説明

改変PolIIIレプリカーゼおよびその使用

本発明は、Pol IIIα変異体、これを含む改変Pol IIIレプリカーゼ、種々の核酸複製反応のための改変Pol IIIレプリカーゼの使用方法を提供する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
1つまたは複数のモチーフAおよびB中に少なくとも1つの変異を有するPol IIIα変異体であって、改変Pol IIIαが、前記少なくとも1つの変異を持たない非改変Pol IIIαと比較して活性が変化している、Pol IIIα変異体。
【請求項2】
前記Pol IIIα変異体が、前記非改変Pol IIIαと比較してdNTP識別活性が変化している、請求項1に記載のPol IIIα変異体。
【請求項3】
前記Pol IIIα変異体のddNTPに対する親和性が増加している、請求項2に記載のPol IIIα変異体。
【請求項4】
前記Pol IIIα変異体が、モチーフB中に1つまたは複数の変異を含む、請求項2に記載のPol IIIα変異体。
【請求項5】
前記Pol IIIα変異体の標識ヌクレオチドに対する親和性が増加している、請求項2に記載のPol IIIα変異体。
【請求項6】
前記Pol IIIα変異体が、モチーフA中に1つまたは複数の変異を含む、請求項5に記載のPol IIIα変異体。
【請求項7】
前記Pol IIIα変異体が、モチーフB中に1つまたは複数の変異を含む、請求項5に記載のPol IIIα変異体。
【請求項8】
前記Pol IIIα変異体が、モチーフA中に1つまたは複数の変異およびモチーフB中に1つまたは複数の変異を含む、請求項5に記載のPol IIIα変異体。
【請求項9】
前記Pol IIIα変異体が、前記非改変Pol IIIαと比較してプライマー識別活性が変化している、請求項1に記載のPol IIIα変異体。
【請求項10】
前記Pol IIIα変異体のRNAプライミングテンプレートに対する親和性が増加している、請求項9に記載のPol IIIα変異体。
【請求項11】
前記Pol IIIα変異体のDNAプライミングテンプレートに対する親和性が減少している、請求項9に記載のPol IIIα変異体。
【請求項12】
前記Pol IIIα変異体のDNAプライミングテンプレートに対する親和性が増加している、請求項9に記載のPol IIIα変異体。
【請求項13】
前記Pol IIIα変異体のRNAプライミングテンプレートに対する親和性が減少している、請求項9に記載のPol IIIα変異体。
【請求項14】
前記Pol IIIα変異体が、モチーフB中に1つまたは複数の変異を含む、請求項9に記載のPol IIIα変異体。
【請求項15】
請求項1〜請求項14のいずれか1項に記載のPol IIIα変異体を含む改変Pol IIIレプリカーゼ。
【請求項16】
前記改変Pol IIIレプリカーゼがクランプローダーを欠く、請求項15に記載の改変Pol IIIレプリカーゼ。
【請求項17】
前記改変Pol IIIレプリカーゼが、βスライディングクランプを含む、請求項15に記載の改変Pol IIIレプリカーゼ。
【請求項18】
候補ポリペプチドを細菌DNA PolIIIαに分類する方法であって、前記候補ポリペプチド中の細菌DNAPol IIIαモチーフA、B、またはCの少なくとも1つを同定する工程を含む、方法。
【請求項19】
前記候補ポリペプチド中の細菌DNAPol IIIαモチーフAおよびBを同定する工程を含む、請求項18に記載の方法。
【請求項20】
前記細菌DNAPol IIIαモチーフAおよびBの配置を決定する工程をさらに含む、請求項19に記載の方法。
【請求項21】
細菌Pol IIIαモチーフAおよびBのスペーシングを決定する工程をさらに含む、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
前記候補ポリペプチド中の細菌DNAPol IIIαモチーフCを同定する工程をさらに含む、請求項19に記載の方法。
【請求項23】
前記細菌DNAPol IIIαモチーフCおよびA、CおよびB、またはCおよびAおよびBの配置を決定する工程をさらに含む、請求項22に記載の方法。
【請求項24】
前記細菌Pol IIIαモチーフCおよびA、CおよびB、またはCおよびAおよびBのスペーシングを決定する工程をさらに含む、請求項23に記載の方法。
【請求項25】
前記細菌DNAPol IIIαモチーフが、グラム陽性細菌に対応する、請求項18に記載の方法。
【請求項26】
前記候補ポリペプチドが、ヒトサンプルに由来する、請求項18に記載の方法。
【請求項27】
請求項1に記載のPol IIIα変異体を含む、核酸増幅キット。
【請求項28】
請求項1に記載のPol IIIα変異体を含む、核酸増幅反応管。
【請求項29】
請求項1に記載のPol IIIα変異体を含む、核酸増幅反応混合物。
【請求項30】
核酸を複製する方法であって、請求項1に記載のPol IIIα変異体を含む複製反応混合物中の前記核酸を複製反応に供する工程を含む、方法。
【請求項31】
1つの反応混合物中の核酸を増幅および配列決定する方法であって、請求項1に記載のPol IIIα変異体を含む反応混合物中の前記核酸を同時増幅および配列決定反応に供する工程を含む、方法。
【請求項32】
患者の細菌感染を診断する方法であって、前記患者から得た候補ポリペプチド中の細菌DNAPol IIIαモチーフA、B、もしくはC、またはその組み合わせを同定する工程を含む、方法。
【請求項33】
前記候補ポリペプチド中の少なくとも2つの前記細菌Pol IIIαモチーフを同定する工程を含む、請求項32に記載の方法。
【請求項34】
前記候補ポリペプチド中の少なくとも2つの細菌DNAPol IIIαモチーフの配置を決定する工程をさらに含む、請求項33に記載の方法。
【請求項35】
前記候補ポリペプチド中の少なくとも2つの細菌DNA Pol IIIαモチーフのスペーシングを決定する工程をさらに含む、請求項34に記載の方法。
【請求項36】
前記細菌DNAPol IIIαモチーフが、グラム陽性細菌Pol IIIコンセンサスモチーフである、請求項35に記載の方法。
【請求項37】
患者の細菌感染を診断する方法であって、前記患者からサンプルを得る工程と、前記サンプル中の1つまたは複数の細菌DNAPol IIIαモチーフA、B、およびCをコードする1つまたは複数のヌクレオチド配列含む核酸を同定する工程を含む、方法。
【請求項38】
前記核酸が、細菌DNAPol IIIαモチーフA、B、およびCをコードするヌクレオチド配列の少なくとも2つを含む、請求項37に記載の方法。

【図1−1】
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【図1−2】
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【図1−3】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図12】
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【図13】
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【公表番号】特表2008−526215(P2008−526215A)
【公表日】平成20年7月24日(2008.7.24)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2007−549705(P2007−549705)
【出願日】平成18年1月3日(2006.1.3)
【国際出願番号】PCT/US2006/000077
【国際公開番号】WO2006/074157
【国際公開日】平成18年7月13日(2006.7.13)
【出願人】(307036096)キアゲン ノース アメリカン ホールディングス, インコーポレイテッド (6)
【Fターム(参考)】