改変された免疫原性を有するタンパク質ライブラリーを設計するためのタンパク質設計オートメーション
本発明は、宿主生物中で免疫反応を誘起する可能性が高いアミノ酸配列を同定および改変することによる、タンパク質の免疫原性を調節するための様々なコンピューター処理方法の使用に関するものである。特に、タンパク質を、ＭＨＣ結合配列、Ｔ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープについてスクリーニングする。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項１】
増強された免疫原性を示すポリペプチドの生成方法であって、ａ）可変残基位置と共に、標的主鎖構造をコンピューターに入力すること、ｂ）順を問わず、 ｉ）少なくとも１つのコンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズム；および ii）少なくとも１つのコンピューター処理の免疫原性フィルターを適用すること、およびｃ）増強された免疫原性を有する少なくとも１つの変異体タンパク質を同定すること、を含む方法。
【請求項２】
低減された免疫原性を示すポリペプチドの生成方法であって、ａ）可変残基位置と共に、標的主鎖構造をコンピューターに入力すること、ｂ）順を問わず、 ｉ）少なくとも１つのコンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズム；および ii）少なくとも１つのコンピューター処理の免疫原性フィルターを適用すること、およびｃ）低減された免疫原性を有する少なくとも１つの変異体タンパク質を同定すること、を含む方法。
【請求項３】
患者において増強された免疫反応を誘起する方法であって、ａ）可変残基位置と共に、標的主鎖構造をコンピューターに入力すること、ｂ）順を問わず、 ｉ）少なくとも１つのコンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズム；および ii）少なくとも１つのコンピューター処理の免疫原性フィルターを適用すること、ｃ）増強された免疫原性を有する少なくとも１つの変異体タンパク質を同定すること、およびｄ）該変異体タンパク質を患者に投与すること、を含む方法。
【請求項４】
該コンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズムを該フィルターに先立って適用する、請求項１、請求項２または請求項３に記載の方法。
【請求項５】
該コンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズムを該フィルターの後に適用する、請求項１、請求項２または請求項３に記載の方法。
【請求項６】
該コンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズムが、該フィルターをスコア付け関数として含む、請求項１、請求項２または請求項３に記載の方法。
【請求項７】
該標的タンパク質が、Ｚｎ−アルファ２−糖タンパク質、ヒト血清アルブミン、免疫グロブリンＧおよび非免疫原性タンパク質からなる群から選択される、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５または請求項６に記載の方法。
【請求項８】
該コンピューター処理の免疫原性フィルターが、ＭＨＣクラスＩモチーフに関するスコア付け関数を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６または請求項７に記載の方法。
【請求項９】
該コンピューター処理の免疫原性フィルターが、ＭＨＣクラスＩＩモチーフに関するスコア付け関数を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７または請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
該増強された免疫原性が、少なくとも１つの免疫原性配列の存在によるものである、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８または請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
該免疫原性配列が同一のものである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
該免疫原性配列が異なるものである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
該免疫原性配列が、Ｂ細胞エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、ＭＨＣクラスＩモチーフおよびＭＨＣクラスＩＩモチーフからなる群から選択される、請求項１０、請求項１１または請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
該免疫原性配列が、特異的切断モチーフをさらに含む、請求項１０、請求項１１、請求項１２または請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
該コンピューター処理で生成させる段階が、ＤＥＥコンピューター計算を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項９、請求項１０、請求項１１、請求項１２、請求項１３または請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
該ＤＥＥコンピューター計算が、オリジナルＤＥＥおよびゴールドステイン（Goldstein）ＤＥＥからなる群から選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
該一次変異アミノ酸配列のセットが、少なくとも１つのスコア付け関数に最適化されている、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項９、請求項１０、請求項１１、請求項１２、請求項１３、請求項１４、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも１つのスコア付け関数に最適化されている該一次変異アミノ酸配列のセットが、大域的最適タンパク質配列を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
該スコア付け関数が、ファンデルワールスポテンシャルスコア付け関数、水素結合ポテンシャルスコア付け関数、原子溶媒和スコア付け関数、静電気スコア付け関数および二次構造傾向スコア付け関数からなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
該コンピューター処理で生成させる段階がモンテカルロ検索の使用を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項９、請求項１０、請求項１１、請求項１２、請求項１３、請求項１４、請求項１５、請求項１６、請求項１７、請求項１８または請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項９、請求項１０、請求項１１、請求項１２、請求項１３、請求項１４、請求項１５、請求項１６、請求項１７、請求項１８、請求項１９または請求項２０に記載の方法により作成された、増強された免疫原性を示す改変ポリペプチド。
【請求項２２】
該変異体タンパク質がＺｎ−アルファ２−糖タンパク質、ヒト血清アルブミン、免疫グロブリンＧ、非免疫原性タンパク質の変異体およびそれらの混合物からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項１】
増強された免疫原性を示すポリペプチドの生成方法であって、ａ）可変残基位置と共に、標的主鎖構造をコンピューターに入力すること、ｂ）順を問わず、 ｉ）少なくとも１つのコンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズム；および ii）少なくとも１つのコンピューター処理の免疫原性フィルターを適用すること、およびｃ）増強された免疫原性を有する少なくとも１つの変異体タンパク質を同定すること、を含む方法。
【請求項２】
低減された免疫原性を示すポリペプチドの生成方法であって、ａ）可変残基位置と共に、標的主鎖構造をコンピューターに入力すること、ｂ）順を問わず、 ｉ）少なくとも１つのコンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズム；および ii）少なくとも１つのコンピューター処理の免疫原性フィルターを適用すること、およびｃ）低減された免疫原性を有する少なくとも１つの変異体タンパク質を同定すること、を含む方法。
【請求項３】
患者において増強された免疫反応を誘起する方法であって、ａ）可変残基位置と共に、標的主鎖構造をコンピューターに入力すること、ｂ）順を問わず、 ｉ）少なくとも１つのコンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズム；および ii）少なくとも１つのコンピューター処理の免疫原性フィルターを適用すること、ｃ）増強された免疫原性を有する少なくとも１つの変異体タンパク質を同定すること、およびｄ）該変異体タンパク質を患者に投与すること、を含む方法。
【請求項４】
該コンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズムを該フィルターに先立って適用する、請求項１、請求項２または請求項３に記載の方法。
【請求項５】
該コンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズムを該フィルターの後に適用する、請求項１、請求項２または請求項３に記載の方法。
【請求項６】
該コンピューター処理のタンパク質設計アルゴリズムが、該フィルターをスコア付け関数として含む、請求項１、請求項２または請求項３に記載の方法。
【請求項７】
該標的タンパク質が、Ｚｎ−アルファ２−糖タンパク質、ヒト血清アルブミン、免疫グロブリンＧおよび非免疫原性タンパク質からなる群から選択される、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５または請求項６に記載の方法。
【請求項８】
該コンピューター処理の免疫原性フィルターが、ＭＨＣクラスＩモチーフに関するスコア付け関数を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６または請求項７に記載の方法。
【請求項９】
該コンピューター処理の免疫原性フィルターが、ＭＨＣクラスＩＩモチーフに関するスコア付け関数を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７または請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
該増強された免疫原性が、少なくとも１つの免疫原性配列の存在によるものである、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８または請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
該免疫原性配列が同一のものである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
該免疫原性配列が異なるものである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
該免疫原性配列が、Ｂ細胞エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、ＭＨＣクラスＩモチーフおよびＭＨＣクラスＩＩモチーフからなる群から選択される、請求項１０、請求項１１または請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
該免疫原性配列が、特異的切断モチーフをさらに含む、請求項１０、請求項１１、請求項１２または請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
該コンピューター処理で生成させる段階が、ＤＥＥコンピューター計算を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項９、請求項１０、請求項１１、請求項１２、請求項１３または請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
該ＤＥＥコンピューター計算が、オリジナルＤＥＥおよびゴールドステイン（Goldstein）ＤＥＥからなる群から選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
該一次変異アミノ酸配列のセットが、少なくとも１つのスコア付け関数に最適化されている、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項９、請求項１０、請求項１１、請求項１２、請求項１３、請求項１４、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも１つのスコア付け関数に最適化されている該一次変異アミノ酸配列のセットが、大域的最適タンパク質配列を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
該スコア付け関数が、ファンデルワールスポテンシャルスコア付け関数、水素結合ポテンシャルスコア付け関数、原子溶媒和スコア付け関数、静電気スコア付け関数および二次構造傾向スコア付け関数からなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
該コンピューター処理で生成させる段階がモンテカルロ検索の使用を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項９、請求項１０、請求項１１、請求項１２、請求項１３、請求項１４、請求項１５、請求項１６、請求項１７、請求項１８または請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
請求項１、請求項２、請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項９、請求項１０、請求項１１、請求項１２、請求項１３、請求項１４、請求項１５、請求項１６、請求項１７、請求項１８、請求項１９または請求項２０に記載の方法により作成された、増強された免疫原性を示す改変ポリペプチド。
【請求項２２】
該変異体タンパク質がＺｎ−アルファ２−糖タンパク質、ヒト血清アルブミン、免疫グロブリンＧ、非免疫原性タンパク質の変異体およびそれらの混合物からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【公表番号】特表２００７−５２０４２３（Ｐ２００７−５２０４２３Ａ）
【公表日】平成１９年７月２６日（２００７．７．２６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５１５５１５（Ｐ２００６−５１５５１５）
【出願日】平成１４年１月４日（２００２．１．４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００２／０００１６５
【国際公開番号】ＷＯ２００３／００６１５４
【国際公開日】平成１５年１月２３日（２００３．１．２３）
【出願人】（５０１１５４０３５）ゼンコー・インコーポレイテッド (18)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年７月２６日（２００７．７．２６）
【国際特許分類】
【出願日】平成１４年１月４日（２００２．１．４）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００２／０００１６５
【国際公開番号】ＷＯ２００３／００６１５４
【国際公開日】平成１５年１月２３日（２００３．１．２３）
【出願人】（５０１１５４０３５）ゼンコー・インコーポレイテッド (18)
【Ｆターム（参考）】
[ Back to top ]