癌関連遺伝子
本発明は、癌関連遺伝子の分野におけるものである。詳細には、本発明は、特定の遺伝子の発現またはそれらの遺伝子によってコードされるタンパク質の存在の有無に基づいて癌または癌を発症する可能性を検出するための方法に関する。本発明は、これらの癌関連遺伝子を上方調節または下方調節させるための方法および分子も提供する。いくつかの実施形態において、この癌は、リンパ腫、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌である。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者における癌を処置するための方法であって、該方法は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮFＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを調節する工程を含み、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項２】
前記方法が、前記遺伝子発現産物のレベルを調節する抗体、核酸またはポリペプチドを前記患者に投与する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記発現産物の発現レベルが、少なくとも２倍の変化だけ上方調節されるか、または下方調節される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記癌が、腫瘍成長の阻害または腫瘍体積の減少によって処置される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記癌が、癌細胞の侵襲性を低減することによって処置される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記発現産物が、タンパク質またはｍＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
第１の時点における前記発現産物のレベルを第２の時点における同じ発現産物のレベルと比較し、該第１の時点と比較して該第２の時点における発現産物のレベルの増加が、癌の進行を示す、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ヌクレオチドが、配列番号１〜１４４からなる群から選択される配列を有する、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記抗体が、中和抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記抗体が、少なくとも１×１０８Ｋａのアフィニティーで前記遺伝子によってコードされるポリペプチドに結合するモノクローナル抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項１２】
前記抗体が、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、一本鎖抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体またはＦａｂフラグメントである、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
コントロールと比較して、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の過剰発現を特徴とする、患者における癌を処置する方法であって、該方法は、該患者における該遺伝子の発現を調節する工程を含む、方法。
【請求項１４】
前記方法が、遺伝子発現を阻害する抗体、核酸またはポリペプチドを前記患者に投与する工程を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の患者サンプルにおける差次的発現の証拠を検出する工程を含む、癌を診断するための方法であって、ここで、差次的発現の証拠は、癌の診断となり、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項１６】
差次的発現の証拠が、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを測定することによって検出される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記発現産物が、タンパク質またはｍＲＮＡである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記タンパク質の発現のレベルが、前記遺伝子によってコードされるポリペプチドに特異的に結合する抗体を使用して測定される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記抗体が、画像化剤に連結されている、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者サンプルにおける前記遺伝子の発現産物のレベルが、コントロールと比較される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記コントロールが、前記患者サンプルにおけるものと同じ組織型の既知の正常組織である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２２】
前記サンプルにおける発現産物のレベルが、前記コントロールと比較して増加している、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物の証拠を検出する工程を含む、患者サンプルにおける癌性細胞を検出するための方法であって、該サンプルにおける該遺伝子の発現の証拠は、該サンプル中の細胞が、癌性であることを示す、方法。
【請求項２４】
前記細胞が、乳房細胞、結腸細胞、腎臓細胞、肝臓細胞、肺細胞、リンパ細胞、卵巣細胞、膵臓細胞、前立腺細胞、子宮細胞、頸部細胞、膀胱細胞、胃細胞または皮膚細胞である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記発現産物の証拠が、画像化剤に連結された抗体を使用して検出される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
患者における癌の進行を評価するための方法であって、第１の時点における生物学的サンプル中の、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを第２の時点における同じ発現産物のレベルと比較する工程を含み、ここで、該第１の時点と比較して、該第２の時点における該発現産物のレベルの変化は、該癌の進行を示唆し、そして、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項２７】
メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される癌を診断する方法であって、該方法は：
（ａ）第１の個体の第１の組織型を含む第１のサンプルにおける、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子のｍＲＮＡレベルを測定する工程；および
（ｂ）（ａ）におけるｍＲＮＡレベルを：
（１）該第１の個体の正常組織型を含む第２のサンプルにおけるｍＲＮＡレベル、または
（２）罹患していない個体由来の正常組織型を含む第３のサンプルにおけるｍＲＮＡレベル
と比較する工程
を含み；ここで、（ａ）におけるｍＲＮＡレベルと該第２のサンプルまたは該第３のサンプルにおけるｍＲＮＡレベルとの間の少なくとも２倍の差は、該第１の個体が、癌を有するか、または癌に罹患しやすくなっていることを示す、方法。
【請求項２８】
前記（ａ）におけるｍＲＮＡのレベルと前記第２のサンプルまたは前記第３のサンプルにおけるｍＲＮＡのレベルとの間の少なくとも３倍の差が、前記第１の個体が癌を有するか、または癌に罹患しやすくなっていることを示す、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
抗癌活性についてスクリーニングする方法であって、該方法は：
（ａ）ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子を発現する細胞を候補抗癌剤と接触させる工程；および
（ｂ）該候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも２倍の差を検出する工程
を含み、ここで、
該候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも２倍の差は、該候補抗癌剤が、抗癌活性を有することを示唆し、また、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項３０】
前記候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも３倍の差は、該候補抗癌剤が、抗癌活性を有することを示す、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記候補抗癌剤が、抗体、低分子量有機化合物、低分子量無機化合物またはポリヌクレオチドである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記ポリヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物に結合する抗体での処置に感受性であると患者を同定するための方法であって、該方法は、該患者由来の生物学的サンプル中の該遺伝子の発現産物のレベルを測定する工程を含む、方法。
【請求項３４】
哺乳動物における癌の診断または検出のためのキットであって、該キットは、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の腫瘍細胞抗原と特異的に結合する前述の実施形態のいずれか１つに記載の抗体もしくはそのフラグメント、または免疫複合体もしくはそのフラグメント；該抗体と該腫瘍細胞抗原との結合反応を検出するための１以上の試薬；および必要に応じて、該キットを使用するための指示書を備え、ここで、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、キット。
【請求項３５】
癌を診断するためのキットであって、該キットは、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸プローブ；該遺伝子を増幅するためのプライマー；および必要に応じて、該キットを使用するための指示書を備え、ここで、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、キット。
【請求項３６】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物に特異的な１以上の抗体またはオリゴヌクレオチドを含む組成物。
【請求項３７】
従来の、癌に対する薬物をさらに含む、請求項３６に記載の組成物。
【請求項３８】
薬学的に許容可能な賦形剤をさらに含む、請求項３６に記載の組成物。
【請求項３９】
前記１以上のオリゴヌクレオチドが、配列番号１〜１４４からなる群から選択される、請求項３６に記載の組成物。
【請求項１】
患者における癌を処置するための方法であって、該方法は、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮFＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを調節する工程を含み、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項２】
前記方法が、前記遺伝子発現産物のレベルを調節する抗体、核酸またはポリペプチドを前記患者に投与する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記発現産物の発現レベルが、少なくとも２倍の変化だけ上方調節されるか、または下方調節される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記癌が、腫瘍成長の阻害または腫瘍体積の減少によって処置される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記癌が、癌細胞の侵襲性を低減することによって処置される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記発現産物が、タンパク質またはｍＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
第１の時点における前記発現産物のレベルを第２の時点における同じ発現産物のレベルと比較し、該第１の時点と比較して該第２の時点における発現産物のレベルの増加が、癌の進行を示す、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ヌクレオチドが、配列番号１〜１４４からなる群から選択される配列を有する、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記抗体が、中和抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記抗体が、少なくとも１×１０８Ｋａのアフィニティーで前記遺伝子によってコードされるポリペプチドに結合するモノクローナル抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項１２】
前記抗体が、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、一本鎖抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体またはＦａｂフラグメントである、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
コントロールと比較して、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の過剰発現を特徴とする、患者における癌を処置する方法であって、該方法は、該患者における該遺伝子の発現を調節する工程を含む、方法。
【請求項１４】
前記方法が、遺伝子発現を阻害する抗体、核酸またはポリペプチドを前記患者に投与する工程を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の患者サンプルにおける差次的発現の証拠を検出する工程を含む、癌を診断するための方法であって、ここで、差次的発現の証拠は、癌の診断となり、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項１６】
差次的発現の証拠が、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを測定することによって検出される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記発現産物が、タンパク質またはｍＲＮＡである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記タンパク質の発現のレベルが、前記遺伝子によってコードされるポリペプチドに特異的に結合する抗体を使用して測定される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記抗体が、画像化剤に連結されている、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者サンプルにおける前記遺伝子の発現産物のレベルが、コントロールと比較される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記コントロールが、前記患者サンプルにおけるものと同じ組織型の既知の正常組織である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２２】
前記サンプルにおける発現産物のレベルが、前記コントロールと比較して増加している、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物の証拠を検出する工程を含む、患者サンプルにおける癌性細胞を検出するための方法であって、該サンプルにおける該遺伝子の発現の証拠は、該サンプル中の細胞が、癌性であることを示す、方法。
【請求項２４】
前記細胞が、乳房細胞、結腸細胞、腎臓細胞、肝臓細胞、肺細胞、リンパ細胞、卵巣細胞、膵臓細胞、前立腺細胞、子宮細胞、頸部細胞、膀胱細胞、胃細胞または皮膚細胞である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記発現産物の証拠が、画像化剤に連結された抗体を使用して検出される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
患者における癌の進行を評価するための方法であって、第１の時点における生物学的サンプル中の、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物のレベルを第２の時点における同じ発現産物のレベルと比較する工程を含み、ここで、該第１の時点と比較して、該第２の時点における該発現産物のレベルの変化は、該癌の進行を示唆し、そして、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項２７】
メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される癌を診断する方法であって、該方法は：
（ａ）第１の個体の第１の組織型を含む第１のサンプルにおける、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子のｍＲＮＡレベルを測定する工程；および
（ｂ）（ａ）におけるｍＲＮＡレベルを：
（１）該第１の個体の正常組織型を含む第２のサンプルにおけるｍＲＮＡレベル、または
（２）罹患していない個体由来の正常組織型を含む第３のサンプルにおけるｍＲＮＡレベル
と比較する工程
を含み；ここで、（ａ）におけるｍＲＮＡレベルと該第２のサンプルまたは該第３のサンプルにおけるｍＲＮＡレベルとの間の少なくとも２倍の差は、該第１の個体が、癌を有するか、または癌に罹患しやすくなっていることを示す、方法。
【請求項２８】
前記（ａ）におけるｍＲＮＡのレベルと前記第２のサンプルまたは前記第３のサンプルにおけるｍＲＮＡのレベルとの間の少なくとも３倍の差が、前記第１の個体が癌を有するか、または癌に罹患しやすくなっていることを示す、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
抗癌活性についてスクリーニングする方法であって、該方法は：
（ａ）ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子を発現する細胞を候補抗癌剤と接触させる工程；および
（ｂ）該候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも２倍の差を検出する工程
を含み、ここで、
該候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも２倍の差は、該候補抗癌剤が、抗癌活性を有することを示唆し、また、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、方法。
【請求項３０】
前記候補抗癌剤の存在下と不在下との間での細胞の遺伝子発現レベルにおける少なくとも３倍の差は、該候補抗癌剤が、抗癌活性を有することを示す、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記候補抗癌剤が、抗体、低分子量有機化合物、低分子量無機化合物またはポリヌクレオチドである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記ポリヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物に結合する抗体での処置に感受性であると患者を同定するための方法であって、該方法は、該患者由来の生物学的サンプル中の該遺伝子の発現産物のレベルを測定する工程を含む、方法。
【請求項３４】
哺乳動物における癌の診断または検出のためのキットであって、該キットは、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の腫瘍細胞抗原と特異的に結合する前述の実施形態のいずれか１つに記載の抗体もしくはそのフラグメント、または免疫複合体もしくはそのフラグメント；該抗体と該腫瘍細胞抗原との結合反応を検出するための１以上の試薬；および必要に応じて、該キットを使用するための指示書を備え、ここで、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、キット。
【請求項３５】
癌を診断するためのキットであって、該キットは、ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸プローブ；該遺伝子を増幅するためのプライマー；および必要に応じて、該キットを使用するための指示書を備え、ここで、該癌は、メラノーマ、乳癌、結腸癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、子宮癌、子宮頸癌、膀胱癌、胃癌または皮膚癌からなる群から選択される、キット。
【請求項３６】
ＷＮＴ３、ＮＯＴＣＨ１、ＷＮＴ１、ＷＮＴ３Ａ、ＩＬ２ＲＡ、ＦＬＴ３、ＰＲＬＲ、ＴＮＦＲＳＦ６、ＰＴＰＲＫ、ＴＮＦＳＦ１１、ＦＧＦＲ３、ＳＥＬＬ、ＤＰＴ、ＣＤ２８、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＬＦＮＧ、ＡＮＸＡ２、ＣＤＨ２３、ＩＦＮＡＲ２、ＲＡＭＰ１、ＭＥＴ、ＦＧＦＲ１、ＰＬＡＵ、ＳＬＣ４Ａ８、ＴＰＣＮ１、ＬＴＢＲ、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＧＡ９、ＦＧＦＲ２、ＦＣＭＤ、ＣＯＬ１５Ａ１、ＳＬＡＭＦ６、ＣＤ７４、ＴＳＰＡＮ−２、ＴＨＳＤ２、ＣＤ２、ＬＮＰＥＰ、ＩＧＳＦ８、ＡＴＰ１Ａ２、ＩＴＧＡ４、Ｂ２Ｍ、ＰＡＧ、ＮＯＴＣＨ２、ＵＴＳ２、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＧＦＢＲ３、ＦＧＦ８、ＦＧＦ３、ＸＹＬＴ１、ＦＧＦ４、ＬＯＣ３９０２４３、ＴＨＹ１、ＳＬＣ９Ａ９、ＰＲＧ１、ＰＲＬＲ、ＣＰＭ、ＦＢＮ２、ＬＴＢ、ＫＣＮＨ５、ＳＬＣ１２Ａ７、ＦＧＦ１０、ＩＬ７Ｒ、ＭＡＴＮ２、ＣＯＬ１９Ａ１、ＳＬＣ１Ａ２、ＳＬＣ２８Ａ２、ＳＬＰＩ、ＩＬ１２Ａ、ＩＬ６Ｒ、ＴＮＦＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３８およびＰＤＧＦＲＡからなる群から選択される遺伝子の発現産物に特異的な１以上の抗体またはオリゴヌクレオチドを含む組成物。
【請求項３７】
従来の、癌に対する薬物をさらに含む、請求項３６に記載の組成物。
【請求項３８】
薬学的に許容可能な賦形剤をさらに含む、請求項３６に記載の組成物。
【請求項３９】
前記１以上のオリゴヌクレオチドが、配列番号１〜１４４からなる群から選択される、請求項３６に記載の組成物。
【公表番号】特表２００８−５３５８５３（Ｐ２００８−５３５８５３Ａ）
【公表日】平成２０年９月４日（２００８．９．４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５０５６００（Ｐ２００８−５０５６００）
【出願日】平成１８年４月７日（２００６．４．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０１３１５３
【国際公開番号】ＷＯ２００６／１１０５８１
【国際公開日】平成１８年１０月１９日（２００６．１０．１９）
【出願人】（５０７２５１９１８）ノバルティス ヴァクシンズ アンド ダイアグノスティクス インコーポレイテッド (17)
【出願人】（５０６０９９９３７）サグレス ディスカバリー， インコーポレイテッド (7)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年９月４日（２００８．９．４）
【国際特許分類】
【出願日】平成１８年４月７日（２００６．４．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０１３１５３
【国際公開番号】ＷＯ２００６／１１０５８１
【国際公開日】平成１８年１０月１９日（２００６．１０．１９）
【出願人】（５０７２５１９１８）ノバルティス ヴァクシンズ アンド ダイアグノスティクス インコーポレイテッド (17)
【出願人】（５０６０９９９３７）サグレス ディスカバリー， インコーポレイテッド (7)
【Ｆターム（参考）】
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