説明

抗TNF応答性または非応答性を予測するためのバイオマーカー

本開示は、抗TNF治療に対する対象の応答性または非応答性を予測するバイオマーカーを提供する。本明細書に記載されるバイオマーカー、組成物、および方法は、免疫障害等の疾患を患っている対象に対する適切な治療モダリティ(例えば、抗TNF治療または非抗TNF治療)を選択するのに有用である。一態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を提供し、方法は、それを必要とする対象に抗TNF剤を含む治療の有効量を投与するステップを含む。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
抗TNF剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
前記生体試料中で、1つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップと、を含み、前記1つ以上の遺伝子は、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、ZFP36L1、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、およびSFRS2からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子を含み、
(i)健常人と比較して、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、もしくはZFP36L1のうちの1つ以上の高発現レベル、または(ii)健常人と比較して、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、もしくはSFRS2のうちの1つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも1つにより、前記対象が、抗TNF剤を含む治療に対して応答することを予測する、方法。
【請求項2】
抗TNF剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
前記生体試料中で、1つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップと、を含み、前記1つ以上の遺伝子は、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、ZFP36L1、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、およびSFRS2からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子を含み、
(i)健常人と比較して、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、もしくはSFRS2のうちの1つ以上の高発現レベル、または(ii)健常人と比較して、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、もしくはZFP36L1のうちの1つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも1つにより、前記対象が、抗TNF剤を含む治療に対して応答しないことを予測する、方法。
【請求項3】
免疫障害を治療する方法であって、それを必要とする対象に抗TNF剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、前記対象は、(i)健常人と比較して、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、もしくはZFP36L1のうちの1つ以上の高発現レベル、または(ii)健常人と比較して、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、もしくはSFRS2のうちの1つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも1つを有することが確認されている、方法。
【請求項4】
(i)健常人と比較して、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294のうちの1つ以上の発現レベルが上昇している、または(ii)健常人と比較して、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、もしくはSFRS2のうちの1つ以上の発現レベルが低下している、ことを判定するステップと、
前記対象に対する抗TNF剤を含む治療を選択するステップと、を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
(i)健常人と比較して、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、もしくはSFRS2のうちの1つ以上の発現レベルが上昇している、または(ii)健常人と比較して、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294のうちの1つ以上の前記発現レベルが低下している、ことを判定するステップと、
前記対象に対する非抗TNF剤を含む治療を選択するステップと、を含む、請求項2に記載の方法。
【請求項6】
前記1つ以上の遺伝子のRNAレベルが測定される、請求項1、2、4、または5のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項7】
前記1つ以上の遺伝子のタンパク質レベルが測定される、請求項1、2、4、または5のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項8】
前記対象が、(i)健常人と比較して、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、もしくはZFP36L1のうちの1つ以上の前記発現レベルが上昇している、または(ii)健常人と比較して、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、もしくはSFRS2のうちの1つ以上の前記発現レベルが低下している場合、抗TNF剤を含む治療に対して応答する可能性が高いことを示す記録を作成するステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
前記対象が、(i)健常人と比較して、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、もしくはSFRS2のうちの1つ以上の前記発現レベルが上昇している、または(ii)健常人と比較して、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、もしくはZFP36L1のうちの1つ以上の前記発現レベルが低下している場合、抗TNF剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップをさらに含む、請求項2に記載の方法。
【請求項10】
前記記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成される、請求項8または9に記載の方法。
【請求項11】
健常人と比較して、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、ZFP36L1、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、もしくはSFRS2からなる群から選択される少なくとも1つの遺伝子の前記発現レベルが、少なくとも約1.5倍で上昇する、または低下する、請求項1〜10のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項12】
前記方法は、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、ZFP36L1、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、およびSFRS2からなる群から選択される少なくとも5つの遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、請求項1、2、または4〜11のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項13】
前記対象が、健常人と比較して、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、ZFP36L1、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、およびSFRS2からなる群から選択される少なくとも5つの遺伝子の高発現レベルまたは低発現レベルを有することが確認されている、請求項3に記載の方法。
【請求項14】
前記少なくとも5つの遺伝子は、ANKIB1、ARF1、ARF5、C9orf80、CALM2、CASP5、CLTB、COL4A3BP、CXorf52、DNAH1、EEA1、EGLN2、FAM44A、HDAC4、HDAC5、LGALS9、MXRA7、PGK1、RBBP4、RER1、SEL1L、SERF2、SFRS2、およびYIPF6からなる群から選択される、請求項12または13に記載の方法。
【請求項15】
前記少なくとも5つの遺伝子は、CLTB、COL4A3BP、CXorf52、FAM44A、MXRA7、PGK1、SFRS2、もしくはYIPF6のうちの5つ以上を含む、請求項12〜14のうちのいずれか1項に記載の方法。
【請求項16】
前記方法は、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、ZFP36L1、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、およびSFRS2からなる群から選択される少なくとも8つの遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、請求項1、2、または4〜11のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項17】
前記少なくとも8つの遺伝子は、ANKIB1、ARF1、ARF5、C9orf80、CALM2、CASP5、CLTB、COL4A3BP、CXorf52、DNAH1、EEA1、EGLN2、FAM44A、HDAC4、HDAC5、LGALS9、MXRA7、PGK1、RBBP4、RER1、SEL1L、SERF2、SFRS2、およびYIPF6のうちの8つ以上を含む、請求項16に記載の方法。
【請求項18】
前記少なくとも8つの遺伝子は、CLTB、COL4A3BP、CXorf52、FAM44A、MXRA7、PGK1、SFRS2、およびYIPF6を含む、請求項16または17に記載の方法。
【請求項19】
前記方法は、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、ZFP36L1、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、およびSFRS2からなる群から選択される少なくとも24の遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、請求項1、2、または4〜11のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項20】
前記少なくとも24の遺伝子は、ANKIB1、ARF1、ARF5、C9orf80、CALM2、CASP5、CLTB、COL4A3BP、CXorf52、DNAH1、EEA1、EGLN2、FAM44A、HDAC4、HDAC5、LGALS9、MXRA7、PGK1、RBBP4、RER1、SEL1L、SERF2、SFRS2、YIPF6を含む、請求項19に記載の方法。
【請求項21】
抗TNF剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
前記生体試料中で、1つ以上のSNP遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、前記1つ以上のSNP遺伝子型は、rs11778767(A/A)、rs11780500(A/A)、rs11780500(G/G)、rs1422422(A/A)、rs1441209(A/A)、rs1968201(A/A)、rs2028446(A/A)、rs2028446(A/G)、rs2028446(G/G)、rs2170331(A/G)、rs2170331(G/G)、rs2814707(A/G)、rs2814707(G/G)、rs3019293(A/A)、rs3087615(A/C)、rs3087615(C/C)、rs3849942(A/G)、rs3849942(G/G)、rs437943(A/A)、rs4562286(A/A)、rs4976592(A/A)、rs6531358(A/A)、rs6665006(A/A)、rs6665006(A/G)、rs7046653(A/G)、rs7046653(G/G)、rs774359(A/A)、rs868856(A/G)、およびrs868856(G/G)からなる群から選択される少なくとも1つのSNP遺伝子型を含み、
rs11778767(A/A)、rs11780500(A/A)、rs11780500(G/G)、rs1422422(A/A)、rs1441209(A/A)、rs1968201(A/A)、rs2028446(A/A)、rs2028446(A/G)、rs2028446(G/G)、rs2170331(A/G)、rs2170331(G/G)、rs2814707(A/G)、rs2814707(G/G)、rs3019293(A/A)、rs3087615(A/C)、rs3087615(C/C)、rs3849942(A/G)、rs3849942(G/G)、rs437943(A/A)、rs4562286(A/A)、rs4976592(A/A)、rs6531358(A/A)、rs6665006(A/A)、rs6665006(A/G)、rs7046653(A/G)、rs7046653(G/G)、rs774359(A/A)、rs868856(A/G)、もしくはrs868856(G/G)のうちの1つ以上の存在は、前記対象が、抗TNF剤を含む治療に対して応答することを予測する、方法。
【請求項22】
抗TNF剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
前記生体試料中で、1つ以上のSNP遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、前記1つ以上のSNP遺伝子型は、rs11778767(A/G)、rs11778767(G/G)、rs11780500(A/G)、rs1422422(A/G)、rs1422422(G/G)、rs1441209(A/G)、rs1441209(G/G)、rs1968201(A/G)、rs2170331(A/A)、rs2814707(A/A)、rs3019293(A/G)、rs3019293(G/G)、rs3849942(A/A)、rs437943(A/G)、rs437943(G/G)、rs4562286(A/G)、rs4562286(G/G)、rs4976592(A/G)、rs4976592(G/G)、rs6531358(A/G)、rs6531358(G/G)、rs6665006(G/G)、rs7046653(A/A)、rs774359(A/G)、rs774359(G/G)、rs868856(A/A)、rs983332(A/C)、rs928655(A/G)、rs13393173(A/G)、rs437943(A/G)、rs10945919(A/G)、rs854555(A/C)、rs854548(A/G)、rs854547(A/G)、rs7046653(A/G)、rs868856(C/T)、rs774359(C/T)、rs2814707(A/G)、rs3849942(A/G)、rs6028945(G/T)、rs6138150(C/T)、rs6071980(C/T)、rs1800896(A/G)、rs3024490(A/C)、rs231726(A/G)、rs3096851(A/C)、rs6708660(A/G)、rs2523619(A/G)、rs3915971(A/G)、rs9264869(A/G)、rs2239804(A/G)、rs2395175(A/G)、rs2395185(A/C)、rs2516049(A/G)、rs660895(A/G)、rs7026551(A/C)、rs4803455(A/C)、rs983332(A/A)、rs928655(A/A)、rs13393173(A/A)、rs437943(G/G)、rs10945919(G/G)、rs854555(A/A)、rs854548(A/A)、rs7046653(A/A)、rs868856(T/T)、rs774359(C/C)、rs2814707(A/A)、rs3849942(A/A)、rs6028945(T/T)、rs6138150(T/T)、rs6071980(C/C)、rs1800896(A/A)、rs3024490(A/A)、rs231726(A/A)、rs3096851(C/C)、rs6708660(A/A)、rs2523619(G/G)、rs3915971(A/A)、rs9264869(A/A)、rs2239804(A/A)、rs2395175(G/G)、rs2395185(C/C)、rs2516049(A/A)、rs660895(A/A)、rs7026551(C/C)、rs4803455(C/C)からなる群から選択される少なくとも1つのSNP遺伝子型、および表13に示される前記SNP遺伝子型のうちのいずれかを含み、
rs11778767(A/G)、rs11778767(G/G)、rs11780500(A/G)、rs1422422(A/G)、rs1422422(G/G)、rs1441209(A/G)、rs1441209(G/G)、rs1968201(A/G)、rs2170331(A/A)、rs2814707(A/A)、rs3019293(A/G)、rs3019293(G/G)、rs3849942(A/A)、rs437943(A/G)、rs437943(G/G)、rs4562286(A/G)、rs4562286(G/G)、rs4976592(A/G)、rs4976592(G/G)、rs6531358(A/G)、rs6531358(G/G)、rs6665006(G/G)、rs7046653(A/A)、rs774359(A/G)、rs774359(G/G)、rs868856(A/A)、rs983332(A/C)、rs928655(A/G)、rs13393173(A/G)、rs437943(A/G)、rs10945919(A/G)、rs854555(A/C)、rs854548(A/G)、rs854547(A/G)、rs7046653(A/G)、rs868856(C/T)、rs774359(C/T)、rs2814707(A/G)、rs3849942(A/G)、rs6028945(G/T)、rs6138150(C/T)、rs6071980(C/T)、rs1800896(A/G)、rs3024490(A/C)、rs231726(A/G)、rs3096851(A/C)、rs6708660(A/G)、rs2523619(A/G)、rs3915971(A/G)、rs9264869(A/G)、rs2239804(A/G)、rs2395175(A/G)、rs2395185(A/C)、rs2516049(A/G)、rs660895(A/G)、rs7026551(A/C)、rs4803455(A/C)、rs983332(A/A)、rs928655(A/A)、rs13393173(A/A)、rs437943(G/G)、rs10945919(G/G)、rs854555(A/A)、rs854548(A/A)、rs7046653(A/A)、rs868856(T/T)、rs774359(C/C)、rs2814707(A/A)、rs3849942(A/A)、rs6028945(T/T)、rs6138150(T/T)、rs6071980(C/C)、rs1800896(A/A)、rs3024490(A/A)、rs231726(A/A)、rs3096851(C/C)、rs6708660(A/A)、rs2523619(G/G)、rs3915971(A/A)、rs9264869(A/A)、rs2239804(A/A)、rs2395175(G/G)、rs2395185(C/C)、rs2516049(A/A)、rs660895(A/A)、rs7026551(C/C)、rs4803455(C/C)のうちの1つ以上、または表13に示される前記SNP遺伝子型のうちのいずれかの存在は、前記対象が、抗TNF剤を含む治療に対して応答しないことを予測する、方法。
【請求項23】
免疫障害を治療する方法であって、それを必要とする対象に抗TNF剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、前記対象は、rs11778767(A/A)、rs11780500(A/A)、rs11780500(G/G)、rs1422422(A/A)、rs1441209(A/A)、rs1968201(A/A)、rs2028446(A/A)、rs2028446(A/G)、rs2028446(G/G)、rs2170331(A/G)、rs2170331(G/G)、rs2814707(A/G)、rs2814707(G/G)、rs3019293(A/A)、rs3087615(A/C)、rs3087615(C/C)、rs3849942(A/G)、rs3849942(G/G)、rs437943(A/A)、rs4562286(A/A)、rs4976592(A/A)、rs6531358(A/A)、rs6665006(A/A)、rs6665006(A/G)、rs7046653(A/G)、rs7046653(G/G)、rs774359(A/A)、rs868856(A/G)、およびrs868856(G/G)からなる群から選択される1つ以上の単一ヌクレオチド多型(SNP)遺伝子型を有することが確認されている、方法。
【請求項24】
前記方法は、rs11778767(A/A)、rs11780500(A/A)、rs11780500(G/G)、rs1422422(A/A)、rs1441209(A/A)、rs1968201(A/A)、rs2028446(A/A)、rs2028446(A/G)、rs2028446(G/G)、rs2170331(A/G)、rs2170331(G/G)、rs2814707(A/G)、rs2814707(G/G)、rs3019293(A/A)、rs3087615(A/C)、rs3087615(C/C)、rs3849942(A/G)、rs3849942(G/G)、rs437943(A/A)、rs4562286(A/A)、rs4976592(A/A)、rs6531358(A/A)、rs6665006(A/A)、rs6665006(A/G)、rs7046653(A/G)、rs7046653(G/G)、rs774359(A/A)、rs868856(A/G)、およびrs868856(G/G)からなる群から選択される5つ以上のSNP遺伝子型の有無を検出するステップを含む、請求項21に記載の方法。
【請求項25】
前記方法は、rs11778767(A/G)、rs11778767(G/G)、rs11780500(A/G)、rs1422422(A/G)、rs1422422(G/G)、rs1441209(A/G)、rs1441209(G/G)、rs1968201(A/G)、rs2170331(A/A)、rs2814707(A/A)、rs3019293(A/G)、rs3019293(G/G)、rs3849942(A/A)、rs437943(A/G)、rs437943(G/G)、rs4562286(A/G)、rs4562286(G/G)、rs4976592(A/G)、rs4976592(G/G)、rs6531358(A/G)、rs6531358(G/G)、rs6665006(G/G)、rs7046653(A/A)、rs774359(A/G)、rs774359(G/G)、およびrs868856(A/A)からなる群から選択される5つ以上のSNP遺伝子型の有無を検出するステップを含む、請求項22に記載の方法。
【請求項26】
前記方法は、rs983332(A/C)、rs928655(A/G)、rs13393173(A/G)、rs437943(A/G)、rs10945919(A/G)、rs854555(A/C)、rs854548(A/G)、rs854547(A/G)、rs7046653(A/G)、rs868856(C/T)、rs774359(C/T)、rs2814707(A/G)、rs3849942(A/G)、rs6028945(G/T)、rs6138150(C/T)、rs6071980(C/T)、rs983332(A/A)、rs928655(A/A)、rs13393173(A/A)、rs437943(G/G)、rs10945919(G/G)、rs854555(A/A)、rs854548(A/A)、rs7046653(A/A)、rs868856(T/T)、rs774359(C/C)、rs2814707(A/A)、rs3849942(A/A)、rs6028945(T/T)、rs6138150(T/T)、およびrs6071980(C/C)のうちのいずれかからなる群から選択される5つ以上のSNP遺伝子型の有無を検出するステップを含む、請求項22に記載の方法。
【請求項27】
前記対象に対する抗TNF剤を含む治療を処方するステップをさらに含む、請求項1〜26のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項28】
前記対象に抗TNF剤を投与するステップをさらに含む、請求項1〜27のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項29】
前記対象が、炎症性障害に罹患する、請求項1〜28のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項30】
前記対象が、関節リウマチまたはクローン病に罹患する、請求項1〜29のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項31】
前記対象が、ヒトである、請求項1〜30のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項32】
ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、ZFP36L1、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、およびSFRS2からなる群から選択される、少なくとも5つの遺伝子のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、少なくとも5つのポリヌクレオチドを含む組成物。
【請求項33】
前記少なくとも5つの遺伝子は、ANKIB1、ARF1、ARF5、C9orf80、CALM2、CASP5、CLTB、COL4A3BP、CXorf52、DNAH1、EEA1、EGLN2、FAM44A、HDAC4、HDAC5、LGALS9、MXRA7、PGK1、RBBP4、RER1、SEL1L、SERF2、SFRS2、およびYIPF6からなる群から選択される、請求項32に記載の組成物。
【請求項34】
前記少なくとも5つの遺伝子は、CLTB、COL4A3BP、CXorf52、FAM44A、MXRA7、PGK1、SFRS2、およびYIPF6からなる群から選択される、請求項32または33に記載の組成物。
【請求項35】
rs11778767(A/A)、rs11780500(A/A)、rs11780500(G/G)、rs1422422(A/A)、rs1441209(A/A)、rs1968201(A/A)、rs2028446(A/A)、rs2028446(A/G)、rs2028446(G/G)、rs2170331(A/G)、rs2170331(G/G)、rs2814707(A/G)、rs2814707(G/G)、rs3019293(A/A)、rs3087615(A/C)、rs3087615(C/C)、rs3849942(A/G)、rs3849942(G/G)、rs437943(A/A)、rs4562286(A/A)、rs4976592(A/A)、rs6531358(A/A)、rs6665006(A/A)、rs6665006(A/G)、rs7046653(A/G)、rs7046653(G/G)、rs774359(A/A)、rs868856(A/G)、rs868856(G/G)、rs11778767(A/G)、rs11778767(G/G)、rs11780500(A/G)、rs1422422(A/G)、rs1422422(G/G)、rs1441209(A/G)、rs1441209(G/G)、rs1968201(A/G)、rs2170331(A/A)、rs2814707(A/A)、rs3019293(A/G)、rs3019293(G/G)、rs3849942(A/A)、rs437943(A/G)、rs437943(G/G)、rs4562286(A/G)、rs4562286(G/G)、rs4976592(A/G)、rs4976592(G/G)、rs6531358(A/G)、rs6531358(G/G)、rs6665006(G/G)、rs7046653(A/A)、rs774359(A/G)、rs774359(G/G)、rs868856(A/A)、rs983332(A/C)、rs928655(A/G)、rs13393173(A/G)、rs437943(A/G)、rs10945919(A/G)、rs854555(A/C)、rs854548(A/G)、rs854547(A/G)、rs7046653(A/G)、rs868856(C/T)、rs774359(C/T)、rs2814707(A/G)、rs3849942(A/G)、rs6028945(G/T)、rs6138150(C/T)、rs6071980(C/T)、rs1800896(A/G)、rs3024490(A/C)、rs231726(A/G)、rs3096851(A/C)、rs6708660(A/G)、rs2523619(A/G)、rs3915971(A/G)、rs9264869(A/G)、rs2239804(A/G)、rs2395175(A/G)、rs2395185(A/C)、rs2516049(A/G)、rs660895(A/G)、rs7026551(A/C)、rs4803455(A/C)、rs983332(A/A)、rs928655(A/A)、rs13393173(A/A)、rs437943(G/G)、rs10945919(G/G)、rs854555(A/A)、rs854548(A/A)、rs7046653(A/A)、rs868856(T/T)、rs774359(C/C)、rs2814707(A/A)、rs3849942(A/A)、rs6028945(T/T)、rs6138150(T/T)、rs6071980(C/C)、rs1800896(A/A)、rs3024490(A/A)、rs231726(A/A)、rs3096851(C/C)、rs6708660(A/A)、rs2523619(G/G)、rs3915971(A/A)、rs9264869(A/A)、rs2239804(A/A)、rs2395175(G/G)、rs2395185(C/C)、rs2516049(A/A)、rs660895(A/A)、rs7026551(C/C)、rs4803455(C/C)からなる群から選択される少なくとも5つのSNP遺伝子型のそれぞれ、および表13に示される前記SNP遺伝子型のうちのいずれかに、選択的にハイブリダイズする、少なくとも5つのポリヌクレオチドを含む組成物。
【請求項36】
前記少なくとも5つのポリヌクレオチドは、rs11778767(A/A)、rs11780500(A/A)、rs11780500(G/G)、rs1422422(A/A)、rs1441209(A/A)、rs1968201(A/A)、rs2028446(A/A)、rs2028446(A/G)、rs2028446(G/G)、rs2170331(A/G)、rs2170331(G/G)、rs2814707(A/G)、rs2814707(G/G)、rs3019293(A/A)、rs3087615(A/C)、rs3087615(C/C)、rs3849942(A/G)、rs3849942(G/G)、rs437943(A/A)、rs4562286(A/A)、rs4976592(A/A)、rs6531358(A/A)、rs6665006(A/A)、rs6665006(A/G)、rs7046653(A/G)、rs7046653(G/G)、rs774359(A/A)、rs868856(A/G)、rs868856(G/G)、rs11778767(A/G)、rs11778767(G/G)、rs11780500(A/G)、rs1422422(A/G)、rs1422422(G/G)、rs1441209(A/G)、rs1441209(G/G)、rs1968201(A/G)、rs2170331(A/A)、rs2814707(A/A)、rs3019293(A/G)、rs3019293(G/G)、rs3849942(A/A)、rs437943(A/G)、rs437943(G/G)、rs4562286(A/G)、rs4562286(G/G)、rs4976592(A/G)、rs4976592(G/G)、rs6531358(A/G)、rs6531358(G/G)、rs6665006(G/G)、rs7046653(A/A)、rs774359(A/G)、rs774359(G/G)、およびrs868856(A/A)からなる群から選択される、少なくとも5つのSNP遺伝子型のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、請求項35に記載の組成物。
【請求項37】
前記少なくとも5つのポリヌクレオチドは、rs983332(A/C)、rs928655(A/G)、rs13393173(A/G)、rs437943(A/G)、rs10945919(A/G)、rs854555(A/C)、rs854548(A/G)、rs854547(A/G)、rs7046653(A/G)、rs868856(C/T)、rs774359(C/T)、rs2814707(A/G)、rs3849942(A/G)、rs6028945(G/T)、rs6138150(C/T)、rs6071980(C/T)、rs983332(A/A)、rs928655(A/A)、rs13393173(A/A)、rs437943(G/G)、rs10945919(G/G)、rs854555(A/A)、rs854548(A/A)、rs7046653(A/A)、rs868856(T/T)、rs774359(C/C)、rs2814707(A/A)、rs3849942(A/A)、rs6028945(T/T)、rs6138150(T/T)、およびrs6071980(C/C)のうちのいずれかからなる群から選択される、少なくとも5つのSNP遺伝子型のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、請求項35に記載の組成物。
【請求項38】
前記少なくとも5つのポリヌクレオチドは、固体支持体に結合する、請求項32〜37のうちのいずれか1項に記載の組成物。
【請求項39】
固体支持体に結合する複数のポリヌクレオチドを含むアレイであって、前記複数のポリヌクレオチドは、ANKIB1、ARF1、ARF5、BRWD2、CALM2、CLTB、COL4A3BP、C9orf80、EGLN2、HDAC5、LGALS9、MYLIP、PCBP2、PGK1、RBBP4、RER1、RPA3、SERF2、SLC25A39、SRGAP2、TUG1、YIPF6、ZNF294、ZFP36L1、ANKRD12、CAMK2G−、CASP5、CXorf52、DNAH1、EEA1、FAM44A、FOXJ3、HDAC4、MNT、MXRA7、PTCH1、SEL1L、およびSFRS2からなる群から選択される少なくとも5つの遺伝子のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、少なくとも5つのポリヌクレオチドを含む、アレイと、
試料中で、前記ポリヌクレオチドのうちの1つ以上の存在または量を検出するための説明書と、を含むキット。
【請求項40】
固体支持体に結合する複数のポリヌクレオチドを含むアレイであって、前記複数のポリヌクレオチドは、rs11778767(A/A)、rs11780500(A/A)、rs11780500(G/G)、rs1422422(A/A)、rs1441209(A/A)、rs1968201(A/A)、rs2028446(A/A)、rs2028446(A/G)、rs2028446(G/G)、rs2170331(A/G)、rs2170331(G/G)、rs2814707(A/G)、rs2814707(G/G)、rs3019293(A/A)、rs3087615(A/C)、rs3087615(C/C)、rs3849942(A/G)、rs3849942(G/G)、rs437943(A/A)、rs4562286(A/A)、rs4976592(A/A)、rs6531358(A/A)、rs6665006(A/A)、rs6665006(A/G)、rs7046653(A/G)、rs7046653(G/G)、rs774359(A/A)、rs868856(A/G)、rs868856(G/G)、rs11778767(A/G)、rs11778767(G/G)、rs11780500(A/G)、rs1422422(A/G)、rs1422422(G/G)、rs1441209(A/G)、rs1441209(G/G)、rs1968201(A/G)、rs2170331(A/A)、rs2814707(A/A)、rs3019293(A/G)、rs3019293(G/G)、rs3849942(A/A)、rs437943(A/G)、rs437943(G/G)、rs4562286(A/G)、rs4562286(G/G)、rs4976592(A/G)、rs4976592(G/G)、rs6531358(A/G)、rs6531358(G/G)、rs6665006(G/G)、rs7046653(A/A)、rs774359(A/G)、rs774359(G/G)、rs868856(A/A)、rs983332(A/C)、rs928655(A/G)、rs13393173(A/G)、rs437943(A/G)、rs10945919(A/G)、rs854555(A/C)、rs854548(A/G)、rs854547(A/G)、rs7046653(A/G)、rs868856(C/T)、rs774359(C/T)、rs2814707(A/G)、rs3849942(A/G)、rs6028945(G/T)、rs6138150(C/T)、rs6071980(C/T)、rs1800896(A/G)、rs3024490(A/C)、rs231726(A/G)、rs3096851(A/C)、rs6708660(A/G)、rs2523619(A/G)、rs3915971(A/G)、rs9264869(A/G)、rs2239804(A/G)、rs2395175(A/G)、rs2395185(A/C)、rs2516049(A/G)、rs660895(A/G)、rs7026551(A/C)、rs4803455(A/C)、rs983332(A/A)、rs928655(A/A)、rs13393173(A/A)、rs437943(G/G)、rs10945919(G/G)、rs854555(A/A)、rs854548(A/A)、rs7046653(A/A)、rs868856(T/T)、rs774359(C/C)、rs2814707(A/A)、rs3849942(A/A)、rs6028945(T/T)、rs6138150(T/T)、rs6071980(C/C)、rs1800896(A/A)、rs3024490(A/A)、rs231726(A/A)、rs3096851(C/C)、rs6708660(A/A)、rs2523619(G/G)、rs3915971(A/A)、rs9264869(A/A)、rs2239804(A/A)、rs2395175(G/G)、rs2395185(C/C)、rs2516049(A/A)、rs660895(A/A)、rs7026551(C/C)、rs4803455(C/C)からなる群から選択される、少なくとも5つのSNP遺伝子型のそれぞれ、および表13に示される前記SNP遺伝子型のうちのいずれかに、選択的にハイブリダイズする、少なくとも5つのポリヌクレオチドを含む、アレイと、
試料中で、前記SNP遺伝子型のうちの1つ以上の存在または量を検出するための説明書と、を含むキット。
【請求項41】
試料から核酸を単離するための1つ以上の試薬をさらに含む、請求項39または40に記載のキット。
【請求項42】
核酸を増幅するための手段をさらに含む、請求項39〜41のうちのいずれかに記載のキット。

【公表番号】特表2010−529464(P2010−529464A)
【公表日】平成22年8月26日(2010.8.26)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−511381(P2010−511381)
【出願日】平成20年6月6日(2008.6.6)
【国際出願番号】PCT/US2008/066180
【国際公開番号】WO2008/154423
【国際公開日】平成20年12月18日(2008.12.18)
【公序良俗違反の表示】
(特許庁注:以下のものは登録商標)
1.Linux
【出願人】(592221528)バイオジェン・アイデック・エムエイ・インコーポレイテッド (224)
【出願人】(506320303)ザ ファインスタイン インスティテュート フォー メディカル リサーチ (3)
【Fターム(参考)】