炭化水素産生遺伝子およびその使用方法
本発明は、炭化水素および炭化水素中間体の合成に関与する単離核酸および単離ポリペプチドを提供する。炭化水素および炭化水素中間体の合成に関与する核酸のホモログ、保存的変異体、およびかかる核酸と少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列も提供される。本発明はさらに、脂肪族ケトンまたは炭化水素を生産する方法、ならびに、炭化水素の生産に有用な酵素を同定する方法も提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号64-74および91-133からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む1500以下のアミノ酸残基のポリペプチドをコードする単離核酸。
【請求項２】
核酸が第一のポリペプチドおよび第二のポリペプチドをコードし、第一および第二のポリペプチドのそれぞれが1500 アミノ酸残基以下であり、第一および第二のポリペプチドのそれぞれが配列番号64-74および91-133からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む請求項 1の単離核酸。
【請求項３】
核酸が第一のポリペプチド、第二のポリペプチド、および第三のポリペプチドをコードし、第一、第二、および第三のポリペプチドのそれぞれが1500 アミノ酸残基以下であり、第一、第二、および第三のポリペプチドのそれぞれが配列番号64-74および91-133からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む請求項 1の単離核酸。
【請求項４】
核酸が第一のポリペプチド、第二のポリペプチド、第三のポリペプチド、および第四のポリペプチドをコードし、第一、第二、第三、および第四のポリペプチドのそれぞれが1500 アミノ酸残基以下であり、第一、第二、第三、および第四のポリペプチドのそれぞれが配列番号64-74および91-133からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む請求項 1の単離核酸。
【請求項５】
以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離核酸:
(a)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88;
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログ;
(c)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88の保存的変異体であって、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含むもの：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe;およびValからIle、Leu、またはMet;および、
(d)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列。
【請求項６】
核酸が配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項７】
核酸が配列番号2、配列番号4、配列番号12、および配列番号18からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項８】
核酸が配列番号10を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項９】
核酸が配列番号6、配列番号14、配列番号20、および配列番号88からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１０】
核酸が配列番号8、配列番号16、および配列番号22からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１１】
核酸が配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１２】
核酸が配列番号2、配列番号4、配列番号12、および配列番号18のホモログからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１３】
核酸が配列番号10のホモログを含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１４】
核酸が配列番号6、配列番号14、配列番号20、および配列番号88のホモログからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１５】
核酸が配列番号8、配列番号16、および配列番号22のホモログからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１６】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88の保存的変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet。
【請求項１７】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号2、配列番号4、配列番号12、および配列番号18の保存的変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; および ValからIle、Leu、またはMet。
【請求項１８】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号10の保存的変異体を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet。
【請求項１９】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号6、配列番号14、配列番号20、および配列番号88の保存的変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet。
【請求項２０】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号8、配列番号16、および配列番号22の保存的変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet。
【請求項２１】
核酸が、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項２２】
核酸が、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも 50%の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項２３】
核酸が、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも 80%の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項２４】
核酸が第一のポリペプチドおよび第二のポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸であって、第一および第二のポリペプチドのそれぞれが以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離核酸:
(a)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88;
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログ;
(c)以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88の保存的変異体：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet;および、
(d)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列。
【請求項２５】
核酸が、第一のポリペプチド、第二のポリペプチド、および第三のポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸であって、第一、第二、および第三のポリペプチドのそれぞれが以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離核酸:
(a)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88;
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログ;
(c)以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88 の保存的変異体：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe;およびValからIle、Leu、またはMet;および、
(d)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列。
【請求項２６】
核酸が、第一のポリペプチド、第二のポリペプチド、第三のポリペプチド、および第四のポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸であって、第一、第二、第三、および第四のポリペプチドのそれぞれが以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離核酸:
(a)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88;
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログ;
(c)以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88の保存的変異体：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe;およびValからIle、Leu、またはMet;および、
(d)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列。
【請求項２７】
ポリペプチドが1000以下のアミノ酸残基を有する請求項1-26のいずれかの単離核酸。
【請求項２８】
ポリペプチドが800以下のアミノ酸残基を有する請求項1-27のいずれかの単離核酸。
【請求項２９】
ポリペプチドが600以下のアミノ酸残基を有する請求項1-28のいずれかの単離核酸。
【請求項３０】
ポリペプチドが少なくとも約 100 アミノ酸残基を有する請求項1-29のいずれかの単離核酸。
【請求項３１】
ポリペプチドが少なくとも約 200 アミノ酸残基を有する請求項 30の単離核酸。
【請求項３２】
ポリペプチドが少なくとも約 250 アミノ酸残基を有する請求項 31の単離核酸。
【請求項３３】
核酸が、細菌、植物、昆虫、酵母、真菌、藻類、または動物から単離されたものである請求項1-32のいずれかの単離核酸。
【請求項３４】
核酸が細菌から単離されたものである請求項1-33のいずれかの単離核酸。
【請求項３５】
細菌が以下からなる群から選択される属のものである請求項1-34のいずれかの単離核酸：アナエロミクソバクター、アルスロバクター、ブデロビブリオ、ブラストピレルラ、ブレビバクテリウム、ブルクホルデリア、カンジダツス、クロロフレクサス、クラビバクター、クロストリジウム、コルウェリア、コングレギバクター、デスルファチバチラム、デスルホコッカス、デスルホタレア、デスルフロモナス、フラボバクテリウム(Flavobacteriales)、ゲマータ、ゲオバクター、ハヘラ、ジャナスキア、キネオコッカス、レンチスファエラ、マリカウリス、マリノバクター、ミクロコッカス、ミクロシラ、モリテーラ、マイコバクテリウム、ナイセリア、ノカルジア、オピタタシエ(Opitutaceae)、オピタタス(Opitutus)、パエニバチルス、ペロバクター、フォトバクテリウム、フォトラブダス、プランクトマイセス、プレシオシスチス、シュードアルテロモナス、サイクロモナス、ラルストニア、ロドコッカス、ロドピレルーラ、ロゼオバリウス、シュワネラ、ステノトロホモナス、ストレプトマイセス、ザントモナス、およびキシレラ。
【請求項３６】
細菌が以下からなる群から選択される請求項1-35のいずれかの単離核酸：アナエロミクソバクター・エスピー・Fw109-5、アルスロバクター・アウレッセンス、アルスロバクター・クロロフェノリカス、アルスロバクター・エスピー・FB24、ブデロビブリオ・バクテリオボルス、ブラストピレルラ・マリナ、ブレビバクテリウム・リネンス、ブルクホルデリア・アムビファリア、ブルクホルデリア・セノセパシア、ブルクホルデリア・オクラホメンシス、ブルクホルデリア・シュードマレイ、ブルクホルデリア・エスピー・383、カンジダツス・クエネニア・スツッツガルティエンシス、クロロフレクス・アグレガンス、クロロフレクス・アウランティアカス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種ミシガンエンシス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種セペドニカス、クロストリジウム・ボツリヌム A、クロストリジウム・ボツリヌム A3、クロストリジウム・ボツリヌム B1、クロストリジウム・ボツリヌム Bf、クロストリジウム・ボツリヌム F、クロストリジウム・ボツリヌム、コルウェリア・サイクレリスラエ、コングレギバクター・リトラリス、デスルファチバチラム・アルケニボランス、デスルホコッカス・オレオボランス、デスルホタレア・サイクロフィラ、デスルフロモナス・アセトキシダンス、フラボバクテリウム細菌、ゲマータ・オブスキュリグロブス、ゲオバクター・ベミジェンシス、ゲオバクター・ラヴレイ、ゲオバクター・エスピー・FRC-32、ゲオバクター・ウラニウムレデュセンス、ハヘラ・チェジュエンシス、ジャナスキア・エスピー・CCS1、キネオコッカス・ラジオトレランス、レンチスファエラ・アラネオーサ、マリカウリス・マリス、マリノバクター・アルギコーラ、マリノバクター・アクアエオレイ、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロシラ・マリナ、モリテーラ・エスピー・PE36、マイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクローシス、マイコバクテリウム・マリヌム、マイコバクテリウム・エスピー・GP1、マイコバクテリウム・ツベルクローシス、マイコバクテリウム・バンバアレニイ、ナイセリア・ゴノレア、ノカルジア・ファルシニカ、オピタタシエ 細菌、オピタタス・テラエ、パエニバチルス・エスピー・JDR-2、ペロバクター・プロピオニカス、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトラブダス・ルミネッセンス亜種ラウモンディイ、プランクトマイセス・マリス、プレシオシスチス・パシフィカ、シュードアルテロモナス・アトランティカ、サイクロモナス・イングラハミィイ、サイクロモナス・エスピー・CNPT3、ラルストニア・ピッケティ、ロドコッカス・ロドクロウス、ロドコッカス・エスピー、ロドピレルーラ・バルティカ 、ロゼオバリウス・ヌビンヒベンス、シュワネラ・アマゾネンシス、シュワネラ・バルティカ、シュワネラ・ベンティカ、シュワネラ・デニトリフィカンス、シュワネラ・フリギディマリナ、シュワネラ・ハリファクセンシス、シュワネラ・ロイヒカ、シュワネラ・オネイデンシス、シュワネラ・ペアレアナ、シュワネラ・プトレファシエンス、シュワネラ・セディミニス、シュワネラ・エスピー・ANA-3、シュワネラ・エスピー・MR-4、シュワネラ・エスピー・MR-7、シュワネラ・エスピー・W3-18-1、シュワネラ・ウーディイ、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ストレプトマイセス・アムボファシエンス、ザントモナス・アクソノポディス、ザントモナス・カンペストリス、ザントモナス・オリゼ、およびキシレラ・ファスティディオーサ。
【請求項３７】
核酸が配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、および配列番号87からなる群から選択される請求項 5の単離核酸。
【請求項３８】
ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結したプロモーターをさらに含む請求項1-37のいずれかの単離核酸。
【請求項３９】
プロモーターが、誘導性プロモーター、構成的プロモーター、または細胞特異的プロモーターである請求項 38の単離核酸。
【請求項４０】
プロモーターが、T7 プロモーター、PxylA プロモーター、Pgrac プロモーター、GAL1 プロモーター、GAL10 プロモーター、またはpTrc プロモーターである請求項 39の単離核酸。
【請求項４１】
以下からなる群から選択される少なくともひとつのさらなる核酸配列をさらに含む請求項1-40のいずれかの単離核酸:
(a)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した制御配列;
(b)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した選択マーカー;
(c)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した精製部分;
(d)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した分泌配列;および、
(e)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合したターゲティング配列。
【請求項４２】
ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した選択マーカーをさらに含む請求項1-40のいずれかの単離核酸であって、選択マーカーが、アンピシリン/カルベニシリン 耐性、カナマイシン 耐性、クロラムフェニコール 耐性、エリスロマイシン 耐性、ストレプトマイシン/スペクチノマイシン 耐性、またはヒスチジン栄養要求性 選択マーカー遺伝子である単離核酸。
【請求項４３】
請求項1-42のいずれかの単離核酸を含むベクター。
【請求項４４】
ベクターがプラスミドである請求項 43のベクター。
【請求項４５】
プラスミドが、pET21b(+)、pCOLADuet-1、pCDFDuet-1、pWH1520、pHT01、pESC-HIS、pET-21d(+)、pETDuet-1、pACYCDuet-1、pTrcHis2A、pMAL-c2X、またはpCL1920pTrcである請求項 43のベクター。
【請求項４６】
請求項1-42のいずれかの単離核酸または請求項43-45のいずれかのベクターを含む細胞。
【請求項４７】
請求項1-42のいずれかの単離核酸により形質転換された細胞。
【請求項４８】
請求項43-45のいずれかのベクターをトランスフェクトされた細胞。
【請求項４９】
細胞が、酵母細胞、真菌細胞、動物細胞、昆虫細胞、細菌細胞、藻類細胞、または植物細胞である請求項46-48のいずれかの細胞。
【請求項５０】
細胞が細菌細胞である請求項 49の細胞。
【請求項５１】
細胞が以下の属から選択される請求項 49の細胞：エシェリキア、バチルス、ラクトバチルス、ロドコッカス、シュードモナス、アスペルギルス、トリコデルマ、ニューロスポラ、フザリウム、フミコーラ、リゾムコール、クリベロマイセス、ピキア、ムコール、マイセリオフトラ、ペニシリウム、ファネロカエテ、プレウロツス、トラメテス、クリソスポリウム、サッカロマイセス、シゾサッカロマイセス、ステノトロファモナス、キネオコッカス、ヤロウイア、またはストレプトマイセス。
【請求項５２】
細胞が、バチルス・レンタス 細胞、バチルス・ブレビス 細胞、バチルス・ステアロサーモフィルス 細胞、バチルス・リケニフォルミス 細胞、バチルス・アルカロフィラス 細胞、バチルス・コアグランス 細胞、バチルス・サーキュランス 細胞、バチルス・プミリス 細胞、バチルス・チューリンゲンシス 細胞、バチルス・クラウシィ 細胞、バチルス・メガテリウム 細胞、バチルス・サブティリス 細胞、またはバチルス・アミロリケファシエンス 細胞である請求項 51の細胞。
【請求項５３】
細胞が、トリコデルマ・コニンギ 細胞、トリコデルマ・ビリデ 細胞、トリコデルマ・リーゼイ 細胞、トリコデルマ・ロンギブラチアタム 細胞、アスペルギルス・アワモリ 細胞、アスペルギルス・フミガーツス 細胞、アスペルギルス・フォエティダス 細胞、アスペルギルス・ニデュランス 細胞、アスペルギルス・ニガー 細胞、アスペルギルス・オリザエ 細胞、フミコーラ・インソレンス 細胞、フミコーラ・ラヌギノサ 細胞、リゾムコール・ミーヘイ 細胞、またはムコール・ミーヘイ 細胞である請求項 51の細胞。
【請求項５４】
細胞がストレプトマイセス・リビダンス 細胞またはストレプトマイセス・ミュリナス 細胞である請求項 51の細胞。
【請求項５５】
細胞が放線菌細胞である請求項 50の細胞。
【請求項５６】
細胞が大腸菌細胞である請求項 51の細胞。
【請求項５７】
大腸菌細胞が、菌株 B、菌株 C、菌株 K、または菌株 W 大腸菌細胞である請求項 56の細胞。
【請求項５８】
細胞が、ステノトロホモナス・マルトフィリア 細胞、キネオコッカス・ラジオトレランス 細胞、バチルス・メガテリウム 細胞、およびサッカロマイセス・セレビシエ 細胞からなる群から選択される請求項 49の細胞。
【請求項５９】
細胞が、アナエロミクソバクター・エスピー・Fw109-5、アルスロバクター・アウレッセンス、アルスロバクター・クロロフェノリカス、アルスロバクター・エスピー・FB24、ブデロビブリオ・バクテリオボルス、ブラストピレルラ・マリナ、ブレビバクテリウム・リネンス、ブルクホルデリア・アムビファリア、ブルクホルデリア・セノセパシア、ブルクホルデリア・オクラホメンシス、ブルクホルデリア・シュードマレイ、ブルクホルデリア・エスピー・383、カンジダツス・クエネニア・スツッツガルティエンシス、クロロフレクス・アグレガンス、クロロフレクス・アウランティアカス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種ミシガンエンシス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種セペドニカス、クロストリジウム・ボツリヌム A、クロストリジウム・ボツリヌム A3、クロストリジウム・ボツリヌム B1、クロストリジウム・ボツリヌム Bf、クロストリジウム・ボツリヌム F、クロストリジウム・ボツリヌム、コルウェリア・サイクレリスラエ、コングレギバクター・リトラリス、デスルファチバチラム・アルケニボランス、デスルホコッカス・オレオボランス、デスルホタレア・サイクロフィラ、デスルフロモナス・アセトキシダンス、フラボバクテリウム細菌、ゲマータ・オブスキュリグロブス、ゲオバクター・ベミジェンシス、ゲオバクター・ラヴレイ、ゲオバクター・エスピー・FRC-32、ゲオバクター・ウラニウムレデュセンス、ハヘラ・チェジュエンシス、ジャナスキア・エスピー・CCS1、キネオコッカス・ラジオトレランス、レンチスファエラ・アラネオーサ、マリカウリス・マリス、マリノバクター・アルギコーラ、マリノバクター・アクアエオレイ、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロシラ・マリナ、モリテーラ・エスピー・PE36、マイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクローシス、マイコバクテリウム・マリヌム、マイコバクテリウム・エスピー・GP1、マイコバクテリウム・ツベルクローシス、マイコバクテリウム・バンバアレニイ、ナイセリア・ゴノレア、ノカルジア・ファルシニカ、オピタタシエ 細菌、オピタタス・テラエ、パエニバチルス・エスピー・JDR-2、ペロバクター・プロピオニカス、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトラブダス・ルミネッセンス亜種ラウモンディイ、プランクトマイセス・マリス、プレシオシスチス・パシフィカ、シュードアルテロモナス・アトランティカ、サイクロモナス・イングラハミィイ、サイクロモナス・エスピー・CNPT3、ラルストニア・ピッケティ、ロドコッカス・ロドクロウス、ロドコッカス・エスピー、ロドピレルーラ・バルティカ 、ロゼオバリウス・ヌビンヒベンス、シュワネラ・アマゾネンシス、シュワネラ・バルティカ、シュワネラ・ベンティカ、シュワネラ・デニトリフィカンス、シュワネラ・フリギディマリナ、シュワネラ・ハリファクセンシス、シュワネラ・ロイヒカ、シュワネラ・オネイデンシス、シュワネラ・ペアレアナ、シュワネラ・プトレファシエンス、シュワネラ・セディミニス、シュワネラ・エスピー・ANA-3、シュワネラ・エスピー・MR-4、シュワネラ・エスピー・MR-7、シュワネラ・エスピー・W3-18-1、シュワネラ・ウーディイ、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ストレプトマイセス・アムボファシエンス、ザントモナス・アクソノポディス、ザントモナス・カンペストリス、ザントモナス・オリゼ、およびキシレラ・ファスティディオーサからなる群から選択される請求項 50の細胞。
【請求項６０】
細胞が、CHO 細胞、COS 細胞、VERO 細胞、BHK 細胞、HeLa 細胞、Cv1 細胞、MDCK 細胞、293 細胞、3T3 細胞、およびPC12 細胞からなる群から選択される請求項 49の細胞。
【請求項６１】
細胞が脂肪酸生合成経路に関与する遺伝子において変化を含む請求項46-60のいずれかの細胞。
【請求項６２】
細胞がアシル-CoA デヒドロゲナーゼをコードする遺伝子において欠失を含む請求項 61の細胞。
【請求項６３】
細胞がアシル-CoA デヒドロゲナーゼをコードする遺伝子において突然変異を含む請求項 61の細胞。
【請求項６４】
細胞がチオエステラーゼをコードする遺伝子において欠失を含む請求項 61の細胞。
【請求項６５】
細胞がチオエステラーゼをコードする遺伝子において突然変異を含む請求項 61の細胞。
【請求項６６】
細胞がさらにアシル-CoA シンターゼを含む請求項46-65のいずれかの細胞。
【請求項６７】
細胞がさらにチオエステラーゼを含む請求項46-66のいずれかの細胞。
【請求項６８】
細胞が炭化水素を生産する請求項46-67のいずれかの細胞。
【請求項６９】
炭化水素がオレフィンである請求項 68の細胞。
【請求項７０】
炭化水素が細胞によって分泌される請求項 68の細胞。
【請求項７１】
細胞が脂肪族ケトンを生産する請求項46-67のいずれかの細胞。
【請求項７２】
請求項7、12、または17のいずれかの単離核酸を含む細胞。
【請求項７３】
細胞がサッカロマイセス・セレビシエ 細胞である請求項 72の細胞。
【請求項７４】
請求項46-70のいずれかの細胞を炭化水素を生産するのに十分な条件下で基質とともに培養することを含む、炭化水素を生産する方法。
【請求項７５】
基質が、炭素源、脂肪酸、アシル-CoA、アシル-AMP、アシル-ACP、α-アルキル-β-ケト酸、α-アルキル-β-ケトエステル、または脂肪族ケトンである請求項 74の方法。
【請求項７６】
細胞の生産性が少なくとも約 3 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項７７】
細胞の生産性が少なくとも約 5 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項７８】
細胞の生産性が少なくとも約 8 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項７９】
細胞の生産性が少なくとも約 15 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項８０】
細胞の生産性が少なくとも約 20 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項８１】
細胞の生産性が少なくとも約 30 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項８２】
炭化水素を単離することをさらに含む請求項74-81のいずれかの方法。
【請求項８３】
炭化水素が細胞から単離される請求項 82の方法。
【請求項８４】
炭化水素が細胞が培養された培地から単離される請求項 82の方法。
【請求項８５】
炭化水素をクラッキングまたは精練することをさらに含む請求項74-84のいずれかの方法。
【請求項８６】
炭化水素が約 10 〜約 40 炭素の炭素鎖長を有する請求項74-85のいずれかの方法。
【請求項８７】
炭化水素が約 17 〜約 34 炭素の炭素鎖長を有する請求項 86の方法。
【請求項８８】
炭化水素がモノ-不飽和またはポリ-不飽和である請求項74-87のいずれかの方法。
【請求項８９】
請求項46-67または71-73のいずれかの細胞を脂肪族ケトンを生産するのに十分な条件下で基質とともに培養することを含む脂肪族ケトンを生産する方法。
【請求項９０】
基質が、炭素源、脂肪酸、アシル-CoA、アシル-AMP、またはアシル-ACPである請求項 89の方法。
【請求項９１】
細胞の生産性が少なくとも約 0.1 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９２】
細胞の生産性が少なくとも約 1 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９３】
細胞の生産性が少なくとも約 3 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９４】
細胞の生産性が少なくとも約 6mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９５】
細胞の生産性が少なくとも約 9 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９６】
細胞の生産性が少なくとも約 12 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９７】
脂肪族ケトンを単離することをさらに含む請求項89-96のいずれかの方法。
【請求項９８】
脂肪族ケトンが細胞から単離される請求項 97の方法。
【請求項９９】
脂肪族ケトンが細胞が培養された培地から単離される請求項 97の方法。
【請求項１００】
脂肪族ケトンが約 10 〜約 40 炭素の炭素鎖長を有する請求項89-99のいずれかの方法。
【請求項１０１】
脂肪族ケトンが約 19 〜約 31 炭素の炭素鎖長を有する請求項 100の方法。
【請求項１０２】
脂肪族ケトンが飽和、モノ-不飽和、またはポリ-不飽和である請求項89-101のいずれかの方法。
【請求項１０３】
請求項46-73のいずれかの細胞を、単離核酸によってコードされるポリペプチドを生産するのに十分な条件下で培養することを含む、精製ポリペプチドを生産する方法。
【請求項１０４】
ポリペプチドが OleA、OleB、OleC、OleD、またはOleBCである請求項 103の方法。
【請求項１０５】
脂肪族ケトンを生産するのに十分な条件下で基質をOleAとともにインキュベートすることを含む脂肪族ケトンを生産する方法。
【請求項１０６】
基質がアシル-CoA、アシル-AMP、またはアシル-ACPを含む請求項 105の方法。
【請求項１０７】
炭化水素を生産するのに十分な条件下で基質をOleA、OleB、OleC、OleBC、OleD、またはそれらの組合せとともにインキュベートすることを含む炭化水素を生産する方法。
【請求項１０８】
炭化水素を生産するのに十分な条件下で基質をOleAおよびOleDとともにインキュベートすることを含む請求項 107の方法。
【請求項１０９】
炭化水素を生産するのに十分な条件下で基質をOleA、OleC、およびOleDとともにインキュベートすることを含む請求項 107の方法。
【請求項１１０】
OleBをさらに含む請求項 108または109の方法。
【請求項１１１】
基質がアシル-CoA、アシル-AMP、またはアシル-ACPを含む請求項107-110のいずれかの方法。
【請求項１１２】
請求項74-102および105-110のいずれかの方法を含むバイオ燃料を生産する方法。
【請求項１１３】
バイオ燃料がガソリン、バイオディーゼル、またはジェット燃料である請求項 112の方法。
【請求項１１４】
請求項74-88および107-110のいずれかの方法によって生産される炭化水素。
【請求項１１５】
炭化水素が約 -28またはそれより大きいδ13Cを有する炭化水素。
【請求項１１６】
炭化水素が約-27 〜約-24のδ13Cを有する請求項 115の炭化水素。
【請求項１１７】
炭化水素が約-15 〜約-5またはそれより大きいδ13Cを有する請求項 115の炭化水素。
【請求項１１８】
炭化水素が 約-30 〜約-15のδ13Cを有する請求項 117の炭化水素。
【請求項１１９】
炭化水素が少なくとも約 50のpMCを有する炭化水素。
【請求項１２０】
炭化水素が少なくとも約 80のpMCを有する請求項 119の炭化水素。
【請求項１２１】
炭化水素が少なくとも約 90のpMCを有する請求項 119の炭化水素。
【請求項１２２】
オレフィンが少なくとも約 92のpMCを有する請求項 121の炭化水素。
【請求項１２３】
炭化水素が 約 50 〜約 100のpMCを有する請求項 122の炭化水素。
【請求項１２４】
炭化水素がオレフィンである請求項114-123のいずれかの炭化水素。
【請求項１２５】
オレフィンがモノ-不飽和である請求項 124の炭化水素。
【請求項１２６】
オレフィンがポリ-不飽和である請求項 124の炭化水素。
【請求項１２７】
オレフィンがジ-不飽和である請求項 124の炭化水素。
【請求項１２８】
オレフィンがトリ-不飽和である請求項 124の炭化水素。
【請求項１２９】
オレフィンが約 10 〜約 40 炭素の炭素鎖長を有する請求項124-128のいずれかの炭化水素。
【請求項１３０】
オレフィンが約 19 〜約 33 炭素の炭素鎖長を有する請求項 129の炭化水素。
【請求項１３１】
炭化水素が直鎖炭化水素である請求項114-130のいずれかの炭化水素。
【請求項１３２】
炭化水素が分枝鎖炭化水素である請求項114-130のいずれかの炭化水素。
【請求項１３３】
炭化水素が環状部分を含む請求項114-130のいずれかの炭化水素。
【請求項１３４】
請求項114-133のいずれかの炭化水素を含むバイオ燃料。
【請求項１３５】
バイオ燃料がガソリン、バイオディーゼル、またはジェット燃料である請求項 134のバイオ燃料。
【請求項１３６】
バイオ燃料が炭素源に由来する請求項 134または135のバイオ燃料。
【請求項１３７】
炭素源が再生可能なエネルギー源である請求項 136のバイオ燃料。
【請求項１３８】
再生可能なエネルギー源がバイオマスである請求項 137のバイオ燃料。
【請求項１３９】
配列番号2、配列番号4、配列番号12、および配列番号18からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列が１以上のアミノ酸置換、付加、挿入、または欠失を含む単離ポリペプチド。
【請求項１４０】
ポリペプチドがクライゼン縮合活性を有する請求項 139の単離ポリペプチド。
【請求項１４１】
ポリペプチドが２つのアシルチオエステルの縮合を触媒する請求項 140の単離ポリペプチド。
【請求項１４１】
配列番号8、配列番号16、および配列番号22からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列が１以上のアミノ酸置換、付加、挿入、または欠失を含む単離ポリペプチド。
【請求項１４２】
ポリペプチドがオキシドレダクターゼ活性を有する請求項 141の単離ポリペプチド。
【請求項１４３】
ポリペプチドがケトンの還元を触媒する請求項 142の単離ポリペプチド。
【請求項１４４】
配列番号2、配列番号4、配列番号8、配列番号12、配列番号16、配列番号18、および配列番号22からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドと同じ生物活性を有するポリペプチドをコードする単離核酸。
【請求項１４５】
単離核酸が; (i)配列番号1、配列番号3、配列番号7、配列番号11、配列番号15、配列番号17、および配列番号21またはそれらの断片からなる群から選択される核酸配列;または(ii)配列番号1、配列番号3、配列番号7、配列番号11、配列番号15、配列番号17、および配列番号21からなる群から選択される核酸配列の相補鎖またはそれらの断片にハイブリダイズする核酸配列を含む請求項 144の単離核酸。
【請求項１４６】
生物活性がクライゼン縮合活性である請求項 144または145の単離核酸。
【請求項１４７】
生物活性が２つのアシルチオエステルの縮合である請求項 144または145の単離核酸。
【請求項１４８】
生物活性がオキシドレダクターゼ活性である請求項 144または145の単離核酸。
【請求項１４９】
生物活性がケトンの還元である請求項 144または145の単離核酸。
【請求項１５０】
(a)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有し、かつ、(b)ポリペプチドをコードするゲノム核酸配列の上流に生物のゲノムに安定に取り込まれた外来性核酸配列を含む遺伝子改変された生物。
【請求項１５１】
ゲノム核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも 80%の配列同一性を有する請求項 150の遺伝子改変された生物。
【請求項１５２】
ゲノム核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも 90%の配列同一性を有する請求項 151の遺伝子改変された生物。
【請求項１５３】
ゲノム核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも 95%の配列同一性を有する請求項 152の遺伝子改変された生物。
【請求項１５４】
ゲノム核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列を含む請求項 153の遺伝子改変された生物。
【請求項１５５】
生物が、アナエロミクソバクター・エスピー・Fw109-5、アルスロバクター・アウレッセンス、アルスロバクター・クロロフェノリカス、アルスロバクター・エスピー・FB24、ブデロビブリオ・バクテリオボルス、ブラストピレルラ・マリナ、ブレビバクテリウム・リネンス、ブルクホルデリア・アムビファリア、ブルクホルデリア・セノセパシア、ブルクホルデリア・オクラホメンシス、ブルクホルデリア・シュードマレイ、ブルクホルデリア・エスピー・383、カンジダツス・クエネニア・スツッツガルティエンシス、クロロフレクス・アグレガンス、クロロフレクス・アウランティアカス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種ミシガンエンシス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種セペドニカス、クロストリジウム・ボツリヌム A、クロストリジウム・ボツリヌム A3、クロストリジウム・ボツリヌム B1、クロストリジウム・ボツリヌム Bf、クロストリジウム・ボツリヌム F、クロストリジウム・ボツリヌム、コルウェリア・サイクレリスラエ、コングレギバクター・リトラリス、デスルファチバチラム・アルケニボランス、デスルホコッカス・オレオボランス、デスルホタレア・サイクロフィラ、デスルフロモナス・アセトキシダンス、フラボバクテリウム細菌、ゲマータ・オブスキュリグロブス、ゲオバクター・ベミジェンシス、ゲオバクター・ラヴレイ、ゲオバクター・エスピー・FRC-32、ゲオバクター・ウラニウムレデュセンス、ハヘラ・チェジュエンシス、ジャナスキア・エスピー・CCS1、キネオコッカス・ラジオトレランス、レンチスファエラ・アラネオーサ、マリカウリス・マリス、マリノバクター・アルギコーラ、マリノバクター・アクアエオレイ、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロシラ・マリナ、モリテーラ・エスピー・PE36、マイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクローシス、マイコバクテリウム・マリヌム、マイコバクテリウム・エスピー・GP1、マイコバクテリウム・ツベルクローシス、マイコバクテリウム・バンバアレニイ、ナイセリア・ゴノレア、ノカルジア・ファルシニカ、オピタタシエ 細菌、オピタタス・テラエ、パエニバチルス・エスピー・JDR-2、ペロバクター・プロピオニカス、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトラブダス・ルミネッセンス亜種ラウモンディイ、プランクトマイセス・マリス、プレシオシスチス・パシフィカ、シュードアルテロモナス・アトランティカ、サイクロモナス・イングラハミィイ、サイクロモナス・エスピー・CNPT3、ラルストニア・ピッケティ、ロドコッカス・ロドクロウス、ロドコッカス・エスピー、ロドピレルーラ・バルティカ 、ロゼオバリウス・ヌビンヒベンス、シュワネラ・アマゾネンシス、シュワネラ・バルティカ、シュワネラ・ベンティカ、シュワネラ・デニトリフィカンス、シュワネラ・フリギディマリナ、シュワネラ・ハリファクセンシス、シュワネラ・ロイヒカ、シュワネラ・オネイデンシス、シュワネラ・ペアレアナ、シュワネラ・プトレファシエンス、シュワネラ・セディミニス、シュワネラ・エスピー・ANA-3、シュワネラ・エスピー・MR-4、シュワネラ・エスピー・MR-7、シュワネラ・エスピー・W3-18-1、シュワネラ・ウーディイ、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ストレプトマイセス・アムボファシエンス、ザントモナス・アクソノポディス、ザントモナス・カンペストリス、ザントモナス・オリゼ、およびキシレラ・ファスティディオーサからなる群から選択される請求項150-154のいずれかの生物。
【請求項１５６】
外来性核酸配列が、同じ条件下での外来性核酸配列の取り込みの前の生物における同じポリペプチドの発現と比較して、ゲノム核酸配列によってコードされるポリペプチドの発現を上昇させる、請求項150-155のいずれかの遺伝子改変された生物。
【請求項１５７】
生物が、同じ条件下での野生型生物における炭化水素の生産と比較して上昇した量の炭化水素を生産する、請求項150-156のいずれかの遺伝子改変された生物。
【請求項１５８】
以下の工程を含む炭化水素の生産に有用な酵素を同定する方法:
(a) OleA およびOleD、(b) OleA およびOleC、および(c) OleC およびOleD からなる群から選択されるポリペプチドを含む細胞を、炭化水素を生産する能力を有すると疑われる酵素をコードする核酸により形質転換する工程;および、
細胞が炭化水素を生産するか否かを決定する工程、ここで、細胞による炭化水素生産の存在は、核酸が炭化水素の生産に有用なポリペプチドをコードすることを示す。
【請求項１５９】
OleAが配列番号2、配列番号4、配列番号12、または配列番号18と少なくとも約 35%の配列同一性を共有し; OleC が配列番号6、配列番号14、配列番号20、または配列番号88と少なくとも約 35%の配列同一性を共有し;かつ、OleDが配列番号8、配列番号16、または配列番号22と少なくとも約 35%の配列同一性を共有する、請求項 158の方法。
【請求項１６０】
OleAが配列番号2、配列番号4、配列番号12、または配列番号18と少なくとも 50%の配列同一性を共有し; OleCが配列番号6、配列番号14、配列番号20、または配列番号88と少なくとも 50%の配列同一性を共有し;かつ、OleD が配列番号8、配列番号16、または配列番号22と少なくとも 50%の配列同一性を共有する、請求項 158の方法。
【請求項１６１】
OleAが配列番号2、配列番号4、配列番号12、または配列番号18と少なくとも 80%の配列同一性を共有し; OleCが配列番号6、配列番号14、配列番号20、または配列番号88と少なくとも 80%の配列同一性を共有し;かつ、OleDが配列番号8、配列番号16、または配列番号22と少なくとも 80%の配列同一性を共有する、請求項 158の方法。
【請求項１６２】
配列番号6、配列番号14、配列番号20、および配列番号88からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ここで、該アミノ酸配列が１以上の アミノ酸置換、付加、挿入、または欠失を含む単離ポリペプチド。
【請求項１６３】
ポリペプチドがアデニル化活性を有する請求項 162の単離ポリペプチド。
【請求項１６４】
(a)配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する核酸配列を有する生物を提供する工程、および(b)該核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、遺伝子改変された生物。
【請求項１６５】
生物が、配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 80%の配列同一性を有する核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、請求項 164の遺伝子改変された生物。
【請求項１６６】
生物が、配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 90%の配列同一性を有する核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、請求項 165の遺伝子改変された生物。
【請求項１６７】
生物が、配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 95%の配列同一性を有する核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、請求項 166の遺伝子改変された生物。
【請求項１６８】
生物が、配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、請求項 167の遺伝子改変された生物。
【請求項１６９】
生物が、アナエロミクソバクター・エスピー・Fw109-5、アルスロバクター・アウレッセンス、アルスロバクター・クロロフェノリカス、アルスロバクター・エスピー・FB24、ブデロビブリオ・バクテリオボルス、ブラストピレルラ・マリナ、ブレビバクテリウム・リネンス、ブルクホルデリア・アムビファリア、ブルクホルデリア・セノセパシア、ブルクホルデリア・オクラホメンシス、ブルクホルデリア・シュードマレイ、ブルクホルデリア・エスピー・383、カンジダツス・クエネニア・スツッツガルティエンシス、クロロフレクス・アグレガンス、クロロフレクス・アウランティアカス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種ミシガンエンシス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種セペドニカス、クロストリジウム・ボツリヌム A、クロストリジウム・ボツリヌム A3、クロストリジウム・ボツリヌム B1、クロストリジウム・ボツリヌム Bf、クロストリジウム・ボツリヌム F、クロストリジウム・ボツリヌム、コルウェリア・サイクレリスラエ、コングレギバクター・リトラリス、デスルファチバチラム・アルケニボランス、デスルホコッカス・オレオボランス、デスルホタレア・サイクロフィラ、デスルフロモナス・アセトキシダンス、フラボバクテリウム細菌、ゲマータ・オブスキュリグロブス、ゲオバクター・ベミジェンシス、ゲオバクター・ラヴレイ、ゲオバクター・エスピー・FRC-32、ゲオバクター・ウラニウムレデュセンス、ハヘラ・チェジュエンシス、ジャナスキア・エスピー・CCS1、キネオコッカス・ラジオトレランス、レンチスファエラ・アラネオーサ、マリカウリス・マリス、マリノバクター・アルギコーラ、マリノバクター・アクアエオレイ、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロシラ・マリナ、モリテーラ・エスピー・PE36、マイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクローシス、マイコバクテリウム・マリヌム、マイコバクテリウム・エスピー・GP1、マイコバクテリウム・ツベルクローシス、マイコバクテリウム・バンバアレニイ、ナイセリア・ゴノレア、ノカルジア・ファルシニカ、オピタタシエ 細菌、オピタタス・テラエ、パエニバチルス・エスピー・JDR-2、ペロバクター・プロピオニカス、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトラブダス・ルミネッセンス亜種ラウモンディイ、プランクトマイセス・マリス、プレシオシスチス・パシフィカ、シュードアルテロモナス・アトランティカ、サイクロモナス・イングラハミィイ、サイクロモナス・エスピー・CNPT3、ラルストニア・ピッケティ、ロドコッカス・ロドクロウス、ロドコッカス・エスピー、ロドピレルーラ・バルティカ 、ロゼオバリウス・ヌビンヒベンス、シュワネラ・アマゾネンシス、シュワネラ・バルティカ、シュワネラ・ベンティカ、シュワネラ・デニトリフィカンス、シュワネラ・フリギディマリナ、シュワネラ・ハリファクセンシス、シュワネラ・ロイヒカ、シュワネラ・オネイデンシス、シュワネラ・ペアレアナ、シュワネラ・プトレファシエンス、シュワネラ・セディミニス、シュワネラ・エスピー・ANA-3、シュワネラ・エスピー・MR-4、シュワネラ・エスピー・MR-7、シュワネラ・エスピー・W3-18-1、シュワネラ・ウーディイ、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ストレプトマイセス・アムボファシエンス、ザントモナス・アクソノポディス、ザントモナス・カンペストリス、ザントモナス・オリゼ、およびキシレラ・ファスティディオーサからなる群から選択される請求項164-168のいずれかの生物。
【請求項１７０】
生物における核酸配列の欠失または突然変異の結果、同じ条件下での核酸配列の欠失または突然変異の前の生物における同じポリペプチドの生産と比較して核酸配列によってコードされるポリペプチドの生産が低下する請求項164-169のいずれかの遺伝子改変された生物。
【請求項１７１】
遺伝子改変された生物がケトンを生産する請求項164-170のいずれかの遺伝子改変された生物。
【請求項１】
配列番号64-74および91-133からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む1500以下のアミノ酸残基のポリペプチドをコードする単離核酸。
【請求項２】
核酸が第一のポリペプチドおよび第二のポリペプチドをコードし、第一および第二のポリペプチドのそれぞれが1500 アミノ酸残基以下であり、第一および第二のポリペプチドのそれぞれが配列番号64-74および91-133からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む請求項 1の単離核酸。
【請求項３】
核酸が第一のポリペプチド、第二のポリペプチド、および第三のポリペプチドをコードし、第一、第二、および第三のポリペプチドのそれぞれが1500 アミノ酸残基以下であり、第一、第二、および第三のポリペプチドのそれぞれが配列番号64-74および91-133からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む請求項 1の単離核酸。
【請求項４】
核酸が第一のポリペプチド、第二のポリペプチド、第三のポリペプチド、および第四のポリペプチドをコードし、第一、第二、第三、および第四のポリペプチドのそれぞれが1500 アミノ酸残基以下であり、第一、第二、第三、および第四のポリペプチドのそれぞれが配列番号64-74および91-133からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む請求項 1の単離核酸。
【請求項５】
以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離核酸:
(a)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88;
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログ;
(c)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88の保存的変異体であって、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含むもの：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe;およびValからIle、Leu、またはMet;および、
(d)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列。
【請求項６】
核酸が配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項７】
核酸が配列番号2、配列番号4、配列番号12、および配列番号18からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項８】
核酸が配列番号10を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項９】
核酸が配列番号6、配列番号14、配列番号20、および配列番号88からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１０】
核酸が配列番号8、配列番号16、および配列番号22からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１１】
核酸が配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１２】
核酸が配列番号2、配列番号4、配列番号12、および配列番号18のホモログからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１３】
核酸が配列番号10のホモログを含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１４】
核酸が配列番号6、配列番号14、配列番号20、および配列番号88のホモログからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１５】
核酸が配列番号8、配列番号16、および配列番号22のホモログからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項１６】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88の保存的変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet。
【請求項１７】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号2、配列番号4、配列番号12、および配列番号18の保存的変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; および ValからIle、Leu、またはMet。
【請求項１８】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号10の保存的変異体を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet。
【請求項１９】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号6、配列番号14、配列番号20、および配列番号88の保存的変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet。
【請求項２０】
核酸が、以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号8、配列番号16、および配列番号22の保存的変異体からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet。
【請求項２１】
核酸が、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項２２】
核酸が、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも 50%の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項２３】
核酸が、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも 80%の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸。
【請求項２４】
核酸が第一のポリペプチドおよび第二のポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸であって、第一および第二のポリペプチドのそれぞれが以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離核酸:
(a)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88;
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログ;
(c)以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88の保存的変異体：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe; およびValからIle、Leu、またはMet;および、
(d)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列。
【請求項２５】
核酸が、第一のポリペプチド、第二のポリペプチド、および第三のポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸であって、第一、第二、および第三のポリペプチドのそれぞれが以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離核酸:
(a)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88;
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログ;
(c)以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88 の保存的変異体：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe;およびValからIle、Leu、またはMet;および、
(d)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列。
【請求項２６】
核酸が、第一のポリペプチド、第二のポリペプチド、第三のポリペプチド、および第四のポリペプチドをコードする請求項 5の単離核酸であって、第一、第二、第三、および第四のポリペプチドのそれぞれが以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離核酸:
(a)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88;
(b)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88のホモログ;
(c)以下からなる群から選択される１以上の保存的アミノ酸置換を含む配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88の保存的変異体：AlaからCys、Gly、またはSer; ArgからIle、Lys、Met、またはOrn; AsnからAsp、Gln、Glu、またはHis; AspからAsn、Gln、またはGlu; CysからMet、Ser、またはThr; GlnからAsn、Asp、またはGlu; GluからAsn、Asp、またはGln; GlyからAcp、Ala、またはPro; HisからAsnまたはGln; IleからLeu、Met、またはVal; LeuからIle、Met、またはVal; LysからArg、Gln、Glu、Ile、Met、またはOrn; MetからCys、Ile、Leu、またはVal; PheからHis、L-Dopa、Leu、Met、Thr、Trp、Tyr、3-フェニルプロリン、4-フェニルプロリン、または5-フェニルプロリン; ProからL-1-チアゾリジン-4-カルボン酸 またはD-またはL-1-オキサゾリジン-4-カルボン酸; SerからCys、Met、またはThr; ThrからMet、Ser、またはVal; TrpからTyr; TyrからL-Dopa、His、またはPhe;およびValからIle、Leu、またはMet;および、
(d)配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、および配列番号88に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する配列。
【請求項２７】
ポリペプチドが1000以下のアミノ酸残基を有する請求項1-26のいずれかの単離核酸。
【請求項２８】
ポリペプチドが800以下のアミノ酸残基を有する請求項1-27のいずれかの単離核酸。
【請求項２９】
ポリペプチドが600以下のアミノ酸残基を有する請求項1-28のいずれかの単離核酸。
【請求項３０】
ポリペプチドが少なくとも約 100 アミノ酸残基を有する請求項1-29のいずれかの単離核酸。
【請求項３１】
ポリペプチドが少なくとも約 200 アミノ酸残基を有する請求項 30の単離核酸。
【請求項３２】
ポリペプチドが少なくとも約 250 アミノ酸残基を有する請求項 31の単離核酸。
【請求項３３】
核酸が、細菌、植物、昆虫、酵母、真菌、藻類、または動物から単離されたものである請求項1-32のいずれかの単離核酸。
【請求項３４】
核酸が細菌から単離されたものである請求項1-33のいずれかの単離核酸。
【請求項３５】
細菌が以下からなる群から選択される属のものである請求項1-34のいずれかの単離核酸：アナエロミクソバクター、アルスロバクター、ブデロビブリオ、ブラストピレルラ、ブレビバクテリウム、ブルクホルデリア、カンジダツス、クロロフレクサス、クラビバクター、クロストリジウム、コルウェリア、コングレギバクター、デスルファチバチラム、デスルホコッカス、デスルホタレア、デスルフロモナス、フラボバクテリウム(Flavobacteriales)、ゲマータ、ゲオバクター、ハヘラ、ジャナスキア、キネオコッカス、レンチスファエラ、マリカウリス、マリノバクター、ミクロコッカス、ミクロシラ、モリテーラ、マイコバクテリウム、ナイセリア、ノカルジア、オピタタシエ(Opitutaceae)、オピタタス(Opitutus)、パエニバチルス、ペロバクター、フォトバクテリウム、フォトラブダス、プランクトマイセス、プレシオシスチス、シュードアルテロモナス、サイクロモナス、ラルストニア、ロドコッカス、ロドピレルーラ、ロゼオバリウス、シュワネラ、ステノトロホモナス、ストレプトマイセス、ザントモナス、およびキシレラ。
【請求項３６】
細菌が以下からなる群から選択される請求項1-35のいずれかの単離核酸：アナエロミクソバクター・エスピー・Fw109-5、アルスロバクター・アウレッセンス、アルスロバクター・クロロフェノリカス、アルスロバクター・エスピー・FB24、ブデロビブリオ・バクテリオボルス、ブラストピレルラ・マリナ、ブレビバクテリウム・リネンス、ブルクホルデリア・アムビファリア、ブルクホルデリア・セノセパシア、ブルクホルデリア・オクラホメンシス、ブルクホルデリア・シュードマレイ、ブルクホルデリア・エスピー・383、カンジダツス・クエネニア・スツッツガルティエンシス、クロロフレクス・アグレガンス、クロロフレクス・アウランティアカス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種ミシガンエンシス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種セペドニカス、クロストリジウム・ボツリヌム A、クロストリジウム・ボツリヌム A3、クロストリジウム・ボツリヌム B1、クロストリジウム・ボツリヌム Bf、クロストリジウム・ボツリヌム F、クロストリジウム・ボツリヌム、コルウェリア・サイクレリスラエ、コングレギバクター・リトラリス、デスルファチバチラム・アルケニボランス、デスルホコッカス・オレオボランス、デスルホタレア・サイクロフィラ、デスルフロモナス・アセトキシダンス、フラボバクテリウム細菌、ゲマータ・オブスキュリグロブス、ゲオバクター・ベミジェンシス、ゲオバクター・ラヴレイ、ゲオバクター・エスピー・FRC-32、ゲオバクター・ウラニウムレデュセンス、ハヘラ・チェジュエンシス、ジャナスキア・エスピー・CCS1、キネオコッカス・ラジオトレランス、レンチスファエラ・アラネオーサ、マリカウリス・マリス、マリノバクター・アルギコーラ、マリノバクター・アクアエオレイ、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロシラ・マリナ、モリテーラ・エスピー・PE36、マイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクローシス、マイコバクテリウム・マリヌム、マイコバクテリウム・エスピー・GP1、マイコバクテリウム・ツベルクローシス、マイコバクテリウム・バンバアレニイ、ナイセリア・ゴノレア、ノカルジア・ファルシニカ、オピタタシエ 細菌、オピタタス・テラエ、パエニバチルス・エスピー・JDR-2、ペロバクター・プロピオニカス、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトラブダス・ルミネッセンス亜種ラウモンディイ、プランクトマイセス・マリス、プレシオシスチス・パシフィカ、シュードアルテロモナス・アトランティカ、サイクロモナス・イングラハミィイ、サイクロモナス・エスピー・CNPT3、ラルストニア・ピッケティ、ロドコッカス・ロドクロウス、ロドコッカス・エスピー、ロドピレルーラ・バルティカ 、ロゼオバリウス・ヌビンヒベンス、シュワネラ・アマゾネンシス、シュワネラ・バルティカ、シュワネラ・ベンティカ、シュワネラ・デニトリフィカンス、シュワネラ・フリギディマリナ、シュワネラ・ハリファクセンシス、シュワネラ・ロイヒカ、シュワネラ・オネイデンシス、シュワネラ・ペアレアナ、シュワネラ・プトレファシエンス、シュワネラ・セディミニス、シュワネラ・エスピー・ANA-3、シュワネラ・エスピー・MR-4、シュワネラ・エスピー・MR-7、シュワネラ・エスピー・W3-18-1、シュワネラ・ウーディイ、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ストレプトマイセス・アムボファシエンス、ザントモナス・アクソノポディス、ザントモナス・カンペストリス、ザントモナス・オリゼ、およびキシレラ・ファスティディオーサ。
【請求項３７】
核酸が配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、および配列番号87からなる群から選択される請求項 5の単離核酸。
【請求項３８】
ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結したプロモーターをさらに含む請求項1-37のいずれかの単離核酸。
【請求項３９】
プロモーターが、誘導性プロモーター、構成的プロモーター、または細胞特異的プロモーターである請求項 38の単離核酸。
【請求項４０】
プロモーターが、T7 プロモーター、PxylA プロモーター、Pgrac プロモーター、GAL1 プロモーター、GAL10 プロモーター、またはpTrc プロモーターである請求項 39の単離核酸。
【請求項４１】
以下からなる群から選択される少なくともひとつのさらなる核酸配列をさらに含む請求項1-40のいずれかの単離核酸:
(a)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した制御配列;
(b)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した選択マーカー;
(c)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した精製部分;
(d)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した分泌配列;および、
(e)ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合したターゲティング配列。
【請求項４２】
ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に結合した選択マーカーをさらに含む請求項1-40のいずれかの単離核酸であって、選択マーカーが、アンピシリン/カルベニシリン 耐性、カナマイシン 耐性、クロラムフェニコール 耐性、エリスロマイシン 耐性、ストレプトマイシン/スペクチノマイシン 耐性、またはヒスチジン栄養要求性 選択マーカー遺伝子である単離核酸。
【請求項４３】
請求項1-42のいずれかの単離核酸を含むベクター。
【請求項４４】
ベクターがプラスミドである請求項 43のベクター。
【請求項４５】
プラスミドが、pET21b(+)、pCOLADuet-1、pCDFDuet-1、pWH1520、pHT01、pESC-HIS、pET-21d(+)、pETDuet-1、pACYCDuet-1、pTrcHis2A、pMAL-c2X、またはpCL1920pTrcである請求項 43のベクター。
【請求項４６】
請求項1-42のいずれかの単離核酸または請求項43-45のいずれかのベクターを含む細胞。
【請求項４７】
請求項1-42のいずれかの単離核酸により形質転換された細胞。
【請求項４８】
請求項43-45のいずれかのベクターをトランスフェクトされた細胞。
【請求項４９】
細胞が、酵母細胞、真菌細胞、動物細胞、昆虫細胞、細菌細胞、藻類細胞、または植物細胞である請求項46-48のいずれかの細胞。
【請求項５０】
細胞が細菌細胞である請求項 49の細胞。
【請求項５１】
細胞が以下の属から選択される請求項 49の細胞：エシェリキア、バチルス、ラクトバチルス、ロドコッカス、シュードモナス、アスペルギルス、トリコデルマ、ニューロスポラ、フザリウム、フミコーラ、リゾムコール、クリベロマイセス、ピキア、ムコール、マイセリオフトラ、ペニシリウム、ファネロカエテ、プレウロツス、トラメテス、クリソスポリウム、サッカロマイセス、シゾサッカロマイセス、ステノトロファモナス、キネオコッカス、ヤロウイア、またはストレプトマイセス。
【請求項５２】
細胞が、バチルス・レンタス 細胞、バチルス・ブレビス 細胞、バチルス・ステアロサーモフィルス 細胞、バチルス・リケニフォルミス 細胞、バチルス・アルカロフィラス 細胞、バチルス・コアグランス 細胞、バチルス・サーキュランス 細胞、バチルス・プミリス 細胞、バチルス・チューリンゲンシス 細胞、バチルス・クラウシィ 細胞、バチルス・メガテリウム 細胞、バチルス・サブティリス 細胞、またはバチルス・アミロリケファシエンス 細胞である請求項 51の細胞。
【請求項５３】
細胞が、トリコデルマ・コニンギ 細胞、トリコデルマ・ビリデ 細胞、トリコデルマ・リーゼイ 細胞、トリコデルマ・ロンギブラチアタム 細胞、アスペルギルス・アワモリ 細胞、アスペルギルス・フミガーツス 細胞、アスペルギルス・フォエティダス 細胞、アスペルギルス・ニデュランス 細胞、アスペルギルス・ニガー 細胞、アスペルギルス・オリザエ 細胞、フミコーラ・インソレンス 細胞、フミコーラ・ラヌギノサ 細胞、リゾムコール・ミーヘイ 細胞、またはムコール・ミーヘイ 細胞である請求項 51の細胞。
【請求項５４】
細胞がストレプトマイセス・リビダンス 細胞またはストレプトマイセス・ミュリナス 細胞である請求項 51の細胞。
【請求項５５】
細胞が放線菌細胞である請求項 50の細胞。
【請求項５６】
細胞が大腸菌細胞である請求項 51の細胞。
【請求項５７】
大腸菌細胞が、菌株 B、菌株 C、菌株 K、または菌株 W 大腸菌細胞である請求項 56の細胞。
【請求項５８】
細胞が、ステノトロホモナス・マルトフィリア 細胞、キネオコッカス・ラジオトレランス 細胞、バチルス・メガテリウム 細胞、およびサッカロマイセス・セレビシエ 細胞からなる群から選択される請求項 49の細胞。
【請求項５９】
細胞が、アナエロミクソバクター・エスピー・Fw109-5、アルスロバクター・アウレッセンス、アルスロバクター・クロロフェノリカス、アルスロバクター・エスピー・FB24、ブデロビブリオ・バクテリオボルス、ブラストピレルラ・マリナ、ブレビバクテリウム・リネンス、ブルクホルデリア・アムビファリア、ブルクホルデリア・セノセパシア、ブルクホルデリア・オクラホメンシス、ブルクホルデリア・シュードマレイ、ブルクホルデリア・エスピー・383、カンジダツス・クエネニア・スツッツガルティエンシス、クロロフレクス・アグレガンス、クロロフレクス・アウランティアカス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種ミシガンエンシス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種セペドニカス、クロストリジウム・ボツリヌム A、クロストリジウム・ボツリヌム A3、クロストリジウム・ボツリヌム B1、クロストリジウム・ボツリヌム Bf、クロストリジウム・ボツリヌム F、クロストリジウム・ボツリヌム、コルウェリア・サイクレリスラエ、コングレギバクター・リトラリス、デスルファチバチラム・アルケニボランス、デスルホコッカス・オレオボランス、デスルホタレア・サイクロフィラ、デスルフロモナス・アセトキシダンス、フラボバクテリウム細菌、ゲマータ・オブスキュリグロブス、ゲオバクター・ベミジェンシス、ゲオバクター・ラヴレイ、ゲオバクター・エスピー・FRC-32、ゲオバクター・ウラニウムレデュセンス、ハヘラ・チェジュエンシス、ジャナスキア・エスピー・CCS1、キネオコッカス・ラジオトレランス、レンチスファエラ・アラネオーサ、マリカウリス・マリス、マリノバクター・アルギコーラ、マリノバクター・アクアエオレイ、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロシラ・マリナ、モリテーラ・エスピー・PE36、マイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクローシス、マイコバクテリウム・マリヌム、マイコバクテリウム・エスピー・GP1、マイコバクテリウム・ツベルクローシス、マイコバクテリウム・バンバアレニイ、ナイセリア・ゴノレア、ノカルジア・ファルシニカ、オピタタシエ 細菌、オピタタス・テラエ、パエニバチルス・エスピー・JDR-2、ペロバクター・プロピオニカス、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトラブダス・ルミネッセンス亜種ラウモンディイ、プランクトマイセス・マリス、プレシオシスチス・パシフィカ、シュードアルテロモナス・アトランティカ、サイクロモナス・イングラハミィイ、サイクロモナス・エスピー・CNPT3、ラルストニア・ピッケティ、ロドコッカス・ロドクロウス、ロドコッカス・エスピー、ロドピレルーラ・バルティカ 、ロゼオバリウス・ヌビンヒベンス、シュワネラ・アマゾネンシス、シュワネラ・バルティカ、シュワネラ・ベンティカ、シュワネラ・デニトリフィカンス、シュワネラ・フリギディマリナ、シュワネラ・ハリファクセンシス、シュワネラ・ロイヒカ、シュワネラ・オネイデンシス、シュワネラ・ペアレアナ、シュワネラ・プトレファシエンス、シュワネラ・セディミニス、シュワネラ・エスピー・ANA-3、シュワネラ・エスピー・MR-4、シュワネラ・エスピー・MR-7、シュワネラ・エスピー・W3-18-1、シュワネラ・ウーディイ、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ストレプトマイセス・アムボファシエンス、ザントモナス・アクソノポディス、ザントモナス・カンペストリス、ザントモナス・オリゼ、およびキシレラ・ファスティディオーサからなる群から選択される請求項 50の細胞。
【請求項６０】
細胞が、CHO 細胞、COS 細胞、VERO 細胞、BHK 細胞、HeLa 細胞、Cv1 細胞、MDCK 細胞、293 細胞、3T3 細胞、およびPC12 細胞からなる群から選択される請求項 49の細胞。
【請求項６１】
細胞が脂肪酸生合成経路に関与する遺伝子において変化を含む請求項46-60のいずれかの細胞。
【請求項６２】
細胞がアシル-CoA デヒドロゲナーゼをコードする遺伝子において欠失を含む請求項 61の細胞。
【請求項６３】
細胞がアシル-CoA デヒドロゲナーゼをコードする遺伝子において突然変異を含む請求項 61の細胞。
【請求項６４】
細胞がチオエステラーゼをコードする遺伝子において欠失を含む請求項 61の細胞。
【請求項６５】
細胞がチオエステラーゼをコードする遺伝子において突然変異を含む請求項 61の細胞。
【請求項６６】
細胞がさらにアシル-CoA シンターゼを含む請求項46-65のいずれかの細胞。
【請求項６７】
細胞がさらにチオエステラーゼを含む請求項46-66のいずれかの細胞。
【請求項６８】
細胞が炭化水素を生産する請求項46-67のいずれかの細胞。
【請求項６９】
炭化水素がオレフィンである請求項 68の細胞。
【請求項７０】
炭化水素が細胞によって分泌される請求項 68の細胞。
【請求項７１】
細胞が脂肪族ケトンを生産する請求項46-67のいずれかの細胞。
【請求項７２】
請求項7、12、または17のいずれかの単離核酸を含む細胞。
【請求項７３】
細胞がサッカロマイセス・セレビシエ 細胞である請求項 72の細胞。
【請求項７４】
請求項46-70のいずれかの細胞を炭化水素を生産するのに十分な条件下で基質とともに培養することを含む、炭化水素を生産する方法。
【請求項７５】
基質が、炭素源、脂肪酸、アシル-CoA、アシル-AMP、アシル-ACP、α-アルキル-β-ケト酸、α-アルキル-β-ケトエステル、または脂肪族ケトンである請求項 74の方法。
【請求項７６】
細胞の生産性が少なくとも約 3 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項７７】
細胞の生産性が少なくとも約 5 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項７８】
細胞の生産性が少なくとも約 8 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項７９】
細胞の生産性が少なくとも約 15 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項８０】
細胞の生産性が少なくとも約 20 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項８１】
細胞の生産性が少なくとも約 30 mg/L/OD600である請求項 74または75の方法。
【請求項８２】
炭化水素を単離することをさらに含む請求項74-81のいずれかの方法。
【請求項８３】
炭化水素が細胞から単離される請求項 82の方法。
【請求項８４】
炭化水素が細胞が培養された培地から単離される請求項 82の方法。
【請求項８５】
炭化水素をクラッキングまたは精練することをさらに含む請求項74-84のいずれかの方法。
【請求項８６】
炭化水素が約 10 〜約 40 炭素の炭素鎖長を有する請求項74-85のいずれかの方法。
【請求項８７】
炭化水素が約 17 〜約 34 炭素の炭素鎖長を有する請求項 86の方法。
【請求項８８】
炭化水素がモノ-不飽和またはポリ-不飽和である請求項74-87のいずれかの方法。
【請求項８９】
請求項46-67または71-73のいずれかの細胞を脂肪族ケトンを生産するのに十分な条件下で基質とともに培養することを含む脂肪族ケトンを生産する方法。
【請求項９０】
基質が、炭素源、脂肪酸、アシル-CoA、アシル-AMP、またはアシル-ACPである請求項 89の方法。
【請求項９１】
細胞の生産性が少なくとも約 0.1 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９２】
細胞の生産性が少なくとも約 1 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９３】
細胞の生産性が少なくとも約 3 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９４】
細胞の生産性が少なくとも約 6mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９５】
細胞の生産性が少なくとも約 9 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９６】
細胞の生産性が少なくとも約 12 mg/L/OD600である請求項 89または90の方法。
【請求項９７】
脂肪族ケトンを単離することをさらに含む請求項89-96のいずれかの方法。
【請求項９８】
脂肪族ケトンが細胞から単離される請求項 97の方法。
【請求項９９】
脂肪族ケトンが細胞が培養された培地から単離される請求項 97の方法。
【請求項１００】
脂肪族ケトンが約 10 〜約 40 炭素の炭素鎖長を有する請求項89-99のいずれかの方法。
【請求項１０１】
脂肪族ケトンが約 19 〜約 31 炭素の炭素鎖長を有する請求項 100の方法。
【請求項１０２】
脂肪族ケトンが飽和、モノ-不飽和、またはポリ-不飽和である請求項89-101のいずれかの方法。
【請求項１０３】
請求項46-73のいずれかの細胞を、単離核酸によってコードされるポリペプチドを生産するのに十分な条件下で培養することを含む、精製ポリペプチドを生産する方法。
【請求項１０４】
ポリペプチドが OleA、OleB、OleC、OleD、またはOleBCである請求項 103の方法。
【請求項１０５】
脂肪族ケトンを生産するのに十分な条件下で基質をOleAとともにインキュベートすることを含む脂肪族ケトンを生産する方法。
【請求項１０６】
基質がアシル-CoA、アシル-AMP、またはアシル-ACPを含む請求項 105の方法。
【請求項１０７】
炭化水素を生産するのに十分な条件下で基質をOleA、OleB、OleC、OleBC、OleD、またはそれらの組合せとともにインキュベートすることを含む炭化水素を生産する方法。
【請求項１０８】
炭化水素を生産するのに十分な条件下で基質をOleAおよびOleDとともにインキュベートすることを含む請求項 107の方法。
【請求項１０９】
炭化水素を生産するのに十分な条件下で基質をOleA、OleC、およびOleDとともにインキュベートすることを含む請求項 107の方法。
【請求項１１０】
OleBをさらに含む請求項 108または109の方法。
【請求項１１１】
基質がアシル-CoA、アシル-AMP、またはアシル-ACPを含む請求項107-110のいずれかの方法。
【請求項１１２】
請求項74-102および105-110のいずれかの方法を含むバイオ燃料を生産する方法。
【請求項１１３】
バイオ燃料がガソリン、バイオディーゼル、またはジェット燃料である請求項 112の方法。
【請求項１１４】
請求項74-88および107-110のいずれかの方法によって生産される炭化水素。
【請求項１１５】
炭化水素が約 -28またはそれより大きいδ13Cを有する炭化水素。
【請求項１１６】
炭化水素が約-27 〜約-24のδ13Cを有する請求項 115の炭化水素。
【請求項１１７】
炭化水素が約-15 〜約-5またはそれより大きいδ13Cを有する請求項 115の炭化水素。
【請求項１１８】
炭化水素が 約-30 〜約-15のδ13Cを有する請求項 117の炭化水素。
【請求項１１９】
炭化水素が少なくとも約 50のpMCを有する炭化水素。
【請求項１２０】
炭化水素が少なくとも約 80のpMCを有する請求項 119の炭化水素。
【請求項１２１】
炭化水素が少なくとも約 90のpMCを有する請求項 119の炭化水素。
【請求項１２２】
オレフィンが少なくとも約 92のpMCを有する請求項 121の炭化水素。
【請求項１２３】
炭化水素が 約 50 〜約 100のpMCを有する請求項 122の炭化水素。
【請求項１２４】
炭化水素がオレフィンである請求項114-123のいずれかの炭化水素。
【請求項１２５】
オレフィンがモノ-不飽和である請求項 124の炭化水素。
【請求項１２６】
オレフィンがポリ-不飽和である請求項 124の炭化水素。
【請求項１２７】
オレフィンがジ-不飽和である請求項 124の炭化水素。
【請求項１２８】
オレフィンがトリ-不飽和である請求項 124の炭化水素。
【請求項１２９】
オレフィンが約 10 〜約 40 炭素の炭素鎖長を有する請求項124-128のいずれかの炭化水素。
【請求項１３０】
オレフィンが約 19 〜約 33 炭素の炭素鎖長を有する請求項 129の炭化水素。
【請求項１３１】
炭化水素が直鎖炭化水素である請求項114-130のいずれかの炭化水素。
【請求項１３２】
炭化水素が分枝鎖炭化水素である請求項114-130のいずれかの炭化水素。
【請求項１３３】
炭化水素が環状部分を含む請求項114-130のいずれかの炭化水素。
【請求項１３４】
請求項114-133のいずれかの炭化水素を含むバイオ燃料。
【請求項１３５】
バイオ燃料がガソリン、バイオディーゼル、またはジェット燃料である請求項 134のバイオ燃料。
【請求項１３６】
バイオ燃料が炭素源に由来する請求項 134または135のバイオ燃料。
【請求項１３７】
炭素源が再生可能なエネルギー源である請求項 136のバイオ燃料。
【請求項１３８】
再生可能なエネルギー源がバイオマスである請求項 137のバイオ燃料。
【請求項１３９】
配列番号2、配列番号4、配列番号12、および配列番号18からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列が１以上のアミノ酸置換、付加、挿入、または欠失を含む単離ポリペプチド。
【請求項１４０】
ポリペプチドがクライゼン縮合活性を有する請求項 139の単離ポリペプチド。
【請求項１４１】
ポリペプチドが２つのアシルチオエステルの縮合を触媒する請求項 140の単離ポリペプチド。
【請求項１４１】
配列番号8、配列番号16、および配列番号22からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列が１以上のアミノ酸置換、付加、挿入、または欠失を含む単離ポリペプチド。
【請求項１４２】
ポリペプチドがオキシドレダクターゼ活性を有する請求項 141の単離ポリペプチド。
【請求項１４３】
ポリペプチドがケトンの還元を触媒する請求項 142の単離ポリペプチド。
【請求項１４４】
配列番号2、配列番号4、配列番号8、配列番号12、配列番号16、配列番号18、および配列番号22からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドと同じ生物活性を有するポリペプチドをコードする単離核酸。
【請求項１４５】
単離核酸が; (i)配列番号1、配列番号3、配列番号7、配列番号11、配列番号15、配列番号17、および配列番号21またはそれらの断片からなる群から選択される核酸配列;または(ii)配列番号1、配列番号3、配列番号7、配列番号11、配列番号15、配列番号17、および配列番号21からなる群から選択される核酸配列の相補鎖またはそれらの断片にハイブリダイズする核酸配列を含む請求項 144の単離核酸。
【請求項１４６】
生物活性がクライゼン縮合活性である請求項 144または145の単離核酸。
【請求項１４７】
生物活性が２つのアシルチオエステルの縮合である請求項 144または145の単離核酸。
【請求項１４８】
生物活性がオキシドレダクターゼ活性である請求項 144または145の単離核酸。
【請求項１４９】
生物活性がケトンの還元である請求項 144または145の単離核酸。
【請求項１５０】
(a)配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有し、かつ、(b)ポリペプチドをコードするゲノム核酸配列の上流に生物のゲノムに安定に取り込まれた外来性核酸配列を含む遺伝子改変された生物。
【請求項１５１】
ゲノム核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも 80%の配列同一性を有する請求項 150の遺伝子改変された生物。
【請求項１５２】
ゲノム核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも 90%の配列同一性を有する請求項 151の遺伝子改変された生物。
【請求項１５３】
ゲノム核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも 95%の配列同一性を有する請求項 152の遺伝子改変された生物。
【請求項１５４】
ゲノム核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列を含む請求項 153の遺伝子改変された生物。
【請求項１５５】
生物が、アナエロミクソバクター・エスピー・Fw109-5、アルスロバクター・アウレッセンス、アルスロバクター・クロロフェノリカス、アルスロバクター・エスピー・FB24、ブデロビブリオ・バクテリオボルス、ブラストピレルラ・マリナ、ブレビバクテリウム・リネンス、ブルクホルデリア・アムビファリア、ブルクホルデリア・セノセパシア、ブルクホルデリア・オクラホメンシス、ブルクホルデリア・シュードマレイ、ブルクホルデリア・エスピー・383、カンジダツス・クエネニア・スツッツガルティエンシス、クロロフレクス・アグレガンス、クロロフレクス・アウランティアカス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種ミシガンエンシス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種セペドニカス、クロストリジウム・ボツリヌム A、クロストリジウム・ボツリヌム A3、クロストリジウム・ボツリヌム B1、クロストリジウム・ボツリヌム Bf、クロストリジウム・ボツリヌム F、クロストリジウム・ボツリヌム、コルウェリア・サイクレリスラエ、コングレギバクター・リトラリス、デスルファチバチラム・アルケニボランス、デスルホコッカス・オレオボランス、デスルホタレア・サイクロフィラ、デスルフロモナス・アセトキシダンス、フラボバクテリウム細菌、ゲマータ・オブスキュリグロブス、ゲオバクター・ベミジェンシス、ゲオバクター・ラヴレイ、ゲオバクター・エスピー・FRC-32、ゲオバクター・ウラニウムレデュセンス、ハヘラ・チェジュエンシス、ジャナスキア・エスピー・CCS1、キネオコッカス・ラジオトレランス、レンチスファエラ・アラネオーサ、マリカウリス・マリス、マリノバクター・アルギコーラ、マリノバクター・アクアエオレイ、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロシラ・マリナ、モリテーラ・エスピー・PE36、マイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクローシス、マイコバクテリウム・マリヌム、マイコバクテリウム・エスピー・GP1、マイコバクテリウム・ツベルクローシス、マイコバクテリウム・バンバアレニイ、ナイセリア・ゴノレア、ノカルジア・ファルシニカ、オピタタシエ 細菌、オピタタス・テラエ、パエニバチルス・エスピー・JDR-2、ペロバクター・プロピオニカス、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトラブダス・ルミネッセンス亜種ラウモンディイ、プランクトマイセス・マリス、プレシオシスチス・パシフィカ、シュードアルテロモナス・アトランティカ、サイクロモナス・イングラハミィイ、サイクロモナス・エスピー・CNPT3、ラルストニア・ピッケティ、ロドコッカス・ロドクロウス、ロドコッカス・エスピー、ロドピレルーラ・バルティカ 、ロゼオバリウス・ヌビンヒベンス、シュワネラ・アマゾネンシス、シュワネラ・バルティカ、シュワネラ・ベンティカ、シュワネラ・デニトリフィカンス、シュワネラ・フリギディマリナ、シュワネラ・ハリファクセンシス、シュワネラ・ロイヒカ、シュワネラ・オネイデンシス、シュワネラ・ペアレアナ、シュワネラ・プトレファシエンス、シュワネラ・セディミニス、シュワネラ・エスピー・ANA-3、シュワネラ・エスピー・MR-4、シュワネラ・エスピー・MR-7、シュワネラ・エスピー・W3-18-1、シュワネラ・ウーディイ、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ストレプトマイセス・アムボファシエンス、ザントモナス・アクソノポディス、ザントモナス・カンペストリス、ザントモナス・オリゼ、およびキシレラ・ファスティディオーサからなる群から選択される請求項150-154のいずれかの生物。
【請求項１５６】
外来性核酸配列が、同じ条件下での外来性核酸配列の取り込みの前の生物における同じポリペプチドの発現と比較して、ゲノム核酸配列によってコードされるポリペプチドの発現を上昇させる、請求項150-155のいずれかの遺伝子改変された生物。
【請求項１５７】
生物が、同じ条件下での野生型生物における炭化水素の生産と比較して上昇した量の炭化水素を生産する、請求項150-156のいずれかの遺伝子改変された生物。
【請求項１５８】
以下の工程を含む炭化水素の生産に有用な酵素を同定する方法:
(a) OleA およびOleD、(b) OleA およびOleC、および(c) OleC およびOleD からなる群から選択されるポリペプチドを含む細胞を、炭化水素を生産する能力を有すると疑われる酵素をコードする核酸により形質転換する工程;および、
細胞が炭化水素を生産するか否かを決定する工程、ここで、細胞による炭化水素生産の存在は、核酸が炭化水素の生産に有用なポリペプチドをコードすることを示す。
【請求項１５９】
OleAが配列番号2、配列番号4、配列番号12、または配列番号18と少なくとも約 35%の配列同一性を共有し; OleC が配列番号6、配列番号14、配列番号20、または配列番号88と少なくとも約 35%の配列同一性を共有し;かつ、OleDが配列番号8、配列番号16、または配列番号22と少なくとも約 35%の配列同一性を共有する、請求項 158の方法。
【請求項１６０】
OleAが配列番号2、配列番号4、配列番号12、または配列番号18と少なくとも 50%の配列同一性を共有し; OleCが配列番号6、配列番号14、配列番号20、または配列番号88と少なくとも 50%の配列同一性を共有し;かつ、OleD が配列番号8、配列番号16、または配列番号22と少なくとも 50%の配列同一性を共有する、請求項 158の方法。
【請求項１６１】
OleAが配列番号2、配列番号4、配列番号12、または配列番号18と少なくとも 80%の配列同一性を共有し; OleCが配列番号6、配列番号14、配列番号20、または配列番号88と少なくとも 80%の配列同一性を共有し;かつ、OleDが配列番号8、配列番号16、または配列番号22と少なくとも 80%の配列同一性を共有する、請求項 158の方法。
【請求項１６２】
配列番号6、配列番号14、配列番号20、および配列番号88からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ここで、該アミノ酸配列が１以上の アミノ酸置換、付加、挿入、または欠失を含む単離ポリペプチド。
【請求項１６３】
ポリペプチドがアデニル化活性を有する請求項 162の単離ポリペプチド。
【請求項１６４】
(a)配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 35%の配列同一性を有する核酸配列を有する生物を提供する工程、および(b)該核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、遺伝子改変された生物。
【請求項１６５】
生物が、配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 80%の配列同一性を有する核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、請求項 164の遺伝子改変された生物。
【請求項１６６】
生物が、配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 90%の配列同一性を有する核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、請求項 165の遺伝子改変された生物。
【請求項１６７】
生物が、配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に対して少なくとも約 95%の配列同一性を有する核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、請求項 166の遺伝子改変された生物。
【請求項１６８】
生物が、配列番号5、配列番号7、配列番号13、配列番号15、配列番号19、配列番号21、および配列番号87からなる群から選択される核酸配列に欠失または突然変異を施す工程によって調製される、請求項 167の遺伝子改変された生物。
【請求項１６９】
生物が、アナエロミクソバクター・エスピー・Fw109-5、アルスロバクター・アウレッセンス、アルスロバクター・クロロフェノリカス、アルスロバクター・エスピー・FB24、ブデロビブリオ・バクテリオボルス、ブラストピレルラ・マリナ、ブレビバクテリウム・リネンス、ブルクホルデリア・アムビファリア、ブルクホルデリア・セノセパシア、ブルクホルデリア・オクラホメンシス、ブルクホルデリア・シュードマレイ、ブルクホルデリア・エスピー・383、カンジダツス・クエネニア・スツッツガルティエンシス、クロロフレクス・アグレガンス、クロロフレクス・アウランティアカス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種ミシガンエンシス、クラビバクター・ミシガンエンシス亜種セペドニカス、クロストリジウム・ボツリヌム A、クロストリジウム・ボツリヌム A3、クロストリジウム・ボツリヌム B1、クロストリジウム・ボツリヌム Bf、クロストリジウム・ボツリヌム F、クロストリジウム・ボツリヌム、コルウェリア・サイクレリスラエ、コングレギバクター・リトラリス、デスルファチバチラム・アルケニボランス、デスルホコッカス・オレオボランス、デスルホタレア・サイクロフィラ、デスルフロモナス・アセトキシダンス、フラボバクテリウム細菌、ゲマータ・オブスキュリグロブス、ゲオバクター・ベミジェンシス、ゲオバクター・ラヴレイ、ゲオバクター・エスピー・FRC-32、ゲオバクター・ウラニウムレデュセンス、ハヘラ・チェジュエンシス、ジャナスキア・エスピー・CCS1、キネオコッカス・ラジオトレランス、レンチスファエラ・アラネオーサ、マリカウリス・マリス、マリノバクター・アルギコーラ、マリノバクター・アクアエオレイ、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロシラ・マリナ、モリテーラ・エスピー・PE36、マイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・アビウム亜種パラツベルクローシス、マイコバクテリウム・マリヌム、マイコバクテリウム・エスピー・GP1、マイコバクテリウム・ツベルクローシス、マイコバクテリウム・バンバアレニイ、ナイセリア・ゴノレア、ノカルジア・ファルシニカ、オピタタシエ 細菌、オピタタス・テラエ、パエニバチルス・エスピー・JDR-2、ペロバクター・プロピオニカス、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトバクテリウム・プロファンダム、フォトラブダス・ルミネッセンス亜種ラウモンディイ、プランクトマイセス・マリス、プレシオシスチス・パシフィカ、シュードアルテロモナス・アトランティカ、サイクロモナス・イングラハミィイ、サイクロモナス・エスピー・CNPT3、ラルストニア・ピッケティ、ロドコッカス・ロドクロウス、ロドコッカス・エスピー、ロドピレルーラ・バルティカ 、ロゼオバリウス・ヌビンヒベンス、シュワネラ・アマゾネンシス、シュワネラ・バルティカ、シュワネラ・ベンティカ、シュワネラ・デニトリフィカンス、シュワネラ・フリギディマリナ、シュワネラ・ハリファクセンシス、シュワネラ・ロイヒカ、シュワネラ・オネイデンシス、シュワネラ・ペアレアナ、シュワネラ・プトレファシエンス、シュワネラ・セディミニス、シュワネラ・エスピー・ANA-3、シュワネラ・エスピー・MR-4、シュワネラ・エスピー・MR-7、シュワネラ・エスピー・W3-18-1、シュワネラ・ウーディイ、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ストレプトマイセス・アムボファシエンス、ザントモナス・アクソノポディス、ザントモナス・カンペストリス、ザントモナス・オリゼ、およびキシレラ・ファスティディオーサからなる群から選択される請求項164-168のいずれかの生物。
【請求項１７０】
生物における核酸配列の欠失または突然変異の結果、同じ条件下での核酸配列の欠失または突然変異の前の生物における同じポリペプチドの生産と比較して核酸配列によってコードされるポリペプチドの生産が低下する請求項164-169のいずれかの遺伝子改変された生物。
【請求項１７１】
遺伝子改変された生物がケトンを生産する請求項164-170のいずれかの遺伝子改変された生物。
【図１】
【図２−Ａ】
【図２−Ｂ】
【図２−Ｃ】
【図２−Ｄ】
【図２−Ｅ】
【図２−Ｆ】
【図２−Ｇ】
【図２−Ｈ】
【図２−Ｉ】
【図２−Ｊ】
【図３】
【図４−Ａ】
【図４−Ｂ】
【図４−Ｃ】
【図４−Ｄ】
【図４−Ｅ】
【図５−Ａ】
【図５−Ｂ】
【図５−Ｃ】
【図６−Ａ】
【図６−Ｂ】
【図６−Ｃ】
【図６−Ｄ】
【図６−Ｅ】
【図６−Ｆ】
【図６−Ｇ】
【図６−Ｈ】
【図７−Ａ】
【図７−Ｂ】
【図７−Ｃ】
【図８−Ａ】
【図８−Ｂ】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２−Ａ】
【図１２−Ｂ】
【図１２−Ｃ】
【図１２−Ｄ】
【図１２−Ｅ】
【図１３−Ａ】
【図１３−Ｂ】
【図１３−Ｃ】
【図１４】
【図１５−Ａ】
【図１５−Ｂ】
【図１５−Ｃ】
【図１５−Ｄ】
【図１５−Ｅ】
【図１５−Ｆ】
【図１５−Ｇ】
【図１５−Ｈ】
【図１６−Ａ】
【図１６−Ｂ】
【図１６−Ｃ】
【図１７−Ａ】
【図１７−Ｂ】
【図１７−Ｃ】
【図１７−Ｄ】
【図１７−Ｅ】
【図１７−Ｆ】
【図１７−Ｇ】
【図１７−Ｈ】
【図１７−Ｉ】
【図１７−Ｊ】
【図１８−Ａ】
【図１８−Ｂ】
【図１８−Ｃ】
【図１８−Ｄ】
【図１８−Ｅ】
【図１９−Ａ】
【図１９−Ｂ】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２−Ａ】
【図２−Ｂ】
【図２−Ｃ】
【図２−Ｄ】
【図２−Ｅ】
【図２−Ｆ】
【図２−Ｇ】
【図２−Ｈ】
【図２−Ｉ】
【図２−Ｊ】
【図３】
【図４−Ａ】
【図４−Ｂ】
【図４−Ｃ】
【図４−Ｄ】
【図４−Ｅ】
【図５−Ａ】
【図５−Ｂ】
【図５−Ｃ】
【図６−Ａ】
【図６−Ｂ】
【図６−Ｃ】
【図６−Ｄ】
【図６−Ｅ】
【図６−Ｆ】
【図６−Ｇ】
【図６−Ｈ】
【図７−Ａ】
【図７−Ｂ】
【図７−Ｃ】
【図８−Ａ】
【図８−Ｂ】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２−Ａ】
【図１２−Ｂ】
【図１２−Ｃ】
【図１２−Ｄ】
【図１２−Ｅ】
【図１３−Ａ】
【図１３−Ｂ】
【図１３−Ｃ】
【図１４】
【図１５−Ａ】
【図１５−Ｂ】
【図１５−Ｃ】
【図１５−Ｄ】
【図１５−Ｅ】
【図１５−Ｆ】
【図１５−Ｇ】
【図１５−Ｈ】
【図１６−Ａ】
【図１６−Ｂ】
【図１６−Ｃ】
【図１７−Ａ】
【図１７−Ｂ】
【図１７−Ｃ】
【図１７−Ｄ】
【図１７−Ｅ】
【図１７−Ｆ】
【図１７−Ｇ】
【図１７−Ｈ】
【図１７−Ｉ】
【図１７−Ｊ】
【図１８−Ａ】
【図１８−Ｂ】
【図１８−Ｃ】
【図１８−Ｄ】
【図１８−Ｅ】
【図１９−Ａ】
【図１９−Ｂ】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【公表番号】特表２０１０−５２７６１２（Ｐ２０１０−５２７６１２Ａ）
【公表日】平成２２年８月１９日（２０１０．８．１９）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５０９５０５（Ｐ２０１０−５０９５０５）
【出願日】平成２０年５月２０日（２００８．５．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４２７４
【国際公開番号】ＷＯ２００８／１４７７８１
【国際公開日】平成２０年１２月４日（２００８．１２．４）
【出願人】（５０８３４３２０５）エルエス９・インコーポレイテッド (7)
【氏名又は名称原語表記】ＬＳ９， Ｉｎｃ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年８月１９日（２０１０．８．１９）
【国際特許分類】
【出願日】平成２０年５月２０日（２００８．５．２０）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４２７４
【国際公開番号】ＷＯ２００８／１４７７８１
【国際公開日】平成２０年１２月４日（２００８．１２．４）
【出願人】（５０８３４３２０５）エルエス９・インコーポレイテッド (7)
【氏名又は名称原語表記】ＬＳ９， Ｉｎｃ．
【Ｆターム（参考）】
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