説明

抗HIV治療化合物を同定するための方法および組成物

本発明は、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)に対して治療活性を有する化合物を同定するための方法および組成物に関する。方法であって、以下:(a)非ヌクレオチドプロトタイプ化合物を同定する工程;(b)該プロトタイプ化合物をホスホネート含有基で置換して、候補化合物を生成する工程;および(c)該候補化合物の抗HIV活性を決定する工程、を包含する、方法が提供される。方法であって、以下:(a)少なくとも1つのエステル化カルボキシルまたはエステル化ホスホネート含有基を含む非ヌクレオチド候補化合物を選択する工程;および(b)該候補化合物の細胞内持続性またはそのエステル化カルボキシルまたはエステル化ホスホネート含有基のエステル化分解代謝産物を決定する工程、を包含する、方法が提供される。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
方法であって、以下:
(a)非ヌクレオチドプロトタイプ化合物を同定する工程;
(b)該プロトタイプ化合物をホスホネート含有基で置換して、候補化合物を生成する工程;および
(c)該候補化合物の抗HIV活性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項2】
方法であって、以下:
(a)少なくとも1つのエステル化カルボキシルまたはエステル化ホスホネート含有基を含む非ヌクレオチド候補化合物を選択する工程;および
(b)該候補化合物の細胞内持続性またはそのエステル化カルボキシルまたはエステル化ホスホネート含有基のエステル化分解代謝産物を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項3】
請求項1に記載の方法であって、前記候補化合物および/またはその細胞内蓄積代謝産物の少なくとも1つの組織選択性が決定される、方法。
【請求項4】
請求項1に記載の方法であって、前記候補化合物および/またはその細胞内蓄積代謝産物の少なくとも1つの細胞内滞在時間が、決定される、方法。
【請求項5】
HIVプロテアーゼに対する前記代謝産物の少なくとも1つの活性をさらに決定する工程を包含する、請求項2に記載の方法。
【請求項6】
請求項2に記載の方法であって、前記代謝産物が、カルボン酸である、方法。
【請求項7】
請求項1または2に記載の方法であって、前記候補化合物が、HIVを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項8】
請求項1に記載の方法であって、前記プロトタイプが、HIVに対して治療活性を有することが既に公知である、方法。
【請求項9】
複数の候補化合物の細胞内持続性を選択および決定する工程を包含する、請求項2に記載の方法。
【請求項10】
請求項1または2に記載の方法であって、候補化合物でない化合物が、少なくとも1つの候補化合物と並行して試験される、方法。
【請求項11】
GS−7320エステルヒドロラーゼによって1つ以上の候補の切断を決定する工程を包含する、請求項2に記載の方法。
【請求項12】
請求項1または2に記載の方法であって、前記候補が、アミノ酸のカルボキシルがエステル化されるアミノ酸ホスホノアミデートである、方法。
【請求項13】
請求項1に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、HIVプロテアーゼ、HIVインテグラーゼ、またはHIV逆転写酵素を阻害することが公知である、方法。
【請求項14】
請求項1に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、天然に存在するホスフェート含有酵素基質のアナログであることが公知でない、方法。
【請求項15】
請求項1に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、ヌクレオシドではない、方法。
【請求項16】
請求項1に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、ヌクレオシド塩基を含まない、方法。
【請求項17】
請求項1に記載の方法であって、細胞内蓄積代謝産物が、試験される、方法。
【請求項18】
請求項1に記載の方法であって、前記候補化合物および/または細胞内代謝産物に対するHIVの耐性を決定する工程も包含する、方法。
【請求項19】
請求項1に記載の方法であって、第1の候補化合物および/またはその細胞内蓄積代謝産物の組織選択性および/または細胞内滞在時間を決定する工程、該第1の候補化合物のさらなるアナログを調製または選択する工程、ならびに該アナログの組織選択性および/または細胞内滞在時間を決定することなく、該さらなるアナログの治療活性を決定する工程を包含する、方法。
【請求項20】
請求項1に記載の方法であって、インビトロ細胞培養物中、酵素アッセイ、動物またはヒトにおける前記候補化合物の安全性および/または抗HIV治療活性を決定する工程を包含する、方法。
【請求項21】
請求項1に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、US FOOD and Drug Administrationによって許可された薬学的生成物である、方法。
【請求項22】
請求項1に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、本出願の出願日またはそれ以前に、特許または公開された特許出願において、抗HIV活性を有することが開示されている化合物である、方法。
【請求項23】
請求項1に記載の方法であって、GS−7320エステルヒドロラーゼによるカルボキシルまたはホスホネートエステルの加水分解に対する感受性を決定する工程を包含し、該ヒドロラーゼが、以下
(b)ヒトPBMCを溶解する工程;
(c)界面活性剤を用いて該溶解された細胞を抽出する工程;
(d)上清から固体を分離し、そして該上清を回収する工程;
(e)該上清をアニオン交換媒体と接触させる工程;
(f)該アニオン交換媒体から該ヒドロラーゼを溶出する工程;
(g)該溶出液を疎水性クロマトグラフィー媒体と接触させる工程;および
(h)該疎水性クロマトグラフィー媒体から該ヒドロラーゼを溶出する工程、
を包含するプロセスによって、ヒトPBMCから回収され得ることによって特徴付けられる、方法。
【請求項24】
請求項23に記載の方法であって、前記ヒドロラーゼが、約70〜100kDaのグル濾過クロマトグラフィーでのMWを有し、等電点電気泳動によって約4.5〜5.5のpIを有し、3,4ジクロロイソクマリンによって阻害され、ブチルセファロースHICに結合し、アニオン交換媒体Q15に結合し、そしてヒトPBMCから回収され得る、方法。
【請求項25】
請求項2に記載の方法であって、前記細胞内滞在時間が、リンパ組織内の少なくとも1つの細胞内蓄積代謝産物の半減期として決定される、方法。
【請求項26】
請求項25に記載の方法であって、前記リンパ組織が、PBMC、ヘルパー細胞、キラー細胞またはリンパ節である、方法。
【請求項27】
請求項1に記載の方法であって、抗HIV活性を決定する工程が、インビトロアッセイによる、方法。
【請求項28】
請求項27に記載の方法であって、前記アッセイが、動物モデルまたは臨床試験で実行される、方法。
【請求項29】
請求項1または2に記載の方法であって、最終工程から臨床試験化合物を同定する工程、該臨床試験化合物を用いて臨床試験に入る工程、HIVの処置のために該臨床試験化合物を市販するための監督官庁の許可を得る工程、および該監督官庁の許可の後に、該臨床試験化合物を販売する工程を包含する、方法。
【請求項30】
請求項29に記載の方法であって、前記臨床試験化合物が、前記候補化合物と同一ではない、方法。
【請求項31】
請求項2に記載の方法であって、細胞内持続性が、該前記候補化合物の量および投与のタイミングの決定を包含する臨床試験によって決定される、方法。
【請求項32】
請求項2に記載の方法であって、前記代謝産物が、PBMCにおいて細胞内で差し押さえられる、方法。
【請求項33】
請求項2に記載の方法であって、1つより多くの代謝産物が、細胞内滞在時間を決定するために試験される、方法。
【請求項34】
請求項2に記載の方法であって、前記細胞内持続性が、PBMC内で決定される、方法。
【請求項35】
請求項2に記載の方法であって、前記代謝産物が、代謝産物Xのホスホネート基を含む、方法。
【請求項36】
請求項2に記載の方法であって、前記代謝産物が、非エステル化カルボキシル基を含む、方法。
【請求項37】
請求項2に記載の方法であって、前記細胞内蓄積代謝産物が、基−P(O)(OH)−を含む、方法。
【請求項38】
候補非ヌクレオチド抗HIV化合物のライブラリーであって、エステル化カルボキシルまたはエステル化ホスホネート基を含む抗HIV活性を有することが推定される複数の候補化合物を含む、ライブラリー。
【請求項39】
抗HIV化合物のライブラリーであって、ヌクレオチドのみからならず、そしてエステル化カルボキシルまたはエステル化ホスホネート基を含む抗HIV活性を有すると推定される複数の候補化合物を含む、ライブラリー。
【請求項40】
請求項38または39に記載のライブラリーであって、少なくとも約10個の候補化合物を含む、ライブラリー。
【請求項41】
請求項38または39に記載のライブラリーであって、前記候補化合物が、(a)アミノ酸または有機酸で置換されたホスホネート、または(b)アミノ酸を含み、該アミノ酸または有機酸のカルボキシル基のうちの少なくとも1つが、エステル化される、ライブラリー。
【請求項42】
請求項38または39に記載のライブラリーであって、該ライブラリーの化合物が、別個の容器内に保存される、ライブラリー。
【請求項43】
前記ライブラリー中の少なくとも1つの候補化合物の抗HIV活性を決定するために、請求項39、40、41、または42のライブラリーを試験する工程を包含する方法。
【請求項44】
請求項43に記載の方法であって、前記候補化合物の少なくとも1つおよび/またはそれらの細胞内代謝産物の少なくとも1つの組織選択性および/または細胞内持続性を決定する工程を包含する、方法。
【請求項45】
請求項43に記載の方法であって、該ライブラリーから臨床試験化合物を同定する工程、該臨床試験化合物を用いて臨床試験に入る工程、HIVの処置のために該臨床試験化合物を市販するための監督官庁の許可を得る工程、および該監督官庁の許可の後に、該臨床試験化合物を販売する工程を包含する、方法。
【請求項46】
単離されたGS−7340エステルヒドロラーゼ。
【請求項47】
請求項46に記載のヒドロラーゼであって、該ヒドロラーゼが、ゲル濾過クロマトグラフィーにおいて単一の主要バンドに精製されている、ヒドロラーゼ。
【請求項48】
請求項46に記載のヒドロラーゼであって、該ヒドロラーゼが、ヒトPBMC細胞から回収され得る、ヒドロラーゼ。
【請求項49】
請求項48に記載のヒドロラーゼであって、前記ヒドロラーゼが、約70〜100kDaのゲル濾過クロマトグラフィーでの分子量を有する、ヒドロラーゼ。
【請求項50】
請求項50に記載のヒドロラーゼであって、該ヒドロラーゼが、等電点電気泳動によって約4.5〜5.5のpIを有する、ヒドロラーゼ。
【請求項51】
請求項50に記載のヒドロラーゼであって、該ヒドロラーゼが、3,4ジクロロイソクマリンによって阻害される、ヒドロラーゼ。
【請求項52】
請求項51に記載のヒドロラーゼであって、該ヒドロラーゼが、ブチルセファロースHICに結合する、ヒドロラーゼ。
【請求項53】
請求項52に記載のヒドロラーゼであって、該ヒドロラーゼが、アニオン交換媒体Q15に結合する、ヒドロラーゼ。
【請求項54】
請求項53に記載のヒドロラーゼであって、該ヒドロラーゼが、ヒドロキシアパタイトに結合する、ヒドロラーゼ。
【請求項55】
請求項46に記載のヒドロラーゼであって、該ヒドロラーゼが、不溶性媒体に架橋される、ヒドロラーゼ。
【請求項56】
方法であって、実質的に純粋な有機分子を得る工程、必要に応じて、該有機分子を別の分子と接触させて、組成物を生成する工程、および請求項46に記載のヒドロラーゼを該有機分子または組成物と接触させる工程、を包含する、方法。
【請求項57】
請求項56に記載の方法であって、前記有機分子が、抗HIV化合物である、方法。
【請求項58】
方法であって、GS−7340エステルヒドロラーゼと有機化合物をインビトロでまたは細胞培養環境で接触させる工程を包含する、方法。
【請求項59】
前記環境が細胞を含まない、請求項58に記載の方法。
【請求項60】
実質的に純粋な有機化合物および単離されたGS−7340エステルヒドロラーゼを含む、組成物。
【請求項61】
有機化合物およびGS−7340エステルヒドロラーゼを、インビトロまたは細胞培養環境で含む、組成物。
【請求項62】
抗HIV治療化合物を同定するための方法であって、改善として、プロトタイプ化合物をエステル化ホスホネートまたはエステル化カルボキシル基で置換して、候補化合物を生成する工程、およびその抗HIV活性について、得られた候補化合物をアッセイする工程を包含する、方法。
【請求項63】
請求項61に記載の方法であって、前記候補が、その細胞内持続性についてアッセイされる、方法。
【請求項64】
請求項63に記載の方法であって、前記候補が、カルボキシルまたはホスホネートエステルの加水分解に対してその細胞外安定性についてアッセイされる、方法。
【請求項65】
請求項64に記載の方法であって、複数の候補化合物から選択する工程であって、該候補化合物が、エステル分解的に切断されて、抗HIV活性を有する細胞内持続性代謝産物を細胞内に生じ、そして該カルボキシルまたはホスホネートエステルの細胞外加水分解に対して実質的にエステル分解的に安定である、方法。
【請求項66】
請求項65に記載の方法であって、前記候補が、リンパ組織外のカルボキシルまたはホスホネートエステルの加水分解に対して実質的に安定である、方法。
【請求項67】
請求項62に記載の方法であって、前記候補が、ホスホネート基で置換され、該ホスホネート基が、(a)アミノ基を介してリン原子に連結されたアミノ酸または(b)有機酸での一置換を含み、該アミノ酸または有機酸のカルボキシル基がエステル化されている、方法。
【請求項68】
請求項62に記載の方法であって、前記候補が、アミノ酸を含む基で置換され、該アミノ酸のカルボン酸が、エステル化されている、方法。
【請求項69】
請求項68に記載の方法であって、前記カルボン酸が、酸素原子を介してリン原子に連結されたヒドロキシ有機酸の残基である、方法。
【請求項70】
請求項68または69に記載の方法であって、前記ヒドロキシ有機酸のヒドロキシル基またはアミノ酸のアミノ基が、α位にある、方法。
【請求項71】
適切なプロドラッグとしての候補化合物を同定するための方法であって、以下:
(a)エステル化ホスホネート基またはエステル化カルボキシル基を有する候補化合物を提供する工程;
(b)該候補化合物を、カルボン酸エステルの加水分解を触媒し得る抽出物と接触させる工程;および
(c)代謝産物化合物が該候補化合物のエステル化ホスホネート基の代わりに、ホスホン酸基を有するか、または該候補化合物のエステル化カルボキシル基の代わりに、カルボン酸基を有する場合、該候補化合物を適切なプロドラッグとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項72】
請求項71に記載の方法であって、前記抽出物が、末梢血単核細胞から得られる、方法。
【請求項73】
適切なプロドラッグとしての候補化合物を同定するための方法であって、以下:
(a)エステル化ホスホネート基またはエステル化カルボキシル基を有する候補化合物を提供する工程;
(b)該候補化合物を、カルボン酸エステルヒドロラーゼを有する末梢血単核細胞の抽出物と接触させて、代謝産物化合物を生成する工程;および
(c)該代謝産物化合物が該候補化合物のエステル化ホスホネート基の代わりに、ホスホン酸基を有するか、または該候補化合物のエステル化カルボキシル基の代わりに、カルボン酸基を有する場合、該候補化合物を適切なプロドラッグとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項74】
請求項73に記載の方法であって、前記提供する工程が、抗HIV治療活性を有することが公知のプロトタイプ化合物をエステル化ホスホネートまたはカルボキシル基で置換することによって形成される候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項75】
請求項74に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、ヌクレオシドではなく、そしてヌクレオシド塩基を含まない、方法。
【請求項76】
請求項73に記載の方法であって、前記提供する工程が、アミノ酸ホスホノアミデートである候補化合物を提供する工程を包含し、ここで、該アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されている、方法。
【請求項77】
請求項73に記載の方法であって、前記提供する工程が、前記エステル化基の細胞外加水分解に対して実質的に安定である候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項78】
請求項73に記載の方法であって、前記提供する工程が、プロトタイプ化合物を置換することによって形成される候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項79】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項80】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項81】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および代謝産物化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項82】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項83】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項84】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項85】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の抗HIVプロテアーゼ活性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項86】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の抗HIV阻害能力を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項87】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項88】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項89】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項90】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項91】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項92】
請求項73に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項93】
請求項90に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項94】
請求項91に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項95】
請求項92に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項96】
請求項93に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項97】
請求項94に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項98】
請求項95に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項99】
請求項73に記載の方法であって、前記接触させる工程が、細胞を含まない環境において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項100】
請求項73に記載の方法であって、前記接触させる工程が、インビトロで、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項101】
請求項73に記載の方法であって、前記接触させる工程が、細胞培養物中において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項102】
請求項101に記載の方法であって、前記接触させる工程が、末梢血単核細胞内の培養物において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項103】
適切なプロドラッグとして候補化合物を同定するための方法であって、以下:
(a)エステル化ホスホネート基を有する候補化合物を提供する工程;
(b)該候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させて、代謝産物化合物を生成する工程;および
(c)代謝産物化合物が、該候補化合物のエステル化ホスホネート基の代わりに、ホスホン酸基を有する場合、該候補化合物を適切なプロドラッグとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項104】
請求項103に記載の方法であって、前記提供する工程が、エステル化カルボキシル基を有する有機酸でのエステル化ホスホネート基の一置換をさらに含む、方法。
【請求項105】
請求項103に記載の方法であって、前記提供する工程が、アミノ基を介してリン原子に連結されるアミノ酸でのエステル化ホスホネート基の一置換をさらに含む、方法。
【請求項106】
請求項103に記載の方法であって、前記提供する工程が、抗HIV治療活性を有することが公知のプロトタイプ化合物をエステル化ホスホネートまたはカルボキシル基で置換することによって形成される候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項107】
請求項106に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、ヌクレオシドではなく、ヌクレオシド塩基を含まない、方法。
【請求項108】
請求項103に記載の方法であって、前記提供する工程が、アミノ酸ホスホノアミデートである候補化合物を提供する工程を包含し、ここで、該アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されている、方法。
【請求項109】
請求項103に記載の方法であって、前記提供する工程が、前記エステル化基の細胞外加水分解に対して実質的に安定である候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項110】
請求項103に記載の方法であって、前記提供する工程が、プロトタイプ化合物を置換することによって形成される候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項111】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項112】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項113】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および代謝産物化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項114】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項115】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項116】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項117】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の抗HIVプロテアーゼ活性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項118】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の抗HIV阻害能力を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項119】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項120】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項121】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項122】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項123】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項124】
請求項103に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項125】
請求項122に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項126】
請求項123に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項127】
請求項124に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項128】
請求項125に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項129】
請求項126に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項130】
請求項127に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項131】
請求項103に記載の方法であって、前記接触させる工程が、細胞を含まない環境において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項132】
請求項103に記載の方法であって、前記接触させる工程が、インビトロで、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項133】
請求項103に記載の方法であって、前記接触させる工程が、細胞培養物中において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項134】
請求項133に記載の方法であって、前記接触させる工程が、末梢血単核細胞内において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項135】
適切なプロドラッグとして候補化合物を同定するための方法であって、以下:
(a)エステル化カルボキシル基を有する候補化合物を提供する工程;
(b)該候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させて、代謝産物化合物を生成する工程;および
(c)代謝産物化合物が、該候補化合物のエステル化カルボキシル基の代わりに、カルボン酸基を有する場合、該候補化合物を適切なプロドラッグとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項136】
請求項135に記載の方法であって、前記提供する工程が、アミノ酸基で置換された候補化合物を提供する工程を包含し、前記アミノ酸が、エステル化カルボキシル基を有する、方法。
【請求項137】
請求項135に記載の方法であって、前記提供する工程が、抗HIV治療活性を有することが公知のプロトタイプ化合物をエステル化ホスホネートまたはカルボキシル基で置換することによって形成される候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項138】
請求項137に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、ヌクレオシドではなく、ヌクレオシド塩基を含まない、方法。
【請求項139】
請求項135に記載の方法であって、前記提供する工程が、アミノ酸ホスホノアミデートである候補化合物を提供する工程を包含し、ここで、該アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されている、方法。
【請求項140】
請求項135に記載の方法であって、前記提供する工程が、前記エステル化基の細胞外加水分解に対して実質的に安定である候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項141】
請求項135に記載の方法であって、前記提供する工程が、プロトタイプ化合物を置換することによって形成される候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項142】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項143】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項144】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および代謝産物化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項145】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項146】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項147】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項148】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の抗HIVプロテアーゼ活性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項149】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の抗HIV阻害能力を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項150】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項151】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項152】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項153】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項154】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項155】
請求項135に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項156】
請求項153に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項157】
請求項154に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項158】
請求項155に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項159】
請求項156に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項160】
請求項157に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項161】
請求項158に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項162】
請求項135に記載の方法であって、前記接触させる工程が、細胞を含まない環境において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項163】
請求項135に記載の方法であって、前記接触させる工程が、インビトロで、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項164】
請求項135に記載の方法であって、前記接触させる工程が、細胞培養物中において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項165】
請求項164に記載の方法であって、前記接触させる工程が、末梢血単核細胞の培養物内において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項166】
適切なプロドラッグとして候補化合物を同定するための方法であって、以下:
(a)エステル化ホスホネート基またはエステル化カルボキシル基を有する候補化合物を提供する工程;
(b)該候補化合物をカルボン酸エステルヒドロラーゼ活性を有するが、α−ナフチルアセテートを切断しない末梢血単核細胞の抽出物と接触させて、代謝活性化合物を生成する工程;および
(c)代謝産物化合物が、該候補化合物のエステル化ホスホネート基の代わりに、ホスホン酸基を有するか、該候補化合物のエステル化カルボキシル基の代わりに、カルボン酸基を有する場合、該候補化合物を適切なプロドラッグとして同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項167】
請求項166に記載の方法であって、前記提供する工程が、抗HIV治療活性を有することが公知のプロトタイプ化合物をエステル化ホスホネートまたはカルボキシル基で置換することによって形成される候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項168】
請求項167に記載の方法であって、前記プロトタイプ化合物が、ヌクレオシドではなく、ヌクレオシド塩基を含まない、方法。
【請求項169】
請求項166に記載の方法であって、前記提供する工程が、アミノ酸ホスホノアミデートである候補化合物を提供する工程を包含し、ここで、該アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されている、方法。
【請求項170】
請求項166に記載の方法であって、前記提供する工程が、前記エステル化基の細胞外加水分解に対して実質的に安定である候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項171】
請求項166に記載の方法であって、前記提供する工程が、プロトタイプ化合物を置換することによって形成される候補化合物を提供する工程を包含する、方法。
【請求項172】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項173】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項174】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および代謝産物化合物の細胞内持続性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項175】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項176】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項177】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項178】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の抗HIVプロテアーゼ活性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項179】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の抗HIV阻害能力を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項180】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項181】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項182】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項183】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項184】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項185】
請求項166に記載の方法であって、(d)前記候補化合物および前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項186】
請求項183に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項187】
請求項184に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項188】
請求項185に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の細胞内滞在時間を決定する工程が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項189】
請求項186に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項190】
請求項187に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項191】
請求項188に記載の方法であって、前記代謝産物化合物の半減期を決定する工程が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、または末梢血単核細胞内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程を包含する、方法。
【請求項192】
請求項166に記載の方法であって、前記接触させる工程が、細胞を含まない環境において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項193】
請求項166に記載の方法であって、前記接触させる工程が、インビトロで、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項194】
請求項166に記載の方法であって、前記接触させる工程が、細胞培養物中において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項195】
請求項194に記載の方法であって、前記接触させる工程が、末梢血単核細胞の培養物内において、前記候補化合物をGS−7340エステルヒドロラーゼと接触させる工程を包含する、方法。
【請求項196】
請求項71に記載の方法によって同定される候補化合物であって、前記候補化合物が、前記アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されているアミノ酸ホスホノアミデートである、候補化合物。
【請求項197】
請求項103に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されているアミノ酸ホスホノアミデートである、候補化合物。
【請求項198】
請求項134に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されているアミノ酸ホスホノアミデートである、候補化合物。
【請求項199】
請求項164に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されているアミノ酸ホスホノアミデートである、候補化合物。
【請求項200】
請求項71に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されているアミノ酸基で置換されている、候補化合物。
【請求項201】
請求項103に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されているアミノ酸基で置換されている、候補化合物。
【請求項202】
請求項134に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されているアミノ酸基で置換されている、候補化合物。
【請求項203】
請求項164に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記アミノ酸のカルボキシル基がエステル化されているアミノ酸基で置換されている、候補化合物。
【請求項204】
請求項200に記載の候補化合物であって、前記アミノ酸のアミノ基が、α位置にある、候補化合物。
【請求項205】
請求項201に記載の候補化合物であって、前記アミノ酸のアミノ基が、α位置にある、候補化合物。
【請求項206】
請求項202に記載の候補化合物であって、前記アミノ酸のアミノ基が、α位置にある、候補化合物。
【請求項207】
請求項203に記載の候補化合物であって、前記アミノ酸のアミノ基が、α位置にある、候補化合物。
【請求項208】
請求項71に記載の方法によって同定される候補化合物であって、前記エステル化ホスホネート基が、酸素原子を介してリン原子に連結されたヒドロキシ有機酸で一置換されている、候補化合物。
【請求項209】
請求項133に記載の候補化合物であって、前記ヒドロキシ有機酸のヒドロキシル基が、α位置にある、候補化合物。
【請求項210】
請求項71に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記エステル化基の細胞外加水分解に対して実質的に安定である、候補化合物。
【請求項211】
請求項103に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記エステル化基の細胞外加水分解に対して実質的に安定である、候補化合物。
【請求項212】
請求項134に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記エステル化基の細胞外加水分解に対して実質的に安定である、候補化合物。
【請求項213】
請求項164に記載の方法によって同定される候補化合物であって、該候補化合物が、前記エステル化基の細胞外加水分解に対して実質的に安定である、候補化合物。
【請求項214】
抗HIV治療剤としての適切性について候補化合物をスクリーニングする方法であって、以下:
(a)請求項71に記載の方法によって同定される候補化合物を提供する工程;
(b)該候補化合物の抗HIV活性を決定する工程;および
(c)該候補化合物の細胞内持続性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項215】
抗HIV治療剤としての適切性について候補化合物をスクリーニングする方法であって、以下:
(a)請求項103に記載の方法によって同定される候補化合物を提供する工程;
(b)該候補化合物の抗HIV活性を決定する工程;および
(c)該候補化合物の細胞内持続性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項216】
抗HIV治療剤としての適切性について候補化合物をスクリーニングする方法であって、以下:
(a)請求項134に記載の方法によって同定される候補化合物を提供する工程;
(b)該候補化合物の抗HIV活性を決定する工程;および
(c)該候補化合物の細胞内持続性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項217】
抗HIV治療剤としての適切性について候補化合物をスクリーニングする方法であって、以下:
(a)請求項164に記載の方法によって同定される候補化合物を提供する工程;
(b)該候補化合物の抗HIV活性を決定する工程;および
(c)該候補化合物の細胞内持続性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項218】
請求項214に記載の方法であって、前記工程(b)が、HIVプロテアーゼに対する候補化合物の活性を決定する工程を包含する、方法。
【請求項219】
請求項215に記載の方法であって、前記工程(b)が、HIVプロテアーゼに対する候補化合物の活性を決定する工程を包含する、方法。
【請求項220】
請求項216に記載の方法であって、前記工程(b)が、HIVプロテアーゼに対する候補化合物の活性を決定する工程を包含する、方法。
【請求項221】
請求項217に記載の方法であって、前記工程(b)が、HIVプロテアーゼに対する候補化合物の活性を決定する工程を包含する、方法。
【請求項222】
請求項214に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項223】
請求項215に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項224】
請求項216に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項225】
請求項217に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項226】
請求項222に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVプロテアーゼを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項227】
請求項223に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVプロテアーゼを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項228】
請求項224に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVプロテアーゼを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項229】
請求項225に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVプロテアーゼを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項230】
請求項222に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVインテグラーゼを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項231】
請求項223に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVインテグラーゼを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項232】
請求項224に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVインテグラーゼを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項233】
請求項225に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIVインテグラーゼを阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項234】
請求項222に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIV逆転写酵素を阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項235】
請求項223に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIV逆転写酵素を阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項236】
請求項224に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIV逆転写酵素を阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項237】
請求項225に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物がHIV逆転写酵素を阻害する能力を決定する工程を包含する、方法。
【請求項238】
請求項214に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物に対するHIVの耐性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項239】
請求項214に記載の方法であって、前記工程(b)が、インビトロアッセイによって実行される、方法。
【請求項240】
請求項214に記載の方法であって、前記工程(b)が、前記候補化合物の酸代謝産物の抗HIV活性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項241】
請求項240に記載の方法であって、前記酸代謝産物が、前記候補化合物のエステル分解的加水分解によって形成されるカルボン酸化合物である、方法。
【請求項242】
請求項240に記載の方法であって、前記酸代謝産物が、前記候補化合物のエステル分解的加水分解によって形成されるホスホン酸化合物である、方法。
【請求項243】
請求項214に記載の方法であって、前記工程(c)が、前記候補化合物の細胞内滞在時間を決定する工程を包含する、方法。
【請求項244】
請求項214に記載の方法であって、前記工程(c)が、前記候補化合物の酸代謝産物の細胞内滞在時間を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項245】
請求項244に記載の方法であって、前記酸代謝産物が、前記候補化合物のエステル分解的加水分解によって形成されるカルボン酸化合物である、方法。
【請求項246】
請求項244に記載の方法であって、前記酸代謝産物が、前記候補化合物のエステル分解的加水分解によって形成されるホスホン酸化合物である、方法。
【請求項247】
請求項244に記載の方法であって、前記工程(c)が、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項248】
請求項247に記載の方法であって、リンパ組織内の代謝産物化合物の半減期を決定する工程において、該リンパ組織が、ヘルパー細胞、キラー細胞、リンパ節、および末梢血単核細胞からなる群より選択される、方法。
【請求項249】
請求項214に記載の方法であって、(d)前記候補化合物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項250】
請求項249に記載の方法であって、前記工程(d)が、前記候補化合物の酸代謝産物の組織選択性を決定する工程をさらに包含する、方法。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図12】
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【図13】
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【図14】
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【図15】
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【図16】
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【公表番号】特表2006−524487(P2006−524487A)
【公表日】平成18年11月2日(2006.11.2)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2004−571244(P2004−571244)
【出願日】平成15年11月6日(2003.11.6)
【国際出願番号】PCT/EP2003/012423
【国際公開番号】WO2004/096818
【国際公開日】平成16年11月11日(2004.11.11)
【出願人】(500029420)ギリアード サイエンシーズ, インコーポレイテッド (141)
【Fターム(参考)】