患者を選択するためのバイオマーカーおよび関連方法
本発明は、予防または治療のための処置後に、被験者が予防または治療上の免疫応答を発現しやすいか否かを決定するためのバイオマーカーおよびその使用に関する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は免疫学の分野、特に、例えば感染または癌により引き起こされる疾病に対する患者の免疫療法に関する。さらに詳細には、本発明はこのような免疫療法の後に、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいか否かを予測するための方法に関する。本発明は、免疫原性組成物、特に治療用ワクチンにより治療される患者の生存率を改善するための方法および組成物に関する。
【背景技術】
【０００２】
免疫応答を誘導する抗原（例えばペプチド、タンパク質）の動物系への導入に関与し、これによって前記動物を例えば感染から保護する従来のワクチン接種技術が長年の間知られていた。これらの技術はさらに、生および不活化ワクチンの両方の開発を含んできた。生ワクチンは典型的には、感染病原体の病原型に対する免疫応答をプライミングできる、感染病原体の弱毒化された非病原型である。
【０００３】
多くの研究グループもまた、様々な癌の型に対する潜在的な治療様式としてのワクチンの使用について研究を行ってきた。このワクチン戦略の特定の型は、一般に免疫療法と称される。
【０００４】
近年、興味ある外来抗原をコードし、ベクターから発現する組み換えワクチン、特に組み換え生ワクチンの開発に進歩がみられる。なかでも組み換えウイルスに基づくベクターは、新しいワクチンの開発において大きな見込みを示し、重要な役割を果たしている。多くのウイルスが、外来病原体または腫瘍組織由来のタンパク質を発現し、かつそれらの抗原に対する特異的な免疫応答をin vivoで誘導する能力について研究されてきた。一般にこれらの遺伝子に基づくワクチンが、強力な液性および細胞性免疫応答を刺激できることから、ウイルスベクターは、抗原をコードする遺伝子の送達ならびに抗原提示の促進および増強の両方に対する有効な戦略であり得る。ワクチン担体として利用するために理想的なウイルスベクターは安全であり、かつ必要とされる病原体特異的抗原を免疫系へ効率的に提示できなければならない。さらにベクター系は、その大量産生を可能とする基準に合致しなければならない。このように、今日までに幾つかのウイルス性ワクチンベクターが出現し、それらは全て、提案される応用により、相対的な利点と限界を有している（組み換えウイルス性ワクチンについての総説は、例えばHarrop and Carroll, 2006, Front Biosci., 11, 804-817 ; Yokoyana et al., 1997, J Vet Med Sci.,59, 311-322 を参照されたい）。
【０００５】
プラスミドＤＮＡベクターをin vivoで動物細胞へ直接トランスフェクトできるという１９９０年代初期の知見に続き、抗原をコードするＤＮＡの動物への直接導入によって免疫応答を誘導する、ＤＮＡプラスミドの使用に基づいたワクチン接種技術開発のための著しい研究努力もまた企てられた。このような技術はＤＭＡワクチン接種と広く称されており、現在では多数の疾患モデルにおいて防御免疫応答を誘発するために用いられている。ＤＮＡワクチンの総説として、Reyes-Sandoval and Ertl, 2001 (Current Molecular Medicine, 1, 217-243)を参照されたい。
【０００６】
しかしながらワクチンの分野における一般的な問題は、感染および疾患からの防御および／または治療、ならびにそれによって致死的な疾病、例えば癌患者の生存を延長させるために、ワクチン接種される個体へ十分に強力な免疫応答を誘導する手法の同定である。
【０００７】
従って、近年における主要な試みは、例えばワクチンによって誘導される免疫応答の増大に役立ち得る、免疫系の鍵となる特定の性状を刺激することによって作用する新規な薬品化合物の発見である。これらの化合物の多くは免疫応答修飾因子（ＩＲＭ）またはアジュバントと称され、種々の重要なサイトカイン（例えばインターフェロン、インターロイキン、腫瘍壊死因子など。例えばSchiller et al., 2006, Exp Dermatol., 15, 331- 341を参照。）の生合成を誘導する、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）経由の基本的な免疫系の機序を通じて作用すると考えられる。このような化合物は、特定のＴ細胞、樹状細胞、または単球／マクロファージ由来のサイトカインの迅速な放出を刺激することが示されており、かつリンパ球の機能を刺激して、例えばＢ細胞に、ＩＲＭ化合物の抗ウイルスおよび抗腫瘍活性において重要な役割を果たす抗体を分泌させることもできる。
【０００８】
あるいは、ワクチン接種戦略の多くはプライム−ブーストワクチン接種計画に基づいて提案されている。これらの「プライム−ブースト」ワクチン接種プロトコルによれば、免疫系は患者へプライミング組成物を投与することによって最初に誘導され、次にブースト第２組成物の投与によってブーストされる（例えば、欧州特許第１４１１９７４号または米国特許出願公開第２００３０１９１０７６号を参照）。
【０００９】
これはさらに、一つの治療が特定の患者群においてのみ有効となり得るという、保健医療の状況において示されている。従って医師が、最適な個別化された患者の治療法を調整する、すなわち的確な治療法を的確な患者へ的確な時期に指示する、治療の高い成功率を提供する、治療への応答をモニターする、薬物の有効性および安全性を増大する、患者にとってその治療法が適切ではない不必要な治療を排除する、患者に不必要な毒性および副作用を与えない、患者および保険会社に対し、不必要または危険で効果のない薬物療法の費用を削減する、および患者の生活の質を改善して、最終的には癌を適切なフォーローアップアッセイによって管理される疾患とすることを可能にし得る手段および方法を、彼らへ提供することが望ましい。
【００１０】
これに関して文献は、例えば以下のような様々な手段および方法を提案している：
−遺伝的な相違による作用としての、薬物に対する個別の応答についての研究からなる遺伝薬理学。これらの応答は、所定のいずれの個体において薬物がどのように作用するか、それがどのように代謝されるか、その毒性および投薬必要量に関わる。ヒトゲノム計画により、遺伝薬理学は薬理ゲノム学へと発展した。薬理ゲノム学は、薬物の発見および開発、標的の発見および検証、ならびに治験から用途を見出す可能性によって遺伝薬理学を超える；
−メタボロミクスもまた、予測的な医学の分野に応用できる。遺伝的因子に限定される遺伝薬理学とは異なり、薬理メタボロミクスは、遺伝的因子のみではなく非遺伝的因子、例えば患者体内のその他の薬物、患者の現在の健康状態などにも基づいて、薬物に対する個体の応答を予測することが可能である。
−バイオマーカーの役割は、治療方法の臨床開発においてますます重要になりつつある。バイオマーカーは、正常な生物学的過程、疾患過程、または治療的介入への薬理応答の指標となり得る。その役割は、レスポンダー対ノンレスポンダーの同定に役立つ患者集団の層別化から、治療方法の有効性の判定にまで及ぶ。バイオマーカーは、薬剤開発の費用を減少させ、かつ治療法を最も適切な患者集団へより早く届けることを可能にする、よりよい判断のための貴重な手段となり得る。
【００１１】
本発明は、望まれる臨床転帰に関連する、実質的に信頼できる特徴であると判定された生物学的なマーカー（バイオマーカー）を用いた、患者への免疫原性組成物の投与を含む治療（すなわち免疫療法による治療）の有効性を予測するための材料および方法を提供する。このバイオマーカーは、前記の免疫原性組成物による治療の前に、患者から得た生体サンプル中に存在する。治療開始前にその臨床転帰を予測する能力により、医師および患者は、有効ではない治療法を同定して、それを放棄するかまたは代替治療法の実行を認めるかを含む、治療過程についての説明および決定を行うことができるであろう。
【００１２】
本出願者はここに新しい手段およびワクチン接種戦略を同定した。さらに詳細には、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのインターロイキン１０／インターフェロンガンマ（ＩＬ１０／ＩＦＮγ）比の使用に関する。代わりに、本発明に従うバイオマーカーとしてインターフェロンガンマ／インターロイキン１０（ＩＦＮγ／ＩＬ１０）比を用いることもできるが、この場合には結果を適合させなければならない。
【００１３】
Van den Boogaardt et al, 2006（Transplantation, 82, 844-848）には、インターフェロンガンマ／インターロイキン１０（ＩＦＮγ／ＩＬ１０）比が、腎移植について拒絶される患者とされない患者を区別するための有用な手段であることが示されている。
【００１４】
Jamal et al., 2007,（Tuberculosis, 87, 279-287）には、肺および肺外結核において、インターフェロンガンマ／インターロイキン１０（ＩＦＮγ／ＩＬ１０）比と疾病重症度の順位との間に直接の関連性がみられることが示されている。
【００１５】
同様に、Gomes-Silva et al, 2007,（Clinical and Experimental Immunology, 149, 440-444）には、高いＩＦＮγおよび低いＩＬ１０が粘膜リーシュマニア症の重症度に関連することが示唆されている。
【００１６】
第１の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患の患者を治療するための方法に関し、前記患者は低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される。
【００１７】
従って本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患の患者を治療するための方法であって、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から一患者を選択すること、
−前記の選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる方法に関する。
【００１８】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいか否かを予測するための方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいと予測されることを示す方法に関する。
【００１９】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすい患者を選択するための方法であって
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいことを示す方法に関する。
【００２０】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与を含んでなる治療に対して患者が陽性に応答しやすいか否かを予測するための方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいと予測されることを示す方法に関する。
【００２１】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与を含んでなる治療に対して陽性に応答しやすい患者を選択するための方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいことを示す方法に関する。
【００２２】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与を含んでなる治療方法に対して、患者が治療上の応答をするか否か評価するためのex-vivoの方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が免疫組成物に対して予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現することを示す方法に関する。
【００２３】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与により癌を治療する方法に対して、患者が治療上の応答をするか否か評価するためのex-vivoの方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出する工程を含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が癌を治療する方法に対して応答することを示す方法に関する。
【００２４】
本発明はさらに、免疫原性組成物の投与を含んでなる治療のex-vivoの方法であって、患者由来の生体サンプル、特に血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が免疫組成物に対して予防または治療上の応答、特に免疫応答を発現することを示す方法に関する。
【００２５】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで患者は低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される。
【００２６】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に少なくとも１つの抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで患者は低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される。
【００２７】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで前記患者は低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択され、前記の引き起こされた免疫応答は自然免疫応答である。自然免疫応答は病原体に対する身体の最初の防御であり、抗原提示細胞、すなわち「ＡＰＣ」を含む様々な細胞によって誘発される。これらの細胞は、外来性の分子（例えば細菌性およびウイルス性の核酸、タンパク質、炭水化物）を認識する表面および細胞質受容体を発現する。これらのシグナルを検出することにより、樹状細胞およびマクロファージは、サイトカイン（インターフェロン、ＴＮＦアルファ、およびＩＬ−１２を含む）ならびに未熟樹状細胞、マクロファージ、ＮＫ細胞、および顆粒球のような細胞を攻撃の場へ誘引するケモカインの放出を含む、防御性の応答を誘発する。従って自然免疫応答は非特異的な保護を与え、一方で身体は適応型の応答を発生する。
【００２８】
従って本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、該方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から一患者を選択し、
−選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００２９】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に少なくとも１つの抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、該方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から一患者を選択し、
−選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３０】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで上記引き起こされた免疫応答は自然免疫応答であり、前記方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から患者を選択し、
−選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３１】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に上記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３２】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に少なくとも１つの抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に上記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３３】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで引き起こされた免疫応答は自然免疫応答であり、上記方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に上記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３４】
本出願の明細書全体を通して用いられる単数への言及（「ａ」および「ａｎ」）の語は、文脈に他の指示が無い限り、参照される化合物もしくは工程の「少なくとも１」、「少なくとも最初」、「１以上」、または「複数」を意味する。例えば「細胞（ａ ｃｅｌｌ）」との語には、それらの混合を含む、複数の細胞が含まれる。さらに詳細には、「少なくとも１」および「１以上」は、１または１よりも大きな数、特に１、２、もしくは３を好ましく意味する。
【００３５】
本明細書のいずれの箇所でも用いられる「および／または」の語は、「および」、「または」、および「前記の語によって接続される要素の全て、またはその他の組み合わせのいずれも」との意味を含む。
【００３６】
本明細書で用いられる「約」または「おおよそ」の語は、２０％以内、好ましくは１０％以内、さらに好ましくは５％以内を意味する。明確にするため、「約ｘ」にはｘ特異的な値が含まれることを追加する。
【００３７】
「患者」、「被験体」の語は、脊椎動物、特に哺乳類種のメンバーを意味し、家畜、競技動物、ヒトを含む霊長類、を含むがこれらに限定されない。
【００３８】
本明細書で用いられる「治療」または「治療する」の語は、予防および／または治療法を包含する。従って、本発明の免疫原性組成物および方法は、治療への応用に限定されるものではなく、予防用にも使用できる。これは、本明細書の「予防用または治療用の免疫応答を発生させるため」との語によって包含される。「予防」は即時型の疾患（例えば感染症）の予防に限定されるものではなく、長期にわたるこれらの感染の結果、例えば肝硬変または癌の予防もさらに包含する。
【００３９】
活性化合物の「有効量」または「十分量」は、臨床上の結果を含む、有益な、または望まれる結果をもたらすために十分な量である。有効量は、１以上の投与によって投与できる。「治療上有効な量」は、ウイルス性の感染に付随する１以上の症状の緩和、同様に疾患の予防（例えば感染の１以上の症状の予防）を含むがこれらに限定されない、有益な臨床上の結果をもたらす量である。
【００４０】
「低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される患者」との語は、インターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度を本明細書に開示されるように測定され、かつ低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者を意味するものとして理解されなければならない。試験される患者数が１を超える場合、前記患者は患者集団を形成する。
【００４１】
特別な態様によれば、「患者が治療上の応答をし得る」または「患者が治療に対して陽性に応答し得る」との語は、前記患者の生存率が増加することを意味する（実施例部分を参照）。
【００４２】
本発明の好ましい態様によれば、本発明の方法は、患者由来の生体サンプル中のインターロイキン１０およびインターフェロンガンマ濃度を免疫原性組成物の投与前に測定することである、最初の工程を含んでなる。
【００４３】
本発明によれば、インターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度は、患者から得た生体サンプルにおいて測定される。生体サンプルには、血液および生物由来のその他の液体サンプル、生検の検体のような固形組織サンプルが含まれるが、これらに限定されない。好ましい態様によれば、生体サンプルは血液、血漿、または血清であり、この場合患者からのサンプルは、比較的単純で非侵襲的な手順により得られる。血液または血清を得る方法は当該技術分野において公知であり、本発明の一部ではない。
【００４４】
加えて、インスタントバイオマーカーを含む、ポリペプチドを検出および定量するための方法が多数知られている。このような方法には、抗体に基づく方法、さらに詳細にはモノクローナル抗体に基づく方法が含まれるが、これらに限定されない。本発明にとって、インスタントバイオマーカーを検出および定量するための特定の方法は重要ではない。例えば、本発明の材料および方法は、Luminex技術（Luminex Corporation、オースティン、テキサス州）または酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ、多くのＥＬＩＳＡキットが、例えばCliniScience、Diaclone、Biosourceから市販されている）と共に用いられてよい。
【００４５】
本発明の一態様によれば、インターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度は抗体を用いて判定される。
本発明の特定の一態様によれば、単数または複数の前記抗体はＩＬ１０またはＩＦＮγに特異的である。
本発明の特定の一態様によれば、前記抗体はモノクローナル抗体である。
【００４６】
本発明の特定の一態様によれば、前記抗体は、例えば蛍光、放射標識、酵素、ビオチン、または前記抗体によって標識された細胞が検出可能となるように設計されたその他のいずれの方法によってもタグ化される。これらの技術は広く用いられており、当該技術分野において公知である。
【００４７】
関連する態様によれば、この方法は、患者への免疫原性組成物の投与前に、患者におけるインターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度を判定すること；ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出すること；前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比をカットオフ値に対して比較すること；および、カットオフ値に比較したＩＬ１０／ＩＦＮγ比の濃度に基づき、免疫療法による治療の有効性を予測することを含む。
【００４８】
特別な態様によれば、前記カットオフ値は約５、好ましくは約４、さらに好ましくは約３、特に約２である。好ましい一態様によれば、前記カットオフ値は約３．７、さらに好ましくは３．７である。好ましい態様によれば、本発明による「低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比」とは、約５未満、好ましくは約４未満、さらに好ましくは約３未満、特に約２未満のＩＬ１０／ＩＦＮγ比を指す。好ましい一態様によれば、本発明による前記「低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比」とは、約３．７未満、さらに好ましくは３．７未満のＩＬ１０／ＩＦＮγ比を指す。好ましい態様によれば、インターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）により、Luminex（登録商標）分析により、ラブオンチップシステムにより、放射免疫測定法、または抗体もしくはその他の特異的分子を用いる、ＩＬ１０およびＩＦＮγの特異的な分子認識に基づくその他のシステムにより測定される。
【００４９】
本明細書で用いられる「免疫原性組成物」、「ワクチン組成物」、「ワクチン」の語、または類似の語は互換的に用いることができ、患者の免疫系を刺激し／誘導し／増大させて、現在の状態を寛解させる、例えば生存率を改善させるか、あるいは現在または将来の害もしくは感染（ウイルス性、細菌性、寄生虫性の感染）から保護するかまたはこれらを減少させるため、例えば腫瘍細胞の増殖もしくは生存の減少、患者における病原体の複製もしくは伝播の減少、または状態に付随する症状の検出可能な程度の減少、患者の生存の延長、に適した薬剤を意味する。前記免疫原性組成物は、（ｉ）少なくとも１つの標的抗原の全部もしくは一部、および／または（ｉｉ）少なくとも１つの異種性ヌクレオチド配列、特に少なくとも１つの標的抗原の全部もしくは一部をコードする異種性ヌクレオチド配列の、全部もしくは一部をin vivoで発現する、少なくとも１つの組み換えベクターを少なくとも含むことができる。別の態様によれば、本発明の免疫原性組成物は、（ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫応答修飾因子を、単独、または（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）と組み合わせて含んでなる。このような免疫応答修飾因子（immune response modifiers：ＩＲＭ）の例には、ＣｐＧオリゴヌクレオチド（例えば米国特許第６，１９４，３８８号；米国特許出願公開第２００６０９４６８３号；国際公開第２００４０３９８２９号を参照）、リポ多糖、ポリイノシン・ポリシチジン酸複合体（Kadowaki, et el., 2001, J. Immunol. 166, 2291-2295）、ならびに樹状細胞および／または単球／マクロファージからのサイトカイン酸性を誘導することが知られているポリペプチドおよびタンパク質が含まれる。このような免疫応答修飾因子（ＩＲＭ）の例は、イミダゾキノリンアミン、イミダゾピリジンアミン、６，７−融合シクロアルキルイミダゾピリジンアミン、イミダゾナフチリジンアミン、オキザロキノリンアミン、チアゾロキノリンアミン、および１，２−架橋イミダゾキノリンアミンのような有機小分子である（例えば米国特許第４，６８９，３３８号；米国特許第５，３８９，６４０号；米国特許第６，１１０，９２９号；および米国特許第６，３３１，５３９号を参照）。別の態様によれば、免疫原性組成物は、癌のような疾病を治療するために患者の免疫応答を刺激する細胞を含んでなる。前記細胞は、抗原性の組成物（例えばDendreon Corporationにより開発されたProvenge）と組み合わせた、樹状細胞のような抗原提示細胞、腫瘍細胞（例えばCell Genesysにより開発されたGVAX）、またはリンパ球であってよい。
【００５０】
本明細書で用いられる「抗原」の語は、免疫応答の標的となることが可能な、複合体抗原（例えば腫瘍細胞、ウイルス感染細胞、樹状細胞など）を含むいずれの物質も指す。抗原は、例えば患者により引き起こされた細胞性および／または液性免疫応答の標的であってよい。「抗原」の語は、ウイルス性抗原、腫瘍特異的または腫瘍関連抗原、細菌性抗原、寄生虫性抗原、アレルゲンなどの全部または一部を包含する：
−ウイルス性抗原は例えば、肝炎ウイルスＡ、Ｂ、Ｃ、ＤおよびＥ、ＨＩＶ、疱疹ウイルス、サイトメガロウイルス、水痘帯状疱疹、パピローマウイルス、エプスタイン・バーウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、アデノウイルス、コクサッキーウイルス、ピコルナウイルス、ロタウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、ポックスウイルス、ライノウイルス、風疹ウイルス、パポバウイルス、ムンプスウイルス、麻疹ウイルス由来の抗原を含む；公知のウイルス性抗原の限定されない幾つかの例は、以下：ＨＩＶ−１、例えばｔａｔ、ｎｅｆ、ｇｐ１２０もしくはｇｐ１６０、ｇｐ４０、ｐ２４、ｇａｇ、ｅｎｖ、ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｕ、ｒｅｖ、またはそれらの一部および／もしくは組み合わせ由来の抗原；ヒト疱疹ウイルス、例えばｇＨ、ｇＬ、ｇＭ、ｇＢ、ｇＣ、ｇＫ、ｇＥ、もしくはｇＤまたはそれらの一部および／もしくは組み合わせ、または前初期タンパク質、例えばＨＳＶ１もしくはＨＳＶ２由来のＩＣＰ２７、ＩＣＰ４７、ＩＣＰ４、ＩＣＰ３６由来の抗原；サイトメガロウイルス、特にヒトサイトメガロウイルス、例えばｇＢまたはその誘導体由来の抗原；エプスタイン・バーウイルス、例えばｇｐ３５０またはその誘導体由来の抗原；水痘帯状疱疹ウイルス、例えばｇｐ１、１１、１１１およびＩＥ６３由来の抗原；肝炎ウイルス、例えばＢ型肝炎、Ｃ型肝炎、またはＥ型肝炎ウイルス抗原（例えばＨＣＶのｅｎｖタンパク質Ｅ１もしくはＥ２、コアタンパク質、ＮＳ２、ＮＳ３、ＮＳ４ａ、ＮＳ４ｂ、ＮＳ５ａ、ＮＳ５ｂ、ｐ７、またはそれらの一部および／もしくは組み合わせ）由来の抗原；ヒトパピローマウイルス（例えばＨＰＶ６、１１、１６、１８、例えばＬ１、Ｌ２、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ３、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、Ｅ７、またはそれらの一部および／もしくは組み合わせ）由来の抗原；その他のウイルス性病原体、例えば呼吸器合胞体ウイルス（例えばＦおよびＧタンパク質またはそれらの誘導体）、パラインフルエンザウイルス、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、フラビウイルス（例えば黄熱病ウイルス、デング熱ウイルス、ダニ媒介脳炎ウイルス、日本脳炎ウイルス）またはインフルエンザウイルス細胞（例えばＨＡ、ＮＰ、ＮＡ、もしくはＭタンパク質、またはそれらの一部および／もしくは組み合わせ）由来の抗原を含む；
−腫瘍特異的または関連抗原は、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、および白血病を含むがこれらに限定されない。このような癌のさらに詳細な例は、乳癌、前立腺癌、大腸癌、扁平上皮癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、胃腸癌、膵臓癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞腫、結腸直腸癌、子宮内膜癌、唾液腺癌、腎癌、肝臓癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌および様々な型の頭頚部癌、腎癌、悪性メラノーマ、咽頭癌、前立腺癌を含む。癌抗原とは、明らかに腫瘍特異的な免疫応答を、潜在的に刺激することができる抗原である。これらの抗原のあるものは正常細胞によりコードされるが、必ずしも発現しない。これらの抗原は、正常細胞においては通常サイレント（すなわち発現しない）であるもの、低レベルでのみ発現するかまたは分化の特定の段階に発現するもの、および胚性および胎児性抗原のような一時的に発現するものとして特徴付けられる。その他の癌抗原は、癌遺伝子（例えば活性化ｒａｓ癌遺伝子）、抑制遺伝子（例えば変異ｐ５３）のような変異細胞遺伝子、内部欠失または染色体転座の結果としての融合タンパク質によりコードされる。さらにその他の癌抗原は、ＲＮＡおよびＤＮＡ腫瘍ウイルスにより保有されるような、ウイルス性遺伝子によってコードされ得る。腫瘍特異的または関連抗原の限定されない幾つかの例は、ＭＡＲＴ−１／Ｍｅｌａｎ−Ａ、ｇｐ１００、ジペプチジルペプチダーゼＩＶ（ＤＰＰＩＶ）、アデノシンデアミナーゼ結合タンパク質（ＡＤＡｂｐ）、シクロフィリンｂ、結腸直腸関連抗原（ＣＲＣ）−Ｃ０１７−１Ａ／ＧＡ７３３、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）ならびにその免疫原性エピトープＣＡＰ−１およびＣＡＰ−２、ｅｔｖ６、ａｍｌ１、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）ならびにその免疫原性エピトープＰＳＡ−１、ＰＳＡ−２、およびＰＳＡ−３、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、Ｔ細胞受容体／ＣＤ３ゼータ鎖、腫瘍抗原のＭＡＧＥファミリー（例えばＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＣＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ５、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ７、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＭＡＧＥ−Ａｌ２、ＭＡＧＥ−Ｘｐ２（ＭＡＧＥ−Ｂ２）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ３（ＭＡＧＥ−Ｂ３）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ４（ＭＡＧＥ−Ｂ４）、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＭＡＧＥ−Ｃ３、ＭＡＧＥ−Ｃ４、ＭＡＧＥ−Ｃ５）、腫瘍抗原のＧＡＧＥファミリー（例えばＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ−７、ＧＡＧＥ−８、ＧＡＧＥ−９）、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＬＡＧＥ−１、ＮＡＧ、ＧｎＴ−Ｖ、ＭＵＭ−１、ＣＤＫ４、チロシナーゼ、ｐ５３、ＭＵＣファミリー（例えばＭｕＣ−１）、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｐ２１ｒａｓ、ＲＣＡＳ１、アルファフェトプロテイン、Ｅ−カドヘリン、アルファカテニン、ベータカテニン、およびガンマカテニン、ｐｌ２０ｃｔｎ、ｇｐ１００．ｓｕｐ．Ｐｍｅ１１１７、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ｃｄｃ２７、大腸腺腫症タンパク質（ＡＰＣ）、フォドリン、コネキシン３７、Ｉｇ−イディオタイプ、ｐ１５、ｇｐ７５、ＧＭ２およびＧＤ２ガングリオシド、ヒトパピローマウイルスタンパク質のようなウイルス性産物、腫瘍抗原のＳｍａｄファミリー、ｌｍｐ−１、Ｐ１Ａ、ＥＢＶによりコードされる核抗原（ＥＢＮＡ）−１、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−２（ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０）、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−４、ＳＳＸ−５、ＳＣＰ−１およびＣＴ−７、ならびにｃ−ｅｒｂＢ−２を含む；
−細菌性抗原は、例えば、ＴＢおよびハンセン病の原因となるマイコバクテリア、肺炎球菌、好気性グラム陰性桿菌、マイコプラズマ、ブドウ球菌感染症、連鎖球菌感染症、サルモネラ、クラミジア、ナイセリア由来の抗原を含む；
−その他の抗原は、例えばマラリア、リーシュマニア症、トリパノソーマ症、トキソプラズマ症、住血吸虫症、フィラリア症由来の抗原を含む;
アレルゲンは、感受性の患者にアレルギー性または喘息性の応答を誘導できる物質を指す。アレルゲンのリストは非常に多く、花粉、昆虫毒、動物の鱗屑、真菌胞子、および薬物（例えばペニシリン）を含んでよい。天然の動物および植物アレルゲンの例は、以下の属：イヌ（Canis familiaris）；ダニ（例えばDermatophagoides farinae）；ネコ（Felis domesticus）；ブタクサ（Ambrosia artemiisfolia）；ドクムギ（例えばLolium perenneまたはLolium multiflorum）；スギ（Cryptomeria japonica) ; Alternaria (Alternaria alternata) ;Alder; Alnus {Alnus gultinoasa）；カバノキ（Betula verrucosa）；カシ（Quercus alba）；オリーブ（Olea europa）；ヨモギ（Artemisia vulgaris）；オオバコ（例えばPlantago lanceolata）；ヒカゲミズ（例えばParietaria officinalisまたはParietaria judaica）；チャバネゴキブリ（例えばBlattella germanica）；ミツバチ（例えばApis multiflorum）；イトスギ（例えばCupressus sempervirens、Cupressus arizonica、およびCupressus macrocarpa);ビャクシン（例えばJuniperus sabinoides、Juniperus virginiana、Juniperus communis、およびJuniperus ashei）；クロベ（例えばThuya orientalis）；ヒノキ（例えばChamaecyparis obtusa）；ゴキブリ（例えばPeriplaneta americana）；カモジグサ（例えばAgropyron repens）；ライ麦（例えばSecale cereale）；コムギ（例えばTriticum aestivum）；カモガヤ（例えばDactylis glomerata）；ウシノケグサ（例えばFestuca elatior）；イチゴツナギ（例えばPoa pratensisまたはPoa compressa）；カラスムギ（例えばAvena sativa）；シラゲガヤ（例えばHolcus lanatus）；ツノゴケ（例えばAnthoxanthum odoratum）；オオカニツリ（例えばArrhenatherum elatius）；コヌカグサ（例えばAgrostis alba）；アワガエリ（例えばPhleum pratense）クサヨシ（例えばPhalaris arundinacea）；スズメノヒエ（例えばPaspalum noratum）；モロコシ（例えばSorghum halepensis）；およびスズメノチャヒキ（例えばBromus inermis）に特異的なタンパク質を含むがこれらに限定されない。
【００５１】
特別な一態様によれば、前記抗原は異種性ヌクレオチド配列によりコードされ、組み換えベクターによりin vivoで発現する。
【００５２】
特に好ましい態様によれば、本発明の異種性ヌクレオチド配列は、以下の抗原、ＨＢＶ−ＰｒｅＳ１、ＰｒｅＳ２、および表面ｅｎｖタンパク質、コア、およびｐｏｌＨＩＶ−ｇｐ１２０、ｇｐ４０、ｇｐ１６０、ｐ２４、ｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖ、ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｕ、ｔａｔ、ｒｅｖ、ｎｅｆ；ＨＰＶ−Ｅ１、Ｅ２、Ｅ３、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、Ｅ７、Ｅ８、Ｌ１、Ｌ２（例えば国際公開第９０／１０４５９号、国際公開第９８／０４７０５号、国際公開第９９／０３８８５号を参照）；ＨＣＶ ｅｎｖタンパク質Ｅ１またはＥ２、コアタンパク質、ＮＳ２、ＮＳ３、ＮＳ４ａ、ＮＳ４ｂ、ＮＳ５ａ、ＮＳ５ｂ、ｐ７（例えば国際公開第ＷＯ２００４１１１０８２号、国際公開第２００５０５１４２０号を参照）；Ｍｕｃ−１（例えば米国特許第５，８６１，３８１号；米国特許第６，０５４，４３８号；国際公開第９８／０４７２７号；国際公開第９８／３７０９５号を参照）の全部または一部の１以上をコードする。
【００５３】
本発明の変異形によれば、免疫原性組成物は、少なくとも２の抗原、または少なくとも２の抗原をコードする１の異種性ヌクレオチド配列、または少なくとも２の抗原をコードする少なくとも２の異種性ヌクレオチド配列、またはそれらのいずれの組み合わせも含む。
【００５４】
別の特別な態様によれば、本発明の前記異種性ヌクレオチド配列は、ＨＰＶのＥ６初期コード領域、ＨＰＶのＥ７初期コード領域、およびそれらの誘導体または組み合わせからなる群から選択される、ＨＰＶ抗原の全部または一部をコードする。
【００５５】
本発明による、組み換えベクターによりコードされるＨＰＶ抗原は、ＨＰＶ Ｅ６ポリペプチド、ＨＰＶ Ｅ７ポリペプチド、またはＨＰＶ Ｅ６ポリペプチドおよびＨＰＶ Ｅ７ポリペプチドの両方からなる群から選択される。本発明は、変異しているかまたは少なくとも著しく減弱したｐ５３に結合する、いずれのＨＰＶ Ｅ６ポリペプチドの使用、および／または変異しているかまたは少なくとも著しく減弱したＲｂに結合する、いずれのＨＰＶ Ｅ７ポリペプチドの使用も包含する（Munger et al., 1989, EMBO J. 8, 4099-4105; Crook et al., 1991, Cell 67, 547-556; Heck et al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 4442-4446; Phelps et al., 1992, J. Virol. 66, 2148-2427）。本発明の目的に適した非発癌性のＨＰＶ−１６ Ｅ６変異体では、おおよそ位置１１８からおおよそ位置１２２におけるアミノ酸残基の１以上が欠失しており（＋１は、天然ＨＰＶ−１６ Ｅ６ポリペプチドの最初のメチオニン残基を表す）、特に好ましくは残基１１８から１２２（ＣＰＥＥＫ）が完全に欠失している。本発明の目的に適した非発癌性のＨＰＶ−１６ Ｅ７変異体では、おおよそ位置２１からおおよそ位置２６におけるアミノ酸残基の１以上が欠失しており（＋１は、天然ＨＰＶ−１６ Ｅ７ポリペプチドの最初のアミノ酸を表す）、特に好ましくは残基２１から２６（ＤＬＹＣＹＥ）が完全に欠失している。好ましい態様によれば、本発明で用いられる１以上のＨＰＶ−１６初期ポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩの提示を改善するために、かつ／または抗ＨＰＶ免疫を刺激するために、さらに改変される。ＨＰＶ Ｅ６およびＥ７ポリペプチドは核タンパク質であり、以前に、膜提示によってそれらの治療上の有効性が改善されることが示されている（例えば、国際公開９９／０３８８５号を参照）。従って、少なくとも１つのＨＰＶ初期ポリペプチドが細胞膜に固定されるように改変することが望ましいであろう。膜アンカーは、ＨＰＶ初期ポリペプチド内に膜アンカー配列を取り込むことにより、天然ポリペプチドが分泌配列（すなわちシグナルペプチド）を持たない場合に容易に達成できる。膜アンカーおよび分泌配列は、当該技術分野において公知である。簡単に述べると、分泌配列は、膜提示されるかまたは分泌されるポリペプチドのＮ末端に存在し、それらの小胞体（ＥＲ）への通過を開始する。これらは通常１５ないし３５の、基本的には疎水性のアミノ酸を含んでなり、次にこれらのアミノ酸が、特異的なＥＲ局在のエンドペプチダーゼにより除去されて成熟ポリペプチドが得られる。膜アンカー配列は、通常、本来は高度に疎水性であり、ポリペプチドの細胞膜内への固定に役立つ（例えば、Branden and Tooze, 1991, in Introduction to Protein Structure p. 202-214, NY Garlandを参照）。
【００５６】
本発明の文脈内で使用できる、膜アンカーおよび分泌配列の選択は非常に広い。これらは、それを含んでなるいずれの膜アンカーおよび／または分泌ポリペプチド（例えば、細胞性またはウイルス性ポリペプチド）、例えば狂犬病糖タンパク質、ＨＩＶウイルスエンベロープ糖タンパク質、または麻疹ウイルスＦタンパク質から得られてよいか、または合成であってよい。本発明によって用いられる初期ＨＰＶ−１６ポリペプチドそれぞれに挿入される膜アンカーおよび／または分泌配列は、共通または異なる起源を有してよい。分泌配列の好ましい挿入部位は翻訳開始コドン下流のＮ末端であり、膜アンカー配列の好ましい挿入部位はＣ末端、例えば終止コドンのすぐ上流である。
【００５７】
本発明で用いられるＨＰＶ Ｅ６ポリペプチドは、麻疹Ｆタンパク質の分泌および膜アンカーシグナルの挿入によって好ましく改変される。任意に、または組み合わせて、本発明で用いられるＨＰＶ Ｅ７ポリペプチドは、狂犬病糖タンパク質の分泌および膜アンカーシグナルの挿入によって好ましく改変される。
【００５８】
組み換えベクターの治療上の有効性はまた、免疫賦活ポリペプチドをコードする１以上の核酸の使用によっても改良できる。例えば、ＨＰＶ初期ポリペプチドを、カルレティキュリン（Cheng et al., 2001, J. Clin. Invest. 108, 669-678）、結核菌熱ショックタンパク質７０（ＨＳＰ７０）（Chen et al., 2000, Cancer Res. 60, 1035-1042）、ユビキチン（Rodriguez et al., 1997, J. Virol. 71, 8497-8503）、または細菌性毒素、例えば緑膿菌外毒素Ａ（ＥＴＡ（ｄＩＩＩ））の転移ドメイン（Hung et al., 2001 Cancer Res. 61, 3698-3703）、のようなポリペプチドに連結することは有利であり得る。
【００５９】
別の好ましい態様によれば、本発明の組み換えベクターは、上で定義した初期ポリペプチドの１以上、さらに詳細にはＨＰＶ−１６および／またはＨＰＶ−Ｉ８初期Ｅ６および／またはＥ７ポリペプチドをコードする核酸を含んでなる。
【００６０】
別の特別な好ましい態様によれば、本発明の前記異種性ヌクレオチド配列は、ＭＵＣ１抗原またはその誘導体の全部もしくは一部をコードする。
【００６１】
別の特別な好ましい態様によれば、本発明の前記異種性ヌクレオチド配列は、以下：ＨＣＶ ｅｎｖタンパク質Ｅ１またはＥ２、コアタンパク質、ＮＳ２、ＮＳ３、ＮＳ４ａ、ＮＳ４ｂ、ＮＳ５ａ、ＮＳ５ｂ、ｐ７、またはそれらの誘導体の全部もしくは一部の１以上をコードする。別の特別な好ましい態様によれば、本発明の前記異種性ヌクレオチド配列は１以上の融合タンパク質をコードし、ここにおける配置は、少なくとも１つのＮＳポリペプチドの順序が、天然の配置の順序とは異なるようであるという意味で天然ではない。従って、融合タンパク質がＮＳ３ポリペプチド、ＮＳ４Ａポリペプチド、およびＮＳ５Ｂポリペプチドを含んでなる場合、天然の立体配置は、ＮＳ３がＮ末端、およびＮＳ５ＢがＣ末端に位置する、ＮＳ３−ＮＳ４Ａ−ＮＳ５Ｂであり得る。一方で非天然の配置は、ＮＳ５Ｂ−ＮＳ３−ＮＳ４Ａ、ＮＳ５Ｂ−ＮＳ４Ａ−ＮＳ３、ＮＳ４Ａ−ＮＳ３−ＮＳ５Ｂ、ＮＳ４Ａ−ＮＳ５Ｂ−ＮＳ３、またはＮＳ３−ＮＳ５Ｂ−ＮＳ４Ａであり得る。特に、本発明の融合タンパク質は、以下の少なくとも１を含んでなる：
○ＮＳ３ポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ４Ａポリペプチド；
○ＮＳ５ＢポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ３ポリペプチド；
○ＮＳ５ＢポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ４Ｂポリペプチド；
○ＮＳ４ＢポリペプチドのＮ末端へ直接またはリンカーを通して融合するＮＳ３ポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ４Ａポリペプチド；および／または
○ＮＳ５ＢポリペプチドのＮ末端へ直接またはリンカーを通して融合するＮＳ４ＢポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ３ポリペプチド。
【００６２】
本発明の融合タンパク質のこのような特別な部分において、ＮＳポリペプチドはそれぞれ独立して天然であってよいか、または改変できる。例えば、ＮＳ４Ａ−ＮＳ３の部分に含まれるＮＳ４Ａポリペプチドは天然であってよいが、ＮＳ３ポリペプチドは、以下に述べる少なくとも１つの改変を含んでなる。
【００６３】
必要であれば、本発明で用いられる核酸分子は、標的抗原（例えばＨＰＶ初期ポリペプチド）を特定のホスト細胞または生命体、例えばヒトホスト細胞または生命体内に高レベルで発現させるため、最適化されてよい。典型的には、哺乳類ホスト細胞ではあまり用いられないコドンに相当する１以上の「天然」（例えばＫＰＶ）コドンを、同じアミノ酸をコードし、より頻繁に用いられる１以上のコドンによって置換することにより、コドンの最適化が行われる。これは従来の変異誘発または化学合成技術（例えば核酸を合成する）により達成できる。部分的な置換でも発現の増大は達成できることから、あまり用いられないコドンに相当する天然コドンの全てを置換する必要はない。さらに、単数または複数の制限酵素部位を導入するため、最適化コドンの使用へ厳格に固執することから幾らかは逸脱してもよい。
【００６４】
ここで用いられる「組み換えベクター」の語は、染色体外（例えばエピソーム）、マルチコピー、および組み込みベクター（すなわちホスト染色体内に取り込まれる）を含む、ウイルス性および非ウイルス性のベクターを指す。本発明の文脈において特に重要であるのは、遺伝子治療法に使用するためのベクター（すなわちホスト生命体へ核酸を送達できるもの）、および様々な発現システムにおいて使用するための発現ベクターである。適切な非ウイルス性のベクターには、ｐＲＥＰ４、ｐＣＥＰ４（Invitrogene）、ｐＣＩ（Promega）、ｐＣＤＭ８（Seed, 1987, Nature 329, 840）、ｐＶＡＸ、およびｐｇＷｉｚ（Gene Therapy System Inc; Himoudi et al., 2002, J. Virol. 76, 12735-12746）のようなプラスミドが含まれる。適切なウイルスベクターは、様々な異なるウイルス（例えばレトロウイルス、アデノウイルス、ＡＡＶ、ポックスウイルス、疱疹ウイルス、麻疹ウイルス、泡沫状ウイルスなど）に由来してよい。本明細書で用いられる「ウイルスベクター」の語は、ベクターのＤＮＡ／ＲＮＡ、および産生されたそのウイルス粒子を包含する。ウイルスベクターは複製可能であるか、または複製欠損もしくは複製障害であるように、遺伝的に無効にすることができる。本明細書で用いられる「複製可能」の語は、特定のホスト細胞（例えば腫瘍細胞）内でより良く、または選択的に複製できるように改変された、複製選択的および条件的に複製可能なウイルスベクターを包含する。
【００６５】
一態様によれば、本発明で用いられる組み換えベクターは組み換えアデノウイルスベクターである（総説として、"Adenoviral vectors for gene therapy", 2002, Ed D. Curiel and J. Douglas, Academic Pressを参照）。これは様々なヒトまたは動物源由来であってよく、かつアデノウイルス血清型の１ないし５１からのいずれの血清型も用いられてよく、特にヒトアデノウイルス２（Ａｄ２）、５（Ａｄ５）、６（Ａｄ６）、１１（Ａｄ１１）、２４（Ａｄ２４）および３５（Ａｄ３５）が好ましい。このようなアデノウイルスは、アメリカ合衆国培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ、ロックビル、メリーランド州）から入手でき、それらの配列、構成、および産生方法を記載した多数の出版物の主題となっていることから、熟練者によるそれらの使用が可能である（例えば米国特許第６，１３３，０２８号；米国特許第６，１１０，７３５号；国際公開第０２／４０６６５号；国際公開第００／５０５７３号；欧州特許第１０１６７１１号；Vogels et al., 2003, J. Virol. 77, 8263-8271を参照）。
【００６６】
本発明で用いられるアデノウイルスベクターは、複製可能であってよい。複製可能なアデノウイルスベクターの多くの例が、当業者には容易に入手可能である（例えばHernandez-Alcoceba et al., 2000, Human Gene Ther. 11, 2009-2024; Nemunaitis et al., 2001, Gene Ther. 8, 746-759; Alemany et al., 2000, Nature Biotechnology 18, 723-727を参照）。例えば、これらは野生型アデノウイルスゲノムから、Ｅ１Ａ ＣＲ２ドメインの欠失により（例えば国際公開第００／２４４０８号を参照）、および／または、天然Ｅ１および／またはＥ４プロモーターを、組織、腫瘍、または細胞の状態に特異的なプロモーターで置換することにより（例えば米国特許第５，９９８，２０５号、国際公開第９９／２５８６０号、米国特許第５，６９８，４４３号、国際公開第００／４６３５５号、国際公開第００／１５８２０号、および国際公開第０１／３６６５０号を参照）改変できる。
【００６７】
あるいは、本発明で用いられるアデノウイルスベクターは、複製欠損である（例えば国際公開第９４／２８１５２号；Lusky et al., 1998, J. Virol 72, 2022-2032を参照）。好ましい複製欠損アデノウイルスベクターは、Ｅ１欠陥（例えば米国特許第６，１３６，５９４号および米国特許第６，０１３，６３８号を参照）であり、これはおおよそ位置４５９ないし３３２８、またはおおよそ位置４５９ないし３５１０から伸展するＥ１の欠失による（受入番号Ｍ７３２６０によりGeneBankに開示されるヒトアデノウイルスタイプ５の配列、およびChroboczek et al., 1992, Virol. 186, 280-285への参照による）。クローニング能は、アデノウイルスゲノムのさらなる部分（非必須のＥ３領域、またはその他の必須のＥ２、Ｅ４領域の、全部もしくは一部）の欠失によってさらに改良できる。アデノウイルスベクターのいずれの位置への核酸の挿入も、Chartier et al. (1996, J. Virol. 70, 4805-4810)に記載される相同組み換えを通して行うことができる。例えば、ＨＰＶ−１６ Ｅ６ポリペプチドをコードする核酸はＥ１領域を置換するために挿入でき、ＨＰＶ−１６ Ｅ７ポリペプチドをコードする核酸はＥ３領域を置換するために挿入でき、その逆もまた同じである。
【００６８】
別の好ましい態様によれば、本発明で用いられるベクターはポックスウイルスベクターである（例えばCox et al. in "Viruses in Human Gene Therapy" Ed J. M. Hos, Carolina Academic Pressを参照）。別の好ましい態様によれば、これはワクシニアウイルスからなる群から選択され、適切なワクシニアウイルスは、コペンハーゲン株（Goebel et al,, 1990, Virol. 179, 247-266 および 517-563; Johnson et al., 1993, Virol. 196, 381-401）、ワイス株、およびそれら由来の、ＭＶＡを含む高度に弱毒化されたウイルス（総説としてMayr, A., et al., 1975, Infection 3, 6-14を参照）ならびにそれらの誘導体（例えばＭＶＡワクシニア株５７５（ＥＣＡＣＣ Ｖ００１２０７０７−米国特許第６，９１３，７５２号）、ＮＹＶＡＣ（国際公開第９２／１５６７２号−Tartaglia et al., 1992, Virology, 188, 217-232を参照）を含むがこれらに限定されない。ＭＶＡゲノムの完全な配列の決定、およびコペンハーゲンＶＶゲノムとの比較により、ＭＶＡゲノムにおける７の欠失（ＩないしＶＩＩ）の正確な同定が可能となり（Antoine et al., 1998, Virology 244, 365-396）、それらのいずれも抗原をコードする核酸を挿入するために使用できる。ベクターはまた、その他のいずれのポックスウイルス科のメンバー、特に鶏痘（例えばＴＲＯＶＡＣ、Paoletti et al, 1995, Dev Biol Stand., 84, 159-163を参照）；カナリア痘（例えばＡＬＶＡＣ、国際公開第９５／２７７８０号、Paoletti et al, 1995, Dev Biol Stand., 84, 159-163）；鳩痘；豚痘などからも取得され得る。例として当業者は、このような異種性ヌクレオチド配列、特に抗原をコードするヌクレオチド配列を発現できるポックスウイルスに基づいた発現ベクターの産生について記載されている、国際公開第９２ １５６７２号（参照により取り込まれる）を参照してよい。
【００６９】
特別な態様によれば、前記ウイルスは複製可能なポックスウイルス、特に複製可能なワクシニアウイルスであってよい。これらのウイルスの例は、国際公開第９５３１１０５号（例えば製剤ＪＸ５９４、ＶＶ ＴＫ− ＧＭＣＳＦ、またはＪＸ９６３、ＶＶ ＴＫ− ＶＧＦ− ＧＭＣＳＦ）、国際公開第００７３４７９号、国際公開第２００９／０６５５４７号、国際公開第２００９／０６５５４６号に提供される。
【００７０】
ポックスウイルスゲノム内における発現に必要な、核酸および付随する調節性エレメントの挿入のための基本的技術は、当業者が利用できる多数の文書に記載されている（Paul et al., 2002, Cancer gene Ther. 9, 470-477; Piccini et al., 1987, Methods of Enzymoiogy 153, 545-563；米国特許第４，７６９，３３０号；米国特許第４，７７２，８４８号；米国特許第４，６０３，１１２号；米国特許第５，１００，５８７号、および米国特許第５，１７９，９９３号）。これは通常、ウイルス性ゲノムおよび挿入する核酸を保有するプラスミドの両方に存在する重複配列（すなわち望まれる挿入部位）間の相同組み換えを通して進められる。
【００７１】
本発明の抗原をコードする核酸は、組み換えポックスウイルスが生存可能かつ感染可能なままであるように、ポックスウイルスゲノムの非必須の遺伝子座へ好ましく挿入される。非必須の領域は、非コードの遺伝子間領域であるか、またはその不活性化もしくは欠失がウイルスの増殖、複製、または感染を有意に損なわない、いずれの遺伝子でもある。欠損した機能が、ウイルス粒子産生の途中に、例えばポックスウイルスゲノム内で欠失したそれらに対応する補完配列を保有するヘルパー細胞株を用いることにより供給されるという条件で、必須のウイルス性遺伝子座への挿入も想定され得る。
【００７２】
コペンハーゲンワクシニアウイルスを用いる際に、抗原をコードする核酸は、チミジンキナーゼ遺伝子（ｔｋ）内へ好ましく挿入される（Hruby et al., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci USA 80, 3411-3415 ; Weir et al., 1983, J. Virol. 46, 530- 537）。しかしながらその他の挿入部位、例えば赤血球凝集素遺伝子内（Guo et al., 1989, J. Virol. 63, 4189-4198）、Ｋ１Ｌ遺伝子座内、ｕ遺伝子内（Zhou et al., 1990, J. Gen. Virol. 71, 2185-2190）、または文献上で様々な自発性または改変された欠失が報告されている、ワクシニアウイルスゲノムの左端（Altenburger et al., 1989, Archives Virol. 105, 15-27; Moss et al. 1981, J. Virol. 40, 387-395; Panicali et al., 1981, J. Virol. 37, 1000-1010; Perkus et al, 1989, J. Virol. 63, 3829-3836; Perkus et al, 1990, Virol. 179, 276-286 ; Perkus et al, 1991, Virol. 180, 406-410）もまた適切である。
【００７３】
ＭＶＡを用いる際に、抗原をコードする核酸は、同定されたＩないしＶＩＩの欠失のいずれか１の内、およびＤ４Ｒ遺伝子座内に挿入されてよいが、欠失ＩＩまたはＩＩＩ内への挿入が好ましい（Meyer et al., 1991, J. Gen. Virol. 72, 1031- 1038 ; Sutter et al., 1994, Vaccine 12, 1032-1040）。
【００７４】
鶏痘ウイルスを用いる際にはチミジンキナーゼ遺伝子内への挿入が考慮され得るが、抗原をコードする核酸は、ＯＲＦ７と９の間の遺伝子間領域内へ好ましく導入される（例えば欧州特許第３１４５６９号および米国特許第５，１８０，６７５号を参照）。
【００７５】
特別な一態様によれば、前記組み換えベクターは、組み換えプラスミドＤＮＡまたは組み換えウイルスベクターである。
【００７６】
別の特別な態様によれば、前記組み換えウイルスベクターは組み換えワクシニアベクターである。
【００７７】
別の特別な態様によれば、前記組み換えワクシニアベクターは組み換えＭＶＡベクターである。
【００７８】
好ましくは、本発明で用いられる抗原をコードする核酸は、ホスト細胞または生命体内でのその発現に適した形であり、これは抗原をコードする核酸配列が、ホスト細胞または生命体内でのその発現に必要な１以上の調節性配列の制御下に配置されることを意味する。本明細書で用いられる「調節性配列」の語は、複製、重複、転写、スプライシング、翻訳、安定、および／または核酸もしくはその誘導体のうちの一つ（すなわちｍＲＮＡ）のホスト細胞内への輸送を含む、所定のホスト細胞内での核酸の発現を可能にするか、これに寄与するか、または調節するいずれの配列も指す。当業者は、調節性配列の選択が、ホスト細胞、ベクター、および望まれる発現レベルのような因子に依存し得ることを理解するであろう。抗原をコードする核酸は、真核細胞内での抗原核酸の発現を導く遺伝子発現配列へ機能的に連結される。遺伝子発現配列は、それが機能的に連結する抗原核酸の効率的な転写および翻訳を促進する、プロモーター配列またはプロモーター−エンハンサーの組み合わせのような調節性ヌクレオチド配列のいずれでもある。遺伝子発現配列は、例えば、恒常的もしくは誘導性プロモーターのような、哺乳類またはウイルス性プロモーターであってよい。恒常的哺乳類プロモーターには、以下の遺伝子に対するプロモーター：ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（hypoxanthine phosphoribosyl transferase：ＨＰＲＴ）、アデノシンデアミナーゼ、ピルビン酸キナーゼ、ｂ−アクチンプロモーター、およびその他の恒常的プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。真核細胞内で恒常的に機能する典型的なウイルス性プロモーターには、例えば、サイトメガロウイルス（cytomegalovirus：ＣＭＶ）、サルウイルス（例えばＳＶ４０）、パピローマウイルス、アデノウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（human immunodeficiency virus：ＨＩＶ）、ラウス肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、モロニー白血病ウイルスの末端反復配列（long terminal repeats：ＬＴＲ）およびその他のレトロウイルス由来のプロモーター、ならびに単純ヘルペスウイルスのチミジンキナーゼプロモーターが含まれる。その他の恒常的プロモーターは、当業者に公知である。本発明の遺伝子発現配列として有用なプロモーターには、誘導性プロモーターもまた含まれる。誘導性プロモーターは、誘導因子の存在下で発現する。例えばメタロチオネインプロモーターは、特定の金属イオンの存在下で転写および翻訳の促進が誘導される。その他の誘導性プロモーターは、当業者に公知である。一般に遺伝子発現配列は、ＴＡＴＡボックス、キャッピング配列、ＣＡＡＴ配列などのような、転写および翻訳それぞれの開始に関わる５’非転写および５’非翻訳配列を含み得ることが必要である。特にこのような５’非転写配列は、機能的に連結された抗原核酸の転写制御のためのプロモーター配列を含む、プロモーター領域を含み得る。遺伝子発現配列は、所望により、エンハンサー配列または上流の活性化因子配列を任意に含む。ポックスウイルスベクターにおける使用のために好ましいプロモーター（以下を参照）には、ワクシニアプロモーター７．５Ｋ、Ｈ５Ｒ、ＴＫ、ｐ２８、ｐ１１、およびＫ１Ｌ、初期および後期ポックスウイルスプロモーターのキメラプロモーター、ならびにChakrabarti et al. (1997, Biotechniques 23, 1094-1097), Hammond et al. (1997, J. Virologicai Methods 66, 135-138)および Kumar and Boyle (1990, Virology 179, 151-158)に記載されるような合成プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。
【００７９】
プロモーターは特に重要であり、本発明は、多くの型のホスト細胞内で核酸の発現を導く恒常的プロモーター、および特定のホスト細胞においてのみか、または特異的な現象もしくは外来性の因子（例えば温度、栄養性添加物、ホルモン、またはその他のリガンド）に反応して発現を導くプロモーターの使用を包含する。適切なプロモーターは文献に広く記載されており、ＲＳＶ、ＳＶ４０、ＣＭＶ、およびＭＬＰプロモーターのようなウイルス性プロモーターがより詳細に引用され得る。ポックスウイルスベクターにおける使用のために好ましいプロモーターには、ワクシニアプロモーター７．５Ｋ、Ｈ５Ｒ、ＴＫ、ｐ２８、ｐ１１、およびＫ１Ｌ、初期および後期ポックスウイルスプロモーターのキメラプロモーター、ならびにChakrabarti et al. (1997, Biotechniques 23, 1094-1097), Hammond et al. (1997, J. Virologicai Methods 66, 135-138)および Kumar and Boyle (1990, Virology 179, 151-158)に記載されるような合成プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。
【００８０】
当業者は、本発明の核酸分子の発現を制御する調節性エレメントが、転写の適切な開始、調節、および／または終結（例えばポリＡ転写終結配列）、ｍＲＮＡ輸送（例えば核局在化シグナル配列）、プロセシング（例えばスプライシングシグナル）、および安定（例えば、イントロンおよび非コード５’および３’配列）、翻訳（例えば、ペプチドシグナル、プロペプチド、三部からなるリーダー配列（tripartite leader sequences）、リボゾーム結合部位、シャイン−ダルガーノ配列など）のための追加エレメントを、ホスト細胞または生命体内へさらに含んでなり得ることを理解するであろう。
【００８１】
あるいは、本発明で用いられる組み換えベクターは、少なくとも１つのサイトカインをコードする少なくとも１つの核酸をさらに含んでなってよい。適切なサイトカインには、限定はされないが、インターロイキン（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１）およびインターフェロン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＮＦα）が含まれ、特にＩＬ−２が好ましい。本発明の組み換えワクチンがサイトカインを発現する核酸を含んでなる場合、前記核酸は、１以上の抗原をコードする組み換えベクターによって、または同じかもしくは異なる由来であってよい、独立した組み換えベクターによって保有され得る。
【００８２】
最も好ましい一態様によれば、本発明で用いられる組み換えベクターは、ＭＵＣ１抗原の全部もしくは一部、および上に記載したサイトカインの少なくとも１、好ましくはインターロイキン、特にＩＬ２をコードする。好ましくは、本発明で用いられる組み換えベクターは、ＭＵＣ１抗原の全部もしくは一部、および上に記載したサイトカインの少なくとも１、好ましくはインターロイキン、特にＩＬ２をコードするＭＶＡである。
【００８３】
上記の組み換えウイルスベクターを含んでなる感染性のウイルス粒子は、ルーチンの手順により産生することができる。典型的な手順は：
ａ．ウイルスベクターを適切な細胞株へ導入する工程、
ｂ．前記感染性ウイルス粒子の産生が可能になるように、前記細胞株を適切な条件下で培養する工程、
ｃ．前記細胞株の培養から産生された感染性ウイルス粒子を回収する工程、および
ｄ．任意に、前記の回収された感染性ウイルス粒子を精製する工程を含んでなる。
【００８４】
アデノウイルスベクターの伝播に適した細胞は、例えば２９３細胞、ＰＥＲＣ６細胞、ＨＥＲ９６細胞、または国際公開第９４／２８１５２号、国際公開第９７／００３２６号、米国特許第６，１２７，１７５号に開示される細胞である。
【００８５】
ポックスウイルスベクターの伝播に適した細胞は鳥類細胞であり、最も好ましくは、受精卵から得たニワトリ胚より調製された、初代ニワトリ胚線維芽細胞（chicken embryo fibroblasts：ＣＥＦ）である。
【００８６】
感染性ウイルス粒子は、培養上清、または溶解（例えば、化学的手段、凍結／融解、浸透圧ショック、機械的ショック、超音波処理などによる）後の細胞から回収され得る。ウイルス粒子は、プラーク精製の連続ラウンドから回収でき、次に当該分野の技術（クロマトグラフィー法、塩化セシウムまたはショ糖勾配による超遠心分離法）を用いて精製される。
【００８７】
所望により、本発明によるヒト疾患の患者を治療するための方法または使用（すなわち、少なくとも１つの抗原を含んでなる免疫原性組成物を投与すること）は、選択された患者において、１以上の従来の治療様式（例えば、照射、化学療法、および／または外科手術）と併用して実行することができる。複数の治療アプローチによって、選択された患者に、より広範な介入が行われる。一態様によれば、本発明によるヒト疾患の患者を治療するための方法または使用は、外科的介入に先立つか、またはそれに続いてよい。別の態様によれば、これは放射線療法（例えばガンマ線照射）に先立つか、またはそれに続いてよい。当業者は、使用できる適切な放射線療法のプロトコルおよびパラメーターを容易に考案できる（例えば、当業者に容易に明らかとなり得る適切な適応および改変を用いる、Perez and Brady, 1992, Principles and Practice of Radiation Oncology, 2nd Ed. JB Lippincott Coを参照）。さらに別の態様によれば、本発明の方法または使用は、１以上の薬物（例えば、ウイルス感染、ウイルスに関連する病的状態、癌などの治療または予防のために慣習的に用いられる薬物）による化学療法に付随する。
【００８８】
従って本発明は、化学療法剤を用いた化学療法が行われている癌患者の治療を改善する方法に関し、該方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から患者を選択し、
−前記の選択された患者に、本発明による免疫原性組成物および化学療法剤を投与することを含んでなる。
【００８９】
従って本発明は、化学療法剤を用いた化学療法が行われている癌患者の治療を改善する方法に関し、該方法は、
−患者由来の生体サンプル（例えば血液または血漿もしくは血清）中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が本発明による低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００９０】
一態様によれば、前記化学療法剤の投与は免疫原性組成物の投与前に行われる。
別の態様によれば、前記化学療法剤の投与は免疫原性組成物の投与後に行われる。
別の態様によれば、前記化学療法剤の投与は免疫原性組成物の投与と同時に行われる。
一態様によれば、化学療法剤はシスプラチンおよび／もしくはゲムシタビン、または類似物である。
【００９１】
本発明はさらに、低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される患者を、本発明による免疫原性組成物によって同時に治療することを含んでなる、細胞傷害性薬物（すなわち化学療法剤）または放射線療法による細胞傷害性の有効性を改善する方法に関する。
【００９２】
別の態様によれば、本発明の方法または免疫原性組成物の使用は、１以上のプライマー組成物および１以上のブースター組成物の連続投与を含んでなる、プライムブーストの治療様式により実行される。典型的には、プライミングおよびブースティング組成物には、少なくとも１つの共通する抗原性ドメインを含んでなるか、またはコードする、異なるビヒクルが使用される。プライミング免疫原性組成物はホスト生命体へ最初に投与され、１日ないし１２か月の期間後、ブースティング免疫原性組成物が同じホスト生命体へ続いて投与される。本発明の方法は、１ないし１０回のプライミング組成物の連続投与と、それに続く１ないし１０回のブースティング組成物の連続投与を含んでなり得る。望ましくは、注射の間隔はおおよそ１週間ないし６か月である。さらに、プライミングおよびブースティング組成物は、同じ部位または別の部位に、同じ投与経路または異なる投与経路によって投与できる。
【００９３】
特別な一態様によれば、望まれる臨床的な利点はワクチンに対する実証可能な免疫応答に依存しない。
【００９４】
特別な一態様によれば、本発明は上記の方法に関し、ここで前記ヒト疾患は癌である。
【００９５】
好ましい態様によれば、前記癌は、例えば乳癌、大腸癌、腎癌、直腸癌、肺癌、頭頸部癌、腎臓癌、悪性メラノーマ、咽頭癌、卵巣癌、子宮頸癌、前立腺癌、非小細胞肺癌、血液癌、胃癌、骨髄腫である。
【００９６】
特別な一態様によれば、本発明は上記の方法に関し、ここで前記ヒト疾患は感染症である。
【００９７】
好ましい態様によれば、前記感染症は、例えばＨＩＶ、ＨＣＶ、ＨＢＶ、ＨＰＶなどにより誘導される疾患のようなウイルス誘導性疾患である。
【００９８】
さらなる態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患の患者を治療する薬剤の製造のために標的とされる抗原の全部または一部を含んでなる免疫原性組成物の使用が提供される。
【００９９】
さらなる態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患を治療する患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する薬剤を製造するための免疫原性組成物の使用が提供される。
【０１００】
別の態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患を治療する患者に少なくとも１つの抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する薬剤を製造するための免疫原性組成物の使用が提供される。
【０１０１】
別の態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患を治療する患者に標的抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する薬剤を製造するための免疫原性組成物の使用が提供される。
【０１０２】
別の態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患を治療する患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する薬剤を製造するための免疫原性組成物の使用が提供され、ここで前記の引き起こされた免疫応答は自然免疫応答である。
【０１０３】
特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、腫瘍特異的もしくは関連抗原、および／またはウイルス性抗原へ向けられる。一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、異なる抗原へ向けられる。特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、ＭＵＣ１抗原の全部または一部へ向けられる。別の特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、Ｔ細胞免疫応答、好ましくはＣＤ８＋（細胞傷害性Ｔリンパ球）免疫応答である。別の特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、非特異的免疫応答、またはワクチン製剤中に含まれない疾病関連抗原に対する免疫応答、または現在の技術で測定できない疾病関連抗原に対する免疫応答である。別の特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、自然免疫応答の刺激である。
【０１０４】
動物またはヒト生命体への投与によって免疫応答を誘導または刺激する能力は、in vitroまたはin vivoのいずれかにおいて、当該技術分野において標準である様々なアッセイを用いて評価することができる。免疫応答の開始および活性化を評価するために利用できる技術についての一般的な記述は、例えば Coligan et al. (1992 and 1994, Current Protocols in Immunology ; ed J Wiley & Sons Inc, National Institute of Health)を参照されたい。細胞性免疫の測定は、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞由来の細胞を含む、活性化エフェクター細胞により分泌されるサイトカインプロファイルの測定（例えば、ＥＬＩｓｐｏｔによるＩＬ−１０またはＩＦＮガンマ産生細胞の定量化）により、免疫エフェクター細胞の活性化状態の判定（例えば、古典的な［３Ｈ］チミジン取り込みによるＴ細胞増殖アッセイ）により、感作された患者における抗原特異的Ｔ細胞のアッセイ（例えば、細胞毒性アッセイにおけるペプチド特異的な溶解）により、または蛍光ＭＨＣおよび／もしくはペプチド多量体（例えば四量体）による抗原特異的Ｔ細胞の検出により行うことができる。液性応答を刺激する能力は、抗体結合および／または結合の競合により判定され得る（例えば、Harlow, 1989, Antibodies, Cold Spring Harbor Pressを参照）。本発明の方法はまた、抗原に対する免疫応答の誘導または増強を反映する抗腫瘍活性を判定するため、適切な腫瘍誘導剤（例えばＭＵＣ１を発現するマウス腫瘍細胞）を投与された動物モデルにおいて、さらに検証することもできる。
【０１０５】
従って本発明はさらに、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患、例えば癌を治療される患者の生存率を延長するための方法に関し、該方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から患者を選択し、
−前記の選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【０１０６】
本発明はさらに、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患、例えば癌を治療される患者の生存率を延長するための方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【０１０７】
本発明はさらに、免疫原性組成物および化学療法剤（上記参照）の投与によってヒト疾患、例えば癌を治療される患者の生存率を延長するための方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に免疫原性組成物および化学療法剤を投与することを含んでなる。
【０１０８】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関する。
【０１０９】
さらに詳細には、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の免疫応答を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関し、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいと予測されることを示す。
【０１１０】
言い換えれば本発明は、免疫原性組成物の投与後に、患者がより長く生存しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関し、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が、より高いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する治療された患者に比較して、より高い生存率を有すると予測されることを示す。
【０１１１】
言い換えれば本発明は、免疫原性組成物の投与後に、患者がより長く生存しやすいか否かを予測するためのex-vivoの方法に関し、該試験方法は、患者由来の生体サンプル（例えば血液または血漿もしくは血清）中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定する工程、ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出する工程を含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者がより高い生存率を有し得ることを示す。
【０１１２】
従って本発明はさらに、化学療法剤を用いた化学療法が行われている患者が、免疫原性組成物の投与後に予防または治療上の免疫応答（例えばより長い生存のための）を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関する。
【０１１３】
従って本発明はさらに、化学療法剤を用いた化学療法が行われている患者が、免疫原性組成物の投与後に予防または治療上の免疫応答（例えばより長い生存のための）を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関し、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の免疫応答を発現しやすいと予測されることを示す。
【０１１４】
従って本発明は、化学療法剤を用いた化学療法が行われている癌患者の治療を改善する方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が本発明による低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に免疫原性組成物および化学療法剤を投与することを含んでなる。
【０１１５】
本発明はまた、本明細書に記載される方法を実施するためのパーツを含むキット（すなわちコンパニオンテスト）も提供し、これは本明細書に示される実施例から明らかになるであろう。パーツのキット（１または複数）は、ＩＬ１０およびＩＦＮγの回収、および／またはＩＬ１０およびＩＦＮγの血清濃度を測定するための試薬を含んでよい。このような試薬は抗体を含んでよい。キットは、生体サンプルの回収および／またはプロセシングのための機器をさらに含んでよい。キットはまた、使用のための説明書、カットオフ値（上記参照）および／またはそれらの判定のための説明書、ならびにキットの使用により得られたデータの解釈のための説明書も含むと考えられる。
【０１１６】
特別な一態様によれば、上記パーツのキット、またはキットは、上に開示した、および／または以下の実施例部分に開示する免疫原性組成物をさらに含んでよい。
【０１１７】
本発明はさらに、治験、ＩＬ１０およびＩＦＮγの濃度、ならびにＩＬ１０およびＩＦＮγ比をモニターするため、これらの比が閾値レベルよりも上であるか下であるかを判定するため、および／または免疫療法に対する患者の応答を改善する治療を推奨するためのコンピュータプログラムおよび／またはアルゴリズムを提供する。コンピュータプログラムおよびアルゴリズムは、必要なハードウェア、例えばキットまたは装置の形と共に提供されてよく、これは生体サンプルもまた受け入れてよく、それらに存在するＩＬ１０およびＩＦＮγの相対濃度を測定し、かつＩＬ１０およびＩＦＮγの比を算出する。上記のコンピュータプログラムおよび／または装置は、医師または臨床検査室へ、適切な説明書および抗体を含む試薬と共に提供されると考えられる。
【０１１８】
免疫原性組成物による免疫療法に対する患者の応答を改善する治療へ改変を推奨するためのアルゴリズムの生成における、ＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度の使用。
【０１１９】
本発明は例示的な様式にて記載されており、使用されている専門用語は、限定としての性質よりも、記述のための語としての性質を意図していることが理解されなければならない。明らかに、本発明の多くの改変および変動は、上記の教示に鑑みて可能である。従って、添付の請求項の範囲内で、本発明は、本明細書の詳細な記載とは異なる方法において実施されてよいことが理解されなければならない。
【０１２０】
上に引用された特許、出版物、およびデータベースエントリーの開示の全ては、あたかもこれら個々の特許、出版物、およびデータベースエントリーが、参照により取り込まれることを詳細かつ個別に示していたかのように、それらの全体が同じ範囲で、参照により本明細書に詳細に取り込まれる。
【図面の簡単な説明】
【０１２１】
【図１】肺癌におけるワクチン免疫療法を表す生存曲線：治療前に、血漿における比がＩＬ１０／ＩＦＮγ＜または＞３．７である患者を示した図である。 − 群１：血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγの比が低い患者におけるワクチン（すなわち免疫原性組成物）＋化学療法。低血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比は＜３．７と定義する。４０患者。生存期間中央値＝２１．２か月。-----群２：血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγの比が高い患者におけるワクチン＋化学療法。高血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比は＞３．７と定義する。２１患者。生存期間中央値＝５．６か月。ログランクにより有意差あり：ｐ＝０．００７○コンプリート ＋センサード
【図２】肺癌における化学療法を表す生存曲線：治療前に、血漿における比がＩＬ１０／ＩＦＮγ＜または＞３．７である患者を示した図である。 −群１：血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγの比が低い患者における化学療法。低血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比は＜３．７と定義する。５７患者。生存期間中央値＝１０．８か月。-----群２：血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγの比が高い患者における化学療法。高血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比は＞３．７と定義する。１１患者。生存期間中央値＝８．４か月。ログランクにより有意差なし：ｐ＝０．９２○コンプリート ＋センサード
【０１２２】
治療前のＩＬ１０／ＩＦＮｇの比が＜３．７である患者の中でも、ＴＧ４０１０＋化学療法により治療された患者（生存期間中央値＝２１．２か月）は、化学療法のみで治療された患者（生存期間中央値＝１０．８か月）よりも有意に長く生存した（ログランク試験により、ｐ＝０．０３）。血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比に依存しない患者間の生存期間中央値に有意な違いはみられなかった：ＴＧ４０１０および化学療法により治療された患者では１０．７か月；化学療法のみにより治療された患者では１０．３か月。
【０１２３】
実施例１
免疫原性組成物である、著名なワクチンＴＧ４０１０を、非小細胞肺癌（non-small cell lung cancer：ＮＳＣＬＣ）患者の治療のために、標準的な化学療法と組み合わせて用いた。
【０１２４】
ＴＧ４０１０は、ＩＬ２および腫瘍関連抗原ＭＵＣ１の両方を発現する、組み換え改変ウイルスアンカラ（Modified Virus Ankara：ＭＶＡ）である（Rochlitz et al., 2003, J. Gene Med., 5, 690-699を参照）。
【０１２５】
任意抽出された１４８人の患者が：
−化学療法（シスプラチン７５ｍｇ／ｍ２を１日目、ゲムシタビン１２５０ｍｇ／ｍ２を１日目および８日目、３週間おきに６サイクルまで）を単独（研究治療群２）、または
−ＴＧ４０１０による化学療法との併用（研究治療群１）
を受けた。
【０１２６】
腫瘍を６週間おきに評価した（ＷＨＯ基準）。エンドポイントは、６か月目の無進行生存（progression-free survival：ＰＦＳ）、およびＩＴＴ（intent to treat）解析による全生存であった。
【０１２７】
１日目（最初の治療日）の治療前に血液サンプルを採取し、これを直ちに中央免疫検査室へ輸送して血漿を分離し、分析まで凍結保存した。
【０１２８】
中央検査室にて、Luminexマルチアナライトプロファイリングシステムを用いて血漿サンプルのサイトカインについて評価した。
【０１２９】
図１は、治療前に血漿濃度の比がＩＬ１０／ＩＦＮγ＜３．７であった患者（生存期間中央値＝２１．２か月）は、治療前に血漿濃度の比がＩＬ１０／ＩＦＮγ＞３．７であった患者（生存期間中央値５．６か月）よりも長く生存することを示す［治療群１（ＴＧ４０１０＋化学療法］。
【０１３０】
図２により、ＴＧ４０１０による治療前の血漿濃度の比がインターロイキン１０／インターフェロンガンマ＜または＞３．７である患者は同等の生存予想を有することが示されることから、図２のデータは、治療前の血漿濃度の比がインターロイキン１０／インターフェロンガンマ＜３．７であることに基づいて患者を選択することの効果は、ワクチンを投与される患者に限定されることを実証する。
【技術分野】
【０００１】
本発明は免疫学の分野、特に、例えば感染または癌により引き起こされる疾病に対する患者の免疫療法に関する。さらに詳細には、本発明はこのような免疫療法の後に、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいか否かを予測するための方法に関する。本発明は、免疫原性組成物、特に治療用ワクチンにより治療される患者の生存率を改善するための方法および組成物に関する。
【背景技術】
【０００２】
免疫応答を誘導する抗原（例えばペプチド、タンパク質）の動物系への導入に関与し、これによって前記動物を例えば感染から保護する従来のワクチン接種技術が長年の間知られていた。これらの技術はさらに、生および不活化ワクチンの両方の開発を含んできた。生ワクチンは典型的には、感染病原体の病原型に対する免疫応答をプライミングできる、感染病原体の弱毒化された非病原型である。
【０００３】
多くの研究グループもまた、様々な癌の型に対する潜在的な治療様式としてのワクチンの使用について研究を行ってきた。このワクチン戦略の特定の型は、一般に免疫療法と称される。
【０００４】
近年、興味ある外来抗原をコードし、ベクターから発現する組み換えワクチン、特に組み換え生ワクチンの開発に進歩がみられる。なかでも組み換えウイルスに基づくベクターは、新しいワクチンの開発において大きな見込みを示し、重要な役割を果たしている。多くのウイルスが、外来病原体または腫瘍組織由来のタンパク質を発現し、かつそれらの抗原に対する特異的な免疫応答をin vivoで誘導する能力について研究されてきた。一般にこれらの遺伝子に基づくワクチンが、強力な液性および細胞性免疫応答を刺激できることから、ウイルスベクターは、抗原をコードする遺伝子の送達ならびに抗原提示の促進および増強の両方に対する有効な戦略であり得る。ワクチン担体として利用するために理想的なウイルスベクターは安全であり、かつ必要とされる病原体特異的抗原を免疫系へ効率的に提示できなければならない。さらにベクター系は、その大量産生を可能とする基準に合致しなければならない。このように、今日までに幾つかのウイルス性ワクチンベクターが出現し、それらは全て、提案される応用により、相対的な利点と限界を有している（組み換えウイルス性ワクチンについての総説は、例えばHarrop and Carroll, 2006, Front Biosci., 11, 804-817 ; Yokoyana et al., 1997, J Vet Med Sci.,59, 311-322 を参照されたい）。
【０００５】
プラスミドＤＮＡベクターをin vivoで動物細胞へ直接トランスフェクトできるという１９９０年代初期の知見に続き、抗原をコードするＤＮＡの動物への直接導入によって免疫応答を誘導する、ＤＮＡプラスミドの使用に基づいたワクチン接種技術開発のための著しい研究努力もまた企てられた。このような技術はＤＭＡワクチン接種と広く称されており、現在では多数の疾患モデルにおいて防御免疫応答を誘発するために用いられている。ＤＮＡワクチンの総説として、Reyes-Sandoval and Ertl, 2001 (Current Molecular Medicine, 1, 217-243)を参照されたい。
【０００６】
しかしながらワクチンの分野における一般的な問題は、感染および疾患からの防御および／または治療、ならびにそれによって致死的な疾病、例えば癌患者の生存を延長させるために、ワクチン接種される個体へ十分に強力な免疫応答を誘導する手法の同定である。
【０００７】
従って、近年における主要な試みは、例えばワクチンによって誘導される免疫応答の増大に役立ち得る、免疫系の鍵となる特定の性状を刺激することによって作用する新規な薬品化合物の発見である。これらの化合物の多くは免疫応答修飾因子（ＩＲＭ）またはアジュバントと称され、種々の重要なサイトカイン（例えばインターフェロン、インターロイキン、腫瘍壊死因子など。例えばSchiller et al., 2006, Exp Dermatol., 15, 331- 341を参照。）の生合成を誘導する、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）経由の基本的な免疫系の機序を通じて作用すると考えられる。このような化合物は、特定のＴ細胞、樹状細胞、または単球／マクロファージ由来のサイトカインの迅速な放出を刺激することが示されており、かつリンパ球の機能を刺激して、例えばＢ細胞に、ＩＲＭ化合物の抗ウイルスおよび抗腫瘍活性において重要な役割を果たす抗体を分泌させることもできる。
【０００８】
あるいは、ワクチン接種戦略の多くはプライム−ブーストワクチン接種計画に基づいて提案されている。これらの「プライム−ブースト」ワクチン接種プロトコルによれば、免疫系は患者へプライミング組成物を投与することによって最初に誘導され、次にブースト第２組成物の投与によってブーストされる（例えば、欧州特許第１４１１９７４号または米国特許出願公開第２００３０１９１０７６号を参照）。
【０００９】
これはさらに、一つの治療が特定の患者群においてのみ有効となり得るという、保健医療の状況において示されている。従って医師が、最適な個別化された患者の治療法を調整する、すなわち的確な治療法を的確な患者へ的確な時期に指示する、治療の高い成功率を提供する、治療への応答をモニターする、薬物の有効性および安全性を増大する、患者にとってその治療法が適切ではない不必要な治療を排除する、患者に不必要な毒性および副作用を与えない、患者および保険会社に対し、不必要または危険で効果のない薬物療法の費用を削減する、および患者の生活の質を改善して、最終的には癌を適切なフォーローアップアッセイによって管理される疾患とすることを可能にし得る手段および方法を、彼らへ提供することが望ましい。
【００１０】
これに関して文献は、例えば以下のような様々な手段および方法を提案している：
−遺伝的な相違による作用としての、薬物に対する個別の応答についての研究からなる遺伝薬理学。これらの応答は、所定のいずれの個体において薬物がどのように作用するか、それがどのように代謝されるか、その毒性および投薬必要量に関わる。ヒトゲノム計画により、遺伝薬理学は薬理ゲノム学へと発展した。薬理ゲノム学は、薬物の発見および開発、標的の発見および検証、ならびに治験から用途を見出す可能性によって遺伝薬理学を超える；
−メタボロミクスもまた、予測的な医学の分野に応用できる。遺伝的因子に限定される遺伝薬理学とは異なり、薬理メタボロミクスは、遺伝的因子のみではなく非遺伝的因子、例えば患者体内のその他の薬物、患者の現在の健康状態などにも基づいて、薬物に対する個体の応答を予測することが可能である。
−バイオマーカーの役割は、治療方法の臨床開発においてますます重要になりつつある。バイオマーカーは、正常な生物学的過程、疾患過程、または治療的介入への薬理応答の指標となり得る。その役割は、レスポンダー対ノンレスポンダーの同定に役立つ患者集団の層別化から、治療方法の有効性の判定にまで及ぶ。バイオマーカーは、薬剤開発の費用を減少させ、かつ治療法を最も適切な患者集団へより早く届けることを可能にする、よりよい判断のための貴重な手段となり得る。
【００１１】
本発明は、望まれる臨床転帰に関連する、実質的に信頼できる特徴であると判定された生物学的なマーカー（バイオマーカー）を用いた、患者への免疫原性組成物の投与を含む治療（すなわち免疫療法による治療）の有効性を予測するための材料および方法を提供する。このバイオマーカーは、前記の免疫原性組成物による治療の前に、患者から得た生体サンプル中に存在する。治療開始前にその臨床転帰を予測する能力により、医師および患者は、有効ではない治療法を同定して、それを放棄するかまたは代替治療法の実行を認めるかを含む、治療過程についての説明および決定を行うことができるであろう。
【００１２】
本出願者はここに新しい手段およびワクチン接種戦略を同定した。さらに詳細には、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのインターロイキン１０／インターフェロンガンマ（ＩＬ１０／ＩＦＮγ）比の使用に関する。代わりに、本発明に従うバイオマーカーとしてインターフェロンガンマ／インターロイキン１０（ＩＦＮγ／ＩＬ１０）比を用いることもできるが、この場合には結果を適合させなければならない。
【００１３】
Van den Boogaardt et al, 2006（Transplantation, 82, 844-848）には、インターフェロンガンマ／インターロイキン１０（ＩＦＮγ／ＩＬ１０）比が、腎移植について拒絶される患者とされない患者を区別するための有用な手段であることが示されている。
【００１４】
Jamal et al., 2007,（Tuberculosis, 87, 279-287）には、肺および肺外結核において、インターフェロンガンマ／インターロイキン１０（ＩＦＮγ／ＩＬ１０）比と疾病重症度の順位との間に直接の関連性がみられることが示されている。
【００１５】
同様に、Gomes-Silva et al, 2007,（Clinical and Experimental Immunology, 149, 440-444）には、高いＩＦＮγおよび低いＩＬ１０が粘膜リーシュマニア症の重症度に関連することが示唆されている。
【００１６】
第１の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患の患者を治療するための方法に関し、前記患者は低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される。
【００１７】
従って本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患の患者を治療するための方法であって、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から一患者を選択すること、
−前記の選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる方法に関する。
【００１８】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいか否かを予測するための方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいと予測されることを示す方法に関する。
【００１９】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすい患者を選択するための方法であって
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいことを示す方法に関する。
【００２０】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与を含んでなる治療に対して患者が陽性に応答しやすいか否かを予測するための方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいと予測されることを示す方法に関する。
【００２１】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与を含んでなる治療に対して陽性に応答しやすい患者を選択するための方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいことを示す方法に関する。
【００２２】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与を含んでなる治療方法に対して、患者が治療上の応答をするか否か評価するためのex-vivoの方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が免疫組成物に対して予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現することを示す方法に関する。
【００２３】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与により癌を治療する方法に対して、患者が治療上の応答をするか否か評価するためのex-vivoの方法であって、
−患者から血液サンプルを得、
−前記血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、かつ
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出する工程を含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が癌を治療する方法に対して応答することを示す方法に関する。
【００２４】
本発明はさらに、免疫原性組成物の投与を含んでなる治療のex-vivoの方法であって、患者由来の生体サンプル、特に血液サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出することを含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が免疫組成物に対して予防または治療上の応答、特に免疫応答を発現することを示す方法に関する。
【００２５】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで患者は低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される。
【００２６】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に少なくとも１つの抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで患者は低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される。
【００２７】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで前記患者は低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択され、前記の引き起こされた免疫応答は自然免疫応答である。自然免疫応答は病原体に対する身体の最初の防御であり、抗原提示細胞、すなわち「ＡＰＣ」を含む様々な細胞によって誘発される。これらの細胞は、外来性の分子（例えば細菌性およびウイルス性の核酸、タンパク質、炭水化物）を認識する表面および細胞質受容体を発現する。これらのシグナルを検出することにより、樹状細胞およびマクロファージは、サイトカイン（インターフェロン、ＴＮＦアルファ、およびＩＬ−１２を含む）ならびに未熟樹状細胞、マクロファージ、ＮＫ細胞、および顆粒球のような細胞を攻撃の場へ誘引するケモカインの放出を含む、防御性の応答を誘発する。従って自然免疫応答は非特異的な保護を与え、一方で身体は適応型の応答を発生する。
【００２８】
従って本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、該方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から一患者を選択し、
−選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００２９】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に少なくとも１つの抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、該方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から一患者を選択し、
−選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３０】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで上記引き起こされた免疫応答は自然免疫応答であり、前記方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から患者を選択し、
−選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３１】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に上記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３２】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に少なくとも１つの抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に上記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３３】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患を治療される患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する方法に関し、ここで引き起こされた免疫応答は自然免疫応答であり、上記方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に上記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００３４】
本出願の明細書全体を通して用いられる単数への言及（「ａ」および「ａｎ」）の語は、文脈に他の指示が無い限り、参照される化合物もしくは工程の「少なくとも１」、「少なくとも最初」、「１以上」、または「複数」を意味する。例えば「細胞（ａ ｃｅｌｌ）」との語には、それらの混合を含む、複数の細胞が含まれる。さらに詳細には、「少なくとも１」および「１以上」は、１または１よりも大きな数、特に１、２、もしくは３を好ましく意味する。
【００３５】
本明細書のいずれの箇所でも用いられる「および／または」の語は、「および」、「または」、および「前記の語によって接続される要素の全て、またはその他の組み合わせのいずれも」との意味を含む。
【００３６】
本明細書で用いられる「約」または「おおよそ」の語は、２０％以内、好ましくは１０％以内、さらに好ましくは５％以内を意味する。明確にするため、「約ｘ」にはｘ特異的な値が含まれることを追加する。
【００３７】
「患者」、「被験体」の語は、脊椎動物、特に哺乳類種のメンバーを意味し、家畜、競技動物、ヒトを含む霊長類、を含むがこれらに限定されない。
【００３８】
本明細書で用いられる「治療」または「治療する」の語は、予防および／または治療法を包含する。従って、本発明の免疫原性組成物および方法は、治療への応用に限定されるものではなく、予防用にも使用できる。これは、本明細書の「予防用または治療用の免疫応答を発生させるため」との語によって包含される。「予防」は即時型の疾患（例えば感染症）の予防に限定されるものではなく、長期にわたるこれらの感染の結果、例えば肝硬変または癌の予防もさらに包含する。
【００３９】
活性化合物の「有効量」または「十分量」は、臨床上の結果を含む、有益な、または望まれる結果をもたらすために十分な量である。有効量は、１以上の投与によって投与できる。「治療上有効な量」は、ウイルス性の感染に付随する１以上の症状の緩和、同様に疾患の予防（例えば感染の１以上の症状の予防）を含むがこれらに限定されない、有益な臨床上の結果をもたらす量である。
【００４０】
「低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される患者」との語は、インターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度を本明細書に開示されるように測定され、かつ低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者を意味するものとして理解されなければならない。試験される患者数が１を超える場合、前記患者は患者集団を形成する。
【００４１】
特別な態様によれば、「患者が治療上の応答をし得る」または「患者が治療に対して陽性に応答し得る」との語は、前記患者の生存率が増加することを意味する（実施例部分を参照）。
【００４２】
本発明の好ましい態様によれば、本発明の方法は、患者由来の生体サンプル中のインターロイキン１０およびインターフェロンガンマ濃度を免疫原性組成物の投与前に測定することである、最初の工程を含んでなる。
【００４３】
本発明によれば、インターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度は、患者から得た生体サンプルにおいて測定される。生体サンプルには、血液および生物由来のその他の液体サンプル、生検の検体のような固形組織サンプルが含まれるが、これらに限定されない。好ましい態様によれば、生体サンプルは血液、血漿、または血清であり、この場合患者からのサンプルは、比較的単純で非侵襲的な手順により得られる。血液または血清を得る方法は当該技術分野において公知であり、本発明の一部ではない。
【００４４】
加えて、インスタントバイオマーカーを含む、ポリペプチドを検出および定量するための方法が多数知られている。このような方法には、抗体に基づく方法、さらに詳細にはモノクローナル抗体に基づく方法が含まれるが、これらに限定されない。本発明にとって、インスタントバイオマーカーを検出および定量するための特定の方法は重要ではない。例えば、本発明の材料および方法は、Luminex技術（Luminex Corporation、オースティン、テキサス州）または酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ、多くのＥＬＩＳＡキットが、例えばCliniScience、Diaclone、Biosourceから市販されている）と共に用いられてよい。
【００４５】
本発明の一態様によれば、インターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度は抗体を用いて判定される。
本発明の特定の一態様によれば、単数または複数の前記抗体はＩＬ１０またはＩＦＮγに特異的である。
本発明の特定の一態様によれば、前記抗体はモノクローナル抗体である。
【００４６】
本発明の特定の一態様によれば、前記抗体は、例えば蛍光、放射標識、酵素、ビオチン、または前記抗体によって標識された細胞が検出可能となるように設計されたその他のいずれの方法によってもタグ化される。これらの技術は広く用いられており、当該技術分野において公知である。
【００４７】
関連する態様によれば、この方法は、患者への免疫原性組成物の投与前に、患者におけるインターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度を判定すること；ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出すること；前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比をカットオフ値に対して比較すること；および、カットオフ値に比較したＩＬ１０／ＩＦＮγ比の濃度に基づき、免疫療法による治療の有効性を予測することを含む。
【００４８】
特別な態様によれば、前記カットオフ値は約５、好ましくは約４、さらに好ましくは約３、特に約２である。好ましい一態様によれば、前記カットオフ値は約３．７、さらに好ましくは３．７である。好ましい態様によれば、本発明による「低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比」とは、約５未満、好ましくは約４未満、さらに好ましくは約３未満、特に約２未満のＩＬ１０／ＩＦＮγ比を指す。好ましい一態様によれば、本発明による前記「低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比」とは、約３．７未満、さらに好ましくは３．７未満のＩＬ１０／ＩＦＮγ比を指す。好ましい態様によれば、インターロイキン１０およびインターフェロンガンマの濃度は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）により、Luminex（登録商標）分析により、ラブオンチップシステムにより、放射免疫測定法、または抗体もしくはその他の特異的分子を用いる、ＩＬ１０およびＩＦＮγの特異的な分子認識に基づくその他のシステムにより測定される。
【００４９】
本明細書で用いられる「免疫原性組成物」、「ワクチン組成物」、「ワクチン」の語、または類似の語は互換的に用いることができ、患者の免疫系を刺激し／誘導し／増大させて、現在の状態を寛解させる、例えば生存率を改善させるか、あるいは現在または将来の害もしくは感染（ウイルス性、細菌性、寄生虫性の感染）から保護するかまたはこれらを減少させるため、例えば腫瘍細胞の増殖もしくは生存の減少、患者における病原体の複製もしくは伝播の減少、または状態に付随する症状の検出可能な程度の減少、患者の生存の延長、に適した薬剤を意味する。前記免疫原性組成物は、（ｉ）少なくとも１つの標的抗原の全部もしくは一部、および／または（ｉｉ）少なくとも１つの異種性ヌクレオチド配列、特に少なくとも１つの標的抗原の全部もしくは一部をコードする異種性ヌクレオチド配列の、全部もしくは一部をin vivoで発現する、少なくとも１つの組み換えベクターを少なくとも含むことができる。別の態様によれば、本発明の免疫原性組成物は、（ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫応答修飾因子を、単独、または（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）と組み合わせて含んでなる。このような免疫応答修飾因子（immune response modifiers：ＩＲＭ）の例には、ＣｐＧオリゴヌクレオチド（例えば米国特許第６，１９４，３８８号；米国特許出願公開第２００６０９４６８３号；国際公開第２００４０３９８２９号を参照）、リポ多糖、ポリイノシン・ポリシチジン酸複合体（Kadowaki, et el., 2001, J. Immunol. 166, 2291-2295）、ならびに樹状細胞および／または単球／マクロファージからのサイトカイン酸性を誘導することが知られているポリペプチドおよびタンパク質が含まれる。このような免疫応答修飾因子（ＩＲＭ）の例は、イミダゾキノリンアミン、イミダゾピリジンアミン、６，７−融合シクロアルキルイミダゾピリジンアミン、イミダゾナフチリジンアミン、オキザロキノリンアミン、チアゾロキノリンアミン、および１，２−架橋イミダゾキノリンアミンのような有機小分子である（例えば米国特許第４，６８９，３３８号；米国特許第５，３８９，６４０号；米国特許第６，１１０，９２９号；および米国特許第６，３３１，５３９号を参照）。別の態様によれば、免疫原性組成物は、癌のような疾病を治療するために患者の免疫応答を刺激する細胞を含んでなる。前記細胞は、抗原性の組成物（例えばDendreon Corporationにより開発されたProvenge）と組み合わせた、樹状細胞のような抗原提示細胞、腫瘍細胞（例えばCell Genesysにより開発されたGVAX）、またはリンパ球であってよい。
【００５０】
本明細書で用いられる「抗原」の語は、免疫応答の標的となることが可能な、複合体抗原（例えば腫瘍細胞、ウイルス感染細胞、樹状細胞など）を含むいずれの物質も指す。抗原は、例えば患者により引き起こされた細胞性および／または液性免疫応答の標的であってよい。「抗原」の語は、ウイルス性抗原、腫瘍特異的または腫瘍関連抗原、細菌性抗原、寄生虫性抗原、アレルゲンなどの全部または一部を包含する：
−ウイルス性抗原は例えば、肝炎ウイルスＡ、Ｂ、Ｃ、ＤおよびＥ、ＨＩＶ、疱疹ウイルス、サイトメガロウイルス、水痘帯状疱疹、パピローマウイルス、エプスタイン・バーウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、アデノウイルス、コクサッキーウイルス、ピコルナウイルス、ロタウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、ポックスウイルス、ライノウイルス、風疹ウイルス、パポバウイルス、ムンプスウイルス、麻疹ウイルス由来の抗原を含む；公知のウイルス性抗原の限定されない幾つかの例は、以下：ＨＩＶ−１、例えばｔａｔ、ｎｅｆ、ｇｐ１２０もしくはｇｐ１６０、ｇｐ４０、ｐ２４、ｇａｇ、ｅｎｖ、ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｕ、ｒｅｖ、またはそれらの一部および／もしくは組み合わせ由来の抗原；ヒト疱疹ウイルス、例えばｇＨ、ｇＬ、ｇＭ、ｇＢ、ｇＣ、ｇＫ、ｇＥ、もしくはｇＤまたはそれらの一部および／もしくは組み合わせ、または前初期タンパク質、例えばＨＳＶ１もしくはＨＳＶ２由来のＩＣＰ２７、ＩＣＰ４７、ＩＣＰ４、ＩＣＰ３６由来の抗原；サイトメガロウイルス、特にヒトサイトメガロウイルス、例えばｇＢまたはその誘導体由来の抗原；エプスタイン・バーウイルス、例えばｇｐ３５０またはその誘導体由来の抗原；水痘帯状疱疹ウイルス、例えばｇｐ１、１１、１１１およびＩＥ６３由来の抗原；肝炎ウイルス、例えばＢ型肝炎、Ｃ型肝炎、またはＥ型肝炎ウイルス抗原（例えばＨＣＶのｅｎｖタンパク質Ｅ１もしくはＥ２、コアタンパク質、ＮＳ２、ＮＳ３、ＮＳ４ａ、ＮＳ４ｂ、ＮＳ５ａ、ＮＳ５ｂ、ｐ７、またはそれらの一部および／もしくは組み合わせ）由来の抗原；ヒトパピローマウイルス（例えばＨＰＶ６、１１、１６、１８、例えばＬ１、Ｌ２、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ３、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、Ｅ７、またはそれらの一部および／もしくは組み合わせ）由来の抗原；その他のウイルス性病原体、例えば呼吸器合胞体ウイルス（例えばＦおよびＧタンパク質またはそれらの誘導体）、パラインフルエンザウイルス、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、フラビウイルス（例えば黄熱病ウイルス、デング熱ウイルス、ダニ媒介脳炎ウイルス、日本脳炎ウイルス）またはインフルエンザウイルス細胞（例えばＨＡ、ＮＰ、ＮＡ、もしくはＭタンパク質、またはそれらの一部および／もしくは組み合わせ）由来の抗原を含む；
−腫瘍特異的または関連抗原は、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、および白血病を含むがこれらに限定されない。このような癌のさらに詳細な例は、乳癌、前立腺癌、大腸癌、扁平上皮癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、胃腸癌、膵臓癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞腫、結腸直腸癌、子宮内膜癌、唾液腺癌、腎癌、肝臓癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌および様々な型の頭頚部癌、腎癌、悪性メラノーマ、咽頭癌、前立腺癌を含む。癌抗原とは、明らかに腫瘍特異的な免疫応答を、潜在的に刺激することができる抗原である。これらの抗原のあるものは正常細胞によりコードされるが、必ずしも発現しない。これらの抗原は、正常細胞においては通常サイレント（すなわち発現しない）であるもの、低レベルでのみ発現するかまたは分化の特定の段階に発現するもの、および胚性および胎児性抗原のような一時的に発現するものとして特徴付けられる。その他の癌抗原は、癌遺伝子（例えば活性化ｒａｓ癌遺伝子）、抑制遺伝子（例えば変異ｐ５３）のような変異細胞遺伝子、内部欠失または染色体転座の結果としての融合タンパク質によりコードされる。さらにその他の癌抗原は、ＲＮＡおよびＤＮＡ腫瘍ウイルスにより保有されるような、ウイルス性遺伝子によってコードされ得る。腫瘍特異的または関連抗原の限定されない幾つかの例は、ＭＡＲＴ−１／Ｍｅｌａｎ−Ａ、ｇｐ１００、ジペプチジルペプチダーゼＩＶ（ＤＰＰＩＶ）、アデノシンデアミナーゼ結合タンパク質（ＡＤＡｂｐ）、シクロフィリンｂ、結腸直腸関連抗原（ＣＲＣ）−Ｃ０１７−１Ａ／ＧＡ７３３、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）ならびにその免疫原性エピトープＣＡＰ−１およびＣＡＰ−２、ｅｔｖ６、ａｍｌ１、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）ならびにその免疫原性エピトープＰＳＡ−１、ＰＳＡ−２、およびＰＳＡ−３、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、Ｔ細胞受容体／ＣＤ３ゼータ鎖、腫瘍抗原のＭＡＧＥファミリー（例えばＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＣＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ５、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ７、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＭＡＧＥ−Ａｌ２、ＭＡＧＥ−Ｘｐ２（ＭＡＧＥ−Ｂ２）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ３（ＭＡＧＥ−Ｂ３）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ４（ＭＡＧＥ−Ｂ４）、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＭＡＧＥ−Ｃ３、ＭＡＧＥ−Ｃ４、ＭＡＧＥ−Ｃ５）、腫瘍抗原のＧＡＧＥファミリー（例えばＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ−７、ＧＡＧＥ−８、ＧＡＧＥ−９）、ＢＡＧＥ、ＲＡＧＥ、ＬＡＧＥ−１、ＮＡＧ、ＧｎＴ−Ｖ、ＭＵＭ−１、ＣＤＫ４、チロシナーゼ、ｐ５３、ＭＵＣファミリー（例えばＭｕＣ−１）、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｐ２１ｒａｓ、ＲＣＡＳ１、アルファフェトプロテイン、Ｅ−カドヘリン、アルファカテニン、ベータカテニン、およびガンマカテニン、ｐｌ２０ｃｔｎ、ｇｐ１００．ｓｕｐ．Ｐｍｅ１１１７、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ｃｄｃ２７、大腸腺腫症タンパク質（ＡＰＣ）、フォドリン、コネキシン３７、Ｉｇ−イディオタイプ、ｐ１５、ｇｐ７５、ＧＭ２およびＧＤ２ガングリオシド、ヒトパピローマウイルスタンパク質のようなウイルス性産物、腫瘍抗原のＳｍａｄファミリー、ｌｍｐ−１、Ｐ１Ａ、ＥＢＶによりコードされる核抗原（ＥＢＮＡ）−１、脳グリコーゲンホスホリラーゼ、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−２（ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０）、ＳＳＸ−１、ＳＳＸ−４、ＳＳＸ−５、ＳＣＰ−１およびＣＴ−７、ならびにｃ−ｅｒｂＢ−２を含む；
−細菌性抗原は、例えば、ＴＢおよびハンセン病の原因となるマイコバクテリア、肺炎球菌、好気性グラム陰性桿菌、マイコプラズマ、ブドウ球菌感染症、連鎖球菌感染症、サルモネラ、クラミジア、ナイセリア由来の抗原を含む；
−その他の抗原は、例えばマラリア、リーシュマニア症、トリパノソーマ症、トキソプラズマ症、住血吸虫症、フィラリア症由来の抗原を含む;
アレルゲンは、感受性の患者にアレルギー性または喘息性の応答を誘導できる物質を指す。アレルゲンのリストは非常に多く、花粉、昆虫毒、動物の鱗屑、真菌胞子、および薬物（例えばペニシリン）を含んでよい。天然の動物および植物アレルゲンの例は、以下の属：イヌ（Canis familiaris）；ダニ（例えばDermatophagoides farinae）；ネコ（Felis domesticus）；ブタクサ（Ambrosia artemiisfolia）；ドクムギ（例えばLolium perenneまたはLolium multiflorum）；スギ（Cryptomeria japonica) ; Alternaria (Alternaria alternata) ;Alder; Alnus {Alnus gultinoasa）；カバノキ（Betula verrucosa）；カシ（Quercus alba）；オリーブ（Olea europa）；ヨモギ（Artemisia vulgaris）；オオバコ（例えばPlantago lanceolata）；ヒカゲミズ（例えばParietaria officinalisまたはParietaria judaica）；チャバネゴキブリ（例えばBlattella germanica）；ミツバチ（例えばApis multiflorum）；イトスギ（例えばCupressus sempervirens、Cupressus arizonica、およびCupressus macrocarpa);ビャクシン（例えばJuniperus sabinoides、Juniperus virginiana、Juniperus communis、およびJuniperus ashei）；クロベ（例えばThuya orientalis）；ヒノキ（例えばChamaecyparis obtusa）；ゴキブリ（例えばPeriplaneta americana）；カモジグサ（例えばAgropyron repens）；ライ麦（例えばSecale cereale）；コムギ（例えばTriticum aestivum）；カモガヤ（例えばDactylis glomerata）；ウシノケグサ（例えばFestuca elatior）；イチゴツナギ（例えばPoa pratensisまたはPoa compressa）；カラスムギ（例えばAvena sativa）；シラゲガヤ（例えばHolcus lanatus）；ツノゴケ（例えばAnthoxanthum odoratum）；オオカニツリ（例えばArrhenatherum elatius）；コヌカグサ（例えばAgrostis alba）；アワガエリ（例えばPhleum pratense）クサヨシ（例えばPhalaris arundinacea）；スズメノヒエ（例えばPaspalum noratum）；モロコシ（例えばSorghum halepensis）；およびスズメノチャヒキ（例えばBromus inermis）に特異的なタンパク質を含むがこれらに限定されない。
【００５１】
特別な一態様によれば、前記抗原は異種性ヌクレオチド配列によりコードされ、組み換えベクターによりin vivoで発現する。
【００５２】
特に好ましい態様によれば、本発明の異種性ヌクレオチド配列は、以下の抗原、ＨＢＶ−ＰｒｅＳ１、ＰｒｅＳ２、および表面ｅｎｖタンパク質、コア、およびｐｏｌＨＩＶ−ｇｐ１２０、ｇｐ４０、ｇｐ１６０、ｐ２４、ｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖ、ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｕ、ｔａｔ、ｒｅｖ、ｎｅｆ；ＨＰＶ−Ｅ１、Ｅ２、Ｅ３、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、Ｅ７、Ｅ８、Ｌ１、Ｌ２（例えば国際公開第９０／１０４５９号、国際公開第９８／０４７０５号、国際公開第９９／０３８８５号を参照）；ＨＣＶ ｅｎｖタンパク質Ｅ１またはＥ２、コアタンパク質、ＮＳ２、ＮＳ３、ＮＳ４ａ、ＮＳ４ｂ、ＮＳ５ａ、ＮＳ５ｂ、ｐ７（例えば国際公開第ＷＯ２００４１１１０８２号、国際公開第２００５０５１４２０号を参照）；Ｍｕｃ−１（例えば米国特許第５，８６１，３８１号；米国特許第６，０５４，４３８号；国際公開第９８／０４７２７号；国際公開第９８／３７０９５号を参照）の全部または一部の１以上をコードする。
【００５３】
本発明の変異形によれば、免疫原性組成物は、少なくとも２の抗原、または少なくとも２の抗原をコードする１の異種性ヌクレオチド配列、または少なくとも２の抗原をコードする少なくとも２の異種性ヌクレオチド配列、またはそれらのいずれの組み合わせも含む。
【００５４】
別の特別な態様によれば、本発明の前記異種性ヌクレオチド配列は、ＨＰＶのＥ６初期コード領域、ＨＰＶのＥ７初期コード領域、およびそれらの誘導体または組み合わせからなる群から選択される、ＨＰＶ抗原の全部または一部をコードする。
【００５５】
本発明による、組み換えベクターによりコードされるＨＰＶ抗原は、ＨＰＶ Ｅ６ポリペプチド、ＨＰＶ Ｅ７ポリペプチド、またはＨＰＶ Ｅ６ポリペプチドおよびＨＰＶ Ｅ７ポリペプチドの両方からなる群から選択される。本発明は、変異しているかまたは少なくとも著しく減弱したｐ５３に結合する、いずれのＨＰＶ Ｅ６ポリペプチドの使用、および／または変異しているかまたは少なくとも著しく減弱したＲｂに結合する、いずれのＨＰＶ Ｅ７ポリペプチドの使用も包含する（Munger et al., 1989, EMBO J. 8, 4099-4105; Crook et al., 1991, Cell 67, 547-556; Heck et al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 4442-4446; Phelps et al., 1992, J. Virol. 66, 2148-2427）。本発明の目的に適した非発癌性のＨＰＶ−１６ Ｅ６変異体では、おおよそ位置１１８からおおよそ位置１２２におけるアミノ酸残基の１以上が欠失しており（＋１は、天然ＨＰＶ−１６ Ｅ６ポリペプチドの最初のメチオニン残基を表す）、特に好ましくは残基１１８から１２２（ＣＰＥＥＫ）が完全に欠失している。本発明の目的に適した非発癌性のＨＰＶ−１６ Ｅ７変異体では、おおよそ位置２１からおおよそ位置２６におけるアミノ酸残基の１以上が欠失しており（＋１は、天然ＨＰＶ−１６ Ｅ７ポリペプチドの最初のアミノ酸を表す）、特に好ましくは残基２１から２６（ＤＬＹＣＹＥ）が完全に欠失している。好ましい態様によれば、本発明で用いられる１以上のＨＰＶ−１６初期ポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩの提示を改善するために、かつ／または抗ＨＰＶ免疫を刺激するために、さらに改変される。ＨＰＶ Ｅ６およびＥ７ポリペプチドは核タンパク質であり、以前に、膜提示によってそれらの治療上の有効性が改善されることが示されている（例えば、国際公開９９／０３８８５号を参照）。従って、少なくとも１つのＨＰＶ初期ポリペプチドが細胞膜に固定されるように改変することが望ましいであろう。膜アンカーは、ＨＰＶ初期ポリペプチド内に膜アンカー配列を取り込むことにより、天然ポリペプチドが分泌配列（すなわちシグナルペプチド）を持たない場合に容易に達成できる。膜アンカーおよび分泌配列は、当該技術分野において公知である。簡単に述べると、分泌配列は、膜提示されるかまたは分泌されるポリペプチドのＮ末端に存在し、それらの小胞体（ＥＲ）への通過を開始する。これらは通常１５ないし３５の、基本的には疎水性のアミノ酸を含んでなり、次にこれらのアミノ酸が、特異的なＥＲ局在のエンドペプチダーゼにより除去されて成熟ポリペプチドが得られる。膜アンカー配列は、通常、本来は高度に疎水性であり、ポリペプチドの細胞膜内への固定に役立つ（例えば、Branden and Tooze, 1991, in Introduction to Protein Structure p. 202-214, NY Garlandを参照）。
【００５６】
本発明の文脈内で使用できる、膜アンカーおよび分泌配列の選択は非常に広い。これらは、それを含んでなるいずれの膜アンカーおよび／または分泌ポリペプチド（例えば、細胞性またはウイルス性ポリペプチド）、例えば狂犬病糖タンパク質、ＨＩＶウイルスエンベロープ糖タンパク質、または麻疹ウイルスＦタンパク質から得られてよいか、または合成であってよい。本発明によって用いられる初期ＨＰＶ−１６ポリペプチドそれぞれに挿入される膜アンカーおよび／または分泌配列は、共通または異なる起源を有してよい。分泌配列の好ましい挿入部位は翻訳開始コドン下流のＮ末端であり、膜アンカー配列の好ましい挿入部位はＣ末端、例えば終止コドンのすぐ上流である。
【００５７】
本発明で用いられるＨＰＶ Ｅ６ポリペプチドは、麻疹Ｆタンパク質の分泌および膜アンカーシグナルの挿入によって好ましく改変される。任意に、または組み合わせて、本発明で用いられるＨＰＶ Ｅ７ポリペプチドは、狂犬病糖タンパク質の分泌および膜アンカーシグナルの挿入によって好ましく改変される。
【００５８】
組み換えベクターの治療上の有効性はまた、免疫賦活ポリペプチドをコードする１以上の核酸の使用によっても改良できる。例えば、ＨＰＶ初期ポリペプチドを、カルレティキュリン（Cheng et al., 2001, J. Clin. Invest. 108, 669-678）、結核菌熱ショックタンパク質７０（ＨＳＰ７０）（Chen et al., 2000, Cancer Res. 60, 1035-1042）、ユビキチン（Rodriguez et al., 1997, J. Virol. 71, 8497-8503）、または細菌性毒素、例えば緑膿菌外毒素Ａ（ＥＴＡ（ｄＩＩＩ））の転移ドメイン（Hung et al., 2001 Cancer Res. 61, 3698-3703）、のようなポリペプチドに連結することは有利であり得る。
【００５９】
別の好ましい態様によれば、本発明の組み換えベクターは、上で定義した初期ポリペプチドの１以上、さらに詳細にはＨＰＶ−１６および／またはＨＰＶ−Ｉ８初期Ｅ６および／またはＥ７ポリペプチドをコードする核酸を含んでなる。
【００６０】
別の特別な好ましい態様によれば、本発明の前記異種性ヌクレオチド配列は、ＭＵＣ１抗原またはその誘導体の全部もしくは一部をコードする。
【００６１】
別の特別な好ましい態様によれば、本発明の前記異種性ヌクレオチド配列は、以下：ＨＣＶ ｅｎｖタンパク質Ｅ１またはＥ２、コアタンパク質、ＮＳ２、ＮＳ３、ＮＳ４ａ、ＮＳ４ｂ、ＮＳ５ａ、ＮＳ５ｂ、ｐ７、またはそれらの誘導体の全部もしくは一部の１以上をコードする。別の特別な好ましい態様によれば、本発明の前記異種性ヌクレオチド配列は１以上の融合タンパク質をコードし、ここにおける配置は、少なくとも１つのＮＳポリペプチドの順序が、天然の配置の順序とは異なるようであるという意味で天然ではない。従って、融合タンパク質がＮＳ３ポリペプチド、ＮＳ４Ａポリペプチド、およびＮＳ５Ｂポリペプチドを含んでなる場合、天然の立体配置は、ＮＳ３がＮ末端、およびＮＳ５ＢがＣ末端に位置する、ＮＳ３−ＮＳ４Ａ−ＮＳ５Ｂであり得る。一方で非天然の配置は、ＮＳ５Ｂ−ＮＳ３−ＮＳ４Ａ、ＮＳ５Ｂ−ＮＳ４Ａ−ＮＳ３、ＮＳ４Ａ−ＮＳ３−ＮＳ５Ｂ、ＮＳ４Ａ−ＮＳ５Ｂ−ＮＳ３、またはＮＳ３−ＮＳ５Ｂ−ＮＳ４Ａであり得る。特に、本発明の融合タンパク質は、以下の少なくとも１を含んでなる：
○ＮＳ３ポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ４Ａポリペプチド；
○ＮＳ５ＢポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ３ポリペプチド；
○ＮＳ５ＢポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ４Ｂポリペプチド；
○ＮＳ４ＢポリペプチドのＮ末端へ直接またはリンカーを通して融合するＮＳ３ポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ４Ａポリペプチド；および／または
○ＮＳ５ＢポリペプチドのＮ末端へ直接またはリンカーを通して融合するＮＳ４ＢポリペプチドのＮ末端へ、直接またはリンカーを通して融合するＮＳ３ポリペプチド。
【００６２】
本発明の融合タンパク質のこのような特別な部分において、ＮＳポリペプチドはそれぞれ独立して天然であってよいか、または改変できる。例えば、ＮＳ４Ａ−ＮＳ３の部分に含まれるＮＳ４Ａポリペプチドは天然であってよいが、ＮＳ３ポリペプチドは、以下に述べる少なくとも１つの改変を含んでなる。
【００６３】
必要であれば、本発明で用いられる核酸分子は、標的抗原（例えばＨＰＶ初期ポリペプチド）を特定のホスト細胞または生命体、例えばヒトホスト細胞または生命体内に高レベルで発現させるため、最適化されてよい。典型的には、哺乳類ホスト細胞ではあまり用いられないコドンに相当する１以上の「天然」（例えばＫＰＶ）コドンを、同じアミノ酸をコードし、より頻繁に用いられる１以上のコドンによって置換することにより、コドンの最適化が行われる。これは従来の変異誘発または化学合成技術（例えば核酸を合成する）により達成できる。部分的な置換でも発現の増大は達成できることから、あまり用いられないコドンに相当する天然コドンの全てを置換する必要はない。さらに、単数または複数の制限酵素部位を導入するため、最適化コドンの使用へ厳格に固執することから幾らかは逸脱してもよい。
【００６４】
ここで用いられる「組み換えベクター」の語は、染色体外（例えばエピソーム）、マルチコピー、および組み込みベクター（すなわちホスト染色体内に取り込まれる）を含む、ウイルス性および非ウイルス性のベクターを指す。本発明の文脈において特に重要であるのは、遺伝子治療法に使用するためのベクター（すなわちホスト生命体へ核酸を送達できるもの）、および様々な発現システムにおいて使用するための発現ベクターである。適切な非ウイルス性のベクターには、ｐＲＥＰ４、ｐＣＥＰ４（Invitrogene）、ｐＣＩ（Promega）、ｐＣＤＭ８（Seed, 1987, Nature 329, 840）、ｐＶＡＸ、およびｐｇＷｉｚ（Gene Therapy System Inc; Himoudi et al., 2002, J. Virol. 76, 12735-12746）のようなプラスミドが含まれる。適切なウイルスベクターは、様々な異なるウイルス（例えばレトロウイルス、アデノウイルス、ＡＡＶ、ポックスウイルス、疱疹ウイルス、麻疹ウイルス、泡沫状ウイルスなど）に由来してよい。本明細書で用いられる「ウイルスベクター」の語は、ベクターのＤＮＡ／ＲＮＡ、および産生されたそのウイルス粒子を包含する。ウイルスベクターは複製可能であるか、または複製欠損もしくは複製障害であるように、遺伝的に無効にすることができる。本明細書で用いられる「複製可能」の語は、特定のホスト細胞（例えば腫瘍細胞）内でより良く、または選択的に複製できるように改変された、複製選択的および条件的に複製可能なウイルスベクターを包含する。
【００６５】
一態様によれば、本発明で用いられる組み換えベクターは組み換えアデノウイルスベクターである（総説として、"Adenoviral vectors for gene therapy", 2002, Ed D. Curiel and J. Douglas, Academic Pressを参照）。これは様々なヒトまたは動物源由来であってよく、かつアデノウイルス血清型の１ないし５１からのいずれの血清型も用いられてよく、特にヒトアデノウイルス２（Ａｄ２）、５（Ａｄ５）、６（Ａｄ６）、１１（Ａｄ１１）、２４（Ａｄ２４）および３５（Ａｄ３５）が好ましい。このようなアデノウイルスは、アメリカ合衆国培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ、ロックビル、メリーランド州）から入手でき、それらの配列、構成、および産生方法を記載した多数の出版物の主題となっていることから、熟練者によるそれらの使用が可能である（例えば米国特許第６，１３３，０２８号；米国特許第６，１１０，７３５号；国際公開第０２／４０６６５号；国際公開第００／５０５７３号；欧州特許第１０１６７１１号；Vogels et al., 2003, J. Virol. 77, 8263-8271を参照）。
【００６６】
本発明で用いられるアデノウイルスベクターは、複製可能であってよい。複製可能なアデノウイルスベクターの多くの例が、当業者には容易に入手可能である（例えばHernandez-Alcoceba et al., 2000, Human Gene Ther. 11, 2009-2024; Nemunaitis et al., 2001, Gene Ther. 8, 746-759; Alemany et al., 2000, Nature Biotechnology 18, 723-727を参照）。例えば、これらは野生型アデノウイルスゲノムから、Ｅ１Ａ ＣＲ２ドメインの欠失により（例えば国際公開第００／２４４０８号を参照）、および／または、天然Ｅ１および／またはＥ４プロモーターを、組織、腫瘍、または細胞の状態に特異的なプロモーターで置換することにより（例えば米国特許第５，９９８，２０５号、国際公開第９９／２５８６０号、米国特許第５，６９８，４４３号、国際公開第００／４６３５５号、国際公開第００／１５８２０号、および国際公開第０１／３６６５０号を参照）改変できる。
【００６７】
あるいは、本発明で用いられるアデノウイルスベクターは、複製欠損である（例えば国際公開第９４／２８１５２号；Lusky et al., 1998, J. Virol 72, 2022-2032を参照）。好ましい複製欠損アデノウイルスベクターは、Ｅ１欠陥（例えば米国特許第６，１３６，５９４号および米国特許第６，０１３，６３８号を参照）であり、これはおおよそ位置４５９ないし３３２８、またはおおよそ位置４５９ないし３５１０から伸展するＥ１の欠失による（受入番号Ｍ７３２６０によりGeneBankに開示されるヒトアデノウイルスタイプ５の配列、およびChroboczek et al., 1992, Virol. 186, 280-285への参照による）。クローニング能は、アデノウイルスゲノムのさらなる部分（非必須のＥ３領域、またはその他の必須のＥ２、Ｅ４領域の、全部もしくは一部）の欠失によってさらに改良できる。アデノウイルスベクターのいずれの位置への核酸の挿入も、Chartier et al. (1996, J. Virol. 70, 4805-4810)に記載される相同組み換えを通して行うことができる。例えば、ＨＰＶ−１６ Ｅ６ポリペプチドをコードする核酸はＥ１領域を置換するために挿入でき、ＨＰＶ−１６ Ｅ７ポリペプチドをコードする核酸はＥ３領域を置換するために挿入でき、その逆もまた同じである。
【００６８】
別の好ましい態様によれば、本発明で用いられるベクターはポックスウイルスベクターである（例えばCox et al. in "Viruses in Human Gene Therapy" Ed J. M. Hos, Carolina Academic Pressを参照）。別の好ましい態様によれば、これはワクシニアウイルスからなる群から選択され、適切なワクシニアウイルスは、コペンハーゲン株（Goebel et al,, 1990, Virol. 179, 247-266 および 517-563; Johnson et al., 1993, Virol. 196, 381-401）、ワイス株、およびそれら由来の、ＭＶＡを含む高度に弱毒化されたウイルス（総説としてMayr, A., et al., 1975, Infection 3, 6-14を参照）ならびにそれらの誘導体（例えばＭＶＡワクシニア株５７５（ＥＣＡＣＣ Ｖ００１２０７０７−米国特許第６，９１３，７５２号）、ＮＹＶＡＣ（国際公開第９２／１５６７２号−Tartaglia et al., 1992, Virology, 188, 217-232を参照）を含むがこれらに限定されない。ＭＶＡゲノムの完全な配列の決定、およびコペンハーゲンＶＶゲノムとの比較により、ＭＶＡゲノムにおける７の欠失（ＩないしＶＩＩ）の正確な同定が可能となり（Antoine et al., 1998, Virology 244, 365-396）、それらのいずれも抗原をコードする核酸を挿入するために使用できる。ベクターはまた、その他のいずれのポックスウイルス科のメンバー、特に鶏痘（例えばＴＲＯＶＡＣ、Paoletti et al, 1995, Dev Biol Stand., 84, 159-163を参照）；カナリア痘（例えばＡＬＶＡＣ、国際公開第９５／２７７８０号、Paoletti et al, 1995, Dev Biol Stand., 84, 159-163）；鳩痘；豚痘などからも取得され得る。例として当業者は、このような異種性ヌクレオチド配列、特に抗原をコードするヌクレオチド配列を発現できるポックスウイルスに基づいた発現ベクターの産生について記載されている、国際公開第９２ １５６７２号（参照により取り込まれる）を参照してよい。
【００６９】
特別な態様によれば、前記ウイルスは複製可能なポックスウイルス、特に複製可能なワクシニアウイルスであってよい。これらのウイルスの例は、国際公開第９５３１１０５号（例えば製剤ＪＸ５９４、ＶＶ ＴＫ− ＧＭＣＳＦ、またはＪＸ９６３、ＶＶ ＴＫ− ＶＧＦ− ＧＭＣＳＦ）、国際公開第００７３４７９号、国際公開第２００９／０６５５４７号、国際公開第２００９／０６５５４６号に提供される。
【００７０】
ポックスウイルスゲノム内における発現に必要な、核酸および付随する調節性エレメントの挿入のための基本的技術は、当業者が利用できる多数の文書に記載されている（Paul et al., 2002, Cancer gene Ther. 9, 470-477; Piccini et al., 1987, Methods of Enzymoiogy 153, 545-563；米国特許第４，７６９，３３０号；米国特許第４，７７２，８４８号；米国特許第４，６０３，１１２号；米国特許第５，１００，５８７号、および米国特許第５，１７９，９９３号）。これは通常、ウイルス性ゲノムおよび挿入する核酸を保有するプラスミドの両方に存在する重複配列（すなわち望まれる挿入部位）間の相同組み換えを通して進められる。
【００７１】
本発明の抗原をコードする核酸は、組み換えポックスウイルスが生存可能かつ感染可能なままであるように、ポックスウイルスゲノムの非必須の遺伝子座へ好ましく挿入される。非必須の領域は、非コードの遺伝子間領域であるか、またはその不活性化もしくは欠失がウイルスの増殖、複製、または感染を有意に損なわない、いずれの遺伝子でもある。欠損した機能が、ウイルス粒子産生の途中に、例えばポックスウイルスゲノム内で欠失したそれらに対応する補完配列を保有するヘルパー細胞株を用いることにより供給されるという条件で、必須のウイルス性遺伝子座への挿入も想定され得る。
【００７２】
コペンハーゲンワクシニアウイルスを用いる際に、抗原をコードする核酸は、チミジンキナーゼ遺伝子（ｔｋ）内へ好ましく挿入される（Hruby et al., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci USA 80, 3411-3415 ; Weir et al., 1983, J. Virol. 46, 530- 537）。しかしながらその他の挿入部位、例えば赤血球凝集素遺伝子内（Guo et al., 1989, J. Virol. 63, 4189-4198）、Ｋ１Ｌ遺伝子座内、ｕ遺伝子内（Zhou et al., 1990, J. Gen. Virol. 71, 2185-2190）、または文献上で様々な自発性または改変された欠失が報告されている、ワクシニアウイルスゲノムの左端（Altenburger et al., 1989, Archives Virol. 105, 15-27; Moss et al. 1981, J. Virol. 40, 387-395; Panicali et al., 1981, J. Virol. 37, 1000-1010; Perkus et al, 1989, J. Virol. 63, 3829-3836; Perkus et al, 1990, Virol. 179, 276-286 ; Perkus et al, 1991, Virol. 180, 406-410）もまた適切である。
【００７３】
ＭＶＡを用いる際に、抗原をコードする核酸は、同定されたＩないしＶＩＩの欠失のいずれか１の内、およびＤ４Ｒ遺伝子座内に挿入されてよいが、欠失ＩＩまたはＩＩＩ内への挿入が好ましい（Meyer et al., 1991, J. Gen. Virol. 72, 1031- 1038 ; Sutter et al., 1994, Vaccine 12, 1032-1040）。
【００７４】
鶏痘ウイルスを用いる際にはチミジンキナーゼ遺伝子内への挿入が考慮され得るが、抗原をコードする核酸は、ＯＲＦ７と９の間の遺伝子間領域内へ好ましく導入される（例えば欧州特許第３１４５６９号および米国特許第５，１８０，６７５号を参照）。
【００７５】
特別な一態様によれば、前記組み換えベクターは、組み換えプラスミドＤＮＡまたは組み換えウイルスベクターである。
【００７６】
別の特別な態様によれば、前記組み換えウイルスベクターは組み換えワクシニアベクターである。
【００７７】
別の特別な態様によれば、前記組み換えワクシニアベクターは組み換えＭＶＡベクターである。
【００７８】
好ましくは、本発明で用いられる抗原をコードする核酸は、ホスト細胞または生命体内でのその発現に適した形であり、これは抗原をコードする核酸配列が、ホスト細胞または生命体内でのその発現に必要な１以上の調節性配列の制御下に配置されることを意味する。本明細書で用いられる「調節性配列」の語は、複製、重複、転写、スプライシング、翻訳、安定、および／または核酸もしくはその誘導体のうちの一つ（すなわちｍＲＮＡ）のホスト細胞内への輸送を含む、所定のホスト細胞内での核酸の発現を可能にするか、これに寄与するか、または調節するいずれの配列も指す。当業者は、調節性配列の選択が、ホスト細胞、ベクター、および望まれる発現レベルのような因子に依存し得ることを理解するであろう。抗原をコードする核酸は、真核細胞内での抗原核酸の発現を導く遺伝子発現配列へ機能的に連結される。遺伝子発現配列は、それが機能的に連結する抗原核酸の効率的な転写および翻訳を促進する、プロモーター配列またはプロモーター−エンハンサーの組み合わせのような調節性ヌクレオチド配列のいずれでもある。遺伝子発現配列は、例えば、恒常的もしくは誘導性プロモーターのような、哺乳類またはウイルス性プロモーターであってよい。恒常的哺乳類プロモーターには、以下の遺伝子に対するプロモーター：ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（hypoxanthine phosphoribosyl transferase：ＨＰＲＴ）、アデノシンデアミナーゼ、ピルビン酸キナーゼ、ｂ−アクチンプロモーター、およびその他の恒常的プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。真核細胞内で恒常的に機能する典型的なウイルス性プロモーターには、例えば、サイトメガロウイルス（cytomegalovirus：ＣＭＶ）、サルウイルス（例えばＳＶ４０）、パピローマウイルス、アデノウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（human immunodeficiency virus：ＨＩＶ）、ラウス肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、モロニー白血病ウイルスの末端反復配列（long terminal repeats：ＬＴＲ）およびその他のレトロウイルス由来のプロモーター、ならびに単純ヘルペスウイルスのチミジンキナーゼプロモーターが含まれる。その他の恒常的プロモーターは、当業者に公知である。本発明の遺伝子発現配列として有用なプロモーターには、誘導性プロモーターもまた含まれる。誘導性プロモーターは、誘導因子の存在下で発現する。例えばメタロチオネインプロモーターは、特定の金属イオンの存在下で転写および翻訳の促進が誘導される。その他の誘導性プロモーターは、当業者に公知である。一般に遺伝子発現配列は、ＴＡＴＡボックス、キャッピング配列、ＣＡＡＴ配列などのような、転写および翻訳それぞれの開始に関わる５’非転写および５’非翻訳配列を含み得ることが必要である。特にこのような５’非転写配列は、機能的に連結された抗原核酸の転写制御のためのプロモーター配列を含む、プロモーター領域を含み得る。遺伝子発現配列は、所望により、エンハンサー配列または上流の活性化因子配列を任意に含む。ポックスウイルスベクターにおける使用のために好ましいプロモーター（以下を参照）には、ワクシニアプロモーター７．５Ｋ、Ｈ５Ｒ、ＴＫ、ｐ２８、ｐ１１、およびＫ１Ｌ、初期および後期ポックスウイルスプロモーターのキメラプロモーター、ならびにChakrabarti et al. (1997, Biotechniques 23, 1094-1097), Hammond et al. (1997, J. Virologicai Methods 66, 135-138)および Kumar and Boyle (1990, Virology 179, 151-158)に記載されるような合成プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。
【００７９】
プロモーターは特に重要であり、本発明は、多くの型のホスト細胞内で核酸の発現を導く恒常的プロモーター、および特定のホスト細胞においてのみか、または特異的な現象もしくは外来性の因子（例えば温度、栄養性添加物、ホルモン、またはその他のリガンド）に反応して発現を導くプロモーターの使用を包含する。適切なプロモーターは文献に広く記載されており、ＲＳＶ、ＳＶ４０、ＣＭＶ、およびＭＬＰプロモーターのようなウイルス性プロモーターがより詳細に引用され得る。ポックスウイルスベクターにおける使用のために好ましいプロモーターには、ワクシニアプロモーター７．５Ｋ、Ｈ５Ｒ、ＴＫ、ｐ２８、ｐ１１、およびＫ１Ｌ、初期および後期ポックスウイルスプロモーターのキメラプロモーター、ならびにChakrabarti et al. (1997, Biotechniques 23, 1094-1097), Hammond et al. (1997, J. Virologicai Methods 66, 135-138)および Kumar and Boyle (1990, Virology 179, 151-158)に記載されるような合成プロモーターが含まれるが、これらに限定されない。
【００８０】
当業者は、本発明の核酸分子の発現を制御する調節性エレメントが、転写の適切な開始、調節、および／または終結（例えばポリＡ転写終結配列）、ｍＲＮＡ輸送（例えば核局在化シグナル配列）、プロセシング（例えばスプライシングシグナル）、および安定（例えば、イントロンおよび非コード５’および３’配列）、翻訳（例えば、ペプチドシグナル、プロペプチド、三部からなるリーダー配列（tripartite leader sequences）、リボゾーム結合部位、シャイン−ダルガーノ配列など）のための追加エレメントを、ホスト細胞または生命体内へさらに含んでなり得ることを理解するであろう。
【００８１】
あるいは、本発明で用いられる組み換えベクターは、少なくとも１つのサイトカインをコードする少なくとも１つの核酸をさらに含んでなってよい。適切なサイトカインには、限定はされないが、インターロイキン（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１）およびインターフェロン（例えば、ＩＦＮγ、ＩＮＦα）が含まれ、特にＩＬ−２が好ましい。本発明の組み換えワクチンがサイトカインを発現する核酸を含んでなる場合、前記核酸は、１以上の抗原をコードする組み換えベクターによって、または同じかもしくは異なる由来であってよい、独立した組み換えベクターによって保有され得る。
【００８２】
最も好ましい一態様によれば、本発明で用いられる組み換えベクターは、ＭＵＣ１抗原の全部もしくは一部、および上に記載したサイトカインの少なくとも１、好ましくはインターロイキン、特にＩＬ２をコードする。好ましくは、本発明で用いられる組み換えベクターは、ＭＵＣ１抗原の全部もしくは一部、および上に記載したサイトカインの少なくとも１、好ましくはインターロイキン、特にＩＬ２をコードするＭＶＡである。
【００８３】
上記の組み換えウイルスベクターを含んでなる感染性のウイルス粒子は、ルーチンの手順により産生することができる。典型的な手順は：
ａ．ウイルスベクターを適切な細胞株へ導入する工程、
ｂ．前記感染性ウイルス粒子の産生が可能になるように、前記細胞株を適切な条件下で培養する工程、
ｃ．前記細胞株の培養から産生された感染性ウイルス粒子を回収する工程、および
ｄ．任意に、前記の回収された感染性ウイルス粒子を精製する工程を含んでなる。
【００８４】
アデノウイルスベクターの伝播に適した細胞は、例えば２９３細胞、ＰＥＲＣ６細胞、ＨＥＲ９６細胞、または国際公開第９４／２８１５２号、国際公開第９７／００３２６号、米国特許第６，１２７，１７５号に開示される細胞である。
【００８５】
ポックスウイルスベクターの伝播に適した細胞は鳥類細胞であり、最も好ましくは、受精卵から得たニワトリ胚より調製された、初代ニワトリ胚線維芽細胞（chicken embryo fibroblasts：ＣＥＦ）である。
【００８６】
感染性ウイルス粒子は、培養上清、または溶解（例えば、化学的手段、凍結／融解、浸透圧ショック、機械的ショック、超音波処理などによる）後の細胞から回収され得る。ウイルス粒子は、プラーク精製の連続ラウンドから回収でき、次に当該分野の技術（クロマトグラフィー法、塩化セシウムまたはショ糖勾配による超遠心分離法）を用いて精製される。
【００８７】
所望により、本発明によるヒト疾患の患者を治療するための方法または使用（すなわち、少なくとも１つの抗原を含んでなる免疫原性組成物を投与すること）は、選択された患者において、１以上の従来の治療様式（例えば、照射、化学療法、および／または外科手術）と併用して実行することができる。複数の治療アプローチによって、選択された患者に、より広範な介入が行われる。一態様によれば、本発明によるヒト疾患の患者を治療するための方法または使用は、外科的介入に先立つか、またはそれに続いてよい。別の態様によれば、これは放射線療法（例えばガンマ線照射）に先立つか、またはそれに続いてよい。当業者は、使用できる適切な放射線療法のプロトコルおよびパラメーターを容易に考案できる（例えば、当業者に容易に明らかとなり得る適切な適応および改変を用いる、Perez and Brady, 1992, Principles and Practice of Radiation Oncology, 2nd Ed. JB Lippincott Coを参照）。さらに別の態様によれば、本発明の方法または使用は、１以上の薬物（例えば、ウイルス感染、ウイルスに関連する病的状態、癌などの治療または予防のために慣習的に用いられる薬物）による化学療法に付随する。
【００８８】
従って本発明は、化学療法剤を用いた化学療法が行われている癌患者の治療を改善する方法に関し、該方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から患者を選択し、
−前記の選択された患者に、本発明による免疫原性組成物および化学療法剤を投与することを含んでなる。
【００８９】
従って本発明は、化学療法剤を用いた化学療法が行われている癌患者の治療を改善する方法に関し、該方法は、
−患者由来の生体サンプル（例えば血液または血漿もしくは血清）中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が本発明による低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【００９０】
一態様によれば、前記化学療法剤の投与は免疫原性組成物の投与前に行われる。
別の態様によれば、前記化学療法剤の投与は免疫原性組成物の投与後に行われる。
別の態様によれば、前記化学療法剤の投与は免疫原性組成物の投与と同時に行われる。
一態様によれば、化学療法剤はシスプラチンおよび／もしくはゲムシタビン、または類似物である。
【００９１】
本発明はさらに、低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から選択される患者を、本発明による免疫原性組成物によって同時に治療することを含んでなる、細胞傷害性薬物（すなわち化学療法剤）または放射線療法による細胞傷害性の有効性を改善する方法に関する。
【００９２】
別の態様によれば、本発明の方法または免疫原性組成物の使用は、１以上のプライマー組成物および１以上のブースター組成物の連続投与を含んでなる、プライムブーストの治療様式により実行される。典型的には、プライミングおよびブースティング組成物には、少なくとも１つの共通する抗原性ドメインを含んでなるか、またはコードする、異なるビヒクルが使用される。プライミング免疫原性組成物はホスト生命体へ最初に投与され、１日ないし１２か月の期間後、ブースティング免疫原性組成物が同じホスト生命体へ続いて投与される。本発明の方法は、１ないし１０回のプライミング組成物の連続投与と、それに続く１ないし１０回のブースティング組成物の連続投与を含んでなり得る。望ましくは、注射の間隔はおおよそ１週間ないし６か月である。さらに、プライミングおよびブースティング組成物は、同じ部位または別の部位に、同じ投与経路または異なる投与経路によって投与できる。
【００９３】
特別な一態様によれば、望まれる臨床的な利点はワクチンに対する実証可能な免疫応答に依存しない。
【００９４】
特別な一態様によれば、本発明は上記の方法に関し、ここで前記ヒト疾患は癌である。
【００９５】
好ましい態様によれば、前記癌は、例えば乳癌、大腸癌、腎癌、直腸癌、肺癌、頭頸部癌、腎臓癌、悪性メラノーマ、咽頭癌、卵巣癌、子宮頸癌、前立腺癌、非小細胞肺癌、血液癌、胃癌、骨髄腫である。
【００９６】
特別な一態様によれば、本発明は上記の方法に関し、ここで前記ヒト疾患は感染症である。
【００９７】
好ましい態様によれば、前記感染症は、例えばＨＩＶ、ＨＣＶ、ＨＢＶ、ＨＰＶなどにより誘導される疾患のようなウイルス誘導性疾患である。
【００９８】
さらなる態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患の患者を治療する薬剤の製造のために標的とされる抗原の全部または一部を含んでなる免疫原性組成物の使用が提供される。
【００９９】
さらなる態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患を治療する患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する薬剤を製造するための免疫原性組成物の使用が提供される。
【０１００】
別の態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患を治療する患者に少なくとも１つの抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する薬剤を製造するための免疫原性組成物の使用が提供される。
【０１０１】
別の態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患を治療する患者に標的抗原に対する免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する薬剤を製造するための免疫原性組成物の使用が提供される。
【０１０２】
別の態様によれば、特定の患者集団であって、前記集団の患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者集団において、ヒト疾患を治療する患者に免疫応答（すなわち引き起こされた免疫応答）を誘導する薬剤を製造するための免疫原性組成物の使用が提供され、ここで前記の引き起こされた免疫応答は自然免疫応答である。
【０１０３】
特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、腫瘍特異的もしくは関連抗原、および／またはウイルス性抗原へ向けられる。一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、異なる抗原へ向けられる。特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、ＭＵＣ１抗原の全部または一部へ向けられる。別の特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、Ｔ細胞免疫応答、好ましくはＣＤ８＋（細胞傷害性Ｔリンパ球）免疫応答である。別の特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、非特異的免疫応答、またはワクチン製剤中に含まれない疾病関連抗原に対する免疫応答、または現在の技術で測定できない疾病関連抗原に対する免疫応答である。別の特別な一態様によれば、前記患者集団における前記の「引き起こされた免疫応答」は、自然免疫応答の刺激である。
【０１０４】
動物またはヒト生命体への投与によって免疫応答を誘導または刺激する能力は、in vitroまたはin vivoのいずれかにおいて、当該技術分野において標準である様々なアッセイを用いて評価することができる。免疫応答の開始および活性化を評価するために利用できる技術についての一般的な記述は、例えば Coligan et al. (1992 and 1994, Current Protocols in Immunology ; ed J Wiley & Sons Inc, National Institute of Health)を参照されたい。細胞性免疫の測定は、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞由来の細胞を含む、活性化エフェクター細胞により分泌されるサイトカインプロファイルの測定（例えば、ＥＬＩｓｐｏｔによるＩＬ−１０またはＩＦＮガンマ産生細胞の定量化）により、免疫エフェクター細胞の活性化状態の判定（例えば、古典的な［３Ｈ］チミジン取り込みによるＴ細胞増殖アッセイ）により、感作された患者における抗原特異的Ｔ細胞のアッセイ（例えば、細胞毒性アッセイにおけるペプチド特異的な溶解）により、または蛍光ＭＨＣおよび／もしくはペプチド多量体（例えば四量体）による抗原特異的Ｔ細胞の検出により行うことができる。液性応答を刺激する能力は、抗体結合および／または結合の競合により判定され得る（例えば、Harlow, 1989, Antibodies, Cold Spring Harbor Pressを参照）。本発明の方法はまた、抗原に対する免疫応答の誘導または増強を反映する抗腫瘍活性を判定するため、適切な腫瘍誘導剤（例えばＭＵＣ１を発現するマウス腫瘍細胞）を投与された動物モデルにおいて、さらに検証することもできる。
【０１０５】
従って本発明はさらに、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患、例えば癌を治療される患者の生存率を延長するための方法に関し、該方法は、
−低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する患者で構成される患者集団から患者を選択し、
−前記の選択された患者に、前記免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【０１０６】
本発明はさらに、免疫原性組成物の投与によってヒト疾患、例えば癌を治療される患者の生存率を延長するための方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に免疫原性組成物を投与することを含んでなる。
【０１０７】
本発明はさらに、免疫原性組成物および化学療法剤（上記参照）の投与によってヒト疾患、例えば癌を治療される患者の生存率を延長するための方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に免疫原性組成物および化学療法剤を投与することを含んでなる。
【０１０８】
別の態様によれば、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関する。
【０１０９】
さらに詳細には、本発明は、免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の免疫応答を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関し、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の応答、好ましくは免疫応答を発現しやすいと予測されることを示す。
【０１１０】
言い換えれば本発明は、免疫原性組成物の投与後に、患者がより長く生存しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関し、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が、より高いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する治療された患者に比較して、より高い生存率を有すると予測されることを示す。
【０１１１】
言い換えれば本発明は、免疫原性組成物の投与後に、患者がより長く生存しやすいか否かを予測するためのex-vivoの方法に関し、該試験方法は、患者由来の生体サンプル（例えば血液または血漿もしくは血清）中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定する工程、ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出する工程を含んでなり、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者がより高い生存率を有し得ることを示す。
【０１１２】
従って本発明はさらに、化学療法剤を用いた化学療法が行われている患者が、免疫原性組成物の投与後に予防または治療上の免疫応答（例えばより長い生存のための）を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関する。
【０１１３】
従って本発明はさらに、化学療法剤を用いた化学療法が行われている患者が、免疫原性組成物の投与後に予防または治療上の免疫応答（例えばより長い生存のための）を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用に関し、ここで低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が予防または治療上の免疫応答を発現しやすいと予測されることを示す。
【０１１４】
従って本発明は、化学療法剤を用いた化学療法が行われている癌患者の治療を改善する方法に関し、該方法は、
−患者におけるＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−患者が本発明による低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比を有する場合、患者に免疫原性組成物および化学療法剤を投与することを含んでなる。
【０１１５】
本発明はまた、本明細書に記載される方法を実施するためのパーツを含むキット（すなわちコンパニオンテスト）も提供し、これは本明細書に示される実施例から明らかになるであろう。パーツのキット（１または複数）は、ＩＬ１０およびＩＦＮγの回収、および／またはＩＬ１０およびＩＦＮγの血清濃度を測定するための試薬を含んでよい。このような試薬は抗体を含んでよい。キットは、生体サンプルの回収および／またはプロセシングのための機器をさらに含んでよい。キットはまた、使用のための説明書、カットオフ値（上記参照）および／またはそれらの判定のための説明書、ならびにキットの使用により得られたデータの解釈のための説明書も含むと考えられる。
【０１１６】
特別な一態様によれば、上記パーツのキット、またはキットは、上に開示した、および／または以下の実施例部分に開示する免疫原性組成物をさらに含んでよい。
【０１１７】
本発明はさらに、治験、ＩＬ１０およびＩＦＮγの濃度、ならびにＩＬ１０およびＩＦＮγ比をモニターするため、これらの比が閾値レベルよりも上であるか下であるかを判定するため、および／または免疫療法に対する患者の応答を改善する治療を推奨するためのコンピュータプログラムおよび／またはアルゴリズムを提供する。コンピュータプログラムおよびアルゴリズムは、必要なハードウェア、例えばキットまたは装置の形と共に提供されてよく、これは生体サンプルもまた受け入れてよく、それらに存在するＩＬ１０およびＩＦＮγの相対濃度を測定し、かつＩＬ１０およびＩＦＮγの比を算出する。上記のコンピュータプログラムおよび／または装置は、医師または臨床検査室へ、適切な説明書および抗体を含む試薬と共に提供されると考えられる。
【０１１８】
免疫原性組成物による免疫療法に対する患者の応答を改善する治療へ改変を推奨するためのアルゴリズムの生成における、ＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度の使用。
【０１１９】
本発明は例示的な様式にて記載されており、使用されている専門用語は、限定としての性質よりも、記述のための語としての性質を意図していることが理解されなければならない。明らかに、本発明の多くの改変および変動は、上記の教示に鑑みて可能である。従って、添付の請求項の範囲内で、本発明は、本明細書の詳細な記載とは異なる方法において実施されてよいことが理解されなければならない。
【０１２０】
上に引用された特許、出版物、およびデータベースエントリーの開示の全ては、あたかもこれら個々の特許、出版物、およびデータベースエントリーが、参照により取り込まれることを詳細かつ個別に示していたかのように、それらの全体が同じ範囲で、参照により本明細書に詳細に取り込まれる。
【図面の簡単な説明】
【０１２１】
【図１】肺癌におけるワクチン免疫療法を表す生存曲線：治療前に、血漿における比がＩＬ１０／ＩＦＮγ＜または＞３．７である患者を示した図である。 − 群１：血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγの比が低い患者におけるワクチン（すなわち免疫原性組成物）＋化学療法。低血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比は＜３．７と定義する。４０患者。生存期間中央値＝２１．２か月。-----群２：血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγの比が高い患者におけるワクチン＋化学療法。高血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比は＞３．７と定義する。２１患者。生存期間中央値＝５．６か月。ログランクにより有意差あり：ｐ＝０．００７○コンプリート ＋センサード
【図２】肺癌における化学療法を表す生存曲線：治療前に、血漿における比がＩＬ１０／ＩＦＮγ＜または＞３．７である患者を示した図である。 −群１：血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγの比が低い患者における化学療法。低血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比は＜３．７と定義する。５７患者。生存期間中央値＝１０．８か月。-----群２：血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγの比が高い患者における化学療法。高血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比は＞３．７と定義する。１１患者。生存期間中央値＝８．４か月。ログランクにより有意差なし：ｐ＝０．９２○コンプリート ＋センサード
【０１２２】
治療前のＩＬ１０／ＩＦＮｇの比が＜３．７である患者の中でも、ＴＧ４０１０＋化学療法により治療された患者（生存期間中央値＝２１．２か月）は、化学療法のみで治療された患者（生存期間中央値＝１０．８か月）よりも有意に長く生存した（ログランク試験により、ｐ＝０．０３）。血漿ＩＬ−１０／ＩＦＮγ比に依存しない患者間の生存期間中央値に有意な違いはみられなかった：ＴＧ４０１０および化学療法により治療された患者では１０．７か月；化学療法のみにより治療された患者では１０．３か月。
【０１２３】
実施例１
免疫原性組成物である、著名なワクチンＴＧ４０１０を、非小細胞肺癌（non-small cell lung cancer：ＮＳＣＬＣ）患者の治療のために、標準的な化学療法と組み合わせて用いた。
【０１２４】
ＴＧ４０１０は、ＩＬ２および腫瘍関連抗原ＭＵＣ１の両方を発現する、組み換え改変ウイルスアンカラ（Modified Virus Ankara：ＭＶＡ）である（Rochlitz et al., 2003, J. Gene Med., 5, 690-699を参照）。
【０１２５】
任意抽出された１４８人の患者が：
−化学療法（シスプラチン７５ｍｇ／ｍ２を１日目、ゲムシタビン１２５０ｍｇ／ｍ２を１日目および８日目、３週間おきに６サイクルまで）を単独（研究治療群２）、または
−ＴＧ４０１０による化学療法との併用（研究治療群１）
を受けた。
【０１２６】
腫瘍を６週間おきに評価した（ＷＨＯ基準）。エンドポイントは、６か月目の無進行生存（progression-free survival：ＰＦＳ）、およびＩＴＴ（intent to treat）解析による全生存であった。
【０１２７】
１日目（最初の治療日）の治療前に血液サンプルを採取し、これを直ちに中央免疫検査室へ輸送して血漿を分離し、分析まで凍結保存した。
【０１２８】
中央検査室にて、Luminexマルチアナライトプロファイリングシステムを用いて血漿サンプルのサイトカインについて評価した。
【０１２９】
図１は、治療前に血漿濃度の比がＩＬ１０／ＩＦＮγ＜３．７であった患者（生存期間中央値＝２１．２か月）は、治療前に血漿濃度の比がＩＬ１０／ＩＦＮγ＞３．７であった患者（生存期間中央値５．６か月）よりも長く生存することを示す［治療群１（ＴＧ４０１０＋化学療法］。
【０１３０】
図２により、ＴＧ４０１０による治療前の血漿濃度の比がインターロイキン１０／インターフェロンガンマ＜または＞３．７である患者は同等の生存予想を有することが示されることから、図２のデータは、治療前の血漿濃度の比がインターロイキン１０／インターフェロンガンマ＜３．７であることに基づいて患者を選択することの効果は、ワクチンを投与される患者に限定されることを実証する。
【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫原性組成物の投与を含んでなる治療方法に対して、患者が治療上の応答をするか否か評価するためのex-vivoの方法であって、
−患者から生体サンプルを得、
−前記生体サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比と閾値レベルとを比較すること
を含んでなり、ここで、低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、５未満である場合、患者が免疫組成物に対して予防または治療上の応答を発現することを示す、方法。
【請求項２】
前記低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比が４未満である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記治療方法が癌の治療方法である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比がLuminex技術または酵素結合免疫吸着測定法により測定される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比が、ＩＬ１０およびＩＦＮγそれぞれに特異的な抗体を用いて決定される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記生体サンプルが、全血サンプル、血漿、または血清からなる群から選択される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記免疫原性組成物が、少なくとも１つの異種性ヌクレオチド配列の全部または一部をin vivoで発現する少なくとも１つの組み換えベクターを含んでなる、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記組み換えベクターがウイルスベクターである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ウイルスベクターが複製可能である、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ウイルスベクターが複製欠損である、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１１】
前記ウイルスベクターがアデノウイルス性である、請求項７〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ウイルスベクターがワクシニアベクターである、請求項７〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ウイルスベクターがＭＶＡベクターである、請求項７〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記患者が化学療法剤により治療される患者である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の応答を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用。
【請求項１６】
免疫原性組成物の投与を含んでなる治療方法に対して、患者が治療上の応答をするか否か評価するためのキットであって、
−患者由来の生体サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を決定するための抗体；および
−得られたデータの解釈のための説明書を含んでなり、該説明書が、低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が免疫組成物に対して予防または治療上の応答を発現することを示し、低い比が約５未満である、キット。
【請求項１７】
免疫原性組成物の投与後に、患者がより長く生存しやすいか否かを予測するためのex-vivoの方法であって、
−患者から生体サンプルを得、
−前記生体サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比と閾値レベルを比較すること
を含んでなり、ここで、低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、５未満である場合、患者がより高い生存率を有することを示す、方法。
【請求項１】
免疫原性組成物の投与を含んでなる治療方法に対して、患者が治療上の応答をするか否か評価するためのex-vivoの方法であって、
−患者から生体サンプルを得、
−前記生体サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比と閾値レベルとを比較すること
を含んでなり、ここで、低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、５未満である場合、患者が免疫組成物に対して予防または治療上の応答を発現することを示す、方法。
【請求項２】
前記低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比が４未満である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記治療方法が癌の治療方法である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比がLuminex技術または酵素結合免疫吸着測定法により測定される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比が、ＩＬ１０およびＩＦＮγそれぞれに特異的な抗体を用いて決定される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記生体サンプルが、全血サンプル、血漿、または血清からなる群から選択される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記免疫原性組成物が、少なくとも１つの異種性ヌクレオチド配列の全部または一部をin vivoで発現する少なくとも１つの組み換えベクターを含んでなる、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記組み換えベクターがウイルスベクターである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ウイルスベクターが複製可能である、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ウイルスベクターが複製欠損である、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１１】
前記ウイルスベクターがアデノウイルス性である、請求項７〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ウイルスベクターがワクシニアベクターである、請求項７〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ウイルスベクターがＭＶＡベクターである、請求項７〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記患者が化学療法剤により治療される患者である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
免疫原性組成物の投与によって、患者が予防または治療上の応答を発現しやすいか否かを予測するためのバイオマーカーとしてのＩＬ１０／ＩＦＮγ比の使用。
【請求項１６】
免疫原性組成物の投与を含んでなる治療方法に対して、患者が治療上の応答をするか否か評価するためのキットであって、
−患者由来の生体サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を決定するための抗体；および
−得られたデータの解釈のための説明書を含んでなり、該説明書が、低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、患者が免疫組成物に対して予防または治療上の応答を発現することを示し、低い比が約５未満である、キット。
【請求項１７】
免疫原性組成物の投与後に、患者がより長く生存しやすいか否かを予測するためのex-vivoの方法であって、
−患者から生体サンプルを得、
−前記生体サンプル中のＩＬ１０およびＩＦＮγ濃度を測定し、
−ＩＬ１０／ＩＦＮγ比を算出し、かつ
−前記ＩＬ１０／ＩＦＮγ比と閾値レベルを比較すること
を含んでなり、ここで、低いＩＬ１０／ＩＦＮγ比は、５未満である場合、患者がより高い生存率を有することを示す、方法。
【図１】
【図２】
【図２】
【公表番号】特表２０１２−５３３０５２（Ｐ２０１２−５３３０５２Ａ）
【公表日】平成２４年１２月２０日（２０１２．１２．２０）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５１８９６７（Ｐ２０１２−５１８９６７）
【出願日】平成２２年７月６日（２０１０．７．６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２０１０／０５９６３５
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／００３９０５
【国際公開日】平成２３年１月１３日（２０１１．１．１３）
【出願人】（５９９０８２８８３）トランジェーヌ、ソシエテ、アノニム (32)
【氏名又は名称原語表記】ＴＲＡＮＳＧＥＮＥ Ｓ．Ａ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２４年１２月２０日（２０１２．１２．２０）
【国際特許分類】
【出願日】平成２２年７月６日（２０１０．７．６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＥＰ２０１０／０５９６３５
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／００３９０５
【国際公開日】平成２３年１月１３日（２０１１．１．１３）
【出願人】（５９９０８２８８３）トランジェーヌ、ソシエテ、アノニム (32)
【氏名又は名称原語表記】ＴＲＡＮＳＧＥＮＥ Ｓ．Ａ．
【Ｆターム（参考）】
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