生物燃料製品
【課題】 バイオマスに由来するものなどの多糖体を、適切な単糖又はオリゴ糖に変換するための、及び適切な単糖又はオリゴ糖を生物燃料などのコモディティケミカルに変換するための方法、酵素、組換え微生物、並びに微生物系が提供される。また、本明細書に記述した方法によって産生されるコモディティケミカルが提供される。また、コモディティケミカルが豊富な精練所で生成された石油製品、並びに前述のものを産生するための方法が提供される。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
多糖体をコモディティケミカルに変換するための方法であって：
（a）任意にバイオマスに由来する多糖体を、多糖体分解又は脱重合代謝系と接触させることであって、該代謝系が、
（i）酵素的、又は化学的触媒作用、及び、
（ii）微生物系であって、該微生物系が、組換え微生物を含み、該組換え微生物は、それが唯一の炭素源として該多糖体上で成長することができる1つの又は複数の外来性遺伝子を含む、前記微生物系、
から選択され、
これにより該多糖体を適切な単糖、又はオリゴ糖に変換すること；並びに、
（b）該適切な単糖、又はオリゴ糖を、コモディティケミカル生合成経路と接触させることであって、該コモディティケミカル生合成経路が、アルデヒド、又はケトン生合成経路を含み、
これにより該多糖体を該コモディティケミカルに変換することを含む、前記方法。
【請求項２】
前記バイオマスが海洋バイオマス、及び野菜／果実／植物バイオマスから選択される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記海洋バイオマスがケルプ、ジャイアントケルプ、ホンダワラ、海藻、藻類、海洋ミクロフローラ、微細藻類、及び海草から選択される、請求項2記載の方法。
【請求項４】
前記野菜／果実／植物バイオマスが植物果皮、又は絞り滓を含む、請求項2記載の方法。
【請求項５】
前記野菜／果実／植物バイオマスが柑橘類、ジャガイモ、トマト、ブドウ、グズベリー、ニンジン、マンゴー、サトウダイコン、リンゴ、スイッチグラス、木、及び飼い葉から選択される、請求項2記載の方法。
【請求項６】
前記多糖体がアルギナート、寒天、カラゲナン、フコイダン、ペクチン、ポリガラクツロナート、セルロース、ヘミセルロース、キシラン、アラビナン、及びマンナンから選択される、請求項1記載の方法。
【請求項７】
前記適切な単糖又はオリゴ糖が、2-ケト-3-デオキシD-グルコナート（KDG）、D-マンニトール、グルロナート、マンヌロナート、マンニトール、リキソース、グリセロール、キシリトール、グルコース、マンノース、ガラクトース、キシロース、アラビノース、グルクロナート、ガラクツロナート、及びラムノースから選択される、請求項1記載の方法。
【請求項８】
前記コモディティケミカルが以下から選択される、請求項1記載の方法：メタン、メタノール、エタン、エテン、エタノール、n-プロパン、1-プロペン、1-プロパノール、プロパナール、アセトン、プロピオナート、n-ブタン、1-ブテン、1‐ブタノール、ブタナール、ブタノエート、イソブタナール、イソブタノール、2-メチルブタナール、2-メチルブタノール、3-メチルブタナール、3-メチルブタノール、2-ブテン、2-ブタノール、2-ブタノン、2,3-ブタンジオール、3-ヒドロキシ-2-ブタノン、2,3-ブタンジオン、エチルベンゼン、エテニルベンゼン、2-フェニルエタノール、フェニルアセトアルデヒド、1-フェニルブタン、4-フェニル-1-ブテン、4-フェニル-2-ブテン、1-フェニル-2-ブテン、1-フェニル-2-ブタノール、4-フェニル-2-ブタノール、1-フェニル-2-ブタノン、4-フェニル-2-ブタノン、1-フェニル-2,3-ブタンジオール、1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、4-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-フェニル-2,3-ブタンジオン、n-ペンタン、エチルフェノール、エテニルフェノール、2-(4-ヒドロキシフェニル)エタノール、4-ヒドロキシフェニルアセトアルデヒド、1-(4-ヒドロキシフェニル)ブタン、4-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ブテン、4-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ブテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノール、4-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノン、4-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ブタンジオール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、4-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ブタノンジオン、インドリルエタン、インドリルエテン、2-(インドール-3-）エタノール、n-ペンタン、1-ペンテン、1-ペンタノール、ペンタナール、ペンタノアート、2-ペンテン、2-ペンタノール、3-ペンタノール、2-ペンタノン、3-ペンタノン、4-メチルペンタナール、4-メチルペンタノール、2,3-ペンタンジオール、2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、2,3-ペンタンジオン、2-メチルペンタン、4-メチル-1-ペンテン、4-メチル-2-ペンテン、4-メチル-3-ペンテン、4-メチル-2-ペンタノール、2-メチル-3-ペンタノール、4-メチル-2-ペンタノン、2-メチル-3-ペンタノン、4-メチル-2,3-ペンタンジオール、4-メチル-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、4-メチル-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、4-メチル-2,3-ペンタンジオン、1-フェニルペンタン、1-フェニル-1-ペンテン、1-フェニル-2-ペンテン、1-フェニル-3-ペンテン、1-フェニル-2-ペンタノール、1-フェニル-3-ペンタノール、1-フェニル-2-ペンタノン、1-フェニル-3-ペンタノン、1-フェニル-2,3-ペンタンジオール、1-フェニル-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、1-フェニル-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-フェニルペンタン、4-メチル-1-フェニル-1-ペンテン、4-メチル-1-フェニル-2-ペンテン、4-メチル-1-フェニル-3-ペンテン、4-メチル-1-フェニル-3-ペンタノール、4-メチル-1-フェニル-2-ペンタノール、4-メチル-1-フェニル-3-ペンタノン、4-メチル-1-フェニル-2-ペンタノン、4-メチル-1-フェニル-2,3-ペンタンジオール、4-メチル-1-フェニル-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、4-メチル-1-フェニル-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)ペンタン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ペンテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンタノール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンタノール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ペンタンジオール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)ペンタン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンテン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンテン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ペンテン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンタノール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンタノール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンタノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンタノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ペンタンジオール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-インドール-3-ペンタン、1-(インドール-3)-1-ペンテン、1-(インドール-3)-2-ペンテン、1-(インドール-3)-3-ペンテン、1-(インドール-3)-2-ペンタノール、1-(インドール-3)-3-ペンタノール、1-(インドール-3)-2-ペンタノン、1-(インドール-3)-3-ペンタノン、1-(インドール-3)-2,3-ペンタンジオール、1-(インドール-3)-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、1-(インドール-3)-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-(インドール-3-）ペンタン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ペンテン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ペンテン、4-メチル-1-(インドール-3)-1-ペンテン、4-メチル-2-(インドール-3)-3-ペンタノール、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ペンタノール、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ペンタノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ペンタノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ペンタンジオール、4-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、n-ヘキサン、1-ヘキセン、1‐ヘキサノール、ヘキサナール、ヘキサノアート、2-ヘキセン、3-ヘキセン、2-ヘキサノール、3-ヘキサノール、2-ヘキサノン、3-ヘキサノン、2,3-ヘキサンジオール、2,3-ヘキサンジオン、3,4-ヘキサンジオール、3,4-ヘキサンジオン、2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、3-ヒドロキシ-4-ヘキサノン、4-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、2-メチルヘキサン、3-メチルヘキサン、2-メチル-2-ヘキセン、2-メチル-3-ヘキセン、5-メチル-1-ヘキセン、5-メチル-2-ヘキセン、4-メチル-1-ヘキセン、4-メチル-2-ヘキセン、3-メチル-3-ヘキセン、3-メチル-2-ヘキセン、3-メチル-1-ヘキセン、2-メチル-3-ヘキサノール、5-メチル-2-ヘキサノール、5-メチル-3-ヘキサノール、2-メチル-3-ヘキサノン、5-メチル-2-ヘキサノン、5-メチル-3-ヘキサノン、2-メチル-3,4-ヘキサンジオール、2-メチル-3,4-ヘキサンジオン、5-メチル-2,3-ヘキサンジオール、5-メチル-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-2,3-ヘキサンジオール、4-メチル-2,3-ヘキサンジオン、2-メチル-3-ヒドロキシ-4-ヘキサノン、2-メチル-4-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、4-メチル-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、4-メチル-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、2,5-ジメチルヘキサン、2,5-ジメチル-2-ヘキセン、2,5-ジメチル-3-ヘキセン、2,5-ジメチル-3-ヘキサノール、2,5-ジメチル-3-ヘキサノン、2,5-ジメチル-3,4-ヘキサンジオール、2,5-ジメチル-3,4-ヘキサンジオン、2,5-ジメチル-3-ヒドロキシ-4-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニルヘキサン、4-メチル-1-フェニルヘキサン、5-メチル-1-フェニル-1-ヘキセン、5-メチル-1-フェニル-2-ヘキセン、5-メチル-1-フェニル-3-ヘキセン、4-メチル-1-フェニル-1-ヘキセン、4-メチル-1-フェニル-2-ヘキセン、4-メチル-1-フェニル-3-ヘキセン、5-メチル-1-フェニル-2-ヘキサノール、5-メチル-1-フェニル-3-ヘキサノール、4-メチル-1-フェニル-2-ヘキサノール、4-メチル-1-フェニル-3-ヘキサノール、5-メチル-1-フェニル-2-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニル-3-ヘキサノン、4-メチル-1-フェニル-2-ヘキサノン、4-メチル-1-フェニル-3-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニル-2,3-ヘキサンジオール、4-メチル-1-フェニル-2,3-ヘキサンジオール、5-メチル-1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニル-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、4-メチル-1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、4-メチル-1-フェニル-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニル-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-フェニル-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)ヘキサン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ヘキセン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキセン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキセン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ヘキセン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキセン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキセン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキサノール、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキサノール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキサノール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキサノール、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキサノン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキサノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキサノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキサノン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ヘキサンジオール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ヘキサンジオール、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-(インドール-3-)ヘキサン、5-メチル-1-(インドール-3)-1-ヘキセン、5-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキセン、5-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキセン、4-メチル-1-(インドール-3)-1-ヘキセン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキセン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキセン、5-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキサノール、5-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキサノール、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキサノール、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキサノール、5-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキサノン、5-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキサノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキサノン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキサノン、5-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ヘキサンジオール、4-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ヘキサンジオール、5-メチル-1-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、5-メチル-1-(インドール-3)-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ヘキサンジオン、n-ヘプタン、1-ヘプテン、1-ヘプタノール、ヘプタナール、ヘプタノエート、2-ヘプテン、3-ヘプテン、2-ヘプタノール、3-ヘプタノール、4-ヘプタノール、2-ヘプタノン、3-ヘプタノン、4-ヘプタノン、2,3-ヘプタンジオール、2,3-ヘプタンジオン、3,4-ヘプタンジオール、3,4-ヘプタンジオン、2-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、3-ヒドロキシ-2-ヘプタノン、3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、2-メチルヘプタン、3-メチルヘプタン、6-メチル-2-ヘプテン、6-メチル-3-ヘプテン、2-メチル-3-ヘプテン、2-メチル-2-ヘプテン、5-メチル-2-ヘプテン、5-メチル-3-ヘプテン、3-メチル-3-ヘプテン、2-メチル-3-ヘプタノール、2-メチル-4-ヘプタノール、6-メチル-3-ヘプタノール、5-メチル-3-ヘプタノール、3-メチル-4-ヘプタノール、2-メチル-3-ヘプタノン、2-メチル-4-ヘプタノン、6-メチル-3-ヘプタノン、5-メチル-3-ヘプタノン、3-メチル-4-ヘプタノン、
2-メチル-3,4-ヘプタンジオール、2-メチル-3,4-ヘプタンジオン、6-メチル-3,4-ヘプタンジオール、6-メチル-3,4-ヘプタンジオン、5-メチル-3,4-ヘプタンジオール、5-メチル-3,4-ヘプタンジオン、2-メチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、2-メチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、6-メチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、6-メチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、5-メチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、5-メチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、2,6-ジメチルヘプタン、2,5-ジメチルヘプタン、2,6-ジメチル-2-ヘプテン、2,6-ジメチル-3-ヘプテン、2,5-ジメチル-2-ヘプテン、2,5-ジメチル-3-ヘプテン、3,6-ジメチル-3-ヘプテン、2,6-ジメチル-3-ヘプタノール、2,6-ジメチル-4-ヘプタノール、2,5-ジメチル-3-ヘプタノール、2,5-ジメチル-4-ヘプタノール、2,6-ジメチル-3,4-ヘプタンジオール、2,6-ジメチル-3,4-ヘプタンジオン、2,5-ジメチル-3,4-ヘプタンジオール、2,5-ジメチル-3,4-ヘプタンジオン、2,6-ジメチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、2,6-ジメチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、2,5-ジメチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、2,5-ジメチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、n-オクタン、1-オクテン、2-オクテン、1-オクタノール、オクタナール、オクタノアート、3-オクテン、4-オクテン、4-オクタノール、4-オクタノン、4,5-オクタンジオール、4,5-オクタンジオン、4-ヒドロキシ-5-オクタノン、2-メチルオクタン、2-メチル-3-オクテン、2-メチル-4-オクテン、7-メチル-3-オクテン、3-メチル-3-オクテン、3-メチル-4-オクテン、6-メチル-3-オクテン、2-メチル-4-オクタノール、7-メチル-4-オクタノール、3-メチル-4-オクタノール、6-メチル-4-オクタノール、2-メチル-4-オクタノン、7-メチル-4-オクタノン、3-メチル-4-オクタノン、6-メチル-4-オクタノン、2-メチル-4,5-オクタンジオール、2-メチル-4,5-オクタンジオン、3-メチル-4,5-オクタンジオール、3-メチル-4,5-オクタンジオン、2-メチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、2-メチル-5-ヒドロキシ-4-オクタノン、3-メチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、3-メチル-5-ヒドロキシ-4-オクタノン、2,7-ジメチルオクタン、2,7-ジメチル-3-オクテン、2,7-ジメチル-4-オクテン、2,7-ジメチル-4-オクタノール、2,7-ジメチル-4-オクタノン、2,7-ジメチル-4,5-オクタンジオール、2,7-ジメチル-4,5-オクタンジオン、2,7-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、2,6-ジメチルオクタン、2,6-ジメチル-3-オクテン、2,6-ジメチル-4-オクテン、3,7-ジメチル-3-オクテン、2,6-ジメチル-4-オクタノール、3,7-ジメチル-4-オクタノール、2,6-ジメチル-4-オクタノン、3,7-ジメチル-4-オクタノン、2,6-ジメチル-4,5-オクタンジオール、2,6-ジメチル-4,5-オクタンジオン、2,6-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、2,6-ジメチル-5-ヒドロキシ-4-オクタノン、3,6-ジメチルオクタン、3,6-ジメチル-3-オクテン、3,6-ジメチル-4-オクテン、3,6-ジメチル-4-オクタノール、3,6-ジメチル-4-オクタノン、3,6-ジメチル-4,5-オクタンジオール、3,6-ジメチル-4,5-オクタンジオン、3,6-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、n-ノナン、1-ノネン、1‐ノナノール、ノナナール、ノナノアート、2-メチルノナン、2-メチル-4-ノネン、2-メチル-5-ノネン、8-メチル-4-ノネン、2-メチル-5-ノナノール、8-メチル-4-ノナノール、2-メチル-5-ノナノン、8-メチル-4-ノナノン、8-メチル-4,5-ノナンジオール、8-メチル-4,5-ノナンジオン、8-メチル-4-ヒドロキシ-5-ノナノン、8-メチル-5-ヒドロキシ-4-ノナノン、2,8-ジメチルノナン、2,8-ジメチル-3-ノネン、2,8-ジメチル-4-ノネン、2,8-ジメチル-5-ノネン、2,8-ジメチル-4-ノナノール、2,8-ジメチル-5-ノナノール、2,8-ジメチル-4-ノナノン、2,8-ジメチル-5-ノナノン、2,8-ジメチル-4,5-ノナンジオール、2,8-ジメチル-4,5-ノナンジオン、2,8-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-ノナノン、2,8-ジメチル-5-ヒドロキシ-4-ノナノン、2,7-ジメチルノナン、3,8-ジメチル-3-ノネン、3,8-ジメチル-4-ノネン、3,8-ジメチル-5-ノネン、3,8-ジメチル-4-ノナノール、3,8-ジメチル-5-ノナノール、3,8-ジメチル-4-ノナノン、3,8-ジメチル-5-ノナノン、3,8-ジメチル-4,5-ノナンジオール、3,8-ジメチル-4,5-ノナンジオン、3,8-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-ノナノン、3,8-ジメチル-5-ヒドロキシ-4-ノナノン、n-デカン、1-デセン、1-デカノール、デカノアート、2,9-ジメチルデカン、2,9-ジメチル-3-デセン、2,9-ジメチル-4-デセン、2,9-ジメチル-5-デカノール、2,9-ジメチル-5-デカノン、2,9-ジメチル-5,6-デカンジオール、2,9-ジメチル-6-ヒドロキシ-5-デカノン、2,9-ジメチル-5,6-デカンジオネン-ウンデカン、1-ウンデセン、1-ウンデカノール、ウンデカナール、ウンデカノアート、n-ドデカン、1-ドデセン、1-ドデカノール、ドデカナール、ドデカノアート、n-ドデカン、1-デカデセン、1-ドデカノール、ドデカナール（ddodecanal）、ドデカノアート、n-トリデカン、1-トリデセン、1-トリデカノール、トリデカナール、トリデカノアート、n-テトラデカン、1-テトラデセン、1‐テトラデカノール、テトラデカナール、テトラデカノアート、n-ペンタデカン、1-ペンタデセン、1-ペンタデカノール、ペンタデカナール、ペンタデカノアート、n-ヘキサデカン、1-ヘキサデセン、1-ヘキサデカノール、ヘキサデカナール、ヘキサデカノアート、n-ヘプタデカン、1-ヘプタデセン、1-ヘプタデカノール、ヘプタデカナール、ヘプタデカノアート、n-オクタデカン、1-オクタデセン、1-オクタデカノール、オクタデカナール、オクタデカノアート、n-ノナデカン、1-ノナデセン、1-ノナデカノール、ノナデカナール、ノナデカノアート、エイコサン、1-エイコセン、1-エイコサノール、エイコサナール、エイコサノアート、3-ヒドロキシプロパナール、1,3-プロパンジオール、4-ヒドロキシブタナール、1,4-ブタンジオール、3-ヒドロキシ-2-ブタノン、2,3-ブタンジオール、1,5-ペンタンジオール、ホモシトラート、ホモイソシトラート、b-ヒドロキシアジパート、グルタラート、グルタルセミアルデヒド、グルタルアルデヒド、2-ヒドロキシ-1-シクロペンタノン、1,2-シクロペンタンジオール、シクロペンタノン、シクロペンタノール、(S)-2-アセトラクタート、(R)-2,3-ジヒドロキシ-イソバレレート、2-オキソイソバレレート、イソブチリル-CoA、イソブチレート、イソブチルアルデヒド、5-アミノペントアルデヒド、1,10-ジアミノデカン、1,10-ジアミノ-5-デセン、1,10-ジアミノ-5-ヒドロキシデカン、1,10-ジアミノ-5-デカノン、1,10-ジアミノ-5,6-デカンジオール、1,10-ジアミノ-6-ヒドロキシ-5-デカノン、フェニルアセトアルデヒド、1,4-ジフェニルブタン、1,4-ジフェニル-1-ブテン、1,4-ジフェニル-2-ブテン、1,4-ジフェニル-2-ブタノール、1,4-ジフェニル-2-ブタノン、1,4-ジフェニル-2,3-ブタンジオール、1,4-ジフェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニルブタン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-1-ブテン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-2-ブテン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-2-ブタノール、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-2-ブタノン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-2,3-ブタンジオール、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-(インドール-3)-4-フェニルブタン、1-(インドール-3)-4-フェニル-1-ブテン、1-(インドール-3)-4-フェニル-2-ブテン、1-(インドール-3)-4-フェニル-2-ブタノール、1-(インドール-3)-4-フェニル-2-ブタノン、1-(インドール-3)-4-フェニル-2,3-ブタンジオール、1-(インドール-3)-4-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、4-ヒドロキシフェニルアセトアルデヒド、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)ブタン、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-1-ブテン、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブテン、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノール、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノン、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ブタンジオール、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3-)ブタン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-1-ブテン、1-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-2-ブテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-2-ブタノール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-2-ブタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-2,3-ブタンジオール、1-(4-ヒドロキシフェニル-4-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、インドール-3-アセトアルデヒド、1,4-ジ(インドール-3-)ブタン、1,4-ジ(インドール-3)-1-ブテン、1,4-ジ(インドール-3)-2-ブテン、1,4-ジ(インドール-3)-2-ブタノール、1,4-ジ(インドール-3)-2-ブタノン、1,4-ジ(インドール-3)-2,3-ブタンジオール、1,4-ジ(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、スクシナートセミアルデヒド、ヘキサン-1,8-ジカルボン酸、3-ヘキセン-1,8-ジカルボン酸、3-ヒドロキシ-ヘキサン-1,8-ジカルボン酸、3-ヘキサノン-1,8-ジカルボン酸、3,4-ヘキサンジオール-1,8-ジカルボン酸、4-ヒドロキシ-3-ヘキサノン-1,8-ジカルボン酸、フコイダン、ヨウ素、クロロフィル、カロテノイド、カルシウム、マグネシウム、鉄、ナトリウム、カリウム、及びホスフェート。
【請求項９】
多糖体を適切な単糖、又はオリゴ糖に変換するための方法であって：
（a）任意にバイオマスから得られる多糖体を、微生物系と、該多糖体を適切な単糖、又はオリゴ糖に変換するために十分な時間接触させることであって、該微生物系が、
（i）リアーゼ、及びヒドロラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子であって、該リアーゼ、及び／又はヒドロラーゼは、任意に少なくとも1つのシグナルペプチド、又は少なくとも1つの自己輸送体ドメインを含む、該少なくとも1つの遺伝子；
（ii）単糖輸送体、二糖輸送体、三糖輸送体、オリゴ糖輸送体、多糖体輸送体、及びスーパーチャンネルから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子；並びに、
（iii）単糖デヒドロゲナーゼ、イソメラーゼ、デヒドラターゼ、キナーゼ、及びアルドラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子、
を含み、
これにより該多糖体を適切な単糖、又はオリゴ糖に変換すること、
を含む、前記方法。
【請求項１０】
多糖体を、適切な単糖、又はオリゴ糖に変換するための方法であって：
（a）任意にバイオマスから得られる多糖体を、化学的、又は酵素的触媒作用経路と、該多糖体が第1の単糖、又はオリゴ糖に変換するために十分な時間接触させること；並びに、
（b）該第1の単糖、又はオリゴ糖を、微生物系と、該第1の単糖、又はオリゴ糖が該適切な単糖、又はオリゴ糖に変換するために十分な時間接触させることであって、該微生物系が、
（i）リアーゼ、及びヒドロラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子、
（ii）単糖輸送体、二糖輸送体、三糖輸送体、オリゴ糖輸送体、多糖体輸送体、及びスーパーチャンネルから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子；並びに、
（ii）単糖デヒドロゲナーゼ、イソメラーゼ、デヒドラターゼ、キナーゼ、及びアルドラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子、を含み、
これにより該多糖体を該適切な単糖、又はオリゴ糖に変換することを含む、前記方法。
【請求項１１】
前記リアーゼがアルギナートリアーゼ、ペクタートリアーゼ、ポリマンヌロナートリアーゼ、ポリグルロナートリアーゼ、ポリガラクツロナートリアーゼ、及びラムノガラクツロナートリアーゼから選択される、請求項9、又は請求項10記載の方法。
【請求項１２】
前記ヒドロラーゼがアルギナートヒドロラーゼ、ラムノガラクツロナートヒドロラーゼ、ポリマンヌロナートヒドロラーゼ、ペクチンヒドロラーゼ、及びポリガラクツロナートヒドロラーゼから選択される、請求項9、又は請求項10記載の方法。
【請求項１３】
前記輸送体がABC輸送体、共輸送体、及び外膜ポリンから選択される、請求項9、又は請求項10記載の方法。
【請求項１４】
前記ABC輸送体がAtu3021、Atu3022、Atu3023、Atu3024、algM1、algM2、AlgQ1、AlgQ2、AlgS、OG2516_05558、OG2516_05563、OG2516_05568、OG2516_05573、TogM、TogN、TogA、TogB、及びこれらの機能的な変異体から選択される、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
前記共輸送体がV12B01_24239（配列番号：26）、V12B01_24194（配列番号：8）、及びTogT、並びにこれらの機能的な変異体から選択される、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
前記外膜ポリンがV12B01_24269、KdgM、及びKdgN、並びにこれらの機能的な変異体から選択されるポリンを含む、請求項13記載の方法。
【請求項１７】
唯一の炭素源として多糖体で成長することができる組換え微生物であって、該多糖体がアルギナート、ペクチン、トリ-ガラクツロナート、ジ-ガラクツロナート、セルロース、及びヘミセルロースから選択される、前記組換え微生物。
【請求項１８】
前記多糖体がアルギナートである、請求項17記載の組換え微生物。
【請求項１９】
多糖体がペクチンである、請求項17記載の組換え微生物。
【請求項２０】
前記多糖体がトリ-ガラクツロナートである、請求項17記載の組換え微生物。
【請求項２１】
組換え微生物であって、（i）リアーゼ、及びヒドロラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子であって、該リアーゼ、又はヒドロラーゼが、任意に少なくとも1つのシグナルペプチド、又は少なくとも1つの自己輸送体ドメインを含む、該少なくとも1つの遺伝子；（ii）単糖輸送体、二糖輸送体、三糖輸送体、オリゴ糖輸送体、多糖体輸送体、及びスーパーチャンネルから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子；並びに（iii）単糖デヒドロゲナーゼ、イソメラーゼ、デヒドラターゼ、キナーゼ、及びアルドラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子を含む、前記組換え微生物。
【請求項２２】
前記微生物が唯一の炭素源として多糖体で成長することができる、請求項17〜21のいずれか1項記載の組換え微生物。
【請求項２３】
前記多糖体がアルギナート、ペクチン、及びトリ-ガラクツロナートから選択される、請求項22記載の組換え微生物。
【請求項２４】
適切な単糖、又はオリゴ糖を第1のコモディティケミカルに変換するための方法であって、
（a）該適切な単糖、又はオリゴ糖を、微生物系と、適切な単糖、又はオリゴ糖が該コモディティケミカルに変換するために十分な時間接触させることであって、該微生物系が、組換え微生物を含み、該微生物が、コモディティケミカル生合成経路を含み、
これにより該適切な単糖、又はオリゴ糖を該第1のコモディティケミカルに変換することを含む、前記方法。
【請求項２５】
前記コモディティケミカル経路がアルデヒド又はケトン生合成経路をコードする1つ以上の遺伝子を含む、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がアセトアルデヒド、プロピオンアルデヒド、ブチルアルデヒド、イソブチルアルデヒド、2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、2-インドール-3-アセトアルデヒド、グルタルアルデヒド、5-アミノ-ペントアルデヒド、スクシナートセミアルデヒド、及びスクシナート4-ヒドロキシフェニルアセトアルデヒド生合成経路の1つ以上から選択される、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がアセトアルデヒド生合成経路、並びにプロピオンアルデヒド、ブチルアルデヒド、イソブチルアルデヒド、2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がプロピオンアルデヒド生合成経路、並びにブチルアルデヒド、イソブチルアルデヒド、2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、及びフェニルアセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がブチルアルデヒド生合成経路、並びにイソブチルアルデヒド、2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３０】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がイソブチルアルデヒド生合成経路、並びに2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３１】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路が2-メチル-ブチルアルデヒド生合成経路、並びに3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３２】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路が3-メチル-ブチルアルデヒド生合成経路、並びに2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３３】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路が2-フェニルアセトアルデヒド生合成経路、並びに2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３４】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路が2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド生合成経路、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３５】
前記第1のコモディティケミカルが更に、酵素的に及び／又は化学的に第2のコモディティケミカルに還元され、及び脱水される、請求項24記載の方法。
【請求項３６】
適切な単糖、又はオリゴ糖をコモディティケミカルに変換するための方法であって、
（a）該適切な単糖、又はオリゴ糖を、微生物系と、該適切な単糖、又はオリゴ糖を該コモディティケミカルに変換するために十分な時間接触させることであって、該微生物系が；
（i）アルデヒド生合成経路をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子であって、該アルデヒド生合成経路が、デカルボキシラーゼ酵素をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子を含む、該1つ以上の遺伝子；並びに、
（ii）アルデヒドレダクターゼをコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子、
を含み、
これにより該適切な単糖、又はオリゴ糖を該コモディティケミカルに変換することを含む、前記方法。
【請求項３７】
前記デカルボキシラーゼ酵素がインドール-3-ピルベートデカルボキシラーゼ（IPDC）である、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
前記IPDCが配列番号：312に記載されたアミノ酸配列と少なくとも80%、90%、95%、98%、又は99%同じであるアミノ酸配列を含む、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
前記アルデヒドレダクターゼ酵素がフェニルアセトアルデヒドレダクターゼ（PAR）である、請求項36記載の方法。
【請求項４０】
前記PARが配列番号：313に記載されたアミノ酸配列と少なくとも80%、90%、95%、98%、又は99%同じであるアミノ酸配列を含む、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
前記コモディティケミカルが2-フェニルエタノール、2-(4-ヒドロキシフェニル)エタノール、及びインドール-3-エタノールから選択される、請求項36記載の方法。
【請求項４２】
組換え微生物であって、（i）アルデヒド生合成経路をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子であって、該アルデヒド生合成経路が、デカルボキシラーゼ酵素をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子を含む、該1つ以上の遺伝子；並びに（ii）アルデヒドレダクターゼをコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子、を含む、前記組換え微生物。
【請求項４３】
前記アルデヒド生合成経路がCoA関連アルデヒド脱水素酵素、アルデヒド脱水素酵素、及びアルコールデヒドロゲナーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子を更に含む、請求項42記載の組換え微生物。
【請求項４４】
前記デカルボキシラーゼ酵素がインドール-3-ピルベートデカルボキシラーゼ（IPDC）である、請求項42記載の組換え微生物。
【請求項４５】
前記アルデヒドレダクターゼ酵素がフェニルアセトアルデヒドレダクターゼ（PAR）である、請求項42記載の組換え微生物。
【請求項４６】
前記微生物が適切な単糖、又はオリゴ糖をコモディティケミカルに変換することができる、請求項42記載の組換え微生物。
【請求項４７】
前記コモディティケミカルが2-フェニルエタノール、2-(4-ヒドロキシフェニル)エタノール、及びインドール-3-エタノールから選択される、請求項46記載の組換え微生物。
【請求項４８】
前記微生物が、野生型微生物と比較して減少されたエタノール産生能力を含む、請求項17〜23、又は42〜47記載のいずれか1項記載の組換え微生物。
【請求項４９】
前記微生物が、アセチル-coAのエタノールへの変換の減少、又は阻害を含む、請求項48記載の組換え微生物。
【請求項５０】
前記組換え微生物がエタノールデヒドロゲナーゼの減少を含み、これによりエタノール産生能力の減少を提供する、請求項48記載の組換え微生物。
【請求項５１】
前記エタノールデヒドロゲナーゼがadhE、その相同体、又は変異体である、請求項50記載の組換え微生物。
【請求項５２】
前記微生物がadhE、その相同体、若しくは変異体の欠失、又はノックアウトを含む、請求項50記載の組換え微生物。
【請求項５３】
前記組換え微生物が、アセチル-coAのエタノールへの変換を触媒する酵素、ピルベートのラクタートへの変換を触媒する酵素、フマラートのスクシナートへの変換を触媒する酵素、アセチル-coA及びホスフェートのcoA及びアセチルホスフェートへの変換を触媒する酵素、アセチル-coA及びフォルマートのcoA及びピルベートへの変換を触媒する酵素、並びにα-ケト酸の分枝アミノ酸への変換を触媒する酵素から選択される酵素をコードする遺伝子における1つ以上の欠失、又はノックアウトを含む、請求項17〜23、又は42〜47のいずれか1項記載の組換え微生物。
【請求項５４】
前記組換え微生物、又は微生物系が以下を含む、請求項1-53のいずれか1項記載の微生物系、又は組換え微生物：アセトバクター・アセチ（Acetobacter aceti）、アクロモバクター（Achromobacter）、アシジフィリウム属（Acidiphilium）、アシネトバクター属（Acinetobacter）、アクチノマデュラ属（Actinomadura）、アクチノプラネス属（Actinoplanes）、超好熱性古細菌（Aeropyrum pernix）、アグロバクテリウム属（Agrobacterium）、アルカリゲネス属（Alcaligenes）、パインアップル（Ananas comosus ）（M）、アルトロバクター属（Arthrobacter）、クロコウジカビ（Aspargillus niger）、コウジカビ（Aspargillus oryze）、アスペルギルス・メレウス（Aspergillus melleus）、アスペルギルス・プルベルレンツス（Aspergillus pulverulentus）、アスペルギルス・サイトイ（Aspergillus saitoi）、ショウユコウジカビ（Aspergillus sojea）、アスペルギルス・ウサミ（Aspergillus usamii）、バチルス・アルカロフィラス（Bacillus alcalophilus）、バチルス・アミロリクエファシエンス（Bacillus amyloliquefaciens）、ブレビス菌（Bacillus brevis）、バチルス・サーキュランス（Bacillus circulans）、バチルス・クラウシイ（Bacillus clausii）、バチルス・レンタス（Bacillus lentus）、リケニホルミス菌（Bacillus licheniformis）、バチルス・マセランス（Bacillus macerans）、バチルス・ステアロサーモフィルス（Bacillus stearothermophilus）、枯草菌（Bacillus subtilis）、ビフィドバクテリウム属（Bifidobacterium）、ブレビバチルス・ブレービス（Brevibacillus brevis）、バークホルデリア・セパシア（Burkholderia cepacia）、カンジダ シリンドラセア（Candida cylindracea）、カンディダ・ルゴサ（Candida rugosa）、パパイヤ（Carica papaya）（L）、セルロシミクロビウム属（Cellulosimicrobium）、セファロスポリウム属（Cephalosporium）、ケトミウム・エラチカム（Chaetomium erraticum）、ケトミウム・グラシエ（Chaetomium gracile）、クロストリジウム属（Clostridium）、酪酸菌（Clostridium butyricum）、クロストリジウム・アセトブチリクム (Clostridium acetobutylicum)、クロストリジウム・サーモセラム（Clostridium thermocellum）、コリネバクテリウム属（Corynebacterium）（グルタミクム（glutamicum））、コリネバクテリウム・エフィシエンス（Corynebacterium efficiens）、大腸菌（Escherichia coli）、エンテロコッカス（Enterococcus）、黒脚病菌（Erwina chrysanthemi）、グルコノバクター属（Gliconobacter）、グルコンアセトバクター属（Gluconacetobacter）、ハロアーキュラ属（Haloarcula）、フミコラ・インソレンス（Humicola insolens）、フミコラ・ンソレンス（Humicola nsolens）、キタサトスポラ・セタエ（Kitasatospora setae）、クレブシエラ属（Klebsiella）、クレブシェラオキシトーカ（Klebsiella oxytoca）、クリベロマイセス属（Kluyveromyces）、クロイベロマイセス フラジリス（Kluyveromyces fragilis）、クルイベロミセスラクチス（Kluyveromyces lactis）、コクリア属（Kocuria）、ラクトラクティス（Lactlactis）、乳酸桿菌属（Lactobacillus）、発酵乳酸桿菌（Lactobacillus fermentum）、ラクトバシラス・サケ（Lactobacillus sake）、ラクトコッカス属（Lactococcus）、ラクトコッカス・ラクティス（Lactococcus lactis）、ロイコノストック属（Leuconostoc）、メチロシスチス属（Methylocystis）、メタノロブス・シシリアエ（Methanolobus siciliae）、メタノゲニウム・オルガノフィラム（Methanogenium organophilum）、メタノバクテリウム・ブライアンティイ（Methanobacterium bryantii）、ミクロバクテリウム・インペリアレ（Microbacterium imperiale）、ミクロコッカス・リソディクティカス（Micrococcus lysodeikticus）、ミクロルナタス属（Microlunatus）、ムコール・ジャバニカス（Mucor javanicus）、マイコバクテリウム属（Mycobacterium）、ミロセシウム属（Myrothecium）、硝酸菌属（Nitrobacter）、ニトロソモナス属（Nitrosomonas）、ノカルジア属（Nocardia）、パパイヤ（Papaya carica）、ペディオコッカス属（Pediococcus）、醤油乳酸菌（Pediococcus halophilus）、ペニシリウム属（Penicillium）、ペニシリウム・カマンベルティ（Penicillium camemberti）、ペニシリウム・シトリヌム（Penicillium citrinum）、ペニシリウム・エメルソニィ（Penicillium emersonii）、ペニシリウム・ロックフォルティ（Penicillium roqueforti）、ペニシリウム・リラシナム（Penicillium lilactinum）、ペニシリウム・マルチカラー（Penicillium multicolor）、パラコッカス・パントトロファス（Paracoccus pantotrophus）、プロピオニバクテリウム属（Propionibacterium）、シュードモナス属（Pseudomonas）、蛍光菌（Pseudomonas fluorescens）、シュードモナス・デニトリフィカンス（Pseudomonas denitrificans）、パイロコッカス属（Pyrococcus）、パイロコッカス・フリオサス（Pyrococcus furiosus）、パイロコッカス・ホリコシイ（Pyrococcus horikoshii）、根粒菌属（Rhizobium）、リゾムコール・マイハイ（Rhizomucor miehei）、リゾムコール・プシルス・リント（Rhizomucor pusillus Lindt）、リゾプス属（Rhizopus）、リゾプス・デレマー（Rhizopus delemar）、リゾプス・ジャポニカス（Rhizopus japonicus）、リゾプス・ニベウス（Rhizopus niveus）、リゾプス・オリゼ（Rhizopus oryzae）、リゾプス・オリゴスポラス（Rhizopus oligosporus）、ロドコッカス属（Rhodococcus）、サッカロマイセス・セレビシエ（Sccharomyces cerevisiae）、スクレロチナ・リベルチナ（Sclerotina libertina）、スフィンゴバクテリウム・マルチボラム（Sphingobacterium multivorum）、スフィンゴビウム属（Sphingobium）、スフィンゴモナス属（Sphingomonas）、連鎖球菌属（Streptococcus）、サーモフィルス菌（Streptococcus thermophilus）Y-1、ストレプトマイセス属（Streptomyces）、ストレプトマイセス・グリセウス（Streptomyces griseus）、ストレプトマイセス・リビダンス（Streptomyces lividans）、ストレプトミセス・ムリヌス（Streptomyces murinus）、ストレプトマイセス・ルビギノーサス（Streptomyces rubiginosus）、ストレプトマイセス・バイオラセオルバー（Streptomyces violaceoruber）、ストレプトベルティシリウム・モバラエンス（Streptoverticillium mobaraense）、テトラジェノコッカス属（Tetragenococcus）、サームス属（Thermus）、チオスファエラ パントトロファ（Thiosphaera pantotropha）、ホウロクタケ属（Trametes）、トリコデルマ属（Trichoderma）、トリコデルマ・ロンギブラキアータム（Trichoderma longibrachiatum）、トリコデルマ・レッセイ（Trichoderma reesei）、トリコデルマ・ビリデ（Trichoderma viride）、トリコスポロン・ペニシラタム（Trichosporon penicillatum）、ビブリオ・アルギノリチカス（Vibrio alginolyticus）、ザントモナス属（Xanthomonas）、酵母（yeast）、ジゴサッカロミセス・ロキシー（Zygosaccharomyces rouxii）、ザイモモナス属（Zymomonas）、及びザイモモナス・モビリス（Zymomonus mobilis）。
【請求項５５】
請求項1〜8、又は24〜41のいずれか1項記載の方法によって産生されるコモディティケミカル。
【請求項５６】
請求項55記載のコモディティケミカル、及び精練所で生成された石油製品を含む、混合されたコモディティケミカル。
【請求項５７】
前記コモディティケミカルがC10-C12炭化水素、2-フェニルエタノール、2-(4-ヒドロキシフェニル)エタノール、及びインドール-3-エタノールから選択される、請求項56記載の混合されたコモディティケミカル。
【請求項５８】
前記C10-C12炭化水素が2,7-ジメチルオクタン、及び2,9-ジメチルデカンから選択される、請求項57記載の混合されたコモディティケミカル。
【請求項５９】
前記精練所で生成された石油製品がジェット燃料、及びディーゼル燃料から選択される、請求項56記載の混合されたコモディティケミカル。
【請求項６０】
コモディティケミカルが豊富な精練所で生成された石油製品を生成する方法であって、
（a）該精練所で生成された石油製品を、請求項1〜8、又は24〜41のいずれか1項記載の方法によって生成されたコモディティケミカルと混合して、
これにより該コモディティケミカルが豊富な精練所で生成された石油製品を生成することを含む、前記方法。
【請求項１】
多糖体をコモディティケミカルに変換するための方法であって：
（a）任意にバイオマスに由来する多糖体を、多糖体分解又は脱重合代謝系と接触させることであって、該代謝系が、
（i）酵素的、又は化学的触媒作用、及び、
（ii）微生物系であって、該微生物系が、組換え微生物を含み、該組換え微生物は、それが唯一の炭素源として該多糖体上で成長することができる1つの又は複数の外来性遺伝子を含む、前記微生物系、
から選択され、
これにより該多糖体を適切な単糖、又はオリゴ糖に変換すること；並びに、
（b）該適切な単糖、又はオリゴ糖を、コモディティケミカル生合成経路と接触させることであって、該コモディティケミカル生合成経路が、アルデヒド、又はケトン生合成経路を含み、
これにより該多糖体を該コモディティケミカルに変換することを含む、前記方法。
【請求項２】
前記バイオマスが海洋バイオマス、及び野菜／果実／植物バイオマスから選択される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記海洋バイオマスがケルプ、ジャイアントケルプ、ホンダワラ、海藻、藻類、海洋ミクロフローラ、微細藻類、及び海草から選択される、請求項2記載の方法。
【請求項４】
前記野菜／果実／植物バイオマスが植物果皮、又は絞り滓を含む、請求項2記載の方法。
【請求項５】
前記野菜／果実／植物バイオマスが柑橘類、ジャガイモ、トマト、ブドウ、グズベリー、ニンジン、マンゴー、サトウダイコン、リンゴ、スイッチグラス、木、及び飼い葉から選択される、請求項2記載の方法。
【請求項６】
前記多糖体がアルギナート、寒天、カラゲナン、フコイダン、ペクチン、ポリガラクツロナート、セルロース、ヘミセルロース、キシラン、アラビナン、及びマンナンから選択される、請求項1記載の方法。
【請求項７】
前記適切な単糖又はオリゴ糖が、2-ケト-3-デオキシD-グルコナート（KDG）、D-マンニトール、グルロナート、マンヌロナート、マンニトール、リキソース、グリセロール、キシリトール、グルコース、マンノース、ガラクトース、キシロース、アラビノース、グルクロナート、ガラクツロナート、及びラムノースから選択される、請求項1記載の方法。
【請求項８】
前記コモディティケミカルが以下から選択される、請求項1記載の方法：メタン、メタノール、エタン、エテン、エタノール、n-プロパン、1-プロペン、1-プロパノール、プロパナール、アセトン、プロピオナート、n-ブタン、1-ブテン、1‐ブタノール、ブタナール、ブタノエート、イソブタナール、イソブタノール、2-メチルブタナール、2-メチルブタノール、3-メチルブタナール、3-メチルブタノール、2-ブテン、2-ブタノール、2-ブタノン、2,3-ブタンジオール、3-ヒドロキシ-2-ブタノン、2,3-ブタンジオン、エチルベンゼン、エテニルベンゼン、2-フェニルエタノール、フェニルアセトアルデヒド、1-フェニルブタン、4-フェニル-1-ブテン、4-フェニル-2-ブテン、1-フェニル-2-ブテン、1-フェニル-2-ブタノール、4-フェニル-2-ブタノール、1-フェニル-2-ブタノン、4-フェニル-2-ブタノン、1-フェニル-2,3-ブタンジオール、1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、4-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-フェニル-2,3-ブタンジオン、n-ペンタン、エチルフェノール、エテニルフェノール、2-(4-ヒドロキシフェニル)エタノール、4-ヒドロキシフェニルアセトアルデヒド、1-(4-ヒドロキシフェニル)ブタン、4-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ブテン、4-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ブテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノール、4-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノン、4-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ブタンジオール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、4-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ブタノンジオン、インドリルエタン、インドリルエテン、2-(インドール-3-）エタノール、n-ペンタン、1-ペンテン、1-ペンタノール、ペンタナール、ペンタノアート、2-ペンテン、2-ペンタノール、3-ペンタノール、2-ペンタノン、3-ペンタノン、4-メチルペンタナール、4-メチルペンタノール、2,3-ペンタンジオール、2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、2,3-ペンタンジオン、2-メチルペンタン、4-メチル-1-ペンテン、4-メチル-2-ペンテン、4-メチル-3-ペンテン、4-メチル-2-ペンタノール、2-メチル-3-ペンタノール、4-メチル-2-ペンタノン、2-メチル-3-ペンタノン、4-メチル-2,3-ペンタンジオール、4-メチル-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、4-メチル-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、4-メチル-2,3-ペンタンジオン、1-フェニルペンタン、1-フェニル-1-ペンテン、1-フェニル-2-ペンテン、1-フェニル-3-ペンテン、1-フェニル-2-ペンタノール、1-フェニル-3-ペンタノール、1-フェニル-2-ペンタノン、1-フェニル-3-ペンタノン、1-フェニル-2,3-ペンタンジオール、1-フェニル-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、1-フェニル-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-フェニルペンタン、4-メチル-1-フェニル-1-ペンテン、4-メチル-1-フェニル-2-ペンテン、4-メチル-1-フェニル-3-ペンテン、4-メチル-1-フェニル-3-ペンタノール、4-メチル-1-フェニル-2-ペンタノール、4-メチル-1-フェニル-3-ペンタノン、4-メチル-1-フェニル-2-ペンタノン、4-メチル-1-フェニル-2,3-ペンタンジオール、4-メチル-1-フェニル-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、4-メチル-1-フェニル-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)ペンタン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ペンテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンタノール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンタノール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ペンタンジオール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)ペンタン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンテン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンテン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ペンテン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンタノール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンタノール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ペンタノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ペンタノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ペンタンジオール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-インドール-3-ペンタン、1-(インドール-3)-1-ペンテン、1-(インドール-3)-2-ペンテン、1-(インドール-3)-3-ペンテン、1-(インドール-3)-2-ペンタノール、1-(インドール-3)-3-ペンタノール、1-(インドール-3)-2-ペンタノン、1-(インドール-3)-3-ペンタノン、1-(インドール-3)-2,3-ペンタンジオール、1-(インドール-3)-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、1-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、1-(インドール-3)-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-(インドール-3-）ペンタン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ペンテン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ペンテン、4-メチル-1-(インドール-3)-1-ペンテン、4-メチル-2-(インドール-3)-3-ペンタノール、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ペンタノール、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ペンタノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ペンタノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ペンタンジオール、4-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ペンタンジオン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ペンタノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヒドロキシ-3-ペンタノン、n-ヘキサン、1-ヘキセン、1‐ヘキサノール、ヘキサナール、ヘキサノアート、2-ヘキセン、3-ヘキセン、2-ヘキサノール、3-ヘキサノール、2-ヘキサノン、3-ヘキサノン、2,3-ヘキサンジオール、2,3-ヘキサンジオン、3,4-ヘキサンジオール、3,4-ヘキサンジオン、2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、3-ヒドロキシ-4-ヘキサノン、4-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、2-メチルヘキサン、3-メチルヘキサン、2-メチル-2-ヘキセン、2-メチル-3-ヘキセン、5-メチル-1-ヘキセン、5-メチル-2-ヘキセン、4-メチル-1-ヘキセン、4-メチル-2-ヘキセン、3-メチル-3-ヘキセン、3-メチル-2-ヘキセン、3-メチル-1-ヘキセン、2-メチル-3-ヘキサノール、5-メチル-2-ヘキサノール、5-メチル-3-ヘキサノール、2-メチル-3-ヘキサノン、5-メチル-2-ヘキサノン、5-メチル-3-ヘキサノン、2-メチル-3,4-ヘキサンジオール、2-メチル-3,4-ヘキサンジオン、5-メチル-2,3-ヘキサンジオール、5-メチル-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-2,3-ヘキサンジオール、4-メチル-2,3-ヘキサンジオン、2-メチル-3-ヒドロキシ-4-ヘキサノン、2-メチル-4-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、4-メチル-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、4-メチル-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、2,5-ジメチルヘキサン、2,5-ジメチル-2-ヘキセン、2,5-ジメチル-3-ヘキセン、2,5-ジメチル-3-ヘキサノール、2,5-ジメチル-3-ヘキサノン、2,5-ジメチル-3,4-ヘキサンジオール、2,5-ジメチル-3,4-ヘキサンジオン、2,5-ジメチル-3-ヒドロキシ-4-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニルヘキサン、4-メチル-1-フェニルヘキサン、5-メチル-1-フェニル-1-ヘキセン、5-メチル-1-フェニル-2-ヘキセン、5-メチル-1-フェニル-3-ヘキセン、4-メチル-1-フェニル-1-ヘキセン、4-メチル-1-フェニル-2-ヘキセン、4-メチル-1-フェニル-3-ヘキセン、5-メチル-1-フェニル-2-ヘキサノール、5-メチル-1-フェニル-3-ヘキサノール、4-メチル-1-フェニル-2-ヘキサノール、4-メチル-1-フェニル-3-ヘキサノール、5-メチル-1-フェニル-2-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニル-3-ヘキサノン、4-メチル-1-フェニル-2-ヘキサノン、4-メチル-1-フェニル-3-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニル-2,3-ヘキサンジオール、4-メチル-1-フェニル-2,3-ヘキサンジオール、5-メチル-1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニル-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、4-メチル-1-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、4-メチル-1-フェニル-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-1-フェニル-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-フェニル-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)ヘキサン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ヘキセン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキセン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキセン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-1-ヘキセン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキセン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキセン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキサノール、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキサノール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキサノール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキサノール、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキサノン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキサノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヘキサノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヘキサノン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ヘキサンジオール、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ヘキサンジオール、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-(インドール-3-)ヘキサン、5-メチル-1-(インドール-3)-1-ヘキセン、5-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキセン、5-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキセン、4-メチル-1-(インドール-3)-1-ヘキセン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキセン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキセン、5-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキサノール、5-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキサノール、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキサノール、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキサノール、5-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキサノン、5-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキサノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヘキサノン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヘキサノン、5-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ヘキサンジオール、4-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ヘキサンジオール、5-メチル-1-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、5-メチル-1-(インドール-3)-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、4-メチル-1-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ヘキサノン、4-メチル-1-(インドール-3)-2-ヒドロキシ-3-ヘキサノン、5-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ヘキサンジオン、4-メチル-1-(インドール-3)-2,3-ヘキサンジオン、n-ヘプタン、1-ヘプテン、1-ヘプタノール、ヘプタナール、ヘプタノエート、2-ヘプテン、3-ヘプテン、2-ヘプタノール、3-ヘプタノール、4-ヘプタノール、2-ヘプタノン、3-ヘプタノン、4-ヘプタノン、2,3-ヘプタンジオール、2,3-ヘプタンジオン、3,4-ヘプタンジオール、3,4-ヘプタンジオン、2-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、3-ヒドロキシ-2-ヘプタノン、3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、2-メチルヘプタン、3-メチルヘプタン、6-メチル-2-ヘプテン、6-メチル-3-ヘプテン、2-メチル-3-ヘプテン、2-メチル-2-ヘプテン、5-メチル-2-ヘプテン、5-メチル-3-ヘプテン、3-メチル-3-ヘプテン、2-メチル-3-ヘプタノール、2-メチル-4-ヘプタノール、6-メチル-3-ヘプタノール、5-メチル-3-ヘプタノール、3-メチル-4-ヘプタノール、2-メチル-3-ヘプタノン、2-メチル-4-ヘプタノン、6-メチル-3-ヘプタノン、5-メチル-3-ヘプタノン、3-メチル-4-ヘプタノン、
2-メチル-3,4-ヘプタンジオール、2-メチル-3,4-ヘプタンジオン、6-メチル-3,4-ヘプタンジオール、6-メチル-3,4-ヘプタンジオン、5-メチル-3,4-ヘプタンジオール、5-メチル-3,4-ヘプタンジオン、2-メチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、2-メチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、6-メチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、6-メチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、5-メチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、5-メチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、2,6-ジメチルヘプタン、2,5-ジメチルヘプタン、2,6-ジメチル-2-ヘプテン、2,6-ジメチル-3-ヘプテン、2,5-ジメチル-2-ヘプテン、2,5-ジメチル-3-ヘプテン、3,6-ジメチル-3-ヘプテン、2,6-ジメチル-3-ヘプタノール、2,6-ジメチル-4-ヘプタノール、2,5-ジメチル-3-ヘプタノール、2,5-ジメチル-4-ヘプタノール、2,6-ジメチル-3,4-ヘプタンジオール、2,6-ジメチル-3,4-ヘプタンジオン、2,5-ジメチル-3,4-ヘプタンジオール、2,5-ジメチル-3,4-ヘプタンジオン、2,6-ジメチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、2,6-ジメチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、2,5-ジメチル-3-ヒドロキシ-4-ヘプタノン、2,5-ジメチル-4-ヒドロキシ-3-ヘプタノン、n-オクタン、1-オクテン、2-オクテン、1-オクタノール、オクタナール、オクタノアート、3-オクテン、4-オクテン、4-オクタノール、4-オクタノン、4,5-オクタンジオール、4,5-オクタンジオン、4-ヒドロキシ-5-オクタノン、2-メチルオクタン、2-メチル-3-オクテン、2-メチル-4-オクテン、7-メチル-3-オクテン、3-メチル-3-オクテン、3-メチル-4-オクテン、6-メチル-3-オクテン、2-メチル-4-オクタノール、7-メチル-4-オクタノール、3-メチル-4-オクタノール、6-メチル-4-オクタノール、2-メチル-4-オクタノン、7-メチル-4-オクタノン、3-メチル-4-オクタノン、6-メチル-4-オクタノン、2-メチル-4,5-オクタンジオール、2-メチル-4,5-オクタンジオン、3-メチル-4,5-オクタンジオール、3-メチル-4,5-オクタンジオン、2-メチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、2-メチル-5-ヒドロキシ-4-オクタノン、3-メチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、3-メチル-5-ヒドロキシ-4-オクタノン、2,7-ジメチルオクタン、2,7-ジメチル-3-オクテン、2,7-ジメチル-4-オクテン、2,7-ジメチル-4-オクタノール、2,7-ジメチル-4-オクタノン、2,7-ジメチル-4,5-オクタンジオール、2,7-ジメチル-4,5-オクタンジオン、2,7-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、2,6-ジメチルオクタン、2,6-ジメチル-3-オクテン、2,6-ジメチル-4-オクテン、3,7-ジメチル-3-オクテン、2,6-ジメチル-4-オクタノール、3,7-ジメチル-4-オクタノール、2,6-ジメチル-4-オクタノン、3,7-ジメチル-4-オクタノン、2,6-ジメチル-4,5-オクタンジオール、2,6-ジメチル-4,5-オクタンジオン、2,6-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、2,6-ジメチル-5-ヒドロキシ-4-オクタノン、3,6-ジメチルオクタン、3,6-ジメチル-3-オクテン、3,6-ジメチル-4-オクテン、3,6-ジメチル-4-オクタノール、3,6-ジメチル-4-オクタノン、3,6-ジメチル-4,5-オクタンジオール、3,6-ジメチル-4,5-オクタンジオン、3,6-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-オクタノン、n-ノナン、1-ノネン、1‐ノナノール、ノナナール、ノナノアート、2-メチルノナン、2-メチル-4-ノネン、2-メチル-5-ノネン、8-メチル-4-ノネン、2-メチル-5-ノナノール、8-メチル-4-ノナノール、2-メチル-5-ノナノン、8-メチル-4-ノナノン、8-メチル-4,5-ノナンジオール、8-メチル-4,5-ノナンジオン、8-メチル-4-ヒドロキシ-5-ノナノン、8-メチル-5-ヒドロキシ-4-ノナノン、2,8-ジメチルノナン、2,8-ジメチル-3-ノネン、2,8-ジメチル-4-ノネン、2,8-ジメチル-5-ノネン、2,8-ジメチル-4-ノナノール、2,8-ジメチル-5-ノナノール、2,8-ジメチル-4-ノナノン、2,8-ジメチル-5-ノナノン、2,8-ジメチル-4,5-ノナンジオール、2,8-ジメチル-4,5-ノナンジオン、2,8-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-ノナノン、2,8-ジメチル-5-ヒドロキシ-4-ノナノン、2,7-ジメチルノナン、3,8-ジメチル-3-ノネン、3,8-ジメチル-4-ノネン、3,8-ジメチル-5-ノネン、3,8-ジメチル-4-ノナノール、3,8-ジメチル-5-ノナノール、3,8-ジメチル-4-ノナノン、3,8-ジメチル-5-ノナノン、3,8-ジメチル-4,5-ノナンジオール、3,8-ジメチル-4,5-ノナンジオン、3,8-ジメチル-4-ヒドロキシ-5-ノナノン、3,8-ジメチル-5-ヒドロキシ-4-ノナノン、n-デカン、1-デセン、1-デカノール、デカノアート、2,9-ジメチルデカン、2,9-ジメチル-3-デセン、2,9-ジメチル-4-デセン、2,9-ジメチル-5-デカノール、2,9-ジメチル-5-デカノン、2,9-ジメチル-5,6-デカンジオール、2,9-ジメチル-6-ヒドロキシ-5-デカノン、2,9-ジメチル-5,6-デカンジオネン-ウンデカン、1-ウンデセン、1-ウンデカノール、ウンデカナール、ウンデカノアート、n-ドデカン、1-ドデセン、1-ドデカノール、ドデカナール、ドデカノアート、n-ドデカン、1-デカデセン、1-ドデカノール、ドデカナール（ddodecanal）、ドデカノアート、n-トリデカン、1-トリデセン、1-トリデカノール、トリデカナール、トリデカノアート、n-テトラデカン、1-テトラデセン、1‐テトラデカノール、テトラデカナール、テトラデカノアート、n-ペンタデカン、1-ペンタデセン、1-ペンタデカノール、ペンタデカナール、ペンタデカノアート、n-ヘキサデカン、1-ヘキサデセン、1-ヘキサデカノール、ヘキサデカナール、ヘキサデカノアート、n-ヘプタデカン、1-ヘプタデセン、1-ヘプタデカノール、ヘプタデカナール、ヘプタデカノアート、n-オクタデカン、1-オクタデセン、1-オクタデカノール、オクタデカナール、オクタデカノアート、n-ノナデカン、1-ノナデセン、1-ノナデカノール、ノナデカナール、ノナデカノアート、エイコサン、1-エイコセン、1-エイコサノール、エイコサナール、エイコサノアート、3-ヒドロキシプロパナール、1,3-プロパンジオール、4-ヒドロキシブタナール、1,4-ブタンジオール、3-ヒドロキシ-2-ブタノン、2,3-ブタンジオール、1,5-ペンタンジオール、ホモシトラート、ホモイソシトラート、b-ヒドロキシアジパート、グルタラート、グルタルセミアルデヒド、グルタルアルデヒド、2-ヒドロキシ-1-シクロペンタノン、1,2-シクロペンタンジオール、シクロペンタノン、シクロペンタノール、(S)-2-アセトラクタート、(R)-2,3-ジヒドロキシ-イソバレレート、2-オキソイソバレレート、イソブチリル-CoA、イソブチレート、イソブチルアルデヒド、5-アミノペントアルデヒド、1,10-ジアミノデカン、1,10-ジアミノ-5-デセン、1,10-ジアミノ-5-ヒドロキシデカン、1,10-ジアミノ-5-デカノン、1,10-ジアミノ-5,6-デカンジオール、1,10-ジアミノ-6-ヒドロキシ-5-デカノン、フェニルアセトアルデヒド、1,4-ジフェニルブタン、1,4-ジフェニル-1-ブテン、1,4-ジフェニル-2-ブテン、1,4-ジフェニル-2-ブタノール、1,4-ジフェニル-2-ブタノン、1,4-ジフェニル-2,3-ブタンジオール、1,4-ジフェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニルブタン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-1-ブテン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-2-ブテン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-2-ブタノール、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-2-ブタノン、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-2,3-ブタンジオール、1-(4-ヒデオキシフェニル)-4-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-(インドール-3)-4-フェニルブタン、1-(インドール-3)-4-フェニル-1-ブテン、1-(インドール-3)-4-フェニル-2-ブテン、1-(インドール-3)-4-フェニル-2-ブタノール、1-(インドール-3)-4-フェニル-2-ブタノン、1-(インドール-3)-4-フェニル-2,3-ブタンジオール、1-(インドール-3)-4-フェニル-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、4-ヒドロキシフェニルアセトアルデヒド、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)ブタン、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-1-ブテン、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブテン、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノール、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-2-ブタノン、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-2,3-ブタンジオール、1,4-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3-)ブタン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-1-ブテン、1-ジ(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-2-ブテン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-2-ブタノール、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-2-ブタノン、1-(4-ヒドロキシフェニル)-4-(インドール-3)-2,3-ブタンジオール、1-(4-ヒドロキシフェニル-4-(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、インドール-3-アセトアルデヒド、1,4-ジ(インドール-3-)ブタン、1,4-ジ(インドール-3)-1-ブテン、1,4-ジ(インドール-3)-2-ブテン、1,4-ジ(インドール-3)-2-ブタノール、1,4-ジ(インドール-3)-2-ブタノン、1,4-ジ(インドール-3)-2,3-ブタンジオール、1,4-ジ(インドール-3)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン、スクシナートセミアルデヒド、ヘキサン-1,8-ジカルボン酸、3-ヘキセン-1,8-ジカルボン酸、3-ヒドロキシ-ヘキサン-1,8-ジカルボン酸、3-ヘキサノン-1,8-ジカルボン酸、3,4-ヘキサンジオール-1,8-ジカルボン酸、4-ヒドロキシ-3-ヘキサノン-1,8-ジカルボン酸、フコイダン、ヨウ素、クロロフィル、カロテノイド、カルシウム、マグネシウム、鉄、ナトリウム、カリウム、及びホスフェート。
【請求項９】
多糖体を適切な単糖、又はオリゴ糖に変換するための方法であって：
（a）任意にバイオマスから得られる多糖体を、微生物系と、該多糖体を適切な単糖、又はオリゴ糖に変換するために十分な時間接触させることであって、該微生物系が、
（i）リアーゼ、及びヒドロラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子であって、該リアーゼ、及び／又はヒドロラーゼは、任意に少なくとも1つのシグナルペプチド、又は少なくとも1つの自己輸送体ドメインを含む、該少なくとも1つの遺伝子；
（ii）単糖輸送体、二糖輸送体、三糖輸送体、オリゴ糖輸送体、多糖体輸送体、及びスーパーチャンネルから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子；並びに、
（iii）単糖デヒドロゲナーゼ、イソメラーゼ、デヒドラターゼ、キナーゼ、及びアルドラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子、
を含み、
これにより該多糖体を適切な単糖、又はオリゴ糖に変換すること、
を含む、前記方法。
【請求項１０】
多糖体を、適切な単糖、又はオリゴ糖に変換するための方法であって：
（a）任意にバイオマスから得られる多糖体を、化学的、又は酵素的触媒作用経路と、該多糖体が第1の単糖、又はオリゴ糖に変換するために十分な時間接触させること；並びに、
（b）該第1の単糖、又はオリゴ糖を、微生物系と、該第1の単糖、又はオリゴ糖が該適切な単糖、又はオリゴ糖に変換するために十分な時間接触させることであって、該微生物系が、
（i）リアーゼ、及びヒドロラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子、
（ii）単糖輸送体、二糖輸送体、三糖輸送体、オリゴ糖輸送体、多糖体輸送体、及びスーパーチャンネルから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子；並びに、
（ii）単糖デヒドロゲナーゼ、イソメラーゼ、デヒドラターゼ、キナーゼ、及びアルドラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子、を含み、
これにより該多糖体を該適切な単糖、又はオリゴ糖に変換することを含む、前記方法。
【請求項１１】
前記リアーゼがアルギナートリアーゼ、ペクタートリアーゼ、ポリマンヌロナートリアーゼ、ポリグルロナートリアーゼ、ポリガラクツロナートリアーゼ、及びラムノガラクツロナートリアーゼから選択される、請求項9、又は請求項10記載の方法。
【請求項１２】
前記ヒドロラーゼがアルギナートヒドロラーゼ、ラムノガラクツロナートヒドロラーゼ、ポリマンヌロナートヒドロラーゼ、ペクチンヒドロラーゼ、及びポリガラクツロナートヒドロラーゼから選択される、請求項9、又は請求項10記載の方法。
【請求項１３】
前記輸送体がABC輸送体、共輸送体、及び外膜ポリンから選択される、請求項9、又は請求項10記載の方法。
【請求項１４】
前記ABC輸送体がAtu3021、Atu3022、Atu3023、Atu3024、algM1、algM2、AlgQ1、AlgQ2、AlgS、OG2516_05558、OG2516_05563、OG2516_05568、OG2516_05573、TogM、TogN、TogA、TogB、及びこれらの機能的な変異体から選択される、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
前記共輸送体がV12B01_24239（配列番号：26）、V12B01_24194（配列番号：8）、及びTogT、並びにこれらの機能的な変異体から選択される、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
前記外膜ポリンがV12B01_24269、KdgM、及びKdgN、並びにこれらの機能的な変異体から選択されるポリンを含む、請求項13記載の方法。
【請求項１７】
唯一の炭素源として多糖体で成長することができる組換え微生物であって、該多糖体がアルギナート、ペクチン、トリ-ガラクツロナート、ジ-ガラクツロナート、セルロース、及びヘミセルロースから選択される、前記組換え微生物。
【請求項１８】
前記多糖体がアルギナートである、請求項17記載の組換え微生物。
【請求項１９】
多糖体がペクチンである、請求項17記載の組換え微生物。
【請求項２０】
前記多糖体がトリ-ガラクツロナートである、請求項17記載の組換え微生物。
【請求項２１】
組換え微生物であって、（i）リアーゼ、及びヒドロラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子であって、該リアーゼ、又はヒドロラーゼが、任意に少なくとも1つのシグナルペプチド、又は少なくとも1つの自己輸送体ドメインを含む、該少なくとも1つの遺伝子；（ii）単糖輸送体、二糖輸送体、三糖輸送体、オリゴ糖輸送体、多糖体輸送体、及びスーパーチャンネルから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子；並びに（iii）単糖デヒドロゲナーゼ、イソメラーゼ、デヒドラターゼ、キナーゼ、及びアルドラーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する少なくとも1つの遺伝子を含む、前記組換え微生物。
【請求項２２】
前記微生物が唯一の炭素源として多糖体で成長することができる、請求項17〜21のいずれか1項記載の組換え微生物。
【請求項２３】
前記多糖体がアルギナート、ペクチン、及びトリ-ガラクツロナートから選択される、請求項22記載の組換え微生物。
【請求項２４】
適切な単糖、又はオリゴ糖を第1のコモディティケミカルに変換するための方法であって、
（a）該適切な単糖、又はオリゴ糖を、微生物系と、適切な単糖、又はオリゴ糖が該コモディティケミカルに変換するために十分な時間接触させることであって、該微生物系が、組換え微生物を含み、該微生物が、コモディティケミカル生合成経路を含み、
これにより該適切な単糖、又はオリゴ糖を該第1のコモディティケミカルに変換することを含む、前記方法。
【請求項２５】
前記コモディティケミカル経路がアルデヒド又はケトン生合成経路をコードする1つ以上の遺伝子を含む、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がアセトアルデヒド、プロピオンアルデヒド、ブチルアルデヒド、イソブチルアルデヒド、2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、2-インドール-3-アセトアルデヒド、グルタルアルデヒド、5-アミノ-ペントアルデヒド、スクシナートセミアルデヒド、及びスクシナート4-ヒドロキシフェニルアセトアルデヒド生合成経路の1つ以上から選択される、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がアセトアルデヒド生合成経路、並びにプロピオンアルデヒド、ブチルアルデヒド、イソブチルアルデヒド、2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がプロピオンアルデヒド生合成経路、並びにブチルアルデヒド、イソブチルアルデヒド、2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、及びフェニルアセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がブチルアルデヒド生合成経路、並びにイソブチルアルデヒド、2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３０】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路がイソブチルアルデヒド生合成経路、並びに2-メチル-ブチルアルデヒド、3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３１】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路が2-メチル-ブチルアルデヒド生合成経路、並びに3-メチル-ブチルアルデヒド、2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３２】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路が3-メチル-ブチルアルデヒド生合成経路、並びに2-フェニルアセトアルデヒド、2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３３】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路が2-フェニルアセトアルデヒド生合成経路、並びに2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路から選択される生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３４】
前記アルデヒド又はケトン生合成経路が2-(4-ヒドロキシフェニル)アセトアルデヒド生合成経路、及び2-インドール-3-アセトアルデヒド生合成経路を含む、請求項26記載の方法。
【請求項３５】
前記第1のコモディティケミカルが更に、酵素的に及び／又は化学的に第2のコモディティケミカルに還元され、及び脱水される、請求項24記載の方法。
【請求項３６】
適切な単糖、又はオリゴ糖をコモディティケミカルに変換するための方法であって、
（a）該適切な単糖、又はオリゴ糖を、微生物系と、該適切な単糖、又はオリゴ糖を該コモディティケミカルに変換するために十分な時間接触させることであって、該微生物系が；
（i）アルデヒド生合成経路をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子であって、該アルデヒド生合成経路が、デカルボキシラーゼ酵素をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子を含む、該1つ以上の遺伝子；並びに、
（ii）アルデヒドレダクターゼをコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子、
を含み、
これにより該適切な単糖、又はオリゴ糖を該コモディティケミカルに変換することを含む、前記方法。
【請求項３７】
前記デカルボキシラーゼ酵素がインドール-3-ピルベートデカルボキシラーゼ（IPDC）である、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
前記IPDCが配列番号：312に記載されたアミノ酸配列と少なくとも80%、90%、95%、98%、又は99%同じであるアミノ酸配列を含む、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
前記アルデヒドレダクターゼ酵素がフェニルアセトアルデヒドレダクターゼ（PAR）である、請求項36記載の方法。
【請求項４０】
前記PARが配列番号：313に記載されたアミノ酸配列と少なくとも80%、90%、95%、98%、又は99%同じであるアミノ酸配列を含む、請求項39記載の方法。
【請求項４１】
前記コモディティケミカルが2-フェニルエタノール、2-(4-ヒドロキシフェニル)エタノール、及びインドール-3-エタノールから選択される、請求項36記載の方法。
【請求項４２】
組換え微生物であって、（i）アルデヒド生合成経路をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子であって、該アルデヒド生合成経路が、デカルボキシラーゼ酵素をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子を含む、該1つ以上の遺伝子；並びに（ii）アルデヒドレダクターゼをコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子、を含む、前記組換え微生物。
【請求項４３】
前記アルデヒド生合成経路がCoA関連アルデヒド脱水素酵素、アルデヒド脱水素酵素、及びアルコールデヒドロゲナーゼから選択される酵素をコードし、及び発現する1つ以上の遺伝子を更に含む、請求項42記載の組換え微生物。
【請求項４４】
前記デカルボキシラーゼ酵素がインドール-3-ピルベートデカルボキシラーゼ（IPDC）である、請求項42記載の組換え微生物。
【請求項４５】
前記アルデヒドレダクターゼ酵素がフェニルアセトアルデヒドレダクターゼ（PAR）である、請求項42記載の組換え微生物。
【請求項４６】
前記微生物が適切な単糖、又はオリゴ糖をコモディティケミカルに変換することができる、請求項42記載の組換え微生物。
【請求項４７】
前記コモディティケミカルが2-フェニルエタノール、2-(4-ヒドロキシフェニル)エタノール、及びインドール-3-エタノールから選択される、請求項46記載の組換え微生物。
【請求項４８】
前記微生物が、野生型微生物と比較して減少されたエタノール産生能力を含む、請求項17〜23、又は42〜47記載のいずれか1項記載の組換え微生物。
【請求項４９】
前記微生物が、アセチル-coAのエタノールへの変換の減少、又は阻害を含む、請求項48記載の組換え微生物。
【請求項５０】
前記組換え微生物がエタノールデヒドロゲナーゼの減少を含み、これによりエタノール産生能力の減少を提供する、請求項48記載の組換え微生物。
【請求項５１】
前記エタノールデヒドロゲナーゼがadhE、その相同体、又は変異体である、請求項50記載の組換え微生物。
【請求項５２】
前記微生物がadhE、その相同体、若しくは変異体の欠失、又はノックアウトを含む、請求項50記載の組換え微生物。
【請求項５３】
前記組換え微生物が、アセチル-coAのエタノールへの変換を触媒する酵素、ピルベートのラクタートへの変換を触媒する酵素、フマラートのスクシナートへの変換を触媒する酵素、アセチル-coA及びホスフェートのcoA及びアセチルホスフェートへの変換を触媒する酵素、アセチル-coA及びフォルマートのcoA及びピルベートへの変換を触媒する酵素、並びにα-ケト酸の分枝アミノ酸への変換を触媒する酵素から選択される酵素をコードする遺伝子における1つ以上の欠失、又はノックアウトを含む、請求項17〜23、又は42〜47のいずれか1項記載の組換え微生物。
【請求項５４】
前記組換え微生物、又は微生物系が以下を含む、請求項1-53のいずれか1項記載の微生物系、又は組換え微生物：アセトバクター・アセチ（Acetobacter aceti）、アクロモバクター（Achromobacter）、アシジフィリウム属（Acidiphilium）、アシネトバクター属（Acinetobacter）、アクチノマデュラ属（Actinomadura）、アクチノプラネス属（Actinoplanes）、超好熱性古細菌（Aeropyrum pernix）、アグロバクテリウム属（Agrobacterium）、アルカリゲネス属（Alcaligenes）、パインアップル（Ananas comosus ）（M）、アルトロバクター属（Arthrobacter）、クロコウジカビ（Aspargillus niger）、コウジカビ（Aspargillus oryze）、アスペルギルス・メレウス（Aspergillus melleus）、アスペルギルス・プルベルレンツス（Aspergillus pulverulentus）、アスペルギルス・サイトイ（Aspergillus saitoi）、ショウユコウジカビ（Aspergillus sojea）、アスペルギルス・ウサミ（Aspergillus usamii）、バチルス・アルカロフィラス（Bacillus alcalophilus）、バチルス・アミロリクエファシエンス（Bacillus amyloliquefaciens）、ブレビス菌（Bacillus brevis）、バチルス・サーキュランス（Bacillus circulans）、バチルス・クラウシイ（Bacillus clausii）、バチルス・レンタス（Bacillus lentus）、リケニホルミス菌（Bacillus licheniformis）、バチルス・マセランス（Bacillus macerans）、バチルス・ステアロサーモフィルス（Bacillus stearothermophilus）、枯草菌（Bacillus subtilis）、ビフィドバクテリウム属（Bifidobacterium）、ブレビバチルス・ブレービス（Brevibacillus brevis）、バークホルデリア・セパシア（Burkholderia cepacia）、カンジダ シリンドラセア（Candida cylindracea）、カンディダ・ルゴサ（Candida rugosa）、パパイヤ（Carica papaya）（L）、セルロシミクロビウム属（Cellulosimicrobium）、セファロスポリウム属（Cephalosporium）、ケトミウム・エラチカム（Chaetomium erraticum）、ケトミウム・グラシエ（Chaetomium gracile）、クロストリジウム属（Clostridium）、酪酸菌（Clostridium butyricum）、クロストリジウム・アセトブチリクム (Clostridium acetobutylicum)、クロストリジウム・サーモセラム（Clostridium thermocellum）、コリネバクテリウム属（Corynebacterium）（グルタミクム（glutamicum））、コリネバクテリウム・エフィシエンス（Corynebacterium efficiens）、大腸菌（Escherichia coli）、エンテロコッカス（Enterococcus）、黒脚病菌（Erwina chrysanthemi）、グルコノバクター属（Gliconobacter）、グルコンアセトバクター属（Gluconacetobacter）、ハロアーキュラ属（Haloarcula）、フミコラ・インソレンス（Humicola insolens）、フミコラ・ンソレンス（Humicola nsolens）、キタサトスポラ・セタエ（Kitasatospora setae）、クレブシエラ属（Klebsiella）、クレブシェラオキシトーカ（Klebsiella oxytoca）、クリベロマイセス属（Kluyveromyces）、クロイベロマイセス フラジリス（Kluyveromyces fragilis）、クルイベロミセスラクチス（Kluyveromyces lactis）、コクリア属（Kocuria）、ラクトラクティス（Lactlactis）、乳酸桿菌属（Lactobacillus）、発酵乳酸桿菌（Lactobacillus fermentum）、ラクトバシラス・サケ（Lactobacillus sake）、ラクトコッカス属（Lactococcus）、ラクトコッカス・ラクティス（Lactococcus lactis）、ロイコノストック属（Leuconostoc）、メチロシスチス属（Methylocystis）、メタノロブス・シシリアエ（Methanolobus siciliae）、メタノゲニウム・オルガノフィラム（Methanogenium organophilum）、メタノバクテリウム・ブライアンティイ（Methanobacterium bryantii）、ミクロバクテリウム・インペリアレ（Microbacterium imperiale）、ミクロコッカス・リソディクティカス（Micrococcus lysodeikticus）、ミクロルナタス属（Microlunatus）、ムコール・ジャバニカス（Mucor javanicus）、マイコバクテリウム属（Mycobacterium）、ミロセシウム属（Myrothecium）、硝酸菌属（Nitrobacter）、ニトロソモナス属（Nitrosomonas）、ノカルジア属（Nocardia）、パパイヤ（Papaya carica）、ペディオコッカス属（Pediococcus）、醤油乳酸菌（Pediococcus halophilus）、ペニシリウム属（Penicillium）、ペニシリウム・カマンベルティ（Penicillium camemberti）、ペニシリウム・シトリヌム（Penicillium citrinum）、ペニシリウム・エメルソニィ（Penicillium emersonii）、ペニシリウム・ロックフォルティ（Penicillium roqueforti）、ペニシリウム・リラシナム（Penicillium lilactinum）、ペニシリウム・マルチカラー（Penicillium multicolor）、パラコッカス・パントトロファス（Paracoccus pantotrophus）、プロピオニバクテリウム属（Propionibacterium）、シュードモナス属（Pseudomonas）、蛍光菌（Pseudomonas fluorescens）、シュードモナス・デニトリフィカンス（Pseudomonas denitrificans）、パイロコッカス属（Pyrococcus）、パイロコッカス・フリオサス（Pyrococcus furiosus）、パイロコッカス・ホリコシイ（Pyrococcus horikoshii）、根粒菌属（Rhizobium）、リゾムコール・マイハイ（Rhizomucor miehei）、リゾムコール・プシルス・リント（Rhizomucor pusillus Lindt）、リゾプス属（Rhizopus）、リゾプス・デレマー（Rhizopus delemar）、リゾプス・ジャポニカス（Rhizopus japonicus）、リゾプス・ニベウス（Rhizopus niveus）、リゾプス・オリゼ（Rhizopus oryzae）、リゾプス・オリゴスポラス（Rhizopus oligosporus）、ロドコッカス属（Rhodococcus）、サッカロマイセス・セレビシエ（Sccharomyces cerevisiae）、スクレロチナ・リベルチナ（Sclerotina libertina）、スフィンゴバクテリウム・マルチボラム（Sphingobacterium multivorum）、スフィンゴビウム属（Sphingobium）、スフィンゴモナス属（Sphingomonas）、連鎖球菌属（Streptococcus）、サーモフィルス菌（Streptococcus thermophilus）Y-1、ストレプトマイセス属（Streptomyces）、ストレプトマイセス・グリセウス（Streptomyces griseus）、ストレプトマイセス・リビダンス（Streptomyces lividans）、ストレプトミセス・ムリヌス（Streptomyces murinus）、ストレプトマイセス・ルビギノーサス（Streptomyces rubiginosus）、ストレプトマイセス・バイオラセオルバー（Streptomyces violaceoruber）、ストレプトベルティシリウム・モバラエンス（Streptoverticillium mobaraense）、テトラジェノコッカス属（Tetragenococcus）、サームス属（Thermus）、チオスファエラ パントトロファ（Thiosphaera pantotropha）、ホウロクタケ属（Trametes）、トリコデルマ属（Trichoderma）、トリコデルマ・ロンギブラキアータム（Trichoderma longibrachiatum）、トリコデルマ・レッセイ（Trichoderma reesei）、トリコデルマ・ビリデ（Trichoderma viride）、トリコスポロン・ペニシラタム（Trichosporon penicillatum）、ビブリオ・アルギノリチカス（Vibrio alginolyticus）、ザントモナス属（Xanthomonas）、酵母（yeast）、ジゴサッカロミセス・ロキシー（Zygosaccharomyces rouxii）、ザイモモナス属（Zymomonas）、及びザイモモナス・モビリス（Zymomonus mobilis）。
【請求項５５】
請求項1〜8、又は24〜41のいずれか1項記載の方法によって産生されるコモディティケミカル。
【請求項５６】
請求項55記載のコモディティケミカル、及び精練所で生成された石油製品を含む、混合されたコモディティケミカル。
【請求項５７】
前記コモディティケミカルがC10-C12炭化水素、2-フェニルエタノール、2-(4-ヒドロキシフェニル)エタノール、及びインドール-3-エタノールから選択される、請求項56記載の混合されたコモディティケミカル。
【請求項５８】
前記C10-C12炭化水素が2,7-ジメチルオクタン、及び2,9-ジメチルデカンから選択される、請求項57記載の混合されたコモディティケミカル。
【請求項５９】
前記精練所で生成された石油製品がジェット燃料、及びディーゼル燃料から選択される、請求項56記載の混合されたコモディティケミカル。
【請求項６０】
コモディティケミカルが豊富な精練所で生成された石油製品を生成する方法であって、
（a）該精練所で生成された石油製品を、請求項1〜8、又は24〜41のいずれか1項記載の方法によって生成されたコモディティケミカルと混合して、
これにより該コモディティケミカルが豊富な精練所で生成された石油製品を生成することを含む、前記方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１３】
【図１４Ａ−Ｂ】
【図１５Ａ−Ｂ】
【図１６Ａ−Ｂ】
【図１７Ａ】
【図１７Ｂ】
【図１８Ａ】
【図１８Ｂ】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【図２０Ａ】
【図２０Ｂ】
【図２１Ａ】
【図２１Ｂ】
【図２２】
【図２３】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２５】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２７Ａ】
【図２７Ｂ】
【図２８Ａ−Ｂ】
【図２９Ａ−Ｄ】
【図３０Ａ】
【図３０Ｂ】
【図３１Ａ】
【図３１Ｂ】
【図３２Ａ】
【図３２Ｂ】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３５】
【図３６】
【図３７Ａ】
【図３７Ｂ】
【図３８Ａ】
【図３８Ｂ】
【図３８Ｃ】
【図３８Ｄ】
【図３８Ｅ】
【図３８Ｆ】
【図３８Ｇ】
【図３８Ｈ】
【図３９Ａ−Ｂ】
【図４０Ａ】
【図４０Ｂ】
【図４０Ｃ】
【図４１】
【図４２Ａ】
【図４２Ｂ】
【図４２Ｃ】
【図４３Ａ】
【図４３Ｂ】
【図４４】
【図４５Ａ】
【図４５Ｂ】
【図４６Ａ】
【図４６Ｂ】
【図４６Ｃ】
【図４７】
【図４８Ａ】
【図４８Ｂ】
【図４９Ａ】
【図４９Ｂ】
【図５０Ａ】
【図５０Ｂ】
【図５１Ａ】
【図５１Ｂ】
【図５２Ａ】
【図５２Ｂ】
【図５３Ａ】
【図５３Ｂ】
【図５４Ａ】
【図５４Ｂ】
【図５５】
【図５６Ａ−Ｂ】
【図５７】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５Ａ】
【図５Ｂ】
【図６Ａ】
【図６Ｂ】
【図６Ｃ】
【図７Ａ】
【図７Ｂ】
【図８Ａ】
【図８Ｂ】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１３】
【図１４Ａ−Ｂ】
【図１５Ａ−Ｂ】
【図１６Ａ−Ｂ】
【図１７Ａ】
【図１７Ｂ】
【図１８Ａ】
【図１８Ｂ】
【図１９Ａ】
【図１９Ｂ】
【図２０Ａ】
【図２０Ｂ】
【図２１Ａ】
【図２１Ｂ】
【図２２】
【図２３】
【図２４Ａ】
【図２４Ｂ】
【図２５】
【図２６Ａ】
【図２６Ｂ】
【図２７Ａ】
【図２７Ｂ】
【図２８Ａ−Ｂ】
【図２９Ａ−Ｄ】
【図３０Ａ】
【図３０Ｂ】
【図３１Ａ】
【図３１Ｂ】
【図３２Ａ】
【図３２Ｂ】
【図３３Ａ】
【図３３Ｂ】
【図３４Ａ】
【図３４Ｂ】
【図３５】
【図３６】
【図３７Ａ】
【図３７Ｂ】
【図３８Ａ】
【図３８Ｂ】
【図３８Ｃ】
【図３８Ｄ】
【図３８Ｅ】
【図３８Ｆ】
【図３８Ｇ】
【図３８Ｈ】
【図３９Ａ−Ｂ】
【図４０Ａ】
【図４０Ｂ】
【図４０Ｃ】
【図４１】
【図４２Ａ】
【図４２Ｂ】
【図４２Ｃ】
【図４３Ａ】
【図４３Ｂ】
【図４４】
【図４５Ａ】
【図４５Ｂ】
【図４６Ａ】
【図４６Ｂ】
【図４６Ｃ】
【図４７】
【図４８Ａ】
【図４８Ｂ】
【図４９Ａ】
【図４９Ｂ】
【図５０Ａ】
【図５０Ｂ】
【図５１Ａ】
【図５１Ｂ】
【図５２Ａ】
【図５２Ｂ】
【図５３Ａ】
【図５３Ｂ】
【図５４Ａ】
【図５４Ｂ】
【図５５】
【図５６Ａ−Ｂ】
【図５７】
【公表番号】特表２０１０−５３９９８８（Ｐ２０１０−５３９９８８Ａ）
【公表日】平成２２年１２月２４日（２０１０．１２．２４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１０−５２８１９２（Ｐ２０１０−５２８１９２）
【出願日】平成２０年１０月３日（２００８．１０．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０７８８５０
【国際公開番号】ＷＯ２００９／０４６３７５
【国際公開日】平成２１年４月９日（２００９．４．９）
【出願人】（５１０２０４６２２）ビオ アルチテクトウレ ラブ インコーポレイテッド (2)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２２年１２月２４日（２０１０．１２．２４）
【国際特許分類】
【出願日】平成２０年１０月３日（２００８．１０．３）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０７８８５０
【国際公開番号】ＷＯ２００９／０４６３７５
【国際公開日】平成２１年４月９日（２００９．４．９）
【出願人】（５１０２０４６２２）ビオ アルチテクトウレ ラブ インコーポレイテッド (2)
【Ｆターム（参考）】
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