【課題】染色体異常を検出するに当たり、複数の座の遺伝子再配列を同時に検出する。
【解決手段】 各疑わしい遺伝子再配列を含む領域における標的染色体物質の座位に各々が相補的である標識された異種の核酸断片の混合物からなる高度コンプレッキシティ核酸プローブを使用して、インシトゥ ハイブリダイゼーションを行い、隣接する遺伝子症候群を検出する。核酸プローブは、隣接する遺伝子症候群の複数の成分の特性を示す核酸配列に実質的に相同である配列からなる。疑わしい遺伝学的異常としては、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、ダウン症候群が検出される。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
染色体の一部におけるＤＮＡ配列のコピー数の増加を検出するために標的染色体ＤＮＡを染色する方法であって、下記の工程を含む方法；
ａ）検出が所望される染色体の第１の部分に実質的に相補的である非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一混合物を含む第１のプローブを供する工程であって、非反復配列を有する標識された核酸断片は第１標識で標識されており約４０キロベース（ｋｂ）から１０メガベース（Ｍｂ）のコンプレキシティを有する、工程、
ｂ）標的染色体ＤＮＡにハイブリダイズするプローブの検出を可能にするために、インシトゥ ハイブリダイゼーションにおいて該プローブと標的染色体ＤＮＡとを用いる工程であって、標的染色体ＤＮＡは、インシトゥ ハイブリダイゼーションの際に形態学的に確認可能な細胞核中に存在する間期ＤＮＡである、工程、および
ｃ）標的染色体ＤＮＡにおいてＤＮＡ配列のコピー数の増加が起こっているかどうかを決定するためにハイブリダイズしたプローブを検出する工程。
【請求項２】
染色体の第２の部分に実質的に相補的である標識された核酸断片を含む第２のプローブを供する工程であって、当該第２の部分は染色体の第１の部分とは異なり、該標識された核酸断片は第２標識で標識されており、該第２標識は第１標識とは異なる工程をさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
染色体の一部におけるＤＮＡ配列のコピー数の減少を検出するために標的染色体ＤＮＡを染色する方法であって、下記の工程を含む方法；
ａ）以下ｉ）およびｉｉ）のプローブを供する工程：
ｉ）検出が所望される染色体の第１の部分に実質的に相補的である非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一混合物を含む第１のプローブであって、非反復配列を有する標識された核酸断片は第１標識で標識されており約４０キロベース（ｋｂ）から１０メガベース（Ｍｂ）のコンプレキシティを有する、プローブ、および
ｉｉ）染色体の第２の部分に実質的に相補的である標識された核酸断片を含む第２のプローブであって、当該第２の部分は染色体の第１の部分とは異なり、該標識された核酸断片は第２標識で標識されており、該第２標識は第１標識とは異なる、プローブ、
ｂ）染色体ＤＮＡにハイブリダイズするプローブの検出を可能にするために、インシトゥ ハイブリダイゼーションにおいて該プローブと標的染色体ＤＮＡとを用いる工程、および
ｃ）標的染色体ＤＮＡにおいてＤＮＡ配列のコピー数の減少が起こっているかどうかを決定するためにハイブリダイズしたプローブを検出する工程。
【請求項４】
標的染色体ＤＮＡがインシトゥ ハイブリダイゼーションの際に形態学的に確認可能な細胞核中に存在する間期ＤＮＡである、請求項３記載の方法。
【請求項５】
第１の部分が染色体１〜２２、ＸおよびＹから選択されるヒト染色体の一部を含む、請求項１または３記載の方法。
【請求項６】
第１の部分が第２１染色体の一部を含む、請求項１記載の方法。
【請求項７】
第１の部分が網膜芽腫遺伝子を含む、請求項３記載の方法。
【請求項８】
第１のプローブの非反復配列を有する標識された核酸断片が、少なくとも約５０キロベース（ｋｂ）のコンプレキシティを有する、請求項１または３記載の方法。
【請求項９】
第１のプローブの非反復配列を有する標識された核酸断片が、ＹＡＣ、コスミドまたはプラスミド由来の核酸を含む、請求項１または３記載の方法。
【請求項１０】
第２のプローブの標識された核酸断片が、非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一な混合物を含む、請求項２または３記載の方法。
【請求項１１】
第２の部分が染色体特異的な反復配列を有する、請求項２または３記載の方法。
【請求項１２】
染色体特異的な反復配列が動原体配列である、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
染色体特異的な反復配列がアルファサテライト配列である、請求項１１記載の方法。
【請求項１４】
標識の一方あるいは両方ともが蛍光標識を含む、請求項１または３記載の方法。
【請求項１５】
標識の一方あるいは両方ともが免疫化学標識を含む、請求項１または３記載の方法。
【請求項１６】
一方の標識がビオチンを含む、請求項１または３記載の方法。
【請求項１７】
ａ）検出が所望される染色体の第１の部分に実質的に相補的である非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一混合物を含む第１のプローブであって、非反復配列を有する標識された核酸断片は第１標識で標識されており少なくとも約４０キロベース（ｋｂ）のコンプレキシティを有する、プローブ、および
ｂ）染色体の第２の部分（当該部分は染色体の第１の部分とは異なる）に実質的に相補的である標識された核酸断片を含む第２のプローブであって、該標識された核酸断片は第２標識で標識されており、該第２標識は第１標識とは異なる、プローブ
を含む、染色体の一部におけるＤＮＡ配列のコピー数の増加あるいは減少を検出するための染色体ＤＮＡを染色するためのテストキット。
【請求項１８】
第１の部分が染色体１〜２２、ＸおよびＹから選択されるヒト染色体の一部を含む、請求項１７記載のキット。
【請求項１９】
第１の部分が第２１染色体の一部を含む、請求項１７記載のキット。
【請求項２０】
第１の部分が網膜芽腫遺伝子を含む、請求項１７記載のキット。
【請求項２１】
第１のプローブの非反復配列を有する標識された核酸断片が、少なくとも約５０キロベース（ｋｂ）のコンプレキシティを有する、請求項１７記載のキット。
【請求項２２】
第１のプローブの非反復配列を有する標識された核酸断片が、ＹＡＣ、コスミドまたはプラスミド由来の核酸を含む、請求項１７記載のキット。
【請求項２３】
第２のプローブの標識された核酸断片が、非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一な混合物を含む、請求項１７記載のキット。
【請求項２４】
第２の部分が染色体特異的な反復配列を有する、請求項１７記載のキット。
【請求項２５】
染色体特異的な反復配列が動原体配列である、請求項２４記載のキット。
【請求項２６】
染色体特異的な反復配列がアルファサテライト配列である、請求項２４記載のキット。
【請求項２７】
標識の一方あるいは両方ともが蛍光標識を含む、請求項１７記載のキット。
【請求項２８】
標識の一方あるいは両方ともが免疫化学標識を含む、請求項１７記載のキット。

【図７】

【図８】

【図１１Ａ】

【図１１Ｂ】

【図１１Ｃ】

【図１１Ｄ】

【図１１Ｅ】

【図１１Ｆ】

【図１Ａ】

【図１Ｂ】

【図１Ｃ】

【図２Ａ】

【図２Ｂ】

【図３】

【図４Ａ】

【図４Ｂ】

【図４Ｃ】

【図４Ｄ】

【図４Ｅ】

【図４Ｆ】

【図４Ｇ】

【図４Ｈ】

【図５】

【図６】

【図９Ａ】

【図９Ｂ】

【図９Ｃ】

【図９Ｄ】

【図９Ｅ】

【図９Ｆ】

【図１０】

【図１２】

【公開番号】特開２００８−２８３９８９（Ｐ２００８−２８３９８９Ａ）
【公開日】平成２０年１１月２７日（２００８．１１．２７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−２０７３８３（Ｐ２００８−２０７３８３）
【出願日】平成２０年８月１１日（２００８．８．１１）
【分割の表示】特願２００５−２０７８４０（Ｐ２００５−２０７８４０）の分割
【原出願日】平成２年８月２１日（１９９０．８．２１）
【出願人】（５９２１１０６４６）ザ　リージェンツ　オブ　ザ　ユニバーシティ　オブ　カリフォルニア (11)
【Ｆターム（参考）】