増殖因子シグナル伝達経路レギュレーション状態を評価するための方法及び遺伝子発現サイン
細胞サンプルまたは被験者中の増殖因子経路シグナル伝達のレギュレーション状態を評価するための方法、バイオマーカー及び発現サインが開示されている。より具体的には、本発明の幾つかの態様は、サンプル中の増殖因子経路デレギュレーション状態を評価するために；細胞サンプルをデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類するために；物質がサンプル中の増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートするかを調べるために；被験者の増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質に対する応答を予測するために；被験者に対して治療を割り当てるためにに；及び増殖因子経路シグナル伝達をレギュレートするように設計された癌治療の薬力学的効果を予測し、評価するためにバイオマーカー及び遺伝子サインとして使用され得る遺伝子の集合を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）腫瘍細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと異常活性を有する増殖因子シグナル伝達経路の成分を少なくとも１つ以上有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなるレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルをレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しており、またレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しており：
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことからなる単離した細胞サンプルをデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項２】
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることからなる方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、細胞サンプルはデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含む単離した細胞サンプルをデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項３】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項２に記載の方法。
【請求項４】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項２に記載の方法。
【請求項５】
差次的発現値は１ｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項２に記載の方法。
【請求項６】
閾値は０である請求項２に記載の方法。
【請求項７】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項２に記載の方法。
【請求項８】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項１または２に記載の方法。
【請求項９】
第１の複数はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
第１の複数はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
第１の複数はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも５０個の遺伝子から構成されている請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
第１の複数はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており、第２の複数はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されている請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
（ａ）（ｉ）被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと異常活性を有する増殖因子シグナル伝達経路の成分を少なくとも１つ以上有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなるレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば細胞サンプルをレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しており、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含み、デレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質に対して応答すると予測される被験者を示す前記物質に対する被験者の応答の予測方法。
【請求項１４】
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得：
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意ならば、被験者をデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、デレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質に応答すると予測される被験者を示す被験者の前記物質に対する応答の予測方法。
【請求項１５】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
閾値は０である請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項１２に記載の方法。
【請求項２０】
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｂ）被験者がデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類されるならば、該被験者に増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質を割り当て、前記癌患者に有糸分裂抑制剤タイプの物質を割り当てない；
ことを含む被験者への治療の割り当て方法。
【請求項２１】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
閾値は０である請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
０．０５未満のｐ値ならばサインスコアは統計上有意である請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
（ａ）被験者を増殖因子シグナル伝達経路の１つ以上の成分をモジュレートする物質と接触させ；
（ｂ）被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類する；
ことを含む被験者中の増殖因子シグナル伝達経路に対する物質の薬力学的活性の測定方法であって、前記分類は
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのびバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を下回るならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者はレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、前記物質での治療を受け且つレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路に対して薬力学的活性を有する物質を示す前記方法。
【請求項２７】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
閾値は０である請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項２６に記載の方法。
【請求項３２】
（ａ）被験者を物質と接触させ、
（ｂ）被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含む前記物質が被験者中の増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートするかを調べる方法であって、前記分類は
（ｉ）ａ）物質と接触していない対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減ずることによりサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を下回るならば、ｂ）サインスコアが統計上有意ならば、被験者をレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、物質での治療を受け且つレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路に対する効果を有する物質を示す前記方法。
【請求項３３】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項３２に記載の方法。
【請求項３６】
閾値は０である請求項３２に記載の方法。
【請求項３７】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項３２に記載の方法。
【請求項３８】
（ｉ）腫瘍細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと異常活性を有する増殖因子シグナル伝達経路の成分を少なくとも１つ以上有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなるレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルをレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しており、またレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含む単離した細胞サンプルをデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項３９】
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含む単離した細胞サンプルをデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項４０】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
差次的発現値は１ｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
閾値は０である請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項３９に記載の方法。
【請求項４４】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項３８または３９に記載の方法。
【請求項４５】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項３８に記載の方法。
【請求項４６】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項１に記載の方法。
【請求項４７】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも５０個の遺伝子から構成されている請求項３８に記載の方法。
【請求項４８】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており、第２の複数はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されている請求項３９に記載の方法。
【請求項４９】
（ａ）（ｉ）被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと異常活性を有する増殖因子シグナル伝達経路の成分を少なくとも１つ以上有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなるレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば細胞サンプルをレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有し、またレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、デレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質に対して応答すると予測される被験者を示す被験者の前記物質に対する応答を予測するための方法。
【請求項５０】
（ａ）（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含み、デレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質に対して応答すると予測される被験者を示す被験者の前記物質に対する応答を予測するための方法。
【請求項５１】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
閾値は０である請求項５０に記載の方法。
【請求項５４】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項５０に記載の方法。
【請求項５５】
（ａ）（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得る方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｂ）被験者がデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類されたならば、被験者に増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質を割り当て、前記癌患者に有糸分裂抑制剤タイプの物質を割り当てない；
ことを含む被験者に対する治療の割り当て方法。
【請求項５６】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
閾値は０である請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項５５に記載の方法。
【請求項６０】
（ａ）被験者を増殖因子シグナル伝達経路の１つ以上の成分をモジュレートする物質と接触させ、
（ｂ）被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含む被験者における前記物質の増殖因子シグナル伝達経路に対する薬力学的活性の測定方法であって、前記分類は
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を下回るならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、前記物質の治療を受け且つレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路に対する薬力学的活性を有する物質を示す前記方法。
【請求項６１】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項６０に記載の方法。
【請求項６３】
閾値は０である請求項６０に記載の方法。
【請求項６４】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項６０に記載の方法。
【請求項６５】
（ａ）被験者を増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質と接触させ、
（ｂ）被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含む前記物質が被験者中の増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートするかを調べる方法であって、前記分類は
（ｉ）ａ）前記物質と接触していない対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を下回るならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、前記物質の治療を受け且つレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路に対する効果を有する物質を示す前記方法。
【請求項６６】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
閾値は０である請求項６５に記載の方法。
【請求項６９】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項６５に記載の方法。
【請求項７０】
（ｉ）腫瘍細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと酸素の存在下で有意な解糖活性を有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる非活性化解糖経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルを非活性化解糖経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルを活性化解糖経路を有しているとして分類し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含む単離した細胞サンプルを活性化または非活性化解糖経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項７１】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項７０に記載の方法。
【請求項７３】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項７０に記載の方法。
【請求項７４】
（ａ）（ｉ）被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと酸素の存在下で有意な解糖活性を有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる非活性化解糖経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば細胞サンプルを非活性化解糖経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば細胞サンプルを活性化解糖経路を有しているとして分類し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有しており、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含むことにより被験者を活性化または非活性化解糖経路を有しているとして分類し、活性化解糖経路を有しているとして分類された被験者は解糖経路をモジュレートする物質に応答すると予測される被験者を示す被験者の前記物質に対する応答を予測するための方法。
【請求項７５】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
第１の複数はそのバイオマーカーは表１３にリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項７４に記載の方法。
【請求項７８】
（ａ）被験者を解糖経路をモジュレートする物質と接触させ、
（ｂ）被験者を非活性化または活性化解糖経路を有しているとして分類することを含む前記物質が被験者中の解糖経路をモジュレートするかを調べる方法であって、前記分類は
（ｉ）被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと酸素の存在下で有意な解糖活性を有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる非活性化解糖経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば細胞サンプルを非活性化解糖経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば細胞サンプルを活性化解糖経路を有しているとして分類し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、前記物質の治療を受け且つ非活性化解糖経路を有するとして分類された被験者は解糖経路に対する効果を有する物質を示す前記方法。
【請求項７９】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項７８に記載の方法。
【請求項８１】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項７８に記載の方法。
【請求項１】
（ｉ）腫瘍細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと異常活性を有する増殖因子シグナル伝達経路の成分を少なくとも１つ以上有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなるレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルをレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しており、またレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しており：
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことからなる単離した細胞サンプルをデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項２】
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることからなる方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、細胞サンプルはデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含む単離した細胞サンプルをデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項３】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項２に記載の方法。
【請求項４】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項２に記載の方法。
【請求項５】
差次的発現値は１ｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項２に記載の方法。
【請求項６】
閾値は０である請求項２に記載の方法。
【請求項７】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項２に記載の方法。
【請求項８】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項１または２に記載の方法。
【請求項９】
第１の複数はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
第１の複数はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
第１の複数はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも５０個の遺伝子から構成されている請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
第１の複数はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており、第２の複数はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されている請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
（ａ）（ｉ）被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと異常活性を有する増殖因子シグナル伝達経路の成分を少なくとも１つ以上有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなるレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａ及び５ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば細胞サンプルをレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しており、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含み、デレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質に対して応答すると予測される被験者を示す前記物質に対する被験者の応答の予測方法。
【請求項１４】
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得：
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意ならば、被験者をデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、デレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質に応答すると予測される被験者を示す被験者の前記物質に対する応答の予測方法。
【請求項１５】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
閾値は０である請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項１２に記載の方法。
【請求項２０】
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｂ）被験者がデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類されるならば、該被験者に増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質を割り当て、前記癌患者に有糸分裂抑制剤タイプの物質を割り当てない；
ことを含む被験者への治療の割り当て方法。
【請求項２１】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
閾値は０である請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
０．０５未満のｐ値ならばサインスコアは統計上有意である請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
（ａ）被験者を増殖因子シグナル伝達経路の１つ以上の成分をモジュレートする物質と接触させ；
（ｂ）被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類する；
ことを含む被験者中の増殖因子シグナル伝達経路に対する物質の薬力学的活性の測定方法であって、前記分類は
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのびバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を下回るならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者はレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、前記物質での治療を受け且つレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路に対して薬力学的活性を有する物質を示す前記方法。
【請求項２７】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
閾値は０である請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項２６に記載の方法。
【請求項３２】
（ａ）被験者を物質と接触させ、
（ｂ）被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含む前記物質が被験者中の増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートするかを調べる方法であって、前記分類は
（ｉ）ａ）物質と接触していない対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表５ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減ずることによりサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を下回るならば、ｂ）サインスコアが統計上有意ならば、被験者をレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、物質での治療を受け且つレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路に対する効果を有する物質を示す前記方法。
【請求項３３】
第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表９ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されている請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項３２に記載の方法。
【請求項３６】
閾値は０である請求項３２に記載の方法。
【請求項３７】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項３２に記載の方法。
【請求項３８】
（ｉ）腫瘍細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと異常活性を有する増殖因子シグナル伝達経路の成分を少なくとも１つ以上有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなるレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルをレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しており、またレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含む単離した細胞サンプルをデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項３９】
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含む単離した細胞サンプルをデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項４０】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
差次的発現値は１ｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
閾値は０である請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項３９に記載の方法。
【請求項４４】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項３８または３９に記載の方法。
【請求項４５】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項３８に記載の方法。
【請求項４６】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項１に記載の方法。
【請求項４７】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも５０個の遺伝子から構成されている請求項３８に記載の方法。
【請求項４８】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており、第２の複数はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されている請求項３９に記載の方法。
【請求項４９】
（ａ）（ｉ）被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと異常活性を有する増殖因子シグナル伝達経路の成分を少なくとも１つ以上有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなるレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａ及び１１ｂにリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば細胞サンプルをレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルがレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば細胞サンプルをデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、レギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して高い類似性を有し、またレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し、デレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質に対して応答すると予測される被験者を示す被験者の前記物質に対する応答を予測するための方法。
【請求項５０】
（ａ）（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含み、デレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質に対して応答すると予測される被験者を示す被験者の前記物質に対する応答を予測するための方法。
【請求項５１】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
閾値は０である請求項５０に記載の方法。
【請求項５４】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項５０に記載の方法。
【請求項５５】
（ａ）（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得る方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を超えているならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことにより被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｂ）被験者がデレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類されたならば、被験者に増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質を割り当て、前記癌患者に有糸分裂抑制剤タイプの物質を割り当てない；
ことを含む被験者に対する治療の割り当て方法。
【請求項５６】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
閾値は０である請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項５５に記載の方法。
【請求項６０】
（ａ）被験者を増殖因子シグナル伝達経路の１つ以上の成分をモジュレートする物質と接触させ、
（ｂ）被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含む被験者における前記物質の増殖因子シグナル伝達経路に対する薬力学的活性の測定方法であって、前記分類は
（ｉ）ａ）対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を下回るならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）で得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、前記物質の治療を受け且つレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路に対する薬力学的活性を有する物質を示す前記方法。
【請求項６１】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項６０に記載の方法。
【請求項６３】
閾値は０である請求項６０に記載の方法。
【請求項６４】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項６０に記載の方法。
【請求項６５】
（ａ）被験者を増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートする物質と接触させ、
（ｂ）被験者をデレギュレートまたはレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類することを含む前記物質が被験者中の増殖因子シグナル伝達経路をモジュレートするかを調べる方法であって、前記分類は
（ｉ）ａ）前記物質と接触していない対照細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第２発現レベルに対する被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の各々及び第２の複数の遺伝子の各々の第１発現レベルの差次的発現値を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ａにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、第２の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１１ｂにリストされている少なくとも３個以上の遺伝子から構成されており、ｂ）第１の複数の遺伝子及び第２の複数の遺伝子の発現レベルの平均差次的発現値を計算し、ｃ）第１の複数の遺伝子の平均差次的発現値から第２の複数の遺伝子の平均差次的発現値を減じてサインスコアを得ることを含む方法によりサインスコアを計算し；
（ｉｉ）ａ）得られたサインスコアが所定閾値を下回るならば、ｂ）サインスコアが統計上有意であるならば、被験者をレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類し；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、前記物質の治療を受け且つレギュレートされている増殖因子シグナル伝達経路を有しているとして分類された被験者は増殖因子シグナル伝達経路に対する効果を有する物質を示す前記方法。
【請求項６６】
差次的発現値はｌｏｇ（１０）比である請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
差次的発現値はｌｏｇ１０（２Λ−Ｃｔ）である請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
閾値は０である請求項６５に記載の方法。
【請求項６９】
０．０５未満のｐ値を有しているならばサインスコアは統計上有意である請求項６５に記載の方法。
【請求項７０】
（ｉ）腫瘍細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと酸素の存在下で有意な解糖活性を有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる非活性化解糖経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルを非活性化解糖経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば腫瘍細胞サンプルを活性化解糖経路を有しているとして分類し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含む単離した細胞サンプルを活性化または非活性化解糖経路を有しているとして分類するための方法。
【請求項７１】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項７０に記載の方法。
【請求項７３】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項７０に記載の方法。
【請求項７４】
（ａ）（ｉ）被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと酸素の存在下で有意な解糖活性を有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる非活性化解糖経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば細胞サンプルを非活性化解糖経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば細胞サンプルを活性化解糖経路を有しているとして分類し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有しており、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含むことにより被験者を活性化または非活性化解糖経路を有しているとして分類し、活性化解糖経路を有しているとして分類された被験者は解糖経路をモジュレートする物質に応答すると予測される被験者を示す被験者の前記物質に対する応答を予測するための方法。
【請求項７５】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
第１の複数はそのバイオマーカーは表１３にリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項７４に記載の方法。
【請求項７８】
（ａ）被験者を解糖経路をモジュレートする物質と接触させ、
（ｂ）被験者を非活性化または活性化解糖経路を有しているとして分類することを含む前記物質が被験者中の解糖経路をモジュレートするかを調べる方法であって、前記分類は
（ｉ）被験者由来の単離した細胞サンプル中の第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる第１発現プロファイルと酸素の存在下で有意な解糖活性を有していない複数の対照細胞サンプル中のそれぞれの遺伝子の平均発現レベルである第１の複数の遺伝子の発現レベルからなる非活性化解糖経路テンプレート間の類似度を計算し、前記した第１の複数の遺伝子はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも５個の遺伝子から構成されており；
（ｉｉ）第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有しているならば細胞サンプルを非活性化解糖経路を有しているとして分類し、また第１発現プロファイルが非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しているならば細胞サンプルを活性化解糖経路を有しているとして分類し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を超えているならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して高い類似性を有し、非活性化解糖経路テンプレートに対する類似性が所定閾値を下回るならば第１発現プロファイルは非活性化解糖経路テンプレートに対して低い類似性を有しており；
（ｉｉｉ）分類ステップ（ｉｉ）により得た分類をユーザーインターフェースデバイス、コンピューター読み取り可能記憶媒体、或いはローカルまたはリモートコンピューターシステムに表示または出力させる；
ことを含み、前記物質の治療を受け且つ非活性化解糖経路を有するとして分類された被験者は解糖経路に対する効果を有する物質を示す前記方法。
【請求項７９】
単離した細胞サンプルはヒト被験者由来である請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも１０個の遺伝子から構成されている請求項７８に記載の方法。
【請求項８１】
第１の複数はそのバイオマーカーが表１３にリストされている少なくとも２０個の遺伝子から構成されている請求項７８に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１２】
【図１３】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１４Ｃ】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１５Ｃ】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５Ａ】
【図２５Ｂ】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１２】
【図１３】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１４Ｃ】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１５Ｃ】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５Ａ】
【図２５Ｂ】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【公表番号】特表２０１１−５１５０８８（Ｐ２０１１−５１５０８８Ａ）
【公表日】平成２３年５月１９日（２０１１．５．１９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１１−５００９４３（Ｐ２０１１−５００９４３）
【出願日】平成２１年３月１９日（２００９．３．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３７５９８
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１２０５６１
【国際公開日】平成２１年１０月１日（２００９．１０．１）
【出願人】（３９００２３５２６）メルク・シャープ・エンド・ドーム・コーポレイション (924)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２３年５月１９日（２０１１．５．１９）
【国際特許分類】
【出願日】平成２１年３月１９日（２００９．３．１９）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００９／０３７５９８
【国際公開番号】ＷＯ２００９／１２０５６１
【国際公開日】平成２１年１０月１日（２００９．１０．１）
【出願人】（３９００２３５２６）メルク・シャープ・エンド・ドーム・コーポレイション (924)
【Ｆターム（参考）】
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