減少若しくは反応生成物量の増加又は基質量の増加若しくは反応生成物量の減少を検出することによって酵素活性が測定され、場合によって、テスト化合物の非存在下での基質量又は反応生成物量と比較して、テスト化合物の存在下で基質量が減少又は反応生成物量が増加すれば、前記テスト化合物が酵素活性のアクチベーターと同定され、さらに場合によって、テスト化合物の非存在下での基質量又は反応生成物量と比較して、テスト化合物の存在下で基質量が増加又は反応生成物量が減少すれば、前記テスト化合物が酵素活性の阻害剤と同定される、請求項153に記載の方法。
【請求項１５５】
プロセッサー及びデータ保存装置を含むコンピュータシステムであって、前記データ保存装置にはポリペプチド配列又は核酸配列が保存され、前記ポリペプチド配列が請求項76に記載の配列を含み、ポリペプチドが請求項1又は請求項57に記載の核酸によってコードされる、前記コンピュータシステム。
【請求項１５６】
さらに配列比較アルゴリズム、及び少なくとも1つの参照配列が保存された保存装置を含み、場合によって前記配列比較アルゴリズムが多型性を表示するコンピュータプログラムを含み、さらに場合によって前記コンピュータシステムが、前記配列の1つ以上の特徴を同定するアイデンティファイアーを含む、請求項155に記載のコンピュータシステム。
【請求項１５７】
ポリペプチド配列又は核酸配列が保存されてあるコンピュータ読み出し可能媒体であって、前記ポリペプチド配列が請求項76に記載の配列を含み、ポリペプチドが請求項1又は請求項57に記載の核酸によってコードされる、前記コンピュータ読み出し可能媒体。
【請求項１５８】
以下の工程を含む、配列の特徴を同定する方法：（a）配列内の1つ以上の特徴を同定するコンピュータプログラムを用いて配列を読み取る工程であって、前記配列がポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が請求項76に記載の配列を含み、ポリペプチドが請求項1又は請求項57に記載の核酸によってコードされる、前記工程；及び、（b）前記コンピュータプログラムにより配列の1つ以上の特徴を同定する工程。
【請求項１５９】
（a）配列を比較するコンピュータプログラムを用いて第一の配列および第二の配列を読み取る工程であって、前記第一の配列がポリペプチド配列又は核酸配列を含み、前記ポリペプチド配列が請求項76に記載の配列を含み、ポリペプチドが請求項1又は請求項57に記載の核酸によってコードされる、前記工程；及び、（b）第一の配列と第二の配列間の相違を前記コンピュータプログラムにより決定する工程を含む、第一の配列を第二の配列と比較する方法であって、
場合によって、第一の配列と第二の配列間の相違を決定する前記工程がさらに多型性を同定する工程を含み、
場合によって、前記方法がさらに配列内の1つ以上の特徴を同定するアイデンティファイヤーの使用を含み、
場合によって、前記方法がさらにコンピュータプログラムを用いて第一の配列を読み取り、さらに配列内の1つ以上の特徴を同定する工程を含む、
前記第一の配列を第二の配列と比較する方法。
【請求項１６０】
（a）請求項54〜56のいずれか１項に記載の増幅プライマー対を提供する工程；（b）前記環境サンプルから核酸を単離するか、又は前記サンプル内の核酸がハイブリダイゼーションのために前記増幅プライマー対に接近することができるように前記環境サンプルを処理する工程；及び、（c）工程（b）の核酸を工程（a）の増幅プライマー対と一緒にして前記環境サンプルの核酸を増幅し、それによって環境サンプルから酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、又はタンパク質をコードする核酸を単離または回収する工程を含む、環境サンプルから酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を単離または回収する方法であって、
場合によって前記増幅プライマー配列対の各メンバーが、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、及び配列番号:1から配列番号:193の全ての奇数の配列番号を含む配列リストに開示された全核酸に記載の配列の少なくとも約10から50の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、前記核酸を単離または回収する方法。
【請求項１６１】
以下の工程を含む、環境サンプルから酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を単離または回収する方法：（a）配列番号:1又は57に記載の配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチドプローブを提供する工程；（b）前記環境サンプルから核酸を単離するか、又は前記サンプル内の核酸が工程(a)のポリヌクレオチドにハイブリダイゼーションのために接近できるように前記環境サンプルを処理する工程；（c）工程（b）の単離核酸又は処理された環境サンプルを工程(a)のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；さらに（d）工程（a）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによって環境サンプルから酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、又はタンパク質をコードする核酸を単離または回収する工程。
【請求項１６２】
環境サンプルが、水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプル又は生物学的サンプルを含み、場合によって前記生物学的サンプルが、細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、菌類細胞又は哺乳動物細胞に由来する、請求項160又は161に記載の方法。
【請求項１６３】
（a）請求項1又は57に記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；（b）前記鋳型配列内の1つ以上のヌクレオチドの改変、欠失若しくは付加、又はその組合せを実施して前記鋳型核酸の変種を作出する工程を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか、タンパク質をコードする核酸の変種を作出する方法であって、前記方法が、場合によってさらに前記変種核酸を発現させて変種酵素ポリペプチド又は変種タンパク質ポリペプチドを生成する工程を含む、前記核酸の変種を作出する方法。
【請求項１６４】
改変、付加又は欠失が、エラー誘発PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結再アッセンブリ（SLR）及びその組合せを含む方法により導入されるか、又は前記改変、付加または欠失が、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成、及びその組合せを含む方法によって導入される、請求項163に記載の方法。
【請求項１６５】
方法が、鋳型核酸によってコードされるポリペプチドの活性又は安定性とは変異した若しくは異なる活性又は変異した若しくは異なる安定性を有する酵素又はタンパク質が生じるまで反復され、
場合によって、前記変種酵素又はタンパク質ポリペプチドが耐熱性であり、高い温度に暴露された後ある程度の活性を維持するか、又は、前記変種酵素又はタンパク質ポリペプチドが、鋳型核酸によってコードされる酵素又はタンパク質と比較してグリコシル化が高められてあるか、又は、前記変種酵素又はタンパク質ポリペプチドが高温下で活性を有するが鋳型核酸によってコードされる酵素は高温下で活性を示さず、
さらに場合によって、前記方法が、鋳型核酸のコドン使用頻度とは変異したコドン使用頻度を示す酵素又はタンパク質コード配列が生じるまで反復され、又は前記方法が、鋳型核酸のメッセージ発現レベル又は安定性レベルより高い又は低いメッセージ発現レベル又は安定性レベルを有する酵素又はタンパク質遺伝子が生じるまで反復される、
請求項163に記載の方法。
【請求項１６６】
以下の工程を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードする核酸内のコドンを改変して宿主細胞におけるその発現を高める方法：（a）請求項1又は57に記載の配列を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を提供する工程；及び、（b）工程（a）の核酸の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンに置換し、それによって核酸を改変して宿主細胞における前記の発現を増加させる工程であって、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子内のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先コドンまたは前記低優先コドンとは宿主細胞の遺伝子内のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１６７】
以下の工程を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸内のコドンを改変する方法：（a）請求項1又は57に記載の配列を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を提供する工程；及び（b）工程（a）の核酸のコドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置換し、それによって酵素又はタンパク質をコードする核酸内のコドンを改変する工程。
【請求項１６８】
以下の工程を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸内のコドンを改変して、宿主細胞におけるその発現を高める方法：（a）請求項1又は57に記載の配列を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を提供する工程；及び（b）工程（a）の核酸内の非優先コドンまたは低優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする優先コドンまたは中立的に使用されるコドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞におけるその発現を高める工程であって、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または前記低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである、前記工程。
【請求項１６９】
酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸内のコドンを改変して、宿主細胞におけるその発現を低下させる方法であって、前記方法が、（a）請求項1又は57に記載の配列を含む、酵素活性を有するポリペプチドをコードするか又はタンパク質をコードする核酸を提供する工程；及び（b）工程（a）の核酸内の少なくとも1つの優先コドンを同定し、前記コドンを置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする非優先コドンまたは低優先コドンで置換し、それによって前記核酸を改変して宿主細胞におけるその発現を低下させる工程であって、前記優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において高頻度で提示されるコドンであり、前記非優先または低優先コドンは宿主細胞の遺伝子のコード配列において低頻度で提示されるコドンである前記工程を含み、さらに場合によって、前記宿主細胞が、細菌細胞、菌類細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、前記核酸内のコドンを改変する方法。
【請求項１７０】
以下の工程を含む、複数の改変された酵素若しくはタンパク質活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作成する方法であって、前記改変される活性部位又は基質結合部位が、第一の活性部位又は第一の基質結合部位をコードする配列を含む第一の核酸に由来する前記方法：
（a）第一の活性部位または第一の基質結合部位をコードする第一の核酸を提供する工程であって、前記第一の核酸配列が、配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、及び配列番号:1から配列番号:193の全ての奇数の配列番号を含む配列リストに開示された全核酸に記載の配列、又はその部分配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、さらに前記核酸が酵素若しくはタンパク質活性部位又は酵素若しくはタンパク質基質結合部位をコードする、前記工程；
（b）前記第一の核酸内の複数の標的コドンにおいて天然に存在するアミノ酸変種をコードする一組の変異導入オリゴヌクレオチドを提供する工程；
（c）前記一組の変異導入オリゴヌクレオチドを用いて、変異を導入された各アミノ酸コドンの一連のアミノ酸変種をコードする一組の活性部位コード変種または基質結合部位コード変種核酸を生成し、それによって複数の改変酵素若しくはタンパク質活性部位又は基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを作成する工程。
【請求項１７１】
最適化定方向進化システム、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結再アッセンブリ(SLR)、エラー誘発PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ及びその組合せを含む方法によって工程（a）の第一の核酸又は変種に変異を導入するか、又は組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNA変異導入、ウラシル含有鋳型変異導入、ギャップ含有二重鎖変異導入、点ミスマッチ修復変異導入、修復欠損宿主株変異導入、化学変異導入、放射性変異導入、欠失変異導入、制限-選択変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマー生成及びその組合せを含む方法によって工程（a）の第一の核酸又は変種に変異を導入することを含む、請求項170に記載の方法。
【請求項１７２】
以下の工程を含む小分子の製造方法：（a）小分子を合成または改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、前記酵素の1つが請求項1又は57に記載の配列を含む核酸によってコードされる酵素を含む、前記工程；（b）工程（a）の酵素の少なくとも１つに対する基質を提供する工程；及び（c）複数の生物触媒反応を促進する条件下で工程（b）の基質を前記酵素と反応させて一連の生物触媒反応により小分子を生成する工程。
【請求項１７３】
以下の工程を含む小分子の改変方法：
（a）酵素を提供する工程であって、前記酵素が、請求項76に記載のポリペプチド、又は請求項1又は57に記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；
（b）小分子を提供する工程；及び
（c）前記酵素によって触媒される酵素反応が促進される条件下で、工程（a）の酵素を工程（b）の小分子と反応させ、それによって小分子を酵素反応により改変する工程；
さらに場合によって、工程（a）の酵素に対する複数の小分子基質の使用を含み、それによって前記酵素により触媒される少なくとも1つの酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作成する工程；
さらに場合によって、複数の追加される酵素を前記酵素による複数の生物触媒反応を促進する条件下で使用し、前記複数の酵素反応によって生成される改変小分子のライブラリーを作成する工程；
さらに場合によって、所望の活性を示す特定の小分子がライブラリー内に存在するか否かを決定するために、前記ライブラリーを試験する工程、
さらに場合によって、前記ライブラリーの試験工程が、所望の活性をもつ特定の改変小分子の有無について改変小分子の一部分を試験することによってライブラリー内の複数の改変小分子の前記一部分を生成するために用いられた生物触媒反応の1つ以外の全てを系統的に排除し、所望の活性をもつ特定の改変小分子を生成する少なくとも1つの特異的な生物触媒反応を同定する工程。
【請求項１７４】
（a）酵素を提供する工程であって、前記酵素が請求項76に記載のポリペプチド、又は請求項1又は57に記載の核酸配列を含む核酸によってコードされるポリペプチドを含む、前記工程；及び（b）工程（a）の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、残余の部分配列を酵素活性について試験し、それによって酵素の機能的フラグメントを決定する工程、
を含む、酵素の機能的フラグメントを決定する方法であって、場合によって、前記酵素活性が、酵素基質を提供し、さらに前記基質の量の減少又は反応生成物の量の増加を検出することによって測定される、前記酵素の機能的フラグメントの決定方法。
【請求項１７５】
以下の工程を含む、リアルタイム代謝フラックス分析によって新規または改変表現型のための全細胞操作の方法：
（a）細胞の遺伝的構成を改変することによって改変細胞を作成する工程であって、前記遺伝的構成が請求項1又は57に記載の配列を含む核酸を細胞に導入することによって改変される、前記工程；
（b）前記改変細胞を培養して複数の改変細胞を生じる工程；
（c）工程（b）の細胞培養をリアルタイムでモニターすることによって前記細胞の少なくとも1つの代謝パラメーターを測定する工程；及び
（d）工程（c）のデータを分析して、前記測定パラメーターが同様な条件下における未改変細胞の対応する測定値と異なるか否かを決定し、それによって細胞の操作された表現型をリアルタイム代謝フラックス分析により同定する工程；
さらに場合によって、細胞の遺伝的構成が、細胞内の配列の欠失若しくは改変又は遺伝子発現のノックアウトを含む方法によって改変される工程；
さらに場合によって、新規に操作された表現型を含む細胞を選別する工程；
さらに場合によって、前記選別された細胞を培養し、それによって新規に操作された表現型を含む新規な細胞株を作成する工程。
【請求項１７６】
以下の（a）又は（b）の残基1から14、1から15、1から16、1から17、1から18、1から19、1から20、1から21、1から22、1から23、1から24、1から25、1から26、1から27、1から28、1から28、1から30、1から31、1から32、1から33、1から34、1から35、1から36、1から37、1から38、1から40、1から41、1から42、1から43または1から44、1から45、1から46、1から47に記載の配列から成る、又は本質的に前記配列から成る単離又は組換えシグナル配列（シグナルペプチド）：
（a）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、及び配列番号:2から配列番号:194の全ての偶数の配列番号を含む配列リストに開示された全ポリペプチド；又は
（b）請求項1又は57に記載の配列。
【請求項１７７】
請求項176に記載の配列を有するシグナルペプチド（SP）を含む少なくとも第一のドメイン、及び異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも第二のドメインを含むキメラポリペプチドであって、前記異種ポリペプチド又はペプチドは前記シグナルペプチド（SP）と天然では付随せず、さらに場合によって前記異種ポリペプチド又はペプチドは酵素ではなく、さらに場合によって前記異種ポリペプチド又はペプチチドは、前記シグナルペプチド（SP）又は酵素触媒ドメイン（CD）のアミノ末端、カルボキシル末端、若しくはその両端に存在する、前記キメラポリペプチド。
【請求項１７８】
酵素ポリペプチドの耐熱性又は熱安定性を高める方法であって、前記方法が、請求項76に記載のポリペプチドの少なくとも30の連続するアミノ酸を含むポリペプチド又は請求1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドをグリコシル化し、それによって前記酵素の耐熱性又は熱安定性を高めることを含む、前記耐熱性又は熱安定性を高める方法。
【請求項１７９】
請求項1又は57に記載の核酸配列を含むベクターを発現させることを含む、細胞で組換え酵素を過剰発現させる方法であって、前記過剰発現が、高活性プロモーター、二シストロンベクターの使用によって、又は前記ベクターの遺伝子増幅によって達成される、前記組換え酵素を過剰発現させる方法。
【請求項１８０】
（a）請求項1又は57に記載の配列を含む異種核酸配列を細胞に導入し、それによって形質転換植物細胞を作出する工程及び（b）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を作出する工程を含む、トランスジェニック植物の作出方法であって、場合によって工程（a）がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーション又はマイクロインジェクションにより前記異種核酸配列を導入する工程を含み、場合によって工程（a）がさらに、DNA粒子ボンバードメントによって植物組織に直接前記異種核酸配列を導入するか、又はアグロバクテリウム・ツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）宿主を用いて植物細胞DNAに前記異種核酸配列を導入することを含む、前記トランスジェニック植物を作出する方法。
【請求項１８１】
以下の工程を含む、植物細胞で異種核酸配列を発現させる方法：（a）プロモーターに機能可能に連結された異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程であって、前記異種核酸配列が請求項1又は57に記載の配列を含む、前記工程；（b）前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現される条件下で前記植物を生長させる工程。
【請求項１８２】
以下の工程を含む、組成物中の化合物の量を減少させる方法：（a）酵素活性を有するか若しくは請求項76に記載のタンパク質をコードするポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを提供する工程；（b）前記化合物を含む組成物を提供する工程；及び（c）工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と、前記酵素が前記組成物中の化合物を加水分解、脱ハロゲン化、酸化、分解又はプロセッシングする条件下で接触させる工程。
【請求項１８３】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むセルロース含有化合物であって、場合によって前記セルロース含有化合物が、パルプ、紙、紙製品、木材、木材製品、又は紙若しくは木材廃棄物である、前記セルロース含有化合物。
【請求項１８４】
（a）請求項76に記載のクロロペルオキシダーゼ活性を有するポリペプチド、又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるクロロペルオキシダーゼ活性を有するポリペプチドを提供する工程；
（b）リグニン又はセルロースを含む化合物を提供する工程；及び、
（c）前記ポリペプチドが酵素的に活性を示し、さらにリグニン又はセルロースが漂白される条件下で、前記化合物を前記ポリペプチドと接触させる工程を含む、
パルプ若しくは紙の製造過程においてリグニン又はセルロースを化学漂白する方法であって、
場合によって前記酵素活性がヘム型ペルオキシダーゼ活性を含み、さらに場合によって前記ヘム型ペルオキシダーゼ活性を有する酵素が、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49又は配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50又は配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有し、
さらに場合によって、前記酵素はヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有し、さらに配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有し、
場合によって、前記酵素活性は非ヘム型ペルオキシダーゼ活性を含み、さらに場合によって前記非ヘム型クロロペルオキシダーゼ活性を有する酵素は、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、又は配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は前記酵素は、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、又は配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有し、
さらに場合によって、前記セルロース又は親油性化合物はパルプ、紙、紙製品、木材、木材製品、又は紙若しくは木材廃棄物を含む、
前記リグニン又はセルロースの化学漂白方法。
【請求項１８５】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む組成物であって、場合によって前記組成物が、食用デリバリー物質、注射可能な液体、錠剤、ゲル、リポソーム、ピル、カプセル、ゲルタブ、ローション、局所適用液体、座薬、散剤、凍結乾燥化合物、泡沫、乳液又はその組み合わせとして処方され、さらに場合によって、前記組成物が、少なくとも2つ又は3つの請求項76に記載のポリペプチド、又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、場合によって前記組成物中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、前記組成物。
【請求項１８６】
請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む医薬組成物であって、
場合によって、食用デリバリー物質、注射可能な液体、スプレー、錠剤、ゲル、リポソーム、カプセル、ゲルタブ、ヒドロゲル、ローション、局所適用液体、座薬、エーロゾル、散剤、凍結乾燥化合物、噴射剤、泡沫、乳液、ナノ構造物、インプラント又はその組合せとして処方され、
場合によって前記組成物中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、
前記医薬組成物。
【請求項１８７】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含むナノ構造物であって、
場合によって前記ナノ構造物がナノチューブ又はナノファイバーを含み、
さらに場合によって前記組成物が、少なくとも2つ又は3つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、
前記ナノ構造物。
【請求項１８８】
請求項76に記載の配列を有するか又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされる、凍結乾燥されたポリペプチド。
【請求項１８９】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、除染、中和又は解毒用組成物であって、
場合によって前記除染又は解毒用組成物が、食用デリバリー物質、注射可能な液体、錠剤、ゲル、リポソーム、カプセル、ゲルタブ、ローション、局所適用液体、座薬、散剤、凍結乾燥化合物、泡沫、乳液、又はその組合せとして処方され、
場合によって前記組成物が、少なくとも2つ又は3つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含み、場合によって前記組成物中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、
前記組成物。
【請求項１９０】
さらに界面活性剤、乳化剤、起泡剤又はその組合せを含む、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９１】
組成物が農薬、除草剤及び/又は殺虫剤の解毒剤として処方される、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９２】
組成物が神経ガス解毒剤として処方される、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９３】
組成物がハロペルオキシダーゼ酵素を含む場合、前記組成物はまた亜ハロゲン酸塩成分を含み、さらに場合によって前記亜ハロゲン酸塩成分は亜塩素酸塩成分を含み、さらに場合によって前記亜塩素酸塩成分は亜塩素酸ナトリウム又は亜ヨウ素酸ナトリウムを含む、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９４】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む製品。
【請求項１９５】
製品がハロペルオキシダーゼ酵素を含むとき、前記組成物はまた亜ハロゲン酸塩成分を含み、場合によって前記亜ハロゲン酸塩成分は亜塩素酸塩成分を含み、さらに場合によって前記亜塩素酸塩成分は亜塩素酸ナトリウム又は亜ヨウ素酸ナトリウムを含む、請求項194に記載の製品。
【請求項１９６】
少なくとも1つの請求項76に記載のポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む布、織物材料又は繊維であって、
場合によって、前記少なくとも1つのポリペプチドが、布、織物材料、又は繊維の表面に固定されるか、又は前記少なくとも1つのポリペプチドが、布、織物材料又は繊維のコーティング若しくは被覆の成分であるか、または布、織物材料、又は繊維中に埋め込まれるか若しくは塗りつけられた処方物であり、
場合によって前記組成物が、少なくとも2つ又は3つのポリペプチド又は請求項1若しくは57に記載の核酸によってコードされるポリペプチドを含む、
前記布、織物材料又は繊維。
【請求項１９７】
少なくとも2、3、4、5又は6つの異なる種類の酵素の混合物を含み、場合によって各種類の酵素が異なる毒性物質又は生物剤を解毒する、請求項189に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９８】
少なくも1つのデハロゲナーゼ、少なくとも1つのハロペルオキシダーゼ、及び少なくとも1つの有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）を含む、少なくとも3つの異なる種類の酵素の混合物を含み、場合によって前記ハロペルオキシダーゼがクロロペルオキシダーゼである、請求項197に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項１９９】
（a）デハロゲナーゼが、配列番号:69若しくは配列番号:91に記載の配列を有するポリペプチドであるか、又は配列番号:70若しくは配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有するか、又は（b）クロロペルオキシダーゼが、配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有するヘム型クロロペルオキシダーゼであるか、又は（c）ハロペルオキシダーゼが、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49若しくは配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるヘム型ペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50若しくは配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有するか、又は（d）ハロペルオキシダーゼが、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされる非ヘム型クロロペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有するか、又は（e）前記有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）が、配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載の配列を有する、請求項198に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２００】
少なくも1つのジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）又は有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）及び少なくとも1つのハロペルオキシダーゼを含み、さらに場合によって前記ハロペルオキシダーゼがクロロペルオキシダーゼである、請求項197に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０１】
ジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）、有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）及びハロペルオキシダーゼを含む、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０２】
DFPase及び/又はOPAAが、G剤の除染、中和又は解毒に用いられ、ハロペルオキシダーゼ又はクロロペルオキシダーゼ（CPO）が、V剤、H剤及び/又は生物剤の除染、中和又は解毒に用いられ、場合によって前記生物剤が細菌の芽胞である、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０３】
さらにデハロゲナーゼを含む、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０４】
さらにコリンエステラーゼを含む、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０５】
ジイソプロピル-フルオロホスファターゼ（DFPase）活性が、配列番号:71に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０６】
ハロペルオキシダーゼがクロロペルオキシダーゼである、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０７】
クロロペルオキシダーゼが、配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有するヘム型クロロペルオキシダーゼであるか；又はハロペルオキシダーゼが、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49若しくは配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるヘム型ペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50若しくは配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有するか；又はハロペルオキシダーゼが、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされる非ヘム型クロロペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項206に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０８】
有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性が、配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項200に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２０９】
少なくも1つのデハロゲナーゼ（DH）及び少なくとも1つのハロペルオキシダーゼを含む少なくとも2つの異なる種類の酵素の混合物を含み、場合によって前記ハロペルオキシダーゼがクロロペルオキシダーゼ（CPO）である、請求項197に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１０】
デハロゲナーゼ及びハロペルオキシダーゼがH剤の除染、中和又は解毒に用いられる、請求項209に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１１】
ハロペルオキシダーゼが、配列番号:1に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:2に記載のアミノ酸配列を有するヘム型クロロペルオキシダーゼであるか；又はハロペルオキシダーゼが、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49若しくは配列番号:51に記載の配列を有する核酸によってコードされるヘム型ペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50若しくは配列番号:52に記載のアミノ酸配列を有するか；又はハロペルオキシダーゼが、配列番号:1、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、若しくは配列番号:67に記載の配列を有する核酸によってコードされる非ヘム型クロロペルオキシダーゼであるか、又は前記酵素が、配列番号:2、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66若しくは配列番号:68に記載のアミノ酸配列を有する、請求項209に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１２】
デハロゲナーゼが、配列番号:69若しくは配列番号:91に記載の配列を有するか、又は配列番号:70若しくは配列番号:92に記載のアミノ酸配列を有する、請求項209に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１３】
さらに、少なくとも1つのジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）、有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）及び/又はコリンエステラーゼを添加して、G剤を除染、中和又は解毒する、請求項209に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１４】
ジイソプロピル-フルオロホスファターゼが配列番号:71に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:72に記載のアミノ酸配列を有する、請求項213に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１５】
有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）活性が配列番号:193に記載の配列を有する核酸によってコードされるか、又は配列番号:194に記載のアミノ酸配列を有する、請求項213に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１６】
少なくも1つのデハロゲナーゼ（DH）酵素及び少なくとも1つの有機リン酸アンヒドロラーゼ（OPAA）を含む少なくとも2つの異なるクラスの酵素の混合物を含む、請求項197に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１７】
デハロゲナーゼを用いてH剤を除染、中和又は解毒し、さらに有機リン酸アンヒドロラーゼを用いてG剤を除染、中和又は解毒する、請求項216に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１８】
さらに少なくとも1つのハロペルオキシダーゼを含み、H剤の除染、中和又は解毒が強化される、請求項216に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２１９】
さらにハロペルオキシダーゼを含む請求項216に記載の除染、中和又は解毒用組成物であって、場合によって前記組成物が亜ハロゲン酸塩成分も含み、場合によって前記亜ハロゲン酸塩成分が亜ヨウ素酸塩又は亜塩素酸塩成分を含み、さらに場合によって前記亜ヨウ素酸塩又は亜塩素酸塩成分が亜塩素酸ナトリウム若しくは亜ヨウ素酸ナトリウム又は等価の成分を含む、前記除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２２０】
さらに少なくとも1つのジイソプロピルフルオロホスファターゼ（DFPase）及び/又はコリンエステラーゼ酵素を含み、G剤のOPAA除染、中和又は解毒を補填する、請求項216に記載の除染、中和又は解毒用組成物。
【請求項２２１】
請求項189から193のいずれかの項又は請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物を含む起泡剤であって、場合によって前記起泡剤中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、前記起泡剤。
【請求項２２２】
請求項189から193のいずれかの項又は請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物を含む乳化剤又は界面活性剤であって、場合によって前記起泡剤又は界面活性剤中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、前記乳化剤又は界面活性剤。
【請求項２２３】
請求項189から193のいずれかの項又は請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物を含む塗料又はコーティングであって、場合によって前記塗料又はコーティング中の酵素が、約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は約0.25％、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、前記塗料又はコーティング。
【請求項２２４】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を適用又は投与することを含む、毒性物質を除染、中和又は解毒する方法。
【請求項２２５】
組成物が、食用デリバリー物質、注射可能な液体、錠剤、ゲル、リポソーム、カプセル、ゲルタブ、ローション、局所適用液体、座薬、散剤、凍結乾燥化合物、泡沫、乳液、又はその組合せとして処方される、請求項224に記載の方法。
【請求項２２６】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を適用又は投与することを含む、V剤、H剤、G剤又は生物剤の毒性作用を防ぐ方法。
【請求項２２７】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を含む、ガスマスク。
【請求項２２８】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を含む、空気フィルター又は水フィルター。
【請求項２２９】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物を含む、農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤であって、
場合によって前記組成物中の酵素が、0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％の濃度で存在するか、又は0.5％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％若しくは25％w/vで存在する、
前記農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３０】
組成物が、P-S又はP-F結合を加水分解する有機リン酸エステラーゼを含む、請求項229に記載の農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３１】
有機リン酸エステラーゼが、アセチル-コリンエステラーゼ又はブチリルコリンエステラーゼの阻害物質として作用する、請求項230に記載の農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３２】
農薬が、デメトン-S、デメトン-S-メチル、デメトン-S-メチルスルホン、デメトン-メチル、パラチオン、フォスメト、カルボフェノチオン、ベノキサフォス、アジンフォス-メチル、アジンフォス-エチル、アミトン、アミジチオン、シアントエート、ジアリフォス、ジメトエート、ジオキサチオン、ジスルフォトン、エンドチオン、エチオン、エトエート-メチル、フォルモチオン、マラチオン、メルカルバム、オメトエート、オキシデプロフォス、オキシジスルフォトン、フェンカプトン、フォレート、フォサロン、プロチダチオン、プロトエート、ソファミド、チオメトン、ヴァミドチオン、メタミドフォス、又はその組合せを含む、請求項229に記載の農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３３】
組成物が、コーティング、塗料、泡沫、液体、ゲル、ローション、界面活性剤、散剤又は乳化剤として処方されるか、又は前記と一緒に処方される、請求項229に記載の農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤の除染、中和又は解毒剤。
【請求項２３４】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物、又は請求項228から232のいずれかの項に記載の農薬の除染、中和若しくは解毒剤を適用又は投与することを含む、農薬、除草剤、及び/又は殺虫剤を除染、中和又は解毒する方法。
【請求項２３５】
請求項189から193のいずれかの項若しくは請求項197から221のいずれかの項に記載の除染、中和又は解毒用組成物、又は請求項186に記載の医薬組成物、又は請求項228から232のいずれかの項に記載の農薬の除染、中和若しくは解毒剤を適用又は投与することを含む、農薬、除草剤及び/又は殺虫剤の毒性作用を防ぐ方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１６Ａ】
【図１６Ｂ】
【図１７】
【図１９Ｂ】
【図２０Ａ】
【図２０Ｂ】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５】
【図６】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図２６】
【図２７】
【図２】
【図３】
【図４】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１６Ａ】
【図１６Ｂ】
【図１７】
【図１９Ｂ】
【図２０Ａ】
【図２０Ｂ】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５】
【図６】
【図１８】
【図１９Ａ】
【図２６】
【図２７】
【公表番号】特表２００９−５１７００２（Ｐ２００９−５１７００２Ａ）
【公表日】平成２１年４月３０日（２００９．４．３０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５３５５０８（Ｐ２００８−５３５５０８）
【出願日】平成１８年４月６日（２００６．４．６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０１３０３１
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０３６０６１
【国際公開日】平成２０年３月２７日（２００８．３．２７）
【出願人】（５０３０８９４８９）ヴェレニウム コーポレイション (31)
【出願人】（５０７３３４８６４）アジェンテイズ リミテッド ライアビリティ カンパニー (1)
【出願人】（５０３２９８６７８）ライフ サイエンス リサーチ イスラエル リミテッド (1)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年４月３０日（２００９．４．３０）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年４月６日（２００６．４．６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０１３０３１
【国際公開番号】ＷＯ２００８／０３６０６１
【国際公開日】平成２０年３月２７日（２００８．３．２７）
【出願人】（５０３０８９４８９）ヴェレニウム コーポレイション (31)
【出願人】（５０７３３４８６４）アジェンテイズ リミテッド ライアビリティ カンパニー (1)
【出願人】（５０３２９８６７８）ライフ サイエンス リサーチ イスラエル リミテッド (1)
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]