説明

癌の処置および検出において有用な58P1D12と称される核酸および対応するタンパク質

新規遺伝子58P1D12およびそのコードタンパク質、ならびにこれらの改変体が記載され、ここで、58P1D12は、正常な成人組織中で組織特異的な発現を示し、表Iに列挙される癌において異常に発現される。結果として、58P1D12は、癌に対する、診断標的、予後標的、予防標的および/または治療標的を提供する。58P1D12遺伝子またはそのフラグメント、あるいはそのコードタンパク質、またはその改変体、またはそのフラグメントは、体液性免疫応答または細胞性免疫応答を誘発するために使用され得;58P1D12と反応性である抗体またはT細胞は、能動免疫または受動免疫において使用され得る。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
a)図2のタンパク質の8個、9個、10個または11個の連続するアミノ酸のペプチド;
b)表VIII〜XXIのペプチド;
c)表XXII〜XLVのペプチド;または
d)表XLVI〜XLIXのペプチド
を含有する組成物。
【請求項2】
請求項1に記載の組成物であって、免疫応答を誘導する、組成物。
【請求項3】
請求項2に記載のタンパク質であって、該タンパク質は、図2に示すアミノ酸配列全体に対して、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%もしくは99%相同または同一である、タンパク質。
【請求項4】
請求項2に記載のタンパク質であって、該タンパク質は、図2のタンパク質に特異的に結合する抗体によって結合される、タンパク質。
【請求項5】
請求項2に記載の組成物であって、該組成物は、図2のタンパク質のアミノ酸配列からの細胞傷害性T細胞(CTL)ポリペプチドエピトープまたはそのアナログを含有する、組成物。
【請求項6】
請求項5に記載の組成物であって、該組成物は、前記エピトープが図2のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。
【請求項7】
請求項2に記載の組成物であって、該組成物は、前記ポリペプチドが図2のタンパク質のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。
【請求項8】
請求項2に記載の組成物であって、該組成物は、図2のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープを含有する、組成物。
【請求項9】
請求項8に記載の組成物であって、該組成物は、前記エピトープが図2のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される、組成物。
【請求項10】
請求項8に記載の組成物であって、前記抗体エピトープは、前記ペプチドの末端にまで増加するあらゆる全ての数で図2の少なくとも5個のアミノ酸のペプチド領域を含み、該エピトープは:
a)図5の親水性プロフィールにおいて、0.5より大きい値を有するアミノ酸位置;
b)図6のヒドロパシープロフィールにおいて、0.5未満の値を有するアミノ酸位置

c)図7の接近可能残基の%プロフィールにおいて、0.5より大きい値を有するアミノ酸位
置;
d)図8の平均可撓性プロフィールにおいて、0.5より大きい値を有するアミノ酸位置;
e)図9のβターンプロフィールにおいて、0.5より大きい値を有するアミノ酸位置;
f)a)〜e)の少なくとも2つの組み合わせ;
g)a)〜e)の少なくとも3つの組み合わせ;
h)a)〜e)の少なくとも4つの組み合わせ;または
i)a)〜e)の5つの組み合わせ
から選択されるアミノ酸位置を含む、組成物。
【請求項11】
請求項1に記載のタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項12】
請求項11に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、図2に示される核酸分子を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項13】
請求項12に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、前記コードされたタンパク質が図2のアミノ酸配列全体ではないという条件によってさらに限定される
、ポリヌクレオチド。
【請求項14】
請求項11に記載のポリヌクレオチドに対して完全に相補的であるポリヌクレオチドを含有する、組成物。
【請求項15】
58P1D12 siRNA組成物であって、該組成物は、58P1D12タンパク質の核酸ORF配列またはその部分配列に対応するsiRNA(二本鎖RNA)を含有し;該部分配列は、19個、20個、21個、22個、23個、24個または25個の長さの連続したRNAヌクレオチドであり、そして、該mRNAコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的な配列を含む、組成物。
【請求項16】
請求項13に記載のポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、
a)図2のタンパク質の8個、9個、10個または11個の連続するアミノ酸;
b)表VIII〜XXI;
c)表XXII〜XLV;または
d)表XLVI〜XLIX
のさらなるペプチドをコードするさらなるヌクレオチド配列をさらに含む、ポリヌクレオチド。
【請求項17】
図2のタンパク質に対する哺乳動物の免疫応答を生じる方法であって、該方法は:
哺乳動物の免疫系細胞を
a)58P1D12関連タンパク質および/または
b)該タンパク質をコードするヌクレオチド配列
の一部に曝す工程であって、それにより、該タンパク質に対する免疫応答が生じる、工程を包含する、方法。
【請求項18】
請求項17に記載の免疫応答を生じる方法であって、該方法は:
少なくとも1つのT細胞エピトープまたは少なくとも1つのB細胞エピトープを含む58P1D12関連タンパク質を提供する工程;および
該エピトープを、それぞれ、哺乳動物免疫系のT細胞またはB細胞と接触させて、それにより、該T細胞またはB細胞を活性化する工程
を包含する、方法。
【請求項19】
請求項18に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、B細胞であり、それにより、前記活性化されたB細胞は、前記58P1D12関連タンパク質に特異的に結合する抗体を産生する、方法。
【請求項20】
請求項18に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、細胞傷害性T細胞(CTL)であるT細胞であり、それにより、前記活性化されたCTLは、前記58P1D12関連タンパク質を発現する自己の細胞を殺傷する、方法。
【請求項21】
請求項18に記載の方法であって、前記免疫系細胞は、ヘルパーT細胞(HTL)であるT細胞であり、それにより、前記活性化されたHTLは、細胞傷害性T細胞(CTL)の細胞傷害活性またはB細胞の抗体産生活性を促進するサイトカインを分泌する、方法。
【請求項22】
サンプル中で、図2のタンパク質をコードするmRNAの存在を検出する方法であって、該方法は:
該サンプルを、少なくとも1つの58P1D12 cDNAプライマーを用いて逆転写に供し、それにより、mRNAが該サンプル中に存在する場合に、cDNAが生成される、工程;
センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして58P1D12ポリヌクレオチドを用いて、そのように生成されたcDNAを増幅する工程;ならびに
該増幅された58P1D12 cDNAの存在を検出する工程
を包含し、
ここで、増幅された58P1D12 cDNAの存在は、図2のタンパク質をコードするmRNAが、該サンプル中に存在することを示す、方法。
【請求項23】
サンプル中で、58P1D12関連タンパク質または58P1D12関連ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、該方法は:
該サンプルと、それぞれ、該58P1D12関連タンパク質または該58P1D12関連ポリヌクレオチドに特異的に結合する物質とを接触させて、複合体を形成する工程;および
該サンプル中の該複合体の存在または量を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項24】
サンプル中で58P1D12関連タンパク質の存在を検出するための請求項23に記載の方法であって、該方法は:
該サンプルと、抗体またはそのフラグメントとを接触させ、該抗体またはそのフラグメントのいずれかは、該58P1D12関連タンパク質に特異的に結合し、そしてそのように結合すると、それによって、複合体が形成される、工程;および
該サンプル中の該複合体の存在または量を決定する工程
を包含する、方法。
【請求項25】
生物学的サンプル中で、1つ以上の58P1D12遺伝子産物をモニタリングするための請求項23に記載の方法であって、該方法は:
個体からの組織サンプル中の細胞によって発現される、1つ以上の58P1D12遺伝子産物の状態を決定する工程;
そのように決定された状態を、対応する正常サンプル中の1つ以上の58P1D12遺伝子産物の状態と比較する工程;および
該正常サンプルと比較して、該組織サンプル中の58P1D12の異常な発現状態の存在を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項26】
請求項25に記載の方法であって、該方法は、58P1D12 mRNAまたは58P1D12タンパク質の1つ以上の増加した遺伝子産物が存在するか否かを決定し、それにより、前記正常組織サンプルと比較して、前記試験サンプル中の1つ以上の増加した遺伝子産物の存在は、癌の存在または状態を示す、工程をさらに包含する、方法。
【請求項27】
請求項26に記載の方法であって、ここで、前記組織は、表Iに示される組織から選択される、方法。
【請求項28】
図2のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する組成物であって、該組成物は:
a)図2のタンパク質を発現する細胞の状態を調節する物質、または
b)図2のタンパク質によって制御または生成される分子
を含有する、組成物。
【請求項29】
請求項28に記載の58P1D12 siRNA組成物であって、該組成物は、58P1D12タンパク質の核酸ORF配列またはその部分配列に対応するsiRNA(二本鎖RNA)を含有し;ここで、該部分配列は、19個、20個、21個、22個、23個、24個または25個の長さの連続するRNAヌクレオチドであり、そして該部分配列は、該mRNAコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的である配列を含む、組成物。
【請求項30】
請求項28に記載の組成物であって、該組成物は、生理学的に受容可能なキャリアをさらに含有する、組成物。
【請求項31】
ヒト単位投薬形態で請求項28に記載の組成物を含有する、薬学的組成物。
【請求項32】
請求項28に記載の組成物であって、前記物質は、図2のタンパク質に特異的に結合する抗体またはそのフラグメントを含有する、組成物。
【請求項33】
モノクローナル抗体である、請求項32に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項34】
請求項32に記載の抗体であって、該抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体である、抗体。
【請求項35】
請求項32に記載の抗体を産生する非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項36】
請求項33に記載の抗体を産生するハイブリドーマ。
【請求項37】
請求項28に記載の組成物であって、前記物質は、図2のタンパク質を発現する細胞のバイアビリティ、増殖もしくは再生状態を低下または阻害する、組成物。
【請求項38】
請求項28に記載の組成物であって、前記物質は、図2のタンパク質を発現する細胞のバイアビリティ、増殖もしくは再生状態を上昇または促進する、組成物。
【請求項39】
請求項28に記載の組成物であって、前記物質は:
a)抗体またはそのフラグメントであって、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、図2のタンパク質に免疫特異的に結合する、抗体またはそのフラグメント;
b)抗体またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドであって、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、図2のタンパク質に免疫特異的に結合する、ポリヌクレオチド;
c)58P1D12コード配列を有するポリヌクレオチドを切断するリボザイム、または該リボザイムをコードする核酸分子;および生理学的に受容可能なキャリア;ならびに
d)ヒトT細胞であって、該T細胞は、特定のHLA分子に関して、58P1D12ペプチド部分配列を特異的に認識する、T細胞;
e)図2のタンパク質、または図2のタンパク質のフラグメント;
f)図2のタンパク質をコードするヌクレオチド、または図2のタンパク質のフラグメントをコードするヌクレオチド;
g)図2のタンパク質の8個、9個、10個または11個の連続するアミノ酸のペプチド;
h)表VIII〜XXIのペプチド;
i)表XXII〜XLVのペプチド;
j)表XLVI〜XLIXのペプチド;
k)図2のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープ;
l)図2のアミノ酸配列からの抗体ポリペプチドエピトープをコードするポリヌクレオチド;あるいは
m)58P1D12 siRNA組成物であって、該組成物は、58P1D12タンパク質の核酸ORF配列またはその部分配列に対応するsiRNA(二本鎖RNA)を含有し;該部分配列は、19個、20個、21個、22個、23個、24個または25個の長さの連続するRNAヌクレオチドであり、そして該部分配列は、該mRNAコード配列の少なくとも一部に対して相補的および非相補的な配列を含む、組成物
を含む群から選択される、組成物。
【請求項40】
図2のタンパク質を発現する癌細胞のバイアビリティ、増殖もしくは再生状態を阻害する方法であって、該方法は:
該細胞に請求項28に記載の組成物を投与し、それにより、該細胞のバイアビリティ、増殖もしくは再生状態を阻害する工程
を包含する、方法。
【請求項41】
請求項40に記載の方法であって、前記組成物は、抗体またはそのフラグメントを含有し、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、58P1D12関連タンパク質に特異的に結合する、方法。
【請求項42】
請求項40に記載の方法であって、前記組成物は、
(i)58P1D12関連タンパク質または
(ii)58P1D12関連タンパク質のコード配列を含むポリヌクレオチド、または58P1D12関連タンパク質のコード配列に対して相補的なポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド
を含有する、方法。
【請求項43】
請求項40に記載の方法であって、前記組成物は、図2のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを含有する、方法。
【請求項44】
請求項40に記載の方法であって、前記組成物は、前記癌細胞に対するヒトT細胞を含有し、該T細胞は、図2のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識し、さらに該部分配列は、特定のHLA分子に関する、方法。
【請求項45】
請求項40に記載の方法であって、前記組成物は、単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを送達するベクターを含有し、それによって、該コードされた単鎖抗体は、図2のタンパク質を発現する癌細胞内で細胞内発現される、方法。
【請求項46】
図2のタンパク質を発現する細胞に薬剤を送達する方法であって、該方法は:
請求項32に記載の抗体またはそのフラグメントに結合された該薬剤を提供する工程;および
該細胞を該抗体−薬剤結合体またはフラグメント−薬剤結合体に曝露する工程
を包含する、方法。
【請求項47】
図2のタンパク質を発現する癌細胞のバイアビリティ、増殖または再生状態を阻害する方法であって、該方法は:
請求項28に記載の組成物を該細胞に投与する工程であって、それにより、該細胞の該バイアビリティ、増殖または再生状態を阻害する、工程
を包含する、方法。
【請求項48】
表Iに列挙される組織の癌を予防または処置するための情報を、その予防または処置を必要としている被験体に標的化する方法であって、該方法は:
被験体からのサンプルにおいて、表Iに列挙される組織の癌と関連するポリヌクレオチドの発現の存在または非存在を検出する工程であって、該ポリヌクレオチドの発現は、以下:
(a)図2のヌクレオチド配列;
(b)図2のヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;
(c)図2のヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列と90%以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
からなる群より選択される、工程;
該サンプルにおける該ポリヌクレオチドの発現の存在または非存在に基づいて、表Iに列挙される組織の癌を予防または処置するための情報を、その予防または処置を必要としている被験体に向ける工程
を包含する、方法。
【請求項49】
請求項48に記載の方法であって、前記情報は、検出手順または表Iに列挙される組織の癌に対する処置の説明を含む、方法。
【請求項50】
細胞増殖を調節する候補分子を同定するための方法であって、該方法は:
(a)以下:
(i)配列番号1のヌクレオチド配列
(ii)図3に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;
(iii)図3に示されるアミノ酸配列と90%以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;および
(iv)(i)、(ii)または(iii)のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に、試験分子を導入する工程;あるいは
(i)、(ii)、(iii)または(iv)のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程;ならびに
(b)該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を決定する工程
を包含し、
それによって、該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在は、細胞増殖を調節する候補分子として該試験分子を同定する、方法。
【請求項51】
請求項50に記載の方法であって、前記系が動物である、方法。
【請求項52】
請求項50に記載の方法であって、前記系が細胞である、方法。
【請求項53】
請求項50に記載の方法であって、前記試験分子は、(i)、(ii)、(iii)または(iv)のヌクレオチド配列によってコードされたタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、方法。
【請求項54】
被験体において表Iに列挙される組織の癌を処置するための方法であって、該方法は、その処置を必要としている被験体に、請求項50に記載の方法によって同定された候補分子を投与する工程を包含し、それによって、該候補分子は、該被験体において表Iに列挙される組織の癌を処置する、方法。
【請求項55】
表Iに列挙される組織の癌を処置するための候補治療剤を同定するための方法であって、該方法は:
(a)以下:
(i)配列番号1のヌクレオチド配列
(ii)図3に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;
(iii)図3に示されるアミノ酸配列と90%以上同一であるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;および
(iv)(i)、(ii)または(iii)のヌクレオチド配列のフラグメント
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む核酸を含む系に、試験分子を導入する工程;あるいは
(i)、(ii)、(iii)または(iv)のヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含む系に、試験分子を導入する工程;ならびに
(b)該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在または非存在を決定する工程
を包含し、
それによって、該試験分子と該ヌクレオチド配列もしくはタンパク質との間の相互作用の存在は、表Iに列挙される組織の癌を処置するための候補治療剤として該試験分子を同定する、方法。
【請求項56】
請求項55に記載の方法であって、前記系が動物である、方法。
【請求項57】
請求項55に記載の方法であって、前記系が細胞である、方法。
【請求項58】
請求項55に記載の方法であって、前記試験分子は、(i)、(ii)、(iii)または(iv)のヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質に特異的に結合する抗体または抗体フラグメントを含む、方法。

【図1】
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【図2A−1】
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【図2A−2】
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【図2B−1】
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【図2B−2】
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【図2C−1】
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【図2C−2】
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【図2D−1】
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【図2D−2】
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【図2E−1】
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【図2E−2】
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【図2F】
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【図3A】
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【図3B】
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【図3C】
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【図4】
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【図5a】
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【図5b】
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【図5c】
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【図6a】
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【図6b】
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【図6c】
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【図7a】
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【図7b】
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【図7c】
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【図8a】
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【図8b】
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【図8c】
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【図9a】
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【図9b】
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【図9c】
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【図10】
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【図11】
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【図12】
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【図12】
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【図13−1】
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【図13−2】
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【図13−3】
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【図13−4】
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【図13−5】
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【図13−6】
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【図14】
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【図15】
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【図16】
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【図17】
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【図18】
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【図19】
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【図20】
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【図21】
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【図22】
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【図23】
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【図24】
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【図25】
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【図26】
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【図27】
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【図28】
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【公表番号】特表2008−509700(P2008−509700A)
【公表日】平成20年4月3日(2008.4.3)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2007−527174(P2007−527174)
【出願日】平成16年8月16日(2004.8.16)
【国際出願番号】PCT/US2004/026829
【国際公開番号】WO2006/022722
【国際公開日】平成18年3月2日(2006.3.2)
【出願人】(501398064)アジェンシス, インコーポレイテッド (13)
【Fターム(参考)】