本開示は、ポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞に関し、ここで、当該ポリペプチドは当該細胞にセロデキストリンを輸送する。本開示は、セロデキストリンを含んでいる培地における細胞の成長を促進させる方法、セルロースから得られた糖およびヘミセルロースから得られた糖を共発酵させる方法、ならびにポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備することによって、炭化水素または炭化水素の誘導体を製造する方法にさらに関し、ここで、当該ポリペプチドは当該細胞にセロデキストリンを輸送する。本開示は、ポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞、細胞へのペントースの輸送を促進させる方法、ペントース糖を含んでいる培地における細胞の成長を向上させる方法、およびポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備することによって、炭化水素または炭化水素の誘導体を製造する方法に関し、ここで、当該ポリペプチドは当該細胞にペントースを輸送する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞へのセロデキストリンの輸送を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス１は配列番号１を含んでおり、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞へのセロデキストリンの促進された輸送をもたらす、方法。
【請求項２】
細胞へのセロデキストリンの輸送を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス２は配列番号２を含んでおり、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞へのセロデキストリンの促進された輸送をもたらす、方法。
【請求項３】
細胞へのセロデキストリンの輸送を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス２および膜貫通型のα−ヘリックス３を接続しているループは配列番号３を含んでおり、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞へのセロデキストリンの促進された輸送をもたらす、方法。
【請求項４】
細胞へのセロデキストリンの輸送を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス５は配列番号４を含んでおり、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞へのセロデキストリンの促進された輸送をもたらす、方法。
【請求項５】
細胞へのセロデキストリンの輸送を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス６は配列番号５を含んでおり、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞へのセロデキストリンの促進された輸送をもたらす、方法。
【請求項６】
細胞へのセロデキストリンの輸送を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス６および膜貫通型のα−ヘリックス７の間にある領域は配列番号６を含んでおり、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞へのセロデキストリンの促進された輸送をもたらす、方法。
【請求項７】
細胞へのセロデキストリンの輸送を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス７は配列番号７を含んでおり、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞へのセロデキストリンの促進された輸送をもたらす、方法。
【請求項８】
細胞へのセロデキストリンの輸送を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１およびこれらの間にある配列は、配列番号８を含んでおり、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞へのセロデキストリンの促進された輸送をもたらす、方法。
【請求項９】
上記ポリペプチドは、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％または少なくとも１００％の、ＮＣＵ００８０１またはＮＣＵ０８１１４に対するアミノ酸同一性を有している、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
上記宿主細胞は、β−グルコシダーゼの触媒作用ドメインを少なくともコードしている第２の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
上記β−グルコシダーゼはNeurospora crassaに由来する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
上記β−グルコシダーゼはＮＣＵ００１３０によってコードされている、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
上記宿主細胞は、ペントース利用に関与する１つ以上の酵素をコードしている１つ以上の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
１つ以上の上記酵素は、Ｌ−アラビノースイソメラーゼ、Ｌ−リブロキナーゼ、Ｌ−リブロース−５−Ｐ ４ エピメラーゼ、キシロースイソメラーゼ、キシルロキナーゼ、アルドースリダクターゼ、Ｌ−アラビニトール ４−デヒドロゲナーゼ、Ｌ−キシルロースリダクターゼ、およびキシトールデヒドロゲナーゼからなる群のうちの１つ以上から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
上記細胞は、ペントーストランスポータをコードしている第３の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
上記ペントーストランスポータは、ＮＣＵ００８２１、ＮＣＵ０４９６３、ＮＣＵ０６１３８、ＳＴＬ１２／ＸＵＴ６、ＳＵＴ２、ＳＵＴ３、ＸＵＴ１、およびＸＵＴ３からなる群から選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
細胞の成長を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス１は配列番号１を含んでおり、上記ポリペプチドはセロデキストリントランスポータであり、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項１８】
細胞の成長を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス２は配列番号２を含んでおり、上記ポリペプチドはセロデキストリントランスポータであり、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項１９】
細胞の成長を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス２および膜貫通型のα−ヘリックス３を接続しているループは配列番号３を含んでおり、上記ポリペプチドはセロデキストリントランスポータであり、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項２０】
細胞の成長を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス５は配列番号４を含んでおり、上記ポリペプチドはセロデキストリントランスポータであり、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項２１】
細胞の成長を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス６は配列番号５を含んでおり、上記ポリペプチドはセロデキストリントランスポータであり、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項２２】
細胞の成長を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス６および膜貫通型のα−ヘリックス７の間にある領域は配列番号６を含んでおり、上記ポリペプチドはセロデキストリントランスポータであり、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項２３】
細胞の成長を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス７は配列番号７を含んでおり、上記ポリペプチドはセロデキストリントランスポータであり、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項２４】
細胞の成長を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるような培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１およびこれらの間にある配列は、配列番号８を含んでおり、上記ポリペプチドはセロデキストリントランスポータであり、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項２５】
上記ポリペプチドは、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％または少なくとも１００％の、ＮＣＵ００８０１またはＮＣＵ０８１１４に対するアミノ酸同一性を有している、請求項１７〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
上記宿主細胞は、β−グルコシダーゼの触媒作用ドメインを少なくともコードしている外因性または第２の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項１７〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
上記β−グルコシダーゼはNeurospora crassaに由来する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
上記β−グルコシダーゼはＮＣＵ００１３０によってコードされている、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
セルロース由来の糖およびヘミセルロース由来の糖を共発酵させる方法であって、
セロデキストリントランスポータをコードしている第１の組換えポリヌクレオチドおよびβ−グルコシダーゼの触媒作用ドメインをコードしている第２の組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
セルロース由来の糖およびヘミセルロース由来の糖を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
２つの上記組換えポリヌクレオチドの発現がセルロース由来の糖およびヘミセルロース由来の糖の共発酵を可能にする、方法。
【請求項３０】
上記第１の組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス１は配列番号１を含んでいる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
上記第１の組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス２は配列番号２を含んでいる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
上記第１の組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス２および膜貫通型のα−ヘリックス３を接続しているループは配列番号３を含んでいる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
上記第１の組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス５は配列番号４を含んでいる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３４】
上記第１の組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス６は配列番号５を含んでいる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３５】
上記第１の組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス６および膜貫通型のα−ヘリックス７の間にある領域は配列番号６を含んでいる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３６】
上記第１の組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス７は配列番号７を含んでいる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３７】
上記第１の組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１およびこれらの間にある配列は、配列番号８を含んでいる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３８】
上記ポリペプチドは、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％または少なくとも１００％の、ＮＣＵ００８０１またはＮＣＵ０８１１４に対するアミノ酸同一性を有している、請求項３０〜３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
上記β−グルコシダーゼはNeurospora crassaに由来する、請求項２９〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
上記β−グルコシダーゼはＮＣＵ００１３０によってコードされている、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
上記宿主細胞は、ペントース利用に関与する１つ以上の酵素をコードしている１つ以上の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項２９〜４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
１つ以上の上記酵素は、Ｌ−アラビノースイソメラーゼ、Ｌ−リブロキナーゼ、Ｌ−リブロース−５−Ｐ ４ エピメラーゼ、キシロースイソメラーゼ、キシルロキナーゼ、アルドースリダクターゼ、Ｌ−アラビニトール ４−デヒドロゲナーゼ、Ｌ−キシルロースリダクターゼ、およびキシトールデヒドロゲナーゼからなる群のうちの１つ以上から選択される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
上記宿主細胞は、ペントーストランスポータをコードしている第３の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項２９〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
上記ペントーストランスポータは、ＮＣＵ００８２１、ＮＣＵ０４９６３、ＮＣＵ０６１３８、ＳＴＬ１２／ＸＵＴ６、ＳＵＴ２、ＳＵＴ３、ＸＵＴ１、およびＸＵＴ３からなる群から選択される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
セルロース由来の上記糖は、セロビオース、セロトリオースおよびセロテトラオースからなる群から選択され、ヘミセルロース由来の上記糖はキシロースである、請求項２９〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、セロデキストリンまたはセロデキストリン源を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス１は配列番号１を含んでおり、上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために上記宿主細胞にセロデキストリンを輸送し、
上記宿主細胞へのセロデキストリン輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項４７】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、セロデキストリンまたはセロデキストリン源を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス２は配列番号２を含んでおり、上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために上記宿主細胞にセロデキストリンを輸送し、
上記宿主細胞へのセロデキストリン輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項４８】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、セロデキストリンまたはセロデキストリン源を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス２および膜貫通型のα−ヘリックス３を接続しているループは配列番号３を含んでおり、上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために上記宿主細胞にセロデキストリンを輸送し、
上記宿主細胞へのセロデキストリン輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項４９】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、セロデキストリンまたはセロデキストリン源を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス５は配列番号４を含んでおり、上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために上記宿主細胞にセロデキストリンを輸送し、
上記宿主細胞へのセロデキストリン輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項５０】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、セロデキストリンまたはセロデキストリン源を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス６は配列番号５を含んでおり、上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために上記宿主細胞にセロデキストリンを輸送し、
上記宿主細胞へのセロデキストリン輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項５１】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、セロデキストリンまたはセロデキストリン源を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス６および膜貫通型のα−ヘリックス７の間にある領域は配列番号６を含んでおり、上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために上記宿主細胞にセロデキストリンを輸送し、
上記宿主細胞へのセロデキストリン輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項５２】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、セロデキストリンまたはセロデキストリン源を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス７は配列番号７を含んでおり、上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために上記宿主細胞にセロデキストリンを輸送し、
上記宿主細胞へのセロデキストリン輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項５３】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；および
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、セロデキストリンまたはセロデキストリン源を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドは、膜貫通型のα−ヘリックス１、膜貫通型のα−ヘリックス２、膜貫通型のα−ヘリックス３、膜貫通型のα−ヘリックス４、膜貫通型のα−ヘリックス５、膜貫通型のα−ヘリックス６、膜貫通型のα−ヘリックス７、膜貫通型のα−ヘリックス８、膜貫通型のα−ヘリックス９、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１、膜貫通型のα−ヘリックス１２を含んでいるポリペプチドをコードしており、膜貫通型のα−ヘリックス１０、膜貫通型のα−ヘリックス１１およびこれらの間にある配列は、配列番号８を含んでおり、上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために上記宿主細胞にセロデキストリンを輸送し、
上記宿主細胞へのセロデキストリン輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項５４】
上記ポリペプチドは、少なくとも２９％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％または少なくとも１００％の、ＮＣＵ００８０１またはＮＣＵ０８１１４に対するアミノ酸同一性を有している、請求項４６〜５３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
上記宿主細胞は、β−グルコシダーゼの触媒作用ドメインを少なくともコードしている第２の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項４６〜５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
上記β−グルコシダーゼはNeurospora crassaに由来する、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
上記β−グルコシダーゼはＮＣＵ００１３０によってコードされている、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
上記セロデキストリン源はセルロースを含んでいる、請求項４６〜５７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５９】
上記炭化水素または炭化水素の誘導体は燃料として使用され得る、請求項４６〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
上記炭化水素または炭化水素の誘導体はエタノールを含んでいる、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
上記炭化水素または炭化水素の誘導体はブタノールを含んでいる、請求項５９に記載の方法。
【請求項６２】
上記培地は、改変された生物から得られた、セルラーゼ含有の酵素混合物を含んでおり、セルラーゼ含有の上記酵素混合物は、改変されていない生物から得られた、セルラーゼ含有の酵素混合物と比べて、低下したβ−グルコシダーゼ活性を有している、請求項１〜６１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６３】
上記宿主細胞は、Saccharomyces sp.、Saccharomyces cerevisiae、Saccharomyces monacensis、Saccharomyces bayanus、Saccharomyces pastorianus、Saccharomyces carlsbergensis、Saccharomyces pombe、Kluyveromyces sp.、Kluyveromyces marxiamus、Kluyveromyces lactis、Kluyveromyces fragilis、Pichia stipitis、Sporotrichum thermophile、Candida shehatae、Candida tropicalis、Neurospora crassa、Zymomonas mobilis、Clostridium sp.、Clostridium phytofermentans、Clostridium thermocellum、Clostridium beijerinckii、Clostridium acetobutylicum、Moorella thermoacetica、Escherichia coli、Klebsiella oxytoca、Thermoanaerobacterium saccharolyticum、およびBacillus subtilisからなる群から選択される、請求項１〜６２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６４】
上記セロデキストリンは、セロビオース、セロトリオースおよびセロテトラオースからなる群のうちの１つ以上から選択される、請求項１〜６３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞であって、上記組換えポリヌクレオチドは、ＮＣＵ００８２１およびＳＴＬ１２／ＸＵＴ６からなる群から選択されるポリペプチドをコードしており、当該ポリペプチドは上記宿主細胞にキシロースを輸送する、宿主細胞。
【請求項６６】
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞であって、上記組換えポリヌクレオチドはＸＵＴ１であるポリペプチドをコードしており、上記ポリペプチドは上記宿主細胞にアラビノースを輸送する、宿主細胞。
【請求項６７】
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞であって、上記組換えポリヌクレオチドはＮＣＵ０６１３８であるポリペプチドをコードしており、上記ポリペプチドは上記宿主細胞にアラビノースおよびグルコースを輸送する、宿主細胞。
【請求項６８】
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞であって、上記組換えポリヌクレオチドは、ＳＵＴ２、ＳＵＴ３およびＸＵＴ３からなる群から選択されるポリペプチドをコードしており、上記ポリペプチドは上記宿主細胞にキシロースおよびグルコースを輸送する、宿主細胞。
【請求項６９】
組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞であって、上記組換えポリヌクレオチドはＮＣＵ０４９６３であるポリペプチドをコードしており、上記ポリペプチドは上記宿主細胞にキシロース、アラビノースおよびグルコースを輸送する、宿主細胞。
【請求項７０】
ペントース利用に関与する１つ以上の酵素をコードしている１つ以上の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項６５〜６９に記載の宿主細胞。
【請求項７１】
１つ以上の上記酵素は、Ｌ−アラビノースイソメラーゼ、Ｌ−リブロキナーゼ、Ｌ−リブロース−５−Ｐ ４ エピメラーゼ、キシロースイソメラーゼ、キシルロキナーゼ、アルドースリダクターゼ、Ｌ−アラビニトール ４−デヒドロゲナーゼ、Ｌ−キシルロースリダクターゼ、およびキシトールデヒドロゲナーゼからなる群のうちの１つ以上から選択される、請求項７０に記載の宿主細胞。
【請求項７２】
Saccharomyces sp.、Saccharomyces cerevisiae、Saccharomyces monacensis、Saccharomyces bayanus、Saccharomyces pastorianus、Saccharomyces carlsbergensis、Saccharomyces pombe、Kluyveromyces sp.、Kluyveromyces marxiamus、Kluyveromyces lactis、Kluyveromyces fragilis、Pichia stipitis、Sporotrichum thermophile、Candida shehatae、Candida tropicalis、Neurospora crassa、Zymomonas mobilis、Clostridium sp.、Clostridium phytofermentans、Clostridium thermocellum、Clostridium beijerinckii、Clostridium acetobutylicum、Moorella thermoacetica、Escherichia coli、Klebsiella oxytoca、Thermoanaerobacterium saccharolyticum、およびBacillus subtilisからなる群から選択される、請求項６５〜７１に記載の宿主細胞。
【請求項７３】
細胞へのキシロースの輸送を促進させる方法であって、
ＮＣＵ００８２１およびＳＴＬ１２／ＸＵＴ６からなる群から選択されるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるように上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞への促進されたキシロースの輸送をもたらす、方法。
【請求項７４】
細胞へのアラビノースの輸送を促進させる方法であって、
ＸＵＴ１であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるように上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞への促進されたアラビノースの輸送をもたらす、方法。
【請求項７５】
細胞へのアラビノースまたはグルコースの輸送を促進させる方法であって、
ＮＣＵ０６１３８であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるように上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞への促進されたアラビノースまたはグルコースの輸送をもたらす、方法。
【請求項７６】
細胞へのキシロースまたはグルコースの輸送を促進させる方法であって、
ＮＣＵ０４９６３であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるように上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞への促進されたキシロースまたはグルコースの輸送をもたらす、方法。
【請求項７７】
細胞へのキシロース、アラビノースまたはグルコースの輸送を促進させる方法であって、
ＮＣＵ０４９６３であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；
上記組換えポリヌクレオチドが発現されるように上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記組換えポリヌクレオチドの発現は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記宿主細胞への促進されたキシロース、アラビノースまたはグルコースの輸送をもたらす、方法。
【請求項７８】
ペントース利用に関与する１つ以上の酵素をコードしている１つ以上の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項７３〜７７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７９】
１つ以上の上記酵素は、Ｌ−アラビノースイソメラーゼ、Ｌ−リブロキナーゼ、Ｌ−リブロース−５−Ｐ ４ エピメラーゼ、キシロースイソメラーゼ、キシルロキナーゼ、アルドースリダクターゼ、Ｌ−アラビニトール ４−デヒドロゲナーゼ、Ｌ−キシルロースリダクターゼ、およびキシトールデヒドロゲナーゼからなる群のうちの１つ以上から選択される、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
細胞の成長を促進させる方法であって、
キシロースを輸送するポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
キシロースを含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記ポリペプチドは、ＮＣＵ００８２１およびＳＴＬ１２／ＸＵＴ６からなる群から選択され、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項８１】
細胞の成長を促進させる方法であって、
アラビノースを輸送するＸＵＴ１であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
アラビノースを含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項８２】
細胞の成長を促進させる方法であって、
アラビノースおよびグルコースを輸送するＮＣＵ０６１３８であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
アラビノースまたはグルコースを含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項８３】
細胞の成長を促進させる方法であって、
キシロースおよびグルコースを輸送するポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
キシロースまたはグルコースを含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記ポリペプチドは、ＳＵＴ２、ＳＵＴ３およびＸＵＴ３からなる群から選択され、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項８４】
細胞の成長を促進させる方法であって、
キシロース、アラビノースおよびグルコースを輸送するＮＣＵ０４９６３であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
キシロース、アラビノースまたはグルコースを含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記宿主細胞は、当該組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項８５】
上記宿主細胞は、ペントース利用に関与する１つ以上の酵素をコードしている１つ以上の組換えポリヌクレオチドをさらに含んでいる、請求項８０〜８４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８６】
１つ以上の上記酵素は、Ｌ−アラビノースイソメラーゼ、Ｌ−リブロキナーゼ、Ｌ−リブロース−５−Ｐ ４ エピメラーゼ、キシロースイソメラーゼ、キシルロキナーゼ、アルドースリダクターゼ、Ｌ−アラビニトール ４−デヒドロゲナーゼ、Ｌ−キシルロースリダクターゼ、およびキシトールデヒドロゲナーゼからなる群のうちの１つ以上から選択される、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
ＮＣＵ００８２１およびＳＴＬ１２／ＸＵＴ６からなる群から選択されるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、キシロースまたはキシロース源を含んでいる培地において上記宿主を培養することを包含しており、
上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために宿主細胞にキシロースを輸送し、
上記宿主細胞へのキシロースの輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項８８】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
ＸＵＴ１であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、アラビノースまたはアラビノース源を含んでいる培地において上記宿主を培養することを包含しており、
上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために宿主細胞にアラビノースを輸送し、
上記宿主細胞へのアラビノースの輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項８９】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
ＮＣＵ０６１３８であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、アラビノースもしくはキシロースの源、アラビノースまたはグルコースを含んでいる培地において上記宿主を培養することを包含しており、
上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために宿主細胞にキシロースまたはグルコースを輸送し、
上記宿主細胞へのアラビノースまたはグルコースの輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項９０】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
ＳＵＴ２、ＳＵＴ３およびＸＵＴ３からなる群から選択されるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、キシロースもしくはグルコースの源、キシロースまたはグルコースを含んでいる培地において上記宿主を培養することを包含しており、
上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために宿主細胞にキシロースまたはグルコースを輸送し、
上記宿主細胞へのキシロースまたはグルコースの輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項９１】
宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させる方法であって、
ＮＣＵポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
上記宿主細胞による炭化水素または炭化水素の誘導体の合成を促進させるために、キシロース、アラビノースもしくはグルコースの源、キシロース、アラビノースまたはグルコースを含んでいる培地において上記宿主を培養することを包含しており、
上記ポリペプチドは、炭化水素または炭化水素の誘導体の合成のために宿主細胞にキシロース、アラビノースまたはグルコースを輸送し、
上記宿主細胞へのキシロース、アラビノースまたはグルコースの輸送は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、方法。
【請求項９２】
グルコースの上記源はセルロースを含んでいる、請求項８９〜９１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９３】
キシロースまたはアラビノースの上記源はヘミセルロースを含んでいる、請求項８７〜９２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９４】
上記炭化水素または炭化水素の誘導体は燃料として使用され得る、請求項８７〜９３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９５】
上記炭化水素または炭化水素の誘導体はエタノールを含んでいる、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
上記炭化水素または炭化水素の誘導体はブタノールを含んでいる、請求項８１に記載の方法。
【請求項９７】
上記宿主細胞は、Saccharomyces sp.、Saccharomyces cerevisiae、Saccharomyces monacensis、Saccharomyces bayanus、Saccharomyces pastorianus、Saccharomyces carlsbergensis、Saccharomyces pombe、Kluyveromyces sp.、Kluyveromyces marxiamus、Kluyveromyces lactis、Kluyveromyces fragilis、Pichia stipitis、Sporotrichum thermophile、Candida shehatae、Candida tropicalis、Neurospora crassa、Zymomonas mobilis、Clostridium sp.、Clostridium phytofermentans、Clostridium thermocellum、Clostridium beijerinckii、Clostridium acetobutylicum、Moorella thermoacetica、Escherichia coli、Klebsiella oxytoca、Thermoanaerobacterium saccharolyticum、およびBacillus subtilisからなる群から選択される、請求項７３〜９５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９８】
細胞の成長を促進させる方法であって、
ＮＣＵ０７７０５であるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる細胞を準備すること；および
グルコースを含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記宿主細胞は、上記組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項９９】
上記宿主細胞は、Saccharomyces sp.、Saccharomyces cerevisiae、Saccharomyces monacensis、Saccharomyces bayanus、Saccharomyces pastorianus、Saccharomyces carlsbergensis、Saccharomyces pombe、Kluyveromyces sp.、Kluyveromyces marxiamus、Kluyveromyces lactis、Kluyveromyces fragilis、Pichia stipitis、Sporotrichum thermophile、Candida shehatae、Candida tropicalis、Neurospora crassa、Zymomonas mobilis、Clostridium sp.、Clostridium phytofermentans、Clostridium thermocellum、Clostridium beijerinckii、Clostridium acetobutylicum、Moorella thermoacetica、Escherichia coli、Klebsiella oxytoca、Thermoanaerobacterium saccharolyticum、およびBacillus subtilisからなる群から選択される、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
上記宿主細胞は、上記組換えポリヌクレオチドと作動可能に連結されている誘導性のプロモータをさらに含んでいる、請求項９８に記載の方法。
【請求項１０１】
セルラーゼの発現は、上記組換えポリヌクレオチドの発現によって上記宿主細胞において促進されている、請求項９８に記載の方法。
【請求項１０２】
バイオマス重合体に基づく細胞の成長を促進させる方法であって、
ＮＣＵ０５１７３であるポリペプチドをコードしている外因性のポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；
上記外因性のポリヌクレオチドの発現を抑制すること；および
上記バイオマス重合体を含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記宿主細胞は、上記外因性のポリヌクレオチドの発現が抑制されていない細胞と比べて、上記培地においてより早く成長する、方法。
【請求項１０３】
上記宿主細胞は、Saccharomyces sp.、Saccharomyces cerevisiae、Saccharomyces monacensis、Saccharomyces bayanus、Saccharomyces pastorianus、Saccharomyces carlsbergensis、Saccharomyces pombe、Kluyveromyces sp.、Kluyveromyces marxiamus、Kluyveromyces lactis、Kluyveromyces fragilis、Pichia stipitis、Sporotrichum thermophile、Candida shehatae、Candida tropicalis、Neurospora crassa、Zymomonas mobilis、Clostridium sp.、Clostridium phytofermentans、Clostridium thermocellum、Clostridium beijerinckii、Clostridium acetobutylicum、Moorella thermoacetica、Escherichia coli、Klebsiella oxytoca、Thermoanaerobacterium saccharolyticum、およびBacillus subtilisからなる群から選択される、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
上記宿主細胞のセルラーゼ活性は上記外因性のポリヌクレオチドの発現を抑制することによって促進される、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０５】
上記宿主細胞のヘミセルラーゼ活性は上記外因性のポリヌクレオチドの発現を抑制することによって促進される、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０６】
上記外因性のポリヌクレオチドの発現を抑制することは、外因性の当該ポリヌクレオチドを含んでいる遺伝子を変異させること、または当該遺伝子を欠失させることを包含している、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０７】
上記バイオマス重合体はセルロースである、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０８】
上記バイオマス重合体はヘミセルロースである、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０９】
細胞の成長を促進させる方法であって、
ＮＣＵ０１５１７、ＮＣＵ０９１３３およびＮＣＵ１００４０からなる群から選択されるポリペプチドをコードしている組換えポリヌクレオチドを含んでいる宿主細胞を準備すること；ならびに
ヘミセルロースを含んでいる培地において上記宿主細胞を培養することを包含しており、
上記宿主細胞は、上記組換えポリヌクレオチドを含んでいない細胞と比べて、より早く成長する、方法。
【請求項１１０】
上記宿主細胞は、Saccharomyces sp.、Saccharomyces cerevisiae、Saccharomyces monacensis、Saccharomyces bayanus、Saccharomyces pastorianus、Saccharomyces carlsbergensis、Saccharomyces pombe、Kluyveromyces sp.、Kluyveromyces marxiamus、Kluyveromyces lactis、Kluyveromyces fragilis、Pichia stipitis、Sporotrichum thermophile、Candida shehatae、Candida tropicalis、Neurospora crassa、Zymomonas mobilis、Clostridium sp.、Clostridium phytofermentans、Clostridium thermocellum、Clostridium beijerinckii、Clostridium acetobutylicum、Moorella thermoacetica、Escherichia coli、Klebsiella oxytoca、Thermoanaerobacterium saccharolyticum、およびBacillus subtilisからなる群から選択される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
上記宿主細胞は、上記組換えポリヌクレオチドと作動可能に連結されている誘導性のプロモータをさらに含んでいる、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１２】
上記宿主細胞のヘミセルラーゼ活性は上記組換えポリヌクレオチドの発現によって促進される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１３】
セルロースを分解する方法であって、
セルロースを含んでいる組成物を準備すること；および
上記組成物を、改変された生物から得られたセルラーゼ含有の酵素混合物と接触させることを包含しており、
セルラーゼを含有している上記酵素混合物は、改変されていない生物から得られたセルラーゼ含有の酵素混合物と比べて、低下したグルコシダーゼ活性を有しており、上記セルロースはセルラーゼ含有の上記酵素混合物によって分解される、方法。
【請求項１１４】
上記生物はβ−グルコシダーゼをコードしている遺伝子の変異によって改変されている、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
上記生物はβ−グルコシダーゼの発現を低下させることによって改変されている、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１６】
上記生物は真菌および細菌からなる群から選択される、請求項１１３〜１１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１７】
上記生物は糸状菌である、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
上記セルロースは植物材料に由来する、請求項１１３〜１１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１９】
上記植物材料は、スイッチグラス、Miscanthus、もみ殻、バガス、アマ、タケ、サイザル繊維、アバカ、麦わら、葉、刈り取った芝、トウモロコシの茎および葉、トウモロコシの穂軸、穀類の蒸留粕、マメ科の植物、サトウモロコシ、サトウキビ、テンサイの果肉、材木の切り屑、おが屑、ならびにバイオマス収穫物からなる群から選択される、請求項１１８に記載の方法。

【図１】

【図２】

【図３】

【図４】

【図５】

【図６】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０−１】

【図１０−２】

【図１０−３】

【図１０−４】

【図１０−５】

【図１０−６】

【図１０−７】

【図１０−８】

【図１０−９】

【図１０−１０】

【図１０−１１】

【図１０−１２】

【図１１】

【図１２】

【図１３】

【図１４】

【図１５】

【図１６】

【図１７】

【図１８】

【図１９】

【図２０】

【図２１】

【図２２】

【図２３】

【図２４】

【図２５】

【図２６ａ】

【図２６ｂ】

【図２６ｃ】

【図２７】

【図２８（ａ）−１】

【図２８（ａ）−２】

【図２８（ａ）−３】

【図２８（ｂ）】

【図２８（ｃ）−１】

【図２８（ｃ）−２】

















【図３０】

【図３１】

【図３２】

【図３３】

【図３４】

【図３５】

【図３６】

【図３７−１】

【図３７−２】

【図３８】

【図３９】

【図４０】

【図４１−１】

【図４１−２】

【図４１−３】

【図４１−４】

【図４１−５】

【図４１−６】

【図４１−７】

【図４２】

【図４３】

【図４４】

【図４５】

【図４６】

【図４７】

【図４８】

【図４９】

【図５０】

【図５１】

【図５２】

【図５３】

【図５４】

【図５５】

【図５６】

【図５７】

【図５８】

【図５９】

【図６０】

【図６１】

【図６２】

【図６３】

【図６４】

【図６５】

【図６６】

【図６７】

【図６８】

【図６９】

【図７０】

【図７１】

【図７２】

【図７３】

【図７４】

【図７５】

【図７６】

【図７７】

【図７８】

【図７９】

【図８０】

【公表番号】特表２０１３−５０００１９（Ｐ２０１３−５０００１９Ａ）
【公表日】平成２５年１月７日（２０１３．１．７）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５２１８８１（Ｐ２０１２−５２１８８１）
【出願日】平成２２年７月２６日（２０１０．７．２６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０４３２７９
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０１１７９６
【国際公開日】平成２３年１月２７日（２０１１．１．２７）
【出願人】（３０４０５６８９９）ザ　リージェンツ　オブ　ザ　ユニバーシティ　オブ　カリフォルニア (9)
【氏名又は名称原語表記】ＴＨＥ　ＲＥＧＥＮＴＳ　ＯＦ　ＴＨＥ　ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ　ＯＦ　ＣＡＬＩＦＯＲＮＩＡ
【住所又は居所原語表記】１１１１　Ｆｒａｎｋｌｉｎ　Ｓｔｒｅｅｔ，　Ｏａｋｌａｎｄ，　ＣＡ　９４６０７−５２００，　Ｕｎｉｔｅｄ　Ｓｔａｔｅｓ　ｏｆ　Ａｍｅｒｉｃａ
【出願人】（５９３２２６７７７）ザ・ボード・オブ・トラスティース・オブ・ザ・ユニバーシティ・オブ・イリノイ (1)
【出願人】（５０３２５９３８１）ビーピー・コーポレーション・ノース・アメリカ・インコーポレーテッド (84)
【Ｆターム（参考）】