説明

核酸分析装置

【課題】ノズルと試薬注入口との相対位置のずれによる不具合を解消した核酸分析装置を提供する。
【解決手段】解析対象の核酸を有するフローセル102と、フローセルを支持するスライドテーブル107と、フローセル102へ試薬を吸引及び/又は吐出するノズルと、ノズルを移動させるアームと、フローセルを温調する温調機構と、フローセル上の反応の画像を取得する検出器と、試薬を保持する試薬ラックと、を有し、ノズルの位置を検知するセンサ307,308を備えている。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、DNAシーケンサ内でノズルと試薬注入口へのずれを、検出する核酸分析装置に関する。
【背景技術】
【0002】
1990年から2005年の間に30億ドルの予算を投じたヒトゲノム計画では、解読が最も容易な部分(全体の93%)を予定よりも2〜3年早く読み取ることができ、非特許文献1にみられるように解読に必要な技術や方法を遺産として残した。そうした技術はその後もさらに改良が進み、今日では約2000万ドル($2×107)程度で、実用に耐えられる精度でのゲノム解読が可能になった。それでもなお、この金額では大規模な塩基配列解読ができるのは、専門の解読センターか、巨額の予算を得た大きな研究プロジェクトに限られる。しかし、配列決定のコストが下がれば、より大量のゲノムを多数扱うことができる。例えば患者と健常者のゲノムの比較が可能となり、結果としてゲノム情報の価値の向上が期待される。非特許文献2にみられるようにこのような基礎的データの取得は将来のテーラーメード医療への発展に大きく寄与することが予想される。
【0003】
上述した状況の下、米国立衛生研究所(NIH)が資金援助している「革新的ゲノム配列決定技術」のための2つのプログラムは、2009年までにヒトゲノム解読1人分で10万ドル($1×105)、そしてそれを2014年までに1000ドル($1×103)にすることを目標としている。いわゆる「1000ドルゲノム」解読技術の開発である。
【0004】
既に非特許文献3にみられるように454Life Science社,Solexa社およびAB社の3社の次世代シーケンサが商品化されている。これらの技術は既に従来技術の1/10〜1/100のコストを達成している。また、1回の解析により計測可能な塩基数も109オーダーを達成している。医療現場において個人レベルのゲノム配列解読がルーチン・ワークとなるためにはコストと高スループット化の両方が必要になる。したがって低コストかつ高スループットを実現する装置が次世代シーケンサに求められる。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0005】
【特許文献1】特表2008−528040号公報
【非特許文献】
【0006】
【非特許文献1】Nature Reviews,vol5,pp335,2004
【非特許文献2】『ヒトゲノム完全解読から「ヒト」理解へ』、pp253、服部正平、東洋書店、2005
【非特許文献3】Nature,vol.449,pp627,2007
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0007】
従来の装置では、チューブを通して試薬をフローセルに注入していたため、反応に不要な試薬量(デッドボリューム)がチューブの流路分あり、試薬のコストがかかっていた。これを打開する方法の一つとしてシリンジを用いてフローセルに試薬を直接注入するダイレクトインジェクション方式がある。この方式を採用することにより、デッドボリュームがなくなり、試薬注入時間も短縮され、低コスト化かつスループットの向上が実現する。
【0008】
ダイレクトインジェクション方式では、ノズルと試薬挿入口の相対位置が一定である必要がある。ノズルがアクセスする試薬挿入口には下記の2つがある。
(1)筐体上の反応用試薬ラック
(2)ステージ上のフローセルへの注入口
【0009】
(1)はフローセルへ注入する試薬を準備する試薬ラックであり、ノズルが移動する筐体上に存在する。しかし、筐体自身のゆがみやノズルを固定しているガイド部分の経時変化、さらにはユーザーなどのアクセスによるノズル先端の曲がりにより、時間と共に出荷時の相対位置とずれてきてしまう。
【0010】
(2)はステージ上にあるフローセル上の試薬挿入口である。DNAシーケンサでは、フローセルはXY方向に駆動するステージ上にのっている。蛍光検出装置の解析速度を上げるため、検出対象のスライドガラスは、設置された駆動部分の動きに合わせて検出器の検出範囲を高速で移動する。この際、検出する画像の精度を上げるためには、検出対象のスライドガラスは振動しないようにする必要があり、ステージは床からの振動を排除するため、除振ゴム上にのっており、シリンジが駆動する筐体部分と切り離している。これにより、(1)での相対位置ずれの原因に加えて、ゴムの経時変化、ステージの位置再現性の劣化などがあげられる。
【0011】
ノズルと試薬挿入口の相対位置は(1),(2)共に出荷時に装置に記憶させておくが、時間と共にずれてしまうと、試薬が正常にフローチップに挿入されず、装置の故障,エラー停止,測定結果の不正確性を引き起こす。
【0012】
本発明の目的は、ノズルと試薬注入口との相対位置のずれによる不具合を解消した核酸分析装置を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【0013】
核酸分析装置は、解析対象の核酸を有するフローセルと、フローセルを支持する支持部材と、フローセルへ試薬を吸引及び/又は吐出するノズルと、ノズルを移動させるアームと、フローセルを温調する温調機構と、フローセル上の反応の画像を取得する検出器と、試薬を保持する試薬ラックと、を有し、ノズルの位置を検知するセンサを備えている。
【発明の効果】
【0014】
このようなセンサを設けることにより、ノズルと試薬注入口との相対的な位置を把握することができ、正確な位置へ試薬を注入することができる。
【図面の簡単な説明】
【0015】
【図1】塩基配列決定装置の概略図。
【図2】フローセル上構造の概略図。
【図3】基準位置再現性の図。
【発明を実施するための形態】
【0016】
ここでは、本発明の実施の形態の一例を説明する。塩基配列決定装置とは、CCDカメラによってフローセル上の蛍光を検出することで、DNAの塩基配列を解析する機能を有する装置である。
【実施例1】
【0017】
塩基配列決定装置の具体的な構成の例を、図1を用いて説明する。塩基配列決定装置は、反応用試薬を保持している試薬ラック101と、測定対象物であるフローセル102と、試薬ラック101やフローセル102上の試薬挿入口201にアクセスして試薬を吸い込み、吐き出すノズル103と、ノズル103を移動させるアーム104と、アーム104が駆動するガイド105と、フローセル102の温調機構106と、フローセル102と温調機構106を保持するスライドテーブル107と、スライドテーブル107を移動させるためのXYステージ108と、フローセル102上の画像をとる検出器109と、XYステージ108と検出器109を保持するブリッジ筐体110と、ブリッジ筐体110に外部からの振動を減らすためのダンパー111からなる。
【0018】
前処理を行った直径1μm以下のビーズが付着したフローセル102を温調機構106にセットする。XYステ−ジ108は保持している温調機構106をノズル103がアクセス可能な場所まで運搬する。ノズル103は試薬ラック101より試薬を吸引し、フローセル上の試薬挿入口201へ放出する。試薬挿入口201より放出された試薬はフローセル102上を流れ、廃液は廃液チューブ202を通してスライドガラス上から廃液入れ203に排出される。この試薬注入作業と温度調整により化学反応を行い、反応が終了したらフローセル102をXYステージ108が検出器109検出可能範囲まで移動させ、画像を取得し、解析する。この動作で1塩基分のDNAを解析することができ、必要な長さまでDNAの塩基が伸長するまで繰り返す。
【0019】
以上に示したように、DNAの塩基を伸長させるためには、ノズル103が試薬を吸引し注入する工程を正確に行わなくてはいけない。スループットの向上と低コスト化のため、シリンジから直接シリンジ挿入口に試薬を注入する方式を採用する場合、ノズル103と試薬ラック101と試薬挿入口201の相対位置が合っている必要があり、出荷時に各場所の相対位置を装置に記憶させる。しかし、装置を使用していく上で、下記の要因などでノズルと試薬ラックや試薬挿入口が合わなくなる場合がある。
(1)筐体の傾き
(2)ガイド105の傾き
(3)ノズル103のたわみ
(4)ダンパー111の劣化によるブリッジ筐体110の傾き
(5)XYステージの劣化による停止位置のずれ
【0020】
これらのずれが起こった場合、出荷時の相対位置では正確に挿入できなくなる。そこで、ノズルが自動検知できるセンサを、試薬ラック上とブリッジ筐体上に設置し、相対位置のずれがある場合はセンサの値をもとに補正することとする。
【0021】
具体的には下記の通りである。図2に示すようにフローセル上の試薬挿入口は、1枚のフローセル上に6つ(301,302,303,304,305,306)存在する。なお、図2では、温調機構106の図示を省略している。これらの挿入口とノズル103の位置の相対位置は出荷時に各装置固有の値として決めておく。一方、フローセル102を保持しているスライドテーブル107上に図2のX方向の基準値とするためのX方向基準値用センサ(PIセンサ)307とY方向を基準値とするためのY方向基準値用センサ(PIセンサ)308を設置する。PIセンサは2つの棒の間にセンサが走っており、金属などが通過しY方向基準値用センサ308を切ると反応する。スライドテーブル107を固定した状態でノズルを2つの棒の間を通るように動かす。ソフトでセンサが切れる場所までノズルがくるとノズル103が止まるようにしておき、止まった場所のノズル103の値を基準値とする。これらは、回路とソフトで、自動で行うことができる。これをX方向基準値用センサ307,Y方向基準値用センサ308で行い、試薬挿入口301−306と共に各装置固有の値として装置に記憶させておく。その後、装置立上げ毎に、X方向基準値用センサ307,Y方向基準値用センサ308の基準値が出荷時と比べてずれていないかを確認する。X方向基準値用センサ307,Y方向基準値用センサ308と試薬挿入口301−306の絶対位置は、時間がたっても一定なので、X方向基準値用センサ307,Y方向基準値用センサ308の基準値が出荷時と比べてずれた距離分だけ試薬挿入口301−306も各方向にずれていることとなる。この時、出荷時の相対位置にずれた距離を加減した値を使用中の真の相対位置とする。次回装置を使用するときは、前回の基準値と相対位置をもとに行う。さらに上下方向の基準値もPIセンサを用いて確認する。X方向基準値用センサ307,Y方向基準値用センサ308のいずれかのPIセンサをノズルが検出した場合、ノズルをテーブルから離れる方向に動かし、センサを切らなくなる位置を算出することで実現できる。
【0022】
試薬ラック上も同様に2つのPIセンサを設置し、試薬ラック上の試薬が入っている各穴とPIセンサの絶対位置を出荷時に装置に記憶させ、使用中にはPIセンサのずれた距離をもとに各穴とノズルの真の相対位置を算出するものとする。
【0023】
PIセンサは基準値となるため、ノズル通過時の再現性が必要になる。PIセンサでのノズルの再現性は<3pluseとしている。図3に示すように、ノズルの移動速度を変えることで<3pluseを達成することができ、PIセンサを基準値として使用可能である。また、上下方向の補正においては、安定した値を得るため、停止位置からさらに押し込み、ノズルを試薬ラックやテーブルから離れる方向に動かすこととする。
【0024】
このノズル位置検出機能を用いることで、ノズルと試薬挿入口のずれ量を検知・補正することができ、フローセルへの誤った試薬挿入がなくなり、装置の信頼性が増す。またシリンジからの装置内部への試薬放出を防ぐことができ、装置の故障を防ぐことができる。ノズル挿入に影響しない範囲での装置本体のゆがみを自動で補正することができ、サービスマンによる再補正の手間が省かれる。
【実施例2】
【0025】
前述したノズル位置検出は近接センサでもよい。
【実施例3】
【0026】
実施例1の場合のノズル位置検出は液面検知センサ機能がついているノズルにおいては、液面検知機能をもちいてもよい。この場合、PIセンサではなく液面検知センサ機能が検出できる金属を基準場所として設置する。
【実施例4】
【0027】
実施例3の場合、液面検知機能が検出できる液体を基準場所として設置してもよい。
【実施例5】
【0028】
実施例1の場合、基準値の検出にXYステージ側を動かしてもよい。
【実施例6】
【0029】
実施例2の場合、PIセンサの位置はブリッジ筐体上でもよい。これはブリッジ筐体とフローセル上に6つ(301,302,303,304,305,306)の試薬挿入口の絶対位置はずれないからである。
【実施例7】
【0030】
実施例1の場合、ブリッジ筐体の経時変化によるずれが起こらない場合は、基準値は試薬ラック側に1つでもよい。
【符号の説明】
【0031】
101 試薬ラック
102 フローセル
103 ノズル
104 アーム
105 ガイド
106 温調機構
107 スライドテーブル
108 XYステージ
109 検出器
110 筐体
111 ダンパー
201 試薬挿入口
202 廃液チューブ
203 廃液入れ
301−306 試薬挿入口
307 X方向基準値用センサ
308 Y方向基準値用センサ

【特許請求の範囲】
【請求項1】
解析対象の核酸を有するフローセルと、フローセルを支持する支持部材と、フローセルへ試薬を吸引及び/又は吐出するノズルと、ノズルを移動させるアームと、フローセルを温調する温調機構と、フローセル上の反応の画像を取得する検出器と、試薬を保持する試薬ラックと、を有する核酸分析装置であって、
ノズルの位置を検知するセンサを備えていることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項2】
請求項1において、
上記センサは、上記支持部材上に設けられていることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項3】
請求項1において、
上記センサは、上記試薬ラック上に設けられていることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項4】
請求項1において、
上記センサは、フローセルに試薬が流れる方向及び該方向と直交する方向にノズルが通過した際にその通過を検知するセンサであることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項5】
請求項1において、
上記センサは、PIセンサであることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項6】
請求項1において、
上記センサの検知結果に応じて、ノズルとフローセルの相対位置を補正する機能を有することを特徴とする核酸分析装置。
【請求項7】
請求項1において、
上記センサの検知結果に応じて、ノズルと試薬ラックの相対位置を補正する機能を有することを特徴とする核酸分析装置。
【請求項8】
請求項1において、
上記センサは、近接センサであることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項9】
解析対象の核酸を有するフローセルと、フローセルを支持する支持部材と、フローセルへ試薬を吸引及び/又は吐出するノズルと、ノズルを移動させるアームと、フローセルを温調する温調機構と、フローセル上の反応の画像を取得する検出器と、試薬を保持する試薬ラックと、を有する核酸分析装置であって、
上記ノズルは液面検知センサを備えており、
該液面検知センサが検出できる検出対象部材を備えていることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項10】
請求項9において、
上記検出対象部材は、金属であることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項11】
請求項9において、
上記検出対象部材は、液体であることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項12】
請求項9において、
上記検出対象部材は、上記支持部材上に設けられていることを特徴とする核酸分析装置。
【請求項13】
請求項9において、
上記検出対象部材は、上記試薬ラック上に設けられていることを特徴とする核酸分析装置。

【図1】
image rotate

【図2】
image rotate

【図3】
image rotate


【公開番号】特開2012−152148(P2012−152148A)
【公開日】平成24年8月16日(2012.8.16)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2011−14679(P2011−14679)
【出願日】平成23年1月27日(2011.1.27)
【出願人】(501387839)株式会社日立ハイテクノロジーズ (4,325)
【Fターム(参考)】