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皮膚の健康を評価するためのキットおよび方法
説明

皮膚の健康を評価するためのキットおよび方法

【課題】ヒトの皮膚の健康、および皮膚疾患に対するヒトの感受性を評価するためのキットおよび方法を提供する。
【解決手段】1つ以上の遺伝子で生じ、しかもヒトにおける障害と関連している、ヒトゲノムにおける1つ以上の多形(例えば、単一ヌクレオチド多形)の発生を評価する方法およびキット。さらに、好ましい評価およびスコア方法、代表的には上記障害関連多形の発生が、少なくとも3つの遺伝子で評価される、これら方法およびキット。

【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
皮膚の健康を評価するためのキットおよび方法に関する。
【背景技術】
【0002】
(発明の背景)
皮膚は、ヒト身体の最大かつ最も目に見える器官であり、そしてまた、組織の中で、環境ストレス、ハザード、および病原体に最も曝されている。皮膚は、多層の組織であり、主に上皮および真皮から構成され、そして汗腺、脂腺、および毛嚢のようないくつかのアクセサリー構造を含む。皮膚は多くの機能に供される。例えば、それは、外部侵襲(例えば、熱、化学薬品、細菌)に対する保護障壁であり、熱調節に関与し、脱水を阻害し、そして感覚機能を実施する。皮膚はまた、身体の循環に侵入する種々のホルモンおよび脂質を産生するバイオリアクターである。種々の免疫細胞が、細菌またはウイルス侵入に対する第1線の防御として皮膚において機能し、そして皮膚およびすぐ隣の身体組織において免疫監視を維持している。これらの理由のために、良好な皮膚健康の確立および維持は、ヒトの健康にとって重要である。
【0003】
皮膚健康はまた、審美的理由のために重要である。多くの人々は、彼らの皮膚の外観について深い関心をもっている。健康な皮膚の外観は、手入れ、栄養、ならびに治療製品および化粧製品の適用の組み合わせによって維持される。しかし、皮膚ケア製品の過剰使用は、皮膚の健康および外観を低下させ得る。しばしば、個人は、所望の皮膚外観を生成する皮膚ケア製品(およびその用量)を識別するために試行錯誤手法を採用する。個人の皮膚の健康および外観を増大する組成物(およびこのような組成物の適切な量)を識別するためのより正確な方法が必要である。これらの方法は、好ましくは、個人に有用な組成物および用量を識別するために仕立てられ得る。本発明は、この必要性を満たす。
【0004】
多くの皮膚障害は、高い程度の皮膚健康を維持することによるか、または適切な皮膚に影響する薬剤での時期を得た介入により軽減、阻害、またはなお予防され得る。例えば、このような介入は、皮膚ケア製品を消費すること、もしくは局所的に適用すること、日に曝すのを調整すること、食事を調節すること、皮膚障害に対して有効であることが知られる栄養または薬学的製品を消費すること、および高められた医療モニタリングを受けることを含み得る。これらの変化は、しばしば、これらの変化の出費または不便さ、および彼または彼女が皮膚障害に対して高リスクにないという個人の主観的考えに起因してなされない。皮膚健康の改良された評価は、皮膚障害を発症するリスクにある個人を識別することを支援し得、そしてライフスタイル変化またはその他の介入が正当化されるか否かに関するより情報を与える決定を可能にする。
【0005】
多くのヒト遺伝子は、少なくともマイナーな様式で異なる種々の形態で生じる。ヒト遺伝子における不均一性は、一部、経時的にゲノム中で生じているマイナーな致命的でない変異から生じていると考えられている。いくつかの事例では、遺伝子の代替形態間の差異は、この遺伝子によってコードされるタンパク質のアミノ酸配列における差異として表れる。特定のアミノ酸配列の差異は、このタンパク質の反応性または基質特異性を変更し得る。遺伝子の代替形態間の差異は、遺伝子が発現される程度(少しであったとしても)に影響し得る。しかし、ヒト遺伝子で生じる多くの不均一性は、任意の特定の表現型と関連しないように見える。既知の不均一性は、例えば、単一ヌクレオチド多形(すなわち、単一のヌクレオチド残基における差異を有する遺伝子の代替形態)を含む。その他の既知の多形は、遺伝子のより大きな(例えば、2〜1000残基)部分が、多くの配列の差異を示す多形、そして遺伝子の一部分の存在または不在によって異なるような多形を含む。
【0006】
多くの障害および生理学的状態は、この障害または生理学的状態を示すヒトのゲノム中の個々の遺伝子の1つ以上の代替形態の発生と関連している。例えば、Kimuraら(2000、Am.J.Ophthalmol.130:769〜773)(非特許文献1)は、マンガンスーパーオキシドジスムターゼ遺伝子のSNPの発生と、ある形態の黄班変性症との間の関連を開示している。
【0007】
個人の障害と個人の遺伝子多形との間の関連が知られている。しかし、障害は、通常、比較的多数の遺伝子の任意における多形から生じ得、そしてその結果、ヒトのゲノムで生じる任意の単一遺伝子の多形形態(単数または複数)を評価することは、通常、ヒトが症状を発症する可能性を予測しない。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0008】
【非特許文献1】Kimuraら(2000、Am.J.Ophthalmol.130:769〜773)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0009】
個体の皮膚の健康、または皮膚障害を発症する素因を評価する方法に対する必要性がある。このような評価は、皮膚障害を軽減、阻害、または予防するために用いられ得る、治療的、阻害的、または予防的組成物のタイプおよび量を同定するために用いられ得る。本発明はこれらの必要性を満たす。
【課題を解決するための手段】
【0010】
(発明の簡単な要旨)
本発明は、ヒトにおける皮膚健康を評価する方法に関する。この方法は、1)毒性酸素種のより毒性の少ない酸素種への変換を触媒する酵素をコードする遺伝子;2)酸化的ストレスに対する保護を提供するタンパク質をコードする遺伝子;3)毒性酸素種の生産を誘導するタンパク質をコードする遺伝子;4)酸化的ストレスに間接的に影響するタンパク質をコードする遺伝子;5)タンパク質の発現のレベルが酸化的ストレスと関連するタンパク質をコードする遺伝子;6)ヒトDNA修復システムの成分をコードする遺伝子;および7)マクロファージまたは多形核好中球による毒性酸素種の産生に関するタンパク質をコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも2つ(3、4、5、6、8、10、15、またはなおすべて)の遺伝子におけるヒトゲノム中の障害関連多形の発生を評価する工程を包含する。
【0011】
この方法は、これら遺伝子が、a)ミトコンドリアマンガンスーパーオキシドジスムターゼ(MnSOD)をコードする遺伝子;b)細胞質銅/亜鉛スーパーオキシドジスムターゼ(CZSOD)をコードする遺伝子;c)カタラーゼをコードする遺伝子;d)ヒトグルタチオンペルオキシダーゼ(hGPX1)をコードする遺伝子;e)グルタチオンSトランスフェラーゼP1(GSTP1)をコードする遺伝子;f)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子;g)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子;h)腫瘍壊死因子α(TNF−α)をコードする遺伝子;i)NADH/NADPHオキシダーゼp22サブユニット(phox遺伝子)をコードする遺伝子;j)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子;k)シトクロムP450をコードする遺伝子;l)マトリックスメタロプロテイナーゼ1(MMP−1)をコードする遺伝子;およびm)プロフィラグリンをコードする遺伝子からなる群から選択されるとき、皮膚の健康を評価するために特に有用であることが発見された。これら遺伝子のいずかにおける障害関連多形の発生は、該ヒトが、そのゲノムが任意の障害関連多形を含まないヒトより乏しい皮膚の健康を有する指標であり、そして複数の障害関連多形の発生が、該ヒトが、そのゲノムが1つだけの障害関連多形を含むヒト(およびそのゲノムがこれら障害関連多形の1つを含まない個体よりなおより大きく)よりなおより乏しい皮膚の健康を有する指標である。
【0012】
実質的に同じ方法が、ヒトが皮膚保護的成分またはビタミン(例えば、ビタミンCおよびEの1つ)を含む製品のような皮膚ケア製品を採用すべきであるという得策を評価するために用いられ得る。この方法が、ヒトが皮膚ケア製品を採用すべきであることの得策を評価するために用いられるとき、遺伝子a)〜l)のいずれかにおける1つ以上の障害関連多形の発生は、個体のゲノムがこれら遺伝子のいずれかにおける障害関連多形を含まないときよりこのヒトが上記製品を用いることがより得策であるという指標である。
【0013】
例えば、少なくとも2(3、4、5、6、8、10、または15またはそれ以上)の障害関連多形の発生は、これら多形が、A)ミトコンドリアMnSODをコードするオープンリーディングフレームにおける多形;B)細胞質CZSODをコードするオープンリーディングフレームにおける多形;C)カタラーゼをコードする遺伝子のプロモーター領域における多形;D)hGPX1をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;E)GSTP1をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;F)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;G)エポキシドヒドロラーゼをコードするオープンリーディングフレームにおける多形;H)TNF−αをコードする遺伝子のプロモーター領域における多形;I)phox遺伝子のオープンリーディングフレームにおける多形;J)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のオープンリーディングフレームにおける多形;K)シトクロムP450をコードする遺伝子の5’隣接配列における多形;およびL)MMP−1をコードする遺伝子のプロモーター領域における多形からなる群から選択される場合に評価され得る。
【0014】
好ましくは、個々の部位におけるすべての既知の多形の発生(例えば、2つの既知の代替形態の両方、または3つの代替形態で存在することが知られる多形の3つすべての多形)が、個体のゲノム内で評価され、その結果、その部位として多形のこの個体の遺伝子型は完全に知られ得る。例えば、上記に列挙された遺伝子で評価され得る適切な多形は以下を含む:i)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9(すなわち、シグナル配列中)におけるアラニンをコードするコドンの発生として表される多形;ii)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9(すなわち、シグナル配列中)におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;iii)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるイソロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;iv)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるチミンをコードするコドンの発生として表される多形;v)細胞質CZSODのアミノ酸7におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;vi)細胞質CZSODのアミノ酸7におけるグルタミン酸をコードするコドンの発生として表される多形;vii)細胞質CZSODのアミノ酸6におけるシステインをコードするコドンの発生として表される多形;viii)細胞質CZSODのアミノ酸6におけるフェニルアラニンをコードするコドンの発生として表される多形;ix)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262(すなわち、プロモーター領域中)におけるシトシン残基の発生として表される多形;x)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262(すなわち、プロモーター領域中)におけるチミン残基の発生として表される多形;xi)hGPX1のアミノ酸残基198におけるプロリンをコードするコドンの発生として表される多形;xii)hGPX1のアミノ酸残基198におけるロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;xiii)GSTP1のアミノ酸残基105におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;xiv)GSTP1のアミノ酸残基105におけるイソロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;xv)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるシトシン残基の発生として表される多形;xvi)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるチミン残基の発生として表される多形;xvii)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるチミン残基の発生(すなわち、エポキシドヒドロラーゼ中にチロシン残基を生じる)として表される多形;xviii)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるシトシン残基の発生(すなわち、エポキシドヒドロラーゼ中にヒスチジン残基を生じる)として表される多形;xix)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−238(すなわち、プロモーター領域中)におけるアデニン残基の発生として表される多形(すなわち、TNF2と称されるTNF−αプロモーター改変体);xx)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−308(すなわち、プロモーター領域中)におけるアデニン残基の発生として表される多形(すなわち、TNF3と称されるTNF−αプロモーター改変体);xxi)phox遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるシトシン残基の発生として表される多形;xxii)phox遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるチミン残基の発生として表される多形;xxiii)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のイントロン4(すなわち、ヌクレオチド残基5130と5511の間)中の27ヌクレオチド残基繰り返しの発生として表される多形;xxiv)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のイントロン4(すなわち、ヌクレオチド残基5130と5511の間)の27ヌクレオチド残基繰り返しが発生しないとして表される多形;xxv)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290(すなわち、5’−隣接領域)におけるアデニン残基の発生として表される多形(すなわち、CYP3A4シトクロムP450改変体と称される多形);xxvi)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290(すなわち、5’隣接領域)におけるグアニン残基の発生として表される多形(すなわち、CYP3A4シトクロムP450改変体と称される多形);xxvii)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607における単一のグアニン残基の発生として表される多形;およびxxviii)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607における2つの連続するグアニン残基の発生として表される多形。
【0015】
個々の障害関連多形の発生は、最初にヒトゲノムに由来する核酸を、障害関連多形と、対応する障害非関連多形とより高いストリンジェンシーでアニールする第1のオリゴヌクレオチドと接触する工程、そして次いでこの第1のオリゴヌクレオチドとこの核酸とのアニーリングを評価する工程によって評価され得る。この第1のオリゴヌクレオチドと上記核酸とのアニーリングは、このヒトのゲノムが障害関連多形を含むことの指標である。
【0016】
個々の障害関連多形の発生は、上記核酸を、対応する障害関連多形とより、障害非関連多形と高いストリンジェンシーでアニールする第2のオリゴヌクレオチドと接触する工程、およびこの第2のオリゴヌクレオチドと上記核酸とのアニーリングを評価する工程によってさらに評価され得る。この第2のオリゴヌクレオチドと上記核酸とのアニーリングは、このヒトのゲノムが障害非関連多形を含むことの指標である。個体のゲノム中の障害関連および障害非関連多形の両方の発生を評価することにより、この個体が、障害非関連多形で相同性であるらしい、障害関連多形で相同性であるらしい、または障害関連多形および障害非関連多形でヘテロ接合性であるらしいか否かを評価し得る。この情報は、皮膚健康を改善するため、または皮膚障害を軽減、阻害、または予防するために適切な薬剤または介入およびこの薬剤または介入の適切な用量、持続期間、または強度の選択に情報を与え得る。
【0017】
皮膚健康スコアが、障害関連多形が前記ヒトのゲノムにおいて生じる選択された遺伝子の各々について、定数と相関係数の積を合計することによって算出され得る。この相関係数は、例えば、対応する障害を示すヒトの障害関連多形についてヘテロ接合性またはホモ接合性の割合を表すもの、またはそれを表し得る。この皮膚健康スコアは、皮膚障害に対するヒトの相対的感受性を表す。
【0018】
同じ方法が、ヒトが皮膚障害を発症する可能性を評価するために用いられ得る。任意の障害関連多形の発生は、ヒトが、そのゲノムが多形を含まないヒトより皮膚障害により感受性であることの指標であり、そして複数の障害関連多形の発生は、ヒトが、そのゲノムが多形を含まないヒトより皮膚障害になおより感受性である指標である。
【0019】
これらの方法はまた、ヒトへの投与のための皮膚保護組成物またはその他の予防または治療組成物の用量を選択するために用いられ得る。任意の障害関連多形の発生は、より大きな用量の組成物がヒトに投与されるべきであることの指標である。この組成物の用量は、これら多形の発生に基づいて選択され得る。
【0020】
本発明は、さらに、皮膚障害に対するヒトの相対的感受性を評価するためのキットに関する。このキットは、ヒトのゲノムにおける、本明細書に開示された遺伝子の少なくとも2(3、4、5、6、8、10、もしくは15またはそれ以上)における障害関連多形の発生を評価するための試薬を包含する。
【0021】
別の局面では、本発明は、ひとが、皮膚保護薬剤またはその他の予防または治療組成物を含む栄養製品を採用すべき得策を評価する方法に関する。この方法は、ヒトのゲノムにおける、本明細書に開示された遺伝子の少なくとも2(3、4、5、6、8、10、もしくは15またはそれ以上)における障害関連多形の発生を評価する工程を包含する。任意の障害関連多形の発生は、ヒトが、そのゲノムが多形を含まないヒトより栄養製品を採用することが得策である指標であり、そして複数の障害関連多形の発生は、ヒトが、そのゲノムが多形を含まないヒトよりなお栄養製品を採用することが得策である指標である。
【0022】
なお別の局面では、本発明は、栄養製品中でヒトへの投与のための皮膚保護試薬の用量を選択する方法に関する。この方法は、ヒトのゲノムにおいて、本明細書に開示された遺伝子の少なくとも2つにおける障害関連多形の発生を評価する工程を包含する。任意の多形の発生は、この栄養製品中で、この薬剤のより大きな用量が、ヒトに投与されるべきであることの指標である。この栄養製品のためのこの薬剤の用量は、これら多形の発生に基づいて選択され得る。
【0023】
先行する要旨、および本発明の好ましい実施形態の以下の詳細な説明は、添付の図面と組み合わせて読まれるとき、より良好に理解される。本発明は、示される正確な配列および手段に制限されない。
【図面の簡単な説明】
【0024】
【図1A】図1のAおよびBは、いくつかの遺伝子における多形の発生を分析することにより得られ得る結果の例を描写するイメージである。図1Aに示される結果は、仮定の第1のヒトに由来し、そして図1Bに示される結果は、仮定の第2のヒトに由来する。丸は、丸の列の左に示される遺伝子の異なる多形を表す。黒丸は、多形の存在を示す。白丸は、多形の不在を示す。各丸の下の番号は、多形および疾患または障害に対する相関係数を表す(すなわち、必ずしも皮膚疾患または障害ではない)。
【図1B】図1のAおよびBは、いくつかの遺伝子における多形の発生を分析することにより得られ得る結果の例を描写するイメージである。図1Aに示される結果は、仮定の第1のヒトに由来し、そして図1Bに示される結果は、仮定の第2のヒトに由来する。丸は、丸の列の左に示される遺伝子の異なる多形を表す。黒丸は、多形の存在を示す。白丸は、多形の不在を示す。各丸の下の番号は、多形および疾患または障害に対する相関係数を表す(すなわち、必ずしも皮膚疾患または障害ではない)。
【発明を実施するための形態】
【0025】
(発明の詳細な説明)
本発明は、障害(すなわち、皮膚またはそうではない任意のタイプの障害)と関連している、ヒトのゲノムにおける遺伝子多形の発生を評価することによる、ヒトにおける皮膚健康を評価するためのキットおよび方法に関する。ヒトの遺伝子内容物をより良好に特徴付けるために、障害と関連しない(同じ遺伝子の)多形の発生もまた評価され得、その結果、このヒトが1)ゲノムの部位で障害関連多形のホモ接合性、2)その部位で障害関連および障害非関連多形のヘテロ接合性、または3)その部位で障害非関連のホモ接合性であるか否かを決定し得る。皮膚健康に重要であるとして本明細書で同定された遺伝子の2つ以上(そして好ましくは、3、4、5、6、8、10、15、またはそれ以上)におけるゲノム多形内容物の評価は、ヒトの皮膚健康を示すために組み合わされ得る。皮膚健康のこの評価は、ヒトが、皮膚障害を発症する、発症している、発症すること素因を有する、または既に発症している可能性を予測するために用いられ得る。
【0026】
粗野に単純化して、この方法は、ヒト障害(すなわち、皮膚またはそうではなくとも疾患または病理学的状態)と関連している(本発明者らにより、または他者による)複数の多形が、試験されているヒトのゲノム中で生じるか否かを決定する工程を含む。いくつかの実施形態では、ヒトのゲノム中で生じる多形の数が合計され値を生じ;値が高い程、ヒトの皮膚障害に対するより大きな感受性が評価される(すなわち、少ない程、ヒト皮膚の健康が評価される)。その他の実施形態では、重み付け係数が試験される各多形に対して割り当てられ、そしてこのヒトのゲノムで生じる多形の重み付け係数が合計されて(例えば、皮膚障害に対する感受性によって評価されるような)相対的な皮膚の健康を表す値を生じる。この重み付け係数は、対応する多形が生じる遺伝子に割り当てられる定数と、この多形の発生が如何に参考となるかが、それと関連する障害の発生に対してであるのを記載する相関係数である。この重み付け係数はまた、ヒトが障害関連多形についてホモ接合性であるか、またはヘテロ接合性であるか否かによって影響され得る。本発明は、本明細書中により詳細に記載されるような方法を実施するための種々の代替方法をおよびキットを含む。
【0027】
(定義)
本開示で用いられるとき、以下の用語は、このセクションでそれらと関連する意味を有している。
【0028】
遺伝子における「多形」は、ヒト集団で生じることが知られる遺伝子の一部分の代替形態の1つである。例えば、多くの遺伝子は、単一ヌクレオチド多形形態を示すことが知られ、それによって、遺伝子の単一ヌクレオチド残基の同一性は、これらの形態間で異なっている。これら多形形態の各々は、本明細書中で用いられる用語として、単一の多形を表す。その他の既知の多形形態は、複数の連続的または接近して間隔を置いた、非連続的ヌクレオチド残基が配列において変動し、単一ヌクレオチド残基または小数のヌクレオチド残基の存在または不在によって異なる形態、および異なるmRNAスプライシングパターンを示す形態を含む。
【0029】
「単一ヌクレオチド多形」(「SNP」)は、その一部分における単一のヌクレオチド残基の同一性においてのみ変動する遺伝子の遺伝子の一部分の代替形態の1つである。
【0030】
「障害関連」多形は、ヒトのゲノムにおける代替の形態の発生が、疾患または病理学的状態が皮膚、別の組織、または複数組織に影響するか否かにかかわらず、疾患または病理学的状態のヒトによる提示と関連している遺伝子の一部分の代替の形態である。
【0031】
「障害非関連」多形は、ゲノム中の代替形態の発生と、疾患または病理学的状態との間に有意なポジティブな相関関係がない遺伝子の一部分の代替形態である。障害非関連多形は、しばしば、当該技術分野で「中性」多形と称されている。
【0032】
障害関連多形および障害非関連多形は、この2つの多形が遺伝子の同じ部分の2つの代替の形態である場合、互いと「対応」している。例示すれば、遺伝子の残基100の同一性が、遺伝子の障害関連多形でアデニンであり、そして遺伝子の障害非関連多形でシトシンである場合、そのときは、これら2つの多形は、互いに対応している。遺伝子の同じ部分の2つ以上の代替形態があるとき、3つ以上の対応する多形から存在し得ることが理解される。
【0033】
多形の「特徴残基」は、その同一性が多形に対応する代替形態間で変動することが知られているヌクレオチド残基である。
【0034】
「皮膚障害」は、皮膚の特定部分の機能不全(例えば、炎症、壊死、異常増殖、低下した弾力性、不完全再生、過敏、または感染)によって特徴付けられる病理学的状態である。
【0035】
「皮膚の健康」は、個々のヒトにおける皮膚障害の不在(すなわち、通常の皮膚機能および外観)および個体が皮膚障害の不在を継続して示すことの可能性の意味である。
【0036】
「毒性酸素種」は、ほぼ減少する反応性の順序で、ヒドロキシルラジカル、スーパーオキサイドラジカル、酸化窒素、過酸化亜硝酸(ONOO−酸化窒素とスーパーオキシドラジカルとの間の反応の産物)、おび過酸化水素を含む。通常の2原子酸素は、本明細書で用いられるとき、毒性酸素種ではない。
【0037】
「酸化的損傷」は、通常の細胞成分(例えば、DNA、タンパク質、または脂質)の毒性酸素種との化学的反応をいい、それによって、この成分の少なくとも1つの機能が阻害またはなくされる。用語「酸化的損傷」および「酸化的ストレス」は、本明細書では交換可能に用いられる。
【0038】
「分子ビーコンオリゴヌクレオチド」は、その5’末端に付着された蛍光標識(例えば、ローダミン、FAM、TET、VIC、JOE、またはHEX)およびその3’末端に付着された蛍光クエンチャー(例えば、TAMRAまたはDABCYL)を有する(その逆も同じ)一本鎖オリゴヌクレオチドである(Kostrikisら、1998、Science 279:1228〜1229)。
【0039】
2つの分子ビーコンオリゴヌクレオチドは、それらが分光光度法または分光蛍光分析法を用いて鑑別して検出され得る場合、「スペクトル的に別個」である。スペクトル的に別個のオリゴヌクレオチドを鑑別するために用いられ得る特徴の例は、吸収または励起波長、発光波長、および蛍光寿命を含む。
【0040】
「指示書材料」は、本明細書に記載されるキット、このキットを用いて検出可能である種々の多形の有意性を重み付けるための数値を用いる方法を連絡するために用いられ得る表現の刊行物、記録、図式、または任意のその他の媒体である。本発明のキットの指示書材料は、例えば、本発明のキットを含むコンテナに固定され得るか、またはこのキットを含むコンテナと一緒に梱包され得る。あるいは、この指示書材料は、この指示書材料およびこのキットがレシピエントによって協働して用いられるという意図でコンテナとは別個に梱包され得る。
【0041】
2つのポリヌクレオチドがアニールする「ストリンジェンシー」は、これらヌクレオチドが溶液の条件がアニーリングのためにより好ましくなくなるとき、溶液中でアニールする相対的可能性を意味する。ストリンジェントな条件の例は、当該技術分野で公知であり、そして利用可能な参考文献(例えば、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley&Sons、N.Y.、1989、6.3.1.〜6.3.6)に見出され得る。水性および非水性アニーリング法がその文献に記載され、そしていずれもが用いられ得る。一般に、第1の対のポリヌクレオチドは、第1の対がアニールする(またはアニールしたままである)可能性がより大きい場合、塩濃度、温度、および界面活性剤濃度が増加するとき、第2の対より高いストリンジェンシーでアニールする。
【0042】
障害に関し、障害関連多形に対する「相関係数」は、この多形についてヘテロ接合性またはホモ接合性であり、この障害を示すヒトの割合である。この相関係数は、あるいは、単にヘテロ接合性であるヒト、単にホモ接合性であるヒト、またはヘテロ接合性またはホモ接合性いずれかであるヒトに基づき得る。
【0043】
「伸長不能」なヌクレオチド残基は、ポリメラーゼによってポリヌクレオチドに付加され得(すなわち、ポリメラーゼによって触媒される、その相補物と組み合わせたポリヌクレオチドの伸長による)、しかも、ポリヌクレオチドへの付加に際し、このポリヌクレオチドをポリメラーゼによってさらに伸長され得ないようにするヌクレオチド残基である。
【0044】
(説明)
本発明は、ヒトの皮膚の健康を、ヒトのゲノムにおける障害(すなわち、皮膚障害またはその他の障害)と関連する遺伝子多形の発生を評価することにより評価するためのキットおよび方法に関する。特定の遺伝子における特定の多形の発生に基づく障害に対する感受性を予測するその他の方法とは異なり、参考となる遺伝子および多形のパネルが本明細書中に開示されている。このパネルにおける2つ以上の遺伝子を用い、この皮膚障害がパネル中の多形の発生と特異的に関連していない場合でさえ、ヒトの皮膚障害に対する感受性を評価し得る。
【0045】
個体の皮膚の健康は、個体のゲノム中に存在する特定の遺伝子の多形形態を決定することにより評価され得ることが発見された。評価されるこれら遺伝子は、本明細書中に開示されている。ヒトのゲノム中の2つ以上(好ましくは、これら遺伝子の3、4、5、6、8、10、15、またはそれ以上)のこれらの遺伝子中の障害関連多形の評価は、ヒトの皮膚の健康の予測である。障害関連多形の発生が評価されるこれら遺伝子の数が大きくなるほど、ヒトの皮膚の健康を予測するための方法のそうであることの正確さは大きくなる。個体のゲノム中のその他の多形(例えば、目的の皮膚障害の発生にともなうことが知られる多形)の発生もまた、同時または逐次的に評価され得る。
【0046】
それに対して本明細書に記載のキットおよび方法が有用な皮膚の障害は、炎症性障害(例えば、接触皮膚炎、じんましん、アトピー性皮膚炎、乾癬、扁平苔癬、皮膚エリテマトーデス、天疱瘡、および強皮症、日光障害(例えば、赤くなるおよび日焼け)、感染性疾患(例えば、細菌およびウイルス感染)、および皮膚腫瘍(例えば、角化症、扁平上皮癌、基底細胞癌、黒色癌、およびカポージ肉腫)を含む。
【0047】
皮膚障害に対する個体の感受性は、皮膚細胞が経験する酸化的ストレスによって影響され得る。皮膚健康の参考となる多形形態を有するいくつかの遺伝子は、酸化的ストレスに対する身体の応答を調節するか、またはそれから保護するタンパク質をコードする。例えば、酸化的ストレスに対して保護する遺伝子は、毒性酸素種のより毒性の少ない酸素種への変換を触媒する酵素、酸化的損傷に対する保護を直接提供するタンパク質をコードする遺伝子、酸化的損傷に対する保護を間接的に提供するタンパク質をコードする遺伝子、ヒトDNA修復システムの成分をコードする遺伝子、および微生物感染の後、免疫細胞中で反応性酸素種の誘導性産生と関連する遺伝子(先行する群内に必ずしも含まれていない)を含む。
【0048】
多形は、ヒトDNA修復システムの成分をコードする多くの遺伝子のすべてではないにしてもいくつかで同定されている。これら遺伝子における障害関連多形は、個体の皮膚の健康のための参考となり得る(例えば、個体の皮膚障害への感受性について)。これら遺伝子の例は、アプリン酸およびアピリミジン酸エンドヌクレアーゼ、紫外線照射によって損傷したヌクレオチド残基の切除を触媒する酵素、および部位特異的組換えを触媒する酵素をコードする遺伝子を含む。多くのこのような遺伝子が公知であり、そしてWoodら、2001、Science 291(5507):1284〜1289に列挙される遺伝子を含む。
【0049】
皮膚は、免疫細胞を含み、そして微生物侵略に対する防御の第1線として作用する。微生物感染後に免疫細胞において反応性酸素種の産生を誘導する遺伝子は、マクロファージおよび多形核好中顆粒球の呼吸バースト(しばしば酸化的バーストと称される)現象と関連し、それによって、毒性酸素種が、微生物(例えば、原生動物、またはPseudomonas、Salmonella、またはSerratia細菌のような細菌、またはBacillus anthracis、Escherichia coli、またはStaphlococcus aureusのような既知の病原体)による組織の侵略に応答して産生される遺伝子(例えば、ヒト食細胞特異的NADPHオキシダーゼ複合体の成分をコードする遺伝子)を含む。この群内にまた含まれて、マクロファージの抗微生物活性を阻害またはなくする障害(例えば、慢性肉芽腫症)に罹患した患者で異常であることが知られている遺伝子がある。これら遺伝子の実質的にいずれにおいても、障害関連多形は、皮膚障害、特に被覆感染または炎症性皮膚障害に対する個体の感受性の参考となり得る。このような多形が生じる固体の識別(例えば、本明細書中に記載の方法を用いる)は、例えば、個体が皮膚障害を発症する高まったリスクを有するか否か、および特定の障害阻害介入がとられるべきか否かを評価するために用いられ得る。
【0050】
多形の発生が生じる遺伝子が皮膚障害に直接的または間接的に関与していると認識されることは重要ではない。この遺伝子の発現のレベルまたは遺伝子産物の配列のいずれかと、ヒトの皮膚健康との間の関連がなされることで十分である。
【0051】
皮膚障害は、じんま疹および接触皮膚炎のようなアレルギー反応を含む。アレルゲンの生体変換と称されるプロセスである、アレルゲン(またはそれらの代謝物)の親電子電位を減少するための関係ある反応を触媒する酵素をコード遺伝子は、ヒトの皮膚健康に影響し得る。GSTP1のような酵素のグルタチオンS−トランスフェラーゼ(GST)ファミリーのメンバーは、アレルゲンの生体変換に参加している。これらの酵素はまた、酸素の反応性形態間の相互変換を触媒する。これらGST遺伝子の1つにおける1つ以上の多形の発生は、個体の皮膚健康を評価するために用いられ得る。アレルゲン曝露に応答する免疫システムの成分による毒性酸素種の産生に関与する別のタンパク質は、TNA−αである。Allenら(2000、Immunogenetics 51:201〜205)は、TNA−αをコードする遺伝子の残基308(すなわち、プロモーター領域内)で生じる多形を記載している。この多形は、本明細書に記載のように評価され得る多形の1つであり得る。
【0052】
毒性酸素種のより毒性の少ない酸素種への変換を触媒する酵素の中で、4つが特に関係があり、すなわち、ミトコンドリアMnSOD、細胞質CZSOD、カタラーゼ(CAT)、およびグルタチオンペルオキシダーゼ(GP)である。これら遺伝子で生じる多形は、種々の疾患と関連していることが知られている(例えば、Kimuraら、2000、Am.J.Ophtalmol.130:769〜773)。これら4つの遺伝子の少なくとも1つにおける障害関連多形の発生は、これら遺伝子の重要性を考慮すれば、本明細書に記載の方法で評価されるべきである。同様に、本明細書に記載のキットは、好ましくは、これら4つの遺伝子の少なくとも1つ(そして好ましくは2、3、またはすべて)において、障害関連多形を検出するための試薬を含む。さらに、これら遺伝子における障害関連多形の発生の重要性は、本明細書に開示のその他の遺伝子における障害関連多形に対してより大きな重み付け係数をこれら遺伝子の障害関連多形に割り当てることにより適用され得る。
【0053】
障害関連多形が生じる個体の皮膚健康を評価するために有用である遺伝子は:1)毒性酸素種のより毒性の少ない酸素種への変換を触媒する酵素をコードする遺伝子;2)酸化的ストレスに対する保護を提供するタンパク質をコードする遺伝子;3)毒性酸素種の生産を誘導するタンパク質をコードする遺伝子;4)酸化的ストレスに間接的に影響するタンパク質をコードする遺伝子;5)タンパク質の発現のレベルが酸化的ストレスと関連するタンパク質をコードする遺伝子;6)ヒトDNA修復システムの成分をコードする遺伝子;および7)マクロファージまたは多形核好中球による毒性酸素種の産生に関するタンパク質をコードする遺伝子を含む。
【0054】
以下の遺伝子が皮膚健康に特に関係があることが発見された:a)ミトコンドリアMnSODをコードする遺伝子;b)細胞質CZSODをコードする遺伝子;c)カタラーゼをコードする遺伝子;d)hGPX1をコードする遺伝子;e)GSTP1をコードする遺伝子;f)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子;g)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子;h)TNF−αをコードする遺伝子;phox遺伝子;j)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子;k)シトクロムP450をコードする遺伝子;l)MMP−1)をコードする遺伝子;およびm)プロフィラグリンをコードする遺伝子。
【0055】
患者のゲノムにおける、遺伝子a)〜l)の1つにおける障害関連多形の発生は、この患者が、そのゲノムがこの障害関連多形を含まないヒトより皮膚障害を発症する大きなリスク(または既にこの障害に罹患している)ことの指標である。患者ゲノム中のこれら遺伝子における複数の障害関連多形の発生は、その患者が、そのゲノムがより少ない障害関連多形を含む(または含まない)ヒトより皮膚障害を発症する大きなリスク(すなわち、より乏しい皮膚健康をもつ)ことの指標である。従って、障害関連多形が生じるヒトの皮膚健康に関し、本明細書中で同定された遺伝子における障害関連多形の累積効果が存在する。
【0056】
同じヒトにおける2コピーの同じ障害関連多形の発生(すなわち、障害関連多形についてホモ接合性)は、このヒトが、この多形の単一コピーのみが発生しているヒト(すなわち、障害関連多形についてヘテロ接合性)よりも皮膚疾患を発症する大きなリスクにある(すなわち、より乏しい皮膚健康を有している)ことの指標である。障害関連多形についてホモ接合性は、単一コピーのみの発生より2コピーの障害関連多形の発生をより重く重み付けることよって説明され得る(障害関連多形の発生にともなう有意水準を、例えば、2、5、10または別の値のような係数によって乗じることによる)。
【0057】
本発明は、本明細書で同定される遺伝子中の特定の障害関連多形に制限されないけれども、これら遺伝子の特定の部分中で生じる障害関連多形は、これら遺伝子の特定の部分で生じる障害関連多形より重要な指標であり得ることが認識される。従って、示された遺伝子の以下の領域で生じる障害関連多形は、これら遺伝子のその他の部分で生じる障害関連多形よりもより重く重み付けられ得る。これらの多形は、A)ミトコンドリアMnSODをコードするオープンリーディングフレームにおける障害関連多形;B)細胞質CZSODをコードするオープンリーディングフレームにおける障害関連多形;C)カタラーゼをコードする遺伝子のプロモーター領域における障害関連多形;D)hGPX1をコードするオープンリーディングフレームにおける障害関連多形;E)GSTP1をコードするオープンリーディングフレームにおける障害関連多形;F)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードするオープンリーディングフレームにおける障害関連多形;G)エポキシドヒドロラーゼをコードするオープンリーディングフレームにおける障害関連多形;H)TNF−αをコードする遺伝子のプロモーター領域における障害関連多形;I)phox遺伝子のオープンリーディングフレームにおける障害関連多形;J)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のオープンリーディングフレームにおける障害関連多形;K)シトクロムP450をコードする遺伝子の5’隣接配列における障害関連多形;およびL)MMP−1をコードする遺伝子のプロモーター領域における障害関連多形を含む。
【0058】
任意の数の特定の多形の発生が、個体の皮膚健康を評価するためにアッセイされ得る。このような多形の非制限的な例は以下を含む:I)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9における(すなわち、シグナル配列中)アラニン残基からバリン残基への変化として表される多形;II)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるイソロイシン残基からチミン残基への変化として表される多形;III)細胞質CZSODのアミノ酸7におけるバリン残基からグルタミン残基への変化として表される多形;IV)細胞質CZSODのアミノ酸6におけるシステイン残基からフェニルアラニン残基への変化として表される多形;V)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262における(すなわち、プロモーター領域中)シトシン残基からチミン残基への変化として表される多形;VI)グルタチオンペルオキシダーゼのアミノ酸残基198におけるプロリン残基のロイシン残基への変化として表される多形;VII)グルタチオンS−トランスフェラーゼP1のアミノ酸残基105におけるバリン残基のイソロイシン残基への変化として表される多形;VIII)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるシトシン残基からチミン残基の変化として表される多形;IX)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるチミン残基からシトシン残基への変化として表される多形(すなわち、エポキシドヒドロラーゼ中チロシン残基からヒスチジン残基への塩化を起こす);X)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−238(すなわち、プロモーター領域中)におけるアデニン残基への変化として表される多形(すなわち、TNF2と称されるTNF−αプロモーター改変体);XI)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−308(すなわち、プロモーター領域中)におけるアデニン残基への変化として表される多形(すなわち、TNF3と称されるTNF−αプロモーター改変体);XII)phox遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるシトシン残基からチミン残基への変化として表される多形;XIII)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子イントロン4中(すなわち、ヌクレオチド残基5130と5511の間)の27ヌクレオチド残基繰り返しとして表される多形;XIV)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290(すなわち、5’−隣接領域中)におけるアデニン残基からグアニン残基の変化として表される多形(すなわち、CYP3A4シトクロクムP450改変体と称される多形);およびXV)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607における2つの連続するグアニン残基の発生として表される多形。
【0059】
個体のゲノム中に障害関連多形の発生は、種々の方法のいずれかで評価され得る。1つの実施では、単一試験(例えば、プライマー伸長、PCR増幅、または分子ビーコンオリゴヌクレオチド結合)を用いて個体のゲノム中でこの障害関連多形が生じているか否かを決定する(すなわち、コピー数を問わずに)。別の実施形態では、個体のゲノムが、本明細書に開示の遺伝子における既知の障害関連多形に対応する障害非関連多形を含むか否かを決定するための試験が用いられる(すなわち、個体が、障害非関連多形について少なくともヘテロ接合性であることの指標として)。なお別の実施形態では、本明細書に開示の2、3、4、またはそれ以上の遺伝子における障害関連多形および障害非関連多形の両方を検出し得る試験(すなわち、複数のプローブまたはプライマーを用いて)が用いられる。このような試験を用い、個体のゲノム中の障害関連多形の発生、および個体が障害関連多形についてホモ接合性であるか、またはヘテロ接合性である否かの両方かを決定し得る。この試験はまた、結果の「照査」を許容する。なぜなら、それは、すべての既知の多形を説明すること、そして先に特徴付けられなかった多形が既知の多形の部位またはその近傍で生じするときを示すことを両方行い得るからである。
【0060】
本明細書に開示される遺伝子について機知の障害関連多形および障害非関連多形の両方を検出するためのキットまたは方法において、以下の多形の1つ以上(好ましくは、少なくとも2、3、4、5、6、8、10、または15またはそれ以上)が評価され得る:i)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9(すなわち、シグナル配列中)におけるアラニンをコードするコドンの発生として表される多形;ii)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9(すなわち、シグナル配列中)におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;iii)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるイソロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;iv)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるチミンをコードするコドンの発生として表される多形;v)細胞質CZSODのアミノ酸7におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;vi)細胞質CZSODのアミノ酸7におけるグルタミン酸をコードするコドンの発生として表される多形;vii)細胞質CZSODのアミノ酸6におけるシステインをコードするコドンの発生として表される多形;viii)細胞質CZSODのアミノ酸6におけるフェニルアラニンをコードするコドンの発生として表される多形;ix)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262(すなわち、プロモーター領域中)におけるシトシン残基の発生として表される多形;x)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262(すなわち、プロモーター領域中)におけるチミン残基の発生として表される多形;xi)hGPX1のアミノ酸残基198におけるプロリンをコードするコドンの発生として表される多形;xii)hGPX1のアミノ酸残基198におけるロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;xiii)GSTP1のアミノ酸残基105におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;xiv)GSTP1のアミノ酸残基105におけるイソロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;xv)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるシトシン残基の発生として表される多形;xvi)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるチミン残基の発生として表される多形;xvii)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるチミン残基の発生(すなわち、エポキシドヒドロラーゼ中にチロシン残基を生じる)として表される多形;xviii)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるシトシン残基の発生(すなわち、エポキシドヒドロラーゼ中にヒスチジン残基を生じる)として表される多形;xix)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−238(すなわち、プロモーター領域中)におけるアデニン残基の発生として表される多形(すなわち、TNF2と称されるTNF−αプロモーター改変体);xx)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−308(すなわち、プロモーター領域中)におけるアデニン残基の発生として表される多形(すなわち、TNF3と称されるTNF−αプロモーター改変体);xxi)phox遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるシトシン残基の発生として表される多形;xxii)phox遺伝子のヌクレオチド残基242(すなわち、コード領域中)におけるチミン残基の発生として表される多形;xxiii)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のイントロン4(すなわち、ヌクレオチド残基5130と5511の間)中の27ヌクレオチド残基繰り返しの発生として表される多形;xxiv)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のイントロン4(すなわち、ヌクレオチド残基5130と5511の間)の27ヌクレオチド残基繰り返しが発生しないとして表される多形;xxv)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290(すなわち、5’−隣接領域)におけるアデニン残基の発生として表される多形(すなわち、CYP3A4シトクロムP450改変体と称される多形);xxvi)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290(すなわち、5’隣接領域)におけるグアニン残基の発生として表される多形(すなわち、CYP3A4シトクロムP450改変体と称される多形);xxvii)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607における単一のグアニン残基の発生として表される多形;およびxxviii)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607における2つの連続するグアニン残基の発生として表される多形。
【0061】
ヒトに対する全体の皮膚健康スコアを決定するために評価され得る多形の別の重要なセットは、ヒトプロフィラグリン遺伝子で生じる障害関連多形である。これら遺伝子の多くの多形形態が公知であり、そしてこれら形態の各々の1つ以上の障害との関連は、なお十分に特徴付けられていない。勿論、プロフィラグリン形態が障害と関連しているか、または関連するようになるときはいつも、プロフィラグリン遺伝子の障害関連多形形態の発生は、ヒトにおける皮膚健康を評価するために用いられ得る。既知のプロフィラグリン多形は、SNPおよびフィラグリン−ポリマー−長多形を含む。この後者の用語は、プロフィラグリンポリペフチドが、ヒト細胞において翻訳後それに切断されるプロフィラグリンポリペプチドの数をいう。種々の個々のヒトは、少なくとも9〜12のフィラグリン単位をもつプロフィラグリンをコードするプロフィラグリン遺伝子を宿すことが知られている。
【0062】
本発明の重要な局面は、皮膚健康(例えば、乾癬、湿疹、皮膚癌、または細菌感染のような皮膚障害への感受性)が、ヒトのゲノムにおける、本明細書に記載の遺伝子の1つにおける障害関連多形の発生と−たとえ、この多形の発生と、皮膚健康または皮膚障害の発生率との間に既知の生化学的または生理学的関連がない場合でさえ、関連し得ることである。別の方法でいえば、本発明者らは、本明細書に開示の遺伝子および多形が、個々のヒトの皮膚健康の状態の予測的指標であることを発見した。個体において本明細書中で同定された遺伝子において障害関連多形が生じるか否か(およびこのような多形がこれら遺伝子中でいくつ生じるか)を評価することにより、個体の皮膚の健康を評価し得る(例えば、個体が皮膚障害を有するか、またはそれを発症する可能性として表される)。
【0063】
個体が乏しい皮膚健康を有すると決定される場合(例えば、個体のゲノム中で、本明細書中に開示された遺伝子において複数の障害関連多形が生じるため)、そのときは、この個体は、彼らの皮膚健康、皮膚外観を改善するため、または皮膚障害を発症する可能性を減少するための変更をなすよう勇気付けられる。このような変更は、皮膚保護組成物(例えば、抗酸化剤、日焼け止め、および局所または全身性コルチコステロイドを含む栄養組成物)の使用、化粧品組成物、栄養の改善、および日光を避けることを含む。個体が比較的乏しい皮膚健康を有することの決定はまた、個体が、皮膚障害の発症のために他より綿密にモニターされるべきことの指標として用いられ得る。
【0064】
皮膚障害を発症することの素因の初期検出は、個体がこの障害を遅延し、阻害し、軽減し(すなわち、その重篤度を減少する)ステップをとることを可能にし得る。皮膚障害を処置および防ぐための適切なステップは周知であり、そして食事、運動、および栄養および医薬の摂取または局所適用を改変することを含む。対症、治療、および予防法が、多くの皮膚障害について公知であり、そして一旦患者のこの障害に対する感受性が知られるとこれらが行われ得る。従って、本明細書中に記載されるキットおよび方法は、皮膚障害が処置、阻害、または予防されることを可能にする。本明細書中に記載のキットおよび方法は、皮膚障害の初期ステージにおいて、またはこの障害が症候として現れる前でさえ、これらの介入がなされることを可能にする(処置がしばしば最も有効であるとき)。
【0065】
ヒトのゲノム中の本明細書に開示される遺伝子における2つ以上の障害関連多形検出は、このヒトが、これら障害関連多形をより少なく含む(またはない)ゲノムを有する個体より、皮膚障害に対するより大きな感受性として現れる、乏しい皮膚健康を示すことは従前は認識されなかった。先の研究は、本明細書で同定された個々の遺伝子のみにおける多形と特定の障害との間の関連のみを認識していると考えられる。本発明者らは、これらは、個々の皮膚障害と関連しているとして認識されていない特定の多形のヒトにおける発生を基に皮膚障害に対するヒトの感受性を評価するための方法およびキットを記載する最初であると考える。
【0066】
本明細書で同定される遺伝子a)〜l)において生じる障害関連多形は、個体の皮膚健康およびこの個体が皮膚障害を発症する可能性(または現在罹患している)の両方を評価するために用いられ得る。本明細書に記載のキットおよび方法の1つの実施形態では、障害関連多形(および/または障害非関連多形)の発生が、本明細書でA)〜L)として同定された障害関連多形の発生のような、本明細書でa)〜l)として同定された遺伝子の2つ以上で評価される。例により、このキットまたは方法は、本明細書でi)〜xxviii)として同定された複数多形の発生を評価することを含み得る。
【0067】
(皮膚健康を評価する方法)
本発明は、皮膚健康(例えば、1つ以上の障害に対する相対的感受性)を評価する方法を含む。皮膚健康は、そのゲノムが本明細書に開示の遺伝子における単一の障害関連多形を含まない仮定のヒトに対して算出され得る。あるいは、感受性は、評価されているヒトより1つ以上の異なる障害関連多形を有し得る別のヒトに対して算出され得る。実際、それを基に生の感受性スコアが算出される基礎は、そのスコアが比較されるべきすべてのヒトについて同じ基礎が用いられる限り重要ではない(すなわち、その結果、これらスコアは、互いに関係づけられる)。
【0068】
ヒトの相対的皮膚健康は、種々の組成物、症状、および介入のリスクおよび利点を評価するために用いられ得る。1つの実施形態では、ヒトの皮膚健康は、このヒトが、1つ以上のビタミン、ミネラル、またはその他の皮膚保護薬剤を含む組成物で栄養摂取を補助することにより利益を受け得るか否かを決定するために用いられ得る。種々の皮膚保護薬剤が公知であり、そしてさらなる薬剤が、経時的に発見されることは確実である。本明細書に開示のキットおよび方法の有用性は、特定の薬剤の同一性に依存しない。皮膚保護薬剤の例は、ビタミン(特に、抗酸化ビタミン)、ミネラル、天然に存在するアミノ酸、天然に存在するアミノ酸の誘導体、植物抽出物、および従来の皮膚ケア製品(例えば、皮膚軟化およびモイスチャーローション、アロエ抽出物など)を含む。抗酸化ビタミンは、好ましくは、タンパク質複合体化形態で皮膚に投与される(例えば、South Plainfield、N.J.のArch Personal Care Products、L.P.によって販売されるVITAZYME(TM)ビタミン調製物のような調製物)。同様に、マンガンおよびセレンのような皮膚保護ミネラルがまた、タンパク質複合体化形態で皮膚に投与される(例えば、Arch Personal Care Products、L.P.によって販売されるACQUA−BIOMIN(TM)ミネラル調製物のような調製物を用いる)。有用な皮膚保護植物抽出物は、ブドウポリフェノール類、およびNAB Pikea robusta(紅藻類)抽出物、NABウイキョウ種子(Foeniculum vulgare)抽出物、およびNABレッドクローバー(Trifollum Pratesnse)葉抽出物を含む。有用な天然に存在するアミノ酸およびその誘導体は、グリシン、グルタミン、N−アセチルシステイン、およびトリメチルグリシンを含む。さらに、本明細書に記載のキットまたは方法を用いて評価されるような皮膚健康は、個々の患者のために、このような薬剤の適切な用量を示し得る。
【0069】
個々の被験体に投与される皮膚保護薬剤は、全体の皮膚健康スコアにより、障害関連多形が生じる遺伝子を観察することにより、またはその両方で決定され得る。
【0070】
例えば、患者のMaSOD遺伝子中で障害関連多形が生じる場合、そのときは、マンガン含有皮膚保護薬剤、亜鉛含有皮膚保護薬剤、またはマンガンおよび亜鉛含有皮膚保護薬剤(例えば、ACQUA BIOMIN(TM)製品)が被験体の皮膚に付与され得、皮膚障害を阻害または軽減し得る。
【0071】
障害関連多形が被験体のグルタチオンペルオキシダーゼ遺伝子中で生じる場合、そのときは、セレン、ブドウポリフェノール、N−アセチルシステイン、グルタミン、グリシン、またはNABウイキョウ種子の1つ以上を含む皮膚保護薬剤が、被験体の皮膚に付与され得、皮膚障害を阻害または軽減され得る。
【0072】
障害関連多形が被験体のミクロソームエポキシドヒドロラーゼ遺伝子中で生じる場合、そのときは、N−アレチルシステイン、トリメチルグリシン、抗酸化ビタミン(例えば、VITAZYME(TM)製品の1つ)、NAB Pikea robusta、およびNABウイキョウ種子の1つ以上を含む皮膚保護薬剤が、被験体の皮膚に付与され得、皮膚障害を阻害または軽減する。
【0073】
障害関連多形が被験体の腫瘍壊死因子−α遺伝子中で生じる場合、そのときは、NAB Pikea robustaおよびNABレッドクローバー葉の1つまたは両方を含む皮膚保護薬剤を患者の皮膚に付与し得、皮膚障害を阻害または軽減する。
【0074】
ヒトの皮膚健康は、このヒトのゲノムにおける、本明細書に開示の複数の遺伝子(例えば、2、3、4、6、8、10、15またはそれ以上の遺伝子)における障害関連多形の発生を評価することにより決定される。これら遺伝子の1つにおける障害関連多形の発生は、このヒトが、そのゲノムに多形が生じないヒトより皮膚障害に対するより高い感受性およびより乏しい皮膚健康を有する指標である。ヒトのゲノムにおける2つ以上のこのような多形の発生は、このヒトが皮膚障害に対してなおより高い感受性(およびより乏しい皮膚健康)を示すことを示す。
【0075】
本明細書に開示される遺伝子における各障害関連多形の発生は、皮膚障害および乏しい皮膚健康に対する感受性の必ずしも等しい指標ではない。種々の障害関連多形の重要性における差異を説明するために、重み付け因子が、本明細書に記載の-方法およびキット中で検出された各多形に割り当てられ得る。上記に示されたように、いくつかの遺伝子は、ヒトにおける皮膚健康において、その他より重要な役割を有している。一般に、これら遺伝子の1つで生じる障害関連多形は、皮膚健康においてより重要でない役割を有する遺伝子で生じる多形より重要である。従って、他に対してより大きな重み付け係数が、これら多形に割り当てられ得る。例により、これら多形に割り当てられる重み付け因子は、その他の遺伝子における障害関連多形に割り当てられる重み付け係数より1〜10倍大きくあり得る。
【0076】
ヒトのゲノムにおける障害関連多形の発生に割り当てられる重要性に影響し得る別の因子は、この多形が対応する障害と相関する程度である。いくつかの障害は、遺伝子多形の発生と高度に相関しており、そして多形とより低い相関を示す障害もある。多形がある障害と関連すると報告されるとき、多形と障害との間の相関の程度は、文献中の報告から決定され得るか、または得られ得る。多形と障害との間の相関を記載する係数を算出する1つの有用な方法は、そのゲノム中で障害関連多形が生じる個体が、この障害を示すか、または発症する可能性を記載するオッズ比を算出することである。本明細書中に記載のキットおよび方法は、ヒトが障害関連多形についてホモ接合性であるか否かを検出するために用いられ得、ホモ接合性の個体に対して算出されたオッズ比もまた、それらが利用可能である場合に用いられ得る。オッズ比は、当該技術分野で記載のように算出され得る。
【0077】
障害関連多形について、上記オッズ比は以下のように算出され得る。第1に、障害に罹患している確率(オッズ)が、この多形が生じている第1の集団について、第1の集団で罹患した個体の数をこの第1の集団中の個体の総数で除することにより算出される。第2に、この障害を罹患している確率が、多形が生じていない第1の集団について、第2の集団中の罹患した個体の数を第2の集団の総数によって除することによって算出される。第3に、オッズ比が上記第1の集団に対する確率を、第2の集団に対する確率で除することにより算出される。このオッズ比が1より大きい場合、そのときは、この多形の発生がこの障害の発生と関連している。さらに、このオッズ比の大きさは、この関連の重要性の指標である。
【0078】
ヒトに対する皮膚健康スコアは以下のように決定され得る。重要性スコアが、本明細書に記載の方法またはキットを用いてヒトのゲノム中で検出される各疾患関連多形に割り当てられ得る。この重要性スコアは一定(例えば、100)であり、そして任意の重要性係数(例えば、1〜10)および利用可能である任意の相関係数によって乗じられる。多形についてのホモ接合性と、対応する障害との間の相関を記載する情報が利用可能である場合、そのときは、少なくとも、この方法またはキットを用い、この被験体のゲノムにおける対応する障害非関連多形の発生を除外するために用いられるとき、単なる多形の発生に対する相関係数の代わりに、その相関係数が用いられるべきである。重要性スコアおよび相関係数が利用可能でない場合、そのときは、1.00の値が各々に割り当てられるべきである。皮膚健康スコアは、本発明の方法またはキットを用いて検出される各疾患関連多形に対する重要性スコアを合計することにより決定される。この皮膚健康スコアは、他の被験体から得られる値と比較され得るか、またはそれは、そのゲノムが本明細書中に開示された遺伝子において、任意の障害関連多形を含まないヒトで生じることが期待され得る値(すなわち、ゼロ)と比較され得る。高い皮膚健康スコアは、乏しい皮膚健康に対応する。従って、異なる皮膚健康スコア有する2つの個体について、より低いスコアを有する個体は、より高いスコアを有する個体よりも良好な皮膚健康を有する。
【0079】
任意の特定の障害関連多形(または障害非関連多形)の発生を評価するために用いられる方法は重要ではない。多形の発生を検出する多くの方法が当該分野で公知であり、そしてこれら方法の実質的にすべてが、本明細書中に記載のキットおよび方法で用いられ得る。当然に、このキットに含まれる試薬は、多形を検出するために用いられる方法に依存して変動し得る。いくつかの適切な多形検出方法の例が以下に提供される。
【0080】
1つの実施形態では、一対のオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、多形領域を含む遺伝子の部分を増幅する。この多形領域で生じる多形の1つ以上の検出は、この増幅された部分を、それが、1つの多形がその部分で生じる場合に増幅された部分とストリンジェントな条件下でアニールするが、その部位で別の多形が生じる場合にこの増幅された部分とアニールしないような配列を有するオリゴヌクレオチドと接触することにより達成され得る。種々の受容可能なストリンジェントな条件が当該分野で公知であり、そして当業者によって、任意の特定の増幅された部分/オリゴヌクレオチドペアに適切なように改変され得る。シトリンジェントな条件の例は、約45℃における6×塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム(SSC)中のハイブリダイゼーション、次の50℃における0.2×SSC、0.1%(w/v)SDS中の1回以上の洗浄である。
【0081】
代替の実施形態では、1つ以上の分子ビーコンオリゴヌクレオチドが、被験体のゲノムの1コピー、被験体のゲノムの一部分、または被験体のゲノムから生成された増幅産物(例えば、その中で多形が生じることが知られる本明細書中に開示の遺伝子の1つ以上の増幅部分)を含むサンプル中の多形(疾患関連、疾患非関連、または両方)を検出するために用いられる。
【0082】
分子ビーコンプローブは、記載のように(Kostrikisら、1998、Science 279:1228〜1229)、その5’末端またはその近傍に付着された蛍光標識(例えば、ローダミン、FAM、TET、VIC、JOE、またはHEX)、およびその3’末端またはその近傍に付着された蛍光クエンチャー(例えば、TAMRAまたはDABCYL)を有する(またはその逆もまた同じである)一本鎖オリゴヌクレオチドである。各分子ビーコンプローブの配列は、2つの相補的ヘアピン領域を含むように選択され、それによってこのプローブは、自己アニールし得、ヘアピン構造を形成する。5’および3’末端は、このヘアピン構造を形成するとき、緊密な会合にもたらされる。このプローブはまた、標的配列(例えば、本明細書に開示された遺伝子の単一の多形)に相補的であるように選択される標的部分を含む。この標的部分および少なくとも1つのヘアピン領域は、互いに緊密に近接して位置決めされ、これは、この標的部分が、ヘアピン領域に重複するか、またはそれに隣接するかいずれかであり、それらの間に約5より多くないヌクレオチド残基を有することを意味する。
【0083】
上記分子ビーコンプローブのヘアピン領域が互いにアニールする場合、そのときは、このプローブは蛍光を発しない。なぜなら、このヘアピン構造および上記プローブの1つの端部に付着された蛍光クエンチャーが、プローブの別の端部に付着された標識の蛍光をクエンチするからである。プローブの標的部分が標的配列を有する核酸の領域とアニールする場合、そのときは、ヘアピン構造の形成は阻害され、この蛍光クエンチャーは蛍光標識とは会合されず、そしてプローブは蛍光を発する。複数の分子ビーコンプローブが単一の反応混合物中で用いられ得、そしてプローブと会合した蛍光は、これら分子ビーコンプローブがスペクトル的に別個である場合に鑑別され得る。
【0084】
従って、この実施形態では、1つ以上の分子ビーコンプローブが用いられ、各々は、本明細書に開示の遺伝子の1つの多形の標的領域(例えば、20〜40ヌクレオチド残基、より好ましくは20〜30残基)に相補的である標的領域(例えば、20〜40ヌクレオチド残基、より好ましくは20〜30残基)を有している。検出される多形が単一ヌクレオチド多形(SNP)である場合、そのときは、この標的領域は、多形が生じるヌクレオチド残基を含み、そして好ましくはそれをその周囲のほぼ中心に含む。より好ましくは、2つのこのようなプローブが用いられ、1つは、遺伝子の1つの多形(例えば、特定のSNPの2つの多形の1つ)の標的領域に完全に相補的である標的領域を有し、そして他方は、遺伝子の対応する多形(例えば、2つのみの多形形態が存在する場合、他方の多形)の標的領域に完全に相補的である標的領域を有し、その結果、疾患関連および疾患非関連多形の発生が、同時に決定され得る。
【0085】
本明細書に開示の遺伝子における多形が評価され得る方法の別の実施形態では、多形の特徴的残基に隣接する領域に相補的であるオリゴヌクレオチドプライマーがポリメラーゼ酵素を用いて伸長され、そしてこの特徴的残基に相補的な位置にあるプライマーに付加されるヌクレオチド残基の同一性が決定される。このプライマーは、制限された数(または1つのみ)のヌクレオチド残基がプライマー中に取り込まれることを確実にするために非伸長性ヌクレオチド残基の存在下で伸長され得る。このタイプの方法は当該分野で公知であり(例えば、Orchid Biocomputer,Inc.のSNP−IT(TM)技術)、そして、例えば、米国特許第6,013,431号および同第6,004,744号に記載されている。
【0086】
(個々の皮膚障害に対する感受性を評価する方法)
患者の皮膚健康スコアは、個々の皮膚障害に対する患者の感受性の予測である(より高いスコアは、このような障害に対するより大きな感受性を示す)。皮膚障害の発症および進行の速度または可能性は、患者の皮膚健康を評価すること(すなわち、皮膚健康スコアを決定すること)により評価され得る。本明細書に開示される特定の皮膚障害の発症および進行の速度または可能性は、本明細書に開示される障害関連多形の発生を評価することにより評価され得る。
【0087】
これら方法を用いて評価され得る個々の皮膚障害は、本明細書に開示の障害に制限されない。これら方法は、実質的にすべての皮膚障害に対する感受性を評価するために用いられ得る。しかし、胎内または生命の最初の数年の間の異常皮膚の発症に至る先天的皮膚欠陥は、本明細書に記載の障害関連多形と関連しないようである。
【0088】
(皮膚健康を評価するためのキット)
本発明は、ヒトの皮膚健康および/または皮膚障害に対するヒトの感受性を評価するためのキットを含む。このキットは、本明細書に記載される1つ以上の方法を実施するためのキットを含む。本明細書に記載の方法の特定の実施形態で用いられる試薬は、上記に示されている。種々の代替のサンプル調製物および多形検出方法または化学を用いてこれらの方法を実施するために有用な試薬は、当業者に明らかである。
【0089】
個々の遺伝子中の多形を検出するためのキットは当該分野で公知であり、そして本発明のキットは、類似の成分を有し得る。しかし、このキットの重要な特徴は、それが、ユーザーに本明細書に開示される少なくとも2(または少なくとも3、4、6、8、10、または15もしくはそれ以上)の遺伝子中の障害関連多形を検出することを許容する試薬を含むことである。
【0090】
1つの実施形態では、このキットは、ストリンジェントな条件下で、遺伝子の1つ(例えば、本明細書で皮膚健康に特に関係があるとして同定された遺伝子の1つ)の障害関連多形とアニールするが、障害非関連多形とはアニールしない複数のオリゴヌクレオチドを含む。これらオリゴヌクレオチドの各々は、オリゴヌクレオチドの取り扱いを容易にするために表面に付着され得る。これらオリゴヌクレオチドは、複数の表面と連結され得るか(例えば、特定の多形に対するオリゴヌクレオチドは、別の多形に対するオリゴヌクレオチドが付着される粒子とは別個の粒子に付着される)、またはそれらは、単一表面の分離した領域に付着され得る(例えば、Affymetrix,Inc.のGENECHIP(TM)デバイス中のような、その上の規定された位置に付着されたオリゴヌクレオチドを有するガラスまたはシリコン表面)。個々のオリゴヌクレオチドと、それに対応する多形との間のアニーリングは、標準的な方法を用いて検出され得る。このキットはまた、分子ビーコンプローブとして、または伸長可能なプライマーとして有用であるオリゴヌクレオチドを含み得る。
【0091】
1つの実施形態では、このキットは、同時係属中の米国特許第6,291,171号中に記載されるようなDNA回収キットまたは装置をさらに備える。有利には、このキットまたは装置を用いて回収されるDNAは貯蔵または記録され、そして従前には未知であった障害関連多形が本明細書に開示される遺伝子中で発見されるような、または従前には認識されなかった多形が実現されるようなさらなる試験に供される。
【0092】
本発明はまた、ヒトが上記に記載のような皮膚保護薬剤を含む栄養製品を消費または適用すべきであることの忠告可能性を評価する方法に関する。この方法は、ヒトの皮膚健康を評価するために本明細書に記載のように実施される。ヒトにおいて、より乏しい皮膚健康が検出される場合(すなわち、本明細書で同定された遺伝子における障害関連多形を有さないヒトに対して)、そのときは、ヒトが上記皮膚保護薬剤を含む栄養製品を消費または適用すべきとより忠告可能である。ヒトにおけるより大きい皮膚健康スコア(すなわち、より乏しい皮膚健康に対応する)は、ヒトがこのような栄養製品を使用すべきであるという増加した忠告可能性と相関し、そしてまたより大きい用量の皮膚薬剤(単数または複数)がこの栄養製品中に含まれるべきであることを示す。
【0093】
当業者によって、その広範な本発明の思想から逸脱することなく上記に記載の実施形態に対して変更がなされ得ることが認識される。
【0094】
本明細書中に引用されるすべての特許、特許出願、および刊行物の開示は、その全体が参考として本明細書によって本明細書中に援用される。本発明は、開示される特定の実施形態に制限されず、そして添付の請求項によって規定されるような本発明の思想および範囲内に改変を含む。

【特許請求の範囲】
【請求項1】
ヒトの皮膚の健康を評価するための方法であって、
a)ミトコンドリアマンガンスーパーオキシドジスムターゼ(MnSOD)をコードする遺伝子;b)細胞質銅/亜鉛スーパーオキシドジスムターゼ(CZSOD)をコードする遺伝子;c)カタラーゼをコードする遺伝子;d)ヒトグルタチオンペルオキシダーゼ(hGPX1)をコードする遺伝子;e)グルタチオンSトランスフェラーゼP1(GSTP1)をコードする遺伝子;f)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子;g)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子;h)腫瘍壊死因子α(TNF−α)をコードする遺伝子;i)NADH/NADPHオキシダーゼp22サブユニット(phox遺伝子)をコードする遺伝子;j)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子;k)シトクロムP450をコードする遺伝子;l)マトリックスメタロプロテイナーゼ1(MMP−1)をコードする遺伝子;およびm)プロフィラグリンをコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも2つの遺伝子において、ヒトゲノムにおける障害関連多形の発生を評価する工程を包含し、それによって任意の障害関連多形の発生が、該ヒトが、そのゲノムが任意の障害関連多形を含まないヒトより乏しい皮膚の健康を有する指標であり、そしてそれによって複数の障害関連多形の発生が、該ヒトが、そのゲノムが任意の障害関連多形を含まないヒトよりなおより乏しい皮膚の健康を有する指標である、方法。
【請求項2】
前記障害関連多形の発生が、少なくとも3つの遺伝子で評価される、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
前記障害関連多形の発生が、少なくとも4つの遺伝子で評価される、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
前記障害関連多形の発生が、少なくとも5つの遺伝子で評価される、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
A)ミトコンドリアMnSODをコードするオープンリーディングフレームにおける多形;B)細胞質CZSODをコードするオープンリーディングフレームにおける多形;C)カタラーゼをコードする遺伝子のプロモーター領域における多形;D)hGPX1をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;E)GSTP1をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;F)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;G)エポキシドヒドロラーゼをコードするオープンリーディングフレームにおける多形;H)TNF−αをコードする遺伝子のプロモーター領域における多形;I)phox遺伝子のオープンリーディングフレームにおける多形;J)酸化窒素合成酵素をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;K)シトクロムP450をコードする遺伝子の5’隣接配列における多形;およびL)MMP−1をコードする遺伝子のプロモーター領域における多形からなる群から選択される少なくとも2つの障害関連多形の発生を評価する工程を包含する、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
i)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9におけるアラニンをコードするコドンの発生として表される多形;ii)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;iii)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるイソロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;iv)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるチミンをコードするコドンの発生として表される多形;v)細胞質CZSODのアミノ酸残基7におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;vi)細胞質CZSODのアミノ酸残基7におけるグルタミン酸をコードするコドンの発生として表される多形;vii)細胞質CZSODのアミノ酸残基6におけるシステインをコードするコドンの発生として表される多形;viii)細胞質CZSODのアミノ酸残基6におけるフェニルアラニンをコードするコドンの発生として表される多形;ix)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262におけるシトシン残基の発生として表される多形;x)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262におけるチミン残基の発生として表される多形;xi)hGPX1のアミノ酸残基198におけるプロリンをコードするコドンの発生として表される多形;xii)hGPX1のアミノ酸残基198におけるロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;xiii)GSTP1のアミノ酸残基105におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;xiv)GSTP1のアミノ酸残基105におけるイソロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;xv)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242におけるシトシン残基の発生として表される多形;xvi)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242におけるチミン残基の発生として表される多形;xvii)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるチミン残基の発生として表される多形;xviii)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるシトシン残基の発生として表される多形;xix)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−238におけるアデニン残基の発生として表される多形;xx)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−308におけるアデニン残基の発生として表される多形;xxi)phox遺伝子のヌクレオチド残基242におけるシトシン残基の発生として表される多形;xxii)phox遺伝子のヌクレオチド残基242におけるチミン残基の発生として表される多形;xxiii)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基5130と5511の間の27ヌクレオチド残基繰り返しの発生として表される多形;xxiv)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基5130と5511の間の27ヌクレオチド残基繰り返しが発生しないとして表される多形;xxv)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290におけるアデニン残基の発生として表される多形(すなわち、CYP3A4シトクロムP450改変体と称される多形);xxvi)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290におけるグアニン残基の発生として表される多形(すなわち、CYP3A4シトクロムP450改変体と称される多形);xxvii)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607における単一のグアニン残基の発生として表される多形;およびxxviii)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607における2つの連続するグアニン残基の発生として表される多形からなる群から選択される第1の多形の発生を評価する工程を包含する、請求項1に記載の方法。
【請求項7】
i)からxxviii)の少なくとも4の障害関連多形のヒトゲノムにおける発生を評価する工程を包含する、請求項6に記載の方法。
【請求項8】
i)からxxviii)の少なくとも6のヒトゲノムにおける発生を評価する工程を包含する、請求項6に記載の方法。
【請求項9】
i)からxxviii)の少なくとも10のヒトゲノムにおける発生を評価する工程を包含する、請求項6に記載の方法。
【請求項10】
i)からxxviii)の少なくとも15のヒトゲノムにおける発生を評価する工程を包含する、請求項6に記載の方法。
【請求項11】
i)からxxviii)の各々のヒトゲノムにおける発生を評価する工程を包含する、請求項6に記載の方法。
【請求項12】
個々の障害関連多形の発生が、ヒトゲノムに由来する核酸を、前記障害関連多形と、対応する障害非関連多形とより高いストリンジェンシーでアニールする第1のヌクレオチドと接触する工程、および該第1のオリゴヌクレオチドの該障害関連および障害非関連多形とのアニーリングを鑑別するに十分なハイブリダイゼーション条件下で、該第1のオリゴヌクレオチドと該核酸とのアニーリングを評価する工程によって評価され、それによって、該第1のオリゴヌクレオチドと該核酸とのアニーリングが、ヒトゲノムが該障害関連多形を含むことの指標である、請求項1に記載の方法。
【請求項13】
前記第1のオリゴヌクレオチドが、支持体に付着されている、請求項12に記載の方法。
【請求項14】
前記支持体が、それに付着した複数の異なる第1のオリゴヌクレオチドを有し、各オリゴヌクレオチドが、障害関連多形と、前記の群から選択される遺伝子の対応する障害非関連多形とより高いストリンジェンーでアニールする、請求項13に記載の方法。
【請求項15】
前記支持体が、それに付着した少なくとも5の、前記障害関連多形と、前記対応する障害非関連多形とより高いストリンジェンシーでアニールする第1のオリゴヌクレオチドを有する、請求項14に記載の方法。
【請求項16】
前記支持体が、それに付着した少なくとも10の、前記障害関連多形と、前記対応する障害非関連多形とより高いストリンジェンシーでアニールする第1のオリゴヌクレオチドを有する、請求項14に記載の方法。
【請求項17】
前記支持体が、それに付着した少なくとも15の、前記障害関連多形と、前記対応する障害非関連多形とより高いストリンジェンシーでアニールする第1のオリゴヌクレオチドを有する、請求項14に記載の方法。
【請求項18】
前記第1のオリゴヌクレオチドが分子ビーコンオリゴヌクレオチドである、請求項12に記載の方法。
【請求項19】
個々の障害関連多形の発生が、前記核酸を、障害非関連多形と、前記障害非関連多形とより高いストリンジェンシーでアニールする第2のオリゴヌクレオチドと接触する工程、および、前記第1のオリゴヌクレオチドの前記障害関連および障害非関連多形とのアニーリングを鑑別するに十分なハイブリダイゼーション条件下での該第2のオリゴヌクレオチドと該核酸とのアニーリングを評価する工程によってさらに評価され、それによって、該第2のオリゴヌクレオチドと該核酸とのアニーリングが、前記ヒトのゲノムが、障害関連多形を含まないことの指標である、請求項12に記載の方法。
【請求項20】
前記第2のオリゴヌクレオチドが、支持体に付着されている、請求項19に記載の方法。
【請求項21】
前記第1および第2のオリゴヌクレオチドが、同じ支持体に付着されている、請求項20に記載の方法。
【請求項22】
前記第2のオリゴヌクレオチドが、分子ビーコンオリゴヌクレオチドである、請求項19に記載の方法。
【請求項23】
前記第1および第2のオリゴヌクレオチドが、スペクトル的に別個の分子ビーコンオリゴヌクレオチドである、請求項22に記載の方法。
【請求項24】
障害関連多形が前記ヒトのゲノムにおいて生じる選択された遺伝子の各々について、定数と相関係数の積を合計することによって皮膚の健康を算出する工程をさらに包含する請求項1に記載の方法であって、ここで、該相関係数が、対応する障害を示すヒトの障害関連多形についてヘテロ接合性またはホモ接合性の割合を表し、それによって該皮膚の健康スコアが、皮膚障害に対する該ヒトの相対的感受性を表す、方法。
【請求項25】
前記の同一の定数が各選択された遺伝子について用いられる、請求項24に記載の方法。
【請求項26】
発生が評価される前記障害関連多形の各々が、単一ヌクレオチド多形(SNP)である、請求項1に記載の方法。
【請求項27】
SNPの発生が、前記ヒトのゲノム由来の核酸を、該SNPに隣接する領域にその3’側で相補的であるプライマーとアニールする工程、該プライマーを、該プライマーに該SNPに相補的なヌクレオチド残基を付加するためにポリメラーゼを用いて伸長する工程、および該SNPに相補的なヌクレオチド残基の同一性を検出する工程によって評価される、請求項1に記載の方法。
【請求項28】
前記ヌクレオチド残基が、伸長不能な残基である、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
ヒトが皮膚障害を発症する可能性を評価する方法であって、a)ミトコンドリアMnSODをコードする遺伝子;b)細胞質CZSODをコードする遺伝子;c)カタラーゼをコードする遺伝子;d)hGPX1をコードする遺伝子;e)GSTP1をコードする遺伝子;f)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子;g)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子;h)TNF−αをコードする遺伝子;i)phox遺伝子;j)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子;k)シトクロムP450をコードする遺伝子;l)MMP−1をコードする遺伝子;およびm)プロフィラグリンをコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも2つの遺伝子において、ヒトゲノムにおける障害関連多形の発生を評価する工程を包含し、それによって任意の障害関連多形の発生が、該ヒトが、そのゲノムが該障害関連多形を含まないヒトより該皮膚障害により感受性である指標であり、そしてそれによって複数の障害関連多形の発生が、該ヒトが、そのゲノムが該障害関連多形を含まないヒトより該皮膚疾患に対してなおより感受性であることの指標である、方法。
【請求項30】
A)ミトコンドリアMnSODをコードするオープンリーディングフレームにおける多形;B)細胞質CZSODをコードするオープンリーディングフレームにおける多形;C)カタラーゼをコードする遺伝子のプロモーター領域における多形;D)hGPX1をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;E)GSTP1をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;F)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードするオープンリーディングフレームにおける多形;G)エポキシドヒドロラーゼをコードするオープンリーディングフレームにおける多形;H)TNF−αをコードする遺伝子のプロモーター領域における多形;I)phox遺伝子のオープンリーディングフレームにおける多形;J)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のオープンリーディングフレームにおける多形;K)シトクロムP450をコードする遺伝子の5’隣接配列における多形;およびL)MMP−1をコードする遺伝子のプロモーター領域における多形からなる群から選択される少なくとも2つの障害関連多形の発生を評価する工程を包含する、請求項29に記載の方法。
【請求項31】
i)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9におけるアラニンをコードするコドンの発生として表される多形;ii)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;iii)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるイソロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;iv)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるチミンをコードするコドンの発生として表される多形;v)細胞質CZSODのアミノ酸7におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;vi)細胞質CZSODのアミノ酸7におけるグルタミン酸をコードするコドンの発生として表される多形;vii)細胞質CZSODのアミノ酸6におけるシステインをコードするコドンの発生として表される多形;viii)細胞質CZSODのアミノ酸6におけるフェニルアラニンをコードするコドンの発生として表される多形;ix)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262におけるシトシン残基の発生として表される多形;x)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262におけるチミン残基の発生として表される多形;xi)hGPX1のアミノ酸残基198におけるプロリンをコードするコドンの発生として表される多形;xii)hGPX1のアミノ酸残基198におけるロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;xiii)GSTP1のアミノ酸残基105におけるバリンをコードするコドンの発生として表される多形;xiv)GSTP1のアミノ酸残基105におけるイソロイシンをコードするコドンの発生として表される多形;xv)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242におけるシトシン残基の発生として表される多形;xvi)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242におけるチミン残基の発生として表される多形;xvii)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるチミン残基の発生として表される多形;xviii)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるシトシン残基の発生として表される多形;xix)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−238におけるアデニン残基の発生として表される多形;xx)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−308におけるアデニン残基の発生として表される多形;xxi)phox遺伝子のヌクレオチド残基242におけるシトシン残基の発生として表される多形;xxii)phox遺伝子のヌクレオチド残基242におけるチミン残基の発生として表される多形;xxiii)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基5130と5511の間の27ヌクレオチド残基の発生として表される多形;xxiv)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基5130と5511の間の27ヌクレオチド残基繰り返しの発生として表される多形;xxv)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290におけるアデニン残基の発生として表される多形;xxvi)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290におけるグアニン残基の発生として表される多形;xxvii)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607を含む部位における単一のグアニン残基の発生として表される多形;およびxxviii)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607における2つの連続するグアニン残基の発生として表される多形からなる群から選択される第1の多形の発生を評価する工程を包含する、請求項29に記載の方法。
【請求項32】
ヒトへの投与のための皮膚を保護する組成物の用量を選択するための方法であって、a)ミトコンドリアMnSODをコードする遺伝子;b)細胞質CZSODをコードする遺伝子;c)カタラーゼをコードする遺伝子;d)hGPX1をコードする遺伝子;e)GSTP1をコードする遺伝子;f)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子;g)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子;h)TNF−αをコードする遺伝子;i)phox遺伝子;j)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子;k)シトクロムP450をコードする遺伝子;l)MMP−1をコードする遺伝子;およびm)プロフィラグリンをコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも2つの遺伝子において、ヒトゲノムにおける障害関連多形の発生を評価する工程であって、それによって任意の障害関連多形の発生が、該組成物のより大きな用量が該ヒトに投与されるべきことの指標である工程;および該障害関連多形の発生を基に該組成物の用量を選択する工程、を包含する、方法。
【請求項33】
皮膚障害に対するヒトの相対的感受性を評価するためのキットであって、a)ミトコンドリアMnSODをコードする遺伝子;b)細胞質CZSODをコードする遺伝子;c)カタラーゼをコードする遺伝子;d)hGPX1をコードする遺伝子;e)GSTP1をコードする遺伝子;f)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子;g)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子;h)TNF−αをコードする遺伝子;i)phox遺伝子;j)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子;k)シトクロムP450をコードする遺伝子;l)MMP−1をコードする遺伝子;およびm)プロフィラグリンをコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも2つの遺伝子において、ヒトゲノムにおける障害関連多形の発生を評価するための試薬を含む、キット。
【請求項34】
前記試薬が、前記障害関連多形と、対応する障害非関連多形とより高いストリンジェンシーでアニールする第1のオリゴヌクレオチドを含む、請求項33に記載のキット。
【請求項35】
前記第1のオリゴヌクレオチドの各々が、支持体に付着されている、請求項34に記載のキット。
【請求項36】
前記第1のオリゴヌクレオチドの各々が、同じ支持体に付着されている、請求項35に記載のキット。
【請求項37】
前記第1のオリゴヌクレオチドの各々が、異なる支持体に付着されている、請求項35に記載のキット。
【請求項38】
前記第1のオリゴヌクレオチドが、分子ビーコンオリゴヌクレオチドである、請求項34に記載のキット。
【請求項39】
前記キットが、障害非関連多形と、対応する障害関連多形とより高いストリンジェンシーでアニールする第2のオリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項34に記載のキット。
【請求項40】
前記第1および第2のオリゴヌクレオチドが、スペクトル的に別個の分子ビーコンオリゴヌクレオチド対である、請求項39に記載のキット。
【請求項41】
前記試薬が、前記疾患関連多形の特徴的残基に隣接する領域に相補的であるプライマーを、少なくとも該特徴的残基を増幅するために含む、請求項33に記載のキット。
【請求項42】
前記特徴的残基に相補的なヌクレオチド残基を添加することにより前記プライマーを伸長し得るポリメラーゼをさらに含む、請求項41に記載のキット。
【請求項43】
伸長不能なヌクレオチド残基をさらに含む、請求項42に記載のキット。
【請求項44】
定数および相関係数の積を表す数値を含む指示書材料をさらに含む請求項33に記載のキットであって、該相関係数が、前記対応する障害を示すヒトの障害関連多形についてヘテロ接合性またはホモ接合性の割合を表す、キット。
【請求項45】
同一の前記定数が、各選択された遺伝子について用いられる、請求項44に記載のキット。
【請求項46】
ヒトゲノムにおける、I)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基9におけるアラニン残基からバリン残基への変化として表される多形;II)ミトコンドリアMnSODのアミノ酸残基58におけるイソロイシン残基からチミン残基への変化として表される多形;III)細胞質CZSODのアミノ酸7におけるバリン残基からグルタミン酸残基への変化として表される多形;IV)細胞質CZSODのアミノ酸6におけるシステイン残基からフェニルアラニン残基への変化として表される多形;V)カタラーゼ遺伝子のヌクレオチド残基−262におけるシトシン残基からチミン残基への変化として表される多形;VI)グルタチオンペルオキシダーゼのアミノ酸残基198におけるプロリン残基のロイシン残基への変化として表される多形;VII)グルタチオンS−トランスフェラーゼP1のアミノ酸残基105におけるバリン残基のイソロイシン残基への変化として表される、GSTP7遺伝子における多形;VIII)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基242におけるシトシン残基からチミン残基の変化として表される多形;IX)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子のエキソン3におけるヌクレオチド残基113におけるチミン残基からシトシン残基への変化として表される多形;X)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−238におけるアデニン残基への変化として表される多形;XI)TNF−αをコードする遺伝子のヌクレオチド残基−308におけるアデニン残基への変化として表される多形;XII)phox遺伝子のヌクレオチド残基242におけるシトシン残基からチミン残基への変化として表される多形;XIII)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子のヌクレオチド残基5130と5511の間の27ヌクレオチド残基繰り返しとして表される多形;XIV)シトクロムP450をコードする遺伝子のヌクレオチド残基−290におけるアデニン残基からグアニン残基の変化として表される多形;およびXV)MMP−1をコードするヒト遺伝子のヌクレオチド残基−1607を含む部位における2つの連続するグアニン残基の発生として表される多形からなる群から選択される少なくとも2つの多形の発生を評価するための試薬を含む、請求項33に記載のキット。
【請求項47】
ヒトが、皮膚の保護薬剤を含む栄養製品を採用すべきであることの適否を評価するための方法であって、a)ミトコンドリアMnSODをコードする遺伝子;b)細胞質CZSODをコードする遺伝子;c)カタラーゼをコードする遺伝子;d)hGPX1をコードする遺伝子;e)GSTP1をコードする遺伝子;f)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子;g)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子;h)TNF−αをコードする遺伝子;i)phox遺伝子;j)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子;k)シトクロムP450をコードする遺伝子;l)MMP−1をコードする遺伝子;およびm)プロフィラグリンをコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも2つの遺伝子において、ヒトゲノムにおける障害関連多形の発生を評価する工程を包含し、それによって任意の障害関連多形の発生が、該ヒトが、そのゲノムが該障害関連多形を含まないヒトより該栄養製品を採用するより得策である指標であり、そしてそれによって複数の障害関連多形の発生が、該ヒトが、そのゲノムが該障害関連多形を含まないヒトより該栄養製品を採用すべきであることがなおより得策であることの指標である、方法。
【請求項48】
栄養製品においてヒトへの投与のための皮膚の保護薬剤の用量を選択する方法であって、a)ミトコンドリアMnSODをコードする遺伝子;b)細胞質CZSODをコードする遺伝子;c)カタラーゼをコードする遺伝子;d)hGPX1をコードする遺伝子;e)GSTP1をコードする遺伝子;f)NAD(P)H:キノン酸化還元酵素をコードする遺伝子;g)エポキシドヒドロラーゼをコードする遺伝子;h)TNF−αをコードする遺伝子;i)phox遺伝子;j)酸化窒素合成酵素をコードする遺伝子;k)シトクロムP450をコードする遺伝子;l)MMP−1をコードする遺伝子;およびm)プロフィラグリンをコードする遺伝子からなる群から選択される少なくとも2つの遺伝子において、ヒトゲノムにおける障害関連多形の発生を評価する工程を包含し、それによって任意の障害関連多形の発生が、より多い用量の該薬剤が該栄養製品中で該ヒトに投与されるべきであることの指標である工程;および該障害関連多形の発生を基に該栄養製品のための該薬剤の用量を選択する工程を包含する、方法。

【図1A】
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【図1B】
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【公開番号】特開2010−263906(P2010−263906A)
【公開日】平成22年11月25日(2010.11.25)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2010−155397(P2010−155397)
【出願日】平成22年7月8日(2010.7.8)
【分割の表示】特願2004−538253(P2004−538253)の分割
【原出願日】平成15年9月19日(2003.9.19)
【出願人】(599005859)ジェネリンク インコーポレイテッド (2)
【Fターム(参考)】