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最適化されたスキャフォールドを備えた結合ポリペプチド
説明

最適化されたスキャフォールドを備えた結合ポリペプチド

本発明は、増大した折り畳み安定性を有する変異体重鎖可変ドメイン(VH)を提供する。複数のこれらポリペプチドを含むライブラリーもまた提供される。加えて、これらのポリペプチド及びライブラリーを作製し使用する組成物及び方法が提供される。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
抗体可変ドメインが天然に生じる抗体可変ドメインと比較して一又は複数のアミノ酸変異を含み、該一又は複数のアミノ酸変異が抗体可変ドメインの安定性を増大させる単離抗体可変ドメイン。
【請求項2】
抗体可変ドメインが重鎖抗体可変ドメインである請求項1に記載の抗体可変ドメイン。
【請求項3】
単離重鎖抗体可変ドメインがVH3サブグループのものである請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項4】
単離重鎖抗体可変ドメインの増大した安定性が、単離重鎖抗体可変ドメインの凝集の減少によって測定される請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項5】
単離重鎖抗体可変ドメインの増大した安定性が、単離重鎖抗体可変ドメインのTの増加によって測定される請求項2に記載の単離された重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項6】
該一又は複数のアミノ酸変異が、軽鎖可変ドメインとの相互作用の原因である単離重鎖抗体可変ドメイン部分の親水性を増大させる請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項7】
該一又は複数のアミノ酸変異が、アミノ酸位置35、37、45、47、及び93−102の変異から選択される請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項8】
アミノ酸位置35がアラニンであり、アミノ酸位置45がバリンであり、アミノ酸位置47がメチオニンであり、アミノ酸位置93がスレオニンであり、アミノ酸位置94がセリンであり、アミノ酸位置95がリジンであり、アミノ酸残基96がリジンであり、アミノ酸残基97がリジンであり、アミノ酸残基98がセリンであり、アミノ酸位置99がセリンであり、アミノ酸位置100がプロリンであり、アミノ酸位置100aがイソロイシンである請求項7に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項9】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号28及び54を含むアミノ酸配列を有している請求項8に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項10】
アミノ酸位置35がグリシンであり、アミノ酸位置45がチロシンであり、アミノ酸位置93がアルギニンであり、アミノ酸位置94がスレオニンであり、アミノ酸位置95がフェニルアラニンであり、アミノ酸位置96がスレオニンであり、アミノ酸位置97がスレオニンであり、アミノ酸位置98がアスパラギンであり、アミノ酸位置99がセリンであり、アミノ酸位置100がリジンであり、アミノ酸位置100aがリジンである請求項9に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項11】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号26及び52を含むアミノ酸配列を有している請求項10に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項12】
アミノ酸位置35がセリンであり、アミノ酸位置37がアラニンであり、アミノ酸位置45がメチオニンであり、アミノ酸位置47がセリンであり、アミノ酸位置93がバリンであり、アミノ酸位置94がスレオニンであり、アミノ酸位置95がグリシンであり、アミノ酸位置96がアスパラギンであり、アミノ酸位置97アルギニンであり、アミノ酸位置98がスレオニンであり、アミノ酸位置99がロイシンであり、アミノ酸位置100がリジンであり、アミノ酸位置100aがリジンである請求項7に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項13】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号31及び57を含むアミノ酸配列を有している請求項12に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項14】
アミノ酸位置35がセリンであり、アミノ酸位置45がアルギニンであり、アミノ酸位置47がグルタミン酸であり、アミノ酸位置93がイソロイシンであり、アミノ酸位置95がリジンであり、アミノ酸位置96がロイシンであり、アミノ酸位置97がスレオニンであり、アミノ酸位置98がアスパラギンであり、アミノ酸位置99がアルギニンであり、アミノ酸位置100がセリンであり、アミノ酸位置100aがアルギニンである請求項7に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項15】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号39及び65を含むアミノ酸配列を有している請求項14に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項16】
アミノ酸位置35のアミノ酸が小アミノ酸である請求項6に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項17】
小アミノ酸がグリシン、アラニン、及びセリンから選択される請求項16に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項18】
アミノ酸位置37のアミノ酸が疎水性アミノ酸である請求項6に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項19】
疎水性アミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン、及びチロシンから選択される請求項18に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項20】
アミノ酸位置45のアミノ酸が疎水性アミノ酸である請求項6に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項21】
疎水性アミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン、及びチロシンから選択される請求項20に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項22】
アミノ酸位置35がグリシン及びアラニンから選択され、アミノ酸位置47がトリプトファン及びメチオニンから選択される請求項6に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項23】
アミノ酸位置35がセリンであり、アミノ酸位置47がフェニルアラニン及びグルタミン酸から選択される請求項6に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項24】
該一又は複数のアミノ酸変異がアミノ酸位置35、37、39、44、45、47、50、91、93−100b、103、及び105の変異から選択される請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項25】
アミノ酸位置35がグリシンであり、アミノ酸位置39がアルギニンであり、アミノ酸位置45がグルタミン酸であり、アミノ酸位置50がセリンであり、アミノ酸位置93がアルギニンであり、アミノ酸位置94がセリンであり、アミノ酸位置95がロイシンであり、アミノ酸位置96がスレオニンであり、アミノ酸位置97がスレオニンであり、アミノ酸位置99がセリンであり、アミノ酸位置100がリジンであり、アミノ酸位置100aがスレオニンでありアミノ酸位置103がアルギニンである請求項24に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項26】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号139及び215を含むアミノ酸配列を有している請求項25に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項27】
アミノ酸位置39、45、及び50の何れかのアミノ酸が親水性アミノ酸である請求項6に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項28】
アミノ酸位置39、45、及び50のアミノ酸の各々が親水性アミノ酸である請求項6に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項29】
アミノ酸位置39がアルギニンであり、アミノ酸位置45がグルタミン酸であり、アミノ酸位置50がセリンである請求項28に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項30】
アミノ酸位置39、45、及び50のアミノ酸の各々が親水性アミノ酸である請求項22又は23に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項31】
アミノ酸位置39がアルギニンであり、アミノ酸位置45がグルタミン酸であり、アミノ酸位置50がセリンである請求項22又は23に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項32】
アミノ酸位置37、44、及び91が野生型である請求項6に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項33】
単離重鎖抗体可変ドメインがCDR−H3の各アミノ酸位置の置換に許容性である請求項6に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項34】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号26を含むアミノ酸配列を有している請求項33に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項35】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号139を含むアミノ酸配列を有している請求項33に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項36】
該一又は複数のアミノ酸変異がアミノ酸位置35、37、39、44、45、47、50、及び91の変異から選択される請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項37】
アミノ酸位置35のアミノ酸がグリシン、アラニン、セリン、及びグルタミン酸から選択され;アミノ酸位置39のアミノ酸がグルタミン酸であり;アミノ酸位置50のアミノ酸がグリシン及びアルギニンから選択され、アミノ酸位置37、44、47、及び91のアミノ酸が野生型である請求項36に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項38】
アミノ酸位置35のアミノ酸がグリシンであり、アミノ酸位置37のアミノ酸が疎水性アミノ酸であり;アミノ酸位置39のアミノ酸がアルギニンであり;アミノ酸位置44のアミノ酸が小アミノ酸であり;アミノ酸位置45のアミノ酸がグルタミン酸であり;アミノ酸位置47のアミノ酸がロイシン、バリン、及びアラニンから選択され;アミノ酸位置50のアミノ酸がセリン及びアルギニンから選択され;アミノ酸位置91のアミノ酸が疎水性アミノ酸である請求項36に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項39】
配列番号26を含むアミノ酸を有する請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項40】
配列番号139を含むアミノ酸を有する請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項41】
アミノ酸位置35に変異を更に含む請求項40に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項42】
アミノ酸位置35のアミノ酸がグリシン、セリン及びアスパラギン酸から選択される請求項41に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項43】
アミノ酸位置39に変異を更に含む請求項40に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項44】
アミノ酸位置39のアミノ酸がアスパラギン酸である請求項43に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項45】
アミノ酸位置47に変異を更に含む請求項40に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項46】
アミノ酸位置47のアミノ酸がアラニン、グルタミン酸、ロイシン、スレオニン、及びバリンから選択される請求項45に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項47】
アミノ酸位置47と別のアミノ酸位置に変異を更に含む請求項40に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項48】
アミノ酸位置47のアミノ酸がグルタミン酸であり、アミノ酸位置35のアミノ酸がセリンである請求項47に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項49】
アミノ酸位置47のアミノ酸がロイシンであり、アミノ酸位置37のアミノ酸がセリン及びスレオニンから選択される請求項47に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項50】
アミノ酸位置47のアミノ酸がロイシンであり、アミノ酸位置39のアミノ酸がセリン、スレオニン、リジン、ヒスチジン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸から選択される請求項47に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項51】
アミノ酸位置37のアミノ酸がロイシンであり、アミノ酸位置45のアミノ酸がセリン、スレオニン、及びヒスチジンから選択される請求項47に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項52】
アミノ酸位置37のアミノ酸がロイシンであり、アミノ酸位置103のアミノ酸がセリン及びスレオニンから選択される請求項47に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項53】
アミノ酸位置35のアミノ酸がグリシンであり;アミノ酸位置39のアミノ酸がアルギニンであり;アミノ酸位置45のアミノ酸がグルタミン酸であり;アミノ酸位置47のアミノ酸がロイシンであり;アミノ酸位置50のアミノ酸がセリンである請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項54】
アミノ酸位置37にセリンを更に含む請求項53に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項55】
アミノ酸位置35のアミノ酸がグリシンであり;アミノ酸位置39のアミノ酸がアルギニンであり;アミノ酸位置45のアミノ酸がグルタミン酸であり;アミノ酸位置47のアミノ酸がロイシンであり;アミノ酸位置50のアミノ酸がアルギニンである請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項56】
アミノ酸位置37のアミノ酸がセリンであり;アミノ酸位置47のアミノ酸がロイシンであり;アミノ酸位置50のアミノ酸がアルギニンであり;アミノ酸位置103のアミノ酸がセリン及びアルギニンから選択される請求項2に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項57】
アミノ酸位置103のアミノ酸がセリンである請求項56に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項58】
アミノ酸位置103のアミノ酸がアルギニンである請求項56に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項59】
アミノ酸位置35、39、又は45に一又は複数の変異を更に含む請求項56から58の何れか一項に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項60】
アミノ酸位置35のアミノ酸がグリシンであり、アミノ酸位置39のアミノ酸がアルギニンであり、アミノ酸位置45のアミノ酸がグルタミン酸である請求項59に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項61】
請求項1から60の単離重鎖抗体可変ドメインの何れかをコードするポリヌクレオチド。
【請求項62】
請求項60に記載のポリヌクレオチドを含む複製可能な発現ベクター。
【請求項63】
請求項62に記載の複製可能な発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項64】
複数のベクターが複数の抗体可変ドメインをコードする請求項63に記載のベクターライブラリー。
【請求項65】
少なくとも一の単離重鎖抗体可変ドメインを含み、該少なくとも一の単離重鎖抗体可変ドメインが請求項1から60の何れか一項に記載の抗体可変ドメインから選択される組成物。
【請求項66】
単離重鎖抗体可変ドメインが請求項1から60の何れか一項に記載の抗体可変ドメインから選択される、複数の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項67】
各単離重鎖抗体可変ドメインが、CDR−H1、CDR−H2、及びCDR−H3から選択される少なくとも一の相補性決定領域(CDR)に一又は複数のアミノ酸を含む請求項66に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項68】
複数の単離重鎖抗体可変ドメインを生成させる方法であって、野生型重鎖抗体可変ドメインと比較して重鎖抗体可変ドメインの一又は複数のフレームワーク領域を変異させることを含み、該一又は複数のアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法。
【請求項69】
単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法であって、野生型重鎖抗体可変ドメインと比較して単離重鎖抗体可変ドメインの一又は複数のフレームワークアミノ酸を変異させることを含み、該一又は複数のフレームワークアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法。

【図1A】
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【図1B】
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【図2】
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【図3】
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【図4A】
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【図4B】
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【図5】
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【図6A】
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【図6B】
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【図6C】
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【図6D】
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【図7】
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【図8】
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【図9A】
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【図9B】
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【図9C】
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【図9D】
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【図10A】
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【図10B】
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【図11】
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【図12】
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【図13】
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【図14】
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【図15A】
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【図15B】
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【図15C】
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【図16A】
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【図16B】
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【図17A】
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【図17B】
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【図17C】
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【図17D】
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【図18】
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【図19】
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【図20A】
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【図20B】
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【図21】
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【図22】
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【図23】
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【図24A】
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【図24B】
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【図25A】
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【図25B】
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【図25C】
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【図25D】
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【図25E】
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【図25F】
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【図26A】
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【図26B】
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【図26C】
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【図26D】
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【図26E】
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【図26F】
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【図26G】
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【図26H】
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【図27A】
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【図27B】
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【図27C】
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【図27D】
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【図28A】
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【図28B】
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【図28C】
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【図29A】
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【図29B】
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【図29C】
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【図30A】
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【図30B】
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【図30C】
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【公表番号】特表2009−536527(P2009−536527A)
【公表日】平成21年10月15日(2009.10.15)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−510145(P2009−510145)
【出願日】平成19年5月8日(2007.5.8)
【国際出願番号】PCT/US2007/068469
【国際公開番号】WO2007/134050
【国際公開日】平成19年11月22日(2007.11.22)
【出願人】(596168317)ジェネンテック・インコーポレーテッド (372)
【氏名又は名称原語表記】GENENTECH,INC.
【Fターム(参考)】