合成ガスまたは他のガス状の炭素源およびメタノールを1,3−ブタンジオールへ変換するための方法および生物
1,3−ブタンジオール(1,3−BDO)経路を有する非天然の微生物は、少なくとも1つの外因性の核酸を含み、この核酸は1,3−BDOの産生に十分量で発現される1,3−BDO経路の酵素またはタンパク質をコードする。1,3−BDOを産生するための方法は、1,3−BDOを産生するための条件下で二1,3−BDOを産生するに十分な期間にわたって非天然の微生物を培養する工程を包含する。
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【特許請求の範囲】
【請求項1】
1,3−ブタンジオール(1,3−BDO)を産生するに十分な量で発現された1,3−BDO経路酵素またはタンパク質をコードする少なくとも一つの外因性核酸を含む1,3−BDO経路を有する微生物を含み、
上記1,3−BDO経路が、
ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、フェレドキシン(Orf7)、アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、ヒドロゲナーゼ(Hyd)、アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ、アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルコール形成)、3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ、アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルコール形成)、3−ヒドロキシブチリル−CoAトランスフェラーゼ、3−ヒドロキシブチリル−CoAヒドロラーゼ、3−ヒドロキシブチリル−CoAシンセターゼ、3−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ、3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、アセトアセチルCoAヒドロラーゼ、アセトアセチルCoAシンセターゼ、またはアセトアセテートレダクターゼ
を含み、
上記1,3−BDO経路酵素が、
A:1)3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、2)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、3)ギ酸デヒドロゲナーゼ、4)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、5)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、6)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、7)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、8)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、9)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、10)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、11)フェレドキシン(Orf7)、12)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、13)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、14)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、15)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、および16)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
B:1)3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、2)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、3)ギ酸デヒドロゲナーゼ、4)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、5)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、6)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、7)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、8)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、9)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、10)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、11)フェレドキシン(Orf7)、12)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、13)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、14)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、15)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、16)3−ヒドロキシブチリル−CoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼまたはシンセターゼ、および17)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
C:1)3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルコール形成)、2)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、3)ギ酸デヒドロゲナーゼ、4)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、5)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、6)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、7)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、8)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、9)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、10)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、11)フェレドキシン(Orf7)、12)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、13)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、14)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、および15)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元);
D:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、15)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、および16)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
E:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、15)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、および16)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
F:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルコール形成)、および15)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
G:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、15)アセトアセテートレダクターゼ、16)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、および17)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
H:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、15)アセトアセテートレダクターゼ、16)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、および17)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;ならびに
I:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、15)3−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ、16)3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、および17)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ
より選択される酵素のセットである、非天然の微生物。
【請求項2】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする2個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項3】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする3個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項4】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする4個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項5】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする5個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項6】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする6個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項7】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする7個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項8】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする8個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項9】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする9個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項10】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする10個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項11】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする11個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項12】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする12個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項13】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする13個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項14】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする14個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項15】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする15個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項16】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする16個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項17】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする17個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項18】
上記少なくとも一つの外因性核酸が異種性の核酸である、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項19】
実質的に嫌気性である培養媒体に存在する、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項20】
1)CO、2)CO2およびH2、3)CO、CO2およびH2、4)COおよびH2からなる合成ガス、5)CO、CO2およびH2からなる合成ガス、ならびに6)一つまたはそれ以上の炭化水素
より選択される炭素原料を用いる、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項21】
1,3−BDOを製造するための条件下で十分な期間にわたって、請求項1に記載の非天然の微生物を培養する工程を含む、1,3−BDOの製造方法。
【請求項22】
上記非天然の微生物が、実質的に嫌気性である培養媒体に存在する、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする2個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項24】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする3個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項25】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする4個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項26】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする5個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項27】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする6個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項28】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする7個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項29】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする8個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項30】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする9個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項31】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする10個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項32】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする11個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項33】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする12個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項34】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする13個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項35】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする14個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項36】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする15個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項37】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする16個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項38】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする17個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項39】
上記少なくとも一つの外因性核酸が異種性の核酸である、請求項21に記載の方法。
【請求項40】
上記の微生物が、
1)CO、2)CO2およびH2、3)CO、CO2およびH2、4)COおよびH2からなる合成ガス、5)CO、CO2およびH2からなる合成ガス、ならびに6)一つまたはそれ以上の炭化水素
より選択される炭素原料を用いる、請求項21に記載の方法。
【請求項41】
1,3−ブタンジオール(1,3−BDO)を産生するに十分な量で発現された1,3−BDO経路酵素またはタンパク質をコードする少なくとも一つの外因性核酸を含む1,3−BDO経路を有する微生物を含み、
上記1,3−BDO経路が、
メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、コリノイドタンパク質(MtaC)、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、フェレドキシン(Orf7)、アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、ヒドロゲナーゼ(Hyd)、アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ、アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルコール形成)、3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ、アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルコール形成)、3−ヒドロキシブチリル−CoAトランスフェラーゼ、3−ヒドロキシブチリル−CoAヒドロラーゼ、3−ヒドロキシブチリル−CoAシンセターゼ、3−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ、3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、アセトアセチルCoAヒドロラーゼ、アセトアセチルCoAシンセターゼ、またはアセトアセテートレダクターゼ
を含む、非天然の微生物。
【請求項42】
上記1,3−BDO経路酵素が、
A:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、13)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、および14)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
B:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、13)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、および14)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
C:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、13)3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、および14)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
D:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、および13)3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルコール形成);
E:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルコール形成)、および13)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
F:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、13)アセトアセテートレダクターゼ、14)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、および15)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
G:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、13)アセトアセテートレダクターゼ、14)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、および15)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
H:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、13)3−ヒドロキシブチリル−CoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、14)3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、および15)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;ならびに
I:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、13)3−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ、14)3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、および15)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ
より選択される酵素のセットである、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項43】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする2個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項44】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする3個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項45】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする4個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項46】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする5個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項47】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする6個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項48】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする7個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項49】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする8個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項50】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする9個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項51】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする10個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項52】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする11個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項53】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする12個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項54】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする13個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項55】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする14個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項56】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする15個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項57】
上記少なくとも一つの外因性核酸が異種性の核酸である、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項58】
実質的に嫌気性である培養媒体に存在する、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項59】
1)メタノールおよびCO、2)メタノール、CO2およびH2、3)メタノール、CO、CO2およびH2、4)メタノール、ならびにCOおよびH2からなる合成ガス、5)メタノール、ならびにCO、CO2およびH2からなる合成ガス、6)一つまたはそれ以上の炭化水素、7)メタノールおよび一つまたはそれ以上の炭化水素、ならびに8)メタノール
より選択される炭素原料を用いる、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項60】
1,3−BDOを製造するための条件下で十分な期間にわたって、請求項41または42に記載の非天然の微生物を培養する工程を含む、1,3−BDOの製造方法。
【請求項61】
上記非天然の微生物が、実質的に嫌気性である培養媒体に存在する、請求項60に記載の方法。
【請求項62】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする2個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項63】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする3個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項64】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする4個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項65】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする5個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項66】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする6個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項67】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする7個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項68】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする8個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項69】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする9個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項70】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする10個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項71】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする11個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項72】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする12個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項73】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする13個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項74】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする14個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項75】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする15個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項76】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする16個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項77】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする17個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項78】
上記少なくとも一つの外因性核酸が異種性の核酸である、請求項60に記載の方法。
【請求項79】
上記微生物が、
1)メタノールおよびCO、2)メタノール、CO2およびH2、3)メタノール、CO、CO2およびH2、4)メタノール、ならびにCOおよびH2からなる合成ガス、5)メタノール、ならびにCO、CO2およびH2からなる合成ガス、6)一つまたはそれ以上の炭化水素、7)メタノールおよび一つまたはそれ以上の炭化水素、ならびに8)メタノール
より選択される炭素原料を用いる、請求項60に記載の方法。
【請求項1】
1,3−ブタンジオール(1,3−BDO)を産生するに十分な量で発現された1,3−BDO経路酵素またはタンパク質をコードする少なくとも一つの外因性核酸を含む1,3−BDO経路を有する微生物を含み、
上記1,3−BDO経路が、
ギ酸デヒドロゲナーゼ、ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、フェレドキシン(Orf7)、アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、ヒドロゲナーゼ(Hyd)、アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ、アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルコール形成)、3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ、アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルコール形成)、3−ヒドロキシブチリル−CoAトランスフェラーゼ、3−ヒドロキシブチリル−CoAヒドロラーゼ、3−ヒドロキシブチリル−CoAシンセターゼ、3−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ、3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、アセトアセチルCoAヒドロラーゼ、アセトアセチルCoAシンセターゼ、またはアセトアセテートレダクターゼ
を含み、
上記1,3−BDO経路酵素が、
A:1)3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、2)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、3)ギ酸デヒドロゲナーゼ、4)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、5)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、6)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、7)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、8)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、9)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、10)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、11)フェレドキシン(Orf7)、12)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、13)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、14)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、15)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、および16)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
B:1)3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、2)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、3)ギ酸デヒドロゲナーゼ、4)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、5)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、6)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、7)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、8)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、9)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、10)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、11)フェレドキシン(Orf7)、12)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、13)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、14)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、15)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、16)3−ヒドロキシブチリル−CoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼまたはシンセターゼ、および17)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
C:1)3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルコール形成)、2)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、3)ギ酸デヒドロゲナーゼ、4)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、5)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、6)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、7)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、8)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、9)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、10)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、11)フェレドキシン(Orf7)、12)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、13)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、14)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、および15)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元);
D:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、15)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、および16)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
E:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、15)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、および16)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
F:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルコール形成)、および15)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
G:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、15)アセトアセテートレダクターゼ、16)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、および17)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
H:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、15)アセトアセテートレダクターゼ、16)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、および17)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;ならびに
I:1)ギ酸デヒドロゲナーゼ、2)ホルミルテトラヒドロ葉酸シンセターゼ、3)メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ、4)メチレンテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ、5)メチレンテトラヒドロ葉酸レダクターゼ、6)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、7)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、8)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、9)フェレドキシン(Orf7)、10)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、11)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、12)ヒドロゲナーゼ(Hyd)、13)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、14)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、15)3−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ、16)3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、および17)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ
より選択される酵素のセットである、非天然の微生物。
【請求項2】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする2個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項3】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする3個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項4】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする4個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項5】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする5個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項6】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする6個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項7】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする7個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項8】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする8個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項9】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする9個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項10】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする10個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項11】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする11個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項12】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする12個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項13】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする13個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項14】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする14個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項15】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする15個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項16】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする16個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項17】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする17個の外因性核酸を含む、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項18】
上記少なくとも一つの外因性核酸が異種性の核酸である、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項19】
実質的に嫌気性である培養媒体に存在する、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項20】
1)CO、2)CO2およびH2、3)CO、CO2およびH2、4)COおよびH2からなる合成ガス、5)CO、CO2およびH2からなる合成ガス、ならびに6)一つまたはそれ以上の炭化水素
より選択される炭素原料を用いる、請求項1に記載の非天然の微生物。
【請求項21】
1,3−BDOを製造するための条件下で十分な期間にわたって、請求項1に記載の非天然の微生物を培養する工程を含む、1,3−BDOの製造方法。
【請求項22】
上記非天然の微生物が、実質的に嫌気性である培養媒体に存在する、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする2個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項24】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする3個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項25】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする4個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項26】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする5個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項27】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする6個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項28】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする7個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項29】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする8個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項30】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする9個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項31】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする10個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項32】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする11個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項33】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする12個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項34】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする13個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項35】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする14個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項36】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする15個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項37】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする16個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項38】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする17個の外因性核酸を含む、請求項21に記載の方法。
【請求項39】
上記少なくとも一つの外因性核酸が異種性の核酸である、請求項21に記載の方法。
【請求項40】
上記の微生物が、
1)CO、2)CO2およびH2、3)CO、CO2およびH2、4)COおよびH2からなる合成ガス、5)CO、CO2およびH2からなる合成ガス、ならびに6)一つまたはそれ以上の炭化水素
より選択される炭素原料を用いる、請求項21に記載の方法。
【請求項41】
1,3−ブタンジオール(1,3−BDO)を産生するに十分な量で発現された1,3−BDO経路酵素またはタンパク質をコードする少なくとも一つの外因性核酸を含む1,3−BDO経路を有する微生物を含み、
上記1,3−BDO経路が、
メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、コリノイドタンパク質(MtaC)、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、フェレドキシン(Orf7)、アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、ヒドロゲナーゼ(Hyd)、アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ、アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルコール形成)、3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ、アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルコール形成)、3−ヒドロキシブチリル−CoAトランスフェラーゼ、3−ヒドロキシブチリル−CoAヒドロラーゼ、3−ヒドロキシブチリル−CoAシンセターゼ、3−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ、3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、アセトアセチルCoAヒドロラーゼ、アセトアセチルCoAシンセターゼ、またはアセトアセテートレダクターゼ
を含む、非天然の微生物。
【請求項42】
上記1,3−BDO経路酵素が、
A:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、13)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、および14)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
B:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルデヒド形成)、13)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、および14)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
C:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、13)3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルデヒド形成)、および14)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
D:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、および13)3−ヒドロキシブチリル−CoAレダクターゼ(アルコール形成);
E:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(CoA依存、アルコール形成)、および13)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
F:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、13)アセトアセテートレダクターゼ、14)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(ケトン還元)、および15)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;
G:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、13)アセトアセテートレダクターゼ、14)3−オキソブチルアルデヒドレダクターゼ(アルデヒド還元)、および15)4−ヒドロキシ−2−ブタノンレダクターゼ;
H:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAレダクターゼ(ケトン還元)、13)3−ヒドロキシブチリル−CoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、14)3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、および15)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ;ならびに
I:1)メタノールメチルトランスフェラーゼ(MtaB)、2)コリノイドタンパク質(MtaC)、3)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(MtaA)、4)メチルテトラヒドロ葉酸:コリノイドタンパク質メチルトランスフェラーゼ(AcsE)、5)コリノイド鉄−硫黄タンパク質(AcsD)、6)ニッケル−タンパク質会合タンパク質(AcsF&CooC)、7)フェレドキシン(Orf7)、8)アセチルCoAシンセターゼ(AcsB&AcsC)、9)一酸化炭素デヒドロゲナーゼ(AcsA)、10)ヒドロゲナーゼ、11)アセトアセチルCoAチオラーゼ(AtoB)、12)アセトアセチルCoAトランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、またはシンセターゼ、13)3−ヒドロキシブチレートデヒドロゲナーゼ、14)3−ヒドロキシブチレートレダクターゼ、および15)3−ヒドロキシブチルアルデヒドレダクターゼ
より選択される酵素のセットである、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項43】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする2個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項44】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする3個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項45】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする4個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項46】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする5個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項47】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする6個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項48】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする7個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項49】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする8個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項50】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする9個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項51】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする10個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項52】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする11個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項53】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする12個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項54】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする13個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項55】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする14個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項56】
1,3−BDO経路酵素を各々コードする15個の外因性核酸を含む、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項57】
上記少なくとも一つの外因性核酸が異種性の核酸である、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項58】
実質的に嫌気性である培養媒体に存在する、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項59】
1)メタノールおよびCO、2)メタノール、CO2およびH2、3)メタノール、CO、CO2およびH2、4)メタノール、ならびにCOおよびH2からなる合成ガス、5)メタノール、ならびにCO、CO2およびH2からなる合成ガス、6)一つまたはそれ以上の炭化水素、7)メタノールおよび一つまたはそれ以上の炭化水素、ならびに8)メタノール
より選択される炭素原料を用いる、請求項41に記載の非天然の微生物。
【請求項60】
1,3−BDOを製造するための条件下で十分な期間にわたって、請求項41または42に記載の非天然の微生物を培養する工程を含む、1,3−BDOの製造方法。
【請求項61】
上記非天然の微生物が、実質的に嫌気性である培養媒体に存在する、請求項60に記載の方法。
【請求項62】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする2個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項63】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする3個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項64】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする4個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項65】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする5個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項66】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする6個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項67】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする7個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項68】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする8個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項69】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする9個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項70】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする10個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項71】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする11個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項72】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする12個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項73】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする13個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項74】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする14個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項75】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする15個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項76】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする16個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項77】
上記微生物が、1,3−BDO経路酵素を各々コードする17個の外因性核酸を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項78】
上記少なくとも一つの外因性核酸が異種性の核酸である、請求項60に記載の方法。
【請求項79】
上記微生物が、
1)メタノールおよびCO、2)メタノール、CO2およびH2、3)メタノール、CO、CO2およびH2、4)メタノール、ならびにCOおよびH2からなる合成ガス、5)メタノール、ならびにCO、CO2およびH2からなる合成ガス、6)一つまたはそれ以上の炭化水素、7)メタノールおよび一つまたはそれ以上の炭化水素、ならびに8)メタノール
より選択される炭素原料を用いる、請求項60に記載の方法。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【公表番号】特表2013−513384(P2013−513384A)
【公表日】平成25年4月22日(2013.4.22)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2012−543135(P2012−543135)
【出願日】平成22年11月19日(2010.11.19)
【国際出願番号】PCT/US2010/057525
【国際公開番号】WO2011/071682
【国際公開日】平成23年6月16日(2011.6.16)
【出願人】(504356052)ジェノマティカ・インコーポレイテッド (8)
【氏名又は名称原語表記】Genomatica, Inc.
【Fターム(参考)】
【公表日】平成25年4月22日(2013.4.22)
【国際特許分類】
【出願日】平成22年11月19日(2010.11.19)
【国際出願番号】PCT/US2010/057525
【国際公開番号】WO2011/071682
【国際公開日】平成23年6月16日(2011.6.16)
【出願人】(504356052)ジェノマティカ・インコーポレイテッド (8)
【氏名又は名称原語表記】Genomatica, Inc.
【Fターム(参考)】
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