説明

新規に進行中の心不全における個人のリスク評価のためのトランスクリプトームのバイオマーカー

心不全の予後判断のための新規のトランスクリプトームのバイオマーカーは、新規に進行中の心不全と、心臓病との予後の予測の直接的な臨床用途となる。このアプローチは心臓治療の個別対応を向上させ、心不全の診断から1年以内に循環虚脱を起こす高リスク患者を同定するのに役立つはずである。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
232669_at (低酸素誘導因子3、アルファサブユニット)、214951_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー10)、243482_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、226210_s_at (母性発現遺伝子(maternally expressed)3)、232159_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、233026_s_at (PDZドメイン含有(PDZ domain containing))、211996_s_at (KIAA0220−様タンパク質の仮想遺伝子LOC 283846)、243774_at (ムチン20、細胞表面関連)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム)、244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26)、244208_at (チェックポイント抑制因子1)、239984_at (ナトリウムチャネル、電位開口型、7型、アルファ)、230683_at (CDNA:FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、214869_at (アポリポプロテインL、6)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート)、235887_at (Smg−6 ホモログ、ナンセンス変異介在型mRNA分解因子(nonsense mediated mRNA decay factor)(C. elegans))、229957_at (膜貫通タンパク質91)、223546_x_at (LUC7L−様(S. cerevisiae))、239567_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質10)、242194_at (カリン(Cullin)4A)、1558525_at (仮想タンパク質LOC283901)、227178_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列)、224260_at (CDNA クローン)、238643_at (神経芽細胞腫、腫瘍形成能抑制(suppression of tumorigenicity)1)、232253_at (RAD50ホモログ(S. cerevisiae))、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有(Parkinson disease 7 domain containing)1)、233197_at (ケルチ(kelch)−様9(Drosophila))、244512_at (XP_0010813421に非常に類似した転写される遺伝子座)、233443_at (仮想タンパク質LOC389362)、231275_at (FLJ42875タンパク質)、226419_s_at (仮想タンパク質LOC64546)、201221_s_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14)、226571_s_at (タンパク質チロシンホスファターゼ受容体S型)、220728_at (EST)、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン(Ig)、短い塩基性ドメイン)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、チチンアイソフォームN2−Bに類似)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1)、223147_s_at (WDリピートドメイン33)、213773_x_at (NOL/NOP2/Sunドメインファミリー、メンバー5)、1560049_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、243974_at (CDNAクローンIMAGE:4821815)、201510_at E74−様因子3 (etsドメイン転写因子、上皮特異的)の遺伝子バイオマーカー配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、分子組成物。
【請求項2】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを細胞又は患者で検出することが、心不全の所望の臨床的予後の予後判断となることを特徴とする、請求項1に記載の分子組成物。
【請求項3】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で少なくとも1%から100%又はそれ以上までのレベル過剰発現されることを特徴とする、請求項1に記載の分子組成物。
【請求項4】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約50%過剰発現されることを特徴とする、請求項1に記載の分子組成物。
【請求項5】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とが、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約75%過剰発現されることを特徴とする、請求項1に記載の分子組成物。
【請求項6】
前記遺伝子配列のうち少なくとも10個が、心不全進行中の患者での個人のリスク評価の判断指標となることを特徴とする、請求項1に記載の分子組成物。
【請求項7】
複数の遺伝子配列が、心不全進行中の患者での個人のリスク評価の判断指標となることを特徴とする、請求項1に記載の分子組成物。
【請求項8】
232669_at (低酸素誘導因子3、アルファサブユニット)、214951_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー10)、243482_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、226210_s_at (母性発現遺伝子(maternally expressed)3)、232159_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、233026_s_at (PDZドメイン含有(PDZ domain containing))、211996_s_at (KIAA0220−様タンパク質の仮想遺伝子LOC 283846)、243774_at (ムチン20、細胞表面関連)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム)、244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26)、244208_at (チェックポイント抑制因子1)、239984_at (ナトリウムチャネル、電位開口型、7型、アルファ)、230683_at (CDNA:FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、214869_at (アポリポプロテインL、6)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート)、235887_at (Smg−6 ホモログ、ナンセンス変異介在型mRNA分解因子(nonsense mediated mRNA decay factor)(C. elegans))、229957_at (膜貫通タンパク質91)、223546_x_at (LUC7L−様(S. cerevisiae))、239567_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質10)、242194_at (カリン(Cullin)4A)、1558525_at (仮想タンパク質LOC283901)、227178_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列)、224260_at (CDNA クローン)、238643_at (神経芽細胞腫、腫瘍形成能抑制(suppression of tumorigenicity)1)、232253_at (RAD50ホモログ(S. cerevisiae))、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有(Parkinson disease 7 domain containing)1)、233197_at (ケルチ(kelch)−様9(Drosophila))、244512_at (XP_0010813421に非常に類似した転写される遺伝子座)、233443_at (仮想タンパク質LOC389362)、231275_at (FLJ42875タンパク質)、226419_s_at (仮想タンパク質LOC64546)、201221_s_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14)、226571_s_at (タンパク質チロシンホスファターゼ受容体S型)、220728_at (EST)、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン(Ig)、短い塩基性ドメイン)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、チチンアイソフォームN2−Bに類似)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1)、223147_s_at (WDリピートドメイン33)、213773_x_at (NOL/NOP2/Sunドメインファミリー、メンバー5)、1560049_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、243974_at (CDNAクローンIMAGE:4821815)、201510_at E74−様因子3 (etsドメイン転写因子、上皮特異的)を含む核酸配列/生体分子と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、心不全の予後を予測するためのバイオマーカー(TBB)。
【請求項9】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とは、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で少なくとも1%から100%又はそれ以上までのレベル過剰発現されることを特徴とする、請求項8に記載のバイオマーカー。
【請求項10】
前記核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とは、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約50%過剰発現されることを特徴とする、請求項8に記載のバイオマーカー。
【請求項11】
前記核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とは、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約75%過剰発現されることを特徴とする、請求項8に記載のバイオマーカー。
【請求項12】
232669_at (低酸素誘導因子3、アルファサブユニット)、214951_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー10)、243482_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、226210_s_at (母性発現遺伝子(maternally expressed)3)、232159_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、233026_s_at (PDZドメイン含有(PDZ domain containing))、211996_s_at (KIAA0220−様タンパク質の仮想遺伝子LOC 283846)、243774_at (ムチン20、細胞表面関連)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム)、244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26)、244208_at (チェックポイント抑制因子1)、239984_at (ナトリウムチャネル、電位開口型、7型、アルファ)、230683_at (CDNA:FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、214869_at (アポリポプロテインL、6)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート)、235887_at (Smg−6 ホモログ、ナンセンス変異介在型mRNA分解因子(nonsense mediated mRNA decay factor)(C. elegans))、229957_at (膜貫通タンパク質91)、223546_x_at (LUC7L−様(S. cerevisiae))、239567_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質10)、242194_at (カリン(Cullin)4A)、1558525_at (仮想タンパク質LOC283901)、227178_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列)、224260_at (CDNA クローン)、238643_at (神経芽細胞腫、腫瘍形成能抑制(suppression of tumorigenicity)1)、232253_at (RAD50ホモログ(S. cerevisiae))、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有(Parkinson disease 7 domain containing)1)、233197_at (ケルチ(kelch)−様9(Drosophila))、244512_at (XP_0010813421に非常に類似した転写される遺伝子座)、233443_at (仮想タンパク質LOC389362)、231275_at (FLJ42875タンパク質)、226419_s_at (仮想タンパク質LOC64546)、201221_s_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14)、226571_s_at (タンパク質チロシンホスファターゼ受容体S型)、220728_at (EST)、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン(Ig)、短い塩基性ドメイン)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、チチンアイソフォームN2−Bに類似)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1)、223147_s_at (WDリピートドメイン33)、213773_x_at (NOL/NOP2/Sunドメインファミリー、メンバー5)、1560049_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、243974_at (CDNAクローンIMAGE:4821815)、201510_at E74−様因子3 (etsドメイン転写因子、上皮特異的)を含む各遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とに特異的であることを特徴とする、抗体又はアプタマー。
【請求項13】
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【請求項14】
前記核酸配列のうち少なくとも10個と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、請求項13に記載のバイオチップ。
【請求項15】
232669_at (低酸素誘導因子3、アルファサブユニット)、214951_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー10)、243482_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、226210_s_at (母性発現遺伝子(maternally expressed)3)、232159_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、233026_s_at (PDZドメイン含有(PDZ domain containing))、211996_s_at (KIAA0220−様タンパク質の仮想遺伝子LOC 283846)、243774_at (ムチン20、細胞表面関連)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム)、244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26)、244208_at (チェックポイント抑制因子1)、239984_at (ナトリウムチャネル、電位開口型、7型、アルファ)、230683_at (CDNA:FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、214869_at (アポリポプロテインL、6)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート)、235887_at (Smg−6 ホモログ、ナンセンス変異介在型mRNA分解因子(nonsense mediated mRNA decay factor)(C. elegans))、229957_at (膜貫通タンパク質91)、223546_x_at (LUC7L−様(S. cerevisiae))、239567_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質10)、242194_at (カリン(Cullin)4A)、1558525_at (仮想タンパク質LOC283901)、227178_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列)、224260_at (CDNA クローン)、238643_at (神経芽細胞腫、腫瘍形成能抑制(suppression of tumorigenicity)1)、232253_at (RAD50ホモログ(S. cerevisiae))、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有(Parkinson disease 7 domain containing)1)、233197_at (ケルチ(kelch)−様9(Drosophila))、244512_at (XP_0010813421に非常に類似した転写される遺伝子座)、233443_at (仮想タンパク質LOC389362)、231275_at (FLJ42875タンパク質)、226419_s_at (仮想タンパク質LOC64546)、201221_s_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14)、226571_s_at (タンパク質チロシンホスファターゼ受容体S型)、220728_at (EST)、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン(Ig)、短い塩基性ドメイン)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、チチンアイソフォームN2−Bに類似)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1)、223147_s_at (WDリピートドメイン33)、213773_x_at (NOL/NOP2/Sunドメインファミリー、メンバー5)、1560049_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、243974_at (CDNAクローンIMAGE:4821815)、201510_at E74−様因子3 (etsドメイン転写因子、上皮特異的)のトランスクリプトームを利用するバイオマーカー(TBB)と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含む分子的特徴を患者の生物学的試料中で同定するステップと、各試料で各成分遺伝子の同定確率を評価するステップと、それぞれをクラスに割り当てるステップと、特発性心筋症と、心筋炎とを鑑別するステップとを含むことを特徴とする、心疾患の高リスク患者と、回復の予後が良好な患者とを評価し、これらを同定し、かつ、区別する方法。
【請求項16】
前記バイオマーカーは、生物学的試料から得られる核酸を単離することによって患者から同定されることを特徴とする、請求項15に記載の方法。
【請求項17】
前記核酸は前記バイオチップにハイブリダイズされ、マイクロアレイのハイブリダイゼーションからの生の強度測定値が標準化され、遺伝子発現の表現型特異的な相違が同定されることを特徴とする、請求項16に記載の方法。
【請求項18】
前記遺伝子発現の相違は、q値で定義され、多重比較がp値の調整を含む、マイクロアレイの有意性解析によって同定されることを特徴とする、請求項17に記載の方法。
【請求項19】
得られるデータの約66%を含むトレーニング用セットで分類指標を作成し、その後、得られるデータの約33%が含まれるテスト用セットで検証し、分類のための表現型特異的最短収縮重心法で定義することで表現型の特異度が同定されることを特徴とする、請求項17に記載の方法。
【請求項20】
前記表現型特異的最短収縮重心法は、トレーニング用セットでの10回の交差確認について平均化することを含むことを特徴とする、請求項19に記載の方法。
【請求項21】
232669_at (低酸素誘導因子3、アルファサブユニット)、214951_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー10)、243482_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、226210_s_at (母性発現遺伝子(maternally expressed)3)、232159_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、233026_s_at (PDZドメイン含有(PDZ domain containing))、211996_s_at (KIAA0220−様タンパク質の仮想遺伝子LOC 283846)、243774_at (ムチン20、細胞表面関連)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム)、244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26)、244208_at (チェックポイント抑制因子1)、239984_at (ナトリウムチャネル、電位開口型、7型、アルファ)、230683_at (CDNA:FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、214869_at (アポリポプロテインL、6)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート)、235887_at (Smg−6 ホモログ、ナンセンス変異介在型mRNA分解因子(nonsense mediated mRNA decay factor)(C. elegans))、229957_at (膜貫通タンパク質91)、223546_x_at (LUC7L−様(S. cerevisiae))、239567_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質10)、242194_at (カリン(Cullin)4A)、1558525_at (仮想タンパク質LOC283901)、227178_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列)、224260_at (CDNA クローン)、238643_at (神経芽細胞腫、腫瘍形成能抑制(suppression of tumorigenicity)1)、232253_at (RAD50ホモログ(S. cerevisiae))、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有(Parkinson disease 7 domain containing)1)、233197_at (ケルチ(kelch)−様9(Drosophila))、244512_at (XP_0010813421に非常に類似した転写される遺伝子座)、233443_at (仮想タンパク質LOC389362)、231275_at (FLJ42875タンパク質)、226419_s_at (仮想タンパク質LOC64546)、201221_s_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14)、226571_s_at (タンパク質チロシンホスファターゼ受容体S型)、220728_at (EST)、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン(Ig)、短い塩基性ドメイン)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、チチンアイソフォームN2−Bに類似)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1)、223147_s_at (WDリピートドメイン33)、213773_x_at (NOL/NOP2/Sunドメインファミリー、メンバー5)、1560049_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、243974_at (CDNAクローンIMAGE:4821815)、201510_at E74−様因子3 (etsドメイン転写因子、上皮特異的)の遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含む組成物を患者の生物学的試料中で同定するステップと、各試料で各成分遺伝子の同定確率を評価するステップと、それぞれをクラスに割り当てるステップと、心疾患の前記予後の結果又は心不全の回復を予測するステップとを含むことを特徴とする、心臓病の予後の結果又は心不全からの回復を予測する方法。
【請求項22】
前記遺伝子配列は、正常な細胞又は正常な被験者と比較して、少なくとも約20%過剰発現されることを特徴とする、請求項21に記載の方法。
【請求項23】
232669_at (低酸素誘導因子3、アルファサブユニット)、214951_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー10)、243482_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、226210_s_at (母性発現遺伝子(maternally expressed)3)、232159_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、233026_s_at (PDZドメイン含有(PDZ domain containing))、211996_s_at (KIAA0220−様タンパク質の仮想遺伝子LOC 283846)、243774_at (ムチン20、細胞表面関連)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム)、244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26)、244208_at (チェックポイント抑制因子1)、239984_at (ナトリウムチャネル、電位開口型、7型、アルファ)、230683_at (CDNA:FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、214869_at (アポリポプロテインL、6)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート)、235887_at (Smg−6 ホモログ、ナンセンス変異介在型mRNA分解因子(nonsense mediated mRNA decay factor)(C. elegans))、229957_at (膜貫通タンパク質91)、223546_x_at (LUC7L−様(S. cerevisiae))、239567_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質10)、242194_at (カリン(Cullin)4A)、1558525_at (仮想タンパク質LOC283901)、227178_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列)、224260_at (CDNA クローン)、238643_at (神経芽細胞腫、腫瘍形成能抑制(suppression of tumorigenicity)1)、232253_at (RAD50ホモログ(S. cerevisiae))、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有(Parkinson disease 7 domain containing)1)、233197_at (ケルチ(kelch)−様9(Drosophila))、244512_at (XP_0010813421に非常に類似した転写される遺伝子座)、233443_at (仮想タンパク質LOC389362)、231275_at (FLJ42875タンパク質)、226419_s_at (仮想タンパク質LOC64546)、201221_s_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14)、226571_s_at (タンパク質チロシンホスファターゼ受容体S型)、220728_at (EST)、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン(Ig)、短い塩基性ドメイン)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、チチンアイソフォームN2−Bに類似)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1)、223147_s_at (WDリピートドメイン33)、213773_x_at (NOL/NOP2/Sunドメインファミリー、メンバー5)、1560049_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、243974_at (CDNAクローンIMAGE:4821815)、201510_at E74−様因子3 (etsドメイン転写因子、上皮特異的)を含む遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを同定するステップと、各試料で各成分遺伝子の同定確率を評価するステップと、それぞれをクラスに割り当てるステップと、心疾患の高リスク患者と、回復の予後が良好な患者とを同定し、かつ、これらを区別するステップとを含むことを特徴とする、心疾患の高リスク患者と、回復の予後が良好な患者とを同定し、かつ、これらを区別する方法。
【請求項24】
1558458_at (仮想 LOC401320)、1560049_at (CUGトリプレットリピート、RNA結合タンパク質2、CUGBP2)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5、RBM5)、201655_s_at (ヘパラン硫酸プロテオグリカン2 (パールカン(perlecan))、HSPG2)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列、NKTR)、202808_at、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン (Ig)、短い塩基性ドメイン、分泌型、(セマフォリン) 3B、SEMA3B)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、203981_s_at (ATP−結合カセット、サブ−ファミリーD (ALD)、メンバー4、 ABCD4)、204737_s_at (ミオシン、重鎖6、ミオシン、重鎖7、MYH6 /// MYH7)、204978_at (スプライシング因子、富アルギニン/セリン−16、SFRS16)、206209_s_at (炭酸脱水酵素IV、CA4)、207541_s_at (エキソソーム成分10、EXOSC10)、207798_s_at (アタキシン2―様、ATXN2L)、208978_at (富システイン−タンパク質2、CRIP2)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14 TNFRSF14)、210628_x_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質4、LTBP4)、211909_x_at (プロスタグランジンE受容体3 (サブタイプEP3)、PTGER3)、211996_at (KIAA0220―様タンパク質、核膜孔複合体(LOC23117)、212487_at (Gパッチドメイン含有8、GPATCH8)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、OBSL1)、214951_at (電解質運搬体ファミリー26、メンバー10、SLC26A10)、220219_s_at (富ロイシンリピート含有37A、LRRC37A)、221071_at、221780_s_at (DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp)ボックスポリペプチド27DDX27)、221806_s_at (SETドメイン含有5、SETD5)、221833_at (Lonペプチダーゼ2、ペルオキシソ−ム、LONP2)、223546_x_at (LUC7−様 (S. cerevisiae)、LUC7L)、224260_at (CDNA クローン IMAGE:4478733)、225562_at (AS p21タンパク質アクチベーター3、RASA3)、226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (クローンDKFZp762N156由来)、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有1、PDDC1)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9、MRPS9)、229830_at (転写される遺伝子座)、230683_at (CDNA: FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、238185_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート、RERE)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム1、C18orf1)、244208_at (チェックポイント抑制因子1、CHES1)、244494_at (ジンクフィンガー、DHHC−型含有1、ZDHHC1)及び244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26、ARHGAP26)の遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、分子組成物。
【請求項25】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを細胞又は患者で検出することが、心不全の臨床診断の結果及び予後の予測となることを特徴とする、請求項24に記載の分子組成物。
【請求項26】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とは、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で少なくとも1%から100%又はそれ以上までのレベル過剰発現されることを特徴とする、請求項24に記載の分子組成物。
【請求項27】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とは、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約50%過剰発現されることを特徴とする、請求項24に記載の分子組成物。
【請求項28】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とは、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約75%過剰発現されることを特徴とする、請求項24に記載の分子組成物。
【請求項29】
遺伝子配列のうち少なくとも9個が、患者の個人のリスク評価での判断指標であり、心不全の臨床診断の結果及び予後の予測となることを特徴とする、請求項24に記載の分子組成物。
【請求項30】
複数の遺伝子配列が、心不全進行中の患者の個人のリスク評価の判断指標となることを特徴とする、請求項24に記載の分子組成物。
【請求項31】
1558458_at (仮想 LOC401320)、1560049_at (CUGトリプレットリピート、RNA結合タンパク質2、CUGBP2)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5、RBM5)、201655_s_at (ヘパラン硫酸プロテオグリカン2 (パールカン(perlecan))、HSPG2)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列、NKTR)、202808_at、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン (Ig)、短い塩基性ドメイン、分泌型、(セマフォリン) 3B、SEMA3B)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、203981_s_at (ATP−結合カセット、サブ−ファミリーD (ALD)、メンバー4、 ABCD4)、204737_s_at (ミオシン、重鎖6、ミオシン、重鎖7、MYH6 /// MYH7)、204978_at (スプライシング因子、富アルギニン/セリン−16、SFRS16)、206209_s_at (炭酸脱水酵素IV、CA4)、207541_s_at (エキソソーム成分10、EXOSC10)、207798_s_at (アタキシン2―様、ATXN2L)、208978_at (富システイン−タンパク質2、CRIP2)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14 TNFRSF14)、210628_x_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質4、LTBP4)、211909_x_at (プロスタグランジンE受容体3 (サブタイプEP3)、PTGER3)、211996_at (KIAA0220―様タンパク質、核膜孔複合体(LOC23117)、212487_at (Gパッチドメイン含有8、GPATCH8)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、OBSL1)、214951_at (電解質運搬体ファミリー26、メンバー10、SLC26A10)、220219_s_at (富ロイシンリピート含有37A、LRRC37A)、221071_at、221780_s_at (DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp)ボックスポリペプチド27DDX27)、221806_s_at (SETドメイン含有5、SETD5)、221833_at (Lonペプチダーゼ2、ペルオキシソ−ム、LONP2)、223546_x_at (LUC7−様 (S. cerevisiae)、LUC7L)、224260_at (CDNA クローン IMAGE:4478733)、225562_at (AS p21タンパク質アクチベーター3、RASA3)、226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (クローンDKFZp762N156由来)、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有1、PDDC1)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9、MRPS9)、229830_at (転写される遺伝子座)、230683_at (CDNA: FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、238185_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート、RERE)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム1、C18orf1)、244208_at (チェックポイント抑制因子1、CHES1)、244494_at (ジンクフィンガー、DHHC−型含有1、ZDHHC1)及び244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26、ARHGAP26)を含む核酸配列/生体分子と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、心不全の臨床診断の結果及び予後の予測のためのバイオマーカー(TBB)。
【請求項32】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを細胞又は患者で検出することが、心不全の臨床診断の結果及び予後の予測となることを特徴とする、請求項31に記載のバイオマーカー。
【請求項33】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とは、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で少なくとも1%から100%又はそれ以上までのレベル過剰発現されることを特徴とする、請求項31に記載のバイオマーカー。
【請求項34】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とは、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約50%過剰発現されることを特徴とする、請求項31に記載のバイオマーカー。
【請求項35】
前記遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とは、正常な細胞又は正常な被験者でのレベルと比較して、細胞又は患者で約75%過剰発現されることを特徴とする、請求項31に記載のバイオマーカー。
【請求項36】
1558458_at (仮想 LOC401320)、1560049_at (CUGトリプレットリピート、RNA結合タンパク質2、CUGBP2)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5、RBM5)、201655_s_at (ヘパラン硫酸プロテオグリカン2 (パールカン(perlecan))、HSPG2)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列、NKTR)、202808_at、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン (Ig)、短い塩基性ドメイン、分泌型、(セマフォリン) 3B、SEMA3B)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、203981_s_at (ATP−結合カセット、サブ−ファミリーD (ALD)、メンバー4、 ABCD4)、204737_s_at (ミオシン、重鎖6、ミオシン、重鎖7、MYH6 /// MYH7)、204978_at (スプライシング因子、富アルギニン/セリン−16、SFRS16)、206209_s_at (炭酸脱水酵素IV、CA4)、207541_s_at (エキソソーム成分10、EXOSC10)、207798_s_at (アタキシン2―様、ATXN2L)、208978_at (富システイン−タンパク質2、CRIP2)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14 TNFRSF14)、210628_x_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質4、LTBP4)、211909_x_at (プロスタグランジンE受容体3 (サブタイプEP3)、PTGER3)、211996_at (KIAA0220―様タンパク質、核膜孔複合体(LOC23117)、212487_at (Gパッチドメイン含有8、GPATCH8)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、OBSL1)、214951_at (電解質運搬体ファミリー26、メンバー10、SLC26A10)、220219_s_at (富ロイシンリピート含有37A、LRRC37A)、221071_at、221780_s_at (DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp)ボックスポリペプチド27DDX27)、221806_s_at (SETドメイン含有5、SETD5)、221833_at (Lonペプチダーゼ2、ペルオキシソ−ム、LONP2)、223546_x_at (LUC7−様 (S. cerevisiae)、LUC7L)、224260_at (CDNA クローン IMAGE:4478733)、225562_at (AS p21タンパク質アクチベーター3、RASA3)、226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (クローンDKFZp762N156由来)、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有1、PDDC1)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9、MRPS9)、229830_at (転写される遺伝子座)、230683_at (CDNA: FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、238185_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート、RERE)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム1、C18orf1)、244208_at (チェックポイント抑制因子1、CHES1)、244494_at (ジンクフィンガー、DHHC−型含有1、ZDHHC1)及び244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26、ARHGAP26)を含む各遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とに特異的であることを特徴とする、抗体又はアプタマー。
【請求項37】
1558458_at (仮想 LOC401320)、1560049_at (CUGトリプレットリピート、RNA結合タンパク質2、CUGBP2)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5、RBM5)、201655_s_at (ヘパラン硫酸プロテオグリカン2 (パールカン(perlecan))、HSPG2)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列、NKTR)、202808_at、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン (Ig)、短い塩基性ドメイン、分泌型、(セマフォリン) 3B、SEMA3B)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、203981_s_at (ATP−結合カセット、サブ−ファミリーD (ALD)、メンバー4、 ABCD4)、204737_s_at (ミオシン、重鎖6、ミオシン、重鎖7、MYH6 /// MYH7)、204978_at (スプライシング因子、富アルギニン/セリン−16、SFRS16)、206209_s_at (炭酸脱水酵素IV、CA4)、207541_s_at (エキソソーム成分10、EXOSC10)、207798_s_at (アタキシン2―様、ATXN2L)、208978_at (富システイン−タンパク質2、CRIP2)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14 TNFRSF14)、210628_x_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質4、LTBP4)、211909_x_at (プロスタグランジンE受容体3 (サブタイプEP3)、PTGER3)、211996_at (KIAA0220―様タンパク質、核膜孔複合体(LOC23117)、212487_at (Gパッチドメイン含有8、GPATCH8)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、OBSL1)、214951_at (電解質運搬体ファミリー26、メンバー10、SLC26A10)、220219_s_at (富ロイシンリピート含有37A、LRRC37A)、221071_at、221780_s_at (DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp)ボックスポリペプチド27DDX27)、221806_s_at (SETドメイン含有5、SETD5)、221833_at (Lonペプチダーゼ2、ペルオキシソ−ム、LONP2)、223546_x_at (LUC7−様 (S. cerevisiae)、LUC7L)、224260_at (CDNA クローン IMAGE:4478733)、225562_at (AS p21タンパク質アクチベーター3、RASA3)、226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (クローンDKFZp762N156由来)、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有1、PDDC1)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9、MRPS9)、229830_at (転写される遺伝子座)、230683_at (CDNA: FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、238185_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート、RERE)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム1、C18orf1)、244208_at (チェックポイント抑制因子1、CHES1)、244494_at (ジンクフィンガー、DHHC−型含有1、ZDHHC1)及び244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26、ARHGAP26)の核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、バイオチップ。
【請求項38】
核酸配列のうち少なくとも10個と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含むことを特徴とする、請求項37に記載のバイオチップ。
【請求項39】
1558458_at (仮想 LOC401320)、1560049_at (CUGトリプレットリピート、RNA結合タンパク質2、CUGBP2)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5、RBM5)、201655_s_at (ヘパラン硫酸プロテオグリカン2 (パールカン(perlecan))、HSPG2)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列、NKTR)、202808_at、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン (Ig)、短い塩基性ドメイン、分泌型、(セマフォリン) 3B、SEMA3B)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、203981_s_at (ATP−結合カセット、サブ−ファミリーD (ALD)、メンバー4、 ABCD4)、204737_s_at (ミオシン、重鎖6、ミオシン、重鎖7、MYH6 /// MYH7)、204978_at (スプライシング因子、富アルギニン/セリン−16、SFRS16)、206209_s_at (炭酸脱水酵素IV、CA4)、207541_s_at (エキソソーム成分10、EXOSC10)、207798_s_at (アタキシン2―様、ATXN2L)、208978_at (富システイン−タンパク質2、CRIP2)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14 TNFRSF14)、210628_x_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質4、LTBP4)、211909_x_at (プロスタグランジンE受容体3 (サブタイプEP3)、PTGER3)、211996_at (KIAA0220―様タンパク質、核膜孔複合体(LOC23117)、212487_at (Gパッチドメイン含有8、GPATCH8)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、OBSL1)、214951_at (電解質運搬体ファミリー26、メンバー10、SLC26A10)、220219_s_at (富ロイシンリピート含有37A、LRRC37A)、221071_at、221780_s_at (DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp)ボックスポリペプチド27DDX27)、221806_s_at (SETドメイン含有5、SETD5)、221833_at (Lonペプチダーゼ2、ペルオキシソ−ム、LONP2)、223546_x_at (LUC7−様 (S. cerevisiae)、LUC7L)、224260_at (CDNA クローン IMAGE:4478733)、225562_at (AS p21タンパク質アクチベーター3、RASA3)、226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (クローンDKFZp762N156由来)、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有1、PDDC1)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9、MRPS9)、229830_at (転写される遺伝子座)、230683_at (CDNA: FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、238185_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート、RERE)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム1、C18orf1)、244208_at (チェックポイント抑制因子1、CHES1)、244494_at (ジンクフィンガー、DHHC−型含有1、ZDHHC1)及び244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26、ARHGAP26)のトランスクリプトームを利用するバイオマーカー(TBB)と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含む分子的特徴を患者の生物学的試料中で同定するステップと、各試料で各成分遺伝子の同定確率を評価するステップと、それぞれをクラスに割り当てるステップと、特発性心筋症と、心筋炎とを鑑別するステップとを含むことを特徴とする、心疾患の高リスク患者と、回復の予後が良好な患者とを評価し、これらを同定し、かつ、区別する方法。
【請求項40】
前記バイオマーカーは、生物学的試料から得られる核酸を単離することによって患者から同定されることを特徴とする、請求項39に記載の方法。
【請求項41】
前記核酸は前記バイオチップにハイブリダイズされ、マイクロアレイのハイブリダイゼーションからの生の強度測定値が標準化され、遺伝子発現の表現型特異的な相違が同定されることを特徴とする、請求項40に記載の方法。
【請求項42】
前記遺伝子発現の相違は、q値で定義され、多重比較がp値の調整を含む、マイクロアレイの有意性解析によって同定されることを特徴とする、請求項41に記載の方法。
【請求項43】
得られるデータの約66%を含むトレーニング用セットで分類指標を作成し、その後、得られるデータの約33%が含まれるテスト用セットで検証し、分類のための表現型特異的最短収縮重心法で定義することで表現型の特異度が同定されることを特徴とする、請求項42に記載の方法。
【請求項44】
前記表現型特異的最短収縮重心法は、トレーニング用セットでの10回の交差確認について平均化することを含むことを特徴とする、請求項43に記載の方法。
【請求項45】
1558458_at (仮想 LOC401320)、1560049_at (CUGトリプレットリピート、RNA結合タンパク質2、CUGBP2)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5、RBM5)、201655_s_at (ヘパラン硫酸プロテオグリカン2 (パールカン(perlecan))、HSPG2)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列、NKTR)、202808_at、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン (Ig)、短い塩基性ドメイン、分泌型、(セマフォリン) 3B、SEMA3B)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、203981_s_at (ATP−結合カセット、サブ−ファミリーD (ALD)、メンバー4、 ABCD4)、204737_s_at (ミオシン、重鎖6、ミオシン、重鎖7、MYH6 /// MYH7)、204978_at (スプライシング因子、富アルギニン/セリン−16、SFRS16)、206209_s_at (炭酸脱水酵素IV、CA4)、207541_s_at (エキソソーム成分10、EXOSC10)、207798_s_at (アタキシン2―様、ATXN2L)、208978_at (富システイン−タンパク質2、CRIP2)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14 TNFRSF14)、210628_x_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質4、LTBP4)、211909_x_at (プロスタグランジンE受容体3 (サブタイプEP3)、PTGER3)、211996_at (KIAA0220―様タンパク質、核膜孔複合体(LOC23117)、212487_at (Gパッチドメイン含有8、GPATCH8)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、OBSL1)、214951_at (電解質運搬体ファミリー26、メンバー10、SLC26A10)、220219_s_at (富ロイシンリピート含有37A、LRRC37A)、221071_at、221780_s_at (DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp)ボックスポリペプチド27DDX27)、221806_s_at (SETドメイン含有5、SETD5)、221833_at (Lonペプチダーゼ2、ペルオキシソ−ム、LONP2)、223546_x_at (LUC7−様 (S. cerevisiae)、LUC7L)、224260_at (CDNA クローン IMAGE:4478733)、225562_at (AS p21タンパク質アクチベーター3、RASA3)、226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (クローンDKFZp762N156由来)、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有1、PDDC1)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9、MRPS9)、229830_at (転写される遺伝子座)、230683_at (CDNA: FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、238185_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート、RERE)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム1、C18orf1)、244208_at (チェックポイント抑制因子1、CHES1)、244494_at (ジンクフィンガー、DHHC−型含有1、ZDHHC1)及び244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26、ARHGAP26)の遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを含む組成物を患者の生物学的試料中で同定するステップと、各試料で各成分遺伝子の同定確率を評価するステップと、それぞれをクラスに割り当てるステップと、心疾患又は心筋症を予測するステップとを含むことを特徴とする、心疾患の予後の結果又は心不全からの回復を予測する方法。
【請求項46】
前記遺伝子配列は、正常な細胞又は正常な被験者と比較して、少なくとも約20%過剰発現されることを特徴とする、請求項45に記載の方法。
【請求項47】
1558458_at (仮想 LOC401320)、1560049_at (CUGトリプレットリピート、RNA結合タンパク質2、CUGBP2)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5、RBM5)、201655_s_at (ヘパラン硫酸プロテオグリカン2 (パールカン(perlecan))、HSPG2)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列、NKTR)、202808_at、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン (Ig)、短い塩基性ドメイン、分泌型、(セマフォリン) 3B、SEMA3B)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、203981_s_at (ATP−結合カセット、サブ−ファミリーD (ALD)、メンバー4、 ABCD4)、204737_s_at (ミオシン、重鎖6、ミオシン、重鎖7、MYH6 /// MYH7)、204978_at (スプライシング因子、富アルギニン/セリン−16、SFRS16)、206209_s_at (炭酸脱水酵素IV、CA4)、207541_s_at (エキソソーム成分10、EXOSC10)、207798_s_at (アタキシン2―様、ATXN2L)、208978_at (富システイン−タンパク質2、CRIP2)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14 TNFRSF14)、210628_x_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質4、LTBP4)、211909_x_at (プロスタグランジンE受容体3 (サブタイプEP3)、PTGER3)、211996_at (KIAA0220―様タンパク質、核膜孔複合体(LOC23117)、212487_at (Gパッチドメイン含有8、GPATCH8)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、OBSL1)、214951_at (電解質運搬体ファミリー26、メンバー10、SLC26A10)、220219_s_at (富ロイシンリピート含有37A、LRRC37A)、221071_at、221780_s_at (DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp)ボックスポリペプチド27DDX27)、221806_s_at (SETドメイン含有5、SETD5)、221833_at (Lonペプチダーゼ2、ペルオキシソ−ム、LONP2)、223546_x_at (LUC7−様 (S. cerevisiae)、LUC7L)、224260_at (CDNA クローン IMAGE:4478733)、225562_at (AS p21タンパク質アクチベーター3、RASA3)、226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (クローンDKFZp762N156由来)、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有1、PDDC1)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9、MRPS9)、229830_at (転写される遺伝子座)、230683_at (CDNA: FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、238185_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート、RERE)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム1、C18orf1)、244208_at (チェックポイント抑制因子1、CHES1)、244494_at (ジンクフィンガー、DHHC−型含有1、ZDHHC1)及び244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26、ARHGAP26)を含む遺伝子配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とを同定するステップと、各試料で各成分遺伝子の同定確率を評価するステップと、それぞれをクラスに割り当てるステップと、心疾患の高リスク患者と、回復の予後が良好な患者とを同定し、かつ、これらを区別するステップとを含むことを特徴とする、心疾患の高リスク患者と、回復の予後が良好な患者とを同定し、かつ、これらを区別する方法。
【請求項48】
232669_at (低酸素誘導因子3、アルファサブユニット)、214951_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー10)、243482_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、226210_s_at (母性発現遺伝子(maternally expressed)3)、232159_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、233026_s_at (PDZドメイン含有(PDZ domain containing))、211996_s_at (KIAA0220−様タンパク質の仮想遺伝子LOC 283846)、243774_at (ムチン20、細胞表面関連)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム)、244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26)、244208_at (チェックポイント抑制因子1)、239984_at (ナトリウムチャネル、電位開口型、7型、アルファ)、230683_at (CDNA:FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、214869_at (アポリポプロテインL、6)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート)、235887_at (Smg−6 ホモログ、ナンセンス変異介在型mRNA分解因子(nonsense mediated mRNA decay factor)(C. elegans))、229957_at (膜貫通タンパク質91)、223546_x_at (LUC7L−様(S. cerevisiae))、239567_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質10)、242194_at (カリン(Cullin)4A)、1558525_at (仮想タンパク質LOC283901)、227178_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列)、224260_at (CDNA クローン)、238643_at (神経芽細胞腫、腫瘍形成能抑制(suppression of tumorigenicity)1)、232253_at (RAD50ホモログ(S. cerevisiae))、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有(Parkinson disease 7 domain containing)1)、233197_at (ケルチ(kelch)−様9(Drosophila))、244512_at (XP_0010813421に非常に類似した転写される遺伝子座)、233443_at (仮想タンパク質LOC389362)、231275_at (FLJ42875タンパク質)、226419_s_at (仮想タンパク質LOC64546)、201221_s_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14)、226571_s_at (タンパク質チロシンホスファターゼ受容体S型)、220728_at (EST)、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン(Ig)、短い塩基性ドメイン)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、チチンアイソフォームN2−Bに類似)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1)、223147_s_at (WDリピートドメイン33)、213773_x_at (NOL/NOP2/Sunドメインファミリー、メンバー5)、1560049_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、243974_at (CDNAクローンIMAGE:4821815)、201510_at E74−様因子3 (etsドメイン転写因子、上皮特異的)の核酸配列又はこれらの生産物うち、いずれか1種類又は2種類以上を発現することを特徴とする、細胞。
【請求項49】
232669_at (低酸素誘導因子3、アルファサブユニット)、214951_at (電解質運搬体(solute carrier)ファミリー26、メンバー10)、243482_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、226210_s_at (母性発現遺伝子(maternally expressed)3)、232159_at (上皮増殖因子受容体経路基質15−様1)、233026_s_at (PDZドメイン含有(PDZ domain containing))、211996_s_at (KIAA0220−様タンパク質の仮想遺伝子LOC 283846)、243774_at (ムチン20、細胞表面関連)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム)、244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26)、244208_at (チェックポイント抑制因子1)、239984_at (ナトリウムチャネル、電位開口型、7型、アルファ)、230683_at (CDNA:FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、214869_at (アポリポプロテインL、6)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート)、235887_at (Smg−6 ホモログ、ナンセンス変異介在型mRNA分解因子(nonsense mediated mRNA decay factor)(C. elegans))、229957_at (膜貫通タンパク質91)、223546_x_at (LUC7L−様(S. cerevisiae))、239567_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質10)、242194_at (カリン(Cullin)4A)、1558525_at (仮想タンパク質LOC283901)、227178_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列)、224260_at (CDNA クローン)、238643_at (神経芽細胞腫、腫瘍形成能抑制(suppression of tumorigenicity)1)、232253_at (RAD50ホモログ(S. cerevisiae))、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有(Parkinson disease 7 domain containing)1)、233197_at (ケルチ(kelch)−様9(Drosophila))、244512_at (XP_0010813421に非常に類似した転写される遺伝子座)、233443_at (仮想タンパク質LOC389362)、231275_at (FLJ42875タンパク質)、226419_s_at (仮想タンパク質LOC64546)、201221_s_at (核内低分子リボヌクレオタンパク質70kDaポリペプチド)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14)、226571_s_at (タンパク質チロシンホスファターゼ受容体S型)、220728_at (EST)、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン(Ig)、短い塩基性ドメイン)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、チチンアイソフォームN2−Bに類似)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1)、223147_s_at (WDリピートドメイン33)、213773_x_at (NOL/NOP2/Sunドメインファミリー、メンバー5)、1560049_at (CUG トリプレットリピート、RNA結合タンパク質2)、243974_at (CDNAクローンIMAGE:4821815)、201510_at E74−様因子3 (etsドメイン転写因子、上皮特異的)の核酸産物と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とのうち、いずれか1種類又は2種類以上を発現することを特徴とする、ベクター。
【請求項50】
1558458_at (仮想 LOC401320)、1560049_at (CUGトリプレットリピート、RNA結合タンパク質2、CUGBP2)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5、RBM5)、201655_s_at (ヘパラン硫酸プロテオグリカン2 (パールカン(perlecan))、HSPG2)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列、NKTR)、202808_at、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン (Ig)、短い塩基性ドメイン、分泌型、(セマフォリン) 3B、SEMA3B)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、203981_s_at (ATP−結合カセット、サブ−ファミリーD (ALD)、メンバー4、 ABCD4)、204737_s_at (ミオシン、重鎖6、ミオシン、重鎖7、MYH6 /// MYH7)、204978_at (スプライシング因子、富アルギニン/セリン−16、SFRS16)、206209_s_at (炭酸脱水酵素IV、CA4)、207541_s_at (エキソソーム成分10、EXOSC10)、207798_s_at (アタキシン2―様、ATXN2L)、208978_at (富システイン−タンパク質2、CRIP2)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14 TNFRSF14)、210628_x_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質4、LTBP4)、211909_x_at (プロスタグランジンE受容体3 (サブタイプEP3)、PTGER3)、211996_at (KIAA0220―様タンパク質、核膜孔複合体(LOC23117)、212487_at (Gパッチドメイン含有8、GPATCH8)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、OBSL1)、214951_at (電解質運搬体ファミリー26、メンバー10、SLC26A10)、220219_s_at (富ロイシンリピート含有37A、LRRC37A)、221071_at、221780_s_at (DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp)ボックスポリペプチド27DDX27)、221806_s_at (SETドメイン含有5、SETD5)、221833_at (Lonペプチダーゼ2、ペルオキシソ−ム、LONP2)、223546_x_at (LUC7−様 (S. cerevisiae)、LUC7L)、224260_at (CDNA クローン IMAGE:4478733)、225562_at (AS p21タンパク質アクチベーター3、RASA3)、226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (クローンDKFZp762N156由来)、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有1、PDDC1)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9、MRPS9)、229830_at (転写される遺伝子座)、230683_at (CDNA: FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、238185_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート、RERE)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム1、C18orf1)、244208_at (チェックポイント抑制因子1、CHES1)、244494_at (ジンクフィンガー、DHHC−型含有1、ZDHHC1)及び244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26、ARHGAP26)を含む核酸配列又はこれらの生産物と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とのうち、いずれか1種類又は2種類以上を発現することを特徴とする、細胞。
【請求項51】
1558458_at (仮想 LOC401320)、1560049_at (CUGトリプレットリピート、RNA結合タンパク質2、CUGBP2)、201394_s_at (RNA結合モチーフタンパク質5、RBM5)、201655_s_at (ヘパラン硫酸プロテオグリカン2 (パールカン(perlecan))、HSPG2)、202379_s_at (ナチュラルキラー−腫瘍認識配列、NKTR)、202808_at、203071_at (セマ(sema)ドメイン、免疫グロブリンドメイン (Ig)、短い塩基性ドメイン、分泌型、(セマフォリン) 3B、SEMA3B)、203748_x_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、203981_s_at (ATP−結合カセット、サブ−ファミリーD (ALD)、メンバー4、 ABCD4)、204737_s_at (ミオシン、重鎖6、ミオシン、重鎖7、MYH6 /// MYH7)、204978_at (スプライシング因子、富アルギニン/セリン−16、SFRS16)、206209_s_at (炭酸脱水酵素IV、CA4)、207541_s_at (エキソソーム成分10、EXOSC10)、207798_s_at (アタキシン2―様、ATXN2L)、208978_at (富システイン−タンパク質2、CRIP2)、209354_at (腫瘍壊死因子受容体ファミリーメンバー14 TNFRSF14)、210628_x_at (潜在型トランスフォーミング増殖因子ベータ結合タンパク質4、LTBP4)、211909_x_at (プロスタグランジンE受容体3 (サブタイプEP3)、PTGER3)、211996_at (KIAA0220―様タンパク質、核膜孔複合体(LOC23117)、212487_at (Gパッチドメイン含有8、GPATCH8)、213946_s_at (オブスキュリン−様1、OBSL1)、214951_at (電解質運搬体ファミリー26、メンバー10、SLC26A10)、220219_s_at (富ロイシンリピート含有37A、LRRC37A)、221071_at、221780_s_at (DEAD (Asp−Glu−Ala−Asp)ボックスポリペプチド27DDX27)、221806_s_at (SETドメイン含有5、SETD5)、221833_at (Lonペプチダーゼ2、ペルオキシソ−ム、LONP2)、223546_x_at (LUC7−様 (S. cerevisiae)、LUC7L)、224260_at (CDNA クローン IMAGE:4478733)、225562_at (AS p21タンパク質アクチベーター3、RASA3)、226040_at (MRNA; cDNA DKFZp762N156 (クローンDKFZp762N156由来)、227968_at (パーキンソン病7ドメイン含有1、PDDC1)、228198_s_at (ミトコンドリアリボソームタンパク質S9、MRPS9)、229830_at (転写される遺伝子座)、230683_at (CDNA: FLJ20892 fis、クローン ADKA03430)、238185_at (RNA結合モチーフ、1本鎖相互作用タンパク質1、RBMS1)、241597_at (アルギニン−グルタミン酸ジペプチド(RE)リピート、RERE)、242551_at (染色体18オープンリーディングフレーム1、C18orf1)、244208_at (チェックポイント抑制因子1、CHES1)、244494_at (ジンクフィンガー、DHHC−型含有1、ZDHHC1)及び244548_at (Rho GTPアーゼ活性化タンパク質26、ARHGAP26)を含む核酸配列と、これらの相補配列、断片、対立遺伝子、変異体及び遺伝子産物とのうち、いずれか1種類又は2種類以上を発現することを特徴とする、ベクター。


【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図1】
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【公表番号】特表2010−525822(P2010−525822A)
【公表日】平成22年7月29日(2010.7.29)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−506649(P2010−506649)
【出願日】平成20年5月1日(2008.5.1)
【国際出願番号】PCT/US2008/062281
【国際公開番号】WO2008/137586
【国際公開日】平成20年11月13日(2008.11.13)
【出願人】(306036668)ユニバーシティ オブ マイアミ (10)
【Fターム(参考)】