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活性化可能な結合ポリペプチドおよびその同定方法ならびに使用
説明

活性化可能な結合ポリペプチドおよびその同定方法ならびに使用

本開示は、標的結合部分(TBM)と、マスキング部分(MM)と、切断可能部分(CM)とを含有する活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)を提供するものである。本開示は、活性化可能な抗体組成物を提供するものであり、これは、抗原結合ドメイン(ABD)を含有するTBMと、MMと、CMとを含む。さらに、本開示は、第1のTBMと、第2のTBMと、CMとを含有するABPも提供するものである。ABPは、CMを切断できる切断剤の存在下で、少なくとも1つのTBMがCMの切断後よりも未切断のときに標的に到達しにくいような「活性化可能な」コンホメーションを呈する。本開示はさらに、候補ABPのライブラリ、このようなABPを同定するためのスクリーニング方法および使用方法も提供するものである。本開示はさらに、VEGF、CTLA−4またはVCAMと結合するTBMを有するABPであって、VEGFと結合する第1のTBMとFGFと結合する第2のTBMとを有するABPならびに、組成物および使用方法も提供するものである。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
標的結合部分(TBM)と、
標的に対するTBMの結合を阻害でき、前記TBMの天然に生じる結合相手のアミノ酸配列を有さない、マスキング部分(MM)と、
切断状態で標的が存在すれば前記TBMが前記標的と結合し、未切断状態で前記標的の存在下、前記標的に対する前記TBMの結合が前記MMによって阻害されるような位置で、活性化可能な結合ポリペプチドにある切断可能部分(CM)と
を含む、活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)。
【請求項2】
前記MMが、未切断状態で前記標的に対する前記TBMの結合を阻害し、切断状態では前記標的に対する前記TBMの結合を可能にする機能に基づいて、複数の候補ポリペプチドから選択される、請求項1に記載のABP。
【請求項3】
前記MMが、前記ABPが未切断状態にあるときに、立体障害により標的に対する前記TBMの結合を阻害する、請求項1に記載のABP。
【請求項4】
前記MMがシステイン残基を含み、立体障害が、前記システイン残基と前記TBMに隣接するかその内部の別のシステイン残基との間のジスルフィド結合リンケージによって達成される、請求項3に記載のABP。
【請求項5】
前記TBMの前記標的が細胞外ポリペプチドである、請求項1に記載のABP。
【請求項6】
前記CMが前記ABPの前記TBMと前記MMとの間に位置する、請求項1に記載のABP。
【請求項7】
前記CMが前記MM内に位置する、請求項1に記載のABP。
【請求項8】
前記CMがプロテアーゼ基質を含む、請求項1に記載のABP。
【請求項9】
前記プロテアーゼ基質が、プラスミン基質、カスパーゼ基質またはマトリクスメタロプロテアーゼ(MMP)基質を含む、請求項8に記載のABP。
【請求項10】
前記プロテアーゼ基質がMMP基質を含む、請求項9に記載のABP。
【請求項11】
前記マトリクスメタロプロテアーゼ基質が、マトリクスメタロプロテアーゼ1(MMP−1)基質、マトリクスメタロプロテアーゼ2(MMP−2)基質、マトリクスメタロプロテアーゼ9(MMP−9)基質またはマトリクスメタロプロテアーゼ14(MMP−14)基質である、請求項10に記載のABP。
【請求項12】
前記プロテアーゼ基質が細胞内プロテアーゼの基質である、請求項8に記載のABP。
【請求項13】
前記CMがシステイン−システインジスルフィド結合を含む、請求項1に記載のABP。
【請求項14】
活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)を選択するための方法であって、
候補となる複数の活性化可能な結合ポリペプチド(候補ABP)と、前記候補ABPの標的結合部分と結合できる標的および前記ABPの切断可能部分(CM)を切断できる切断剤とを接触させ、
前記標的と結合する前記複数のメンバの第1の個体群を前記切断剤の存在下でスクリーニングし、
前記切断剤の非存在下で前記第1の個体群と前記標的とを接触させ、
前記切断剤の非存在下で前記標的と結合するメンバの前記第1の個体群を除外することで、メンバの第2の個体群を前記第1の個体群からスクリーニングすることを含み、前記切断剤の存在下での標的結合と比較して、前記切断剤の非存在下で前記標的に対する結合が低下する候補ABPを選択できる、方法。
【請求項15】
前記切断剤がプロテアーゼである、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
前記切断剤がジスルフィド結合還元剤である、請求項14に記載の方法。
【請求項17】
前記標的が検出可能な標識を含む、請求項14に記載の方法。
【請求項18】
前記第1の個体群が、前記検出可能な標識の検出によって選択される、請求項14に記載の方法。
【請求項19】
前記第2の個体群が、前記第1の個体群から、検出可能に標識されたメンバを分離することで生成される、請求項14に記載の方法。
【請求項20】
前記候補となる複数の活性化可能な結合ポリペプチドが各々、提示足場における複製可能な生命体の表面に存在する、請求項14に記載の方法。
【請求項21】
候補となる活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)のライブラリであって、前記複製可能な生命体の表面で提示される候補となる複数のABPを含む、ライブラリ。
【請求項22】
前記複製可能な生命体が、細菌細胞、酵母細胞、哺乳類細胞である、請求項21に記載のライブラリ。
【請求項23】
請求項1に記載のABPをコードする核酸を含む核酸コンストラクトを含む組成物。
【請求項24】
前記核酸コンストラクトが提示足場をコードする核酸をさらに含み、前記ABPをコードする核酸が、前記コンストラクトに作動的に挿入され、宿主細胞の表面の提示足場における前記ABP提示用の融合タンパク質を発現する、請求項23に記載の組成物。
【請求項25】
前記提示足場が円順列変異外膜タンパク質X(CPX)である、請求項24に記載の組成物。
【請求項26】
候補となる活性化可能な結合ポリペプチドをコードする核酸を含む核酸コンストラクトを含み、前記候補となる活性化可能な結合ポリペプチドが、
(a)標的結合部分(TBM)と、
(b)切断可能部分(CM)と、
(c)候補マスキング部分(MM)と
を含み、前記TBM、前記CMおよび前記候補MMが、前記候補MMが未切断状態で標的に対する前記TBMの結合を阻害し、切断状態では前記標的に対する前記TBMの結合を可能にするような機能を判断することができるように配置される、組成物。
【請求項27】
前記核酸コンストラクトが、円順列変異外膜タンパク質X(CPX)をコードする核酸をさらに含む、請求項26に記載の組成物。
【請求項28】
候補となる活性化可能な結合ポリペプチドのライブラリの作製方法であって、
複製可能な生命体のゲノムに、候補となる複数の活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)をコードする組換えDNAコンストラクトの集合体を導入することを含み、前記複数の各メンバが、標的結合部分(TBM)と、切断可能部分(CM)と、候補マスキング部分(MM)とを含み、前記導入することで、組換え複製可能な生命体が生成され、
前記組換え複製可能な生命体を、前記候補ABPの発現および提示に適した条件下で培養することを含む、方法。
【請求項29】
請求項1に記載の治療有効量の活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)と薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物。
【請求項30】
前記ABPの前記TBMがVEGFと結合してVEGF活性を阻害することができる、請求項29に記載の医薬組成物。
【請求項31】
哺乳類被検体で血管形成を阻害する方法であって、
投与を必要とする被検体に、請求項29に記載の医薬組成物を治療有効量で投与することを含む、方法。
【請求項32】
前記標的が、VCAM−1、VEGF−A、CTLA−4またはCD40Lのうちのいずれか1つである、請求項1に記載のABP。
【請求項33】
検出可能な標識をさらに含む、請求項1に記載のABP。
【請求項34】
検出用に標的を標識する方法であって
活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)を、
標的と、
切断剤と
の両方を含有する疑いのある試料と接触させることを含み、前記ABPが、
標的結合部分(TBM)と、
検出可能な標識と、
標的に対するTBMの結合を阻害でき、前記TBMの天然に生じる結合相手のアミノ酸配列を有さない、マスキング部分(MM)と、
切断状態で標的が存在すれば前記TBMが前記標的と結合し、未切断状態で前記標的が存在すると前記標的に対する前記TBMの結合が前記MMによって阻害されるような位置で、活性化可能な結合ポリペプチドにある切断可能部分(CM)と、を含み、
前記標的および前記切断剤が前記試料に存在する場合、前記切断剤が前記CMを切断して前記ABPの前記TBMが前記標的と結合する切断状態を生成し、これによって前記標的を検出可能な標識で標識する、方法。
【請求項35】
前記検出可能な標識の有無を検出することをさらに含む、請求項34に記載の方法。
【請求項36】
前記接触がin vivoで生じる、請求項34に記載の方法。
【請求項37】
前記接触がin vitroで生じる、請求項34に記載の方法。
【請求項38】
第1の標的結合部分(TBM)と、
第2のTBMと、
切断可能部分(CM)と、を含み、切断状態で標的の存在下、第1および第2のTBMが前記標的と結合し、未切断状態では、前記ABPが、第1のTBMが第2のTBMによって結合される前記標的に干渉するコンホメーションにあるように、前記CMが活性化可能な結合ポリペプチドに配置される、活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)。
【請求項39】
未切断状態で、前記ABPが、第1および第2のTBMが第1および第2のTBMに対する標的の結合に干渉するようなコンホメーションにある、請求項38に記載のABP。
【請求項40】
第1および第2のTBMが異なる標的を結合できる、請求項38に記載のABP。
【請求項41】
前記異なる標的がFGF2およびVEGFである、請求項40に記載のABP。
【請求項42】
前記第1のTBMが、前記ABPが未切断状態にあるときに前記第1のTBMが標的に対する前記第2のTBMの結合を阻害し、前記ABPが切断状態にあるときに標的に対する前記第2のTBMの結合を可能にする機能に基づいて、複数の候補ポリペプチドから選択される、請求項38に記載のABP。
【請求項43】
前記第1のTBMが、前記ABPが未切断状態にあるときに立体障害によって前記第2のTBMによる標的結合に干渉する、請求項38に記載のABP。
【請求項44】
前記ABPが、前記第1のTBM内またはその付近に第1のシステイン残基を、前記第2のTBM内またはその付近に第2のシステイン残基を含み、立体障害が、前記第1および第2のシステイン残基間のジスルフィド結合リンケージによって達成される、請求項43に記載のABP。
【請求項45】
前記第1のTBMおよび前記第2のTBMの前記標的が細胞外ポリペプチドである、請求項38に記載のABP。
【請求項46】
前記CMが、前記ABPの前記第1のTBMと前記第2のTBMとの間に局在する、請求項38に記載のABP。
【請求項47】
前記CMが、前記第1のTBMまたは前記第2のTBMのいずれかの中に局在する、請求項38に記載のABP。
【請求項48】
前記CMがプロテアーゼ基質を含む、請求項38に記載のABP。
【請求項49】
前記プロテアーゼ基質が、プラスミン基質、カスパーゼ基質またはマトリクスメタロプロテアーゼ(MMP)基質を含む、請求項48に記載のABP。
【請求項50】
前記プロテアーゼ基質がMMP基質を含む、請求項48に記載のABP。
【請求項51】
前記MMP基質が、マトリクスメタロプロテアーゼ1(MMP−1)基質、マトリクスメタロプロテアーゼ2(MMP−2)基質、マトリクスメタロプロテアーゼ9(MMP−9)基質またはマトリクスメタロプロテアーゼ14(MMP−14)基質である、請求項50に記載のABP。
【請求項52】
前記プロテアーゼ基質が細胞内プロテアーゼの基質である、請求項48に記載のABP。
【請求項53】
前記CMがシステイン−システインジスルフィド結合を含む、請求項38に記載のABP。
【請求項54】
二重標的結合活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)を選択する方法であって、
候補となる複数の活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)であって、前記複数の各メンバが、第1の標的結合部分(TBM)と、第2のTBMと、切断可能部分(CM)とを含む結合ポリペプチドと、前記第1のTBMと結合できる標的およびCMを切断できる切断剤とを接触させ、
前記標的と結合する前記複数のメンバの第1の個体群を切断剤の存在下で選択し、
前記第1の個体群を切断剤の非存在下で前記標的と接触させ、
前記切断剤の非存在下で前記標的と結合するメンバの前記第1の個体群を除外することで、前記第1の個体群からメンバの第2の個体群を選択することを含み、
前記切断剤の存在下での前記標的に対する結合と比較して、前記切断剤の非存在下で前記標的に対する結合が低下する候補ABPを選択する、方法。
【請求項55】
前記切断剤がプロテアーゼである、請求項54に記載の方法。
【請求項56】
前記切断剤がジスルフィド結合還元剤である、請求項54に記載の方法。
【請求項57】
前記標的が検出可能な標識を含む、請求項54に記載の方法。
【請求項58】
前記第1の個体群が、前記検出可能な標識の検出によって選択される、請求項57に記載の方法。
【請求項59】
前記第2の個体群が、前記第1の個体群から、検出可能に標識されたメンバを分離することで生成される、請求項57に記載の方法。
【請求項60】
前記候補となる複数の活性化可能な結合ポリペプチドが各々、提示足場における複製可能な生命体の表面に存在する、請求項54に記載の方法。
【請求項61】
提示足場にて前記第2のTBMの前記アミノ酸配列を提供し、前記第2のTBMに対する標的の結合を検出することで、標的に対する前記第2のTBMの結合を評価する、請求項54に記載の方法。
【請求項62】
前記複製可能な生命体の表面に提示される複数の候補となる二重標的結合ABPを含む、候補となる二重標的結合活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)のライブラリ。
【請求項63】
前記複製可能な生命体が、細菌細胞、酵母細胞、哺乳類細胞である、請求項62に記載のライブラリ。
【請求項64】
請求項38に記載のABPをコードする核酸を含む核酸コンストラクトを含む組成物。
【請求項65】
前記核酸コンストラクトが、提示足場をコードする核酸をさらに含み、前記ABPをコードする前記核酸が、コンストラクトに作動的に挿入され、宿主細胞の表面の前記提示足場における前記ABP提示用の融合タンパク質を発現する、請求項64に記載の組成物。
【請求項66】
前記提示足場が円順列変異外膜タンパク質X(CPX)である、請求項65に記載の組成物。
【請求項67】
候補となる活性化可能な結合ポリペプチドをコードする核酸を含む核酸コンストラクトを含む組成物であって、前記候補となる活性化可能な結合ポリペプチドが、
(a)第1の標的結合部分(TBM)と、
(b)切断可能部分(CM)と、
(c)第2のTBMと
を含み、第1のTBM、CMおよび第2のTBMが、前記第1のTBMが未切断状態で標的に対する前記第2のTBMの結合を阻害し、切断状態では前記標的に対する前記第2のTBMの結合を可能にする機能を判断することができるように配置される、組成物。
【請求項68】
前記核酸コンストラクトが、円順列変異外膜タンパク質X(CPX)をコードする核酸をさらに含む、請求項67に記載の組成物。
【請求項69】
候補となる活性化可能な結合ポリペプチドのライブラリの作製方法であって、
複製可能な生命体のゲノムに、候補となる複数の二重標的結合活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)をコードする組換えDNAコンストラクトの集合体を導入することを含み、前記複数の各メンバが、第1の標的結合部分(TBM)と、切断可能部分(CM)と、第2のTBMとを含み、前記導入することで、組換え複製可能な生命体が生成され、
前記組換え複製可能な生命体を、前記候補となる二重標的結合ABPの発現および提示に適した条件下で培養することを含む、方法。
【請求項70】
請求項38に記載の治療有効量の二重標的結合活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)と薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物。
【請求項71】
前記第1のABPのTBMがVEGFと結合してVEGFを阻害し、前記第2のTBMが線維芽細胞成長因子−2(FGF2)と結合してFGF2を阻害する、請求項70に記載の医薬組成物。
【請求項72】
投与を必要とする被検体に、請求項70に記載の医薬組成物を治療有効量で投与することを含む、哺乳類の被検体で血管形成を阻害する方法。
【請求項73】
a.標的と結合できる少なくとも1つの抗原結合ドメイン(ABD)と、
b.前記ABDとカップリングされ、前記標的に対する前記ABDの特異的結合に干渉できる少なくとも1つのマスキング部分(MM)と、
c.前記ABDとカップリングされた少なくとも1つの切断可能部分(CM)と
を含み、前記CMが、未切断状態で前記MMが前記標的に対する前記ABDの特異的結合に干渉し、切断状態では前記MMが前記標的に対する前記ABDの特異的結合に干渉しないような形で、前記ABPに配置される、活性化可能な結合ポリペプチド(ABP)。
【請求項74】
前記ABDが、Fabフラグメント、ScFvまたはSCAB由来である、請求項73に記載のABP。
【請求項75】
前記CMが前記ABDのC末端にカップリングされる、請求項73に記載のABP。
【請求項76】
前記CMが前記ABDのN末端にカップリングされる、請求項73に記載のABP。
【請求項77】
前記CMがABDのVL鎖のN末端にカップリングされる、請求項76に記載のABP。
【請求項78】
前記標的が、VEGF−A、VEGF−B、VEGF−C、VEGF−D、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、EGFR、FGF−2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、HER2/neu、DLL4、NOTCHR1、IL1B、IL1R、IL2、IL2R、IL4、IL6、IL12、IL13、IL15、IL18、IL23、IGF、IGF1R、ERBB3、VCAM−1、CXCR4、CD3、CD11a、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD40、CD40L、CD41、CD44、CD52、CD80、CD86、CTLA−4、TNFα、TNFR、TRAIL−R1、TRAIL−R2、IgE、IgE受容体、PDGF−AA、PDGF−BB、PDGFRα、PDGFRβ、GPIIB/IIIA、CLAUDIN−3、CLAUDIN−4、C5相補体、RSVのFタンパク質、糖タンパク質IIb/IIIa受容体、α4β1インテグリン、およびα4β7インテグリンからなる群から選択される、請求項73に記載のABP。
【請求項79】
前記CMが、MMP−1、MMP−2、MMP−3、MMP−8、MMP−9、MMP−14、プラスミン、PSA、PSMA、CATHEPSIN D、CATHEPSIN K、CATHEPSIN S、ADAM10、ADAM12、ADAMTS、Caspase−1、Caspase−2、Caspase−3、Caspase−4、Caspase−5、Caspase−6、Caspase−7、Caspase−8、Caspase−9、Caspase−10、Caspase−11、Caspase−12、Caspase−13、Caspase−14、およびTACEからなる群から選択される酵素の基質である、請求項73に記載のABP。
【請求項80】
前記CMがMMP−9の基質である、請求項73に記載のABP。
【請求項81】
前記MMと前記CMとの間に位置するリンカーペプチドをさらに含む、請求項73に記載のABP。
【請求項82】
リンカーペプチドをさらに含み、前記リンカーペプチドが前記ABDと前記CMとの間に配置される、請求項73に記載のABP。
【請求項83】
検出可能な部分をさらに含む、請求項73に記載のABP。
【請求項84】
前記検出可能な部分が診断作用剤である、請求項83に記載のABP。
【請求項85】
少なくとも1つのマスキング部分(MM)にカップリングされた標的と結合できる抗原結合ドメイン(ABD)を含み、前記MMが前記標的に対する前記ABDの特異的結合に干渉する、組成物。
【請求項86】
切断可能部分(CM)をさらに含み、前記CMが未切断状態にあって前記MMが前記標的に対する前記ABDの特異的結合に干渉する第1のコンフィギュレーションと、前記CMが切断状態にあって前記MMが標的に対する前記ABDの特異的結合に干渉しない第2のコンフィギュレーションの2つのコンフィギュレーションを含む、請求項85に記載の組成物。
【請求項87】
標的と結合できる抗原結合ドメイン(ABD)を含有する組成物を修飾する方法であって、マスキング部分(MM)および切断可能部分(CM)を前記ABDにカップリングして、未切断状態でMMが前記標的と特異的に結合するための前記ABDに干渉し、切断状態では前記MMが前記標的と特異的に結合するための前記ABDに干渉しないようにすることを含む、方法。
【請求項88】
前記MMが前記ABDのC末端にカップリングされる、請求項87に記載の方法。
【請求項89】
前記MMが前記ABDのN末端にカップリングされる、請求項87に記載の方法。
【請求項90】
前記ABDが、Fabフラグメント、ScFvまたはSCAB由来である、請求項87に記載の組成物。
【請求項91】
前記標的が、VEGF−A、VEGF−B、VEGF−C、VEGF−D、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、EGFR、FGF−2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、HER2/neu、DLL4、NOTCHR1、IL1B、IL1R、IL2、IL2R、IL4、IL6、IL12、IL13、IL15、IL18、IL23、IGF、IGF1R、ERBB3、VCAM−1、CXCR4、CD3、CD11a、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD40、CD40L、CD41、CD44、CD52、CD80、CD86、CTLA−4、TNFα、TNFR、TRAIL−R1、TRAIL−R2、IgE、IgE受容体、PDGF−AA、PDGF−BB、PDGFRα、PDGFRβ、GPIIB/IIIA、CLAUDIN−3、CLAUDIN−4、C5相補体、RSVのFタンパク質、糖タンパク質IIb/IIIa受容体、α4β1インテグリン、およびα4β7インテグリンからなる群から選択される、請求項87に記載の方法。
【請求項92】
前記ABDが、ベバシズマブ、ラニビズマブ、トラスツズマブ、インフリキシマブ、アダリムマブ、エファリズマブ、ゲムツズマブ・オゾガマイシン、トシツモマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、エクリズマブ、アレムツズマブ、リツキシマブ、アブシキシマブ、セツキシマブ、ダクリズマブ、バシリキシマブ、ゲムツズマブ、パニツムマブ、エクリズマブ、ナタリズマブ、オマリズマブ、イピリムマブ、トレメリムマブ、およびパリビズマブからなる群から選択される抗体由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項93】
前記ABDが、VEGF、EGFR、CTLA−4、TNFα、インテグリンα4、IL2R、相補体C5、CD11a、CD20、CD25、CD33、CD52、糖タンパク質受容体IIb/IIIa、IgE、Her2、RSVのFタンパク質からなる群から選択される標的に対する抗体または抗体フラグメント由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項94】
前記ABDが、VEGFに対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項95】
前記ABDが、ベバシズマブまたはラニビズマブ由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項96】
前記ABDが、TNFαに対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項97】
前記ABDがインフリキシマブまたはアダリムマブ由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項98】
前記ABDがCD20に対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項99】
前記ABDが、トシツモマブ、イブリツモマブ・チウキセタンまたはリツキシマブ由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項100】
前記ABDがEGFRに対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項101】
前記ABDが、セツキシマブまたはパニツムマブ由来である、請求項87に記載の方法。
【請求項102】
前記CMが、MMP−1、MMP−2、MMP−3、MMP−8、MMP−9、MMP−14、プラスミン、PSA、PSMA、CATHEPSIN D、CATHEPSIN K、CATHEPSIN S、ADAM10、ADAM12、ADAMTS、Caspase−1、Caspase−2、Caspase−3、Caspase−4、Caspase−5、Caspase−6、Caspase−7、Caspase−8、Caspase−9、Caspase−10、Caspase−11、Caspase−12、Caspase−13、Caspase−14、およびTACEからなる群から選択される酵素の基質である、請求項87に記載の方法。
【請求項103】
候補ペプチドをスクリーニングして、抗原結合ドメイン(ABD)を含む抗体またはそのフラグメントに対する特異的結合親和性を有するマスキング部分(MM)ペプチドを同定する方法であって、
a.ペプチド足場のライブラリを提供することを含み、各ペプチド足場が、
i.膜貫通タンパク質(TM)と、
ii.候補ペプチドと
を含み、
b.ABDを含む抗体またはそのフラグメントを前記ライブラリと接触させ、
c.ABDを含む抗体またはそのフラグメントに対する特異的結合親和性を有するMMペプチドを同定することを含む、方法。
【請求項104】
前記抗体またはそのフラグメントが、標的と結合できるABDを含み、前記標的が、VEGF−A、VEGF−B、VEGF−C、VEGF−D、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、EGFR、FGF−2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、HER2/neu、DLL4、NOTCHR1、IL1B、IL1R、IL2、IL2R、IL4、IL6、IL12、IL13、IL15、IL18、IL23、IGF、IGF1R、ERBB3、VCAM−1、CXCR4、CD3、CD11a、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD40、CD40L、CD41、CD44、CD52、CD80、CD86、CTLA−4、TNFα、TNFR、TRAIL−R1、TRAIL−R2、IgE、IgE受容体、PDGF−AA、PDGF−BB、PDGFRα、PDGFRβ、GPIIB/IIIA、CLAUDIN−3、CLAUDIN−4、C5相補体、RSVのFタンパク質、糖タンパク質IIb/IIIa受容体、α4β1インテグリン、およびα4β7インテグリンからなる群から選択される、請求項103に記載の方法。
【請求項105】
前記ABDが、ベバシズマブ、ラニビズマブ、トラスツズマブ、インフリキシマブ、アダリムマブ、エファリズマブ、ゲムツズマブ・オゾガマイシン、トシツモマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、エクリズマブ、アレムツズマブ、リツキシマブ、アブシキシマブ、セツキシマブ、ダクリズマブ、バシリキシマブ、ゲムツズマブ、パニツムマブ、エクリズマブ、ナタリズマブ、オマリズマブ、イピリムマブ、トレメリムマブ、およびパリビズマブからなる群から選択される抗体由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項106】
前記ABDが、VEGF、EGFR、CTLA−4、TNFα、インテグリンα4、IL2R、相補体C5、CD11a、CD20、CD25、CD33、CD52、糖タンパク質受容体IIb/IIIa、IgE、Her2、RSVのFタンパク質からなる群から選択される標的に対する抗体または抗体フラグメント由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項107】
前記ABDが、VEGFに対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項108】
前記ABDが、ベバシズマブまたはラニビズマブ由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項109】
前記ABDが、TNFαに対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項110】
前記ABDがインフリキシマブまたはアダリムマブ由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項111】
前記ABDがCD20に対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項112】
前記ABDが、トシツモマブ、イブリツモマブ・チウキセタンまたはリツキシマブ由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項113】
前記ABDがEGFRに対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項114】
前記ABDが、セツキシマブまたはパニツムマブ由来である、請求項103に記載の方法。
【請求項115】
前記ライブラリが、ウイルス、細胞または胞子を含む、請求項103に記載の方法。
【請求項116】
前記ライブラリが、大腸菌(E.coli)を含む、請求項103に記載の方法。
【請求項117】
前記ペプチド足場が検出可能な部分をさらに含む、請求項103に記載の方法。
【請求項118】
被検体における症状を治療する方法であって、未切断状態でマスキング部分(MM)が標的と特異的に結合するための抗原結合ドメイン(ABD)に干渉し、切断状態では前記MMが前記標的と特異的に結合するための前記ABDに干渉しないように、前記MMおよび切断可能部分(CM)にカップリングされた前記標的と結合できる前記ABDを含有する抗体またはそのフラグメントを含む組成物を被検体に投与することを含む、方法。
【請求項119】
被検体における症状を診断する方法であって、切断状態でマスキング部分(MM)が標的と特異的に結合するための抗原結合ドメイン(ABD)に干渉し、未切断状態ではMMが標的と特異的に結合するためのABDに干渉しないように、前記MMおよび切断可能部分(CM)にカップリングされた前記標的と結合できる前記ABDを含有する抗体またはそのフラグメントを含む組成物を被検体に投与することを含む、方法。
【請求項120】
前記ABDが、Fabフラグメント、ScFvまたはSCAB由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項121】
前記ABDが、ベバシズマブ、ラニビズマブ、トラスツズマブ、インフリキシマブ、アダリムマブ、エファリズマブ、ゲムツズマブ・オゾガマイシン、トシツモマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、エクリズマブ、アレムツズマブ、リツキシマブ、アブシキシマブ、セツキシマブ、ダクリズマブ、バシリキシマブ、ゲムツズマブ、パニツムマブ、エクリズマブ、ナタリズマブ、オマリズマブ、イピリムマブ、トレメリムマブ、およびパリビズマブからなる群から選択される抗体由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項122】
前記標的が、VEGF−A、VEGF−B、VEGF−C、VEGF−D、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3、EGFR、FGF−2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、HER2/neu、DLL4、NOTCHR1、IL1B、IL1R、IL2、IL2R、IL4、IL6、IL12、IL13、IL15、IL18、IL23、IGF、IGF1R、ERBB3、VCAM−1、CXCR4、CD3、CD11a、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD40、CD40L、CD41、CD44、CD52、CD80、CD86、CTLA−4、TNFα、TNFR、TRAIL−R1、TRAIL−R2、IgE、IgE受容体、PDGF−AA、PDGF−BB、PDGFRα、PDGFRβ、GPIIB/IIIA、CLAUDIN−3、CLAUDIN−4、C5相補体、RSVのFタンパク質、糖タンパク質IIb/IIIa受容体、α4β1インテグリン、およびα4β7インテグリンからなる群から選択される、請求項118または119に記載の方法。
【請求項123】
前記ABDが、VEGF、EGFR、CTLA−4、TNFα、インテグリンα4、IL2R、相補体C5、CD11a、CD20、CD25、CD33、CD52、糖タンパク質受容体IIb/IIIa、IgE、Her2、RSVのFタンパク質からなる群から選択される標的に対する抗体または抗体フラグメント由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項124】
前記ABDが、VEGFに対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項125】
前記ABDがベバシズマブまたはラニビズマブ由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項126】
前記ABDが、TNFαに対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項127】
前記ABDがインフリキシマブまたはアダリムマブ由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項128】
前記ABDが、CD20に対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項129】
前記ABDが、トシツモマブ、イブリツモマブ・チウキセタンまたはリツキシマブ由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項130】
前記ABDが、EGFRに対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項131】
前記ABDがセツキシマブまたはパニツムマブ由来である、請求項118または119に記載の方法。
【請求項132】
酵素活性化可能な抗VEGF−A抗体またはそのフラグメント。
【請求項133】
前記抗体がラニビズマブである、請求項132に記載の抗体。
【請求項134】
前記抗体がMMP−9によって活性化される、請求項132に記載の抗体。
【請求項135】
酵素活性化可能なCTLA−4抗体またはそのフラグメント。
【請求項136】
前記抗体がMMP−9によって活性化される、請求項135に記載の抗体。
【請求項137】
酵素活性化可能なVCAM−1抗体またはそのフラグメント。
【請求項138】
前記抗体がMMP−9によって活性化される、請求項137に記載の抗体。
【請求項139】
前記酵素が、MMP−1、MMP−2、MMP−3、MMP−8、MMP−9、MMP−14、プラスミン、PSA、PSMA、CATHEPSIN D、CATHEPSIN K、CATHEPSIN S、ADAM10、ADAM12、ADAMTS、Caspase−1、Caspase−2、Caspase−3、Caspase−4、Caspase−5、Caspase−6、Caspase−7、Caspase−8、Caspase−9、Caspase−10、Caspase−11、Caspase−12、Caspase−13、Caspase−14、およびTACEからなる群から選択される、請求項132、135および137のいずれか一項に記載の酵素。
【請求項140】
前記抗体フラグメントが、scFv、FabまたはSCABである、請求項132、135および137のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項141】
前記抗体がイピリムマブまたはトレメリムマブである、請求項135に記載の抗体。
【請求項142】
前記ABDが、CTLA−4に対する抗体またはその抗体フラグメント由来である、請求項87、103、118または119に記載の方法。
【請求項143】
前記ABDがイピリムマブまたはトレメリムマブ由来である、請求項87、103、118または119に記載の方法。
【請求項144】
ABPと、前記ABPを切断できるプロテアーゼと、前記ABPの標的とを含む、反応混合物。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図12】
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【図13】
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【図14】
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【図15】
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【図16】
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【図17】
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【図18】
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【図19】
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【図20】
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【図21】
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【図22】
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【図23】
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【図24】
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【図25】
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【図26】
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【図27】
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【図28】
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【図29】
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【図30】
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【図31】
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【図32】
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【図33】
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【図34】
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【図35】
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【図36】
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【図37】
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【図38】
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【図39】
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【図40】
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【図41】
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【図42】
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【図43】
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【図44】
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【図45】
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【公表番号】特表2010−536370(P2010−536370A)
【公表日】平成22年12月2日(2010.12.2)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−521883(P2010−521883)
【出願日】平成20年8月21日(2008.8.21)
【国際出願番号】PCT/US2008/009974
【国際公開番号】WO2009/025846
【国際公開日】平成21年2月26日(2009.2.26)
【出願人】(592130699)ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア (364)
【氏名又は名称原語表記】The Regents of The University of California
【出願人】(510046457)サイトムエックス セラピューティクス,エルエルシー (2)
【Fターム(参考)】